Αφηρημένο

ανάλυση δρόμος έχει προταθεί ως συμπλήρωμα μόνο SNP αναλύσεις σε GWAS. Αυτή η μελέτη συνέκρινε τις μεθόδους ανάλυσης οδού χρησιμοποιώντας δύο σύνολα δεδομένων για τον καρκίνο του πνεύμονα GWAS βασίζεται σε τέσσερις μελέτες: ένα συνδυασμένο σύνολο δεδομένων από την Κεντρική Ευρώπη και το Τορόντο (CETO)? το άλλο ένα συνδυασμένο σύνολο δεδομένων από τη Γερμανία και MD Anderson (GRMD). Ψάξαμε τη βιβλιογραφία για τις μεθόδους ανάλυσης μονοπάτι που χρησιμοποιούνταν ευρέως, εκπρόσωπος των άλλων μεθόδων, και είχε διαθέσιμο λογισμικό για την εκτέλεση της ανάλυσης. Έχουμε επιλέξει την ευκολία των προγραμμάτων, η οποία χρησιμοποιεί μια τροποποιημένη αλιείς Ακριβής υπολογισμός για να δοκιμασία για τις ενώσεις οδού, GenGen (μια έκδοση του Gene Set Εμπλουτισμός Ανάλυση (GSEA)), η οποία χρησιμοποιεί μια Kolmogorov-Smirnov-όπως το τρέξιμο ποσό στατιστική ως το στατιστικό αποτέλεσμα της δοκιμής, και SLAT, η οποία χρησιμοποιεί μια προσέγγιση συνδυασμού τιμή ρ. Έχουμε περιλαμβάνονται επίσης μια τροποποιημένη εκδοχή της μεθόδου SUMSTAT (mSUMSTAT), η οποία ελέγχει την ένωση από το μέσο όρο χ

2 στατιστικά στοιχεία από τις δοκιμές σύνδεσης γονότυπο. Υπήρχαν σχεδόν 18000 διαθέσιμα για ανάλυση γονιδίων, μετά από τη χαρτογράφηση των περισσότερων από 300.000 SNPs από κάθε σύνολο δεδομένων. Αυτά χαρτογραφήθηκαν σε 421 GO επίπεδο 4 σετ γονιδίων για την ανάλυση της οδού. Μεταξύ των μεθόδων σχεδιαστεί ώστε να είναι ανθεκτική στις προκαταλήψεις που σχετίζονται με το μέγεθος του γονιδίου και της οδού SNP συσχέτιση (GenGen, mSUMSTAT και SLAT), η προσέγγιση mSUMSTAT εντοπίσει τις πιο σημαντικές οδούς (8 CETO και 1 στην GRMD). Αυτό περιελάμβανε μια εξαιρετικά αληθοφανή ένωση για την πορεία δράσης του υποδοχέα της ακετυλοχολίνης τόσο CETO (FDR≤0.001) και GRMD (FDR = 0,009), αν και δύο ισχυρά σήματα σύνδεσης σε ένα ενιαίο σύμπλεγμα γονιδίων (

CHRNA3-CHRNA5-CHRNB4

) οδηγούν σε αυτό το αποτέλεσμα, περιπλέκοντας την ερμηνεία της. Λίγες άλλες αναπαραχθεί ενώσεις βρέθηκαν χρησιμοποιώντας οποιαδήποτε από αυτές τις μεθόδους. Δυσκολία στην αντιγραφή ενώσεις παρεμποδίζεται η σύγκριση μας, αλλά τα αποτελέσματα δείχνουν mSUMSTAT έχει πλεονεκτήματα σε σχέση με τις άλλες προσεγγίσεις, και μπορεί να είναι ένα χρήσιμο εργαλείο ανάλυσης μονοπατιού για να χρησιμοποιήσετε μαζί με άλλες μεθόδους, όπως η χρησιμοποιούνται συνήθως GSEA προσέγγιση (GenGen).

Παράθεση : Fehringer G, Liu G, Briollais L, Brennan P, Amos CI, Spitz MR, et al. (2012) Σύγκριση της Οδού Ανάλυση Προσεγγίσεις Χρησιμοποιώντας τον Καρκίνο του Πνεύμονα GWAS Σύνολα δεδομένων. PLoS ONE 7 (2): e31816. doi: 10.1371 /journal.pone.0031816

Επιμέλεια: Zhongming Zhao, Πανεπιστήμιο Vanderbilt Ιατρικό Κέντρο, Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής

Ελήφθη: 27 Ιουλ του 2011? Αποδεκτές: 13 Γενάρη του 2012? Δημοσιεύθηκε: 21 Φεβρουαρίου 2012