Αφηρημένο

Ο καρκίνος του παγκρέατος δείχνει πολύ φτωχή πρόγνωση και είναι η πέμπτη συχνότερη αιτία θανάτου από καρκίνο στην Ιαπωνία. Προηγούμενες μελέτες έδειξαν κάποια γενετικοί παράγοντες που συμβάλλουν στην ανάπτυξη και εξέλιξη του καρκίνου του παγκρέατος? Ωστόσο, υπάρχουν περιορισμένες αναφορές για κοινές γενετικές παραλλαγές να σχετίζεται με την ασθένεια αυτή, ιδιαίτερα σε ασιατικών πληθυσμών. Έχουμε πραγματοποίησαν μια μελέτη σύνδεσης γονιδίωμα-ευρεία (GWAS) χρησιμοποιώντας 991 επεμβατική παγκρεατικού πόρου περιπτώσεις αδενοκαρκινώματος και 5.209 έλεγχοι και εντοπίστηκαν τρεις τόπους δείχνει σημαντική συσχέτιση (

P-

αξία & lt? 5 × 10

-7) με ευαισθησία σε καρκίνο του παγκρέατος. Οι SNPs που έδειξαν σημαντική συσχέτιση πραγματοποιείται εκτιμάται αναλογίες πιθανοτήτων 1,29, 1,32 και 3,73 με 95% διαστήματα εμπιστοσύνης 1,17 έως 1,43, 1,19 έως 1,47 και 02/24 – 06/21?

P

-τιμή των 3,30 × 10

-7, 3,30 × 10

-7, και 4,41 × 10

-7? που βρίσκονται στα χρωμοσώματα 6p25.3, 12p11.21 και 7q36.2, αντίστοιχα. Αυτά συνδέονται SNPs που βρίσκονται εντός των μπλοκ ανισορροπία σύνδεσης που περιέχουν γονίδια που έχουν ενοχοποιηθεί κάποιες ρόλους στην ογκογένεση του καρκίνου του παγκρέατος

Παράθεση:. Low SK, Kuchiba Α, Zembutsu Η, Saito Α, Takahashi Α, Kubo Μ, et al. (2010) Genome-Wide Μελέτη σύνδεσης του καρκίνου του παγκρέατος σε ιαπωνικό πληθυσμό. PLoS ONE 5 (7): e11824. doi: 10.1371 /journal.pone.0011824

Επιμέλεια: Wenjun Li, του Πανεπιστημίου Duke Medical Center, Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής

Ελήφθη: 7 Μαΐου του 2010? Αποδεκτές: 3 του Ιούλη 2010? Δημοσιεύθηκε: 29 του Ιούλη 2010

Copyright: © 2010 Low et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Αυτό το έργο πραγματοποιήθηκε ως μέρος της Βιοτράπεζας Ιαπωνία έργου που υποστηρίζεται από το Υπουργείο Παιδείας, Πολιτισμού, Αθλητισμού, Επιστημών και Τεχνολογίας από την ιαπωνική κυβέρνηση και το Κέντρο για Genomic Ιατρική, RIKEN, Ιαπωνία. Ήταν, επίσης, υποστηρίζεται εν μέρει από το πρόγραμμα για την προώθηση των θεμελιωδών Σπουδών στις Επιστήμες Υγείας του Εθνικού Ινστιτούτου Βιοϊατρικών Καινοτομίας (NiBio). Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:. Αν και οι διασυνδέσεις των ακόλουθων τριών συγγραφέων (Akira Saito [Τμήμα Στατιστικής Γενετικής Ανάλυσης, StaGen Co., Ltd.], Suenori chiku [Science Solutions Division, Mizuho Πληροφόρησης και Έρευνας Ινστιτούτο, Inc.] και Hirohiko Τοίδίικα [Ομάδα Βιοπληροφορική, Κέντρο Έρευνας και Ανάπτυξης, Λύση Division]) είναι στον ιδιωτικό τομέα, το καθένα από αυτά εργάστηκαν για μία από τις αντίστοιχες συγγραφείς, Τερουχίκο Yoshida, ως μέρος ενός ερευνητικού σύμβασης που χρηματοδοτείται αποκλειστικά από μια ακαδημαϊκή ταμείο έρευνας που χορηγούνται από NiBio (https://www.nibio.go.jp/english/) σε Τ Yoshida. Ως εκ τούτου, αυτή η μελέτη δεν έλαβε καμία χρηματοδότηση από τις εταιρείες στις οποίες ανήκουν οι παραπάνω τρεις συγγραφείς, ούτε να συσχετίσετε τις εταιρείες τους, per se παίζει κανένα ρόλο σε αυτή την έρευνα, εκτός του ότι έστειλαν το προσωπικό τους (οι πιο πάνω τρεις συγγραφείς) στο εργαστήριο του Τερουχίκο Yoshida στο πλαίσιο σύμβασης έρευνας που καταβάλλονται από επιχορήγηση Yoshida του. Δεν υπάρχουν αντικρουόμενα συμφέροντα μεταξύ Τερουχίκο Yoshida και αυτές τις εταιρείες, συμπεριλαμβανομένης της πνευματικής ιδιότητες. Οι συγγραφείς επιβεβαιώνουν επίσης ότι μπορούν να συμμορφώνονται με όλες τις PLoS ONE πολιτικές για την ανταλλαγή δεδομένων και υλικών.

Εισαγωγή

Ο καρκίνος του παγκρέατος είναι η πέμπτη συχνότερη αιτία θανάτου από καρκίνο με εκτιμώμενο θάνατο των 24.634 ασθενών στην Ιαπωνία το 2007. ποσοστό επιβίωσης 5 ετών του είναι τόσο χαμηλά όσο 6,7% (https://www.fpcr.or.jp/publication/pdf/statistics2009/fig01.pdf και http: //www.fpcr.or .jp /δημοσίευση /pdf /statistics2009 /fig20.pdf). Δεδομένου ότι δεν υπάρχει ειδική σύμπτωμα παρατηρείται στους ασθενείς με καρκίνο του παγκρέατος σε πρώιμο στάδιο, οι περισσότεροι από τους ασθενείς διαγνώστηκαν σε προχωρημένο στάδιο τους με ένα πολύ χαμηλό δυνατότητα θεραπεία για την ασθένεια [1], [2].

Προηγούμενες εκθέσεις έδειξαν τη συμμετοχή της τόσο από περιβαλλοντική όσο και της γενετικής παραγόντων στην αιτιολογία της νόσου επιβλαβή. Αρκετές περίπτωση-ελέγχου και ομάδα επιδημιολογικές μελέτες έχουν εντοπίσει μια σειρά από πιθανούς παράγοντες κινδύνου, όπως το κάπνισμα [3], ο διαβήτης [4], η χρόνια παγκρεατίτιδα [5], οι οποίες ενδέχεται να προδιαθέτουν ατομική με την ασθένεια. Επιπλέον, οικογενή συσσωμάτωση της νόσου έχει υπονοείται την πιθανή εμπλοκή των γενετικών παραγόντων στον καρκίνο του παγκρέατος [6]? περίπου το 10% των ασθενών αναφέρθηκαν ότι έχουν οικογενειακό ιστορικό και άτομα που έχουν συγγενείς πρώτου βαθμού με καρκίνο του παγκρέατος αποκάλυψε 2- έως 4- φορές υψηλότερο κίνδυνο της νόσου [7] – [9]. Αυτά τα δεδομένα έδειξαν ότι οι γενετικοί παράγοντες είναι πιθανό να παίξει μερικά ρόλο στην ανάπτυξη του καρκίνου του παγκρέατος. Κατά την τελευταία δεκαετία, η πρόοδος της μοριακής βιολογίας βελτίωσε την κατανόηση της παθογένεσης του καρκίνου του παγκρέατος και που χαρακτηρίζεται από ένα αριθμό γονιδίων που μεταλλάσσεται σε καρκίνους του παγκρέατος, όπως σωματικές μεταλλάξεις σε γονίδια

ΙΝΚ4 & (CDKN2A), ΤΡ53, DPC4, BRCA1 /2

,

STK11, APC, KRAS

και

ATM και PALB2

βρίσκονται σε καρκίνους του παγκρέατος [10] – [18].

Δύο πρόσφατες μελέτες GWAS για τον καρκίνο του παγκρέατος με τη χρήση του Καυκάσου πληθυσμοί έχουν εντοπίσει ενώσεις με γονιδίωμα-ευρεία σημασία στα χρωμοσώματα 9p34.2 (

ΑΒΟ

), 13q22.1, 1q32 (

NR5A2

) και 5p15.33 (

CLPTM1L-TERT

), και τόνισε ότι η συσσώρευση αυτών των κοινών παραλλαγές γενετικού κινδύνου με μέτρια αποτελέσματα είναι πιθανό να διαδραματίσει σημαντικό ρόλο σε αυτή την πολύπλοκη ασθένεια, είτε μεμονωμένα είτε σε αλληλεπίδραση με τους περιβαλλοντικούς παράγοντες [19] – [22]. Όπως η εθνικότητα είναι ένας από τους κρίσιμους παράγοντες στην παθογένεια των γενετικών ασθενειών με σύνθετες γονίδιο-γονιδίων και γονιδίων-περιβαλλοντικών αλληλεπιδράσεων, εμείς (Βιοτράπεζα Ιαπωνία (BBJ) στο Πανεπιστήμιο του Τόκιο και το Εθνικό Κέντρο Καρκίνου (NCC) Ιαπωνία) σε συνδυασμό δείγματα των 991 περιπτώσεων με καρκίνο του παγκρέατος και 5209 ελέγχους (Πίνακας S1), προσπάθησε να εντοπίσει κοινές γενετικές παραλλαγές που συνδέονται με την ευαισθησία στον καρκίνο του παγκρέατος στην ιαπωνική πληθυσμού.

Αποτελέσματα

Μετά τον ποιοτικό έλεγχο των τα αποτελέσματα γονότυπος (Πίνακας S2), ανάλυση σύνδεσης πραγματοποιήθηκε για 420.236 SNPs χρησιμοποιώντας λογιστική ανάλυση παλινδρόμησης με βάση αλληλομόρφων, κυρίαρχα και υπολειπόμενο μοντέλα μετά την προσαρμογή της ηλικία, το φύλο και την κατάσταση καπνίσματος για κάθε άτομο. Το οικόπεδο QQ για αυτό GWAS με βάση αλληλομόρφων

P

-τιμές από λογιστικής παλινδρόμησης έδειξε καμία σημαντική πληθυσμού διαστρωμάτωση με γονιδιωματική συντελεστή πληθωρισμού λ από 1.026 (Εικόνα 1).

Αυτό το οικόπεδο QQ βασίζεται σε υλικοτεχνική αλληλομόρφων παλινδρόμησης

P

-τιμές μετά πρότυπο ελέγχου ποιότητας. (Γονιδιωματική συντελεστή πληθωρισμού λ = 1.026).

Η

προσδιορίζονται με επιτυχία τρεις περιοχές του γονιδιώματος, 6p25.3, 12p11.21 και 7q36.2, φαίνεται να σχετίζεται σημαντικά (

P-

τιμή & lt? 5.0 × 10

-7) με αυξημένο κίνδυνο καρκίνου του παγκρέατος στην ιαπωνική πληθυσμού, όπως αναφέρεται στο οικόπεδο στο Σχήμα 2 Μανχάταν (που αναφέρονται στο διαιτητή 23)

το οικόπεδο είναι βασισμένη σε υλικοτεχνική.. μοντέλο παλινδρόμησης μετά τη διόρθωση της ηλικίας, του φύλου και το κάπνισμα. Η

P

min υποδεικνύει το ελάχιστο

P

-τιμή από την ανάλυση λογιστικής παλινδρόμησης για τρία μοντέλα: αλληλομόρφων, κυρίαρχο και υποτελή. Κόκκινη γραμμή δείχνει γονιδίωμα-ευρεία σημαντικό επίπεδο (

P-

value = 5 × 10

-7).

Η

Το πιο σημαντικό που σχετίζονται με SNP, rs9