Αφηρημένο

είναι μία από τις πιο θανατηφόρες μορφές καρκίνου και η συχνότητα της κυμαίνεται σε όλο τον κόσμο, με την περιοχή των Άνδεων της Νότιας Αμερικής που δείχνουν υψηλά ποσοστά επίπτωσης. Αξιολογήσαμε τη γενετική δομή του πληθυσμού από Λίμα (Περού) και πραγματοποίησε μια μελέτη ασθενών-μαρτύρων γενετική συσχέτιση για να δοκιμαστεί η συμβολή της Αφρικής, της Ευρώπης, ή Native American καταγωγή του κινδύνου για καρκίνο του στομάχου, τον έλεγχο για την επίδραση των μη γενετικούς παράγοντες . Ένα ευρύ σύνολο των κοινωνικοοικονομικών, διατροφικές και κλινική πληροφορίες συλλέγονται για κάθε συμμετέχοντα στη μελέτη και την καταγωγή υπολογίστηκε με βάση 103 καταγωγή πληροφοριακοί δείκτες. Παρά το γεγονός ότι ο αστικός πληθυσμός από Λίμα θεωρείται συνήθως ως μιγάς (δηλαδή, αναμειγνύεται από Αφρικανούς, τους Ευρωπαίους, και ιθαγενών Αμερικανών), παρατηρήσαμε ένα υψηλό ποσοστό των αμερικανών ιθαγενών (78,4% των περιπτώσεων και 74,6% για τους ελέγχους) και ένα πολύ χαμηλή αφρικανικής καταγωγής (& lt? 5%). Διαπιστώσαμε ότι υψηλότερες Native American ατομική καταγωγή συνδέεται με τον καρκίνο του στομάχου, αλλά κοινωνικοοικονομικούς παράγοντες που σχετίζονται τόσο με γαστρικό καρκίνο και Native American λογαριασμό εθνικότητας για αυτή την ένωση. Κατά συνέπεια, η υψηλή συχνότητα εμφάνισης του καρκίνου του στομάχου στο Περού δεν φαίνεται να σχετίζεται με αλλήλια ευαισθησίας κοινές στον πληθυσμό αυτό. Αντ ‘αυτού, αποτέλεσμα μας προτείνει ένα κυρίαρχο ρόλο για τις εθνοτικές που σχετίζονται με κοινωνικοοικονομικούς παράγοντες και ανισότητες στην πρόσβαση στις υπηρεσίες υγείας. Από ιθαγενείς Αμερικανοί είναι μια παραμελημένη ομάδα στο γονιδιωματική μελέτες, που δείχνουν ότι ο πληθυσμός από τη Λίμα και σε άλλες μεγάλες πόλεις της Δυτικής Νότια Αμερική με υψηλή Native American φόντο καταγωγή μπορεί να είναι βολικό στόχους για επιδημιολογικές μελέτες επικεντρώθηκαν σε αυτή την εθνική ομάδα.

Παράθεση: Pereira L, Zamudio R, Soares-Souza G, Herrera P, Cabrera L, Hooper CC, et al. (2012) Κοινωνικοοικονομικές και διατροφικούς παράγοντες υπόψη για την Ένωση του γαστρικού καρκίνου με ινδιάνικη Προγόνων σε Λατινικής Αμερικής αναμιγμένο πληθυσμού. PLoS ONE 7 (8): e41200. doi: 10.1371 /journal.pone.0041200

Επιμέλεια: Zongli Xu, Εθνικό Ινστιτούτο Περιβαλλοντικών Επιστημών Υγείας, Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής

Ελήφθη: 1 Μαρ του 2012? Αποδεκτές: 18 Ιούν, 2012? Δημοσιεύθηκε: 3, Αυγούστου, 2012

Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης, χωρίς όλα τα πνευματικά δικαιώματα, και δεν μπορεί να αναπαραχθεί ελεύθερα, διανεμηθεί, να μεταδοθεί, τροποποιηθεί, χτισμένο πάνω, ή ειδάλλως να χρησιμοποιηθεί από οποιονδήποτε για οποιονδήποτε νόμιμο λόγο. Το έργο γίνεται διαθέσιμα υπό την Creative Commons CC0 αφοσίωση δημόσιο τομέα

Χρηματοδότηση:. Διεθνές Κέντρο Fogarty και το Εθνικό Ίδρυμα Καρκίνου (5R01TW007894) χρηματοδοτούνται αυτή τη μελέτη. Η μελέτη και οι συμμετέχοντες έλαβαν επίσης χρηματοδότηση και υποτροφίες από τις ακόλουθες Βραζιλίας οργανισμών: της Βραζιλίας Εθνικό Συμβούλιο Έρευνας, Υπουργείο Παιδείας, Υπουργείο Υγείας (PNPD-Saúde Πρόγραμμα), και του Minas Gerais Κρατικής Υπηρεσίας reaearch. Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

γαστρικός καρκίνος είναι μία από τις πιο θανατηφόρες μορφές καρκίνου, αντιπροσωπεύοντας περίπου 800.000 θανάτους ετησίως, αλλά η συχνότητα της διαφέρει σημαντικά σε όλο τον κόσμο [1]. Η υψηλότερη συχνότητα εμφάνισης καρκίνου του στομάχου παρατηρείται στην Ανατολική Ασία, την Ανατολική Ευρώπη και την περιοχή των Άνδεων της Νότιας Αμερικής. Πράγματι, στις Περουβιανές πληθυσμού, καρκίνο του στομάχου κατατάσσεται δεύτερη σε συχνότητα μεταξύ των ανδρών και τρίτη μεταξύ των γυναικών (22,6 και 20 περιπτώσεις ανά 100.000 άνδρες και γυναίκες αντίστοιχα), που είναι ο τύπος του καρκίνου με την υψηλότερη θνησιμότητα. Συγκριτικά, η συχνότητα εμφάνισης του καρκίνου του στομάχου στο Περού είναι περίπου πέντε φορές υψηλότερη από ό, τι στις Ηνωμένες Πολιτείες και δύο φορές που παρατηρούνται στη Βραζιλία [1].

Recavarren-Arce et al. και Correa πρότεινε ένα μοντέλο εξέλιξης για την ανάπτυξη των γαστρικών αδενοκαρκινώματος εντερικής τύπου, τα οποία αποτελούνται από μια μετάβαση από επιφανειακή γαστρίτιδα να μεταπλασία προς δυσπλασία και τελικά, γαστρικό αδενοκαρκίνωμα [2], [3]. Μια πληθώρα των κοινωνικο-οικονομικών, περιβαλλοντικών και διατροφικών παραγόντων διαμορφώνουν αυτήν την εξέλιξη και την ατομική κίνδυνο τελικά να αναπτύξουν καρκίνο του στομάχου. Η χρόνια λοίμωξη του στομάχου από το βακτηρίδιο

Helicobacter pylori

που οδηγεί σε χρόνια φλεγμονή είναι ένας σημαντικός παράγοντας κινδύνου που αποδίδονται [4], αν και λιγότερο από 2% των

H. pylori

φορείς να αναπτύξουν καρκίνο του στομάχου [5].

Helicobacter pylori

ποικιλομορφία επηρεάζει επίσης τον κίνδυνο γαστρικού καρκίνου ξενιστή, και η παρουσία του βακτηριακού παράγοντα λοιμικότητας CAG + είναι ένας από τους πιο σχετικούς παράγοντες κινδύνου. Ενώ αυτή η λοιμογόνος παράγοντας έχει συχνότητα -60% σε ευρωπαϊκές και αμερικανικές πληθυσμού, το οποίο έχει συμπληρώσει περισσότερο από 90% στις Περουβιανές πληθυσμού [6]. Επίσης, ενώ Native American άτομα από απομονωμένους πληθυσμούς που έχουν μολυνθεί από τον κυρίως εγγενή στελέχη που μοιάζουν Ασίας στελέχη, λόγω της ασιατικής καταγωγής Πλειστόκαινο των ιθαγενών Αμερικανών, τα άτομα που ζουν σε μεσαίες και μεγάλα αστικά κέντρα, ακόμη και αν μπορούν να έχουν μια κυρίαρχη αμερικανών ιθαγενών, έχουν μολυνθεί σε μεγάλο βαθμό από ευρωπαϊκούς ή υβριδικά στελέχη έφερε στην Αμερική μετά τον 15ο αιώνα. Τα στελέχη αυτά είχαν αντικατασταθεί σε μεγάλο βαθμό λιγότερο λοιμογόνα ή έντονη φυσική στελέχη [7], [8].

Η φτώχεια συσχετίζεται επίσης με αδενοκαρκίνωμα στομάχου [9] και ενώ αυξημένη κατανάλωση επεξεργασμένων ή καπνιστά τρόφιμα και το αλάτι είναι παράγοντες κινδύνου, συχνές πρόσληψη φρέσκων φρούτων και λαχανικών είναι προστατευτικές [10], [11], [12], [13]. Ανθρώπινη γενετική ποικιλότητα είναι επίσης σημαντική [14]. Οι παρατηρούμενες διαφορές στη συχνότητα εμφάνισης καρκίνου του στομάχου σε όλο τον κόσμο μπορεί να οφείλεται σε περιβαλλοντικούς παράγοντες ή στην παρουσία παραλλαγών ευαισθησία γενετικής που είναι πιο συχνές σε πληθυσμούς με υψηλή συχνότητα εμφάνισης της νόσου, αλλά η αναγνώριση και η διάκριση αυτών των παραγόντων είναι προκλητική. Παρά το γεγονός ότι έχουν γενετικές παραλλαγές κοινή ευαισθησία έχουν εντοπιστεί στις ευρωπαϊκές και κινεζικές πληθυσμούς από μελέτες του γονιδιώματος-ευρεία και υποψηφίων γονιδίων ένωση σε γονίδια όπως

PLCE

[15],

IL1B

[14],

IL8

[16], [17], [18],

IL1RN

[19], και

PTGS2

[20], οι παραλλαγές αυτές αντιπροσωπεύουν ένα μικρό μέρος του γενετική διακύμανση που σχετίζεται με σποραδικές καρκίνο του στομάχου.

Περού, με υψηλή συχνότητα εμφάνισης του καρκίνου του στομάχου, έχει το μεγαλύτερο Native American πληθυσμού στη Νότια Αμερική [21] και οι μεγάλες πόλεις όπως η Λίμα κατοικείται από ανθρώπους που ταξινομούνται ως μιγάς ( δηλαδή, τα άτομα με πρόσμιξη από Αφρικανούς, τους Ευρωπαίους, και ιθαγενών Αμερικανών). Αν υπάρχει μια ανθρώπινη γενετική βάση για την υψηλή συχνότητα εμφάνισης του καρκίνου του στομάχου στην περιοχή των Άνδεων, αναμένουμε το αναμεμιγμένο πληθυσμού από Λίμα προς το λιμάνι γενετικές παραλλαγές που αντιπροσωπεύουν αυτή την υψηλή συχνότητα, και αν αυτές οι παραλλαγές ήταν συχνότερες στην Native American γενετικό υπόβαθρο της ο πληθυσμός αυτός, θα ήταν δυνατό να χρησιμοποιηθεί το γονιδίωμα-ευρεία στρατηγική χαρτογράφηση πρόσμιξη για να ανακαλύψετε αυτές τις παραλλαγές. μελετών χαρτογράφησης πρόσμιξη έχουν πρόσφατα βοήθησε να προσδιορίσει παραλλαγές που σχετίζονται με τον καρκίνο του προστάτη [22] στις χώρες της Αφρικής και της Αμερικής πληθυσμούς, αλλά η προσέγγιση αυτή δεν έχει ακόμη εφαρμοστεί πλήρως σε Λατινικής Αμερικής ή Λατίνος /Ισπανικός πληθυσμούς των ΗΠΑ. Στο πλαίσιο αυτό, οι στόχοι της παρούσας μελέτης γενετική συσχέτιση περίπτωση-ελέγχου είναι: (i) να αξιολογήσει την εθνοτική σύνθεση και τις σχετικές γενετική δομή των ασθενών που συμμετέχουν μεγάλα νοσοκομεία στη Λίμα? (Ii) για να ελέγξετε αν η ατομική Native American, ευρωπαϊκών και αφρικανικών καταγωγές αποτελούν παράγοντες κινδύνου για καρκίνο του στομάχου, τον έλεγχο για την επίδραση των μη γενετικούς παράγοντες (δηλαδή, κοινωνικοοικονομικές, θρεπτική, και κλινικές). Κοινωνικοοικονομικές, διατροφικές και κλινικές πληροφορίες συλλέγονται για κάθε συμμετέχοντα στη μελέτη και την καταγωγή υπολογίστηκε με βάση 103 καταγωγή-πληροφοριακοί δείκτες (AIMS). Διαπιστώσαμε ότι υψηλότερες Native American ατομική καταγωγή συνδέεται με καρκίνο του στομάχου, αλλά ότι οι κοινωνικοοικονομικοί παράγοντες που σχετίζονται τόσο με καρκίνο του στομάχου και του λογαριασμού εθνικότητας για αυτή την ένωση. Παρά την υψηλή συχνότητα εμφάνισης καρκίνου του στομάχου στους Περουβιανούς με κυρίως αμερικανών ιθαγενών, τα αποτελέσματά μας δεν δείχνουν σαφή γενετική βάση για αυτή τη διαφορά στη συχνότητα εμφάνισης. Αντίθετα, προτείνουν έναν κυρίαρχο ρόλο για τις εθνοτικές που σχετίζονται με την κοινωνικοοικονομική και ανθρώπινη οικολογική παραγόντων και των ανισοτήτων στην πρόσβαση στις υπηρεσίες υγείας.

Αποτελέσματα

Έχουμε προσληφθεί άτομα παρακολουθούν Γαστρεντερολογίας Διευθύνσεων και συνταγή για μια ενδοσκόπηση σε τρεις μεγάλα νοσοκομεία στη Λίμα (Πίνακας S1). Περιπτώσεις ήταν ενήλικες που αναφέρονται για ενδοσκόπηση και των οποίων οι βιοψίες επιβεβαιώθηκαν θετικά για καρκίνο του στομάχου από ιστοπαθολογικές αναλύσεις. Η ομάδα ελέγχου αποτελείτο από άτομα των οποίων βιοψίες ήταν αρνητικές για καρκίνο του στομάχου. Τα άτομα με εντερική μεταπλασία (n = 46) συμπεριλήφθηκαν ως έλεγχοι με βάση την υπόθεση ότι αυτό το είδος της μεταπλασίας δεν αυξάνει τον κίνδυνο ανάπτυξης γαστρικού καρκίνου [23], [24], [25].

Χρησιμοποιήσαμε επικυρωμένη σύνολο 103 σκοπό [26] για την εκτίμηση Native American, ευρωπαϊκό και Native American ατομική καταγωγή για κάθε ένα από τα 241 γαστρικού περιπτώσεις καρκίνου και 300 ελέγχους που θα προσληφθεί για τη μελέτη αυτή. Η Ανάλυση Κύριων Συνιστωσών (PCA, Σχήμα 1) των ατομικών γονότυπους για την περουβιανή δείγματα μας (συμπεριλαμβανομένων των 296 ιθαγενείς της Αμερικής) και για την ευρωπαϊκή, της Αφρικής και του Μεξικού άτομα από HapMap-III δείχνει ότι οι στόχοι που χρησιμοποιούνται διακρίσεις μεταξύ Αφρικής, της Ευρώπης και του Περού Native American γονική πληθυσμών, και ότι οι αναμεμειγμένη Μεξικανοί (κατοικεί στο Λος Άντζελες) και του Περού γαστρικό περιπτώσεις και τους ελέγχους που συμμετέχουν Λίμα νοσοκομεία τοποθετούνται μεταξύ των Ευρωπαίων και ιθαγενών Αμερικανών. Επιπλέον, του Περού γαστρικό περιπτώσεις και οι έλεγχοι είναι σχετικά πιο κοντά στην περουβιανή Native American γονική πληθυσμούς. Παρά το γεγονός ότι ο αστικός πληθυσμός από Λίμα θεωρείται ως μιγάς (δηλαδή, συνήθως αναμειγνύεται), οι ομάδες που μελετήθηκαν στο παρόν έδειξε μια πολύ υψηλή αμερικανών ιθαγενών (78,4% των περιπτώσεων και 74,6% για τους ελέγχους, Χρηματοκιβώτιο στο Σχήμα 1), με χαμηλό Αφρικανική καταγωγή (& lt? 5%, Εικόνα S1). Είναι ενδιαφέρον, υπάρχει μια θετική συσχέτιση μεταξύ των αμερικανών ιθαγενών και του γαστρικού καρκίνου (λογιστική παλινδρόμηση, OR = 3,69, 95% CI του OR: 1,34 – 10,09, p = 0,011, R2 = 0.016), και, κατά συνέπεια, μια αρνητική συσχέτιση με την ευρωπαϊκή καταγωγή .

(κουτί). Κάθε άτομο ήταν ο γονότυπος για 103 καταγωγή ενημερωτική δείκτες επικυρωθεί από Yaeger et al. (2008). Εκπροσωπούμε τα πρώτα (οριζόντια) και το δεύτερο (κάθετο) κύρια συστατικά, τα οποία συλλαμβάνει το 35,3% και το 7,7% της συνολικής διακύμανσης, αντίστοιχα. HapMap άτομα: YRI: Γιορούμπα από τη Νιγηρία, LWK: Luhya από την Κένυα, ASW: αφροαμερικάνων από Southwest USA, MKK: Μασάι από την Κένυα, CEU: οι κάτοικοι της Γιούτα με την ευρωπαϊκή καταγωγή, TSI: Τοσκάνης από την Ιταλία, MEX Μεξικάνικη καταγωγή κατοικούν στο Λος Άντζελες. Περουβιανή ιθαγενείς Αμερικανούς: Σιμάα (SHI) και Ashaninkas (ASH) από την εθνική ομάδα Matsiguenga, και άτομα από το Πούνο στις Άνδεις (PU). Το πλαίσιο μέσα στο σχήμα δείχνει το διάγραμμα πυκνότητας και τα μέσα (κάθετες γραμμές) των αμερικανών ιθαγενών στα γαστρικά περιπτώσεων καρκίνου (κίτρινο) και τους ελέγχους (καφέ).

Η

Όπως ήταν αναμενόμενο, οι μεταβλητές που είναι πληρεξούσια για φτώχειας (χαμηλό επίπεδο εκπαίδευσης, η ποιότητα του σπιτιού χαρακτηριστικά, όπως η χρήση της χαμηλής ποιότητας υλικά, έλλειψη καλών εξοπλισμού και κακών συνθηκών υγιεινής) σχετίστηκαν με καρκίνο του στομάχου (Πίνακας 1). Επίσης, μερικά από τα συμπτώματα του πεπτικού συστήματος που σχετίζονται, όπως η καύση (p & lt? 0,0001), ναυτία (p & lt? 0,0001), έμετος (p & lt? 0,0001), και του βάρους (p & lt? 0,0001) ήταν πιο συχνές σε περιπτώσεις από ό, τι στους ελέγχους, αλλά αυτά τα συμπτώματα είναι πιθανό μια συνέπεια της νόσου (Πίνακας 1). Η μεταβλητή ηλικία δεν κατανέμονται κανονικά (p & lt? 0,01, δοκιμασία Kolmogorov-Smirnov), οι διάμεσοι (και απόκλιση διατεταρτημοριακά) για τους ελέγχους και τις περιπτώσεις ήταν 61 (τυπική απόκλιση (SD): 21) και 65 (SD: 25) ετών αντίστοιχα ( p = 0,042, Mann-Whitney test)? Ως εκ τούτου, αυτή η μεταβλητή θεωρήθηκε ως συμμεταβλητή σε περαιτέρω αναλύσεις λογιστικής παλινδρόμησης.

Η

Έχουμε συνθέσει το ευρύ σύνολο μη γενετικές μεταβλητές που συλλέγονται σε περιπτώσεις και τους ελέγχους χρησιμοποιώντας μια πολυπαραγοντική ανάλυση παράγοντα, για τη μείωση της διάστασης αυτών 43 μη γενετικές μεταβλητές με τη σύλληψη του συσχετισμού μεταξύ τους (Πίνακας 1 και Πίνακας S2). Είναι ενδιαφέρον, ο πρώτος παράγοντας (16,38% της συνολικής διακύμανσης) κυριαρχείται από κοινωνικοοικονομικές μεταβλητές, αλλά περιλαμβάνει ένα υποσύνολο των συσχετιζόμενων διατροφικών μεταβλητών, οι υψηλότερες τιμές του παράγοντα που αντιστοιχεί στην πλουσιότερη συνθήκες. Ο δεύτερος παράγοντας (5,95% του συνόλου διακύμανσης) περιλαμβάνει υποσύνολα των κοινωνικοοικονομικών και διατροφικές μεταβλητές, καθώς και παράπονα, όπως ο πόνος. Ο τρίτος παράγοντας (5,26% της συνολικής διακύμανσης) κυριαρχείται από τα συμπτώματα που σχετίζονται με το πεπτικό. Χρησιμοποιήσαμε τα επιμέρους συντεταγμένες για κάθε μία από αυτές τις τρεις παράγοντες για να αντιπροσωπεύουν συνθετικά αρχική σειρά των 43 μεταβλητών. Τόσο η πρώτη «κοινωνικοοικονομικό« παράγοντας και ο δεύτερος παράγοντας σχετίζονται με γαστρικό καρκίνο (OR = 0.68, ρ = 0.0002 και OR = 0.7, ρ = 0.0008, αντίστοιχα) και επίσης με την εθνικότητα (p = 0.02 και ρ = 0,00003 αντίστοιχα, όπου υψηλότερες τιμές του συντελεστή αντιστοιχούν σε καλύτερες κοινωνικοοικονομικές συνθήκες). Η τρίτη «πεπτικά συμπτώματα» παράγοντας συνδέεται με τον καρκίνο του στομάχου (OR = 2,16, p & lt? 0.0001).

Η παρατηρούμενη συσχέτιση μεταξύ των αμερικανών ιθαγενών και καρκίνου του στομάχου μπορεί να οφείλεται στην επίδραση της σύγχυσης κοινωνικοοικονομικής ή διατροφικές μεταβλητές που συνδέονται τόσο με καρκίνο του στομάχου και καταγωγή. Είναι γνωστό ότι η υψηλή Native American ή αφρικανική καταγωγή συνδέεται με τη φτώχεια σε πολλούς πληθυσμούς στην Αμερική (βλέπε επίσης [27]). Με συνέπεια, παρατηρήσαμε ότι Native American καταγωγή συνδέεται με μεταβλητές που αποτελούν δείκτες της φτώχειας (πολλά από τα οποία επίσης συνδέονται με καρκίνο του στομάχου) καθώς και συνθετικά «κοινωνικοοικονομική» πρώτος παράγοντας τους για την πολυμεταβλητή ανάλυση (Πίνακας 1). Όταν ελέγχονται για όλους τους συμπαράγοντες (δηλαδή, οι τρεις παράγοντες της πολυπαραγοντικής ανάλυσης και την ηλικία), η συσχέτιση μεταξύ καρκίνου του στομάχου και των αμερικανών ιθαγενών δεν επιμένουν (OR = 1,28, 95% CI του OR: 0,37 – 4,47, p = 0.69). Ομοίως, όταν ξεχωριστά ελεγχθεί για την επίδραση των κοινωνικοοικονομικών συνθηκών (ο πρώτος παράγοντας της πολυπαραγοντικής ανάλυσης) ή την ηλικία, η σχέση μεταξύ καρκίνου του στομάχου και των αμερικανών ιθαγενών, επίσης, δεν επιμένουν (OR = 2,58, 95% CI του OR: 0,83 -8,07 για τον παράγοντα 1 και OR = 1.01, 95% CI των ΙΑΠ:. 0,99 έως 1,02 για την ηλικία)

Συζήτηση

Πραγματοποιήσαμε μια μελέτη ασθενών-μαρτύρων στο αστικό αναμεμιγμένο πληθυσμού από Λίμα (Περού) και διαπίστωσε ότι Native American ατομική καταγωγή συνδέεται με τον καρκίνο του στομάχου. Ωστόσο, η συσχέτιση αυτή φαίνεται κυρίως να οφείλεται στην ένωση των κοινωνικοοικονομικών μεταβλητών τόσο με καρκίνο του στομάχου και αμερικανών ιθαγενών. Με συνέπεια, αν και η συσχέτιση του καταγωγή με καρκίνο του στομάχου είναι σημαντική (p = 0,011), την καταγωγή εξηγεί μόνο το 1,6% της διακύμανσης στην κατάσταση της νόσου. Όταν περιλαμβάνονται μη γενετικές συμπαράγοντες, από κοινού δράση τους με καταγωγή εξηγεί το 22,3% της διακύμανσης της κατάστασης της νόσου. Κατά συνέπεια, η υψηλή συχνότητα εμφάνισης του καρκίνου του στομάχου στο Περού [1], [28] δεν φαίνεται να οφείλεται στην παρουσία των γενετικών παραλλαγών κοινών ευαισθησία πιο συχνή σε Native American πληθυσμούς, αλλά μάλλον σε ένα συνδυασμό των κοινωνικοοικονομικών παραγόντων που υπάρχουν σε αυτόν τον πληθυσμό . Ωστόσο, απαιτούνται περαιτέρω μελέτες με μεγαλύτερα μεγέθη δειγμάτων που απαιτούνται για να εξερευνήσετε αυτή την παρατήρηση, δεδομένου ότι η δύναμη για να ανιχνεύσει καταγωγή γενετικές επιδράσεις περιορίστηκε στην παρούσα μελέτη. Αυτό το αποτέλεσμα είναι σύμφωνο με τη σχετική μείωση στην γαστρική συχνότητα εμφάνισης καρκίνου στις Ηνωμένες Πολιτείες κατά τη διάρκεια των τελευταίων δεκαετιών, λόγω της βελτίωσης των κοινωνικοοικονομικών συνθηκών [29].

Ακρίβεια των εκτιμήσεων καταγωγή εξαρτάται από διάφορα θέματα. Ο πρώτος είναι ο αριθμός και η φύση των δεικτών που χρησιμοποιούνται για την εκτίμηση ανάμιξη. Οι 103 ΣΤΟΧΟΙ χρησιμοποιήθηκαν στη μελέτη αυτή περιέχει αρκετές πληροφορίες για να παράγουν αποδεκτές εκτιμήσεις πρόσμιξη [26], [30]. Galanter et al. έδειξαν επίσης ότι ένας πίνακας άνω των 88 ΣΚΟΠΟΙ περιέχει αρκετές πληροφορίες για να εκτιμηθεί μεμονωμένα ανάμιξη με ακρίβεια [31]. Ένα δεύτερο διάχυτη μεθοδολογικό ζήτημα στην εκτίμηση πρόσμιξη είναι η δυσκολία στη χρήση των δεδομένων από τις πιο αντιπροσωπευτικές γονική Αφρικής, της Ευρώπης και Native American πληθυσμούς του αναμεμιγμένου ομάδας. Σε αυτή την περίπτωση, θα συμπεριληφθεί ως υποκατάστατο για τις γονικές τους πληθυσμούς Ευρώπης και της Αφρικής άτομα από το πρόγραμμα HapMap, και μια σειρά από περουβιανή ιθαγενείς Αμερικανοί από Περουβιανές Άνδεις και τις γειτονικές της Ανατολικής περιοχές. Ενώ η επιλογή αυτή δεν μπορεί να είναι η βέλτιστη, οι 103 SNPs που χρησιμοποιούνται, είναι στόχοι, μετριάζεται το θέμα αυτό, επειδή οι συχνότητες τους είναι πολύ διαφορετικές μεταξύ των γονικών εθνοτικών ομάδων και ιδιαίτερα ομοιογενής στο εσωτερικό τους [26]. Έτσι, η χρήση δεικτών με αυτά τα χαρακτηριστικά καθιστούν τα αποτελέσματά μας ισχυρή με την επιλογή υποβέλτιστων γονικής πληθυσμών. Τρίτον, διαφορετικές μεθόδους για την εκτίμηση ατομικών πρόσμιξη μπορεί να παράγει ελαφρώς διαφορετικά αποτελέσματα, ακόμη και ξεκινάμε από το ίδιο σύνολο δεδομένων. Για να δοκιμαστεί η ευρωστία των αποτελεσμάτων πρόσμιξη μας σε σχέση με τις μεθόδους εκτίμησης πρόσμιξη, μπορούμε να αναλύονται τα δεδομένα χρησιμοποιώντας την εναλλακτική μέγιστης πιθανότητας προσεγγίσεις που προτείνονται από Tang et al. [32] και να εφαρμοστεί στην Φραπέ λογισμικού, και η μέθοδος με την Alexander et al. υλοποιούνται στο μίγμα λογισμικό v. 1.2 [33]. Οι τρεις μέθοδοι που παράγονται υψηλή συσχέτιση αποτελέσματα (Εικόνα S2) και το ίδιο μοτίβο της σύνδεσης με καρκίνο του στομάχου (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται).

περουβιανή άτομα που γεννήθηκαν στην ύπαιθρο έχουν περισσότερες Native American καταγωγή κατά μέσο όρο από ό, τι οι κάτοικοι των μεγάλων αστικά κέντρα (Πίνακας 1). Σε μια μελέτη ασθενών-μαρτύρων, περιπτώσεις μπορεί συχνά να περιλαμβάνει άτομα με πιο αμερικανών ιθαγενών, επειδή αναφέρονται από τα κέντρα υγείας μικρές ύπαιθρο προς τα μεγάλα αστικά νοσοκομεία για να λάβουν καλύτερη υγειονομική περίθαλψη. Αυτό το πρότυπο παραπομπής έχει μικρότερη επίδραση όσον αφορά τους ελέγχους, και ως εκ τούτου μπορεί να δημιουργήσει μια ψευδή ένωση των αμερικανών ιθαγενών με τη νόσο. Ωστόσο, καταγράψαμε τόπους γέννησης για όλους τους συμμετέχοντες στη μελέτη, και με αυτόν τον τρόπο ελέγχεται αυτό το δυναμικό παράγοντας σύγχυσης: όταν περιλαμβάνεται ο τόπος γέννησης (Λίμα εναντίον υπαίθρου) ως συμμεταβλητή στη λογιστική παλινδρόμηση, τη σύνδεση των αμερικανών ιθαγενών με καρκίνο του στομάχου επέμενε, αν και σε χαμηλότερο σημαντικότητα (ρ = 0.05 έναντι ρ = 0.011). Καταλήγουμε στο συμπέρασμα ότι η σχέση μεταξύ καρκίνου του στομάχου και η καταγωγή δεν είναι ένα κατασκεύασμα των παραπομπών των ατόμων υπαίθρου με υψηλή αμερικανών ιθαγενών σε νοσοκομεία της μελέτης μας. Το αποτέλεσμα αυτό υπογραμμίζει τη σημασία της συλλογής δεδομένων γενέτειρα και διαμονής για σπουδές γενετική συσχέτιση με ασθένειες στη Λατινική Αμερική, και σε άλλες περιοχές όπου οι περισσότεροι ευρωπαϊκή αποικιοκρατία και πρόσμιξη σημειώθηκαν σε πόλεις, και πολλά άλλα αυτόχθονα άτομα κυριαρχούν στις αγροτικές περιοχές, όπως στη Μελανησία και τη Νότια Αφρική .

Σε αυτή τη μελέτη, συμπεριλάβαμε ως μάρτυρες άτομα με εντερική μεταπλασία (n = 46), υποθέτοντας ότι αυτό δεν αυξάνει τον κίνδυνο ανάπτυξης γαστρικού καρκίνου [23], [24], [25]. Ωστόσο, αυτή η υπόθεση δεν είναι καθολικά αποδεκτό [34]. Όταν εναλλακτικά υποθέσουμε τρεις τακτικός κατηγορίες του κινδύνου εκδήλωσης ασθένειας (δηλαδή, άτομα χωρίς εντερική μεταπλασία, με εντερική μεταπλασία, και με καρκίνο του στομάχου), αυτή την εξέλιξη, η οποία αξιολογείται από έναν τακτικό λογιστικής παλινδρόμησης συνδέεται επίσης με Native American καταγωγή (OR = 2,83, 95 % CI του OR: 1.10 – 7.29, p = 0,031), αλλά και πάλι, η συσχέτιση αυτή δεν επιμένουν όταν ελέγχονται για όλους τους συμπαράγοντες (συντελεστής 1, 2, και 3 και ηλικία) (OR = 1,08, 95% CI των ΙΑΠ : 0,35 – 3,34, p = 0,897). Έτσι, τα αποτελέσματά μας δεν εξαρτώνται από την ένταξη της εντερικής μεταπλασίας άτομα ως μάρτυρες.

Ένα θέμα στο σχεδιασμό του πειράματος μας είναι ότι οι έλεγχοι επιλέχθηκαν ως συμπτωματική άτομα παρακολουθούν μια υπηρεσία γαστρεντερολογία, να υποβληθεί σε ενδοσκόπηση και τα περισσότερα από αυτά με μια γαστρική βλάβη: 6 με ιστολογικά φυσιολογικό γαστρικό βλεννογόνο, 248 με γαστρίτιδα, και 46 με μεταπλασία. Θα μπορούσε να υποστηριχθεί ότι το βέλτιστο έλεγχο θα πρέπει να αποτελείται μόνο από άτομα με φυσιολογικό γαστρικό βλεννογόνο. Ωστόσο, μόνο μέσα από μια ενδοσκόπηση είναι δυνατόν να διαπιστωθεί με ακρίβεια η απουσία των γαστρικών βλαβών, και εκτελεί μια ενδοσκόπηση για ερευνητικούς σκοπούς μόνο, δεν υποκινούνται από το γαστρικό που σχετίζονται με τα συμπτώματα δεν είναι πλέον ηθικά αποδεκτή. Από την άλλη πλευρά, χρησιμοποιώντας ως μάρτυρες άτομα από τον γενικό πληθυσμό που δεν υπεβλήθησαν σε ενδοσκόπηση δεν είναι απαραίτητα μια καλύτερη επιλογή επειδή η στρατηγική αυτή θα μπορούσε να συμπεριληφθεί ως μάρτυρες άτομα με γαστρίτιδα απαρατήρητα [35] και άλλες παρόμοιες αλλοιώσεις. Ως εκ τούτου, πιστεύουμε ότι οι έλεγχοι μας είναι η καλύτερη λειτουργική επιλογή για τη μελέτη αυτή, επειδή είναι άτομα που παρακολουθούν τις ίδιες υπηρεσίες γαστρεντερολογίας, όπως τις περιπτώσεις, και εφόσον έχουν υποβληθεί σε ενδοσκόπηση, γνωρίζουμε με ακρίβεια την κατάσταση του γαστρικού βλεννογόνου τους. Επίσης, στη Λατινική Αμερική υπάρχει ένα σημαντικό επίπεδο διαστρωμάτωσης του πληθυσμού οφείλεται σε κοινωνικοοικονομικό επίπεδο και την καταγωγή, που συσχετίζονται με τα μεγάλα αστικά κέντρα στη Λατινική Αμερική (εκτός από τη μελέτη αυτή, βλέπε Avena et al. 2012 [30], για παράδειγμα σε το Μπουένος Άιρες και Campbell et al. 2012 [27]). Με την επιλογή των ελέγχων μεταξύ τους συνοδούς του ίδιου νοσοκομείου από τις περιπτώσεις, έχουμε περιορίσει την εν λόγω άλλη πιθανή πηγή της διαστρωμάτωσης του πληθυσμού μεταξύ των περιπτώσεων και ελέγχων

Στην παρούσα μελέτη αναφέρουμε ένα εκπληκτικά υψηλό Native American καταγωγή (& gt? 74%). Τόσο σε ελέγχους και περιπτώσεις φοιτούν στα δημόσια νοσοκομεία από την πλέον κοσμοπολίτικη πόλη της Λίμα, το εθνικό κεφάλαιο που ήταν επίσης η πρωτεύουσα του Ισπανού Αντιβασιλεία του Περού για πέντε αιώνες και, ως εκ τούτου, το κέντρο του Ισπανού αποικιακής δύναμης. Μεγάλες πόλεις σε πληθυσμούς υποδοχής Εκουαδόρ, το Περού, τη Βολιβία και τη βόρεια Αργεντινή του οποίου η συνήθης πολιτιστικής ταυτότητας ως

μιγάδων

πιθανό αγνοεί μεγάλο ινδιάνικη γενετικό τους υπόβαθρο. Αυτές οι αστικοί πληθυσμοί συχνά κατοικείται από μετανάστες από τις αγροτικές περιοχές. Τα αποτελέσματά μας δείχνουν ότι οι μεγάλες πόλεις της Δυτικής Νότιας Αμερικής φιλοξενήσει τα εκατομμύρια των ατόμων κυρίως Amerindian γενετικό υπόβαθρο. Σύγχρονη διεθνή Νότιο-to-North μεταναστεύσεις από Νοτιοαφρικάνικη πόλεις από την περιοχή των Άνδεων, επίσης, τη διάδοση της γενετικό υπόβαθρο των ιθαγενών Αμερικανών σε όλο τον κόσμο, και αναμένεται ότι οι περίπου ένα εκατομμύριο μετανάστες Ηνωμένες Πολιτείες προέρχονται από χώρες των Άνδεων [36] έχουν υψηλά επίπεδα Native American φόντο. Δεν θα ήταν έκπληξη αν αυτοί οι πληθυσμοί, που ταξινομούνται ως «Hispano /Latino» στις Ηνωμένες Πολιτείες, είχε περισσότερα ινδιάνικη καταγωγή από ΗΠΑ ατόμων που ταξινομούνται ως Native American.

Εν κατακλείδι, δείξαμε ότι στον αστικό πληθυσμό αναμεμιγμένο από τη Λίμα, Native American ατομική καταγωγή συνδέεται με καρκίνο του στομάχου, αλλά αυτό εξηγείται από την ένωση των κοινωνικοοικονομικών μεταβλητών τόσο με καρκίνο του στομάχου και των αμερικανών ιθαγενών. Παρά την υψηλή συχνότητα εμφάνισης του καρκίνου του στομάχου στον περουβιανό πληθυσμό με πολύ υψηλή αμερικανών ιθαγενών, αποτέλεσμα μας δείχνει ότι αυτή η επιδημιολογική παρατήρηση δεν βασίζονται σε μια γενετική βάση, προτείνοντας ένα κυρίαρχο ρόλο για κοινωνικοοικονομικών παραγόντων και των ανισοτήτων στην πρόσβαση στις υπηρεσίες υγείας. Αναφέρουμε ένα εκπληκτικά υψηλό Native American καταγωγή (& gt? 74%) σε άτομα παρακολουθούν τα νοσοκομεία από την πλέον κοσμοπολίτικη πόλη της Λίμα. Από ιθαγενείς Αμερικανοί είναι μια παραμελημένη ομάδα στο γονιδιωματική μελέτες, που δείχνουν ότι ο πληθυσμός από τη Λίμα και σε άλλες μεγάλες πόλεις της Δυτικής Νότια Αμερική μπορεί να είναι βολικό στόχοι των επιδημιολογικών μελετών επικεντρώνεται στην Native American πληθυσμούς. Επιδίωξη αυτού λεωφόρο της έρευνας στην συνέχεια μεγαλύτερες μελέτες θα αρχίσουν να κλείσει το χάσμα [37] σε γενετικές μελέτες και τα πιθανά οφέλη τους μεταξύ των ευρωπαϊκών ατόμων και εκείνων που προέρχονται από άλλες γενικά λιγότερο καλά εξυπηρετείται πληθυσμούς.

Υλικά και Μέθοδοι

Θέματα

Για την μελέτη αυτή αρχικά προσληφθεί 576 άτομα παρακολουθούν Γαστρεντερολογίας Διευθύνσεις από τα ακόλουθα τρία νοσοκομεία στη Λίμα, μεταξύ του 2006 και του 2009: Arzobispo Loayza, Dos de Mayo (τόσο από την κυβέρνηση αποκλειστεί), και η καρκίνο ειδικεύεται Instituto Nacional de Enfermedades Neoplásicas. Κάθε συμμετέχων απάντησε σε ερωτηματολόγιο για την ηλικία αρχείο, το φύλο, τον τόπο γέννησης και διαμονής, και άλλα κοινωνικοοικονομικά, θρεπτική και κλινικές πληροφορίες (Πίνακας 1). Περιπτώσεις ήταν ενήλικες που αναφέρονται για ενδοσκόπηση και των οποίων οι βιοψίες επιβεβαιώθηκαν θετικά για καρκίνο του στομάχου με ιστοπαθολογική ανάλυση. Η ομάδα ελέγχου ήταν, επίσης, που αποτελείται από ενήλικα άτομα παραπέμπονται για ενδοσκόπηση, αλλά των οποίων οι βιοψίες ήταν αρνητικές για τον καρκίνο του στομάχου. Τα άτομα με προκακοήθων αλλοιώσεων όπως η δυσπλασία (n = 3) ή με παρουσία όγκων στομάχου πλην γαστρικού καρκίνου (n = 16) αποκλείστηκαν από τη μελέτη. Τα άτομα με εντερική μεταπλασία (n = 46) συμπεριλήφθηκαν ως έλεγχοι (βλέπε Συζήτηση). Ο τελικός αριθμός των ατόμων που θεωρούνται για τη δοκιμή στη μελέτη σύνδεσης ήταν 241 γαστρικό περιπτώσεις καρκίνου και 300 μάρτυρες.

Επίσης, συλλέχθηκαν δείγματα από 296 Native American άτομα που χρησιμοποιήθηκαν ως γονική πληθυσμούς να εκτιμηθεί καταγωγή των γαστρικών περιπτώσεων καρκίνου και τους ελέγχους. Αυτές περιλαμβάνουν 23 αγρότες από Pichacani (Πούνο), που ανήκει στον κυρίαρχο Άνδεων Quechua εθνική ομάδα, καθώς και 87 Σιμάα και 186 Ashaninka από την εθνική ομάδα Matsiguenga, εγκαταστάθηκαν μεταξύ των Άνδεων και του Αμαζονίου περιοχή. Για όλες τις περιπτώσεις γαστρικών και τους ελέγχους του καρκίνου και για τους ιθαγενείς Αμερικανούς, εξάγαμε γονιδιωματικό DNA χρησιμοποιώντας την μέθοδο φαινόλης-chlorophorm περιγράφεται από Sambrook et al. με τροποποιήσεις, ή το κιτ αίματος Gentra Puregene (Qiagen, ΗΠΑ) [38]. Η έρευνα αυτή εγκρίθηκε από IRBs της Asociación Benéfica PRISMA, Universidad Peruana Cayetano Heredia, το Πανεπιστήμιο Johns Hopkins, Universidade Federal de Minas Gerais, Νοσοκομείο Arzobispo Loayza, Νοσοκομείο Dos de Mayo και το Instituto Nacional de Enfermedades Neoplásicas. Όλοι οι συμμετέχοντες στη μελέτη με την προϋπόθεση γραπτή συγκατάθεση.

Προγόνων ενημερωτικό δείκτες (AIMS) και γονοτυπική

Για την εκτίμηση εθνικότητας για καθένα από τα άτομα της μελέτης, μπορούμε γονότυπος 106 SNPs που είναι κατατοπιστική για χώρες της Αφρικής, Ευρωπαϊκή και Native American καταγωγή [26]. Η γονοτυπική πραγματοποιήθηκε στην Βιοϊατρική Γονιδιωματική Κέντρο του Νοσοκομείου Όκλαντ Ερευνητικό Ινστιτούτο Παίδων (Πανεπιστήμιο της Μινεσότα, MN, USA), χρησιμοποιώντας την πλατφόρμα Sequenom iPlex (San Diego, CA, USA). Εν συντομία, αυτό βασίζεται σε μια επέκταση του εκκινητή αλληλόμορφο-ειδική ακολουθείται από διαχωρισμό εναλλακτικά αλληλόμορφα με φασματομετρία μάζας. Η γονοτυπική εμπλέκονται τέσσερις πολυπλεξίας δοκιμασίες, τρία περιέχει 26 SNPs και το ένα περιέχει 28 SNPs. Πριν γονοτυπική, δείγματα DNA υποβλήθηκε σε μια διαδικασία ποιοτικού ελέγχου (QC) που αποτελούνταν από: (1) ένα μη αλληλικές ποσοτικής-PCR ανάλυση που μετρά την ποσότητα του PCR-ενισχύσιμου DNA και (2) από έναν ανάγνωση τελικού σημείου από μια Taqman SNP δοκιμασία προσδιορισμού του γονότυπου (Applied Biosystems, Palo Alto, CA, USA) ότι, εκτός από την παροχή ενός δεύτερου εκτίμηση της ικανότητας των PCR για την ενίσχυση κάθε δείγμα, είναι ένας ευαίσθητος δείκτης του δείγματος προς δείγμα διασταυρούμενη μόλυνση. Αφού αφαιρεθούν τα rs30125 και rs888861 SNPs, η οποία έδειξε σε ποσοστό πρόσκλησης & lt? 95%, το μέσο ποσοστό πρόσκληση για την SNPs ήταν 99,7%. Από τους 106 δείκτες, 104 δημιουργούνται δυναμικά τιμές κλήσεων για τουλάχιστον το 95% των δειγμάτων, αλλά για τους rs2592888 SNP δεν υπάρχουν γονότυπους διαθέσιμες στο κοινό για τις HapMap πληθυσμούς και το SNP αποκλείστηκε από περαιτέρω αναλύσεις. Έτσι, χρησιμοποιείται γονότυπους για 103 SNPs να εκτιμηθεί πρόσμιξη (βλέπε πίνακα S3 για την πλήρη λίστα με τις συχνότητες αλληλόμορφο τους στους πληθυσμούς της μελέτης).

Προγόνων εκτιμά

εκτιμώμενη καταγωγή, χρησιμοποιώντας το ακόλουθες τρεις ομάδες γονέων που αποτελείται από άσχετα άτομα: (1) Δυτικής Αφρικής Γιορούμπα από τη Νιγηρία (YRI – 118 άτομα από το HapMap ΙΙ /ΙΙΙ του έργου)? (2) Γιούτα άτομα με ευρωπαϊκή καταγωγή διαθέσιμα στο

Κέντρο d’Etude du Πολυμορφισμού Humain-

CEPH συλλογής (CEU – 60 άτομα από το Έργο HapMap II) και (3) 296 περουβιανή ιθαγενείς Αμερικανούς που συλλέγονται από την ομάδα μας . Οι γονότυποι για τους Αφρικανούς και Ευρωπαίους ελήφθησαν από την δημόσια βάση δεδομένων HapMap [39], ενώ οι ιθαγενείς της Αμερικής ήταν ο γονότυπος για τη μελέτη αυτή.

Εμείς υπολογίζεται το άτομο καταγωγή και το 90% διάστημα αξιοπιστίας της, χρησιμοποιώντας τη μέθοδο που υλοποιούνται στο Δομή του προγράμματος 2.3.3 [40], [41]. Ταιριάζει μια Bayesian μοντέλο πιθανότητα δομή του πληθυσμού και πρόσμιξη χρησιμοποιώντας ένα Μόντε Κάρλο (MCMC) διαδικασία Markov Chain, εκτιμώντας τη συμβολή του Κ γονική πληθυσμών στα γονιδιώματα ατόμων από το αναμεμιγμένο πληθυσμού. Υποθέσαμε ότι η HapMap YRI και CEU και Native American δείγματα μας ήταν αντιπροσωπευτικά των γονικών πληθυσμών και ότι τα γαστρικά περιπτώσεις καρκίνου και ελέγχους από Λίμα ήταν αναμεμειγμένη άτομα. Για αυτό το σύνολο των δεδομένων, κάθε κίνηση Δομή είχε 50.000 burn-in βήματα που ακολουθούνται από 250.000 MCMC βήματα, και επαναλήφθηκε τρεις φορές για να επιτρέψει τον έλεγχο για την αξιοπιστία των αποτελεσμάτων. Αυτό το μήκος της διαδρομής και της διαδικασίας ελέγχου αποκλείει την ανεπιθύμητη έλλειψη σύγκλισης των αλυσίδων Markov, η οποία συμβαίνει όταν η διαδικασία δεν διερευνήσει σωστά το χώρο των παραμέτρων του μοντέλου. Ολα τα πειράματα διεξήχθησαν υποθέτοντας τρία συμπλέγματα (Κ = 3), λάμδα ορίστηκε σε 1,0, και οι παράμετροι α εκτιμήθηκαν για καθένα από τα τρία συμπλέγματα, GENSBACK = 2, MIGRPRIOR = 0,05 και δεν χρησιμοποιήσαμε προτέρων πληροφορίες για τα άτομα από γονική πληθυσμούς για να βοηθήσει την ομαδοποίηση (USEPOPINFO = 0).

η στατιστική ανάλυση

για να αντιπροσωπεύουν την γενετική δομή των δειγμάτων μας, στο πλαίσιο της γονικής πληθυσμιακή πολυμορφία, πραγματοποιήσαμε ανάλυση κύριων συνιστωσών (PCA) των μεμονωμένων γονότυπων (Σχήμα 1), όπως εφαρμόζεται στο λογισμικό Adegenet και Ade4 για R περιβάλλον [42], [43]. Χρησιμοποιήσαμε επίσης Ade4 να εφαρμόσει μια μέθοδο ομαδοποίησης που βασίζεται στην PCA δισδιάστατη αναπαράσταση των ατόμων και του πληθυσμού τους κεντροειδές, σχεδιάζοντας δισδιάστατη ελλείψεων διασποράς. Εκτός από το φύλο, την ηλικία και την αυτο-αναφερόμενη εθνότητα, ένα ευρύ σύνολο των κοινωνικοοικονομικών, θρεπτική και κλινικές πληροφορίες συλλέχθηκαν, συμπεριλαμβανομένης της πολιτικής κατάστασης, του τόπου γέννησης, το μορφωτικό επίπεδο, τις συνθήκες των νοικοκυριών, οι διατροφικές συνήθειες, η συχνότητα της κατανάλωσης φρούτων, λαχανικών, κρέας και τα πουλερικά, αφεψήματα, καθώς και τα συμπτώματα που σχετίζονται με γαστρικό. Η πληροφορία αυτή οργανώθηκε σε δυαδική, τακτικό ή κατηγορικές μεταβλητές, όπως παρουσιάζεται στον πίνακα S4). Αποκλείσαμε μεταβλητές που είχαν περισσότερο από 10% ελλείποντα δεδομένα, και ένα τελικό σύνολο 43 μεταβλητών συμπεριλήφθηκαν στις επόμενες αναλύσεις.