Αφηρημένο

Τα microRNAs (miRNAs) διαδραματίζουν σημαντικό ρόλο στην καρκινογένεση μέσω της ρύθμισης των γονιδίων στόχων τους. miRNA που σχετίζονται με πολυμορφισμών μοναδικού νουκλεοτιδίου (miR-SNPs) μπορεί να επηρεάσει miRNA sites βιογένεση και τον στόχο και μπορεί να αλλάξει την έκφραση microRNA και λειτουργίες. Εξετάσαμε 11 miR-SNPs, συμπεριλαμβανομένων των 5 σε γονίδια microRNA, 3 σε θέσεις σύνδεσης microRNA και 3 σε συστατικά microRNA-μηχανήματα επεξεργασίας, και αξιολογήθηκαν χρόνο επανεμφάνισης (TTR) σύμφωνα με miR-SNP γονοτύπων σε 175 χειρουργικά μη-μικρού κυττάρου καρκίνος του πνεύμονα (NSCLC) ασθενείς. Σημαντικές διαφορές στην TTR βρέθηκαν σύμφωνα με

KRT81

rs3660 (διάμεση τιμή TTR: 20,3 μήνες για το CC γονότυπο έναντι 86,8 μήνες για την CG ή GG γονότυπο? P = 0,003) και

XPO5

rs11077 ( διάμεση TTR: 24,7 μήνες για το γονότυπο ΑΑ έναντι 73,1 μήνες για την AC ή γονότυπους CC? P = 0,029). Επιπλέον, όταν οι ασθενείς χωρίστηκαν ανάλογα με το στάδιο, οι διαφορές αυτές διατηρήθηκαν για τους ασθενείς σταδίου Ι (P = 0,002 για

KRT81

rs3660? P & lt? 0,001 για

XPO5

rs11077). Όταν οι ασθενείς χωρίστηκαν σε υποομάδες σύμφωνα με την ιστολογία, η επίδραση του

KRT81

rs3660 γονότυπο για TTR ήταν σημαντική σε ασθενείς με ακανθοκυτταρικό καρκίνωμα (P = 0.004), αλλά όχι σε εκείνους με αδενοκαρκίνωμα. Σε αναλύσεις πολυμεταβλητών, το

KRT81

CC rs3660 γονότυπο (OR = 1,8? P = 0.023) και το

XPO5

rs11077 ΑΑ γονότυπο (OR = 1,77? P = 0,026) αναδείχθηκε ως ανεξάρτητες μεταβλητές επηρεάζουν TTR. Ανοσοϊστοχημικές αναλύσεις σε 80 δείγματα πνεύμονα έδειξε ότι το 95% των ακανθοκυτταρικό καρκίνωμα ήταν θετικά για KRT81, σε σύγκριση με μόνο το 19% των αδενοκαρκινωμάτων (Ρ & lt? 0,0001). Εν κατακλείδι, miR-SNPs είναι μια νέα κατηγορία των SNPs που μπορούν να προσθέσουν χρήσιμες προγνωστικές πληροφορίες σχετικά με την κλινική έκβαση των ασθενών εκτομή NSCLC και μπορεί να είναι ένα δυναμικό βασικό εργαλείο για την επιλογή των ασθενών υψηλού κινδύνου σταδίου Ι. Επιπλέον, KRT81 έχει αναδειχθεί ως μια πολλά υποσχόμενη ανοσοϊστοχημική δείκτης για τον προσδιορισμό του πλακώδους καρκινώματος πνεύμονα

Παράθεση:. Campayo M, Navarro Α, Viñolas Ν, Tejero R, Muñoz C, Diaz T, et al. (2011) διττό ρόλο για KRT81: Μια miR-SNP Associated με υποτροπή στον μη μικροκυτταρικό καρκίνο του πνεύμονα και μια νέα δείκτης των πλακωδών κυττάρων του πνεύμονα. PLoS ONE 6 (7): e22509. doi: 10.1371 /journal.pone.0022509

Επιμέλεια: Sumitra Deb, Βιρτζίνια Πανεπιστήμιο της Κοινοπολιτείας, Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής

Ελήφθη: 19 Απρίλη του 2011? Αποδεκτές: 22 Ιούν 2011? Δημοσιεύθηκε: 25 Ιούλη 2011

Copyright: © 2011 Campayo et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Αυτό το έργο υποστηρίχθηκε από επιχορηγήσεις από Hospital Clinic de Barcelona (Premi Fi de Residència Emili Letang) και Fondo de Investigaciones Sanitarias de la Seguridad Κοινωνικής FIS-PI09 /00547. Τάνια Diaz είναι ένας συνεργάτης FI υποστηρίζεται από AGAUR, Generalitat de Catalunya και Fondo Κοινωνικής Europeo. Αποτελμάτωση Tejero είναι μια APIF υπότροφος του Πανεπιστημίου της Βαρκελώνης. Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

ο καρκίνος του πνεύμονα είναι η πρώτη αιτία θανάτου από καρκίνο σε όλο τον κόσμο [1]. Περίπου το 85% των ασθενών με καρκίνο μη-μικρών κυττάρων του πνεύμονα (NSCLC) και λιγότερο από το 30% έχουν διαγνωστεί με πρώιμο στάδιο της νόσου. Η κύρια θεραπεία για πρώιμο στάδιο της νόσου είναι η χειρουργική επέμβαση, αλλά ακόμη και όταν ένας πλήρης χειρουργική εκτομή είναι δυνατόν, 20-75% των ασθενών με NSCLC θα υποτροπιάσουν [2]. Με δεδομένο αυτό το υψηλό ποσοστό υποτροπής, βιοδείκτες να προβλέψει τον κίνδυνο εξέλιξης της νόσου είναι απαραίτητες, ιδιαίτερα στο στάδιο Ι, όπου επικουρική χημειοθεραπεία δεν χορηγείται συνήθως, αλλά όπου μπορεί να είναι αποτελεσματική σε ορισμένες υποομάδες ασθενών [3].

τα microRNAs (miRNAs) είναι μικρή μη-κωδικοποίησης RNA που ρυθμίζουν την έκφραση των γονιδίων μετα-μεταγραφικό με σύνδεση κατά κύριο λόγο στην 3 ‘μη μεταφραζόμενη περιοχή (UTR) του mRNA στόχου τους και την καταστολή μετάφρασή του. Αρκετές πρωτεΐνες δραστηριοποιούνται στην βιογένεση των miRNAs. Εν συντομία, τα miRNAs μεταφράζεται από RNA πολυμεράση ΙΙ καιρό πρωτογενή μεταγραφές (PRI-miRNA) και υποβάλλονται σε επεξεργασία σε πυρήνα από το ΙΙΙ Drosha RNase σε προ-miRNAs (70-100 νουκλεοτίδια)? η προ-miRNA μεταφέρεται στο κυτταρόπλασμα από τον XPO5, όπου η RNase III Dicer δημιουργεί ένα διπλό μόριο του 21-25 νουκλεοτίδια σε μήκος. Μέσω της σύνδεσης με το σύμπλοκο σύμπλοκο RNA επαγόμενη φίμωση (RISC), μια από αυτές τις 2 αλυσίδες (η ώριμη miRNA) θα καθοδηγήσει RISC στον στόχο mRNA [4], [5]. miRNAs παίζουν σημαντικό ρόλο στη ρύθμιση των εν λόγω ζωτικής σημασίας διεργασίες όπως η ανάπτυξη, τον πολλαπλασιασμό των κυττάρων, τη διαφοροποίηση και την απόπτωση. Καλλιέργεια στοιχεία δείχνουν ότι miRNAs έχουν παρεκκλίνοντα εκφράζονται σε ανθρώπινους καρκίνους, συμπεριλαμβανομένων των NSCLC [6], [7], [8], [9], [10], [11], [12], [13], και υπήρξαν συνδέεται με την αιτιολογία και την πρόγνωση των πολλών όγκων [14]. Ανάλογα με τα γονίδια στόχους τους, miRNAs μπορούν να λειτουργήσουν είτε ως ογκογονίδια ή γονίδια καταστολής όγκων [15].

Διάφοροι μηχανισμοί μπορούν να εξηγήσουν την απορρύθμιση των miRNAs που παρατηρείται στον καρκίνο, συμπεριλαμβανομένης της γονιδιωματικής αλλαγές (διαγραφές, ενισχύσεις, μεταθέσεις), επιγενετικής αλλαγές, οι μεταλλάξεις /πολυμορφισμοί, μεταγραφικές απορρύθμιση, και μεταβολές στα μηχανήματα βιογένεσης miRNA [14], [16]. Οι πολυμορφισμοί ενός νουκλεοτιδίου (SNPs) που μπορούν να επηρεάσουν τις λειτουργίες miRNA, γνωστή ως miR-SNPs, που βρέθηκαν σε γονίδια miRNA, σε miRNA θέσεις (σε 3 ‘UTR του γονιδίου στόχου) ή στα συστατικά του μηχανισμού βιογένεσης miRNA δεσμευτικός [17] . miR-SNPs μπορεί να επηρεάσει miRNA επίπεδα έκφρασης με διαφορετικούς τρόπους, με αποτέλεσμα την απώλεια ή το κέρδος του miRNA λειτουργίας [18]. SNPs σε γονίδια miRNA μπορεί να επηρεάσει την pri-miRNA, προ-miRNA ή ώριμη ακολουθία miRNA και μπορεί ενδεχομένως να ρυθμίζουν την επεξεργασία miRNA, να αλλάξει ώριμη επίπεδα miRNA ή να αλλάξετε τις αλληλεπιδράσεις miRNA-mRNA [19], [20]? SNPs που επηρεάζουν την έκφραση των πρωτεϊνών που εμπλέκονται στην miRNA βιογένεση μπορεί να μεταβάλλει τη miRNAome στο κύτταρο [21]? και, τέλος, SNPs σε περιοχές-στόχους των miRNAs, που είναι πιο συχνές και πιο ειδικά στο ανθρώπινο γονιδίωμα, μπορεί να διαταράξει ή να τροποποιήσει το miRNA-μεσολάβηση καταστολή ενός γονιδίου-στόχου [22].

Αυτή η νέα κατηγορία των SNPs ανοίγει επάνω ένα νέο πεδίο έρευνας στη βιολογία του καρκίνου και την κλινική ογκολογία, ιδιαίτερα στη μελέτη της εξέλιξης της νόσου, την πρόγνωση των ασθενών και την αποτελεσματικότητα της θεραπείας. Πρόσφατα, διάφορες μελέτες έχουν δείξει ότι SNPs σε δίκτυα miRNA μπορεί να επηρεάσει τόσο τον κίνδυνο ανάπτυξης διαφόρων μορφών καρκίνου [20] και επίσης την πρόγνωση των πολλών όγκων [23], [24], [25], [26].

στην παρούσα μελέτη, έχουμε αξιολογήσει 11 SNPs (πέντε γονίδια miRNA, τρεις θέσεις πρόσδεσης miRNA, και τρεις στην miRNA-επεξεργασία των γονιδίων) σε 175 χειρουργικά ασθενείς με NSCLC και συσχετίζονται τα ευρήματά μας με το χρόνο μέχρι την υποτροπή (ΤΤΡ) και συνολική επιβίωση (OS). Επιπλέον, προκειμένου να εξετάσει πιθανές διαφορές στην έκφραση σύμφωνα με την ιστολογία, εξετάσαμε το πρότυπο ανοσοχρώση KRT81 σε 77 δείγματα καρκίνου του πνεύμονα και τρεις φυσιολογικούς ελέγχους του πνεύμονα.

Υλικά και Μέθοδοι

Πληθυσμός μελέτης και δήλωση Ηθική

Μεταξύ Μαρτίου 1996 και Δεκεμβρίου του 2009, 175 ασθενείς με NSCLC υποβλήθηκαν σε πλήρη χειρουργική εκτομή στο ίδρυμά μας. Όλοι οι ασθενείς είχαν παθολογικά επιβεβαίωσε τη νόσο σταδίου I-III. Έγκριση για τη μελέτη λήφθηκε από το Διοικητικό Συμβούλιο Institutional Review του Hospital Clinic, Βαρκελώνη, Ισπανία. Γραπτή συγκατάθεση λήφθηκε από κάθε συμμετέχοντα, σύμφωνα με τη Διακήρυξη του Ελσίνκι

Επιλογή της

miR-SNPs

Έχουμε επιλέξει 11 SNPs σε γονίδια που εμπλέκονται στην miRNA ρυθμιστικές οδούς:. SNPs σε γονίδια miRNA ? SNPs σε miRNA θέσεις σύνδεσης? και SNPs σε γονίδια miRNA-επεξεργασία. Δέκα από τα SNPs επιλέχθηκαν σύμφωνα με τις ακόλουθες προϋποθέσεις: πρώτον, μια αποφασιστική συχνότητα αλληλόμορφο για τον ευρωπαϊκό πληθυσμό και τη διαθεσιμότητα στο Εθνικό Κέντρο για τη βάση δεδομένων Biotechnology Information (NCBI) SNP? δεύτερον, μια μικρή συχνότητα του γονότυπου για τον ευρωπαϊκό πληθυσμό ≥ 0,05? και, τέλος, είτε ένα γνωστό συνδυασμό με ένα διαφορικό επιδεκτικότητα σε ανάπτυξη καρκίνου ή μίας διαφορική έκφραση σε στερεούς όγκους. Για τους SNPs σε θέσεις δέσμευσης miRNA, επιλέξαμε τρία SNPs με παρεκκλίνουσα συχνότητα αλληλόμορφων σε ανθρώπινους όγκους. Επιπλέον, ένας SNP – σε ποσοστό

MIR194-2

– επιλέχθηκε ειδικά επειδή είχε δειχθεί ότι εκφράζεται διαφορικά στον καρκίνο του πνεύμονα [11]. Ο Πίνακας 1 συνοψίζει το σκεπτικό για την επιλογή SNP.

Η

απομόνωση DNA, εκκινητές, ανιχνευτές και SNP ανάλυση

Το DNA που προέρχονται από ιστούς όγκων παραφίνη-ενσωματωμένες χρησιμοποιώντας το κιτ εμπορική DNeasy ιστού ( Qiagen, Valencia, CA) ακολουθώντας το πρωτόκολλο του κατασκευαστή. Για τη μέτρηση της ποσότητας του DNA, χρησιμοποιήθηκε ένα φασματοφωτόμετρο NanoDrop ND-1000 (Thermo Fisher Scientific Inc., Waltham, ΜΑ). Οι εκκινητές και ανιχνευτές ήταν εμπορικά διαθέσιμο (TaqMan Γονοτυποποίηση SNP Δοκιμασίες, Applied Biosystems, Foster City, CA). ανάλυση SNP διεξήχθη με αλληλόμορφη διάκριση σε ένα σύστημα ανίχνευσης αλληλουχίας ΑΒΙ PRISM 7500 (Applied Biosystems).

Ανοσοϊστοχημεία

Η ανοσοϊστοχημεία πραγματοποιήθηκε σε, τμήματα ιστού ενσωματωμένα σε παραφίνη σταθεροποιημένα με φορμαλίνη των 77 καρκινωμάτων του πνεύμονα και 3 φυσιολογικούς ελέγχους των πνευμόνων από την Παθολογία Υπηρεσία του Νοσοκομείου Κλινική της Βαρκελώνης μετά από εξέταση από την θωρακική παθολόγο. Πέντε μm πάχους εγκάρσιες τομές του μονιμοποιηθεί με φορμαλίνη, εγκλεισμένα σε παραφίνη ιστού σειριακά κομμένα και τοποθετημένα επάνω σε Dako Σιλανωμένης πλακίδια (S · 3003? Dako, Glostrup, Δανία). Για ανάκτηση αντιγόνου, οι τομές με το χέρι βυθισμένο στο διάλυμα Target Ανάκτηση, υψηλό ρΗ (Dako) και θερμάνθηκε σε ένα λουτρό ύδατος στους 95-99 ° C για 20 λεπτά. Η ενδογενής δραστικότητα υπεροξειδάσης αποσβέστηκε με εμβάπτιση σε Dako Πραγματικό υπεροξειδάσης-Blocking διάλυμα για 10 λεπτά. Οι τομές ιστών επωάστηκαν με πρωτογενές αντίσωμα έναντι KRT81 (1:50 αραίωση? Κλώνο SC-100929? Santa Cruz Biotechnology, Santa Cruz, CA) για 30 λεπτά σε θερμοκρασία δωματίου. Βαφή ανοσοπεροξειδάσης διεξήχθη χρησιμοποιώντας σύστημα Advance /HRP (Dako) και υγρά DAB + (Dako). Τέλος, οι τομές χρωματίστηκαν με αιματοξυλίνη. Όλα τα πλακίδια τυφλά δέχεται από τους ίδιους δύο παθολόγους χρησιμοποιώντας ένα σύστημα 3-σημείων. Το σύστημα βαθμολόγησης ήταν ως ακολούθως: 0, & lt? 5% των κυττάρων του όγκου χρώση? 1, 5% έως 50% των κυττάρων του όγκου χρώση? 2, & gt? 50% της χρώσης κυττάρων όγκου. Μη ερμηνεύσιμη αποτελέσματα αποκλείστηκαν από περαιτέρω εξέταση. Περιπτώσεις σημείωσε 1 ή 2 θεωρήθηκαν θετικά, και των περιπτώσεων σημείωσε 0 θεωρήθηκαν αρνητικά. Μόνο κυτταροπλασματική θετικότητα αξιολογήθηκε. Τομές ιστού από φυσιολογικό πνεύμονα χρησιμοποιήθηκαν ως θετικοί μάρτυρες ενώ αρνητικοί μάρτυρες ελήφθησαν με επώαση των τμημάτων χωρίς το πρωτεύον αντίσωμα.

Στατιστική ανάλυση

Ο πρωταρχικός στόχος της μελέτης ήταν TTR. Ο δευτερεύων στόχος ήταν OS. Όλες οι στατιστικές αναλύσεις πραγματοποιήθηκαν με τη χρήση PAS W Στατιστικές 18 (SPSS Inc., Chicago, IL). TTR υπολογίστηκε από το χρόνο της χειρουργικής θεραπείας μέχρι την ημερομηνία της υποτροπής ή τελευταία παρακολούθηση. OS υπολογίστηκε από το χρόνο της χειρουργικής θεραπείας με την ημερομηνία θανάτου ή την τελευταία παρακολούθηση. Μετά την επέμβαση, οι ασθενείς χωρίς την πρόοδον των όγκων παρακολουθήθηκαν κάθε 3 μήνες για 2 χρόνια, τότε κάθε 6 μήνες μέχρι 5 χρόνια μετά την επέμβαση, και στη συνέχεια ετησίως. Η δοκιμασία log-rank και οικόπεδα Kaplan-Meier χρησιμοποιήθηκαν για την αξιολόγηση της συσχέτισης της TTR και OS με κάθε ένα από τα SNPs και κλινικές μεταβλητές. Μια Cox πολυπαραγοντική ανάλυση (μέθοδος enter) χρησιμοποιήθηκε για τον υπολογισμό των ανεξάρτητων αναλογίες αποδόσεις για TTR και OS. Στις ανοσοϊστοχημικές αναλύσεις, συχνότητες συγκρίθηκαν με την ακριβή δοκιμή του Fisher. Το επίπεδο σημαντικότητας ορίστηκε στο ≤0.05.

Αποτελέσματα

Χαρακτηριστικά Ασθενών

Η ανάλυση περιελάμβανε 175 ασθενείς, 154 (88%) από τους οποίους ήταν άνδρες. Η διάμεση ηλικία ήταν 65 έτη (εύρος, 35-85). Είκοσι-τέσσερις (13,7%) ασθενείς είχαν Eastern Cooperative Oncology Group (ECOG) κατάσταση (PS) 0 και 149 (85,2%) ασθενείς είχαν PS 1. Ενενήντα οκτώ (56%) ασθενείς είχαν μπορώ στάδιο της νόσου. Ογδόντα (45,7%) ασθενείς είχαν αδενοκαρκίνωμα και 84 (48%) είχαν καρκίνωμα πλακωδών κυττάρων. Εκατόν πενήντα οκτώ (90,3%) ασθενείς ήταν ενεργοί ή πρώην καπνιστές. Εκατόν τριάντα δύο (75,4%) των ασθενών που υποβλήθηκαν σε λοβεκτομή ή διλοβεκτομή. Εννέα (5,1%) ασθενείς είχαν λάβει προεγχειρητική χημειοθεραπεία ή χημειοραδιοθεραπεία για χειρουργήσιμη στάδιο της νόσου ΙΙΙΑ. Δεκαέξι ασθενείς (9,1%) έλαβαν χημειοθεραπεία ανοσοενισχυτικό (13 για το στάδιο ΙΙ ή ΙΙΙ της νόσου και 3 για το στάδιο Ι της νόσου με την T & gt? 4 cm). Η μέση παρακολούθηση ήταν 35 μήνες (εύρος, 2-160). Μετά από παρακολούθηση των 160 μηνών, υποτροπή της νόσου είχε συμβεί σε 75 (42,9%) ασθενείς (Πίνακας 2).

Η

TTR, OS και miR-SNPs

Συνολικά μέση TTR ήταν 39,03 μήνες (95% CI, 3,9 έως 74,1) και διάμεση OS ήταν 90,6 μήνες (95% CI, 47,4 έως 133,7). Στην μονοπαραγοντική ανάλυση περιλαμβάνει μόνο τα κλινικά χαρακτηριστικά, το στάδιο συνδέθηκε με TTR (P = 0,008) και την ηλικία σχετίστηκε με το OS (P = 0,014). Παρατηρήθηκε επίσης μια μη σημαντική τάση προς μια συσχέτιση μεταξύ του φύλου και της TTR (P = 0,081). Ο Πίνακας 3 δείχνει τα γονοτυπική συχνότητες για όλα τα 11 miR-SNPs αναλύονται, τόσο στην παρούσα μελέτη και όπως αναφέρεται στη βάση δεδομένων NCBI SNP (dbSNP) για τον ευρωπαϊκό πληθυσμό. Σημαντικές διαφορές στην TTR βρέθηκαν σύμφωνα με

KRT81

rs3660 γονότυπο (P = 0,008? Σχήμα S1). Δεδομένης της παρόμοια κατανομή σε TTR για ασθενείς με τους γονότυπους CG και GG, αυτές οι δύο ομάδες ενώθηκαν για περαιτέρω αναλύσεις. Διάμεση TTR για 45 ασθενείς (25,9%), με την CC γονότυπο ήταν 20,3 μήνες έναντι 86,8 μηνών για τους ασθενείς με το CG ή GG γονότυπο (P = 0,003? Σχήμα 1Α). Μεταξύ 98 ασθενών με νόσο του σταδίου Ι, διάμεσος TTR ήταν 23,9 μήνες για τους 25 ασθενείς (25,5%) με το CC γονότυπο έναντι 100,2 μήνες για τους ασθενείς με την CG ή GG γονότυπο (Ρ = 0,002? Εικόνα 1Β). Παρατηρήσαμε επίσης μια μη σημαντική τάση προς μια διαφορική TTR σύμφωνα με το

XPO5

rs11077 γονότυπο (P = 0,077? Εικόνα S2). Δεδομένης της παρόμοια κατανομή σε TTR για ασθενείς με τους γονότυπους AC και CC, αυτές οι δύο ομάδες ενώθηκαν για περαιτέρω αναλύσεις. Μια σημαντικά μικρότερη TTR παρατηρήθηκε σε ασθενείς με το

XPO5

rs11077 ΑΑ γονότυπο? διάμεσος TTR ήταν 24,7 μήνες για τους ασθενείς με το γονότυπο ΑΑ, έναντι 73,1 μήνες για όσους με την AC ή CC γονότυπο (Ρ = 0,029? Σχήμα 2Α). Μεταξύ των 97 ασθενών με σταδίου Ι νόσο, διάμεση ΤΤΡ ήταν 24,13 μήνες για 33 ασθενείς (34%) με το γονότυπο ΑΑ, αλλά δεν επιτεύχθηκε για εκείνους με τον AC ή CC γονότυπο (P & lt? 0.001? Σχήμα 2Β). Καμία άλλη διαφορά σε TTR παρατηρήθηκαν σύμφωνα με οποιαδήποτε από τις άλλες γονότυπους που αναλύθηκαν. Δεν παρατηρήθηκαν σημαντικές διαφορές στη TTR παρατηρήθηκαν σε στάδιο ΙΙ-ΙΙΙ ασθενείς σύμφωνα με οποιαδήποτε από τις SNPs που αναλύθηκαν

1Α:. Σε όλους τους ασθενείς που αναλύθηκαν. IB:. Ασθενείς με σταδίου Ι νόσο

Η

1Α: σε όλους τους ασθενείς που αναλύθηκαν. IB: σε ασθενείς με σταδίου Ι νόσο

Η

Η διάμεση OS δεν επιτεύχθηκε για 49 ασθενείς με το

MIR423

rs6505162 ΑΑ γονότυπο, σε σύγκριση με 61,6 μήνες για τους 42 ασθενείς με. το CC γονότυπο και 90,5 μήνες για εκείνους με το γονότυπο AC (P = 0,043? Σχήμα S3). Δεν υπάρχουν άλλες διαφορές στο OS παρατηρήθηκε σύμφωνα με οποιαδήποτε από τις άλλες γονότυπους που αναλύθηκαν.

πολυπαραγοντικές αναλύσεις

Όλες οι μεταβλητές με μονοπαραγοντική TTR P≤0.1 log-rank (φύλο, το στάδιο, το είδος της χειρουργικής επέμβασης ,

KRT81

rs3660 γονότυπο και τον γονότυπο,

XPO5

rs11077) συμπεριλήφθηκαν στην πολυμεταβλητή ανάλυση Cox για TTR. Αρσενικό φύλο (λόγος πιθανοτήτων [OR], 3,73? 95% CI, 01.04 – 09.09? P = 0,008), το στάδιο Ι της νόσου (OR, 0,34? 95% CI, 0,18 – 0,65? P = 0.001),

KRT81

γονότυπο rs3660 CC (OR, 1.8? 95% CI, 1,08 – 2,99? P = 0.023) και

XPO5

rs11077 ΑΑ γονότυπο (Ή, 1,77? 95% CI, 1,07 – 2,91? P = 0,026) προέκυψε ως ανεξάρτητες μεταβλητές για TTR (Πίνακας 4). Όλες οι μεταβλητές με μονοπαραγοντική OS P≤0.1 log-rank (φύλο, ηλικία και

MIR423

rs6505162 γονότυπος) και στάδιο της νόσου συμπεριλήφθηκαν στην πολυμεταβλητή ανάλυση Cox για το OS. Ηλικία ≤65 (Ή, 0,48? 95% CI, 0,25 – 0,95? P = 0.036) και έχω στάδιο της νόσου (OR = 0,31, 95% CI 0,14 – 0,67? P = 0.003) ήταν ανεξάρτητες μεταβλητές για το OS

περαιτέρω αναλύσεις των KRT81

από σημαντικές διαφορές στην TTR βρέθηκαν σύμφωνα με

KRT81

rs3660 γονότυπο, εξετάσαμε περαιτέρω την επίδραση αυτού του γονότυπου στις υπο-ομάδες ασθενών με αδενοκαρκίνωμα και το καρκίνωμα πλακωδών κυττάρων. Μεταξύ των 83 ασθενών με καρκίνωμα των πλακωδών κυττάρων, TTR ήταν 19,3 μήνες για τους 24 ασθενείς με τη CC γονότυπο και 121 μήνες για τους 59 ασθενείς με την CG ή GG γονότυπο (P = 0,004? Σχήμα 3Α). Αντιθέτως, δεν παρατηρήθηκε σημαντική διαφορά ανάλογα με το

KRT81

rs3660 γονότυπος μεταξύ των 80 ασθενών με αδενοκαρκίνωμα (Ρ = 0,375? Σχήμα 3Β). Στη συνέχεια διερευνηθεί το ενδεχόμενο μιας παρόμοιας διαφορική επίδραση για τις άλλες δέκα γονότυπους, αλλά δεν βρήκε διαφορές στην TTR μεταξύ πλακώδες καρκίνωμα και το αδενοκαρκίνωμα σύμφωνα με γονότυπο

Α:. TTR σύμφωνα με

KRT81

rs3660 γονότυπο σε 83 από 84 ασθενείς με πλακώδες καρκίνωμα? ένας ασθενής δεν μπορούσε να θανατωθούν. Β: TTR σύμφωνα με

KRT81

rs3660 γονότυπο σε 80 ασθενείς με αδενοκαρκίνωμα. C: η περίπτωση πλακώδες καρκίνωμα παρουσιάζει διάχυτη κυτταροπλασματική χρώση KRT81. D: Αρνητικός μάρτυρας. Ε: Αρνητική χρώση για KRT81 σε μια περίπτωση αδενοκαρκινώματος. F: Η ανοσοϊστοχημεία σε ένα κανονικό τμήμα πνευμονικού ιστού. KRT81 κυτταροπλασματική θετικότητα στην βρογχικού επιθηλίου χρησιμοποιήθηκε ως θετικός μάρτυρας.

Η

Για να διερευνήσει περαιτέρω αυτή σηματοδότησε προγνωστική αξία του

KRT81

rs3660 γονότυπο σε καρκίνωμα πλακωδών κυττάρων, αναλύσαμε KRT81 έκφραση με ανοσοϊστοχημεία σε 42 πλακώδες καρκίνωμα, αδενοκαρκίνωμα 33 και 2 δείγματα αδενοχοληδωτό καρκίνωμα και σε τρία δείγματα φυσιολογικού πνευμονικού ιστού. Πίνακας S1 δείχνει τα αποτελέσματα κάθε ένα από τα 80 δείγματα. Αξιοσημείωτες διαφορές παρατηρήθηκαν στο μοτίβο ανοσοχρώσης σύμφωνα με ιστολογική δευτερεύοντα τύπο: 38 40 καρκινώματα πλακωδών κυττάρων (95%) ήταν θετικά, σε σύγκριση με 6 από 32 αδενοκαρκινώματα (19%) (ακριβής δοκιμασία Ρ & lt του Fisher? 0,0001? Πίνακας 5). Επιπλέον, 3 από τα 6 θετικά αδενοκαρκινώματα έδειξε μόνο μια εστιακή θετικότητα (βαθμολογία 1). Ευαισθησία, ειδικότητα, θετική προγνωστική αξία, αρνητική προγνωστική αξία και η ακρίβεια ήταν 0,95, 0,81, 0,86, 0,93 και 0,89, αντίστοιχα. Εικόνα 3C-F δείχνει παραδείγματα της ανοσοϊστοχημική αξιολόγηση πλακωδών κυττάρων καρκίνωμα, αδενοκαρκίνωμα και τους ελέγχους.

Η

Συζήτηση

Στην παρούσα μελέτη, αναλύσαμε 11 miR-SNPs σε μια σειρά 175 εκτομή των ασθενών με NSCLC και συσχετίζονται τα αποτελέσματα μας με TTR και OS. Βρήκαμε ότι οι ασθενείς με το

KRT81

rs3660 CC γονότυπο είχαν μικρότερη TTR από εκείνα με το CG ή GG γονότυπο και ότι οι ασθενείς με το

XPO5

rs11077 ΑΑ γονότυπο είχαν μικρότερη TTR από αυτούς με ο γονότυπος AC ή CC. Τα αποτελέσματα αυτά πραγματοποιήθηκε επίσης αλήθεια στην υποομάδα των ασθενών με σταδίου Ι νόσο. Επιπλέον, οι πολυπαραγοντική ανάλυση έδειξε ότι το

KRT81

rs3660 CC γονότυπο και το

XPO5

rs11077 AA γονότυπος ήταν ανεξάρτητοι προγνωστικοί μεταβλητές για TTR. Η μονοπαραγοντική ανάλυση για το OS έδειξε μια συσχέτιση μεταξύ της επιβίωσης και της

MIR423

rs6505162 γονότυπο? Ωστόσο, αυτό δεν ήταν μια ανεξάρτητη μεταβλητή στην πολυπαραγοντική ανάλυση. Επιπλέον, η προγνωστική αξία του

KRT81

rs3660 γονότυπο ήταν πιο έντονη σε καρκίνωμα πλακωδών κυττάρων, υποδεικνύοντας ότι KRT81 μπορεί να είναι ένα μυθιστόρημα ανοσοϊστοχημικές δείκτης για πλακώδες καρκίνωμα του πνεύμονα.

Πολλά ΜΙΚ SNPs είναι γνωστό ότι επηρεάζουν πνεύμονα ευαισθησίας στον καρκίνο και την επιβίωση. Ένας SNP στο rs11614913 προ-miR-196a2 πρώτη σχετίζεται με την επιβίωση σε ασθενείς με ΜΜΚΠ [23] και αργότερα συνδέεται με υψηλότερο κίνδυνο ανάπτυξης καρκίνου του πνεύμονα σε κινεζικά [27] και της Κορέας [28] πληθυσμούς. Ένας SNP στο προ-miRNA όμορη περιοχή

miR-30c-1

rs928508 έχει σχέση με την επιβίωση σε NSCLC, με μεγαλύτερη επίδραση στο στάδιο I και II νόσου [29]. Ένα site στόχος miRNA SNP στο

KRAS

γονίδιο που συνδέεται με υψηλότερο κίνδυνο ανάπτυξης NSCLC μεταξύ μέτρια καπνιστές [22]. Πρόσφατα, ένας απλότυπος SNP στο γονίδιο βιογένεση miRNA

RNASEN

σχετίστηκε με μικρότερη επιβίωση στον καρκίνο του πνεύμονα [30], και ένα SNP σε άλλη ένωση βιογένεση σχετίζονται,

ago1

rs636832, συνδέθηκε σε ένα μειωμένο κίνδυνο καρκίνου του πνεύμονα [31]. Μέχρι σήμερα, ωστόσο, καμία σχέση μεταξύ miR-SNPs και υποτροπή του καρκίνου του πνεύμονα μετά από χειρουργική επέμβαση δεν έχει αναφερθεί.

XPO5 είναι το RAN-GTP-εξαρτώμενη πρωτεΐνη που μεταφέρει το προ-miRNA από τον πυρήνα στο κυτταρόπλασμα. Πρόσφατα, καμία σχέση βρέθηκε μεταξύ

XPO5

rs11077 και τον κίνδυνο καρκίνου του πνεύμονα σε μια κορεατική πληθυσμού [31]. Αντίθετα, στην παρούσα μελέτη, έχουμε παρατηρήσει μια θετική συσχέτιση μεταξύ αυτού του SNP και TTR σε έναν ευρωπαϊκό πληθυσμό. Θεωρούμε ότι ένας SNP στο

XPO5

θα μπορούσε να μεταβάλει τη φυσιολογική λειτουργία της πρωτεΐνης για να εξωθήσει την προ-miRNAs από τον πυρήνα, αλλάζοντας έτσι τη ρύθμιση των πολλαπλών miRNAs στο κύτταρο.

Στάδιο II και οι ασθενείς III NSCLC σαν ρουτίνα σε επεξεργασία με επικουρική χημειοθεραπεία μετά τη χειρουργική εκτομή, η οποία βελτίωσε την επιβίωση σε αρκετές τυχαιοποιημένες κλινικές δοκιμές [3], [32], [33], [34]. Ωστόσο, υπάρχουν πολλοί ασθενείς υψηλού κινδύνου σταδίου Ι και τα οποία θα μπορούσαν επίσης να επωφεληθούν από αυτή τη θεραπεία, και έχει προταθεί ότι οι ασθενείς με όγκους ≥4 cm μπορεί να αντλήσει όφελος επιβίωσης από επικουρική χημειοθεραπεία [35]. Βιοδείκτες να προσδιορίσει με ακρίβεια τους ασθενείς σταδίου Ι με υψηλό κίνδυνο υποτροπής θα είναι ένα χρήσιμο εργαλείο για την αντιμετώπιση αυτών των ασθενών. Από το αποτέλεσμα επί υποτροπής που παρατηρείται με τις γενετικές παραλλαγές στο

KRT81

και

XPO5

διατηρήθηκε στην υποομάδα των ασθενών με νόσο σταδίου Ι, προτείνουμε ότι αυτά τα SNPs είναι ιδανικοί υποψήφιοι για περαιτέρω έρευνα με Προκειμένου να εξατομίκευση της θεραπείας σε αυτούς τους ασθενείς

Είναι σημαντικό, η επανεμφάνιση του όγκου επηρεάστηκε από το SNP βρίσκεται στην 3’UTR του

KRT81

, η θέση σύνδεσης πολλών miRNAs:. miR-17, miR-93, miR-20b, miR-519d, miR-520 g, miR-520H-S, miR-519c-3ρ, miR-519b-3ρ, miR-519a και miR-765. Μερικά από αυτά τα miRNAs έχουν προηγουμένως δειχθεί ότι μεταβάλλεται στην NSCLC [11], και η παρουσία του SNP επηρεάζει την θέση σύνδεσης σπόρο-αλληλουχία αυτών των miRNAs, όπως φαίνεται στο Σχήμα S4.The συχνότητα αλληλόμορφων αυτού του SNP είναι διαφορετική σε ανθρώπινο καρκίνους σε σχέση με το φυσιολογικό πληθυσμό [36].

KRT81

κωδικοποιεί KRT81 πρωτεΐνη, επίσης γνωστή ως Hb-1, έναν τύπο κερατίνη μαλλιών που φυσιολογικά εκφράζεται σε άξονες τρίχας. Κεράτινες είναι πρωτεΐνες που εκφράζονται σε όλους τους τύπους των επιθηλιακών κυττάρων [37], με διαφορετικά πρότυπα έκφρασης μεταξύ των διαφορετικών καρκινωμάτων [38], και χρησιμοποιούνται ευρέως ως διαγνωστικοί δείκτες. Αποτελούν τα ενδιάμεσα νημάτια των επιθηλιακών κυττάρων, που εμπλέκονται στη διατήρηση της ακεραιότητας των κυττάρων και αντοχή σε μηχανικές και μη μηχανικό στρες [39]. Κεράτινες δεν σχετίζεται μόνο με τη ρύθμιση των κυτταρικών λειτουργιών όπως η κινητικότητα και την ανάπτυξη, αλλά επίσης για την πρωτεϊνική σύνθεση, apico-βασική πόλωση και ενδοκυτταρική σηματοδότηση, και έχουν περιγραφεί ως προγνωστικοί δείκτες σε επιθηλιακούς όγκους [40]. καρκινώματα μαστού εκτοπικά εκφράζουν KRT81 [41], και στην παρούσα μελέτη έχουμε παρατηρήσει έκφραση KRT81 στον πνευμονικό ιστό του όγκου με ανοσοϊστοχημεία. Μέχρι σήμερα,

KRT81

δεν έχει επικυρωθεί ως προγνωστικός δείκτης, και η παρούσα μελέτη είναι η πρώτη που συνδέει ένα

KRT81

παραλλαγή σε επανεμφάνιση του όγκου.

Επιπλέον, βρήκαμε ότι KRT81 μπορεί κάλλιστα να είναι ένα νέο ανοσοϊστοχημική δείκτης καρκίνωμα πλακωδών κυττάρων. KRT81 έδειξε μια σαφή θετική χρώση σε καρκινώματα πλακωδών κυττάρων (95% θετική), ενώ το 81% των αδενοκαρκινώματα ήταν αρνητικές. Είναι ενδιαφέρον ότι, στην υπο-ομάδα αναλύσεις TTR σύμφωνα με ιστολογική υπο-τύπου, η επίδραση του

KRT81

rs3660 γονότυπο σχετικά με την επανάληψη ήταν πιο έντονη σε ασθενείς με πλακώδες καρκίνωμα. Το γεγονός ότι αρκετά νέα στοχευμένη παράγοντες είναι activespecifically σε αδενοκαρκίνωμα και άλλοι δεν πρέπει να χρησιμοποιείται σε καρκίνωμα πλακωδών κυττάρων, λόγω των δυνητικών επιπλοκών υπογραμμίζει την ανάγκη για περαιτέρω ταξινόμηση NSCLC ως πλακώδους ή μη πλακώδους καρκινώματος. Σε αυτή τη ρύθμιση, KRT81 θα μπορούσε να είναι ένα χρήσιμο νέο δείκτη για τη διαφορική διάγνωση των NSCLC? ως τέτοια, θα μπορούσε να προστεθεί στο πάνελ ανοσοϊστοχημικών δεικτών που χρησιμοποιούνται σήμερα, όπως TTF1 και Ρ63 [42], [43].

Η αυξανόμενη απόδειξη των δεσμών μεταξύ των miRNAs και του καρκίνου καθιστά την ανάλυση των SNPs σε γονίδια miRNA που σχετίζονται με ένα πιθανό κλειδί τεχνική για την επιλογή των ασθενών για τη διαστρωμάτωση του κινδύνου. Παρά ορισμένους περιορισμούς – συμπεριλαμβανομένης και της έλλειψης ανεξάρτητων ή λειτουργική επικύρωση και του σχετικά περιορισμένου αριθμού των SNPs – Η παρούσα μελέτη είναι η πρώτη που τηρούν miR-SNP που σχετίζονται με διαφορετικά πρότυπα της επανεμφάνισης του όγκου σε χειρουργικά θεραπεία ασθενών με NSCLC. Τα ευρήματά μας δείχνουν ότι SNPs σε

KRT81

και

XPO5

θα μπορούσε να αποδειχθεί χρήσιμη βιοδεικτών για την εξατομίκευση της θεραπείας σε ασθενείς με NSCLC και ότι KRT81 μπορεί να είναι ένα μυθιστόρημα ανοσοϊστοχημική δείκτη του πλακώδους καρκινώματος, παρέχοντας μια νέα διαγνωστικό εργαλείο για να χρησιμοποιηθεί στη θεραπευτική διαδικασία λήψης αποφάσεων.

Υποστήριξη Πληροφορίες

Εικόνα S1.

TTR σύμφωνα με

KRT81

rs3660 γονότυπο

doi:. 10.1371 /journal.pone.0022509.s001

(ΔΕΘ)

Εικόνα S2.

TTR σύμφωνα με

XPO5

rs11077 γονότυπο

doi:. 10.1371 /journal.pone.0022509.s002

(ΔΕΘ)

Εικόνα S3.

OS σύμφωνα με τις

MIR423

rs6505162 γονότυπο

doi:. 10.1371 /journal.pone.0022509.s003

(ΔΕΘ)

Εικόνα S4.

Προβλεπόμενη συντηρημένη miRNAs στοχεύουν KRT81. SNP rs3660, που βρίσκεται στην περιοχή 3’UTR του

KRT81

, επηρεάζει την πρόσδεση αυτών των miRNAs

doi:. 10.1371 /journal.pone.0022509.s004

(PPTX)

Πίνακας S1.

Ανοσοβαφή KRT81 στις 80 περιπτώσεις που αναλύθηκαν

doi:. 10.1371 /journal.pone.0022509.s005

(DOC)

Ευχαριστίες

Σας ευχαριστούμε Dolors Fuster ( Πανεπιστήμιο της Βαρκελώνης) για την τεχνική βοήθεια και να Renee O’Brate για τη βοήθειά της γραπτώς το χαρτί.