Αφηρημένο

Ιστορικό

Μια πρόσφατη μελέτη σύνδεσης του γονιδιώματος-ευρεία εντόπισε ένα νέο rs7758229 γενετική παραλλαγή στο

SLC22A3

για τον ορθοκολικό καρκίνο ευαισθησία σε ένα ιαπωνικό πληθυσμό, αλλά είναι άγνωστο αν αυτό το πρόσφατα εντοπίστηκαν παραλλαγή σχετίζεται με καρκίνο του παχέος εντέρου και σε άλλους πληθυσμούς, συμπεριλαμβανομένου του κινεζικού πληθυσμού.

Μέθοδοι

Εξετάσαμε τις συσχετίσεις μεταξύ rs7758229 και κίνδυνο ορθοκολικού καρκίνου μεταξύ 1.147 περιπτώσεις και 1.203 ελέγχους συνδυαστεί με την ηλικία και το φύλο. Μοντέλο λογιστικής παλινδρόμησης χρησιμοποιήθηκε για την αξιολόγηση των ενώσεων.

Αποτελέσματα

Καμία σημαντική συσχέτιση βρέθηκε μεταξύ rs7758229 και κίνδυνο ορθοκολικού καρκίνου (OR = 0,95, 95% CI = 0,84 – 1,09,

P

= 0,463). Παρόμοια αποτελέσματα παρατηρήθηκαν στη διαστρωμάτωση της θέσης του όγκου (OR = 0,94, 95% CI = 0,80 – 1,11,

P

= 0,481 για τον καρκίνο του παχέος εντέρου, και OR = 0.96, 95% CI = 0,82 – 1,13,

P

= 0,621 για τον καρκίνο του ορθού).

Συμπεράσματα

Τα ευρήματά μας δεν υποστηρίζει τη σύνδεση μεταξύ rs7758229 στο 6q26-q27 και τον κίνδυνο καρκίνου του παχέος εντέρου σε ένα κινεζικό πληθυσμό.

Παράθεση: Zhu L, Du Μ, Gu D, Ma L, Chu Η Tong Ν, et al. (2013) rs7758229 γενετική παραλλαγή στο 6q26-q27 Είναι που δεν συνδέονται με καρκίνο του παχέος εντέρου κινδύνου σε ένα κινεζικό πληθυσμό. PLoS ONE 8 (3): e59256. doi: 10.1371 /journal.pone.0059256

Επιμέλεια: Hengyi Rao, University of Pennsylvania, Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής

Ελήφθη: 21 του Σεπτεμβρίου 2012? Αποδεκτές: 12 Φλεβάρη 2013? Δημοσιεύθηκε: 12, Μάρ 2013

Copyright: © 2013 Zhu et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Αυτή η μελέτη εν μέρει χρηματοδοτήθηκε από το Εθνικό Ίδρυμα Φυσικών Επιστημών της Κίνας (81201570, 81102089 και 81230068), Εθνικό Ίδρυμα Φυσικών Επιστημών της επαρχίας Jiangsu (BK2010080 και BK2011773), το πλήκτρο προγράμματος για την Βασική Έρευνα της Jiangsu επαρχιακή Παιδαγωγικό Τμήμα Δημοτικής Εκπαίδευσης (11KJB330002), Τσινγκ Lan Πρόγραμμα της Jiangsu Provincial Υπουργείο Παιδείας, και το έργο που χρηματοδοτείται από την Προτεραιότητα Ακαδημαϊκό Πρόγραμμα Ανάπτυξης των Jiangsu Ιδρυμάτων Ανώτατης Εκπαίδευσης (Δημόσιας Υγείας και προληπτικής Ιατρικής). Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

καρκίνος του παχέος εντέρου είναι η κύρια αιτία θανάτου από καρκίνο που σχετίζονται στις περισσότερες χώρες, η οποία προκαλείται από έναν συνδυασμό παραγόντων γενετικών και περιβαλλοντικών κινδύνων [1], [2], [3]. Twin μελέτες έχουν δείξει ότι η γενετική λογαριασμούς ευαισθησίας για ~ 35% της αιτιολογίας της νόσου, οι περισσότεροι εκ των οποίων είναι ακόμη ασαφές [4]. Πρόσφατες ευρεία διαθεσιμότητα υψηλής απόδοσης γονιδιωματικής προσεγγίσεις έχουν δώσει την ευκαιρία να σαρώσει τα γονιδιώματα του μεγάλου αριθμού των ατόμων σε μελέτες συσχέτισης γονιδιώματος-ευρεία (GWAS) ταχύτατα [5]. Αρκετές GWAS έχουν ολοκληρωθεί με σκοπό τον εντοπισμό γενετικών παραλλαγών που επηρεάζουν τον κίνδυνο καρκίνου του παχέος εντέρου [6]. Προηγουμένως, τρεις επικύρωση [7], [8], [9] σπουδές στην κινεζική απέτυχαν να αναπαράγουν τα περισσότερα από GWAS-προσδιορίζονται τόπους, γεγονός που υποδηλώνει ότι υπήρχε γενετική ετερογένεια μεταξύ τους Καυκάσιους και Ασιάτες.

Πρόσφατα, Cui et al. διεξήγαγε μια GWAS σε ένα ιαπωνικό πληθυσμό (4809 παχέος περιπτώσεις καρκίνου και 2.973 ελέγχους) και εντόπισε ένα νέο rs7758229 θέση στο

SLC22A3

για άπω καρκίνο του παχέος εντέρου [10]. Επιπλέον, βρήκαν σωρευτικές επιπτώσεις των rs7758229, άλλοι γενετικοί και περιβαλλοντικοί παράγοντες θα μπορούσαν να αυξήσουν κίνδυνο ορθοκολικού καρκίνου. Ωστόσο, λίγα ή τίποτα δεν είναι γνωστό για το αν υπάρχει η επίδραση αυτού του τόπου σε άλλες ασιατικές πληθυσμούς. Εδώ, θα διεξαχθεί μια ανεξάρτητη μελέτη ασθενών-μαρτύρων για την εκτίμηση της συσχέτισης μεταξύ rs7758229 προσδιορίζονται από Cui et al. και κίνδυνο ορθοκολικού καρκίνου σε ένα κινεζικό πληθυσμό.

Υλικά και Μέθοδοι

πληθυσμός Μελέτη

Οι ασθενείς με καρκίνο του παχέος εντέρου είχαν προσληφθεί από τον Σεπτέμβριο του 2010 στο Πρώτο Ενταγμένο Νοσοκομείο και Nanjing Πρώτα Νοσοκομείο Ιατρικό Πανεπιστήμιο Nanjing, τα οποία έχουν περιγραφεί λεπτομερώς προηγουμένως [11]. Όλες οι περιπτώσεις είχαν ιστολογικά επιβεβαιωμένο αδενοκαρκίνωμα του παχέος εντέρου. Η παθολογική στάδιο του καρκίνου του παχέος εντέρου ταξινομήθηκε σε Dukes Α, Β, C, και D. βαθμός όγκου διαιρέθηκε σε χαμηλής, μέσης και υψηλής. Τα άτομα ελέγχου επιλέχθηκαν τυχαία από ένα σύνολο πάνω από 25.000 καρκίνος-ελεύθερα άτομα επί τη βάσει των φυσικών εξετάσεων και συχνότητα αντιστοίχιση σε περιπτώσεις σχετικά ηλικία και το φύλο. Τα κριτήρια αποκλεισμού που περιλαμβάνονται χωρίς ιστορικό καρκίνου. Αφού υπέγραψε συγκατάθεση, κάθε υποκείμενο δώρισε 5 ml αίματος για την εξαγωγή γονιδιακού DNA. Η μελέτη αυτή εγκρίθηκε από τα θεσμικά διοικητικά συμβούλια επανεξέταση της Nanjing Ιατρικό Πανεπιστήμιο.

Γονοτυπικές

Το γονιδιακό DNA απομονώθηκε από λεμφοκύτταρα περιφερικού αίματος. Σε αυτή τη μελέτη, rs7758229 ήταν γονότυπος χρησιμοποιώντας τη δοκιμασία TaqMan (Applied Biosystems). Οι αλληλουχίες των εκκινητών και ανιχνευτών για κάθε SNP είναι διαθέσιμα κατόπιν αιτήματος. Γονιδιωματικό DNA από 50 ng και 0,5 × μείγμα (Takara Bio, JPN) χρησιμοποιήθηκε για κάθε αντίδραση και η ενίσχυση διεξήχθη υπό τις ακόλουθες συνθήκες: 50 ° C για 2 λεπτά, 95 ° C για 10 λεπτά που ακολουθείται από 45 κύκλους των 95 ° C για 15 δευτερόλεπτα, και 60 ° C για 1 λεπτό. Εκτιμήσαμε την ποιότητα των δεδομένων γονότυπο πληκτρολογώντας το 10% τύφλωσε όμοια δείγματα? το ποσοστό αντιστοιχίας ήταν 100,0%.

Στατιστικές αναλύσεις

Hardy-Weinberg ισορροπία των κατανομών γονότυπου των ελέγχων », δοκιμάστηκε με ένα τεστ chi-square καλοσύνη-of-fit. Άνευ όρων μονοπαραγοντική και πολυπαραγοντική ανάλυση λογιστικής παλινδρόμησης πραγματοποιήθηκαν για την απόκτηση του αργού και προσαρμόζονται αναλογίες πιθανοτήτων (OR) για τον κίνδυνο καρκίνου του παχέος εντέρου και 95% διαστήματα εμπιστοσύνης τους (ΠΙ). Ένα

P

αξία & lt? 0,05 θεωρήθηκε στατιστικά σημαντική, και όλα τα στατιστικά τεστ ήταν δύο όψεων. Οι στατιστικές αναλύσεις έγιναν με τη χρήση του λογισμικού SAS, αφήστε 9.1 (SAS Institute, Cary, NC).

Ένα σύνολο 1.147 παχέος περιπτώσεων καρκίνου και 1.203 άτομα ελέγχου συμπεριελήφθησαν σε αυτή τη μελέτη

Αποτελέσματα

(Πίνακας 1). Η μέση ηλικία ήταν 60,1 χρόνια για τις περιπτώσεις έως 59,9 ετών για τους ελέγχους. Περιπτώσεις ήταν πιο πιθανό να έχουν τα μέλη της οικογένειας με καρκίνο σε σχέση με τους ελέγχους (21,2% έναντι 10,6%,

P

& lt? 0.001). Οι παρατηρούμενες rs7758229 συχνότητες γονοτύπου μεταξύ των ατόμων της ομάδας ελέγχου ήταν σε συμφωνία με την ισορροπία Hardy-Weinberg (

P

= 0.778). Όπως φαίνεται στον Πίνακα 2, οι συχνότητες των GG, GT και γονότυπους ΤΤ ήταν 58,3%, 35,6%, και 6,1%, αντίστοιχα, μεταξύ των περιπτώσεων, και 56,4%, 37,6%, και 6,0%, αντίστοιχα, μεταξύ των ελέγχων. Επιπλέον, rs7758229 συχνότητα Τ αλληλόμορφο ήταν 0,248 μεταξύ των περιπτώσεων και 0.238 μεταξύ των ελέγχων, και η διαφορά δεν ήταν στατιστικά σημαντική (OR = 0,95, 95% CI = 0,84 – 1,09,

P

= 0,463). Πραγματοποιήσαμε μια ανάλυση διαστρωμάτωση ανάλογα με τη θέση του όγκου (του παχέος εντέρου και του ορθού) να εξετάσει τη σχέση μεταξύ rs7758229 και κίνδυνο ορθοκολικού καρκίνου. Ομοίως, αλληλόμορφο rs7758229 Τ δεν συσχετίστηκε με τον κίνδυνο καρκίνου του παχέος εντέρου ή καρκίνο του ορθού, σε σύγκριση με το αλληλόμορφο G (OR = 0.94, 95% CI = 0,80 – 1,11,

P

= 0,481 για τον καρκίνο του παχέος εντέρου, και OR = 0.96, 95% CI = 0,82 – 1,13,

P

= 0,621 για τον καρκίνο του ορθού).

η

Συζήτηση

στην παρούσα μελέτη, βρήκαμε καμία στατιστικά σημαντική συσχέτιση μεταξύ rs7758229 στο

SLC22A3

και κίνδυνο ορθοκολικού καρκίνου, και καμία συσχέτιση με τον κίνδυνο της θέσης του όγκου.

ανικανότητά μας αναπαράγουν τα ευρήματα των Cui et al. [10] μπορεί να οφείλεται σε διάφορους λόγους. Πρώτον, μια αδύναμη και ανεπαρκής ισχύς μπορεί να εξηγήσει αντιφατικά αποτελέσματα μας. Ωστόσο, αυτή η μελέτη είχε εύλογες ισχύος (& gt? 75%) για να ανιχνεύσει μια OR 1,28 ανά αντίγραφο του Τ αλληλίου, η οποία είχε αναφερθεί προηγουμένως από τον Cui et al. [10]. Δεύτερον, έχουμε προσληφθεί παχέος περιπτώσεις καρκίνου από τα νοσοκομεία και τα επιλεγμένα στοιχεία ελέγχου από τους πληθυσμούς, τα οποία δεν θα μπορούσε κάλλιστα να αντιπροσωπεύουν το σύνολο του πληθυσμού και θα μπορούσε να οδηγήσει σε πιθανή προκατάληψη επιλογής. Τρίτον, είναι βιολογικά κατανοητό ότι η ίδια παραλλαγή ευαισθησία για ορθοκολικό καρκίνο μπορεί να εμπλέκεται σε διάφορες πληθυσμούς. Ως εκ τούτου, τα αντιφατικά ευρήματα μπορεί να σχετίζονται με γενετικές ή /και περιβαλλοντικές τροποποιητές που ποικίλλουν σε συχνότητα μεταξύ των κινεζικών πληθυσμών και των ιαπωνικών πληθυσμών. Τέλος, Cui et al, ανέφεραν ότι rs7758229 είχε μια πιο σημαντική συσχέτιση με τον κίνδυνο καρκίνου του παχέος εντέρου άπω (

P

= 7.92 × 10

-9) από καρκίνο του παχέος εντέρου (

P

= 1,31 × 10

-5) [10], γεγονός που υποδηλώνει ότι τα καρκινώματα τους έχουν διαφορετικές παθολογικές μηχανισμούς της καρκινογένεσης συμμετοχή διαφόρων γενετικών και επιγενετικών ελαττώματα [12].

Εν κατακλείδι, η μελέτη μας επιβεβαίωσε ότι rs7758229 στο 6q26 -q27 δεν μπορούν να συμβάλλουν στον κίνδυνο καρκίνου του παχέος εντέρου σε ένα κινεζικό πληθυσμό. Ως εκ τούτου, η περαιτέρω άλλους τόπους και μεγάλης κλίμακας GWAS του ορθοκολικού καρκίνου στην κινεζική πληθυσμό περιμένουν.