Abstract

VTI1A-TCF7L2

αναφέρθηκε ως επαναλαμβανόμενο γονίδιο σύντηξης σε ορθοκολικό καρκίνο (CRC), βρέθηκε να εκφράζεται σε τρία από τα 97 πρωτογενείς καρκίνους, και μία κυτταρική γραμμή, NCI-H508, όπου μια γονιδιωματική διαγραφή ενώνει τα δύο γονίδια [1]. Για να διερευνήσουν περαιτέρω αυτή τη σύντηξη, αναλύσαμε DNA και RNA αλληλουχίας δεδομένων υψηλής απόδοσης από επτά κυτταρικές σειρές CRC, και εντόπισε το γονίδιο

RP11-57H14.3

(ENSG00000225292) ως νέου συνεργάτη σύντηξης για

TCF7L2

. Η σύντηξη ανακαλύφθηκε τόσο από γονιδίωμα και μεταγραφικό δεδομένων στην HCT116 κυτταρική γραμμή. Με τριπλούν ένθετη RT-PCR, δοκιμάσαμε τόσο τη νέα μεταγραφή σύντηξης και

VTI1A-TCF7L2

για έκφραση σε μια σειρά 106 CRC ιστούς, 21 κυτταρικές γραμμές CRC, 14 κανονικό βλεννογόνο του κόλου, και 20 φυσιολογικούς ιστούς από διάφορα ανατομικές περιοχές. Συνολικά, 42% και 45% των δειγμάτων CRC εξέφρασε

VTI1A-TCF7L2

και

TCF7L2-RP11-57H14.3

μεταγραφές σύντηξης, αντίστοιχα. Οι μεταγραφές σύντηξης τόσο παρατηρήθηκαν σε 29% των κανονικών δειγμάτων του κόλου βλεννογόνου, και σε 25% και 75% των δοκιμαζόμενων φυσιολογικούς ιστούς από άλλα όργανα, αποκαλύπτοντας ότι το

TCF7L2

μεταγραφές σύντηξης δεν είναι ούτε ειδικά για τον καρκίνο, ούτε στο κόλον και του ορθού. Επτά διαφορετικές παραλλαγές συρραφής εντοπίστηκαν για το

VTI1A-TCF7L2

σύντηξης, εκ των οποίων τα τρία είναι νέα. Τέσσερις διαφορετικές παραλλαγές συρραφής εντοπίστηκαν για το

TCF7L2-RP11-57H14.3

σύντηξης. Εν κατακλείδι, έχουμε εντοπίσει νέες παραλλαγές του

VTI1A-TCF7L2

μεταγραφές σύντηξη, καθώς και ένα νέο γονίδιο συνεργάτη σύντηξης,

RP11-57H14.

3, και αποδεικνύεται ανιχνεύσιμα επίπεδα σε ένα μεγάλο κλάσμα του CRC δείγματα, καθώς και σε κανονική βλεννογόνο του κόλου και άλλων τύπων ιστών. Προτείνουμε ότι οι μεταγραφές σύντηξης που παρατηρήθηκαν σε μια υψηλή συχνότητα δειγμάτων είναι χίμαιρες που επάγεται μεταγραφή που εκφράζονται σε χαμηλά επίπεδα στα περισσότερα δείγματα. Οι παρόμοιες μεταγραφές σύντηξης που προκαλείται από γονιδιωματική ανακατατάξεις που παρατηρούνται σε επιμέρους καρκινικές κυτταρικές σειρές μπορεί να έχει ακόμα ογκογόνο δυναμικό, όπως προτείνεται στην αρχική μελέτη με Bass et al

Παράθεση:. Nome Τ, Hoff AM, Bakken AC, Rognum ΝΑ, Nesbakken Α, Skotheim RI (2014) υψηλής συχνότητας της πυρηνικής σύντηξης μεταγραφές συμμετοχή

TCF7L2

σε καρκίνο του παχέος εντέρου: Μυθιστόρημα Fusion Partner και παραλλαγές ματίσματος. PLoS ONE 9 (3): e91264. doi: 10.1371 /journal.pone.0091264

Επιμέλεια: Nathan A. Ellis, του Πανεπιστημίου του Ιλινόις στο Σικάγο, Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής

Ελήφθη: 16 του Οκτώβρη του 2013? Αποδεκτές: 10η Φεβρουαρίου 2014? Δημοσιεύθηκε: 7, Μαρτίου 2014

Copyright: © 2014 Nome et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Η μελέτη χρηματοδοτήθηκε από επιχορηγήσεις από το νορβηγικό Αντικαρκινική Εταιρεία (TN και ΑΜΗ χρηματοδοτήθηκαν ως PhD-φοιτητές από το PR-2007-0166 επιχορήγηση για RIS), NorStore (για την αποθήκευση των αρχείων του υπολογιστή? έργου NS9013K), και εν μέρει υποστηρίζεται από το Συμβούλιο Έρευνας της Νορβηγίας μέσω των Κέντρων του συστήματος χρηματοδότησης αριστείας, αριθμός έργου 179571. Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:. Οι συγγραφείς έχουν δήλωσε ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα.

Εισαγωγή

Καρκίνος του παχέος εντέρου (CRC) είναι η δεύτερη πιο συχνή και θανατηφόρα ασθένεια του καρκίνου σε παγκόσμιο επίπεδο [2], και υπάρχει μεγάλη ζήτηση των καλών βιοδεικτών για τόσο η έγκαιρη ανίχνευση και τη διαστρωμάτωση των ασθενών, σύμφωνα με την πρόγνωση και την προβλεπόμενη απαντήσεις θεραπείας. Ωστόσο, CRC είναι μια ετερογενής νόσος, και λίγα βιοδείκτες έχουν ακόμη γίνει στην κλινική χρήση ρουτίνας.

γονίδια σύντηξης αντιπροσωπεύουν μία κατηγορία γονιδίων του καρκίνου με πολλά υποσχόμενο δυναμικό βιοδεικτών, και όταν προκαλούνται από χρωμοσωμικές ανακατατάξεις όπως μεταθέσεις, διαγραφές ή επαναλήψεις, είναι συχνά ιδιαίτερα του καρκίνου συγκεκριμένες. Μέχρι στιγμής, έχουν λίγες άκρως επαναλαμβανόμενα γονίδια σύντηξης έχουν ταυτοποιηθεί σε CRC. Παραδείγματα από άλλους τύπους καρκίνου περιλαμβάνει το γνωστό

BCR-ABL1

σύντηξης (χρωμόσωμα Φιλαδέλφειας), που υπάρχουν στο 95% της χρόνιας μυελογενούς λευχαιμίας [3], και

TMPRSS2-ERG

η οποία είναι παρούσα σε περίπου 50% των καρκίνων του προστάτη [4]. Σε ορισμένες περιπτώσεις, το γονίδιο σύντηξης μπορεί να είναι ένας θεραπευτικός στόχος, αποδεικνύεται με σύνδεση Imatinib και εμποδίζουν την περιοχή κινάσης της πρωτεΐνης σύντηξης BCR-ABL1.

Το πρώτο γονίδιο σύντηξης αναφερθεί ότι είναι και περιοδικό CRC, σύντηξη αλληλουχίες του

VTI1A

και

TCF7L2

, αναφέρθηκε το 2011 [1].

VTI1A-TCF7L2

μεταγραφές σύντηξης ανιχνεύθηκαν σε τρεις από τους 97 (3%) CRCs, καθώς επίσης και την κυτταρική σειρά καρκίνου του παχέος εντέρου NCI-H508. Σε NCI-H508, η σύντηξη προκαλείται από μία διαγραφή ~540 kb μεταξύ των γονιδίων

VTI1A

και

TCF7L2

.

TCF7L2

κωδικοποιεί τον παράγοντα μεταγραφής TCF4, η οποία διμερίζεται με β-κατενίνης. β-κατενίνης εμπλέκεται στη ρύθμιση του μονοπατιού σηματοδότησης WNT-, η οποία συνήθως μεταβάλλεται στην πλειονότητα, αν όχι όλες, CRCs [5]. Εξάντληση του

VTI1A-TCF7L2

μεταγραφή σύντηξης οδήγησε σε σημαντική απώλεια αγκυροβόλιο ανεξάρτητη ανάπτυξη της σύντηξης θετική κυτταρική γραμμή CRC NCI-H508 [1].

Οι συχνές μεταλλάξεις σε ένα σωλήνα polyadenine εντός της

TCF7L2

γονίδιο έχουν αναφερθεί προηγουμένως για CRC, ειδικά σε μικροδορυφορικών ασταθείς όγκους [6]. Μικροδορυφορικού σταθερή όγκοι έχουν, όμως, επίσης πρόσφατα δειχθεί ότι φιλοξενούν συχνές μεταλλάξεις στο

TCF7L2

γονίδιο, υποδεικνύοντας μια πιθανή σημαντική λειτουργία στο CRC βιολογία [7].

Στην παρούσα μελέτη, με στόχο να διερευνήσει περαιτέρω την παρουσία και τις παραλλαγές του

VTI1A

–

TCF7L2

συγχωνεύσεις στον CRC. Έχουμε αναλύσει τα δεδομένα ολόκληρου του γονιδιώματος και μεταγραφικό βαθιά αλληλουχίας από CRC για σχετικές συγχωνεύσεις που περιλαμβάνουν έναν από τους εταίρους σύντηξης, και για τα νέα σημεία διακοπής της σύντηξης. Η επανεμφάνιση του

VTI1A-TCF7L2

σύντηξης, και μια νέα μεταγραφή συγχώνευση μεταξύ

TCF7L2

και το νέο γονίδιο συνεργάτη

RP11-57H14.3,

αναλύθηκε σε μια σειρά του ΚΕΣ και φυσιολογικά δείγματα.

Υλικά και Μέθοδοι

Υλικό

Ένα σύνολο 106 δειγμάτων ιστού CRC και 14 ζεύγη φυσιολογικά δείγματα από δύο ανεξάρτητες σειρές ασθενών, σειρά 1 και σειρά 2, υποβλήθηκαν σε διαλογή για την παρουσία των μεταγραφών συγχωνεύσεως. Όλα CRCs είναι από ασθενείς που αντιμετωπίζονται χειρουργικά σε νοσοκομεία στην περιοχή του Όσλο, Νορβηγία. Οι δύο σειρές ασθενής συμπεριλαμβάνεται τόσο μικροδορυφορικών σταθερός (n = 85) και ασταθείς (n = 20) CRCs (ένα δείγμα δεν άνοιξε), όπως αξιολογήθηκε με προηγούμενες μελέτες [8] – [10]. Η σειρά εμπλουτίστηκαν για κλινικά στάδια ΙΙ και ΙΙΙ CRC (52 σταδίου ΙΙ, 53 σταδίου III και 1 σταδίου IV). Στάσης ήταν, σύμφωνα με την αμερικανική Μικτή Επιτροπή του Καρκίνου /Ένωσης για τη Διεθνή Έλεγχο του Καρκίνου (AJCC /UICC). Τα 14 ζεύγη φυσιολογικά δείγματα από την Σειρά 1 συλλέχθηκαν από οπτικά νόσο ελεύθερες περιοχές της βλεννογόνου του παχέως εντέρου. Τα ερευνητικά βιοτραπεζών έχουν καταχωρηθεί σύμφωνα με την εθνική νομοθεσία, καθώς και η μελέτη έχει εγκριθεί από την Περιφερειακή Επιτροπή για την Ιατρική Έρευνα Ηθικής (αριθμοί 2781 και 236-2005-16141).

Ένα σύνολο των 21 παχέος κυτταρικές γραμμές περιλαμβάνονται [11]. Οι κυτταρικές σειρές HCT116, HCT15, LoVo, NCI-H508, RKO, SW48, SW620 και αγοράστηκαν από την American Type Culture Collection (ATCC, Manassas, VA, USA). Οι κυτταρικές σειρές Co115, Colo320, EB, ΙΝΑΛΕ, ΗΤ29, IS 1, IS2, iS3, LS1034, LS174T, SW480, TC7, TC71 και V9P ευγενικά από τον Dr. Richard Χάμελιν, Inserm, Γαλλία. Ταυτότητες των κυτταρικών σειρών εξακριβώθηκε από την AmpFLSTR Identifiler Ενίσχυση PCR Kit (Applied Biosystems από Life Technologies, Carlsbad, CA, USA).

Επιπλέον, θα προβληθεί είκοσι φυσιολογικούς ιστούς που προέρχονται από διάφορες περιοχές του σώματος για το

TCF7L2

αφορούν μεταγραφές σύντηξης (λιπώδης, της ουροδόχου κύστης, του εγκεφάλου, του τραχήλου, του παχέος εντέρου, του οισοφάγου, της καρδιάς, των νεφρών, του ήπατος, του πνεύμονα, των ωοθηκών, του πλακούντα, του προστάτη, σκελετικούς μύες, τον σπλήνα, το στομάχι, τους όρχεις, το θύμο, το θυρεοειδή και τραχεία ? FirstChoice Human Tissue Απλή Ολικό RNA, κάθε μια πισίνα του RNA από τουλάχιστον τρία άτομα, με την εξαίρεση ενός ατόμου δείγμα από το στομάχι?. Ambion, Applied Biosystems από Life Technologies, Carlsbad, CA, USA)

Αναγνώριση συγχωνεύσεις από ολόκληρο το μεταγραφικό και ολόκληρο το γονιδίωμα αλληλουχίας δεδομένων

Αξιόπιστες-end δεδομένων RNA αλληλουχίας από επτά καρκίνο του παχέος εντέρου κυτταρικές σειρές (HCT15, HCT116, ΗΤ29, LS1034, RKO, SW48, και SW480) και από 16 φυσιολογικούς ιστούς διαφόρων προελεύσεων συμπεριλήφθηκαν στη μελέτη. Αυτά όλα αλληλουχία τους χρησιμοποιώντας την Illumina GAIIx (κυτταρικές γραμμές) ή HiSeq 2000 (φυσιολογικούς ιστούς? Αμφότερες sequencers από Illumina Inc., San Diego, CA, USA). Οι καρκίνο του παχέος εντέρου RNA-επόμενα στοιχεία που περιλαμβάνονται 220 εκατομμύρια ακολουθία 76 bp διαβάζει (Ευρωπαϊκή νουκλεοτιδικές Αρχείο μελέτη ένταξης ID ERP002049) [12] και τα φυσιολογικά δείγματα που περιλαμβάνεται μεταξύ 73 και 80 εκατομμυρίων 50 bp που διαβάζει ανά δείγμα (ArrayExpress ένταξη id [E-mtab -513] και μελέτη της Ευρωπαϊκής νουκλεοτιδικές Αρχείο [EMBL: ERP000546]). Επιπλέον, λάβαμε αντιστοιχισμένο-end σειρές ολόκληρου του γονιδιώματος των κυτταρικών σειρών HCT15, HCT116, ΗΤ29 και SW480 σε μία μέση απόδοση περίπου 30 × [12] (Τα δεδομένα μπορούν να διατίθενται κατόπιν αιτήματος με τους ερευνητές).

ο κατάλογος των πιθανών μεταγραφών σύντηξης που παράγεται από την εκτόνωση έκδοση 0.6.0 [13] σχετικά με τις επτά προαναφερθείσες RNA-αλληλουχία κυτταρικές σειρές εκτός από την κυτταρική σειρά CRC NCI-H508 (ανάλυση id 0c7a79cc-bbaf-4c6d-93e1-866f5f5f3d0d ) κατεβάσει από καρκίνο Genomics Hub (φιλοξενείται από το Πανεπιστήμιο της Καλιφόρνια Σάντα Κρουζ, CA, USA), τα στοιχεία που παρέχονται από την γραμμή Cancer Cell Εγκυκλοπαίδεια [14] και 16 ιστούς από την Illumina ανθρώπινο σώμα Χάρτης v2. Για τις κυτταρικές γραμμές με αλληλουχία ζευγαρωμένα ολόκληρου γονιδιώματος (HCT116, HCT15, ΗΤ29 και SW480), μεταγραφές σύντηξη RNA και σημεία διακοπής DNA ταυτοποιήθηκαν με nFuse έκδοση 0.2.0 [15]. Μια υποψηφιότητα σύντηξης που απαιτούνται τρεις εκτείνονται ανάγνωσης ζευγάρια και δύο διάσπαση διαβάζει από τα δεδομένα RNA-επ.

Ανίχνευση Fusion μεταγραφές με αντίστροφη μεταγραφάση PCR

Για την

VTI1A-TCF7L2

σύντηξης, οι ίδιες RT-PCR εκκινητές και φωλιασμένα εναύσματα χρησιμοποιήθηκαν όπως και στην αρχική δημοσίευση [1]. Για το

TCF7L2-RP11-57H14.3

σύντηξης, αστάρια και ένθετα εκκινητές σχεδιάστηκαν με τη σειρά breakpoint μεταγραφή σύντηξης, όπως προσδιορίζονται από την εκτόνωση, με τη χρήση του λογισμικού web Primer3 [16]. Οι βέλτιστες αλληλουχίες των εκκινητών (Πίνακας S1) περαιτέρω παραγγέλθηκαν από BioNordika Norway AS (Oslo, Norway) και συντίθεται από Eurogentec (Λιέγη, Βέλγιο). Πραγματοποιήσαμε ευαίσθητη ένθετη RT-PCR με 20 + 30 κύκλους για τις δύο δοκιμασίες χρησιμοποιώντας 50 ng του cDNA από κάθε δείγμα ως εισροή πρώτο γύρο PCR. Τα προϊόντα της πρώτης PCR αραιώθηκαν σε μια τελική συγκέντρωση του 1/200 στην ένθετη PCR. Το ακόλουθο πρωτόκολλο κύκλων χρησιμοποιήθηκε για όλες τις αντιδράσεις PCR: 15 λεπτά ενεργοποίησης πολυμεράσης HotStarTaq DNA στους 95 ° C, ένα κύκλο τριών σταδίων μετουσίωσης για 30 δευτερόλεπτα στους 95 ° C, συγκόλληση του αρχικού τεμαχίου για ένα λεπτό και 15 δευτερόλεπτα σε βέλτιστη τήξης εκκινητή θερμοκρασίες (Πίνακας S1), και επέκταση για ένα λεπτό στους 72 ° C. Μετά τον τελευταίο κύκλο, ένα τελικό στάδιο επέκτασης διεξήχθη στους 72 ° C για 6 λεπτά. Τα ένθετα-PCR προϊόντα διαχωρίστηκαν με ηλεκτροφόρηση στα 200 V για 30 λεπτά σε ένα πήκτωμα 2% αγαρόζης και οπτικοποιήθηκαν με χρήση βρωμιούχου αιθιδίου και υπεριώδους φωτός. τρέχει εις τριπλούν RT-PCR διεξήχθησαν για αμφότερες τις δοκιμασίες, χρησιμοποιώντας πανομοιότυπη παραμέτρους, για όλα τα δείγματα. Δεν πρότυπο αρνητικοί μάρτυρες περιλήφθηκαν από κάθε σύνθεση cDNA, πρώτο γύρο PCR και ένθετα-PCR αντιδράσεις.

Sanger αλληλουχίας του Fusion Απομαγνητοφώνηση Breakpoints

Τα δείγματα τα οποία ήταν θετικά για το δεύτερο αντίγραφο RT-PCR δοκιμασίες, και έδειξε μία μοναδική ζώνη νουκλεοτιδίου στο πήκτωμα αγαρόζης, αλληλουχήθηκαν απευθείας και από τις δύο πλευρές χρησιμοποιώντας τόσο προς τα εμπρός και αντίστροφη φωλιασμένα εναύσματα. Πριν από την αλληλούχιση, τα ένθετα προϊόντα PCR καθαρίστηκαν χρησιμοποιώντας Illustra Exostar 1-βήμα καθαρισμού (GE Healthcare, Μικρή Chalfront, UK). Οι αντιδράσεις αλληλούχισης κύκλου εκτελέστηκαν χρησιμοποιώντας το κιτ BigDye Terminator αλληλουχίας κύκλου v.3.1 (Applied Biosystems, Foster City, CA, USA) σύμφωνα με τη σύσταση του προμηθευτή. Περαιτέρω, τα προϊόντα αλληλούχισης καθαρίστηκαν και καθαρίστηκαν χρησιμοποιώντας BigDye Xterminator (Applied Biosystems), πριν αυτά αναλύθηκαν με τριχοειδή ηλεκτροφόρηση χρησιμοποιώντας το DNA αναλυτή ΑΒΙ 3730 (Applied Biosystems). Οι αλληλουχίες αναλύθηκαν χρησιμοποιώντας το λογισμικό v.5.3.1 αλληλουχίας ανάλυση.

Αξιολόγηση των ταυτοποιημένων Γονιδιωματική Σημείο διακοπής

TCF7L2-RP11-57H14.3

με PCR

Η γενωμική σημείο διακοπής που προσδιορίζονται από τα δεδομένα αλληλουχίας ολόκληρου του γονιδιώματος, συνδέοντας

TCF7L2

να

RP11-57H14.3

στην κυτταρική σειρά καρκίνου του παχέος εντέρου HCT116, ελέγχθηκε χρησιμοποιώντας PCR.

Αστάρια για γενωμική PCR (Πίνακας S1) σχεδιάστηκαν στο γονιδιακό breakpoint αλληλουχία, όπως προσδιορίζεται από nFuse, χρησιμοποιώντας την ίδια προσέγγιση όπως περιγράφεται παραπάνω για τις δοκιμασίες RT-PCR. Είκοσι ένα κυτταρικές σειρές CRC, συμπεριλαμβανομένων HCT116, ελέγχθηκαν για την προσδιοριζόμενη γενωμική σημείο διακοπής χρησιμοποιώντας 100 ng του DNA ως είσοδος για κάθε αντίδραση. Το ακόλουθο πρωτόκολλο κύκλων χρησιμοποιήθηκε για την γενωμική PCR: 15 λεπτά ενεργοποίησης πολυμεράσης HotStarTaq DNA στους 95 ° C, ένας κύκλος τριών σταδίων (επαναλαμβάνεται 35 φορές) από μετουσίωση επί 30 δευτερόλεπτα στους 95 ° C, συγκόλληση του αρχικού τεμαχίου για ένα λεπτό και 15 δευτερόλεπτα στους 60 ° C και επέκταση για ένα λεπτό στους 72 ° C. Μετά τον τελευταίο κύκλο, ένα τελικό στάδιο επέκτασης διεξήχθη στους 72 ° C για 6 λεπτά. Τα προϊόντα PCR διαχωρίστηκαν με ηλεκτροφόρηση στα 200 V για 30 λεπτά σε ένα πήκτωμα αγαρόζης 2% και οπτικοποιήθηκαν με χρήση βρωμιούχου αιθιδίου και υπεριώδους φωτός.

Αποτελέσματα

RP11-57H14.3

είναι ένα μυθιστόρημα Fusion Partner στο

TCF7L2

περιέχουν Fusion μεταγραφές

για να αναζητήσετε το

VTI1A-TCF7L2

εταίρων σύντηξης και νέα συγχώνευση, αναλύσαμε σε συνδυασμό τέλος του RNA -sequencing δεδομένα από οκτώ κυτταρικές σειρές καρκίνου του παχέος εντέρου και δεκαέξι δείγματα φυσιολογικού ιστού από διάφορες ανατομικές περιοχές. Με την εφαρμογή της εκτονώσει λογισμικού, εντοπίσαμε μεταξύ 16 και 1050 δυναμικό μεταγραφές σύντηξης ανά δείγμα. Από τα δεδομένα ολόκληρο γονιδιώματος κυτταρικών σειρών καρκίνου του κόλου τέσσερα, το λογισμικό nFuse εντοπίζονται μεταξύ 70 και 126 δυνητικών γονιδιωματικών σημεία διακοπής. Όλων συγχωνεύσεις εντοπίστηκαν, μόνο NCI-H508 έτρεφε το

VTI1A-TCF7L2

μεταγραφή σύντηξη, με ένα και μόνο σημείο διακοπής που εκτείνεται από το εξόνιο δύο στο

VTI1A

στο εξώνιο έξι το

TCF7L2

, όπως έχει ήδη αναφερθεί για αυτή την κυτταρική σειρά από Bass et al. [1]. Ωστόσο, εντοπίσαμε μια γονιδιωματική σημείο διακοπής (chr10:114,850,371-114,640,318 (GRCh37)) στο CRC κυτταρική σειρά HCT116 που κράτησε από την ιντρονική περιοχή του

TCF7L2

στο upstream του

RP11-57H14.3

(ENSG00000225292) με αντίστοιχη RNA σύντηξης (Πίνακας 1).

RP11-57H14.3

βρίσκεται στην διαγονιδιακή περιοχή μεταξύ

VTI1A

και

TCF7L2

περίπου 44 kb ανοδικά του

TCF7L2

. Οι προβλεπόμενες γονιδιωματική όρια ευαισθησίας συσχετίζονται με αυξημένη γονιδιωματική κάλυψη στην περιοχή μεταξύ τους, γεγονός που υποδηλώνει μια γονιδιωματική αλληλεπικάλυψη προκαλώντας την σύντηξη (Σχήμα 1). Τόσο η γονιδιωματική σημείο διακοπής και σύντηξη μεταγραφή μεταξύ

TCF7L2

και

RP11-57H14.3

επαληθεύτηκαν με PCR και RT-PCR. Το ταυτοποιημένο γονιδιωματικό σημείο διακοπής επαληθεύτηκε στο HCT116 κυτταρική γραμμή, αλλά όχι ανιχνεύθηκε σε οποιαδήποτε από τις 20 άλλες κυτταρικές γραμμές που εξετάστηκαν, μειώνοντας έτσι την πιθανότητα ότι η γονιδιωματική σημείο διακοπής αντανακλά μια σειρά αντιγράφων κοινό DNA πολυμορφισμό.

Τρεις χιμαιρικό RNA αλληλουχία διαβάζει διευρυμένοι το σημείο διακοπής μεταγραφή σύντηξης, περνώντας από το εξόνιο 4 του

TCF7L2

(ENST00000369395) στο εξώνιο 3 του

RP11-57H14.3

(ENST00000428766), στο χρωμόσωμα 10. Τα σκούρα χρώματα δείχνουν εξόνια δεν αποτελεί μέρος της μεταγραφής σύντηξης. RNA-seq έκφρασης και τα επίπεδα κάλυψης DNA-seq βασίζονται σε δεδομένα αλληλουχίας του HCT116 κυτταρική γραμμή. Οι δύο τόποι γονιδίου σημειώνονται με μπλε και κόκκινα κουτιά. Η γονιδιωματική σημείο διακοπής ακολουθία όπως προσδιορίζονται από nFUSE στο CRC κυτταρική σειρά HCT116 δίνεται? που εκτείνονται από την ιντρονική περιοχή του

TCF7L2

στο upstream του

RP11-57H14.3

. Οι συντεταγμένες του σημείου διακοπής (chr10:114,850,371-114,640,318 (GRCh37)) που σημειώνονται στον άξονα θέση του χρωμοσώματος. Η θέση του σημείου διακοπής συσχετίζεται καλά με την αύξηση της γονιδιωματικής κάλυψης φαίνεται από τα δεδομένα αλληλουχίας του γονιδιώματος.

Η

υψηλό επιπολασμό του

TCF7L2

-involving Fusion μεταγραφές, οι δύο Συμμετοχή

VTI1A

και οι

RP11-57H14.3

γονίδια

Χρησιμοποιώντας τα ίδια εναύσματα όπως περιγράφεται από Bass et al. [1] (Σχήμα 2), ανιχνεύσαμε

VTI1A-TCF7L2

μεταγραφές σύντηξης με διαφορετικούς συνδυασμούς εξόνιο-εξωνίου σε 45 από 106 δείγματα CRC (42%) (Πίνακας 2). μεταγραφές Fusion ήταν επίσης ανιχνεύθηκαν από 4 από 14 κανονικής κολονικής δείγματα βλεννογόνου. Από τις 14 ζεύγη δείγματα όγκων-κανονικό, οκτώ ζεύγη ήταν θετικά αποκλειστικά σε όγκο, τρία ζεύγη ήταν θετικά τόσο όγκου και κανονικό, και ένα ζευγάρι θετικών αποκλειστικά σε κανονικές (Πίνακας 3). Επικράτηση των μεταγραφών σύντηξης ήταν παρόμοια σε μικροδορυφορικού σταθερή και ασταθή όγκων. Δέκα από τα 21 κυτταρικές γραμμές, συμπεριλαμβανομένης της NCI-H508, έτρεφε μεταγραφές συγχώνευση διαφορετικών μεγεθών. Τέλος, πέντε δείγματα φυσιολογικού ιστού από διαφορετικές ανατομικές θέσεις του σώματος εξέφρασε τις μεταγραφές σύντηξης (Πίνακας S2). Επειδή τα αποτελέσματα RT-PCR αποκάλυψε ασυνεπή αποτελέσματα (Εικόνα S1 και S2 Σχήμα), πραγματοποιήσαμε όλα RT-PCRs εις τριπλούν, με όμοιες παραμέτρους, για να διερευνήσει την επανάληψη των μεταγραφών συγχωνεύσεως (Πίνακας S3). μεταγραφές σύντηξης μόνο ανιχνεύθηκαν με συνέπεια σε όλες τις τρεις τρέχει σε τέσσερα δείγματα? τρία δείγματα όγκου και η κυτταρική γραμμή NCI-H508 (3,1% όλων των δειγμάτων CRC και κυτταρικές γραμμές). Η συχνότητα αυτή είναι παρόμοια με την αρχικά προσδιορισμένη συχνότητα του

VTI1A-TCF7L2

μεταγραφές (3%) με Bass et al. [1].

Όλα τα τρία γονίδια που βρίσκονται εντός 720

VTI1A,

ENST00000428766 στο

RP11-57H14.3

και ENST00000369395 στο

TCF7L2

. Επίσης, τα ένθετα PCR δοκιμασίες χρησιμοποιούνται για την ανίχνευση και των δύο μεταγραφημάτων σύντηξης δείχνεται. Τα κόκκινα και μαύρα βέλη αντιπροσωπεύουν τον πρώτο γύρο και στο δεύτερο γύρο εκκινητές που χρησιμοποιήθηκαν, αντίστοιχα.

Η

Η

Διαπιστώσαμε

TCF7L2-RP11-57H14.3

μεταγραφές συγχώνευση με διαφορετικούς συνδυασμούς εξόνιο-εξωνίου σε 48 από 106 δείγματα CRC (45%? Πίνακας 2). Από τις 14 ζεύγη δείγματα όγκων-κανονικό, πέντε ζεύγη ήταν θετικά αποκλειστικά σε όγκο, και τέσσερα ζεύγη ήταν θετικές τόσο όγκου και φυσιολογικών (Πίνακας 3). 19 από 21 κυτταρικές γραμμές, έτρεφε μεταγραφές συγχώνευση διαφορετικών μεγεθών. Επίσης, 15 από τους 20 δείγματα φυσιολογικού ιστού ήταν θετικά για μεταγραφές σύντηξης (Πίνακας S2). Όπως και με το

VTI1A-TCF7L2

σύντηξης, πραγματοποιήσαμε όλα τα RT-PCR για εις τριπλούν για να διερευνήσει την επανεμφάνιση των μεταγραφών σύντηξης (Πίνακας S3). Συνολικά υπήρχαν 20 δείγματα που επανειλημμένα δοκιμαστεί θετικά για μεταγραφές σύντηξης? έξι δείγματα όγκων, πέντε δείγματα από φυσιολογικούς ιστούς και εννέα κυτταρικές σειρές (συμπεριλαμβανομένης της κυτταρικής γραμμής HCT116). Είναι ενδιαφέρον ότι, η κυτταρική γραμμή NCI-H508 ήταν αρνητική για

TCF7L2-RP11-57H14.3

μεταγραφές σύντηξης και στις τρεις επαναλήψεις.

Εμείς δεν βρήκε καμία συσχέτιση μεταξύ CRCs θετικό για

TCF7L2

περιέχουν μεταγραφές σύντηξης που περιλαμβάνουν

VTI1A

και

RP11-57H14.3

(p = 0,33? Ακριβής δοκιμασία Fisher). Περαιτέρω, οι συχνότητες των μεταγράφων σύντηξης δεν ήταν σημαντικά διαφορετική μεταξύ των μικροδορυφόρων ασταθή

vs.

Σταθερή όγκους, ούτε μεταξύ κλινικά στάδια (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται).

Όλοι φωλιασμένη PCR-αντιγράφεται και για τις δύο δοκιμασίες που περιέχεται αρνητική χωρίς ελέγχους πρότυπο. Αυτές οι αρνητικές αντιδράσεις ελέγχου δεν παρήγαγε ανιχνεύσιμο ΡΟΚ-προϊόντα (Σχήμα S1 και S2).

χιμαιρικές αλληλουχίες Γενικά Κλειστή άθικτη εξονικό Splice τοποθεσίες από τα γονίδια Partner

Από το ένα του RT-PCR τρέχει, επελέγησαν όλα τα δείγματα που ήταν θετικά για τις συντήξεις και είχε ένα μόνο προϊόν PCR για Sanger-αλληλούχιση των χιμαιρικών RNA-αλληλουχίες για να προσδιορίσει τα ακριβή σημεία διακοπής. Για

VTI1A-TCF7L2

(n = 25), λάβαμε αλληλουχίες από τα 25 τέτοια μεταγραφή απομονωμένου σύντηξης RT-PCR προϊόντα, όπου 24 από τα 25 είχαν αλληλουχίες που συνδέουν ανάντη αλληλουχίες των εξονίων 1, 2, 3, 5 ή 7 του

VTI1A

σε κατάντη αλληλουχίες των εξονίων 4 ή 6 του

TCF7L2

, με διατήρηση των ίδιων ορίων εξονίου-εξονίου όπως στα ήδη σχολιασμένα δομές γονιδίου (ENST00000393077 σε

VTI1A

και ENST00000369395 στο

TCF7L2

). Μία ακολουθία προϊόν δεν περιέχει σαφή όρια εξονίου-εξονίου, αλλά ένωνε τις δύο μεταγραφές στη μέση του εξόνιο 7 το

VTI1A

και 6 στο

TCF7L2

. Συνολικά, επτά διαφορετικά σημεία διακοπής σύντηξης προσδιορίστηκαν (Πίνακας S3) συμπεριλαμβανομένου του αρχικού σημείου διακοπής μεταξύ του εξωνίου 2 του

VTI1A

και το εξόνιο 6 του

TCF7L2 συστήματα In NCI-H508 (Σχήμα 3) [1] . Αυτή η ακριβής σημείο διακοπής δεν βρέθηκε σε κανένα από τα άλλα δείγματα, αλλά τα περισσότερα από τα άθικτα μεταγραφές σύντηξης αποτελείτο από το ίδιο μέρος του

TCF7L2

(n = 17) με κάποια που έχει εξόνιο 4

TCF7L2

ματισμένο σε εξώνιο 6 (n = 7). Η

VTI1A

ανάντη συμβολή μεταβάλλεται περισσότερο, έχοντας πέντε διαφορετικούς συνδυασμούς σύνδεση στο κατάντη

TCF7L2

μέρη.

Αλληλουχίας

Sanger επιβεβαίωσε την αρχική απομαγνητοφώνηση σύντηξης ανακαλύφθηκε στο NCI-H508, δείχνοντας το σημείο διακοπής αλληλουχία που καλύπτει κόμβους εξόνιο-εξόνιο μεταξύ εξόνιο 2

VTI1A

και εξόνιο 6 στο

TCF7L2

. Bass et al. ανακάλυψαν επίσης τρεις άλλες μεταγραφές σύντηξη με ένθετα-PCR. Ωστόσο, όπως δεν περιγράφεται επαρκώς μεταγραφή σχολιασμό, δεν είμαστε σε θέση να πούμε αν αυτές οι συγχωνεύσεις είναι ταυτόσημες με κάποιες από τις μεταγραφές που έχουμε εντοπίσει.

Η

Για

TCF7L2-RP11-57H14.3

(n = 27), λάβαμε αλληλουχίες από τα 27 απομονωμένα μετάγραφο σύντηξης RT-PCR προϊόντα, όπου 26 από τα 27 είχαν αλληλουχίες που συνδέει ακολουθίες του εξονίου 4 του

TCF7L2

σε αλληλουχίες εξονίων 1, 2 ή 3 του

RP11-57H14.3

, επίσης με διατήρηση των ίδιων ορίων εξονίου-εξονίου όπως στα ήδη σχολιασμένα δομές γονίδιο (αρίθμηση εξόνιο είναι η ίδια όπως παραπάνω για

TCF7L2

και σύμφωνα με ENST00000428766 για

RP11-57H14.3

). Μία περίεργη περίπτωση χιμαιρική αλληλουχία, που εντοπίζονται στην CRC κυτταρική σειρά ΙΝΑΛΕ, ήταν ένα αντίγραφο της σύντηξης που εκτείνονται σε τρία γονίδια σε μη-κανονική γονιδιωματική σειρά, που ενώνει

TCF7L2

εξόνιο 4 με

VTI1A

εξώνια 5 , 6, και 7, και περαιτέρω εκτείνεται μέσα

RP11-57H14.3

εξώνια 1, 2 και 3. Επίσης, σε αυτή την περίπτωση το μοναδικό τα ίδια όρια εξονίου-εξονίου χρησιμοποιήθηκαν όπως και στα ήδη σχολιασμένα δομές γονίδιο που περιγράφεται πάνω από. Συνολικά, τέσσερις διαφορετικές μεταγραφές σύντηξης εντοπίστηκαν αφορούν

TCF7L2-RP11-57H14.3,

όλα που συμβαίνουν σε διάφορα δείγματα καθένα.

Συζήτηση

Έχουμε στην παρούσα έκθεση εντοπιστεί το γονίδιο

RP11-57H14.

3 ως νέο συνεργάτη σύντηξης για

TCF7L2

στο CRC. Με ευαίσθητη ένθετη RT-PCR, έχουμε αποκάλυψε ότι τόσο τα παλαιότερα αναφερθεί

VTI1A-TCF7L2

μεταγραφές σύντηξης, και το παρόν εντοπιστεί

TCF7L2-RP11-57H14.3

, είναι ιδιαίτερα συχνή μεταξύ των CRCs , αν και εκφράζεται σε χαμηλά επίπεδα. Διαπιστώσαμε επίσης έκφραση των μεταγραφών συγχωνεύσεως στην κανονική βλεννογόνο του κόλου, όπως επίσης και σε φυσιολογικούς ιστούς από άλλες ανατομικές θέσεις. Τριπλά ένθετα-PCR για να διερευνηθεί η παρουσία του

TCF7L2

αφορούν μεταγραφές σύντηξης έδειξαν ποικίλα αποτελέσματα, με μερικά δείγματα αρχικά θετικός για ένα αντίγραφο της σύντηξης, αλλά αρνητικά κατά την εκτέλεση μιας συνεχόμενες τρέξιμο, ή

αντίστροφα

. Ωστόσο, αλληλουχίας Sanger οδήγησε στην επιβεβαίωση των καθαρών εξόνιο στο εξώνιο breakpoint κόμβους, μειώνοντας την πιθανότητα ότι η PCR αντικείμενα, όπως η εναλλαγή πρότυπο πολυμεράσης [17], ως αιτία για την ασυνέπεια. Οι αρνητικοί έλεγχοι πραγματοποιήθηκαν επίσης σε όλες τις RT-PCR στάδια, συμπεριλαμβανομένων σύνθεση cDNA, πρώτο γύρο PCR και ένθετη-PCR. Κανένας από τους αρνητικούς μάρτυρες είχε ως αποτέλεσμα ανιχνεύσιμα προϊόντα, υποστηρίζοντας ότι η υψηλή συχνότητα των μεταγράφων σύντηξης που παρατηρήθηκαν δεν είναι αποτέλεσμα της μόλυνσης PCR (Σχήμα S1 και S2 Σχήμα). Αν και οι μεταγραφές σύντηξης βρέθηκαν σε υψηλή συχνότητα εντός των δοκιμασμένα υλικά βιοτράπεζας, ο προσδιορισμός των

TCF7L2

περιέχον συγχωνεύσεις από τα δεδομένα αλληλουχίας σε ολόκληρο το μεταγραφικό ήταν επιτυχής μόνο από τις δύο κυτταρικές σειρές με ασορτί γονιδιωματική σημεία διακοπής. Αυτές οι δύο κυτταρικές σειρές είχαν καθώς έχουν σταθερά ισχυρή έκφραση των μεταγραφών συγχωνεύσεως, καθώς παράγονται συνεπής και σαφής RT-PCR αποτελέσματα σε όλες τις επαναλήψεις. Με βάση αυτά τα αποτελέσματα, προτείνουμε ότι οι μεταγραφές σύντηξης που παράγεται μεταξύ

TCF7L2

και είτε

VTI1A

ή

RP11-57H14.3

εκφράζονται σε χαμηλά επίπεδα σε δείγματα όγκων, και μερικά φυσιολογικά δείγματα. Η παρουσία των μεταγραφών σύντηξης που εκφράζεται σε χαμηλά επίπεδα είναι συνεπείς με τρεις μεταγραφές σύντηξης που εντοπίστηκαν πρόσφατα στο CRC, όπου

AKAP13-PDE8A, COMMD10-AP3S1,

και

CTB-35F21.1-PSD2

προσδιορίστηκαν σε 17 έως 58% των 106 πρωτογενών καρκινικών ιστών [12].

Όλα τα τρία γονίδια εταίρος βρίσκεται στο μακρύ βραχίονα του χρωμοσώματος 10, εντός 721 kbp, και είναι όλα διαβάζονται από το ίδιο κλώνο στο Για

VTI1A, RP11-57H14.3, TCF7L2

(Σχήμα 2). Αυτό υποδηλώνει RNA πολυμεράση για ανάγνωση μέσω ως πιθανός μηχανισμός για τη δημιουργία του

VTI1A-TCF7L2

μεταγραφές εν τη απουσία μιας αντίστοιχης γονιδιωματικής σημείο διακοπής. Πολλές αναφορές έχουν δείξει ότι τα γονίδια σε στενή γειτνίαση στο ανθρώπινο γονιδίωμα εκφράζεται ως ενωμένα γονίδια, που ονομάζεται επίσης tandem χίμαιρες, μεταγραφές που συνδυάζονται τουλάχιστον μέρος του ενός εξωνίου από δύο ή περισσότερα διακριτά γονίδια που βρίσκονται στο ίδιο χρωμόσωμα [18] – [20]. Έχει προταθεί ότι η έκφραση των γονιδίων ενωμένα αυξάνουν την πολυπλοκότητα του ανθρώπινου γονιδιώματος με τη μετάφραση σε διακριτές πρωτεΐνες, ή ότι αυτές οι μεταγραφές παίζουν ρόλο στη ρύθμιση των κανονικών επιπέδων μεταγραφής. Ένας προτεινόμενος μηχανισμός για την παραγωγή τους είναι ότι τα μηχανήματα μεταγραφής αποφεύγει το σήμα τερματισμού του ανάντη γονιδίου και συνεχίζει μεταγραφή του κατάντη γονίδιο πριν από τον τερματισμό στο κατάντη σήμα τερματισμού [19], [21]. Η πλειοψηφία των ενωμένα γονίδια πιστεύεται ότι εκφράζεται σε χαμηλά επίπεδα, καθώς συχνά υποστηρίζεται από ένα μόνο εξέφρασε την ετικέτα ακολουθία ή ακολουθία mRNA σε βάσεις δεδομένων γονιδιώματος, η οποία είναι σύμφωνη με τις παρατηρήσεις μας εκφράζεται ασθενώς

TCF7L2

που περιέχει μεταγραφές σύντηξης στο CRC.

η γενιά του

VTI1A-TCF7L2

μεταγραφές μπορεί επίσης να εξηγηθεί ως προϊόν της πολυμεράσης για ανάγνωση μέσω, αλλά αυτό δεν μπορεί να είναι ο μηχανισμός λειτουργίας για το

TCF7L2-RP11-57H14.3

μεταγραφές σύντηξης. Στην περίπτωση αυτή, τα εξώνια του

TCF7L2

και

RP11-57H14.3

ενώνονται μαζί σε μια μη κανονική γονιδιωματική σειρά χρησιμοποιώντας συναίνεση συρραφής-sites. Αυτό μεταγραφική μηχανισμός έχει προηγουμένως περιγραφεί από Nigro et al. όπως εξόνιο κρυπτογράφησης? μια διαδικασία όπου τα εξόνια ενώνονται με ακρίβεια στις θέσεις ματίσματος συναίνεση, αλλά σε μια σειρά διαφορετική από εκείνη που υπάρχει στο πρωτεύον προϊόν μετεγγραφής [22]. Ανακάλυψαν αυτό το φαινόμενο κατά τη διερεύνηση ενός γονιδίου καταστολής υποψηφίου όγκου (

DCC

), και διαπίστωσε ότι τα προκύπτοντα κωδικοποιημένα μεταγραφές εκφράζονται και βρέθηκαν σε σχετικά χαμηλά επίπεδα σε φυσιολογικά και νεοπλασματικά κύτταρα. Πρόσφατα, με βάση την βαθιά αλληλουχίας του RNA, ταυτοποιήθηκαν όπως ομελέτα μεταγραφές από εκατοντάδες γονίδια [23]. Αυτή η ομάδα πρότεινε επίσης ότι ένα σημαντικό κλάσμα των κωδικοποιημένων μεταγραφές είναι κυκλικές RNAs, τα οποία εξηγούν την ένωση των εξονίων σε μια μη κανονική γραμμική διάταξη. Βρήκαν επίσης ότι πολλές από τις κυκλικές ισομορφές ήταν παρόντες σε επίπεδα συγκρίσιμα με κανονική γραμμική ομολόγους τους.

Συνολικά, αυτά προστίθενται τα επίπεδα της μεταγραφής και της γονιδιωματικής πολυπλοκότητα είναι σύμφωνη με την πρόσφατη έκθεση του έργου ΚΩΔΙΚΟΠΟΙΗΣΗ, την υποβολή εκθέσεων ουσιαστική μείωση του μήκους των διαγονιδιακών περιοχών, και όλο και περισσότερο επικάλυψη των γονιδίων προηγουμένως υποτίθεται ότι είναι διακριτές γενετικές θέσεις, συνολικά προτρέποντας τον επαναπροσδιορισμό της έννοιας του γονιδίου [24].

Ο προσδιορισμός της γονιδιωματικής σημεία διακοπής σε μεμονωμένες κυτταρικές σειρές για

TCF7L2

συγχωνεύσεις και οι δύο αφορούν

VTI1A

και

RP11-57H14.3

, είναι ενδιαφέρουσα. Οι γονιδιωματικές όρια ευαισθησίας που προσδιορίζονται συμπίπτουν καλά με τις μεταγραφές που παρατηρούνται συχνά σύντηξης ανακαλύφθηκε το άλλα δείγματα τα οποία δεν έχουν τέτοιες γενωμικές αναδιατάξεις. Για τις κυτταρικές γραμμές με γονιδιωματική εντοπίζονται σημεία διακοπής, οι μεταγραφές σύντηξης ανιχνεύθηκαν σε ισχυρά επίπεδα σε όλα τα RT-PCR αντιγράφεται, γεγονός που υποδηλώνει ότι αυτά τα κύτταρα εκφράζουν τις μεταγραφές σύντηξης σε υψηλότερα επίπεδα. Επιπλέον, η κυτταρική γραμμή με

VTI1A-TCF7L2

γονιδιωματικής σύντηξης (NCI-H508) ήταν αρνητικά για το

TCF7L2-RP11-57H14.3

μεταγραφές σύντηξης σε όλες τις επαναλήψεις, υποστηρίζοντας την ~540 kb γονιδιωματική διαγραφή της διαγονιδιακή περιοχή μεταξύ

VTI1A

και

TCF7L2

αρχικά προσδιορίζονται από Bass et al.

Η παρουσία των μεταγραφών συγχωνεύσεως στις δύο φυσιολογικά κύτταρα και τα δείγματα CRC μαζί με ταυτοποίηση του γενωμικού σημεία διακοπής από μεμονωμένες κυτταρικές γραμμές καρκίνου, η οποία συνδέει τις ίδιες δύο γονιδίων στο επίπεδο γονιδιώματος, είναι σύμφωνες με την έκθεση της σύντηξης μεταγραφής

JAZF1-JJAZ1

προσδιορίζονται τόσο σε φυσιολογικά κύτταρα του ενδομητρίου στρωματικά και του ενδομητρίου στρωματικών όγκων [25].

JAZF1-JJAZ1

είναι ανιχνεύσιμη σε επίπεδο μεταγραφής στην κανονική του ενδομητρίου στρωματικά κύτταρα, αλλά γονιδιωματικής ανακατατάξεις βρίσκονται μόνο στα νεοπλασματικά κύτταρα. Li et al. υποθέτουν ότι τα trans-μάτισμα παράγει αυτές τις μεταγραφές σύντηξης, καθώς επίσης και άλλες μεταγραφές σύντηξης, μπορεί να προκύψει τακτικά στα φυσιολογικά κύτταρα και τους ιστούς. Περαιτέρω, προτείνουν ότι μπορεί να υπάρχει μια σύνδεση μεταξύ trans-μάτισμα παράγει αυτές τις μεταγραφές σύντηξης και την παραγωγή των γονιδιωματικών αναδιατάξεων [26]. Οι γονιδιωματικές μεταθέσεις ή άλλων μηχανισμών μπορεί να οδηγήσει σε υπερέκφραση αυτών των μεταγραφημάτων σύντηξης, η οποία μπορεί να έχει ογκογόνο δυναμικό.

Η σημασία του γονιδίου

TCF7L2

σε ανάπτυξη CRC ευνοείται από τη λειτουργία του.

TCF7L2

κωδικοποιεί τον παράγοντα μεταγραφής TCF4, το οποίο αποτελεί βασικό κατάντη παράγοντα μεταγραφής στο /β-κατενίνης σηματοδότησης μονοπάτι WNT, μεταβάλλεται στην πλειοψηφία των CRCs [5]. Η αρχική έκθεση του

VTI1A-TCF7L2

διαπίστωσε ότι η εξάντληση της απομαγνητοφώνησης σύντηξης οδήγησε σε σημαντική απώλεια αγκυροβόλιο ανεξάρτητη ανάπτυξη της σύντηξης θετική κυτταρική γραμμή CRC NCI-H508 [1]. Συχνές μεταλλάξεις σε ένα σωλήνα polyadenine εντός του

TCF7L2

γονίδιο έχουν αναφερθεί προηγουμένως για CRC, ειδικά σε μικροδορυφορικών ασταθείς όγκους [6]. Επιπλέον, μικροδορυφόρων σταθερή όγκοι έχουν πρόσφατα δειχθεί στο λιμάνι συχνές μεταλλάξεις στο

TCF7L2

[7]. Η παρατήρηση ότι

TCF7L2

περιλαμβάνουν μεταγραφές σύντηξης είναι ανιχνεύσιμα σε ένα τόσο μεγάλο κλάσμα των δειγμάτων CRC, αλλά επίσης φυσιολογικό βλεννογόνο του κόλου και άλλους φυσιολογικούς τύπους ιστών, αποκαλύπτει ότι η

TCF7L2

μεταγραφές σύντηξης είναι ούτε ειδικές σε καρκίνο ούτε στο κόλον και του ορθού. Ως εκ τούτου, δεν έχουν τη δυνατότητα ως βιοδείκτες ανίχνευση του καρκίνου, όπως αρχικά αναμενόταν.