Αφηρημένο

Growing στοιχεία δείχνουν ότι Rab GTPases, κύριοι ρυθμιστές της ενδοκυτταρικής μεταφοράς σε ευκαρυωτικά κύτταρα, διαδραματίζουν σημαντικό ρόλο στον καρκίνο. Αναλύσαμε την απελευθέρωση στο μεταγραφικό επίπεδο των γονιδίων που κωδικοποιούν πρωτεΐνες Rab και πρωτεΐνες Rab-αλληλεπιδρούν στην παθογένεση του καρκίνου της ουροδόχου κύστης, με διάκριση μεταξύ των δύο κύριων οδών εξέλιξη μέχρι τώρα εντοπίζονται στον καρκίνο της ουροδόχου κύστης: την οδό Ta χαρακτηρίζεται από μια υψηλή συχνότητα

FGFR3

μετάλλαξη και το καρκίνωμα

in situ

οδού όπου δεν υπάρχει ή σπάνια

FGFR3

μεταλλάξεις έχουν ταυτοποιηθεί. Μια συστηματική βιβλιογραφική έρευνα εντοπίστηκαν 61 γονίδια που κωδικοποιούν τις πρωτεΐνες Rab και 223 γονίδια που κωδικοποιούν πρωτεΐνες Rab-αλληλεπιδρούν. Transcriptomic δεδομένα ελήφθησαν για φυσιολογικά δείγματα ουροθήλιο και για δύο ανεξάρτητα σύνολα δεδομένων καρκίνο της ουροδόχου κύστης που αντιστοιχούν σε 152 και 75 όγκων. Γονίδιο απορρύθμιση αναλύθηκε με την SAM (σημαντική ανάλυση των μικροσυστοιχιών) δοκιμής ή το διωνυμικό τεστ. Συνολικά, 30 γονίδια ρυθμισμένα προς τα κάτω, και 13 επάνω ρυθμισμένη στα δείγματα του όγκου. Πέντε από αυτά τα γονίδια είχαν διαφορετική έκφραση (

LEPRE1

,

MICAL2

,

RAB23

,

STXBP1

,

SYTL1

) ήταν ειδικά απορυθμισμένη σε

FGFR3

-μη-μεταλλαγμένο διηθητικό όγκων. Αριθ γονίδιο που κωδικοποιεί μια πρωτεΐνη ή Rab Rab-αλληλεπιδρούν βρέθηκε να απελευθερωθεί ειδικά σε

FGFR3

-mutated όγκους. Cluster ανάλυση έδειξε ότι το

RAB27

σύμπλεγμα γονιδίων (που περιλαμβάνει τα γονίδια που κωδικοποιούν RAB27 και την αλληλεπίδραση των εταίρων της) είχε απελευθερωθεί και ότι αυτή η απορρύθμιση συνδέθηκε με τις δύο οδούς της παθογένειας του καρκίνου της ουροδόχου κύστης. Τέλος, βρήκαμε ότι η έκφραση του

KIF20A

και

ZWINT

συνδέθηκε με εκείνη των δεικτών πολλαπλασιασμού και ότι η έκφραση

MLPH

,

MYO5B

,

RAB11A

,

RAB11FIP1

,

RAB20

και

SYTL2

συνδέθηκε με εκείνη των ουροφόρων δείκτες κυτταρικής διαφοροποίησης. Αυτή η συστηματική ανάλυση των Rab και Rab γονιδίου-δράστη απορρύθμισης σε καρκίνο της ουροδόχου κύστης, λαμβάνοντας σχετικές υποομάδες όγκου υπόψη, προσφέρει μια εικόνα για τους πιθανούς ρόλους των πρωτεϊνών Rab και τελεστές τους στην παθογένεση του καρκίνου της ουροδόχου κύστης. Αυτή η προσέγγιση μπορεί να εφαρμοστεί σε άλλη ομάδα των γονιδίων και των τύπων καρκίνου

Παράθεση:. Ho JR, Chapeaublanc Ε, Kirkwood L, Nicolle R, Benhamou S, Lebret T, et al. (2012) Απελευθέρωση των Rab και Rab δράστες Γονίδια στον καρκίνο της ουροδόχου κύστης. PLoS ONE 7 (6): e39469. doi: 10.1371 /journal.pone.0039469

Επιμέλεια: Wanjin Χονγκ, Ινστιτούτο Μοριακής και Κυτταρικής Βιολογίας, Σιγκαπούρη

Ελήφθη: 27 του Ιανουαρίου του 2012? Αποδεκτές: 21 του Μάη 2012? Δημοσιεύθηκε: 19 Ιουνίου 2012 |

Copyright: © 2012 Ho et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Το έργο υποστηρίχθηκε από επιχορηγήσεις από το εθνικό Κέντρο Επιστημονικής Έρευνας της Γαλλίας (CNRS) και το Institut Curie. Η ομάδα Μοριακής Ογκολογίας υποστηρίζεται από La Ligue Nationale Contre le Cancer ( «Equipe labellisée»). Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

η ενδοκυτταρική διακίνηση είναι μια ουσιαστική διαδικασία σε ευκαρυωτικά κύτταρα. Στηρίζεται σε φυσαλιδώδη ή σωληνοειδή φορείς μεταφοράς που shuttle μεταξύ των κυττάρων των διαμερισμάτων που διευκολύνουν τη συνεχή ανταλλαγή των πρωτεϊνών και των λιπιδίων. Πολλές μελέτες έχουν τονίσει την πολυπλοκότητά της και οδήγησε στην ταυτοποίηση ενός μεγάλου αριθμού πρωτεϊνών που εμπλέκονται στα διάφορα στάδια της ενδοκυτταρικής μεταφοράς, δηλαδή το σχηματισμό των μεταφορέων μεταφοράς από μεμβράνες δότη, η κίνησή τους κατά μήκος των διαδρομών του κυτταροσκελετού και πρόσδεση /σύντηξη τους με μεμβράνες-στόχους. Μικρές GTPases της οικογένειας Rab έχουν αναδειχθεί ως βασικούς ρυθμιστές αυτών των διαφορετικών σταδίων. Όπως και με άλλα GTPases, Rab πρωτεΐνες κύκλο μεταξύ μιας αδρανούς ΑΕΠ (γουανοσίνη διφωσφορική) το δεσμευμένο μορφή και μια ενεργή GTP (γουανοσίνη τριφωσφορική) το δεσμευμένο μορφή. Η δραστική GTP-δεσμευμένη μορφή του Rab είναι δεσμευμένο σε μεμβράνη, ενώ η υδρόλυση του GTP σε αποτελέσματα ΑΕΠ το διαχωρισμό του στο κυτταρόπλασμα. Αυτές οι δύο κύκλοι ελέγχεται από ένα πολύπλοκο δίκτυο ρυθμιστικών πρωτεϊνών που περιλαμβάνει παράγοντες ανταλλαγής νουκλεοτιδίου γουανίνης (GEFs), ΟΤΡάσης ενεργοποίησης πρωτεΐνες (με κενά) και αναστολείς νουκλεοτιδίου γουανίνης διαστάσεως (GDI). Σε ενεργή μορφή τους GTPases Rab αλληλεπιδρούν με ένα ευρύ φάσμα των εκτελεστικών πρωτεϊνών, όπως η μοριακή κινητήρες, των λιπιδίων κινάσες, παράγοντες tethering και πρωτεΐνες ικριώματα (βλέπε [1] για ανασκόπηση).

Πρόσφατες μελέτες έχουν βρει έναν ρόλο για ένας αριθμός πρωτεϊνών Rab σε ανθρώπινους καρκίνους. Αρκετές μελέτες έχουν δείξει έκφραση ότι θα μπορούσαν να παίξουν τόσο ένα ενεργοποίησης και ένα ανασταλτικό ρόλο στην πρόοδο του όγκου.

RAB1A

υπερεκφράζεται σε καρκίνωμα πλακωδών κυττάρων της γλώσσας [2].

Rab3a

εκφράζεται σε ινσουλίνωμα, αλλά όχι σε φυσιολογικά κύτταρα παγκρεατικών νησιδίων [3].

RAB11A

και

RAB20

έκφραση είναι αυξημένη κατά τη διάρκεια της καρκινογένεσης του δέρματος [4], και εξωκρινών παγκρεατικών αδενοκαρκινώματα [5], αντίστοιχα. Αντίθετα,

RAB37

ρυθμίζεται προς τα κάτω σε μεταστατικούς όγκους του καρκίνου του πνεύμονα [6]. Τόσο

RAB5A

και

RAB7

έδειξαν να είναι up-ρυθμίζονται αυτόνομα αδενώματα του θυρεοειδούς, μια τέτοια ρύθμιση προς τα πάνω που σχετίζεται με επιταχυνόμενο θυρεοσφαιρίνης ενδοκύττωση και την παραγωγή ορμονών [7].

Πολλές λειτουργικές μελέτες έχουν επιβεβαιώσει το ρόλο των πρωτεϊνών Rab στην εξέλιξη του καρκίνου. RAB5A, υπερεκφράζεται σε ηπατοκυτταρικό καρκίνωμα, φαίνεται να είναι καθοριστικός παράγοντας για την εξέλιξη του καρκίνου του ήπατος, όπως προτείνεται από τη διαπίστωση ότι ένα κυρίαρχο αρνητικό μορφή RAB5A εξασθενίζει EGF μεσολάβηση σηματοδότηση και κυτταρική μετανάστευση του ανθρώπινου ηπατώματος κυτταρική γραμμή [8]. Άλλα αποτελέσματα έδειξαν ότι

RAB23

, ενισχύονται και υπερεκφράζεται σε διάχυτου τύπου γαστρικό καρκίνο, δρα ως γονίδιο εισβολή μεσολαβητή [9]. RAB25 παίζει ένα ρόλο στην ανάπτυξη και των δύο ωοθηκών και του μαστού [10], [11]. Ωστόσο, ένα απέναντι ρόλος του

RAB25

έχει επίσης τεκμηριωθεί, δηλαδή όπως ένα ογκοκατασταλτικό γονίδιο για τον καρκίνο του παχέος εντέρου [12]. Επιπλέον, ορισμένες πρωτεΐνες που εμπλέκονται στην ρύθμιση του κύκλου Rab έχουν επίσης ενοχοποιηθεί στην καρκινογένεση. Για παράδειγμα

RIN1

, κωδικοποιεί για μία GEF RAB5, δείχθηκε να είναι ένα ογκοκατασταλτικό γονίδιο του μαστού [13], ενώ

TBC1D3B

, που κωδικοποιεί ένα GAP RAB5, αποδείχθηκε ότι είναι ένα ογκογονίδιο ενισχύεται σε καρκίνο του προστάτη [14].

Ακράτεια καρκίνο της ουροδόχου κύστης είναι η τέταρτη πιο κοινή μορφή καρκίνου και στα δύο Ευρωπαίους και Αμερικανούς άνδρες. Στις γυναίκες, είναι η ένατη πιο κοινή μορφή καρκίνου στις ΗΠΑ και το 14

ου πιο κοινή μορφή καρκίνου στην Ευρώπη [15], [16]. Σύμφωνα με το στάδιο, κατά την πρώτη παρουσίαση, περίπου το 50% του καρκίνου της ουροδόχου κύστης είναι Ta όγκων οι οποίοι είναι γενικά χαμηλής ποιότητας (Ta όγκοι είναι θηλώδεις όγκοι που δεν εισβάλλουν πέραν της βασικής μεμβράνης), το 20% είναι καρκινώματα Τ1 (όγκοι οι οποίοι εισβάλουν πέραν η βασική μεμβράνη, αλλά όχι το υποκείμενο μυϊκό propria) και 30% είναι διηθητικό όγκων (T2-4). Καρκίνωμα

in situ

(CIS) που αποτελείται από επίπεδη, υψηλής ποιότητας βλάβες δεν εισβάλλουν πέρα ​​από τη βασική μεμβράνη βρίσκονται σπάνια σε απομόνωση. Αντ ‘αυτού, ΤΣΠ είναι κατά κύριο λόγο συναντώνται με άλλα ουροθηλιακών όγκους. Κλινικές και μοριακές ενδείξεις δείχνουν ότι οι όγκοι της ουροδόχου κύστης προκύψουν και την πρόοδο σε δύο κύριες οδούς: το «TA» μονοπάτι και το «καρκίνωμα

in situ

» μονοπάτι. Ta όγκοι εμφανίζουν υψηλό ποσοστό υποτροπής (60%, [17]), αλλά έχουν μια μικρή πιθανότητα (5-10%) των προχωρούν σε όγκους Τ1 και στη συνέχεια σε διηθητικό όγκων (T2-4). Αντίθετα, Cis συχνά προχωρούν (σε περίπου 50% των περιπτώσεων), σε όγκους Τ1 και στη συνέχεια σε διηθητικό όγκων ([18] για ανασκόπηση). Η οδός Ta χαρακτηρίζεται από υψηλή συχνότητα ενεργοποίησης μεταλλάξεις του

FGFR3

γονιδίου (που κωδικοποιεί την ανάπτυξη ινοβλαστών υποδοχέα παράγοντα κινάσης τυροσίνης 3).

FGFR3

μεταλλάξεις είναι παρούσα σε 70-75% των όγκων Ta και απουσιάζει από Cis. σχετικά χαμηλή συχνότητα τους σε Τ1 (20%) και T2-4 όγκους (10-15%) είναι συνεπής με τον υψηλό ρυθμό εξέλιξης της ΚΑΚ και το χαμηλό ρυθμό εξέλιξης Ta [19] – [24].

Ο στόχος αυτής της εργασίας ήταν να εκτελέσει μια συστηματική μελέτη για την ταυτοποίηση πρωτεϊνών Rab και πρωτεΐνες Rab-αλληλεπιδρούν των οποίων η έκφραση είναι απελευθερωμένη κατά τη διάρκεια των οδών Ta και της ΚΑΚ παθογένεση όγκων της ουροδόχου κύστης σε transcriptomic επίπεδο.

Αποτελέσματα

Για τη μελέτη αυτή, θα εφαρμοστεί η στρατηγική που παρουσιάζεται στο Σχήμα 1 (διάγραμμα ροής). Εν συντομία: 1. εξαντλητικό κατάλογο των γονιδίων που κωδικοποιούν για Rab και Rab-αλληλεπίδρασης ιδρύθηκε από δημόσιες βάσεις δεδομένων, 2. απελευθερωθεί γονίδια (πάνω ή προς τα κάτω-ρυθμίζονται σε σύγκριση με το κανονικό ουροδόχου κύστης) σε καθένα από τα δύο μονοπάτια (το

FGFR3

-mutated μονοπάτι του όγκου και η

FGFR3

νον-μεταλλαγμένη οδό όγκου) ταυτοποιήθηκαν από δύο σύνολα δεδομένων μεταγραφικό, 3. απορρυθμισμένη γονίδια πιθανώς εξαιτίας στρώματος του όγκου ή των όγκων – ταυτοποιήθηκαν αλληλεπιδράσεις στρώμα και στη συνέχεια παραλείπεται περαιτέρω ανάλυση (ανάλυση των δεδομένων μεταγραφικό σε κυτταρικές γραμμές όγκου κύστης σε σύγκριση με τα φυσιολογικά κύτταρα σε καλλιέργεια (NHU)), 4. για κάθε απελευθερωμένης γονίδιο, ένα ειδική σύνδεση είτε με την

FGFR3

-mutated ομάδα όγκου ή μη -mutated ομάδα όγκων ερευνήθηκε καθώς και μια σύνδεση με ένα διαφοροποίηση ή τον πολλαπλασιασμό φαινότυπο. Επιπλέον, ερευνήσαμε για κάθε συστάδα Rab (που αποτελείται από μια συγκεκριμένη πρωτεΐνη Rab και την αλληλεπίδραση των εταίρων της) κατά πόσον θα μπορούσε να συνδέεται με την παθογένεση του καρκίνου της ουροδόχου κύστης.

Το πρώτο βήμα είναι η αναγνώριση μέσα από δημόσιες βάσεις δεδομένων και γνώσεις των τα γονίδια που παρουσιάζουν ενδιαφέρον για τη μελέτη, εδώ το RABS και τελεστές τους. Το δεύτερο βήμα συνίσταται στην επιλογή υποομάδες των όγκων και αναλύοντας την έκφραση των διαφορετικών γονιδίων που επιλέγονται κατά το πρώτο βήμα σε αυτές τις υποομάδες σχέση με το κανονικό ουροθήλιο. Η υποομάδα εδώ έχει γίνει λαμβάνοντας υπόψη το

FGFR3

κατάσταση μετάλλαξης, το στάδιο και το βαθμό, διαχωρισμό των όγκων σε δύο οδούς. Μία σύγκριση της έκφρασης που παρατηρήθηκε σε κυτταρικές σειρές καρκίνου της κύστεως και σε καλλιεργημένα κανονικά ανθρώπινα urothelial κύτταρα αφήνονται απόρριψη των γονιδίων για τα οποία η έκφραση θα μπορούσε να είναι πιθανώς λόγω της παρουσίας του στρώματος (σε σύγκριση με τα φυσιολογικά κύτταρα, προς τα πάνω ρύθμιση σε όγκους της ουροδόχου κύστης, αλλά όχι στην κύστη όγκου κυτταρικές γραμμές). Διαφορετικοί τύποι ανάλυσης στη συνέχεια διεξήχθησαν για τα επιλεγμένα γονίδια απελευθερωμένη: 1) μία σύγκριση της έκφρασης σε

FGFR3

-mutated όγκων και

FGFR3

νον-μεταλλαγμένο όγκων επέτρεψε την ταυτοποίηση των γονιδίων ειδικά απορρυθμισμένη σε μία από τις δυο οδούς παθογένεση καρκίνου της ουροδόχου κύστης? 2) με την ομαδοποίηση γονιδίων σε σύμπλεγμα των γονιδίων (εδώ οι συστάδες Rab), εντοπίσαμε συστάδες με απορυθμισμένη έκφραση? 3) αναλύοντας την πιθανή συσχέτιση μεταξύ της έκφρασης των γονιδίων απελευθερωμένη και την έκφραση του πολλαπλασιασμού ή δείκτη διαφοροποίησης γονίδια, εντοπίσαμε τις απελευθερωμένες γονίδια που σχετίζονται με τον πολλαπλασιασμό ή διαφοροποίηση.

Η

Τα αποτελέσματα που λαμβάνονται σε κάθε βήμα του οι αναλύσεις συνοψίζονται στο Σχήμα 2.

τα αποτελέσματα κάθε σταδίου ανάλυσης φαίνεται στο διάγραμμα ροής που παρουσιάζεται στο Σχήμα 1.

η

Ορισμός του καταλόγου των γονιδίων που πρόκειται να αναλυθεί

Το πρώτο μέρος αυτής της εργασίας αποτελείται από την κατάρτιση καταλόγου των γονιδίων που κωδικοποιούν τις πρωτεΐνες Rab και Rab-πρωτεϊνών που αλληλεπιδρούν, συμπεριλαμβανομένων ενεργοποίηση GEF και πρωτεΐνες που αδρανοποιούν GAP (Σχήμα 3). 61 ανθρώπινη

RAB

γονίδια βρέθηκαν. Ο κατάλογος των πρωτεϊνών Rab-αλληλεπιδρούν ιδρύθηκε από μια βιβλιογραφική έρευνα για να συγκεντρώσει τα έγγραφα που ανέφεραν την ταυτοποίηση ή /και τον χαρακτηρισμό των πρωτεϊνών που αλληλεπιδρούν άμεσα με Rab GTPases, χρησιμοποιώντας διαφορετικές προσεγγίσεις (δύο υβριδίων δοκιμασίες, GST-pull down, Συνανοσοκατακρήμνιση κ.λπ.). Ο κατάλογος αυτός περιελάμβανε 217 πρωτεΐνες: 23 GEFs, 20 κενά και 174 πρωτεΐνες τελεστές. Εμείς προστεθούν στον κατάλογο αυτό δύο γονίδια που κωδικοποιούν για τις δύο GDI (ΑΕΠ διαστάσεως αναστολέα) πρωτεΐνες (

GDI1

και

2

) που είναι κοινές σε όλα τα GTPases Rab. Συμπεριλάβαμε επίσης τέσσερα γονίδια που κωδικοποιούν πρωτεΐνες που εμπλέκονται στην μετα-μεταφραστική τροποποίηση και μεμβράνη σύνδεσης όλων των πρόσφατα συντεθεί RABS:

CHM

και

CHML

κωδικοποιούν πρωτεΐνες Rab συνοδεία (REP) και τα δύο ισομορφών της τρανσφεράσης Rab γερανυλγερανύλ (

RABGGT Ένα

και

Β

). Αυτό κάνει συνολικά 284 RABS και πρωτεϊνών Rab-αλληλεπιδρούν (Σχήμα 2).

κύκλου Rab GTPases μεταξύ ενός ενεργού GTP-δεσμευμένη μορφή και μια ανενεργό μορφή ΑΕΠ-δεσμεύεται. ενεργοποίηση Rab προκαλείται από έναν παράγοντα ανταλλαγής γουανίνη (GEF). Η υδρόλυση του δεσμευμένου GTP καταλύεται από ένα ΟΤΡάσης πρωτεΐνης ενεργοποίησης (GAP) με αποτέλεσμα την αδρανοποίηση της πρωτεΐνης Rab. Στην ενεργή μορφή της, η Rab συνδέεται με μεμβράνες και μπορεί να αλληλεπιδράσει με μια ποικιλία από πρωτεΐνες τελεστές. Στην ανενεργή μορφή της, η πρωτεΐνη είναι κυτοσολικό και βρίσκεται σε συγκρότημα με έναν αναστολέα του ΑΕΠ διάστασης πρωτεΐνη (GDI).

Η

Ο κατάλογος των γονιδίων που αναλύθηκαν σε αυτή τη μελέτη και τον κατάλογο των εγγράφων στα οποία είχαν αρχικά περιγραφεί φαίνονται στον πίνακα 1 και τον πίνακα S1. Το Σχήμα 4 απεικονίζει το σύμπλεγμα των πρωτεϊνών που φαίνεται να αλληλεπιδρούν με Rab27a /Β (ως παράδειγμα) και στο Σχήμα S1 απεικονίζει όλα τα συμπλέγματα Rab αναλύονται? πρωτεΐνες Rab είναι σε κίτρινο, GEFs στο πράσινο, τα κενά στο κόκκινο φως και τελεστές των πρωτεϊνών σε μπλε χρώμα.

Παράδειγμα του συμπλέγματος Rab27. Το σύμπλεγμα Rab27 αποτελείται από δύο

RAB27

ισομορφές (

Rab27a

και

RAB27B

), η GEF

MADD

, η GAP

TBC1D10A

και 12 πρωτεΐνες τελεστές. Τα άλλα Rab και Rab-πρωτεϊνών που αλληλεπιδρούν παρουσιάζεται στη συμπληρωματική Εικόνα S1.

Η

Μοντέλο της παθογένειας του καρκίνου της ουροδόχου κύστης που χρησιμοποιούνται σε αυτή τη μελέτη

Δύο κύριες οδοί εξέλιξη ήταν μέχρι τώρα προσδιορίζονται στον καρκίνο της ουροδόχου κύστης, της οδού Ta χαρακτηρίζεται από μια υψηλή συχνότητα

FGFR3

μετάλλαξης και του καρκινώματος

in situ

(CIS) οδού όπου δεν ή σπάνια

FGFR3

μεταλλάξεις έχουν έχουν εντοπιστεί. Σε αυτή τη μελέτη, ως εκ τούτου θεωρούνται δύο μονοπάτια: το

FGFR3

-mutated μονοπάτι του όγκου και το

FGFR3

-μη-μεταλλαγμένο οδού όγκου (Σχήμα 5). Η

FGFR3

-mutated οδός όγκου περιελάμβανε την TaG1 και TaG2

FGFR3

-mutated όγκων, η T1

FGFR3

-mutated όγκων και το διηθητικό

FGFR3

-mutated όγκους (T2-4 όγκοι). Αναλύσαμε δύο σειρές όγκων ουροδόχου κύστης (n = 152 στο πρώτο σετ δεδομένων και n = 75 στο δεύτερο σετ δεδομένων). Ο αριθμός των

FGFR3

-mutated TAG3 ήταν πολύ μικρό για να τους προσδιορίσει ως ξεχωριστή ομάδα (2 όγκοι στο πρώτο σετ δεδομένων και 1 όγκου στο δεύτερο σετ δεδομένων), αλλά δεν θα μπορούσε είτε να συμπεριληφθούν στο TaG1 ομάδα /TaG2 λόγω των διαφορετικών κλινικών και μοριακών χαρακτηριστικών τους, ώστε να μην εξετάστηκαν στην ανάλυση. Η

FGFR3

-μη-μεταλλαγμένη οδό όγκου περιελάμβανε την TAG3

FGFR3

-μη-μεταλλαγμένο όγκων, η T1

FGFR3

-μη-μεταλλαγμένο όγκων και το διηθητικό

FGFR3

-μη-μεταλλαγμένο όγκους. Transcriptomic δεδομένα από όγκους Cis δεν ήταν διαθέσιμα στη σειρά μας. Χρησιμοποιήσαμε

FGFR3

-μη-μεταλλαγμένο όγκους TAG3 αντί της ΚΑΚ. Οι όγκοι αυτοί μοιράζονται πολλές ιδιότητες με Cis καθώς προχωρούν προς μια επεμβατική στάδιο [25] με μια υψηλή πιθανότητα (45%, [26]). Επιπλέον, και οι δύο βλάβες είναι μικροσκοπικά πολύ παρόμοια σε ατομική εξέταση των κυττάρων. TaG1 /TaG2 όγκοι δεν μεταλλάχθηκε για

FGFR3

(9 δείγματα στο πρώτο σετ δεδομένων, 2 δείγματα στο δεύτερο σετ δεδομένων) δεν θεωρήθηκαν στην ανάλυση, καθώς δεν ταιριάζουν στην οδό Cis: πράγματι, οι όγκοι αυτοί είναι χαμηλής ποιότητας και σπανίως προχωρούν σε Τ1 και στη συνέχεια σε διηθητικό όγκων [26].

Αναγνώριση των άνω ή κάτω γονιδίων που ρυθμίζονται

για να εντοπιστούν γονίδια μέχρι – ή προς τα κάτω ρυθμισμένη κατά τη διάρκεια της εξέλιξης του καρκίνου της ουροδόχου κύστης, οι δύο οδοί του «μοντέλου FGFR3″ αναλύθηκαν ξεχωριστά. Χρησιμοποιήσαμε τις τρεις ομάδες, TAG3, Τ1, και T2-4, ορίστηκε προηγουμένως για το

FGFR3

-μη-μεταλλαγμένη οδό και τις τρεις ομάδες, TaG1G2, Τ1, και T2-4 για το

FGFR –

μεταλλαγμένο μονοπάτι όγκου (Σχήμα 5). Για κάθε ομάδα όγκου, η έκφραση του Rab και Rab-αλληλεπιδρούν γονίδια πρωτεϊνών που απαριθμούνται στον Πίνακα S1 συγκρίθηκε με την έκφραση τους στην κανονική ουροθήλιο (που ελήφθη χωρίς στρώμα) ομάδα χρησιμοποιώντας το στατιστικό τεστ SAM. Τα αποτελέσματα φιλτράρονται με τα ακόλουθα κατώτατα όρια: Διπλώστε Αλλαγή (FC) & gt? 1.5 για ρύθμιση προς τα πάνω (και & lt? 0.667 (= 1 /1,5) για την ρύθμιση προς τα κάτω) και qValue & lt? 5%. Αναλύσαμε πρώτα μια συλλογή των δειγμάτων που περιέχουν 4 κανονική ουροδόχου κύστης και 141 δείγματα όγκων (βλέπε Υλικά και Μέθοδοι) χρησιμοποιώντας τις μικροσυστοιχίες DNA Affymetrix HG U133 Plus 2.0. 269 ​​από τα 284 γονίδια που παρατίθενται στον Πίνακα S1 ήταν παρόντες σε αυτές τις μικροσυστοιχίες. Για το

FGFR3-

μη μεταλλαγμένο μονοπάτι όγκου, 19 γονίδια βρέθηκαν να είναι κάτω-ρυθμίζονται και 12 γονίδια ρυθμισμένα προς τα πάνω (Πίνακας 2)? για το

FGFR-

μεταλλαχθεί οδού όγκου, 21 γονίδια βρέθηκαν να είναι κάτω-ρυθμίζονται και 4 γονίδια ρυθμισμένα προς τα πάνω (Πίνακας 3) (περίληψη στην Εικόνα 2).

Το «μοντέλο FGFR3 «του καρκίνου της ουροδόχου κύστης εξέλιξης που διακρίνει ένα

FGFR3

-μη-μεταλλαγμένο οδού όγκου και ένα

FGFR3-

μεταλλαχθεί οδού όγκου. Cis: Καρκίνωμα

in situ

. Στάδια ορίστηκαν από το ΤΝΜ ταξινόμηση και βαθμοί 1997 με την ταξινόμηση του Παγκόσμιου Οργανισμού Υγείας το 1973 (βλέπε Υλικά και Μέθοδοι για αναφορά).

Η

Η

Στη συνέχεια, ανέλυσε μια δεύτερη σειρά των όγκων σε επαληθεύει τα αποτελέσματα που επιτεύχθηκαν. Αυτό το σύνολο, συλλέγονται ανεξάρτητα από την πρώτη σειρά, αναλύθηκε με τις Affymetrix HG U95A /U95Av2 μικροσυστοιχίες DNA και περιείχε 5 φυσιολογικό ουροθήλιο και 72 δείγματα όγκου (βλέπε Υλικά και Μέθοδοι). Μόνο 165 των 284 γονιδίων που απαριθμούνται στον Πίνακα S1 (58%) ήταν παρούσα σε αυτές τις μικροσυστοιχίες. Μεταξύ των 31 γονίδια βρέθηκαν να είναι πάνω ή προς τα κάτω-ρυθμίζονται στο

FGFR3-

μη μεταλλαγμένο οδού όγκου (Πίνακας 2), 17 ήταν παρόντες στις U95A /μικροσυστοιχίες DNA Affymetrix HG U95Av2:

CASP1

,

CAV1

,

CD2AP

,

EEA1

,

ICA1

,

ITGA5

,

MICAL2

,

PIGR

,

RAB11A

,

RAB14

,

RAB31

,

RAB4A

,

RABAC1

,

STXBP1

,

TBC1D30

,

TBC1D4

και

ZWINT

. Μεταξύ των 25 γονίδια βρέθηκαν να είναι πάνω ή προς τα κάτω-ρυθμίζονται στο

FGFR3-

μεταλλαγμένο οδού όγκου (Πίνακας 3), 14 ήταν παρόντες στις Affymetrix U95A μικροσυστοιχίες DNA /U95Av2:

CAV1

,

EEA1

,

ICA1

,

ITGA5

,

PIGR

,

RAB11FIP2

,

RAB14

,

Rab27a

,

RAB27B

,

RAB9A

,

RABGAP1L

,

sdc1

,

TBC1D30

και

UNC13B

. Για αυτά τα γονίδια, το 56% των αποτελεσμάτων που λαμβάνονται με το πρώτο σύνολο δεδομένων επικυρώθηκαν με το δεύτερο σετ δεδομένων με τουλάχιστον ένα κατώφλι πέρασε: FC & gt? 1,5 (ή & lt? 0.667) και /ή qValue & lt? 5% (Πίνακας S2). Τα άλλα αποτελέσματα δεν ήταν σημαντική. Αξίζει να σημειωθεί, δεν ασύμφωνα αποτέλεσμα μεταξύ των δύο συνόλων δεδομένων βρέθηκε.

Έκφραση αναλύσεις απορυθμίζεται γονιδίων in vitro

Ένας όγκος αποτελείται από δύο καρκινικά κύτταρα και στρωματικά. Καθώς η transcriptomic ανάλυση γίνεται με αυτό το μίγμα των κυττάρων, πάνω ρύθμιση ενός συγκεκριμένου γονιδίου θα μπορούσε τότε να οφείλεται στην παρουσία του στρώματος (γονίδια ρυθμισμένα προς τα πάνω στο στρώμα ή στα καρκινικά κύτταρα λόγω στρωματικό κύτταρο – αλληλεπίδραση καρκινικών κυττάρων) .

Για την αντιμετώπιση αυτού του ζητήματος, αναλύσαμε σε φυσιολογικά ανθρώπινα κύτταρα ουροφόρων (NHU) αναπτύχθηκαν σε καλλιέργεια κάτω από την αναγέννηση και τη διαφοροποίηση των συνθηκών [27], [28] και σε 7 ιδρύθηκε τον καρκίνο της ουροδόχου κύστης κυτταρικές σειρές (χωρίς στρωματικά κύτταρα) η έκφραση από τα 13 γονίδια βρέθηκαν να είναι up-ρυθμίζονται στα

FGFR3-

μη μεταλλαγμένη και μεταλλαγμένα μονοπάτια όγκου:

CAV1

,

ITGA5

,

KIF20A

,

LEPRE1

,

MICAL1

,

MICAL2

,

RAB23

,

RAB31

,

RABAC1

,

sdc1

,

STXBP1

,

TMEM22

και

ZWINT

(Πίνακας 2 και Πίνακας 3). Για τα περισσότερα από τα γονίδια, βρήκαμε τουλάχιστον μία κυτταρική σειρά καρκίνου στα οποία η έκφραση της ήταν τουλάχιστον δύο φορές υψηλότερη από ό, τι σε καλλιεργημένα κανονικό ουροθηλιακό κύτταρα. Αυτό δεν ήταν η περίπτωση για

MICAL1

,

RABAC1

και

sdc1

(Σχήμα 6). Η υπερέκφραση του

MICAL1

και

RABAC1

είναι πιθανό να οφείλεται στην παρουσία των στρωματικών κυττάρων του όγκου ως

MICAL1

εκφράζεται έντονα σε διαφορετικούς τύπους αιμοποιητικών κυττάρων (δενδριτικά κύτταρα , σιτευτικά κύτταρα και τα κύτταρα ΝΚ) και

RABAC1

σε μαστοκύτταρα (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται). Η υπερέκφραση του

sdc1

μπορούσε να οφείλεται σε αλληλεπίδραση στρωματικών-επιθηλιακών.

MICAL1

,

RABAC1

και

sdc1

αποκλείστηκαν για περαιτέρω ανάλυση (βλέπε συνοπτικά στο Σχήμα 2).

Η έκφραση της 13ης up-ρυθμίζονται γονίδια (Πίνακας 2 και 3) (

CAV1

,

ITGA5

,

KIF20A

,

LEPRE1

,

MICAL1

,

MICAL2

,

RAB23

,

RAB31

,

RABAC1

,

sdc1

,

STXBP1

,

TMEM22

και

ZWINT

) μετρήθηκε με σειρά Affymetrix σε κυτταρικές σειρές καρκίνου της ουροδόχου κύστης 7 (KK47, MGHU3, RT112, RT4, scaber, SD48 και Τ24) και φυσιολογικά ανθρώπινα κύτταρα ουροφόρων (NHU) αναπτύχθηκαν σε καλλιέργεια. Το κατώτατο όριο για τα γονίδια που πρέπει να θεωρούνται ως up-ρυθμίζονται σε κυτταρικές σειρές όγκων (2 φορές την έκφραση μετρήθηκε στα κύτταρα NHU) αντιπροσωπεύεται από μια μαύρη γραμμή.

Η

Γονίδια ειδικά πάνω ή προς τα κάτω-ρυθμίζονται κάθε μονοπάτι

Μεταξύ των γονιδίων που βρέθηκαν να απελευθερωθεί κατά τη διάρκεια της εξέλιξης του καρκίνου της ουροδόχου κύστης (Πίνακας 2 και Πίνακας 3), 13 ήταν κοινές και για τις δύο οδούς, 10 κάτω-ρυθμίζονται:

EEA1

,

ICA1

,

MLPH

,

MYO5B

,

MYO5C

,

PIGR

,

RAB14

,

RPH3AL

,

SYTL2

,

TBC1D30

και 3 ρυθμίζεται προς τα πάνω:

CAV1

,

ITGA5

,

MICAL1

. Για να αναζητήσετε τα γονίδια ειδικά απελευθερωθεί σε κάθε μονοπάτι, προχωρήσαμε σε δύο στάδια. 1. Έχουμε επιλέξει τα γονίδια που βρέθηκαν σημαντικά άνω ή κάτω ρυθμίζονται μόνο στο

FGFR3-

μη μεταλλαγμένη οδό όγκου ή εντός του

FGFR3

-mutated οδού όγκου. 9 κάτω-ρυθμίζονται και επιλέχθηκαν 8 έως ρυθμιζόμενα γονίδια για το

FGFR3

-μη-μεταλλαγμένη οδό όγκου και επιλέχθηκαν 11 κάτω-ρυθμιζόμενα γονίδια για το

FGFR3-

μεταλλαγμένο οδού όγκου (Πίνακας S3, αριστερή στήλη). 2. Χρησιμοποιήσαμε το στατιστικό τεστ SAM να συγκριθεί η έκφραση των επιλεγμένων γονιδίων στην ομάδα όγκου του ίδιου στάδιο, αλλά με αντίθετο

FGFR3

κατάσταση μετάλλαξης (Πίνακας S3, δεξιά στήλη).

SYTL1

ήταν σημαντικά κάτω-ρυθμίζονται στο T2-4 (

FGFR3

-μη-μεταλλαγμένο) ομάδα του όγκου, ενώ

LEPRE1

,

MICAL2

,

RAB23

και

STXBP1

ήταν σημαντικά πάνω ρυθμισμένα στην ίδια ομάδα όγκου (Πίνακας 4 και Σχήμα 7? δούμε συνοπτικά στο Σχήμα 2). Δεν γονίδιο βρέθηκε να απελευθερωθεί ειδικά για τις

FGFR3-

μεταλλαγμένων όγκων.

Η έκφραση του

SYTL1

,

LEPRE1

,

MICAL2

,

RAB23

και

STXBP1

μετράται με συστοιχία Affymetrix σε φυσιολογικά δείγματα (η = 4) και

FGFR3

δείγματα -mutated όγκου (TaG1G2, n = 28? T1 , η = 13? T2-4, n = 9), και

FGFR3-

μη μεταλλαγμένη δείγματα (TAG3, η = 3? Τ1, η = 25? και T2-4, n = 63). Οι αντιπροσώπευε το 10ο εκατοστημόριο (κάτω γραμμή), το 25ο εκατοστημόριο (κάτω κουτί), το μεσαίο (μπαρ στο κουτί), το 75

ο εκατοστημόριο (κουτί επάνω) και το 90

ο εκατοστημόριο (άνω γραμμή) . Τα σημεία αντιπροσωπεύουν τα δείγματα ακραία.

SYTL1

ρυθμίζεται προς τα κάτω στο

FGFR3

-μη-μεταλλαγμένο όγκους, ενώ

LEPRE1

,

MICAL2

,

RAB23

και

STXBP1

είναι up-ρυθμίζονται.

η

Ανάλυση από συστάδες γονιδίων

στο προηγούμενο μέρος αυτής της μελέτης, χρησιμοποιήθηκε το στατιστικό τεστ SAM να αναλύει χωριστά την έκφραση κάθε γονιδίου κατά τη διάρκεια της εξέλιξης του καρκίνου της ουροδόχου κύστης. Για να διερευνηθεί αν ένα σύμπλεγμα Rab (που αποτελείται από μια δεδομένη πρωτεΐνη Rab και αλληλεπιδρώντας εταίρων της, βλέπε Σχήμα 4 και Σχήμα S1) θα μπορούσε να συνδεθεί ειδικά με την εξέλιξη του καρκίνου της ουροδόχου κύστης, χρησιμοποιήσαμε τη στατιστική διωνυμική δοκιμή για να προσδιοριστεί εάν το ποσοστό των γονιδίων απελευθερωμένης εντός ενός δεδομένο σύμπλεγμα Rab ήταν σημαντικά μεγαλύτερο από το ποσοστό που λαμβάνεται από την ανάλυση όλα τα Rab και Rab αλληλεπιδρώντα γονίδια πρωτεϊνών. Αυτή η δοκιμή εφαρμόστηκε για κάθε συστάδα Rab μέσα σε κάθε ομάδα όγκου και τα αποτελέσματα φιλτράρονται με το κατώφλι pValue & lt? 1%. Είναι ενδιαφέρον, το σύμπλεγμα Rab27 περάσει αυτό το όριο για τις ομάδες του όγκου T2-4 τόσο η

FGFR3-

μη μεταλλαγμένη και μεταλλαγμένα μονοπάτια του όγκου (Πίνακας 5 και Πίνακας S4? Δούμε συνοπτικά στο Σχήμα 2). Εκτός από την

Rab27a

και

RAB27B

, τα γονίδια κάτω-ρυθμίζονται σε αυτό το σύμπλεγμα περιλαμβάνουν

GCC2

,

MLPH

,

RPH3AL

,

SYTL1

και

SYTL2

.

Η

τα γονίδια που σχετίζονται με τον πολλαπλασιασμό

για να αξιολογηθεί η ενδεχόμενη σύνδεση της απελευθερωμένης γονιδίων που αναφέρονται στο Πίνακας 2 και πίνακας 3 με τον κυτταρικό πολλαπλασιασμό, υπολογίσαμε έναν συσχετισμό Pearson μεταξύ της έκφρασης τους και εκείνη του γονιδίου δείκτη πολλαπλασιασμού:

MKI67

[29]. Για την ανάλυση αυτή, μεταξύ των 6 ομάδες που έχουν συσταθεί για τη μελέτη αυτή, θα συνεργαστεί με τις δύο ομοιογενείς ομάδες όγκου με την αύξηση του αριθμού των δειγμάτων: η Ta G1 /G2 (

FGFR3

-mutated) ομάδα του όγκου (28 δείγματα) και το στάδιο T2-4 (

FGFR3

-μη-μεταλλαγμένο) ομάδα του όγκου (63 δείγματα). Εμείς πρώτα παρατηρήσει, όπως αναμενόταν, ότι η έκφραση του

MKI67

ήταν σημαντικά υψηλότερη στην T2-4 (

FGFR3

μη-μεταλλαγμένο) ομάδα από ό, τι στο Ta G1 /G2 (

FGFR3

-mutated) ομάδα (περίπου 3 φορές? δοκιμασία Student, ρ = 8.8E-10). Εμείς επιλέξαμε να φιλτράρετε τις τιμές συσχέτισης Pearson με το όριο: | r | & Gt? 0.479 (pVal & lt? 1%) για το Ta G1 /G2 (

FGFR3

-mutated) ομάδα του όγκου και | r | & Gt? 0.323 (pVal & lt? 1%) για την T2-4 (

FGFR3

-μη-μεταλλαγμένο) ομάδα όγκου. Η έκφραση ενός γονιδίου θεωρήθηκε να συσχετίζεται με την έκφραση του

MKI67

εάν το pValue & lt? 1% με αμφότερες τις ομάδες του όγκου. Η έκφραση του

KIF20A

και

ZWINT

συσχετίζονται, ενώ η έκφραση του

MYO5C

ήταν αντιστρόφως ανάλογη με την έκφραση του

MKI67

(Σχήμα 8 και στον πίνακα S5? δούμε συνοπτικά στο Σχήμα 2)

Ο συντελεστής συσχέτισης Pearson (r) μεταξύ της έκφρασης των γονιδίων απελευθερωμένη και την έκφραση του γονιδίου δείκτη πολλαπλασιασμού,

MKI67

, υπολογίστηκε για.

FGFR3

-mutated όγκοι στην ομάδα TaG1G2 (n = 28) και για το

FGFR3

νον-μεταλλαγμένο όγκοι στην ομάδα T2-4 (n = 63). Η έκφραση των γονιδίων απελευθερωμένης ως συνάρτηση του

MKI67

έκφραση παρουσιάζεται στο TaG1G2

FGFR3

-mutated όγκων (πάνω σχήματα) και σε T2-4 μη μεταλλαγμένο όγκους (χαμηλότερα ποσοστά). Μόνο τα οικόπεδα για τα συσχετίζονται γονίδια που παρουσιάζονται (p & lt? 1%, το οποίο αντιστοιχεί σε συντελεστή συσχέτισης, | r | πάνω από 0.479 για το

FGFR3

-mutated ομάδα του όγκου και άνω 0,323 για το

FGFR3

-μη-μεταλλαγμένο ομάδα του όγκου).

Η

γονιδίων που σχετίζονται με τη διαφοροποίηση

Η ίδια ανάλυση έγινε για να αξιολογηθεί η συσχέτιση της απελευθερωμένης γονιδίων με τη διαδικασία διαφοροποίησης των ουροφόρων κυττάρων. Οι uroplakin γονίδια

UPK1A

,

UPK1B

,

UPK2

,

UPK3A

και

UPK3B

, κωδικοποίηση ουροδόχου κύστης-ειδικούς δείκτες [ ,,,0],30] – [33] και τα δύο γονίδια

GRHL3

[34] και

FOXA1

[28], το οποίο κωδικοποιεί για παράγοντες μεταγραφής, χρησιμοποιήθηκαν ως δείκτες της ουροθηλιακό διαφοροποίησης. Χρησιμοποιήσαμε τα ίδια δύο ομάδες όγκου όπως παραπάνω. Τα αποτελέσματα της συσχέτισης Pearson διηθούνται με τα ίδια όρια ως ανωτέρω και θεωρήσαμε ότι η έκφραση ενός γονιδίου συσχετίζεται με την έκφραση ενός άλλου γονιδίου, αν η pValue ήταν λιγότερο από 1% και για τις δύο ομάδες του όγκου. Τα αποτελέσματα φαίνονται στον Πίνακα 6 και τον Πίνακα S6. Επτά γονίδια βρέθηκαν να συσχετίζονται με το δείκτη διαφοροποίησης τουλάχιστον ένα ουροφόρων:

ANKRD27

,

MLPH

,

MYO5B

,

RAB11A

,

RAB11FIP1

,

RAB20

και

SYTL2

. Δύο γονίδια βρέθηκαν να συσχετίζονται αντιστρόφως με δείκτη διαφοροποίησης τουλάχιστον ένα ουροθηλιακό:.

CASP1

και

Rab27a

(βλέπε συνοπτικά στο Σχήμα 2)

Η

Η γονιδιακή έκφραση στα κύτταρα NHU στον πολιτισμό

Κανονική ανθρώπινη ουροφόρων κύτταρα (κύτταρα NHU) μπορούν να αναπτυχθούν σε καλλιέργεια για ένα πεπερασμένο αριθμό χωρίων, έως ότου τεθεί σε γήρανση. Πριν από τη γήρανση, η διαφοροποίηση μπορεί να διεγείρεται με ανάπτυξή τους σε συγκεκριμένα μέσα. Εδώ κύτταρα NHU, μετά το πέρασμα, είτε αναπτύχθηκαν σε μη διαφοροποίηση συνθήκες (έλεγχος) ή στη διαφοροποίηση συνθήκες (παρουσία ενός EGFR (υποδοχέας επιδερμικού αυξητικού παράγοντα) αναστολέα και έναν ενεργοποιητή του PPARγααμμ (ενεργοποιείται από πολλαπλασιαστή περοξυσώματος υποδοχέα γάμμα)) [28]. Σε συνθήκες ελέγχου, τα κύτταρα φτάσουν σε συρροή και να γίνει αναστολή επαφής, ενώ σε συνθήκες διαφοροποιούνται επίσης να σταματήσει να αυξάνεται, αλλά αρχίζουν να εκφράζουν δείκτες των ουροφόρων διαφοροποίηση τερματικού, όπως οι uroplakins (UPKs).

Χρησιμοποιήσαμε δεδομένα Affymetrix της κύτταρα NHU σε διαφορετικές συνθήκες να εξετάσουμε την έκφραση των γονιδίων προηγουμένως βρέθηκε να σχετίζεται με όγκους με πολλαπλασιασμό ή διαφοροποίηση δείκτες. Τα δεδομένα έκφρασης NHU λήφθηκαν σε διαφορετικούς χρόνους μετά τη διέλευση: 6 ώρες, 1 ημέρα, 3 ημέρες και 6 ημέρες, με ή χωρίς μέσο διαφοροποίησης. Όπως φαίνεται στο Σχήμα 9, η έκφραση του

KIF20A

και

ZWINT

μειώθηκε σε καλλιέργειες που κατεργάζονται με το μέσο διαφοροποίησης, όπως επίσης και σε καλλιέργειες ελέγχου μετά την επίτευξη συρροής, υποδεικνύοντας μια σύνδεση αυτών των δύο γονιδίων με πολλαπλασιασμό. Σε αυτό το μοντέλο,

MYO5C

δεν ήταν συνδεδεμένο με τον πολλαπλασιασμό, όπως παρατηρείται στα δεδομένα έκφρασης όγκου, αλλά με διαφοροποίηση (αυξημένη έκφραση στο μέσο διαφοροποίησης αλλά όχι στο μέσο ελέγχου). Μεταξύ των 7 γονιδίων συσχετίζονται θετικά με δείκτες διαφοροποίησης στους όγκους, 6 πράγματι προκαλείται από το μέσο διαφοροποίησης (

MLPH

,

MYO5B

,

RAB11A

,

RAB11FIP1

,

RAB20

και

SYTL2

), αλλά όχι

ANKDR27

. Κανένα από τα δύο γονίδια αντιστρόφως ανάλογη με τη διαφοροποίηση (

CASP1

και

Rab27a

) ήταν κάτω-ρυθμίζονται κατά τη διαφοροποίηση στα κύτταρα NHU.

Η έκφραση των γονιδίων που βρέθηκαν να είναι που σχετίζονται με πολλαπλασιασμό ή διαφοροποίηση σε όγκους μετρήθηκαν σε φυσιολογικά urothelial κύτταρα (NHU) σε καλλιέργεια σε τέσσερις διαφορετικούς χρόνους μετά τη διέλευση: 6 ώρες, 1 ημέρα, 3 ημέρες και 6 ημέρες σε συνθήκες διαφοροποίησης (με την παρουσία ενός αναστολέα του EGFR και ενεργοποιητή του PPARγααμμ στο μέσο NHU) ή σε μη διαφοροποίηση συνθήκες (μέσο NHU μόνο).

η

Συζήτηση

Growing στοιχεία δείχνουν ότι οι Rab πρωτεΐνες και τελεστές τους εμπλέκονται στην εξέλιξη του καρκίνου , τόσο ως ανασταλτικά και παράγοντες προαγωγής. Ωστόσο, απ ‘όσο γνωρίζουμε δεν υπάρχει συστηματική μελέτη έχει αντιμετωπίσει απορρύθμιση τους κατά τη διάρκεια της εξέλιξης του καρκίνου. Σε αυτή τη μελέτη, έχουμε εντοπίσει αρκετά γονίδια που κωδικοποιούν για RABS και πρωτεΐνες Rab-αλληλεπιδρούν των οποίων η έκφραση είναι απελευθερωμένη κατά τη διάρκεια παθογένεση του καρκίνου της ουροδόχου κύστης.

Καταλληλότητα του μοντέλου δύο πορείες

Με βάση την κλινική και μοριακή απόδειξη