Abstract

Ιστορικό

TMEFF2 είναι μια πρωτεΐνη που περιέχει ένα μόνο EGF τομέα και δύο μονάδες φολλιστατίνη-όπως. Η βιολογική λειτουργία του ΤΜΕΡΡ2 παραμένει ασαφές με αντικρουόμενες εκθέσεις προτείνοντας τόσο μια θετική και μια αρνητική συσχέτιση μεταξύ της έκφρασης TMEFF2 και ανθρώπινων καρκίνων.

Μεθοδολογία /Κύρια Ευρήματα

Εδώ να αναφέρουμε ότι η εξωκυττάρια περιοχή του TMEFF2 αλληλεπιδρά με PDGF-AA. Αυτή η αλληλεπίδραση απαιτεί την τερματική περιοχή αμινο της εξωκυττάριας περιοχής που περιέχει τις ενότητες φολλιστατίνης και δεν μπορούν να προκαλούνται μόνο από το EGF τομέα. Επιπλέον, η εξωκυτταρική περιοχή του TMEFF2 παρεμβαίνει με PDGF-AA-διεγερμένο πολλαπλασιασμό ινοβλαστών με δοσο-εξαρτώμενο τρόπο. έκφραση TMEFF2 ρυθμίζεται μειωτικά σε ανθρώπινους καρκίνους του εγκεφάλου και συσχετίζεται αρνητικά με την έκφραση PDGF-AA. Καταστέλλεται έκφραση TMEFF2 συνδέεται με υπερμεθυλίωση της σε διάφορους τύπους ανθρώπινου όγκου, που περιλαμβάνει το γλοιοβλάστωμα και καρκίνων ωοθήκης, του ορθού, του παχέος εντέρου και του πνεύμονα προελεύσεων. Ανάλυση των υποτύπων γλοιώματος δείχνει ότι ΤΜΕΡΡ2 υπερμεθυλίωση και μειωμένη έκφραση συνδέονται με ένα υποσύνολο των μη Προνευρικά γλοιώματα που δεν εμφανίζουν CpG νησί methylator phentoype.

Συμπεράσματα /Σημασία

Αυτά τα δεδομένα παρέχουν την πρώτη αποδείξεις ότι TMEFF2 μπορεί να λειτουργήσει για τη ρύθμιση PDGF σηματοδότηση και ότι έχει υπερμεθυλίωση και μειωτικά σε γλοίωμα και διάφορες άλλες μορφές καρκίνου, υποδηλώνοντας έτσι έναν σημαντικό ρόλο για αυτή την πρωτεΐνη στην αιτιολογία ανθρώπινων καρκίνων

Παράθεση:. Lin Κ, Taylor JR Jr, Wu TD, Gutierrez J, Elliott JM, Vernes JM, et al. (2011) ΤΜΕΡΡ2 Είναι μια PDGF-AA Δεσμευτική Πρωτεΐνη με μεθυλίωση-Associated γονιδιακή σίγηση σε πολλαπλούς τύπους καρκίνου, συμπεριλαμβανομένου του γλοιώματος. PLoS ONE 6 (4): e18608. doi: 10.1371 /journal.pone.0018608

Επιμέλεια: Irina Agoulnik, Διεθνές Πανεπιστήμιο της Φλόριντα, Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής

Ελήφθη: 1 Δεκεμβρίου του 2010? Δεκτές: 7, Μάρ, 2011? Δημοσιεύθηκε: 29 Απριλίου 2011

Copyright: © 2011 Lin et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Αυτή η μελέτη χρηματοδοτήθηκε από την Genentech. Ο χρηματοδότης είχε ένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, απόφαση για τη δημοσίευση, και την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:. Όλοι οι συγγραφείς ήταν υπάλληλοι της Genentech, όταν έγινε αυτό το έργο. Αυτό δεν αλλάζει την τήρηση των συγγραφέων σε όλες τις PLoS ONE πολιτικές για την ανταλλαγή δεδομένων και υλικών.

Εισαγωγή

TMEFF2, επίσης γνωστή ως tomoregulin [1], TPEF [2], HPP1 [ ,,,0],3] και TENB2 [4], κωδικοποιεί μια διαμεμβρανική πρωτεΐνη που περιέχει ένα μόνο επιδερμικού αυξητικού παράγοντα (EGF) τομέα και δύο μονάδες φολλιστατίνη-όπως [1], [4] – [6]. Η βιολογική λειτουργία του ΤΜΕΡΡ2 παραμένει άπιαστο με αντικρουόμενες αναφορές από διαφορετικές ομάδες. Διαλυτές μορφές TMEFF2 εξωκυτταρική περιοχή έχει αναφερθεί ότι διεγείρει ασθενώς erbB-4 /HER4 φωσφορυλίωση τυροσίνης σε ΜΚΝ 28 γαστρικά καρκινικά κύτταρα [1], και την προαγωγή της επιβίωσης των μεσεγκεφαλικών ντοπαμινεργικών νευρώνων in πρωτογενή [6] καλλιέργειας. Ως απόδειξη για θετικό ρόλο του στον κυτταρικό πολλαπλασιασμό, αυξημένη έκφραση TMEFF2 έχει συσχετιστεί με υψηλότερο βαθμό καρκίνου του προστάτη και την ανεξαρτησία ορμόνη από αρκετές ομάδες [4], [7], [8]. Σε αντίθεση, άλλοι έχουν αναφέρει τα κάτω ρύθμιση TMEFF2 ανδρογόνων-ανεξάρτητο ξενομοσχεύματα καρκίνου του προστάτη, καθώς και την αναστολή της ανάπτυξης που διεγείρεται από έκτοπη έκφραση της TMEFF2 στον καρκίνο του προστάτη κυτταρικές γραμμές ανεξάρτητου από ανδρογόνα [5]. Επιπλέον, η 5′-περιοχή του γονιδίου TMEFF2 συχνά υπερμεθυλίωση σε μερικούς καρκίνους [2], [3], [9] – [16]., Γεγονός που υποδηλώνει μια πιθανή ογκοκατασταλτικό ρόλος TMEFF2 σε αυτούς τους καρκίνους

αιμοπετάλια παράγοντες ανάπτυξης που λαμβάνονται (PDGFs) όχι μόνο παίζουν σημαντικό ρόλο σε αναπτυξιακές και φυσιολογικές διαδικασίες, αλλά επίσης εμπλέκονται άμεσα σε ανθρώπινο καρκίνο και άλλες πολλαπλασιαστικές διαταραχές (που επισκοπείται στο [17] και [18]). Το ανθρώπινο γονιδίωμα περιέχει τέσσερις συνδέτες PDGF, PDGF-A, B, C και D, και δύο υποδοχείς, PDGFRα και PDGFRβ Όλες PDGFs μπορεί να σχηματίσει λειτουργικά συνδεδεμένα με δισουλφίδιο ομοδιμερή, ενώ μόνο ΡϋΟΡ-Α και Β έχουν δειχθεί να σχηματίσουν λειτουργικά ετεροδιμερή. PDGFRs επίσης λειτουργούν ως ομο- και ετερο-διμερή που διαφέρουν στις συγγένειες τους σε διάφορες διμερή PDGF (που επισκοπείται στο [17] και [18]). Η α υπομονάδα του PDGFR έχει δειχθεί ότι δεσμεύουν την ΡϋΟΡ-Α, Β και Γ αλυσίδες, ενώ η β υπομονάδα πιστεύεται ότι δεσμεύεται μόνο το Β και οι αλυσίδες D. Οι βιολογικές αποκρίσεις που προκαλούνται από τους διάφορους συνδέτες PDGF εξαρτάται από τις σχετικές τους αριθμούς των υπομονάδων υποδοχέα σε ένα δεδομένο κυτταρικό τύπο και τις ειδικές διμερή PDGF παρόν.

Η φολλιστατίνη πρωτεΐνες που περιέχουν module-έχουν προηγουμένως αποδειχθεί ότι είναι σε θέση να δεσμεύσει και ρυθμίζουν τη λειτουργία μιας ποικιλίας παραγόντων ανάπτυξης, περιλαμβανομένων των μελών του αυξητικού παράγοντα μετασχηματισμού βήτα (ΤΟΡ-β οικογένεια, PDGFs, και αγγειακού ενδοθηλιακού αυξητικού παράγοντα (VEGF) [19] – [24]. Μέχρι σήμερα, ωστόσο, κανένα εταίρο δέσμευσης έχει αναφερθεί για TMEFF2. στην παρούσα έκθεση, έχουμε εντοπίσει PDGF-ΑΑ ως ένας αυξητικός παράγοντας που αλληλεπιδρά με TMEFF2. Επιπλέον, δείχνουμε ότι η εξωκυτταρική περιοχή του TMEFF2 παρεμβαίνει με PDGF-AA-διεγερμένο πολλαπλασιασμό ινοβλαστών με δοσο-εξαρτώμενο τρόπο . τα δεδομένα μας παρέχει την πρώτη απόδειξη ότι ΤΜΕΡΡ2 μπορεί να λειτουργήσει για τη ρύθμιση PDGF σηματοδότηση, και να δώσει νέες μηχανιστικές γνώσεις σχετικά με τις φαινομενικά αντικρουόμενες ρόλους των ΤΜΕΡΡ2 σε ανθρώπινους καρκίνους. Επιπλέον, δείχνουμε για πρώτη φορά ότι η έκφραση του TMEFF2 είναι προς τα κάτω σε γλοίωμα και διάφορες άλλες μορφές καρκίνου και ότι αυτή η προς τα κάτω ρύθμιση συσχετίζεται με μεθυλίωση ΟΝΑ. Μαζί αυτά τα δεδομένα υποδεικνύουν έναν σημαντικό ρόλο του TMEFF2 στην ανάπτυξη και την εξέλιξη των ανθρώπινων καρκίνων.

Αποτελέσματα

Η εξωκυτταρική περιοχή του TMEFF2 αλληλεπιδρά με PDGF-AA

TMEFF2 προβλέπεται να περιέχει ένα πεδίο διαμεμβράνης (ΤΜ) με μία σειρά αμινο τερματικό (ΝΤ) πεπτίδιο σήματος (SP) (Σχ. 1Α). Οι ανασυνδυασμένες πρωτεΐνες που περιέχουν την εξωκυτταρική περιοχή (ECD) του TMEFF2 συντηγμένο σε μια ετικέτα FLAG (TECD-FLAG) ή το τμήμα Fc της ανθρώπινης γάμμα ανοσοσφαιρίνης (hFcγ (TECD-Fc) στο καρβοξυ-άκρο (CT) εκφράστηκαν σε κύτταρα θηλαστικών και καθαρίστηκε από υπερκείμενα κυτταρικής καλλιέργειας (Εικ. 1 Β). το καθαρισμένο TECD-FLAG και TECD-Fc έτρεξε στην προβλεπόμενη -55 kDa και ~ 70 kDa σε SDS PAGE υπό αναγωγικές συνθήκες, αντίστοιχα (Σχ. 1γ). αλληλούχιση nt του καθαρισμένες πρωτεΐνες αποκάλυψε ότι το πεπτίδιο-σηματοδότης διασπάστηκε μεταξύ των καταλοίπων 40 και 41 σε αμφότερες τις ανασυνδυασμένες πρωτεΐνες (Εικ. 1ϋ).

(Α) υδροπάθειας του TMEFF2 πρωτεΐνης με βάση τον αλγόριθμο των Kyte και Doolittle [53] και η προβλεπόμενη δομή τομέα με βάση την ανάλυση αλληλουχίας NT του ανασυνδυασμένου TECD σε αυτή τη μελέτη και Horie et al., 2000 [6]. SP, σηματοδοτούν πεπτίδιο? FS I, φολλιστατίνη πεδίο που ομοιάζει Ι? FS II, φολλιστατίνης που μοιάζει με τον τομέα ΙΙ? EGF, επιδερμικό αυξητικό παράγοντα που μοιάζει τομέα? ΤΜ, διαμεμβρανική περιοχή? Ν-Gly, δυνητικές θέσεις για Ν-συνδεδεμένη γλυκοζυλίωση? GAG, δυναμικό χώρο της γλυκοζαμινογλυκάνης προσάρτησης. (Β) Σχηματική αναπαράσταση της ανασυνδυασμένης TECD-FLAG και πρωτεΐνες σύντηξης TECD-Fc ευθυγραμμισμένη με την πλήρους μήκους TMEFF2 (TMEFF2-FL). (C) Καθαρισμένη TECD-FLAG και TECD-Fc αναλύθηκαν με SDS-PAGE υπό αναγωγικές συνθήκες με χρώση με Coomassie blue. αλληλουχίας (D) ΝΤ του καθαρισμένου TECD-FLAG και TECD-Fc αποκάλυψε την θέση διάσπασης του πεπτιδίου σήματος. Η αλληλουχία αμινοξέων που προσδιορίζονται με αλληλούχιση ΝΤ είναι υπογραμμισμένη. Arrowhead υποδεικνύει τη θέση διάσπασης του πεπτιδίου σήματος.

Η

Από το φολλιστατίνη (FS) που περιέχει το module-πρωτεΐνες έχουν δειχθεί ότι αλληλεπιδρούν με συνδέτες PDGF [19], εξετάσαμε την ικανότητα του καθενός από τα 3 διμερών μορφών του PDGF προσδέματα, PDGF-ΑΑ, ΒΒ και ΑΒ, να αλληλεπιδρούν με τον ECD του TMEFF2 χρησιμοποιώντας Enzyme-Linked ανοσορροφητικές δοκιμασίες (ELISA). Χρησιμοποιώντας ένα βιοτινυλιωμένο αντι-PDGF-A αντίσωμα, παρατηρήσαμε μία εξαρτώμενη από τη δόση δέσμευσης όταν 1 έως 10 ng /ml PDGF-ΑΑ προστέθηκε στο ακινητοποιημένο TECD-FLAG. Ένας ασθενής σύνδεση ανιχνεύθηκε χρησιμοποιώντας ΡϋΟΡ-ΒΒ και βιοτινυλιωμένο αντίσωμα αντι-ΡϋΟΕ-Β, ενώ δεν παρατηρείται σημαντική δέσμευση ανιχνεύθηκε για PDGF-ΑΒ χρησιμοποιώντας το βιοτινυλιωμένο αντι-ΡϋΟΡ-Α αντίσωμα (Σχ. 2Α). Ενώ υπήρχε μόνο μία ελαφρά πρόσδεση μεταξύ ΡϋΟΡ-ΑΑ και των μη επικαλυμμένων πλαστικά φρεάτια, η σύνδεση του PDGF-AA σε ακινητοποιημένο TECD-FLAG ήταν συγκρίσιμη με τη δέσμευση του σε ένα ακινητοποιημένο αντίσωμα αντι-ΡϋΟΕ κάτω από τις ίδιες συνθήκες (Εικ. 2Α) φόντο . Καμία συγκεκριμένη δέσμευση ανιχνεύθηκε για μία ποικιλία άλλων πρωτεϊνών που εξετάστηκαν, συμπεριλαμβανομένων των μελών της EGF υποδοχέα της οικογένειας (EGFR, HER2, HER3 ή HER4) και του υποδοχέα παράγοντα νέκρωσης όγκων (TNFR) συγχωνευμένο με hFcγ. Επιπλέον, δεν παρατηρείται σημαντική δέσμευση ανιχνεύθηκε μεταξύ των ίδιων των ΤΜΕΡΡ2 εξωκυτταρικές περιοχές όταν TECD-Fc χρησιμοποιήθηκε ως αναλυόμενη ουσία. Ως θετικός έλεγχος, ένα μονοκλωνικό αντίσωμα αντι-FLAG έδειξε εξαρτώμενη από τη δόση σύνδεση προς τον TECD-FLAG επικαλυμμένα φρεάτια Σχ. 2Β).

(α) δέσμευση του διμερούς PDGF συνδέτες να TECD-FLAG επικαλυμμένα φρεάτια. PDGF-ΑΑ, ΑΒ ή ΒΒ εφαρμόσθηκαν σε TECD-FLAG επικαλυμμένα φρεάτια (στερεά σύμβολα) ή τυφλά βυθίσματα (ανοιχτά σύμβολα) και ανιχνεύθηκαν με βιοτινυλιωμένο αντι-ΡϋΟΡ-Α (για PDGF-ΑΑ (D) Κανονικοποιημένη σήματα του TMEFF2 (C) και η έκφραση mRNA PDGF-A (D) σε Προνευρικά (PN), πολλαπλασιαστικών (Prolif), ή μεσεγχυματικά (MES) υποτύπων 36 δειγμάτων γλοιώματος. Οι μέσες σήματα για κάθε υπότυπο παρουσιάζονται ως ένθετα. *

σ

≤0.05? **

σ

≤0.005. (Ε) ΤΜΕΡΡ2 έκφραση συσχετίζεται αρνητικά με PDGF-Α έκφρασης σε 133 (76 MD Anderson και 57 UCSF) δείγματα HGG (Pearson συντελεστής συσχέτισης r = -0,37). Κάθε άξονας αναπαριστά κανονικοποιημένη σήματα του κάθε γονιδίου. Όλα τα δεδομένα έκφρασης ελήφθησαν χρησιμοποιώντας Affymetrix HG-U133A και HG-U133B GeneChips από 223557_s_at καθετήρα για ΤΜΕΡΡ2 και 205463_s_at για PDGF-Α, αντίστοιχα.

Η

Υψηλής ποιότητας γλοιώματα (HGGs) έχουν ταξινομηθεί σε τρεις μοριακές υπότυπους με βάση την ομοιότητα ορίζεται υπογραφές έκφραση: Προνευρικά (PN), υπερπλαστική (Prolif) και μεσεγχυματικά (MES) [32]. Ο υπότυπος Προνευρικά εκφράζει γονίδια που σχετίζονται με φυσιολογικό εγκέφαλο και τη διαδικασία της νευρογένεσης. Αυτός ο υπότυπος έχει συσχετισθεί με καλύτερη πρόγνωση [32], και έχει πρόσφατα συνδεθεί με ένα υποσύνολο των όγκων εμφανίζουν γλοιώματος-CpG νησιού methylator φαινότυπο (G-CIMP) και ισοκιτρική αφυδρογονάση 1 (IDH1) μετάλλαξη (βλέπε κατωτέρω) [33 ]. Αντίθετα, οι άλλοι δύο υπότυποι έχουν χειρότερη πρόγνωση [32], και χαρακτηρίζονται από μία ομοιότητα με είτε εξαιρετικά πολλαπλασιαστικές κυτταρικές γραμμές ή ιστούς μεσεγχυματικής προέλευσης, με τα προγράμματα γονιδιακή έκφραση ενδεικτική του κυτταρικού πολλαπλασιασμού ή της αγγειογένεσης, αντίστοιχα. ανάλυση μικροσυστοιχιών του TMEFF2 σε ένα σύνολο 36 δειγμάτων HGG που περιελάμβανε 12 πρωτότυπη περιπτώσεις κάθε υποκατηγορίας [32], [34] αποκάλυψαν σημαντικά υψηλότερα επίπεδα έκφρασης TMEFF2 στην υποκατηγορία ΡΝ από τα Prolif και MES υποκατηγορίες (Εικ. 6C). Είναι ενδιαφέρον ότι, PDGF-Α έδειξαν σχεδόν το είδωλο, αντίθετη τάση με την υψηλότερη έκφραση στο υποκατηγορία MES (Εικ. 6D). Αυτή η τάση δεν παρατηρήθηκε για PDGF-Β σε αυτά τα δείγματα (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται). Περαιτέρω ανάλυση των δεδομένων των μικροσυστοιχιών σε 76 δείγματα HGG από την MD Anderson Κέντρο Καρκίνου (MDA) και 57 δείγματα HGG από το Πανεπιστήμιο της Καλιφόρνια στο Σαν Φρανσίσκο (UCSF) προτείνει μια αρνητική συσχέτιση μεταξύ ΤΜΕΡΡ2 και PDGF-Α έκφρασης και στις δύο σειρές δειγμάτων (σχ. 6Ε ). Αυτά τα δεδομένα είναι συνεπή με την υπόθεση ότι PDGF-ΑΑ μπορεί να είναι ένας σημαντικός παράγοντας ανάπτυξης που απαιτείται για την ανάπτυξη των μη-PN HGGs, και ότι η έκφραση TMEFF2 μπορεί να επιλεγεί κατά σε αυτές HGGs που εξαρτώνται από σηματοδότηση PDGF-AA.

TMEFF2 είναι υπερμεθυλιωμένο σε πολλαπλούς τύπους όγκου με έκφραση του συσχετίζεται αρνητικά με τα επίπεδα μεθυλίωσης

υπερμεθυλίωση του γονιδίου TMEFF2 σε ανθρώπινους καρκίνους έχει αναφερθεί σε διάφορους ιστούς, συμπεριλαμβανομένων του παχέος εντέρου, του στομάχου και του οισοφάγου καρκίνων [2], [ ,,,0],3], [9] – [12], [16]. Ωστόσο, αυτοί οι ιστοί εκφράζουν πολύ χαμηλά επίπεδα TMEFF2 ακόμη και σε φυσιολογικά δείγματα, καθιστώντας τη σημασία της καταστολής γονιδίου λιγότερο σαφές σε αυτούς τους όγκους. Δεδομένου ότι η κατάσταση μεθυλίωσης του TMEFF2 δεν έχει αναφερθεί σε γλοίωμα και πλέον άλλους ιστούς, αναλύσαμε όλα τα δημοσίως διαθέσιμα δεδομένα από τον καρκίνο Γονιδιώματος Atlas (TCGA) με τα αποτελέσματα τόσο για την έκφραση Agilent και συστοιχίες μεθυλίωση Infinium [35]. Από τα επτά είδη όγκων όπου τα στοιχεία αυτά είναι διαθέσιμα σήμερα, μόνο γλοιοβλάστωμα, και τα δείγματα του καρκίνου των ωοθηκών και περιστασιακά ορθού δείχνουν σημαντικά επίπεδα έκφρασης TMEFF2 (Εικ. 7). Όλα τα δείγματα με υψηλά επίπεδα έκφρασης TMEFF2 αντιστοιχούν σε χαμηλά CpG νησί μεθυλίωση μέλη, ενώ τα δείγματα με μια τιμή μεθυλίωση βήτα μεγαλύτερη από 0.1 έχουν ένα κατασταλεί έκφραση TMEFF2, η οποία είναι ιδιαίτερα εμφανής στα δείγματα GBM (p-value t-test 4 × 10

-14). έκφραση TMEFF2 είναι ελάχιστα ανιχνεύσιμη σε όλες σχεδόν τις αδενοκαρκίνωμα κόλου, αδενοκαρκίνωμα του ορθού, αδενοκαρκίνωμα του πνεύμονα και τα δείγματα πλακώδες καρκίνωμα πνεύμονα. Ενώ η πλειοψηφία αυτών των δειγμάτων όγκου παρουσιάζουν μεθυλίωση βήτα τιμές μεγαλύτερες από 0,1, υπάρχουν ανεπαρκή δεδομένα για να διαπιστωθεί αν υπάρχουν διαφορετικά κατώτατα όρια των τιμών βήτα μεθυλίωσης σε διαφορετικούς τύπους όγκων για την καταστολή της έκφρασης TMEFF2, ή άλλων μηχανισμών δεδομένα υπάρχουν για να καταστείλει την έκφραση του. Παρ ‘όλα αυτά, μαζί με άλλες δημοσιευμένες εκθέσεις TMEFF2 μεθυλίωσης σε άλλους τύπους όγκων, τα στοιχεία αυτά είναι συνεπή με την υπόθεση ότι TMEFF2 σίγηση μέσω μεθυλίωσης του DNA σε ένα σημαντικό ποσοστό των ανθρώπινων καρκίνων, συμπεριλαμβανομένων γλοιώματος και καρκίνων ωοθήκης, του ορθού, του παχέος εντέρου και του πνεύμονα προελεύσεων.

τα επίπεδα μεθυλίωσης παρίσταται γραφικώς επί του άξονα χ από το μέσο όρο των τιμών βήτα των δύο Infinium ανιχνευτές, cg06856528 και cg18221862, και τα επίπεδα έκφρασης του mRNA που λαμβάνεται στο τσιπ Agilent σχεδιάζεται στον άξονα γ.

Πρόσφατα, ένα υποσύνολο των γλοιώματα με χαρακτηριστική υποστηρικτής αλλαγές μεθυλίωσης του DNA, που αναφέρεται ως G-CIMP, έχουν εντοπιστεί στο πλαίσιο των δειγμάτων TCGA GBM [33]. Είναι ενδιαφέρον ότι, G-CIMP-θετικούς όγκους ανήκουν σε ένα υποσύνολο των όγκων Προνευρικά και συνδέονται στενά με μετάλλαξη IDH1. Αυτοί οι όγκοι έχουν ευνοϊκή πρόγνωση εντός GBMs ως σύνολο και επίσης μέσα στο υποσύνολο Προνευρικά. Για να κατανοήσουμε τη σχέση μεταξύ ΤΜΕΡΡ2 μεθυλίωση και την υπογραφή G-CIMP, συγκρίναμε την κατάσταση μεθυλίωσης ΤΜΕΡΡ2 ενάντια στο σύνολο των δειγμάτων TCGA GBM με τις διαθέσιμες πληροφορίες μετάλλαξη G-CIMP και IDH1. Από τα δείγματα που αναλύονται με TCGA Noushmehr et al. [33], 88 επικαλύπτονται με τα δείγματα που αναλύθηκαν με τη χρήση της διαθέσιμης στο κοινό σύνολο δεδομένων. 76 από αυτές ήταν G-CIMP-αρνητικών και 12 ήταν G-CIMP-θετική. Όλα τα 76 G-CIMP αρνητικά δείγματα ήταν αρνητικά για τη μετάλλαξη IDH1, ενώ όλα τα 12 G-CIMP-θετικά δείγματα ήταν θετικά για τη μετάλλαξη IDH1.