Αφηρημένο

Σκοπός

λευκοκυττάρων παγκόσμιες επίπεδα μεθυλίωσης του DNA επί του παρόντος θεωρούνται ως βιοδείκτες της ευαισθησίας του καρκίνου και να έχουν έχουν συσχετιστεί με κίνδυνο πολλών καρκίνων. Σε αυτή τη μελέτη, με στόχο να εξετάσει την σχέση μεταξύ μακρύ διάσπαρτες πυρηνικής στοιχεία (LINE-1) επίπεδα μεθυλίωσης, ως βιοδείκτη της παγκόσμιας μεθυλίωσης DNA σε κύτταρο αίματος DNA, και η νεφρική κίνδυνο καρκίνου των κυττάρων.

Πειραματικός σχεδιασμός

LINE-1 μεθυλίωση με όξινο θειώδες μετατρέπεται γονιδιωματικού DNA που απομονώθηκε από τα λευκοκύτταρα ποσοτικοποιήθηκε με Pyrosequencing μετρήθηκε εις τριπλούν, και κατά μέσο όρο σε 4 θέσεις CpG. Ένα σύνολο 328 περιπτώσεων RCC και 654 έλεγχοι συχνότητα ταιριαστό (2:01) με την ηλικία (± 5 χρόνια), το φύλο και κέντρο μελέτης, από μια μεγάλη μελέτη ασθενών-μαρτύρων που πραγματοποιούνται στην Κεντρική και Ανατολική Ευρώπη αξιολογήθηκαν.

Αποτελέσματα

LINE-1 επίπεδα μεθυλίωσης ήταν σημαντικά υψηλότερο στις περιπτώσεις RCC με ένα μέσο όρο 81,97% (διατεταρτημοριακό εύρος [IQR]: 80,84 – 83,47) σε σύγκριση με 81,67% (IQR: 80,35 – 83,03) μεταξύ των ελέγχων ( p = 0.003, Wilcoxon). Σε σύγκριση με το χαμηλότερο LINE-1 μεθυλίωση τεταρτημόριο (Q1), τα προσαρμοσμένα ΕΑΠ για την αύξηση τεταρτημόρια μεθυλίωση είχαν ως εξής: Ή (Q2) = 1,84 (1,20 – 2,81), OR (Q3) = 1,72 (1,11 – 2,65) και OR ( Q4) = 2,06 (1,34 – 3,17), με μια ρ-τάση = 0.004. Η συσχέτιση ήταν ισχυρότερη μεταξύ των νυν καπνιστές (p-τάση & lt? 0.001) από πρώην ή μη καπνιστές (p-αλληλεπίδρασης = 0,03). Για να εξαλειφθεί η πιθανότητα μεροληψίας επιλογής μεταξύ των ελέγχων, τη σχέση μεταξύ LINE-1 μεθυλίωση και το κάπνισμα αξιολογήθηκε και επιβεβαιώθηκε σε μια ανάλυση κατά περίπτωση μόνο, όπως καλά.

Συμπεράσματα

Τα υψηλότερα επίπεδα LINE -1 μεθυλίωση φαίνεται να σχετίζεται θετικά με τον κίνδυνο RCC, ιδιαίτερα μεταξύ των νυν καπνιστές. Περαιτέρω έρευνες χρησιμοποιώντας τόσο μετά και προ-διαγνωστικό γονιδιακό DNA δικαιολογείται να επιβεβαιώσει τα ευρήματα και θα είναι αναγκαίο να καθοριστεί αν οι παρατηρούμενες διαφορές συμβεί πριν, ή ως αποτέλεσμα της καρκινογένεσης

Παράθεση:. Liao LM, Brennan Ρ, van Bemmel DM, Zaridze D, Matveev V, Janout V, et al. (2011) Επίπεδα LINE-1 μεθυλίωση σε λευκοκυττάρων DNA και ο κίνδυνος νεφρικής Cancer Cell. PLoS ONE 6 (11): e27361. doi: 10.1371 /journal.pone.0027361

Επιμέλεια: Bernard W. Futscher, Το Πανεπιστήμιο της Αριζόνα, Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής

Ελήφθη: 27 Ιουνίου 2011? Αποδεκτές: 14 του Οκτωβρίου 2011? Δημοσιεύθηκε: 4 του Νοέμβρη του 2011

Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης, χωρίς όλα τα πνευματικά δικαιώματα, και δεν μπορεί να αναπαραχθεί ελεύθερα, διανεμηθεί, να μεταδοθεί, τροποποιηθεί, χτισμένο πάνω, ή ειδάλλως να χρησιμοποιηθεί από οποιονδήποτε για οποιονδήποτε νόμιμο λόγο. Το έργο γίνεται διαθέσιμα υπό την Creative Commons CC0 αφοσίωση δημόσιο τομέα

Χρηματοδότηση:. Η εργασία αυτή υποστηρίχθηκε από το εσωτερικό ερευνητικό πρόγραμμα των Εθνικών Ινστιτούτων Υγείας, Εθνικό Ινστιτούτο Καρκίνου, Division of Cancer Epidemiology και Γενετικής (Bethesda , MD, USA). Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

Περιφέρεια ειδικά υπερμεθυλίωση και την παγκόσμια υπομεθυλίωσης του DNA που σχετίζονται με την καρκινογένεση [1]. Η ανώμαλη υπερμεθυλίωση DNA τείνει να συμβεί σε περιοχές προαγωγού CpG πλούσιων και σχετίζεται με μεταγραφική αποσιώπηση γονιδίων, όπως ογκοκατασταλτικά γονίδια [2]. Σε αντίθεση, γονιδιώματος σε επίπεδο DNA υπομεθυλίωσης συμβαίνει κυρίως σε επαναλαμβανόμενες αλληλουχίες του DNA, όπως heterochromatic περιφέρειες και ρετροτρανσποζόνια [3]. Αρκετές μελέτες έχουν παρατηρήσει σύνδεσης μεταξύ επίπεδα μεθυλίωσης του DNA λευκοκυττάρων και τον κίνδυνο της ουροδόχου κύστης, του μαστού, και του παχέος εντέρου [4], [5], [6], [7]. Ωστόσο, η σχέση μεταξύ των παγκόσμιων επίπεδα μεθυλίωσης και του καρκίνου των νεφρών (RCC), δεν έχει ακόμη αξιολογηθεί.

Long διανθίζονται πυρηνικά στοιχεία (LINE-1) είναι μη-μακράς τερματικής επανάληψης (μη-LTR) ρετροτρανσποζόνια ότι αποτελούν περίπου το 17% του ανθρώπινου γονιδιώματος, με ~500,000 στοιχεία κανονικά διασκορπισμένο σε ολόκληρο το ανθρώπινο γονιδίωμα [3], [8]. LINE-1 στοιχεία τυπικά βαριά μεθυλιωμένα σε φυσιολογικούς ιστούς, ενώ η γραμμή-1 υπομεθυλίωση έχει αναφερθεί σε καρκινικούς ιστούς [9]. Ποσοτικοποίηση των CpG μεθυλίωσης εντός LINE-1 στοιχεία είναι μια ανέξοδη δοκιμασία υψηλής απόδοσης που έχει χρησιμοποιηθεί εκτενώς ως πληρεξούσιος της παγκόσμιας μεθυλίωσης κυτοσίνης (5MeC) επίπεδα [10], [11]. Αρκετές μελέτες ασθενών-μαρτύρων έχουν δείξει ότι τα επίπεδα LINE-1 μεθυλίωση που μετράται σε λευκοκυττάρων DNA θα μπορούσε να είναι ένας πιθανός βιολογικός δείκτης της ευαισθησίας του καρκίνου και της γονιδιωματικής αστάθειας? Ωστόσο, η σχέση μεταξύ LINE1 και άλλων βιοδεικτών της παγκόσμιας κατάστασης μεθυλίωσης όπως Alu [12] είναι μόλις τώρα αρχίζουν να διερευνηθεί σε μεγάλες καλά σχεδιασμένες μελέτες του κινδύνου καρκίνου [13], [14], [15], [16]. Επιπλέον, οι σχέσεις μεταξύ των επιπέδων μεθυλίωσης σε ιστούς στόχους και μη επεμβατικά δείγματα που συλλέχθηκαν DNA μεσολάβησης ιστού είναι επίσης δεν είναι καλά κατανοητή.

Η συχνότητα εμφάνισης της RCC, η πιο συχνή κακοήθεια του καρκίνου του νεφρού, ποικίλλει σε όλο τον κόσμο [17], με μερικά από τα υψηλότερα ποσοστά εμφανίζονται στην Κεντρική και Ανατολική Ευρώπη [18], [19]. Τσιγάρο το κάπνισμα, η παχυσαρκία και η υπέρταση είναι καθιερωμένη παράγοντες κινδύνου για RCC, αλλά αυτά αποτελούν μόνο ένα εκτιμώμενο 50% των περιπτώσεων [19]. Να διερευνήσει τις δυνατότητες επιρροής της παγκόσμιας μεθυλίωσης ως παράγοντας κινδύνου για RCC, συγκρίναμε LINE-1 επίπεδα μεθυλίωσης στο DNA των λευκοκυττάρων σε ένα υποσύνολο των περιπτώσεων RCC και τους ελέγχους συμμετείχαν σε μια μελέτη ασθενών-μαρτύρων πολυκεντρική. Εξετάσαμε δυναμικό τροποποίηση αποτελέσματος με κοινή πολυμορφισμούς βλαστική και γνωστούς παράγοντες κινδύνου RCC. Τέλος,

VHL

γονίδιο αδρανοποίησης στον ιστό του όγκου RCC είναι συχνά (έως 91%) που παρατηρήθηκαν.

VHL

αλλοίωση, είτε μέσω υπερμεθυλίωση προαγωγέα ή αλληλουχία αλλοιώσεις, θεωρείται ένα πρώιμο και συχνό γεγονός σε νεφρική καρκινογένεση και έχει χρησιμοποιηθεί ως βιολογικός δείκτης της νεφρικής ετερογένεια του όγκου. Ως εκ τούτου, LINE-1 επίπεδα μεθυλίωσης αξιολογήθηκαν μεταξύ ετερογενών περίπτωση υποομάδες για την εξέταση κατά πόσο κίνδυνο να έχουν ένα συγκεκριμένο τύπο του

VHL

αλλαγή στο DNA του όγκου μπορεί να τροποποιηθεί από την παγκόσμια επίπεδα μεθυλίωσης στο γονιδιακό DNA.

Αποτελέσματα

η πλειοψηφία των συμμετεχόντων ήταν από την Τσεχική Δημοκρατία, με ελαφρώς υψηλότερο ποσοστό μεταξύ των υποθέσεων. Περιπτώσεις είχαν περισσότερες πιθανότητες από τους ελέγχους να έχουν ένα υψηλότερο ΔΜΣ (p = 0.07) και έχουν μικρότερη λαχανικών (ρ = 0,01? Πίνακας 1). Διανομές από την ηλικία, το κάπνισμα και την αυτο-αναφερόμενη υπέρταση ήταν συγκρίσιμα μεταξύ ασθενών και μαρτύρων.

Η

Χρησιμοποιώντας γραμμικά μοντέλα παλινδρόμησης, αξιολογήσαμε τη συμβολή των επιλεγμένων χαρακτηριστικών συμμετέχοντα υπόθεση να συνδέεται με LINE 1-επίπεδα μεθυλίωσης μεταξύ των ομάδων ελέγχου (n = 654? Πίνακας 1). Μεταξύ των ελέγχων, τα αρσενικά είχαν στατιστικά σημαντικά υψηλότερο LINE-1 επίπεδα μεθυλίωσης (μέση τιμή = 81.89%) από τις γυναίκες (μέση τιμή = 81.29%? P = 0,0003). Τα άτομα που δήλωσαν ότι έχουν υπέρταση σχετίζεται επίσης με στατιστικά σημαντικά υψηλότερα επίπεδα LINE-1 μεθυλίωσης (μέση τιμή = 82.03%) από ό, τι εκείνοι που δεν έκαναν (διάμεση τιμή = 81,46%? P = 0.04). Μια σημαντική διαφορά μεταξύ των κέντρων ανιχνεύθηκε επίσης μεταξύ των ομάδων ελέγχου (ρ = 0,01), το οποίο θα προσαρμόζει στο μοντέλα μας. Δεν διακριτές τάσεις στα επίπεδα μεθυλίωσης LINE-1 από την ηλικία, το κάπνισμα, ΔΜΣ ή λαχανικών εντοπίστηκαν μεταξύ των ελέγχων. Η κατανομή των LINE-1% 5MeC μεταξύ περιπτώσεις παρέχεται επίσης στον Πίνακα 1 για σύγκριση

Σε γενικές γραμμές, τα διάμεσα επίπεδα μεθυλίωσης LINE-1 ήταν σημαντικά υψηλότερο στις περιπτώσεις RCC 81,97%. (Διατεταρτημοριακό εύρος: 80,84 – 83,47) σε σύγκριση σε 81,67% (διατεταρτημοριακό εύρος: 80,35 – 83,03) μεταξύ των μαρτύρων (p = 0.003, Wilcoxon? Πίνακας 1). Σε σύγκριση με τα άτομα στο χαμηλότερο LINE-1 μεθυλίωση τεταρτημόριο, τα άτομα στο υψηλότερο τεταρτημόριο συσχετίστηκαν με 2-φορές αύξηση του κινδύνου RCC (p για τάση = 0.004? Πίνακας 2). Η προσαρμοσμένη OR για RCC σε συνδυασμό με μια αύξηση 1% στο συνολικό LINE-1 μεθυλίωση ήταν 1,10 (95% CI: 01.03 έως 01.19? P = 0,008). Η μεθυλίωση μεταβάλλεται ελαφρά σε κάθε μια από τις τέσσερις περιοχές CpG αλληλουχία, με την μικρότερη μέση τιμή% 5MeC παρατηρείται στην τέταρτη θέση (διάμεσος περιπτώσεις: 78,4%, οι έλεγχοι: 78,2%) και τα υψηλότερα επίπεδα στην πρώτη θέση (διάμεσος των περιπτώσεων: 85,4 %, ελέγχει: 84,8%). Σε σύγκριση με τους μάρτυρες, οι περιπτώσεις είχαν στατιστικά σημαντικά υψηλότερο% 5MeC σε κάθε γενετικό τόπο (ρ-τιμές που κυμαίνονται από & lt? 0,0001 έως 0,05, Wilcoxon). Υψηλότερες% 5MeC σε θέση 1 κατέδειξε την ισχυρότερη συσχέτιση με τον κίνδυνο της RCC (OR = 1,24, 95% CI: 1,14 – 1,35)? Ωστόσο, παρόμοιες ανοδικές τάσεις παρατηρήθηκαν σε άλλες τρεις θέσεις (θέση 2: OR = 1.07, 95% CI: 0,99 – 1,14? ενεργητική 3: OR = 1.06, 95% CI: 1,00 – 1,13? ενεργητική 4: OR = 1,05, 95% CI: 0,99 – 1,11)

η

Σε αναλύσεις με στρωματοποίηση από το κάπνισμα, ο αυξημένος κίνδυνος με την υψηλότερη LINE-1% 5MeC τεταρτημόριο (Q4) ήταν εντονότερη μεταξύ των νυν καπνιστές (OR

Q4 = 6.48, 95% CI: 2,68 – 15,67? ρ-τάση & lt? 0,0001) από ό, τι μεταξύ των πρώην ή μη καπνιστές (p-αλληλεπίδρασης = 0,03? Σχήμα 1). Μια θετική συσχέτιση με RCC κίνδυνο ομοίως περιορίζεται σε νυν καπνιστές σε όλη επιμέρους τόπους (Πίνακας S1). Για να διερευνηθεί περαιτέρω η αλληλεπίδραση ανάμεσα στο κάπνισμα και την υψηλή LINE-1% 5MeC (Q2-Q4), πραγματοποιήσαμε μια ανάλυση περίπτωση, μόνο για να διασφαλιστεί ότι η συσχέτιση δεν οφειλόταν σε μια σειρά ελέγχου που δεν ήταν αντιπροσωπευτικό του πληθυσμού της μελέτης σε σχέση με το κάπνισμα. Σε σύγκριση με τις περιπτώσεις RCC που δεν ήταν ποτέ καπνιστές, παρατηρήθηκαν θετικές αποκλίσεις από multiplicativity για τις περιπτώσεις RCC που ήταν είτε ο πρώην (IOR = 1,83, 95% CI: 0,69 – 4,83) ή νυν καπνιστές (IOR = 2,47, 95% CI: 0,91 – 6,70 ? p-τάση = 0,06). Αυτό θα σήμαινε ότι η σχέση της αυξημένης παγκόσμιας μεθυλίωσης και RCC είναι ισχυρότερη μεταξύ των σημερινών καπνιστές από τους μη καπνιστές. Και στις δύο αναλύσεις, του καπνίσματος και τα επίπεδα μεθυλίωσης LINE-1 φάνηκε να τροποποιήσει τη συνεισφορά του άλλου παράγοντα κινδύνου. Πρόσθετες στρωματοποιημένη ανάλυση κατά φύλο, BMI, λαχανικών, και αυτο-αναφερόμενη υπέρταση δεν οδήγησε σε σημαντικές διαφορές (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται).

αναλογίες Αποδόσεις και 95% διαστήματα εμπιστοσύνης για τη συσχέτιση μεταξύ LINE-1 μεθυλίωσης επίπεδα και RCC, προσαρμοσμένο για το φύλο, την ηλικία, το κέντρο, ο ΔΜΣ, η υψηλή αρτηριακή πίεση και λαχανικών.

η

για να αξιολογηθεί κατά πόσον κοινή παραλλαγή σε επιλεγμένα γονίδια που εμπλέκονται στο μεταβολισμό ενός άνθρακα και καπνό τροποποιηθεί η παρατηρούμενη συσχέτιση , πραγματοποιήσαμε στρωματοποιημένη αναλύσεις από επτά λειτουργικές παραλλαγές σε πέντε γονίδια (

MTHFR, MTR, Tyms, GSTM1,

και

GSTTI

). Δύο γενετικές παραλλαγές,

MTHFR

c.1298A & gt? C και

MTR c.2756A & gt? G,

φάνηκε να επηρεάζει τη σχέση μεταξύ LINE-1 επίπεδα μεθυλίωσης και RCC κινδύνου (Πίνακας 3). Παρατηρήσαμε μια ισχυρή θετική τάση μεταξύ LINE-1 τεταρτημόρια μεθυλίωση και RCC κίνδυνο μεταξύ εκείνων που πραγματοποιείται τουλάχιστον ένα αντίγραφο του C έλασσον αλληλόμορφο του

MTHFR

c.1298A & gt? C (p-τάση = 0,0009? Ρ- αλληλεπίδρασης = 0,15). Αυξημένος κίνδυνος με υψηλότερα επίπεδα LINE-1 μεθυλίωση περιορίστηκε σε εκείνους με την ΑΑ γονότυπο του

MTR c.2756A & gt? G

(p-τάση = 0,004? P-αλληλεπίδρασης = 0,19) και δεν ήταν σημαντική μεταξύ εκείνων που φέρουν τουλάχιστον ένα αντίγραφο του ανηλίκου αλληλόμορφο. Καμία από αυτές τις παραλλαγές έδειξε στατιστικά σημαντικές κύριες επιδράσεις, η οποία έχει δημοσιευθεί προηγουμένως [20].

Η

Επειδή

VHL

απενεργοποίηση του γονιδίου είναι ένα συχνό πρώιμο συμβάν στην RCC που έχει χρησιμοποιηθεί για να ορίζουν μοριακό υποομάδες της νεφρικής καρκίνων [21], ερευνήσαμε αν παγκόσμια μεθυλίωση συσχετιζόταν με ένα συγκεκριμένο υποσύνολο των περιπτώσεων RCC που ορίζεται από το μηχανισμό μέσω του οποίου

VHL

γονίδιο αδρανοποίησης στο DNA των όγκων συμβαίνει. Ορίσαμε RCC υποομάδες όπως έχουν

VHL

γονίδιο αδρανοποίησης μέσω επιγενετικών μηχανισμών (υπερμεθυλίωση προαγωγού), γενετικούς μηχανισμούς (αλλαγές στην αλληλουχία κωδικοποίησης που θα είχε ως αποτέλεσμα ένα αλλαγμένο πρωτεΐνη (δηλαδή μεταλλάξεις εσφαλμένου νοήματος, εξαλείψεις, ενθέσεις, μεταλλάξεις θέση ματίσματος) ή όγκους άγριου τύπου (εκείνους που δεν έχουν παρατηρήσιμες

VHL

απενεργοποίηση). Μεταξύ ένα υποσύνολο των περιπτώσεων RCC για τις οποίες υπήρχαν διαθέσιμα στοιχεία για

VHL

μεθυλίωση προαγωγού ή κατάσταση γενετική μεταβολή στο σωματικό ιστό (n = 144 ), ο κίνδυνος έχει μια αλλαγή στο

VHL

αυξάνεται με την αύξηση τεταρτημόρια της μεθυλίωσης (ή

Q2 = 1,26, 95% CI: 0,34 – 4,64? Ή

Q3 = 1,62, 95% CI : 0,42 – 6,18? και OR

Q4 = 2.57, 95% CI:.. 0,68 – 9,72? p-τάση = 0,12) Παρά το γεγονός ότι είναι υποβλητική, περισσότερες υποθέσεις που απαιτούνται για να αξιολογηθεί πλήρως αυτή την ένωση

Συζήτηση

Αυτή η μελέτη αξιολόγησε τον ρόλο των LINE-1 μεθυλίωσης στο DNA περιφερικού αίματος ως υποκατάστατο για την παγκόσμια μεθυλίωση στον ιστό του νεφρού όγκου. στη μελέτη μας, τα υψηλότερα LINE-1% 5MeC συσχετίστηκε με αυξημένο κίνδυνο RCC. Υψηλότερες LINE-1% επίπεδα 5MeC φαινόταν να είναι ένα ισχυρότερο παράγοντα κινδύνου για την ανάπτυξη του RCC στην τρέχουσα καπνιστές σε σχέση με πρώην ή μη καπνιστές. Επιπλέον, τα αποτελέσματα της μελέτης μας υποδεικνύουν μια πιθανή αλληλεπίδραση μεταξύ LINE-1 μεθυλίωση και

MTHFR

c.1298A & gt? Υποψ

MTR c.2756A & gt?. G

με RCC

Η ένωση που παρατηρήσαμε έρχεται σε αντίθεση με ό, τι έχει παρατηρηθεί σε άλλες μελέτες του καρκίνου επιδημιολογικές. Παγκόσμια υπομεθυλίωση του DNA στον ιστό του όγκου καιρό έχει παρατηρηθεί, αλλά ποικίλλει ευρέως εντός και μεταξύ των ειδών καρκίνου [7], [22]. Παγκόσμια DNA υπομεθυλίωση των λευκοκυττάρων του DNA, που μετράται με% περιεκτικότητα 5MeC, έχει συσχετιστεί με αυξημένο κίνδυνο καρκίνου σε αρκετές πρόσφατες μελέτες ασθενών-μαρτύρων, μεταξύ των οποίων μια μεγάλη μελέτη ασθενών-μαρτύρων του καρκίνου της ουροδόχου κύστης [4], [6], [7]. Σε αρκετές μελέτες περιπτώσεων ελέγχου, χαμηλότερα επίπεδα LINE-1 έχει συσχετισθεί με αυξημένο κίνδυνο όγκων των όρχεων [14], και του γαστρικού [13], κεφαλής και λαιμού [16], και καρκίνου της ουροδόχου κύστης [15]. Ωστόσο, μια μικρή μελέτη του καρκίνου του μαστού δεν βρήκε καμία διαφορά στο% 5MeC επίπεδα LINE-1 μεταξύ των περιπτώσεων και των ελέγχων, αλλά σημαντικά χαμηλότερα επίπεδα% 5MeC μεταξύ υποθέσεις [5]. Η ίδια μελέτη διαπίστωσε επίσης ότι τα επίπεδα του% 5MeC και% 5MeC LINE-1 (και τα δύο μετρούνται σε λευκοκυττάρων DNA) δεν συσχετίζονται καλά [5].

είναι διαθέσιμες σχετικά με τον αντίκτυπο της παγκόσμιας επίπεδα μεθυλίωσης του DNA σε Περιορισμένα δεδομένα νεφρικών όγκων και είναι δύσκολο να συγκριθούν λόγω των διαφορετικών μεθόδων εκτίμησης της μεθυλίωσης. Για το καλύτερο της γνώσης μας, τα δεδομένα δεν είναι διαθέσιμα για τη συσχέτιση μεταξύ της παγκόσμιας κατάστασης μεθυλίωσης στον ορό και νεφρικό ιστό. Μεταξύ των μελετών μεθυλίωση προαγωγού, μια μελέτη ανέφερε ότι η κατάσταση μεθυλίωσης υποστηρικτής του

Wnt

γονίδια που μετράται στον ορό γενικά ίση με εκείνη των αντίστοιχων δειγμάτων νεφρικού όγκου [23], ενώ το ποσοστό των περιπτώσεων όπου μεθυλίωσης υποστηρικτής των ειδικών του καρκίνου που σχετίζονται με γονίδια ανιχνεύονται στον ορό συνδυάζεται με μεθυλίωση του ίδιου δείκτη σε όγκους κυμαίνεται από 0 έως 60% [24]. Λίγες μελέτες διαπιστώνονται αυξημένες παγκόσμιες μεθυλίωσης στο RCC ιστό. Arai et al. ανέφεραν ότι γονιδιώματος σε επίπεδο προφίλ μεθυλίωσης του DNA, συμπεριλαμβανομένων των παγκόσμιων υπερμεθυλίωση, προσδιορίζεται από γειτονικό φυσιολογικό νεφρικό ιστό ήταν ιδιαίτερα που σχετίζονται με την επιθετικότητα της αντίστοιχης RCC [25]. Μια μικρή μελέτη από Minardi et al. Σημειώνεται μια σημαντική αύξηση στην παγκόσμια μεθυλίωση σε ιστούς όγκων με την αύξηση του βαθμού RCC [26]. Δύο πειραματικές μελέτες έχουν περιγράψει

LINE

-1 κατάσταση μεθυλίωσης σε δείγματα ιστών RCC. Chalitchagorn et al. αποδειχθεί ότι η γραμμή-1 μεθυλίωση ποικίλλει σημαντικά μεταξύ των διαφόρων τύπων ιστών, αλλά παρατηρήθηκε καμία διαφορά στο

LINE

-1 επίπεδα υπομεθυλίωση μεταξύ του RCC και νεφρικούς ιστούς [9]. Μια άλλη μελέτη παρατηρήθηκε απουσία υπομεθυλίωσης του LINE-1 αλληλουχίες σε διαφορετικά στάδια και ποιότητες RCC, το οποίο ήταν σε αντίθεση με άλλες urothelial καρκινώματα [27]. Μαζί, αυτές οι μελέτες προτείνουν ότι η RCC μπορεί να στερούνται την τυπική σύνδεση με μεθυλίωση του DNA παρατηρείται σε άλλους καρκίνους? Ωστόσο, δεδομένων των μεθόδων ποικίλες αξιολόγησης που χρησιμοποιούνται, απαιτούνται περαιτέρω μελέτες.

Για το καλύτερο της γνώσης μας, αυτή είναι η πρώτη μελέτη για να βρει μια σύνδεση με υψηλότερα παρά χαμηλότερα επίπεδα μεθυλίωσης LINE-1 (μετρούμενη σε λευκοκυττάρων DNA) και τον κίνδυνο εμφάνισης καρκίνου. Phokaew et al. παρατηρούμενη σποραδικές περιπτώσεις υπερμεθυλίωση στο LINE-1 τόπους μεταξύ καρκινικές κυτταρικές σειρές [28]. Ειδικά υπερμεθυλίωση LINE-1 έχει επίσης αναφερθεί στην ανώμαλη υπερανάπτυξη και διαφοροποίηση του πλακούντα ιστών [29]. Αν και τα επίπεδα LINE-1 μεθυλίωση αναμένεται να προσφέρει μια γρήγορη και εύκολη εκτίμηση των παγκόσμιων μεθυλίωσης, μόνο το ένα τρίτο του γενωμικού μεθυλίωσης του DNA υπολογίζεται να συμβεί σε επαναλαμβανόμενα στοιχεία [11]. Είναι επίσης πιθανό ότι RCC έχει μια ασυνήθιστη σχέση με μεθυλίωση εντός επαναληπτικών στοιχείων σε σύγκριση με άλλους τύπους καρκίνου. Τέλος, μέχρι τα ευρήματά μας αναπαραχθούν εκεί παραμένει επίσης το ενδεχόμενο ότι η ένωση παρατηρήσαμε θα μπορούσε να οφείλεται στην τύχη. Η παρατηρούμενη συσχέτιση φαίνεται κάπως ισχυρή και συνεπής σε ολόκληρη αναλύσεις μας υποδηλώνει ότι τα ευρήματα αυτά δεν οφείλονταν στην τύχη? Ωστόσο, η διαπίστωση αυτή απαιτεί την αντιγραφή σε μια δεύτερη μελέτη πληθυσμού.

Στην αξιολόγησή μας της πρόβλεψης της LINE-1 επίπεδα μεθυλίωσης στο DNA των λευκοκυττάρων, το σεξ ήταν το μόνο χαρακτηριστικό που συνδέθηκε έντονα με την διακύμανση των επιπέδων. Τα αρσενικά είχαν σημαντικά υψηλότερα επίπεδα LINE-1 μεθυλίωση από τα θηλυκά, η οποία είναι σε συμφωνία με άλλες μελέτες [14], [15], [16], [30], [31], [32], [33]. Αυτο-αναφερόμενη υπέρταση επίσης σχετίζεται με υψηλότερα επίπεδα μεθυλίωσης LINE-1, αλλά δεν έχει προηγουμένως αξιολογηθεί σε δημοσιευμένες μελέτες. Ηλικία γενικά θεωρείται ότι σχετίζεται αντιστρόφως ανάλογα με την αύξηση του παγκόσμιου μεθυλίωση [34]? Ωστόσο, η ηλικία δεν συσχετίστηκε με τα επίπεδα LINE-1 μεθυλίωση στη μελέτη μας ή σε αρκετές προηγούμενες μελέτες [9], [16], [31], [32], [35], [36]. Το κάπνισμα έχει συσχετιστεί με τόσο υπερμεθυλίωση προαγωγού και της γονιδιωματικής υπομεθυλίωσης στο DNA του όγκου [16], [37]. Ωστόσο, δεν παρατηρήσαμε τη σύνδεση μεταξύ του καπνίσματος και τα επίπεδα μεθυλίωσης LINE-1 σε λευκοκυττάρων του DNA, το οποίο είναι σύμφωνο με τα αποτελέσματα από άλλες μελέτες [15], [16], [31], [32]. Η έλλειψη σύνδεσης μεταξύ LINE 1-επίπεδα μεθυλίωσης στο αίμα με διάφορα χαρακτηριστικά στη μελέτη μας ήταν γενικά παρόμοιο με αυτό που έχει παρατηρηθεί σε άλλες μελέτες? Ωστόσο, θα πρέπει να σημειωθεί ότι οι έλεγχοι μας δεν μπορεί να είναι αντιπροσωπευτικό, δεδομένου ότι ήταν μάρτυρες νοσοκομείο.

Το κάπνισμα έχει προηγουμένως συνδέονται με την παγκόσμια επίπεδα μεθυλίωσης στον ιστό του όγκου [16], [37]. Με βάση τα δεδομένα από τη μελέτη μας και άλλοι, όμως, δεν φαίνεται να είναι μια καλά καθορισμένη σχέση σε σχέση με γονιδιωματικό DNA που απομονώθηκε από το αίμα [15], [16], [31], [32]. Λόγω των αντικρουόμενων δεδομένων, για τη σύνδεση μεταξύ των επιπέδων του καπνίσματος και μεθυλίωση, είναι πιθανό ότι η επίδραση των καρκινογόνων καπνίσματος στην κατάσταση μεθυλίωσης μπορεί να είναι διαφορετική μεταξύ διαφορετικών τύπων ιστού. Στα δεδομένα μας, ο κίνδυνος που συνδέεται με υψηλότερα% 5MeC των LINE-1 φαίνεται να ενισχύεται σε νυν καπνιστές, γεγονός που υποδηλώνει μια αλληλεπίδραση μεταξύ του καπνίσματος και LINE-1 υπερμεθυλίωση. Θα πρέπει να σημειωθεί ότι οι προηγούμενες εκθέσεις από αυτόν τον πληθυσμό της μελέτης δεν τήρησε μια καπνίσματος κύριο αποτέλεσμα, προφανώς οφείλεται σε κάποια πηγή μεροληψίας επιλογής ελέγχου [38]. Ωστόσο, το κάναμε ειδοποίηση ότι μεταξύ των τριών υψηλότερα τεταρτημόρια του LINE-1, κάπνισμα σχετίστηκε με αύξηση του RCC κινδύνου σε σύγκριση με τους μη καπνιστές. Για την αντιμετώπιση της προκατάληψης, πραγματοποιήσαμε μια ανάλυση κατά περίπτωση μόνο για το οποίο ελαχιστοποιεί οποιαδήποτε πιθανή προκατάληψη επιλογής από τη χρήση των νοσοκομειακών βάση τους ελέγχους. Αυτά τα αποτελέσματα μεταξύ των περιπτώσεων ήταν παρόμοια και επιβεβαίωσε ότι οι τρέχουσες καπνιστές οι οποίοι σε μεγάλο βαθμό μεθυλιωμένο μέσα LINE-1 έχουν υψηλότερο κίνδυνο RCC παρά ποτέ καπνιστές που είναι σε μεγάλο βαθμό μεθυλιωμένα. Αρκετές πιθανούς μηχανισμούς για το πώς το κάπνισμα επηρεάζει την κατάσταση μεθυλίωσης του DNA υπάρχουν, όπως έμμεσα, μέσω αυξημένης συστηματικής φλεγμονής ή διπλή ζημιά σκέλος-διάλειμμα, ή απευθείας μέσω του αλλοιωμένη έκφραση της μεθυλοτρανσφεράσες DNA, αλλά ο ακριβής μηχανισμός δεν είναι καλά κατανοητός [39].

Όπως έχουν γονίδια που εμπλέκονται στο μεταβολισμό ενός άνθρακα έχουν συσχετιστεί με την παγκόσμια επίπεδα μεθυλίωσης και RCC, έχουμε προβεί σε διερευνητικές αναλύσεις χρησιμοποιώντας τα διαθέσιμα δεδομένα γονότυπου για να εκτιμήσει κατά πόσον πολυμορφισμοί τροποποίησε τη σχέση μεταξύ LINE-1 επίπεδα μεθυλίωσης και τον κίνδυνο RCC. Στην παρούσα μελέτη, τα αποτελέσματα από δύο γενετικές παραλλαγές

MTHFR

c.1298A & gt? Υποψ

MTR c.2756A & gt? G

ήταν ενδεικτικά. Άλλες μελέτες της παγκόσμιας μεθυλίωση και καρκίνος δεν έχουν παρατηρηθεί οποιεσδήποτε αξιοσημείωτες διαφορές του κινδύνου καρκίνου από αυτές τις παραλλαγές [4], [13], [15].

Για τις γνώσεις μας, αυτή είναι η πρώτη μελέτη για την αξιολόγηση LINE- 1 επίπεδα μεθυλίωσης στο DNA και λευκοκυττάρων κίνδυνο RCC. Παρά το γεγονός ότι επιλέχθηκε ένα υποσύνολο της μελέτης πλήρη έλεγχο περιπτώσεων, η μελέτη αυτή έχει επαρκή στατιστική ισχύ για την ανίχνευση ενώσεων και δεν ήταν διαφορετική από την ομάδα ως σύνολο. Ένας περιορισμός είναι ότι αυτή η μελέτη ασθενών-μαρτύρων που περιλαμβάνονται έλεγχοι και το DNA από τις περιπτώσεις συλλέχθηκαν πριν από τη θεραπεία ακόμα μετά τη διάγνωση νοσοκομείο. Εμείς δεν εντόπισε σημαντικές διαφορές στα επίπεδα μεθυλίωσης LINE-1 από τις ομάδες νόσου μεταξύ των ελέγχων, είτε από το στάδιο και το βαθμό των υποθέσεων. Αυτό υποδηλώνει ότι η εξέλιξη της νόσου είναι λιγότερο πιθανό να έχουν επηρεάσει τα αποτελέσματα μας. Η ανάλυση περίπτωση μόνο που διεξάγονται, εξαλείφεται η πιθανή προκατάληψη επιλογής που εμφανίζεται με τη χρήση των νοσοκομειακών βάση τους ελέγχους, και υποστήριξε την ένωση που παρατηρείται στην στρωματοποιημένη ανάλυση. Αν και τα επίπεδα LINE-1 μεθυλίωση θεωρείται ότι είναι ένα πληρεξούσιο για την παγκόσμια μεθυλίωσης του DNA συνολικά, τα δύο μέτρα δεν είναι απολύτως εναλλάξιμα και θα μπορούσε να μετρώντας διάφορες πτυχές της παγκόσμιας μεθυλίωσης. Ανεξάρτητα, πολλές μελέτες έχουν δείξει ότι η χρήση της γραμμής 1-επίπεδα μεθυλίωσης στο αίμα μπορεί να παρέχει ένα χρήσιμο δείκτη για τη νόσο και θα προσφέρει μια απλή, μη επεμβατική μέθοδος για τον εντοπισμό των ατόμων που διατρέχουν κίνδυνο για RCC.

Εν ολίγοις, τα ευρήματά μας δείχνουν ότι τα επίπεδα μεθυλίωσης LINE-1 σε λευκοκυττάρων DNA σχετίζεται θετικά με τον κίνδυνο της RCC και μπορεί να χρησιμεύσει ως βιοδείκτη για την ευαισθησία RCC. Έρευνες για να προσδιοριστεί κατά πόσον παγκόσμια μεθυλίωσης σε γονιδιωματικό DNA αντανακλά επιγενετικές μεταβολές στην νεφρικό ιστό είναι απαραίτητη για την πρόκληση περαιτέρω ο ρόλος των επιγενετική και RCC. Για την αντιμετώπιση αυτών των ζητημάτων, μελλοντικές μελέτες σε μελλοντικά συλλέγονται δείγματα DNA θα είναι απαραίτητο, καθώς και μελέτες που αποσκοπούν στην αντιμετώπιση της εμφανής αλληλεπίδραση μεταξύ της κατάστασης μεθυλίωσης και το κάπνισμα καπνού που σχετίζονται με RCC κίνδυνο.

Υλικά και Μέθοδοι

ηθική Δήλωση

το πρωτόκολλο της μελέτης εγκρίθηκε από αρμόδιες επιτροπές δεοντολογίας και θεσμική συμβούλια αναθεώρηση του όλα τα συμμετέχοντα κέντρα, το Διεθνές Κέντρο Έρευνας για τον Καρκίνο (IARC), και το Εθνικό Ινστιτούτο Καρκίνου των ΗΠΑ (NCI) κατά τη US National Institutes of Health. Όλα τα άτομα της μελέτης και οι γιατροί τους παρείχαν ενυπόγραφη ενημερωμένη συγκατάθεση.

Πληθυσμός μελέτης

Η Ευρωπαϊκή Κεντρική και Ανατολική Μελέτη των νεφρών Καρκίνος (CEERCC) είναι μια μελέτη ασθενών-μαρτύρων νοσοκομείο με βάση του καρκίνου του νεφρού (1.097 περιπτώσεις και 1.555 έλεγχοι) που διεξήχθη σε επτά κέντρα στην Ανατολική και Κεντρική Ευρώπη (Μόσχα, Ρωσία? Βουκουρέστι, Ρουμανία? Lodz, Πολωνία? και την Πράγα, Olomouc, Τσέσκε Μπουντεγιόβιτσε και Μπρνο, Τσεχική Δημοκρατία). Ο πληθυσμός της μελέτης έχει περιγραφεί προηγουμένως [40]. Εν συντομία, πρόσφατα διαγνωστεί και ιστολογικά επιβεβαιωμένα κρούσματα του καρκίνου του νεφρού, αλλά δεν νεφρικής πυέλου (ICD-0-2 κωδικό C64) μεταξύ των ηλικιών 20 και 79 χρόνων είχαν προσληφθεί από το 1999 έως το 2003. εκπαιδευμένο ιατρικό προσωπικό επανεξετάζονται ιατρικά αρχεία και εξάγονται πληροφορίες σχετικά με την ημερομηνία και η μέθοδος διάγνωσης, ιστολογική ταξινόμηση, το στάδιο του όγκου και της ποιότητας. Επιλέξιμοι έλεγχοι επιλέχθηκαν από ασθενείς που εισήχθησαν στο ίδιο νοσοκομείο και περιπτώσεις για τις συνθήκες που δεν σχετίζονται με το κάπνισμα ή ουροποιογεννητικού διαταραχές (εκτός από την καλοήθη υπερπλασία του προστάτη) και ήταν συχνότητα αντιστοίχιση σε περιπτώσεις σχετικά ηλικία, το φύλο, και το κέντρο της μελέτης. Καμία μεμονωμένη ασθένεια να καλύπτουν περισσότερο από το 20% της ομάδας ελέγχου. Όλα προσληφθεί περιπτώσεις και οι έλεγχοι ήταν Καυκάσιοι. Τα ποσοστά ανταπόκρισης σε κάθε κέντρο κυμάνθηκε 90,0 έως 98,6% για τις περιπτώσεις και 90,3 έως 96,1% για τους ελέγχους. Τυποποιημένα τον τρόπο ζωής και η συχνότητα των τροφίμων ερωτηματολόγια χορηγηθούν σε άτομο από εκπαιδευμένο προσωπικό [38], [41].

Τα δείγματα αίματος συλλέχθηκαν και αποθηκεύτηκαν στους -80 ° C και στη συνέχεια αποστέλλονται στο Εθνικό Ινστιτούτο Καρκίνου (NCI). Γενωμικό DNA εκχυλίστηκε από φλεγμονώδη πλακούντα με την πρότυπη μέθοδο φαινόλης χλωροφορμίου στο εργαστήριο NCI. Να αξιολογήσει τη συνολική μεθυλίωση, επιλέξαμε ένα υποσύνολο των περιπτώσεων RCC και ελέγχων με ένα μεγάλο ποσό των διαθέσιμων DNA (≥10 μg) και τα δεδομένα για

VHL

κατάσταση χρησιμοποιώντας τις ακόλουθες ταιριάζουν κριτήρια. Έλεγχοι επιλέχθηκαν τυχαία και η συχνότητα ταιριαστό (2:01) με την ηλικία (± 5 έτη), το φύλο και το κέντρο μελέτης (αν είναι δυνατόν) να αποκτήσουν αρκετή δύναμη (90% για την ανίχνευση ανήλικος 1,80). Όλα τα θέματα σε αυτή τη μελέτη κατόπιν γραπτής συγκατάθεσης κατόπιν ενημέρωσης. Η μελέτη αυτή εγκρίθηκε από τα θεσμικά συμβούλια επανεξέταση στο NCI, Διεθνής Οργανισμός Έρευνας για τον Καρκίνο (IARC), και κάθε συμμετέχον κέντρο.

Γονοτυπικές

δοκιμασίες Γονοτυπικές διεξήχθησαν στον πυρήνα Γονοτυπικές διευκόλυνσης του NCI . Οι ακόλουθες λειτουργικές πολυμορφισμών μοναδικού νουκλεοτιδίου (SNPs) εντός τριών γονιδίων εξετάστηκαν σε αυτή τη μελέτη λόγω του ρόλου τους στην παροχή προδρόμων ουσιών που απαιτούνται για τη σύνθεση του DNA και επισκευής, καθώς και μεθυλίωση του DNA: 5,10 μεθυλενετετραϋδροφυλλικού αναγωγάσης (

MTHFR

? c.1298A & gt? C,

c.677C & gt? T)

, 5-μεθυλοτετραϋδροφολικό-ομοκυστεΐνης μεθυλοτρανσφεράσης (

MTR? c.2756A & gt? G

), και θυμιδυλική συνθετάση (

Tyms ? EX8 + 157c & gt? T, EX8 + 227A & gt? G

). Η γλουταθειόνη mu S-τρανσφεράσης 1 (

GSTM1

) και της γλουταθειόνης S-τρανσφεράσης θήτα 1 (

GSTT1

) διαγραφές επιλέχθηκαν επίσης λόγω των προηγούμενων ενώσεων με τον κίνδυνο της RCC και ο ρόλος τους στο μεταβολισμό φάσης ΙΙ . Οι συγκεκριμένες πειραματικές μεθόδους που έχουν περιγραφεί προηγουμένως (https://snp500cancer.nci.nih.gov) [20], [42].

Ποσοτικοποίηση LINE-1 επίπεδα μεθυλίωσης

LINE-1 επίπεδα μεθυλίωσης ποσοτικοποιήθηκαν χρησιμοποιώντας δοκιμασία Pyrosequencing στο EpigenDx (Worcester, ΜΑ) [43], [44], [45]. δοκιμασία μας έχει σχεδιαστεί για να εξετάσει την κατάσταση μεθυλίωσης σε τέσσερις θέσεις CpG στον υποκινητή της περιοχής LINE-1 (GenBank #: M80343, -605, -593, -590 και -583 bp από ΑΤΟ του ORF 1) [16], [46]. Εν συντομία, 500 ng DNA λευκοκυττάρων ήταν διθειικό επεξεργασία και καθαρίστηκε χρησιμοποιώντας το Zymo μεθυλίωσης του DNA Kit (έρευνα Zymo, Orange, CA). Όξινου θειικού αντιμετωπίζονται DNA καθαρίστηκε και εκλούεται σε 20 μί ρυθμιστικό διάλυμα έκλουσης. Κάθε 50 μΐ PCR περιείχε 10Χ ρυθμιστικού διαλύματος PCR, 3.0 mM MgCl

2, 200 μΜ dNTPs, 0.2 μΜ εκκινητών, 1,25 U DNA πολυμεράση (HotStar, Qiagen Inc., Alameda, CA) 1,25 U, και ~ 10 ng του μετατραπέντος με όξινο θειώδες DNA . Η πολυμεράση ενεργοποιήθηκε με επώαση στους 95 ° C για 10 λεπτά που ακολουθείται από 34 κύκλους των 95 ° C για 15sec, 45 ° C για 30 δευτερόλεπτα και 72 ° C για 30 sec. Η αντίδραση στη συνέχεια αφέθηκε να παρατείνει για 5 λεπτά στους 72 ° C. Μια καθολική βιοτινυλιωμένο εκκινητής χρησιμοποιήθηκε στην αρχική αντίδραση PCR για να επιτρέψει για την απομόνωση του αμπλικονίου, που ακολουθείται από μετουσίωση και απελευθέρωση ενός μόνο προϊόντος κλώνο για Pyrosequencing [47]. Τα προϊόντα της PCR (10 μΙ) υποβλήθηκαν σε καθορισμό αλληλουχίας χρησιμοποιώντας το Σύστημα HS PSQ96 Pyrosequencing (Pyrosequencing Qiagen) ακολουθώντας τις οδηγίες του κατασκευαστή (Pyrosequencing Qiagen). κατάσταση μεθυλίωσης σε καθένα από 4 loci αναλύθηκε ξεχωριστά ως Τ /Ο SNP χρησιμοποιώντας λογισμικό QCpG (Pyrosequencing Qiagen). κατάσταση μεθυλίωσης σε όλες τις τέσσερις θέσεις είναι κατά μέσο όρο από κοινού για να δώσει μια συνολική τοις εκατό κατάσταση 5MeC. Ένα πυρόγραμμα δείγμα περιλαμβάνεται ως συμπληρωματικά στοιχεία (Εικόνα S1). Τοις εκατό μεθυλίωσης του DNA μέσα LINE-1 μετρήθηκε εις τριπλούν.

Στατιστικές Αναλύσεις

Τριπλά LINE-1 μετρήσεις 5MeC κατά μέσο όρο από κοινού. Ατομική τρέχει με & gt? 7,5% θειώδους αμετάτρεπτοι τιμές κυτοσίνη και τα δείγματα με συντελεστή μεταβλητότητας (CV) & gt? 10% αποκλείστηκαν από τις αναλύσεις μας (n = 19). Πραγματοποιήσαμε μια ανάλυση ευαισθησίας, με εξαίρεση τα άτομα με βιογραφικό & gt? 5%. Ο αποκλεισμός αυτός δεν είχε ως αποτέλεσμα μια σημαντική διαφορά στις εκτιμήσεις κινδύνου κατά τουλάχιστον 10% και ως εκ τούτου τα θέματα αυτά παρέμειναν στις αναλύσεις. Μετά από αυτές τις εξαιρέσεις, τα στοιχεία ήταν διαθέσιμα για 982 δείγματα (328 περιπτώσεις RCC και 654 έλεγχοι). Οι διαφορές μεταξύ των περιπτώσεων και οι έλεγχοι δοκιμάστηκαν για σημαντικότητα χρησιμοποιώντας Wilcoxon signed rank τεστ. Για τον εντοπισμό δυνητικών καθοριστικούς παράγοντες της LINE-1 επίπεδα μεθυλίωσης ή /και των παραγόντων που θα μπορούσαν να τροποποιήσουν τη σχέση μεταξύ LINE-1 επίπεδα μεθυλίωσης και τον κίνδυνο καρκίνου του νεφρού, γραμμικά μοντέλα παλινδρόμησης χρησιμοποιήθηκαν για την αξιολόγηση των διαφορών μεταξύ των ελέγχων σε σχέση με τα επιλεγμένα χαρακτηριστικά. Η κατανομή των LINE-1 μέση% 5MeC μεταξύ ελέγχων χρησιμοποιήθηκε για τον καθορισμό κομμένα σημεία για τεταρτημόρια. Για να εκτιμηθεί η σχέση μεταξύ LINE-1 επίπεδα μεθυλίωσης και RCC, μοντέλα λογιστικής παλινδρόμησης, αναπροσαρμοσμένες για τους παράγοντες που ταιριάζουν, την κατάσταση του καπνού, BMI, λαχανικών και αυτο-αναφερόμενη υπέρτασης, χρησιμοποιήθηκαν για την εκτίμηση αναλογίες πιθανοτήτων (OR) και 95% διαστήματα εμπιστοσύνης (95% CI). Δοκιμές για τάση υπολογίστηκαν με την μοντελοποίηση μιας μεταβλητής κωδικοποιημένο 0, 1, 2 και 3 για κάθε τεταρτημόριο. Μπορούμε επίσης πρότυπο LINE-1 ως συνεχής τιμή. Για την αξιολόγηση των δυνητικών τροποποίηση επίδραση της LINE-1 μεθυλίωση, στρωματοποιημένη αναλύσεις από το κάπνισμα, το φύλο, BMI, λαχανικών, αυτο-αναφερόμενη υπέρταση και επιλεγμένα SNPs διεξήχθησαν. Κοινές λειτουργικές παραλλαγές στο

MTHFR, MTR, Tyms, GSTM1,

και

GSTT1

αξιολογήθηκαν για σύνδεση με LINE-1 μεθυλίωσης. Η ομόζυγη μεγάλες αλληλόμορφο κωδικοποιήθηκε ως ομάδα αναφερόμενο, και τα ομόζυγα και ετερόζυγα ήσσονος σημασίας γονότυπους αλληλόμορφο ενώθηκαν μαζί, λόγω του μικρού αριθμού των ατόμων ομόζυγο για τις δευτερεύουσες αλληλόμορφα. Μια υπόθεση μόνο ανάλυση για την αξιολόγηση της αλληλεπίδρασης μεταξύ των επιπέδων μεθυλίωσης LINE-1 κάπνισμα και διεξήχθη επίσης να παρέχει μια εκτίμηση της τροποποίησης αποτελέσματος (αλληλεπίδραση Ή: IOR) που δεν θα επηρεάζεται από προκαταλήψεις επιλογή μεταξύ ελέγχους μας. Οι επέλθουν αντιπροσωπεύουν την αποχώρηση της από κοινού επίδραση του καπνίσματος και LINE-1 μεθυλίωση από ότι αναμενόταν κάτω από ένα πολλαπλασιαστικό μοντέλο στο RCC κίνδυνο. Όλες οι αναλύσεις πραγματοποιήθηκαν με τη χρήση SAS έκδοση 9.1. (SAS Institute, Cary, NC).

Υποστήριξη Πληροφορίες

Σχήμα S1.

πυρόγραμμα αποδεικνύοντας επίπεδα LINE-1 μεθυλίωση δείγματος.

doi: 10.1371 /journal.pone.0027361.s001

(DOC)

Πίνακα S1.

Στρωματοποιημένη Αναλύσεις από το κάπνισμα Κατάσταση και Ατομική θέση LINE-1. λόγοι πιθανοτήτων και 95% διαστήματα εμπιστοσύνης για τη συσχέτιση μεταξύ LINE-1 επίπεδα μεθυλίωσης και RCC, προσαρμοσμένο για το φύλο, την ηλικία, το κέντρο, ο ΔΜΣ, η υψηλή αρτηριακή πίεση και λαχανικών

doi:. 10.1371 /journal.pone.0027361.s002

(DOC)