Αφηρημένο

Η αύξηση της διαθεσιμότητας και την ωριμότητα της τεχνολογίας των μικροσυστοιχιών DNA έχει οδηγήσει σε μια έκρηξη του καρκίνου του προφίλ μελέτες για τον εντοπισμό βιοδείκτες του καρκίνου, καθώς και την πρόβλεψη της ανταπόκρισης στη θεραπεία. Η αποκάλυψη πολύπλοκες σχέσεις, ωστόσο, παραμένει το πιο δύσκολο έργο, δεδομένου ότι απαιτεί την κατάρτιση και αποτελεσματικά την αναζήτηση στοιχείων από διάφορες πηγές. Εδώ, περιγράφουμε την Array στρες Response Profiler (ιμάντα), ένα open-source, web-based πόρων για την αποθήκευση, προφίλ, απεικόνιση, και την κοινή χρήση του καρκίνου γονιδιωματικής δεδομένων. STRAP σπίτια πολλών καρκίνο δεδομένων μικροσυστοιχιών με ιδιαίτερη έμφαση στις μελέτες ακτινοθεραπείας, και παίρνει μια προσέγγιση βιολογίας συστημάτων προς την κατεύθυνση της ολοκλήρωσης, τη σύγκριση, και cross-επικύρωση των πολλαπλών μελετών καρκίνου του προφίλ. Η βάση δεδομένων είναι μια ολοκληρωμένη πλατφόρμα για την συγκριτική ανάλυση των δεδομένων γονιδιακής έκφρασης. Για την αποτελεσματική χρήση των συστοιχιών, παρέχουμε φιλικό προς το χρήστη και διαδραστική απεικόνιση εργαλεία που μπορεί να εμφανίσει τα αποτελέσματα των δεδομένων και ερωτημάτων. STRAP είναι web-based, ανεξάρτητα από την πλατφόρμα, και ελεύθερα προσβάσιμη σε https://strap.nci.nih.gov/

Παράθεση:. Johnson S, Ισαάκ Β, Zhao S, M Bisht, Celiku O, Tofilon P, et al. (2012) STRAP: Μια ολοκληρωμένη πόρων για το προφίλ High Throughput-Cancer γονιδιακά δεδομένα από Στρες Μελέτες απόκρισης. PLoS ONE 7 (12): e51693. doi: 10.1371 /journal.pone.0051693

Επιμέλεια: Sui Huang, Ινστιτούτο Συστημικής Βιολογίας, Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής

Ελήφθη: 9 Αυγ, 2012? Αποδεκτές: 5, Νοέμβρη του 2012? Δημοσιεύθηκε: 17 Δεκεμβρίου, 2012