Αφηρημένο

Εισαγωγή

Τα microRNAs (miRNAs) παίζουν σημαντικό ρόλο στη ρύθμιση των βιολογικών διεργασιών στο μετα-μεταγραφικό επίπεδο. Απορρύθμιση της miRNAs έχει παρατηρηθεί σε καρκίνο, και οι miRNAs διερευνώνται ως πιθανοί βιοδείκτες που αφορούν τη διάγνωση, την πρόγνωση και την πρόβλεψη στη θεραπεία του καρκίνου. Σε πραγματικό χρόνο αλυσιδωτής αντίδρασης ποσοτικής πολυμεράσης (RT-qPCR) χρησιμοποιείται συνήθως, κατά τη μέτρηση της έκφρασης των miRNAs. Κατάλληλη κανονικοποίηση των δεδομένων RT-qPCR είναι σημαντικό να διασφαλιστεί αξιόπιστα αποτελέσματα. Ο σκοπός της παρούσας μελέτης ήταν να προσδιορίσει σταθερά εκφράζεται miRNAs ισχύει ως υποψήφιοι κανονικοποιητής σε μελλοντικές μελέτες της έκφρασης miRNA στον καρκίνο του ορθού.

Υλικά και Μέθοδοι

Πραγματοποιήσαμε υψηλής απόδοσης miRNA προφίλ (OpenArray ®) για δέκα ζεύγη λέιζερ μικρο-ανατομή του ορθού ιστών του καρκίνου και των παρακείμενων στρώμα. Μια μέση παγκόσμια στρατηγική ομαλοποίηση έκφραση εφαρμόστηκε για τον προσδιορισμό των πιο σταθερά εκφράζεται miRNAs για μεταγενέστερη επικύρωση. Στο πρώτο πείραμα επικύρωσης, ένα πάνελ miRNAs αναλύθηκαν σε 25 ζεύγη μικρο αποσυντίθενται ορθού καρκινικό ιστό και των παρακείμενων στρώμα. Στη συνέχεια, οι ίδιες miRNAs αναλύθηκαν σε 28 ζεύγη ορθού καρκινικό ιστό και φυσιολογικό βλεννογόνο του ορθού.

Αποτελέσματα

Από το προφίλ πείραμα miRNA, miR-645, miR-193a-5P, ΜΙΚ 27α και ας-7g ταυτοποιήθηκαν ως σταθερώς εκφράζονται, τόσο σε κακοήθη και στρωματικό ιστό. Επιπλέον, NormFinder επιβεβαίωσε υψηλή σταθερότητα έκφρασης για τις τέσσερις miRNAs. Στα πειράματα επικύρωσης RT-qPCR βάση, δεν υπάρχει σημαντική διαφορά μεταξύ του όγκου και στρώματος /φυσιολογικό βλεννογόνο του ορθού ανιχνεύθηκε για τη μέση του υποψηφίους κανονικοποιητής miR-27a, miR-193a-5P και αφήστε-7g (πρώτη επικύρωση

P

= 0,801, δεύτερη επικύρωση

P

= 0.321). MiR-645 εξαιρέθηκε από την ανάλυση των δεδομένων, επειδή εντοπιζόταν 35 του 50 δείγματα (πρώτη επικύρωση) και σε 24 από 56 δείγματα (δεύτερη επικύρωσης), αντίστοιχα. Σημαντική διαφορά στο επίπεδο έκφρασης της RNU6B παρατηρήθηκε μεταξύ του όγκου και των γειτονικών στρωματικών (πρώτη επικύρωση), καθώς και μεταξύ του όγκου και φυσιολογικό βλεννογόνο του ορθού (δεύτερη επικύρωση).

Συμπέρασμα

Σας συνιστούμε η έκφραση σημαίνει miR-27a, miR-193a-5P και αφήστε-7g ως παράγοντας κανονικοποίησης, κατά την εκτέλεση της έκφρασης των miRNAs αναλύει με RT-qPCR για πρωκτική καρκινικό ιστό

Παράθεση:. Eriksen AHM, Andersen RF, Pallisgaard Ν, Sørensen FB , Jakobsen Α, Hansen TF (2016) microRNA Έκφραση Profiling να εντοπίζουν και να γονίδια Επικύρωση αναφοράς για τη σχετική ποσοτικοποίηση των microRNA στην καρκίνου του ορθού. PLoS ONE 11 (3): e0150593. doi: 10.1371 /journal.pone.0150593

Επιμέλεια: Partha Mukhopadhyay, National Institutes of Health, Ηνωμένες Πολιτείες