Αφηρημένο

Μοριακής γεγονότα που οδήγησαν σε επιθηλιακό καρκίνο των ωοθηκών είναι ελάχιστα κατανοητή, αλλά ωοθυλακιορρηξίας ορμόνες και ένας μεγάλος αριθμός της διάρκειας ζωής ωαρίων με ταυτόχρονη πολλαπλασιασμό, την απόπτωση και φλεγμονή, αυξάνει τον κίνδυνο. Εντοπίσαμε γονίδια που ρυθμίζονται κατά τη διάρκεια του κύκλου οίστρου σε ποντικού επιφανειακό επιθήλιο των ωοθηκών και αναλύονται αυτά τα προφίλ για τον εντοπισμό γονιδίων απορυθμίζεται στον ανθρώπινο καρκίνο των ωοθηκών, χρησιμοποιώντας δημοσίως διαθέσιμα σύνολα δεδομένων. Εμείς εντοπίστηκαν 338 γονίδια που ρυθμίζονται στο μυϊκό επιφάνεια των ωοθηκών επιθηλίου κατά τη διάρκεια του οίστρου κύκλου και απορυθμίζεται στον καρκίνο των ωοθηκών. Έξι από τα επτά υποψήφιοι που επιλέγονται για την ανοσοϊστοχημική επικύρωση εκφράστηκαν σε ορώδες καρκίνο των ωοθηκών, κύστες ένταξης, επιφανειακό επιθήλιο των ωοθηκών και στη σάλπιγγα επιθήλιο του σωλήνα. Οι περισσότεροι υπερεκφράζεται στον καρκίνο των ωοθηκών σε σχέση με την επιφάνεια του επιθηλίου των ωοθηκών ή /και κύστεις ένταξη (EpCAM, ΕΖΗ2, BIRC5) αν και BIRC5 και ΕΖΗ2 εκφράστηκαν ως ιδιαίτερα σε φαλλοπειά επιθήλιο σωλήνα, όπως στον καρκίνο των ωοθηκών. Εμείς προτεραιότητα τα 338 γονίδια για εκείνους που ενδέχεται να είναι σημαντικά για την ανάπτυξη του καρκίνου των ωοθηκών από

in silico

αναλύσεις του αριθμού αντιγράφων εκτροπή και μετάλλαξης, χρησιμοποιώντας δημοσίως διαθέσιμα σύνολα δεδομένων και εντόπισε τα γονίδια με καθιερωμένους ρόλους στον καρκίνο των ωοθηκών, καθώς και νέα γονίδια για το οποίο έχουμε αποδείξεις για τη συμμετοχή στον καρκίνο των ωοθηκών. Χρωμόσωμα διαχωρισμός αναδειχθεί ως μια σημαντική διαδικασία στην οποία υπερεκπροσωπούνται γονιδίων από τη λίστα των 338 περιλαμβάνει δύο (

BUB1

,

NCAPD2

) για τις οποίες υπάρχουν στοιχεία ενίσχυσης και μετάλλαξης. NUAK2, ρυθμισμένη προς τα πάνω σε επιφάνεια επιθήλιο των ωοθηκών σε πρόοιστρο και προβλέπεται ότι έχει μία μετάλλαξη οδηγός στον καρκίνο των ωοθηκών, εξετάστηκε σε ένα μεγαλύτερο κοόρτη ορώδες καρκίνου των ωοθηκών όπου οι ασθενείς με χαμηλότερη έκφραση NUAK2 είχαν μικρότερη συνολική επιβίωση. Εν κατακλείδι, ορίζοντας τα γονίδια που ενεργοποιούνται κατά την κανονική επιθήλιο κατά τη διάρκεια της ωορρηξίας που επίσης δυσρυθμισμένη στον καρκίνο έχει προσδιορίσει μια σειρά διόδων και τα νέα υποψήφια γονίδια που μπορεί να συμβάλει στην ανάπτυξη του καρκίνου των ωοθηκών

Citation.: Εμμανουήλ Γ, Gava Ν, Kennedy C, Balleine RL, Sharma R, Wain G, et al. (2011) Σύγκριση των προφίλ έκφρασης στη ωοθηκών επιθήλιο

In Vivo

και καρκίνου των ωοθηκών Προσδιορίζει τα νέα υποψήφια γονίδια εμπλέκονται στη νόσο Παθογένεια. PLoS ONE 6 (3): e17617. doi: 10.1371 /journal.pone.0017617

Επιμέλεια: Θωμάς Preiss, Victor Chang Καρδιακές Ίδρυμα Ερευνών (VCCRI), Αυστραλία

Ελήφθη: 8 Νοεμβρίου, 2010? Αποδεκτές: 2 του Φεβρουαρίου 2011? Δημοσιεύθηκε: 15 Μάρτη, 2011

Copyright: © 2011 Emmanuel et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Αυτή η μελέτη χρηματοδοτήθηκε από το Εθνικό Ερευνητικό Συμβούλιο Υγείας και Ιατρικής (NHMRC) σχέδιο επιχορήγησης 389.867 (nhmrc.gov.au) και από ένα Rivkin Κέντρο Marsha για καρκίνο των ωοθηκών Pilot Award (marsharivkin.org). RLB είναι μια Cancer Institute NSW Fellow. Η αυστραλιανή ωοθηκών Μελέτης του Καρκίνου υποστηρίζεται από τη Διοίκηση Ιατρικών Ερευνών και Υλικών του Αμερικανικού Στρατού σύμφωνα με DAMD17-01-1-0729, το Αντικαρκινικό Συμβούλιο Βικτώριας, Queensland Ταμείου Καρκίνου, το Αντικαρκινικό Συμβούλιο Νέας Νότιας Ουαλίας, το Συμβούλιο Καρκίνου της Νότιας Αυστραλίας, το Ίδρυμα Καρκίνου της Δυτικής Αυστραλίας, τα καρκινικά Συμβούλιο Τασμανία και την NHMRC. Το Δίκτυο Australasian Biospecimens – Ογκολογίας χρηματοδοτείται από το NHMRC. Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

επιθηλιακό καρκίνο των ωοθηκών είναι η πέμπτη πιο κοινή αιτία θανάτου από καρκίνο στις γυναίκες στον δυτικό κόσμο και η κύρια αιτία θανάτου από γυναικολογικό κακοήθειες. Παρά το μέγεθος αυτού του κλινικού προβλήματος, λίγα είναι γνωστά σχετικά με το μηχανισμό του νεοπλαστικού μετασχηματισμού. Επί του παρόντος, διορατικότητα παθογένεση του καρκίνου των ωοθηκών προέρχεται από γνωστούς παράγοντες που αυξάνουν τον κίνδυνο. Αυτές περιλαμβάνουν κληρονομήσει μεταλλάξεις στα

BRCA1 /2

γονίδια σε μια μειοψηφία των περιπτώσεων, και μια σειρά από ορμόνες ή /και παράγοντες που σχετίζονται με την αναπαραγωγή γενικότερα [1], [2]. Στην τελευταία περίπτωση, η θεραπεία ορμονικής υποκατάστασης και υψηλό συνολικό αριθμό χρόνου ζωής ωορρηξίες με μερικά επεισόδια ανωορρηξία λόγω εγκυμοσύνης, η χρήση αντισυλληπτικών χαπιών ή θηλασμό έχουν συσχετιστεί με αυξημένο κίνδυνο. Αντίθετα, ο κίνδυνος καρκίνου των ωοθηκών μειώνεται κατά περισσότερο live-γεννήσεις, μακροπρόθεσμα θηλασμού και από του στόματος αντισυλληπτικών χρήση [3].

Η βιολογική βάση για την αλλαγμένη κίνδυνος που σχετίζεται με ορμονικούς και αναπαραγωγικούς παράγοντες είναι ουσιαστικά άγνωστη, αν και αρκετές έχουν προταθεί υποθέσεις. Η πρώτη, η «αδιάκοπη ωορρηξία υπόθεση», προϋποθέτει ότι η ωορρηξία και τα επακόλουθά της, αυξάνει την πιθανότητα κακοήθειας [1], και ότι η εγκυμοσύνη και από του στόματος αντισυλληπτικά είναι προστατευτική, επειδή καταστέλλουν την ωορρηξία [4]. Η δεύτερη υπόθεση είναι ότι τα κυκλοφορούντα επίπεδα γοναδοτροπινών αυξάνουν τον κίνδυνο κακοήθειας και ότι η εγκυμοσύνη και η χρήση αντισυλληπτικών χαπιών προστατεύουν καταστέλλοντας την έκκριση των ορμονών αυτών [5]. Υπερβολικά επίπεδα των γοναδοτροπινών, LH και FSH, που σχετίζονται με το κύμα κατά τη διάρκεια της ωορρηξίας που συμβαίνουν, προτείνονται να συμβάλουν στην ανάπτυξη του καρκίνου των ωοθηκών. Η απώλεια των γονάδων αρνητική ανάδραση στην εμμηνόπαυση, με αποτέλεσμα μέγιστες συγκεντρώσεις της FSH και LH σε ηλικία όταν η συχνότητα εμφάνισης καρκίνου των ωοθηκών ανεβαίνει δραματικά, παρέχει υποστήριξη για την υπόθεση γοναδοτροπίνης έχουν [6] και LH επίπεδα έχουν αναφερθεί να είναι υψηλά σε μετάλλαξη BRCA1 φορείς κατά την ωοθυλακική φάση σε σύγκριση με τους μη φορείς, γεγονός που υποδηλώνει ότι τα υψηλά επίπεδα της LH μπορεί να συμβάλει στην BRCA-σχετίζεται αυξημένο κίνδυνο καρκίνου των ωοθηκών [7]. Προστασίας που παρέχεται από πολλαπλές εγκυμοσύνες και μακροχρόνια χρήση αντισυλληπτικών από του στόματος παρέχει κάποια υποστήριξη για τη θεωρία γοναδοτροπίνες, όπως και οι δύο παράγοντες που σχετίζονται με χαμηλά επίπεδα των γοναδοτροπινών, καθώς και την αναστολή της ωορρηξίας αδιάκοπη. Ωστόσο, το επίπεδο της προστασίας που παρέχεται από την κύηση και η χρήση αντισυλληπτικών χαπιών, έχει προταθεί να είναι μεγαλύτερη από εκείνη από την αναστολή του και μόνο ωορρηξίας [2] και μια τρίτη πιθανή εξήγηση βασίζεται σε επιδημιολογικά δεδομένα είναι ότι η επιφάνεια του επιθηλίου των ωοθηκών προστατεύεται από κακοήθη μετασχηματισμό από την έκθεση σε προγεστερόνη ή προγεστερόνη ανάλογα κατά τη διάρκεια της εγκυμοσύνης ή σε από του στόματος αντισυλληπτικά [2], [8].

Αν και είναι ευρέως πιστεύεται ότι ορώδες καρκίνων των ωοθηκών προκύψει από την επιφάνεια του επιθηλίου των ωοθηκών και κύστεις ένταξη σχηματίζεται όταν η επιφάνεια του επιθηλίου των ωοθηκών παγιδευτούν μέσα στην ωοθήκη [9], μια πιο πρόσφατη υπόθεση για την έναρξη του καρκίνου των ωοθηκών υποδηλώνει ότι υπάρχουν πρόδρομες βλάβες στο κροσσωτό άκρο του επιθηλίου σάλπιγγας [10]. Είναι πιθανό ότι σάλπιγγα επιθήλιο παγιδευτούν εντός του στρώματος των ωοθηκών κατά τη διάρκεια της επούλωσης του τραύματος ωορρηξίας όπου η υψηλή ορμονικό περιβάλλον μπορεί να προκαλέσει κακοήθη μετασχηματισμό με τρόπο παρόμοιο με την υπόθεση για κύστεις ένταξης [9]. Υποστήριξη για την έναρξη του καρκίνου των ωοθηκών σε σάλπιγγα επιθήλιο του σωλήνα μπορεί να βρεθεί από μελέτες που δείχνουν ότι υπάρχουν ομοιότητες στα προφίλ γονιδιακής έκφρασης των ορώδες καρκίνο των ωοθηκών και σάλπιγγα επιθήλιο του σωλήνα, αλλά αυτές διαφέρουν στα προφίλ παρατηρήθηκε για επιφανειακό επιθήλιο των ωοθηκών [11]. Δεν είναι σαφές, ωστόσο, εάν αυτό είναι απόδειξη της έναρξης στο επιθήλιο σάλπιγγα ή της διαφοροποίησης του καρκίνου των ωοθηκών προς μια σάλπιγγα που μοιάζει με φαινότυπο που είναι ένα καθοριστικό μορφολογικό χαρακτηριστικό του ορώδες καρκίνο των ωοθηκών.

Tone κ.ά. . [11] διαπιστώθηκε ότι τα προφίλ γονιδιακής έκφρασης της σάλπιγγας επιθηλίου από το

BRCA

φορείς μετάλλαξης κατά την ωχρινική φάση ήταν περισσότερο παρόμοια με προφίλ έκφρασης των ορώδες καρκίνου των ωοθηκών από την σάλπιγγα επιθήλιο του σωλήνα από φορείς στη φάση των ωοθυλακίων. Ομοίως, ξενομόσχευμα μελέτες έχουν δείξει ότι ξενομοσχεύματα καρκίνου των ωοθηκών είναι πιο πιθανό να καθιερωθεί εάν εμφυτεύονται κατά τη διάρκεια της προ-οίστρου φάση του οίστρου του κύκλου του ποντικού, όταν τα επίπεδα των ορμονών αιχμής [12]. Αυτά τα δεδομένα υποδηλώνουν ότι η ευαισθησία του επιφανειακού επιθηλίου των ωοθηκών ή /και σάλπιγγα επιθήλιο προς κακοήθη μετασχηματισμό μπορεί να αλλάξει όλη την οιστρικού κύκλου πιθανώς σε απάντηση στις κυμαινόμενες ορμόνες, και αποτελεί περαιτέρω απόδειξη ενός ρόλου για τον έμμηνο κύκλο για την ανάπτυξη του καρκίνου των ωοθηκών.

Εμείς εντοπίστηκαν πρόσφατα γονίδιο υπογραφές που συνδέονται με την επιφάνεια του επιθηλίου των ωοθηκών κατά τη διάρκεια των διαφόρων σταδίων του κύκλου οίστρου ποντικών [13]. Εμείς αιτιολογημένη ότι αυτά τα γονίδια που εκφράζονται διαφορικά σε επιφανειακό επιθήλιο των ωοθηκών μέσω του κύκλου οίστρου είναι πιθανό να είναι ρυθμιζόμενες ορμόνη και δυνητικά εμπλέκονται στις διαδικασίες που σχετίζονται με την ωορρηξία, συμπεριλαμβανομένων του κυτταρικού πολλαπλασιασμού, την απόπτωση και φλεγμονή. Δυσλειτουργία του μονοπάτια που στηρίζουν κάθε μία από αυτές τις διαδικασίες έχει ενοχοποιηθεί σε νεοπλαστικό μετασχηματισμό των διαφόρων τύπων ιστού. Υποθέσαμε ότι ένα υποσύνολο των γονιδίων που εμπλέκονται σε κανονικές λειτουργίες των ωοθηκών επιθηλιακών κυττάρων είναι επίσης σταθερά παρεκκλίνοντα εκφράζεται σε καρκίνο των ωοθηκών και τον προσδιορισμό αυτού του υποσυνόλου θα βοηθούσε στην ιεράρχηση ανθρώπινο υποψήφιων γονιδίων και μονοπατιών που εμπλέκονται στην εξέλιξη σε καρκίνο των ωοθηκών.

Η σκοπός της παρούσας μελέτης ήταν να προσδιοριστεί αν γονίδια που ρυθμίζονται κατά τη διάρκεια του κύκλου οίστρου και εμπλέκονται στη φυσιολογική λειτουργία των ωοθηκών παίζουν ένα ρόλο στην εξέλιξη της φυσιολογικά επιθηλιακά κύτταρα του καρκίνου των ωοθηκών. Για να γίνει αυτό, ο κατάλογος των γονιδίων που εκφράζονται διαφορικά σε επιφανειακό επιθήλιο των ωοθηκών κατά τη διάρκεια της οίστρου του κύκλου, ήταν εγκάρσια συγκρίνεται με γονίδια με αναφερόμενη παρεκκλίνουσα έκφραση στον καρκίνο των ωοθηκών. Για τα κοινά γονίδια, η έκφραση ενός αριθμού υποψηφίων προσδιορίστηκε με ανοσοϊστοχημεία σε φυσιολογικά κύτταρα ωοθηκών επιφάνεια επιθηλιακών, κύστεις συμπερίληψη, σάλπιγγα και τα δείγματα καρκίνου των ωοθηκών. Επιπλέον, μια σχέση μεταξύ της έκφρασης γονιδίου και αριθμό αντιγράφων, και την παρουσία μεταλλάξεων στον καρκίνο των ωοθηκών εξετάστηκε χρησιμοποιώντας τα υπάρχοντα σύνολα δεδομένων. Η προσέγγιση αυτή εντόπισε μια σειρά μεμονωμένων υποψήφιων γονιδίων και μονοπατιών που μπορεί να εμπλέκονται στην παθογένεση του καρκίνου των ωοθηκών.

Υλικά και Μέθοδοι

Ηθική δήλωση

Αυτή η μελέτη εγκρίθηκε από η ηθική επιτροπές Ανθρωπίνων Έρευνας του Σίδνεϊ Δυτικής Χώρου Υγειονομικής Υπηρεσίας και του Πανεπιστημίου του Σίδνεϊ? Πρωτόκολλο Αριθμός αναφοράς: HREC2006 /2 /4.21 (2293). Γραπτή συγκατάθεση λήφθηκε από όλους τους συμμετέχοντες σε αυτή τη μελέτη.

Ανάλυση

Έκφραση μικροσυστοιχιών του επιθηλίου ποντικού ωοθηκών

Η ανάλυση της σειράς έκφραση του ποντικού επιφάνεια των ωοθηκών επιθήλιο έχει προηγουμένως περιγραφεί λεπτομερώς [13]. Εν συντομία, ολικό RNA (Stratagene Απολύτως RNA® Nanoprep ή Microprep Kit, Stratagene, La Jolla, CA), εξήχθη από λέιζερ μικροδιατομή επιφάνεια των ωοθηκών επιθήλιο (PALM σύστημα ρομπότ-Microbeam, μικρολέιζερ Technologies) από ποντίκια BALB /c σε 27 ημέρες από την ηλικία (ανώριμα? η = 4) και 10-13 εβδομάδων κατά τη διάρκεια του κύκλου οίστρου, σε προ-οίστρου (n = 4) και του οίστρου (n = 4) [13]. διαφάνειες μικροσυστοιχία περιλαμβάνει ~15,000 εξέφρασε ετικέτες ακολουθία από το Εθνικό Ινστιτούτο Γήρανσης 15 κλώνος βιβλιοθήκη Κ ποντικού (Australian Genome Research Facility, Μελβούρνη, Αυστραλία) υβριδοποιήθηκαν με Cy3- και Cy5-επισημασμένο cDNA που παράγεται από διπλό ενισχυμένο RNA. Οίστρου προφίλ γονιδιακής έκφρασης στάδιο-ειδικό λήφθηκαν με άμεση σύγκριση του επιφανειακού επιθηλίου των ωοθηκών από ανώριμα ποντίκια και ποντίκια θανατώθηκαν σε proestrus βράδυ (2200 h) και το πρωί του οίστρου (1000 h) [13].

γονιδιακής έκφρασης καρκίνος των ωοθηκών προφίλ συστοιχία

Για την ταυτοποίηση γονιδίων που ρυθμίζονται κατά τη διάρκεια του κύκλου οίστρου που εκφράζονται σε ανθρώπινο καρκίνωμα ωοθηκών, συγκρίναμε την ωορρηξία που σχετίζονται μας γονίδιο υπογραφή [13] με τη δική μας δημοσιευθεί προφίλ γονιδιακής έκφρασης του καρκίνου των ωοθηκών [14] – [ ,,,0],16], καθώς και εκείνων που προέρχονται από άλλα επιλεγμένα δημοσιευμένες μελέτες [17], [18]. Εξετάσαμε δημοσιευμένες μελέτες για μεγάλης κλίμακας προφίλ γονιδιακής έκφρασης των δειγμάτων καρκίνου των ωοθηκών δημοσιευθεί μέχρι τον Αύγουστο του 2009 χρησιμοποιώντας PubMed (https://www.pubmed.com), και επέλεξε ένα υποσύνολο των μελετών με βάση τον αριθμό και το ιστολογικό υπότυπο του καρκίνου των ωοθηκών περιπτώσεις (ορώδες καρκίνος ήταν προτιμητέα), ομοιότητα της πλατφόρμας μικροσυστοιχίες μπορούν να χρησιμοποιηθούν και η ομοιότητα της κανονικής αναφοράς (επιφανειακό επιθήλιο των ωοθηκών προτιμήθηκε σε όλο ωοθηκών ή κυτταρικές σειρές). Μελέτες που δεν δημοσιεύουν μοναδικά αναγνωριστικά γονίδιο ή τα οποία αναλύθηκαν κυτταρικές σειρές αποκλείστηκαν.

Όλα τα επιλεγμένα σύνολα δεδομένων που αναφέρονται γονίδια που εκφράζονται διαφορικά σε σύγκριση με μια κανονική αναφοράς εκτός από Tothill et al. [16]. Προσδιορίσαμε τα γονίδια εκφράζονται διαφορικά σε περιπτώσεις καρκίνου των ωοθηκών εξετάστηκαν Tothill et al. [16] με τη σύγκριση των προφίλ έκφρασης με στοιχεία από βουρτσίσματα επιθήλιο επιφάνεια των ωοθηκών συγκεντρώθηκαν από δέκα ασθενείς που δημιουργούνται στην ίδια πλατφόρμα συστοιχία [14]. δεδομένων Array και από τις δύο ομάδες ήταν RMA ομαλοποιήθηκε μαζί με το πακέτο R «Affy». Γονίδια που εκφράζονται διαφορικά μεταξύ του καρκίνου των ωοθηκών και της κανονικής προσδιορίστηκαν χρησιμοποιώντας ανάλυση σημασία των μικροσυστοιχιών [19], όπου όλοι οι ανιχνευτές με τιμή Q & lt? Επιλέχθηκαν 2 ως διαφορικά εκφραζόμενα γονίδια? 5% και φορές αλλαγή & gt. Γονίδια που χαρακτηρίζονται ως «απορυθμισμένη» στον καρκίνο των ωοθηκών, αν πληρούνται τα παραπάνω κριτήρια.

Σύγκριση του μυϊκού επιφανειακό επιθήλιο των ωοθηκών και της έκφρασης του γονιδίου του καρκίνου των ωοθηκών ανθρώπινο προφίλ

Ανθρώπινο ορθόλογα των 905 ποντικού γονίδια που βρέθηκαν να εκφράζονται διαφορικά σε επιφανειακό επιθήλιο των ωοθηκών κατά τη διάρκεια του κύκλου οίστρου [13] ταυτοποιήθηκαν χρησιμοποιώντας τον κατάλογο των ορθόλογων γονιδίων ποντικού-ανθρώπου διαθέσιμη από τη βάση δεδομένων Mouse Genome Πληροφορικής (https://www.informatics.jax.org? προσπελαστεί Sept 2009) . Γονίδια που ρυθμίζονται κατά τη διάρκεια του οίστρου του κύκλου που επίσης απορυθμίζεται στον καρκίνο των ωοθηκών στη συνέχεια προσδιορίζονται από ταιριάζουν Εηίτεζ Gene αναγνωριστικά και όλα τα σύμβολα γονιδίου μετατρέπεται σε HUGO σύμβολα ονοματολογία γονίδιο. τελικός κατάλογος περιελάμβανε τα γονίδια μας που ρυθμίζονταν κατά τη διάρκεια του κύκλου οίστρου και φαίνεται να απορυθμίζεται σε καρκίνο των ωοθηκών σε σύγκριση με την κανονική σε τουλάχιστον ένα σύνολο δεδομένων καρκίνου των ωοθηκών.

Pathway και γονίδιο οντολογία ανάλυση

λογισμικό

MetaCore (Αγίου Ιωσήφ, MI, USA) χρησιμοποιήθηκε για τον προσδιορισμό των κυτταρικών οδών που εμπλέκονται με γονίδια που ρυθμίζονται στο οίστρου κύκλου και απορυθμίζεται στον καρκίνο των ωοθηκών και να εξετάσει κατά πόσον γονίδιο οντολογίες ήταν στατιστικά υπερ-εκπροσωπούνται σε αυτά τα σύνολα γονιδίων.

δείγματα ιστών του ασθενούς

Λεπτομέρειες της κλάσης ασθενής μπορεί να βρεθεί στον πίνακα 1. Cohort 1 αποτελούνταν από τομές παραφίνης δείγματα ιστού φορμόλη σταθερό: i) ορώδες καρκίνου των ωοθηκών από την προηγούμενη θεραπεία (n = 20), ii) κανονική ωοθήκη (n = 10) και που ταιριάζουν στις σάλπιγγες (n = 9) από ασθενείς που είχαν υποβληθεί σε προφυλακτική σαλπιγγοωοθηκεκτομή βασίζεται σε ένα ισχυρό οικογενειακό ιστορικό (n = 6) ή οι οποίοι υποβλήθηκαν σε χειρουργική επέμβαση για άλλες μη κακοήθεις γυναικολογικές παθήσεις (n = 4), συμπεριλαμβανομένων των ετερόπλευρη καλοήθεις όγκους των ωοθηκών σε δύο περιπτώσεις. Cohort 2 αποτελείται 96 περιπτώσεις ορώδες καρκίνου των ωοθηκών με ορώδες ιστό των ωοθηκών όγκου εκπροσωπούνται σε μικροσυστοιχίες ιστού που περιλάμβανε πέντε περιπτώσεις από την ομάδα 1. Η ιστοπαθολογία των αντιπροσωπευτικών τμημάτων από όλες τις περιπτώσεις εξετάστηκε από έμπειρους παθολόγους (RS και RB) για να επιβεβαιώσει τη διάγνωση, ιστολογική υποτύπου και στον βαθμό οι περιπτώσεις καρκινώματος χρησιμοποιώντας τυποποιημένα κριτήρια [20], καθώς και για τον εντοπισμό περιοχών του όγκου για την κατασκευή της συστοιχίας ιστού. Πυρήνας βιοψίες (1 mm) από τομές παραφίνης περιοχών όγκων ενσωματωθούν σε ένα μικροσυστοιχία ιστού με 1,5 mm μεταξύ στηρίζονται σε κέντρα χρησιμοποιώντας μια χειροκίνητη arrayer (MTA-ΙΙ, Beecher Instruments, WI, USA). Κάθε περίπτωση εκπροσωπήθηκε κάποτε στη μικροσυστοιχία ιστό. Ένα τμήμα από το μικροσυστοιχιών ιστού βάφονται με αιματοξυλίνη και ηωσίνη για να επιβεβαιώσει την ενσωμάτωση του ιστού του όγκου σε κάθε πυρήνα και πυρήνες χωρίς όγκο αποκλείστηκαν από την ανάλυση.

Η

Κλινική Ορισμοί.

Χειρουργική στάσης αξιολογήθηκε σύμφωνα με τα Διεθνή Ομοσπονδία της κατάταξης Γυναικολογικής Ογκολόγοι. Επιβίωση χωρίς εξέλιξη ορίστηκε ως το χρονικό διάστημα μεταξύ της ημερομηνίας ιστολογική διάγνωση και η πρώτη επιβεβαιωμένη ένδειξη υποτροπής ή εξέλιξης της νόσου με βάση τους ορισμούς που αναπτύχθηκε από την Γυναικολογική Καρκίνος διακομματική ομάδα όπως περιγράφηκε προηγουμένως [21]. Στην πλειονότητα των περιπτώσεων η ημερομηνία της εξέλιξης ανατέθηκε με βάση κριτήρια CA125. Σε περιπτώσεις όπου CA125 δεν ήταν ένα δείκτη, ή την πρόοδο προηγηθεί μια αύξηση στην CA125, υποτροπή βασίστηκε στην απεικόνιση (εμφάνιση νέας βλάβης), ή, σε λίγες περιπτώσεις, η παγκόσμια επιδείνωση της κατάστασης της υγείας αποδίδεται στην ασθένεια. Η συνολική επιβίωση ήταν υπολογίζονται από την ημερομηνία της ιστολογικής διάγνωσης μέχρι την ημερομηνία του θανάτου και λογοκρίνονται σε τελευταία ημερομηνία επαφής εάν ο ασθενής να ήταν ζωντανός.

Η ανοσοϊστοχημεία

παραφίνη ενσωματωμένα τμήματα φορμόλη-σταθερό (3 μm) τοποθετήθηκαν σε πλακίδια μικροσκοπίου Superfrost Plus (Lomb Scientific, NSW, Australia) και ξηραίνεται στους 37 ° C για 1 ώρα. Οι τομές αποκηρωμένου σε histolene και επανυδατώθηκαν μέσω διαβαθμισμένης αιθανόλες, πριν ξεπλυθούν με νερό. Τα πλακίδια στη συνέχεια χρωματίζονται με το κατάλληλο αντίσωμα χρησιμοποιώντας το EnVision + HRP κιτ διπλής σύνδεσης (ϋΑΚΟ, Glostrup, Denmark), σύμφωνα με τις οδηγίες του κατασκευαστή. Εν συντομία, οι τομές υποβλήθηκαν σε ανάκτηση αντιγόνου με τη χρήση Target Ανάκτηση Solution (ϋΑΚΟ, Glostrup, Denmark) πριν από τη θεραπεία με 3% Η

2O

2 για 10 λεπτά. Μετά από διαδοχικές εκπλύσεις με νερό και PBS, οι τομές επωάστηκαν με πρωτογενές αντίσωμα αραιωμένο σε PBS /0.1% Tween-20 χρησιμοποιώντας τις αραιώσεις και συνθήκες επώασης υποδεικνύονται στον Πίνακα 2. Μετά το ξέπλυμα σε PBS /0.1% Tween-20 και PBS, οι τομές επωάστηκαν για 30 λεπτά σε θερμοκρασία δωματίου με το επισημασμένο διάλυμα πολυμερούς-HRP και στη συνέχεια ξεπλένονται, όπως τα προηγούμενα. Το δεσμευμένο αντίσωμα οπτικοποιήθηκε χρησιμοποιώντας διαμινο-βενζιδίνη (ϋΑΚΟ, Glostrup, Denmark) που παρασκευάζεται σύμφωνα με τις οδηγίες του κατασκευαστή. Τμήματα εκτέθηκαν σε διαμινο-βενζιδίνης για 1-2 λεπτά και η αντίδραση διεκόπη με νερό. Οι τομές επιχρωματίστηκαν με αιματοξυλίνη Harris (Amber Scientific, WA, Αυστραλία) πριν από την αφυδάτωση μέσω βαθμιδωτών αιθανολών. Τμήματα στέγνωσαν στον αέρα πριν από την εκκαθάριση με histolene και τοποθέτηση με Normount (Fronine, NSW, Αυστραλία). Για τον έλεγχο για μη ειδική χρώση, γειτονικά τμήματα βάφτηκαν ως ανωτέρω, χωρίς το πρωτεύον αντίσωμα.

Η

Εικόνα ανάλυση

χρωματισμένες τομές αναλύθηκαν χρησιμοποιώντας TissueMap (Definiens, Μόναχο, Γερμανία) . Εν συντομία, η επιφάνεια των ωοθηκών επιθήλιο και συμπερίληψη κύστεις σε κάθε τμήμα της κανονικής ωοθήκης ταυτοποιήθηκαν για ανάλυση. Ένας αλγόριθμος TissueMap ορίζονται από το χρήστη χρησιμοποιήθηκε για να ταυτοποιηθούν περιοχές του φαλλοπιανού επιθηλίου σωλήνα και καρκινικού ιστού με βάση την κυτταρική πυκνότητα. Προσδιόρισε περιοχές της επιφάνειας επιθηλίου των ωοθηκών, κύστες ένταξης, φαλλοπειά επιθήλιο του σωλήνα και του ιστού του όγκου αναλύθηκαν στη συνέχεια για την ένταση και την έκταση της χρώσης και histoscore υπολογίζεται ως εξής: (% έντονα χρωματισμένα κύτταρα χ 3) + (% μετρίως βαμμένα κύτταρα χ 2) + (% ασθενώς χρωσμένων κυττάρων χ 1) /100, έτσι ώστε τα σκορ μεταξύ 0 και 1 υποδεικνύεται ασθενής χρώση? 1 και 2 έδειξαν μέτρια χρώση? και 2 και 3 αναφέρεται ισχυρή χρώση.

Αναλύσεις αριθμού αντιγράφων εκτροπή και μετάλλαξη

σύγκριση γονίδια που ρυθμίζονται στο οίστρου κύκλου και απορυθμίζεται σε καρκίνο σε γονίδια που βρίσκονται σε περιοχές του αριθμού αντιγράφων εκτροπή (ΚΥΠΕ ) χρησιμοποιώντας δεδομένα από τον καρκίνο Genome Atlas (TCGA) (https://cancergenome.nih.gov) και μια μετα-ανάλυση ανάλυσης ΚΥΠΕ SNP που βασίζεται σε 398 πρωτογενή επιθηλιακά δείγματα καρκίνου των ωοθηκών [22]. Γονίδια εντός των περιοχών του κέρδους (log

2 αντίγραφο αναλογία αριθμού & gt? 0.3) ή απώλειας (log

2 αντίγραφο αναλογία αριθμό & lt? -0.3) Σε ποσοστό μεγαλύτερο από το 30% των δειγμάτων στους Γενικούς σύνολο δεδομένων είχαν κατεβάσει από τα δεδομένα TCGA πρόγραμμα περιήγησης (https://tcga-portal.nci.nih.gov/tcga-portal/AnomalySearch.html). Gorringe et al. [22] ανέφεραν γονίδια μέσα σε «κορυφή» των περιφερειών της αλλαγής του αριθμού αντιγράφων, όπως καθορίζεται από «Γονιδιωματική και προσδιορισμό των σημαντικών Στόχοι στον Καρκίνο» [23] σε ένα υποσύνολο των 240 δειγμάτων. «Κορυφές» αντιπροσωπεύουν στατιστικώς σημαντικές περιοχές ελάχιστο κέρδος ή ζημία, λαμβάνοντας υπόψη τόσο τη συχνότητα και το εύρος της αλλαγής αριθμού αντιγράφων, σε σύγκριση με το επιτόκιο που υπολογίζεται με εκτροπή φόντο. Γονίδια εντός των περιοχών του κέρδους (log

2 αντίγραφο αριθμό αναλογία & gt? 0.3) ή απώλειας (log

2 αντίγραφο αναλογία αριθμό & lt? -0.3). Σε περισσότερο από το 30% των δειγμάτων που αναφέρθηκαν επίσης

επίσης, σε σύγκριση με γονίδια που ρυθμίζονται στο οίστρου κύκλου και απορυθμίζεται σε καρκίνο σε γονίδια συχνά μεταλλάσσεται σε καρκίνο χρησιμοποιώντας δύο προηγουμένως δημοσιευθεί σύνολα δεδομένων [24], [25], καθώς και η κοσμική βάση δεδομένων (https://www.sanger.ac.uk /γενετική /ΑΕΔ /κοσμική). Futreal et al. [24] συντάξει έναν κατάλογο συναίνεση των γονιδίων στα οποία μεταλλάξεις συμβάλλουν στην ογκογένεση, ενώ Greenman et al. [25] προβληθεί 518 γονίδια πρωτεϊνικής κινάσης και προσδιορίζεται κατ ‘εκτίμηση 119 γονίδια με μεταλλάξεις «οδηγός».

Η στατιστική ανάλυση

Όλα τα δεδομένα αναλύθηκαν με τη χρήση του SPSS (έκδοση 16, SPSS, Inc) και 5% επίπεδο σημαντικότητας χρησιμοποιήθηκε σε όλη. Μια Chi-square test χρησιμοποιήθηκε για να προσδιοριστεί i) εάν υπήρχε σημαντική επικάλυψη στα γονίδια εκφράζονται διαφορικά σε ποντικού επιφάνεια των ωοθηκών επιθηλίου κατά τη διάρκεια του κύκλου οίστρου και τα γονίδια εκφράζονται διαφορικά σε επιθηλιακού καρκίνου των ωοθηκών σε σχέση με την κανονική, και ii) αν υπήρχε ένας συσχετισμός μεταξύ του αριθμού αντιγράφου γονιδίου εκτροπή και την κατεύθυνση της διαφορικής έκφρασης. Paired δίπλευρη t-tests χρησιμοποιήθηκαν για να συγκριθούν histoscores του επιφανειακού επιθηλίου των ωοθηκών, κύστες ένταξης και φαλλοπιανού επιθήλιο του σωλήνα ενώ μια μονόδρομη ανάλυση διακύμανσης με ελαχίστων τετραγώνων διαφορά post hoc ανάλυση χρησιμοποιήθηκε για συγκρίσεις με histoscores καρκίνο των ωοθηκών. Συσχετίσεις μεταξύ histoscores και χωρίς εξέλιξη ή τη συνολική επιβίωση προσδιορίστηκαν χρησιμοποιώντας καμπύλες Kaplan-Meier με δοκιμασία log-rank.

Αποτελέσματα

ωοθηκών έκφραση του γονιδίου του καρκίνου του προφίλ

Χρησιμοποιήσαμε πέντε στη διάθεση του κοινού σύνολα δεδομένων των ωοθηκών έκφραση του γονιδίου του καρκίνου στην ανάλυσή μας. Οι επιλεγμένες μελέτες ήταν είτε κυρίως ή αποκλειστικά ορώδες υπότυπο, με σχετικά μεγάλο αριθμό περιπτώσεων, όλα αναλύονται σε μια πλατφόρμα Affymetrix και οι περισσότεροι χρησιμοποιούν βουρτσίσματα των ωοθηκών επιφάνεια του επιθηλίου για σύγκριση της έκφρασης. Τα στοιχεία των δημοσιευμένων μελετών που προβλέπονται στον Πίνακα 3. Οι περιπτώσεις που αναλύθηκαν ήταν ως επί το πλείστον υψηλής ποιότητας, οι όγκοι προχωρημένο στάδιο και όπου είναι δυνατόν θα αποκλείονται δεδομένων από οριακά και μη ορώδες καρκίνωμα (Πίνακας 3). Εμείς περιλαμβάνονται αποτελέσματα που παρήχθησαν από Heinzelmann-Schwarz et al. [17] στην ανάλυσή μας, παρά το γεγονός ότι σε σύγκριση καρκινικού ιστού των ωοθηκών στην κανονική ολόκληρο ωοθήκες, αφού ενσωματωθούν τα αποτελέσματά τους με 13 άλλες δημοσιευμένες μελέτες έκφρασης του καρκίνου των ωοθηκών και τα αποτελέσματα αυτά είναι πιθανόν να αντιπροσωπεύουν γονίδια σταθερά υψηλή έκφραση στον καρκίνο των ωοθηκών. Σημαντικά, Lu et al. [18] και Heinzelmann-Schwarz et al. [17] μόνο αναφερθεί γονίδια που ρυθμίστηκαν προς τα πάνω σε καρκίνο των ωοθηκών η οποία εισήγαγε μια προκατάληψη σε αναλύσεις μας.

Η

Ο συνολικός αριθμός γονιδίων που εκφράζονται διαφορικά σε καρκίνο των ωοθηκών σε τουλάχιστον ένα από τα πέντε σύνολα δεδομένων ήταν 7285. Παρά τις παρόμοιες ομάδες και πλατφόρμες σειρά υπήρχε πολύ μικρή επικάλυψη μεταξύ των συνόλων δεδομένων – μόνο δύο γονίδια υπερεκφράζεται σε σύγκριση με την κανονική σε όλες τις πέντε μελέτες (

CD24

,

MAL2

) και μόνο 14 ήταν απορυθμίζεται σε τέσσερις από τις πέντε μελέτες (Πίνακας 4). Υπήρχαν 133 γονίδια που ρυθμίστηκαν προς τα κάτω σταθερά στις τρεις μελέτες που ανέφεραν αρνητική ρύθμιση. Τα 15 γονίδια με έκφραση η οποία ήταν χαμηλότερη στον καρκίνο των ωοθηκών σε σχέση με την κανονική φαίνονται στον Πίνακα 4.

Η

κύκλου οίστρου ρυθμιζόμενα γονίδια με παρεκκλίνουσα έκφραση σε αδενοκαρκίνωμα ωοθηκών

Προηγουμένως αναφέραμε παγκόσμια γονίδιο μεταβολές έκφραση σε καθαρούς πληθυσμούς κανονική επιφάνεια των ωοθηκών ποντικού επιθήλιο από ανώριμα ποντίκια (χαμηλά επίπεδα ορμονών), ποντίκια ποδηλασία σε proestrus βράδυ (υψηλά επίπεδα ορμονών μόλις πριν την ωορρηξία), ενώ στην οίστρου πρωί (χαμηλά επίπεδα ορμόνης αμέσως μετά την ωορρηξία) [13] . Βρήκαμε 905 γονιδίων που ρυθμίζονται, η πλειοψηφία (n = 502? 55%) που ρυθμίζεται σε proestrus βράδυ, λίγο πριν από την ωορρηξία, συν-περιστατικό με την αύξηση της ωορρηξίας ορμόνες [13]. Συγκρίναμε αυτή τη λίστα των 905 γονιδίων στα 7285 ανθρώπινη υποψήφια ωοθηκών καρκινικά γονίδια που επιλέγονται από τις πέντε δημοσιεύονται σύνολα δεδομένων. Συνολικά, 338 γονίδια που ρυθμίζονται κατά τη διάρκεια του κύκλου οίστρου είχαν απορρυθμισμένη σε ανθρώπινα δείγματα καρκίνου των ωοθηκών η οποία είναι μια σημαντικά μεγαλύτερη από ό, τι επικάλυψη θα αναμενόταν μόνο από την τύχη (ρ & lt? 0,0001, Chi square test). Δύο οίστρου ρυθμιζόμενα γονίδια,

EpCAM

και

KIAA0101

, ταυτοποιήθηκαν σε τέσσερις από τις πέντε που δημοσιεύθηκε σύνολα δεδομένων του καρκίνου των ωοθηκών και 25 γονιδίων ταυτοποιήθηκαν σε τρεις από τις πέντε ανθρώπινες μελέτες (Πίνακας 5), η πλειοψηφία που ρυθμισμένη προς τα πάνω σε καρκίνο. Σχεδόν το ήμισυ των επικαλυπτόμενων γονιδίων (11/27, 41%) έχουν ένα σημαντικό αριθμό (& gt? 5 δημοσιεύσεις) της προηγούμενης αναφορές στη βιβλιογραφία που εμπλέκουν έναν ρόλο στον καρκίνο των ωοθηκών, συμπεριλαμβανομένων των

NME1

, ενώ 13/27 , 48% αντιπροσωπεύουν νέα υποψήφιοι (Πίνακας 5).

η

Ανοσοϊστοχημική επικύρωση της έκφρασης σε καρκίνο των ωοθηκών και φυσιολογικούς ιστούς

Οκτώ υποψήφια γονίδια επελέγησαν από τον κατάλογο των 338 γονιδίων που ρυθμίζονται κατά τη διάρκεια της [22]. [25].