Αφηρημένο

Ιστορικό

τεχνολογία μικροσυστοιχιών εφαρμόζεται σε microRNA (miRNA) προφίλ είναι ένα πολλά υποσχόμενο εργαλείο σε πολλούς τομείς της έρευνας? Παρ ‘όλα αυτά, ανεξάρτητες μελέτες που χαρακτηρίζουν την ίδια παθολογία έχουν συχνά αναφερθεί ελάχιστα επικαλυπτόμενες αποτελέσματα. μέθοδοι ανάλυσης miRNA έχουν μόλις πρόσφατα συγκρίνονται συστηματικά, αλλά μόνο σε λίγες περιπτώσεις, χρησιμοποιώντας κλινικά δείγματα.

Μεθοδολογία /Κύρια Ευρήματα

Ερευνήσαμε την ενδο-πλατφόρμα επαναληψιμότητα των τεσσάρων miRNA πλατφόρμες μικροσυστοιχιών (Agilent, Exiqon , Illumina, και Miltenyi), συγκρίνοντας εννέα ζεύγη όγκου /φυσιολογικούς ιστούς του παχέος εντέρου. Οι πιο συγκλίνουσες και επιλεγμένα ασύμφωνα miRNAs μελετήθηκαν περαιτέρω με ποσοτική RT-PCR. Σε παγκόσμιο επίπεδο, βρέθηκε μια φτωχή επικάλυψη μεταξύ των διαφορικά εκφρασμένων miRNAs που προσδιορίζονται από κάθε πλατφόρμα. Παρ ‘όλα αυτά, για οκτώ miRNAs υψηλής συμφωνία διαφορική έκφραση μεταξύ των τεσσάρων πλατφόρμες και συγκρισιμότητας σε qRT-PCR παρατηρήθηκε. Επιπλέον, τα περισσότερα από τα σύνολα miRNA που προσδιορίζονται από κάθε πλατφόρμα είναι συνεκτικά εμπλουτισμένα σε δεδομένα από τις άλλες πλατφόρμες και η μεγάλη πλειοψηφία των κόλου καρκίνου που συνδέεται σύνολα miRNA που προέρχεται από τη βιβλιογραφία επικυρώθηκαν στα δεδομένα μας, ανεξάρτητα από την πλατφόρμα. Υπολογιστική ενσωμάτωση των προφίλ miRNA και γονιδιακής έκφρασης πρότεινε ότι η αντι-συσχετιζόμενων προβλέψει τα γονίδια στόχους των διαφορικά εκφρασμένων miRNAs συνήθως εμπλουτισμένο με καρκίνο που σχετίζονται με οδούς και σε γονίδια που εμπλέκονται στη γλυκόλυση και μεταφορά θρεπτικών συστατικών.

Συμπεράσματα

Τεχνικές και αναλυτικές προκλήσεις στη μέτρηση miRNAs εξακολουθούν να παραμένουν και απαιτείται περαιτέρω έρευνα προκειμένου να αυξηθεί η συνοχή μεταξύ των διαφορετικών μεθοδολογιών που βασίζεται σε μικροδιάταξη. Ωστόσο, μια καλύτερη συμφωνία μεταξύ της πλατφόρμας βρέθηκε κοιτάζοντας τα miRNA θέτει αντί του ενιαίου miRNAs και μέσα από μια miRNAs – προσέγγιση ενσωμάτωσης της γονιδιακής έκφρασης

Παράθεση:. Callari Μ, Dugo Μ, Musella V, Marchesi Ε, Chiorino G, το Grand MM, et al. (2012) Σύγκριση πλατφόρμες μικροσυστοιχιών για τη μέτρηση Διαφορικές microRNA Έκφραση σε ζεύγη Κανονική ιστοί /Καρκίνος του παχέος εντέρου. PLoS ONE 7 (9): e45105. doi: 10.1371 /journal.pone.0045105

Επιμέλεια: Yujin Hoshida, Mount Sinai School of Medicine, Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής

Ελήφθη: 31 Μάρτη, 2012? Αποδεκτές: 14 Αυγούστου, 2012? Δημοσιεύθηκε: 13 Σεπτεμβρίου 2012