Αφηρημένο

Ιστορικό

Ο τύπος υποδοχέα φωσφατάση τυροσίνης πρωτεΐνης D (PTPRD) είναι ένα υποθετικό ογκοκατασταλτικό σε αρκετές καρκίνων, συμπεριλαμβανομένων κεφάλι και το ακανθοκυτταρικό καρκίνωμα τραχήλου (HNSCC). STAT3 είναι συχνά υπερδραστηριοποιημένο ογκογονίδιο σε HNSCC. Όπως STAT3 είναι ένα άμεσο υπόστρωμα της PTPRD, επιδιώξαμε να καθορίσουν τις γενετικές ή επιγενετικών αλλαγών του

PTPRD

που συμβάλλουν στην υπερδραστήρια STAT3 στο HNSCC.

Μέθοδοι

Αναλύσαμε τα δεδομένα από τον καρκίνο Genome Atlas (TCGA) και προηγούμενη μελέτη μας αλληλούχιση ολόκληρου exome και συνόψισε την μετάλλαξη, μεθυλίωση, και αντιγράψτε το καθεστώς αριθμό

PTPRD

σε HNSCC και άλλους καρκίνους.

In vitro

μελέτες συμμετείχαν πρότυπο επιμόλυνσης και πρωτόκολλα ΜΤΤ, καθώς και μεθυλίωσης-ειδική PCR.

Αποτελέσματα

Τα ευρήματά μας δείχνουν ότι

PTPRD

μετάλλαξη, αντί μεθυλίωση ή αριθμού αντιγράφων αλλοίωση, είναι ο πρωταρχικός μηχανισμός με τον οποίο η λειτουργία PTPRD χάνεται στα HNSCC. Έχουμε αποδείξει ότι η υπερέκφραση του άγριου τύπου σε κύτταρα PTPRD HNSCC αναστέλλει σημαντικά την ανάπτυξη και την ενεργοποίηση STAT3 ενώ PTPRD μεταλλάκτες δεν, υποδηλώνοντας ότι η μετάλλαξη μπορεί να οδηγήσει σε απώλεια της λειτουργίας και την επακόλουθη υπερ-φωσφορυλίωση των υποστρωμάτων PTPRD, ειδικά STAT3. Είναι σημαντικό, διαπιστώσαμε ότι τα κύτταρα HNSCC φιλοξενούν ένα ενδογενές

PTPRD

μετάλλαξη είναι πιο ευαίσθητα σε αποκλεισμό STAT3 από το

PTPRD

κύτταρα άγριου τύπου. Εμείς επιπλέον διαπίστωσε ότι το

PTPRD

έκφραση mRNA δεν συσχετίζεται με την έκφραση pSTAT3, γεγονός που υποδηλώνει ότι οι μεταβολές που εκδηλώνονται μέσω αλλοιωμένη έκφραση mRNA, συμπεριλαμβανομένων υπερμεθυλίωση και γονιδιακή αριθμού αντιγράφων αλλαγές, δεν συμβάλλουν σημαντικά στην STAT3 υπερενεργοποίηση σε HNSCC.

Συμπέρασμα

PTPRD

μετάλλαξη, αλλά δεν μεθυλίωση ή να αντιγράψετε απώλεια αριθμό, μπορεί να χρησιμεύσει ως προγνωστικό βιοδείκτη της ευαισθησίας σε αναστολείς STAT3 στο HNSCC

Αιτιολογική αναφορά.: Peyser ΝΔ, Du Υ, Li H, Lui V, Xiao Χ, Chan ΤΑ, et al. (2015) Απώλεια-of-Function

PTPRD

Μεταλλάξεις οδηγήσει σε αύξηση της STAT3 ενεργοποίηση και την ευαισθησία στην STAT3 Αναστολή σε καρκίνο κεφαλής και τραχήλου. PLoS ONE 10 (8): e0135750. doi: 10.1371 /journal.pone.0135750

Επιμέλεια: Qian Τάο, το Κινεζικό Πανεπιστήμιο του Χονγκ Κονγκ, Χονγκ Κονγκ

Ελήφθη: 26 Μάρ, 2015? Αποδεκτές: 25 Ιουλίου του 2015? Δημοσιεύθηκε: 12 Αυγούστου 2015

Copyright: © 2015 Peyser et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Δεδομένα Διαθεσιμότητα: Γονιδιωματική και πρωτεομική στοιχεία είναι διαθέσιμα από τον καρκίνο Genome Atlas (https://tcga-data.nci.nih.gov/tcga/dataAccessMatrix.htm) και το The Cancer Proteome Atlas (https://app1.bioinformatics.mdanderson.org/tcpa/_design /basic/index.html)

χρηματοδότηση:. η εργασία αυτή χρηματοδοτήθηκε από το Εθνικό Ινστιτούτο Υγείας (www.nih.gov) χρηματοδότηση P50CA097190 και R01CA77308 να JRG, και F31DE024007 να NDP, η αμερικανική Εταιρεία Καρκίνου (www .cancer.org) να JRG, η υποτροφία του Συμβουλίου της Κίνας (https://en.csc.edu.cn) να YD, και το Γενικό Ταμείο Έρευνας από το Grant Συμβούλιο Έρευνας του Χονγκ Κονγκ (http: //www.ugc. edu.hk/) 17114814 και σπόρων χρηματοδότηση της βασικής έρευνας σε VL

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

φωσφατάση πρωτεΐνης τυροσίνης υποδοχέα τύπου D (PTPRD) είναι ένα μέλος της οικογένειας υποδοχέα τύπου φωσφατάσης τυροσίνης πρωτεΐνης (PTPR). PTPRs είναι μεμβράνη αναπόσπαστο ένζυμα που καταλύουν την απομάκρυνση των φωσφορικών ομάδων από συγκεκριμένες πρωτεΐνες, επηρεάζοντας έτσι την κυτταρική σηματοδότηση. Απορύθμιση των PTPR σηματοδότησης με γενετική ή /και επιγενετικών μηχανισμών μπορεί εν τέλει να οδηγήσει σε καρκινικό φαινότυπο. [1] Αρκετά μέλη της οικογένειας PTPR, συμπεριλαμβανομένων PTPRD, έχουν αναφερθεί να λειτουργεί ως καταστολείς όγκων όπου η απώλεια της λειτουργίας μεταβολές μπορεί να οδηγήσουν την ανάπτυξη του όγκου. [2,3] γενετικά γεγονότα συμπεριλαμβανομένων μετάλλαξης, διαγραφής γονιδίων ή επιγενετική αποσιώπηση μπορεί να οδηγήσει σε μειωμένη δραστηριότητα φωσφατάσης του PTPRs και ενισχυμένη ογκογόνο σηματοδότηση. [1]

Έχουμε αναφερθεί πρόσφατα την αθροιστική προφίλ μετάλλαξη του

PTPR

οικογένεια γονιδίων στον καρκίνο, με εστίαση σε

PTPRT

μετάλλαξη που οδηγεί σε ενεργοποίηση STAT3 στο κεφάλι και το λαιμό πλακώδους καρκίνωμα (HNSCC). [4] Η ανάλυσή μας έδειξε ότι το 15 στερεά τύπους όγκων έτρεφε μεταλλάξεις τουλάχιστον ενός

PTPR

γονίδιο.

PTPRD

είναι ένα από τα πιο συχνά μεταλλαγμένο

PTPR

μέλη της οικογένειας στην HNSCC, και PTPRD έχει αναφερθεί να λειτουργεί ως καταστολέας όγκων σε αυτή την κακοήθεια. [5]

PTPRD

επίσης μεταλλαγμένο, διαγραφεί, ή υπερ-μεθυλιωμένη σε γλοιοβλάστωμα (GBM), ενώ το γονίδιο είναι μη μεθυλιωμένο και εκφράζεται σε φυσιολογικό ιστό εγκεφάλου. [6] Επίσης,

PTPRD

μεταλλάξεις βρέθηκαν να σχετίζονται με αυξημένη έκφραση του φωσφορυλιωμένου STAT3, άμεσο υπόστρωμα PTPRD, σε GBM. Εκτός από την GBM, 13% και 25% των όγκων HNSCC αναλύονται στην ανωτέρω μελέτη harbored

PTPRD

μετάλλαξη ή υποκινητή μεθυλίωση, αντίστοιχα. Ομόζυγη διαγραφή του

PTPRD

έχει επιπλέον αναφερθεί στον καρκίνο του λάρυγγα, γεγονός που υποδηλώνει ότι οι γενετικές ανωμαλίες που επηρεάζουν τη λειτουργία PTPRD μπορεί να είναι μια κοινή εκδήλωση σε πολλές μορφές καρκίνου. [5]

Αυτά τα σωρευτικά τα ευρήματα μας οδήγησε να υποθέσουμε ότι οι γενετικές ή /και επιγενετική μεταβολή του

PTPRD

μπορεί να συμβάλει στην ενίσχυση της σηματοδότησης και της ανάπτυξης στην HNSCC όπου τα βασικά συστατικά του μονοπατιού μπορεί να χρησιμεύσει ως εύλογο θεραπευτικοί στόχοι. Εδώ, θα συνοψίσει τη γενετική και επιγενετική προφίλ του

PTPRD

στο HNSCC από τον καρκίνο Genome Atlas (TCGA) και προηγούμενη μελέτη μας μετάλλαξης του τοπίου HNSCC. [7] Στη συνέχεια εξετάστηκαν οι συνέπειες της

PTPRD

αλλοιώσεις βρέθηκαν σε ανθρώπινους όγκους HNSCC στο σχετικό προκλινικά μοντέλα για την εκτίμηση δραστηριότητα STAT3 και την ευαισθησία στην αναστολή STAT3.

Υλικά και Μέθοδοι

κυτταρικής καλλιέργειας, φαρμακευτική αγωγή, και επιμόλυνση

Όλες οι κυτταρικές σειρές HNSCC είχαν γονοτυπικά επαληθεύονται όπως περιγράφηκε προηγουμένως. [4] κύτταρα Cal27 ελήφθησαν από την ATCC (Manassas, VA). ΡΕ /CA-PJ34clone12 και ΡΕ /CA-PJ49 κύτταρα ελήφθησαν από την Sigma-Aldrich (St. Louis, ΜΟ). 686LN κύτταρα ελήφθησαν από τη Γεωργία Chen στο MD Anderson Cancer Center (Houston, TX). κύτταρα Cal27 καλλιεργήθηκαν σε Dulbecco τροποποιημένο μέσο Eagle (DMEM) (Mediatech, Inc., Manassas, VA) συμπληρωμένο με 10% ορό εμβρύου βοός (FBS) (Gemini Bio-Products, West Sacramento, CA). 686LN κύτταρα καλλιεργήθηκαν σε DMEM /F12 (Life Technologies, Grand Island, ΝΥ) συμπληρωμένο με 10% FBS. ΡΕ /CA-PJ34clone12 και ΡΕ /CA-PJ49 καλλιεργήθηκαν σε Τροποποίηση του Iscove ϋΜΕΜ (Mediatech Inc., Manassas, VA) συμπληρωμένο με 10% FBS και 2 mM Ε-γλουταμίνη (Life Technologies, Grand Island, ΝΥ). Όλα τα κύτταρα διατηρήθηκαν σε έναν επωαστήρα στους 37 ° C και 5% CO

2. JSI-124 (Calbiochem, Billerica, ΜΑ) διαλύθηκε σε DMSO. Η επιμόλυνση πραγματοποιήθηκε με Lipofectamine 2000 (Life Technologies, Grand Island, ΝΥ) ή FuGENE HD (Promega Corporation, Madison, WI) σύμφωνα με τις οδηγίες του κατασκευαστή με 4 μg DNA αραιώνονται σε Opti-ΜΕΜ (Life Technologies, Grand Island, ΝΥ).

τοπο-κατευθυνόμενη μεταλλαξιγένεση

PTPRD

μεταλλάξεις (K1502M, S384R, T1100M και L1147F) παρήχθησαν από το πλασμίδιο άγριου τύπου χρησιμοποιώντας την κατευθυνόμενη σε θέση κιτ μεταλλαξιγένεσης Phusion ( Thermo Fisher Scientific, Waltham, ΜΑ) ακολουθώντας το πρωτόκολλο του κατασκευαστή και επιβεβαιώθηκε με προσδιορισμό της αλληλουχίας του Sanger. Πλασμίδιο ενισχύσεις πραγματοποιήθηκαν με τη χρήση του ΟΙΑρΓβρ Spin Miniprep κιτ (Qiagen, Hilden, Γερμανία) ή ο τυφώνας Maxi Prep Kit (GerardBIOTECH, Oxford, ΟΗ) σύμφωνα με τις οδηγίες του κατασκευαστή.

Ανοσοαποτύπωσης

Πρωτοβάθμια αντισώματα για pSTAT3 (Y705) και STAT3 ελήφθησαν από την Cell Signaling Technology (Danvers, ΜΑ). β-τουμπουλίνης πρωτογενές αντίσωμα αγοράστηκε από την Abcam (Cambridge, ΜΑ). Δευτερεύοντα αντισώματα αγοράστηκαν από την BioRad (Hercules, CA). Οι κηλίδες ποσοτικοποιήθηκαν με πυκνομετρία χρησιμοποιώντας λογισμικό ImageJ.

ΜΤΤ δοκιμασία

προσδιορισμοί ΜΤΤ πραγματοποιήθηκαν μέσω επώασης κυττάρων σε 5 mg /ml 3- [4,5-διμεθυλθειαζολ-2-υλ] -2 , 5 διφαινυλ τετραζολίου σε PBS σε επί 30 λεπτά στους 37 ° C και

2 5% CO. Μετά την επώαση, το διάλυμα αναρροφήθηκε και αντικαταστάθηκε με DMSO. Απορρόφηση αυτού του διαλύματος μετρήθηκε στα 570 nm σε φασματοφωτόμετρο.

μεθυλίωσης-ειδική PCR

όγκου και φυσιολογικό ιστό ελήφθησαν υπό την αιγίδα του Institutional Review Board-εγκεκριμένο πρωτόκολλο του Πανεπιστημίου της Πίτσμπουργκ. DNA απομονώθηκε από σταθεροποιημένο με φορμαλίνη ιστού ενσωματωμένα σε παραφίνη χρησιμοποιώντας το QIAamp DNA FFPE Kit ιστών, και κυτταρική γραμμή ϋΝΑ απομόνωση χρησιμοποιώντας το QIAamp DNA Mini Kit. Μετατροπή διθειώδους εκτελέστηκε χρησιμοποιώντας το EpiTect Bisulfite Kit και μεθυλίωσης αλυσιδωτή αντίδραση πολυμεράσης-ειδική (MSP) χρησιμοποιώντας EpiTect MSP κιτ. Όλα τα κιτ χρησιμοποιήθηκαν σύμφωνα με τις οδηγίες του κατασκευαστή (Qiagen, Hilden, Germany). MSP εκκινητές σχεδιάστηκαν χρησιμοποιώντας το λογισμικό MethPrimer. [8] Για μεθυλίωση, οι εμπρός και πίσω αλληλουχίες εκκινητή ήταν GTTTTATTTTGGATTTTTGGAATC και TACCTAACGCGACCTAAACG, αντίστοιχα. Για unmethylation, οι εμπρός και πίσω αλληλουχίες εκκινητή ήταν TATTTTGGATTTTTGGAATTGT και AACTACCTAACACAACCTAAACAAA, αντίστοιχα. Οι εκκινητές ήταν ειδικά για την προοριζόμενη κατάστασης μεθυλίωσης όπως προσδιορίζεται με τη χρήση του EpiTect ελέγχου DNA Set (Qiagen, Hilden, Germany).

Δεδομένα λήψη και ανάλυση

Mutation, αριθμό αντιγράφων αλλοίωση, και RNA-Seq δεδομένα συγκεντρώνονται από την cBio Πύλη [9,10] και δημοσιεύονται εκθέσεις. [6,7,9] δεδομένα μεθυλίωσης του DNA αποκτήθηκαν μέσω της μήτρας TCGA δεδομένων (https://tcga-data.nci.nih.gov/tcga/dataAccessMatrix.htm). Αλληλουχίες ϋΝΑ και πρωτείνης και επισημειώσεις τομέα ελήφθησαν από το National Center for Biotechnology Information (https://www.ncbi.nlm.nih.gov). δεδομένων δέσμης πρωτεΐνης ανάστροφης φάσης ελήφθησαν από τον καρκίνο Proteome Atlas (https://app1.bioinformatics.mdanderson.org/tcpa/_design/basic/index.html). Στατιστική δοκιμές πραγματοποιήθηκαν με τη χρήση GraphPad Prism 5 λογισμικού (GraphPad, La Jolla, CA).

αποκλεισμό trypan blue

ΡΕ /κύτταρα CA-PJ34clone12 απλώθηκαν σε πλάκες 6-φρεατίων στα 100.000 κύτταρα ανά Λοιπόν. Μετά από 24 ώρες, τα κύτταρα επιμολύνθηκαν με φορέα ελέγχου, άγριου τύπου PTPRD, ή μεταλλάξεις PTPRD εις τριπλούν χρησιμοποιώντας 4 μg DNA πλασμιδίου, 12 μί FuGENE HD (Promega Corporation, Madison, WI), και 200 ​​μι Opti-ΜΕΜ (Life Technologies , Grand Island, ΝΥ) ανά φρεάτιο προστίθενται απευθείας στα φρεάτια που περιέχουν 3 mL πλήρους μέσου. Μετά από 72 ώρες, τα κύτταρα θρυψινοποιήθηκαν και επαναιωρήθηκαν σε PBS που περιέχει 0,2% trypan blue (ΜΡ Biomedicals, LLC, Santa Ana, CA). Κάθε αιώρημα κυττάρων μετρήθηκε σε τέσσερα πεδία σε ένα αιματοκυτταρόμετρο και ο μέσος όρος χρησιμοποιήθηκε για τον υπολογισμό του συνολικού αριθμού των κυττάρων που υπάρχουν.

Αποτελέσματα

μεταλλάξεις PTPRD συμβαίνουν συχνά σε HNSCC και άλλους καρκίνους

σωματικών μετάλλαξη είναι μια κοινή εκδήλωση που οδηγεί σε αλλαγμένο γονίδιο και τη λειτουργία της πρωτεΐνης στον καρκίνο. Δεκαοκτώ μη συνώνυμες

PTPRD

μεταλλάξεις έχουν ταυτοποιηθεί μέχρι σήμερα σε όγκους HNSCC. [6,7,9,10] Αυτές οι μεταλλάξεις φαίνεται διάσπαρτα σε όλη την αλληλουχία του γονιδίου και της πρωτεΐνης. (Σχήμα 1Α) Όλα είναι μη επαναλαμβανόμενα, με το καθένα να συμβεί σε ένα ενιαίο όγκο HNSCC, γεγονός που υποδηλώνει ότι αυτά είναι πιθανό να είναι η απώλεια-του-λειτουργία μεταλλάξεων. Από αυτά τα 18 μεταλλάξεις, 12 συμβαίνουν στην εξωκυτταρική περιοχή, 1 εντοπίζεται στην καταλυτική περιοχή, και 5 είναι στην διαμεμβρανική περιοχή όπου έχει εντοπιστεί κανένα συντηρημένη περιοχή. Εκτός από HNSCC,

PTPRD

μεταλλάξεις παρατηρούνται επίσης ευρέως σε άλλους τύπους καρκίνου. (Σχήμα 1Β) στη συλλογή του Καρκίνου Γονιδιώματος Atlas (TCGA),

PTPRD

είναι πιο συχνά μεταλλάσσεται σε δερματικό μελάνωμα (59/344 περιπτώσεις, 17,2%), ακολουθούμενη από αδενοκαρκίνωμα του πνεύμονα (33/230 περιπτώσεις, 14,3% ), και το αδενοκαρκίνωμα στομάχου (30/289 περιπτώσεις, 10,4%). [9,10] Όπως και στην HNSCC,

PTPRD

μεταλλάξεις σε αυτούς τους καρκίνους δεν φαίνεται να συγκεντρώνονται σε περιοχές hotspot ή κατάλοιπα, γεγονός που υποδηλώνει ότι η απώλεια της λειτουργίας PTPRD με σωματική μετάλλαξη είναι μια κοινή εκδήλωση σε πολλές τοποθεσίες του καρκίνου.

(Α) Εντοπισμός των PTPRD μεταλλάξεων της πρωτεΐνης αναφέρονται σε όγκους HNSCC. Κόκκινο: TCGA όγκους [9,10]? Πράσινο: από [6]? Μπλε: από [7]. IG, ανοσοσφαιρίνη? IG2, Δεύτερη ανοσοσφαιρίνη (Ig) περιοχή της φωσφατάσης πρωτεΐνης υποδοχέα τυροσίνης (ΚΡΤΡ) -F? FN3, φιμπρονεκτίνης τύπου 3 τομείς? ΡΤ-ρΟ, πρωτεΐνη φωσφατάσης τυροσίνης, καταλυτική περιοχή. (Β) Συχνότητα

PTPRD

μεταλλάξεις στους ανθρώπινους καρκίνους όπως προσδιορίζεται με TCGA, με HNSCC εμφανίζεται με κόκκινο χρώμα.

Η

Το μόνο μετάλλαξη ανιχνεύτηκε σε HNSCC που έχει προηγουμένως αναγνωριστεί σε άλλη καρκίνο είναι T1100M, η οποία αναφέρθηκε σε χρόνια λεμφοκυτταρική λευχαιμία. [11] Είναι ενδιαφέρον ότι, πολλές άλλες θέσεις μετάλλαξης βρέθηκαν σε HNSCC έχουν διαφορετική υποκατάσταση αμινοξέος που αναφέρθηκαν σε άλλους καρκίνους. Για παράδειγμα, ενώ K204E παρατηρείται σε HNSCC, K204Q έχει αναφερθεί σε καρκίνο του οισοφάγου. [12] Επιπλέον, η αναθεώρηση της κοσμικής βάσης δεδομένων (https://cancer.sanger.ac.uk/cancergenome/projects/cosmic/) καταδεικνύει την ανίχνευση του L503V σε καρκίνο του ήπατος (σε σύγκριση με L503I στην HNSCC) και L1036M στο παχύ έντερο αδενοκαρκίνωμα (σε σύγκριση με L1036P στην HNSCC). Ding

et al

επιπλέον ανέφεραν μια μετάλλαξη σε αυτό το site (L1036Q) στο αδενοκαρκίνωμα του πνεύμονα. [13] Είναι ενδιαφέρον ότι, ενώ K1502M είναι το μόνο καταλυτικό μετάλλαξη τομέα αναγνωριστεί μέχρι σήμερα στην HNSCC, TCGA εντόπισε K1502 * ανοησία μετάλλαξη στο αδενοκαρκίνωμα του πνεύμονα. Μαζί, αυτά τα ευρήματα δείχνουν ότι ενώ το συγκεκριμένο

PTPRD

μεταλλάξεις που βρέθηκε μέχρι σήμερα στην HNSCC είναι μοναδικά, οι θέσεις αμινοξέων στην οποία συμβαίνουν μπορεί να αντιπροσωπεύουν σημαντικό υπολείμματα που είναι επιρρεπή σε γενετικές αλλοιώσεις. Πράγματι, η ανάλυση πολλαπλής ευθυγράμμισης αλληλουχίας δείχνει ότι αυτά τα υπολείμματα είναι εξαιρετικά διατηρημένες μεταξύ των ειδών, γεγονός που υποδηλώνει ότι μπορεί να έχουν ένα κρίσιμο ρόλο στη σωστή λειτουργία PTPRD (ανάλυση δεν φαίνεται).

HNSCC προερχόμενο μεταλλάκτες PTPRD οδηγήσει σε αυξημένη κυτταρική ανάπτυξη

PTPRD έχει αναφερθεί για να χρησιμεύσει ως καταστολέας όγκων σε καρκίνο του ανθρώπου. [3,5,6] Για τον προσδιορισμό των λειτουργικών συνεπειών του

PTPRD

μετάλλαξη στο HNSCC, δημιουργήσαμε πολλές αντιπροσωπευτικές HNSCC προερχόμενων μεταλλάκτες PTPRD με κατευθυνόμενη μεταλλαξιγένεση, μεταξύ των οποίων μία μετάλλαξη στο εξωκυτταρικό πεδίο (S384R), μία στην καταλυτική περιοχή (K1502M), και δύο στην διαμεμβρανική περιοχή (T1100M και L1147F). Παροδική υπερέκφραση αυτών των κατασκευασμάτων σε ένα HNSCC κυτταρική γραμμή χωρίς ενδογενή

PTPR

οικογένεια μεταλλάξεις (ΡΕ /CA-PJ34clone12) αποκάλυψε ότι όλα τα μεταλλάγματα PTPRD δοκιμάστηκαν οδήγησε σε αύξηση της ανάπτυξης, όπως προσδιορίζεται με ΜΤΤ δοκιμασία σε σχέση προς άγριου PTPRD -τύπου-επιμολυσμένα κύτταρα. (Σχήμα 2Α) αποτελέσματα της ανάλυσης ΜΤΤ επιβεβαιώθηκαν περαιτέρω με αντιπροσωπευτικές μεταλλάγματα με δοκιμασία εξαίρεσης κυανούν τρυπανίου σε κύτταρα ΡΕ /CA-PJ34clone12 (Σχήμα 2Β). Συλλογικά, αυτά τα αποτελέσματα δείχνουν ότι

PTPRD

μεταλλάξεις αδρανοποιήσουν τη λειτουργία καταστολής όγκου των PTPRD ανεξάρτητα από τον εντοπισμό τους σε ολόκληρη την γονιδίου, οδηγώντας σε αυξημένη ανάπτυξη /πολλαπλασιασμό των κυττάρων HNSCC.

(Α) Η ανάπτυξη των κυττάρων εκτιμήθηκε με ανάλυση ΜΤΤ 48 ώρες μετά την διαμόλυνση και ομαλοποιήθηκε ως προς τους ελέγχους φορέα-επιμολυσμένα. Μονόδρομη ANOVA P = 0.0007. Απεικονίζονται οι τιμές Ρ αντιπροσωπεύουν τα αποτελέσματα των κατά ζεύγη αμφίπλευρη αταίριαστα t τεστ. Το πείραμα διεξήχθη τρεις φορές με παρόμοια αποτελέσματα. πολλαπλασιασμό (Β) κυττάρων εκτιμήθηκε με δοκιμασία εξαίρεσης κυανούν τρυπανίου 72 ώρες μετά την επιμόλυνση. Μονόδρομη ANOVA P & lt? 0.0001. Απεικονίζονται οι τιμές Ρ αντιπροσωπεύουν τα αποτελέσματα των κατά ζεύγη αμφίπλευρη αταίριαστα t τεστ.

Η

μετάλλαξη PTPRD συνδέεται με αυξημένη έκφραση pSTAT3

STAT3 είναι υπερ-ενεργοποιείται με συστατική φωσφορυλίωση της τυροσίνης 705 ( Y705) σε πολλούς τύπους καρκίνου, συμπεριλαμβανομένου HNSCC. [14,15] Σημαντικά, pSTAT3 (Y705) είναι μία γνωστή άμεση υπόστρωμα του PTPRD. [6] Για να προσδιοριστεί η επίδραση του

PTPRD

μετάλλαξη σε φωσφορυλίωση STAT3 στο HNSCC, εξετάσαμε πρώτα 200 όγκους HNSCC τόσο με όλη την αλληλούχιση exome και RPPA αναλύσεις που εκτελούνται από TCGA και το The Cancer Proteome Atlas (TCPA). όγκοι HNSCC με μη-συνώνυμη

PTPRD

μεταλλάξεις εκφράζουν σημαντικά υψηλότερα επίπεδα pSTAT3 (Y705) σε σχέση με τους όγκους με άγριου τύπου

PTPRD

(Σχήμα 3Α). Αξίζει να σημειωθεί ότι,

PTPRD

είναι το μόνο

PTPR

μέλος της οικογένειας για το οποίο παρατηρείται αυτή η συσχέτιση. Για να ελέγξετε τη σύνδεση μεταξύ του

PTPRD

μετάλλαξη και την έκφραση pSTAT3 άμεσα, μπορούμε επιμολυσμένα μια HNSCC κυτταρική γραμμή με γνωστές ενδογενείς

PTPRD

μετάλλαξη (Cal27 υπόθαλψη μετάλλαξη S387L) με άγριου τύπου

PTPRD

ή φορέα ελέγχου και διαπίστωσε ότι η υπερέκφραση του άγριου τύπου PTPRD οδηγεί σε σημαντικά μειωμένη έκφραση pSTAT3 (Ρ ≤ 0,05). (Σχήμα 3Β και 3C) Επιπλέον, η υπερέκφραση του μεταλλαγμένου PTPRD σε κύτταρα HNSCC χωρίς ενδογενή

PTPR

οικογένεια μεταλλάξεις (ΡΕ /CA-PJ34clone12) οδηγεί σε αυξημένη pSTAT3 (Y705) έκφρασης σε σχέση με τα κύτταρα άγριου τύπου που υπερεκφράζουν PTPRD σχεδόν όλες οι μεταλλάξεις που εξετάστηκαν. (Σχήμα 3D και 3Ε) Μαζί, αυτά τα αποτελέσματα καταδεικνύουν ότι

PTPRD

μετάλλαξη οδηγεί σε αυξημένη σηματοδότηση STAT3 σε κύτταρα HNSCC και όγκων.

(Α) όγκους HNSCC φιλοξενούν

PTPRD

μεταλλάξεις εκφράζουν αυξημένα pSTAT3 (Y705) σε σχέση με το

PTPRD

όγκους άγριου τύπου, όπως προσδιορίζεται με αλληλούχιση ολόκληρη exome και ποικιλία πρωτεϊνών ανάστροφης φάσης (RPPA). Δύο-tailed ζευγαρωμένο t τεστ. (Β) Η υπερέκφραση του άγριου τύπου PTPRD σε ένα

PTPRD

μεταλλαγμένου κυτταρική γραμμή (Cal27) οδηγεί σε μειωμένη pSTAT3 (Y705) έκφραση (Γ) Ο ποσοτικός προσδιορισμός της τρεις επαναληπτικές πειράματα όπως φαίνεται στο Β δίπλευρη unpaired t τεστ. (D)

PTPRD

-wild τύπου HNSCC κύτταρα (ΡΕ /CA-PJ34clone12) παροδικά υπερεκφράζουν μεταλλαγμένο PTPRD παρουσιάζουν αυξημένη pSTAT3 (Y705) έκφρασης σε σχέση με τα κύτταρα άγριου τύπου εκφράζουν. (Ε) Ο ποσοτικός προσδιορισμός της τρεις επαναληπτικές πειράματα όπως φαίνεται στο D. Δύο ουράς μη ζευγαρωμένο t τεστ.

Η

HNSCC κυττάρων με ενδογενή μετάλλαξη PTPRD είναι πιο ευαίσθητα στην αναστολή STAT3 μονοπάτι

Από

PTPRD

μεταλλάξεις αυξάνουν την ενεργοποίηση STAT3 στο HNSCC, είμαστε δίπλα προσπάθησε να καθορίσει εάν

PTPRD

μετάλλαξη οδηγεί σε αυξημένη ευαισθησία σε STAT3 αναστολή οδού. Για να ελέγξετε την υπόθεσή μας, χρησιμοποιήσαμε κύτταρα HNSCC που φιλοξενούν μια ενδογενή

PTPRD

μετάλλαξη (PE /CA-PJ49). Η θεραπεία με τον αναστολέα /STAT JAK JSI-124 οργιάζει ότι αυτά

PTPRD

μεταλλαγμένα κύτταρα παρουσιάζουν αυξημένη ευαισθησία σε σχέση με το

PTPR

κύτταρα οικογένεια άγριου τύπου (PE /CA-PJ34clone12), γεγονός που υποδηλώνει ότι

PTPRD

μετάλλαξη μπορεί να χρησιμεύσει ως προγνωστική βιοδείκτη για απόκριση σε αναστολείς STAT3 οδού (Εικόνα 4).

τα κύτταρα υποβλήθηκαν σε επεξεργασία με αυξανόμενες συγκεντρώσεις JSI-124 για 24 ώρες που ακολουθείται από ανάλυση ΜΤΤ. Το πείραμα εκτελέστηκε τρεις φορές με παρόμοια αποτελέσματα.

Η

έκφραση PTPRD mRNA δεν συσχετίζεται με την έκφραση pSTAT3

Ανάδοχος υπερμεθυλίωσης και γονίδιο απώλεια αριθμού αντιγράφων αντιπροσωπεύουν δύο επιπλέον μηχανισμούς που μπορεί να οδηγήσει σε απώλεια της λειτουργίας του

PTPRD

μέσω προς τα κάτω ρύθμιση της έκφρασης του mRNA. Είναι σημαντικό ότι,

PTPRD

έκφραση mRNA δεν συσχετίζονται με την έκφραση pSTAT3 σε δείγματα TCGA HNSCC, γεγονός που υποδηλώνει ότι η μεθυλίωση και αντιγράψτε την απώλεια αριθμός δεν συμβάλλουν σημαντικά στην STAT3 υπερενεργοποίηση σε HNSCC (S1 Α Σχήμα). Πράγματι, μια πιο λεπτομερής ανάλυση αποκαλύπτει ότι ενώ η

PTPRD

μεθυλίωση δεν συσχετίζεται με την έκφραση του mRNA, όπως θα αναμενόταν για κάθε γονίδιο (S1B σχήμα), παρατηρούμε καμία συσχέτιση μεταξύ μεθυλίωσης και της έκφρασης pSTAT3 (S1c σχήμα), ούτε παρατηρούμε τις εμφανίσεις της παρεκκλίνουσας υπερμεθυλίωση προαγωγού (που ορίζεται εδώ ως ένα επίπεδο μεθυλίωσης μεγαλύτερο από τρεις τυπικές αποκλίσεις πάνω από τη μέση μεθυλίωση ίδια γενετική θέση στο όργανο-συμφωνημένα φυσιολογικά δείγματα). Για την επικύρωση αυτών των ευρημάτων, θα πραγματοποιηθεί ειδική της μεθυλίωσης PCR σε μια ανεξάρτητη ομάδα των όγκων HNSCC και βρήκαν στοιχεία των

PTPRD

μεθυλίωση προαγωγού σε 75% των όγκων που αναλύθηκαν (30/40) (εκπρόσωπος ανάλυση S2 Εικ ). Είναι σημαντικό, παρατηρήσαμε επίσης

PTPRD

μεθυλίωση προαγωγού σε πέντε ζευγαρωμένα δείγματα φυσιολογικού βλεννογόνου του στόματος από αυτούς τους ασθενείς HNSCC (S3 σχήμα), υποδηλώνοντας περαιτέρω ότι η

PTPRD

μεθυλίωση που παρατηρείται σε HNSCC δεν είναι όγκου-ειδικά .

PTPRD

αριθμού αντιγράφων αλλαγές συμβαίνουν σε σημαντικό βαθμό σε HNSCC και άλλους καρκίνους (Σχήμα 5Α), όπου η απώλεια γονιδίων αντίγραφο, ιδιαίτερα ετερόζυγη απώλεια, εμφανίζεται πιο συχνά από ό, τι κέρδος σε HNSCC και όλα καρκίνους που αναλύθηκαν με την εξαίρεση του παχέος εντέρου και του τραχήλου της μήτρας. Είναι σημαντικό, δεν παρατηρούμε μια σημαντική συσχέτιση μεταξύ του αριθμού αντιγράφων μετατροπές και έκφραση του mRNA σε HNSCC (Σχήμα 5Β). Μαζί, τα ευρήματα αυτά υποδηλώνουν ότι η υπερμεθυλίωση προαγωγού και απώλεια αριθμού αντιγράφων του γονιδίου δεν συμβάλλουν σημαντικά στην STAT3 υπερενεργοποίηση σε HNSCC.

(Α) Αντίγραφο αριθμός μεταβολή του

PTPRD

σε ανθρώπινους καρκίνους, όπως καθορίζεται από TCGA . (Β)

PTPRD γ αριθμό

τιγραφή αλλαγές δεν συσχετίζονται με αλλοιωμένη

PTPRD

έκφραση mRNA σε HNSCC. Μια δοκιμασία Jonckheere-Terpstra διεξήχθη χρησιμοποιώντας λογισμικό StatXact (Cytel, Cambridge, ΜΑ).

Η

Συζήτηση

STAT3 είναι ένα ογκογονίδιο που υπερ-ενεργοποιείται σε πολλούς καρκίνους, συμπεριλαμβανομένου HNSCC, όπου STAT3 υπερ-ενεργοποίηση σχετίζεται με μειωμένη επιβίωση και αναδυόμενες αντίσταση σε θεραπεία στοχεύει EGFR. [9,16,17] Πιθανοί μηχανισμοί που μπορεί να οδηγήσει σε αυξημένη ενεργοποίηση STAT3 σε καρκίνο περιλαμβάνουν αυξημένη σηματοδότηση μέσω ανάντη υποδοχέα ή μη-υποδοχέων κινασών τυροσίνης όπως EGFR και JAK, και /ή αδρανοποίηση των αρνητικών ρυθμιστών της STAT3, συμπεριλαμβανομένων φωσφατάσες τυροσίνης πρωτεΐνης . [18,19] Πρόσφατα αναφέρθηκε ότι ο υποδοχέας τύπου φωσφατάσης τυροσίνης πρωτεΐνης (PTPR) οικογένεια συχνά μεταλλάσσεται σε HNSCC και άλλους καρκίνους και απέδειξαν ότι HNSCC προερχόμενο μεταλλάξεις PTPRT διεγείρει φωσφορυλίωση STAT3 και οδηγούν κυτταρικής επιβίωσης HNSCC. [4] Όπως PTPRD αντιπροσωπεύει ένα επιπλέον φωσφατάση υποδοχέα-όπως που στοχεύει άμεσα STAT3, επιδιώξαμε να καθορίσει εάν η γενετική ή επιγενετική απώλεια της λειτουργίας PTPRD μπορεί να συμβάλει στην STAT3 υπερενεργοποίηση σε HNSCC.

Στην παρούσα μελέτη, η πρώτη μας εντοπίστηκαν 18 προηγουμένως μη

PTPRD

μεταλλάξεις στους όγκους HNSCC. Αυτές οι μεταλλάξεις είναι μη επαναλαμβανόμενες και βρίσκονται καθ ‘όλη γονίδιο, ένα μοτίβο που είναι σύμφωνο με αυτό που παρατηρείται γενικά για ογκοκατασταλτικά γονίδια. Έχουμε δείξει ότι η υπερέκφραση του άγριου τύπου PTPRD οδηγεί σε καταστολή της ανάπτυξης σε κύτταρα HNSCC, ενώ η υπερέκφραση των αντιπροσωπευτικών μεταλλάξεων δεν το κάνει, δημιουργώντας έτσι μία λειτουργική συνέπεια του

PTPRD

μετάλλαξη σε μοντέλα HNSCC. Αυτά τα ευρήματα είναι συνεπή με εκείνα των προηγούμενων

in vitro μελέτες

σε διάφορους τύπους καρκίνου, που περιλαμβάνει το γλοιοβλάστωμα, το μελάνωμα, καρκίνο του παχέος εντέρου, και νευροβλάστωμα, όπου άγριου τύπου PTPRD έχει παρατηρηθεί για καταστολή σχηματισμού αποικίας και την ανάπτυξη των κυττάρων, καθώς και και να ενισχύσει την απόπτωση, ενώ ο καρκίνος που προέρχονται από μεταλλαγμένα PTPRD δεν το κάνουν. [3,6,20] Αυτά τα σωρευτικά ευρήματα αυτά υποδηλώνουν ότι

PTPRD

μεταλλάξεις στον καρκίνο να οδηγήσει σε απώλεια της λειτουργίας καταστολής του όγκου του.

Για να προσδιοριστεί εάν

PTPRD

μετάλλαξη επηρεάζει τη δραστηριότητα των STAT3, ένα υπόστρωμα PTPRD, αναλύσαμε TCGA και TCPA δεδομένων και διαπίστωσε ότι οι όγκοι HNSCC με

PTPRD

μεταλλάξεις εκφράζουν σημαντικά αυξημένα pSTAT3 (Y705) σε σχέση με το

PTPRD

-wild τύπου όγκων. Έχουμε αναφερθεί στο παρελθόν μια παρόμοια σχέση μεταξύ pSTAT3 (Y705) έκφραση και η μετάλλαξη μιας ομάδας υποτιθέμενο

PTPR

γονίδια καταστολείς όγκων, συμπεριλαμβανομένων των

PTPRD

. [4] Όταν θεωρείται κάθε γονίδιο ξεχωριστά και όχι ως μια ομάδα,

PTPRD

είναι το μόνο

PTPR

μέλος της οικογένειας για το οποίο μετάλλαξη συνδέεται σημαντικά με pSTAT3 έκφραση (Y705) (S4 σχήμα) . Αυτό το αποτέλεσμα δείχνει ότι ενώ ο αριθμός των όγκων που φέρουν μια μετάλλαξη σε κάθε κομμάτι

PTPR

μέλος της οικογένειας μπορεί να είναι ανεπαρκής για να ανιχνεύσει μια σημαντική διαφορά στην pSTAT3 (Y705) έκφρασης,

PTPRD

μετάλλαξη, ειδικότερα, είναι μοναδικά σχετίζεται με μια αύξηση στην pSTAT3 (Y705) έκφρασης που είναι αρκετά μεγάλη για να ανιχνεύσει στατιστική σημαντικότητα. Περαιτέρω, η υπερέκφραση του άγριου τύπου PTPRD σε κυτταρικές σειρές HNSCC φιλοξενούν ενδογενούς

PTPRD

μεταλλάξεων οδηγεί σε ελάττωση της pSTAT3 (Y705), επιβεβαιώνοντας έτσι ότι PTPRD ρυθμίζει την ενεργοποίηση STAT3 σε μοντέλα HNSCC. Ενώ άγριου τύπου PTPRD οδηγεί σε αρνητική ρύθμιση των pSTAT3 (Y705) σε κύτταρα HNSCC, η υπερέκφραση των περισσότερων μεταλλάξεων HNSCC προερχόμενο δεν μεταβάλλει pSTAT3 (Y705) έκφρασης σε σχέση προς τον φορέα ελέγχου, γεγονός που υποδηλώνει ότι αυτές οι μεταλλάξεις οδηγούν σε απώλεια της λειτουργίας, αλλά όχι σε ένα κυρίαρχο αρνητικό τρόπο. Στην περίπτωση της μετάλλαξης L1147F δοκιμάστηκε στο παρόν, η υπερέκφραση σε κύτταρα HNSCC οδηγεί σε αύξηση της ανάπτυξης, αλλά δεν αυξήθηκε pSTAT3 (Y705) έκφρασης (βλέπε Σχήματα 2Α και 3D), υποδεικνύοντας ότι ορισμένες μεταλλάξεις μπορούν να οδηγήσουν σε καρκινικές φαινοτύπων σε ένα STAT3 τρόπο ανεξάρτητο . Αυτές οι μεταλλάξεις μπορεί να εκδηλωθεί μέσω εναλλακτική μηχανισμούς που μπορεί να περιλαμβάνει εξωκυτταρικό αλληλεπιδράσεις ή τροποποίηση της σχετικής συγγένειες για εναλλακτικές ενζυματικά υποστρώματα.

Όπως

PTPRD

μετάλλαξη οδηγεί σε αυξημένη ενεργοποίηση STAT3 στο HNSCC, είμαστε δίπλα ελεγχθεί αν τα κύτταρα υποθάλπουν ένα

PTPRD

μετάλλαξη μπορεί να είναι πιο ευαίσθητοι στην αναστολή STAT3 οδού. Εδώ έχουμε αποδείξει ότι τα κύτταρα HNSCC με μια ενδογενή

PTPRD

μετάλλαξη είναι πιο ευαίσθητος στους αναστολείς /STAT JAK JSI-124 από τα κύτταρα HNSCC φιλοξενούν κανένα

PTPR

οικογένεια μεταλλάξεις, γεγονός που υποδηλώνει ότι οι όγκοι HNSCC με

PTPRD

μεταλλάξεις μπορεί να είναι εξαιρετικά ευαίσθητο σε αναστολείς STAT3 που είναι σήμερα σε προκλινικές και κλινικές ανάπτυξη. Για να επινοήσει μια βέλτιστη στρατηγική θεραπείας για ασθενείς HNSCC με

PTPRD

μεταλλάξεις, η περαιτέρω μελέτη των επιπλέον πρωτεϊνών PTPRD που αλληλεπιδρούν με το οποίο μπορεί να χρησιμεύσει ως θεραπευτικοί στόχοι μπορεί να είναι δικαιολογημένη. Ειδικότερα,

PTPRD

μετάλλαξη μπορεί επιπλέον να προσδώσει ευαισθησία σε αναστολείς κινάσης Aurora Ένα σήμερα σε κλινική ανάπτυξη, όπου κινάσης Aurora Α φωσφορυλίωση και η σταθερότητα είναι συνήθως ρυθμίζονται από PTPRD. [3]

Ένας επιπλέον μηχανισμός με τον οποίο

PTPRD

λειτουργία μπορεί να χαθεί είναι μέσω ρύθμιση προς τα κάτω mRNA, μεταξύ άλλων με την υπερμεθυλίωση προαγωγού ή απώλεια αριθμό αντιγράφων του γονιδίου. Κατ ‘αρχάς, διαπιστώσαμε ότι

PTPRD

έκφραση mRNA δεν συσχετίζεται με την έκφραση pSTAT3 στο HNSCC, γεγονός που υποδηλώνει ότι οι μηχανισμοί αυτοί δεν είναι πιθανό να συμβάλλουν σημαντικά στην STAT3 υπερενεργοποίηση σε HNSCC. Θα πρέπει να σημειωθεί ότι αυτή η ανάλυση μπορεί να είναι περίπλοκη από τις διάφορες περιπτώσεις στις οποίες λίγο ή καθόλου

PTPRD

mRNA ανιχνεύθηκε. Πράγματι, οι μελέτες μας υπερέκφραση σε κύτταρα HNSCC υποδηλώνουν ότι η έκφραση του PTPRD θα αναμενόταν να επηρεάσει pSTAT3 (Y705) έκφρασης. Παρ ‘όλα αυτά, ο συσχετισμός αυτός δεν έχει προκύψει στους όγκους HNSCC αναλύονται μέχρι σήμερα.

Μια πιο λεπτομερής ανάλυση των μηχανισμών αυτών επόμενη αποκάλυψε ότι το

PTPRD

υποστηρικτής δεν υπερμεθυλίωση στο HNSCC σε σχέση με το όργανο-συμφωνημένα φυσιολογικό ιστό, ένα εύρημα που επικυρώνονται με ανεξάρτητο κοόρτη HNSCC όγκου και συμφωνημένα κανονική ζεύγη με μεθυλίωση-ειδική PCR. Η διαφορά μεταξύ των παρόντων ευρημάτων μας και τις προηγούμενες εκθέσεις του

PTPRD

μεθυλίωση προαγωγού σε HNSCC είναι πιθανό να οφείλεται στην προηγούμενη έλλειψη σύγκριση μεταξύ του όγκου και του φυσιολογικού ιστού. [6] Το χαμηλό επίπεδο των

PTPRD

μεθυλίωση προαγωγού που παρατηρείται σε HNSCC επιπρόσθετα δεν σχετίζεται με αλλαγμένη pSTAT3 (Y705) έκφρασης, υποδηλώνοντας περαιτέρω ότι η εκδήλωση αυτή δεν συμβάλλει σημαντικά στην φαινότυπο καρκίνου σε HNSCC. Μια παρόμοια έλλειψη ανώμαλης

PTPRD

υπερμεθυλίωση προαγωγού έχει επίσης αναφερθεί σε δερματικό καρκίνωμα των πλακωδών κυττάρων, γεγονός που υποδηλώνει αυτό μπορεί να είναι ένα ασυνήθιστο γεγονός σε πολλαπλές επιθηλιακά κακοήθειες. [21]

Η ανάλυσή μας των δεδομένων TCGA δείχνουν ότι σχεδόν το ήμισυ των όγκων HNSCC φιλοξενούν έναν αριθμό αντιγράφων μεταβολή του

PTPRD

και ότι η απώλεια αριθμός αντιγράφων είναι πιο συχνή από ό, τι κέρδος αριθμού αντιγράφων σε HNSCC και σε όλη την σχεδόν όλοι οι καρκίνοι που αναλύθηκαν.

PTPRD

ομόζυγα ή ετερόζυγα διαγραφή έχει επίσης αναφερθεί σε δερματικό καρκίνωμα πλακωδών κυττάρων [21,22], GBM [6,20,23,24], ο καρκίνος του πνεύμονα [25,26], νευροβλάστωμα [27], μεταστατικό μελάνωμα [28,29], πλακώδες καρκίνωμα του αιδοίου [30], ηπατοκυτταρικό καρκίνωμα [31], και του λάρυγγα καρκίνωμα των πλακωδών κυττάρων [5]. Είναι σημαντικό, δεν υπάρχει σημαντική συσχέτιση διαπιστώθηκε μεταξύ

PTPRD

αριθμού αντιγράφων αλλοίωση και

PTPRD

έκφραση mRNA σε HNSCC, γεγονός που υποδηλώνει ότι η απώλεια του αριθμού αντιγράφων δεν είναι ο κύριος μηχανισμός της απώλειας της λειτουργίας PTPRD σε HNSCC.

Εν κατακλείδι, έχουμε αποδείξει στο παρόν ότι η σωματική μετάλλαξη του

PTPRD

είναι ο κύριος μηχανισμός μέσω του οποίου η απώλεια PTPRD της λειτουργίας εμφανίζεται σε HNSCC. Προτείνουμε ότι σχεδόν όλες από αυτές τις μεταλλάξεις οδηγούν σε απώλεια της καταλυτικής δραστηριότητας και επομένως μειωμένη αποφωσφορυλίωση της pSTAT3 υποστρώματος (Y705). Ενώ η μεθυλίωση προαγωγού και αντιγράψτε την απώλεια αριθμός είναι ανιχνεύσιμα στο

PTPRD

θέση, αυτά τα γεγονότα δεν συνδέονται με τη ρύθμιση προς τα πάνω του pSTAT3 (Y705) έκφρασης. Σε αντίθεση, η σωματική μετάλλαξη του

PTPRD

οδηγεί σε αυξημένη ενεργοποίηση STAT3 σε όγκους HNSCC και κυτταρικές γραμμές, η ταυτόχρονη με αυξημένη κυτταρική ανάπτυξη και την ευαισθησία στην αναστολή STAT3 οδό. Τα ευρήματα αυτά υποδηλώνουν ότι

PTPRD

μετάλλαξη μπορεί να αποτελέσει προγνωστικό βιοδείκτη για την εξαιρετική απόκριση σε STAT3 στοχευμένη θεραπεία σε HNSCC.

Υποστήριξη Πληροφορίες

S1 Εικ.

PTPRD

μεθυλίωση υποστηρικτής συσχετίζεται με το

PTPRD

έκφραση του mRNA, αλλά δεν συσχετίζεται με pSTAT3 (Y705) έκφραση σε HNSCC.

(Α)

έκφραση PTPRD

mRNA δεν είναι σημαντική συσχέτιση με pSTAT3 (Y705) έκφρασης. n = 172, Pearson r = 0,05157, P = 0.5017, Ρ

2 = 0,002659. (Β)

PTPRD

μεθυλίωση υποστηρικτής συσχετίζεται με το

PTPRD

έκφραση του mRNA. n = 172, Pearson r = -0,5242, P & lt? 0,0001, Ρ

2 = 0,2747. (C)

PTPRD

μεθυλίωση υποστηρικτής δεν συνδέεται σημαντικά με pSTAT3 (Y705) έκφρασης. n = 211, Pearson r = 0,0008795, P = 0.9899, ​​Ρ

2 = 7.735e-007

doi:. 10.1371 /journal.pone.0135750.s001

(ΔΕΘ)

S2 Εικ. MSP ανάλυση αντιπροσωπευτικών δειγμάτων HNSCC όγκου.

Μεθυλίωση παρατηρήθηκε σε 30/40 όγκους (75%) HNSCC αναλύθηκαν. Μ δηλώνει εναύσματα ενίσχυση μεθυλιωμένων αλληλουχιών, ενώ U δηλώνει εκκινητών ενίσχυση μη μεθυλιωμένες ακολουθίες

doi:. 10.1371 /journal.pone.0135750.s002

(ΔΕΘ)

S3 Εικ. Η

PTPRD

προαγωγός δεν είναι υπερ-μεθυλιωμένη σε όγκους HNSCC σε σύγκριση με το γειτονικό φυσιολογικό βλεννογόνο.

Πέντε όγκοι HNSCC και συμφωνημένα φυσιολογικό βλεννογόνο από τους ίδιους τους ασθενείς συλλέχθηκαν και αναλύθηκαν από MSP. Μ δηλώνει εναύσματα ενίσχυση μεθυλιωμένων αλληλουχιών, ενώ U δηλώνει εκκινητών ενίσχυση μη μεθυλιωμένες ακολουθίες

doi:. 10.1371 /journal.pone.0135750.s003

(ΔΕΘ)

S4 Εικ.

PTPRD

είναι το μόνο μέλος της οικογένειας για τα οποία μετάλλαξη σχετίζεται με pSTAT3 (Y705) έκφραση σε HNSCC.

Σύνολο αλληλουχίας exome και ανάστροφης φάσης στοιχείων δέσμης πρωτεΐνης αποκαλύπτουν ότι κανένας άλλος

PTPR