Αφηρημένο

Ολοκληρωμένες αναλύσεις πολλαπλών γονιδιωματικής σύνολα δεδομένων για επιλεγμένα δείγματα μπορούν να παρέχουν την καλύτερη κατανόηση των συνολικών στοιχείων και μπορεί να ενισχύσει μας γνώση του καρκίνου. Ο στόχος αυτής της μελέτης ήταν να αποσαφηνιστεί η σχέση μεταξύ μεταβολής αριθμού αντιγράφων (CNV) και γονιδιακή έκφραση σε καρκίνο του παχέος εντέρου (CRC) δείγματα και τα αντίστοιχα μη-καρκινικούς ιστούς τους. Εξήντα τέσσερα ζεύγη δειγμάτων CRC από τους ίδιους ασθενείς υποβλήθηκαν σε CNV προφίλ χρησιμοποιώντας τον προσδιορισμό Illumina HumanOmni1-Quad, και επικύρωση διεξήχθη χρησιμοποιώντας τη μέθοδο πολλαπλής ενίσχυσης ανιχνευτή απολίνωση. προφίλ έκφρασης του γονιδιώματος σε επίπεδο πραγματοποιήθηκε στις 15 ζεύγη δειγμάτων από την ίδια ομάδα ασθενών με τη χρήση του Affymetrix Human Gene 1,0 συστοιχία ST. Σημαντικές γονίδια που λαμβάνονται από τις δύο αποτελέσματα συστοιχία συνέχεια επικαλύπτονται. Για τον προσδιορισμό των μοριακών μονοπατιών, τα δεδομένα χαρτογραφήθηκαν στη βάση δεδομένων KEGG. Ολόκληρο το γονιδίωμα CNV ανάλυση ότι σε σύγκριση με πρωτοπαθή όγκο και μη-καρκινικές επιθηλίου αποκάλυψε κέρδη το 1638 γονίδια και ζημίες σε 36 γονίδια. Σημαντικά κέρδη ως επί το πλείστον βρέθηκαν σε χρωμόσωμα 20 στην θέση 20q12 με συχνότητα 45,31% σε δείγματα όγκων. Παραδείγματα των γονιδίων που συνδέονται σε αυτό cytoband ήταν

PTPRT

,

EMILIN3

και

CHD6

. Ο μεγαλύτερος αριθμός των απωλειών ανιχνεύθηκε σε χρωμόσωμα 8, θέση 8p23.2 με 17,19% εμφάνιση σε όλα τα δείγματα όγκων. Μεταξύ των γονιδίων που βρέθηκαν σε αυτό το cytoband ήταν

CSMD1

και

DLC1

. Γονιδίωμα-ευρύ προφίλ έκφρασης έδειξε 709 γονίδια να είναι επάνω ρυθμισμένη και 699 γονιδίων που πρόκειται να ρυθμίζεται προς τα κάτω σε CRC σε σύγκριση με μη καρκινικά δείγματα. Ενσωμάτωση αυτών των δύο συνόλων δεδομένων εντοπίστηκαν 56 επικαλυπτόμενα γονίδια, τα οποία βρίσκονται στα χρωμοσώματα 8, 20 και 22. MLPA επιβεβαίωσε ότι τα δείγματα CRC είχαν τα υψηλότερα κέρδη στο χρωμόσωμα 20 σε σύγκριση με τα δείγματα αναφοράς. Ερμηνεία των δεδομένων CNV στο πλαίσιο της μεταγραφικό μέσω ενοποιητική αναλύσεις μπορεί να παρέχει σε βάθος γνώση της γονιδιωματικής τοπίο της CRC

Παράθεση:. Ali Hassan NZ, Μοχτάρ NM, Kok Sin Τ, Μοχάμεντ Rose μου , Sagap Ι, Harun R, et al. (2014) Ολοκληρωμένη Ανάλυση αντιγραφής Αριθμός Διακύμανση και Genome-Wide Έκφραση προφίλ σε καρκίνο του παχέος εντέρου ιστούς. PLoS ONE 9 (4): e92553. doi: 10.1371 /journal.pone.0092553

Επιμέλεια: Hassan Ashktorab, Πανεπιστήμιο Howard, Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής

Ελήφθη: 4 Ιουλίου, 2013? Αποδεκτές: 24 Φλεβάρη, 2014? Δημοσιεύθηκε: δεύτερης Απριλίου 2014

Copyright: © 2014 Ali Hassan et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Το έργο χρηματοδοτήθηκε από το Υπουργείο Επιστήμης, Τεχνολογίας & amp? Καινοτομία (07-05-MGI-GMB016) και Τριτοβάθμιας Ίδρυμα Κέντρο Αριστείας χορηγήσει από το Υπουργείο Ανώτατης Εκπαίδευσης. Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

καρκίνος του παχέος εντέρου είναι μια σημαντική ανησυχία για την υγεία, με περισσότερους από ένα εκατομμύριο άτομα διαγιγνώσκονται κάθε χρόνο σε όλο τον κόσμο [1]. Αυτός ο καρκίνος είναι μεταξύ των τριών κορυφαίων όλων των καρκίνων που οδηγούν στο θάνατο σε όλο τον κόσμο [2]. Στη Μαλαισία, κατατάσσεται ως η δεύτερη πιο κοινή μορφή καρκίνου και στα δύο φύλα [3].

Μια μορφή γενετικής αστάθειας που παρατηρείται σε τουλάχιστον 85% των σποραδικών CRC περιπτώσεις είναι χρωμοσωμική αστάθεια (CIN) [4] . Ανευπλοειδία είναι συνέπεια της CIN που οδηγεί στο κέρδος ή ζημία ολόκληρων ή τμημάτων των περιοχών των χρωμοσωμάτων [5], και μπορεί να προκαλέσει δομική πολυπλοκότητα που οδηγεί σε γενωμική αστάθεια. Μια κοινή μορφή δομικών παραλλαγών λόγω CIN είναι γνωστή ως παραλλαγές αριθμού αντιγράφων (CNVs), η οποία ορίζεται ως κέρδος ή ζημία των αντιγράφων τμημάτων DNA που είναι μεγαλύτερα από 1 kb σε μήκος, σε σύγκριση με ένα γονιδίωμα αναφοράς [6]. CNVs μπορεί να επηρεάσει την έκφραση γονιδίου και έχουν συσχετιστεί με ευαισθησία ασθένεια. Έχει προταθεί ότι οι αλλαγές μεταγραφική αντιστοιχούν σε CNVs και μεταβολές στο γονίδιο δοσολογία μπορεί να συσχετισθεί με αλλαγές στο επίπεδο έκφρασης [7].

Χιλιάδες sites CNV τεκμηριωθεί χρησιμοποιώντας τεχνολογία μικροσυστοιχιών. Προηγούμενες μελέτες σε παχέος εντέρου έχουν αποκαλύψει τα κέρδη στο χρωμόσωμα 8q, 13 και 20q και ζημίες κατά το χρωμόσωμα 8p, 17ρ και 18q [8], [9], [10], [11], [12]. Αυτές οι εκτροπές οδηγεί στη διαγραφή ή ενίσχυση των ογκοκατασταλτικών γονιδίων, ογκογονίδια, ή μη-κωδικοποίησης RNAs όπως miRNAs, που έχουν ως αποτέλεσμα ανώμαλη έκφραση των γονιδίων που επηρεάζουν σχετίζονται με τον καρκίνο βιολογικές διεργασίες [13], [14].

ένα γονίδιο που έχει μία διπλή αλληλόμορφο (α αριθμός αντιγράφων από 3) έχει υψηλότερο επίπεδο έκφρασης από ό, τι του άγριου τύπου [15]. Αντιστρόφως, ένα γονίδιο που έχει ένα αλληλόμορφο διαγράφεται (α αριθμός αντιγράφων του 1), θα έχουν χαμηλότερο επίπεδο έκφρασης [15]. Ολοκληρωμένες αναλύσεις στον CRC έδειξε ότι τα επίπεδα έκφρασης ορισμένων ογκογονιδίων και γονιδίων καταστολής όγκων που σχετίζονται με την CNV [16]. Για παράδειγμα, ενίσχυση ή αύξηση του

MYC

γονίδιο στην θέση 8q24 αποτέλεσμα υπερ-έκφραση αυτού του γονιδίου σε CRC. Επιπλέον, η διαγραφή ή η απώλεια του

APC

γονιδίου στη θέση 5q21 οδηγεί σε απορυθμισμένη έκφραση της στην CRC [17]. Παρόμοια πρότυπα συσχετισμού έχουν επίσης παρατηρηθεί σε καρκίνους του μαστού και του πνεύμονα. Περίπου το 12% των μεταβολών στα επίπεδα έκφρασης του γονιδίου έχουν αναφερθεί να είναι σε αντιστοιχία με τον αριθμό αντιγράφων στον καρκίνο του μαστού [18], και περίπου το 78% των γονιδίων έδειξαν θετική συσχέτιση μεταξύ CNV και το επίπεδο της γονιδιακής έκφρασης σε μια μελέτη του καρκίνου του πνεύμονα [19].

Ο στόχος αυτής της μελέτης ήταν να αποκτήσει μια εικόνα των μοριακών μηχανισμών της CRC μέσω των αναλύσεων της CNV και γονιδιώματος-ευρεία προφίλ έκφρασης ενός πρωτογενούς όγκου και της αντίστοιχης μη-καρκινικές παχέος επιθήλιο του. Θέλαμε επίσης να προσδιορίσει τη σχέση μεταξύ του προφίλ CNV και το μεταγραφικό στο CRC.

Υλικά και Μέθοδοι

πρόσληψη των ασθενών

Η μελέτη διεξήχθη με την έγκριση από την επιτροπή δεοντολογίας του Universiti Kebangsaan Μαλαισία (UKM 1.5.3.5/244/UMBI-004-2012), και γραπτή συγκατάθεση λήφθηκε από κάθε ένα από τα 64 ασθενείς που υποβλήθηκαν σε χειρουργική επέμβαση. Κανένας από τους ασθενείς είχαν υποβληθεί σε χημειοθεραπεία ή ακτινοθεραπεία θεραπεία πριν από την επέμβαση. Πρωτογενής όγκου και μη-καρκινικούς ιστούς (10 cm μακριά από τον όγκο) ελήφθησαν αμέσως μετά τη χειρουργική επέμβαση και καταψύχθηκαν ταχέως σε υγρό άζωτο για αποθήκευση.

Genomic DNA και RNA απομόνωση

Κατεψυγμένα τομής ήταν σε όλα τα δείγματα χρησιμοποιώντας ένα πάχος κοπής από 5 έως 7 μm. Οι τομές τοποθετήθηκαν σε γυάλινες πλάκες και χρωματίζονται με αιματοξυλίνη και ηωσίνη (Η &? Ε). Τα χρωματισμένα πλακίδια στη συνέχεια αξιολογούνται από έναν ιστοπαθολόγο να επιβεβαιωθεί η παρουσία (& gt? Καρκίνος του 80% των κυττάρων) ή απουσία των κυττάρων του όγκου και της αντίστοιχης μη καρκινικών κυττάρων τους. DNA απομονώθηκε χρησιμοποιώντας το Qiagen DNeasy Αίματος και Kit ιστών σύμφωνα με το πρωτόκολλο του κατασκευαστή. Ολικό RNA εξήχθη από 15 ζεύγη δειγμάτων χρησιμοποιώντας το Qiagen QIAmp Mini Plus Kit. Η ποιότητα του απομονωμένου DNA και το RNA ποσοτικοποιήθηκε χρησιμοποιώντας ένα NanoDrop ND-1000 φασματοφωτόμετρο (Thermo Fisher Scientific, Waltham, ΜΑ), και μόνο δείγματα με καθαρότητα 1,8 έως 2,1 (Α260 /Α280) επελέγησαν. Η ακεραιότητα των απομονωμένων δειγμάτων DNA αξιολογήθηκε σε πηκτώματα αγαρόζης 1.0%, και η ακεραιότητα του απομονωμένου RNA προσδιορίστηκε χρησιμοποιώντας ένα Bioanalyzer (Agilent Technologies, CA, USA). επιλέχθηκαν δείγματα με RNA Ακεραιότητα Αριθμός (RIN) 6,0 και άνω για προφίλ γονιδιακής έκφρασης.

CNV και την έκφραση του γονιδίου προφίλ

Όλα τα 64 ζεύγη δειγμάτων αναλύθηκαν χρησιμοποιώντας το Illumina HumanOmni1-Quad Στεφάνη chip, η οποία περιέχει 1.140.419 πολυμορφισμού ενός νουκλεοτιδίου (SNP) τόπους, με βάση το πρωτόκολλο του προσδιορισμού Illumina Infinium II (Illumina, San Diego, CA, USA). προφίλ γονιδιακής έκφρασης έγινε σε 15 ζεύγη δειγμάτων με τη χρήση του Affymetrix GeneChip Human Gene 1,0 ST συστοιχία, η οποία περιέχει 36.079 μεταγραφές με 28.869 καλά σχολιασμένα γονίδια (Affymetrix Inc., Santa Clara, CA, USA). Το RNA παρασκευάστηκε χρησιμοποιώντας το πρωτόκολλο Χειροκρότημα WT-Amp ST συστήματος πριν από τη διαδικασία υβριδισμού (NuGen Technologies Inc., San Carlos, CA, USA). Οι συστοιχίες βάφτηκαν και σαρώθηκαν με βάση το GeneChip Σύνολο Αντίγραφο του πρωτοκόλλου (WT) Sense Target Επισήμανση Δοκιμασία που περιγράφεται από Affymetrix.

Υποβολή δεδομένων μικροσυστοιχιών στην ArrayExpress βάση δεδομένων

Η πρώτη και η κανονικοποιημένη δεδομένων των μικροσυστοιχιών φορτώθηκαν στη βάση δεδομένων ArrayExpress: https://www.ebi.ac.uk/arrayexpress. Η ένταξη ArrayExpress είναι E-Μπειραμ-3980.

Η στατιστική ανάλυση των CNV προφίλ

Τα δυαδικά αρχεία (.

idaT

) που παρήχθησαν από το λογισμικό σάρωσης Illumina (Στεφάνη Σάρωση Array Reader) αναλύθηκαν χρησιμοποιώντας την έκδοση Illumina Genome Studio γονοτυπικός Ενότητα 2.3.33 (Illumina, San Diego, CA, USA) για να ληφθεί κανονικοποιημένα δεδομένα γονότυπο. Το όριο συντελεστής γονότυπο ορίστηκε σε ≥90%, και η τελική έκθεση της κανονικοποιημένα δεδομένα γονότυπο μεταφέρθηκε σε ένα πρόγραμμα τρίτου κατασκευαστή, Partek Γονιδιωματική Σουίτα έκδοση 6.6 (Partek Inc., St. Louis, MO, USA), για να τον προσδιορισμό των προφίλ CNV.

ανάλυση

Paired CNV διεξήχθη με σύγκριση της έντασης του κάθε σήματος υβριδοποίησης από ένα δείγμα όγκου με εκείνη της συμφωνημένα μη καρκινικού επιθηλίου του. Η γενωμική αλγόριθμος κατάτμησης χρησιμοποιήθηκε για την ανίχνευση CNV κερδών και ζημιών. Οι ακόλουθες αυστηρές παράμετροι ορίστηκαν να μειωθεί οποιαδήποτε ψευδώς θετικά αλλοίωση: κάθε τμήμα πρέπει να περιέχει τουλάχιστον 10 διαδοχικές διηθείται σύνολα ανιχνευτή, ένα κατώτατο όριο τιμή ρ 0.001, σε σύγκριση με τις γειτονικές παρακείμενες περιοχές και ένα κατώτατο όριο σήματος προς θόρυβο 0.5. Η τιμή αποκοπής για το κέρδος καθορίστηκε σε πάνω από 2,3, ενώ η απώλεια ορίστηκε στα παρακάτω 1.7. CNV κλήθηκε για τα κέρδη ή οι ζημιές που σημειώθηκαν σε τουλάχιστον 10% (7 δείγματα) του συνόλου των δειγμάτων. Μια πλήρης λίστα όλων των κερδών και ζημιών CNV περιλαμβάνονται στον πίνακα S1. Οι χρωμοσωμικές θέσεις των κερδών αριθμού αντιγράφων και των απωλειών των 22 αυτοσωμικά χρωμοσώματα φαίνεται από karyograms (Σχήμα 1).

Τα κέρδη εμφανίζονται σε πράσινο και οι απώλειες εμφανίζονται με κόκκινο χρώμα. Το μήκος της οριζόντιας ράβδου αντιστοιχεί στον αριθμό των δειγμάτων που εμπλέκονται στην αντίστοιχη cytoband. Τα περισσότερα από τα κέρδη που βρίσκεται στο μακρύ βραχίονα του χρωμοσώματος 20 και απώλειες παρατηρήθηκαν κυρίως στο βραχύ σκέλος του χρωμοσώματος 8.

Η

Η στατιστική ανάλυση της γονιδιακής έκφρασης προφίλ

Η Affymetrix CEL αρχεία εισήχθησαν σε Partek Γονιδιωματική Σουίτα 6,6 (Partek Inc., St. Louis, MO, USA) για την εκτέλεση γονιδιακής έκφρασης προφίλ ανάλυση. Raw αρχεία CEL υποβλήθηκαν σε επεξεργασία για διόρθωση υποβάθρου και την κανονικοποίηση ποσοστημόριο (διάμεσος απολέπιση) χρησιμοποιώντας τη μέθοδο ισχυρή multi-array μέσου όρου (RMA). Ένα οικόπεδο ανάλυση κύριων συνιστωσών (PCA) παρήχθη ως το στάδιο ελέγχου της ποιότητας (Σχήμα 2Α), και το αποτέλεσμα της παρτίδας απομακρύνθηκε ως πηγή παραλλαγής. Ένας τριών δρόμων ANOVA πραγματοποιήθηκε σε ολόκληρη όλα τα δείγματα. Στατιστικά σημαντικά εκφρασμένα γονίδια προσδιορίστηκαν χρησιμοποιώντας το μικτό μοντέλο ανάλυσης της διακύμανσης με ένα ποσοστό εσφαλμένης ανακάλυψη (δοκιμή Benjamini-Hochberg) προσαρμόζεται σ αξία των ≤0.05 και διπλώστε αλλαγή τιμές από -2 έως 2. Ιεραρχική ομαδοποίηση δημιουργήθηκε για να απεικονίσει τα πρότυπα της έκφρασης στα δεδομένα (Εικόνα 2Β). ανάλυση εμπλουτισμό της οντολογίας γονιδίου έγινε χρησιμοποιώντας DAVID (βάση δεδομένων για το σχολιασμό, την απεικόνιση και Ολοκλήρωσης Discovery) εργαλείων βιοπληροφορικής.

(A) PCA διασποράς οικόπεδο δεδομένων CRC. Κάθε σημείο αντιπροσωπεύει δείγμα. Τα σημεία χρωματισμένα με βάση την κατάσταση της ομάδας με το μπλε που εκπροσωπούν μη καρκινικό επιθήλιο και το κόκκινο αντιπροσωπεύει ιστό του όγκου. (Β) Ιεραρχική ομαδοποίηση των προφίλ mRNA. Τα δείγματα που αναφέρονται στον οριζόντιο άξονα και ομαδοποιούνται από το μπαρ το χρώμα ανάμεσα στο δενδρόγραμμα και τη θερμότητα χάρτη. Το μπλε αντιπροσωπεύει μη καρκινικό επιθήλιο και το κόκκινο αντιπροσωπεύει ιστό του όγκου. Συνολικά, υπήρχε σαφής διαχωρισμός μεταξύ μη καρκινικό επιθήλιο και καρκινικού ιστού ομάδα όταν εξετάζεται τόσο από PCA (Εικόνα 2Α) και ιεραρχική ομαδοποίηση (Εικόνα 2Β).

Η

Ενσωμάτωση της μεταβολής αριθμού αντιγράφων και γονιδίωμα αναλύει ευρεία έκφραση

τα δεδομένα από CNV και την έκφραση του γονιδιώματος σε επίπεδο αναλύσεων αναλύθηκαν ξεχωριστά. Για τον προσδιορισμό των σημαντικών γονιδίων που εμφάνισαν αλλαγές CNV και την έκφραση του γονιδίου, θα επικαλύπτονται οι δύο σύνολα δεδομένων όπως παρουσιάζονται στο διάγραμμα Venn (Σχήμα 3Α). Οι χρωμοσωμικές θέσεις των επικαλυπτόμενων γονιδίων μεταξύ των δύο συνόλων δεδομένων εμφανίζεται σε ένα κυκλικό χάρτη (Σχήμα 3Β).

(Α) Βεν-διάγραμμα που εκπροσωπούν τα κοινά γονίδια σε CNV και σύνολα δεδομένων γονιδιακής έκφρασης αποκάλυψε 56 επικαλυπτόμενα γονίδια. (Β) Εγκύκλιος χάρτη που δείχνει επισκόπηση των δεδομένων CNVs και γονιδιακής έκφρασης. Τα χρωμοσώματα φαίνεται στην χρωματική κωδικοποίηση του εξωτερικού πλέον δακτύλιο. Ο δεύτερος δακτύλιος δείχνει την κατανομή των προφίλ γονιδιακής έκφρασης. (Κόκκινο υποδεικνύει up-ρυθμιζόμενα γονίδια και το πράσινο δείχνει προς τα κάτω-ρυθμιζόμενα γονίδια). Ο εσωτερικός δακτύλιος αντιπροσωπεύει αλλαγές ΣΟ (κόκκινο σημαίνει κέρδος στην ΣΟ και πράσινο υποδηλώνει απώλεια ΣΟ). Το εσώτατο δακτύλιο δείχνει την κατανομή των δύο επικαλυπτόμενα σύνολα δεδομένων.

Η

Υπο-ανάλυση των δεδομένων από τη διακύμανση του αριθμού αντιγράφων και του γονιδιώματος-ευρεία μικροσυστοιχιών έκφρασης για τα 15 ζεύγη περιπτώσεις

ανέλυσε τα δεδομένα που ελήφθησαν από τον αριθμό αντιγράφων και γονιδιώματος-ευρεία προφίλ έκφρασης των 15 ζεύγη δειγμάτων χρησιμοποιώντας Partek Γονιδιωματική Σουίτα 6,6 (Partek Inc., St. Louis, MO, USA). Η γενωμική αλγόριθμος κατάτμησης εφαρμόστηκε με τις παραμέτρους που αναφέρθηκαν στην ενότητα ανάλυση αριθμού αντιγράφων. Το προκύπτον υπολογιστικό φύλλο περιείχε επιμέρους δείκτες που εμφανίζονται τα ανώμαλα επίπεδα του DNA σε κάθε όγκου σε σχέση με την κανονική αντιστοιχισμένο της. δεδομένα έκφρασης κανονικοποιήθηκαν με τη γραμμή βάσης και οι αναλογίες ήταν log2 μετασχηματισμένα πριν από την ανάλυση. Και τα δύο σύνολα δεδομένων συσχετίστηκαν με τη μέθοδο συσχέτισης Pearson γραμμική και δημιουργήσαμε ένα διάγραμμα διασποράς για την προβολή των αποτελεσμάτων (Εικόνα 4Α και 4Β).

Scatter οικόπεδα της γονιδιακής έκφρασης (άξονας y) συσχετίζοντας να αντιγράψετε τον αριθμό (x-άξονα ) με διαφορική έκφραση & amp? αλλαγή ΣΟ CRC για

ARGLU1

(Εικόνα 4Α) και UGGT2

γονίδια

(Εικόνα 4Β). Κάθε τελεία αντιπροσωπεύει ένα δείγμα.

Η

Multiplex απολίνωση Probe Amplification (MLPA)

Για την επικύρωση της CNV προφίλ αποτελέσματα, επιλέξαμε χρωμοσώματος 20 για τον προσδιορισμό MLPA χρησιμοποιώντας το SALSA MLPA P157 20q καθετήρα ανακατεύουμε σύμφωνα με το πρωτόκολλο του κατασκευαστή (MRC-Ολλανδία, Άμστερνταμ, και Κάτω Χώρες). Το μίγμα ανιχνευτής περιέχει 34 ανιχνευτές για 26 διαφορετικά γονίδια που βρίσκονται σε 20q. ανάλυση Θραύσμα των προϊόντων PCR διεξήχθη χρησιμοποιώντας το πρότυπο GeneScan-500 LIZ Μέγεθος για την Applied Biosystems 3130 ΟΝΑ Analyzer (Applied Biosystems, Foster City, CA). Τα δεδομένα φθορισμού συλλέχθηκαν κατά τη διάρκεια του διαχωρισμού κομμάτι και εισάγονται στο λογισμικό Coffalyser.Net (MRC-Ολλανδία, Άμστερνταμ, και Κάτω Χώρες) για την ανάλυση.

Αποτελέσματα

Δημογραφικά στοιχεία

Από τους 64 ασθενείς, οι 39 (60,94%) ήταν γυναίκες και 25 (39,06%) ήταν άνδρες (Πίνακας 1). Η πλειοψηφία ήταν Μαλαισιανοί (48,44%), ακολουθούμενη από τους Κινέζους (46.88%) και οι Ινδοί (4,69%). Με βάση την Dukes ‘ταξινόμησης, 33 ασθενείς (51,56%) ήταν Dukes’ Β, 27 ασθενείς (42,19%) ήταν Dukes ‘C και 4 ασθενείς (6,25%) ήταν Dukes’ A. Η μέση ηλικία ήταν 56 ± 13,35 ετών.

η

Αντιγραφή αριθμού κέρδη συχνά βρίσκονται στο βραχίονα q του χρωμοσώματος 20

από τα 8722 τμήματα γονιδιώματος σε όλα τα δείγματα, θα περιοριστεί η ανάλυσή μας σε 2212 περιοχές CNV ότι αντιστοιχούσαν στα αυτοσωμικά που έδειξε ενισχύσεις (Πίνακας S1). Οι CNVs ήταν διάσπαρτα σε όλη χρωμόσωμα 1 έως 22 με την υψηλότερη ενίσχυση που βρέθηκαν στο χρωμόσωμα 20, το οποίο είχε 388 τμήματα που αντιπροσώπευε το 17,5% του συνόλου των κερδών. Το δεύτερο μεγαλύτερο αριθμό των κερδών τεκμηριώθηκε σε χρωμόσωμα 7, με 369 τμήματα γονιδιώματος, που ακολουθείται από το χρωμόσωμα 8, με 338 τμήματα γονιδιώματος. Το μεγαλύτερο μήκος για τα τμήματα κέρδος CNV ήταν μεταξύ 8q22.1 και 8q22.2 που αντιστοιχεί σε 4.070.488 bp. Συνολικά 1.638 γονίδια ενισχύθηκαν σε όλα τα δείγματα και τα 765 από αυτά ήταν το μοναδικό ή μη περιττή γονίδια. Cytoband 20q12 είχε την υψηλότερη συχνότητα των κερδών που περιλαμβάνουν τουλάχιστον 45,31% των δειγμάτων του όγκου. Οκτώ γονίδια που εντοπίστηκαν σε αυτό τον τόπο και τρεις από αυτούς, δηλαδή

PTPRT

,

CHD6

και

EMILIN3

, έχουν περιγραφεί προηγουμένως σε καρκίνο του παχέος εντέρου. Το Σχήμα 1 δείχνει την κατανομή αυτών των γονιδίων στο χρωμόσωμα 20, με τα κέρδη που φαίνεται στο πράσινο. Οι λεπτομέρειες σχετικά με τις top 10 σημαντικά γονίδια, σύμφωνα με τη βάση δεδομένων REFSEQ παρέχονται στον Πίνακα 2.

Η

Αντιγραφή απώλειες αριθμός βρέθηκαν κυρίως στη σελ σκέλος του χρωμοσώματος 8

Μια διαγραφή ή την απώλεια της αξίας αριθμού αντιγράφων παρατηρήθηκε μικρότερη από 1,7 σε όλη την χρωμόσωμα 1 έως 22 αυτοσωμικά, με την πλειοψηφία να ανιχνεύεται στο χρωμόσωμα 8, το οποίο είχε 225 CNV επηρεάζονται τμήματα. Η συγκεκριμένη περιοχή για τις απώλειες που παρατηρήθηκε στη θέση 8p23.3 με 17,9% εμφάνιση σε όλα τα δείγματα όγκων. Η δεύτερη υψηλότερη συχνότητα των ζημιών ανιχνεύθηκε στο χρωμόσωμα 17, με 213 τμήματα γονιδιώματος, που ακολουθείται από το χρωμόσωμα 19, με 184 τμήματα γονιδιώματος. Η μεγαλύτερη απώλεια ενός τμήματος γονιδιωματικής ήταν 8p23.1 να 8ρ22, το οποίο αποτελείτο από 3,093,282 bp. Εντοπίσαμε μόνο 14 μοναδικές ή μη περιττή γονίδια (Πίνακας 3). Η ανάλυση των μεμονωμένων γονιδίων στο χρωμόσωμα 8, αποκάλυψε ότι μόνο 5 από τα γονίδια είχαν αναφερθεί προηγουμένως ότι σχετίζονται με την CRC? αυτά τα γονίδια ήταν

CSMD1

,

DLC1

,

TUSC3

,

SGCZ

και

LONRF1

. Η κατανομή των απωλειών, σε κόκκινο χρώμα, μπορεί να παρατηρηθεί στο διάγραμμα καρυότυπο, όπως φαίνεται στο Σχήμα 1.

Η

Ανάλυση της έκφρασης των γονιδίων προφίλ

Η ανάλυση αποκάλυψε σημαντικές διαφορές στη γονιδιακή έκφραση μεταξύ του πρωτογενούς όγκου και μη καρκινικά επιθηλιακά δείγματα. Ταξινόμηση με PCA έδειξε σαφή διαχωρισμό των δύο διακριτικό ομάδες ανάλογα με τον τύπο ιστού (Εικόνα 2Α). Ένα σύνολο 1.408 γονίδια εκφράζονται διαφορικά από τουλάχιστον δύο φορές με στατιστική σημαντικότητα (ρ & lt? 0,05). Ωστόσο, ένα μόνο γονίδιο αντιπροσωπεύεται από πολλαπλά σετ ανιχνευτών που ονομάζεται «αδέλφια ανιχνευτές» στο Affymetrix GeneChip. Ως εκ τούτου, οποιαδήποτε περιττή σύνολα ανιχνευτή διηθούνται, η οποία άφησε 1,191 μοναδικά γονίδια για περαιτέρω ανάλυση. Από αυτά, 584 γονίδια βρέθηκαν να είναι προς τα πάνω ρυθμισμένα ενώ άλλα 607 γονίδια βρέθηκαν να είναι ρυθμισμένα προς τα κάτω. Τα περισσότερα από τα up-ρυθμιζόμενα γονίδια βρέθηκαν στα χρωμοσώματα 7 (n = 48, 8,22%), 2 (n = 44, 7,53%) και 12 (n = 42, 7,19%). Down-ρυθμιζόμενων γονιδίων που βρίσκονται κυρίως σε χρωμοσώματα 1 (n = 73, 12%), 2 (n = 44, 7,25%), 3 και 4 (η = 43, 7.08%). Μεταξύ των up-ρυθμιζόμενων γονιδίων ήταν

MYC

,

CD44

,

ABC22

,

TIMP1

, και

BIRC5

, ενώ η κάτω-ρυθμιζόμενα γονίδια που περιλαμβάνονται

FAS

,

KLF4

,

UGTIA1

και

CA2

. Ένας πλήρης κατάλογος των διαφορικά εκφραζόμενων γονιδίων και αντίστοιχες πολλαπλές μεταβολές τους στην έκφραση και οι τιμές ρ παρέχονται στον Πίνακα S2. Ιεραρχική ομαδοποίηση δημιουργήθηκε και οπτικοποιείται μέσω ενός χάρτη θερμότητας, όπου μπορεί να παρατηρηθεί δύο διακριτικά μοτίβα έκφρασης (Σχήμα 2Β). Το λειτουργικό χαρακτηρισμό των σημαντικών γονιδίων διεξήχθησαν χρησιμοποιώντας ανάλυση GO, και βρέθηκαν να είναι κατανεμημένα σε όλη την κορυφή πέντε τάξεις, οι οποίες περιλαμβάνονται κυτταρικού κύκλου, κυτταρική διαίρεση, χρωμόσωμα διαχωρισμού, νουκλεοσιδίου δέσμευσης και δέσμευσης ΑΤΡ (ρ & lt? 0,05).

Επίδραση του CNV στην έκφραση του παχέος γονίδια του καρκίνου που σχετίζονται με

η ένταξη των δύο προφίλ σύνολα δεδομένων έδειξε 56 επικαλυπτόμενα γονίδια (Εικόνα 3Α και 3Β), καθώς και μια πλήρη λίστα αυτών των επικαλυπτόμενων γονιδίων παρουσιάζεται στο Πίνακας S3. παρατηρήθηκαν συνολικά 1.135 γονιδίων με τις αλλαγές έκφραση μόνο γονιδίου και 723 γονίδια με αλλαγές CNV, αλλά χωρίς αλλαγές στα επίπεδα της μεταγραφής. Ένταξη της έκφρασης CNV και γονιδιακή αναλύσεις έδειξαν θετική συσχέτιση σε 48 γονίδια (85,7%) και αρνητική συσχέτιση με τις υπόλοιπες 8 γονίδια (14,3%) (Πίνακας 4).

Η

Για την περαιτέρω κατανόηση περαιτέρω η βιολογική λειτουργία αυτών των γονιδίων, τα 56 γονίδια που υποβλήθηκαν σε λειτουργική σχολιασμό και την ανάλυση της κατάταξης σύμφωνα με DAVID v6.7. Βρήκαμε τα γονίδια να σχετίζονται με βιολογικές διεργασίες και κυτταρικά συστατικά.

Τα γονίδια αυτά περαιτέρω αντιστοιχίζεται με τη βάση δεδομένων μονοπάτι KEGG να καθορίσουν τις αλληλεπιδράσεις των γονιδίων υποψήφια ογκογονίδια ή καταστολής του όγκου που εντοπίστηκαν από CNV και την έκφραση παράταξη. Η ανάλυση αποκάλυψε ότι το κυτταρικό κύκλο ήταν η πιο σημαντικά εμπλουτισμένη μονοπάτι και

CDC25B

,

PCNA

και

ρ 107 /RBL1

ήταν το κλειδί, που εμπλέκονται γονίδια (Σχήμα 5).

κυτταρικού κύκλου βρέθηκε να είναι η πιο σημαντική εμπλουτισμένο οδού (ρ & lt? 0,05). Γονίδια που εμπλέκονται (

CDC25B, PCNA και ρ107 /RBL1

) φαίνεται στο κόκκινο κουτί χρώμα δείχνει τα γονίδια για να έχουν κέρδος ΣΟ και αυξημένο επίπεδο έκφρασης.

Η

Συσχέτιση της CNV με το γονίδιο έκφραση του παχέος γονίδια σχετίζονται με τον καρκίνο σε ένα υποσύνολο των 15 ζεύγη δειγμάτων

για να προσδιοριστεί η σχέση μεταξύ του αριθμού αντιγράφων του DNA και την έκφραση του γονιδίου, εφαρμόσαμε γραμμικό μοντέλο συσχέτισης του Pearson (Εικόνα 4Α & amp? 4Β). Οι τιμές συσχέτιση βρέθηκε μεταξύ -0,85 έως 0,89. Χρησιμοποιώντας ένα cut-off της P & lt? 0,05, 2159 γονίδια έδειξε σημαντικές συσχετίσεις μεταξύ του αριθμού αντιγράφων και της έκφρασης του γονιδίου. Ένα σύνολο από 914 αντίγραφα από 616 γονίδια έδειξε καλή συσχέτιση (r & gt? 0,6) μεταξύ του αριθμού αντιγράφων και της έκφρασης του γονιδίου. Οι πέντε κορυφαίες-συσχέτιση γονιδίων ήταν

ARGLU1

,

UGGT2

,

CES2

,

FUT10

και

PAOX

. Ένας πλήρης κατάλογος των συσχετιζόμενων γονιδίων με συσχέτισης και σ αξίες τους Pearson, μπορούν να προβληθούν στον πίνακα S4.

Επικύρωση της CNV προφίλ χρησιμοποιώντας MLPA

Πραγματοποιήσαμε την ανάλυση MLPA και στοχευμένη 26 γονίδια σε 150 δείγματα (50 φυσιολογικούς ιστούς και 100 όγκους) για την επικύρωση των δεδομένων προφίλ CNV. Εμείς επιλέξαμε ανιχνευτές που καλύπτει το βραχίονα του χρωμοσώματος q 20 και τα αποτελέσματα κρίθηκαν αποδεκτές εάν η κορυφή ελέγχου έπεσαν μέσα στην κλίμακα από 0,8 έως 1,2. Μια διαγραφή βαθμολογήθηκε εάν η μέση δόση της δοκιμής με τις κορυφές του εσωτερικού ελέγχου ήταν μικρότερη από 0,7, και η επικάλυψη ήταν σκόραρε εάν η μέση δόση ήταν 1,3 ή μεγαλύτερο. Ένα κανονικό δείγμα αναφοράς δεν έδειξε αριθμού αντιγράφων μεταβολές σε οποιοδήποτε από τα γονίδια, και η ανάλυση έδειξε ότι MLPA κέρδος αριθμός αντιγράφων ανιχνεύθηκε σε όλα τα είκοσι έξι δοκιμαστεί γονίδια. Ο Πίνακας 5 συνοψίζει την ανάλυση MLPA με τις μέσες τιμές του κάθε γονιδίου.

Η

Συζήτηση

Πραγματοποιήσαμε μια ολοκληρωμένη ανάλυση με τη χρήση πολλαπλών συνόλων δεδομένων σε παχέος ιστούς για τον εντοπισμό των διαφορικά εκφρασμένων γονιδίων με μεταβολή της τμήματα γονιδιώματος. Αναλύσαμε το CNVs και γονιδιακής έκφρασης σε 64 ζεύγη και 15 ζεύγη ιστών CRC αντίστοιχα. Η χρήση των παρακείμενων μη-καρκινικούς ιστούς από το ίδιο άτομο μείωσε τις μεταβολές που προκλήθηκαν από ενδο-ατομική ετερογένεια.

Η παρούσα μελέτη εντόπισε έναν αριθμό εστιακών γονιδιωματικής κέρδη και ζημίες στο CRC, η οποία έδειξε κάποια συμφωνία με τα αποτελέσματα από προηγούμενες μελέτες [20], [21], [22]. Ατομική ανάλυση του συνόλου δεδομένων CNV αποκάλυψε σημαντικά κέρδη στο 20q χρωμόσωμα που ήταν επίσης σε μεγάλο βαθμό συνεπής με τις προηγούμενες μελέτες [23], [24]. Παρόμοια κέρδη είχε επίσης παρατηρηθεί σε καρκίνο του μαστού και του πρωτογενούς καρκίνου του στομάχου [25]. Cytoband 20q12 παρουσίασε την υψηλότερη συχνότητα των κερδών που κράτησε 39.239.931 έως 41.684.451 bp με τη συμμετοχή των οκτώ γονιδίων, συμπεριλαμβανομένων των

PTPRT

,

CHD6

,

EMILIN3

,

LPIN3

,

PLCG1

,

TOP1

,

ZHX3

και

MAFB

. Από τα οκτώ γονίδια,

TOP1

,

PLCG1

και

PTPRT

ήταν που σχετίζονται με CRC.

Η τοποϊσομεράση 1 (

TOP1

) είναι ένα ογκογονίδιο που καταλύει την εκτύλιξη του DNA και δημιουργεί μονής έλικας μορίων, τα οποία απαιτούνται σε πολλές βιολογικές διεργασίες, όπως αντιγραφή του DNA, την μεταγραφή και την επιδιόρθωση του DNA [26]. Μια μελέτη του

TOP1

χρησιμοποιώντας array CGH βρέθηκαν κέρδη σε αριθμό αντιγράφων του σε δείγματα CRC [9]. Ένας αυξημένος αριθμός αντιγράφου του

TOP1

ανιχνεύθηκε επίσης σε ασθενείς σταδίου III CRC με ένα μέσο όρο τεσσάρων γονιδίων αντιγράφων για κάθε κύτταρο χρησιμοποιώντας ένα φθορισμού

in situ

υβριδισμός (FISH) μέθοδος [27], [28].

Το δεύτερο γονίδιο που σχετίζεται με CRC προσδιορίζονται σε αυτή τη μελέτη ήταν η φωσφολιπάση C γάμμα 1 (

PLCG1

), το οποίο είναι ένα μόριο σηματοδότησης και είναι ένα γειτονικό γονίδιο του

TOP1

.

PLCG1

ενεργοποιείται σε απόκριση προς διέγερση αυξητικού παράγοντα και εμπλέκεται στην ρύθμιση μίας ποικιλίας κυτταρικών λειτουργιών όπως η κυτταρική μετανάστευση, εισβολή και μετάσταση [29], [30], [31].

η πρωτεΐνη φωσφατάσης τυροσίνης υποδοχέα-Τ (

PTPRT

) βρίσκεται εντός του ενισχυμένου περιοχή 20q12 μεταξύ 39.344.635 έως 41.684.451 bp. Είναι ένα ογκοκατασταλτικό γονίδιο και έχει δειχθεί να παίζει αναπόσπαστο ρόλο στην κυτταρική προσκόλληση και ενδοκυτταρική σηματοδότηση [32]. Κέρδος του αριθμού αντιγράφων που αφορούν το

PTPRT

γονίδιο έχει εντοπιστεί σε προηγούμενη μελέτη σε σαφείς καρκίνωμα των ωοθηκών με τη χρήση array CGH [33]. Το κέρδος σε αριθμό αντιγράφων αυτού του γονιδίου μπορεί να είναι ως αποτέλεσμα της επίδρασης «επιβάτης γονίδιο», γιατί δεν θα μπορούσε να ανιχνεύσει τυχόν αλλαγές στην έκφραση των γονιδίων του.

Άλλα σημαντικά ενισχυμένο cytobands στο βραχίονα q του χρωμοσώματος 20 κωδικοποιημένων καθιερωμένη ογκογονίδια που συνδέονται με CRC, και αυτά περιλαμβάνονται 20q11.21 (

BCL2L1

), 20q13.2-20q13.31 (

AURKA

), 20q11.23 (

SRC

& amp?

CTNNBL1

), 20q11.21-20q11.22 (

DNMT3B

) και 20q11.22 (

DYNLRB1

). Αυτά τα ευρήματα υποδηλώνουν τη σημαντική εμπλοκή πολλαπλών υποψήφιων γονιδίων εντός του μακρύ βραχίονα του χρωμοσώματος 20 σε ανάπτυξη και την εξέλιξη του καρκίνου. Η MLPA φαίνεται να είναι μια αξιόπιστη και αποτελεσματική μέθοδος για την αξιολόγηση του αριθμού αντιγράφων του DNA αλλάζει λόγω πλειονότητα αυτών των γονιδίων δοκιμάστηκαν απεκάλυψε συμφωνία με τα αποτελέσματα μικροσυστοιχιών.

Αντιγραφή απώλειες αριθμός βρέθηκαν κυρίως στο ρ βραχίονα του χρωμοσώματος 8. Η υψηλότερη απώλεια βρέθηκε σε cytoband 8p23.2 4.008.230 έως 4027339 bp. Μεταξύ των γονιδίων που βρίσκονται σε αυτήν την περιοχή είναι η CUB και σούσι Πολλαπλές Domains 1 γονιδίου (

CSMD1

), το οποίο είναι ένα ογκοκατασταλτικό γονίδιο που κωδικοποιεί πολλαπλές τομέα συμπληρώνουν ρυθμιστικών και προσκόλληση πρωτεϊνών. Εστιακή απώλεια αριθμός αντιγράφων του

CSMD1

γονίδιο έχει παρατηρηθεί σε CRC [34], του καρκίνου του μαστού [35] και γαστρικού καρκίνου [36], και μειωμένο επίπεδο

CSMD1

έκφραση αναφέρθηκε να σχετίζεται σημαντικά με βαθμό υψηλής όγκου και μειωμένη συνολική επιβίωση σε μια μελέτη του καρκίνου του μαστού [37]. Μια άλλη περιοχή που σημειώθηκε στο εμφανίζουν απώλεια αριθμός αντιγράφων που προσδιορίζονται στην παρούσα μελέτη cytoband 8p23.1-p22, που περιλάμβανε μια περιοχή που καλύπτεται 12601480 με 15.694.761 bp. Ένα γονίδιο που βρίσκεται σε αυτή την περιοχή είναι η διαγραφεί ήπατος Καρκίνος 1 (

DLC1

), η οποία αναφέρθηκε ότι είναι ένα γονίδιο καταστολέα όγκου και έχει αποδειχθεί να υποστούν απώλεια αριθμού αντιγράφων σε διάφορες μορφές καρκίνου, όπως ηπατοκυτταρικό καρκίνωμα του μαστού και του καρκίνου [38], [39].

κάναμε μια υπο-ανάλυση 15 ζεύγη δειγμάτων της CRC για να αξιολογήσει τη σχέση μεταξύ του αριθμού αντιγράφων αλλαγές και γονιδιακή έκφραση. Γονίδια που εμπλέκονται στην CRC, όπως

MYC

(v-myc γρίπης μυελοκυτομάτωσης ιικό ογκογονίδιο ομόλογο) [40]

CCNB1

(κυκλίνη Β1) [41] και

PLK1

( πόλο-όπως κινάση 1) [42], ήταν επάνω ρυθμισμένη και να συμπίπτει με ενισχύεται σε αριθμό αντιγράφων στη μελέτη μας. Επτά γονίδια βρέθηκαν να είναι κάτω-ρυθμίζονται με την απώλεια σε αριθμό αντιγράφων, αλλά μόνο δύο γονίδια,

MUC17

(βλεννίνη 7) [43] και

CES

(καρβοξυλεστεράση 2) ​​[44] έχουν φαίνεται να σχετίζονται με CRC.

Ολοκληρωμένη ανάλυση χρησιμοποιώντας ένα διάγραμμα Venn έδειξε ότι το 85,7% των γονιδίων είχε θετική συσχέτιση. Όταν χαρτογραφούνται προς την οδό KEGG, ο κυτταρικός κύκλος ταυτοποιήθηκε ως το πλέον σημαντικά εμπλουτισμένη οδού (ρ & lt? 0,05). Το κυτταρικό κύκλο είναι ένα κρίσιμο ρυθμιστή του κυτταρικού πολλαπλασιασμού, και την ανάπτυξη και την κυτταρική διαίρεση μετά από βλάβη του DNA. Το μονοπάτι του κυτταρικού κύκλου οδηγείται κυρίως από την κινάση (CDKs) οικογένεια κυκλίνη-εξαρτώμενες και ρυθμιστικές υπομονάδες τους, οι κυκλίνες. Το κυτταρικό κύκλο έχει τέσσερις φάσεις και τα δύο μεγάλα σημεία ελέγχου στο G1-S και G2-M μεταβάσεις να διατηρηθεί η σωστή σειρά των γεγονότων [45]. Η απώλεια του ελέγχου σημείου ελέγχου του κυτταρικού κύκλου προωθεί γενετική αστάθεια, η οποία οδηγεί σε ανεξέλεγκτο πολλαπλασιασμό των κυττάρων και θα μπορούσε να προωθήσει την ανάπτυξη του καρκίνου [46].

κύκλου κυτταρικής διαίρεσης 25Β (

CDC25B

) είναι μέλος του κύκλου κυτταρικής διαίρεσης (CDC) οικογένεια φωσφατάση που λειτουργεί ως ενεργοποιητές των CDK και συμπλοκών κυκλίνης να ρυθμίζουν την εξέλιξη του κυτταρικού κύκλου [47].

CDC25B

είναι υπεύθυνη για την αρχική αποφωσφορυλίωση και την ενεργοποίηση της CDKs, ξεκινώντας έτσι την αλληλουχία των γεγονότων που οδηγεί στην έναρξη της μίτωσης [48], [49]. Υπερ-έκφραση του

CDC25B

έχει παρατηρηθεί στο 43% των ασθενών CRC και συσχετίζεται με κακή πρόγνωση [50]. Αυξημένη

CDC25B

επίπεδο είναι αρκετή για να βλάψει τα σημεία ελέγχου βλάβης του DNA, το οποίο με τη σειρά του, αυξάνει την αυθόρμητη μεταλλαξιγένεση και παρεμβαίνει με την έναρξη της μίτωσης [51], [52], [53].

πυρηνικό αντιγόνο πολλαπλασιαζόμενων κυττάρων (

PCNA

) αναφέρθηκε να είναι ουσιαστική για την αντιγραφή του DNA, την επιδιόρθωση του DNA και τη ρύθμιση του κυτταρικού κύκλου [54]. Ρετινοβλάστωμα-σαν 1 (

ρ107 /RBL1

) είναι ένα μέλος της οικογένειας γονιδίου του ρετινοβλαστώματος (RB), και τα γονίδια στην οικογένεια αυτή έχουν ταυτοποιηθεί ως καταστολείς όγκων. RBL1 και άλλες πρωτεΐνες RB συνεργάζονται για να ρυθμίζουν την εξέλιξη του κυτταρικού κύκλου μέσω της G1 φάσης του κυτταρικού κύκλου [55]. Ωστόσο, ο μηχανισμός του PCNA και τη συμμετοχή RBL1 στο μονοπάτι κυτταρικού κύκλου της CRC είναι ακόμα ασαφής και χρειάζεται περαιτέρω διερεύνηση.

Επίσης, βρέθηκε γονιδίων με αρνητικές συσχετίσεις μεταξύ των επιπέδων αριθμό αντιγράφων και την έκφραση του γονιδίου. Τα γονίδια που περιλαμβάνουν

BCAS1

,

EDN3

,

FABP4

,

MATN2

,

SDCBP2

,

SPTLC3

,

TRPA1

και

WFDC2

. Αυτό το παράδοξο μιας αρνητικής σχέσης μεταξύ της κατάστασης αριθμού αντιγράφου και η έκφραση του γονιδίου έχει επίσης παρατηρηθεί σε μια προηγούμενη μελέτη για CRC [56] και θα μπορούσε να αποδοθεί στις πολλαπλούς μηχανισμούς που είναι υπεύθυνοι για φυσιολογικά και μη φυσιολογικά τον έλεγχο της γονιδιακής έκφρασης, συμπεριλαμβανομένων εκείνων που σχετίζονται με την μετάλλαξη, μεθυλίωση προαγωγού και έκφραση miRNA [57]. Για να κατανοήσουμε αυτό το φαινόμενο, μια προσέγγιση που χρησιμοποιούν την τεχνολογία βαθιά αλληλουχίας θα πιο πιθανό ίσως δώσει μια απάντηση σε αυτά τα μη αναμενόμενα ευρήματα.

Εν κατακλείδι, με την ενσωμάτωση των σύνολα δεδομένων από δύο διαφορετικές μελέτες προφίλ, εντοπίσαμε με επιτυχία 56 επικαλυπτόμενα γονίδια με τις αλλαγές σε αριθμό αντιγράφων και την έκφραση του γονιδίου. Το κυτταρικό κύκλο ταυτοποιήθηκε ως το βασικό μονοπάτι σηματοδότησης από αυτό ολοκληρωμένη ανάλυση. Ωστόσο, οι μελλοντικές μελέτες είναι απαραίτητες για να διαπιστωθεί η επίδραση αυτών των γονιδίων σχετικά με την έκβαση της νόσου.

Υποστήριξη Πληροφορίες

Πίνακα S1. .

Πλήρης πληροφορίες για αντίγραφο προφίλ παραλλαγή αριθμό των 64 ασθενών με καρκίνο του παχέος

doi: 10.1371 /journal.pone.0092553.s001

(XLSX)

Πίνακας S2. .

Πλήρης πληροφορίες για γονιδιακή προφίλ έκφρασης των 15 ασθενών με καρκίνο του παχέος

doi: 10.1371 /journal.pone.0092553.s002

(XLSX)

Πίνακα S3.