Αφηρημένο

Εισαγωγή

Ενίσχυση του υποδοχέα του αυξητικού παράγοντα των ινοβλαστών 1 (FGFR1) γονίδιο έχει περιγραφεί σε όγκους του μη μικροκυτταρικού καρκίνου του κυττάρου του πνεύμονα (NSCLC) ασθενείς. Πριν εκθέσεις έδειξαν αντικρουόμενα ποσοστά συχνότητας ενίσχυσης και κλινική σημασία.

Υλικά και Μέθοδοι

Έχουμε αναπτύξει μια αξιόπιστη πραγματικού χρόνου ποσοτική PCR δοκιμασία για την αξιολόγηση της συχνότητας των FGFR1 ενίσχυση και αξιολόγησε το βέλτιστο επίπεδο αποκοπής της ενίσχυσης για κλινική εφαρμογή.

Αποτελέσματα

σε μια προπόνηση ομάδα των 203 NSCLCs, διαπιστώσαμε ότι ένα 3.5-φορές ενίσχυση βέλτιστα διαιρείται ασθενείς σε ομάδες με διαφορετικά ποσοστά επιβίωσης με ένα σαφές όριο. Εκείνοι με τα επίπεδα ενίσχυσης FGFR1 άνω των 3,5-φορές είχε μια κατώτερη επιβίωση. Τα στοιχεία αυτά επιβεβαιώθηκαν σε μια ομάδα επικύρωσης των 142 NSCLC. Μετά από προσαρμογή για την ηλικία, το φύλο, την κατάσταση απόδοσης, το στάδιο, και ιστολογία, οι ασθενείς με επίπεδα ενίσχυσης FGFR1 άνω των 3,5 φορές είχε μια αναλογία κινδύνου 2,91 (95% CI-1.14, 7.41? Pvalue-0.025) για θάνατο στην ομάδα επικύρωσης. Τα ποσοστά ενίσχυσης FGFR1 χρησιμοποιώντας το επίπεδο αποκοπής των 3,5 ήταν 5,1% το πλακωδών κυττάρων και 4,1% σε αδενοκαρκινώματα. Υπήρξε μια μη σημαντική τάση προς υψηλότερα ποσοστά ενισχύσεις σε βαρείς καπνιστές (& gt? 15 πακέτα-χρόνια της κατανάλωσης τσιγάρων). σε σύγκριση με το φως τους καπνιστές

Συζήτηση

Τα στοιχεία μας δείχνουν ότι 3,5 φορές σε ενίσχυση της FGFR1 είναι κλινικής σημασίας σε NSCLC. Ανάλυση σημείο αποκοπής μας έδειξε ένα σαφές αποτέλεσμα όριο για τις επιπτώσεις της FGFR1 ενίσχυσης για την επιβίωση των ασθενών, το οποίο μπορεί να χρησιμοποιηθεί ως ένα αρχικό οδηγό για την επιλογή των ασθενών στις δοκιμές για την αξιολόγηση της αποτελεσματικότητας των νέων αναστολέων FGFR

Παράθεση:. Gadgeel SM, Chen W, Cote ML, Bollig-Fischer Α, Οικόπεδα S, Schwartz AG, et al. (2013) ινοβλαστών υποδοχέα του αυξητικού παράγοντα 1 Ενίσχυση σε μη μικροκυτταρικό καρκίνο του πνεύμονα από ποσοτική πραγματικού χρόνου PCR. PLoS ONE 8 (11): e79820. doi: 10.1371 /journal.pone.0079820

Επιμέλεια: Α Ε Μ Ruhul Amin, Winship Cancer Institute του Πανεπιστημίου Emory, Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής

Ελήφθη: 30 Ιούνη 2013? Αποδεκτές: 3 Οκτ, 2013? Δημοσιεύθηκε: 8 Νοεμβρίου 2013

Copyright: © 2013 Gadgeel et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Υποστηρίζεται από Υπουργείο άμυνας χορηγούν W81XWH-11-1-0050. Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση ή την προετοιμασία του χειρογράφου.

Αντικρουόμενα συμφέροντα: Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

Μια παραδειγματική στροφή στη διαχείριση του καρκίνου του πνεύμονα μη-μικρών κυττάρων (NSCLC) ασθενείς έχει. ήταν ο εντοπισμός των γενετικών αλλοιώσεων θεραπευτικά προσφυγής «οδηγός» [1]. Ο αριθμός αυτών των γενετικών αλλοιώσεων αυξάνεται σταθερά [2]. Ωστόσο, οι περισσότερες μεταβολές έχουν ταυτοποιηθεί σε αδενοκαρκινώματα του πνεύμονα. Ως εκ τούτου, η θεραπευτική επίδραση αυτής της παραδειγματική στροφή ήταν ελάχιστη για ασθενείς με πλακώδες καρκίνωμα του πνεύμονα.

Πρόσφατα, η ενίσχυση του υποδοχέα αυξητικού παράγοντα ινοβλαστών 1 γονιδίου (FGFR1) έχει περιγραφεί ως ένα ογκογόνο μεταβολή μια υποομάδα ακανθοκυτταρικό καρκίνωμα [3,4]. FGFR1 ανήκει στην οικογένεια των υποδοχέων FGFR και εμπλέκεται σε φλεγμονή, την επούλωση των πληγών και την εμβρυϊκή ανάπτυξη. Δεδομένου ότι η οικογένεια FGFR υποδοχέων φαίνεται να έχουν ένα ρόλο σε πολλούς καρκίνους, αρκετές αναστολείς του FGFR αναπτύσσονται [5]. Μια ενιαία έκθεση περίπτωση έχει δείξει ότι η BGJ398 αναστολέας FGFR απέδειξε μερική ανταπόκριση σε έναν ασθενή με καρκίνωμα των πλακωδών κυττάρων του πνεύμονα οποίων ο όγκος ενισχύθηκε για FGFR1 [6].

Μια σημαντική πτυχή για τη θεραπευτική στόχευση των γενετικών αλλοιώσεων σε πνεύμονα καρκίνου είναι η ταχεία, ειδικά, και ακριβής προσδιορισμός των αλλοιώσεων σε δείγματα ασθενών. Πολλοί ερευνητές έχουν χρησιμοποιήσει φθορισμού σε in situ υβριδισμού (FISH) για την ανίχνευση της ενίσχυσης FGFR1 [7-11]. Ο ορισμός της FGFR1 ενίσχυσης ποικίλλει μεταξύ των διαφόρων εκθέσεων. Επιπλέον, η ανάλυση FISH είναι επίπονη, τεχνικά περίπλοκη και αναγνώστη εξαρτάται. Αυτά τα χαρακτηριστικά περιορίζουν την κλινική εφαρμοσιμότητα της. Έχουμε αναπτύξει μια ποσοτική, σε πραγματικό χρόνο δοκιμή PCR, η οποία είναι πιο εύκολο να εκτελέσει και ισχυρή στην ερμηνεία του, να αξιολογήσει NSCLCs για ενίσχυση FGFR1 και αξιολογήθηκαν τα κλινικά χαρακτηριστικά και προγνωστική σημασία αυτής της γενετικής τροποποίησης. Απώτερος στόχος μας είναι να είμαστε σε θέση να προσδιορίσει τους ασθενείς με NSCLC που μπορούν να αποκομίσουν κλινικό όφελος από τους αναστολείς FGFR1 χρησιμοποιώντας αυτό το τεστ βασίζεται στην PCR.

Ασθενείς και Μέθοδοι

Συλλογή δειγμάτων και αποτελεσμάτων

δεδομένων

Συλλογή biospecimens και τα δεδομένα των αποτελεσμάτων συμμορφωθεί με τη δήλωση του Ελσίνκι και εγκρίθηκε από το Wayne State University School of Medicine Διοικητικού κριτική Θεσμική. Tumor υλικά που χρησιμοποιούνται σε αυτή την έρευνα ήταν από ασθενείς οι οποίοι παρείχαν έγγραφη ενημερωμένη συγκατάθεση. Καταψυγμένα δείγματα όγκων συλλέχθηκαν προοπτικά από ασθενείς που υποβλήθηκαν σε χειρουργική εκτομή για διαγνωσθεί ή υπάρχει υποψία καρκίνου του πνεύμονα. Όλοι οι ασθενείς που ήταν υποψήφιοι για χειρουργική εκτομή του καρκίνου του πνεύμονα τους, είτε βιοψία αποδεικνύεται ή υπάρχουν υπόνοιες, είχαν δώσει τη συγκατάθεσή του για τη συλλογή του δείγματος. Μόνο οι ασθενείς των οποίων οι όγκοι είχαν επιβεβαιώσει ότι είναι NSCLC συμπεριλήφθηκαν σε αυτή την ανάλυση. Τα δείγματα από ασθενείς με τελική διάγνωση του μικροκυτταρικού καρκινώματος (Ν = 16) ή ένα μικρό συστατικό κύτταρο του NSCLC (Ν = 2), καρκινοειδών όγκων (Ν = 6), ή μεσοθηλίωμα (Ν = 3) αποκλείστηκαν. Τα δείγματα διατηρήθηκαν κατεψυγμένα στους -80 ° C σε κλάσματα των περίπου 0,1 g. διαδικασιών σύναψης συμβάσεων δείγμα αναπτύχθηκαν για να μειώσει την εκτομή σε κατάψυξη χρονικό διάστημα σε λιγότερο από 30 λεπτά. Η ποιότητα της εξάγεται αναλυτών ήταν εξασφαλισμένη από την εκτέλεση ανάλυσης ακεραιότητα. Η συνολική περίοδος προμήθειας κυμαίνονταν από το 1985 έως το 2001. φορμόλη-σταθερές και δείγματα παραφίνη-ενσωματωμένες αναθεωρήθηκαν για να ελέγξει τη διάγνωση και να καθορίσει το περιεχόμενο των καρκινικών κυττάρων. Δείγματα μονοσήμαντα από τους αριθμούς εργαστήριο που επέτρεψε διασταύρωση με τα κλινικά δεδομένα από το μητρώο του όγκου και ανασκόπηση διαγραμμάτων χωρίς αποκάλυψη της ταυτότητας του ασθενούς. Δημογραφικά και κλινικά αποτελέσματα των δεδομένων που συλλέγονται περιλαμβάνονται οι ημερομηνίες γέννησης, τη διάγνωση (που ορίζεται ως η ημερομηνία της πρώτης παθολογικής επαλήθευση της κακοήθειας), η χειρουργική εκτομή (ίδια με την ημερομηνία της προμήθειας του δείγματος), και η ημερομηνία της τελευταίας παρακολούθησης ή θανάτου? το φύλο, τη φυλή, την ιστολογία του όγκου, παθολογική και το στάδιο των κλινικών όγκου (έκδοση 6), την κατάσταση απόδοσης, απώλεια βάρους (που ορίζεται ως & gt? 5% κατά τη διάρκεια των τριών μηνών προχωρά χειρουργική επέμβαση), και το ιστορικό καπνίσματος αυτο-αναφερθεί (που ορίζεται ως χρόνος ζωής ποτέ καπνιστής για όσους είχαν καπνίσει & lt? 100 τσιγάρα, πρώην καπνιστής για όσους είχαν κόψει το κάπνισμα τσιγάρων για περισσότερο από ένα έτος, και καπνιστής για όλους τους άλλους). Ένας από τους ασθενείς που συμπεριλήφθηκαν σε αυτή την ανάλυση είχαν προεγχειρητική χημειοθεραπεία και η ακτινοβολία και ένας είχε προεγχειρητική ακτινοβολία. Κανένας από τους ασθενείς δεν είχε επικουρική θεραπεία. Ένα τυποποιημένο πρωτόκολλο για την παρακολούθηση της αξιολόγησης των ασθενών δεν είχε προσδιοριστεί.

Τα δείγματα χωρίστηκαν σε μια προπόνηση και μη επικαλυπτόμενες ομάδα επικύρωσης. Οι λεπτομέρειες της κλάσης επικύρωσης έχουν ήδη αναφερθεί [12].

εξαγωγή DNA και ποσοτική ανάλυση PCR

Δείγματα (~ 100 mg) κονιοποιημένου με ξεχωριστή, αποστειρωμένα, και κατεψυγμένα γουδί και γουδοχέρι . DNA εκχυλίζεται με τη χρήση τεχνικών εκχύλισης με βάση ρητίνες ή φαινόλη που βασίζεται, και δείγματα κλασματοποιήθηκαν και αποθηκεύεται στο ψυγείο. την ποσότητα και την ποιότητα του DNA αξιολογήθηκε με τη χρήση του Quantifiler

® κιτ ανθρώπινο ποσοτικό προσδιορισμό του DNA (Life Technologies, Carlsbad, CA), μια προσέγγιση για την ποσοτικοποίηση ενισχύσιμου DNA που υπάρχει σε ένα δείγμα με χρήση PCR πραγματικού χρόνου TaqMan

® δοκιμασία που στοχεύει μια ακολουθία ζευγών βάσεων 62 στο ανθρώπινο γονίδιο της τελομεράσης. Μία πρότυπη καμπύλη γνωστών συγκεντρώσεων DNA αναλύθηκε επίσης για σύγκριση και ποσοτικοποίηση του κάθε δείγματος DNA. Η πραγματικού χρόνου φθορισμού TaqMan

® αντίδραση που περιγράφεται από Hied, et al, βασίζεται σε ένα ανιχνευτή υβριδοποίησης σημασμένο με δύο διακριτές βαφές, μια χρωστική αναφοράς (FAM) και μία χρωστική μη φθορίζουσα αποσβέστη [13]. Όταν ο ανιχνευτής είναι άθικτος και δεν επεκτείνεται, η φθορίζουσα εκπομπή της χρωστικής αναφοράς απορροφάται από τη χρωστική απόσβεσης. Όταν ο ανιχνευτής είναι ειδικά συγκολλάται προς την αντίστοιχη αλληλουχία-στόχο του DNA, κατά τη διάρκεια της φάσης επέκτασης της PCR ο ανιχνευτής διασπάται από το 5′-3 ‘πυρηνολυτική δραστικότητα της DNA πολυμεράσης. Στη διάσπαση του ανιχνευτή, η χρωστική απόσβεσης απελευθερώνεται από το συγκρότημα με αποτέλεσμα την αύξηση των φασμάτων εκπομπής φθορισμού χρωστική αναφοράς.

ανάλυσης αριθμού αντιγραφής για το ανθρώπινο γονίδιο FGFR1 διεξήχθη με πραγματικού χρόνου PCR χρησιμοποιώντας δύο ανεξάρτητες TaqMan

® δοκιμασίες (Life Technologies, Carlsbad, CA) ειδικό για το εξόνιο 15 (αριθμός καταλόγου Hs02702320? στόχευσης Chr.8: 38274932 επί NCBI χτίσει 37, επικαλύπτοντας το ιντρόνιο 14 – εξόνιο 15 σύνορο εντός της περιοχής πεδίου κινάσης) και το εξόνιο 19 (αριθμός καταλόγου Hs00237051? στόχευση Chr.8: 38271828 στο NCBI χτίσει 37, επικαλύπτοντας το ιντρόνιο 18 – εξόνιο 19 όριο εντός της περιοχής του πεδίου κινάσης). Σχετική ποσοτικοποίηση αριθμού αντιγράφων γονιδίου σε δείγματα καρκίνου του έγινε με τη μέθοδο Livak (2

-ΔΔCT) χρησιμοποιώντας CEPH 1347-1302 DNA ελέγχου και RPLPO ως το γονίδιο αναφοράς (αριθμός καταλόγου 4326314E), και οι δύο από την Life Technologies [14]. Η μέση τιμή των 3 επαναλήψεων υπολογίστηκε και χρησιμοποιήθηκε ως το επίπεδο ενίσχυσης του γονιδίου.

Αριθμό

ποσοτικό προσδιορισμό του DNA και αντίγραφο TaqMan

® δοκιμασίες διεξήχθησαν και τα δεδομένα φάσματα εκπομπής συλλέχθηκαν χρησιμοποιώντας ένα Applied Biosystems

® 7900 Σε πραγματικό Σύστημα PCR χρόνο (Life Technologies).

Η στατιστική ανάλυση

Το βέλτιστο όριο ενίσχυσης FGFR1 για το διαχωρισμό των ασθενών με μακρά και σύντομη συνολική επιβίωση (OS) για πρώτη φορά καθορίζεται κατά την κατάρτιση της ομάδας και στη συνέχεια επιβεβαιώθηκε στην μια ανεξάρτητη και εξωτερική ομάδα επικύρωσης. Το πρωτεύον καταληκτικό σημείο ήταν OS, που ορίζεται ως το χρονικό διάστημα από την ημερομηνία της διάγνωσης μέχρι θανάτου από οποιαδήποτε αιτία. Οι ασθενείς που ήταν ζωντανοί ή χαθεί κατά την παρακολούθηση είχαν λογοκριθεί κατά την ημερομηνία δει για τελευταία φορά ζωντανός. περιγραφικά χαρακτηριστικά των ασθενών κατά την έναρξη αναφέρθηκαν για τις ομάδες κατάρτισης και επικύρωσης. Λόγω πάνω τοποθέτηση το θέμα για τον προσδιορισμό της τιμής αποκοπής δείκτη που σχετίζονται με αποτέλεσμα, χρησιμοποιήθηκε μια δεκαπλάσια σταυρό επικύρωσης εντός της κλάσης εκπαίδευση. Εν συντομία, η ομάδα κατάρτισης τυχαία χωρισμένο σε 10 τμήματα. Κάθε χρόνο, ένα μέρος ήταν αναίρεση καθώς και τα υπόλοιπα εννέα τμήματα χρησιμοποιήθηκαν για να προσδιορίσει την καλύτερη αποκοπής, ορίζεται ως εκείνη που έφτασε την πιο σημαντική δοκιμασία log-rank, για τη σύνδεση μεταξύ του λειτουργικού συστήματος και την ανάθεση ομάδα (ενισχυμένο ή μη ενισχυμένο) μεταξύ όλων των πιθανών αποκοπές. Το ταυτοποιημένο καλύτερη αποκοπής στη συνέχεια χρησιμοποιήθηκε για να ληφθεί μια ανάθεση ομάδα για κάθε ένα από τους ασθενείς στο τμήμα αγρανάπαυσης, η οποία δεν χρησιμοποιήθηκε για τον προσδιορισμό της αποκοπής. Αυτή η διαδικασία επαναλήφθηκε για κάθε ένα από τα 10 τμήματα, έως ότου όλοι οι ασθενείς στην κοόρτη εκπαίδευση είχε μια ανάθεση ομάδα. Μια δοκιμασία log-rank στη συνέχεια πραγματοποιήθηκε σε ολόκληρη την κατάρτιση ομάδα. Επαναλάβαμε αυτή τη διαδικασία 1000 φορές για να ληφθεί μια κατανομή των καλύτερων αποκοπές. Η αποκοπή με την υψηλότερη συχνότητα ήταν το τελικό αποκοπής που δοκιμάστηκε στην κοόρτη επικύρωσης.

Η δοκιμασία log-rank χρησιμοποιήθηκε για την επιβεβαίωση της αποκοπής στην ομάδα επικύρωσης. Ένα πολυπαραγοντικό μοντέλο Cox χρησιμοποιήθηκε για την αξιολόγηση της ανεξάρτητο προγνωστικό ρόλο της FGFR1 ενίσχυσης προσαρμοσμένο για την ηλικία, το φύλο, την κατάσταση απόδοσης (PS), το στάδιο, και ιστολογική υπότυπο. Το PS έλειπε το 10% των δεδομένων επικύρωσης, το οποίο θα μειώσει το μέγεθος του δείγματος και την εξουσία, αν αναλύθηκαν μόνο ολοκλήρωσε τις παρατηρήσεις. Επειδή πιστεύουμε ότι το PS είναι εντελώς λείπει τυχαία σε αυτή την κλινική σύνολο, τροποποιήσαμε η μέθοδος πολλαπλών καταλογισμό προταθεί αρχικά από τον Rubin και εφάρμοσε στο μοντέλο Cox για την επικύρωση των δεδομένων (15,16). Εν συντομία, θα καταλογισθεί μόνο τις τιμές που λείπουν δύο φορές (Μ = 2). Ένα με όλα τα ελλείποντα PS τεκμαρτά με 0, και το άλλο με όλα τα ελλείποντα PS τεκμαρτά με 0, η μόνη άλλη επιλογή για την διχοτομήθηκε PS. Αυτή η δωρεάν μοντέλο προσέγγισης πολλαπλών καταλογισμό ταιριάζει στις ανάγκες μας για να εκτιμηθεί η επίδραση της μεταβλητής μας ενδιαφέρουν, το ενισχυμένο ή μη-ενισχυμένο FGFR1, κάτω από την ακραία περίπτωση της συμπαράγοντες. Το εκτιμώμενο τυπικό σφάλμα δίνεται από τον τύπο του Rubin [15,16]. Όλα

σ

-τιμές ήταν 2 όψεων με επίπεδο σημαντικότητας 0,05. Όλοι οι υπολογισμοί έγιναν με R Έκδοση 2.14.0 [17]

Αποτελέσματα

Κλινικά χαρακτηριστικά της κατάρτισης και επικύρωσης ομάδες

DNA επαρκούς ποσότητας και της ποιότητας ελήφθη από 347 όγκων δείγματα από ασθενείς με NSCLC. δεδομένα OS ήταν διαθέσιμα για 345 ασθενείς, των οποίων τα χαρακτηριστικά αναφοράς παρατίθενται στον Πίνακα 1. Η μέση ηλικία ήταν 66 έτη, 66% ήταν άνδρες, και το μεσαίο κατανάλωση τσιγάρων ήταν 50 pack-χρόνου (ΡΥ). Η πλειοψηφία (66%) των ασθενών είχαν σταδίου Ι νόσου και αδενοκαρκινώματα (49%) και καρκινώματα πλακωδών κυττάρων (39%) ήταν οι κύριες ιστολογική κατηγορίες. Τα αρχικά χαρακτηριστικά των κλάσεων κατάρτισης και επικύρωσης ήταν παρόμοια, αν και η ομάδα επικύρωσης είχε περισσότερα μη-λευκοί (p & lt? 0.001), χειρότερα PS (p & lt? 0.001) και ελαφρώς μεγαλύτερη διάμεση πακέτα-έτη καπνίσματος (p = 0,033) σε σύγκριση με . η ομάδα κατάρτισης

Μεταβλητό

εκπαίδευση Cohort

Επικύρωση Cohort

P Value

*

(n = 203) (n = 142), διάμεση ηλικία (εύρος) 66,2 (35,0 – 83,8 ) 65,2 (25,8 – 81,9) 0.144Sex Άντρας 133 (66%) 93 (65%) 1.000 Female70 (34%) 49 (35%) Αγώνας White197 (97%) 125 (88%) & lt? 0.001 Αφρικής American3 (1% ) 15 (11%) Other3 (1%) 2 (1%) Ιστολογία Adenocarcinoma98 (48%) 71 (50%) 0.108 Squamous79 (39%) 57 (40%) Μεγάλες cell15 (7%) 13 (9%) Other11 (5%) 1 (1%) Στάδιο IA56 (28%) 42 (30%) 0.857 IB83 (41%) 48 (34%) IIA7 (3%) 6 (4%) IIB32 (16%) 27 (19% ) IIIA16 (8%) 12 (8%) IIIB2 (1%) 3 (2%) IV6 (3%) 4 (3%) Κατάσταση Απόδοση 0.147 (72%) 29 (20%) & lt? 0.001 144 (22% ) 79 (56%) 21 (& lt? 1%) 20 (14%) Λείπει Data11 (5%) 14 (10%) Απώλεια βάρους Absent162 (80%) 117 (82%) 0.049 Present28 (14%) 9 (6 %) Λείπει Data13 (6%) 16 (11%) καπνίζοντες History0.247

** Ποτέ smoker10 (5%) 11 (8%) Φως καπνιστής (& lt? 15 ΡΥ) 13 (6%) 3 (2% ) Βαρύ καπνιστής (& gt?. 15 ΡΥ) 163 (80%) 106 (75%) Λείπει Data16 (8%) 22 (15%) Πίνακας 1. χαρακτηριστικά των ασθενών

* ακριβές τεστ του Fisher για τις κατηγορικές μεταβλητές και η αποπληρωμή ποσού Wilcoxon του τεστ για συνεχείς μεταβλητές ηλικία και πακέτα-έτη. ** ακριβές τεστ του Fisher μεταξύ ποτέ και ποτέ καπνιστές. CSV Λήψη CSV

Συμφωνία μεταξύ των παραλλαγών αριθμό αντιγράφων (CNV) των εξόνιο 15 και εξόνιο 19 του γονιδίου FGFR1

Πρέπει πρώτα αξιολογηθεί συμφωνία μεταξύ εξόνιο 15 και εξόνιο 19 CNV για το γονίδιο FGFR1 χρησιμοποιώντας μας νεοαποκτηθέντα πραγματικού χρόνου PCR δοκιμασία στην κατάρτιση ομάδα 203 ασθενών με NSCLC. Εξόνιο 15 CNVs κυμάνθηκε 0,58 έως 14,32, εξόνιο 19 CNVs κυμάνθηκε 0,44 έως 12,89, και είχαν υψηλή συσχέτιση (Spearman rank r = 0.918, p & lt? 0.001) (Σχήμα 1)

Η

Βέλτιστη. cut-σημείο αποφασιστικότητα στην εκπαίδευση ομάδα

στη συνέχεια καθορίζεται το επίπεδο της εξόνιο 15 CNV που παράγει το βέλτιστο διαχωρισμό των ασθενών στην ομάδα της κατάρτισης σε ομάδες με κοντό και μακρύ OS. Χρησιμοποιώντας ένα κατώφλι CNV 3,50 ως αποτέλεσμα την καλύτερη διαχωρισμού, με 191 ασθενείς που έχουν επίπεδα κάτω των 3,50 και 12 (5.9%) ασθενείς μεγαλύτερη από 3,50. Οι ασθενείς με υψηλό CNV είχαν σημαντικά μεγαλύτερη πιθανότητα θανάτου σε σύγκριση με εκείνους με CNVs κάτω από το όριο (HR = 2,19, 95% CI: 1,02, 4,75?

σ

= 0,045? Σχήμα 2). Ρύθμιση για την ηλικία συμπαράγοντες, το φύλο, την κατάσταση απόδοσης, το στάδιο, και ιστολογία απέδωσε το ίδιο σημείο αποκοπής του 3.50 (Σχήμα 2).

Η

Αποτελέσματα στην επικύρωση ομάδα

Για να επιβεβαιώνουν την επίδραση OS του ορίου CNV 3,50, αναλύσαμε την ομάδα επικύρωσης των 142 ασθενών (εξόνιο 15 εύρος CNV 0,69 – 46,54). Πέντε ασθενείς (3,5%) είχαν υψηλά επίπεδα, και 137 είχαν χαμηλά επίπεδα. Πραγματοποιήσαμε μια πολυπαραγοντική ανάλυση παλινδρόμησης Cox προσαρμογή για τις ίδιες συμπαράγοντες και ήταν σε θέση να επιβεβαιώσει ότι οι ασθενείς με υψηλή CNVs και αναλογία κινδύνου για θάνατο από 2,91 (95% CI: 1,14, 7,41?

σ

= 0,025? Πίνακας 2). εκτιμήσεις επιβίωσης Kaplan-Meier αποδεικνύεται πλέον OS για τους ασθενείς με χαμηλή CNVs σε σύγκριση με εκείνους με υψηλή CNVs. (

σ

= 0,0398? Σχήμα 3)

Μεταβλητό

Λόγος Κινδύνου (95% CI)

p

-Τιμή

FGFR1 CNV αξία & lt? 3,50 (n = 137) Reference0.025 & gt? 3,50 (n = 5) 2,91 (1,14 – 7,41) Στάδιο Ι (n = 90) Reference0. 005 & gt? Ι (n = 52) 1.90 (1.22 – 2.96 Σχέση τιμής απόδοσης) Ηλικία (ως συνεχής μεταβλητή) 1,01 (0,99 – 1,03) από 0.35Sex Άρρεν (n = 93) Reference0.11 Γυναίκα (n = 49) 0.68 (0.42 – 1,09) Κατάσταση επιδόσεις 0 (n = 29) Reference0.15 & gt? 0 (n = 113), 1,57 (0,86 – 2,88) ιστολογικό υπότυπο (n = 71) πλακωδών αναφοράς (n = 57) 1,08 (0,69 – 1,68) 0,75 Μεγάλες κυττάρων (n = 13) 1,16 (0,51 -. 2,62) 0,73 Άλλα (n = 1) μοντέλο NANATable 2. η πολυπαραγοντική Cox στην ομάδα επικύρωσης (Ν = 142)

CSV Λήψη CSV

Συχνότητα και τα χαρακτηριστικά των ασθενών με ενίσχυση FGFR1

Στη συνέχεια, συνδυάζονται οι ομάδες κατάρτισης και επικύρωσης και ανέλυσε το ποσοστό των ασθενών με ενίσχυση FGFR1 (ορίζεται ως CNV & gt? 3,50) από χαρακτηριστικά αναφοράς (Πίνακας 3). Το συνολικό ποσοστό ενισχύσεις FGFR1 ήταν 4,9% (17/345). ενίσχυση FGFR1 ήταν πιο συχνή στους άνδρες (7%) σε σύγκριση με τις γυναίκες (2%),

σ

= 0.064. Δεν υπήρχε σημαντική διαφορά στο ποσοστό των FGFR1 ενίσχυσης μεταξύ αδενοκαρκινώματα (4,1%) και καρκινώματα πλακωδών κυττάρων (5,1%). Δεν βρήκαμε μια στατιστικά σημαντική διαφορά για την ενίσχυση FGFR1 μεταξύ των όγκων των ασθενών με «light» (lt &? 15 ΡΥ) και «βαριά» (≥ 15 ΡΥ) ιστορικό καπνίσματος (3% έναντι 6%), αν και υπήρχε μια τάση προς ένα υψηλότερο ποσοστό μεταξύ των «βαρύ» τους καπνιστές. Ο αριθμός των ασθενών που είχαν διάρκεια ζωής τους μη καπνιστές σε σύγκριση με καπνιστές ποτέ με και χωρίς FGFR1 ενίσχυση ήταν πολύ χαμηλή για μια στατιστικά σημαντική σχέση

Μεταβλητό

FGFR1 CNV & gt?. 3.50

FGFR1 CNV & lt? 3,50

p

-Τιμή

*

Φύλο Male15 (7%) 211 (93%) 0.06 Female2 (2%) 117 (98%) Αγώνας White17 (5%) 305 (95% ) 1 Αφρικανική American0 (0%) 18 (100%) Other0 (0%) 5 (100%) καπνιστών Ιστορία & lt? 15 PY1 (3%) 36 (97%) 0.74 & gt? 15 PY15 (6%) 255 (94 %) Λείπει DATA1 (3%) 37 (97%) Ιστολογία Adenocarcinoma7 (4%) 162 (96%) 0,04 Squamous7 (5%) 129 (95%) Μεγάλες cell0 (0%) 28 (100%) Other3 (25% ) 9 (75%) Στάδιο I 9 (4%) 220 (96%) 0.29 & gt? I8 (7%) 108 (93%) Κατάσταση Απόδοση 09 (5%) 167 (95%) 0.59 & gt? 06 (4% ) 138 (96%) Λείπει χαρακτήρα2 (8%) 23 (92%) Πίνακας 3. Κατανομή των FGFR1 ενίσχυσης σε όλους τους ασθενείς (Ν = 345).

* του Fisher exact test CSV Λήψη CSV

Συζήτηση

η ικανότητα να εντοπίζει και να στοχεύει ογκογόνο μεταβολές στην NSCLCs υπήρξε μια σημαντική πρόοδος στην αντιμετώπιση των ασθενών. Μια σημαντική πτυχή της μετάφρασης αυτών των μοριακών αλλοιώσεων στην κλινική πρακτική είναι να αναπτύξει δοκιμασίες που μπορούν γρήγορα και αξιόπιστα εντοπισμό ειδικών ανωμαλιών σε κλινικά δείγματα. Τα αποτελέσματά μας δείχνουν ότι η ποσοτική PCR πραγματικού χρόνου δοκιμασίας που αναπτύσσεται μπορεί να προσδιορίσει όγκους με κλινικά σημαντική ενίσχυση FGFR1.

σηματοδότηση FGFR ενεργοποιείται σε πολλούς καρκίνους συμπεριλαμβανομένων του στόματος πλακωδών κυττάρων, των ωοθηκών, της ουροδόχου κύστης, και καρκίνων του μαστού [5,18 -22]. Weiss et al. ήταν οι πρώτοι που αναφέρουν ότι το τμήμα χρωμοσωμική 8p12, το οποίο περιλαμβάνει το γονίδιο FGFR1, ενισχύεται σε 9,7% του πλακωδών κυττάρων καρκινώματα του πνεύμονα [3]. Επιπλέον, οι συγγραφείς ανέφεραν ότι οι ασθενείς με καρκινική ενίσχυση FGFR1 έτειναν να έχουν κατώτερα επιβίωση, αν και μη σημαντική. Η ανάλυση περιελάμβανε 77 αδενοκαρκινώματα, και βρήκαν ενίσχυση FGFR1 μόνο σε 1% των ασθενών. Ανέλυσαν επίσης ένα ανεξάρτητο σύνολο 153 ακανθοκυτταρικό καρκίνωμα χρησιμοποιώντας ένα 8p12-ειδικό ανιχνευτή FISH και ανιχνεύεται ενίσχυση FGFR1 (ορίζεται ως & gt? 9 αντίγραφα σε μια απροσδιόριστη κλάσμα των κυττάρων) σε 22% των ασθενών. Dutt et al. αξιολόγησε τα 8p11-12 τμήματα σε πάνω από 600 καρκίνους του πνεύμονα χρησιμοποιώντας τεχνολογία συστοιχίας SNP και διαπίστωσε ότι ενισχύεται (που ορίζεται ως 3,25 αντίγραφο παραλλαγή αριθμός) σε 6% των NSCLCs, 21% (12/57) σε πλακωδών κυττάρων και 3,4% (20/588 ) σε αδενοκαρκινώματα [4]. Επιπλέον, έδειξε ότι ο πολλαπλασιασμός των κυτταρικών σειρών NSCLC με ενίσχυση φάνηκε να εξαρτάται από την ενεργοποίηση FGFR1 οδό.

Αρκετοί άλλοι ερευνητές έχουν αναλύσει κλινικά δείγματα NSCLCs για την παρουσία του FGFR1 ενίσχυσης με FISH [7-11]. Υπάρχει σημαντική διακύμανση στον καθορισμό ένα θετικό αποτέλεσμα σε αυτές τις εκθέσεις. Ωστόσο, όλοι ανέφεραν σημαντικά υψηλότερο ποσοστό σε ακανθοκυτταρικό καρκίνωμα σε σύγκριση με αδενοκαρκινώματα. Μερικές αναφορές βρίσκονται υψηλότερα ποσοστά στους άνδρες σε σύγκριση με τις γυναίκες, και κάποιες αναφορές βρέθηκε προγνωστική ενίσχυση FGFR1 κατώτερης επιβίωσης [8,9]. Τα δεδομένα σχετικά με την προγνωστική επίδραση της FGFR1 ενίσχυσης ποικίλλει μεταξύ των διαφόρων μελετών? με μερικές μελέτες που δείχνουν μια χειρότερη επιβίωση [3,7] και άλλοι δείχνουν καμία διαφορά στα αποτελέσματα [8].

Η μεταβλητότητα των ποσοστών ενίσχυσης FGFR1, όπως καθορίζεται από FISH σχετίζεται με διαφορές στον ορισμό ενός θετικού αποτελέσματος και στην ερμηνεία των αποτελεσμάτων. Για παράδειγμα, σε μια ανάλυση των 420 καρκίνων του πνεύμονα, μια ομάδα ερευνητών από τη Γερμανία ορίζονται ενός όγκου ως ιδιαίτερα ενισχυμένο εάν ο λόγος FGFR1 /κεντρομερίδιο ήταν ≥ 2,0, ο μέσος αριθμός των σημάτων FGFR1 ανά κύτταρο όγκου πυρήνας ≥6, ή εάν μεγάλος clusters (≥ 15 σήματα FGFR1) βρέθηκαν σε ποσοστό ≥ 10% των συνυπολογίζεται πυρήνων. Με αυτά τα κριτήρια, ανέφεραν ποσοστό ενίσχυσης FGFR1 του 16% [11].

ανάλυση FISH είναι επίπονη, τεχνικά περίπλοκη και αναγνώστη εξαρτάται. Όλα είναι χαρακτηριστικά που περιορίζουν την κλινική εφαρμοσιμότητα της. Για το λόγο αυτό σχεδιάστηκε μια δοκιμασία που αξιολογεί την ενίσχυση του γονιδίου FGFR1 με πραγματικού χρόνου ποσοτική PCR, η οποία είναι τεχνικά λιγότερο πολύπλοκη, αυτοματοποιημένη, ποσοτική, και ανεξάρτητα από την ερμηνεία αναγνώστη. Η έρευνά μας έδειξε ότι μια ενίσχυση 3,5-πλάσια του γονιδίου FGFR1 ήταν προγνωστικός κατώτερης επιβίωσης. Επιπλέον, η βέλτιστη ανάλυση σημείο αποκοπής μας δείχνει ότι υπάρχει μια σαφής κατώφλι (Εικ. 2) για την αλληλεπίδραση μεταξύ ενίσχυσης γονιδίου και την επιβίωση? δηλαδή, ο λόγος κινδύνου παραμένει περίπου 1.0 για τα επίπεδα ενίσχυσης κάτω του 3,0-φορές και παραμένει στο περίπου 2,5 φορές για τα επίπεδα πάνω από 3,5 φορές. Χρησιμοποιώντας αυτό το σημείο αποκοπής, ο ρυθμός FGFR1 ενισχυμένου όγκων ήταν 5,1% σε καρκινώματα πλακωδών κυττάρων. Το ποσοστό αυτό είναι χαμηλότερο από ό, τι αυτές που αναφέρθηκαν σε άλλα χειρόγραφα, λόγω του υψηλότερου επιπέδου σημείο αποκοπής. Για παράδειγμα, είχε θέσαμε το σημείο αποκοπής σε μια ενίσχυση 2,0-φορές, 19% (26/136) των ακανθοκυτταρικό καρκίνωμα θα ήταν θετική. Παρά το γεγονός ότι το ποσοστό αυτό ενίσχυσης είναι πιο συνεπής με προηγούμενες εκθέσεις, δεν επιλέγουν να χρησιμοποιούν αυτό το επίπεδο, διότι στερείται προγνωστική κλινική χρησιμότητα. Είναι ενδιαφέρον, ο καρκίνος Genome Atlas Ερευνών (TCGA) δίκτυο ανέφερε πρόσφατα μια ολοκληρωμένη ανάλυση της γονιδιωματικής και Γενετικής μεταβολές στην 178 πλακωδών κυττάρων καρκινώματα του πνεύμονα και βρήκαν ότι ο ρυθμός της FGFR1 ενίσχυσης ήταν 7% [23]. Έτσι, τα αποτελέσματά μας είναι παρόμοια με τα ευρήματα TCGA.

Εμείς δεν βρούμε μια σημαντική διαφορά στο ποσοστό των FGFR1 ενίσχυσης μεταξύ των πλακωδών κυττάρων και αδενοκαρκινώματα, όπως αναφέρθηκε προηγουμένως [3,4]. Αυτό μπορεί να εξηγηθεί από μεροληψία επιλογής, οι διαφορές στις τεχνολογίες και τους ορισμούς σημείο αποκοπής, η μεταβλητότητα στην ιστολογική ερμηνεία ή την επίδραση της ιστορίας του καπνίσματος. Ορισμένες αναφορές έχουν προτείνει ότι ο ρυθμός FGFR1 ενίσχυση είναι υψηλότερη σε καπνιστές και ενισχύσεις δεν μπορεί να παρατηρηθεί σε μη καπνιστές [7]. Παρατηρήσαμε μια τάση προς ένα υψηλότερο ποσοστό των FGFR1 ενίσχυσης σε «βαριά» καπνιστές σε σύγκριση με το «φως» τους καπνιστές. Είναι πιθανό ότι ο ρυθμός FGFR1 ενίσχυσης σχετίζεται με το κάπνισμα ιστορία, ειδικά παρατεταμένη κάπνισμα, το οποίο μπορεί να ευθύνεται για την αντιληπτή σύνδεση με καρκίνωμα των πλακωδών κυττάρων, δεδομένου ότι είναι αυτός ο υπότυπος που είναι πιο στενά συνδεδεμένη με την κατανάλωση τσιγάρων. ρυθμός μας κατά 4,1% της ενίσχυσης FGFR1 σε αδενοκαρκινώματα είναι παρόμοιο με το ποσοστό της ενίσχυσης ανιχνεύεται σε άλλες δημοσιεύσεις [3,11].

Ο προσδιορισμός των FGFR ως πιθανή «οδηγός» των καρκίνων έχει κεντρίσει το ενδιαφέρον για την ανάπτυξη αναστολέων μονοπατιού. Οι συνεχιζόμενες δοκιμές αξιολόγηση του ρόλου των αναστολέων FGFR σε όγκους με την ενεργοποίηση FGFR1, συμπεριλαμβανομένων πλακώδες καρκίνωμα του πνεύμονα. Πρόσφατα, Wolf et al. αναφερθεί επιβεβαιωμένη απάντηση σε BGJ398, έναν αναστολέα FGFR, σε πλακώδες καρκίνωμα ασθενή οποίων ο όγκος είχε μια αναλογία FGFR1 /CEP8 2,6 από FISH [6]. Είτε ποσοτική PCR δοκιμασία μας μπορούν να χρησιμοποιηθούν για την πρόβλεψη απαντήσεις σε FGFR αναστολείς μένει να καθοριστεί, όπως και η βέλτιστη σημείο αποκοπής για την πρόβλεψη ανταπόκριση. Ωστόσο, τα στοιχεία μας δείχνουν ότι ένα 3.5-φορές ενίσχυση είναι μια λογική προκαταρκτική σημείο εκκίνησης.

Εν κατακλείδι, έχουμε αναπτύξει μια ποσοτική ανάλυση σε πραγματικό χρόνο-PCR για γρήγορη και αξιόπιστη προσδιορισμό της FGFR1 ενίσχυσης σε δείγματα όγκων. Τα δεδομένα μας υποδηλώνουν ότι ένας ενίσχυση 3,5 φορές είναι κλινικής σημασίας σε NSCLC αφού οι ασθενείς με υψηλότερα επίπεδα έχουν μικρότερη επιβίωση από εκείνους με χαμηλότερα επίπεδα. Η συχνότητα ενισχύσεις πάνω από αυτό το επίπεδο είναι 5,1% το ακανθοκυτταρικό καρκίνωμα και το 4,1% σε αδενοκαρκινώματα. ανάλυση σημείο αποκοπής μας δείχνει ότι υπάρχει ένα σαφές αποτέλεσμα όριο για τον αντίκτυπο της ενίσχυσης FGFR1 στην επιβίωση των ασθενών.

Ευχαριστίες

Οι συγγραφείς θα ήθελαν να ευχαριστήσω τους ασθενείς που συναίνεσε να παρέχουν υλικό όγκο που χρησιμοποιήθηκε σε αυτή τη μελέτη.