Αφηρημένο

Σε καρκίνο του παχέος εντέρου (CRC), μια κληρονομική κίνδυνο ευαισθησίας επηρεάζει περίπου το 35% των ασθενών, ενώ υψηλή διεισδυτικότητα μεταλλάξεις βλαστικής σειράς αντιπροσωπεύουν & lt? 6% των περιπτώσεων. Ένα σημαντικό ποσοστό των σποραδικών όγκων θα μπορούσε να εξηγηθεί από την συν-κληρονομικότητα πολλαπλών παραλλαγών χαμηλής διεισδυτικότητας, μερικά από τα οποία είναι κοινά. Εκτιμήσαμε την ευαισθησία σε CRC που απορρέουν από γενετικές παραλλαγές στο

TGFBR1

τόπο. Αναλύσαμε 14 πολυμορφισμών και το αλληλόμορφο-ειδική έκφραση (Χ.Α.) της

TGFBR1

στο 1025 άτομα από τον ισπανικό πληθυσμό. Μια μελέτη ασθενών-μαρτύρων αναλήφθηκε με 504 ελέγχους και 521 ασθενείς με σποραδικό CRC. Δεκατέσσερα πολυμορφισμούς που βρίσκεται στο

TGFBR1

τόπου γονότυπος με το

iPlex Gold

(

MassARRAY-Sequenom

) τεχνολογία. Περιγραφική αναλύσεις των πολυμορφισμών και απλοτύπων και μελέτες συσχέτισης πραγματοποιήθηκαν με το πακέτο εργασίας SNPator. Δεν σχετικές ενώσεις ανιχνεύθηκαν μεταξύ μεμονωμένων πολυμορφισμών ή απλοτύπων και του κινδύνου CRC. Η

TGFBR1 * 9Α /6Α

πολυμορφισμού χρησιμοποιήθηκε για την ανάλυση του ΧΑ. Ετερόζυγα άτομα αναλύθηκαν για ASE με ανάλυση θραύσμα χρησιμοποιώντας cDNA από κανονικό ιστό. Το σχετικό επίπεδο της έκφρασης αλληλόμορφων παρέκταση από μία πρότυπη καμπύλη. Η τιμή αποκοπής υπολογίσθηκε με το δείκτη Youden του. ΧΑ βρέθηκε στο 25,4% των ασθενών και 16,4% των ελέγχων. Λαμβάνοντας υπόψη τόσο διτροπική και συνεχή τύπους διανομής, δεν εντοπίστηκαν σημαντικές διαφορές μεταξύ των τιμών του ΧΑ των ασθενών και ελέγχων. Είναι ενδιαφέρον, μια συνδυασμένη ανάλυση των πολυμορφισμών και ΧΑ για τη σύνδεση με το CRC εμφάνιση αποκάλυψε ότι ASE-θετικά άτομα που φέρουν μία από τις πιο κοινές απλοτύπων (Η2: 20,7%) παρουσίασαν αξιοσημείωτη ευαισθησία σε CRC (RR: 5,25? 95% CI: 2.547 -5.250? p & lt? 0.001) με συντελεστή συνέργεια 3.7. Στη μελέτη μας, το 54,1% των σποραδικών CRC περιπτώσεις ήταν αποδίδεται στην κληρονομικότητα της απλότυπος Η2 και

TGFBR1

ΧΑ. Αυτά τα αποτελέσματα υποστηρίζουν την υπόθεση ότι η αρχιτεκτονική των αλληλομόρφων γονιδίων του καρκίνου, αντί μεμονωμένων πολυμορφισμών, ορίζει με μεγαλύτερη ακρίβεια τον κίνδυνο CRC

Παράθεση:. Martinez-Canto Α, Castillejo Α, Mata-Μπαλαγκέρ T, Castillejo MI, ο Hernandez -Illan Ε, Irles Ε, et al. (2012)

TGFBR1

Intralocus επιστατικές Αλληλεπίδραση ως παράγοντας κινδύνου για καρκίνο του παχέος εντέρου. PLoS ONE 7 (1): e30812. doi: 10.1371 /journal.pone.0030812

Επιμέλεια: Aedín Γ Culhane, Harvard School of Public Health, Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής

Ελήφθη: 20 Σεπτεμβρίου, 2011? Αποδεκτές: 21η, Δεκεμβρίου του 2011? Δημοσιεύθηκε: 23 Ιαν 2012

Copyright: © 2012 Martinez-Canto et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Αυτή η δράση έχει υποστηριχθεί εν μέρει από τις επιχορηγήσεις από την Generalitat Valenciana στην Ισπανία (AP140 /08) και του Ιδρύματος Ιατροβιολογικών Ερευνών από το Νοσοκομείο του Έλτσε, Ισπανία (FIBElx0902). AM-C, CE, και CG είναι αποδέκτες των υποτροφιών από τις Fundacion Juan Πέραν-Pikolinos? Fundacion Καρολίνα-BBVA και Conselleria de Educación (Generalitat Valenciana), respectivelly. Καμία πρόσθετη εξωτερική χρηματοδότηση που έλαβε για την παρούσα μελέτη. Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

Καρκίνος του παχέος εντέρου (CRC) επηρεάζει περισσότερους από ένα εκατομμύριο άνθρωποι σε όλο τον κόσμο κάθε χρόνο και γίνεται το πιο διαδεδομένο είδος καρκίνου στις ανεπτυγμένες χώρες [1]. Τα βαθύτερα αίτια της CRC είναι συνδυασμοί των περιβαλλοντικών και γενετικών παραγόντων σε διαφορετικές αναλογίες. Ένα σημαντικό ποσοστό των σποραδικών όγκων θα μπορούσε να εξηγηθεί από την συν-κληρονομικότητα πολλαπλών παραλλαγών χαμηλής διεισδυτικότητας, μερικά από τα οποία είναι κοινά. Κληρονομική προδιάθεση κρύβεται πίσω από -35% της διακύμανσης στο CRC κινδύνου, λαμβάνοντας υπόψη ότι η υψηλή διεισδυτικότητα μεταλλάξεις βλαστικής σειράς αντιπροσωπεύουν & lt? 6% των περιπτώσεων [2]

Κοινή γενετικές παραλλαγές σε πολλά τόπους που εμπλέκονται στον παράγοντα βήτα μετασχηματιστικής ανάπτυξης. (TGF-β) υπεροικογένεια μονοπατιού σηματοδότησης έχουν αναγνωριστεί ως παραλλαγές χαμηλή διεισδυτικότητα που επηρεάζουν την ανάπτυξη CRC, όταν χρησιμοποιείται μια αμερόληπτη προσέγγιση, όπως η ανάλυση του γονιδιώματος σε επίπεδο σύνδεσης (GWA) [2].

TGF -β είναι ένας από τους πιο ισχυρούς αναστολείς του πολλαπλασιασμού των επιθηλιακών κυττάρων. Ανωμαλίες σε αυτό το σηματοδοτικό μονοπάτι είναι σχεδόν καθολική σε καρκινικά κύτταρα και διαμεσολαβούνται μέσω μιας ποικιλίας μηχανισμών [3]. Ο τύπος ΤΟΡ-β υποδοχέα Ι (που κωδικοποιείται από το

TGFBR1

γονίδιο) είναι ένας μεσολαβητής της TGF-β σήματα ανασταλτική της ανάπτυξης και έχει γίνει στόχος σε διάφορες μελέτες της ευαισθησίας και της εξέλιξης του καρκίνου, με συχνά αντικρουόμενα αποτελέσματα [4 ] – [7]

Πρόσφατα, ένα φαινόμενο που ονομάζεται «έκφραση αλληλόμορφο-ειδική» (ΧΑ) περιγράφηκε.? ΧΑ εμφανίζεται στα βλαστικά κύτταρα στο

TGFBR1

γονίδιο στο 10% -20% των ασθενών με CRC και δημιουργεί αυξημένο κίνδυνο CRC (λόγος πιθανοτήτων [OR]: 8,7? 95% διάστημα εμπιστοσύνης [CI]: 2.6- 29.1), αν και η υποκείμενη γενετική αιτία αυτής της μεταγραφικής παραλλαγής παραμένει άγνωστη [8]. Πιο πρόσφατα, αντίθετα αποτελέσματα έχουν αναφερθεί, ότι το ΧΑΑ των

TGFBR1

παρατηρήθηκε ως ένα σπάνιο γεγονός και δεν παρατηρήθηκε αυξημένη ευαισθησία σε CRC θα μπορούσε να ανιχνευθεί [9] – [14].

επί του παρόντος αποδεκτό ότι υπάρχει άμεση συσχέτιση μεταξύ της μιας γενετικής ευαισθησίας σε καρκίνο και τον αριθμό των αλληλίων κινδύνου που φέρεται από ένα άτομο [15]. Αποδεικτικά στοιχεία για την υπόθεση αυτή προέρχονται από διάφορες μελέτες, στις οποίες οι συγγραφείς ανέλυσαν ένα συνδυασμό ενός μικρού αριθμού αλλήλια ευαισθησίας σε διαφορετικούς γενετικούς τόπους [2]. Το 2% του πληθυσμού με τον υψηλότερο κίνδυνο, ο οποίος πραγματοποίησε πολλαπλές αλληλόμορφα χαμηλού κινδύνου, είχαν μια αύξηση της CRC περίπου τετραπλάσια σε σύγκριση με τα άτομα με μεσαίο κίνδυνο πληθυσμού [15].

Στην παρούσα μελέτη, έχουμε ως στόχο να χαρτογραφήσει τις αλληλεπιδράσεις γενετική προδιάθεση για CRC στο

TGFBR1

τόπο. Τα αποτελέσματά μας δείχνουν ότι τα άτομα που μεταφέρουν το συνδυασμό ενός συγκεκριμένου απλότυπου και ΧΑ έχουν σημαντικά αυξημένο κίνδυνο CRC (σχετικός κίνδυνος [RR]: 5,25? 95% CI: 2,547 – 5,250? p & lt? 0.001), αν και κανένας από αυτούς τους παράγοντες είχαν σημαντική επίδραση στην ευαισθησία CRC όταν αναλύονται ξεχωριστά.

Μέθοδοι

Στόχοι

η υπόθεση εργασίας που δοκιμάζονται σε αυτή τη μελέτη ήταν ότι η λεπτομερής intralocus αλληλόμορφο αρχιτεκτονική του

TGFBR1

προβλέπει με μεγαλύτερη ακρίβεια τη γενετική προδιάθεση για CRC ό, τι οι μεμονωμένες πολυμορφισμών μονού νουκλεοτιδίου (SNPs). Έχουμε ως στόχο να χαρτογραφήσει τις αλληλεπιδράσεις γενετικής προδιάθεσης σε το

TGFBR1 τόπου

που επηρεάζουν CRC, που ορίζεται από 14 πολυμορφισμών και

TGFBR1

ΧΑ, σε μια μελέτη ασθενών-μαρτύρων.

Συμμετέχοντες

οι ασθενείς με σποραδική CRC.

τα άτομα με σποραδικές CRC (n = 521), οι οποίοι υποβλήθηκαν σε χειρουργική επέμβαση με θεραπευτική πρόθεση συμπεριλήφθηκαν στην παρούσα μελέτη. Οι ασθενείς με οικογενή αδενωματώδη πολυποδίαση ή σύνδρομο Lynch αποκλείστηκαν. Επίσης αποκλείονται ασθενείς με υποψία συνδρόμου Lynch (όγκοι διαγιγνώσκονται νωρίτερα από 50 ετών, με μικροδορυφόρων αστάθεια). Η μέση ηλικία των ασθενών που περιλαμβάνονται κατά τη διάγνωση ήταν 67 έτη (εύρος 23-93 έτη). Τα κλινικά και παθολογικά χαρακτηριστικά των ασθενών CRC δίνονται αναλυτικά στον Πίνακα 1.

Η

βιολογικά δείγματα ασθενών και κλινικές και παθολογικές πληροφορίες που ελήφθησαν από τις Βιοτράπεζες στο Πανεπιστημιακό Νοσοκομείο Έλτσε και Castellon Επαρχιακό Νοσοκομείο (Ισπανία ).

έλεγχοι.

Οι έλεγχοι (n = 504) χωρίς την προσωπική ιστορία του καρκίνου και με διαγνώσεις πιστεύεται ότι είναι άσχετη με την ασθένεια που μας ενδιαφέρει (π.χ., κατάγματα οστών, πολλαπλά τραύματα, το αίμα ανωμαλίες γλυκόζη, αγγειακές και καρδιακές παθήσεις, οι επιπλοκές που σχετίζονται με νεφρική ανεπάρκεια) επιλέχθηκαν από την Έλτσε Πανεπιστημιακό Νοσοκομείο Βιοτράπεζα (Ισπανία). διάμεση ηλικία τους ήταν 72 έτη (εύρος 23-98 έτη).

Περιγραφή των διαδικασιών και των ερευνών που διεξάγουν

DNA εξόρυξη /RNA και σύνθεση cDNA.

DNA και RNA ήταν εκχυλίζονται από τα περιφερειακά λευκοκύτταρα αίματος των μαρτύρων και από την κανονική εμφανιζόμενο βλεννογόνο του κόλου των ασθενών CRC. DNA εξόρυξη /RNA και cDNA σύνθεση πραγματοποιήθηκαν όπως περιγράφηκε προηγουμένως [16].

επιλογή Πολυμορφισμός.

Η επιλογή των SNPs βασίστηκε στην ένωσή τους με την εμφάνιση του

TGFBR1

ΧΑ, όπως περιγράφεται από Valle et al. [8]. Συνολικά 14 πολυμορφισμών που εκτείνονται κατά μήκος 71 kb στο

TGFBR1 τόπου

γονότυπος. Έξι SNPs ήταν ενδογονικοί, πέντε βρίσκονταν ανοδικά από το γονίδιο, και τρεις είχαν βρίσκεται καθοδικά από το γονίδιο (Σχήμα S1). Οι rs7034716 SNPs και rs6478974 περιγράφεται ως tagSNPs στην περιοχή αυτή, σύμφωνα με τη βάση δεδομένων HapMap (Data Rel27 Φάσης ΙΙ + ΙΙΙ).

SNP γονοτυπική.

λογισμικό MassARRAY Designer (Sequenom) χρησιμοποιήθηκε για το σχεδιασμό της δοκιμασίας PCR και εκκινητές iPlex επέκταση μονής βάσης για την πολυπλεξία ανάλυση. IPLEX Gold δοκιμασία MassARRAY (Sequenom) είναι ένα αστάρι διαδικασία επέκτασης σχεδιασμένο να ανιχνεύει τις διαφορές ακολουθίας στο επίπεδο του μονού νουκλεοτιδίου. Τα αλληλόμορφα συγκεκριμένες διαφορές μάζας μεταξύ των προϊόντων επέκτασης ανιχνεύονται με MALDI-TOF /MS.

Ανάλυση του

TGFBR1

9Α /6Α πολυμορφισμός.

Έχουμε αναφερθεί στο παρελθόν η προσδιορισμό του γονότυπου των πολυμορφικών επαναλαμβανόμενων τρινουκλεοτιδίου 9Α /6Α στο

TGFBR1

εξόνιο 1 (rs11466445) σε ασθενείς με σποραδικό CRC και σε ελέγχους [16].

ανάλυση ΧΑ.

μεταχειρισμένα cDNA από όλα τα ετερόζυγα άτομα 9Α /6Α για την ανάλυση της χρηματιστηριακής εταιρίας του

TGFBR1

. Για την ποσοτικοποίηση του Χ.Α., χρησιμοποιήσαμε μια πρότυπη καμπύλη εννέα σημείων κατασκευαστεί με αραιώσεις του cDNA από 9Α και 6Α ομόζυγα άτομα αραιώσεις: 9:01, 8:02, 7:03, 6:04, 5:05, 4:06, 3:07, 2:08 και 1:09). Μια πρότυπη καμπύλη (συντελεστής συσχέτισης του Pearson & gt? 0,98) χρησιμοποιήθηκε για να παρεμβάλει τη σχετική ΧΑ για κάθε άτομο. Κάθε δείγμα cDNA ελέγχθηκε εις τριπλούν. δείγματα cDNA από τρεις ετερόζυγα άτομα χρησιμοποιήθηκαν επίσης ως βαθμονομητές σε όλα τα ποσοτικά πειράματα ΧΑ για την αξιολόγηση και ορθή για τους πιθανούς πειραματικής εναλλαγής. Η τιμή αποκοπής υπολογίστηκε με ανάλυση λειτουργίας δέκτη καμπύλη, για να εκτιμηθεί η ευαισθησία και η ειδικότητα των διαφόρων σημείων αποκοπής, και να επιλέξετε την καλύτερη τιμή για το δείκτη Youden του.

Ηθική

γραπτή συγκατάθεση για συμπερίληψη στην αντίστοιχη Βιοτράπεζα λήφθηκε από κάθε συμμετέχοντα άτομο. Η μελέτη εγκρίθηκε από τις επιτροπές δεοντολογίας των Έλτσε και Castellon Νοσοκομεία.

Στατιστικές μέθοδοι

Περιγραφική ανάλυση των πολυμορφισμών και απλοτύπων πραγματοποιήθηκαν με τη γενετική στατιστική πλατφόρμα SNPator [17]. Πριν αναλύθηκαν οι επιμέρους πολυμορφισμούς, Hardy-Weinberg ισορροπία επιβεβαιώθηκε για την ομάδα ελέγχου. Η πλατφόρμα SNPator χρησιμοποιεί το πρόγραμμα ΦΑΣΗ για την εκτίμηση απλότυπος. Το πρόγραμμα αυτό υλοποιεί ένα Bayesian στατιστική μέθοδος για ανοικοδόμηση απλοτύπων από τα δεδομένα του πληθυσμού γονότυπο.

Η πολυπαραγοντική άνευ όρων μοντέλα λογιστικής παλινδρόμησης υποθέτοντας κυρίαρχη, υπολειπόμενο, πρόσθετο, ή συνεπικρατούν τρόπους κληρονομιά χρησιμοποιήθηκαν για την αξιολόγηση της συσχέτισης μεταξύ των πολυμορφισμών ή απλοτύπων και . CRC

διερευνηθούν οι πιθανές επιπτώσεις της τροποποίησης από το φύλο, την ηλικία (κάτω vs πάνω από την μέση ηλικία: 67 χρόνια), τη θέση του όγκου (εγγύς vs άπω), και το στάδιο του όγκου (Ι και ΙΙ vs III και IV ) στο αντίστοιχο στρωματοποιημένη ανάλυση.

Ένα χ

2 δοκιμή χρησιμοποιήθηκε για την αξιολόγηση των διαφορών στις συχνότητες φορέα παραλλαγή μεταξύ της ομάδας των ασθενών και της ομάδας ελέγχου και η ανάλυση όλων σύνδεσης μεταξύ των SNPs και της κλινικής και παθολογικοί παράγοντες. δοκιμή τάση Armitage χρησιμοποιήθηκε για τον υπολογισμό σ για τις τάσεις στο μοντέλο πρόσθετης κληρονομικότητας. Όλες οι τιμές ρ ήταν δύο όψεων και η P & lt? 0,05 θεωρήθηκε σημαντική. Τα αποτελέσματα εκφράζονται ως ΕΑΠ και 95% ΠΙ. Ισχύς προσδιορίστηκε χρησιμοποιώντας απευθείας σύνδεση στατιστικού λογισμικού (https://www.stat.ubc.ca/~rollin/stats/ssize/caco.html). μέθοδος Bonferroni για τη διόρθωση για πολλαπλές δοκιμές συμπεριλήφθηκε στην ανάλυση για να εξασφαλιστεί ότι η συνολική συντελεστής εμπιστοσύνη διατηρήθηκε. Μια μη παραμετρική Mann-Whitney U χρησιμοποιήθηκε για την ανάλυση του ΧΑ όταν η διανομή θεωρήθηκε συνεχής. Η RR, παράγοντας συνέργειας, και ο πληθυσμός που αναλογεί ποσοστό κινδύνου (PAR%) υπολογίστηκαν στην συνδυασμένη ανάλυση των απλοτύπων και ΧΑ.

Αποτελέσματα

Δεν υπήρχε στατιστικά σημαντική διαφορά στη μέση ηλικία ή κατανομή του φύλου των ασθενών και των ελέγχων

πολυμορφισμούς TGFBR1 και CRC

Ένα σύνολο από 782 άτομα (405 ασθενείς και 377 μάρτυρες) ο γονότυπος για τους 13 SNPs. Η ποσότητα ή /και την ποιότητα του DNA των υπόλοιπων άτομα ήταν ανεπαρκής για την ανάλυση με την τεχνολογία iPlex. Ποιοτικός έλεγχος για προσδιορισμό του γονότυπου εκτιμήθηκε με πραγματικού χρόνου PCR με ανιχνευτές TaqMan για διακρίσεις αλληλομόρφων στο 0,7% των γονότυπων που προσδιορίζονται από την τεχνολογία Iplex. Γονοτυπικός της πολυμορφικής επαναλαμβανόμενες τρινουκλεοτίδιο 9Α /6Α σε

TGFBR1

εξώνιο 1 (rs11466445) αξιολογήθηκε σε όλους τους ασθενείς και τους ελέγχους συμπεριλήφθηκαν στη μελέτη.

Οι συχνότητες αλληλόμορφων και γονότυπο φαίνονται στους Πίνακες S1 και S2, αντίστοιχα. Όλες οι πολυμορφισμοί που περιλαμβάνονται σε αυτή τη μελέτη είχαν μικρή συχνότητα αλληλόμορφο (MAF) μεγαλύτερη από 8% (Πίνακες S1 και S2). Η κατανομή γονότυπος στον πληθυσμό ελέγχου δεν αποκλίνουν σημαντικά από αυτό που αναμενόταν για έναν πληθυσμό σε ισορροπία Hardy-Weinberg (

P

& gt? 0,25). Οι αλληλόμορφες συχνότητες που βρέθηκαν ήταν παρόμοιες με αυτές που αναφέρθηκαν στη βάση δεδομένων HapMap (https://hapmap.org) και το NCBI dbSNP (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp/).

μελέτες Σύλλογος των επιμέρους SNPs με CRC εμφάνιση έδειξε σημαντικά αποτελέσματα για SNPs rs7034716, rs10739778 και rs334365, με ΕΑΠ από 1.36-1.42 (Πίνακας 2). Μια στρωματοποιημένη ανάλυση έδειξε μια σημαντική συσχέτιση μεταξύ του ανηλίκου αλληλόμορφο και διάγνωση CRC σε νεαρότερη ηλικία (& lt? 67 χρόνια) για τους rs7033283 SNPs, 7034462, 7034867, 12686783, 11466445, και rs928180 (Πίνακας 3). Καμία άλλη σημαντική συσχέτιση βρέθηκε όταν η ανάλυση έγινε στρωματοποίηση κατά φύλο, τη θέση του όγκου, ή το στάδιο.

Η

Μια ανισορροπία σύνδεσης (LD) μελέτη έδειξε μια γενικά υψηλό επίπεδο διασύνδεσης μεταξύ των πολυμορφισμών που αναλύθηκαν . Οι τιμές σύνδεσης για περισσότερο από το 80% των ζευγαριών των SNPs οδήγησε σε D ‘& gt? 0,8. Οι προσδιορίζονται tagSNPs για την περιοχή αυτή περιλαμβάνονται οι rs7034462 SNPs, rs7034867, και rs928180, όλα με MAF & lt?. 10% (Πίνακας S3)

Μια ανάλυση απλοτύπου έδειξαν την παρουσία 17 και 27 διαφορετικές απλοτύπων στους ελέγχους και τους ασθενείς , αντίστοιχα. Μόνο έξι από αυτές απλοτύπων (Η1, Η2, Η3, Η4, Η5, Η13 και) είχαν μία συχνότητα υψηλότερη από 1% των ομάδων ελέγχου? αυτές επιλέχθηκαν για τις μελέτες σύνδεσης. Οι περιγραφές των απλοτύπων και των συχνοτήτων τους δίνονται στους Πίνακες S4 και S5, αντίστοιχα.

Μερικές σημαντικές συσχετίσεις μεταξύ των απλοτύπων και CRC βρέθηκαν στην στρωματοποιημένη ανάλυση. Για τα άτομα ηλικίας άνω των 67 ετών, οι απλότυποι Η2 και Η5 συνδέθηκαν με αύξηση και μείωση της CRC, αντίστοιχα. Τα άτομα ηλικίας κάτω των 67 χρόνων και φέρουν το απλότυπος Η1 είχαν χαμηλότερο κίνδυνο CRC. Τέλος, αρσενικά άτομα που φέρουν τον απλότυπο Η4 είχαν χαμηλότερο κίνδυνο CRC (Πίνακας 4).

Η

TGFBR1

ΧΑ

Μια ανάλυση του Χ.Α. πραγματοποιήθηκε στο ενημερωτικό άτομα για τον πολυμορφισμό rs11466445: 9Α /6Α ετερόζυγα άτομα (71 ασθενείς και 67 ελέγχους? n = 138). Η σχετική

TGFBR1

έκφραση υπολογίζεται από μία πρότυπη καμπύλη σχεδιάστηκε (Σχήμα 1). Η μέση αναλογία του ΧΑ ήταν ελαφρώς υψηλότερο για τους ασθενείς CRC από ό, τι για τους μάρτυρες (0,896 ± 0,317 έναντι 0,862 ± 0,155, αντίστοιχα).

Το

TGFBR1

αλληλόμορφο αναλογίες σε ασθενείς με σποραδικό CRC (πάνελ Α) και τους ελέγχους (πίνακας Β). Η ASE-αρνητική περιοχή αντιπροσωπεύεται από το χρωματιστό ορθογώνιο μεταξύ των τιμών αποκοπής (0.78 και 1.27). Η μέση τιμή και η τυπική απόκλιση παρουσιάζονται για κάθε δείγμα.

Η

Για την ανάλυση στην οποία Χ.Α. θεωρήθηκε ότι έχει μια δικόρυφη είδος της διανομής, τα άτομα που θεωρήθηκαν θετικά για την παρουσία του Χ.Α., εφόσον αποδειχθεί μια αλληλομόρφων αναλογία έκφρασης & lt? 0,78 ή & gt? 1,27. Αυτές οι τιμές αποκοπής αντιστοιχεί στην 9Α /6Α αναλογίες αλληλόμορφο 44:56 και 56:44, αντίστοιχα (ευαισθησία: 0,295? Ιδιαιτερότητα: 0.836? Δείκτης Youden είναι: 0.131? Πίνακας S6). Στους θετικούς ασθενείς, παρατηρήθηκε μία συνεπής σχετική υπερέκφραση του αλληλόμορφου * 6Α (

P

= 0,045).

Δεκαοκτώ ασθενείς (25,4%) και 11 μάρτυρες (16,4%) ήταν θετικά για ΧΑ, που δεν παρουσιάζει σημαντική συσχέτιση με τον κίνδυνο εμφάνισης καρκίνου (OR: 1.697? 95% CI: 0,74 – 3,87?

P

= 0,213). Στο στρωματοποιημένη ανάλυση του CRC, ΧΑ ήταν πιο συχνά σε άτομα με όγκους σε πρώιμο στάδιο. (

P

= 0,016? Πίνακας S7)

Καμία σημαντική συσχέτιση βρέθηκε όταν θεωρήθηκε Χ.Α. ένα συνεχής μεταβλητή (

P

= 0.179)

συνδυασμένη ανάλυση των TGFBR1 ΧΑ και απλοτύπων

Βρήκαμε μια πολύ σημαντική συσχέτιση μεταξύ της δεύτερης πιο κοινές απλότυπος Η2 (ασθενείς:. 24.07 %? έλεγχοι: 20,72%), ΧΑ (ασθενείς: 25,4%? έλεγχοι: 16,4%), και CRC εμφάνιση. Τα άτομα που φέρουν τον απλότυπο Η2 με ΧΑ εμφάνισαν υψηλό κίνδυνο CRC (

P

& lt? 0,0001? Πίνακας 5). Όταν Η2 και ΧΑ θεωρούνταν ανεξάρτητοι παράγοντες, οι συχνότητες που παρατηρούνται στους ασθενείς διέφεραν σημαντικά από τις αναμενόμενες συχνότητες (

P

= 0,013), αλλά δεν το έπραξε όσον αφορά τους ελέγχους (

P

& gt ? 0,05? Πίνακας S8)

η

Οι τιμές RR για το ΧΑΑ και ο απλότυπος Η2 ήταν 1,24 (95% CI:. 0,86 – 1,68?

P

= 0.213) και 1.123 (95 % CI: 0,98 – 1,28?

P

= 0,095), αντίστοιχα. Κατά συνέπεια, η αναμενόμενη συνδυασμό RR για ΧΑ και Η2 ήταν 1,42, ενώ η παρατηρούμενη RR ήταν 5.250 (95% CI: 2,55 – 5,25?

P

& lt? 0,0001). Η προκύπτουσα παράγοντας συνέργειας ήταν 3,7 και το αναλογούν κινδύνου του πληθυσμού ήταν 54,1% (Πίνακας 6).

Η

Συζήτηση

Σύμφωνα με τα αποτελέσματά μας, η συνδυασμένη ανάλυση πολλαπλών γενετικών παραγόντων που σχετίζονται με τον καρκίνο ευαισθησία, με επουσιώδη επιμέρους βάρη, θα μπορούσε να αποκαλύψει μια πιο ακριβή αρχιτεκτονική intralocus αλληλομόρφων από αναλύσεις μπορούν μεμονωμένα, και να καθορίσει συγκεκριμένες υποομάδες των ατόμων με σημαντικά επίπεδα κινδύνου για CRC.

στην παρούσα εργασία, έχουμε παρουσιάσει στοιχεία που να άτομα που μεταφέρουν το συγκεκριμένο

TGFBR1

Η2 απλότυπος και

TGFBR1

ΧΑ έχουν υψηλό σχετικό κίνδυνο CRC (RR = 5.250? 95% CI: 2,55 – 5,25), ενώ ο ατομικός κίνδυνος που συνδέεται με κάθε από αυτούς τους παράγοντες είναι αμελητέα. Μια σημαντική συνεργιστική σχέση εντοπίστηκε στην συνδυασμένη ανάλυση, υποστηρίζοντας την υπόθεση ότι η αρχιτεκτονική των αλληλομόρφων γονιδίων του καρκίνου μπορεί να προσδιοριστεί με μεγαλύτερη ακρίβεια τον κίνδυνο καρκίνου. Η υπολογιζόμενη PAR% ήταν 54,1%, υποδεικνύοντας ότι περισσότερο από το ήμισυ του σποραδικές CRC στον πληθυσμό μας οφείλεται στο συνδυασμό του H2 και ΧΑ γενετικών παραγόντων στο

TGFBR1 τόπο

. Περαιτέρω ανεξάρτητες μελέτες με μεγαλύτερα δείγματα που απαιτείται για να επιβεβαιώσει αυτά τα αποτελέσματα.

Αυτή τη στιγμή αποδεκτό ότι η επίδραση των πιο κοινά αλληλόμορφα χαμηλής διεισδυτικότητας είναι ουσιαστικά ανεξάρτητη και η κατοχή του αυξημένου αριθμού των αλληλομόρφων κινδύνου συνδέεται με μία αυξημένο κίνδυνο εμφάνισης καρκίνου, σύμφωνα με μια πολυγονιδιακή μοντέλο της ευαισθησίας της νόσου [15].

Τα αποτελέσματά μας δείχνουν ότι μπορεί να υπάρχει intralocus επιστατικές αλληλεπιδράσεις μεταξύ κοινές παραλλαγές των παραγόντων ευαισθησίας CRC. Άμεση πειραματική απόδειξη για την ύπαρξη μηχανισμών για την εν λόγω intralocus επιστατικές αλληλεπιδράσεων έχει αναφερθεί στο παρελθόν [18].

Συγκρατημένη αλλαγές της γονιδιακής έκφρασης μπορεί να έχουν σημαντικές βιολογικές συνέπειες, όπως φαίνεται στο

APC

γονιδίου, όπου 50% συνταγματική μειώσεις στην έκφραση ενός αλληλόμορφου μπορεί να οδηγήσει στην ανάπτυξη με οικογενή αδενωματώδη πολυποδίαση [19].

ASE είναι ένα ευρέως διαδεδομένο φαινόμενο που επηρεάζει την έκφραση του 20% των ανθρώπινων γονιδίων. Οι αλληλικές διαφορές είναι κληρονομικές κατά τρόπο αυτοσωματικό και δεν αποτυπώνονται [20], [21]. Καθορισμός ΧΑ θα μας βοηθήσει να εκτιμήσουν την έκταση των λειτουργικά σημαντικών ρυθμιστικών παραλλαγές και να επικεντρωθεί σε υποψήφιο απλοτύπων που σχετίζονται με μεταβλητά εξέφρασε αλληλόμορφα, που επιτρέπει τη λεπτομερή μοριακό χαρακτηρισμό των συγκεκριμένων πολυμορφισμών [20].

ΧΑ αντιπροσωπεύει τη φαινοτυπική επίδραση της άγνωστης γενετικές παραλλαγές, και μπορεί να περιλαμβάνει ένα ή περισσότερα τοπικά ή απομακρυσμένα παράγοντες, οι οποίοι μπορούν να ενεργούν στο

cis

ή

trans

. Επιπλέον, οι σωρευτικές επιπτώσεις, επίσταση, γονότυπο-περιβαλλοντικών αλληλεπιδράσεων, και πλειοτροπίας μπορεί να ευθύνεται για την πολύπλοκη γενετική αρχιτεκτονική που διέπουν αυτές τις μεταγραφικές μεταβολές [22]. Εύλογο ετερογένεια σε ρυθμιστικούς παράγοντες, οι διαφορές σε επιλεγμένες ομάδες ασθενών CRC, και διαφορές στις μεθοδολογικές προσεγγίσεις μπορεί να είναι υπεύθυνη για τα φαινόμενα incongruent δημοσιεύονται αποτελέσματα για

TGFBR1

ASE [8] – [14].

ΧΑ έχει μετρηθεί από διάφορους συγγραφείς με υπολογισμό της αναλογίας δόσης (cDNA /gDNA) [8], [10] – [12]. Ωστόσο, αναγνωρίζεται ότι η μεθοδολογία αυτή μπορεί να συνεπάγεται περιστασιακές εγγενή προβλήματα με ποσοτικό προσδιορισμό του γονότυπου [9]. Αποφασίσαμε ότι ΧΑΑ θα πρέπει να αξιολογηθεί σε σχέση με την υποθετική 1:01 αναλογία της δόσης αλληλόμορφη όχι συγκρίνοντας τις δόσεις cDNA και gDNA σε ένα μόνο δείγμα. Η σχετική ποσοτικοποίηση της έκφρασης του κάθε αλληλόμορφου με παρέκταση από μία πρότυπη καμπύλη μπορεί να προσφέρει πιο ακριβή αποτελέσματα [9], [23]. Μια πρόσθετη πιθανή σύγχυση παράγοντα για την αξιολόγηση του ΧΑ θα μπορούσε να είναι η πηγή RNA που χρησιμοποιείται. Οι λεμφοβλαστοειδείς κυτταρικές σειρές έχουν χρησιμοποιηθεί σε πολλές μελέτες [9] – [11]. Ωστόσο, τα μετασχηματισμένα λεμφοβλάστες μπορούν να υποβληθούν σε αλλαγές στα επίπεδα τους mRNA σε σύγκριση με το αρχικό δείγμα λεμφοκυττάρων περιφερικού αίματος λόγω της βιολογικής θορύβου και

in vitro

αντικείμενα (τα επίπεδα του ιού Epstein-Barr χρησιμοποιήθηκαν για να μετασχηματίσουν τα κύτταρα, τα επίπεδα ΑΤΡ, κ.λπ.), ή ακόμα και ακραίες κλωνική επιπτώσεις μπορεί να θέσει σε κίνδυνο την ανάλυση του ΧΑ. Για αυτούς τους λόγους, η χρήση των χύδην μη μετασχηματισμένα κύτταρα ή

ex vivo

κύτταρα συνιστάται για προσδιορισμούς ASE [22]. Όλα έχουν αναφερθεί στο παρελθόν

TGFBR1

μελέτες ΧΑ χρησιμοποιείται SNPs ως γενετικοί δείκτες [8] – [14]. Στιγμιότυπο [8], [9], [11] και Pyrosequencing [10], [12] – [14] Οι τεχνολογίες που έχουν χρησιμοποιηθεί για την ανάλυση SNPs, και έχουν δημιουργήσει αποκλίσεις που δημοσιεύθηκε

TGFBR1 Αποτελέσματα αναζήτησης ΧΑ. Έχουμε επιλέξει ένα εισαγωγής /διαγραφής πολυμορφισμός (rs11466445) που σχετίζεται με το φαινόμενο ASE [8] και μελετήθηκε με ανάλυση θραύσμα τριχοειδή ηλεκτροφόρηση, η οποία είναι η πλέον κατάλληλη μεθοδολογία για την ανάλυση αυτού του τύπου πολυμορφισμό.

Είμαστε γνωρίζει τους περιορισμούς της μελέτης αυτής. Το μέγεθος του δείγματος χρησιμοποιήθηκε στη μελέτη αυτή μας επέτρεψε να ανιχνεύσει παράγοντες ευαισθησίας με μια μικρή συχνότητα αλληλόμορφου του 8% με RR≥2 ή ≤0.5, και με 80% δύναμη για το ακάθαρτο ενώσεις των απλών παραγόντων. Ως εκ τούτου, οι σημαντικές συσχετίσεις βρήκαμε για τα SNPs και απλότυπους ήταν μικρής ισχύος. Επιπλέον, το μέγεθος αυτού του δείγματος της μελέτης δεν μας επιτρέπουν να ανιχνεύσουν τα αποτελέσματα των σπάνιων αλληλομόρφων. Ωστόσο, πρόθεσή μας ήταν να αναλυθούν οι επιδράσεις του συνδυασμού των κοινών γενετικών παραγόντων. Η ευαισθησία για την ανίχνευση γενετικής ευαισθησίας είναι μικρότερη όταν ο πληθυσμός είναι στρωματοποιημένη. Ως εκ τούτου, ο κίνδυνος ανιχνεύθηκε στην συνδυασμένη ανάλυση του ΧΑ και της απλότυπος Η2 με βάση το διαθέσιμο μέγεθος του δείγματος είναι σαφώς μικρής ισχύος. Οι τιμές ειδικότητα και ευαισθησία για την ένωση αυτή ήταν 95% και 25%, αντίστοιχα.

Τα αναμενόμενα συχνότητες για H2 /ASE, όταν θεωρήθηκαν ως ανεξάρτητους παράγοντες, ήταν σημαντικά διαφορετικές από τις παρατηρούμενες συχνότητες στους ασθενείς (

P

= 0,013), αλλά όχι στους ελέγχους (

P

& gt? 0,05?. πίνακα S8), γεγονός που υποδηλώνει ότι αυτός ο συνδυασμός των παραγόντων που μπορεί να έχει βλαβερή επίδραση

Η παρουσία ενός απλότυπος που συνδέεται με ASE προτείνει ένα

cis

ρυθμιστικό μηχανισμό υποκείμενες ΧΑ. Πολυμορφισμών στο γονίδιο υποκινητής, ο βελτιωτής, η μεταγραφή-παράγοντα δέσμευσης, θέσεις ματίσματος, στοιχεία σταθερότητας RNA, ή αντινόημα RNAs μπορεί να εμπλέκονται στην υποκείμενη μηχανιστική δυσλειτουργία [24].

επιστατικές αλληλεπιδράσεις είναι δύσκολο να ανιχνευθούν, εκτός εάν οριακές επιπτώσεις τους είναι σημαντικές. Υπάρχει επίσης μια στατιστική ποινή που απορρέουν από μεγάλης κλίμακας πολλαπλές δοκιμές, που μπορεί να κάνει ο προσδιορισμός αυτών των αλληλεπιδράσεων ιδιαίτερα προβληματική. Ως εκ τούτου, απαιτούνται περαιτέρω έρευνες, χρησιμοποιώντας μεγαλύτερα δείγματα που απαιτούνται για να εξασφαλιστεί πειστικά αποτελέσματα.

Οι πολυμορφισμοί που έχουν επιλεγεί για τις μελέτες της πολυπαραγοντική γενετικές συσχετίσεις με ασθένειες, όπως η παρούσα, είναι κρίσιμης σημασίας. Το υψηλό επίπεδο των LD φαίνεται από το σύνολο των πολυμορφισμών που χρησιμοποιούνται στην παρούσα εργασία μας επέτρεψε να αναλύσουμε τα πολυμορφισμών που ορίζονται εκείνες subhaplotypes που είναι περισσότερο έντονα σχετίζονται με την ασθένεια. Ένα αποτέλεσμα υπομέγιστη LD μπορεί να κρύβει δυνητικά χρήσιμες πληροφορίες που θα πρέπει να χαθεί σε αυτές τις μελέτες γενετικής επιδημιολογίας στην οποία χρησιμοποιούνται προκαθορισμένες tagSNPs. Σε αυτό το σημείο, είναι σημαντικό να σημειωθεί ότι τα πρότυπα της Ν.Δ. μπορεί να διαφέρουν σημαντικά μεταξύ των πληθυσμών [25].

Όλες οι κοινές SNPs εντοπιστεί μέχρι σήμερα με GWA σαρώσεις παρέχουν μέτρια κινδύνους του καρκίνου και η πλειοψηφία των αλληλόμορφα ευαισθησίας έχουν ΕΑΠ της & lt? 1.5. Επιπλέον, στις αναφερόμενες μελέτες GWA, μόνο το 12% των SNPs με MAFs 5% -10% κολλήθηκαν, υποδεικνύοντας ότι οι στρατηγικές αυτές δεν είναι ιδανικά διαμορφωμένη για τον εντοπισμό παραλλαγές χαμηλής συχνότητας σε αυτό το φάσμα των MAFs, μερικά από τα οποία μπορεί να έχουν ισχυρότερη επιπτώσεων [2]. Πενήντα τοις εκατό των

TGFBR1

πολυμορφισμών intralocus (7/14) που χρησιμοποιείται στην παρούσα μελέτη είχε MAFs που κυμαίνονται από 8% έως 10%, επιτρέποντας την ανίχνευση των νέων παραγόντων κινδύνου.

Ο απλότυπος που βασίζονται προσεγγίσεις μπορεί να έχουν μεγαλύτερη δύναμη από ό, τι οι αναλύσεις ενιαίο τόπο όταν οι SNPs βρίσκονται σε ισχυρή Ν.Δ. με τον κίνδυνο

locus

. Οι νέες προσεγγίσεις εξόρυξης δεδομένων που χρησιμοποιούνται για την αντιμετώπιση πιθανών επιπλοκών που προκύπτουν σε γενετικές μελέτες από μεγάλο αριθμό απλοτύπων, προσφέροντας περισσότερη διορατικότητα τους γενετικούς παράγοντες κινδύνου που σχετίζονται με πολύπλοκες ασθένειες [26].

Παρά τους περιορισμούς που περιγράφονται παραπάνω , τα αποτελέσματα μας υποδεικνύουν τη σημασία της

TGFBR1

στην γενετική ευαισθησία στις λεγόμενες «σποραδική» CRC. Τα αποτελέσματα αυτά προσφέρουν επίσης μια απόδειξη της έννοιας για την ύπαρξη επιστατικές αλληλεπιδράσεις intralocus μεταξύ των κοινών παραλλαγές που σχετίζονται με την ευαισθησία CRC. Ως εκ τούτου, ένας λεπτομερής χάρτης της γενετικής αλληλεπιδράσεις είναι απαραίτητη για την ακριβέστερη αξιολόγηση του κινδύνου, η οποία θα επιτρέψει την ανάπτυξη στρατηγικών πρόληψης του καρκίνου που πρόκειται να θιγούν, και επηρεάζουν όλο και θεραπείες για τον καρκίνο.

Υποστήριξη Πληροφορίες

Εικόνα S1.

Θέση των αναλυθούν πολυμορφισμοί στο

TGFBR1 τόπο

. Δεκατρείς SNPs και ένα πολυμορφισμό διαγραφής εισαγωγής (rs11466445) στο

TGFBR1 τόπου

γονότυπος. Έξι πολυμορφισμοί ήταν ενδογονικοί, πέντε βρίσκονταν ανοδικά από το γονίδιο, και τρία ήταν καθοδικά από το γονίδιο

doi:. 10.1371 /journal.pone.0030812.s001

(TIF)

Πίνακα S1.

Τα αλληλόμορφα συχνότητες των

TGFBR1

πολυμορφισμούς από την ομάδα. (CRC: καρκίνο του παχέος εντέρου? C: έλεγχοι).

Doi: 10.1371 /journal.pone.0030812.s002

(DOC)

Πίνακας S2.

Γονοτυπικός συχνότητες των

TGFBR1

πολυμορφισμούς από την ομάδα. (CRC: καρκίνο του παχέος εντέρου? C: έλεγχοι).

Doi: 10.1371 /journal.pone.0030812.s003

(DOC)

Πίνακα S3.

ανισορροπία σύνδεσης μεταξύ των αναλύονται πολυμορφισμούς στο

TGFBR1

τόπου (τιμή Δ ‘).

doi: 10.1371 /journal.pone.0030812.s004

(DOC)

Πίνακας S4.

Ορισμός των

TGFBR1

απλοτύπων που βρέθηκαν στην παρούσα μελέτη.

doi: 10.1371 /journal.pone.0030812.s005

(DOC)

Πίνακας S5.

συχνότητες των

TGFBR1

απλοτύπων στους ασθενείς και ελέγχει τις ομάδες. (CRC: καρκίνο του παχέος εντέρου? C: έλεγχοι).

Doi: 10.1371 /journal.pone.0030812.s006

(DOC)

Πίνακας S6.

δέκτης λειτουργεί ανάλυση καμπύλης να καθορίσουν τις τιμές αποκοπής για

TGFBR1

ΧΑ. (CRC: καρκίνο του παχέος εντέρου? C: Έλεγχος? ΧΑ: έκφραση συγκεκριμένου αλληλόμορφου? ​​YI: Δείκτης Youden του).

Doi: 10.1371 /journal.pone.0030812.s007

(DOC)

Πίνακας S7.

σύνδεσης μεταξύ

TGFBR1

ΧΑ και CRC: αργού και στρωματοποιημένη αναλύσεις. . (CRC: καρκίνο του παχέος εντέρου? C: Έλεγχος? ΧΑ: έκφραση συγκεκριμένου αλληλόμορφου? ​​Ή: αναλογία πιθανοτήτων? CI: διάστημα εμπιστοσύνης)

doi: 10.1371 /journal.pone.0030812.s008

(DOC)

Πίνακας S8.

Παρατηρήθηκε και αναμένεται συχνότητες του

TGFBR1

Η2 απλότυπος και

TGFBR1

ΧΑ σε ασθενείς και μάρτυρες.

doi:. 10.1371 /journal.pone.0030812.s009

(DOC)

Ευχαριστίες

Θα θέλαμε να ευχαριστήσουμε όλα τα άτομα που συμμετείχαν στη μελέτη