Αφηρημένο

Ιστορικό

Ογκογόνες ανάλυση μεταλλάξεων παρέχει έξυπνη καθοδήγηση για θεραπευτικά όπως αντι -EGFR αντισώματα, αλλά είναι επιτυχής μόνο για ένα υποσύνολο του ορθοκολικού καρκίνου (CRC) ασθενείς.

Μέθοδος

μια συνολική μοριακή χαρακτηριστικών των 120 ασθενείς CRC, συμπεριλαμβανομένων 116 πρωτογενή, 15 μετάσταση στο ήπαρ, και 1 δείγματα ιστού περιτοναϊκή σπορά διεξήχθη για να προσδιορίσει τη σχέση μεταξύ v-Ki-Ras2 Kirsten σαρκώματος αρουραίου ιικό ογκογονίδιο ομόλογο (

KRAS

) WT και μεταλλαγμένων CRC όγκους και τα κλινικά αποτελέσματα. Αυτό περιλαμβάνεται προσδιορισμός των προτύπων ενεργοποίησης πρωτεΐνης του ανθρώπινου επιδερμικού υποδοχέα 1 (HER1), HER2, HER3, c-met, που μοιάζει με ινσουλίνη αυξητικού παράγοντα 1 υποδοχέα (IGF1R), phosphatidylinositide 3-κινάσης (ΡΙ3Κ), Src ομολογίας 2 τομείς που περιέχει ( SHC), πρωτεϊνική κινάση Β (ΑΚΤ), και εξωκυτταρικό σήμα ρυθμιζόμενη κινάση (ΕΚΚ) κινασών χρήση πολυπλεξίας συνεργατική ένζυμο ενισχυμένη αντιδραστική (CEER) ανοσολογική δοκιμή.

Αποτελέσματα

KRAS

WT και μεταλλαγμένων CRCs δεν ήταν διαφορετικά σε σχέση με την έκφραση των διαφόρων μορίων σηματοδότησης. Κακή πρόγνωση όσον αφορά την πρώιμη υποτροπή (& lt? 2 χρόνια) και μικρότερη ελεύθερη νόσου επιβίωση (DFS) συσχετίζεται με αυξημένη ενεργοποίηση της PI3K σηματοδότησης σε σχέση με τη σηματοδότηση κινάσης της, αλλά όχι με το

KRAS

κατάστασης μεταλλάξεων .

KRAS

WT CRCs ταυτοποιήθηκαν ως ένα μικτό πληθυσμό πρόγνωση ανάλογα με το επίπεδο της σηματοδότησης ΡΙ3Κ.

KRAS

WT CRCs με αναλογία υψηλό δείκτη HER1 /c-MET έδειξαν καλύτερη DFS μετά τη χειρουργική επέμβαση. γ-ΜΕΤ και IGF1R δραστηριότητες σε σχέση με τον άξονα της δραστηριότητα ήταν σημαντικά υψηλότερα σε πρώιμη υποτροπή CRCs, προτείνοντας ένα ρόλο για τις εναλλακτικές αυτές κινάσες τυροσίνης (RTK) στην οδήγηση υψηλής σηματοδότηση PI3K.

Συμπεράσματα

τα παρουσιάζονται στοιχεία υποδιαιρούνται CRCs βασίζονται σε ενεργοποιημένα σηματοδοτικά μονοπάτια τους και να εντοπίσουν κάποιο ρόλο για την γ-ΜΕΤ και IGF1R με γνώμονα σηματοδότησης ΡΙ3Κ σε CRCs, η οποία είναι ανώτερη από μόνο του KRAS μεταλλάξεων δοκιμές. Τα αποτελέσματα από τη μελέτη αυτή μπορεί να χρησιμοποιηθεί για τον εντοπισμό επιθετική CRCs, εξηγούν την αποτυχία των τρεχόντων εγκεκριμένων θεραπευτικών σε συγκεκριμένα υποσύνολα CRC, και, το σημαντικότερο, να δημιουργήσει υποθέσεις για μονοπατιού καθοδηγούμενη θεραπευτικές στρατηγικές που μπορεί να ελεγχθεί κλινικά.

Παράθεση : Lee J, Jain Α, Kim P, Lee T, Kuller Α, Princen F, et al. (2014) Ενεργός cMet και IGF1R-Driven PI3K Σηματοδοσίας Προβλέπει κακή επιβίωση σε παχέος εντέρου Ανεξάρτητα από κατάστασης μεταλλάξεων του KRAS. PLoS ONE 9 (8): e103551. doi: 10.1371 /journal.pone.0103551

Επιμέλεια: Hiromu Suzuki, Σαπόρο Ιατρικό Πανεπιστήμιο, την Ιαπωνία

Ελήφθη: 25η Απριλίου 2014? Αποδεκτές: 30 Ιουν 2014? Δημοσιεύθηκε: 4 του Αυγούστου του 2014

Copyright: © 2014 Lee et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Δεδομένα Διαθεσιμότητα:. Η συγγραφείς επιβεβαιώνουν ότι όλα τα δεδομένα που διέπουν τα ευρήματα είναι πλήρως διαθέσιμα χωρίς περιορισμούς. Όλα τα σχετικά δεδομένα είναι εντός του Υποστηρίζοντας αρχεία πληροφοριών του χαρτιού και

Χρηματοδότηση:. Η μελέτη αυτή χρηματοδοτήθηκε εν μέρει από τη Samsung Ινστιτούτο Βιοϊατρικών Ερευνών επιχορήγησης # SS1-B3-011-1. Η έρευνα αυτή suppoorted με επιχορήγηση του ενισχυτή τεχνολογία Κορέα Υγεία Ε &? D Έργου μέσω του Ινστιτούτου Κορέα Βιομηχανίας Υγείας Ανάπτυξης (KHIDI), που χρηματοδοτείται από το Υπουργείο Υγείας & amp? Πρόνοιας, Δημοκρατία της Κορέας. (Αριθμός Grant: HI13C1951). Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:. Ενώ AJ, PK, TL, FP και SS απασχολούνται από τον Προμηθέα Laboratories, αυτό δεν μεταβάλλει την τήρηση των συγγραφέων σε όλες τις PLoS ONE πολιτικές για την ανταλλαγή δεδομένων και υλικών.

Εισαγωγή

τα μονοκλωνικά αντισώματα, όπως cetuximab και panitumumab που στοχεύουν τον υποδοχέα του επιδερμικού αυξητικού παράγοντα (EGFR), ένα μέλος της οικογένειας του ανθρώπινου επιδερμικού υποδοχέα (HER), έχει αποδειχθεί ότι είναι αποτελεσματική από την άποψη του ποσοστού απόκρισης και επιβίωσης χωρίς εξέλιξη σε συνδυασμό με την καθιερωμένη κυτταροτοξική χημειοθεραπεία στον μεταστατικό ορθοκολικό καρκίνους (CRCs) [1] – [4]. Το EGFR στόχευση αντισώματα δεσμεύονται με την εξωκυτταρική περιοχή του EGFR, οδηγώντας στην αναστολή της κατάντη οδών σηματοδότησης της, συμπεριλαμβανομένης της 1 (MAPK1) άξονας RAS-RAF-ενεργοποιείται από μιτογόνο πρωτεΐνη κινάση που εμπλέκεται κυρίως στον πολλαπλασιασμό των κυττάρων, και το V- ΑΚΤ ποντικού thymoma ογκογονίδιο ιού ομόλογο 1 (ΑΚΤ1) μονοπάτι, το οποίο ασχολείται κυρίως με την επιβίωση των κυττάρων και του όγκου εισβολή [5]. ΑΚΤ1 ρυθμίζεται από το ανάντη φωσφατιδυλοϊνοσιτόλης 3-κινάση (PI3K) μονοπατιού σηματοδότησης.

Οι μεταλλάξεις στο v-Ki-Ras2 Kirsten σαρκώματος αρουραίου ιικό ογκογονίδιο ομόλογο (

KRAS

), πιο συχνά ανιχνεύονται σε κωδικόνια 12, 13, και 61, εμφανίζονται σε περίπου 40% των ασθενών CRC [6], [7].

KRAS

μεταλλάξεις έχουν αναδειχθεί ως το βασικό αρνητικό προγνωστικός παράγοντας για την ανταπόκριση στη θεραπεία σε ασθενείς που λαμβάνουν cetuximab [8], [9]. Αυτές οι μελέτες έχουν δείξει ότι

KRAS

άγριου τύπου (WT) CRC όγκους θα μπορεί να ανταποκρίνεται στις cetuximab? Ωστόσο, έως το 65% των ασθενών με

KRAS

WT όγκοι είναι ακόμα ανθεκτικά σε αντι-EGFR μονοκλωνικά αντισώματα [10]. Αντοχή σε αντι-EGFR αντισώματα σε ένα υποσύνολο

KRAS

WT CRCs μπορεί να εξηγηθεί από την παρουσία μετάλλαξης στο

BRAF

ογκογονίδιο [8], η οποία είναι κατάντη του

KRAS

. Ο λόγος για το cetuximab μη απάντησης στο υπόλοιπο

KRAS

WT CRCs παραμένει ασαφής. Επιπλέον, αν και

KRAS

μεταλλάξεις συνήθως σχετίζονται με μη ανταπόκρισης στις αντι-EGFR αντισώματα, τα τελευταία στοιχεία δείχνουν ότι

KRAS

μεταλλάξεις G13D μπορεί να είναι ένα θετικό προγνωστικό δείκτη του cetuximab απάντηση [8]. Μεταλλάξεις εντός του

PIK3CA

γονίδιο [10], η οποία αποτελεί σημαντικό ρυθμιστή της σηματοδότησης ΡΙ3Κ, είναι επίσης παρούσα σε μερικούς όγκους CRC που μπορεί να συνυπάρχουν με το

KRAS

ή

BRAF

μεταλλάξεις [8], [11], γεγονός που υποδηλώνει πιθανή επιρροή τους στην ανταπόκριση στις στοχευμένες θεραπευτικές ουσίες, όπως αντι-EGFR αντισώματα, αλλά μια σαφή απόδειξη μιας τέτοιας συσχέτισης είναι ανύπαρκτη, [12], [13].

από τις μελέτες που περιγράφονται ανωτέρω και δεδομένου ότι ένα μεγάλο ποσοστό των ασθενών CRC με

KRAS

WT όγκοι δεν ανταποκρίνονται στο cetuximab ή panitumumab, είναι σαφές ότι μια απλή ανάλυση μεταλλάξεων είναι ανεπαρκής για να προβλέψει την ανταπόκριση σε τέτοιου είδους θεραπευτικά μέσα. Επιπλέον, δεδομένου ότι πρόσφατες μελέτες πρότειναν ότι οι θεραπευτικές αποκρίσεις στους αναστολείς ΡΙ3Κ ήταν δεν περιορίζονται σε ορθοκολικό κυτταρικές γραμμές με την ενεργοποίηση μεταλλάξεις ή σε ασθενείς με μεταλλάξεις [14] – [16], είναι επιτακτική ανάγκη να προφίλ όγκους για κυρίαρχο τους, καθώς και το δυναμικό εναλλακτική οδηγοί σηματοδοτικό μονοπάτι πέραν της ογκογόνο ανάλυση μεταλλάξεων. Ως εκ τούτου, έχουμε ως στόχο να προφίλ CRC ιστούς για να διερευνηθεί η συσχέτιση μεταξύ κατάστασης μεταλλάξεων και των διαφόρων υποδοχέα κινάσης τυροσίνης (RTK) πρωτεΐνη εκφράσεις όπως HER1, HER2, HER3, c-met, και ινσουλίνη αυξητικού παράγοντα 1 υποδοχέα (IGF1R). Επιπλέον, κατάντη κινάσες ΡΙ3Κ, Src ομολογίας 2 τομείς που περιέχει (Shc), πρωτεϊνική κινάση Β (ΑΚΤ), και εξωκυτταρικό σήμα ρυθμιζόμενη κινάσης (ERK) προσδιορίστηκαν με τη χρήση της πολυπλεξίας immunomicroarray βασίζεται Collaborative Enzyme Ενισχυμένη Reactive (CEER) ανοσοδοκιμασία [17] – [19] σε 120 ασθενείς CRC από το στάδιο Ι έως IV που περιλάμβανε 116 πρωτοβάθμια, 15 μετάσταση στο ήπαρ, και 1 δείγματα περιτοναϊκή σπορά ιστού. Παράλληλα, σωματικών μεταλλάξεων ανάλυση σκόραρε για μεταλλάξεις εντός του

KRAS

και

BRAF

ογκογονίδια. CRC όγκους με παρόμοια ογκογόνων μεταλλάξεων αποδειχθεί ετερογένεια στο προφίλ τους σηματοδοτικό μονοπάτι.

Ασθενείς και Μέθοδοι

κοόρτης ασθενών και Ιστών δειγμάτων Προμηθειών

Η μελέτη εγκρίθηκε από το διοικητικό συμβούλιο θεσμική αναθεώρηση (IRB) στη Samsung Medical Center. Όλα κλινική έρευνα διεξήχθη σύμφωνα με τις αρχές που διατυπώνονται στη Διακήρυξη του Ελσίνκι. Η γραπτή συγκατάθεση είχε παραιτηθεί από την IRB λόγω της αναδρομικής ανάλυσης και ανώνυμα δεδομένα. Νωπά κατεψυγμένα ιστούς (n = 120) που συλλέγονται από χειρουργικά όγκοι (73 κόλον, του ορθού 47), 15 από μεταστατικούς όγκους του ήπατος και ένας από την περιτοναϊκή σπορά οζίδιο, ήταν διαθέσιμα για τελική ανάλυση. Όλα τα κατεψυγμένα ιστοί συλλέχθηκαν μέσα σε 30 λεπτά στο χειρουργικό πεδίο από ένα χειρουργό, αμέσως snap-καταψύχθηκαν σε υγρό άζωτο και φυλάχθηκαν στους -80 ° C μέχρι τη χρήση. δείγματα όγκου επιβεβαιώθηκαν για την παρουσία όγκου & gt? 70% περιοχή από έναν παθολόγο. Για την ανάλυση, τα μικρά κομμάτια των κατεψυγμένων ιστών (10 μm τομές χ 3) παρασκευάστηκαν χρησιμοποιώντας προψυχθέντα ξυραφάκια και στη συνέχεια λύθηκαν σε 100 μι ρυθμιστικού διαλύματος λύσης. Τα προκύπτοντα προϊόντα λύσης φυλάχτηκαν στους -80 ° C μέχρι περαιτέρω ανάλυση.

Collaborative Enzyme Ενισχυμένη Reactive-Immunoassay (CEER)

CEER χρησιμοποιεί μια μικροσυστοιχία πλατφόρμα αντίσωμα που μπορεί να μετρήσει την έκφραση και ενεργοποίηση επίπεδα των πρωτεϊνών μεταγωγής σήματος σε ιστούς όγκων και υποκατάστατα ιστούς. Το επιλεγμένο στόχο πρώτα συλλαμβάνεται από ένα αντίσωμα σύλληψης στόχο-ειδικό ακολουθούμενη από συν-εντοπισμό των δύο επιπλέον αντισώματα ανιχνευτή έναντι του ίδιου στόχου, τελικά οδηγεί σε ειδική ανίχνευση στόχου και ποσοτικού προσδιορισμού. Λεπτομερείς μέθοδοι για την τεχνολογία αυτή έχουν περιγραφεί προηγουμένως [17] – [19] και μπορεί να βρεθεί στο S2 αρχείου. Τα αντιπροσωπευτικά πειράματα φαίνεται στο Fig.S1 στο S1 αρχείου.

Μετάλλαξη ανάλυση

Το γονιδιακό DNA εκχυλίζεται από τους ιστούς CRC χρησιμοποιώντας το Qiagen κιτ ιστών. Τα δείγματα εξετάστηκαν για μεταλλάξεις στο

KRAS

,

BRAF

, και

PIK3CA

γονίδια: G12A /C /D /S /V, G13C /D, και Q61H σε

KRAS

και V600E στο

BRAF

. Η μεταλλακτική δοκιμασία βασίστηκε στην τεχνολογία TaqMan πραγματικού χρόνου αλυσιδωτή αντίδραση πολυμεράσης (PCR) σε συνδυασμό με ειδικούς εκκινητές αλληλόμορφο (ASP), blocker, και ανιχνευτή χρησιμοποιώντας μία τροποποίηση της πραγματικού χρόνου Ειδική μέθοδος ανίχνευσης PCR Αλληλόμορφο [20]. Εν συντομία, ASPs χρησιμοποιήθηκαν για την ανίχνευση ειδικά το μεταλλαγμένο αλληλόμορφο. Ένα ολιγονουκλεοτίδιο αποκλεισμού (blocker) συμπληρωματική προς την αλληλουχία άγριου τύπου χρησιμοποιήθηκε για να καταστείλει οποιαδήποτε μη-ειδική ενίσχυση του αλληλόμορφου άγριου τύπου. Το μίγμα PCR που χρησιμοποιήθηκε για όλες τις δοκιμασίες ήταν GTXpress Master Mix από την Life Technologies. Όλες οι δοκιμασίες διεξήχθησαν σε πλάκες 384-φρεατίων ΑΒΙ 7900HT Real Time PCR Μέσο (Life Technologies).

Το ποσοστό του αλληλόμορφη παραλλαγή παρόν σε άγνωστα δείγματα υπολογίστηκε χρησιμοποιώντας μια πρότυπη καμπύλη. Η πρότυπη καμπύλη δημιουργήθηκε για κάθε μετάλλαξη από το DNA που εξάγεται από μια κυτταρική γραμμή θετική για την εν λόγω μετάλλαξη χρησιμοποιώντας μία σειρά αραιώσεων DNA (100, 10, 1, 0.1, και 0.01 ng). Μια λίστα των θετικών κυτταρικών γραμμών που χρησιμοποιούνται για την παραγωγή των προτύπων καμπυλών φαίνεται στον παρακάτω πίνακα. Το DNA από τις αντίστοιχες κυτταρικές γραμμές εκχυλίστηκε χρησιμοποιώντας το Qiagen DNeasy Blood & amp? Κιτ ιστού.

Χρησιμοποιώντας την πρότυπη καμπύλη, η ποσότητα του αντίστοιχου μετάλλαξη στο άγνωστο δείγμα DNA υπολογίστηκε από την τιμή Ct που θα μπορούσε στη συνέχεια να χρησιμοποιηθεί για τον υπολογισμό της παραλλαγής τοις εκατό αλληλική βασίζονται στην υπόθεση ότι η τυπική κύτταρο γραμμή είναι 100% θετικός για τη συγκεκριμένη μετάλλαξη. Η αλληλόμορφη διακύμανση των κυτταρικών γραμμών προσδιορίστηκε χρησιμοποιώντας εκκινητές ειδικούς για το αλληλόμορφο άγριου τύπου. Μετά είναι οι κυτταρικές σειρές που χρησιμοποιούνται για μεταλλάξεις γονιδίων: SW1116 (KRASG12A), NCI-H23 (KRASG12C), LS174T (KRASG12D), PSN1 (KRASG12R), Α549 (KRASG12S), SW403 (G12V), H1734 (KRASG13C), Τ84 (KRASG13D ), Η460 (KRASQ61H), και ΗΤ29 (BRAFV600E).

Η στατιστική ανάλυση

Mann-Whitney

t

-ΜΕΛΕΤΕΣ, ανάλυση επιβίωσης Kaplan-Meier, και Pearson ανάλυση συσχέτισης πραγματοποιήθηκαν με τη χρήση GraphPad Prism έκδοση 5 για Mac OS X (GraphPad Software, La Jolla της Καλιφόρνια των ΗΠΑ, www.graphpad.com). DFS προσδιορίστηκε χρησιμοποιώντας τη μέθοδο Kaplan-Meier, και καμπύλες επιβίωσης συγκρίθηκαν χρησιμοποιώντας τη μέθοδο Log-αναλογία. Η επιβίωση μετρήθηκε από την ημερομηνία της χειρουργικής επέμβασης. Όλες οι δοκιμασίες ήταν δύο όψεων, και P τιμές μικρότερες από 0,05 θεωρήθηκαν σημαντικές. Η στατιστική ανάλυση έγινε με τη χρήση του SPSS 20 λογισμικό για Windows (SPSS Inc., Chicago, IL).

Αποτελέσματα

Χαρακτηριστικά Ασθενών

Τα χαρακτηριστικά των 120 ασθενών CRC παρέχονται στον πίνακα 1. Εβδομήντα τρεις ασθενείς που παρουσιάζονται με ένα πρωτεύον του παχέος εντέρου, ενώ 47 ασθενείς είχαν ορθόν πρωτεύον. Περίπου το 70% των ασθενών υποβλήθηκαν σε ανοσοενισχυτικό χημειο- ή ακτινοθεραπεία, ανάλογα με την κύρια θέση του όγκου. Δέκα ζεύγη μετάσταση κόλον συκώτια και ένας κόλου-περιτοναϊκή ζεύγος σπορά συμπεριλήφθηκαν στην ανάλυση. Όλοι οι ιστοί, συμπεριλαμβανομένων ζεύγη δειγμάτων, είχαν αγοραστεί κατά το χρόνο της χειρουργικής επέμβασης και αμέσως καταψύχθηκαν ταχέως στο χειρουργικό πεδίο για μελλοντική μοριακή ανάλυση.

Η

Διαφορικές ενεργοποιήσεις μονοπατιού σηματοδότησης προβλεπόμενη κακή επιβίωση καλύτερα από μεταλλάξεις KRAS

KRAS

μεταλλάξεις, με

KRAS

G12D και G13D μεταλλάξεις είναι η πιο συχνή, παρατηρήθηκαν στο 39% (45/115) των δειγμάτων στο CRC ομάδα των ασθενών μας. Ειδικότερα, 28/115 ασθενείς μεταφέρονται τα

KRAS

μεταλλάξεις G12 και 17/115 ασθενείς μεταφέρονται τα

KRAS

μεταλλάξεις G13D. Μεταλλάξεις στο

BRAF

, η οποία είναι κατάντη του

KRAS

, βρέθηκαν στο 4% (5/115) των ασθενών. Παρά το γεγονός ότι

KRAS

G12-μεταλλαγμένο CRCs συνδέονται εν γένει με κακή πρόγνωση, ένα σημαντικό ποσοστό των

KRAS

WT CRCs έδειξε χαμηλή DFS και μερικοί

KRAS

G12 μεταλλαχθεί CRCs έδειξε υψηλή DFS ανεξάρτητα από το στάδιο του όγκου τους (Σχ. 1Α). Οι όγκοι σε κάθε

KRAS

μεταλλάξεων υποτύπου επέδειξε παρόμοια διάμεση τιμή έκφρασης της φωσφορυλιωμένης ERK (pERK), που είναι προς τα κάτω του

KRAS

(Εικ. S1). Ένα ισοδύναμο ποσοστό των όγκων CRC εξέφρασε pERK πάνω από τη μέση (51,8% το

KRAS

WT, 48,5% στην G12 μεταλλαγμένα, και 44,4% σε G13D μεταλλαχθεί όγκους).

(Α) Οικόπεδο ελεύθερη νόσου επιβίωση (DFS) σε σχέση με το στάδιο του όγκου στο

KRAS

WT και G12mut πρωτοβάθμια CRCs. Κάθε τελεία αντιπροσωπεύει ένα μεμονωμένο ασθενή και τα καφέ και μπλε κουκίδες υποδεικνύουν τους ασθενείς που έκαναν ή δεν λαμβάνουν επικουρική χημειοθεραπεία, αντίστοιχα. (Β) Συγκριτική DFS καμπύλες των δειγμάτων CRC διαχωρίζονται από φορές την επανεμφάνισή τους μετά τη χειρουργική επέμβαση. DFS για ασθενείς με υποτροπή νωρίς (υποτροπή ≤2 ετών) εμφανίζεται με κόκκινο χρώμα και DFS για ασθενείς με όψιμη υποτροπή (επανεμφάνιση & gt? 2 έτη) εμφανίζεται με μπλε χρώμα. Οι p-τιμές που υποδεικνύονται. Ο πίνακας κάτω από το γράφημα παραθέτει το ποσοστό των ασθενών με ένα συγκεκριμένο

KRAS

γονότυπο σε κάθε ομάδα. ανάλυση συσχέτισης (C) Pearson πρόωρης εναντίον αργά υποτροπή CRCs στην έκφραση της pPI3K, pPI3K /pHER1, pPI3K /pHER2, και pPI3K /pHER3 σε ολόκληρη την ομάδα CRC. Σημαντικές συσχετίσεις επισημαίνονται με κίτρινο χρώμα. Το οικόπεδο στο κουτί δείχνει τη διαφορά στις αναλογίες pPI3K /pHER3 στην πρώιμη υποτροπή έναντι αργά CRCs υποτροπής.

Η

Όπως ήταν αναμενόμενο, οι καμπύλες επιβίωσης για τις δύο ομάδες ήταν σημαντικά διαφορετικές (Εικ. 1Β) , με τους αντίστοιχους μέσους χρόνους επιβίωσης των 19,8 μήνες για πρώιμη υποτροπή (2 χρόνια από τη χειρουργική επέμβαση) και απροσδιόριστη για την καθυστέρηση της υποτροπής (αναλογία κινδύνου = 117,5). Όπως φαίνεται στο Σχ. 1C, υψηλότερη έκφραση του ενεργοποιημένου PI3K σχετίζεται με πρώιμη υποτροπή και συγκεκριμένα, υψηλότερη έκφραση του λόγου /pHER pPI3K ήταν σημαντικά σχετίζεται με πρώιμη υποτροπή. PI3K είναι ένας σημαντικός καθοδικός τελεστής της σηματοδότησης του άξονα της κινάσης της με άμεσες θέσεις πρόσδεσης για HER3. Η τιμή αποκοπής για την αναλογία pPIK3 /ΗΕΚ3 προσδιορίστηκε όπως φαίνεται στο Fig.S2 σε S1 αρχείου. Επιπλέον, η έκφραση pPI3K /pHER3 ήταν σημαντικά υψηλότερη στην CRC όγκους που υποτροπίασαν εντός 2 ετών (Εικ. 1 C). Ως εκ τούτου, η ενισχυμένη σηματοδότησης ΡΙ3Κ παρατηρήθηκε σε CRCs με μικρότερο DFS ή φτωχότερη πρόγνωση.

Υψηλή σηματοδότησης ΡΙ3Κ σχετίζεται με πρώιμη υποτροπή στο CRC

Για να αποκτήσουν περαιτέρω γνώσεις σχετικά με την υψηλή έναντι χαμηλής pPI3K σηματοδότησης CRC ομάδες, εστιάσαμε στις CRC υπο-ομάδες διαχωρίζονται από το λόγο pPI3K /pHER3 (Εικ. 2Α). χαρακτηριστικά των ασθενών στον τομέα της υψηλής έναντι χαμηλής pPI3K σηματοδότησης CRC ομάδες ήταν καλά ισορροπημένο από την άποψη του σταδίου του όγκου τους, χημειοθεραπείες και μεταλλάξεων κατάσταση των ογκογονιδίων

KRAS

και

BRAF

(Εικ. 2Β ). DFS του

KRAS

WT CRCs με υψηλότερη έκφραση pPI3K /pHER3 ήταν σημαντικά χειρότερη από εκείνη του

KRAS

WT CRCs με χαμηλότερη έκφραση pPI3K /pHER3 (Σχήμα 2C.)? Ωστόσο,

KRAS

όγκους G12mut αποδειχθεί κακή DFS ανεξάρτητα από το επίπεδο της έκφρασης pPI3K. Είναι ενδιαφέρον, DFS συγκρίσεις των

KRAS

WT, G13Dmut και G12mut CRCs μέσα στην ομάδα χαμηλού pPI3K έδειξε σημαντικές διαφορές, με

KRAS

WT και

KRAS

όγκους G13D έχει μια καλύτερη επιβίωσης από το

όγκων KRAS

G12mut (Σχ. 2D). Παρά τις δραματικές διαφορές στην επιβίωση παρατηρούνται στις υψηλές και χαμηλές ομάδες pPI3K /pHER3 ανάλογα με τους

KRAS

WT ή G12 μεταλλαγμένο γονότυπο, οι δύο ομάδες ήταν πολύ παρόμοια όσον αφορά τις διαφορές τους έκφραση των σχετικών δεικτών. Με άλλα λόγια, pPI3K /pHER1, pPI3K /pHER2, και pPI3K /pHER3 εκφράστηκαν σε σημαντικά υψηλότερα επίπεδα στην ομάδα του υψηλού pPI3K /pHER3 τόσο

KRAS

WT και G12 μεταλλαγμένα CRCs (Εικ. S3 στο αρχείο S1 ). Σημειώστε ότι η έκφραση pPI3K δεν ήταν σημαντικά υψηλότερη, αλλά ήταν η pPI3K έκφρασης σε σχέση με τον ενεργοποιημένο άξονα της ότι ήταν υψηλότερη στις ομάδες που δείχνουν κακή επιβίωση.

Οι αντίστοιχες p-τιμές που υποδεικνύονται. (Α) οικόπεδα ασφαλείας του Mann-Whitney

t-test

δείχνει τη διαφορά στην έκφραση της pPI3K, pPI3K /pHER1, pPI3K /pHER2, και pPI3K /pHER3 μεταξύ του υψηλού pPI3K /ομάδα pHER3 και χαμηλή pPI3K /ομάδες pHER3. Οι αντίστοιχες τιμές ρ ενδείκνυται. (Β) Ο πίνακας απαριθμεί τα χαρακτηριστικά των πρωτογενών CRCs σε υψηλή PI3K (υψηλή pPI3K /pHER3) έναντι χαμηλής PI3K (χαμηλό pPI3K /pHER3) ομάδες σηματοδότησης. Χαρακτηριστικά περιλαμβάνουν διαχωρισμούς με βάση το στάδιο του όγκου, την κατάσταση της χημειοθεραπείας και κατάστασης μεταλλάξεων του

KRAS

και

BRAF

. Συνολικά, οι 67/115 δείγματα που περιλαμβάνονται στην υψηλή ομάδα PI3K και 48/115 δείγματα που περιλαμβάνονται στη χαμηλή ομάδα PI3K. Οι αριθμοί δείχνουν το ποσοστό των δειγμάτων σε κάθε ομάδα με βάση το καθένα αναφέρεται χαρακτηριστικά. (C) DFS, σύμφωνα με αναλογίες pPI3K /pHER3 στο

KRAS

WT και

KRAS

G12mut CRCs. (D) Καμπύλες κατά Kaplan-Meier επιβίωσης των υψηλών PI3K (pPI3K /pHER3) και χαμηλή ομάδες PI3K συγκρίνοντας το DFS των

KRAS

WT, G13Dmut, και τα δείγματα G12mut. (Ε) υψηλής PI3K (υψηλή pPI3K /pHER3) και χαμηλή PI3K (χαμηλό pPI3K /pHER3) ομάδες σε ζεύγη πρωτογενή και μεταστατικό δείγματα CRC.

Η

Αυτά τα δεδομένα στοιχεία που αποδεικνύουν ότι μια σηματοδότησης υψηλής pPI3K, η οποία μπορεί να ενδεχομένως να οδηγείται από ανάντη σήματα εκτός από ή επί πλέον προς τον άξονα της, συνδέεται με την επιθετική CRCs με πρώιμη υποτροπή. Επιπλέον, τα στοιχεία αυτά καταδεικνύεται με σαφήνεια την ανομοιογένεια εντός του

KRAS

WT πληθυσμού με βάση το επίπεδο της έκφρασης pPI3K σε αυτούς τους όγκους. Από την άλλη πλευρά,

KRAS

G12-μεταλλαγμένο CRCs αποδεικνύεται συνήθως κακή επιβίωση ανεξάρτητα από το επίπεδο των pPI3K σηματοδότησης.

PI3K με γνώμονα την επιθετική CRCs, συμπεριλαμβανομένων των μεταστατικών ΚΕΣ δείχνουν υψηλότερα γ-ΜΕΤ και IGF1R σηματοδότηση από τον άξονα HER σηματοδότησης

από υψηλότερη pPI3K αναλογίες /pHER συσχετιστεί με πρώιμη υποτροπή CRCs, υποθέσαμε ότι θα πρέπει να υπάρξει μια σημαντική διαφορά στην pHER /pMET και αναλογίες pHER /pIGF1R αν pMET και pIGF1R είναι υπεύθυνοι για την υψηλή σηματοδότηση pPI3K. Στη συνέχεια, εξετάσαμε αυτά τα δίκτυα σηματοδότησης σε 10 ζεύγη ταιριάζουν πρωτοβάθμιας μεταστατικό σύγχρονη δείγματα διαθέσιμα σε ομάδα μελέτης μας. Οι πρωτογενείς-μεταστατικό ζεύγη CRC διαχωρίστηκαν σε δύο ομάδες με βάση την αναλογία έκφρασης pPI3K /pHER3 του πρωτογενούς δείγματος CRC σε κάθε ζεύγος. Υπήρξε μια σημαντική αύξηση του λόγου pPI3K /pHER3 για τα συμφωνημένα μεταστατικό δείγματα στην ομάδα χαμηλού δείκτη pPI3K /pHER3 (Σχ. 2Ε), ενώ παρέμεινε αμετάβλητος μεταξύ πρωτογενών και μεταστατικών δείγματα στην ομάδα του υψηλού δείκτη pPI3K /pHER3.

επιθετικότητα του KRAS G12mut CRCs συσχετίζεται με υψηλή γ-ΜΕΤ έκφρασης σε σχέση με τα μέλη άξονα HER

Στη συνέχεια προσπάθησε να εντοπίσει δείκτες που μπορεί να εκφράζονται διαφορικά μεταξύ

KRAS

WT και G12mut CRCs στην ομάδα χαμηλού pPI3K. Με βάση την προκαταρκτική παρατήρηση μας υψηλή έκφραση του συνόλου των γ-ΜΕΤ και IGF1R στο

KRAS

όγκους G12mut σε σύγκριση με το

όγκων KRAS

WT (Εικ. 3Α, Σχ. S4 στο αρχείο S1), εξετάσαμε κατά πόσο μια διαφορική γ-ΜΕΤ ή έκφραση IGF1R εξαρτώμενη μπορεί να διαχωρίζουν τις

KRAS

WT και G12mut υποομάδες μέσα στην ομάδα χαμηλής αναλογίας pPI3K /pHER3. Σχετική HER1 /ο-ΜΕΤ και HER3 /c-MET αναλογίες ήταν σημαντικά υψηλότερο στο

KRAS

WT CRCs από ό, τι στο

KRAS

G12mut όγκους (Σχ. 3Β) στην ομάδα χαμηλού pPI3K /pHER3 , αλλά όχι στην ομάδα του υψηλού pPI3K /pHER3, η οποία ήταν σύμφωνη με τις διαφορές DFS (Σχ. 3Α). Ερευνήσαμε κατά πόσο κατάλληλες αναλογίες HER1 /c-MET (Εικ. S5 στο S1 File) ή HER3 /c-Met μπορεί επίσης να διαχωρίζουν τις διαφορές DFS που παρατηρείται μεταξύ του

KRAS

WT και G12mut CRCs εντός της χαμηλής pPI3K /αναλογία ομάδα pHER3. Ανάλυση του

KRAS

γονότυπους των δειγμάτων σε δύο υπο-ομάδες αποκάλυψε ότι η πλειοψηφία των δειγμάτων

KRAS

WT και G13D ήταν παρόντες στην υψηλή HER1 /c-MET υπο-ομάδα (δηλαδή, HER1 & gt? c-Met), ενώ η πλειοψηφία του

KRAS

δείγματα G12mut ήταν παρόντες στη χαμηλή HER1 /c-MET υπο-ομάδα (δηλαδή, HER1 & lt? γ-ΜΕΤ) (Εικ . 3C). Μια παρόμοια αναλογία HER1 /c-MET cut-off δεν διαχωρίζουν την ομάδα υψηλού pPI3K /pHER3 με βάση το

KRAS

γονότυπους (Εικ. 3D). Παράλληλη ανάλυση με δείκτη HER3 /c-MET οδήγησε σε παρόμοια αλλά λιγότερο ισχυρά στοιχεία που δεν διαχωρίζουν το KRAS WT και G12mut CRCs όπως σαφώς ως ο δείκτης HER1 /c-MET (

δεν παρουσιάζονται τα δεδομένα

). Αυτά τα δεδομένα έδειξαν ότι η επιθετική

KRAS

όγκους G12mut είναι μοριακά διακριτές, επειδή είναι ως επί το πλείστον χαρακτηρίζεται από μια υψηλή έκφραση ο-ΜΕΤ, η οποία είναι ισοδύναμη προς ή μεγαλύτερη από την έκφραση HER1 και HER3.

( Α) αναλογία pMET /Tc-ΚΟΑ σε σύγκριση μεταξύ της υψηλής PI3K (υψηλή pPI3K /pHER3) και χαμηλή PI3K (pPI3K /pHER3) ομάδες υψηλού χρησιμοποιώντας το Mann-Whitney

t-test

. Η σύγκριση φαίνεται σε όλα τα ΚΕΣ

KRAS

WT, G13D μεταλλαχθεί και G12 μεταλλαγμένα CRCs. Οι σημαντικές διαφορές με τιμές p αναφέρονται στο μπλε. (Β) Συγκριτική έκφραση μεταξύ υψηλών και χαμηλών ομάδες PI3K για τους ακόλουθους δείκτες: pHER1 /pMET, pHER2 /pMET, pHER3 /pMET, pHER1 /pIGF1R, pHER2 /pIGF1R, και pHER3 /pIGF1R. Οι σημαντικές διαφορές με τιμές p αναφέρονται στο μπλε.

Η

Συζήτηση

Αυτή η μελέτη βασίστηκε στην υπόθεση ότι η ιδιότητα του ενεργού μονοπατιών σηματοδότησης στο

KRAS

WT και μεταλλαγμένων CRCs μπορεί να παρέχει πρόσθετες πληροφορίες οι οποίες μπορεί να είναι χρήσιμες για την κατανόηση των θεραπευτικών αποτελεσμάτων σε αυτούς τους όγκους [17] – [19]. Η ανάλυση που παρουσιάζεται στην παρούσα μελέτη αποδεικνύει ότι CRC μπορεί να είναι υπο-ταξινομούνται με βάση το μοριακό προφίλ σηματοδοτικό μονοπάτι της ανεξάρτητα από το

KRAS

κατάστασης μεταλλάξεων, όπως συνοψίζεται στο σχήμα. 4. Εκτός από την παροχή μοριακού γνώσεις σχετικά με CRC πρόγνωση, μια τέτοια οδός που βασίζεται προφίλ μπορεί να έχουν σημαντικές συνέπειες για τη διαστρωμάτωση του πληθυσμού των ασθενών CRC για τις κατάλληλες θεραπευτικές στρατηγικές.

Σχηματική συνοψίζει την υπο-ταξινόμηση του ΚΕΣ με βάση σηματοδοτικό μονοπάτι τους προφίλ και

KRAS

κατάστασης μεταλλάξεων. Οι πιθανές θεραπευτικές επιλογές για κάθε υπο-κατηγορία με βάση τα προφίλ διαδρομής τους υποδεικνύεται.

Η

Η πρόγνωση του CRC πρωτοπαθών όγκων μετά από χειρουργική επέμβαση έχει συσχετιστεί με το

KRAS

κατάστασης μεταλλάξεων τους [21 ]. Παρόλο που αυτή η γενική τάση παρατηρήθηκε και στην ομάδα δείγμα CRC μας, με το

KRAS

WT όγκους αποδεικνύοντας καλύτερη DFS μετά την επέμβαση από ό, τι

KRAS

G12 όγκους μεταλλαγμένου, δεν ήταν σημαντική λόγω της ετερογένειας στην οι οδοί σηματοδότησης εντός κάθε

KRAS

μεταλλάξεων υπότυπο, ειδικά σε όγκους III CRC σταδίου ΙΙ και ανεξάρτητα από το εάν ή όχι οι ασθενείς έλαβαν χημειοθεραπεία. Αυτό υποδηλώνει ότι

KRAS

μεταλλάξεις παρέχουν μόνο ένα μέρος του πλεονεκτήματος που απαιτούνται για την επιβίωση των καρκινικών κυττάρων με πρόσθετα σήματα επιβίωσης κατά πάσα πιθανότητα προέρχονται από πολλαπλές οδούς σηματοδότησης. CRCs με υψηλή δραστηριότητα PI3K υποτροπή εντός 2 ετών ανεξάρτητα από

KRAS

μεταλλάξεων την κατάστασή τους και είχε κακή πρόγνωση. Ακόμη και

KRAS

WT CRCs με σηματοδότηση υψηλή PI3K ήταν τόσο επιθετικός όσο το

KRAS

G12mut CRCs με δυσδιάκριτες DFS μετά τη χειρουργική επέμβαση. Σε αντίθεση,

KRAS

WT CRCs με δραστηριότητα σηματοδότησης χαμηλή ΡΙ3Κ αποδειχθεί καλύτερη πρόγνωση και θα μπορούσε να διαχωρίζονται από την επιθετική

KRAS

G12mut CRCs με μια κατάλληλη αναλογία δείκτη HER1 /c-MET cut-off , επειδή τα επίπεδα έκφρασης ο-ΜΕΤ ήταν υψηλότερα σε

KRAS

G12mut CRCs. Στην ομάδα μελέτης μας, αυτά

KRAS

WT CRCs αποτελούσαν ~44% του συνολικού

KRAS

πληθυσμού WT και αποκάλυψε ετερογένεια. Ετερογένεια στην

πληθυσμούς KRAS

WT CRC έχει προηγουμένως παρατηρήσει σε πολλές άλλες μελέτες, διότι δεν είναι όλα

KRAS

WT CRCs ανταποκρίνονται στις αντι-EGFR αντισώματα. Ένας πιθανός λόγος έχει περιγραφεί ως η παρουσία του

BRAF

μεταλλάξεις. Ο αριθμός των

BRAF

-mutated δείγματα στην ομάδα μας ήταν πολύ μικρό για να εξαχθούν λογικά συμπεράσματα? Ωστόσο, 3/5 του

BRAF

-mutated CRCs παρουσία WT

KRAS

επιδείξει ένα υψηλό σηματοδότησης ΡΙ3Κ. Η μελέτη μας παρέχει ένα πιθανό μηχανισμό για την ετερογένεια στο

KRAS

WT CRCs και εμείς εικάζουν ότι το 44% των

KRAS

WT CRCs με χαμηλή σηματοδότησης PI3K και υψηλή έκφραση HER1 μπορεί να είναι εκείνες που ανταποκρίνονται στις αντι -HER θεραπείες όπως αντι-EGFR αντισώματα. Περίπου το 47% των δειγμάτων CRC με

KRAS

μεταλλάξεις G13D πρόσφατα πρότεινε να έχουν διακριτούς θεραπεία που βασίζεται σε χαρακτηριστικά έκβαση [8] και ήταν παρακολουθούνται με μας

δείγματα KRAS

WT σε όρους που έχουν χαμηλή ΡΙ3Κ σηματοδότηση και μια έκφραση υψηλού HER1. Η σημασία της PI3K σηματοδότησης και αναστολείς PI3K /mTOR έχει προταθεί προηγουμένως στην

KRAS

μεταλλαγμένα [22] και

BRAF

μεταλλαγμένα [23] CRCs. Τα αποτελέσματα από τη μελέτη μας είναι σύμφωνες με αυτές τις εκθέσεις και να επεκτείνει περαιτέρω τη σημασία της PI3K σηματοδότησης σε CRCs ανεξάρτητα από μεταλλάξεων την κατάστασή τους.

Σχετικά υψηλές γ-ΜΕΤ και IGF1R δραστηριότητες σε σύγκριση με τα μέλη HER δραστηριότητες κινάσης σε επιθετική CRCs προτεινόμενες ότι αυτές οι εναλλακτικές ΚΤΚ μπορεί να είναι οι οδηγοί της υψηλής σηματοδότησης ΡΙ3Κ.

KRAS

G12-μεταλλαγμένα CRCs παρατηρήθηκε ότι εκφράζουν υψηλότερα επίπεδα υποδοχέων c-MET από τα μέλη της που σχετίζεται με κακή πρόγνωση τους. Πιο αδιάσειστα στοιχεία προς υποστήριξη της γ-ΜΕΤ και IGF1R με γνώμονα δράση ΡΙ3Κ στην επιθετική CRCs προήλθε από τα ζεύγη πρωτογενή-μεταστατικό δείγμα, στο οποίο αυτοί οι δείκτες έδειξαν μια σαφή αύξηση του μεταστατικού ομόλογό σε σύγκριση με αυτά του αντίστοιχου πρωτογενούς δείγματος, ακόμη και αν η μεταλλακτική κατάσταση του ζεύγους παρέμειναν αμετάβλητες. Είναι σημαντικό να σημειωθεί ότι οι διαφορές έκφρασης για την ενιαία δείκτες δεν παρουσιάζουν σημαντικές διαφορές, αλλά ήταν η σχετική έκφραση των pHER σηματοδότησης σε pMET και pIGF1R που αποκάλυψε σημαντικά διαφορετικά πρότυπα μεταξύ CRCs που ήταν πιο επιθετική και υποτροπιάζουσα νωρίτερα σε σχέση με αυτά που συνδέθηκαν με καλύτερη πρόγνωση. Επί του παρόντος, δεν υπάρχουν απτές επιλογές για τον εντοπισμό επιθετική CRCs και τον καθορισμό θεραπευτικές επιλογές για τη θεραπεία τους. Μεταλλάξεων δοκιμές είναι η μόνη διαθέσιμη στρατηγική, η οποία δεν προσδιορίζει την επιθετική

KRAS

WT CRCs. Η μελέτη μας παρέχει ενδείξεις για ενεργού προφίλ μονοπατιού σηματοδότησης που είναι ανώτερη από ογκογόνους μεταλλάξεων δοκιμές και μόνο, επειδή αυτά τα αποτελέσματα μπορούν να χρησιμοποιηθούν για τον εντοπισμό επιθετική CRCs και ενδεχομένως κατευθύνει τις θεραπευτικές στρατηγικές. Η κλινική επίπτωση της συνδυαστικής προφίλ πρωτεΐνης και μεταλλάξεων δοκιμές όσον αφορά την ευαισθησία των ναρκωτικών αυτή τη στιγμή δοκιμάζεται τόσο σε προκλινικές και τις προοπτικές κλινικές μελέτες.

Η μελέτη μας αποκάλυψε, επίσης, μια σημαντική μεταβολή στη φωσφορυλιωμένη πρωτεομική προφίλ μεταξύ συμφωνημένα πρωτογενών και μεταστατικών CRCs . Αυτό ήταν σε αντίθεση με προσδιορισμό του γονότυπου, σύμφωνα με την οποία υπάρχει πλήρης αντιστοιχία μεταξύ πρωτογενών και μεταστατικών καρκινικών ιστών. Αυτό είναι σύμφωνο με τα αποτελέσματα από μία από τις μεγαλύτερες μελέτες σύγκρισης μεταξύ της πρωτοβάθμιας και συμφωνημένα ηπατικές μεταστάσεις σε 305 ασθενείς CRC (ποσοστό συμφωνία, 96,4%? 95% διάστημα εμπιστοσύνης, 93,6 – 98,2%) [24]. Επιπλέον, μια πρόσφατη γονιδιωματική ανάλυση σε 84 ασθενείς με πρωτοπαθή CRC και ηπατικές μεταστάσεις έδειξε ένα υψηλό ποσοστό του συσχετισμού & gt? 90% μεταξύ του πρωτογενούς και ηπατικές μεταστάσεις για πέντε γονίδια (δηλαδή,

KRAS

,

NRAS

,

BRAF

,

PIK3CA

,

TP53

) [25]. Μία από τις πιο αληθοφανείς υποθέσεις για τις εν λόγω υψηλό ποσοστό αντιστοιχίας του κατάστασης μεταλλάξεων είναι ότι

KRAS

μεταλλάξεις είναι τα πρώτα γεγονότα οδήγησης σε εξέλιξη CRC από αδένωμα [26]. Εάν αυτές οι διαφορές στη διαδρομή προφίλ συσχετίζεται με τις απαντήσεις της θεραπείας με ειδικούς αναστολείς RTK, μπορεί να χρειαστεί να βιοψία sites μεταστατικό εκτός από πρωτογενείς όγκους να αποκτήσουν μια πιο ακριβή πρόβλεψη της ανταπόκρισης στη θεραπεία. Ωστόσο, το μέγεθος του δείγματος μας ήταν πολύ μικρό με μόνο δέκα ζεύγη της πρωτοβάθμιας και της μετάστασης. Ως εκ τούτου, απαιτείται πιο εκτεταμένη ανάλυση κατά ζεύγος να αντιμετωπίσει με αυστηρότητα τη διαφορά αυτή στην πρωτεομική προφίλ.

Εν κατακλείδι, η μελέτη μας δείχνει ότι υπάρχει σημαντική ετερογένεια σε μονοπάτια σηματοδότησης ενεργοποιημένη πρωτεΐνη παρά μια παρόμοια κατάσταση μεταλλάξεων στο CRC. Ως εκ τούτου, διχοτομηθεί CRC απλά ως

KRAS

μεταλλαγμένων έναντι

KRAS

WT μπορεί να αποτελεί υποτίμηση της μοριακής ετερογένειας σε κάθε υποομάδα CRC. Επιπλέον, μια πιο ολοκληρωμένη profiling σηματοδοτικό μονοπάτι, εκτός από ογκογόνο μεταλλάξεων δοκιμές, θα πρέπει να εκτελείται για να ληφθεί μια σαφέστερη μοριακή ταυτότητα των όγκων.

Υποστηρικτικά πληροφορίας

αρχείου S1.

Υποστήριξη Στοιχεία. Εικόνα S1. Προφίλ της σηματοδότησης δεικτών πορείας του παχέος εντέρου χρησιμοποιώντας CEER. (Α) Κατάταξη των pERK έκφρασης από υψηλή σε χαμηλή σε

KRAS

άγριου τύπου, G12 μεταλλαχθεί και G13D μεταλλαγμένο CRCs εμφανίζεται σε ένα οικόπεδο καταρράκτη. pERK έκφραση πάνω από τη μέση εκπροσωπείται στο θετικό άξονα y. ρΑΚΤ έκφραση σε κάθε δείγμα δεικνύεται επίσης. Ο παρακάτω πίνακας δείχνει τις μέσες τιμές pERK CU σε κάθε μεταλλακτική υποομάδα των όγκων CRC καθώς και το ποσοστό των όγκων που εκφράζουν pERK πάνω από τη μέση. (Β) CEER εικόνες ανοσο-array για υποδεικνύεται πρωτεΐνες μεταγωγής σήματος σε 8 δείγματα του παχέος εντέρου. Όπως αντιπροσωπεύεται με ένα χρώμα γραμμή κάτω από το ανοσο-συστοιχία, ένα λευκό ή κόκκινο αντιπροσωπεύει ένα υψηλό επίπεδο έκφρασης ή φωσφορυλίωση, ενώ ένα πράσινο ή μπλε αντιπροσωπεύει μια χαμηλού επιπέδου έκφραση ή φωσφορυλίωση των αντίστοιχων δεικτών. το στάδιο του όγκου και το

KRAS

κατάστασης μεταλλάξεων του κάθε δείγματος υποδεικνύονται. Εικόνα S2. Επίδραση του δείκτη pPI3K /pHER3 στην ελεύθερη νόσου επιβίωση σε CRCs. Συγκριτική καμπύλες DFS των δειγμάτων CRC διαχωρίζονται με τη μείωση των αναλογιών pPI3K /pHER3. DFS για τα δείγματα πάνω από κάθε αντίστοιχη αποκοπής εμφανίζεται με κόκκινο χρώμα και DFS για δείγματα κάτω από κάθε αντίστοιχη αποκοπής εμφανίζεται με μπλε χρώμα. Οι αντίστοιχες p-τιμές που υποδεικνύονται. Εικόνα S3. Χαρακτηριστικά του ζεύγη δείγματος πρωτογενών-μεταστατικό CRC. Πίνακας με πρωτογενή χαρακτηριστικά όγκου των 10 συμφωνημένα πρωτογενή-μεταστατικό ζεύγη CRC διαχωρίζονται από αναλογίες έκφραση pPI3K /pHER3 τους. Τα 6 ζευγάρια αντίστοιχα δείγματα που περιλαμβάνονται στην χειρότερη ομάδα DFS όπου η έκφραση pPI3K /pHER3 ήταν & gt? 2/10. Εικόνα S4. Εικόνα S5.