Αφηρημένο

VEGF-στοχοθετημένες αυξήσεις θεραπεία τόσο την ελεύθερη εξέλιξης (PFS) και τη συνολική επιβίωση (OS) των ασθενών με μεταστάσεις του καρκίνου των νεφρών (mRCC). Προσδιορισμός των μοριακών φαινοτύπων του RCC θα μπορούσε να βελτιώσει κινδύνου διαστρωμάτωση και την πρόβλεψη της πορείας κλινικής νόσου. Ερευνήσαμε κατά πόσο το γονίδιο-ειδικά υπερμεθυλίωση του DNA μπορεί να προβλέψει PFS και OS μεταξύ των ασθενών που υποβάλλονται σε θεραπεία με αντι-VEGF-βάση. ιστούς πρωτογενών όγκων από 18 ασθενείς που έλαβαν θεραπεία με στοχευμένες εξετάστηκαν αναδρομικά με τη χρήση ποσοτικών μεθυλίωσης-ειδική PCR ανάλυση του

CST6

,

LAD1

, HSA-

miR

-124 έως 3, και HSA-

ΜΙΚ

9-1 CpG νησιά. PFS και OS αναλύθηκαν για πρώτης γραμμής και διαδοχική αντιαγγειογενετικές θεραπείες με τη χρήση των στατιστικών log rank. Ευαισθησία και ειδικότητα προσδιορίστηκαν για την πρόβλεψη της πρώτης γραμμής αποτυχία θεραπείας. Υπερμεθυλίωση

CST6

και

LAD1

συνδέθηκε τόσο με μια συντομευμένη PFS (log rank p = 0,009 και p = 0,004) και OS (p = 0,011 και p = 0,043). Η διάμεση PFS παρατηρήθηκε για τις υψηλές και χαμηλές ομάδες μεθυλίωση του

CST6

και

LAD1

ήταν 2,0 vs.11.4 μήνες.

LAD1

μεθυλίωσης είχε μια ιδιαιτερότητα του 1,0 (95% CI 0,65 έως 1,0) και ευαισθησία 0,73 (95% CI 0,43 – 0,90) για την πρόβλεψη της θεραπείας πρώτης γραμμής.

CST6

και

LAD1

μεθυλίωση είναι υποψήφιος επιγενετικές βιοδείκτες που δείχνουν άνευ προηγουμένου συνεργασία με την PFS και OS, καθώς και ειδικότητα για την πρόβλεψη της ανταπόκρισης στη θεραπεία. δείκτες της μεθυλίωσης του DNA θα πρέπει να θεωρείται για την προοπτική της αξιολόγησης των μεγαλύτερων ομάδων ασθενών σε μελλοντικές μελέτες

Παράθεση:. Peters Ι, Dubrowinskaja Ν, Αμπάς M, Seidel C, Kogosov Μ, Scherer R, et al. (2014) Η μεθυλίωση του DNA Biomarkers Προβλέψτε Progression-Free και τη συνολική επιβίωση των μεταστατικό καρκίνο νεφρών (mRCC) Το επεξεργασμένο με Αντιαγγειογενής θεραπειών. PLoS ONE 9 (3): e91440. doi: 10.1371 /journal.pone.0091440

Επιμέλεια: Zhengdong Zhang, Ιατρικό Πανεπιστήμιο Nanjing, Κίνα

Ελήφθη: 7 Οκτ του 2013? Αποδεκτές: 11η Φεβρουαρίου 2014? Δημοσιεύθηκε: 14 Μαρτίου 2014

Copyright: © 2014 Peters et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Οι συγγραφείς δεν έχουν καμία υποστήριξη ή χρηματοδότηση για να αναφέρετε

Αντικρουόμενα συμφέροντα:. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

η νεφρική καρκινικών κυττάρων (RCC) είναι ένα από τα. κορυφαίες δέκα αιτίες των θανάτων από καρκίνο στις βιομηχανικές χώρες [1]. Αν και πρόσφατες βελτιώσεις στην στοχευμένη θεραπεία οδήγησαν σε παρατεταμένη επιβίωση των ασθενών με μεταστατικό RCC (mRCC), το συνολικό αποτέλεσμα είναι ακόμη κακή [2], [3].

Λόγω των διαφορετικών διαθέσιμων ενώσεων και έναν αυξανόμενο αριθμό των νέοι παράγοντες που επηρεάζουν μοριακά στοχευμένη δομές, όπως αγγειακού ενδοθηλιακού αυξητικού παράγοντα (VEGF) και τον στόχο της ραπαμυκίνης στα θηλαστικά (mTOR) σηματοδότησης [4] η βέλτιστη ακολουθία στοχευμένων θεραπειών μπορεί να υπάρχουν για τους ασθενείς, αυξάνοντας ενδεχομένως την επιβίωση με θεραπεία mRCC. Αν και προγνωστικών μοντέλων, όπως το MSKCC (Memorial Sloan Kettering,) και Heng συστήματα βαθμολόγησης, έχουν αναφερθεί να είναι ανεξάρτητοι προγνωστικοί δείκτες της κλινικής έκβασης, [5], [6] διάκριση μεταξύ των αποτελεσμάτων εξακολουθεί να είναι περιορισμένη. έχουν όγκο συγκεκριμένων παραμέτρων βιολογικά βασίζεται προταθεί για τη βελτίωση των θεμάτων αυτών [7].

Οι περισσότεροι Συντονιστικά Κέντρα Διάσωσης έχουν σαφή κυττάρων (ccRCC) ιστολογίας και εμφανίζουν λειτουργική αδρανοποίηση του von Hippel-Lindau (

VHL

) γονίδιο λόγω μεταλλάξεων ή επιγενετικών αποσιώπηση σε ποσοστό περίπου 80% των όγκων [8], [9]. Ωστόσο, η χωρίς εξέλιξη της νόσου (PFS) και τη συνολική επιβίωση (OS) των ασθενών με MRCC είναι ανεξάρτητες από την απώλεια του

VHL

λειτουργία [10]. Σε αντίθεση, η ανάλυση των πολυμορφισμών μονού νουκλεοτιδίου (SNPs) που ενδεχομένως επηρεάζουν τα γονίδια-στόχους sunitinib και συνδέτες εντόπισε δύο πολυμορφισμούς στο αίμα με βάση το

VEGFR3

που σχετίζονται με την PFS, αλλά όχι OS, των ασθενών που υποβάλλονται σε στοχευμένη θεραπεία [11 ]. Μέτρηση των επιπέδων της πρωτεΐνης ορού καρβονικής ανυδράσης IX (CA9) σε ασθενείς με μεταστατικό ccRCC αποκάλυψε μειώθηκε σημαντικά OS μεταξύ των ασθενών με υψηλότερες συγκεντρώσεις στον ορό CA9 [12]. Ένα άτομο πλεονέκτημα των ιστών ή αίματος με βάση τις μετρήσεις για ασθενείς που υποβάλλονται σε θεραπεία είναι αισθητή, αλλά η ακρίβεια, ευαισθησία και ειδικότητα των μεθόδων αυτών δεν έχουν ακόμα αναφερθεί ή επικυρωθεί [13].

Αν και οι μεγάλες ομάδες ασθενών έχουν υποβληθεί σε exom ολόκληρη αναλύσεις μεταλλάξεων, μόνο έναν περιορισμένο αριθμό γονιδίων, εκτός από

VHL

και polybromo 1 (

PBRM1

) έχουν εντοπιστεί να έχουν μεταλλάξεις στο RCC, και τα περισσότερα με χαμηλή συχνότητα [14]. Ως εκ τούτου, ο περιορισμένος αριθμός των συχνά μεταλλαγμένων γονιδίων μειώνει την πιθανότητα εντοπισμού προγνωστικών μετάλλαξης που βασίζεται με την κατάλληλη ευαισθησία και ειδικότητα. DNA μεθυλίωση των CpG νησίδων (CGIs) σε ένα σημαντικό αριθμό ρυθμιστικών ή όγκου γονίδια καταστολής έχει αναγνωριστεί ως ένα λειτουργικό υποκατάστατο μεταλλάξεων και έχει αναφερθεί ότι είναι ένα συχνό συμβάν σε RCC [15]. Επιπλέον, λειτουργική απώλεια του

VHL

έχει βρεθεί να συνδυάζεται με διευρυμένο εμφάνιση των επιγενετικών αλλαγών [16], και όλα τα δεύτερης συχνές μεταλλάξεις σχετίζονται με μεταβάλλονται χρωματίνης /σταθεροποίηση ιστόνης ή τροποποίηση, οι μηχανισμοί που συνδέονται με CGI μεθυλίωση και γονιδιακή έκφραση [17]. Ως εκ τούτου, η συχνή ανίχνευση των επιγενετικών αλλαγών σε RCC διαφοροποιεί RCC βιολογία του όγκου και παρέχει υποψηφίους για νέες διαγνωστικές, προγνωστικές ή προγνωστική δείκτες [18]. CGI μεθυλίωσης σε πολλά γονίδια έχει ήδη αναγνωριστεί ως υποψήφια prognosticators ανεξάρτητη από κλινικοπαθολογοανατομικές παραμέτρους [19] – [21]. Ωστόσο, επιγενετικής βιοδείκτες προβλέπουν την κλινική πορεία των ασθενών mRCC υποβάλλεται σε στοχευμένη θεραπεία, έχουν, προς το καλύτερο της γνώσης μας, δεν έχουν αναφερθεί.

Υποθέσαμε ότι η μεθυλίωση CGI έχει σχέση με την ανταπόκριση στη θεραπεία, καθώς και ως την επιβίωση των ασθενών που υποβάλλονται σε mRCC αντιαγγειογενετικές θεραπεία. Ερευνήσαμε τέσσερα υποψήφια γονίδια, τρεις εκ των οποίων, Κυστατίνη Ε /Μ (

CST6

) και οι πολύ μικρές γονίδια RNA

miR-9-1

και

miR-124-3,

ταυτοποιήθηκαν πρόσφατα με ογκο-ειδικό CGI υπερμεθυλίωση και μια πιθανή συνεργασία με την πρόγνωση των ασθενών με RCC [19], [21], [22]. Η Ladinin 1 (

LAD1

) γονίδιο εντοπίστηκε πρόσφατα από την ομάδα μας ως ένα νέο δείκτη υποψήφιο μεθυλίωσης στο RCC δείχνει μονομεταβλητών συνεργασία με δυσμενείς κλινικοπαθολογοανατομικές παραμέτρους όπως είναι ο βαθμός του όγκου, μετάσταση στους λεμφαδένες, την κατάσταση των διακριτών μετάσταση και προχωρημένο στάδιο της νόσου (αδημοσίευτα δεδομένα).

LAD1

κωδικοποιεί μια πρωτεΐνη πρόσδεσης νήμα, ένα συστατικό της βασικής μεμβράνης που πιθανόν συμβάλλει στη σταθερότητα της αλληλεπίδρασης επιθηλιακά μεσεγχυματικά [23].

η παρούσα μελέτη διερεύνησε αν ένα σήμα μεθυλίωσης του DNA μπορεί να προβλέψει την αντίδραση των στοχευμένων αντιαγγειογενετικές θεραπεία των ασθενών mRCC και περιγράφει την ταυτοποίηση των δύο δεικτών μεθυλίωσης του DNA στο

CST6

και

LAD1

CGIs ως υποψήφιο επιγενετικές προγνωστικοί παράγοντες της PFS και OS των ασθενών που υποβάλλονται σε mRCC στοχευμένη θεραπεία.

Υλικά και Μέθοδοι

Δήλωση ηθικής

ενημέρωση δόθηκε η συγκατάθεση από τον κάθε ασθενή, καθώς και τις τοπικές επιτροπές δεοντολογίας επιτροπή (επιτροπή ηθική? Καθ HD Troger, Hannover Medical School, Carl-Neuberg-Str. 1, Αννόβερο, Γερμανία? Study_No: 1213-2011) έχουν εγκριθεί ειδικά αυτή τη μελέτη. Οι ασθενείς που έχουν συμφωνηθεί σε γραπτή μορφή για την αξιοποίηση του δείγματος ιστού για τη βασική έρευνα. Ελήφθη γραπτή δήλωση της ηθικής επιτροπής μας για αυτή τη μελέτη.

Χαρακτηριστικά ασθενών και Θεραπευτικά σχήματα

κλινικοπαθολογοανατομικές δεδομένων, αντίστοιχους ιστούς, και τα δεδομένα παρακολούθησης, συμπεριλαμβανομένης της PFS και OS των ασθενών με MRCC οι οποίοι υποβλήθηκαν σε θεραπεία με πρώτης γραμμής VEGF-στοχευόμενη θεραπεία συλλέχθηκαν από το Νοέμβριο του 2005 και τον Οκτώβριο 2011 στην Κλινική Αιματολογίας και το Τμήμα Ουρολογίας και Ουρολογικής Ογκολογίας στο Hannover Medical School (Πίνακας 1). Η βαθμολογία MSKCC ή κατάσταση απόδοσης ECOG δεν ήταν διαθέσιμα. Οι ασθενείς έλαβαν τις ακόλουθες θεραπευτικές αγωγές στην πρώτη γραμμή ρύθμιση: sunitinib (n = 12, 67%), sorafenib (n = 4, 22%), axitinib (n = 1, 5,5%), και bevacizumab (n = 1, 5,5%).

η

PFS ορίστηκε ως ο χρόνος από την έναρξη της πρώτης ημέρας της συστηματικής θεραπείας για την ανίχνευση μιας προοδευτικής συμβάν σύμφωνα με RECIST 1.1 κριτήρια σε τομογραφία υπολογιστή (CT) [ ,,,0],24]. OS ορίστηκε ως το χρονικό διάστημα από την πρώτη ημέρα της συστηματικής θεραπείας μέχρι το θάνατο του ασθενούς ή λογοκριμένη κατά την τελευταία παρακολούθηση. Το τέρμα «δεν είναι αξιολογήσιμα» στον Πίνακα 1 περιγράφει ασθενείς με PFS & lt? 2 μήνες οφείλεται στην πρόωρη διακοπή της θεραπείας που προκαλείται από την τοξικότητα ή πρόωρο θάνατο πριν από την πρώτη συνιστώμενη αξονική τομογραφία μετά την έναρξη της θεραπείας. Η αρχική ταξινόμηση ΤΝΜ των πρωτοπαθών όγκων εκτιμήθηκε σύμφωνα με την Ένωση για τη Διεθνή Έλεγχο του Καρκίνου 2002 ταξινόμηση [25]. Ασθενής παρακολούθηση περιλαμβάνεται έως και τρεις αλλαγές αλληλουχίας στο σχήμα θεραπείας.

Οι όροι’prognostic` και’predictivè χρησιμοποιήθηκαν σύμφωνα με τον ορισμό από το Εθνικό Ινστιτούτο Καρκίνου [26].

ιστού δείγματα, απομόνωση, και Bisulfite μετατροπή των όγκων DNA

ο ανεξάρτητος έλεγχος της ιστοπαθολογική εξέταση, το περιεχόμενο των κυττάρων του όγκου ρουτίνας παθολογικά δείγματα, και την επιλογή των περιοχών ιστού για την εξαγωγή του ιστού προσδιορίστηκαν από τον παθολογοανατόμο. Στη συνέχεια, οι κύλινδροι 1,5 mm σε μήκος και 2 mm σε ύψος εξαλείφθηκαν από τις μονιμοποιηθεί με φορμαλίνη και έχει εμπεδωθεί με παραφίνη μπλοκ (FFPE) ιστού χρησιμοποιώντας ένα 18 Charrière πυρήνα σφραγίδα και υποβλήθηκε σε απομόνωση DNA. Γονιδιακού DNA εκχυλίζεται με τη χρήση του αυτοματοποιημένου συστήματος Αγνό Magna LC 2.0 και Magna Αγνό LC DNA κιτ απομόνωσης II – ιστού (Roche Diagnostics Deutschland, η Roche Applied Science, Mannheim, Germany). Η ποιότητα του εκχυλίζεται DNA εκτιμήθηκε χρησιμοποιώντας φασματοφωτομετρία, ηλεκτροφόρηση σε πήκτωμα, και ποσοτική PCR, η οποία χαρακτηρίζεται από την απόδοση, την καθαρότητα, και το βαθμό της αποδόμησης του απομονωμένου DNA. Μετατροπή διθειώδους του DNA πραγματοποιήθηκε χρησιμοποιώντας το EZ μεθυλίωσης του DNA-Gold Kit (Zymo Research Corporation, Irvine CA, USA) και 1 μg του απομονωμένου DNA. Πλήρως μεθυλιωμένο και μετατρέπεται DNA, όπως επίσης και μη μεθυλιωμένου DNA ελέγχους όξινο θειώδες μετατρέπεται, χρησιμοποιήθηκαν όπως αναφέρθηκε προηγουμένως [21].

Ποσοτική μεθυλίωσης-ειδική PCR πραγματικού χρόνου Η ανάλυση

ποσοτική πραγματικού χρόνου φθορισμομετρική ‘εξωνουκλεάσης 5 PCR (qMSP) δοκιμασίες διεξήχθησαν για την ποσοτικοποίηση των επιπέδων CGI μεθυλίωσης του

CST6, LAD1,

HSA

-miR-124-3,

και HSA-

ΜΙΚ 9-1

. Η ανάλυση μεθυλίωσης της HSA

-miR-124-3

διεξήχθη όπως περιγράφηκε προηγουμένως [21]. συστήματα qMSP καθιερώθηκαν για

CST6, LAD1,

και HSA-

miR-9-1

χρησιμοποιώντας λογισμικό Designer Beacon (PREMIER Biosoft, Palo Alto CA, USA). Οι θέσεις βάσης των περιοχών διερευνηθεί CGI για

CST6, LAD1,

HSA

-miR-124-3,

και HSA-

miR-9-1

παρουσιάζονται στον Πίνακα 2. Οι θέσεις βάσης ανατρέξτε στην Browser USCS Γονιδιώματος [27]. Τα συστήματα qMSP χαρακτηρίστηκαν όπως περιγράφηκε για τη HSA

-miR-124-3

μετρήσεις μεθυλίωση [21]. Διπλότυπων πραγματικό χρόνο PCRs διεξήχθησαν σε έναν ΑΒΙ 7900HT (τεχνολογίες Life, Foster City, USA) σε πλάκες 384-φρεατίων όπως περιγράφηκε προηγουμένως [21]. Πειραματιστές τυφλώθηκαν στην ιστοπαθολογική και κλινική κατάσταση των δειγμάτων. Σχετικά επίπεδα μεθυλίωσης υπολογίστηκαν ως ανάλογη της μεθόδου ΔΔCt με κανονικοποίηση τη διαφορά στην CGI μεθυλίωση προσδιορίζεται με ανίχνευση σε πραγματικό χρόνο και ανεξάρτητες μετρήσεις του εσωτερικού ελέγχου με την αντίστοιχη διαφορά των πλήρως μεθυλιωμένων δείγματα ελέγχου DNA όπως περιγράφεται προηγουμένως [21], [28 ].

η

Στατιστική Ανάλυση επιβίωσης

Kaplan-Meier για χρησιμοποιήθηκαν για να παρουσιάσει σχετική επιβίωση στην PFS και αναλύσεις OS παρακάτω διχοτόμηση των όγκων σε υψηλές και χαμηλές φαινοτύπων μεθυλίωσης. Η μέση επιβίωση και η αντίστοιχη 95% διαστήματα εμπιστοσύνης (ΠΙ) έχουν αναφερθεί. Οι διαφορές στην PFS και OS ελέγχθηκαν με τη χρήση στατιστικών στοιχείων log-rank και η διάμεση επιβίωση αναλογίες υπολογίζονται.

P

-τιμές & lt? 0,05 θεωρήθηκαν σημαντικές. Για να καταστεί δυνατή μια σύγκριση με τη βιβλιογραφία, μονοπαραγοντική ανάλυση παλινδρόμησης Cox πραγματοποιήθηκαν για την εκτίμηση λόγων κινδύνου (HR). Για να υπολογίσετε την ευαισθησία και ειδικότητα για την αποτυχία της θεραπείας, μια τιμή αποκοπής PFS 6 μηνών χρησιμοποιήθηκε για διχοτόμηση [29] σε ανταποκρίθηκαν θεραπείας και δεν ανταποκρίθηκαν.

Ο χάρτης και ο δέκτης λειτουργεί χαρακτηριστικές καμπύλες θερμότητας κατασκευάστηκαν χρησιμοποιώντας το heatmap2 και τη λειτουργία ROCR στο πακέτο R (έκδοση 2.11.0.1) με έναν αλγόριθμο προεπιλογή ομαδοποίηση και το πακέτο gplot [30].

Αποτελέσματα

Bimodal κατανομή της σχετικής επίπεδα μεθυλίωσης στο CGIs των υποψηφίων γονιδίων

η ποσοτική μεθυλίωση αναλύσεις της CGIs του

CST6

,

LAD1

, HSA-

miR-124-3,

και HSA-

miR -9-1

αποκάλυψε την παρουσία ενός δίτροπη κατανομή των σχετικών τιμών μεθυλίωσης (Σχήμα 1Α και D? δεν παρουσιάζονται τα δεδομένα για HSA-

miR-124-3

και HSA-

miR-9 -1

). Εφαρμόζοντας μια ενιαία τιμή αποκοπής του 0,02% (που αντιστοιχεί σε -8,75 στην LN-κλίμακα που χρησιμοποιείται για οικόπεδα πυκνότητα πυρήνα στο Σχήμα 1Α και Δ) για τη σχετική μεθυλίωση, υψηλής και χαμηλής μεθυλιωμένα epigenotypes ήταν ομοιόμορφα διακρίνεται για το σύνολο των γονιδίων που αναλύθηκαν και χρησιμοποιούνται για συνεπής διχοτόμηση στην επιβίωση αναλύσεις.

Α και Δ istribution των τιμών σε σχέση με μεθυλίωση του

CST6

(Α) και

LAD1

(D) σε ασθενείς mRCC. Μια τιμή αποκοπής παρουσιάζεται για διχοτόμηση. Β και Ε Kaplan-Meier για την επιβίωση χωρίς εξέλιξη των ασθενών mRCC διχοτομήθηκε με υψηλές και χαμηλές μεθυλίωση του

CST6

(Β) και

LAD1

(Ε). C και F κατά Kaplan-Meier οικόπεδα της συνολικής επιβίωσης των ασθενών mRCC διχοτομήθηκε με υψηλές και χαμηλές μεθυλίωση του

CST6

(C) και

LAD1

(F).

Η

ανάλυση PFS

Kaplan-Meier και συνδεθείτε ανάλυση βαθμό του PFS σε υψηλή και χαμηλή μετουσιωμένο όγκων έδειξε μια σημαντική διαφορά τόσο για

CST6

και

LAD1

. Υψηλή μεθυλίωση συνδέθηκε με μια μέση επιβίωση των 2,0 μήνες, σε σύγκριση προς 11,4 μήνες μεταξύ των ασθενών με χαμηλή μεθυλίωση (ρ = 0,009 και ρ = 0,004, πίνακας 3Α). Σε αντίθεση, ούτε

miR-124-3

ούτε

miR-9-1

αποδειχθεί μια στατιστική σχέση με PFS (p = 0,339 και p = 0,319).

Η

ανάλυση του OS

ανάλυση

Kaplan-Meier και συνδεθείτε στατιστικά στοιχεία rank αποκάλυψε ότι τα υψηλά μεθυλίωση του

CST6

και

LAD1

σχετίστηκε με μειωμένη OS. Μια διάμεση OS 22,9 και 3,4 μήνες (p = 0,011, Πίνακας 3Β) λήφθηκε για χαμηλή και υψηλή

CST6

μεθυλίωση, αντίστοιχα. Μια διάμεση OS 16,4 και 3,4 μήνες (p = 0,043, Πίνακας 3Β) λήφθηκε για χαμηλή και υψηλή

LAD1

μεθυλίωσης.

Ανάλυση ευαισθησίας και ειδικότητας

Για να προσδιορίσετε η ευαισθησία και η ειδικότητα του

CST6

και

αναλύει LAD1

μεθυλίωσης για την πρόβλεψη της πρώτης γραμμής αποτυχία θεραπείας, οι τιμές μεθυλίωση διαχωρίστηκαν μεταξύ τους σε χαμηλές και υψηλές φαινοτύπων μεθυλίωση χρησιμοποιώντας την ίδια τιμή αποκοπής 0,02% όπως προσδιορίζεται πάνω από. τιμές PFS διαχωρίστηκαν μεταξύ τους χρησιμοποιώντας ένα αποκοπής των 6 μηνών, μια παράμετρος που είχε προταθεί προηγουμένως στην καλύτερη διάκριση μεταξύ ανταποκρίθηκαν θεραπείας και δεν ανταποκρίθηκαν [29]. Υψηλή μεθυλίωση του

LAD1

και

CST6

ήταν ένα χαρακτηριστικό των αποτυχημένων θεραπειών (Εικόνα 2Α). Στην περίπτωση του

LAD1,

και οι οκτώ ασθενείς με υψηλή μεθυλίωση δεν ανταποκρίθηκαν. Η ιδιαιτερότητα ήταν 1,0 (95% CI 0,65 έως 1,0) και την ευαισθησία 0,73 (95% CI 0,43 – 0,90) για την ανίχνευση της αποτυχίας της θεραπείας με τη χρήση

LAD1

μεθυλίωσης (Πίνακας 4), ενώ η ειδικότητα ήταν 0,86 (95 % CI 0,49 – 0,97) και την ευαισθησία 0,82 (95% CI 0,52 – 0,95) για

CST6

μεθυλίωσης (Πίνακας 4).

Α. Θερμότητα χάρτη της ομαλοποιημένη σχέση αξιών μεθυλίωσης (φυσικό λογάριθμο) ανιχνεύθηκαν σε

LAD1

,

CST6

,

miR-9-1,

και

miR-124-3

CGIs για κάθε ασθενή. Χαμηλές σε υψηλές τιμές μεθυλίωσης κωδικοποιούνται ως ιώδες (χαμηλή) σε κόκκινο (υψηλή) αποχρώσεις. Οι διακεκομμένες και συνεχείς γραμμές περιγράφουν τις διάμεσες και μεμονωμένες τιμές μεθυλίωση, αντίστοιχα. αριθμοί των ασθενών δίνονται στα αριστερά αντιστοιχούν στην αρίθμηση που παρουσιάζονται στον Πίνακα 1. απόκριση Therapy (0) και η αποτυχία της θεραπείας (1) ενδείκνυνται για κάθε ασθενή στα δεξιά. Αξίζει να σημειωθεί ότι, όλοι οι ασθενείς (αρ. 1-8) εμφανίζουν υψηλό μεθυλίωση του

LAD1

και 9 από τους 10 ασθενείς (αρ. 1-9, 14) εμφανίζουν υψηλή μεθυλίωση (κόκκινο χρώμα) του

CST6

ήταν μέρος της μη ανταπόκρισης (1) ομάδα. B. Ο δέκτης λειτουργεί χαρακτηριστικά (ROC) καμπύλη που απεικονίζεται τη διάκριση των μετρήσεων μεθυλίωσης και την περιοχή κάτω από την καμπύλη (AUC) δείχνει ότι ακόμα και με μικρή ομάδα ασθενών μας, ένα ισχυρό αποτέλεσμα για την ακρίβεια των δύο δεικτών μεθυλίωσης (AUC

CST6

= 0.88 και AUC

LAD1

= 0.90) μπορεί να ανιχνευθεί. Η ευαισθησία (αλήθεια θετικό ρυθμό) σχεδιάζεται έναντι 1-ειδικότητα (ποσοστό ψευδώς θετικών).

Η

Συζήτηση

Οι κλινικές εκβάσεις των ασθενών με MRCC έχουν βελτιωθεί από VEGF- στοχευμένες θεραπείες και αναστολείς mTOR διατέθηκαν [2], [3]. Ωστόσο, η στρωματοποίηση των ασθενών με χρήση βιοδεικτών θα μπορούσε να επιτρέψει μια καλύτερη κατανόηση της ανθεκτικότητας στα φάρμακα και να εντοπίσει μία βελτιστοποιημένη αλληλουχία του αντί-αγγειογόνο θεραπειών ειδικά για τον ασθενή, βελτίωση των ατομικών επιβίωση [7]. Επιπλέον, μπορεί να ελαχιστοποιηθεί οι παρενέργειες του αντι-νΕΟΡ με βάση σχήματα, όπως διάρροια, εξάνθημα, σύνδρομο χειρός ποδός, υπέρταση, και εξασθένιση, οι οποίες συχνά βλάπτουν σοβαρά την ποιότητα της ζωής κατά τη διάρκεια της θεραπείας.

Βρήκαμε ότι το DNA υπερμεθυλίωση

CST6

και

LAD1

στην πρωτοβάθμια RCC ιστό του όγκου συνδέεται σημαντικά με την PFS των ασθενών που λαμβάνουν το φάρμακο αντι-VEGF-βάση ως θεραπεία πρώτης γραμμής, αλλά και το λειτουργικό σύστημα του ασθενείς διαδοχικά έλαβαν θεραπεία με αντι-VEGF στοχευμένες φάρμακα και οι αναστολείς mTOR στη θεραπεία δεύτερης και τρίτης γραμμής. δεικτών μεθυλίωσης μας προέβλεψε την αποτυχία της θεραπείας με υψηλή εξειδίκευση και καλή ευαισθησία.

Για το καλύτερο της γνώσης μας, τα ευρήματα αυτά είναι πρωτοφανή σε πολλά σημεία, όπως προηγούμενες μελέτες δεν ήταν ιστού με βάση και είτε παρέχονται καμία σημαντική σχέση με την ανταπόκριση της θεραπείας [12] ή αναφέρονται μόνο περιορισμένη στατιστική ισχύ [11]. Ενώ οι μετρήσεις των επιπέδων ορού CA9 δεν αποκάλυψε σημαντικές διαφορές μεταξύ ανταποκρίθηκαν θεραπείας και μη-ανταποκρινόμενοι [12] Η ανάλυση των γενετικών παραλλαγών, πιθανόν αλληλεπιδρώντας με την οδό sunitinib, εντόπισαν δύο

VEGFR3

SNPs να σχετίζεται με θεραπεία και απόκριση PFS, αλλά όχι με το OS [11]. Αυτή η μελέτη δείχνει ότι οι ατομικές βιολογικές μεταβλητές μπορεί να επηρεάσουν την απόκριση στη θεραπεία. Από την άλλη πλευρά, η μεθυλίωση με βάση μας υποψήφιος προγνωστικοί υπερβαίνουν τη μέτρηση των παραλλαγών γονιδίου σε διάφορες σημαντικές απόψεις. Πρώτον, ο δυνητικός

LAD1

και

CST6

δείκτες μεθυλίωση με βάση μετρήθηκαν σε κύτταρα όγκου, τα οποία εμφανίζουν άμεσα χαρακτηριστικά όγκο που μπορεί να αντιπροσωπεύουν οι οδηγοί της αντίστασης και της βιολογικής επιθετικότητα DNA. Υπερμεθυλίωση

CST6

και

LAD1

εκτίθενται προγνωστική και διαγνωστική αξία στη μελέτη μας και είναι ένα υποθετικό βιοδείκτη για την επιλογή των ασθενών. Με βάση τα κλινικά αποτελέσματα στη μελέτη μας, θα απαιτηθούν διαφορετικές θεραπευτικές στρατηγικές για υπερμεθυλιωμένων όγκους. Μετά το δίκτυο των επιγενετικών αλλαγών και βιολογικές συμπεριφορές έχει ξετυλιχτεί, μπορούν να αναγνωριστούν επιπλέον νέες στόχους των θεραπευτικών παρεμβάσεων.

Αν η διαφορά στην επιγενετική ιστών και των μετρήσεων της γενετικής με βάση το αίμα αντιπροσωπεύει δύο επιγενετικών δεικτών που σχετίζονται με την η PFS και OS ασθενών mRCC είναι μια ενδιαφέρουσα ερώτηση. παραλλαγές γονιδίων που συνδέονται μόνο με PFS, ένα υποκατάστατο τελικό σημείο για μετρήσεις επιβίωσης σε mRCC που έχει ενδεχόμενους περιορισμούς [31]. Για το καλύτερο της γνώσης μας, ένας ιστός με βάση το μοριακό δείκτη δεν έχει προηγουμένως συσχετιστεί με το OS. Από στατιστική άποψη, επιγενετικής μελέτη μας παραδίδονται υψηλότερη ώρες σε επιβίωση αναλύει και παρείχε μια πιο ισορροπημένη ταξινόμηση σε ανταποκρίθηκαν και δεν ανταποκρίθηκαν από την μελέτη του Garcia-Donas et al. [11], και ως εκ τούτου μαζί συμβάλλουν σε μια ανώτερη δύναμη αυτής της μελέτης. Λαμβάνοντας υπόψη ότι ένα πολύ μικρότερο ομάδα ασθενών ήταν διαθέσιμα για τις μετρήσεις μας, τα ευρήματά μας υποδεικνύουν ότι μια ισχυρή επίδραση έχει ενδεχομένως έχουν εντοπιστεί. Επιπλέον, λαμβανομένου υπόψη ότι ένας αυξανόμενος αριθμός παραγόντων μπορεί να χρησιμοποιηθεί για τη θεραπεία της mRCC, μελλοντικών ταυτοποίηση βέλτιστο θεραπευτικό σχήμα θα μπορούσε να διευκολυνθεί με επιγενετικών δεικτών που επιτρέπουν καλό διαχωρισμό των ασθενών σε ανταποκρίθηκαν και μη-ανταποκρινόμενοι.

Είναι ενδιαφέρον ότι, τα επίπεδα μεθυλίωσης όλων των υποψήφιων δεικτών σαφώς διασπάται σε εύκολα διακριτές υψηλής και χαμηλής ομάδες μεθυλίωση, εξαλείφοντας την ανάγκη να ορίσει αυθαίρετα σημεία αποκοπής για διχοτόμηση. Ως εκ τούτου, ουσιαστικά δεν επικαλύπτονται υπήρχε μεταξύ των διασωστών και των μη-ανταποκρίθηκαν στην παρούσα μελέτη. Έτσι μας

LAD1

και

CST6

μεθυλίωση αναλύσεις απέδωσε υψηλή ιδιαιτερότητες των 1,0 και 0,86 για την ανίχνευση της αποτυχίας της θεραπείας, υπογραμμίζοντας την πιθανή σημασία αυτών των δεικτών σε mRCC.

Αυτή η μελέτη μπορεί επίσης να απαντήσει αν DNA prognosticators μεθυλίωσης που βασίζονται αντιπροσωπεύουν κατάλληλη πρόβλεψης της νόσου. Τόσο

miR-9-1

και

miR-124 με 3

[21], [22] απέτυχε ως προγνωστικοί δείκτες, επειδή δεν διαπιστώθηκε καμία συσχέτιση με την PFS ή OS των ασθενών που υποβάλλονται σε θεραπεία. Αυτό το εύρημα θα μπορούσε να εξηγηθεί από το γεγονός ότι οι ασθενείς mRCC αντιμετωπίζουν γενικά μια κακή πρόγνωση, και πολλοί όγκοι εμφανίζουν υψηλή μεθυλίωσης για το

miR

γονίδια όπως αναμένεται για τις υποψήφιες prognosticators.

Η ανεξαρτησία από την κλινική ή εργαστηριακών παραμέτρων δεν μπορεί να προσδιοριστεί στην παρούσα μελέτη, επειδή οι χαμηλοί αριθμοί δείγματος εμπόδισαν πολυπαραγοντική ανάλυση. Αντίστοιχα, οι σχετικές ερωτήσεις κατά πόσον οι δείκτες θα μπορούσαν να συνδυαστούν για να βελτιστοποιηθεί η προβλεπτική ισχύ ή αν δείκτες εμφανίζουν περιττές πληροφορίες μπορεί να απαντηθεί μόνο σε μελλοντικές μελέτες με τη χρήση ομάδες διευρυμένης μελέτης.

Ωστόσο, οι HRs παρατηρήθηκαν για κλινικές παραμέτρους για την έκβαση των ασθενών ήταν χαμηλότερες με περιορισμένη ακρίβεια ισχύος /διακρίσεις. Τα αποτελέσματά μας απαιτούν επιβεβαίωση σε μια ανεξάρτητη μελέτη επικύρωσης, συμπεριλαμβανομένης της εξέτασης των συστημάτων κλινικής βαθμολόγησης, όπως η σύγχυση.

Εν κατακλείδι, η μελέτη μας προσδιορίζονται

LAD1

και

CST6

CGI μεθυλίωση ως δύο επιγενετικών δεικτών που σχετίζονται με την PFS και OS των ασθενών που υποβάλλονται σε mRCC αντιαγγειογενετικές θεραπεία. Δείξαμε επίσης την δυνατότητα να βελτιώσει τη μοριακή πρόβλεψη της απόκρισης στη θεραπεία. Τα αποτελέσματά μας τονίζουν περαιτέρω την ιδέα ότι υπάρχουν επιγενετικώς αλλαγμένη Συντονιστικά Κέντρα Διάσωσης, και τα νέα συγκεκριμένες στρατηγικές μπορεί να απαιτούνται για τη θεραπεία ασθενών με τέτοιους όγκους.

Ευχαριστίες

Σας ευχαριστούμε Margrit Hepke και Christel Reese για τεχνική βοήθεια.