Αφηρημένο

Η παρούσα μελέτη είχε ως στόχο την ανακάλυψη αριθμό αντιγράφων του DNA αλλοιώσεις (προσαρμογείς CNA) που εμπλέκονται στην καρκινογένεση του στομάχου και στην κατανόηση κλινικοπαθολογοανατομικές σημασίες τους στην κορεατική πληθυσμού. αριθμό αντιγράφων του DNA αναλύθηκαν χρησιμοποιώντας Agilent 244K ή 400K πίνακα συγκριτικής γονιδιωματικής υβριδοποίησης (aCGH) σε νωπά-κατεψυγμένα όγκου και συμφωνημένα φυσιολογικών ιστών από 40 ασθενείς με καρκίνο του στομάχου. Ορισμένες από τις παρατηρηθείσες περιοχές ΚΥΠΕ επικυρώνονταν με πολλαπλή ενίσχυση καθετήρα απολίνωση-εξαρτώμενη (MLPA) σε έξι από τους 40 ασθενείς και να προσαρμοστεί Agilent 60K aCGH σε ένα ανεξάρτητο σύνολο 48 γαστρικών καρκίνων. Τα επίπεδα mRNA των γονιδίων στα κοινά περιοχές CNA αναλύθηκαν χρησιμοποιώντας ποσοτική PCR πραγματικού χρόνου. Αντιγραφή κέρδη αριθμός ήταν πιο κοινή από τις απώλειες σε ολόκληρο το γονιδίωμα σε ιστούς όγκου σε σύγκριση με συμφωνημένα φυσιολογικούς ιστούς. Ο μέσος αριθμός των αλλοιώσεων ανά περίπτωση ήταν 64 για τα κέρδη και τα 40 για τις απώλειες, και το μεσαίο μήκος εκτροπή ήταν 44.016 bp για τα κέρδη και 4732 bp για απώλειες. Αντιγραφή αριθμού κέρδη συχνά ανιχνεύονται σε 7p22.1 (20%), 8q24.21 (27% -30%), 8q24.3 (22% -48%), 13q34 (20% -31%), και 20q11-q13 (25% -30%), και οι απώλειες σε 3p14.2 (43%), 4q35.2 (27%), 6q26 (23%), και 17p13.3 (20% -23%). Προσαρμογείς CNA σε 7p22.1, 13q34, και 17p13.3 δεν έχουν αναφερθεί σε άλλους πληθυσμούς. Οι περισσότερες από τις απώλειες αριθμού αντιγράφων συνδέθηκαν με ρύθμιση προς τα κάτω των επιπέδων mRNA, αλλά ο συσχετισμός μεταξύ αντίγραφο κέρδη αριθμός και τα επίπεδα έκφρασης του mRNA μεταβάλλεται σε ένα γονίδιο-εξαρτώμενο τρόπο. Επιπλέον, αντιγραφή κέρδη αριθμός έτειναν να εμφανίζονται πιο συχνά σε καρκίνους εντερικού-τύπου από ό, τι σε καρκίνους διάχυτη τύπου. Συμπερασματικά, η παρούσα μελέτη δείχνει ότι τα κέρδη αριθμό αντιγράφων στο 8q24 και 20q11-q13 και ζημίες κατά 3p14.2 μπορεί να είναι κοινές εκδηλώσεις σε καρκίνο του στομάχου, αλλά CNAs σε 7p22.1, 13q34, και 17p13.3 μπορεί να είναι Κορέας ειδικές.

Παράθεση: Jin DH, Πάρκο SE, Lee J, Κιμ KM, Kim S, Kim DH, et al. (2015) Αριθμός Copy Κέρδη στο 8q24 και 20q11-q13 στο γαστρικό καρκίνο είναι πιο συχνές σε Εντερική-Type από Διάχυτη-Type. PLoS ONE 10 (9): e0137657. doi: 10.1371 /journal.pone.0137657

Επιμέλεια: Masaru Katoh, Εθνικό Κέντρο Καρκίνου, ΙΑΠΩΝΙΑ

Ελήφθη: 8 Μάρτη, 2015? Αποδεκτές: 19 Αυγούστου, 2015? Δημοσιεύθηκε: 11η Σεπτεμβρίου, 2015

Copyright: © 2015 Jin et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Δεδομένα Διαθεσιμότητα: Όλα τα σχετικά δεδομένα είναι εντός του Υποστηρίζοντας αρχεία πληροφοριών του χαρτιού και. Τα δεδομένα aCGH-244K και aCGH-400K μπορείτε να το κατεβάσετε από την ιστοσελίδα Gene Expression Omnibus του NCBI του. (Www.ncbi.nlm.nih.gov/geo, αριθμός πρόσβασης: GSE69318 και GSE69266, αντίστοιχα)

Χρηματοδότηση: η εργασία αυτή χρηματοδοτήθηκε από το Εθνικό R & amp? D Προγράμματος Ελέγχου Καρκίνου, Υπουργείο Υγείας και Πρόνοιας (# 1120270) και από το Ινστιτούτο της Κορέας Βιομηχανίας Υγείας Ανάπτυξης (KHIDI), που χρηματοδοτείται από το Υπουργείο Υγείας & amp? Πρόνοιας (HI14C1979), Δημοκρατία της Κορέας

Αντικρουόμενα συμφέροντα:. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

καρκίνο του στομάχου είναι η τρίτη κύρια αιτία του καρκίνου. θανάτους σε όλο τον κόσμο. Παρά τις σημαντικές προόδους στη διάγνωση και τη θεραπεία του καρκίνου του στομάχου, τα ποσοστά πενταετούς επιβίωσης των ασθενών με καρκίνο του στομάχου παραμένουν κάτω από 30% στις περισσότερες χώρες [1]. Επιπλέον, περίπου οι μισοί από τους ασθενείς που υποβάλλονται σε θεραπευτική χειρουργική εκτομή να συνεχίσουν να αναπτύσσουν τοπική-περιοχική ή απομακρυσμένες μεταστάσεις παρά την πολυ-τροπικότητα θεραπευτική προσέγγιση και να πεθάνουν από τη νόσο [2,3]. Αν και οι περισσότεροι γαστρικών καρκίνων εμφανίζουν παρόμοια κλινικά χαρακτηριστικά, υπάρχει σημαντική ετερογένεια στην ιστοπαθολογία και των συναφών μοριακών αλλαγών [4]. Κατά συνέπεια, είναι σημαντικό να προσδιοριστούν μοριακό βιοδείκτες που εμπλέκονται στην καρκινογένεση του γαστρικού καρκίνου για την έγκαιρη ανίχνευση και στοχευμένη θεραπεία της νόσου.

DNA αριθμού αντιγράφων αλλοίωση (CNA) ορίζεται ως τμήματα DNA 1 kb ή μεγαλύτερα σε μέγεθος, είναι ένας σημαντικός τύπος γενετική μεταβολή που παρατηρείται σε καρκινικά κύτταρα [5]. Προσαρμογείς CNA μπορεί να επηρεάσει την έκφραση του γονιδίου, φαινοτυπική διαφοροποίηση και προσαρμογή διαταράσσοντας εγγύς ή μακρινό ρυθμιστικές περιοχές του DNA ή μεταβάλλοντας τα επίπεδα γονιδιακής δόσης [6,7]. Επιπλέον, η κατανομή των αριθμού αντιγράφων είναι σημαντικά διαφορετική σε διακριτές προγονικό πληθυσμό, η οποία μπορεί να οδηγήσει σε διαφορετικές ευαισθησία σε ασθένειες, σε προγονική ομάδες [8]. Πρόσφατα, διάφορες ομάδες έχουν αναλύσει μεταβολές του DNA αριθμού αντιγράφων σε γαστρικό καρκίνο χρησιμοποιώντας συστοιχία συγκριτική γενωμική υβριδοποίησης (aCGH) και έχουν ταυτοποιήσει νέα γονίδια σημαντικά στην παθογένεση του γαστρικού καρκίνου [9-14]. Για παράδειγμα, Tsukamoto et al. [10] διερευνάται προσαρμογείς CNA σε 30 περιπτώσεις καρκίνου του στομάχου με τη χρήση BAC ή κλώνους PAC, και προσδιόρισε τις πιο συχνές περιοχές του DNA κέρδη αριθμού αντιγράφων ως 20q13, 20q11, 8q24, και 20p12, και των απωλειών ως 4q34-qter, 5q12, 18q21, και 3p14. Fan et al. [11] ανιχνεύεται CNAs σε 64 γαστρικό καρκινικούς ιστούς και 8 κυτταρικές γραμμές γαστρικού καρκίνου με τη χρήση BAC κλώνους, και παρατήρησε ότι 20q12-20q13 και 9p21 ήταν οι πιο συχνά ενισχύονται και διαγραμμένες περιοχές, αντίστοιχα. Επιπλέον, Cheng et al. [12] μελέτησαν προσαρμογείς CNA σε 27 γαστρικών καρκίνων από aCGH-244K και προσδιόρισε 8p11-Ε24, 20q11-q13, και 7q21-q22 ως το πιο αποκτήθηκε περιοχές και 4q34, 6p25, 18q12 και 18q22 ως το πιο χάσει περιοχές. Σε αυτές τις προηγούμενες μελέτες, εφαρμόστηκαν διάφορα μικροσυστοιχίες (BAC ή PAC κλώνος, ολιγο) για να διερευνήσει τους προσαρμογείς CNA σε γαστρικό καρκίνο, και οι αναφερόμενες περιοχές CNA ήταν διαφορετικά για τους διάφορους πληθυσμούς μελέτης.

Για τον εντοπισμό προσαρμογείς CNA σημαντικά στην παθογένεια του γαστρικού καρκίνου στην κορεατική πληθυσμού, πραγματοποιήσαμε την πρώτη ανάλυση του γονιδιώματος σε επίπεδο αριθμού αντιγράφων του DNA χρησιμοποιώντας aCGH-244K ή aCGH-400K σε 40 γαστρικών καρκίνων και στη συνέχεια να επικυρώσει τις ανιχνεύεται προσαρμογείς CNA χρησιμοποιώντας μια προσαρμοσμένη aCGH-60K σε ένα άλλο σύνολο των 48 γαστρικής καρκίνους. Τα αποτελέσματα των CNAs στη γονιδιακή έκφραση αναλύθηκαν σε μερικά από τα γονίδια με CNAs.

Αποτελέσματα

Ανακάλυψη CNAs εμπλέκονται στην καρκινογένεση του στομάχου

Για να ανακαλύψετε προσαρμογείς CNA εμπλέκονται στην η καρκινογένεση του στομάχου, όγκων και φυσιολογικών ιστών συμφωνημένα από 40 ασθενείς με γαστρικό καρκίνο αναλύθηκαν χρησιμοποιώντας συστοιχία συγκριτική γενωμική υβριδοποίησης (aCGH)? 30 περιπτώσεις από aCGH-400K και 10 περιπτώσεις από aCGH-244K. CNAs ανιχνεύθηκαν σε ολόκληρο το γονιδίωμα, και αριθμό αντιγράφων κέρδη ήταν πιο κοινή από ό απώλειες αριθμού αντιγράφων (Σχήμα 1Α). Ο αριθμός των CNAs ήταν πολύ διαφορετικές μεταξύ των ατόμων. Ο μέσος αριθμός των CNAs ανά περίπτωση ήταν 64 για τα κέρδη και τα 40 για τις απώλειες (Εικόνα 1Β), και το μεσαίο μήκος της περιοχής ΚΥΠΕ ήταν 44.016 bp για τα κέρδη και 4732 bp για απώλειες (Σχήμα 1C). Οι κοινές προσαρμογείς CNA ανιχνεύθηκαν χρησιμοποιώντας ένα πλαίσιο διορθωμένη αλγόριθμο με όριο p-τιμή του 0,05 και όριο επικάλυψη 0,9 (Σχήμα 1D). Αντιγραφή αριθμού κέρδη συχνά ανιχνεύεται σε χρωμοσωμικές περιοχές 7p22.1, 8q24.21, 8q24.3, 13q34 και 20q11-q13, και αντίγραφο απώλειες αριθμό παρατηρήθηκαν συχνά σε 3p14.2, 6q26, 7q36.3, 13q34 και 18q23 . Οι απώλειες σε μεγάλο βαθμό ανιχνεύθηκαν στα άκρα των χρωμοσωμάτων, και το μέγεθος ήταν σχετικά μικρή. Η προσαρμογείς CNA ήταν λιγότερο συχνές στα χρωμοσώματα 2 και 15. Το κοινό μήκη εκτροπή με χαμηλή τιμή p έπεσε κυρίως εντός 1 kb-10 kb (Σχήμα 1 Ε). Κοινή εκτροπές περίπου

MYC

γονιδίου σε 8q24.21 φαίνονται στο σχήμα 1F. Τα δεδομένα aCGH-244K και aCGH-400K μπορείτε να το κατεβάσετε από την ιστοσελίδα του NCBI της γονιδιακής έκφρασης Omnibus (www.ncbi.nlm.nih.gov/geo). (Αριθμός ένταξης: GSE69318 και GSE69266, αντίστοιχα)

( Α) η συνολική συχνότητα εκτροπών σε γαστρικών καρκίνων εμφανίζεται. Η οριζόντια γραμμή αντιπροσωπεύει χρωμοσώματα για 1-22 και X. Η κάθετη γραμμή αντιπροσωπεύει τη συχνότητα των κερδών και ζημιών σε όλες τις περιπτώσεις. (Β) Ο αριθμός των εκτροπών σε κάθε περίπτωση εμφανίζεται. Magenta μπάρες δείχνουν κέρδη και Viridian μπάρες δείχνουν απώλειες. (C) εκτροπών οικόπεδο μήκος πυκνότητας παρουσιάζεται. (D) Κοινή προσαρμογείς CNA σε 40 γαστρικό καρκίνο δείγματα φαίνονται. Μέσα σε κάθε χρωμόσωμα, οι εκτροπές που εκφράζεται με τη σειρά από το p τελομερών σε q τελομερών. Reds σχετικά με το δικαίωμα των χρωμοσωμάτων δείχνουν κέρδη, και χόρτα στα αριστερά των χρωμοσωμάτων δείχνουν απώλειες. (Ε) μήκους Κοινή εκτροπή με οικόπεδο p-τιμή εμφανίζεται. Οι (F) Κοινή εκτροπές στο χρωμόσωμα 8 (άνω τμήμα) και εκτροπές γύρω από

MYC

γονιδίου σε 8q24.21 (κάτω πίνακας) εμφανίζεται. Οι κάθετες γραμμές δείχνουν τιμών log αναλογία έντασης

2-βάση, και κάθε χρώματος οριζόντια γραμμή αντιπροσωπεύει έναν αριθμό αντιγράφων αλλοίωση. Οριζόντιες γραμμές πάνω από το 0,25 του log αναλογία έντασης

2-based δείχνουν δείγματα με αριθμό αντιγράφων κέρδη. Η μεγάλη κάθετη μπλε γραμμή στο κάτω πάνελ δείχνει το κέντρο του σήμερα αναλύονται περιοχή.

Η

Επικύρωση των aCGHs με ανάλυση MLPA

Μερικές γονιδιωματικής ανισορροπίες που ανιχνεύεται από τον aCGH επικυρώθηκαν με τη χρήση PCR ενίσχυση με βάση multiplex απολίνωση εξαρτώμενη ανιχνευτή (MLPA). Έξι από τα δείγματα 40 ιστού αναλύθηκαν χρησιμοποιώντας aCGH ήταν διαθέσιμα για MLPA. Αντιγραφή αριθμού μεταβολές του

MYC

(8q24.21),

FHIT

(3p14.2),

WDR60

(7q36.3),

COL4A2

(13q34),

NFATC1

(18q23), και

NCOA3

(20q12) αναλύθηκαν σε έξι συμφωνημένα όγκου και φυσιολογικών ζεύγη ιστού (268 έως 1, 271-1, 272 – 2, 301 -1, 685 – 1 και 685-2).

MYC

ενισχύθηκε σε 271-1T και 301-1T (Σχήμα 2Α),

NCOA3

αποκτήθηκε σε 301-1T και 685-2T (Σχήμα 2Β), και

FHIT

διεγράφη στο 271-1T, 301-1T και 685-1T (Σχήμα 2Α). Αυτά τα αποτελέσματα ήταν εξαιρετικά συνεπείς με αυτές που ανιχνεύονται από aCGH. Ωστόσο, οι απώλειες αριθμό αντιγράφων των γονιδίων, όπως

WDR60

(Σχήμα 2C),

NFATC1

(Σχήμα 2D), και

COL4A2

(Σχήμα 2Ε), που βρέθηκαν να χαθεί στη aCGH, δεν ανιχνεύθηκαν στο MLPA. Το μήκος της περιοχής διαγραφή στο

WDR60

γονίδιο ανιχνεύεται από aCGH ήταν 2907 bp, και

COL4A2

και

NFATC1

ήταν 1903 bp και 2596 bp, αντίστοιχα. Με βάση αυτές τις παρατηρήσεις, είναι πιθανό ότι οι εκτροπές που εκτείνονται σε μικρές περιοχές που παρατηρείται από aCGH μπορεί να είναι ψευδής

(Α) Επάνω αριστερά του πίνακα:. Αντιπροσωπευτική εικόνα των σημάτων τριχοειδή ηλεκτροφόρηση των MLPA αναλύονται από GeneMaker 2.0.0. Μπλε τετράγωνα αντιπροσωπεύουν εσωτερικών ελέγχων. Αντιγραφή αριθμού μεταβολές του

MYC

και

FHIT

αναλύθηκαν σε 6 δείγματα. (BE) αριθμός αντιγράφων του DNA των

NCOA3

(Β),

WDR60

(C),

NFATC1

(D), και

COL4A2

(Ε ) αναλύθηκαν επίσης χρησιμοποιώντας MLPA. Peak αναλογίες εντός 1,25 ~ 0,75 θεωρήθηκε ως ένδειξη μιας κανονικής αριθμού αντιγράφων DNA, κάτω από 0,75 ως ένδειξη διαγραφής, και πάνω από 1,25 ως ένδειξη της ενίσχυσης. Η Τ και Ν αντιπροσωπεύουν όγκου και συμφωνημένα φυσιολογικούς ιστούς, αντίστοιχα

Η

Πρόσθετα επικύρωση των περιοχών ΚΥΠΕ από aCGH-60K

Για να επικυρώσετε και να περιορίσετε τις περιοχές CNA των επαναλαμβανόμενων (& gt.? 20%) ο αριθμός αντιτύπων κέρδη ή ζημιές που παρατηρήθηκαν από aCGH στα 40 δείγματα, θα αναλυθούν περαιτέρω εκτροπές τους σε όγκο και συμφωνημένα φυσιολογικούς ιστούς από ένα άλλο 48 ασθενείς με καρκίνο του στομάχου χρησιμοποιώντας μια προσαρμοσμένη aCGH-60K. Οι περιοχές CNA στο 8q24, 20q11-q13, 3p14.2 και 18q23 έδειξε συμπίπτει μεταβολές αριθμού αντιγράφων στο aCGH-60K, αλλά CNAs σε άλλες περιοχές, όπως 20p13-20p12 και 20q21.2, δεν δείχνουν τα ίδια μοτίβα όπως στο 244K και 400K, υποδηλώνοντας με αυτόν τον τρόπο ετερογενή αποτελέσματα μεταξύ aCGH πλατφόρμες. Για να βρείτε ελάχιστα κοινά περιοχές (MCRs) του αριθμού αντιγράφων μεταβολές μεταξύ των τριών πλατφορμών, εμείς επικαλύπτονται οι περιοχές CNA σε σύνολο 88 δειγμάτων. Η MCRs της υποτροπιάζουσας (& gt? 20%) αντίγραφο κέρδη αριθμός ανιχνεύθηκαν σε πολλαπλές χρωμοσωμικές περιοχές, συμπεριλαμβανομένης της 7p22.1 (20%), 7q22.1 (31% ~ 44%), 8q24.21 (27% ~ 30%), 8q24.3 (22% ~ 48%), 13q34 (20% ~ 31%), και 20q11 ~ Q13 (25% ~ 30%) (Πίνακας 1 και Πίνακας Α στο S1 File). Η MCRs των επαναλαμβανόμενων (& gt? 20%) αντίγραφο απώλειες αριθμός βρέθηκαν επίσης σε επτά χρωμοσωμικές περιοχές, συμπεριλαμβανομένων 3p14.2 (43%) που φιλοξενούν

FHIT

(Πίνακας 1 και Πίνακας Β S1 αρχείου)

Gene-εξαρτώμενη συσχέτιση μεταξύ των επιπέδων CNA και mRNA

για να διερευνηθεί η επίδραση της CNAs στην έκφραση των γονιδίων, μετρήσαμε τα επίπεδα mRNA των πολλαπλών γονιδίων (

MYC

,

SCRIB

,

PUF60

,

BOP1

,

SNTA1

,

E2F1

,

CD40

,

EYA2

,

NCOA3

,

FHIT

,

CRK

, και

SMAD2

) στα κοινά περιοχές εκτροπή σε 48 όγκων και συμφωνημένα φυσιολογικούς ιστούς και ανέλυσε τη σύνδεση με το CNAs. Η επίδραση της CNAs επί της έκφρασης γονιδίου αναλύθηκε με σύγκριση της μεταβολής mRNA φορές (FC) σε καρκίνους με και χωρίς CNAs. Η συσχέτιση μεταξύ του αριθμού αντιγράφων αλλαγές και αντίστοιχη γονιδιακή έκφραση ήταν διαφορετική, ανάλογα με τον αριθμό αντιτύπου κέρδη ή ζημίες. Η πλειοψηφία των γονιδίων με απώλειες αριθμό αντιγράφων έδειξε αρνητική ρύθμιση του mRNA: το επίπεδο του mRNA ήταν μειωτικά στο

FHIT

(Πίνακας 2 και Σχήμα 3Α),

CRK

, και

SMAD2

γονίδια (Πίνακας 2). Ωστόσο, βρήκαμε η συσχέτιση μεταξύ του αριθμού αντιγράφων κερδών και αύξηση των επιπέδων mRNA ήταν ειδική γονιδιακή: τα επίπεδα mRNA σε γονίδια όπως

MYC

,

PUF60

,

BOP1

(Σχήμα 3Β), και

E2F1

συσχετίστηκαν θετικά με τον αριθμό αντιγράφων κέρδη. Ωστόσο, δεν διαπιστώθηκε καμία συσχέτιση μεταξύ των επιπέδων του mRNA και τον αριθμό αντιτύπου κέρδη των γονιδίων, όπως

SCRIB

,

BCL2L1

,

SNTA1

,

CD40

,

EYA2

και

NCOA3

(Πίνακας 2) γεγονός που υποδηλώνει ότι η σχέση μεταξύ του αριθμού αντιγράφου κέρδη και η έκφραση μπορεί να είναι ειδικά για το γονίδιο.

(ΑΒ) συσχετίσεις του δείκτη log2 της αντιγραφής του DNA αριθμό και mRNA φορές αλλαγή (FC) του

FHIT

(Α) και

BOP1

(Β) σε ιστούς όγκων συγκριτικά με τους αντίστοιχους φυσιολογικούς ιστούς αναλύθηκαν χρησιμοποιώντας συντελεστές συσχέτισης του Pearson. Διαφορετικό χρώμα κύκλοι δείχνουν διαφορετικά δείγματα. (Γ-Ε) Οι διαφορές στην επικράτηση του αριθμού αντιγράφων μεταβολές των πολλαπλών γονιδίων συγκρίθηκαν μεταξύ τους καρκίνους διάχυτη τύπου και των καρκίνων του εντέρου τύπου χρησιμοποιώντας το τεστ chi-square του Pearson. Αντιγραφή αριθμού κέρδη των

MYC

(

P

= 0,03),

BOP1

(

P

= 0,03), και

CD40

(

P

= 0.01) εμφανίστηκαν σε υψηλό επιπολασμό σε καρκίνους του εντέρου τύπου σε σύγκριση με διάχυτο τύπο καρκίνου. Σε γενικές γραμμές, ο αριθμός αντιγράφων κέρδη τείνουν να εμφανίζονται πιο συχνά σε καρκίνους του εντέρου τύπου από ό, τι σε καρκίνους διάχυτη τύπου.

Η

Σύλλογος CNAs με κλινικοπαθολογοανατομικών χαρακτηριστικά

Η σχέση μεταξύ αριθμό αντιγράφων αλλαγές και κλινικοπαθολογοανατομικές μεταβλητές αναλύθηκε σε 88 ασθενείς με καρκίνο του στομάχου. Δεκαπέντε γονίδια με υποτροπιάζουσα (& gt? 20%) αντιγραφή επιλέχθηκαν αριθμό αλλαγών για την ανάλυση. απώλειες αριθμός αντιγράφων των

CRK

(

P

= 0,07),

SMAD2

(

P

= 0,09),

FHIT

(

P

= 0,68), και

NFATC1

(

P

= 0,11) γονίδια δεν διαφέρουν σημαντικά μεταξύ των καρκίνων του διάχυτου τύπου και των καρκίνων του εντέρου τύπου (Σχήμα 3C). Ωστόσο, αντίγραφο κέρδη αριθμός έτεινε να συμβεί σε υψηλό επιπολασμό σε καρκίνους εντερικού-τύπου από ό, τι σε καρκίνους διάχυτου τύπου (Σχήμα 3D και 3Ε, πίνακας C σε S1 File). Για

SCRIB

(

P

= 0,36),

PUF60

(

P

= 0,07),

MAPK15

(

P

= 0,08),

E2F1

(

P

= 0,14),

SNTA1

(

P

= 0,15),

BCL2L1

(

P

= 0,15),

NCOA3

(

P

= 0,22), και

EYA2

(

P

= 0,06), αντίγραφο κέρδη αριθμό συνέβη σε υψηλό επιπολασμό σε καρκίνους του εντέρου τύπου από ό, τι σε καρκίνους διάχυτη τύπου, αλλά η διαφορά δεν ήταν στατιστικά σημαντική. Αντιγραφή αριθμού κέρδη των

MYC

(

P

= 0,03),

BOP1

(

P

= 0,03), και

CD40

(

P

= 0,01) βρέθηκαν σε σημαντικά υψηλό επιπολασμό σε καρκίνους του εντέρου τύπου σε σύγκριση με διάχυτο τύπο καρκίνου. Για την ανίχνευση προσαρμογείς CNA σχετιζόμενη με την ηλικία, αναλύσαμε συσχέτιση μεταξύ της ηλικίας του ασθενούς και να αντιγράψετε την αλλαγή του αριθμού που χρησιμοποιούν οι συντελεστές συσχέτισης Pearson, αλλά δεν βρέθηκε συσχέτιση βρέθηκε μεταξύ του αριθμού αντιγράφων αλλαγή των 15 γονιδίων και την ηλικία του ασθενούς (Εικ 4Α). Ιεραρχική ανάλυση ομαδοποίηση έγινε για τους ασθενείς της ομάδας με παρόμοια CNAs. Οι περισσότεροι από τους ασθενείς με αντίγραφο κέρδη αριθμό στο 8q24 είχε επίσης αριθμό αντιγράφων κέρδη στο 20q11.21 ή 20q13.12 (Σχήμα 4Β). Τα δεδομένα περαιτέρω διαιρέθηκαν σε 4 συστάδες σύμφωνα με την παρουσία του αριθμού αντιγράφων κερδών στο 8q24 και 20q11.21 (ή 20q13.12). Αντιγραφή κέρδη αριθμό στο 8q24 συσχετίστηκε σημαντικά με τον αριθμό αντιγράφων κέρδη σε 20q11.21 ή 20q13.12 (

P

= 0,005, ακριβής δοκιμή Fisher? Πίνακα Δ S1 αρχείου). Αυτές οι παρατηρήσεις δείχνουν ότι οι δύο περιφέρειες, 8q24 και 20q11.21 (ή 20q13.12), μπορεί να είναι εξίσου επιρρεπή σε αριθμό αντιγράφων κέρδη σε καρκίνο του στομάχου.

(Α) συσχετίσεις των επιπέδων CNAs με την ηλικία του ασθενούς αναλύθηκαν με τη χρήση συντελεστή συσχέτισης του Pearson. Πολλαπλές δοκιμές διορθώθηκαν με τη χρήση της διόρθωσης Bonferroni. Οι Bonferroni διορθωμένη

P

-τιμές υπολογίστηκαν πολλαπλασιάζοντας το παρατηρούμενο (μη διορθωμένη)

P

-τιμές από τον αριθμό των δοκιμάστηκε γονιδίων. χρώματα βιολετί δείχνουν Bonferroni προσαρμοσμένο

P-

αξία & lt? 0.05. (Β) Ανεξέλεγκτη ιεραρχική ανάλυση ομαδοποίησης των 15 γονιδίων σε περιοχές με επαναλαμβανόμενες (& gt? 20%) CNAs διεξήχθη για να διερευνήσει τους συσχετισμούς μεταξύ των επιπέδων προσαρμογείς CNA των 11 γονιδίων που δείχνει τον αριθμό αντιγράφων κέρδη από 8q24.21, 8q24.3, 20q11.21, και 20q13.12, και 4 γονίδια που δείχνουν απώλειες αριθμό αντιγράφων. Οι αριθμοί στη δεξιά πλευρά του σχήματος δείχνουν αριθμό αναγνώρισης ασθενούς. Οι κλίμακες χρωμάτων δείχνουν log2 αναλογίες ένταση των CNAs σε ατομικό γονίδιο. Αξία «μηδέν (= log (2/2)» δείχνουν έναν αριθμό αντίγραφο 2. Πράσινο και κόκκινο χρώματα αντιπροσωπεύουν αύξηση του αριθμού αντιγράφων και την απώλεια, αντίστοιχα.

Η

Συζήτηση

Η αλλαγή γονιδιακής δόσης από ΚΥΠΕ ολοένα και περισσότερο αναγνωρίζεται ως σημαντική συνιστώσα της ογκογένεσης. Για να ανακαλύψετε νέες προσαρμογείς CNA που εμπλέκονται στην παθογένεια του καρκίνου του στομάχου, πραγματοποιήσαμε μια ανάλυση του γονιδιώματος-πάνω από προσαρμογείς CNA σε όγκο και συμφωνημένα φυσιολογικών ιστών από 88 ασθενείς με καρκίνο του στομάχου και προσδιορίζονται επαναλαμβανόμενες (& gt? 20%) ο αριθμός αντιτύπων κέρδη σε πολλαπλές χρωμοσωμικές περιοχές, συμπεριλαμβανομένης της 7p22.1, 8q24.21, 8q24.3, 13q34, 20q11 ~ Q13 και ένα επαναλαμβανόμενων απωλειών σε 3p14.2, 4q35.2, 6q26, και 17p13. 3. Η προσαρμογείς CNA σε 7p22.1, 13q34, και 17p13.3 δεν έχουν αναφερθεί σε άλλους πληθυσμούς. Οι 7p22.1 περιφέρειες που προσδιορίζονται στην παρούσα μελέτη περιέχουν τα γονίδια FBXL18, ACTB, ACTG1 και RNF216. Παρά το γεγονός ότι CNAs στο 7p22. 1 δεν έχουν αναφερθεί σε γαστρικό καρκίνο, αρκετές μελέτες ανέφεραν οι επιπτώσεις τους στην ανάπτυξη σαφών κυττάρων αδενοκαρκινώματος των ωοθηκών [15] και η ενδομητρίωση [16]. Σε αυτή τη μελέτη, ο αριθμός αντιτύπων μεταβολές του

MYC

(8q24.21),

FHIT

(3p14.2), και

NCOA3

(20q12) έχουν επικυρωθεί χρησιμοποιώντας MLPA, αλλά αντιγραφή απώλειες αριθμός (

WDR60

,

COL4A2

,

NFATC1

) περίπου 2000bp δεν είχαν επικυρωθεί από MLPA. Αποτύχαμε να εκτελέσει εκτεταμένη υπολογιστική εκτίμηση των ψευδώς θετικά ποσοστά του πίνακα βασίζονται σε κλήση. Αντ ‘αυτού, έχουμε σύγκριση του επιπολασμού των ζημιών αριθμού αντιγράφων μεταξύ aCGH-244k & amp? -400K Και η aCGH-60K με εξαιρετικά πυκνή ανιχνευτές σύμφωνα με τα μεγέθη των ζημιών αριθμού αντιγράφων: 1 kb-5 kb, 5 kb-10kb, 10kb-50kb, 50kb-100kb, και 100k-. Στατιστικά σημαντικές διαφορές βρέθηκαν μόνο στις ζημίες αριθμό αντιγράφων του μικρού μεγέθους (1 kb-5 kb) (Πίνακας Ε στο S1 αρχείου). Επιπλέον, οι σημαντικές διαφορές βρέθηκαν σε χρωμοσωμική θέση-ειδικό τρόπο: δεν βρέθηκαν διαφορές στα χρωμοσώματα 3, 6, 16, 17, και 20 (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται). Ως εκ τούτου, είναι πιθανό ότι η αντιγραφή απώλειες αριθμός των μικρού μεγέθους ανιχνεύθηκε σε aCGH-244K και aCGH-400K μπορεί να είναι ψευδής σε κάποια τόπους.

Έχουμε αναλύσει περαιτέρω ελάχιστα κοινά περιοχές της υποτροπιάζουσας (≥10%) ενίσχυσης ή διαγραφή σε 88 γαστρικούς καρκίνους (Πίνακας F σε S1 File) και τους σε σύγκριση με το μεγάλο γαστρικού καρκίνου TCGA (The Cancer Genome Atlas) μελέτη (14) και τρεις προηγούμενες μελέτες (Πίνακας G στην S1 File). Η μελέτη TCGA αποτελούνταν από 295 πρωτοβάθμια γαστρικό αδενοκαρκίνωμα και εντοπίστηκαν 30 εστιακό ενισχύσεις και 45 εστιακό διαγραφές. Ενίσχυση (≥ 5 αντίγραφα) σε 8q24.21 (

MYC

), 17q12 (

ΕΚΒΒ2

κλπ), 20q11.1-q13.33

(EYA2

,

NCOA3

κλπ), και τη διαγραφή (0 αντίγραφα) σε 3p14.2 (

FHIT

) παρατηρήθηκαν στα δεδομένα μας, καθώς και τα δεδομένα από την TCGA και μελέτες άλλων »(πίνακας G στην S1 File). Ωστόσο, CNAs σε 7p22.1, 13q34, και 17p13.3 δεν έχουν αναφερθεί στη μελέτη TCGA και άλλους πληθυσμούς. Ο αριθμός των περιοχών της CNAs προσδιορίζονται στη μελέτη TCGA ήταν μεγαλύτερη από την παρούσα μελέτη, η οποία θα μπορούσε να προκύψει από τις διαφορετικές υποομάδες των μελών του δείγματος. Η μελέτη TCGA αποτελείται από μεγαλύτερα εντερικού-τύπου (66.4%) σε σύγκριση με διάχυτη τύπου καρκίνους (23,4%).

Μεταξύ των γονιδίων που βρίσκονται επί 8q24.21, MYC είναι γνωστό ότι προάγει την ανάπτυξη και τον πολλαπλασιασμό των φυσιολογικών γαστρικά κύτταρα και knockdown του

MYC

περιορίζει την ανάπτυξη και τον πολλαπλασιασμό των γαστρικών καρκινικών κυττάρων [17].

MYC

κωδικοποιεί ένα μεταγραφικό παράγοντα που ρυθμίζει μια ποικιλία από γονίδια που σχετίζονται με τον πολλαπλασιασμό, τη διαφοροποίηση και την απόπτωση [18].

MYC

ενισχύεται και υπερ-εκφράζεται σε καρκίνο του στομάχου [19], και αυξάνει την έκφρασή της προοδευτικά καθώς ο καρκίνος αναπτύσσει [20].

MYC

ενίσχυση συνδέεται με την επιθετική συμπεριφορά του γαστρικού καρκίνου κυττάρων [21,22]. Σε αυτή τη μελέτη, ο αριθμός αντιτύπων κέρδη των

MYC

βρέθηκαν σε υψηλό επιπολασμό στους καρκίνους του εντέρου τύπου, σε σύγκριση με τους καρκίνους διάχυτη τύπου, που υποστηρίζουν την παρατήρηση ότι η έκφραση MYC πρωτεΐνης είναι πιο συχνά παρατηρείται σε intestinal- πληκτρολογήστε όγκους από ό, τι σε όγκους διάχυτη τύπου [23]. Έχουμε αναλύσει την επίδραση του

MYC

προσαρμογείς CNA στη συνολική επιβίωση σε κάθε τύπο. Ασθενείς με αριθμό αντιγράφων κέρδη του

MYC

είχε κακή συνολική επιβίωση σε σύγκριση με εκείνους που δεν έχουν, αλλά η διαφορά δεν ήταν στατιστικά σημαντική σε διάχυτο τύπο και καρκίνους του εντέρου τύπου (S1 Σχήμα). Ο αριθμός αντιγράφων κέρδη του

POU5F1B

(POU τάξης τομέα 5 μεταγραφή παράγοντας 1Β) ψευδογονίδιο σε 8q24.21 βρέθηκαν στο 27% των δειγμάτων που αναλύθηκαν.

POU5F1B

είναι γνωστό ότι σχετίζονται με την αφθονία του mRNA και έναν επιθετικό φαινότυπο στον καρκίνο του στομάχου [24].

Οι 8q24.3 και 20q11-q13 περιοχές περιέχουν εκατοντάδες γονίδια (Πίνακας Α στο S1 File), αλλά πολλοί είναι απίθανο εμπλέκονται στην ογκογένεση. Μεταξύ των γονιδίων που βρίσκονται σε αυτές τις περιοχές, αναλύσαμε τα επίπεδα του mRNA της

SCRIB

,

PUF60

, και

BOP1

σε 8q24.3 και

SNTA1

,

E2F1

,

CD40

,

EYA2

, και

NCOA3

στο 20q11-q13 (Πίνακας 2). Στην παρούσα μελέτη, ο αριθμός αντιτύπων κέρδη των

SCRIB

,

SNTA1

,

CD40

,

EYA2

, και

NCOA3

ήταν που δεν συνδέονται με μια φορές αλλαγή στα επίπεδα mRNA. Ωστόσο, η

PUF60

,

BOP1

, και

E2F1

γονίδια βρέθηκαν να είναι σημαντικά υπερ-εκφράζεται σε ιστούς όγκων με αριθμό αντιγράφων κέρδη.

PUF60

ήταν υπερ-εκφράζεται σε καρκίνους με προσαρμογείς CNA (

P

= 0,038), αλλά η έκφρασή της δεν ήταν σημαντικά διαφορετική μεταξύ των καρκινικών ιστών και συμφωνημένα φυσιολογικούς ιστούς σε δείγματα χωρίς προσαρμογείς CNA (

P

= 0,111). PUF60 (δέσμευση πολυ-U παράγοντας ματίσματος 60kDa), ένας καταστολέας πρωτεΐνη που αλληλεπιδρά FUSE δέσμευσης (FIR), παίζει ένα ρόλο στην πυρηνική διεργασίες όπως προ-mRNA splicing και μεταγραφικής ρύθμισης. Επιπλέον, καταστέλλει PUF60

MYC

μεταγραφή στον υποκινητή Ρ2 διαμέσου της βασικής παράγοντα μεταγραφής πυρήνα TFIIH [25]. Πρόσφατα, Gumireddy et al. [26] ανέφεραν ότι PUF60 απαιτείται για τη λειτουργία του ρυθμιστή μεταφραστικές ρυθμιστικές IncRNA (treRNA), η οποία εμπλέκεται στην εισβολή και μετάσταση όγκων. Αντιγραφή κέρδη αριθμό

PUF60

παρουσιάζουν ισχυρή θετική συσχέτιση με την έκφραση σε καρκίνο του στομάχου [27] και στον καρκίνο των ωοθηκών [28]. Αυτές οι παρατηρήσεις υποδεικνύουν ότι ο αριθμός αντιγράφων κέρδη

PUF60

μπορεί να είναι ένα σημαντικό μηχανισμό υποκείμενες η υπερ-έκφραση του γονιδίου σε καρκίνο του στομάχου.

Σε αντίθεση με PUF60, ο BOP1 και E2F1 βρέθηκαν να να υπερεκφράζεται σε ιστούς όγκων με αριθμό αντιγράφων κέρδη καθώς επίσης και σε εκείνους που δεν έχουν. Αντιγραφή αριθμού κέρδη

BOP1

και

E2F1

σε αυτή τη μελέτη έλαβε χώρα σε 23% και 25% των δειγμάτων που μελετήθηκαν, αντίστοιχα. Αυξημένη mRNA φορές αλλαγή της

BOP1

ήταν σημαντική σε ιστούς όγκων με αριθμό αντιγράφων κέρδη (

P

= 0,024), καθώς και σε εκείνους που δεν έχουν (

P

& lt? 0.001) . BOP1 (μπλοκ του πολλαπλασιασμού 1) είναι ένα συστατικό του συμπλέγματος PeBoW (Pes1, Bop1, και WDR12), η οποία είναι απαραίτητη για την ωρίμανση των 28S και 5.8S ριβοσωμικό RNA και το σχηματισμό των 60S ριβοσώματος [29]. BOP1 παίζει ογκογόνο ρόλο στο ηπατοκυτταρικό καρκίνωμα με επαγωγή επιθηλιακά-μεσεγχυματικά μετάβασης (EMT) και την προώθηση του κυτταροσκελετού της ακτίνης αναδιαμόρφωση [30]. Η

BOP1

γονίδιο είναι γνωστό ότι υπερ-εκφράζεται σε καρκίνο του ορθού με κέρδος 8q [31], και την αύξηση της δοσολογίας του

BOP1

γονιδίου σχετίζεται με μια αύξηση του

BOP1

mRNA σε καρκίνο του παχέος εντέρου [32]. Η E2F1 επίσης υπερ-εκφράζεται σε ιστούς όγκου με αριθμό αντιγράφων κέρδη (

P

& lt? 0.001) και σε αυτούς χωρίς (

P

= 0,03). E2F1 παίζει κρίσιμο ρόλο στον έλεγχο του κυτταρικού κύκλου και η δραστικότητα του ρυθμίζεται μέσω της σύνδεσης με την πρωτεΐνη ρετινοβλαστώματος σε ένα κύτταρο-κύκλου-εξαρτώμενο τρόπο. Υπερ-έκφραση του E2F1 συνδέεται με την ανάπτυξη μιας ποικιλίας όγκων, και τον αυξημένο αριθμό αντιγράφων του

E2F1

είναι γνωστό ότι σχετίζονται με την υπερβολική έκφραση του γονιδίου σε μελάνωμα [33] και τον καρκίνο του τραχήλου [ ,,,0],34]. Με βάση αυτές τις παρατηρήσεις, είναι πιθανό ότι η συνολική επίδραση του αριθμού αντιγράφων κέρδη επί της έκφρασης γονιδίου σε γαστρικό καρκίνο ποικίλλει σε ένα γονίδιο-εξαρτώμενο τρόπο.

Αν και αριθμός αντιγράφων κέρδη στο 13q34 δεν αναφέρθηκαν σε γαστρικό καρκίνο, το κέρδη βρέθηκαν στο 20-30% των δειγμάτων που μελετήθηκαν. Αντιγραφή κέρδη αριθμός στο 13q34 είναι γνωστό ότι σχετίζονται με την εξέλιξη της τραχηλικής ενδοεπιθηλιακής νεοπλασίας σε καρκίνωμα πλακωδών κυττάρων [35] και με μικρό αδενοκαρκίνωμα του εντέρου [36]. Αντιγραφή κέρδη αριθμό σε 17q12 είναι συχνό φαινόμενο σε καρκίνο του στομάχου. Στην παρούσα μελέτη, αρκετά γονίδια, συμπεριλαμβανομένων των

ΕΚΒΒ2

,

GRB7

,

STARD3

,

PPP1R1B

,

ΚΑΚΑ

, και C17orf37, ενισχύθηκαν σε 15-20% των 88 περιπτώσεων, σε συμφωνία με άλλες μελέτες [37,38]. Δεν αξιολόγηση του συσχετισμού των επιπέδων αριθμού αντιγράφων και την έκφραση των γονιδίων, αλλά αρκετές ομάδες έχουν αναφέρει ότι τα γονίδια είναι σημαντικά για την ανάπτυξη του καρκίνου του στομάχου. Μεταξύ αυτών,

ERBB2 (HER2)

συχνά ενισχύεται και υπερ-εκφράζεται σε γαστρικών καρκίνων [39-41], και ενίσχυση του

HER2

συνδέθηκε έντονα με κακή επιβίωση, ιδιαίτερα στον εντερικό τύπος του γαστρικού καρκίνου [42]. Ανοσοαντιδραστικότητα του ErbB2 συμβαίνει επίσης σε ένα υψηλότερο ποσοστό επιπολασμού σε εντερικό τύπο σε σχέση με τις διάχυτες υποτύπους [43]. Επιπλέον, η

PPP1R1B-STARD3

μετάγραφο σύντηξης σε ανθρώπινο γαστρικό καρκίνο αυξάνει το σχηματισμό αποικιών μέσω της ενεργοποίησης του phosphatidylinosil-3-κινάσης και ΑΚΤ σηματοδότησης [44]. Συχνή ενίσχυση του

GRB7

και θετικές αλλαγές στην έκφραση αναφέρθηκαν επίσης σε καρκίνο του στομάχου [41,43].

Οι πιο συχνές απώλειες σε αυτή τη μελέτη ανιχνεύθηκαν σε 3p14.2 (39% σε διάχυτη-τύπους και το 37% των εντερικών τύπων), όπου

FHIT

βρίσκεται.

FHIT

είναι ένα πολύ γνωστό ογκοκατασταλτικό γονίδιο [45], και συχνά εμπλέκονται στην απώλεια της ετεροζυγωτίας (ΑΕ) και διαγραφές σε ανθρώπινους όγκους [46]. Πρωτοβάθμια γαστρικά καρκινώματα αντιπροσωπεύουν μια αναδιάταξη του

FHIT

γονίδιο και 20 από 30 (67%) δείγματα εμφάνισαν μια απουσία

FHIT

πρωτεϊνική έκφραση [47]. Απώλεια

FHIT

έκφραση πρωτεΐνης συσχετίζεται με την εξέλιξη της νόσου και την κακή διαφοροποίηση σε γαστρικό καρκίνο [48]. Στην παρούσα μελέτη, παρατηρήσαμε ότι

FHIT

έκφραση ήταν μειωμένη σε γαστρικών καρκίνων με ή χωρίς CNA της, γεγονός που υποδηλώνει ότι το γονίδιο δοσολογίας καθώς επίσης και άλλοι μηχανισμοί ρυθμίζουν

FHIT

έκφρασης σε καρκίνο του στομάχου. Μια σωματική μετάλλαξη παρερμηνεύσιμη (εξόνιο 6, κωδικόνιο 61, ACG → ATG) του

FHIT

έχει επίσης εντοπιστεί σε γαστρικών καρκίνων [49]. Επιπλέον, η υψηλή συχνότητα των υπερμεθυλίωση προαγωγού του

FHIT

(62%) παρατηρείται στις γαστρικών καρκίνων [50]. Ως εκ τούτου, με την ενσωμάτωση των δεδομένων αριθμό αντιγράφων με πρόσθετα γονιδιακά δεδομένα είναι απαραίτητα για την κατανόηση της συνολικά γενετικού ελέγχου της γονιδιακής έκφρασης [51].

Αντιγραφή απώλειες αριθμός των διαφόρων γονιδίων σε αυτή τη μελέτη δεν ήταν σημαντικά διαφορετική μεταξύ των καρκίνων του διάχυτου τύπου και καρκίνοι εντερική τύπου. Ωστόσο, η επικράτηση του αριθμού αντιγράφων κέρδη ήταν διαφορετική μεταξύ των δύο τύπων σε ορισμένα γονίδια, γεγονός που υποδηλώνει ότι οι περιβαλλοντικοί παράγοντες μπορεί να είναι μεγαλύτερη επιρροή στην αντίγραφο κέρδη αριθμό από τις απώλειες. Επιπλέον, οι ασθενείς με αριθμό αντιγράφων κέρδη από 8q24.21 και 8q24.3 έτειναν να έχουν κέρδη από 20q11-q13, προτείνοντας οι δύο περιοχές μπορεί να είναι εξίσου ευαίσθητα για να αντιγράψετε παραλλαγή αριθμό. Η μελέτη αυτή περιορίζονται σοβαρά λόγω του μικρού αριθμού δειγμάτων και της έλλειψης δεδομένων επιβίωσης. Περαιτέρω μελέτη σε μια μεγάλη ομάδα οφείλει να κατανοήσουμε τη λειτουργική σημασία των CNAs ανακαλυφθεί σε αυτή τη μελέτη. Επιπλέον, οι μετρήσεις του mRNA δεν πραγματοποιήθηκαν σε επίπεδο γονιδιώματος. Αναλύσαμε σχέση μεταξύ των επιπέδων του mRNA ορισμένων γονιδίων που είναι γνωστό ότι είναι σημαντικά στην παθογένεση του ανθρώπινου καρκίνου και την CNAs. Μια σημαντική συσχέτιση βρέθηκε μεταξύ των επιπέδων έκφρασης του

MYC

,

PUF60

,

BOP1

, και

E2F1

γονιδίων και CNAs τους (Πίνακας 2) . Μια στατιστικά σημαντική συσχέτιση μεταξύ CNAs του

MYC

,

PUF60

, και

E2F1

γονίδια και τα επίπεδα έκφρασής τους βρέθηκαν επίσης από Fan et al. (11). Ωστόσο, απαιτείται περαιτέρω μελέτη για να κατανοήσει πλήρως την επίδραση της CNAs στη γονιδιακή έκφραση. Συμπερασματικά, η παρούσα μελέτη δείχνει ότι ο αριθμός αντιγράφων του DNA κερδίζει σε 8q24.21, 8q24.3, 20q11-20q13 και ζημίες κατά 3p14.2 μπορεί να είναι κοινές εκδηλώσεις σε καρκίνο του στομάχου. Ωστόσο, CNAs σε 7p22.1, 13q34, και 17p13.3 μπορεί να είναι Κορέας ειδικό. Επιπλέον, ο αριθμός αντιτύπων κέρδη μπορεί να είναι πιο συχνή σε εντερική τύπου από διάχυτη τύπου καρκίνο του στομάχου.

Υλικά και Μέθοδοι

Πληθυσμός μελέτης και DNA εξόρυξη

Ένα σύνολο 88 ασθενείς, 35 γυναίκες και 53 άνδρες, οι οποίοι είχαν υποβληθεί σε θεραπευτική χειρουργική εκτομή για καρκίνο του στομάχου από το Νοέμβριο του 2004 και τον Οκτώβριο του 2010 στο Τμήμα χειρουργικής στο Ιατρικό Κέντρο της Samsung, Σεούλ, Κορέα, συμμετείχαν σε αυτή τη μελέτη. Αφαιρεθεί χειρουργικά ιστούς όγκων συλλέχθηκαν μετά από έγγραφη ενημερωμένη συγκατάθεση από όλους τους ασθενείς. Η μελέτη αυτή εγκρίθηκε από το Ιατρικό Κέντρο της Samsung (SMC) Institutional Review Board (IRB). Οι όγκοι καταψύχθηκαν σε υγρό άζωτο και αποθηκεύτηκαν στους -80 ° C μέχρι να χρειαστεί. Πριν από την εξαγωγή του DNA από τα κατεψυγμένα ιστούς, οι τομές τοποθετήθηκαν σε πλακίδια και χρωματίστηκαν με Η &? Ε για να αξιολογηθεί η ανάμιξη των νεοπλασματικών και μη νεοπλασματικών ιστών. Όγκου και μη καρκινικών περιοχές ήταν μικροτομή προσεκτικά κάτω από ένα μικροσκόπιο. Οι μικροδιατομή ιστοί υπέστησαν πέψη με πρωτεϊνάση Κ, και το γενωμικό DNA απομονώθηκε σύμφωνα με τις οδηγίες του κατασκευαστή (κιτ Tissue DNeasy, Qiagen, Valencia, CA).