Αφηρημένο

Ιστορικό

ριβοσωματικό RNA (rRNA) είναι ένας κεντρικός ρυθμιστής της κυτταρικής ανάπτυξης και μπορεί να ελέγχει την ανάπτυξη του καρκίνου. Μια cis rRNA μη κωδικεύοντα (NC-rRNA) προς τα πάνω από το

45S rRNA Ιστοσελίδα έναρξης της μεταγραφής έχει πρόσφατα εμπλακεί στον έλεγχο του

rRNA

μεταγραφή σε ινοβλάστες ποντικού. Ερευνήσαμε αν παρόμοια NC-rRNA μπορεί να εκφράζεται σε επιθηλιακά κύτταρα ανθρώπινου καρκίνου, και σχετίζεται με οποιαδήποτε γενωμική χαρακτηριστικά.

Μεθοδολογία /Principal Εκτίμηση

Χρησιμοποιώντας ποσοτική μέτρηση rRNA, αποδείξαμε ότι ένα NC -rRNA μεταγράφεται σε ανθρώπινα επιθηλιακά κύτταρα πνεύμονα και καρκίνο του πνεύμονα, ξεκινώντας από περίπου -1000 νουκλεοτίδια ανοδικά του

rRNA

θέση έναρξης της μεταγραφής (1) και εκτείνεται τουλάχιστον έως 203. Αυτό NC-rRNA ήταν σημαντικά σε μεγαλύτερη αφθονία στην πλειονότητα των κυτταρικών σειρών καρκίνου του πνεύμονα, σε σχέση με ένα μη μεταμορφωμένες κυτταρική γραμμή πνευμονικού επιθηλίου. αφθονία του συσχετίζεται αρνητικά με το συνολικό 45S rRNA σε 12 από 13 κυτταρικών σειρών (P = 0,014). Κατά τη διάρκεια ανάλυση της αλληλουχίας -388 έως 306, παρατηρήσαμε ποικίλες, συχνά Intercopy πολυμορφισμούς μονών νουκλεοτιδίων (SNPs) στο

rRNA

, με συχνότητα μεγαλύτερη από ό, τι προβλέπεται από την ευκαιρία σε 12 τοποθεσίες. Μια SNP στο 139 (U /C) στην αλληλουχία 5 ‘leader ποικίλει μεταξύ των κυτταρικών γραμμών και συσχετίζεται αρνητικά με το επίπεδο της NC-rRNA (Ρ = 0,014). Μοντελοποίηση της δευτερογενούς δομής του rRNA αλληλουχία 5’-ηγέτης έδειξε μια μικρή αύξηση στην δομική σταθερότητα λόγω του 139 U /C SNP και μια μικρή αλλαγή στην τοπική περιστατικά διαμόρφωση.

Συμπεράσματα /Σημασία

Τα αποτελέσματα δείχνουν εμφάνιση μιας αίσθησης NC-rRNA σε ανθρώπινα επιθηλιακά κύτταρα πνεύμονα και τον καρκίνο, και υποδηλώνουν ένα ρόλο στη ρύθμιση του

rRNA

γονίδιο, το οποίο μπορεί να επηρεαστεί από 139 SNP στο 5 «οδηγού αλληλουχίας του πρωτογενούς προϊόντος μεταγραφής rRNA

Παράθεση:. Shiao YH, Lupascu ST, Gu YD, Kasprzak W, Hwang CJ, Fields JR, et al. (2009) Μια διαγονιδιακές μη-κωδικοποίησης rRNA συσχετίζεται με την έκφραση του

rRNA

και συχνότητα της

rRNA

πολυμορφισμού ενός νουκλεοτιδίου σε κύτταρα καρκίνου του πνεύμονα. PLoS ONE 4 (10): e7505. doi: 10.1371 /journal.pone.0007505

Επιμέλεια: Anita Brandstaetter, Innsbruck Medical University, Αυστρία

Ελήφθη: 22 Ιουλίου, 2009? Αποδεκτές: 30 Σεπ του 2009? Δημοσιεύθηκε: 19, Οκτ, 2009

Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της δήλωσης Creative Commons Public Domain που ορίζει ότι, μόλις τοποθετηθεί στο δημόσιο τομέα, το έργο αυτό μπορεί να αναπαραχθεί ελεύθερα, διανεμηθεί, μεταδοθεί, τροποποιηθεί, χτισμένο πάνω, ή ειδάλλως να χρησιμοποιηθεί από οποιονδήποτε για οποιονδήποτε νόμιμο σκοπό

Χρηματοδότηση:. η παρούσα δημοσίευση έχει χρηματοδοτηθεί εν μέρει με την Ομοσπονδιακή κονδύλια από το Εθνικό Ινστιτούτο Καρκίνου, Εθνικό Ινστιτούτο Υγείας, στο πλαίσιο της συμβάσεως αρ HHSN261200800001E. Η έρευνα αυτή χρηματοδοτήθηκε εν μέρει από το εσωτερικό ερευνητικό πρόγραμμα του Εθνικού Ινστιτούτου Υγείας, Εθνικό Ινστιτούτο Καρκίνου, Κέντρο Έρευνας για τον Καρκίνο. Το περιεχόμενο αυτής της δημοσίευσης δεν αντανακλά απαραίτητα τις απόψεις ή τις πολιτικές του Τμήματος Υγείας και Ανθρωπίνων Υπηρεσιών, ούτε αναφέρει εμπορικών ονομάτων, εμπορικών προϊόντων ή οργανισμών υποδηλώνει την έγκριση από την κυβέρνηση των ΗΠΑ. Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

Σύνθεση των ριβοσωμάτων απαιτεί ένα υψηλό ποσοστό των κυτταρικών πόρων και ως εκ τούτου είναι πολύ οργανωμένη. Βιογένεση του ριβοσωματικού RNA 45S (rRNA) είναι περιοριστική του ρυθμού για ριβοσώματος σύνθεση και ελέγχεται στενά σε πολλαπλά επίπεδα. Μια αύξηση στην ριβοσώματα είναι ένα κοινό χαρακτηριστικό των ενεργά πολλαπλασιαζόμενα κύτταρα, συμπεριλαμβανομένων των καρκινικών κυττάρων, μπορεί να είναι διεγέρσιμος από την ενεργοποίηση ογκογονιδίου ή απενεργοποίηση των καταστολείς όγκων, και μπορεί ακόμη και να είναι καρκίνος-αιτιολογικός [1], [2].

ένας νέος τύπος rRNA ρυθμιστής έχει πρόσφατα ανακαλυφθεί σε ινοβλάστες ποντικού: μια αίσθηση μη-κωδικοποίησης RNA (NC-rRNA) που προέρχονται από την περιοχή διαχωριστή μεταξύ διαγονιδιακή

rRNA

σειρά επαναλαμβανόμενα genes.It δείχθηκε να λειτουργεί ως ένα αρνητικός ρυθμιστής της έκφρασης rRNA [3], [4]. Η ενδεχόμενη εμφάνιση και η σημασία αυτού του NC-rRNA σε ανθρώπινα κύτταρα, σε κύτταρα επιθηλιακής προέλευσης, και σε καρκινικά κύτταρα δεν έχουν μελετηθεί. Ερευνήσαμε κατά πόσο αυτή η NC-rRNA θα μπορούσε να βρεθεί σε ανθρώπινα επιθηλιακά κύτταρα του πνεύμονα και σε ανθρώπινα κύτταρα καρκίνου του πνεύμονα. Σημειώσαμε επίσης την εμφάνιση των πολυμορφισμών απλού νουκλεοτιδίου (SNPs) στο

rRNA

γονιδίων μεταξύ των κυτταρικών σειρών, στις ακολουθίες ανάντη και κατάντη του

rRNA Ιστοσελίδα έναρξης της μεταγραφής, και μελέτησε τις σχέσεις τους στα επίπεδα NC-rRNA και στους πιθανούς αναδίπλωση του rRNA.

Αποτελέσματα

πολυμορφισμοί ενός νουκλεοτιδίου στο

rRNA

κοντά η θέση έναρξης της μεταγραφής

ανθρώπους, περίπου 400

rRNA

αντίγραφα του γονιδίου είναι διατεταγμένα σε σειρές διαδοχικές επαναλήψεις σε 5 χρωμοσώματα [5]. Η διάταξη των 18S, 5.8S, και 28S

rRNA γονίδια

διαγραμματικά στην εικ. 1. Τα προϊόντα τους υποβάλλονται σε επεξεργασία από ένα 45S rRNA πρόδρομο, το οποίο ξεκινά με ένα 5′-εξωτερική μεταγράφεται ακολουθία? τα πρώτα 414 νουκλεοτίδια του αυτό αποτελεί μια αλληλουχία οδηγό και είναι το πρώτο μέρος να αφαιρεθεί [6]. Ο πυρήνας υποκινητής βρίσκεται σε περίπου -45 έως +18 σε σχέση με τη θέση έναρξης της μεταγραφής. Υπάρχουν επίσης ρυθμιστικά στοιχεία ενισχυτή στην διαγονιδιακή αποστάτες [αναθεωρηθεί 7]

NTS: μη μεταγραφόμενες αποστάτη, επίσης γνωστή ως η διαγονιδιακή περιοχή?. ETS: εξωτερική μεταγραφή spacer? ITS: εσωτερική μεταγραφεί αποστάτη. rRNA μεταγραφή ξεκινά στο 5 ‘άκρο του ETS, με τα πρώτα 414 νουκλεοτίδια που περιλαμβάνουν την αλληλουχία-οδηγό. Το μη-κωδικοποίησης (NC) μεταγραφή r-RNA ξεκινά ανοδικά του ETS.

Η

Έξι ανθρώπινες κυτταρικές σειρές αδενοκαρκινώματος του πνεύμονα και ένα μη μεταμορφωμένες αθανατοποιημένη γραμμή από ανθρώπινο περιφερικό πνεύμονα επιθηλίου μελετήθηκαν στο επίπεδο του γονιδιώματος. Για κάθε κυτταρική σειρά, ελήφθησαν και προσδιορίστηκε η αλληλουχία 35-65 κλώνων ενισχυμένων προϊόντων για την περιοχή -388 έως 306 (σε σχέση με τη θέση έναρξης της μεταγραφής 1). Σε συγκρίσεις με αλληλουχίες για ένα

rRNA

από το χρωμόσωμα 22 (GenBank AL592188), μεταξύ των επτά κυτταρικές γραμμές υπήρχε τουλάχιστον ένας SNP στο 329 από τα 694 sites (47,4%). Τα λεπτομερή στοιχεία που δίνονται στο συμπληρωματικό πίνακα S1. Τουλάχιστον ένας SNP βρέθηκε στο 68% έως 90% των κλώνων από τις διάφορες κυτταρικές σειρές (Πίνακας 1). Τα ποσοστά δεν ήταν σημαντικά διαφορετική μεταξύ των γραμμών. Μεταξύ των SNP-θετικούς κλώνους, ο μέσος αριθμός των SNPs ήταν 02.01 έως 03.01, χωρίς διαφορές σημασία μεταξύ των κυτταρικών σειρών. Τα ποσοστά των κλώνων στρωματοποιημένη από τους αριθμούς των SNPs επίσης δεν διέφεραν σημαντικά μεταξύ των κυτταρικών σειρών (Πίνακας 1).

Η

καθοριστεί αν μεμονωμένες περιοχές ήταν πιο πιθανό να παρουσιάσουν ένα SNP από το αναμενόμενο κατά τύχη, για όλες οι επτά κυτταρικές σειρές εξετάζονται από κοινού. Πιθανότητες λαμβάνεται από την κατανομή Poisson έδειξαν ότι εμφάνιση SNPs σε 6 ή περισσότερα κλώνων σε μία δεδομένη θέση ήταν εξαιρετικά απίθανο (Ρ & lt? 0.0001) από την τύχη. Υπήρχαν 12 τέτοιες θέσεις (συνολικός αριθμός των κλώνων σε παρένθεση): -234 (9), -233 (10), -181 (6), -104 (6), -96 (28), -72 (6), 52 (7), 139 (51), 144 (6), 207 (9), 225 (7), και 290 (6). Τα περιστατικά αυτών των SNPs hotspot στις κυτταρικές γραμμές δείχνονται στον Πίνακα 1. Από αυτά, αρκετές είναι ιδιαίτερα αξιοσημείωτες. Τρεις διαφορετικές SNPs βρέθηκαν σε θέση -233 (T /A, T /C, ή διαγραφή, Συμπληρωματικό Πίνακας 1), με τουλάχιστον ένα SNP σε κάθε κυτταρική σειρά. Γραμμή Α549 είχε αισθητά πιο SNPs στο -96 (22 SNPs) και 139 (28 SNPs), σε σύγκριση με τις άλλες γραμμές κυττάρων (Πίνακας 1). SNP 139 ιδίως παρουσίασε υψηλή συχνότητα σε διάφορες γραμμές.

Εξετάσαμε στατιστικά αν υπήρχαν ακολουθία εκτείνεται όπου η συχνότητα των SNPs ήταν υψηλότερα ή χαμηλότερα από ότι είχε προβλεφθεί από την τύχη. Η δοκιμή εκτελείται δεν αποκάλυψε τέτοιες εκτάσεις για τις κυτταρικές σειρές Α549, H23, H1792, H2030, H2122, και HPL1D και για όλες τις γραμμές που εξετάζονται από κοινού. Ωστόσο, για τη γραμμή Η441 εξετασθούν χωριστά, η απουσία των SNPs για τις περιφέρειες -232 έως -180 και -94 έως -26, δεν αναμενόταν από τύχη και μόνο (P = 0.0072). Αρκετές κυτταρικές γραμμές φαίνεται να εμφανίζουν υψηλή συχνότητα SNPs στην περιοχή -239 έως -228. Ολόκληρη η περιοχή κατανεμήθηκε σε δύο στρώματα, ένα δυνητικό SNP hotspot στρώμα από -239 -228 να, και η συμπληρωματική στρώμα που αποτελείται από τις υπόλοιπες θέσεις. Poisson παλινδρόμηση (με ένα offset παράμετρος ισούται με τον αριθμό των θέσεων) χρησιμοποιήθηκε για να συγκρίνουν τις τιμές των SNPs σε αυτά τα δύο στρώματα. Το ποσοστό SNP ήταν 3,7 φορές μεγαλύτερη στις δυνατότητες SNP hotspot στρώμα από ό, τι αλλού, P = 0,0010. Οι αυξήσεις των επιτοκίων ήταν ιδιαίτερα έντονο για τις γραμμές H1792, HPL1D και H23:. 3.9, 7.3, και 9.0 φορές μεγαλύτερη αντίστοιχα (όλα τα P values≤0.0002)

Για περισσότερες κυτταρικές σειρές υπήρξαν αρκετές περιπτώσεις άνω των ένας κλώνος που εμφανίζουν τον ίδιο SNP (s), στις περισσότερες περιπτώσεις, 2 ή 3 κλώνων. Δεν μπορεί να αποφασιστεί με βεβαιότητα αν πρόκειται για χωριστές αλληλόμορφα, ή αλυσιδωτή αντίδραση πολυμεράσης πολλαπλά προϊόντα (PCR) από το ίδιο αλληλόμορφο. Υπήρχαν 1 έως 3 τέτοιες διπλές ζεύγη σε κάθε κυτταρική σειρά, εκτός από επτά κλώνων σε Α549 που περιέχει τόσο -96 και 139 SNPs (Πίνακας 1). SNP -96 βρέθηκε μόνο σε κλώνους με το 139 SNP σε κύτταρα Α549. Επιπλέον, υπήρχαν πολλές περιπτώσεις των κλώνων με ένα έως τρία όμοια SNPs, συν ένα έως πολλά πρόσθετα SNPs μοναδικό για κάθε κλώνο. Αυτοί οι κλώνοι προφανώς αντιπροσωπεύουν διαφορετικά αλληλόμορφα. Σε κάθε γραμμή κυττάρων υπήρχαν 9 έως 15 θέσεις SNP εμπλέκονται σε τέτοιους συνδυασμούς, εκτός από Η441 κύτταρα όπου μόνο θέση 139 βρέθηκε σε επτά τέτοια παραλλαγή κλώνους. Εκτός από τη σύνδεση των SNP -96 με SNP 139 στο

rRNA

κλώνων από κύτταρα Α549, πολλαπλές διαφορετικές SNPs φαίνεται να συμβαίνουν τυχαία στους κλώνους από αυτή και τις άλλες κυτταρικές σειρές.

Λόγω της συχνότητας των SNP 139 και τις διαφορές μεταξύ των κυτταρικών σειρών, εξετάσαμε την εμφάνισή του με ένα πρόσθετο τεχνική. RNA απομονώθηκε από τις επτά κυτταρικές σειρές που παρατίθενται στον Πίνακα 1, συν επτά επιπλέον αδενοκαρκινώματος πνεύμονα κυτταρικές σειρές (Πίνακας 2). Η αλληλουχία θέση 139 που περιβάλλει ενισχύθηκε με PCR μετά από αντίστροφη μεταγραφή (RT) και η συχνότητα των δύο αλληλόμορφα προσδιορίζεται ποσοτικά με Pyrosequencing. Τα πρόσθετα οφέλη αυτής της προσέγγισης περιλαμβάνεται αξιολόγηση της έκφρασης των αλληλόμορφα ως rRNA, και η αξιολόγηση του συνόλου του πληθυσμού των μορίων, ενώ η γονιδιωματική κλωνοποίηση εξέτασε μόνο ένα τυχαίο δείγμα. Τα αποτελέσματα (Πίνακας 2) έδειξε καλή συμφωνία μεταξύ των δύο μεθόδων. Η συσχέτιση μεταξύ της συχνότητας του 139 SNP σε γονιδιωματική

rRNA

(εξακριβωθεί με κλωνοποίηση) vs ότι σε rRNA (που προσδιορίζεται με RT-PCR και Pyrosequencing) είναι σημαντική (Ρ = 0,0073), υποδεικνύοντας ότι και οι δύο αλληλόμορφα ήταν εξίσου εκφράζεται. Όπου υπήρχαν διαφορές στη συχνότητα, π.χ. Κύτταρα Α549, αυτό μπορεί να είναι αποτέλεσμα της λιγότερη ακρίβεια στην εκτίμηση της συχνότητας με τη δοκιμασία της κλωνοποίησης.

Η

Ένα μη-κωδικοποίησης RNA που μεταγράφεται από

rRNA

ανάντη της έναρξης μεταγραφής ιστοσελίδα

Ένα NC-rRNA από το

rRNA

διαγονιδιακές spacer περιγράφηκε πρόσφατα για ινοβλάστες ποντικού [3], [4], αλλά η έκταση του αρχικού μεταγραφή δεν είχε καθοριστεί πλήρως. Χρησιμοποιώντας εκκινητές για την περιοχή -244 έως +203 σε σχέση με την ανθρώπινη

rRNA

θέση έναρξης της μεταγραφής, αποδείξαμε ότι ένα NC-rRNA για την περιοχή αυτή μεταγράφηκε από ανθρώπινα επιθηλιακά κύτταρα επίσης, συμπεριλαμβανομένων τόσο των μη μετασχηματισμένα κύτταρα HPL1D και πνεύμονα κύτταρα αδενοκαρκινώματος Α549 (Σχ. 2, περιοχή Ι). Η μεταγραφή του NC-rRNA επιβεβαιώθηκε με ανάλυση της αλληλουχίας. Για να προσδιοριστεί η θέση ανάντη έναρξης για αυτό το NC-rRNA, αρκετές εκκινητές χρησιμοποιήθηκαν, ξεκινώντας από -1772. Αλληλούχιση επιβεβαίωσε-προϊόντα ελήφθησαν με αρχικά τεμάχια Α-Ε (-1003 έως -1), ενώ εκκινητές F, G, και Η, που καλύπτουν πάνω ανάντη αλληλουχίες, δεν έδειξε προϊόντα (Εικ. 2). Ως εκ τούτου, η μεταγραφή του NC-rRNA ξεκίνησε μεταξύ -1,225 και -1,003.

Τα προϊόντα επιβεβαιώθηκαν επίσης με προσδιορισμό της αλληλουχίας του DNA. Αντιπροσωπευτικά ευρήματα παρουσιάζονται για κυτταρικές γραμμές HPL (αθανατοποιημένων μη μετασχηματισμένα κύτταρα από ανθρώπινο περιφερικό πνεύμονα επιθήλιο) και Α549, ανθρώπινο αδενοκαρκίνωμα πνεύμονα κυτταρική γραμμή. Τα αποτελέσματα για τους ελέγχους παραλείποντας το ένζυμο RT που εμφανίζεται στην κάτω πάνελ. Οι θέσεις ενισχύθηκε με ειδικούς εκκινητές απεικονίζονται στο κάτω μέρος του σχήματος, με 1 είναι η θέση έναρξης μεταγραφής για rRNA. Το NC-rRNA ανιχνεύθηκε μεταξύ -1,003 και 203, αλλά όχι μεταξύ -1,772 και -1,225.

Η

Τα ποσά αυτής της NC-rRNA κυμαινόταν στους πνεύμονες κυτταρικές σειρές, με κυτταρικές σειρές εννέα αδενοκαρκινώματος παρουσιάζουν σημαντικά μεγαλύτερη από ό, τι το μη μετασχηματισμένα γραμμή HPL1D. Μια γραμμή, Α549, είχαν σημαντικά λιγότερα NC-rRNA, και τα επίπεδα δεν ήταν σημαντικά διαφορετική σε τρεις γραμμές (Σχήμα 3Α).

* P & lt?. 0.05, ** P & lt? 0,01, διαφέρει σημαντικά από μη μετασχηματισμένα κύτταρα HPL. Για 45S rRNA, εμφανή αυξήσεις ήταν οριακής σημασίας για H2122 (p = 0,062) και Η441 (P = 0.0595).

Η

Από τα κύτταρα ινοβλαστών ποντικού η

rRNA

διαγονιδιακές spacer ncRNA είχε αρνητική ρυθμιστική επίδραση στην rRNA [3], [4], έχουμε ποσοτικά συνολικό rRNA με PCR πραγματικού χρόνου μετά από RT. Σε σχέση με HPL1D, επτά σειρές καρκίνου εκφράζονται σημαντικά περισσότερο rRNA, δύο σημαντικά λιγότερο, και τέσσερα δεν ήταν σημαντικά διαφορετικές (Σχ. 3Β). Για δώδεκα από τις κυτταρικές σειρές καρκίνου του πνεύμονα δεκατρία, υπήρχε μια σημαντική αρνητική συσχέτιση μεταξύ rank επιπέδων ncRNA και συνολικής rRNA μεταγραφής (Εικ. 4). Η ακραία κυτταρική γραμμή, H23, είχαν τα υψηλότερα επίπεδα της ολικής rRNA. Ένα προσωρινό συμπέρασμα, για μελλοντική εξερεύνηση, είναι ότι το NC-rRNA και rRNA συνδέονται λειτουργικά στην πλειονότητα αυτών των κυττάρων καρκίνου του πνεύμονα. Κατ ‘αναλογία με τη σχέση τους σε ινοβλάστες ποντικού [3], [4], το NC-rRNA μπορεί να είναι ένας αρνητικός ρυθμιστής του rRNA. Στην ακραία H23, άλλοι παράγοντες μπορεί να έχουν μεγαλύτερη σημασία στη ρύθμιση rRNA.

Όταν γραμμή ακραία H23 παραλείφθηκε, ο Spearman συντελεστής συσχέτισης βαθμού rho = -0,74, P = 0.0135 από το τεστ κατάταξης Spearman.

Οικόπεδο 139 SNP σχετίζεται αντίστροφα με NC-rRNA

επόμενο ρώτησε αν SNP 139, που συνέβη στις περισσότερες από τις κυτταρικές σειρές και ποικίλουν σημαντικά μεταξύ τους, είχε μια σχέση με NC- rRNA και η συνολική έκφραση rRNA. Η συχνότητα της Τ σε C γονιδιωματική SNP στην θέση 139 στην αρχική πάνελ έξι κυτταρικών γραμμών καρκίνου είχε σημαντική αρνητική συσχέτιση με rank NC-rRNA (Εικ. 5Α). Η συσχέτιση αυτή διερευνήθηκε με περισσότερες λεπτομέρειες με τη χρήση του συνόλου του πίνακα των κυτταρικών γραμμών και τον προσδιορισμό των SNP συχνότητες αλληλόμορφου στον εκφράζεται rRNA από Pyrosequencing (βλέπε Πίνακα 2). Με τα δεδομένα rRNA για όλες τις κυτταρικές γραμμές, υπήρξε και πάλι μια σημαντική αρνητική συσχέτιση μεταξύ βαθμού SNP 139 συχνότητα και τα επίπεδα NC-rRNA (Εικ. 5Β).

A. Συσχέτιση της γονιδιωματικής SNP προσδιορίστηκε με κλωνοποίηση σε 6 ανθρώπινο καρκίνο του πνεύμονα κυτταρικές σειρές, Α549, Η441, Η23, H1792, H2030, H2122 και (βλέπε Πίνακα 2) (Spearman συντελεστής συσχέτισης τάξης, rho = -0,89, Ρ = 0,0409, με το Spearman τεστ rank). Β Συσχέτιση του SNP ως παραλλαγή

rRNA

μεταγραφή σε 13 γραμμές καρκίνου (Spearman rank συντελεστής συσχέτισης, rho = -0,71, Ρ = 0,0137, με το τεστ κατάταξης Spearman).

Η

μοντέλα δευτεροβάθμια δομή των ειδών rRNA

Σταθερή δευτερεύουσα δομή έχει αναφερθεί στο παρελθόν για την αλληλουχία 5′-ηγέτης του rRNA [8], [9]. Θεωρήσαμε αν η 139 SNP μπορεί να μεταβάλλουν την δευτερεύουσα δομή, και ως εκ τούτου τη δυνατότητα λειτουργικότητας, της μεταγραφής του rRNA ή του NC-rRNA. Εμείς πρότυπο συν-μεταγραφική αναδίπλωση της αλληλουχίας-οδηγού, +1 να +414, χρησιμοποιώντας MPGAfold, συμπεριλαμβανομένων είτε U ή Ο στη θέση 139. Υπήρχαν 5 μεγάλες δομές στελέχους, το οποίο έχουμε ορίσει όπως φαίνεται στο Σχ. 6. Αυτή η συνολική δομή ήταν σταθερή και συντηρημένα, δίνοντας το ίδιο μοτίβο που σχηματίζουν ζεύγη βάσεων στο 70-100% των γύρων, όπως φαίνεται από το μπλε ή μοβ χρώμα κωδικοποίησης στο Σχ. 6. Η περιοχή 139 βρίσκεται σε μια μακρά δομή στέλεχος, που ονομάζεται μοτίβο LL, που αποτελείται από αλληλουχίες που περιλαμβάνουν +46 να 152 (που εκτείνονται μέχρι +38 να +166 σε ορισμένες εκβάσεις μοντελοποίηση). Τα χαρακτηριστικά του μοτίβου LL με U ή C στη θέση 139 σε σύγκριση στον Πίνακα 3. Η μορφή SNP 139 ήταν σταθερά, αν και ελαφρώς, πιο σταθερή, με ένα πλεονέκτημα -2,7 kcal /mol, τόσο καλύτερη ελεύθερη ενέργεια και κυρίαρχο δωρεάν ενέργειας στο LL διπλώνει. Δύο κοινές τοπικές παραλλαγές του μοτίβου LL υπάρχουν, ένα στο οποίο η θέση 139 εμφανίζεται σε ένα στέλεχος 5-νουκλεοτίδιο δίπλα σε ένα εξόγκωμα, και ένα άλλο όπου μια μη ζευγαρωμένα 140 U δίπλα στο 139 θηλιές έξω (Εικ. 6), για μια διαμόρφωση στελέχους 3-loop-2. Καθώς τα επίπεδα του πληθυσμού MPGAfold αυξάνεται, η συχνότητα των καλύτερη τακτοποίηση τελικές δομές που περιέχουν το 3-loop-2 στέλεχος εντός του μοτίβου LL αυξήθηκε επίσης, εις βάρος του λιγότερο κατάλληλα στέλεχος ζεύγος 5-βάσης (Πίνακας 3). Αυτή η τάση παρατηρήθηκε για αμφότερα άγριου τύπου 139 U και SNP 139 C, αλλά ο τελευταίος διατήρησε ένα υψηλότερο ποσοστό του 5-νουκλεοτίδιο διαμόρφωση. Οι ελεύθερες ενέργειες των δύο διαμορφώσεων των 139 C ήταν ελαφρώς πιο ευνοϊκές από εκείνες των 139 U διαμορφώσεων. Αυτό μπορεί επίσης να σχετίζεται με την αντιστοίχιση των 139 Γ της G στο +63.

Οι μίσχοι χρωματική κωδικοποίηση (κλίμακα φαίνεται) με βάση τη συχνότητα εμφάνισής τους στην τελική δομή μεταξύ 20 τρεξίματα σε πληθυσμό επίπεδο των 128 βάσεων Κ κατά ζεύγη είναι μαύρα. Η βασική δομή στα αριστερά ήταν ιδιαίτερα συντηρημένες και ήταν, όπως φαίνεται σε όλα εκτός από 4/40 των τελικών προβλέψεις. Οι διακεκομμένες κουτιά στο δεξί έδειξε εναλλακτικές διαμορφώσεις του μοτίβου LL γύρω από την περιοχή 139, τα οποία διαφέρουν για τις 5 νουκλεοτίδια σε 60-64 και 138-142. Για τον άγριου τύπου, 139 U (κάτω διακεκομμένες κουτί), η διαμόρφωση αυτών των νουκλεοτιδίων που εμπλέκονται κατά κύριο λόγο ένα στέλεχος 3-νουκλεοτιδίου και ένα βρόχο-out U στο 140 (σκούρο μπλε στο διάγραμμα). Αυτή η παραλλαγή μοτίβο LL βρέθηκε στο 80% (16/20) των τελικών δομών, με Ε = -246,1 kcal /mol σε όλες εκτός από μία από αυτές. Οι δομές LL μοτίβο με τα 5 νουκλεοτίδια σε πορτοκαλί, όλα ως μέρος του στελέχους, ήταν η μειοψηφία, 20% (4/20) του συνόλου των λύσεων (βλέπε πίνακα 3). Η πλήρης δομή που απεικονίζεται ήταν ταυτόσημη για όλα εκτός από ένα από αυτά, με Ε = -245,9 kcal /mol. Αντίθετα, για την SNP 139 C (κορυφή διακεκομμένες κουτί) οι δύο διαμορφώσεις παρουσιάστηκαν σε παρόμοιες αναλογίες, το 45% ως το στέλεχος 3-νουκλεοτιδίων (πράσινο), Ε = -248,8 kcal /mol, και το 55% ως το 5- νουκλεοτίδιο στέλεχος (γαλάζιο), Ε = -248,4 kcal /mol.

η

πρότυπο επίσης την συν-μεταγραφική αναδίπλωση της άλλα μήκη της αλληλουχίας 5′-οδηγό (δεν φαίνεται). Μεταξύ αυτών ήταν η +1 να +173 μήκος, για να συμπεριλάβει την θέση πρόσδεσης νουκλεολίνης, την πρώτη γνωστή περιοχή για ειδική αλληλεπίδραση πρωτεΐνης στο 5′-ηγέτη. Η αλληλουχία 1 έως 700 μελετήθηκε έτσι ώστε να περιλαμβάνει μια περιοχή κατάντη του 414 είναι γνωστό ότι επηρεάζουν τη διάσπαση ηγέτη [6] και περιλαμβάνει μια θέση δέσμευσης U3 [10]. Το SNP σε 139 δεν επηρέασε σημαντικά την αναδίπλωση αυτών των τμημάτων του rRNA. Τέλος, χρησιμοποιήσαμε ένα άλλο πρόγραμμα, Mfold, για να εξετάσει τα ακαθάριστα δομικά χαρακτηριστικά της μεγάλης 5′-εξωτερική μεταγράφηκε αποστάτη (1 – 3655) και παρατηρήθηκε ισχυρή διατήρηση του μοτίβου LL και δεν υπεραστικές αλληλεπιδράσεις με τα νουκλεοτίδια έξω από το LL υπο-τομέα που προκύπτει από την παρουσία ή την απουσία του 139 SNP (δεν φαίνεται). Mfold αποτελέσματα επίσης έδειξαν δυναμικό για το σχηματισμό των ίδιων παραλλαγών LL μοτίβο που απεικονίζεται στο Σχ. 6 από τον άγριο τύπο και τις 139 αλληλουχίες SNP.

Επιπλέον εξετάσαμε το NC-rRNA, η οποία εκτείνεται από περίπου -1000 έως τουλάχιστον + 300.Its ακριβή βαθμό από τη θέση έναρξης της μεταγραφής προς τα κάτω δεν θα μπορούσε να προσδιοριστεί λόγω της επικάλυψης με την τακτική μεταγραφή rRNA. Σε όλες MPGAfold τρέχει μοντελοποίηση της NC-rRNA από -1000 να +414, το μοτίβο LL διατηρήθηκε και δεν συμμετείχε στις αλληλεπιδράσεις με αλληλουχίες ανοδικά της θέσης έναρξης της μεταγραφής (που δεν φαίνεται).

Συζήτηση

Αναφέρουμε εδώ ότι τα ανθρώπινα επιθηλιακά κύτταρα, συμπεριλαμβανομένου του καρκίνου του πνεύμονα τα κύτταρα, όπως ινοβλάστες ποντικού, εκφράζουν ένα μη-κωδικοποίησης του RNA από την διαγονιδιακή περιοχή του

rRNA

γονίδιο, και ότι ένα αρνητικό ρυθμιστικό ρόλο είναι πιθανόν υπονοείται , δεδομένου ότι υπήρχε μια αρνητική συσχέτιση μεταξύ των επιπέδων της NC-rRNA και το συνολικό rRNA στις περισσότερες από τις ανθρώπινες κυτταρικές σειρές αδενοκαρκινώματος του πνεύμονα που μελετήθηκαν.

Επιπλέον, παρατηρήσαμε μια ενδιαφέρουσα σχέση μεταξύ ενός NC-rRNA SNP και το NC επίπεδα -rRNA. Οι αλληλουχίες των πολλαπλών αντιγράφων του

Τα rRNA γονίδια

διατηρημένη μεταξύ ατόμων ενός είδους και εντός των ατόμων, ένα φαινόμενο εικάζουν ότι αντιπροσωπεύει εναρμονισμένη εξέλιξη οδηγείται από πολλαπλούς μηχανισμούς, συμπεριλαμβανομένων ενδοχρωμοσωμική ανασυνδυασμό και μετατροπή interchromosomal γονίδιο [5], [ ,,,0],11]. Ορισμένες παραλλαγές έχουν σημειωθεί, ιδιαίτερα σε εξελικτικά λιγότερο συντηρημένες περιοχές και στο συστατικό 28S του γονιδίου [12], [13]. Οι αλλαγές αυτές ως επί το πλείστον ασχολούνται κέρδος ή ζημία των επαναλαμβανόμενων τμημάτων, αν και μόνο οι διαφορές νουκλεοτιδίων έχουν επίσης αναφερθεί [14] – [16]. Δεν λειτουργική σημασία έχει αποδοθεί ακόμα σε αυτές τις διαφορές στον τομέα της πυρηνικής

rRNA

. Ωστόσο, πολλές μητέρα-κληρονόμησε σημειακές μεταλλάξεις στο μιτοχονδριακό

rRNA

προδιαθέτουν τα παιδιά στην ωτοτοξικότητα των αντιβιοτικών αμινογλυκοσιδών, από ατελώς κατανοητό μηχανισμού με τη συμμετοχή της μιτοχονδριακής διαπερατότητας της μεμβράνης και την απόπτωση [17] – [19].

στη μελέτη μας, η NC-rRNA βρέθηκε να επεκταθεί στην περιοχή ηγέτη 5′-ETS, το παρελθόν το site 139, και τις διαφορές στη συχνότητα των 139 C ανάμεσα στις κυτταρικές σειρές συσχετίζεται αρνητικά με τα επίπεδα της NC-rRNA. Με βάση αυτές τις παρατηρήσεις, θα υποθέσουμε ότι η 139 C SNP έχει αρνητική ρυθμιστική επίδραση ούτε το ρυθμό μεταγραφής του NC-rRNA, ή για τη σταθερότητα του, και ότι ο ncRNA με τη σειρά του ρυθμίζει αρνητικά την rRNA.

στα κύτταρα ινοβλαστών ποντικού που μελετήθηκαν από τον Mayer et al. [3], [4], η ncRNA εκφράζεται από τον διαγονιδιακή περιοχή του

rRNA

γονίδιο προκάλεσε μείωση στην rRNA μεταγραφή, ως αποτέλεσμα της αλληλεπίδρασης με πυρηνισκική σύμπλεγμα αναδιαμόρφωσης και αλλαγμένου DNA και ιστονών μεθυλίωση. Συγκεκριμένα, η αλληλουχία -127 να -39 εμπλεκόταν [4]. Αλληλουχίες καθοδικά της θέσης έναρξης της μεταγραφής δεν μελετήθηκαν? αν αυτά μπορούν να λειτουργούν με ένα συγκρίσιμο μηχανισμό θα απαιτήσει περαιτέρω μελέτη. Μη κωδικοποίησης RNA έχει εμπλακεί στον έλεγχο της γονιδιακής έκφρασης μέσω μιας ποικιλίας μηχανισμών [επανεξετάζονται σε 20] – [22]. Σε δύο τουλάχιστον περιπτώσεις, έχει αναφερθεί ότι η ρυθμιστική μακρά μη-κωδικοποίησης ΚΝΑ, ξεκίνησε ανοδικά, εκτείνεται κατά μήκος της θέσης έναρξης της μεταγραφής, όπως παρατηρείται στα αποτελέσματα μας. Αυτές οι μακροχρόνιες NC-RNAs περιελάμβανε παρεμβαίνοντας μεταγραφή λειτουργεί ως αρνητικός καταστολέα του ανθρώπινου γονιδίου διϋδροφολικής αναγωγάσης [23], και μια μεταγραφή trans-προαγωγό ενεργοποίηση του γονιδίου της φρουκτόζης-1,6-διφωσφορικής σε σχάση ζύμη [24].

Δεν υπήρξε μία κατάδειξης δημοσίευση σε μια λειτουργική διαφορά μεταξύ των SNPs σε ανθρώπινο

rRNA

[25]. Στην ανθρώπινη HaCaT κερατινοκύτταρα στον πολιτισμό, SNPs εντοπίστηκαν στην περιοχή που περιβάλλει τη θέση έναρξης της μεταγραφής για

rRNA

. Σε χρωματίνη προσδιορισμοί ανοσοκαθίζησης, οι συχνότητες των SNPs ήταν σημαντικά διαφορετική σε

rRNA

γονίδιο περιοχές ανοσοκαταβυθίζονται με τον Παράγοντα Binding Upstream (UBF) ή με ΡοΙΙ, vs ότι σε συνδυασμό με την basonuclin παράγοντα μεταγραφής. Στην περιοχή -101 έως -52, η συνολική συχνότητα SNP ήταν αρκετά χαμηλό στο

rRNA

γονίδιο που σχετίζεται με UBF ή ΡοΙΙ και σημαντικά υψηλότερη στην basonuclin που σχετίζονται με

rRNA

. Αυτή η περιοχή περιλαμβάνει την -96 SNP στη μελέτη μας, η οποία έλαβε χώρα σε ένα υψηλό ποσοστό των κλώνων Α549. Έλλειψη SNPs στο UBF που σχετίζεται με αλληλουχία είναι αξιοσημείωτο, εν όψει της ασυδοσίας της δέσμευσης της UBF όλη την

rRNA

γονίδιο και ρυθμιστικές περιοχές της [26]. Θα μπορούσε να είναι ενδιαφέρον να προσδιοριστεί κατά πόσον αναλογία πρόσδεσης αυξήθηκε basonuclin /UBF εμφανίζεται στο Α549 κυτταρική γραμμή. Basonuclin εκφράζεται σε επιθηλιακά καθώς και βλαστικά κύτταρα [27] και είναι ιδιαίτερα αυξημένη σε βασικοκυτταρικό καρκίνωμα του δέρματος [28].

Περαιτέρω απόδειξη για λειτουργικές διαφορές μεταξύ των

rRNA

παραλλαγές γονίδιο προέρχεται από μια μελέτη σε ποντίκια [29]. Επτά παραλλαγές προσδιορίστηκαν με βάση την πολυμορφισμούς μήκους θραύσματος περιορισμού και περιλάμβανε δύο SNPs στην περιοχή προαγωγού. Παραλλαγή SNPs στο 5′-ETS χρησιμοποιήθηκαν για να εξετάσουν έκφραση σε συγκεκριμένους ιστούς ενήλικα ποντικού με ποσοτική PCR. Τρεις παραλλαγές καθολικά εκφράζονται (συμπεριλαμβανομένου ενός σε διαφορετικά επίπεδα μεταξύ τους ιστούς), δύο δεν ανιχνεύθηκαν σε οποιονδήποτε ιστό, και δύο βρέθηκαν μόνο σε ορισμένους ιστούς. Αυτά τα αποτελέσματα ήταν σύμφωνα με τις προηγούμενες κυτταρολογική προσδιορισμούς χρώσης αργύρου του πυρηνισκικός-οργάνωση των περιοχών για διαφορετικά χρωμοσώματα σε ανθρώπινα κύτταρα: ινοβλάστες και λευκοκύτταρα μεταβάλλεται σε σχέση με την οποία συστάδες χρωμόσωμα του

rRNA

γονίδια ήταν πιο ενεργή [30], και υπήρχαν διαφορές μεταξύ των συστάδων σε απόκριση της διέγερσης επίδραση του ορού [31].

το NC-rRNA, που εκφράζεται από την διαγονιδιακή περιοχή σε κύτταρα ποντικού και που αλληλεπιδρούν με το σύμπλεγμα πυρηνισκικός αναδιαμόρφωσης, έχει πρόσφατα ονομαστεί pRNA ( προαγωγό RNA), και είχε προβλεφθεί από μοντελοποίηση υπολογιστή για να έχει μια σταθερή φουρκέτα δευτερεύουσα δομή, όπως ήταν η συγκρίσιμη αλληλουχία από το ανθρώπινο

rRNA

υποκινητή [4]. Όταν Mayer et al. [4] μεταλλαχθεί παράλληλα ζεύγη GC στην pRNA (σε ζεύγη βάσεων που αντιστοιχούν στις τοποθεσίες -59 έως -61 και -118 έως -120 στην πρωτογενή αλληλουχία που χρησιμοποιείται από εμάς), παρατήρησαν μια σημαντική επίδραση στη δευτερεύουσα δομή, την εξάλειψη του στελέχους η θηλειά διαμόρφωση, και κατάργηση της δέσμευσης στην πρωτεΐνη TIP5 στο πυρηνισκικός συγκρότημα αναδιαμόρφωσης συγκεκριμένο. Ελέγξαμε κατά πόσο μια ανάλογη μεταβολή στη δευτερεύουσα δομή θα μπορούσε να συνοδεύσει το 139 SNP. Υπολογιστική προσομοίωση των δομών rRNA έδειξαν ότι η περιοχή 139 είναι εντοπισμένη σε μια σταθερή, ευνοείται ενεργειακά δομή στελέχους που ονομάζεται το μοτίβο LL. Co-μεταγραφική μοντελοποίηση έδειξε ότι το 139 U έως C SNP είχε ένα σχετικά μικρό, αλλά πιθανώς σημαντική επίδραση στην τοπική δομή, με την υποκατάσταση C παρέχοντας μεγαλύτερη σταθερότητα (συνολική χαμηλότερη ελεύθερη ενέργεια) και αυξημένη συχνότητα ενός στελέχους 5-nt στη θέση του ένα στέλεχος 3-nt. Είτε αυτό διαμορφωτική διαφορά μπορεί να επηρεάσει λειτουργικές αλληλεπιδράσεις του μοτίβου LL θα απαιτήσει περαιτέρω μελέτη

Μια άλλη πιθανή εξήγηση για τα ειδικά εφέ της ιστοσελίδας 139 SNP μπορεί να βρεθεί στο πλαίσιο του DNA:. Αυτή η περιοχή βρίσκεται σε ένα συντηρημένη βασικό στοιχείο στεροειδών απάντηση, TGTTCT, για την κατηγορία I ορμονικές υποδοχείς, συμπεριλαμβανομένων εκείνων για τα γλυκοκορτικοειδή, τα ανδρογόνα, μεταλλοκορτικοειδή, και προγεστερόνη. Αλλαγή του Τ σε C στη θέση 139, η τρίτη θέση σε αυτό το στοιχείο, θα ήταν πιθανόν να εξαλειφθεί η δέσμευση του υποδοχέα της ορμόνης: αντικατάσταση του T με A καταργηθεί απάντηση σε όλα τα τάξης Ι υποδοχείς ορμόνης [32]. Επίσης, ενδεχομένως, σημαντική είναι η παρουσία ακριβώς κατάντη του 139, στο 159-167, ενός στοιχείου δεσμευτικές για νουκλεολίνη, μία ρυθμιστική πρωτεΐνη σημαντική ανάπτυξη RNA-δεσμευτικές [33], [34].

Εκτός από το 139 T /C SNP, ανακαλύψαμε 11 άλλους δικτυακούς τόπους όπου SNPs βρέθηκαν πιο συχνά από ό, τι αναμένεται από την τύχη. Κανένα από αυτά δεν συνέβη αρκετά συχνά για τις συσχετίσεις με κυτταρικές ιδιότητες που θα επιχειρηθεί. Αυτά τα SNPs μπορεί να έχει λειτουργική σημασία, ή μπορεί απλά να είναι σε θέσεις που είναι ιδιαίτερα ανεκτικοί μεταβληθεί ακολουθίας. Αλληλουχίες στην περιοχή του ανθρώπινου

rRNA

γονίδιο το οποίο ρυθμίζει τη μεταγραφή περιλαμβάνουν την απαραίτητη υποκινητή πυρήνα, περίπου -45 να +18, η οποία είναι απαραίτητη για μεταγραφή, και ένα ανάντι στοιχείο ελέγχου που ξεκινούν από περίπου -200, συμπεριλαμβανομένης της κρίσιμο στοιχείο Τ

o σε -165 με -175 [35], [36]. Αριθ SNPs εμφανίστηκαν σε οποιαδήποτε από τις κυτταρικές σειρές πνεύμονα μας από -13 να -4? αλλαγές σε αυτή την περιοχή μπορεί να μην λειτουργικά ανεκτές. Σημειώσαμε SNP hotspots στην ανάντη στοιχείο ελέγχου, σε -181, -104, -96 και -72. Hotspot -104 αποτελεί μέρος μιας θέσης πρόσδεσης, TCGCGC, για τα μέλη της E2F οικογένειας παράγοντα μεταγραφής. Πολύπλοκες επιπτώσεις στην

rRNA

μεταγραφή, τόσο θετικές όσο και αρνητικές, έχουν αποδοθεί σε E2F1, E2F4, και E2F6, όταν μελετηθεί σε επιμολυσμένα ανθρώπινα κύτταρα Η358 αδενοκαρκινώματος του πνεύμονα [37], [38]. Είναι πιθανό ότι η αντικατάσταση του -104 Τ με C μειώνει κατασταλτικά αποτελέσματα ή ενισχύει την επαγωγή αποτέλεσμα ενός ή περισσοτέρων μελών της E2F οικογένειας.

Οι πολυμορφισμοί στο -96, όλα υποκαθιστώντας ένα Τ για ένα C, αποβάλλεται ένα CpG χώρο, όπου θα μπορούσε να συμβεί μεθυλίωσης. Οι αλλαγές στους -72, όλα υποκαθιστώντας ένα C για ένα Τ, δημιούργησε μια θέση CpG. Σε μια πρόσφατη μελέτη με ανθρώπινα HeLa καρκινικά κύτταρα, 27 θέσεις CpG στην ανάντη στοιχείο ελέγχου και πυρήνα υποκινητή του

rRNA

ήταν σε γενικές γραμμές πολύ μεθυλιωμένο, αλλά στο DNA ανοσοκαταβυθίζονται με αντίσωμα προς ΡοΙΙ αυτές οι θέσεις είχαν μειωμένη ή απούσα μεθυλίωσης [39]. Αυτό περιελάμβανε ιστοσελίδα -96 και μία στο -75. Ενδεχομένως η απώλεια του -96 CpG θα μπορούσε να αυξήσει συστατική δέσμευσης Πόλιν. Αυτό θα ήταν ιδιαίτερα σημαντικό σε κύτταρα Α549, όπου σχεδόν το ήμισυ των κλώνων έδειξε αυτή την αλλαγή. Μια συγκριτική μελέτη των ανθρώπινων καρκίνων του ήπατος vs κανονική αντιστοίχιση του ήπατος, που βρέθηκαν στα καρκίνους, σημαντική υπομεθυλίωση όλων των

rRNA

ανάντη CpG θέσεις μεταξύ 137 και -59, συμπεριλαμβανομένων -96 [40]. Επίσης, σε μία δοκιμασία ϋΝάσης αποτύπωμα, θέση -96 βρισκόταν μεταξύ των δύο περιοχών που προστατεύονται από UBF, και έδειξε αυξημένη διάσπαση του DNA [41].

Έχει επίσης σημειωθεί ότι η ανθρώπινη και ποντικού εξωτερικών και εσωτερικών διαχωριστικών μεταγράφονται έχουν ένα υψηλότερο ποσοστό των ΑΑ και δινουκλεοτιδίων GA, και ένα χαμηλότερο ποσοστό των AT, CA, και δινουκλεοτίδια ΤΑ, από ό, τι αναμένεται από την τύχη [8]. Αυτά μπορεί να έχουν ειδικούς ρόλους και θα μπορούσε να αναμένεται ότι θα διατηρηθούν. Πέντε από τους SNPs hotspot στη μελέτη μας οδήγησε σε κέρδος ή ζημία από ένα από αυτά τα πέντε ζεύγη δινουκλεοτίδιο. Ιδιαίτερης σημασίας είναι δυνατόν το επτά A /G SNPs σε 52, που μετατρέπουν ένα GA και μια AT για να ουδέτερου GG και GT? και τα εννέα G /A SNPs σε 207, όλα σε κυτταρική σειρά H23, με αποτέλεσμα τη δημιουργία ενός δινουκλεοτιδίου GA.

Εν ολίγοις, ένα NC-rRNA, καλύπτοντας το

rRNA γονιδίου

θέση έναρξης μεταγραφής, εκφράστηκε σε ανθρώπινα κύτταρα αδενοκαρκινώματος πνεύμονα και σχετίστηκε αρνητικά με συχνότητα μιας Τ /Ο SNP στη θέση 139 στην αλληλουχία οδηγό της 5′-ETS. Για τις περισσότερες κυτταρικές γραμμές, το NC-rRNA επίσης συσχετίζεται αρνητικά με το σύνολο των 45S rRNA. Πρόσφατα χημικά στόχευση παράγοντες μεταγραφής για

rRNA

έχουν δείξει υπόσχεση για τη θεραπεία του καρκίνου [42], [43]. Επιπλέον, είναι δυνατόν μειωμένη έκφραση του rRNA στον εγκέφαλο, λόγω υπερμεθυλίωση, συνδέθηκε με κίνδυνο αυτοκτονίας [44]. Πιο πρόσφατα, έχει προταθεί ότι η αυξημένη rRNA λόγω τρισωμία του χρωμοσώματος 21 συμβάλλει στο σύνδρομο Down, [45]. Έτσι, η μεταβλητότητα σε rRNA έχει σημασία για διάφορα θέματα της υγείας του ανθρώπου.