Αφηρημένο

Οι ρετροϊοί έχουν θεμελιακή στην έρευνα για τον καρκίνο από τις αρχές μελέτες που εντοπίστηκαν πρωτο-ογκογονίδια ως στόχοι για εισαγωγική μεταλλαξογένεση. Ενσωμάτωση του ποντικού γάμμα-ρετροϊοί εντός του γονιδιώματος του ξενιστή ευνοεί υποκινητές και ενισχυτές και συνεπάγεται αλληλεπίδραση ιικών ιντεγκράσης με ΒΕΤ ξενιστή /bromodomain παράγοντες. Αναφέρουμε ότι αυτό το μοτίβο ενσωμάτωσης είναι διατηρημένη σε ιό λευχαιμίας αιλουροειδών (FeLV), μια γάμμα-ρετροϊού που μολύνει πολλούς τύπους κυττάρων του ανθρώπου. Ανάλυση των θέσεων εισαγωγής FeLV στο MCF-7 κυτταρική γραμμή καρκινώματος του μαστού αποκάλυψε ισχυρή προκατάληψη προς ενεργό σήματα χρωματίνης χωρίς ενδείξεις σημαντικής επιλογής της ανάπτυξης μετά την ένταξη. Οι πιο σημαντικές στόχοι ολοκλήρωσης τον ιό είχαν μικρή επικάλυψη με τα πιο άφθονα εξέφρασε μεταγραφές, αλλά ήταν έντονα εμπλουτισμένα για σχολιασμένη γονίδια του καρκίνου. Μια μετα-ανάλυση βασίζεται σε διάφορα προφίλ ενσωμάτωση γάμμα-ρετροϊό (GRIP) μελέτες σε ανθρώπινα κύτταρα (CD34 +, Κ562, HepG2) αποκάλυψαν ένα παρόμοιο γονίδιο του καρκίνου προκατάληψη, αλλά και αξιοσημείωτη ειδικότητα τύπου κυττάρου, με εξέχουσες εξαιρέσεις συμπεριλαμβανομένης μιας καθολικής hotspot ένταξης σε μακρύ μη-κωδικοποίησης RNA

MALAT1

. Σύγκριση των στόχων GRIP με τις βάσεις δεδομένων του υπερ-ενισχυτές από τις ίδιες κυτταρικές σειρές έδειξαν ότι αυτές έχουν περιορισμένη μόνο επικάλυψη και ότι GRIP παρέχει μοναδικές γνώσεις σχετικά με τις ανάντη οδηγούς της κυτταρικής ανάπτυξης. Αυτές οι παρατηρήσεις διαλεύκανση της ογκογόνο δραστικότητα των γ-ρετροϊών και να υποστηρίξει την ευρύτερη εφαρμογή του GRIP για τον εντοπισμό των γονιδίων και την ανάπτυξη κανονιστικού κυκλώματα που οδηγούν διαφορετικούς τύπους καρκίνου

Παράθεση:. Gilroy KL, Terry Α, Naseer Α, de Ridder J, Allahyar Α, Wang W, et al. (2016) Gamma-Ρετροϊών ολοκλήρωση σηματοδοτεί κυτταρικό τύπο γονίδια του καρκίνου: Ένα μυθιστόρημα Profiling εργαλείο στον Καρκίνο Genomics. PLoS ONE 11 (4): e0154070. doi: 10.1371 /journal.pone.0154070

Επιμέλεια: Μαίρη Bryk, Texas A & amp? Μ University, Ηνωμένες Πολιτείες