Αφηρημένο

DNA-μεθυλοτρανσφεράση (DNMT) -3Α που περιέχει

DNMT3A1

και

DNMT3A2

ισομορφές έχουν προταθεί για να παίξουν καθοριστικό ρόλο στην καρκινογένεση και έδειξε παρεκκλίνουσα έκφραση στις περισσότερες μορφές καρκίνου. Συσσωρευμένες αποδείξεις ανέφερε επίσης ότι μόνο πολυμορφισμών νουκλεοτιδίου (SNP) σε γονίδια DNMT συνδέθηκαν με ευαισθησία σε διαφορετικούς όγκους. Υποθέσαμε ότι οι γενετικές παραλλαγές στο

περιοχή του υποκινητή DNMT3A1

σχετίζονται με γαστρικό κίνδυνο καρκίνου. Έχουμε επιλέξει τα tagSNPs από τη βάση δεδομένων HapMap για τους Κινέζους και γονότυπου σε μια μελέτη ασθενών-μαρτύρων για την αξιολόγηση της σύνδεσης με γαστρικό καρκίνο (GC) σε ένα κινεζικό πληθυσμό. Εμείς διαπίστωσε ότι οι λειτουργικές rs7560488 tagSNP T & gt? C σχετίζεται με σημαντικά αυξημένο κίνδυνο GC.

In vitro

λειτουργική ανάλυση με τη δοκιμασία ανταποκριτή λουσιφεράσης και EMSA έδειξαν ότι η tagSNP rs7560488 Τ & gt? C μεταβληθεί ουσιαστικά μεταγραφική δραστηριότητα του

DNMT3A1

γονιδίου μέσω επηρεάζουν τη δέσμευση ορισμένων μεταγραφικών παραγόντων, αν μια συγκεκριμένη μεταγραφική παράγοντας μένει να αποδειχθεί. Σε σύγκριση με το TT ομοζυγώτες, άτομα που ήταν TC ετεροζυγώτες και CC ομοζυγώτες παρουσίασαν μειωμένη έκφραση του

DNMT3A1

. Επιπλέον, στρωματοποιημένη ανάλυση έδειξε ότι τα άτομα που φιλοξενούν TC ή γονότυπους CC κάτω των 60 ετών ήταν πιο επιρρεπή σε GC. Τα αποτελέσματά μας δείχνουν ότι οι γενετικές παραλλαγές στο

DNMT3A1

υποστηρικτής συμβάλλουν στην ευπάθεια σε GC και επίσης να παρέχει μια εικόνα ότι tagSNP rs7560488 Τ & gt? C μπορεί να είναι μια πολλά υποσχόμενη βιοδείκτης για την πρόβλεψη της GC γενετικής ευαισθησίας και πολύτιμες πληροφορίες στο GC παθογένεια

Παράθεση:. Wu Η Zhang Κ, Γκονγκ P, Qiao F, Wang Ε, Cui H, et al. (2014) Μια νέα λειτουργικά TagSNP Rs7560488 στην DNMT3A1 Ανάδοχος συνδέεται με την ευαισθησία στον καρκίνο του γαστρικού διαμορφώνοντας υποστηρικτής δραστηριότητα. PLoS ONE 9 (3): e92911. doi: 10.1371 /journal.pone.0092911

Επιμέλεια: Xin Yuan-Γκουάν, το Πανεπιστήμιο του Χονγκ Κονγκ, Κίνα

Ελήφθη: 22 του Δεκέμβρη, 2013? Αποδεκτές: 27, Φεβρουαρίου του 2014? Δημοσιεύθηκε: 25 Μαρτίου 2014

Copyright: © 2014 Wu et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Αυτό το έργο υποστηρίχθηκε από το Εθνικό Ίδρυμα Φυσικών Επιστημών της Κίνας (Grant Νο 81171915 και Νο 91229107) και της επιστημονικής έρευνας και καινοτομίας για Αποφοίτων Κολλεγίου επαρχία Jiangsu, Κίνα (Grant Νο CXZZ13_0082). Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

γαστρικό καρκίνο είναι μία από τις πιο κοινές κακοήθεις όγκους στην Κίνα, ειδικά στην επαρχία Jiangsu με υψηλό ποσοστό επίπτωσης και θνησιμότητας [1], [2]. Μπορεί να εξαπλωθεί σε όλο το στομάχι και σε άλλα όργανα, συμπεριλαμβανομένου του οισοφάγου, των πνευμόνων, λεμφαδένες ή το ήπαρ. Ως εκ τούτου, γαστρικό καρκίνο είναι η δεύτερη κύρια αιτία θανάτου από καρκίνο σχετίζονται στον κόσμο [3]. Κατά την εξέταση της θεραπευτικής αποτελεσματικότητας, χειρουργική εκτομή μπορεί να είναι πρωτοταγής θεραπευτική αγωγή για πρώιμο στάδιο των ασθενών GC [4]. Δυστυχώς, οι περισσότεροι ασθενείς με γαστρικό καρκίνο ανιχνευθεί σε προχωρημένο στάδιο, περίοδο κατά την οποία ο όγκος είναι πια ανεγχείρητο. Επιπλέον, η υποτροπή μετά από χειρουργική επέμβαση είναι ένα άλλο φοβερό γεγονός για ένα φτωχό ποσοστό επιβίωσης 5 ετών. Λαμβάνοντας υπόψη τους ασθενείς με προχωρημένο ή υποτροπιάζοντα καρκίνο του στομάχου, είναι χωρίς αμφιβολία ότι η ανακάλυψη βιοδεικτών και την εφαρμογή τους συνοδεύεται με την παραδοσιακή διάγνωση μπορεί να είναι μια πολύτιμη ένδειξη και μια εκτεταμένη βοήθεια για να διαμορφώσει τη στρατηγική πρόληψης και θεραπείας. Ωστόσο, μέχρι στιγμής, λίγοι μετρήσιμη βιοδείκτες για την πρόβλεψη της επανάληψης GC έχουν ταυτοποιηθεί.

ογκογένεση είναι γνωστό ότι είναι μια πολλών σταδίων διαδικασία, η οποία είναι το αποτέλεσμα της όχι μόνο γενετικές αλλαγές, αλλά και επιγενετικές μεταβολές [5]. Μεθυλίωση του DNA είναι μια σημαντική μορφή των επιγενετικών τροποποίησης και διαδραματίζει σημαντικό ρόλο στην ανάπτυξη, τη διαφοροποίηση, γονιδιωματική σταθερότητα, X-αδρανοποίηση, και αποτύπωση με ειδική ρύθμιση της γονιδιακής έκφρασης. Η πιο συχνά μελετηθεί επιγενετικό φαινόμενο είναι μεθυλίωσης του DNA, ένα ουσιαστικό ρυθμιστής της δομής της χρωματίνης και της μεταγραφής. Η ανώμαλη προτύπων μεθυλίωσης του DNA σε ένα γενετικά ευαίσθητο φόντο μπορεί να σχετίζεται με αυξημένο κίνδυνο από μια σειρά ανθρώπινων διαταραχών [6], [7], συμπεριλαμβανομένων GC [8].

Dnmt3a

η οποία περιέχει

DNMT3A1

και

DNMT3A2

είναι δύο

de novo

μεθυλοτρανσφεράσες DNA διαδραματίζει έναν κρίσιμο ρόλο στην εμβρυϊκή ανάπτυξη και παρεκκλίνουσα μεθυλίωση του DNA στην καρκινογένεση. Ορισμένοι πολυμορφισμοί του

Dnmt3a

γονίδιο μπορεί να ρυθμίζει τη γονιδιακή έκφραση, να επηρεάσουν την ενζυματική δραστηριότητα και μπορεί να συνεισφέρει στην ευαισθησία στον καρκίνο. Συσσωρευμένες αποδείξεις στη μοριακή γενετική δείχνουν ότι SNP σε

DNMT

γονίδια συνδέονται με ευαισθησία σε καρκίνο [9], [10]. Οι πρόσφατες εξελίξεις στη μελέτη του γονιδιώματος σε επίπεδο σύνδεσης (GWAS) έχουν επίσης εντοπιστεί νέα SNPs ευαισθησίας για GC, το οποίο είναι χρήσιμο για να κατανοήσουμε τον υποκείμενο μηχανισμό της γενετικές παραλλαγές στην ανάπτυξη του GC [11] – [14]. προηγούμενη μελέτη μας διαπίστωσε μια λειτουργική rs1550117 SNP στο

Dnmt3a

υποκινητή που μπορεί να αυξήσει την μεταγραφική δραστηριότητα της και να συμβάλει στην γενετική προδιάθεση για καρκίνο του στομάχου σε ένα κινεζικό πληθυσμό [15], [16].

GWAS απέφερε πολλά SNPs που συνδέεται με πολλούς καρκίνους. Σε ορισμένες περιπτώσεις, δεκάδες SNPs, που ονομάζεται tagSNPs που αντιπροσωπεύουν SNPs σε μια περιοχή του γονιδιώματος με υψηλή ανισορροπία σύνδεσης μπορεί να εντοπίσει γενετική παραλλαγή χωρίς γονοτύπου κάθε SNPs σε μια χρωμοσωμική περιοχή, έτσι tagSNPs είναι χρήσιμες σε μελέτες συσχέτισης SNP ολόκληρου του γονιδιώματος, όπως του προστάτη, του μαστού, των ωοθηκών, του παχέος εντέρου και του εγκεφάλου καρκίνων [17] – [19]. Στην παρούσα μελέτη, εμείς διαλέξαμε tagSNP rs7560488 από τη βάση δεδομένων HapMap για Κινέζους να αξιολογήσει τις ενώσεις μεταξύ των γενετικών παραλλαγών στο

DNMT3A1

υποκινητή και το γαστρικό κίνδυνο καρκίνου σε ένα κινεζικό πληθυσμό. Έχουμε εντοπίσει ένα κίνδυνο που σχετίζεται με rs7560488 Τ & gt?. C πολυμορφισμός στο

DNMT3A1

υποστηρικτής, και περαιτέρω το έργο μας πρότεινε ότι αυτή η παραλλαγή θα μπορούσε να μεταβάλει τη δραστηριότητα υποκινητή και να καταστρέψει την ικανότητα σύνδεσης των μεταγραφικών παραγόντων

υλικά και Μέθοδοι

Θέματα μελέτη

Ένα σύνολο 405 ασθενών με ιστολογικά επιβεβαιωμένο καρκίνο του στομάχου και 408 του καρκίνου χωρίς ελέγχους στρατολογήθηκαν σε αυτήν την μελέτη ασθενών-μαρτύρων, καθώς και τα χαρακτηριστικά των υποθέσεων και των ελέγχων τα αναλυτικά στον πίνακα 1. οι περιπτώσεις και οι έλεγχοι είχαν συνδυαστεί με την ηλικία, το φύλο και επιλέχθηκαν από την Πρώτη Ενταγμένο Νοσοκομείο Ιατρικό Πανεπιστήμιο Nanjing. Όλα τα δείγματα που ελήφθησαν με γραπτή συναίνεση και να αναλυθούν ανώνυμα. Η μελέτη αυτή έγινε με την έγκριση της Ιατρικής Ηθικής Επιτροπή της Ιατρικής Σχολής του Πανεπιστημίου της Νοτιοανατολικής Ευρώπης.

Η

TagSNP επιλογής και η TF Binding Site Πρόβλεψη

Η κύρια υπόθεση στηρίζεται αυτό το πείραμα ήταν ότι υπάρχουν ένα ή περισσότερα SNPs στο

DNMT3A1

περιοχές υποκινητή που σχετίζονται με τον κίνδυνο εμφάνισης καρκίνου του στομάχου. Ανάλογα με τη δομή ανισορροπία σύνδεσης (LD) σε ένα συγκεκριμένο τόπο, tagSNPs μπορεί να είναι υποκατάστατα για πολλές χιλιάδες άλλους SNPs. Εμείς υποθέσουμε ότι τέτοιες tagSNPs είναι επίσης πιθανό να επισημάνετε τυχόν μέχρι σήμερα εντοπιστεί SNPs στο

DNMT3A1

υποκινητή. Έτσι, επιλέξαμε τα SNPs στο

DNMT3A1

περιοχή του υποκινητή με μια μικρή συχνότητα αλληλόμορφο (MAF) της & gt? 5% τόσο από τις βάσεις δεδομένων HapMap και dbSNPs. Για την εφαρμογή δυνητικά λειτουργική επιλογή tagSNP, χρησιμοποιούμε δεδομένα από το Διεθνές HapMap και τα ελεύθερα web-based tagSNP εργαλεία επιλογής για να επιλέξετε tagSNPs, και χρησιμοποιούν τον αλγόριθμο TF-αναζήτησης (https://mbs.cbrc.jp/research/db/TFSEARCH .html) για την πρόβλεψη rs7560488 μεταγραφικού παράγοντα (TF) θέση πρόσδεσης.

DNA Εξόρυξη και HRM Γονοτυπικές

για να μελετήσει το

DNMT3A1

υποστηρικτής tagSNP rs7560488, γονιδιακό DNA απομονώθηκε από 1 ml περιφερικού αίματος από ασθενείς και υγιή άτομα και εκχυλίστηκε από λευκά αιμοσφαίρια μέσα σε μια εβδομάδα μετά τη συλλογή του δείγματος από πέψη με πρωτεϊνάση Κ όπως περιγράφηκε προηγουμένως [20]. TagSNP rs7560488 ήταν ο γονότυπος χρησιμοποιώντας τη χρωστική dsDNA LC πράσινο σε συνδυασμό με το υψηλό ψήφισμα τήξεως ανάλυση (HRM). Λεπτομερώς, οι εκκινητές PCR σχεδιάστηκαν από το λογισμικό σχεδιασμού εκκινητή LightScanner (Idaho Technology) (προς τα εμπρός εκκινητής: 5′-AGGCAGACACAAATGCATAAAT-3 ‘? Αντίστροφο εκκινητή: 5′-GTCATAAGTACAACCACCACCG-3’) το οποίο προϊόν ένα ενιαίο τεμάχιο 208 bp. Κάθε αντίδραση PCR αρχικά διεξάγεται σε έναν τελικό όγκο αντίδρασης 10 μL, χρησιμοποιώντας 25 ng γενωμικού DNA, 0.2 pmol του κάθε εκκινητή, 0,8 μΐ 2,5 mM dNTPs, 1 μL 25 mM MgCl

2, 1 μL 10 χ ρυθμιστικό διάλυμα Taq με (NH4)

2SO

4, 0.4 U Taq DNA πολυμεράσης (Fermentas), 1 μΙ 1Χ LC Green Plus (Idaho Technology) και 0.4 μλ διμεθυλοσουλφοξειδίου (DMSO). Το μίγμα της αντίδρασης επωάστηκε στους 95 ° C για 5 λεπτά και στη συνέχεια υποβλήθηκαν σε 40 κύκλους των 95 ° C για 30 sec, 57 ° C για 30 δευτερόλεπτα, και 72 ° C για 30 δευτερόλεπτα, που ακολουθείται από 72 ° C για 7 λεπτά, χρησιμοποιώντας ένα θερμικό κυκλοποιητή PTC-200 (Bio-Rad). Οι αντιδράσεις PCR μεταφέρθηκαν στις πλάκες 96 φρεατίων (Bio-Rad) και αναλύθηκαν σε Φως Scanner (Idaho Technology). Τα δεδομένα φθορισμού συλλέχθηκαν σε ένα εύρος θερμοκρασίας από 70-97 ° C, και ανάλυση καμπύλης τήξης διεξήχθη σύμφωνα με το λογισμικό του κατασκευαστή. HRM θα μπορούσε διακρίσεις άμεσα την ετεροζυγώτες (TC) και ομοζυγώτες (CC ή TT) γονότυπους των tagSNP rs7560488 Τ & gt? C μέσω σάρωσης τήξη. Μετά την ανάμιξη ομόζυγο DNA με ίσο ποσό των γνωστών προϊόντων PCR (π.χ., CC), που διακρίνονται περαιτέρω μεταξύ του CC και γονότυπους ΤΤ. Για περαιτέρω επιβεβαίωση, 5% των δειγμάτων από κάθε ομάδα που ανιχνεύεται από HRM επιλέχθηκαν τυχαία και υποβάλλονται σε αλληλούχιση του DNA για να εξασφαλιστεί η αξιοπιστία και επαναληψιμότητα.

Κατασκευή λουσιφεράσης πλασμίδιο

Για να κατασκευαστεί η DNMT3A1 tagSNP rs7560488 πλασμίδιο ρεπόρτερ, εμείς ενισχυμένο το θραύσμα 948 bp από 25422345 25422345 να του

DNMT3A1

περιοχή υποκινητή, το οποίο περιέχει το αλληλόμορφο Τ και Γ του SNP με PCR από γονιδιωματικό DNA. Οι εκκινητές που χρησιμοποιήθηκαν για τις ενισχύσεις PCR ήταν: (Forward: 5′-TACGCTAGCATACCAAGTCCCCATTCCCC-3 ‘, αντίστροφη: 5′-GTATAAGCTTTCGGCTTCTACACCCCTCAC-3’). Τα προϊόντα PCR υποκλωνοποιήθηκαν εντός των θέσεων περιορισμού NheI και HindIII του pGL3-Basic (Promega, Madison, WI). Επαληθεύσαμε όλα ανασυνδυασμένων κλώνων με αλληλούχιση του DNA.

παροδική επιμόλυνση και Δοκιμασία Reporter διπλής λουσιφεράσης

ανθρώπινο γαστρικό καρκίνο AGS και BGC-823 κύτταρα (ATCC) αναπτύχθηκαν σε RPMI-1640 μέσο συμπληρωμένο με 10 % Εμβρυϊκό Βόειο ορό (FBS) και 1% διάλυμα πενικιλλίνης /στρεπτομυκίνης (10 000 U /mL και 10 mg /mL, αντίστοιχα). AGS και BGC-823 κύτταρα (1 χ 10

5) σπάρθηκαν σε πλάκες καλλιέργειας των 24 φρεατίων. Μετά από 24 ώρες καλλιέργειας, AGS, BGC-823 κύτταρα επιμολύνθηκαν με Lipofectamine 2000 (Invitrogen, Carlsbad, CA, USA) με 0.8 mg κάθε κατασκευασμένο φορέα, είτε με Τ αλληλόμορφο ή C αλληλόμορφο. Ταυτόχρονα, 10 ng πλασμιδίων ρΡΙ_-ΤΚ (Promega) ανά φρεάτιο επίσης επιμολυσμένα ως εσωτερικός έλεγχος για τη διόρθωση αποτελεσματικότητα της επιμόλυνσης. Πριν, τα κύτταρα σπάρθηκαν σε πλάκες 24 φρεατίων όλη τη νύχτα για να εξασφαλιστεί το 90% -95% συρροή κατά τη στιγμή της διαμόλυνσης. Είκοσι τέσσερις ώρες μετά την επιμόλυνση, η δράση της λουσιφεράσης μετρήθηκε με την Dual-Luciferase Reporter System Assay (Promega, Madison, WI, USA) και εκφράζονται ως ο λόγος του Firefly λουσιφεράσης για λουσιφεράση της Renilla δραστηριότητες. Όλα τα κύτταρα έγιναν εις τριπλούν με τις ίδιες συνθήκες. Τρία ανεξάρτητα πειράματα μορφομετατροπής διεξήχθησαν, και κάθε δοκιμασία λουσιφεράσης εκτελέστηκε εις τριπλούν.

μετατόπισης κινητικότητας ηλεκτροφορητικής Δοκιμασία (EMSA)

Τα 5′-βιοτινυλιωμένα ολιγονουκλεοτίδια 25 bp σε μήκος λήφθηκαν από το Πεκίνο Genomics Institute (BGI). ακολουθίες ολιγο ήταν rs7560488 [T] Forward: 5′-TAGTCAGACTCATAGAGACAGAAG-3 ‘, rs7560488 [T] Αντίστροφη: 5′-CTTCTGTCTCTATGAGTCTGACTA-3’. rs7560488 [C] Forward: 5′-TAGTCAGACTCACAGAGACAGAAG-3 ‘, rs7560488 [C] Αντίστροφη: 5′-CTTCTGTCTCTGTGAGTCTGACTA-3’. Για ανασύνδεση, συμπυκνώθηκε συμπληρωματικά ολιγονουκλεοτίδια αναμίχθηκαν σε 1:01 μοριακή αναλογία και επωάστηκαν στους 95 ° C για 5 λεπτά και στη συνέχεια μειώνεται σταδιακά επί ώρες μέχρις ότου τα ολιγονουκλεοτίδια φθάσει σε θερμοκρασία δωματίου. Τα ανοπτημένα ολιγονουκλεοτίδια αραιώθηκαν σε μια τελική συγκέντρωση 10 fmol. Πυρηνική πρωτεΐνες που προέρχονται από BGC-823 κύτταρα χρησιμοποιώντας τα ΒΑ-PERTM των πυρηνικών και κυτταροπλασματικά εκχύλισης Αντιδραστήρια (Pierce, Ροκ-ford, IL, USA) σύμφωνα με τις οδηγίες του κατασκευαστή. Το κιτ LightShift Χημειοφωταυγές EMSA (Pierce /Thermo Fisher Scientific) χρησιμοποιήθηκε σύμφωνα με τις οδηγίες του κατασκευαστή. Εν συντομία, η δέσμευση αντιδράσεις πραγματοποιήθηκαν ως εξής: πυρηνικά εκχυλίσματα (8 μg πρωτεΐνης) και το 1 × ρυθμιστικού διαλύματος δέσμευσης με 2.5% γλυκερόλη, 5 mM MgCl2, 50 ng /μl πολυ (dI-dC), 0,05% ΝΡ-40, και 60 fmol βιοτίνη σημασμένο rs7560488 T /rs7560488 ανιχνευτές C επωάστηκαν σε πάγο για 30 λεπτά σε έναν όγκο 20 μΙ. Για τις μελέτες ανταγωνισμού, πυρηνικά εκχυλίσματα επωάστηκαν με μη επισημασμένο ολιγονουκλεοτίδιο για 30 λεπτά πριν από την προσθήκη του επισημασμένου ολιγονουκλεοτιδίου. Για μια υπερμετατόπισης, AP-1 αντίσωμα προστέθηκε (Boster, Κίνα). Συγκροτήματα διαχωρίστηκαν με ηλεκτροφόρηση σε αυτοφυή PAGE 6% σε 0.5 χ ΤΒΕ ρυθμιστικό στα 110 V. Οι πηκτές μεταφέρθηκαν σε pre-cut Biodyne Β τροποποιημένες μεμβράνες νάιλον (Pierce /Thermo Fisher Scientific) με τη χρήση Trans-Blot SD κύτταρο μεταφορά ημι-ξηρή ( Bio-Rad Laboratories). Οι μεμβράνες με σταυροειδείς δεσμούς (UVC-508 UV Cross-συνδέτη, Ultra LUM) και το σήμα ανιχνεύθηκε με ένα σύστημα ανίχνευσης χημειοφωταύγειας (Pierce /Thermo Fisher Scientific) σύμφωνα με τις οδηγίες του κατασκευαστή.

Ανίχνευση DNMT3A1 Πρακτικά από την Quantitative RT-PCR (Q-PCR)

για την ανίχνευση περαιτέρω η συσχέτιση μεταξύ της DNMT3A1 mRNA επίπεδα και rs7560488 πολυμορφισμό, τα 44 γαστρικό καρκινικούς ιστούς με διαφορετικούς γονοτύπους υποβλήθηκαν σε εκχύλιση του ολικού RNA χρησιμοποιώντας το αντιδραστήριο ΤπζοΙ ( Invitrogen, Inc.). Το επίπεδο DNMT3A1 mRNA μετρήθηκε με ποσοτική πραγματικού χρόνου PCR μετά από αντίστροφη μεταγραφή σε ένα Prism 7900 Real-Time μηχανή PCR (Applied Biosystems, Foster City, CA). β-ακτίνη χρησιμοποιήθηκε ως εσωτερικό ποσοτικού ελέγχου για κάθε δείγμα. Οι εκκινητές που χρησιμοποιήθηκαν για την ενίσχυση ήταν DNMT3A1 F: 5′-GAACAGAAGGAGACCAACATCGAA-3 ‘και R: 5′-GCGCTTGCTGATGTAGTAGGG-3′? Οι εκκινητές για β-ακτίνη ήταν F: 5’-GACCTCTATGCCAACACAGT-3 ‘και R: 5′-AGTACTTGCGCTCAGGAGGA-3’. Σχετική ποσοτικοποίηση της DNMT3A1 mRNA υπολογίστηκε με τη μέθοδο 2-ΔΔCT, και κάθε δοκιμασία έγινε εις τριπλούν.

Στατιστικές Αναλύσεις

Όλα τα δεδομένα αναλύθηκαν με το

SPSS

έκδοση 13.0 (SPSS Inc., Chicago, IL, USA). Οι ασθενείς και οι έλεγχοι σε σχέση με τη χρήση του Student

t-test

για συνεχείς μεταβλητές και (χ2) chi-square test για τις κατηγορικές μεταβλητές. Αλληλόμορφο και γονότυπο συχνότητες μεταξύ ελέγχου και GC θέματα λήφθηκαν χρησιμοποιώντας το τεστ chi-square, και η τυπική καλοσύνη-of-fit test χρησιμοποιήθηκε για να δοκιμαστεί η ισορροπία Hardy-Weinberg. Ένα

P

τιμή μικρότερη του 0,05 θεωρήθηκε στατιστικά σημαντική.

Αποτελέσματα

Χαρακτηριστικά των Ασθενών Μελέτης

Οι κατανομές συχνότητας των περιπτώσεων και οι έλεγχοι είναι παρουσιάζονται στον πίνακα 1, δεν υπήρξε σημαντική διαφορά στις διανομές συχνοτήτων μεταξύ των περιπτώσεων και ελέγχων (Ρ = 0,243 για την ηλικία και Ρ = 0.355 για σεξ). Ο μέσος όρος των ασθενών και ελέγχων ήταν 59,8 έτη (εύρος 20~93 ετών) και 60,6 έτη (εύρος 25~90 έτη), αντίστοιχα. Δεν βρέθηκε σημαντική διαφορά στη μέση ηλικία και το φύλο, γεγονός που υποδηλώνει ότι η αντιστοίχιση με βάση αυτές τις δύο μεταβλητές ήταν επαρκής.

Υποψήφιος tagSNP Επιλογή και Γονοτυπικές

Μεταξύ των υποψήφιων SNPs στο

DNMT3A1

, εστιάσαμε στις tagSNPs στον υποκινητή του

DNMT3A1

και την προβλεπόμενη δυναμικό της λειτουργίας τους σε δεσμευτική μεταγραφικών παραγόντων, που επηρεάζουν την ποιοτική και ποσοτική έκφραση του

DNMT3A1

. Εφαρμόσαμε ένα LD-based αλγόριθμος επιλογής tagSNP (r

2≥0.80, MAF≥5%), η οποία προσδιόρισε δύο tagSNPs εκπροσωπούν κοινή γενετική παραλλαγή στο πληθυσμό CHB, συμπεριλαμβανομένου του υποψηφίου tagSNPsrs7560488 και rs1550117, που είναι ένα λειτουργικό πολυμορφισμός που τροποποιεί το ευαισθησία στο γαστρικό καρκίνο επιβεβαιώσαμε πριν [15], [16]. TFSEARCH αλγόριθμος προέβλεψε ότι rs7560488 Τ δημιουργεί μία θέση σύνδεσης για ΑΡ-1 (Σχήμα 1). Τα δείγματα για γονοτυπική από HRM και αλληλουχίας από ΑΒΙ 3730 αυτοματοποιημένο αναλυτή αλληλουχίας, αντίστοιχα (Σχήμα 2).

Η

(Α) HRM διακρίσεις άμεσα τα ετεροζυγώτες (TC) και ομοζυγώτες (ΤΤ ή CC), ομόζυγο PCR προϊόντων (ΤΤ ή CC) μετρήθηκαν με LightScanner αφού αναμειχθεί με ίση ποσότητα ενός γνωστού προϊόντος (ΤΤ), το οποίο διακρίνεται για τα άγρια ​​ομόζυγη δείγματα (ΤΤ) από τις παραλλαγές αυτές (CC), όπως μετατράπηκαν οι μετάλλαξης ομοζυγώτες (CC) σε ετεροζυγώτες (TC). (Β) Τυχαία δείγματα από rs7560488 Τ & gt? Δοκιμή C αλληλουχήθηκαν για επιβεβαίωση, Το μαύρο βέλος δείχνει τον πολυμορφισμό νουκλεοτιδίων στο loci rs7560488

Η

TagSNP rs7560488 Παραλλαγή T & gt?. Γ DNMT3A1 Ανάδοχος αυξάνει σημαντικά τον κίνδυνο του GC

Οι κατανομές γονότυπου και οι συχνότητες αλληλόμορφο του rs7560488 παρουσιάζονται στον πίνακα 2. Οι συχνότητες γονοτύπου στους ελέγχους ήταν σε συμφωνία με το μοντέλο Hardy-Weinberg (P = 0,274). Όπως φαίνεται στον Πίνακα 2, οι συχνότητες γονοτύπου του rs7560488 ήταν 68,9%, 27,4%, και 3,7% για το ΤΤ, TC, και γονότυπους CC μεταξύ των περιπτώσεων, και 79,9%, 18,4%, και 1,7% μεταξύ των ελέγχων, αντίστοιχα, η διαφορά μεταξύ των περιπτώσεων και ελέγχων ήταν στατιστικά σημαντική (Ρ & lt? 0,05). Επιπλέον, η συχνότητα αλληλόμορφο Τ ήταν σημαντικά χαμηλότερη μεταξύ των περιπτώσεων από τους ελέγχους (82,6% έναντι 89,2%, Ρ = 0,000). Επιπλέον, η συνδυασμένη συχνότητα γονότυπο TC /CC ήταν υψηλότερη μεταξύ των περιπτώσεων από τους ελέγχους (31,1% έναντι 20,1%, p = 0,002). Κατά τη λήψη ΤΤ γονότυπο και Τ αλληλόμορφου ως σημείο αναφοράς, διαπιστώσαμε ότι οι γονότυπους παραλλαγή (TC και CC) έχουν συσχετιστεί με αυξημένο κίνδυνο GC (OR = 1.653, 95% CI = 1,194 – 2,287? P = 0,002). Ομοίως, παρατηρήσαμε επίσης ότι οι συχνότητες αλληλόμορφο C ήταν στατιστικά σημαντικά υψηλότερη από ό, τι οι έλεγχοι (OR = 1.744, 95% CI = 1,310 – 2,321? P = 0.000). Λαμβανόμενα μαζί, αυτά τα δεδομένα υποδηλώνουν ότι το TC και CC γονότυπους συνδέθηκαν με τη γενετική επιδεκτικότητα σε GC? η

Dnmt3a

1 rs7560488 Τ αλληλόμορφου μπορεί να είναι ένας πιθανός προστατευτικός αλληλόμορφο. Δεν υπήρχαν σημαντικές διαφορετικές συχνότητες του rs7560488 στο GC στην ηλικιακή & gt? 60 χρόνια έναντι ≤60 ετών (P = 0,756), και οι άνδρες έναντι των γυναικών (P = 0,459) (Πίνακας 3)

Η

.

Ιδιώτες Λιγότερο από 60 ετών ήταν πιο ευάλωτο στον καρκίνο του γαστρικού με tagSNP rs7560488 παραλλαγή T & gt? C

Η ηλικία και το φύλο ήταν σημαντικοί παράγοντες στην καρκινογένεση του όγκου συμπεριλαμβανομένου του καρκίνου του στομάχου. Όταν οι αναλύσεις στρωματοποιήθηκαν από την ηλικία και το φύλο των ασθενών, διαπιστώσαμε ότι παρατηρήθηκε σημαντική συσχέτιση, τα άτομα που μεταφέρουν γονότυπους TC /CC συνδέθηκαν με τη γενετική ευαισθησία σε GC τόσο σε άνδρες και γυναίκες της ομάδας. Ως εκ τούτου, rs7560488 αλληλόμορφο C ήταν σημαντικά αυξημένο παράγοντα κινδύνου σε σύγκριση με την Τ αλληλίου (Πίνακας 4). Περαιτέρω διαστρωμάτωση αξιολόγησε την ένωση του rs7560488 Τ & gt? C με καρκίνο του στομάχου σε διαφορετικές ηλικίες. γονότυπους TC /CC συνδέθηκαν με τη γενετική ευαισθησία σε GC στο εύρος ηλικίας ≤60 ετών (OR = 1.794, 95% CI = 1,118 – 2,877? P = 0.015), εκτός από ηλικίας άνω των 60, ομοίως, παρατηρήσαμε επίσης ότι η C αλληλόμορφο συχνότητες ήταν στατιστικά σημαντικά υψηλότερη από ό, τι οι έλεγχοι (OR = 1.720, 95% CI = 1,127 – 2,622? P = 0,011). Αυτά τα αποτελέσματα έδειξαν ότι οι γονότυποι TC και CC συνδέθηκαν με τη γενετική ευαισθησία σε GC, ιδιαίτερα σε άτομα όχι περισσότερο από 60 χρόνια (Πίνακας 4)

Η

Η rs7560488 Τ & gt?. C Παραλλαγή Εμφανής DNMT3A1 μεταγραφική δραστηριότητα

για να αξιολογηθεί η βιολογική λειτουργικό αποτέλεσμα του rs7560488 πολυμορφισμού στη μεταγραφή DNMT3A1, κατασκευάσαμε φορείς λουσιφεράσης (pGL3), που καλύπτουν το 4389823 έως 4390770 βάση από

DNMT3A1

υποστηρικτής, είτε με άγριου τύπου (Τ αλληλόμορφο) ή μεταλλαγμένου τύπου (C αλλήλιο) και επιμολύνονται τους σε BGC-823, AGS κύτταρα (Σχήμα 3Α). Όπως φαίνεται στο Σχ. 3Β, βρήκαμε ότι η δραστικότητα μεταγραφής του Τ αλληλίου ήταν υψηλότερο από C αλληλόμορφο με ένα περίπου 2 φορές σε πάνω από δύο κυτταρικές σειρές, γεγονός που υποδηλώνει ότι αλληλόμορφο rs7560488 Τ εργαστεί ως αμυντικός για καρκίνο του στομάχου με την αύξηση της μεταγραφής του

DNMT3A1

.

(Α) Σχηματική αναπαράσταση των πλασμιδίων ανταποκριτή που περιέχει το αλληλόμορφο C rs7560488 Τ ή rs7560488, η οποία εισήχθη ανοδικά του γονιδίου αναφοράς της λουσιφεράσης στο βασικό πλασμίδιο pGL3. (Β) Οι δύο κατασκευάσματα διαμολύνθηκαν παροδικά στα AGS και BGC-823 κύτταρα, αντίστοιχα. Η δραστικότητα της λουσιφεράσης του κάθε κατασκευάσματος κανονικοποιήθηκε έναντι του εσωτερικού ελέγχου της λουσιφεράσης της Renilla. Στηλών σημαίνουν από τρία ανεξάρτητα πειράματα? μπαρ, SD. *, P & lt? 0,01 σε σύγκριση με τον ομόλογό κατασκεύασμα

Η

Η rs7560488 Τ & gt?. C Παραλλαγή Εξασθενεί Μεταγραφή Factor Affinity

Κατά την άποψη της tagSNP rs7560488 βρίσκεται στο

DNMT3A1

περιοχή του υποκινητή? υποθέσαμε ότι θα μπορούσε να μεταβάλει σύνδεσης του παράγοντα μεταγραφής (TF). Πράγματι, χρησιμοποιώντας τον αλγόριθμο TF-αναζήτησης (www.cbrc.jp/research/db/TFSEARCH.html), προβλέψαμε ότι rs7560488 Τ δημιουργεί μία θέση σύνδεσης για TF ΑΡ-1. Για να καθοριστεί εάν αυτός ο πολυμορφισμός έχει επίδραση στην ικανότητα δέσμευσης του παράγοντα μεταγραφής, πραγματοποιήσαμε την δοκιμασία μετατόπισης ηλεκτροφορητικής κινητικότητας (EMSA) για να αναλυθεί η πρόσδεση των ανιχνευτών ολιγο περιέχουν είτε Τ ή C αλλήλιο στην πυρηνική πρωτεΐνες που προέρχονται από το κύτταρο AGS. Όπως φαίνεται στο Σχ. 4Α, ένας ειδικός μετατοπίζεται DNA /πυρηνική πρωτεΐνη σύνθετη λωρίδα παρήχθη από τα δύο C και Τ αλληλίου ανιχνευτές (διαδρομές Σχ. 4 Α 2, 5). Ωστόσο, η Τ αλληλίου ακόμη δεν έχουν πλήρως ανταγωνιστικά ανασταλεί (σχ. 4Α λωρίδα 4), αν και η μετατόπιση ζώνη καταργήθηκε με 50-πλάσια μη σημασμένο ανιχνευτές C (Σχ. 4Α λωρίδα 1), γεγονός που υποδηλώνει ότι η δραστηριότητα σύνδεσης της αλληλουχίας που περιέχει rs7560488 Τ αλληλίου ήταν ισχυρότερη σε σύγκριση με αλληλόμορφο C και του παράγοντα μεταγραφής θα μπορούσε κατά προτίμηση συνδέονται με το αλληλόμορφο Τ αντί C αλληλόμορφο. Επιπλέον, super-EMSA χρησιμοποιώντας ΑΡ-1 αντίσωμα δεν προκάλεσε υπερμετατόπισης της βιοτίνης-σημασμένο ανιχνευτή /πυρηνικής πρωτεΐνης (Εικ. 4 Β λωρίδα 2, 5), υποδεικνύοντας ότι η ΑΡ-1 μπορεί να μην τον παράγοντα μεταγραφής που δεσμεύεται με την περιοχή προαγωγού που περιέχει το αλληλόμορφο Τ ή C. Αυτά τα αποτελέσματα έδειξαν ότι το αλληλόμορφο rs7560488 C θα μπορούσε να μειώσει την πυρηνική δραστηριότητα δέσμευσης πρωτεΐνης αν και ο αντίκτυπος δεν επηρεάζεται από τον παράγοντα μεταγραφής ΑΡ-1. Δραστηριότητα δέσμευσης

(Α) Πυρηνική πρωτεΐνες διαφορετικά αλληλόμορφα DNMT3A1 rs7560488 πολυμορφισμού. βιοτινυλιωμένο ανιχνευτές (60 fmol) επωάστηκαν με πυρηνικά εκχυλίσματα από BGC-823 κύτταρα. Σε πειράματα ανταγωνισμού, 50-πλάσια γραμμομοριακή περίσσεια μη επισημασμένου Τ ή C ανιχνευτές χρησιμοποιήθηκαν για να αποδείξουν την ιδιαιτερότητα κάθε αντίδραση σύνδεσης. (Β) Ο προσδιορισμός υπερ-μετατόπισης διεξάγεται με τη χρήση 20 ng αντι-ΑΡ-1 αντίσωμα (λωρίδα 2, 5).

Η

Σύνδεσης μεταξύ DNMT3A1rs7560488 Πολυμορφισμός και τα επίπεδα έκφρασης του

DNMT3A1

mRNA

Σαράντα τέσσερις γαστρικό καρκίνο ιστούς με διαφορετικούς γονότυπους του rs7560488 DNMT3A1 ήταν διαθέσιμα στην παρούσα μελέτη μας. Λόγω της χαμηλής συχνότητας των CC γονότυπο, αυτό προσθέσαμε στα δείγματα με TC γονότυπο για ανάλυση. Όπως φαίνεται στο Σχ. 5, τα επίπεδα έκφρασης του mRNA DNMT3A1 ήταν χαμηλότερη σε άτομα με TC ή CC γονότυπο σε σχέση με εκείνους με ΤΤ γονότυπο (P & lt? 0,05)..

TT έναντι TC γονότυπους /CC

Η

Συζήτηση

Γονιδίωμα-ευρύ υπομεθυλίωσης και υποστηρικτής υπερμεθυλίωση είναι το σήμα κατατεθέν μιας μεγάλης ποικιλίας καρκίνων που συμβάλλουν στην ογκογένεση και μεθυλίωσης του DNA παίζει σημαντικό ρόλο στη ρύθμιση της γονιδιακής έκφρασης και τη διατήρηση της γονιδιωματικής σταθερότητας [21], [22]. Μεθυλίωσης του DNA γίνεται με μεθυλοτρανσφεράσες DNA (DNMTs)

DNMT1

,

DNMT3B

και

Dnmt3a

[23], [24]. Η

de novo

μεθυλτρανσφεράσες

Dnmt3a

είναι ιδιαίτερα εκφράζεται κατά την πρώιμη εμβρυϊκή ανάπτυξη και κάτω-ρυθμίζονται σε πιο διαφοροποιημένα σωματικά κύτταρα [25]. Ο ρόλος του

Dnmt3a

στον ανθρώπινο καρκίνο τονίστηκε από αναφορές

Dnmt3a

μεταλλάξεις σε περίπου 20% των ασθενών με οξεία μυελογενή λευχαιμία [26], [27]. Η εμφάνιση αυτών των μεταλλάξεων συσχετίζεται με μειωμένη ενζυματική δραστηριότητα και γονιδιωματικές περιοχές με μειωμένη μεθυλίωση.

Dnmt3a

μεταλλάξεις εντοπίστηκαν επίσης στο 8% των ασθενών με μυελοδυσπλαστικό σύνδρομο [28].

Dnmt3a

παίζει επίσης κρίσιμο ρόλο στην επιγενετική αποσιώπηση των αιμοποιητικών βλαστικών κυττάρων (HSC) ρυθμιστικών γονιδίων και επιτρέποντας την αποτελεσματική διαφοροποίηση [29].

Το

Dnmt3a

γονιδιακού τόπου παράγει δύο μεταγραφές που δημιουργούν δύο πρωτεΐνες, όσο μεγαλύτερη είναι

DNMT3A1

και το βραχύτερο

DNMT3A2

, τα οποία διαφέρουν από το ότι ένα 219-αμινο-αμινοξέων (Ν)-τερματική ουρά είναι παρόν μόνο σε ποσοστό

DNMT3A1

[30], [31]. Η Ν-τελική περιοχή του

DNMT3A1

ονομάζεται «κανονιστική» τομέα, διότι δεν διαθέτει την ενζυματική δραστηριότητα μεθυλοτρανσφεράσης DNA. Αυτός ο τομέας δεν μοιράζεται σημαντική ομολογία με οποιαδήποτε άλλη γνωστή πρωτεΐνη.

DNMT3A1

συγκεντρώνεται σε ετεροχρωματίνη, η οποία θεωρείται ότι είναι μεταγραφικά σιωπηλή, και λειτουργεί κυρίως ως μεταγραφική καταστολή [30]. Αλλά άλλες έρευνες έδειξαν ότι το

DNMT3A1

ήταν αποτελεσματικά προσληφθεί στο σιγήσει Oct3 /4 και ενεργοποιείται βιτρονεκτίνη (Vtn) υποκινητές γονιδίων μέσω μοναδική Ν-τελική περιοχή της [32].

Έχει αναφερθεί ότι οι γενετικές παραλλαγές στο

Dnmt3a

γονίδιο συμβάλλει στην καρκινογένεση ιδιαίτερα σχετίζεται με GC [15], [33] – [36]. Στη συνέχεια, προτείνεται περαιτέρω διερεύνηση της σχέσης μεταξύ SNPs και μεταφραστική ρύθμιση προς τα γονίδια-στόχους της. Όμως, η εξακρίβωση βιολογική λειτουργία για κάθε SNP συχνά απαιτεί χρονοβόρες, πειράματα μοριακής βιολογίας. Έτσι, αναλύοντας τον μεγάλο αριθμό SNPs που συνδέεται με κάποιο συγκεκριμένο τόπο στην πράξη απαιτεί συστηματική αξιολόγηση της βιοπληροφορικής και της ιεράρχησης να περιορίσετε το σύνολο των πιθανών λειτουργικών υποψήφιος παραλλαγές. Επειδή τα περισσότερα από τα SNPs είναι LD, οι μελέτες συσχέτισης απλότυπος με βάση θεωρείται πιο ισχυρό από την ενιαία ανάλυση SNP να προσδιορίσει την αιτιώδη γενετικές παραλλαγές που διέπουν την αιτιολογία πολύπλοκων ασθενειών, όπως ο καρκίνος [37] Επιπλέον, η χρήση των tagSNPs που συλλαμβάνουν το μεγαλύτερο μέρος της haplotypic ποικιλομορφία σε μελέτες σύνδεσης έχει προταθεί [38]. Αν και GWAS απέφερε πολυάριθμες SNPs ή tagSNPs σημαντική συσχέτιση με τον καρκίνο, τα περισσότερα από τα tagSNPs βρίσκονται σε περιοχές που κωδικοποιούν μη-πρωτεΐνης (διαγονιδιακές και περιοχές ιντρονίου), προσδιορίζοντας λειτουργικά ή /και συνάφεια παραλλαγές τους έχει ένα σημαντικό περιορισμό της ερμηνείας δεδομένων GWAS παρά του ανάθεση υποτιθέμενο λειτουργικότητα σε πολλούς άλλους GWAS tagSNPs έχει μόνο επιτυχής όταν πρόστιμο χαρτογράφηση γύρω από μια γνωστή περιοχή κινδύνου εκτελέσθηκε [39] – [41].

στην παρούσα μελέτη, έχουμε επιλέξει ένα υποθετικό λειτουργικό rs7560488 tagSNP η οποία μπορεί να αντιπροσωπεύουν SNPs από το

DNMT3A1

υποκινητή με υψηλή ανισορροπία σύνδεσης, είναι δυνατό να προσδιοριστούν γενετική παραλλαγή, χωρίς τον προσδιορισμό του γονότυπου κάθε SNP στο

περιοχή του υποκινητή DNMT3A1

και τη βελτίωση της αποτελεσματικότητας του συνεταιρίζεσθαι. Παρατηρήσαμε ότι τα άτομα που μεταφέρουν tagSNP γονότυπους rs7560488 ΤΤ παρουσίασαν σημαντικά μειωμένη γαστρική κίνδυνο καρκίνου σε σύγκριση με τα άτομα με TC ή CC γονότυπο, που δείχνει ότι το αλληλόμορφο Τ είναι μια προστατευτική επίδραση δυνητικά εκτίθενται από την παρούσα tagSNP. Επιπλέον, οι αναλύσεις που πραγματοποιούνται υπό την προϋπόθεση περαιτέρω στοιχεία που να αποδεικνύουν ότι το TC και CC γονότυπο που σχετίζονται με μειωμένα επίπεδα έκφρασης του

DNMT3A1

mRNA σε γαστρικό ιστούς του καρκίνου, τα αποτελέσματα δείχνουν ότι το

DNMT3A1

tagSNP rs7560488 Τ & gt ? C πολυμορφισμός μπορεί να ρυθμίζει την έκφραση του

DNMT3A1

και με τον τρόπο αυτό να συμβάλει στην ευαισθησία GC. Αυτά τα δεδομένα έδειξαν επίσης ότι DNMT3A1 μπορεί να παίζει ρόλο στην εξέλιξη του καρκίνου του στομάχου, αλλά αυτό το εύρημα θα πρέπει να επιβεβαιωθεί με μεγαλύτερη μελέτη πληθυσμού. Για τις γνώσεις μας, αυτή είναι η πρώτη έκθεση και αποδεικνύει ότι η

DNMT3A1

μεταγραφή επηρεάζεται άμεσα από λειτουργικές rs7560488 tagSNP του

DNMT3A1

περιοχή του υποκινητή και το tagSNP rs7560488T & gt? C συσχετίστηκε με σημαντικά αυξημένο κίνδυνο GC. Στη συνέχεια, πραγματοποιήσαμε ένα πείραμα EMSA να αναλύσει τις βιολογικές συνέπειες της tagSNP rs7560488 πολυμορφισμού στην BGC-823 κύτταρα. Τόσο το Τ αλληλόμορφο και οι ανιχνευτές αλληλόμορφο C έδειξε δύο λωρίδες πηκτώματος βάρδιες, αλλά πειράματα ανταγωνισμού έδειξε την συγγένεια σύνδεσης προς τις πυρηνικές πρωτεΐνες από την παραλλαγή ανιχνευτή αλληλόμορφο Τ ήταν μεγαλύτερη από αυτή που παρατηρείται με το ομόλογό C αλλήλιο ιχνηθέτη. Έτσι, η αυξημένη ικανότητα του Τ αλληλόμορφου δέσμευσης του DNA-πρωτεΐνης μπορεί να είναι υπεύθυνη για την αυξημένη

DNMT3A1

δραστηριότητα υποκινητή που παρατηρούνται σε δοκιμασίες υποστηρικτής μας. πείραμα Super-EMSA που χρησιμοποιείται ΑΡ-1 αντισώματα δεν πήρε μια στροφή υπερ-gel έδειξε ότι παράγοντες μεταγραφής ΑΡ-1 δεν μπορεί να αφορά στη διαμόρφωση των μεταγραφικών συμπλόκων στη θέση rs7560488 tagSNP. Ένα άλλο νέο αποτέλεσμα προέρχεται από τη συσχέτιση μεταξύ ηλικίας και rs7560488 Τ & gt? C πολυμορφισμού στην στρωματοποιημένη ανάλυση άφησε να εννοηθεί ότι λιγότερο από το 60 ετών ήταν πιο επιρρεπείς σε καρκίνο του στομάχου με tagSNP rs7560488 Τ & gt? C. Είναι πιθανό ότι

DNMT3A1

επηρεάζει τη μεταγραφή συγκεκριμένων γονιδίων, ιδίως και οι αλλαγές σε ορισμένα γονίδια αυξάνουν τον κίνδυνο GC. Τα αποτελέσματα αυτά δείχνουν επίσης ότι το ισχυρότερο παράγοντα κινδύνου για GC είναι tagSNP rs7560488 Τ & gt? C, ειδικά σε νεαρή ηλικία

Στο σύνολό τους, η μελέτη αυτή παρέχει την πρώτη μηχανιστική εικόνα για το πώς αυτή η νέα λειτουργικά rs7560488 tagSNP T & gt?. Παραλλαγή C συνδέεται σημαντικά με τον κίνδυνο του καρκίνου του στομάχου σε ένα κινεζικό πληθυσμό. Βρήκαμε ότι η T στην αλλαγή του C μεταβάλλεται ουσιωδώς μεταγραφική δραστηριότητα του

γονίδιο DNMT3A1

μέσω επηρεάζουν τη δέσμευση ορισμένων μεταγραφικών παραγόντων και έτσι να αλλάξει επίπεδο έκφρασης DNMT3A1, αν μια καθορισμένη μεταγραφικοί παράγοντες μένει να αποδειχθεί. Τα ευρήματά μας παρέχουν μια εικόνα που

DNMT3A1

υποστηρικτής rs7560488 Τ & gt?. διακύμανσης C είναι μια πολλά υποσχόμενη βιοδείκτης για την αξιολόγηση του πληθυσμού ευπαθή σε GC και να παρέχει πολύτιμες πληροφορίες προς μελλοντική έρευνα στο γαστρικό παθογένεση του καρκίνου

Ευχαριστίες

Σας ευχαριστούμε Καθηγητής Yaping Wang, ο Δρ Zhenming Cai, Λιλή Cao (Πανεπιστήμιο Nanjing, Nanjing, Κίνα) και Zhenghao Zhang (Πανεπιστήμιο της Νοτιοανατολικής Ευρώπης, Nanjing, Κίνα) για HRM του γονότυπου.