Αφηρημένο

Περίπου το 30% του σταδίου Ι μη μικροκυτταρικό καρκίνο του πνεύμονα (NSCLC) ασθενείς που υποβάλλονται σε εκτομή θα επαναληφθεί. Οι Στιβαρή προγνωστικοί δείκτες που απαιτούνται για την καλύτερη διαχείριση επιλογές θεραπείας. Ο σκοπός αυτής της μελέτης είναι να αναπτύξει και να επικυρώσει μια νέα υπογραφή έκφρασης των γονιδίων που μπορεί να προβλέψει επανεμφάνιση του όγκου της φάσης Ι ασθενείς με ΜΜΚΠ. Αναλογικών κινδύνων κατά Cox ανάλυση παλινδρόμησης έγινε για τον εντοπισμό γονιδίων που σχετίζονται με υποτροπή και μερική μοντέλο παλινδρόμησης κατά Cox χρησιμοποιήθηκε για να δημιουργήσει ένα γονίδιο υπογραφή της υποτροπής στην κατάρτιση του συνόλου δεδομένων -142 στάδιο αδενοκαρκινώματα μπορώ πνεύμονα χωρίς συμπληρωματική θεραπεία από του διευθυντή Challenge Consortium. Τέσσερις ανεξάρτητες σύνολα δεδομένων επικύρωσης, συμπεριλαμβανομένων GSE5843, GSE8894, και δύο άλλα σύνολα δεδομένων που παρέχονται από την Κλινική Μάγιο και το Πανεπιστήμιο της Ουάσιγκτον, χρησιμοποιήθηκαν για να εκτιμηθεί η ακρίβεια πρόβλεψης από τον υπολογισμό της συσχέτισης μεταξύ του κινδύνου βαθμολογία υπολογίζεται από την έκφραση των γονιδίων και σε πραγματικό χρόνο επιβίωσης χωρίς υποτροπή και η AUC της εξαρτώμενη από το χρόνο ανάλυση ROC. αναλύσεις επιβίωσης βάσει διαδρομής διεξήχθησαν επίσης. 104 probesets συσχετίστηκε με υποτροπή στο σύνολο δεδομένων εκπαίδευσης. Είναι εμπλουτισμένα σε κυτταρική προσκόλληση, απόπτωση και ρύθμιση του κυτταρικού πολλαπλασιασμού. Μια υπογραφή έκφραση 51 γονιδίων ταυτοποιήθηκε να διακρίνει τους ασθενείς πιθανόν να αναπτύξουν επανεμφάνιση του όγκου (Dxy = -0.83, P & lt? 1ε-16) και η υπογραφή αυτή επικυρώθηκε σε τέσσερα ανεξάρτητα σύνολα δεδομένων με AUC & gt? 85%. Πολλαπλές οδούς, συμπεριλαμβανομένων των λευκοκυττάρων ενδοθηλίου μετανάστευση και την προσκόλληση των κυττάρων σχετίζεται σε μεγάλο βαθμό με την ελεύθερη υποτροπής επιβίωση. Το γονίδιο υπογραφή είναι άκρως προγνωστική της υποτροπής στο στάδιο Ι NSCLC ασθενείς, η οποία έχει σημαντικές προγνωστικές και θεραπευτικές συνέπειες για τη μελλοντική διαχείριση των ασθενών αυτών

Παράθεση:. Lu Υ, Wang Ε, Liu P, Yang P, Μπορείτε Μ (2012) Gene-Έκφραση Υπογραφή Προβλέπει μετεγχειρητική υποτροπή στο Στάδιο Ι μη-μικροκυτταρικό καρκίνο του πνεύμονα ασθενείς. PLoS ONE 7 (1): e30880. doi: 10.1371 /journal.pone.0030880

Συντάκτης: William C. S. Cho, Queen Elizabeth Hospital, το Χονγκ Κονγκ

Ελήφθη: 3η Δεκεμβρίου 2011? Αποδεκτές: 28 Δεκ 2011? Δημοσιεύθηκε: 23 Ιαν 2012

Copyright: © 2012 Lu et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Αυτό το έργο υποστηρίχθηκε από το Εθνικό Ινστιτούτο Υγείας χορηγούν 1R01CA129533-01A1 (MY), ταμείο από το Α υγιέστερη Wisconsin (YL) και ένα ταμείο από το Τμήμα Εργαστηριακής Ιατρικής και Παθολογίας, Mayo Clinic (LW). Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

ο καρκίνος του πνεύμονα εξακολουθεί να είναι η κύρια αιτία θανάτου από καρκίνο σχετίζονται τόσο για τους άνδρες και τις γυναίκες στις Ηνωμένες Πολιτείες, αν και θεραπευτικά αποτελέσματα έχουν βελτιωθεί σταδιακά. Το 2010, υπήρχαν κατ ‘εκτίμηση 222.520 νέες περιπτώσεις καρκίνου του πνεύμονα διαγιγνώσκονται και μόνο το 15% από αυτούς θα είναι ζωντανός μετά από 5 χρόνια [1]. Μη μικροκυτταρικός καρκίνος του πνεύμονα (NSCLC) αποτελεί περίπου το 85% όλων των καρκίνων του πνεύμονα, με μικροκυτταρικό καρκίνωμα που απαρτίζουν το υπόλοιπο 15%. Περίπου 25% έως 30% των ασθενών με NSCLC έχω στάδιο της νόσου και να λαμβάνουν χειρουργική επέμβαση και μόνο. Παρά υποβάλλονται σε θεραπευτική χειρουργική επέμβαση, περισσότερο από το 25% των ασθενών με NSCLC σταδίου Ι θα πεθάνουν από υποτροπή της νόσου εντός πέντε ετών [2], [3]. Επικουρική σισπλατίνη χημειοθεραπεία βασισμένη στη φάση Ι-ΙΙΙ NSCLC βελτιώνει την επιβίωση συγκρατημένα μετά από χειρουργική εκτομή [4], [5], [6]. Καρκίνο και λευχαιμία Ομάδα Β (CALGB) 9633, μια μελέτη φάσης ΙΙΙ, ότι σε σύγκριση επικουρική θεραπεία με καρβοπλατίνη /πακλιταξέλη έναντι χειρουργική επέμβαση και μόνο για εντελώς εκτομή σταδίου ΙΒ NSCLC, έδειξε ένα σημαντικά οφέλη επιβίωσης σε επικουρική θεραπεία μετά από 2,8 χρόνια από διάμεση παρακολούθηση [7 ], αλλά όχι μετά από 4,5 χρόνια παρακολούθησης [8]. Αξιόπιστες κλινικές ή μοριακών προγνωστικών παραγόντων, καθώς και κατευθυντήριες γραμμές για τη θεραπεία της υποτροπιάζουσας σταδίου Ι NSCLC δεν έχουν καλά διευκρινιστεί. Λόγω της ετερογένειας στα ποσοστά υποτροπής μεταξύ των ασθενών με καρκίνο με την ίδια φάση, είναι κρίσιμο να απομονωθεί ένας αξιόπιστος μοριακή υπογραφή σε όγκους που θα μπορούσαν να χρησιμοποιηθούν για τον εντοπισμό εκείνων που είναι πιθανό να αναπτύξουν υποτροπιάζουσας νόσου και ως εκ τούτου θα επωφεληθούν από επικουρική θεραπεία. Επιπλέον, η ταυτοποίηση των γονιδίων και των μοριακών οδών κρίσιμης σημασίας για την ανάπτυξη της μετάστασης θα μπορούσε να οδηγήσει σε εξελίξεις στη θεραπευτική.

Εξελίξεις στην ανθρώπινη γονιδιωματική και πρωτεομική έχουν δημιουργήσει λίστες των υποψηφίων βιοδεικτών με πιθανή κλινική τιμές. προφίλ έκφρασης γονιδίου έχει χρησιμοποιηθεί για το χαρακτηρισμό πρόγνωση στον καρκίνο του πνεύμονα, ως επί το πλείστον με τη χρήση συνολική επιβίωση (OS) και όχι επανεμφάνιση του όγκου ως τελικό σημείο [9], [10], [11], [12], [13], [14 ]. Ωστόσο, οι εντοπίστηκαν γονίδια επιβίωσης που σχετίζονται έλειπε η συνοχή μεταξύ των μελετών, πιθανόν λόγω των περιορισμένων δειγμάτων ασθενών, ετερογένεια της νόσου, ή /και τεχνικούς παράγοντες όπως οι διαφορές στις πλατφόρμες μικροσυστοιχιών και δείγμα επεξεργασίας. Ενσωμάτωση δεδομένων μικροσυστοιχιών από πολλαπλές μελέτες για την αύξηση μέγεθος του δείγματος υπόσχεται πολλά για την ανάπτυξη των πιο ισχυρή προγνωστική δοκιμές. έτσι πραγματοποιήσαμε μια μετα-ανάλυση επτά σύνολα δεδομένων για να ψάξετε διαφορικά εκφρασμένα γονίδια που σχετίζονται με το συνολικό χρόνο επιβίωσης [15] και προσδιόρισε μια υπογραφή έκφραση 64 γονιδίων που είναι ιδιαίτερα προγνωστική του OS της φάσης Ι ασθενείς με ΜΜΚΠ. Τα αποτελέσματά μας δείχνουν ότι οι υπογραφές της γονιδιακής έκφρασης είναι χρήσιμες για την πρόβλεψη της επιβίωσης του καρκίνου του πνεύμονα σταδίου Ι, και μετα-ανάλυση των συνόλων δεδομένων μικροσυστοιχιών αυξάνει την στατιστική ισχύ για την ανίχνευση επιβίωσης που σχετίζονται με διαφορικά εκφρασμένων γονιδίων.

Στις έρευνες για την αποτελεσματικότητα της ανοσοενισχυτικό θεραπείας, OS θεωρείται ως ο χρυσός κανόνας τελικό σημείο. Ωστόσο, το μειονέκτημα του OS είναι ότι απαιτεί μια εκτεταμένη παρακολούθηση. Πρόσφατα αρκετές μελέτες διερεύνησαν την ελεύθερη νόσου επιβίωση (DFS) ως πιθανή εναλλακτική τελικό σημείο του OS. Μερικές μαρτυρίες είχαν προσφερθεί για τη χρήση της DFS ως υποκατάστατο για το OS σε καρκίνο του παχέος εντέρου, του καρκίνου του μαστού και καρκίνου του στομάχου [16]. Σε αυτές τις μελέτες, η συσχέτιση του Pearson μεταξύ 5 ετών OS και 3-year DFS ήταν 0.97 και το βαθμό συσχέτισης Spearman ήταν 0,92? συσχέτισης του Pearson μεταξύ αναλογίες κινδύνου για το OS και DFS ήταν 0.85 και το βαθμό συσχέτισης Spearman ήταν 0,87.

Σε αυτή τη μελέτη, προχωρήσαμε σε μια μετα-ανάλυση των μικροσυστοιχιών σύνολα δεδομένων από διαφορετικά ιδρύματα να αναπτύξουν και να επικυρώσει ένα νέο γονίδιο-έκφρασης υπογραφή που μπορεί να προβλέψει με ακρίβεια την υποτροπή του όγκου της φάσης Ι ασθενείς με ΜΜΚΠ. Η εντοπίστηκαν υπογραφή έχει τη δυνατότητα να βελτιώσετε την κλινική πράξη σε ασθενείς διαχείρισης με εκτομή NSCLC.

Μέθοδοι

Συλλογή δεδομένων

Ο Διευθυντής του Challenge Κοινοπραξία για την Μοριακής Ταξινόμηση των πνευμόνων Adencarcinoma ( «διευθυντή Challenge Κοινοπραξία») που συλλέγονται πάνω από 300 δείγματα πνεύμονα adenocacinoma από τέσσερα ιδρύματα (HLM, ΜΙΧ, DFCI και MSKCC) μαζί με σχετική κλινικά δεδομένα [17]. Στη μελέτη μας χρησιμοποιήθηκαν συνολικά 142 δείγματα ασθενών με σταδίου Ι adencarcinoma των πνευμόνων, η οποία δεν δόθηκε συμπληρωματική χημειοθεραπεία ή ακτινοθεραπεία, ως δείγματα εκπαίδευσης να προσδιορίσει μια υπογραφή γονίδιο-έκφρασης για υποτροπής επιβίωση ελεύθερη. Τα δεδομένα είχαν κατεβάσει από https://array.nci.nih.gov/caarray/project/details.action?project.experiment.publicIdentifier=jacob-00182.

Other τέσσερα ανεξάρτητα σύνολα δεδομένων (σύνολα δεδομένων 2-5) χρησιμοποιήθηκαν ως δείγματα δοκιμών για την επικύρωση της υπογραφής εντοπιστεί. Σύνολο δεδομένων 2 περιλαμβάνονται 46 στάδιο αδενοκαρκινώματα εγώ πνεύμονα. Σύνολο δεδομένων 3 περιλαμβάνονται τόσο αδενοκαρκινώματα και πλακώδη καρκινώματα με το 64% των 138 δειγμάτων που όγκων εγώ στάδιο. Είναι σημαντικό να γνωρίζουμε εάν αναπτυχθεί υπογραφή μας είναι εφαρμόσιμη σε άλλες υπότυπο καρκίνου όπως ακανθοκυτταρικό καρκίνωμα ή όχι. Σύνολο δεδομένων 2 και 3 είχαν κατεβάσει από GEO βάση δεδομένων (GSE5843 και GSE8894). Σύνολο δεδομένων 4 δημιουργήθηκε από Mayo Clinic και περιελάμβανε 54 το στάδιο Ι NSCLC σε μη καπνιστές, και οι περισσότεροι από αυτούς ήταν αδενοκαρκινώματα. Σύνολο δεδομένων 5 δημιουργήθηκε από τη δική μας ομάδα στο Πανεπιστήμιο της Ουάσιγκτον το οποίο χρησιμοποιήθηκε για τον προσδιορισμό 64-γονίδιο υπογραφή μας για τη συνολική επιβίωση (τα δεδομένα κατατέθηκε στη βάση δεδομένων GEO ως GSE6253) [15]. Όλοι οι ασθενείς σε αυτές τις σειρές επικύρωση δεν δόθηκαν επικουρική χημειοθεραπεία ή ακτινοθεραπεία.

PRISMA 2009 διάγραμμα ροής για την επιλογή σύνολο δεδομένων έδειξε στο σχήμα S1. Οι λεπτομέρειες των κλινικών πληροφοριών για τα θέματα που σε κάθε σύνολο δεδομένων που περιγράφονται στον Πίνακα 1. Το τελικό σημείο ήταν ο χρόνος μέχρι την υποτροπή, που ορίζεται ως ο χρόνος από τη χειρουργική εκτομή με την πρώτη ένδειξη υποτροπής του όγκου (τοπικό, περιφερειακό ή μακρινό). Οι ασθενείς είχαν λογοκριθεί από την ανάλυση υποτροπής το νωρίτερο από τα ακόλουθα χρονικά σημεία: το θάνατο, την ανάπτυξη της δεύτερης πρωτοβάθμιας NSCLC, ή την τελευταία ιατρικά επαφή. Οι εμπλέκονται πλατφόρμες μικροσυστοιχιών περιλαμβάνονται Affymetrix Hu133A (σύνολο δεδομένων 1), Hu133plus2 (σύνολο δεδομένων 3), array HG_U95Av2 (σύνολο δεδομένων 5), 22 Κ Operon Ανθρώπινου Γονιδιώματος Ολίγο Σετ v2.1 (https://www.operon.com) (σύνολο δεδομένων 2) και δοκιμασία DASL Illumina (σύνολο δεδομένων 4).

η

Επεξεργασία δεδομένων

Ακόμη και αν το σύνολο δεδομένων εκπαίδευσης είναι από μία μελέτη, τα δείγματα συλλέχθηκαν και προφίλ σε τέσσερα διαφορετικά ιδρύματα. Συστηματικές διαφορές στην έκφραση των γονιδίων από τα όργανα αυτά μπορεί να είναι αξιόλογη, πράγμα που θα έθετε σε κίνδυνο την ακεραιότητα των δεδομένων από διαφορετικές εργαστήρια. Η μέθοδος απόσταση με στάθμιση των διακρίσεων (DWD) (https://genome.unc.edu/pubsup/dwd/index.html) χρησιμοποιήθηκε για τον εντοπισμό και την προσαρμογή συστηματικών τάσεων που ήταν παρόντες σε αυτό το μικροσυστοιχιών σύνολο δεδομένων. Η μέθοδος DWD διορθώνει συστηματικών τάσεων σε όλη παρτίδες μικροσυστοιχιών με την εύρεση ένα υπερεπίπεδο διαχωρισμού μεταξύ των δύο παρτίδων και την προσαρμογή των δεδομένων με την προβολή των διαφορετικών παρτίδων στο αεροπλάνο DWD, βρίσκοντας την παρτίδα σημαίνει, και στη συνέχεια, αφαιρώντας από το αεροπλάνο DWD πολλαπλασιάζεται με αυτό το μέσο [ ,,,0],18].

Η στατιστική ανάλυση

Αναγνώριση διαφορικά εκφραζόμενων γονιδίων που σχετίζονται με την υποτροπή.

Η πολυπαραγοντική αναλογικών κινδύνων κατά Cox αναλύσεις παλινδρόμησης (προσαρμοσμένο για την ηλικία, το φύλο, και το στάδιο του καρκίνου) με 10.000 bootstrap αναδειγματοληψία πραγματοποιήθηκαν για κάθε γονίδιο, χρησιμοποιώντας όλα τα 142 δείγματα στη δέσμη στοιχείων 1. Η αναλογικών κινδύνων παραδοχή για τις μεταβλητές αυτές διερευνήθηκε με εξέταση των κλιμακωθεί υπολοίπων Schoenfeld. Η σκηνή των δύο φύλων και του καρκίνου κατηγορικές μεταβλητές εμφανίζεται σημαντική απόκλιση από την υπόθεση των αναλογικών κινδύνων και, συνεπώς, ελήφθησαν ως στρώματα στα μοντέλα παλινδρόμησης. Τα γονίδια στη συνέχεια κατατάσσονται ανάλογα με τις συχνότητες εκκίνησης της P & lt? 0,01 για γονιδιακή έκφραση τους στα μοντέλα παλινδρόμησης. Στη συνέχεια πραγματοποιήθηκε ανάλυση όρος εμπλουτισμό GO σε αυτά τα διαφορικά εκφρασμένων γονιδίων χρησιμοποιώντας τη βάση δεδομένων για το σχολιασμό, την απεικόνιση και την Ολοκληρωμένη Discovery (David) πόρος βιοπληροφορική (https://david.abcc.ncifcrf.gov/home.jsp). Παρόμοια στατιστικές αναλύσεις λεπτομερώς σε προηγούμενη μελέτη [15].

Ορίστε μια υπογραφή γονίδιο-έκφρασης για υποτροπή.

Το παρακάτω επιβίωση αναλύσεις, επίσης, με βάση το σύνολο των 142 δειγμάτων στο σύνολο δεδομένων 1 . Μερική μέθοδο παλινδρόμησης Cox εκτελέστηκε για να κατασκευάσει την έξυπνη συστατικά [19]. Τα συστατικά αυτά στη συνέχεια χρησιμοποιούνται στο μοντέλο Cox για την κατασκευή μοντέλα πρόβλεψης για επιβίωση χωρίς υποτροπή των ασθενών με καρκίνο. Τα κύρια συστατικά επιλέχθηκαν στο μοντέλο για τη μεγιστοποίηση της Somers «Dxy βαθμό συσχέτισης. Οι βαθμολογίες κίνδυνος υπολογίστηκαν, όπου αντιπροσωπεύει τον αριθμό των γονιδίων? αντιπροσωπεύει την εκτιμώμενη συντελεστή ου γονιδίου? αντιπροσωπεύουν τα επίπεδα γονιδιακής έκφρασης του γονιδίου ου σε όλα τα δείγματα, όπου είναι το μέγεθος του δείγματος και είναι το επίπεδο γονιδιακής έκφρασης του γονιδίου από το δείγμα. Όλα τα δείγματα ταξινομήθηκαν σε ομάδες υψηλού και χαμηλού κινδύνου σύμφωνα με τις βαθμολογίες του κινδύνου. Οι ασθενείς με σκορ κινδύνου μικρότερη του μηδενός έχουν δυνητικά μακροπρόθεσμα χωρίς υποτροπή επιβιώσεις και εκείνων μεγαλύτερο από το μηδέν έχουν βραχυπρόθεσμη επιβίωση χωρίς υποτροπή μετά από χειρουργική εκτομή. Για να επιλέξετε ένα κατάλληλο υποσύνολο των γονιδίων για υπογραφή, θα πραγματοποιηθεί μια προς τα εμπρός διαδικασία επιλογής για τη βελτιστοποίηση μια υπογραφή έκφρασης των γονιδίων: 1) την αύξηση ενός γονιδίου κάθε φορά με βάση την κατάταξη των γονιδίων που εντοπίστηκαν στην παραπάνω εκκίνησης αναλύσεις? 2) να διενεργήσει την ανάλυση μερική Cox παλινδρόμησης και να αποκτήσουν την ακρίβεια πρόβλεψης χρησιμοποιώντας το επιλεγμένο υποσύνολο των γονιδίων? και 3) επαναλάβετε τα βήματα 1 και 2 έως ότου μεγιστοποιηθεί η ακρίβεια πρόβλεψης. Η ακρίβεια πρόβλεψης (ικανότητα διάκρισης) εκτιμήθηκε με Somers «Dxy βαθμό συσχέτισης υπολογίζεται βαθμολογίας κινδύνου και σε πραγματικό χρόνο επιβίωσης. Somers «Dxy σχετίζεται με την C-δείκτη με Dxy = 2 (C-0,5). C είναι η αντίστοιχη χαρακτηριστικό λειτουργίας λήπτη (ROC) καμπύλη περιοχή, η οποία είναι μια γραφική αναπαράσταση των ζευγών ψευδώς θετικά αποτελέσματα σε δοκιμασία (ειδικότητα) και τα αποτελέσματα true-θετική δοκιμασία (ευαισθησία) για ρευστοποίηση της ποσοτικής δοκιμής.

για τον εντοπισμό ενός γονιδίου υπογραφή σθεναρά την πρόβλεψη του χρόνου μέχρι την υποτροπή, αφήστε-one-out cross-επικύρωσης (LOOCV) χρησιμοποιήθηκε. Εν συντομία, 142 επαναλήψεις της παραπάνω εμπρός διαδικασία επιλογής διεξήχθησαν έτσι ώστε κάθε δείγμα αφέθηκε έξω μια φορά με ένα σύνολο γονιδίων σε σχέση με το χρόνο μέχρι την υποτροπή υπολογίζεται σε κάθε επανάληψη. Η συχνότητα των γονιδίων που εμφανίζονται στις υπογραφές κατατάχθηκαν για την ταυτοποίηση γονιδίων που με συνέπεια και δυναμικά, συσχετίζονται με το αποτέλεσμα. Τα γονίδια που πέρασαν το σύνολο κριτήριο (συχνότητα & gt? 50%). Επιλέχθηκαν να συνθέτουν την τελική υπογραφή

Για την αξιολόγηση της πρόβλεψης απόδοση του προτεινόμενου γονιδίου υπογραφή, χρησιμοποιήσαμε το χρόνο που εξαρτάται από την ανάλυση ROC για λογοκρίνονται δεδομένων και περιοχή κάτω από την καμπύλη (AUC) ως κριτήρια μας για την αξιολόγηση προβλέψεις επανάληψη. Οι λειτουργίες ευαισθησία και ειδικότητα χρονο-εξαρτώμενη ορίζεται ως: και. Το αντίστοιχο ROC (t) καμπύλη για κάθε χρόνο t ορίζεται ως η πλοκή του {ευαισθησίας (c, t)} συναρτήσει {1 – ειδικότητα (c, t)}, με αποκοπή με μεταβολή σημείο γ. Χ είναι η συμμεταβλητή και D (t) είναι ο δείκτης συμβάν (εδώ, υποτροπή) στο χρόνο t. Η περιοχή κάτω από την καμπύλη, AUC (t), ορίζεται ως η περιοχή κάτω από την (t) καμπύλη ROC. Μια πλησιέστερο γείτονα εκτιμητή για τη λειτουργία διμεταβλητή κατανομή χρησιμοποιείται για την εκτίμηση αυτών των υπό όρους πιθανοτήτων αντιπροσωπεύοντας το δυνατόν λογοκρισία [20]. AUC μπορεί να χρησιμοποιηθεί ως μέτρο ακρίβεια του διαγνωστικού δείκτη? όσο μεγαλύτερη είναι η AUC, τόσο καλύτερη είναι η μοντέλο πρόβλεψης. AUC = 0.5 δείχνει καμία προβλεπτική ισχύ, ενώ η AUC = 1 αντιπροσωπεύει τέλεια πρόβλεψης απόδοσης. αναλύσεις επιβίωσης Kaplan-Meier τέθηκαν σε εφαρμογή μετά από τα δείγματα ταξινομήθηκαν σε δύο ομάδες κινδύνου. Οι διαφορές της περιοδικής κινδύνου μεταξύ των δύο ομάδων κινδύνου αξιολογήθηκαν με τη χρήση του τεστ log rank Mantel-Haenszel. Η ευρύτερη περιοχή μεταξύ των δύο ομάδων κινδύνου και συνδέονται μικρότερες σ αξία του από το τεστ log rank Mantel-Haenszel εμπλέκουν ένα καλύτερο μοντέλο ταξινόμησης. Somers «Dxy βαθμό συσχέτισης υπολογίζεται βαθμολογίας κινδύνου και του χρόνου πραγματικής επιβίωσης ήταν υπολογίζονται επίσης.

Επικύρωση της υπογραφής σε τέσσερα ανεξάρτητα σύνολα δεδομένων μικροσυστοιχιών.

Μετά την υπογραφή ορίστηκε, εμείς θα αξιολογηθεί σε τέσσερις ανεξάρτητες σύνολα δεδομένων (δηλαδή, Σύνολα 2-5). Τα δεδομένα έκφρασης γονιδίων στην υπογραφή χρησιμοποιήθηκαν για να εκτιμηθεί σκορ κινδύνου για κάθε δείγματα στις ανεξάρτητες σύνολα δεδομένων. Παρακαλώ σημειώστε ότι οι αριθμοί γονίδιο που χρησιμοποιούνται για την εκτίμηση βαθμολογίας κινδύνου ήταν διαφορετική λόγω των διαφορετικών πλατφορμών μικροσυστοιχίες μπορούν να χρησιμοποιηθούν στην εκπαίδευση του συνόλου δεδομένων και δοκιμών σύνολα δεδομένων. Η μερική παλινδρόμησης Cox είχαν επαναληφθεί για κάθε σύνολο δεδομένων για να πάρει το εκτιμώμενο συντελεστή του κάθε γονιδίου, προκειμένου να υπολογιστεί βαθμολογία κινδύνου για κάθε δείγμα. Somers «Dxy βαθμό συσχέτισης υπολογίζεται βαθμολογίας κινδύνου και σε πραγματικό χρόνο επιβίωσης υπολογίστηκαν και το χρόνο που εξαρτάται από την ανάλυση ROC διεξήχθησαν για κάθε σύνολο δεδομένων δοκιμής.

Εντοπισμός σημαντικών οδών που σχετίζονται με την υποτροπή.

Μερική Cox παλινδρόμησης μέθοδος πραγματοποιήθηκε επίσης για κάθε οδό KEGG. Οι βαθμολογίες των κινδύνων υπολογίστηκαν με τη χρήση των συνόλων γονιδίων σε κάθε μονοπάτι. Όλα τα δείγματα ταξινομήθηκαν σε ομάδες υψηλού και χαμηλού κινδύνου σύμφωνα με τις βαθμολογίες του κινδύνου. Οι διαφορές στην υποτροπιάζουσα κινδύνου μεταξύ των δύο ομάδων κινδύνου αξιολογήθηκαν με τη χρήση του τεστ log rank Mantel-Haenszel. τιμές P λιγότερο από 10

-4 ήταν η χρήση να καθορίσει σημαντικά μονοπάτια.

Όλες οι αναλύσεις δεδομένων εφαρμόστηκαν χρησιμοποιώντας το στατιστικό πακέτο R (www.r-project.org).

Αποτελέσματα

διαφορικά εκφρασμένων γονιδίων που σχετίζονται με υποτροπή

Για να προσδιορίσετε μια υπογραφή γονιδιακής έκφρασης της επανεμφάνισης όγκων, αναλύσαμε ένα σύνολο εκπαίδευσης του 142 σταδίου adencarcinomas εγώ πνεύμονα από το διευθυντή Challenge Consortium, συμπεριλαμβανομένων 70 με σταδίου ΙΑ (T1N0M0) ασθένεια και 72 με το στάδιο IB (T2N0M0). Κανένας από τους ασθενείς the142 στην ανάλυση δόθηκαν επικουρική χημειοθεραπεία ή ακτινοθεραπεία. Πολυμεταβλητή αναλογικών κινδύνων κατά Cox παλινδρόμησης αναλύει με εκκίνησης προσεγγίσεις αναδειγματοληψία πραγματοποιήθηκαν για κάθε γονίδιο να διαπιστωθεί εάν ήταν σημαντικά σχετίζεται με υποτροπή του καρκίνου. Ταυτοποιήσαμε 104 probesets από 98 γνωστά γονίδια σε συχνότητες εκκίνησης μεγαλύτερη από 80% για έκφραση γονιδίου τους σε μοντέλα παλινδρόμησης (Πίνακας S1). Δεκαοκτώ probesets συνδέθηκαν με την καλή έκβαση (αναλογία κινδύνου & lt? 1,0), δηλαδή, οι ασθενείς με υψηλότερα εκφράσεις των γονιδίων αυτών τείνουν να έχουν πλέον υποτροπής επιβίωση χωρίς. Σε αντίθεση, οι άλλες 86 probesets σχετίστηκαν με την κακή έκβαση (αναλογία κινδύνου & gt? 1,0), δηλαδή, η αυξημένη έκφραση αυτών των γονιδίων έχει ως αποτέλεσμα μικρότερη επανάληψη ελεύθερη επιβίωση των ασθενών I σταδίου. GO ανάλυση όρος εμπλουτισμός σε αυτά τα διαφορικά εκφραζόμενων γονιδίων έδειξε ένα τρίτο των γονιδίων εντοπίσαμε δυνητικά εμπλέκονται σε γνωστές οδούς σχετίζονται με τον καρκίνο. Μεταξύ αυτών,

B4GALT1, CELSR1, CLDN4, CLDN9, COL2A1, ALCAM, ICAM4, MUC5AC και THBS1

σχετίζονται με την κυτταρική προσκόλληση?

NLRP2

,

CGB, LUC7L3, ELMO2, EIF2AK2, IFI6, MUC5AC, NFKBIL1, ppt1, PACS2, RHOT1, THBS1

σχετίζονται με την απόπτωση? και

CLEC11A, B4GALT1, ΒΜΡ2, EIF2AK2, FABP3, FGFR2, ING1, φαγούρα, MUC5AC, NFKBIL1, THBS1, TCF3

σχετίζονται με τη ρύθμιση του κυτταρικού πολλαπλασιασμού.

Αναγνώριση ενός γονιδίου υπογραφής για υποτροπή στο σύνολο εκπαίδευσης

στη συνέχεια, προσπάθησε να εντοπίσει ένα διαχειρίσιμο, ισχυρό σύνολο των γονιδίων των οποίων η έκφραση θα μπορούσε να χρησιμοποιηθεί για να προβλέψει πρωτογενείς όγκους πιθανόν να επαναληφθεί. Εμείς που απασχολούνται σε μερική ανάλυση παλινδρόμησης Cox με την άδεια-one-out cross-επικύρωση στο σύνολο δεδομένων εκπαίδευσης του 142 σταδίου ασθενείς μου. Σε κάθε διασταυρωμένης επικύρωσης, εντοπίσαμε μια υπογραφή γονίδιο που δίνει την υψηλότερη ακρίβεια πρόβλεψης και καταγράφονται τα γονίδια που εγγράφονται στον προσδιορίζονται υπογραφή. Στη συνέχεια υπολογίζονται η συχνότητα των γονιδίων που υπάρχουν σε όλα τα σύνολα διασταυρούμενης επικύρωσης. Γονίδια με συχνότητα & gt? Επελέγησαν 50% να περιλαμβάνει το τελικό υπογραφή (Πίνακας 2). Τέλος, βαθμολογίες κίνδυνο υπολογίστηκαν για κάθε ένα από 142 δείγματα στο σύνολο δεδομένων εκπαίδευσης χρησιμοποιώντας τα δεδομένα έκφραση αυτών των 51 γονιδίων. Με βάση τα αποτελέσματα των κινδύνων, που ταξινομούνται αυτούς τους ασθενείς σε ομάδες υψηλού και χαμηλού κινδύνου και πραγματοποιείται Kaplan-Meier επιβίωσης αναλύσεις σε αυτές τις στρωματοποιημένη δείγματα. Όπως φαίνεται στο Σχ. 1, επιβίωση χωρίς υποτροπή ήταν σημαντικά διαφορετική μεταξύ των υψηλών και χαμηλών ομάδες κινδύνου, όπως ορίζεται από τα αποτελέσματα του κινδύνου χρησιμοποιώντας τα δεδομένα έκφρασης (Ρ & lt? 1ε-16). Οι καμπύλες επιβίωσης Kaplan-Meier δεν μπορούσαν να διακρίνουν φτωχότερη επιβίωση μεταξύ σταδίου ΙΒ από το στάδιο ΙΑ NSCLC (P = 0,38). Για την αξιολόγηση των επιδόσεων προγνωστική τους, υπολογίσαμε περαιτέρω την εξαρτώμενη από το χρόνο περιοχή κάτω από τις καμπύλες ROC με βάση είτε πληροφορίες σκηνή ή τις εκτιμώμενες βαθμολογίες κίνδυνος των ασθενών (Εικ. 1 C). Η έκφραση που βασίζεται στρωματοποιημένη προσέγγιση αποδίδει πολύ καλύτερα από ό, τι με τη μέθοδο παθολογική στάσης. Η προσέγγισή μας επιτυγχάνει AUCs κοντά στο 90%, ενώ το μοντέλο Cox με τα αποτελέσματα των πληροφοριών στάδιο σε πολύ χαμηλές τιμές AUC & lt?. 60%

(Α) καμπύλες επιβίωσης Kaplan-Meier για δύο ομάδες ασθενών με σταδίου IA ή IB. Καμπύλες επιβίωσης (Β) κατά Kaplan-Meier για τις δύο ομάδες ασθενών όπως ορίζονται από την κατοχή θετική (υψηλού κινδύνου) ή αρνητικές βαθμολογίες (χαμηλού κινδύνου) κίνδυνο υποτροπής επιβίωση χωρίς. Οι βαθμολογίες του κινδύνου υπολογίστηκε με 15 κύριες συνιστώσες με βάση το μοντέλο που χρησιμοποιεί 51 γονίδια επιβίωσης που σχετίζονται με ελεύθερη υποτροπής. (Γ) Η περιοχή κάτω από την καμπύλη (AUC) χρόνου που εξαρτώνται από την ανάλυση ROC για τα μοντέλα επιβίωσης με βάση τις πληροφορίες σκηνή ή δεδομένα έκφρασης 51 γονιδίων, αντίστοιχα. Ο χρόνος υποδεικνύεται στο μήνα στον χ-άξονα, αθροιστική επιβίωση υποδεικνύεται στον άξονα γ. Σημειώστε τα σήματα, οι ασθενείς των οποίων τα δεδομένα περικόπηκαν τελευταία παρακολούθηση.

Η

Η επικύρωση της υπογραφής υποτροπής σε ανεξάρτητα σύνολα δοκιμών

Για να προσδιορίσετε αν το 51-γονίδιο υπογραφή θα μπορούσε προβλέψει ασθενείς πιθανόν να αναπτύξουν επανεμφάνισης όγκου σε ανεξάρτητα δείγματα, μπορούμε να εφαρμόζεται σε τέσσερις ανεξάρτητες σύνολα δεδομένων (Πίνακας 1). Ειδικότερα, ένα σκορ κίνδυνος για κάθε ασθενή υπολογίσθηκε με βάση τα επίπεδα έκφρασης του γονιδίου 51-υπογραφής? κακή έκβαση ορίστηκε ως βαθμολόγηση κινδύνου & gt? 0 και καλή έκβαση ορίστηκε ως βαθμολόγηση κινδύνου & lt? 0. Αναλογικών κινδύνων κατά Cox μοντελοποίηση χρησιμοποιήθηκε για την ταξινόμηση των ασθενών σε κάθε ένα από τα σύνολα δεδομένων δοκιμής. Η προγνωστική ακρίβεια της υπογραφής υποτροπή καθορίστηκε από την AUC του χρόνου που εξαρτώνται από την ανάλυση ROC και Somers «Dxy βαθμό συσχέτισης μεταξύ της εκτιμώμενης βαθμολόγηση κινδύνου και σε πραγματικό χρόνο επιβίωσης.

Mayo Clinic σύνολο δεδομένων περιλαμβάνονται 54 μη καπνιστές με σταδίου Ι NSCLC, και τα περισσότερα από τα οποία ήταν αδενοκαρκινώματα. Οι βαθμολογίες του κινδύνου υπολογίζεται από την έκφραση 46 γονιδίων που παρουσιάζονται σε δοκιμασία DASL Illumina έχουν υψηλή συσχέτιση με το χρόνο πραγματικής επιβίωσης (Dxy = -0.853). AUC από το χρόνο που εξαρτάται από την ανάλυση ROC είναι περίπου 88%, χρησιμοποιώντας τις βαθμολογίες των κινδύνων και 57% χρησιμοποιώντας τις πληροφορίες σκηνή. Προβλεπόμενη ασθενείς κακή έκβαση είχαν σημαντικά χειρότερη επιβίωση χωρίς υποτροπή (log-rank

P

= 4.37e-6) (Εικ. 2Α). Στο GSE5843 δοκιμών σύνολο δεδομένων με το I αδενοκαρκίνωμα 46 στάδιο, το γονίδιο υπογραφή έχει μια συνολική ακρίβεια 86% και οι προβλεπόμενες βαθμολογίες υψηλού κινδύνου είναι σημαντικά συνδέονται με μικρότερη παρατηρούμενο χρόνο έως την υποτροπή (log-rank p = 7ε-9? Εικ. 2Β) . Σε αντίθεση, η ακρίβεια της πρόβλεψης υποτροπής με τη χρήση πληροφοριών στάδιο και μόνο είναι 66%.

ανάλυση επιβίωσης Kaplan-Meier διεξήχθη σε χαμηλή (

πλήρους κόκκινη γραμμή

) και υψηλή (

διακεκομμένη μπλε γραμμή

) Κίνδυνος ομάδες ασθενών ορίζεται από την 51-γονιδίου ταξινομητή. AUC για τα μοντέλα επιβίωσης με βάση το στάδιο (

διακεκομμένη κόκκινη γραμμή

) ή 51-γονιδίου ταξινομητή (

πλήρους μαύρη γραμμή

) συγκρίθηκε επίσης. Η GSE8894 δοκιμή του συνόλου δεδομένων δεν έχουν διαθέσιμες πληροφορίες σκηνή και όλους τους ασθενείς στο σύνολο δεδομένων WUSTL είναι το στάδιο ΙΒ. δεν μπορούσε να υπολογιστεί έτσι ο χρόνος που εξαρτώνται ROC χρησιμοποιώντας πληροφορίες στάδιο σε αυτά τα δύο σύνολα δεδομένων? όλα ορίζεται σε 0,5 αντ ‘αυτού. Σημειώστε τα σήματα, οι ασθενείς των οποίων τα δεδομένα περικόπηκαν τελευταία παρακολούθηση.

Η

Μόνο 32 από 51 γονίδια στην υπογραφή υποτροπής είναι διαθέσιμη στις αρχές της δεκαετίας γενιάς Affymetrix U95A μικροσυστοιχίες χρησιμοποιούνται στη δέσμη στοιχείων δοκιμών WUSTL. Παρά την ελλιπή εκπροσώπηση, η υπογραφή εντοπίσαμε εξακολουθεί να έχει καλές επιδόσεις με τα AUC περίπου 85% στην πρόβλεψη υποτροπής. Η ανάλυση Kaplan-Meier επιβεβαίωσε ότι η προβλεπόμενη ομάδα υψηλού κινδύνου έχουν σημαντικά μικρότερο χρόνο μέχρι την υποτροπή από την ομάδα χαμηλού κινδύνου (P = 7.36e-5) (Σχ. 2C).

GSE8894 είναι η μεγαλύτερη δοκιμή σύνολο δεδομένων, συμπεριλαμβανομένων 62 αδενοκαρκινώματα και 76 ακανθοκυτταρικό καρκίνωμα. Αξιολογήσαμε την απόδοση των υπογραφών μας στην πρόβλεψη επιβίωσης χωρίς υποτροπή σε αδενοκαρκινώματα και πλακώδη καρκινώματα ξεχωριστά. Cox μοντέλο με σκορ κίνδυνος εκτιμάται από τα δεδομένα έκφρασης δίνουν καλή προγνωστική απόδοσης (Dxy = -0.706) με τα AUC άνω του 85% για το αδενοκαρκίνωμα (Σχ. 2D). Σε ακανθοκυτταρικό καρκίνωμα, πήραμε λίγο λιγότερο έξυπνη AUCs, αλλά η προβλεπόμενη ομάδα υψηλού κινδύνου είχε ακόμα ένα σημαντικά μικρότερο χρόνο μέχρι την υποτροπή (Dxy = -0,678 και P = 3.48e-7, Εικ. S2).

σημαντικές οδοί που σχετίζονται με υποτροπή

Pathway με βάση την επιβίωση αναλύσεις εντοπίστηκαν 97 σημαντικές προγνωστικές οδών KEGG που σχετίζονται με υποτροπή (p & lt? 10

-5, Πίνακας S2). Πίνακας 3 παρατίθενται τα κορυφαία 30 σημαντικότερα μονοπάτια, συμπεριλαμβανομένων των πολλαπλών σημαντικό καρκίνου που σχετίζονται με οδούς, όπως τα μόρια κυτταρικής προσκόλλησης, της οδού σηματοδότησης JAK-STAT, p53 σηματοδοτικό μονοπάτι, ΜΑΡΚ μονοπατιού σηματοδότησης, σηματοδοτικό μονοπάτι Wnt, mTOR μονοπάτι σηματοδότησης και ErbB μονοπατιού σηματοδότησης. Τα διαφορικά εκφρασμένα γονίδια που συνδέονται με την υποτροπή που προσδιορίζονται από την ανάλυση επιβίωσή μας ήταν επίσης εμπλουτισμένη με βιολογική διαδικασία της κυτταρικής προσκόλλησης.

Η

Συζήτηση

Ένας σημαντικός περιορισμός των τρεχουσών κλινικών προγνωστικών δεικτών είναι η ανικανότητά τους να προβλέψουν ποιοι ασθενείς με πρώιμο στάδιο της νόσου θα αναπτύξει υποτροπή της νόσου. Περιγράψαμε προηγουμένως 64-γονίδιο υπογραφή της συνολικής επιβίωσης στο στάδιο Ι NSCLC ικανά να προβλέψουν το αποτέλεσμα σε ανεξάρτητα δείγματα [15]. Σε αυτή τη μελέτη, επιδιώξαμε να καθορίσει αν υπήρχε ένα συγκρίσιμο υπογραφή στο στάδιο Ι αδενοκαρκινώματα να προβλέψουμε επιβίωσης χωρίς υποτροπή στον καρκίνο του πνεύμονα. Χρησιμοποιώντας σύνολα δεδομένων μικροσυστοιχιών του σταδίου Ι καρκίνο του πνεύμονα από το διευθυντή Challenge Consortium, έχουμε αναπτύξει περαιτέρω μια νέα γονιδιακή έκφραση υπογραφή πρόβλεψης της επανεμφάνισης του σταδίου Ι NSCLC ασθενείς. Χρησιμοποιήσαμε δείγματα από τέσσερα ιδρύματα του διευθυντή Challenge κοινοπραξία ως σύνολο δεδομένων εκπαίδευσης για να προσδιορίσει μια υπογραφή γονίδιο-έκφρασης για υποτροπή του καρκίνου του πνεύμονα. Για να μειωθεί η ετερογένεια της νόσου και σύγχυσης επιδράσεις από τις θεραπείες, χρησιμοποιήσαμε ένα σύνολο 142 στάδιο adencarcinomas Ι πνεύμονα ασθενών χωρίς συμπληρωματική χημειοθεραπεία ή ακτινοβολία-θεραπεία με τα δείγματα εκπαίδευσης (Πίνακας 1). Για την ενσωμάτωση των δεδομένων γονιδιακής έκφρασης από τα τέσσερα όργανα, θα εφαρμόζεται η μέθοδος DWD να αφαιρέσετε συστηματικές διαφορές που ήταν παρόντες σε αυτό το σύνολο δεδομένων. Στη συνέχεια, εντοπίσαμε 104 γονίδια των οποίων η έκφραση συσχετίστηκε με την επιβίωση χωρίς υποτροπή. Όπως ήταν αναμενόμενο, η σύνθεση γονίδιο οντολογία αυτών των γονιδίων έχει βιολογική σημασία για υποτροπή της νόσου, όπως προσκόλληση κυττάρου, απόπτωση και τον πολλαπλασιασμό των κυττάρων.

Χρησιμοποιώντας μια παλινδρόμησης Cox μερικό μοντέλο που βασίζεται σε διαδικασία προς τα εμπρός επιλογής, ταυτοποιήσαμε ένα 51 -γονίδιο υπογραφή από 104 διαφορικά εκφραζόμενων γονιδίων. Η εντοπίστηκαν υπογραφή είναι άκρως προγνωστική της υποτροπής του όγκου σε ασθενείς με αδενοκαρκίνωμα του πνεύμονα σταδίου Ι. Ένα από τα πιθανά θέματα για την ανάπτυξη μιας πρόβλεψης υπογραφής είναι το μοντέλο υπερπροσαρμογής στο σύνολο δεδομένων εκπαίδευσης. Αυτό μπορεί να οδηγήσει σε μια υπογραφή που αντανακλά τα χαρακτηριστικά των δειγμάτων κατάρτισης και δεν μπορεί να προβλέψει με ακρίβεια το αποτέλεσμα σε ανεξάρτητα δείγματα. Για να αποφύγετε το μοντέλο υπερπροσαρμογής, χρησιμοποιήσαμε επιπλέον άδεια-one-out διαδικασία διασταυρωμένης επικύρωσης για να δημιουργήσει το γονίδιο υπογραφή της υποτροπής στο σύνολο δεδομένων εκπαίδευσης. Ως εκ τούτου, είναι επίσης κρίσιμη για να επικυρώσει την υπογραφή πρόβλεψη στην ανεξάρτητη σύνολα δεδομένων. Ως εκ τούτου, εφαρμόζεται η υπογραφή μας σε τέσσερα ανεξάρτητα σύνολα δεδομένων για την αξιολόγηση των επιδόσεων πρόβλεψή του. Σε γενικές γραμμές, η υπογραφή μας είναι άκρως προγνωστική της οποίας οι ασθενείς με αδενοκαρκίνωμα του πνεύμονα σταδίου θα αναπτύξουν τη νόσο του υποτροπή και πραγματοποιεί περισσότερο από το 85% της AUC σε διάφορες ανεξάρτητες σύνολα δεδομένων. Η δοκιμή που GSE8894 περιλαμβάνονται τόσο αδενοκαρκινώματα και ακανθοκυτταρικό καρκίνωμα? 36% των δειγμάτων ήταν ασθενείς με προχωρημένο στάδιο. Μια πρόσφατη μελέτη έδειξε ότι υποτροπής του καρκίνου του πνεύμονα εξαρτάται από την ιστολογική υπότυπο στο στάδιο ΙΑ μη-μικροκυτταρικό καρκίνο του πνεύμονα, με υψηλότερα ποσοστά που συμβαίνουν μεταξύ των ασθενών με μη-καρκινώματα πλακωδών [21]. Είναι ενδιαφέρον, το 51-γονίδιο υπογραφή ήταν επίσης άκρως προγνωστική της υποτροπής επιβίωσης χωρίς ακανθοκυτταρικό καρκίνωμα στο GSE8894 σύνολο δεδομένων, αν και αρχικά προέρχεται από αδενοκαρκίνωμα σταδίου Ι.

Οι εντοπίζονται διαφορικά εκφραζόμενων γονιδίων στην παρούσα μελέτη μπορεί να παρέχει νέες ιδέες για θεραπευτικούς στόχους και τη θεραπεία της υποτροπής της νόσου στο στάδιο Ι όγκων του πνεύμονα. Μεταξύ αυτών, FBXW7 στοχεύει mTOR για την αποικοδόμηση και συνεργάζεται με ΡΤΕΝ σε καταστολή όγκου [22]. Η χαμηλή έκφραση ομάδα FBXW7 έδειξαν σημαντικά χειρότερη πρόγνωση σε σχέση με την υψηλή ομάδα έκφραση σε ασθενείς με καρκίνο του παχέος εντέρου [23]. χαμηλότερη έκφραση του ήταν επίσης σχετίζεται με μειωμένο επιβίωση χωρίς υποτροπή σε αδενοκαρκινώματα πνεύμονα σταδίου Ι (Πίνακας S1). Ένα άλλο ενδιαφέρον είναι υποψήφιος FGFR2, η οποία είναι μία από διαμεμβρανικών υποδοχέων κινάσης τυροσίνης που εμπλέκονται στην σηματοδότηση μέσω αλληλεπίδρασης με την οικογένεια αυξητικού παράγοντα ινοβλαστών (FGF). Η οικογένεια του αυξητικού παράγοντα των ινοβλαστών (FGF), η οποία περιλαμβάνει σημαντικά ρυθμιστικούς παράγοντες της ανάπτυξης και της διαφοροποίησης των κυττάρων, έχει βρεθεί ότι εμπλέκεται στην εμβρυϊκή ανάπτυξη, την αγγειογένεση και την ογκογένεση. Έχει προταθεί ότι FGFR2 παίζει σημαντικό ρόλο στην ογκογένεση του καρκίνου του στομάχου. Βρήκαμε η αυξημένη έκφραση σε FGFR2 σχετίζεται με κακή έκβαση των ασθενών με καρκίνο του πνεύμονα σταδίου Ι. Μια νεοαποκτηθέντα-μόριο που δρα μικρό αναστολέας FGFR, Ki23057, μπορεί να ανταγωνιστεί με ΑΤΡ για τη θέση σύνδεσης της κινάσης [24]. Θα είναι ενδιαφέρον να δούμε αν ένας τέτοιος αναστολέας μπορεί να βελτιώσει την έκβαση των ασθενών που προβλέπονται να είναι σε υψηλό κίνδυνο υποτροπής με την υπογραφή γονίδιο-έκφρασης. Επιπλέον, μπορούμε επίσης προσδιόρισε τρεις παράγοντες ματίσματος SFRS2IP, SFRS14 και SFRS18 συνδέονται με την έκβαση της νόσου. Και οι τρεις παράγοντες ματίσματος είναι μέλη της οικογένειας αργινίνης /πλούσιο σε σερίνη και αξίζει περαιτέρω μελέτη.

βάσει διαδρομής επιβίωση μας αναλύσεις διαπιστώθηκε ότι η μετανάστευση λευκοκυττάρων δια μέσω του ενδοθηλίου, η επεξεργασία της πρωτεΐνης σε ενδοπλασματικό δίκτυο και την κυτταρική προσκόλληση μορίων (CAMs) είναι οι τρεις πρώτες πορείες KEGG υψηλή συσχέτιση με την επιβίωση χωρίς υποτροπή (Εικ. S3). Δεν είναι έκπληξη το γεγονός ότι οι τρεις αυτές οδοί είναι όλα σχετίζονται σημαντικά με υποτροπή. Λευκοκύτταρα διασχίζουν το ενδοθήλιο που ευθυγραμμίζουν το αγγειακό σύστημα ξεκίνησε από chemokine- και μορίου προσκόλλησης που προκαλείται από ενδοκυτταρική σηματοδότηση που ελέγχει την πρόσφυση, τη διάδοση και την κινητικότητα. Ταυτόχρονα, προσκολλημένα λευκοκύτταρα ενεργοποιούν το ενδοθήλιο, το χειρισμό του φράγματος για την προώθηση μετανάστευση τους σε υποκείμενους ιστούς [25]. CAM είναι φύλακες για τη μετανάστευση των λευκοκυττάρων δια μέσω του ενδοθηλίου. Ενδοθηλιακών κυττάρων έκφραση διακυτταρικών CAMs συσχετίζεται αρνητικά με μεταστατικό δυναμικό στον καρκίνο του πνεύμονα [26]. L1 μόριο κυτταρικής προσκόλλησης (L1CAM) έχει δυνητική προγνωστική αξία της πνευμονικής νευροενδοκρινών όγκων. Ασθενείς με υψηλή έκφραση L1 έχουν υψηλότερο κίνδυνο υποτροπής σε σύγκριση με εκείνους με χαμηλή έκφραση L1 [27]. Το ενδοπλασμικό δίκτυο (ER) είναι ένα απαραίτητο οργανίδιο ενέχεται σε πολλές κυτταρικές λειτουργίες, συμπεριλαμβανομένων αναδίπλωση πρωτεϊνών και την έκκριση. Το ER διαδραματίζει ζωτικό ρόλο στην κυτταρική τον έλεγχο της ποιότητας πρωτεΐνη με την εξαγωγή και εξευτελιστική πρωτεΐνες που δεν είναι σωστά διπλωμένα ή συναρμολογούνται στη μητρική συγκροτήματα, δηλαδή ER-συνδέονται υποβάθμιση (ERAD) για να διασφαλιστεί ότι μόνο κατάλληλα διπλωμένο και συναρμολογούνται οι πρωτεΐνες μεταφέρονται στους τελικούς προορισμούς τους . Το ER είναι επίσης ένα σημαντικό οργανίδιο για το οξυγόνο και θρεπτικά ανίχνευσης ως κύτταρα προσαρμόζονται σε μικροπεριβάλλον τους. Η εκτυλίχθηκε απάντηση πρωτεΐνης (UPR) είναι μια κυτταρική αντίδραση στο στρες που σχετίζονται με το ER.