Αφηρημένο

Ιστορικό

γενετικές παραλλαγές χαμηλής διεισδυτικότητας έχουν αναγνωρίζεται όλο και περισσότερο να να επηρεάσουν τον κίνδυνο ανάπτυξης όγκου. Οι παραλλαγές του κινδύνου για καρκίνο του παχέος εντέρου (CRC) έχουν χαρτογραφηθεί σε θέσεις χρωμόσωμα 8q23.3, 8q24, 9p24.1, 10p14, 11q23, 14q22.2, 15q13, 16q22.1, 18q21, 19q13.1 και 20p12.3. Ειδικότερα, το 8q24 ενιαίο πολυμορφισμός νουκλεοτιδίου (SNP), rs6983267, έχει αναπαραγώγιμα συσχετιστεί με τον κίνδυνο ανάπτυξης CRC. Καθώς οι SNPs του κινδύνου CRC μπορεί επίσης να επηρεάσει την πορεία της νόσου, έτσι σε αυτή τη μελέτη, αξιολογήσαμε κατά πόσο επηρεάζουν την επιβίωση των ασθενών.

Μεθοδολογία /Κύρια Ευρήματα

δείγματα DNA από 583 ασθενείς CRC είναι εγγεγραμμένοι στο μελλοντικό , Βόρεια Καρολίνα Cancer Care Αποτελέσματα Έρευνας και Παρακολούθησης Μελέτη Consortium (NC CanCORS) ήταν ο γονότυπος για 11 CRC SNPs ευαισθησία σε 6 θέσεις κινδύνου CRC. Οι σχέσεις μεταξύ των γονότυπων και την επιβίωση των ασθενών εξετάστηκαν χρησιμοποιώντας ανάλυση παλινδρόμησης Cox. Στην πολυπαραγοντική ανάλυση, οι ασθενείς ομόζυγο για το αλληλόμορφο κινδύνου CRC του rs7013278 ή rs7014346 (τόσο σε 8 Ε24) ήταν μόνο ονομαστικά σημαντική για τις φτωχότερες συνολική επιβίωση συγκριτικά με τους ασθενείς ομόζυγο για το προστατευτικό αλληλόμορφο (αναλογία κινδύνου = 2,20 και 1,96, αντίστοιχα?

P

& lt? 0,05). Καμία από αυτές τις ενώσεις, ωστόσο, παρέμεινε στατιστικά σημαντική μετά από διόρθωση για πολλαπλές δοκιμές. Τα άλλα εννέα SNPs ευαισθησία δοκιμάζεται δεν σχετίζονται με την επιβίωση.

Συμπεράσματα /Σημασία

Εμείς δεν βρήκε αποδείξεις για τη συμμετοχή των παραλλαγών κινδύνου CRC με την επιβίωση των ασθενών.

Παράθεση : Hoskins JM, Ong PS, Keku ΝΑ, Galanko JA, Martin CF, Coleman CA, et al. (2012) Σύνδεσμος Έντεκα Κοινού, Low-διεισδυτικότητα καρκίνο του παχέος εντέρου Ευαισθησία γενετικές παραλλαγές στο Six Loci κινδύνου με την κλινική έκβαση. PLoS ONE 7 (7): e41954. doi: 10.1371 /journal.pone.0041954

Συντάκτης: Amanda Ewart Toland, Πολιτειακό Πανεπιστήμιο του Οχάιο Medical Center, Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής

Ελήφθη: 31 Ιανουαρίου 2012? Αποδεκτές: 29 του Ιουνίου, 2012? Δημοσιεύθηκε: 27, Ιουλίου 2012

Copyright: © Hoskins et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Αυτό το έργο υποστηρίχθηκε από theNational Ινστιτούτα Υγείας (NIH) η φαρμακογενετική Δίκτυο Έρευνας (U01 GM63340). Οι NC CanCORS και GI SPORE υποστηρίχθηκαν από ΝΙΗ U01 CA 093.326 και Ρ50 CA 106.991 αντίστοιχα. Η μελέτη έλαβε επίσης την υποστήριξη από το Κέντρο για την γαστρεντερικού Βιολογίας και Ασθενειών (Ρ30 DK034987). PO υποστηρίχθηκε από το Τμήμα Φαρμακευτικής, Εθνικό Πανεπιστήμιο της Σιγκαπούρης. Καμία πρόσθετη εξωτερική χρηματοδότηση ελήφθη για τη μελέτη αυτή. Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

Καρκίνος του παχέος εντέρου (CRC) είναι η δεύτερη πιο κοινή αιτία θανάτου από καρκίνο που σχετίζονται με τις Ηνωμένες Πολιτείες. Παρά τις βελτιώσεις σε τρόπους θεραπείας, το ποσοστό επιβίωσης 5 ετών για ασθενείς με CRC κυμαίνεται από 10-90% [1]. Αυτή η τεράστια διακύμανση στην κλινική έκβαση οφείλεται, εν μέρει, στο γεγονός ότι η CRC είναι μια ετερογενής νόσος που περιλαμβάνει διακριτά υποσύνολα που εξελίσσονται μέσα από πολλαπλές διαφορετικές αιτιολογίες. Τόσο βλαστικής σειράς και σωματικά γενετικές αλλοιώσεις μπορεί να εμπλέκεται στην κακοήθη μετασχηματισμό των φυσιολογικών κυττάρων του παχέος εντέρου. Εκτεταμένες έρευνες έχουν ταυτοποιήσει σωματικές μεταλλάξεις σε

ΤΡ53

ή

KRAS

που εμπλέκονται στην εξέλιξη του αδενώματος να CRC [2] – [5]. Για μεταλλάξεις βλαστικής σειράς, οι αλλαγές υψηλής διεισδυτικότητας σε αδενομάτωση πολυποδίαση coli, επιδιόρθωσης αταίριαστων βάσεων, οι μητέρες κατά δεκαπενταπληγικού ομόλογο 4, οστική μορφογενετική πρωτεΐνη υποδοχέα τύπου ΙΑ και σερίνη κινάση θρεονίνης έχουν 11 γονίδια έχουν αναφερθεί να σχετίζεται με αυξημένη ευαισθησία CRC σε 5% του πληθυσμού [6], ενώ τα αποτελέσματα των συνδυασμών των παραλλαγών χαμηλή διεισδυτικότητα παραμένει σε μεγάλο βαθμό απατηλό.

η ολοκλήρωση του Προγράμματος Ανθρώπινου γονιδιώματος και η ανάπτυξη βελτιωμένων τεχνικών προσδιορισμού του γονότυπου υψηλής απόδοσης επιτρέπει μεγάλης κλίμακας ανάκριση του γονιδιώματος, με αποτέλεσμα μια καλύτερη κατανόηση των κοινών πολυγονιδιακή νόσος. Αυτή η πρόοδος έχει οδηγήσει στην κοινή ασθένεια, κοινή παραλλαγή υπόθεση, γεγονός που υποδηλώνει ότι ένας αριθμός αλληλόμορφων παραλλαγών που βρέθηκαν σε περισσότερο από 1-5% του πληθυσμού γενετικά επηρεάζει την ευαισθησία σε κοινές κληρονομικές ασθένειες [7]. Σύμφωνα με αυτό το μοντέλο, η ανάλυση υποψήφιο γονίδιο και μελέτες ευρείας σύνδεσης γονιδίωμα πολλαπλών σταδίων (GWAS) έχουν προσδιορίσει πολυάριθμες πολυμορφισμών μονού νουκλεοτιδίου (SNPs) σε διάφορα χρωμοσώματα που σχετίζονται με αυξημένο κίνδυνο ανάπτυξης CRC [8] – [18]. Σε μια μελέτη ασθενών-μαρτύρων που περιλαμβάνουν 1807 ασθενείς και 5511 μάρτυρες, Haiman και οι συνεργάτες σημειωθεί ότι rs6983267 στο χρωμόσωμα 8q24, μια γονιδιακή περιοχή που περιέχει μερικά γονίδια, ήταν σημαντικά συνδεδεμένη με μια υψηλότερη προδιάθεση του CRC σε άτομα διαφορετικών εθνοτήτων [10]. Αρκετά αργότερα εκθέσεις επιβεβαίωσε rs6983267 ως δείκτης του κινδύνου χαμηλής διεισδυτικότητας για CRC [9], [12], [13], [16], [17]. Δεδομένης αυτής συνεπής παρατήρηση και τη συχνή ενίσχυση αυτής της περιοχής σε CRC [10], περαιτέρω ανάλυση των SNPs σε αυτό το γονίδιο-φτωχή περιοχή αποκάλυψε ένα δεύτερο στενά συνδεδεμένη παραλλαγή, rs10505477, καθώς και τρεις άλλες SNPs στις 8q24, rs10808556, rs7014346 και rs7013278 , ως παραλλαγές χαμηλή διεισδυτικότητα που επηρεάζουν επίσης το σχηματισμό καρκινώματος [10], [13], [14], [15], [17].

Εκτός από την SNPs στο 8q24, Tomlinson et al προσδιορίζονται rs16892766 στο 8q23 0,3 ως πρόσθετη παραλλαγή του κινδύνου [15]. Ομοίως, Zanke και οι συνεργάτες του διαπίστωσαν σύνδεσης μεταξύ rs719725 στην 9p24 και CRC [17]. Στη συνέχεια η έρευνα αυτού του site από Poynter et al έδειξε ότι τα άτομα με A /A γονότυπο είχαν μέτρια αυξημένο κίνδυνο CRC σε σύγκριση με C /C άτομα σε οικογένειες κλινική με βάση τον πληθυσμό, με βάση, αλλά δεν [13]. Από την 10p14 και 11q23 τόπους, rs10795668 και rs3802842 ήταν αντίστοιχα φαίνεται να σχετίζεται με την εμφάνιση της νόσου [14], [15]. Επιπλέον, πολλές άλλες θέσεις κινδύνου έχουν στη συνέχεια εντοπίστηκαν και χαρτογραφήθηκαν στο 14q22.2 (rs4444235, BMP4) [18], 15q13 (rs4779584, rs10318, CRAC1) [11], 16q22.1 (rs9929218, Cdh1) [18], 18q21 (rs4939827, rs12953717, rs4464148, Smad7) [8], 19q13.1 (rs10411210, RPHN2) [18] και 20p112.3 (rs961253) [18].

Παρά την αύξηση του αριθμού των τόπων που προσδιορίζονται να επηρεάσουν τον κίνδυνο ανάπτυξης CRC, μέχρι σήμερα, μόνο λίγες μελέτες έχουν διερευνήσει τις επιδράσεις αυτών των παραλλαγών στην έκβαση της νόσου [19] – [22]. Τα πορίσματα αυτών των μελετών, ωστόσο παρέμεινε σε αντίθεση με τη σχέση μεταξύ αυτών των παραλλαγών κινδύνου και την επιβίωση CRC. Ως εκ τούτου, στην παρούσα μελέτη, εξετάσαμε την προγνωστική σημασία των 11 SNPs ευαισθησίας CRC σε 6 CRC τόπους κινδύνου (rs6983267, rs10505477, rs7013278, rs7014346, rs719725, rs10795668, rs3802842, rs4779584, rs10318, rs4464148 και rs4939827, Πίνακας S1), χρησιμοποιώντας 583 ασθενείς με CRC από τον υποψήφιο Βόρεια Καρολίνα (NC) Cancer Care Αποτελέσματα Έρευνας και Παρακολούθησης Μελέτη Consortium (CanCORS).

Μέθοδοι

Πληθυσμός μελέτης και πληροφορίες παρακολούθησης

ο σχεδιασμός της μελέτης του CanCORS έχει περιγραφεί προηγουμένως [23]. NC CanCORS συγκέντρωσε μια προοπτική βασισμένη στον πληθυσμό κοόρτης σε 33 νομών περιοχές της NC, Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής. Σε αυτή τη μελέτη, τα δείγματα DNA από 583 επιλέξιμες ασθενών που έχουν διαγνωστεί με CRC από τον Απρίλιο του 2003 και τον Ιανουάριο 2005 αναδρομικά γονότυπου. δημογραφικά στοιχεία των ασθενών ελήφθησαν από την αρχική έρευνα ασθενή. Λεπτομερείς κλινικές πληροφορίες για την κύρια περιοχή του όγκου, η αμερικανική μεικτής επιτροπής για τον Καρκίνο (AJCC) στάδιο και το είδος της θεραπείας που παρέχονται ελήφθησαν από ανασκόπηση των ιατρικών φακέλων και παθολογικές αναφορές CRC διάγνωσης από την Βόρεια Καρολίνα Κεντρικό Αρχείο Καρκίνου από εκπαιδευμένους ληπτών εντός 6 μηνών μετά διάγνωση. Οι ασθενείς παρακολουθήθηκαν για μέσο διάστημα 3,5 χρόνων. δεδομένων επιβίωση και τη θνησιμότητα προσδιορίστηκε από μια τριετή τηλέφωνο έρευνα των συμμετεχόντων ή την επόμενη-συγγενών και επιβεβαιώθηκε περαιτέρω μέσω διαπίστωση των αρχείων θανάτου μέσω του δείκτη θανάτου κοινωνικής ασφάλισης (SSDI) χρησιμοποιώντας τους αριθμούς κοινωνικής ασφάλισης των ασθενών. πληροφορίες θνησιμότητα ή κατάσταση επιβίωσης ήταν διαθέσιμες για όλους τους ασθενείς γονότυπος σε αυτή τη μελέτη μέσα από το SSDI. πληροφοριών ελεύθερη νόσου επιβίωση δεν ήταν διαθέσιμα. Η μελέτη αυτή εγκρίθηκε από το Διοικητικό Συμβούλιο Institutional Review του Πανεπιστημίου της NC (IRB αριθμός: 08/04/60). Γραπτή συγκατάθεση λήφθηκε από κάθε συμμετέχοντα.

DNA Εξόρυξη και SNP Γονοτυπικές

Buffy παλτό παρασκευάστηκε από ένα δείγμα αίματος που συλλέγονται από κάθε συμμετέχοντα μελέτη. Το DNA που εξάγεται από φλεγμονώδη πλακούντα χρησιμοποιώντας κιτ Puregene (Qiagen, Valencia, CA, USA). Επιπλέον, τα δείγματα DNA που αποτελείται από 94-Αμερικανοί, 93 Κινέζων Χαν (Han άνθρωποι του Λος Άντζελες) και 94 του Μεξικού-Αμερικανών (Μεξικού-αμερικανική κοινότητα του Λος Άντζελες) από Coriell (Coriell Ινστιτούτο Ιατρικής Έρευνας, Camden, NJ, USA ), καθώς και 86 Αφροαμερικανοί όπως περιγράφηκε προηγουμένως [24], χρησιμοποιήθηκαν επίσης για να επιβεβαιωθεί η αξιοπιστία και η επαναληψιμότητα της γονοτύπησης πραγματοποιείται. Όλα τα δείγματα DNA γονότυπος για 11 CRC SNPs επιδεκτικότητα σε 6 θέσεις κίνδυνο CRC χρησιμοποιώντας δοκιμασίες διάκρισης TaqMan αλληλόμορφη (Applied Biosystems, Foster City, CA, USA) (Πίνακας S1). Σε ένα συνολικό όγκο 20 μί, αντιδράσεις αποτελούνταν από 2 μί 10 ng /μL DNA, 0.5 μλ δοκιμασίες προσδιορισμού του γονότυπου 20Χ TaqMan® SNP (Applied Biosystems), 10 μL 2Χ TaqMan® καθολική PCR Master Mix, αριθ AmpErase UNG (Applied Biosystems) και 7,5 μι νερού. Διεξήχθη PCR με αρχικό στάδιο μετουσίωσης στους 95 ° C για 10 λεπτά που ακολουθήθηκε από 50 κύκλους μετουσίωσης στους 92 ° C για 15 s και ανόπτηση με επέκταση στους 60 ° C για 1 λεπτό. Όλες οι αντιδράσεις PCR πραγματοποιήθηκαν σε ένα Bio-Rad Tetrad 2 Thermal Cycler (Bio-Rad, Hercules, CA, USA). Οι εντάσεις φθορισμού των δειγμάτων μετρήθηκαν πριν και μετά την PCR χρησιμοποιώντας έναν Applied Biosystems 7500 Real-Time PCR System (Applied Biosystems). Τα δεδομένα που λαμβάνονται αναλύθηκε και γονότυπους ανατεθεί χρήση 7300 Σύστημα SDS Λογισμικού, έκδοση 1.4 (Applied Biosystems). κατανομή γονότυπο έγινε τυφλώθηκε σε κλινικά στοιχεία των ασθενών. Γονοτυπική ήταν επιτυχής σε & gt? 96% των δειγμάτων. Για τα δείγματα από τα τέσσερα επιπλέον πληθυσμούς, όλοι οι γενότυποι ήταν σε συμφωνία με αυτό που αναφέρθηκε στο HapMap (www.hapmap.org). Δεν ασυμφωνία στο γονότυπο ή αλληλόμορφο συχνότητες παρατηρήθηκε μεταξύ των Ευρωπαϊκών-Αμερικανός ή Αφρο-Αμερικανός δείγματα ασθενών με τις αντίστοιχες ευρωπαϊκές, Αμερικανούς ή Αφρο-Αμερικανών στις πρόσθετες πληθυσμούς γονότυπου.

Στατιστική Ανάλυση

Όλες οι πολυμορφισμοί εξετάστηκαν για την απόκλιση από την ισορροπία Hardy-Weinberg ισορροπία (HWE) χρησιμοποιώντας χ

2 τεστ. Κλινικές και βιολογικές μεταβλητές εξετάστηκαν για ενώσεις με ατομική SNPs χρησιμοποιώντας το ακριβές τεστ του Fisher. Μονοπαραγοντική και πολυπαραγοντική επιβίωση αναλύσεις πραγματοποιήθηκαν χρησιμοποιώντας την ανάλυση παλινδρόμησης Cox να αξιολογήσει τις ενώσεις μεταξύ των γενετικών παραλλαγών και η συνολική επιβίωση. Πολυπαραγοντικά μοντέλα προσαρμόστηκαν ως προς την ηλικία, την εθνικότητα, το φύλο, το στάδιο της νόσου, το site του όγκου και θεραπεία που χορηγείται. Για κάθε SNP, το αλληλόμορφο κινδύνου ορίστηκε ως το αλληλόμορφο που είχε καθοριστεί προηγουμένως στη βιβλιογραφία για να προσδώσει κίνδυνο CRC, ενώ το άλλο αλληλόμορφο θεωρήθηκε η προστατευτική αλληλόμορφο. Ομοζυγωτία για την προστατευτική αλληλόμορφο υπηρέτησε ως γονότυπο αναφοράς για την ανάλυση παλινδρόμησης και αποδόθηκε αναλογία κινδύνου (HR) 1.0. Ένα

P

& lt? 0,05 θεωρήθηκε σημαντική. Πολλαπλές διόρθωση πραγματοποιήθηκε χρησιμοποιώντας τη συντηρητική μέθοδο Bonferroni. Όλα τα δεδομένα αναλύθηκαν χρησιμοποιώντας την έκδοση του λογισμικού της SAS στατιστική ανάλυση 9 (SAS Institute Inc, Cary, NC, Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής).

Η

Αποτελέσματα

Χαρακτηριστικά Ασθενών

Ο Πίνακας 1 συνοψίζει τα αρχικά χαρακτηριστικά των ασθενών σε αυτή τη μελέτη. Η διάμεση ηλικία των ασθενών ήταν 65,0 ετών και 47,9% ήταν γυναίκες. Μεταξύ των 583 ασθενών, 81,0% ήταν ευρωπαϊκές-Αμερικανούς και 19,0% ήταν Αφρο-Αμερικανοί. Κατά τη στιγμή της διάγνωσης, οι αναλογίες των συμμετεχόντων στην μελέτη που ταξινομούνται σε AJCC τα στάδια 1, 2, 3 και 4 ήταν 27,6%, 27,4%, 28,3% και 11,7% αντίστοιχα. Σε αυτή την ομάδα, το ποσοστό των ασθενών με καρκίνο του παχέος εντέρου ή του καρκίνου του ορθού ήταν συγκρίσιμη. Η πλειοψηφία των ασθενών (98,3%) έλαβαν χειρουργική θεραπεία, ενώ η χημειοθεραπεία χορηγήθηκε σε 50,9% του πληθυσμού της μελέτης.

Low-διεισδυτικότητα CRC Ευαισθησία Γονότυπους

Η κατανομή των γονότυπων σε αυτή την ομάδα ασθενών είναι παρουσιάζονται στον πίνακα S2. Για αυτή την ομάδα ασθενών, δεν υπάρχει απόκλιση από HWE εντοπίστηκε ανάμεσα σε ευρωπαϊκή αλλά και ασθενείς Αφρικής και της Αμερικής για οποιοδήποτε από τα SNPs. Οι συχνότητες αλληλόμορφο για όλα τα SNPs ήταν παρόμοια με συχνότητες σε ευρωπαϊκή αλλά (CEU) και Αφρο-Αμερικανός πληθυσμούς (ASW) που αναφέρθηκαν σε HapMap (www.hapmap.org). κατανομές γονότυπου κυμαινόταν μεταξύ ευρωπαϊκή αλλά και των ασθενών Αφρικής και της Αμερικής για όλα τα SNPs (

P & lt?

0.05). εκτός rs7014346 και rs3802842 (Πίνακας S2)

Σχέσεις μεταξύ χαμηλής-διεισδυτικότητα CRC Ευαισθησία SNPs και κλινικοπαθολογοανατομικές χαρακτηριστικά της CRC ασθενείς

Δεν παρατηρήθηκαν σημαντικές διαφορές μεταξύ των SNPs με το φύλο, την περιοχή του όγκου, η χειρουργική επέμβαση ή η χορήγηση χημειοθεραπείας (Πίνακας S2). Για την ηλικία του CRC διάγνωση, εμφανείς διαφορές στην κατανομή του γονοτύπου βρέθηκαν μόνο για rs10795668 (

P =

0.005? Πίνακας S2). Παρατηρήθηκε ότι ο επιπολασμός του /A γονότυπο Α για αυτό το SNP μειώνεται σε ασθενείς ηλικίας άνω των 50 ετών. Επιπλέον, το στάδιο της νόσου ήταν σημαντικά σχετίζονται με rs4464148 και rs4939827 γονότυπους (

P & lt?

0,05? Πίνακας S2). C και Τ αλληλόμορφα, το αλληλόμορφο κινδύνου για rs4464148 και rs4939827 αντίστοιχα, έδειξαν προηγουμένως ότι σχετίζονται με αυξημένο κίνδυνο για CRC [8], [21]. Απροσδόκητα στην παρούσα μελέτη, περισσότεροι ασθενείς ομόζυγα για το αλληλόμορφο κινδύνου και για τις δύο SNPs παρουσιάζονται με προγενέστερο στάδιο του καρκίνου (στάδια 1-2) κατά τη στιγμή της διάγνωσης, γεγονός που υποδηλώνει ότι αυτά τα αλληλόμορφα είναι προστατευτικά (Πίνακας S2).

οι σχέσεις μεταξύ της χαμηλής διεισδυτικότητα CRC Ευαισθησία SNPs και τη συνολική επιβίωση

Για να ελέγξετε αν οι παραλλαγές βλαστική διέπουν τις διαφορές στη συνολική επιβίωση σε ασθενείς με CRC, πραγματοποιήσαμε αναλύσεις τόσο μονοπαραγοντική και πολυπαραγοντική επιβίωσης. Στην μονοπαραγοντική ανάλυση, μια σημαντική διαφορά στην επιβίωση παρατηρήθηκε μόνο σε ασθενείς με το γονότυπο Α /C σε σύγκριση με την Α /Α γονότυπος για rs3802842 (

P

& lt? 0,05? Πίνακας 2). Αυτή η διαφορά δεν ήταν σημαντική σε ένα πολυπαραγοντικό μοντέλο (

P

& gt? 0,05? Πίνακας 2). Στην πολυπαραγοντική ανάλυση, οι ασθενείς που φέρουν δύο αλληλόμορφα κινδύνου (T /T) για rs7013278 είχε μειωμένη επιβίωση σε σύγκριση με τους ασθενείς ομόζυγο για προστατευτικά αλληλόμορφο (C /C) (HR = 2,20? 95% CI = 1,24 – 3,91?

P

= 0,01? Πίνακας 2). Παρομοίως, οι ασθενείς ομόζυγα για το αλληλόμορφο κινδύνου CRC του rs7014346, A /A, έδειξε κατώτερη συνολική επιβίωση σε ασθενείς G /G (HR = 1,96? 95% CI = 1,08 – 3,52?

P

= 0,03? Πίνακας 2 ). Το μέτριο επίπεδο σημαντικότητας για τις δύο SNPs δεν διατηρήθηκε με τη διόρθωση για πολλαπλές δοκιμές. Καμία πρόσθετη σημαντική συσχέτιση παρατηρήθηκε μεταξύ του υπόλοιπου SNPs μελετηθεί και επιβίωσης (Πίνακας 2).

Η

Συζήτηση

Η παρούσα μελέτη διεξήχθη για να εξετάσει την προγνωστική σημασία των 11 κοινών, γενετικές παραλλαγές χαμηλής διεισδυτικότητας στο 6 CRC loci που έχουν αναφερθεί στο παρελθόν να προδιαθέτουν τα άτομα να CRC [8] – [17]. Παρά το γεγονός ότι βρήκαμε οριακή σημασία μεταξύ των δύο SNPs, rs7013278 και rs7014346 (HR = 2,20,

P

= 0,01 και HR = 1,96,

P

= 0,03 αντίστοιχα), με κατώτερη επιβίωση CRC με πολυμεταβλητή παλινδρόμηση ανάλυση, καμία από αυτές τις παραλλαγές έδειξαν μελέτη σε επίπεδο σύνδεσης με την επιβίωση μετά από διόρθωση για πολλαπλές δοκιμές. Ως εκ τούτου, επισημαίνεται ότι αυτές οι γνωστές παραλλαγές του κινδύνου CRC, δεν παίζουν ρόλο στον επηρεασμό της θνησιμότητας CRC, η οποία είναι σε συμφωνία με τα ευρήματα από τρεις προηγούμενες μελέτες [19] – [21]

Μέχρι στιγμής, αρκετά πριν. μελέτες έχουν διερευνήσει τη σχέση μεταξύ παραλλαγών ευαισθησίας CRC με την εξέλιξη της νόσου και την επιβίωση. Gruber και οι συνεργάτες του ήταν οι πρώτοι που αναφέρουν καμία συσχέτιση μεταξύ rs10505477 με CRC επιβίωση σε μια κατά κύριο λόγο εβραϊκό πληθυσμό [19]. Σε αυτή τη μελέτη, η HR 1,09 (CI = 0,89 – 1,32) βρέθηκε μεταξύ φορέων του αλληλόμορφου του κινδύνου σε σχέση με μη φορείς [19] Στη συνέχεια, Cicek και οι συνεργάτες αξιολογηθεί η επίδραση των 5 άλλων δεικτών κινδύνου CRC χαμηλή διεισδυτικότητα (rs6983267, rs13254738, rs16901979, rs1447295, DG8S737) επί της επιβίωσης των 460 περιπτώσεων στάδια ΙΙ και ΙΙΙ των ασθενών, του Καυκάσου, CRC οι οποίοι ήταν οι συμμετέχοντες της μελέτης επικουρικής θεραπείας φάσης ΙΙΙ [20]. Ενώ παρατηρείται μια τάση μειώθηκε το ποσοστό επιβίωσης με την παρουσία των παραλλαγών σπάνια κινδύνου (HR για rs6983267 = 1,00, CI = 0,79 – 1,27? HR για rs13254738 = 1,14, CI = 0,91 – 1,43? HR για rs16901979 = 1,34, CI = 0,86 – 2,09? HR για rs1447295 = 1,11, CI = 0,79 – 1,55? HR για DG8S737 = 1,57, CI = 0,85 – 2,90) χρησιμοποιώντας ένα μοντέλο πρόσθετο ημερολόγιο, καμία από τις ενώσεις ήταν στατιστικά σημαντικές [20]. Σε μια μεταγενέστερη μελέτη από Tenesa et al, δεν διαπιστώθηκε καμία συσχέτιση μεταξύ 10 παραλλαγές του κινδύνου και όλα τα αίτια ή CRC-ειδική θνησιμότητα μετά από προσαρμογή για AJCC στάδιο, την ηλικία και το φύλο στο 2838 AJCC στάδια Ι-IV CRC ασθενείς της Σκωτίας Προγόνων [21] . Ομοίως, παρατηρήσαμε μια παρόμοια έλειπε συσχέτισης μεταξύ rs10505477 (HR χρησιμοποιώντας πολυπαραγοντική ανάλυση = 1,38, CI = 0,74 – 2,55) με την επιβίωση η οποία είναι σε συμφωνία με το εύρημα από Gruber et al (HR = 1,09, CI = 0,89 – 1,32) [ ,,,0],19]. Για rs6983267, υπήρξε και πάλι καμία συσχέτιση με CRC επιβίωση στη μελέτη μας (HR χρησιμοποιώντας πολυπαραγοντική ανάλυση = 1,35, CI = 0,73 – 2,51). Το HR για αυτό το SNP είναι σε παρόμοια κατεύθυνση και πάλι σε συμφωνία με προηγούμενες εκθέσεις από Τσιτσέκ et al (HR = 1,00, CI = 0,79 – 1,27) και Tenesa et al (HR = 1,03, CI = 0,94 – 1,13) [20], [21]. Επιπλέον, για 4 άλλες SNPs (rs10795668, rs3802842, rs4779584 και rs4939827), οι HRs λαμβάνονται με Tenesa και οι συνεργάτες του ήταν 0,98 (CI = 0,90 – 1,08), 0,93 (CI = 0,85 – 1,02), 0,95 (CI = 0,85 – 1,06) και 1,05 (CI = 0,96-1,15) αντίστοιχα [21]. Αυτό το αποτέλεσμα είναι σύμφωνες με τη μελέτη μας με HR για rs10795668, rs3802842, rs4779584 και rs4939827 να είναι 0,82 (CI = 0,37 – 1,83), 1,03 (CI = 0,52 – 2,03), 1,01 (CI = 0,46 – 2,22) και 0,81 (CI = 0,45 έως 1,48), αντίστοιχα, με το εύρος των τιμών CI για αυτά τα SNPs επικάλυψη μεταξύ των δύο μελετών. Τα δεδομένα αυτά ενισχύουν έτσι την έλλειψη αποδεικτικών στοιχείων για τη συμμετοχή αυτών των παραλλαγών με CRC αποτέλεσμα. Σε μια πρόσφατη μελέτη από Xing et al, την επιρροή της 8ης GWAS που σχετίζονται SNPs με CRC υποτροπή και η επιβίωση διερευνήθηκε σε 465 ασθενείς Κινέζοι Χαν CRC [22]. Δύο SNPs, rs4779584 (HR = 0,33, CI = 0,15 – 0,72 για ομόζυγων φορέων του αλληλίου άγριου τύπου (Τ), η οποία είναι επίσης το αλληλόμορφο κινδύνου GWAS, έναντι εκείνων που είναι ομόζυγα ή ετερόζυγα φορείς του αλληλόμορφου παραλλαγής (Γ) , η προστατευτική αλληλόμορφο σε προηγούμενες GWAS) και rs10795668 (HR = 0,55, CI = 0,30 – 1,00 για ομόζυγων φορέων του αλληλίου άγριου τύπου (G), η οποία είναι η προστατευτική αλληλόμορφο σε προηγούμενες GWAS, έναντι εκείνων που είναι ομόζυγα ή ετερόζυγα φορείς το αλληλόμορφο παραλλαγή (Α), το αλληλόμορφο κινδύνου σε προηγούμενες GWAS), ήταν σημαντικά σχετίζεται με μειωμένο κίνδυνο θανάτου και του όγκου επανάληψης αντίστοιχα χρησιμοποιώντας ένα κυρίαρχο γενετικό μοντέλο [22]. Για rs4779584, το αποτέλεσμα αυτής της μελέτης (HR = 1,01, CI = 0,46 – 2,22) και της Tenesa et al (HR = 0,95, CI = 0,85 – 1,06) [21] δεν έδειξε σημαντική επίδραση του αλληλόμορφου κινδύνου αυτού SNP με CRC επιβίωση. Αυτό αποκλίνει από τις διαπιστώσεις του Xing et al [22]. Μια πιθανή εξήγηση για αυτήν την απόκλιση είναι ένα πολύ υψηλότερη συχνότητα του αλληλομόρφου κινδύνου μεταξύ των Κινέζων Χαν σε σύγκριση με τον πληθυσμό αυτής της μελέτης και της Tenesa και οι συνεργάτες του [21], οι οποίες ήταν κυρίως ευρωπαϊκής καταγωγής. Ενώ οι συχνότητες αλληλόμορφο του rs4779584 στους ασθενείς Κινέζων Χαν CRC δεν έχουν αναφερθεί άμεσα στο χαρτί από Xing et al [22], ο υπολογισμός των συχνοτήτων αλληλόμορφου αυτού του πληθυσμού με βάση το γονότυπο των ασθενών παρουσίασε έδειξε ότι τα υπολογιζόμενα αλληλόμορφο συχνότητες ( C = 0,19 και t = 0,81) ήταν σύμφωνες με ότι από τις κινεζικές πληθυσμούς στην HapMap (CHB: C = 0,18 και t = 0,82? CHD: C = 0,16 και t = 0,84) και τον πληθυσμό Κινέζων Χαν που έχουμε γονότυπου στο παρελθόν (C = 0,17 και t = 0,83) ως μέρος των τεσσάρων πρόσθετων πληθυσμών που χρησιμοποιούνται για τον έλεγχο γονότυπου. Με βάση τα δεδομένα από HapMap και τα δεδομένα μας από τους τέσσερις επιπλέον πληθυσμούς γονότυπος (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται), η συχνότητα αλληλόμορφο για το αλληλόμορφο κινδύνου (Τ) του rs4779584 ήταν υψηλότερη στις Κινέζων Χαν, που ακολουθείται από Αφρικής και της Αμερικής και τέλος ευρωπαϊκή-αμερικανική . Για rs10795668, HR για τη συνολική επιβίωση στη μελέτη μας και ότι από Tenesa et al [21] ήταν 0,82 (CI = 0,37 – 1,83) και 0,98 (CI = 0,90 – 1,08), αντίστοιχα. Αυτή η απόκλιση στα αποτελέσματα της μελέτης με εκείνη των Xing et al είναι πιθανό αποδοθεί σε μεθοδολογικές διαφορές μεταξύ των μελετών και όχι λόγω των διαφορών στις συχνότητες αλληλίου ως τη μελέτη του Xing et al [22] αξιολογήθηκε CRC υποτροπής κατά την μελέτη μας και ότι με Tenesa et al [ ,,,0],21] αξιολόγησε τη συνολική επιβίωση και τη συνολική θνησιμότητα, αντίστοιχα.

Αυτή η ασυνέπεια στα ευρήματα μεταξύ των αναφερόμενων μελετών δεν αποτελεί έκπληξη δεδομένου ότι οι μηχανισμοί με τους οποίους αυτές οι παραλλαγές αλλάξει ο κίνδυνος CRC δεν είναι πλήρως κατανοητός και είναι ακόμα ασαφές το πώς θα μπορούσαν να προόδου των όγκων επιρροή και την επιβίωση των ασθενών. Επί του παρόντος, οι πιθανές λειτουργικές συνέπειες αυτών των SNPs έχουν ευρύτατα ερευνηθεί για τις παραλλαγές στο γονιδιακό τόπο 8 Ε24. Δεδομένου ότι αυτό locus δεν είναι γνωστό για την κωδικοποίηση για κάθε γονίδιο, είχε συλληφθεί έτσι ότι οι παραλλαγές που βρέθηκαν εδώ μπορεί είτε να βρίσκονται εντός προαγωγοί ή ενισχυτικά στοιχεία που μπορούν να επηρεάσουν την μεταγραφή γονιδίων εκτός αυτού του τόπου [10]. Ωστόσο, σε μια μελέτη με τη χρήση του προγράμματος περιήγησης UCSC και VISTA Enhancer βάσης δεδομένων, rs7013278 και rs7014346, η οποία έδειξε οριακή σημασία στη μελέτη μας πριν από τη διόρθωση Bonferroni, δεν βρέθηκαν σε τμήματα που περιέχουν υποτιθέμενο ενισχυτές ή στην προβλεπόμενη περιοχές των ρυθμιστικών δυναμικό [25]. Από την άλλη πλευρά, rs6983267 βρέθηκε να βρίσκεται εντός υποτιθέμενο στοιχείο ενισχυτή που δεσμεύεται TCF4, έναν παράγοντα μεταγραφής που αλληλεπιδρά με SS-κατενίνης για να ενεργοποιηθεί η μεταγραφή των γονιδίων στόχων Wnt, που ενεργοποιούνται στις περισσότερες CRCs [26], [27] . Επιπλέον, ορισμένες αναφορές έχουν δείξει ότι rs6983267 έχει μια μακρά σειρά φυσική αλληλεπίδραση με μία περιοχή υποκινητή του MYC σε ορθοκολικό καρκίνο κυτταρικές γραμμές [26], [28]. Παρά το γεγονός αυτό, καμία συσχέτιση μεταξύ του αλληλόμορφου κίνδυνο επιπέδων rs6983267 και έκφραση MYC έχει βρεθεί σε φυσιολογικούς και καρκινικούς ιστούς παχέος εντέρου [17], [26], [27]. Ως εκ τούτου, η λειτουργική συνέπεια του rs6983267 παραμένει αβέβαιη.

Για rs10795668 σε 10 p14, rs3802842 στο 11 q23 και rs 4779584 σε 15 Q13, μια συστηματική έρευνα από Niittymaki και οι συνεργάτες του δεν δείχνουν καμία συσχέτιση αυτών των SNPs με προβλεπόμενη ενισχυτή ή ρυθμιστικά στοιχεία [29]. Περαιτέρω έρευνα χρησιμοποιώντας και πάλι δείγματα όγκων έδειξε έλλειψη αλληλομόρφων ανισορροπία μεταξύ του αλληλόμορφου κίνδυνο αυτών των SNPs με CRC, προτρέποντας τους συγγραφείς στο συμπέρασμα ότι αυτές οι παραλλαγές κινδύνου ήταν απίθανο σωματικά επιλεγεί για νεοπλασματικές εξέλιξη [29]. Ενώ παραμένουν να αξιολογηθούν περαιτέρω τα λειτουργικά αποτελέσματα αυτών των SNPs ευαισθησίας, τα αποτελέσματα αυτών των λειτουργικών μελέτες μέχρι σήμερα την υποστήριξή μας διαπίστωσε ότι η πλειοψηφία των παραλλαγών CRC χαμηλή διεισδυτικότητα εμπλέκονται στην έναρξη και όχι την εξέλιξη της CRC.

η δύναμη αυτής της μελέτης είναι ότι οι ασθενείς που τυχαία από 33 περιοχές νομών της κεντρικής και Ανατολικής NC. Αυτές οι περιοχές περιλαμβάνουν τις αστικές και αγροτικές περιοχές και ως εκ τούτου τα θέματα είναι διαφοροποιημένη όσον αφορά τη φυλή και την κοινωνικοοικονομική κατάσταση. Επομένως, είναι πιο αντιπροσωπευτικά της πραγματικής δείγμα πληθυσμού CRC σε σύγκριση με άλλες μελέτες που περιλαμβάνουν μόνο ασθενείς από λίγα ιδρύματα και ως εκ τούτου έχουν ιδιαίτερα επιλεγμένους πληθυσμούς.

Ωστόσο, υπάρχουν ορισμένοι περιορισμοί στη μελέτη μας. Πρώτον, τα περιορισμένα μεγέθη δειγμάτων ορισμένων σταδίων απέτρεψε μια πιο λεπτομερή ανάλυση των υποομάδων. Σε τέτοιες, είναι πιθανό ότι οι ενώσεις περιορίζεται σε ασθενείς από ορισμένα στάδια μπορεί να έχουν χαθεί. Δεύτερον, η διάμεση παρακολούθηση διάστημα 3,5 χρόνου μπορεί να είναι πολύ μικρή, ειδικά σε ασθενείς με φάσεις Ι και ΙΙ της νόσου. Αυτό θα μπορούσε να έχει με τη σειρά του οδήγησε σε ένα χαμηλότερο συντελεστή περίπτωση όταν τα δεδομένα από τα τέσσερα στάδια των ασθενών αναλύθηκαν μαζί και, ως εκ τούτου οδήγησε στην οριακή συσχέτιση που παρατηρήθηκε. Τρίτον, οι πληροφορίες σχετικά με την ελεύθερη δεδομένα επιβίωσης ασθένεια η οποία μπορεί να είναι μια καλύτερη προγνωστική μέτρο σε σχέση με τη συνολική επιβίωση δεν είναι διαθέσιμο στη μελέτη μας. Τέταρτον, ενώ κάναμε μια αυστηρή προσπάθεια να ληφθούν υπόψη σημαντικές κλινικές μεταβλητές, όπως η ηλικία, το φύλο, την εθνικότητα, το στάδιο της νόσου, το site του όγκου και το είδος της θεραπείας που μπορεί να επηρεάσουν CRC επιβίωση στην ανάλυση των δεδομένων μας, εμείς όμως δεν έχουμε πληροφορίες σε αναντιστοιχία κατάσταση επισκευής των ασθενών. Αυτό μπορεί να οδηγήσει στο συνδυασμό των διαφορετικών τύπων CRC στην ίδια ομάδα για την ανάλυση, την πόλωση έτσι τις εκτιμήσεις επικινδυνότητας που λαμβάνονται. Τέλος, το μέγεθος του δείγματος της παρούσας μελέτης είναι μέτρια. Αυτό μπορεί να είναι μικρής ισχύος για την ανίχνευση της σύνδεσης των γενετικών παραλλαγών με τα αποτελέσματα επιβίωσης για δύο SNPs (rs719725 και rs10318) οφείλεται στις χαμηλές συχνότητες αλληλόμορφου στον πληθυσμό μας ή για SNPs με μικρές επιπτώσεις στην επιβίωση. Έτσι, για rs719725 και rs10318, τα αποτελέσματα για τις εν λόγω SNPs πρέπει να ερμηνεύονται με προσοχή. Παρ ‘όλα αυτά, τα αποτελέσματα αυτής της μελέτης θα αυξήσει τα ευρήματα προγενέστερων μελετών, που επιτρέπουν την μελλοντική μετα-ανάλυση που μπορούν να βελτιώσουν περαιτέρω την κατανόηση των επιπτώσεων από αυτές τις σπάνιες παραλλαγές στην εξέλιξη CRC.

Εν κατακλείδι, εμείς δεν παρατηρήθηκε συσχέτιση μεταξύ της 11ης ευαισθησίας CRC παραλλαγές σε 6 θέσεις κίνδυνο CRC με την έκβαση της νόσου στον πληθυσμό της μελέτης μας, γεγονός που υποδηλώνει μικρή επίδραση αυτών των SNPs σε εξέλιξη CRC.

Υποστήριξη Πληροφορίες

πίνακα S1.

Οι χρωμοσωμικές θέσεις της χαμηλής διεισδυτικότητας SNPs ευαισθησία CRC δοκιμαστεί, αλληλόμορφο κινδύνου ευαισθησία τους και τα αναγνωριστικά προσδιορισμού του γονότυπου TaqMan® SNP.

doi: 10.1371 /journal.pone.0041954.s001

(DOCX)

Πίνακας S2.

Διανομή κλινικοπαθολογοανατομικών χαρακτηριστικά των ασθενών, σύμφωνα με γονότυπους για ατομική SNP.

doi: 10.1371 /journal.pone.0041954.s002

(DOCX)

Ευχαριστίες

Οι συγγραφείς θα ήθελαν να ευχαριστήσω τον κ Kevin Long για την τεχνική βοήθεια του σχετικά με αυτό το χειρόγραφο.