Αφηρημένο

Ερευνήσαμε το ρόλο του αριθμού αντιγράφων του όγκου (ΣΟ) -altered γονιδιώματος (CN-AG) στην καρκινογένεση του καρκίνου του τραχήλου (CC), ιδιαίτερα η επίδρασή της επί της έκφρασης γονιδίου, βιολογικές διεργασίες, και την επιβίωση των ασθενών. Πενήντα εννέα ανθρώπινων θηλωμάτων 16 (HPV16) -θετικό ΥΧ ερευνήθηκαν με μικροσυστοιχίες-31 για τη χαρτογράφηση CN-AG και 55 για την παγκόσμια έκφραση του γονιδίου, με 27 ΥΧ στο κοινό. πενταετούς επιβίωσης ερευνήθηκε σε 55 ασθενείς. Διαγραφές και ενισχύσεις & gt? 2.5 Mb ορίστηκαν ως μεταβολές της ΣΟ. Το% CN-AG κυμαίνεται από 0 έως 32,2% (μέσος όρος = 8.1 ± 8.9). Οι όγκοι που ταξινομούνται ως χαμηλή (μέση τιμή = 0.5 ± 0.6, η = 11), μέσης (μέσος όρος = 5.4 ± 2.4, η = 10), ή υψηλή (μέση τιμή = 19,2 ± 6,6, η = 10) CN. Η υψηλότερη% CN-AG βρέθηκε στο 3ο τρίμηνο, η οποία συνέβαλε κατά μέσο όρο το 55% του συνόλου των μεταβολών της ΣΟ. Γονιδίωμα-ευρύ, μόνο το 5,3% των CN-μεταβληθεί γονίδια απελευθερωθεί άμεσα από το γονίδιο της δοσολογίας. Αντίθετα, το ποσοστό σε πλήρως διπλές 3ο τρίμηνο ήταν διπλάσια. Ενίσχυση της 3q εξήγησε 23,2% της απελευθερωμένης γονιδίων σε όλη την όγκους (r

2 = 0.232, p = 0.006? Ανάλυση διακύμανσης), συμπεριλαμβανομένων των γονιδίων που βρίσκονται στο 3ο τρίμηνο και άλλα χρωμοσώματα. Ένα σύνολο από 862 γονίδια είχαν απελευθερωθεί αποκλειστικά σε υψηλής ΣΟ όγκους, αλλά μόνο 22,9% μεταβλήθηκαν ΣΟ. Αυτό υποδηλώνει ότι τα υπόλοιπα γονίδια δεν έχουν απελευθερωθεί άμεσα από το γονίδιο της δοσολογίας, αλλά από τους μηχανισμούς που προκαλείται

σε trans από

CN-τροποποιημένα γονίδια. Ανάφαση-προώθηση συγκρότημα /κυκλόσωμα (APC /C) εξαρτώμενη πρωτεόλυση πρωτεασώματος, γλυκόλυση, και απόπτωση ρυθμίζεται προς τα πάνω, ενώ την προσκόλληση των κυττάρων και την αγγειογένεση ήταν κατιούσα ρύθμιση αποκλειστικά σε όγκους υψηλής ΣΟ. Η υψηλή% CN-AG και υπερεκφράζεται προφίλ γονιδιακής έκφρασης του APC /C-εξαρτώμενη πρωτεόλυση πρωτεασώματος συνδέθηκαν με κακή επιβίωση των ασθενών (p & lt? 0,05, δοκιμασία log-rank). Μαζί με γλυκόλυση, ήταν γραμμικά σχετίζεται με το στάδιο της νόσου (r & gt? 0,38, p & lt? 0,01, Spearman test). Ως εκ τούτου, η αναστολή της APC /C-εξαρτώμενη πρωτεόλυση και πρωτεασώματος γλυκόλυση μπορούσε να είναι χρήσιμη για τη θεραπεία CC. Ωστόσο, εάν είναι απαραίτητο για την ανάπτυξη του όγκου μένει να αποδειχθεί

Παράθεση:. Medina-Martinez Ι, Barron V, Roman-Bassaure E, Juárez-Torres E, Guardado-Estrada Μ, Espinosa AM, et al . (2014) Επίδραση της δοσολογίας γονιδίου σε Gene Expression, βιολογικές διεργασίες και την επιβίωση σε τραχήλου της μήτρας Καρκίνος: Μια Γονιδιώματος-Wide Follow-up Study. PLoS ONE 9 (5): e97842. doi: 10.1371 /journal.pone.0097842

Συντάκτης: Robert D. Burk, Albert Einstein College of Medicine, Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής

Ελήφθη: 6 Δεκεμβρίου, 2013? Αποδεκτές: 25 Απρίλη του 2014? Δημοσιεύθηκε: 30 του Μάη του 2014

Copyright: © 2014 Medina-Martínez et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Αυτό το έργο υποστηρίχθηκε από το Εθνικό Συμβούλιο Επιστήμης και Τεχνολογίας (CONACYT, www.conacyt.mx), να χορηγούν αριθμούς 8135 /A1, 24341 (για JB), 80680 (για να SK) και 133.273 (σε γαλλικά φράγκα) και το Εθνικό Πανεπιστήμιο του Μεξικού ( www.unam.mx), χορηγεί αριθμό SDI.PTID.05.2 (σε JB). Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

ο καρκίνος του τραχήλου (CC) είναι ο δεύτερος συχνότερος καρκίνος στις γυναίκες παγκοσμίως, επηρεάζοντας 500.000 άτομα κάθε χρόνο? είναι η κύρια αιτία θανάτου από καρκίνο μεταξύ των γυναικών στις αναπτυσσόμενες χώρες [1]. Τα ιικά ογκοπρωτεΐνες Ε6 και Ε7 του ιού των ανθρωπίνων θηλωμάτων υψηλού κινδύνου (HPV) διαδραματίζουν σημαντικό ρόλο στην καρκινογένεση. Αναστέλλουν διαφόρων κυτταρικών στόχων, συμπεριλαμβανομένης της καταστολής όγκων ρ53 πρωτεΐνες και pRb, να διαταράξει κλειδί κυτταρικές διαδικασίες, όπως απόπτωση και κυτταρικό κύκλο ελέγχου, και να οδηγήσει σε γενωμική αστάθεια και νεοπλασματική ανάπτυξη [2]. Παρά τη ζημία που προκαλείται από αυτούς τους oncoviral πρωτεΐνες, CC είναι μια σπάνια επιπλοκή της λοίμωξης από τον ιό? Οι περισσότερες μολύνσεις είναι παροδικές και δεν εξελίσσονται σε νεοπλασματικές αλλοιώσεις. Κατά μέσο όρο, 12-15 χρόνια μπορούν να περάσουν πριν από μια επίμονη HPV λοίμωξη οδηγεί σε CC μέσω των προκαρκινικών σταδίων της τραχηλικής ενδοεπιθηλιακής νεοπλασματικών βλαβών [3]. Αυτά τα ευρήματα υποδεικνύουν ότι η μόλυνση HPV μόνη της δεν προκαλεί την ασθένεια και ότι άλλοι παράγοντες, όπως παθολογικά γονίδια ξενιστή, συνδέονται με την ανάπτυξη του διηθητικού καρκίνου.

Genomic ανισορροπίες μπορούν να συμβάλουν στην απορυθμισμένη έκφραση των ογκογονιδίων και ογκοκατασταλτικών γονιδίων σε καρκινικά κύτταρα, και τη συσσώρευση των εν λόγω τροποποιημένα γονίδια έχει συσχετιστεί με την εξέλιξη του όγκου [4]. Αρκετές αριθμό αντιγράφων (CN) -altered περιοχές (CNAs) έχουν ταυτοποιηθεί σε CC μέσω της ανάλυσης του γονιδιώματος του όγκου χρησιμοποιώντας μεθόδους όπως συγκριτικές γονιδιωματικές υβριδοποίησης, φθορισμό in situ υβριδισμού, και μικροσυστοιχίες (MAS). Τα κέρδη του 3q [5] – [11] και 5p [5], [12] – [15] είναι οι πιο συχνές χρωμοσωμικές μεταβολές στην CCS, και έχουν επίσης περιγραφεί στην άλλους συμπαγείς όγκους [16] – [18]. Η μικρότερη συναίνεση περιοχή της ενίσχυσης 3q στους χάρτες CC σε χρωμοσωμικές cytobands 3q26-27 [6] – [10], [19], γεγονός που υποδηλώνει ότι τα γονίδια, όπως

TERC

[20], [21],

PIK3CA

[22], και

ECT2

[23], τα οποία θεωρούνται υποψήφια ογκογονίδια για CC, μπορεί να εμπλέκεται στην αυχενική καρκινογένεση. Ο βαθμός στον οποίο αυτές οι επαναλαμβανόμενες χρωμοσωμικές μεταβολές αφορούν την ανάπτυξη του όγκου είναι ακόμη σε μεγάλο βαθμό άγνωστη. Από την άλλη πλευρά, η πλήρης ενίσχυση 5p είναι καλά τεκμηριωμένη σε δείγματα όγκου και κυτταρικές γραμμές [12], [23] – [25]. Μερικά γονίδια ενισχύθηκαν σε αυτή την περιοχή και πρότεινε να συμμετέχουν σε CC, όπως

SKP2

,

TERT

,

TRIO

,

RNASEN

, και

PRKAA1

, υπερεκφράζονται σε δείγματα όγκων [15] και κυτταρικές σειρές [12], [24].

Η συμβολή των μεταβολών ΣΟ να του τραχήλου της μήτρας καρκινογένεση είναι άλυτο, λόγω γονιδιώματος-ευρεία έλλειψη συσχέτιση μεταξύ CNA και γονιδιακή έκφραση [23], ακόμη και σε τελείως ενισχυμένο χρωμοσωμικό όπλα όπως 3q ή 5p [23] – [24], [26] – [27]. Σε μια προηγούμενη μελέτη, ερευνήσαμε εάν προσαρμογείς CNA στις κυτταρικές σειρές Calo, CaSki, HeLa, και SiHa συνδέονται με τις αλλαγές στη γονιδιακή έκφραση [23]. Γονιδίωμα-ευρύ, μόνο ένα μικρό ποσοστό των γονιδίων που βρίσκονται σε προσαρμογείς CNA (15,6%) ή ελάχιστη επαναλαμβανόμενες περιοχές (18,8%) είχαν ελευθερωθεί. Ωστόσο, τα ποσοστά αυτά ήταν, το πολύ, 4% υψηλότερη από ότι στην ομάδα των γονιδίων χωρίς αλλοιώσεις CN (14,8%). Τα στοιχεία αυτά δείχνουν ότι μόνο περίπου το 4% του CN-τροποποιημένα γονίδια συνολικά έχουν απελευθερωθεί άμεσα από το γονίδιο της δοσολογίας σε CC που προέρχονται από κυτταρικές σειρές. Ακόμη και σε τμήματα γονιδιώματος επιβεβαίωσε πρόκειται να ενισχυθεί πλήρως, όπως 3q και 5ρ, το ποσοστό των απελευθερωμένης γονίδια δεν ήταν πάντα αυξημένη. Στην περίπτωση της 5ρ, το ποσοστό των απελευθερωμένης γονιδίων αυξήθηκε έως και 33% στις κυτταρικές γραμμές 4. Αν και 3q ήταν σχεδόν εξ ολοκλήρου ενισχύθηκε σε Calo (93,5%) και HeLa (87,2%), το ποσοστό των απελευθερωμένης γονιδίων αυξήθηκε μόνο κατά προσέγγιση 2-φορές σε HeLa (23,4%), αλλά όχι σε Calo (12,7%) σε σύγκριση με εκείνη σε CaSki ( 13,9%) και SiHa (9,4%), η οποία έδειξε μόνο μερική ενίσχυση του 3q [23]. Είναι ενδιαφέρον, δεν υπερεκφράζεται όλες οι απελευθερωμένες γονίδια από διπλές 5p και 3ο τρίμηνο. Αντ ‘αυτού, περίπου το 20% των γονιδίων απελευθερωμένη σε 5p και περισσότερο από το 50% των γονιδίων απελευθερωμένης στο 3ο τρίμηνο ήταν μειωτικά. Ως εκ τούτου, άλλοι παράγοντες εκτός από γονίδιο δοσολογίας, όπως επιγενετικών μηχανισμών, μπορούν να επηρεάσουν την έκφραση του γονιδίου εντός εντελώς ενισχυμένα τμήματα γονιδιώματος. Δεν υπάρχουν μελέτες που διερεύνησαν την παγκόσμια συσχέτιση μεταξύ της μετατροπές και γονιδιακή έκφραση ΣΟ CC.

Στην παρούσα μελέτη, ερευνήσαμε 59 HPV16-θετική ΥΧ με μικροσυστοιχίες-31 για τη χαρτογράφηση CN-AG και 55 για την παγκόσμια γονίδιο έκφραση, με 27 ΥΧ στο κοινό. Ερευνήσαμε γονιδιώματος σε επίπεδο, σε ένα γονίδιο-προς-γονίδιο επίπεδο, το ποσοστό των CN-τροποποιημένα γονίδια που απορύθμιση και η έκταση της συνολικής αλλαγμένη μεταγραφικό σε CC που απορυθμισμένη άμεσα ή έμμεσα από το γονίδιο δοσολογίας. Ερευνήσαμε επίσης τις βιολογικές διεργασίες σε τραχήλου της μήτρας καρκινογένεσης που συνδέονται με γονίδια απελευθερωθεί από το γονίδιο δοσολογία και την επίδραση της γονιδιακής δόσης στη συνολική επιβίωση των ασθενών

Αποτελέσματα

Συνολικά Tumor Γονιδιώματος Ανάλυση:. Αναγνώριση των χρωμοσωμάτων , Περιφέρειες, και γονίδια μεταβάλλεται σε

ΣΟ

Ένα σύνολο 673 CNAs μεγαλύτερο από 2,5 Mb προσδιορίστηκαν με βάση την ανάλυση με την GeneChip χαρτογράφησης του ανθρώπινου 500 K (500 K) μικροσυστοιχιών: 446 πολλαπλασιασμούς και 227 διαγραφές. Αυτές οι περιοχές επικυρώθηκαν με μία δεύτερη υψηλής πυκνότητας μικροσυστοιχιών (CytoScan HD2.7) σε 15 από τα 31 όγκων που έχουν εξετασθεί με την 500 K μικροσυστοιχίας. Ο μέσος όρος σύμπτωση μεταξύ των δύο συστοιχίες ήταν 79,3%, αλλά αυξήθηκε γραμμικά από το 70% στο CNAs των 2,5-3 Mb σε 93,4% το CNAs μεγαλύτερη από 10 Mb (r = 0,93, p & lt? 0.001, Spearman συσχέτιση? Σχήμα S1) . Στην πραγματικότητα, όταν συγκρίθηκαν οι πλήρεις χρωμοσωμικές όπλων, η συσχέτιση μεταξύ των 2 μικροσυστοιχίες ήταν κοντά στο 100% (Σχήμα 1). Κατά μέσο όρο, οι όγκοι είχαν 22 ± 19 προσαρμογείς CNA (εύρος 0-65). Από το μέγεθος του απλοειδούς γονιδιώματος (3000 Mb), υπολογίσαμε το ποσοστό των CN-μεταβληθεί γονιδιώματος (CN-AG) για κάθε όγκο. Τα ποσοστά ποικίλουν ευρέως μεταξύ των όγκων από 0% έως 32,2% (μέσος όρος = 8.1 ± 8.9%) και ακολούθησε μια μη-παραμετρική διανομής (Σχήμα 2Α, Πίνακας 1). Οι όγκοι διαιρούνται σε 3 ομάδες ανάλογα με% CN-AG: χαμηλή (μέση τιμή = 0.5 ± 0.6, η = 11), μέσης (μέσος όρος = 5.4 ± 2.4, η = 10), και υψηλή (μέση τιμή = 19,2 ± 6,6, η = 10? Σχήμα 2Β, γκρι κουτιά). Μόνο 5 χρωμοσωμικό όπλα είχαν μέση% CN-AG υψηλότερη από εκείνη του μέσου όρου γονιδιώματος και έφθασε στατιστική σημασία (ρ & lt? 0,05, chi-square? Σημειώνονται με αστερίσκο στο Σχήμα 3Α). Τέσσερα από αυτά τα όπλα έδειξε αποκτήθηκε κυρίως γονιδιώματος (3q, 5ρ, Xp, Xq), και μόνο 3p έδειξε κυρίως διαγράφονται γονιδίωμα. Το υψηλότερο ποσοστό βρέθηκε στην 3q (44,3%), ακολουθούμενη πολύ κάτω από Xq (26,8%), XP (22,4%), και 5p (21,2%? Βλέπε Εικόνα 3Α). Μόνο CN-μεταβολές στα χρωμοσώματα 3q, XP και 5p έδειξε μια γραμμική συσχέτιση με τις παγκόσμιες μεταβολές στο γονιδίωμα (r = 0,88, ρ & lt? 0,0001, ανάλυση διακύμανσης). Αυτά τα 3 χρωμοσώματα μπορεί να εξηγήσει το 76% της διακύμανσης στη ΣΟ (προσαρμοσμένο R2 = 0,76), με 3q κατάταξη στην κορυφή και αντιπροσωπεύοντας το 55% του συνόλου των μεταβολών ΣΟ στο γονιδίωμα του όγκου [πολλαπλή γραμμική παλινδρόμηση (MLR)].

οι

σήματα έντασης πολυμορφισμών απλού νουκλεοτιδίου (SNPs) ή μη-πολυμορφική ανιχνευτές που εκφράζεται ως log

2 αναλογίες από χρωμοσώματα 3, 4, και 5 του όγκου R496 εξερευνηθεί χρησιμοποιώντας το 500 Κ μικροσυστοιχιών (άνω πάνελ) και HD 2.7 μικροσυστοιχίας (κάτω πίνακας). Σε αμφότερες τις ομάδες, ο άξονας γ απεικονίζει ένα ημερολόγιο

2 κλίμακα λόγο από -1,5 έως 1,5, και ο χ-άξονας δείχνει την ιδεόγραμμα των διερευνηθούν χρωμοσώματα με τις θέσεις του γονιδιώματος. Η οριζόντια γραμμή που διασχίζει το σημείο y = 0 αντιστοιχεί σε 2 αντίγραφα. Η μέση πυκνότητα του διερευνηθεί θέσεις είναι περισσότερο από 5 φορές υψηλότερη στην HD 2.7 μικροσυστοιχίας από ότι στο 500 K μικροσυστοιχιών (βλέπε υλικά και μέθοδοι).

Η

Πίνακας Α δείχνει οικόπεδα κουτί με την κατανομή των όγκων (n = 31), σύμφωνα με το ποσοστό του συνολικού, διαγραφεί, ή ενισχύεται CN-μεταβληθεί γονιδιώματος (CN-AG). Πίνακας Β δείχνει την κατανομή των όγκων, που ομαδοποιούνται στο χαμηλότερο (n = 11), μέσης (n = 10), και υψηλή (n = 10) ανάλογα με το ποσοστό της συνολικής και 3q CN-AG. Οι οριζόντιες γραμμές μέσα στα κουτιά αντιπροσωπεύουν τη μέση (σταθερή) και το μέσο (διακεκομμένη), και τα μουστάκια αντιπροσωπεύουν τις ελάχιστες και μέγιστες τιμές εντός του εύρους 1,56 διατεταρτημοριακό από το τέλος του κουτιού. Οι τιμές εκτός αυτού του εύρους αντιπροσωπεύεται από μαύρους κύκλους. Η μείωση της συσσωρευμένης συχνότητα των επαναλαμβανόμενων CN-τροποποιημένα γονίδια, καθώς αυξάνουν τον αριθμό των όγκων που μοιράζονται το ίδιο αλλαγμένο γονίδιο, παρουσιάζεται για το σύνολο του γονιδιώματος (Πίνακας C) ή για χρωμοσώματα με σημαντικά υψηλή% CN-AG (πλαίσιο D) . Συνδυασμένη γονίδια είναι εκείνα τα οποία έχουν διαγραφεί σε ορισμένες και ενισχύθηκαν σε άλλους όγκους.

Η

Η αριστερή πλευρά δείχνει την διερευνηθούν γονιδιώματος (Mb) σε κάθε βραχίονα χρωμόσωμα που εξερευνήθηκε με μικροσυστοιχία 500 Κ σε 31 όγκους. Η δεξιά πλευρά δείχνει τον αριθμό των γονιδίων σε κάθε βραχίονα διερευνηθεί με το ανθρώπινο γονίδιο 1.0 ST μικροσυστοιχιών σε 27 των όγκων στα οποία εξετάστηκε CN. Κάθε ράβδος αντιπροσωπεύει το ποσοστό των CN-AG (αριστερά) ή απορυθμισμένη γονίδια (δεξιά) του χρωμοσωμικού βραχίονα αναφέρεται στη μέση. Κόκκινο μπάρες δείχνουν κέρδη ή υπερέκφραση και μπλε μπάρες αντιπροσωπεύουν απώλειες ή υποέκφραση. Η διακεκομμένη γραμμή αντιπροσωπεύει το μέσο ποσοστό της παγκόσμιας CN-AG (8,1%? Αριστερά) ή το ποσοστό της απελευθερωμένης γονιδίων (9,5%? Δεξιά) στο γονιδίωμα του όγκου. Οι βραχίονες που σημειώνονται με αστερίσκους είχαν κατά μέσο όρο ποσοστό CN-AG ή το ποσοστό της απελευθερωμένης γονιδίων ανώτερη και στατιστικά σημαντική σε σύγκριση με τους αριθμούς που βρίσκονται στο πλήρες γονιδίωμα του όγκου (p & lt? 0,05, chi-square)

Η

για την αναγνώριση των γονιδίων με μεταβολές της ΣΟ, που ευθυγραμμίζονται CNAs με ανθρώπινα γονίδια ανάλογα με τη θέση στο γονιδίωμα. Ο αριθμός των αλλοιωθεί γονιδίων κυμαίνονταν από 0 έως 10.666 (μέσος = 2.754 γονίδια? Βλέπε Πίνακα 1) μεταξύ των όγκων και συσχετίζονται θετικά με% CN-AG (r = 0,99, p & lt? 0,0001, συσχέτισης του Pearson). Οι περισσότεροι CN-τροποποιημένα γονίδια δεν κατανέμεται μεταξύ των όγκων. Η συσσωρευμένη συχνότητα των επαναλαμβανόμενων CN-τροποποιημένα γονίδια μειώθηκαν δραστικά όταν ο αριθμός των όγκων που μοιράζονται το ίδιο αλλαγμένο γονίδιο αυξημένη (Σχήμα 2C). Στην πραγματικότητα, δεν υπάρχει γονίδιο μεταβλήθηκε σε όλους τους 31 όγκους διερευνηθεί, και μόνο 3 γονίδια (

RPL21P39

,

NLGN1

,

GM2AP1

) μεταβλήθηκαν σε 20 όγκους. Τα γονίδια 3q ήταν η πιο επαναλαμβανόμενη -μέχρι έως 10 όγκους που εμφανίζονται μεταβολές του σχεδόν το 100% του διερευνηθούν genes-, και η καμπύλη 3q μετατοπίστηκε προς τα δεξιά 6 όγκοι από την πλησιέστερη καμπύλη των άλλων χρωμοσωμάτων (βλέπε Εικόνα 2D). Ένα σύνολο από 264 γονίδια είχαν επαναλαμβανόμενες μεταβολές, όλα από 3q, σε 16 (51,6%) ή περισσότερο όγκους.

Έχουμε επιλέξει 7 από τα πιο επαναλαμβανόμενα γονίδια που βρίσκονται στο 3ο τρίμηνο (

CLDN1

,

ECT2

,

NAALADL2

,

NLGN1

,

PLOD2

,

PLSCR1

, και

PLSCR4

) να είναι επικυρωθεί με μια τεχνική πραγματικού χρόνου ποσοτική αλυσιδωτή αντίδραση πολυμεράσης (qPCR) σε όλες τις 31 όγκους και 17 ελέγχους. Όλα τα γονίδια εμφανίζονται σημαντική θετική συσχέτιση (r & gt? 0,6, ρ & lt? 0,0001, τη συσχέτιση Pearson) μεταξύ της μέσης έντασης (αναλογία log2) του SNPs ταυτοποιούνται με τη μικροσυστοιχία στην CNAs, στην οποία τα γονίδια που βρίσκονται σε κάθε όγκο, και ο αριθμός αντιγράφων που υπολογίζεται με qPCR (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται). Όταν ο αριθμός των αντιγράφων που υπολογίζεται με qPCR συγκρίθηκε μεταξύ των ομάδων, η μέση CN των 7 διερευνηθούν γονίδια ήταν σημαντικά υψηλότερη σε όγκους που είχαν μεταβολές σε σχέση με εκείνους χωρίς αλλοιώσεις σε αυτά τα γονίδια 3q (ρ & lt? 0,05, δοκιμασία t? Σχήμα 4Α) .

η κορυφή του πίνακα δείχνει ο μέσος αριθμός αντιγράφων των γονιδίων 7 (

CLDN1

,

ECT2

,

NAALADL2

,

NLGN1

,

PLOD2

,

PLSCR1

, και

PLSCR4

) που βρίσκεται στο 3ο τρίμηνο διερευνηθεί με qPCR στους ελέγχους (λεμφοκύτταρα) και οι όγκοι με 2 ή 3-4 αντίγραφα ταυτίζεται με το 500 K μικροσυστοιχίας. Μουστάκια κάθε ράβδου αντιπροσωπεύουν το τυπικό σφάλμα της μέσης τιμής. Η διακεκομμένη κόκκινη γραμμή δείχνει την τιμή για 2,5 αντίγραφα υπολογίζεται με qPCR (βλέπε υλικά και μέθοδοι). Το κάτω μέρος του πίνακα δείχνει την συσχέτιση της γονιδιακής έκφρασης των γονιδίων 8 (

MCM2

,

PLOD2

,

PLSCR1

,

SMC4

,

ECT2

,

NLGN1

,

RFC4

, και

CLDN1

) που βρίσκεται στο 3ο τρίμηνο διερευνηθεί σε 27 όγκους και 6 έλεγχοι τόσο με την HG 1.0 ST μικροσυστοιχιών και τεχνικές qRT-PCR . Σύνδεση

2 τιμές των κανονικοποιημένων σήματα έντασης που λαμβάνεται με την μικροδιάταξη (ουσιαστικές multichip μέσες τιμές) και qRT-PCR παρίστανται γραφικώς. γραμμή τάσης (μαύρη γραμμή), συντελεστής συσχέτισης (r), και σ αξία υπολογίστηκαν με τεστ συσχέτισης κατά Pearson.

Η

Ανάλυση της Παγκόσμιας Gene Expression

Το ποσό του αγγελιοφόρου RNA (mRNA ) που μεταγράφεται από 21.034 γονίδια διερευνήθηκε με τη χρήση της μικροσυστοιχίας HG 1.0ST σε 27 από τα 31 όγκων που έχουν εξετασθεί με 500 K μικροσυστοιχίας και σε 17 φυσιολογικό τραχηλικό επιθήλιο ελέγχους (Σχήμα 5, Πίνακας 1 και Πίνακας 2). Εμείς εντοπίστηκαν 2.006 μεταβληθεί γονίδια (9,5%), 57,6% μειωτικά και 42,4% υπερεκφράζεται (Πίνακας S1). Όταν οι 2 αδενοκαρκινώματα (ACC? R075 και R189 στον Πίνακα 1) και το καρκίνωμα αδενοχοληδωτό κυττάρων (ASCC? R298 στον Πίνακα 1) αποκλείστηκαν από τις αναλύσεις, βρήκαμε ένα παρόμοιο αριθμό των γονιδίων και του συσχετισμού 95% με τον κατάλογο των αλλοιωθεί γονίδια. Ως εκ τούτου, για να διατηρηθεί το μέγεθος του δείγματος που περιλαμβάνει όλες τις 27 υποψήφιες χώρες.

Το σχήμα δείχνει τη ροή εργασίας ανάλυση των 59 περιπτώσεων CC διερευνηθούν σε αυτή τη μελέτη. Όλα τα δείγματα CC ήταν HPV16 θετικά και διερευνήθηκαν με μικροσυστοιχίες-31 για τη χαρτογράφηση CN-AG και 55 για την παγκόσμια έκφραση του γονιδίου, με 27 ΥΧ στο κοινό. Αυτές οι 27 υποψήφιες χώρες χρησιμοποιήθηκαν για τις αναλύσεις της παγκόσμιας γονιδιακής έκφρασης και της συσχέτισης μεταξύ της ΣΟ-AG και γονιδιακή έκφραση. Για την ανάλυση ιεραρχικής ομαδοποίησης, συμπεριλήφθηκαν τα προφίλ έκφρασης των δειγμάτων 55 CC. πενταετούς επιβίωσης ερευνήθηκε σε 55 ασθενείς, 51 διερευνηθούν για τη γονιδιακή έκφραση και 28 για αλλαγές ΣΟ, με 24 ΥΧ στο κοινό. Δείτε το υλικό και οι μέθοδοι ενότητα για λεπτομέρειες σχετικά με τις διαδικασίες.

Η

Η συχνότητα της απελευθερωμένης γονίδια ήταν υπολογίζονται χρωμόσωμα. Από τα 42 διερευνηθούν τα χέρια, μόνο 5 (3q, 4ιζ, 6ρ, 15q, και Xq) έδειξαν υψηλότερη και στατιστικά σημαντικό ποσοστό της απελευθερωμένης γονιδίων σε σύγκριση με το συνολικό ποσοστό (9,5%? Σημειώνονται με αστερίσκο στο Σχήμα 3Β). Τα χρωμοσώματα που έδειξε το υψηλότερο ποσοστό ήταν 6P (16,0%, p & lt? 0.001) και το 3ο τρίμηνο (15,9%, p & lt? 0.001), ακολουθούμενη από 4Q (15,6%, p & lt? 0.001), Xq (13,0%, p & lt? 0.02), και 15q (12,9%, p & lt? 0,04)? chi-square test για όλες τις συγκρίσεις. Ρυθμισμένη προς τα πάνω γονίδια κυριάρχησε στο 3ο τρίμηνο και 6p, ενώ μειωτικά γονίδια ήταν πιο διαδεδομένη στην 4Q, 15q, και Xq (βλέπε Εικόνα 3Β).

Αξιολογήσαμε την έκφραση 28 γονιδίων που έχουν επιλεγεί για επικύρωση με μια τεχνική qRT-PCR σε 27 δείγματα CC και 6 ελέγχους (Πίνακας S2). Βρήκαμε μια σημαντική θετική συσχέτιση (μέσος όρος r = 0,74, p & lt? 0,05? Συσχέτισης του Pearson) μεταξύ των λογαριθμική τιμές (log2) των δεδομένων που λαμβάνονται με qRT-PCR και το μικροσυστοιχιών σε 27 από τα 28 γονίδια διερευνηθούν (96,4%). Το Σχήμα 4Β δείχνει τη συσχέτιση των τιμών έντασης (log2) που λαμβάνεται με τις μεθόδους 2 για 8 γονίδια βρίσκονται σε 3q. Αυτά τα δεδομένα έδειξαν ότι οι τιμές έκφρασης υπολογίζεται με την μικροσυστοιχιών ήταν αρκετά αξιόπιστες, διότι μέχρι 96,4% των επικυρωμένων γονιδίων είχε μια σημαντική συσχέτιση.

Για να προσδιοριστούν οι βιολογικές διαδικασίες που συνδέονται με τα 2.006 διαφορετικά εκφραζόμενα γονίδια, χρησιμοποιήσαμε τη βάση δεδομένων για το σχολιασμό, Οπτικοποίηση, και εργαλείο για την Ολοκληρωμένη Discovery (DAVID? https://david.abcc.ncifcrf.gov/). Σε σύγκριση με τη βάση δεδομένων ανθρώπινου γονιδιώματος, οι 5 πιο εμπλουτισμένο συστάδες με τις χαμηλότερες τιμές ρ σε μέτρια αυστηρότητα ήταν κυτταρικού κύκλου συμπεριλαμβανομένης της μίτωσης, μεταβολικές διαδικασίες DNA συμπεριλαμβανομένης της επισκευής του DNA, χρωμόσωμα διαχωρισμό, την οργάνωση του κυτταροσκελετού, και αναπτυξιακές διεργασίες (Πίνακας 3). Είναι ενδιαφέρον ότι, στο υψηλότερο αυστηρότητα, όπου αναμένονται πιο σφιχτά που σχετίζονται γονίδια σε κάθε ομάδα, οι συστάδες συμπεριλαμβανομένης της μίτωσης ήταν κατετάγη πρώτη, τρίτη και πέμπτη (βιολογικών διεργασιών με πλάγια γράμματα στον Πίνακα 3).

Η

Η συνολική ομάδα των γονιδίων απελευθερωμένης αναλύθηκε επίσης με Ingenuity Ανάλυση Pathway (ΙΡΑ), το λογισμικό, και τα συνολικά αποτελέσματα ήταν πολύ παρόμοια με εκείνα που ελήφθησαν με το εργαλείο DAVID (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται). Από τα 89 κανονικά μονοπάτια που IPA αναγνωριστεί ως μεταβλήθηκε (p & lt? 0,05, Fisher exact test), αυτές που εμπλέκονται στον κυτταρικό κύκλο και στην επιδιόρθωση του DNA κατατάσσεται στην κορυφή της λίστας (Σχήμα 6Α)

δείχνει Πίνακας Α. το top 25 κανονικές οδούς που εντοπίστηκαν στο σύνολο του 2006 απελευθερωμένη γονιδίων στο σύνολο των όγκων. Πίνακας Β δείχνει τα κορυφαία 25 κανονικές οδούς που εντοπίστηκαν στο σύνολο των 862 γονιδίων απελευθερωμένης αποκλειστικά σε όγκους υψηλής ΣΟ. Οι κανονικές οδοί αναγνωρίσθηκαν με το λογισμικό Ingenuity Pathway ανάλυση. Η -log (τιμή ρ) και αναλογία υπολογίστηκαν με σύγκριση του αριθμού των γονιδίων που ανήκουν στην οδό που υπάρχει στα σύνολα δεδομένων με τη βάση δεδομένων του ανθρώπινου γονιδιώματος. Η τιμή p υπολογίστηκε χρησιμοποιώντας το chi-τετράγωνο ή ακριβές τεστ του Fisher, ανάλογα με την περίπτωση, και τις αξίες της -log (τιμή p) μεγαλύτερη από 1,3 (κόκκινη γραμμή) αντιστοιχεί σε μία τιμή της p & lt? 0,05. Η κανονική διαδρομή της σηματοδότησης υποξία επαγώγιμου παράγοντα (HIF1α) ήταν στατιστικά σημαντική στην απελευθερωμένη γονιδίων στο σύνολο (μέρος 43ο) και στον τομέα της υψηλής ΣΟ σύνολο των όγκων (26η θέση).

Η

Συσχέτιση μεταξύ των αλλαγών στη ΣΟ και γονιδιακής έκφρασης

Μια απλή ανάλυση της εικόνας 3 δείχνει ότι δεν υπάρχει σαφής συσχέτιση μεταξύ της έκφρασης των γονιδίων και CNAs. Για παράδειγμα, ένα από τα 5 χρωμοσώματα με το υψηλότερο ποσοστό CN-AG, μόνο 2 (3q, Xq) έδειξαν σημαντική αύξηση του ποσοστού των απορυθμισμένη γονιδίων. Επιπλέον, οι άλλες 3 χρωμοσώματα που δείχνουν μια σημαντική αύξηση στην απελευθερωμένη γονίδια (4Q, 6ρ, 15q) έλειπε ένα υψηλό ποσοστό των CN-AG, ακόμη και 6ρ και 15q είχε ένα ποσοστό πολύ χαμηλότερο από το συνολικό μέσο όρο. Παρά το γεγονός ότι υπερεκφράζεται γονίδια κυριαρχούν στα περισσότερα από τα χρωμοσώματα με ένα υψηλό ποσοστό των κερδών, αυτά τα χρωμοσώματα έχουν επίσης ένα υψηλό ποσοστό των μειωτικά γονιδίων, και σε ορισμένες, όπως Xq, το ποσοστό των μειωτικά γονιδίων κυριαρχεί (Εικόνα 3). Από την άλλη πλευρά, χρωμοσωμάτων που εμφανίζεται κυρίως διαγραφές (3ρ, 4ρ) είχε επίσης ένα ποσοστό ρυθμίζεται προς τα πάνω γονίδια, αν και το ποσοστό των κατιούσα ρύθμιση γονιδίων κυριαρχούσε.

Για να κατανοήσουμε πληρέστερα τη σχέση μεταξύ της μεταβολής της ΣΟ και γονιδιακή έκφραση, αναλύσαμε τις μεταβλητές αυτές γονίδιο από το γονίδιο σε κάθε όγκο. Η κατάσταση έκφρασης (μειωτικά, ρυθμίζεται προς τα πάνω, ή χωρίς αλλαγή) για κάθε γονίδιο διερευνηθεί (n = 21.034) πιστοποιήθηκε σε κάθε όγκο χρησιμοποιώντας τιμές αποκοπής (βλέπε υλικά και μέθοδοι). Η κατάσταση CN καθενός από αυτά τα γονίδια αναγνωρίστηκε επίσης σε κάθε όγκο. Ο αριθμός των γονιδίων με και χωρίς αλλαγές στην ΣΟ και γονιδιακή έκφραση παρουσιάζεται για κάθε όγκο στον Πίνακα 1. Ο μέσος αριθμός CN-τροποποιημένα γονίδια ήταν 1,673, και ο μέσος αριθμός των 2 γονιδίων αντίγραφο ήταν 19.362 (βλέπε Πίνακα 1). Κατά μέσο όρο, 2.010 γονίδια (9,6%) έχουν απελευθερωθεί σε όγκους, εκ των οποίων 241 είχαν μεταβληθεί ΣΟ και 1769 είχε 2 αντίγραφα. Τα στοιχεία αυτά σημαίνουν ότι, κατά μέσο όρο, μόνο το 14,4% (241 /1.673) των CN-τροποποιημένα γονίδια και 9,1% (1.769 /19.362) 2 γονίδια αντιγράφου είχαν απελευθερωθεί. Η διαφορά μεταξύ των 2 υποομάδες ήταν μόνο 5,3% (p & lt? 0,00001, chi-square) και αντιστοιχεί στο μέσο ποσοστό των γονιδίων με μεταβολές ΣΟ που μπορεί να απελευθερωθεί άμεσα από το γονίδιο της δοσολογίας. Αξίζει να σημειωθεί ότι, μόνο το 69% των ενισχυμένων και απελευθερωμένη γονίδια υπερεκφράζεται? το υπόλοιπο ήταν ρυθμίζεται προς τα κάτω. Επιπλέον, μόνο το 82% των διαγράφεται και απελευθερωμένη γονίδια ρυθμίστηκαν προς τα κάτω? οι υπόλοιποι υπερεκφράζεται (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται). Αυτά τα αποτελέσματα συμφωνούν με τις παρατηρήσεις σε επίπεδο χρωμοσώματος.

Για να διερευνηθεί αν υπάρχει μια γραμμική τάση μεταξύ της έκφρασης των γονιδίων και το ποσό της μεταβολής ΣΟ (CN-AG), αναλύσαμε την συσχέτιση μεταξύ των 2 μεταβλητών, συμπεριλαμβανομένου του ατόμου δεδομένα για όλους τους όγκους που μελετήθηκαν. Όπως ήταν αναμενόμενο, ο συνολικός αριθμός των απελευθερωμένης γονιδίων αυξήθηκε με% CN-AG (που υπολογίζεται από τον Πίνακα 1, r = 0,5, ρ = 0,007, τη συσχέτιση Pearson? Σχήμα 7). Σύμφωνα με την εξίσωση στο Σχήμα 7 (Υ = 32x + 1,734), σε έναν όγκο με 0% CN-AG (x = 0), ο αριθμός των απελευθερωμένης γονιδίων είναι περίπου 1734 και θα απελευθερωθεί με μηχανισμούς διαφορετικούς από γονίδιο δοσολογίας. Αντίθετα, ο όγκος με το υψηλότερο% CN-AG (R365 = 32,2%, βλέπε πίνακα 1) θα έχουν ένα επιπλέον 1.034 απορυθμισμένη γονίδια (σύνολο = 2,768). Ο αριθμός αυτός είναι πολύ κοντά στην παρατηρούμενος αριθμός απελευθερωμένης γονιδίων (βλέπε Πίνακα 1) και περιλαμβάνεται το κλάσμα απελευθερωμένης γονιδίων που μπορεί να απελευθερωθεί άμεσα από γονίδιο δοσολογίας. Σε αυτή την ακραία περίπτωση, ο αριθμός αντιστοιχεί στο 37,4% του συνόλου των απελευθερωμένης γονιδίων (1034/2768). Στο σύνολο των όγκων, μόνο το 12% (241 /2.010) της απελευθερωμένης γονίδια κατά μέσο όρο ήταν μεταβληθεί CN (υπολογίζεται από τον Πίνακα 1). Μόνο CN-αλλαγές στο 3ο τρίμηνο έδειξε μια σαφή γραμμική παλινδρόμηση με την παγκόσμια έκφραση του γονιδίου (r = 0,51, p = 0,006, ανάλυση διακύμανσης), και εξήγησε 23,2% (προσαρμοσμένο r

2 = 0.232, MLR) όλων των αλλαγών στο γονιδιακής έκφρασης.

Η τάση του αριθμού των απελευθερωμένης γονίδια με τον αυξημένο% CN-AG στο σύνολο των 21.034 διερευνηθούν γονίδια εμφανίζονται. Η γραμμή αντιπροσωπεύει τη γραμμική τάση συσχέτισης για το σύνολο δεδομένων. Επίσης φαίνονται οι η εξίσωση της γραμμής, το συντελεστή συσχέτισης, καθώς και σ αξία υπολογίζεται με τεστ συσχέτισης του Pearson του.

Η

Αναγνώριση Απελευθερωμένης Γονίδια και βιολογικές διεργασίες που σχετίζονται με μεταβολές στη γονιδιακή δοσολογία

α) η απορρύθμιση γονιδίων σε χαμηλής και όγκους υψηλής ΣΟ.

Για τον προσδιορισμό των διαφορικά εκφραζόμενων γονιδίων σε όγκους με χαμηλή και υψηλή ποσοστά μεταβολών ΣΟ (βλέπε Εικόνα 2Β, γκρι κουτιά), συγκρίναμε κάθε ομάδα όγκους με την ομάδα ελέγχου (n = 17) χρησιμοποιώντας την μέθοδο SAM. Από τα 21.034 διερευνηθούν γονίδια, 1.757 (8,4%) έχουν απελευθερωθεί σε όγκους με υψηλή ΣΟ, αλλά μόνο 1.104 γονίδια (5,2%) έχουν απελευθερωθεί σε όγκους με χαμηλή ΣΟ. Είναι ενδιαφέρον, 895 (81,1%) της απελευθερωμένης γονιδίων στο χαμηλό-CN ομάδα, επίσης, είχαν απελευθερωθεί στην ομάδα υψηλού ΣΟ. Η διαφορά στον αριθμό των γονιδίων απελευθερωμένης μεταξύ της υψηλής-CN ομάδα και τα κοινά γονίδια (n = 862) αντιστοιχούσε στο κλάσμα των γονιδίων απελευθερωμένης με γονιδιακή δοσολογία στην υψηλής CN ομάδα (49,1%).

Είναι αξιοσημείωτο ότι μόνο 9.2% των γονιδίων απελευθερωμένης αποκλειστικά σε υψηλής-CN όγκους (79 από 862) ενισχύθηκαν (n = 76) ή να διαγραφούν (n = 3) σε 6 ή περισσότερα όγκους. Τα υπόλοιπα γονίδια τροποποιήθηκαν CN σε 4-5 (n = 118), 1-3 (n = 370), ή καθόλου (n = 295) όγκους (Πίνακας S3). Με βάση αυτούς τους υπολογισμούς, μπορούμε συντηρητική παραδοχή ότι σε αυτή την ομάδα γονιδίων που σχετίζονται αποκλειστικά με όγκους υψηλής CN (n = 862), γονίδιο δοσολογία έχει άμεση επίδραση επί της έκφρασης γονιδίου σε, το πολύ, 22,9% από αυτά τα γονίδια (CN μεταβάλλεται σε ≥4 όγκοι). Τα υπόλοιπα γονίδια (αλλοιωθεί ΣΟ σε ≤3 όγκους, n = 665) δεν θα πρέπει να απελευθερωθεί άμεσα από γονιδιακή δοσολογία αλλά και από άλλους μηχανισμούς, ίσως επηρεασμένος

σε trans

από ορισμένους CN-τροποποιημένα γονίδια.

β) Προσδιορισμός των βιολογικών διεργασιών που σχετίζονται με όγκους με υψηλά και χαμηλά ΣΟ.

το εργαλείο DAVID χρησιμοποιήθηκε για τον προσδιορισμό των βιολογικών διεργασιών εμπλουτισμένη στο υποσύνολο των κοινών γονιδίων (n = 895) και εκείνων απελευθερωθεί αποκλειστικά σε υψηλής -CN (n = 862) και χαμηλή-CN (n = 209) όγκων. Οι συστάδες των βιολογικών διεργασιών που βρίσκονται στο σύνολο των κοινών γονιδίων ήταν πολύ παρόμοια με εκείνα εμπλουτισμένο στο σύνολο των όγκων (Πίνακας 3 vs. Πίνακας S4). Ωστόσο, ορισμένες σημαντικές βιολογικές διεργασίες εμπλουτισμένο στο σύνολο των όγκων, όπως η αγγειογένεση, τη ρύθμιση της κυτταρικής προσκόλλησης, και την ανάφαση-προώθηση σύμπλοκο /κυκλόσωμα (APC /C) -εξαρτώμενη πρωτεασώματος καταβολική διαδικασία ουβικιτίνη-εξαρτώμενη πρωτεΐνη (βλέπε Πίνακα 3) δεν εμπλουτίστηκαν στο υποσύνολο των γονιδίων που μοιράζονται από τις δύο ομάδες. Είναι ενδιαφέρον ότι, αυτά τα 3 διεργασίες εμπλουτίστηκαν στα υψηλά-CN όγκων? Επιπλέον, κατέλαβε την πρώτη θέση ανάμεσα στις βιολογικές διαδικασίες (Πίνακας 4). Άλλα συμπλέγματα εμπλουτισμένη αποκλειστικά στον τομέα της υψηλής CN ομάδα, αλλά δεν προσδιορίζονται στο υποσύνολο των κοινών γονιδίων που περιλαμβάνονται γλυκόλυση, η οποία κατέλαβε τη δεύτερη θέση, την απόπτωση, και τη μεταφορά mRNA (βλέπε Πίνακα 4). Αυτά τα δεδομένα υποδηλώνουν ότι αυτές οι διαδικασίες είναι στενά συνδεδεμένες με γονίδιο δοσολογία. Οι διαδικασίες οργάνωσης κυτταροσκελετού, του κυτταρικού κύκλου, και τη συσκευασία του DNA, αν και όχι αποκλειστική, επίσης εμπλουτισμένο στην ομάδα των γονιδίων που σχετίζονται με όγκους υψηλής CN, υποδηλώνοντας ότι μερικά γονίδια που εμπλέκονται σε αυτές τις διαδικασίες μπορεί να απελευθερωθεί με γονιδιακή δοσολογία. Όλες αυτές οι βιολογικές διεργασίες, εκτός κυτταρική προσκόλληση και την αγγειογένεση, συσχετίστηκαν με υπερεκφράζεται γονίδια. Είναι ενδιαφέρον ότι, στο υψηλότερο αυστηρότητα, οι διαδικασίες της APC /C-εξαρτώμενη πρωτεασώματος καταβολική διαδικασία πρωτεΐνη ουμπικουϊτίνη εξαρτώμενη κατετάγη πρώτη, ακολουθούμενη από τη γλυκόλυση και τη συσκευασία DNA (βιολογικών διαδικασιών με πλάγιους χαρακτήρες στον Πίνακα 4). Εμφανώς, τα περισσότερα από τα γονίδια που εμπλέκονται στις βιολογικές διαδικασίες που συνδέονται με όγκους υψηλής CN δεν μεταβλήθηκαν CN (Σχήμα 8). Από την άλλη πλευρά, μόνο 2 συστάδες εμπλουτίστηκαν στο υποσύνολο των γονιδίων απελευθερωμένης αποκλειστικά σε χαμηλά-CN όγκους: διαφοροποίηση των κυττάρων και την επεξεργασία και παρουσίαση του πεπτιδίου αντιγόνου μέσω του μείζονος συμπλέγματος ιστοσυμβατότητας τάξης Ι (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται). Αυτό υποδηλώνει ότι τα περισσότερα από τα γονίδια που εμπλέκονται σε αυτές τις διαδικασίες είναι 2 απορυθμισμένη μέσω μηχανισμών πλην γονίδιο δοσολογίας.

Ορατή είναι οι αριθμοί των 2-αντιγράφου ή CN-τροποποιημένα γονίδια σε ≤3 όγκους (πράσινο ράβδοι) και CN -altered γονίδια σε ≥4 όγκους (μπλε γραμμές) μεταξύ των βιολογικών διεργασιών εμπλουτισμένη στο υποσύνολο των γονιδίων απελευθερωμένης αποκλειστικά σε όγκους υψηλής ΣΟ.

η

Για να διερευνηθεί αν τα προφίλ γονιδιακής έκφρασης του βιολογικές διεργασίες που σχετίζονται με όγκους υψηλής ΣΟ επιτρέπουν το διαχωρισμό των όγκων, είτε από CN ή από βιολογικές διεργασίες οι ίδιοι, πραγματοποιήσαμε μια ανεξέλεγκτη ιεραρχική ομαδοποίηση για να ταξινομήσει 55 όγκους διερευνηθεί με την HG 1.0 ST μικροσυστοιχιών (Πίνακας 2), συμπεριλαμβανομένων των 27 όγκους διερευνηθούν για ανάλυση ΣΟ, και 17 υγιείς τραχήλου της μήτρας ελέγχους. Μόνο τα προφίλ έκφρασης της γλυκόλυσης και APC που εξαρτάται από καταβολικές διαδικασία πρωτεΐνη του πρωτεασώματος διαχωρίζονται σαφώς τους όγκους σε ομάδες με ειδικά χαρακτηριστικά έκφρασης (Σχήμα 9). Στην ανάλυση της γλυκόλυσης, το δενδρόγραμμα έδειξε 3 κύριους κλάδους: 1 με μια ισχυρή ρυθμίζεται προς τα πάνω προφίλ, ένα άλλο με ένα συνδυασμό αδύναμο πάνω και προς τα κάτω ρυθμισμένη σήματα, και ένα τρίτο με ένα ισχυρό προφίλ της ενεργότητας. Αυτά τα αποτελέσματα δείχνουν την ετερογένεια στο γονίδιο υπογραφή αυτής της βιολογικής διεργασίας σε όλο το σύνολο των δειγμάτων. Οι περισσότεροι όγκοι (81,8%) σε σύμπλεγμα ομοιόμορφα μέσα στις πρώτες 2 κλαδιά, και μια μειοψηφία συγκεντρωμένα στον τρίτο κλάδο (18,2%). Αντίθετα, όλα τα αλλά 3 έλεγχοι συγκεντρωμένα στην τρίτη διακλάδωση. Αξίζει να σημειωθεί ότι, οι όγκοι υψηλής CN ομαδοποιήθηκαν σε έντονα (60%) και σε συνδυασμό (40%) ρυθμίζεται προς τα πάνω προφίλ, ενώ οι όγκοι χαμηλών CN ομαδοποιούνται κυρίως στην κατιούσα ρύθμιση (50%) και σε συνδυασμό (30%) προφίλ (p = 0,028 , Fisher exact test? Σχήμα 9Α)

Ανεξέλεγκτη ιεραρχική ανάλυση σύμπλεγμα 55 ΥΧ και 17 υγιή δείγματα τραχηλικού επιθηλίου χρησιμοποιώντας τις τιμές έκφρασης των γονιδίων απελευθερωμένης από γλυκόλυση (πίνακας Α) και το ανάφαση-προώθηση σύμπλοκο /κυκλόσωμα. (APC /C) καταβολική διαδικασία εξαρτώμενη πρωτεΐνη του πρωτεασώματος (ομάδα Β) που λαμβάνεται με την HG 1.0 ST μικροσυστοιχιών. Κάθε σειρά αντιπροσωπεύει ένα γονίδιο και κάθε στήλη αντιπροσωπεύει ένα δείγμα. Δείγματα όνομα που αρχίζει με ένα «R» είναι υποψήφιες και με ένα «C» είναι οι έλεγχοι? ΥΧ που λήγει σε 1, 2 ή 3 ανήκουν σε χαμηλής, μέσης ή ομάδες υψηλού CN, αντίστοιχα, ενώ εκείνοι που έληξε χωρίς αριθμό δεν είχαν διερευνηθεί για την ΣΟ. Το μήκος και η υποδιαίρεση των κλάδων αντιπροσωπεύουν τις σχέσεις μεταξύ των δειγμάτων με βάση την ένταση της γονιδιακής έκφρασης. ένα. ένα. ένα.