Αφηρημένο

Κληρονομικότητα είναι ένας από τους ισχυρότερους παράγοντες κινδύνου του καρκίνου του προστάτη, τονίζοντας τη σημασία της γενετικής συμβολής προς τον κίνδυνο εμφάνισης καρκίνου του προστάτη. Μέχρι σήμερα, έχουν 86 ιδρύθηκε παραλλαγές κίνδυνο καρκίνου του προστάτη έχουν εντοπιστεί από μελέτες συσχέτισης γονιδιώματος επίπεδο (GWAS). Για να προσδιοριστεί εάν αυτές οι παραλλαγές κινδύνου βρίσκεται κοντά γονίδια που αλληλεπιδρούν μεταξύ τους σε βιολογικά δίκτυα ή οδών που συμβάλλουν στην έναρξη του καρκίνου του προστάτη ή την πρόοδο, δημιουργήσαμε γονίδιο σύνολα με βάση την απόσταση από τις παραλλαγές του κινδύνου καρκίνου του προστάτη 86. Πήραμε δύο προσεγγίσεις για να δημιουργήσετε λίστες γονίδιο. Η πρώτη στρατηγική συμπεριλάβει όλες τις άμεσες συνοδευτικά γονίδια, ανάντη και κατάντη της παραλλαγής κίνδυνο, ανεξάρτητα από την απόσταση από την παραλλαγή του δείκτη, και η δεύτερη στρατηγική περιλαμβάνονται γονίδια που βρίσκεται πλησιέστερα προς το δείκτη δείκτη GWAS και σε παραλλαγές σε υψηλή LD (r

2 ≥0.8 σε Ευρωπαίους) με την παραλλαγή του δείκτη, μέσα σε ένα παράθυρο 100 kb ανάντη και κατάντη. χαρτογράφηση Pathway των δύο σειρών γονιδίου υποστήριξε τη σημασία του ανδρογόνου σηματοδότηση μεσολαβούμενη από υποδοχέα στη βιολογία του καρκίνου του προστάτη. Επιπλέον, η hedgehog και Wnt /σηματοδότησης β-κατενίνης οδοί αναγνωρίσθηκαν στη χαρτογράφηση μονοπάτι για την συνοδευτικά σετ γονίδιο. Επίσης χρησιμοποιήσαμε τον πόρο HaploReg να εξετάσει το loci 86 κινδύνου και παραλλαγές υψηλής LD (r

2 ≥0.8) για λειτουργικά στοιχεία. Βρήκαμε ότι υπήρχε 12,8 φορές (p = 2,9 x 10

-4) εμπλουτισμό μοτίβα ενισχυτή σε μια σειρά αρχέγονων κυττάρων και 4,4 φορές (p = 1,1 x 10

-3) ο εμπλουτισμός του DNase υπερευαισθησία σε μια κυτταρική γραμμή αδενοκαρκινώματος προστάτη, υποδεικνύοντας ότι ο κίνδυνος και συσχετίστηκε παραλλαγές είναι εμπλουτισμένα για μεταγραφική ρυθμιστική μοτίβα. βάσει διαδρομής λειτουργική σχολιασμό των παραλλαγών του κινδύνου καρκίνου του προστάτη μας αναδεικνύει το δυναμικό ρυθμιστική λειτουργία που δείκτες GWAS κινδύνου, και σχετίζεται σε μεγάλο βαθμό τις παραλλαγές τους, ασκούν σε γονίδια. Η μελέτη μας δείχνει επίσης ότι αυτά τα γονίδια μπορεί να λειτουργούν συνεργατικά σε βασικές οδούς σηματοδότησης στη βιολογία του καρκίνου του προστάτη

Παράθεση:. Loo LWM, Fong ayw, Cheng Ι, Le Marchand L (2015)

in silico

λειτουργική Pathway Σχολιασμός των 86 Ιδρύθηκε τον καρκίνο του προστάτη Παραλλαγές κινδύνου. PLoS ONE 10 (2): e0117873. doi: 10.1371 /journal.pone.0117873

Ακαδημαϊκό Επιμέλεια: Allen Gao, UC Davis Περιεκτική Κέντρο Καρκίνου, Ηνωμένες Πολιτείες