Αφηρημένο

χρωμοσωμική αστάθεια (CIN) διαδραματίζει έναν κρίσιμο ρόλο στην ανάπτυξη των όγκων και εμφανίζεται κυρίως ως συνέπεια της είτε ανώμαλο διαχωρισμό των φυσιολογικά χρωμοσώματα (MSG) ή δομική αναδιάταξη (SR). Ωστόσο, λίγα είναι γνωστά για τις αντίστοιχες χρωμοσωμικές στόχους της MSG και SR και τον τρόπο που αυτές οι διαδικασίες συνδυάζονται σε όγκους να δημιουργήσει CIN. Για την αντιμετώπιση αυτών των ζητημάτων, θα καρυοτυπήθηκαν μια συνεχόμενη σειρά από 96 σχεδόν διπλοειδή του παχέος εντέρου (CRCs) και διακρίνονται χρωμοσωμικές αλλαγές που δημιουργούνται είτε MSG ή SR σε καρκινικά κύτταρα. Ογδόντα τρεις όγκους (86%) παρουσιάζονται με χρωμοσωμικές ανωμαλίες που περιείχε δύο Μηνύματα και σοσιαλεπαναστάτες σε διάφορους βαθμούς, ενώ όλα τα άλλα 13 (14%) παρουσίασαν φυσιολογικό καρυότυπο. Χρησιμοποιώντας μια μέγιστη πιθανότητα στατιστική μέθοδο, τα χρωμοσώματα που επηρεάζονται από MSG ή SR και πιθανόν να αντιπροσωπεύουν τις αλλαγές που έχουν επιλεγεί για τη διάρκεια της προόδου του όγκου βρέθηκαν να είναι διαφορετικά και ως επί το πλείστον αλληλοαναιρούνται. Μηνύματα και σοσιαλεπαναστάτες δεν συνδέθηκαν τυχαία μέσα σε όγκους, οριοθετούν δύο μεγάλες πορείες των μεταβολών χρωμοσωμάτων που αποτελείτο είτε από κέρδη χρωμοσώματος με MSG ή χρωμοσωμικές απώλειες τόσο από MSG και SR. CRCs δείχνει μικροδορυφορικού αστάθεια (MSI) παρουσιάζονται είτε με φυσιολογικό καρυότυπο ή χρωμόσωμα κέρδη, ενώ MSS (μικροδορυφόρων σταθερό) CRCs παρουσίασαν ένα συνδυασμό των δύο οδών. Λαμβανόμενα μαζί, αυτά τα δεδομένα παρέχουν νέες γνώσεις για την αντίστοιχη εμπλοκή των MSG και SR σε σχεδόν διπλοειδή καρκίνους του παχέος εντέρου, που δείχνουν πώς αυτές οι διαδικασίες στοχεύουν διακριτά τμήματα του γονιδιώματος και να οδηγήσει σε συγκεκριμένα μοτίβα των χρωμοσωμικών αλλαγών σύμφωνα με την κατάσταση MSI.

Παράθεση: Muleris Μ, Χαλαστάνης Α, Meyer Ν, Lae Μ, Dutrillaux Β, Sastre-Garau Χ, et al. (2008) Αστάθεια Χρωμοσωμικές στην Εγγύς διπλοειδή Καρκίνος του παχέος εντέρου: μια σύνδεση μεταξύ των αριθμών και δομή. PLoS ONE 3 (2): e1632. doi: 10.1371 /journal.pone.0001632

Ακαδημαϊκό Επιμέλεια: Dong-Yan Jin, Πανεπιστήμιο του Χονγκ Κονγκ, Κίνα

Ελήφθη: 8 του Οκτωβρίου του 2007? Αποδεκτές: 21 Ιαν 2008? Δημοσιεύθηκε: 20 Φεβρουαρίου 2008

Copyright: © 2008 Muleris et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Αυτό το έργο εν μέρει χρηματοδοτήθηκε από την Ένωση pour la Recherche contre le καρκίνο (ARC n ° 3946) και GEFLUC (Groupement des entreprises Françaises dans la Λουτ contre le καρκίνο). AC ήταν αποδέκτης μιας υποτροφίας από le Ministère Français de la Recherche (MRT)

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

έχει αποδειχθεί ότι τα χρωμοσώματα εμφανίζουν μη τυχαίες αλλαγές στα καρκινικά κύτταρα. Αυτές περιλαμβάνουν τις διαρθρωτικές ανακατατάξεις (SRS), π.χ. διαγραφές, ενισχύσεις ή μετατοπίσεις που προκύπτουν από τα διαλείμματα του DNA, καθώς και μεταβολές στον αριθμό των απροσβλήτων χρωμοσωμάτων, που είναι γνωστή ως missegregations ολόκληρο χρωμόσωμα (Μηνύματα), που προέρχονται από λάθη στην κυτταρική διαίρεση (μίτωση). Ως αποτέλεσμα της συσσώρευσης αυτών των διαδικασιών, χρωμοσωμική αστάθεια (CIN) είναι γνωστό ότι παίζει βασικό ρόλο στην ανάπτυξη του όγκου. Ωστόσο, λίγα είναι γνωστά για την ακριβή συμβολή των MSG και SR σε CIN και αν δρουν συνεργικά κατά τη διάρκεια της εξέλιξης του όγκου. Αν και χρωμοσωμική αναδιάταξη είναι μια καλά τεκμηριωμένη διαδικασία που σχετίζεται με ογκογένεση, η συμβολή της σε ολόκληρο χρωμόσωμα ανευπλοειδία για την ανάπτυξη των όγκων εξακολουθεί να είναι το αντικείμενο της διαμάχης. Οι καρκίνοι του παχέος εντέρου (CRCs) έχουν ταξινομηθεί σε δύο μεγάλες μοριακές υποτύπους: CIN και MSI (για «αστάθεια μικροδορυφόρου», που ονομάζεται επίσης MIN). MSI CRCs αντιπροσωπεύουν περίπου το 15-20% των σποραδικών καρκίνων του παχέος. Είναι ένα καλά καθορισμένο υποτύπο που προκύπτει από την απώλεια της επιδιόρθωσης του DNA αναντιστοιχία λειτουργία (MMR), δευτερογενώς προς αδρανοποίηση του MMR γονίδια. Παραλείποντας να επισκευάσει αυθόρμητη σφάλματα που συμβαίνουν κατά τη διάρκεια της αναπαραγωγής, οι όγκοι αυτοί συσσωρεύουν μεταλλάξεις μετατόπισης πλαισίου που επηρεάζουν ογκοκατασταλτικά γονίδια που περιέχουν αλληλουχίες που κωδικοποιούν επανάληψης [1]. Οι MSI όγκων πιστεύεται ότι είναι σχεδόν διπλοειδή με λίγα, εάν υπάρχουν, ανωμαλίες καρυοτυπικής. Αντίθετα, CIN βρέθηκε να συμβεί σε καρκίνους μη-MSI (ή MSS για «μικροδορυφόρων σταθερή»), που αντιπροσωπεύουν τη μεγάλη πλειονότητα των CRCs και είναι ικανό για την αναντιστοιχία επισκευή. Αν και παρατηρείται σε περίπου το 80% των σποραδικών όγκων παχέος εντέρου, ο φαινότυπος CIN είναι πιο ακαθόριστα από MSI. Αρχικά χρησιμοποιήθηκε για να περιγράψει όγκους που εμφανίζουν ένα υψηλό βαθμό ενδοκυτταρικής ετερογένειας στον αριθμό των χρωμοσωμάτων, εξακριβωθεί με μετρήσεις για ένα περιορισμένο αριθμό χρωμοσώματος ειδικές κεντρομεριδίων [2], CIN περαιτέρω χρησιμοποιείται για να περιγράψει καρκίνους είτε με ανευπλοειδικών ή πολυπλοειδών περιεχόμενο DNA, όπως μετράται με κυτταρομετρία ή κυτταρογενετικής, ή πολλαπλά κέρδη ή διαγραφές των χρωμοσωμάτων ή στα χέρια των χρωμοσωμάτων, ή συχνές απώλειες ετεροζυγωτίας (ΑΕ). Προς το παρόν, δεν υπάρχει συναίνεση για την πειραματική προσέγγιση που πρέπει να χρησιμοποιούνται ή το ελάχιστο ποσοστό της χρωμοσωμικής αστάθειας απαιτούνται για τον καθορισμό CIN όγκους. Αυτό έχει ως αποτέλεσμα σε πολλά τρέχοντα σύγχυση στη βιβλιογραφία όσον αφορά τη σχέση μεταξύ της MSI και CIN μετά από τη μέθοδο που χρησιμοποιείται για την εκτίμηση CIN σε τέτοιες CRCs. Παρά το γεγονός ότι MSI και CIN θεωρήθηκαν αλληλοαποκλείονται, τόσο τα προηγούμενα δεδομένα μας και οι πρόσφατες μελέτες δείχνουν ότι ορισμένοι όγκοι MSI μπορεί επίσης να παρουσιάζουν ενδείξεις CIN, αν και η έκταση και η φύση αυτής της επικάλυψης μένει να καθοριστεί [3] – [8].

Κυτταρογενετικής παρέχει μια μορφολογική προσέγγιση για CIN ότι σε σύγκριση με μοριακές μελέτες επιτρέπει να διακρίνουν εύκολα Μηνύματα της SRS. Εδώ, χρησιμοποιήσαμε αυτή την προσέγγιση για να χαρακτηρίσει ακριβέστερα CIN σε μια συνεχόμενη σειρά από 96 σχεδόν διπλοειδή παχέος πρωτοπαθείς όγκους που προοπτικά συλλέγονται κατά τη διάρκεια μιας περιόδου 10 ετών. Κοντά-διπλοειδή όγκους επιλέχθηκαν λόγω της ασάφειας που εμπλέκονται στον καθορισμό των κερδών και ζημιών σε πολυπλοειδών όγκους που έχουν υποστεί ενδοαναδιπλασιασμό. Πράγματι, η ερμηνεία όλων των αριθμητικών χρωμοσωμικών αλλαγών που παρατηρούνται σε έναν όγκο τριπλοειδή για παράδειγμα, είναι εντελώς διαφορετική αν η όγκου θεωρείται ως ένα διπλοειδές όγκου που έχει κερδίσει πολλά χρωμοσώματα ή ότι έχει υποστεί ενδοαναδιπλασιασμό με περαιτέρω επακόλουθες απώλειες χρωμόσωμα να φθάσουν τριπλοϊδία. Στην παρούσα εργασία, κοντά-διπλοειδή CRCs ορίστηκαν ως εκείνες με αριθμό χρωμοσωμάτων μεταξύ 35 και 57, σύμφωνα με το Διεθνές Σύστημα για Κυτταρογενετική ονοματολογία [9]. Αποτελούν 50,2% του αρχικού μας σειρά καρυοτυπήθηκαν CRCs (τα δεδομένα δεν φαίνονται), η οποία είναι συνεπής με προηγούμενες μελέτες που έχουν δείξει το διπλοειδές κλάσμα του ΚΕΣ να είναι περίπου 40% ([10], για ανασκόπηση). Ερευνήσαμε λεπτομερώς τη φύση και τους στόχους της CIN σε αυτούς τους όγκους. Με τη διάκριση χρωμοσωμικές αλλαγές που προκύπτουν από την MSG ή SR, ήμασταν σε θέση να καταρτίσει μια λίστα των χρωμοσωμάτων ή χρωμοσωμική περιφέρειες που καλύπτονται από MSG και SR και να μελετήσει πώς οι διεργασίες αυτές συνδέθηκαν εντός των όγκων στη δημιουργία CIN. Έχουμε, επίσης, κοίταξε για διαφορές στη φύση των CIN μεταξύ MSI και MSS υποτύπους της CRC. Νέες ιδέες σχετικά με τον ρόλο των CIN στο CRC ελήφθησαν που μας επέτρεψε να προτείνει μια νέα προοπτική για την καρκινογένεση σε σχεδόν διπλοειδή CRCs η οποία λαμβάνει υπόψη τόσο κυτταρογενετικής και μοριακής χαρακτηριστικά τους.

Αποτελέσματα

Missegregations και δομικές αναδιατάξεις χρωμοσωμάτων στοχεύουν διακριτών τμημάτων του γονιδιώματος του όγκου σε εγγύς-διπλοειδή CRCs

μια σειρά από 96 σχεδόν διπλοειδή ορθοκολικούς όγκους αναλύθηκαν μεταξύ των οποίων 13 περιπτώσεις έδειξε μια φυσιολογικό καρυότυπο. Ο συνολικός αριθμός των κερδών σε ολόκληρο το χρωμόσωμα ήταν συγκρίσιμη με εκείνη των ζημιών σε ολόκληρο το χρωμόσωμα (224 και 189 αντίστοιχα, chi2 = 2.96, p = 0.10). κέρδη και ζημίες που αφορούν μεμονωμένα χρωμοσώματα (συμπληρωματικός Πίνακας S2) σε ολόκληρο το χρωμόσωμα συνενώθηκαν και η κατανομή των missegregated χρωμοσωμάτων ελέγχθηκε χρησιμοποιώντας μια πιθανότητα στατιστική μοντελοποίηση. Οι συχνότητες των ανώμαλο διαχωρισμό χρωμοσωμάτων για μεμονωμένες κυμαίνονταν από 0-54% (Σχήμα 1Α). Η υψηλότερη πιθανότητα παρατηρήθηκε για δύο ομάδες που περιέχουν 12 χρωμοσώματα το καθένα, με p1 = 0,42, p2 = 0,13 και α = 0,46. Η πρώτη ομάδα αποτελείται, με τη μείωση της συχνότητας των ανώμαλο διαχωρισμό, τα χρωμοσώματα 18, 20, Υ, 13, 7, Χ, 12, 14, 15, 8, 4 και 6. Αυτή η ομάδα είναι πιθανό να αντιπροσωπεύει χρωμοσώματα στόχος του οποίου ανώμαλο διαχωρισμό επιλέγεται για τη διάρκεια η εξέλιξη του όγκου. Για τις περισσότερες από αυτές τις χρωμοσωμάτων, μια σαφής τάση παρατηρήθηκε προς είτε κέρδος (χρωμοσώματα 7, 12, 13, 20 και Χ) ή απώλεια (χρωμοσώματα 4, 14, 15, 18 και Y) (Εικόνα 1Β). Η δεύτερη ομάδα είναι πιθανόν να αντιπροσωπεύουν το φόντο της χρωμοσωμικής αστάθειας που συμβαίνουν από την MSG σε όγκους παχέος εντέρου. Η ίδια προσέγγιση εφαρμόστηκε για τα χρωμοσώματα που εμπλέκονται στις διαρθρωτικές ανακατατάξεις. Συχνότητες των αναδιατάξεων για μεμονωμένα χρωμοσώματα κυμαίνονταν μηδέν έως 42,7% (σχήμα 1Γ). Η πιθανότητα στατιστική μοντελοποίηση (p1 = 0,38, p2 = 0,07, α = 0,58) υποδηλώνει ότι μεταξύ των χρωμοσωμάτων που εμπλέκονται στην σοσιαλεπαναστάτες, τα χρωμοσώματα μόνο 17, 1, 8, 13, 6, 5, 11, 10, 9 και 4, ενδέχεται να αντιπροσωπεύουν χρωμοσώματα στόχου που έχουν επιλεγεί για τη διάρκεια της προόδου του όγκου. Για όλα αυτά τα χρωμοσώματα, εκτός από 4, 9 και 11, μια σαφής τάση παρατηρήθηκε προς κάθε κέρδος χρωμόσωμα βραχίονα (8q, 13q και 17q) ή απώλειας (1ρ, 5q, 6q, 8p, 10q και 17p) (Σχήμα 1D). Μεταξύ του συνόλου των ανισορροπιών που προκύπτουν από σοσιαλεπαναστάτες, διαγραφές ήταν δύο φορές πιο συχνή από ό, τι τα κέρδη (197 έναντι 101, αντίστοιχα, chi2 = 30.92, p & lt? 0.001, βλέπε συμπληρωματικό πίνακα S3). Μια συλλογή των χρωμοσωμικών στόχων για MSG και SR αναπαρίσταται στο σχήμα 2. Με εξαίρεση τα χρωμοσώματα 4, 6, 8 και 13, αυτοί ήταν αμοιβαία αποκλειόμενες (χρωμοσώματα 7, 12, 14, 15, 18, 20, Χ, Υ για MSG σε σύγκριση με τα χρωμοσώματα 1, 5, 9, 10, 11, 17 για SR), επισημαίνοντας το γεγονός ότι αυτές οι διαδικασίες στοχεύουν κυρίως διακριτά τμήματα του γονιδιώματος του όγκου σε εγγύς-διπλοειδή CRCs.

Οι συχνότητες των MSG (Α) με αντιπροσωπεύονται προκύπτοντα κέρδη και ζημίες (Β) και συχνότητες SR (Γ) τους με προκύπτοντα κέρδη και ζημίες τους (D). Η διακεκομμένη γραμμή αντιπροσωπεύει την τιμή αποκοπής που υποδεικνύεται από την πιθανότητα στατιστική μοντελοποίηση που κάνει διακρίσεις χρωμοσωμάτων που είναι πιθανό να επιλεγούν κατά τη διάρκεια της προόδου του όγκου (κόκκινο) από εκείνα που αποτελούν το υπόβαθρο της χρωμοσωμικής αστάθειας (γκρι). Στην Β και D, κάθε γραμμή αντιπροσωπεύει το ποσοστό απώλειας (κάτω) ή κέρδος (άνω) ενός χρωμοσώματος (Β) ή βραχίονα του χρωμοσώματος (D, p χέρι πρώτα, και μετά βραχίονα q για μη ακροκεντρικός χρωμοσώματα).

Μεταξύ των χρωμοσωμάτων ή βραχίονες χρωμοσωμάτων που είναι πιθανό να επιλεγούν για κατά τη διάρκεια της εξέλιξης του όγκου σύμφωνα με την πιθανότητα μοντελοποίηση (βλέπε σχήματα 1Β και 1D), μόνο εκείνα για τα οποία είχαν διατηρηθεί μια τάση δηλωτικός προς κάθε κέρδος ή ζημία (δοκιμή chi2 , κάτω από την μηδενική υπόθεση, οι αριθμοί των κερδών και ζημιών θα πρέπει να είναι ομοιόμορφα κατανεμημένα). απώλειες χρωμοσωμικές (μπλε φόντο) και τα κέρδη (κόκκινο φόντο) διακρίνονται.

Η

Αποδεικτικά στοιχεία για την προτιμησιακή ενώσεις μεταξύ των μεταβολών των χρωμοσωμάτων

Ο συνολικός αριθμός των χρωμοσωμάτων missegregated ανά όγκο κυμαίνονταν 0-14 (μέση τιμή = 4.53 ± 3.08) και των αναδιατάσσονται χρωμοσώματα 0-15 (μέση τιμή = 4.44 ± 3.66). Χρησιμοποιώντας γραμμική συσχέτιση αναλύσεις για τις 83 όγκους παρουσιάζοντας παθολογικός καρυότυπος, ο αριθμός των χρωμοσωμάτων αναδιατάσσονται διαπιστώθηκε ότι δεν πρέπει να συσχετίζεται με γεγονότα ανώμαλο διαχωρισμό εντός των όγκων (r = 0,20, p = 0,07). Όταν τα κέρδη και οι ζημίες σε ολόκληρο το χρωμόσωμα διακρίθηκαν, ο αριθμός των κερδών σε ολόκληρο το χρωμόσωμα και ανακατατάξεις χρωμοσώματα ήταν αντιστρόφως ανάλογη (r = -0.31, p = 0,004), ενώ η αύξηση του αριθμού των ζημιών σε ολόκληρο το χρωμόσωμα παράλληλα ότι του αναδιατάσσονται χρωμοσωμάτων (r = 0,69, p = 4,07 10

-13).

επόμενο διερευνώνται για πιθανή προνομιακή ενώσεις από τις πιο συχνές ανισορροπίες χρωμόσωμα που δημιουργούνται είτε MSG ή SR, δηλαδή εκείνους που ήταν πιθανό να επιλεγεί στο CRCs σύμφωνα με τη μέθοδο πιθανότητα. Μια συστηματική ανάλυση των δύο με δύο ενώσεων μεταξύ 29 χρωμοσωμικές ανισορροπίες (406 δυνατότητες) έδειξε 51 ενώσεις (45 θετικές και 6 αρνητικές) που ήταν σημαντικές στη σειρά του όγκου (p = 0.05) (συμπληρωματικός Πίνακας S4). Γνωρίζουμε ότι, λαμβάνοντας υπόψη ότι 406 αναλύσεις, θα μπορούσε να αναμένεται ότι 20 από αυτά τα 51 σημαντικές συσχετίσεις παρατηρήθηκαν κατά τύχη και μόνο (ψευδώς θετικά) στο ρ = 0.05 επίπεδο. Χρησιμοποιώντας ένα ρ = 0.01 επίπεδο, 16 σημαντικές συσχετίσεις βρέθηκαν (Σχήμα 3) που είναι τέσσερις φορές περισσότερο από τον αριθμό των ψευδώς θετικών ήταν αναμενόμενο, την επικύρωση έτσι την ύπαρξη προτιμησιακών ενώσεων. Μια ρ = 0.05 επίπεδο διατηρήθηκε για την ανάλυση. Μεταξύ των 45 θετικές συσχετίσεις, οι περισσότεροι (84%) που συμμετέχουν αποκλειστικά απώλειες ή κέρδη (27 και 11, αντίστοιχα) σε σύγκριση με το 7, που παρουσίασαν κέρδη αναμιγνύεται με απώλειες (16%). Είκοσι (44,5%) παρουσίασαν οι ενώσεις της MSG με SR εκδηλώσεις σε σύγκριση με 15 (33,3%) και 10 (22,2%) που συμμετείχαν αποκλειστικά Μηνύματα ή σοσιαλεπαναστάτες, αντίστοιχα. Με το συνδυασμό όλων των αποτελεσμάτων από δύο-από-δύο ενώσεις των χρωμοσωμικών ανωμαλιών που παρατηρήθηκαν σε ΚΕΣ δύο κύριες ομάδες των χρωμοσωμικών ανωμαλιών ήταν οριοθετηθεί (Εικόνα 3). Η πρώτη ομάδα περιλαμβάνει μόνο ολόκληρο το χρωμόσωμα κέρδη που προκύπτουν από MSG (13, 20, 7, + X, 12 και 6), ενώ η δεύτερη ομάδα αποτελείται κυρίως από χρωμοσωμικών απώλειες μέσω της MSG και SR (-18, -17p , -Υ, -1p3, -8p, + 8q, -14, + 13q, -15, -4, + 17q, 8, 6, -10q2, -11q, -9p, -8, -4p, – 11P, -9q και -6, κατά φθίνουσα σειρά εμφάνισης). Ένας ανήλικος ομάδα που δεν σχετίζονται με τις δύο πρώτες ομάδες αποτελούνταν από μια προνομιακή σχέση μεταξύ -4q και -5q.

Σχηματική αναπαράσταση της μελέτης σύνδεσης δύο με δύο παρουσιάζονται στον συμπληρωματικό πίνακα S4. Τα θετικά (συνεχείς γραμμές) και αρνητικό (διακεκομμένες γραμμές) ενώσεις αντιπροσωπεύονται από παχιά και λεπτές γραμμές δείχνουν σημαντικές ενώσεις σε p = 0,01 και 0,05, αντίστοιχα. Το μέγεθος του κάθε κουτιού είναι ανάλογη με την συχνότητα της αλλαγής, σε ολόκληρο το χρωμόσωμα ή τα κέρδη βραχίονα του χρωμοσώματος (κόκκινο φόντο), καθώς και οι απώλειες του χρωμοσώματος ή διαγραφές (μπλε φόντο) να διακρίνονται. Οι προτιμησιακές συσχετίσεις μεταξύ των μεταβολών που αφορούν τα δύο χέρια του ίδιου χρωμοσώματος, όπως -8p και + 8q, ή -17p και + 17q, πρέπει να ερμηνεύονται με προσοχή, δεδομένου ότι προέρχονται κυρίως από ένα και μόνο γεγονός σχηματισμό isochromosome. Για παράδειγμα, το κέρδος του 17q φαίνεται να είναι μια παρενέργεια της διαγραφής 17p μέσω isochromosome σχηματισμό 17q (10/11 όγκους με 17q αύξηση παρουσίασαν επίσης απώλεια 17p ενώ 17p απώλεια μόνη παρατηρήθηκε σε επιπλέον 30 όγκοι), ενώ τόσο 8ρ απώλεια και το κέρδος 8q θα μπορούσε να παράσχει κύτταρα όγκου με ένα επιλεκτικό πλεονέκτημα δεδομένου ότι παρόλο που συνδέονται σε 20 όγκους, αυτές οι αλλαγές παρατηρήθηκαν επίσης ανεξάρτητα σε 8 και 7 όγκους, αντιστοίχως (βλέπε επίσης Σχήμα Συμπληρωματική S1). Μερικά αρνητικούς συνειρμούς (μεταξύ 13 και + 13q, 8 και + 8q, 8 και -8p) θα μπορούσε επίσης να οφείλεται στο γεγονός ότι αναφέρονται στο ίδιο χρωμόσωμα.

Η

CIN σύμφωνα με MSI σε του παχέος εντέρου

Η κατάσταση MSI των 66 όγκων, που καθορίζεται σύμφωνα με τα διεθνή κριτήρια, έδειξε 20 MSI και 46 MSS CRCs. Δεδομένου ότι οι όγκοι MSI γνωστό ότι είναι σχεδόν διπλοειδές ΚΕΣ οδήγησε σε εμπλουτισμό των περιπτώσεων MSI σε ομάδα ασθενών μας που περιορίζεται σε σχεδόν διπλοειδή CRCs (30% δηλαδή 20/66 σε σύγκριση με την αναμενόμενη συχνότητα εμφάνισης 15-20% στη συνολική CRCs). Αυτό μας επέτρεψε να ληφθεί μια επακόλουθη σειρά όγκων MSI προκειμένου να συγκριθεί κυτταρογενετική χαρακτηριστικά τους με εκείνη της πιο συχνές υποτύπου MSS. Τα κλινικοπαθολογοανατομικών χαρακτηριστικά των όγκων που παρουσιάζονται στον Πίνακα 1 και συμπληρωματικό πίνακα S1. Όλες οι μεταβλητές εκτός από τη θέση του όγκου, κατανεμημένα ισομερώς στις δύο υποσύνολα. Μεταξύ των 10 όγκους με φυσιολογικό καρυότυπο των οποίων MSI κατάσταση καθορίστηκε, 7 ήταν MSI, επιβεβαιώνοντας την υψηλή συχνότητα της MSI σε μη-CIN CRCs. Παγκόσμια συγκρίσεις μεταξύ MSS και οι όγκοι MSI έδειξε ότι η τελευταία ομάδα έμεινε πολύ κοντά στο διπλοειδίας και εμφάνισαν σημαντικά μικρότερη Μηνύματα (μέση τιμή των 1,45 έναντι 5,82 για τους όγκους MSS, p = 3 × 10

-10) και σοσιαλεπαναστάτες (μέση τιμή 1,30 έναντι 5,02 για MSS όγκων, p = 1,2 × 10

-6) (Πίνακας 1). Αξίζει να σημειωθεί ότι, οι λίγες παρατηρούμενη missegregations αποτελούνταν κυρίως από τα κέρδη ολόκληρου του χρωμοσώματος με πολύ σπάνιες απώλειες σε ολόκληρο το χρωμόσωμα ενώ MSS όγκους παρουσιάζονται με πιο πολύπλοκα CIN συμπεριλαμβανομένων τόσο MSG και SR που οδηγούν σε συνδυασμό κέρδη και τις ζημίες της χρωμοσωμικό υλικό. Ισορροπημένη ανακατατάξεις ήταν σχετικά σπάνια, αλλά δεν διέφεραν σημαντικά μεταξύ MSI και MSS CRCs (Πίνακας 1).

Η

Η κατάταξη του ΚΕΣ

Παρά την ύπαρξη προτιμησιακών δύο με δύο συλλόγους για την μερικές χρωμοσωμικές ανωμαλίες, δεν καταφέραμε να τηρήσει μια ταξινόμηση των όγκων σε διαφορετικές ομάδες χρησιμοποιώντας ανεξέλεγκτους ιεραρχική ανάλυση συστάδων βασίζεται σε χρωμοσωμικές ανωμαλίες με ένα σημαντικό διάστημα εμπιστοσύνης (bootstrap τεχνική διέγερσης). Αυτό υποστηρίζει την απουσία των διαθέσιμων κριτήρια που οριοθετούν διαφορετικά υποσύνολα σχεδόν διπλοειδή CRCs σύμφωνα με CIN.

Συζήτηση

Σε αντίθεση με ορισμένα αιμοποιητικών όγκους ή σαρκώματα, καρκινώματα δεν χαρακτηρίζονται από τα γεγονότα μετατόπιση που συγχωνεύονται ένα ογκογονιδίου σε μια ακατάλληλη υποκινητή. Πράγματι, στις περισσότερες επιθηλιώματα, χρωμοσωμική αστάθεια προχωρά μέσω δύο κύριους μηχανισμούς, ανώμαλο διαχωρισμό που οδηγεί σε ανευπλοειδία μέσω του κέρδους ή της ζημίας του πλήρους χρωμοσωμάτων, και άνιση διαρθρωτικές ανακατατάξεις (ασύμμετρη μεταθέσεις, παραλείψεις, ισοχρωμοσώματα, …) που οδηγούν στην απώλεια ή /και αύξηση των χρωμοσωμικών περιοχών. Αναλύσαμε εδώ μια μεγάλη σειρά από κοντά-διπλοειδή του παχέος εντέρου από την κλασική κυτταρογενετική να διακρίνει χρωμοσωμική ανισορροπιών που προκύπτουν από αυτές τις δύο μηχανισμούς. Η χρήση της πιθανότητας στατιστικών μοντέλων βοήθησε να καθορίσει αλλοιώσεις χρωμοσωμάτων που είναι πιθανό να επιλεγούν κατά τη διάρκεια της εξέλιξης του όγκου και έτσι να αυξηθεί πάνω από το υπόβαθρο του χρωμοσωμικής αστάθειας. Τα εξαιρετικά χαρακτηριστικά είναι ότι ανώμαλο διαχωρισμό και διαρθρωτικές ανακατατάξεις οδηγούν σε χρωμοσωμικές ανισορροπίες που είναι ως επί το πλείστον αλληλοαναιρούνται και συνδυάζονται για να δημιουργήσουν CIN σε όλους σχεδόν τους όγκους που ελέγχθηκαν, γεγονός που υποδηλώνει ότι οι χρωμοσωμικές διαταραχές που δημιουργούνται από MSG και σοσιαλεπαναστάτες θα μπορούσαν να έχουν συμπληρωματικό και όχι αθροιστική δράση στην CRCs.

το γενικό σχέδιο των χρωμοσωμικών ανισορροπίες που παρατηρούνται σε σχεδόν διπλοειδή CRCs είναι συνεπής με προηγούμενες αναφορές που χρησιμοποιούνται και άλλες προσεγγίσεις, όπως CGH για το γονιδίωμα-ευρεία αξιολόγηση του αριθμού αντιγράφων του DNA σε καρκίνους του παχέως εντέρου (για επισκόπηση βλέπε [11]) . Ωστόσο, τα ερωτήματα για το πώς οι missegregations και ανακατατάξεις που διανέμονται και πώς οι μεταβολές συνδέονται εντός των όγκων σπάνια έχουν αντιμετωπιστεί [12], [13]. Τα στοιχεία μας δείχνουν ότι οι διαρθρωτικές ανακατατάξεις συσσωρεύονται ταυτόχρονα με απώλειες σε ολόκληρο το χρωμόσωμα κατά τη διάρκεια της εξέλιξης της εγγύς-διπλοειδή CRCs. Αντίθετα, τα κέρδη και τις ανακατατάξεις σε ολόκληρο χρωμόσωμα, είναι αντιστρόφως ανάλογα. Συνολικά, οι προτιμησιακές ενώσεις που βρέθηκαν να οριοθετηθούν δύο οδούς αλλαγές χρωμοσώματος που ευνόησαν τη συσσώρευση είτε χρωμοσωμικών απώλειες ή κέρδη χρωμοσώματος σε κύτταρα όγκου του ορθού και ότι δεν αλληλοαναιρούνται. Ενδιαφέρον, MSG και SR υψηλά συνεργάζονται για την οδό της χρωμοσωμικής απωλειών που σχετίζεται με τη λεγόμενη μονοπάτι LOH αφού οδηγεί σε συχνές χρωμοσωμικές απώλειες του ίδιου τόπων όπως αυτές προσδιορίζονται από ΑΕ σε CRCs, π.χ. 17ρ, 18 και άλλα που περιέχουν γονίδια καταστολής όγκου. Στην άλλη οδό, CIN οδηγεί αποκλειστικά στην συσσώρευση των κερδών σε ολόκληρο το χρωμόσωμα μέσω μιας διαδικασίας που περιλαμβάνει ανώμαλο διαχωρισμό recurrently κερδίζει χρωμοσωμάτων 20, 13, 7, Χ, 12 και 6. αρνητικές ενώσεις για μερικές ανισορροπίες παρατηρούνται επίσης (12 και – 15, 12 και -17p, και 6 και -1p) υποδηλώνοντας ότι ο συνδυασμός αυτών των ανωμαλιών θα ήταν επιβλαβής για τα κύτταρα του όγκου. Όλα μαζί αυτά τα δεδομένα δίνουν μια νέα αντίληψη για τον τρόπο MSG και SR συνδυάζουν κατά τη διάρκεια της εξέλιξης του εγγύς-διπλοειδή CRCs, υποδηλώνοντας ότι η σύνδεση των χρωμοσωμικών ανισορροπιών και όχι απομονωμένη χρωμοσωμικές μεταβολές θα ήταν λειτουργική σημασία αυτής της διαδικασίας.

Από αστάθεια μικροδορυφόρου έχει περιγραφεί ως εναλλακτικό μηχανισμό για ορθοκολικό κύτταρα να γίνουν κακοήθη, μπορούμε επίσης έναντι κυτταρογενετικής μεταβολές στην εγγύς-διπλοειδή CRCs σε σχέση με την κατάσταση μικροδορυφορικών τους. Όπως ήταν αναμενόμενο, MSI όγκοι προτίμηση βρίσκεται στο εγγύς κόλον. Είναι ενδιαφέρον ότι, οι απώλειες της ολικής χρωμοσώματα ήταν πολύ σπάνια στην MSI CRCs και παρατηρήθηκε μια καθαρή τάση για αύξηση της ολικής χρωμόσωμα. Τα δεδομένα μας είναι σύμφωνα με κάποιες προηγούμενες παρατηρήσεις αναφέρουν ότι τα κέρδη των χρωμοσωμάτων αποτελούν ένα συχνό χαρακτηριστικό της MSI CRCs. Πράγματι, οι πρώτες μελέτες από την ομάδα μας χρησιμοποιώντας καρυότυπο καταδειχθεί σε ένα μικρό δείγμα των όγκων που MSI CRCs εμφανίζεται είτε ένα φυσιολογικό καρυότυπο ή χρωμόσωμα κέρδη χωρίς ή με λίγες αναδιατάξεις [3]. Μεταγενέστερες μελέτες σε μεγαλύτερες σειρές όγκων MSI αναλύθηκαν χρησιμοποιώντας το χρωμόσωμα συγκριτικής γονιδιωματικής υβριδοποίησης (CGH) ή συστοιχία με βάση CGH (aCGH) έχουν αναφέρει ότι τα κέρδη των χρωμοσωμάτων ή /και τους βραχίονες των χρωμοσωμάτων αποτελούν τις πιο συχνές ανισορροπίες χρωμόσωμα στο MSI CRCs [4], [ ,,,0],6] – [8]. Ωστόσο, σε μια σειρά εγγράφων, MSI και CIN θεωρούνται ως επί το πλείστον αλληλοαναιρούνται. Αξίζει να σημειωθεί ότι σε αυτά τα έγγραφα, CIN έχει εκτιμηθεί μέσω της ανάλυσης ΑΕ. Πράγματι, από τις αρχές της μελέτης της Thibodeau [14], πολλές εκθέσεις έδειξαν ότι ΑΕ γεγονότα που σπάνια συναντά κανείς σε MSI CRCs ([15] – [18], για παράδειγμα). Ενδιαφέροντος, κυτταρογενετική είναι μια μορφολογική προσέγγιση κατάλληλη για την ανίχνευση τόσο των χρωμοσωμικών κέρδη και οι ζημίες που σχετίζονται με CIN. Χρησιμοποιώντας τη μέθοδο αυτή, αναφέρουμε εδώ ως επί το πλείστον χρωμοσωμικές κέρδη και μόνο λίγες χρωμοσωμικές απώλειες σε MSI ΚΕΣ και καταλήγουν στο συμπέρασμα ότι, όπως οι όγκοι είναι πράγματι CIN + στις περισσότερες των περιπτώσεων (65%). Συνεπώς, μπορεί να θεωρηθεί ότι οι αντιφατικά αποτελέσματα που έχουν ληφθεί μετά από τη χρήση της ανάλυσης LOH είναι πιθανό να είναι οφείλεται, τουλάχιστον εν μέρει, σε μια εσφαλμένη εκτίμηση του CIN σε αυτές τις μελέτες. Μια μεγαλύτερη σειρά MSI CRCs πρέπει τώρα να αναλυθούν προκειμένου να διευκρινιστούν οι πιο συχνές χρωμοσωμικές κέρδη που παρατηρείται σε αυτούς τους όγκους. Ωστόσο, η συνύπαρξη των CIN και MSI δεν πρέπει να λαμβάνεται ως κανόνας, ειδικά από 20 MSI όγκων σε σειρά μας, 7 (35%) εμφάνισαν μια αυστηρά φυσιολογικό καρυότυπο.

Αντίθετα με MSI CRCs που παρουσιάζονται με ένα κανονικό συμπλήρωμα χρωμοσωμάτων ή κυρίως με κέρδη χρωμόσωμα, οι συνδυασμοί των δύο χρωμοσωμικών οδούς που περιγράφηκαν παραπάνω (χρωμοσωμικές κέρδη και ζημίες) βρέθηκαν στο MSS CRCs. Τέλος, βρήκαμε ένα υποσύνολο του εγγύς διπλοειδών όγκους MSS που είναι μικροδορυφορικών και σταθερή χρωμοσωματική συνεπής με προηγούμενες αναφορές [4], [5], [16], [19] – [22]. Λαμβάνοντας υπόψη το γεγονός ότι 3 συμπληρωματική όγκους με φυσιολογικό καρυότυπο ήταν άγνωστης κατάστασης μικροδορυφόρων, θα μπορούσε να αναμένεται ότι ένα τέτοιο υποσύνολο των όγκων ούτε MSI ούτε CIN θα αποτελούν μόνο ένα μικρό κλάσμα του σχεδόν διπλοειδή CRCs δηλαδή 3 (3/96) έως 6 % (6/96) και έτσι ίσως λιγότερο από το 3% του συνόλου των CRCs. Παρά το γεγονός ότι 13 από τους 96 όγκους σε σειρά μας δεν εμφανίζουν χρωμοσωμική αστάθεια, μένει να επιβεβαιωθεί αν είναι ή όχι σχετίζονται με ΑΕ μέσω αινιγματική μηχανισμών, όπως η μονογονεϊκή δισωμία ή μιτωτική ανασυνδυασμού.

CIN έτσι φαίνεται να παίζει ένα ρόλο τόσο στην MSI και MSS ορθοκολικούς όγκους, αλλά εναλλακτικές μορφές χρωμοσωμικών γεγονότων θα μπορούσε να επιλεγεί για σε σχεδόν διπλοειδή CRCs ανάλογα με την παρουσία ή την απουσία του MSI. Παρά τις παρατηρήσεις αυτές, χωρίς επίβλεψη ιεραρχική ανάλυση συστάδων εκτελούνται στη σειρά μας δεν μπόρεσε να διαχωρίσει όγκων βάσει των χρωμοσωμικών ανωμαλιών. Αυτό ασυμφωνία με τα αποτελέσματα που αναφέρονται από Trautmann et al. [7] μπορεί να οφείλεται σε ένα μικρότερο αριθμό όγκων στη μελέτη τους (46 περιπτώσεις) και με το γεγονός ότι αυτοί οι συγγραφείς δεν δοκιμαστεί η εμπιστοσύνη των αποτελεσμάτων ανάλυσης διασποράς τους. Είναι συνεπής με τη διαπίστωση του χωρίς συγκεκριμένες αλλαγές για MSI όγκους, οι πιο επαναλαμβανόμενα κέρδη σε όγκους MSI παρατηρούνται επίσης σε όγκους MSS.

Το θέμα των βιολογικών συνεπειών των μη-τυχαία ανισορροπίες που παρατηρούνται σε ορθοκολικό καρκίνωμα συζητείται ακόμα. Θεωρείται γενικά ότι χρωμοσωμική απώλειες παρέχουν βελτιωμένη πιθανότητα απενεργοποιήσεως ογκοκατασταλτικών γονιδίων. Ωστόσο, τα τρέχοντα μοντέλα της ογκογένεσης γενικά αποτυγχάνουν να περιλαμβάνει ένα πιθανό ρόλο για τα κέρδη χρωμόσωμα. Γενικότερα, χρωμοσωμική αστάθεια θα μπορούσε να παρέχει ένα πλεονέκτημα ανάπτυξης στο κύτταρο του καρκίνου προκαλώντας εκτεταμένες αλλαγές στη γονιδιακή έκφραση μέσω αυξημένο κυτταρικό πολλαπλασιασμό ή μειωμένη κυτταρικό θάνατο. Ωστόσο, λόγω της μεταγραφικής ρύθμισης, η σχέση μεταξύ του αριθμού αντιγράφων του DNA αλλαγές και διαταραχές στην έκφραση γονιδίων θα μπορούσε να είναι πιο περίπλοκη από μια απλή επίδραση δοσολογίας. Είναι ενδιαφέρον, Tsafrir et al. [23] απέδειξαν πρόσφατα ότι η έκφραση των μεγάλων ομάδων των συνεχόμενων γονίδια στο MSS ορθοκολικό καρκίνωμα ποικίλλει με συντονισμένο τρόπο και αντανακλά κέρδος ή ζημία της αντίστοιχης χρωμοσωμικής τμήμα. Με βάση τις διαφορές που παρατηρήθηκαν μεταξύ MSS και όγκους MSI, προτάθηκε μια υποθετική μοντέλο για καρκινογένεση. Μπορεί να υποτεθεί ότι σε MSS σχεδόν διπλοειδή όγκους, συνδυασμός της οδού των κερδών χρωμοσώματος με εκείνη της χρωμοσωμικής απώλειες είναι απαραίτητο να στοχεύουν τόσο ογκογονίδια surexpression και όγκου γονίδια καταστολής αδρανοποίηση αντίστοιχα, ενώ σε όγκους MSI, οι παρατηρούμενες κέρδη χρωμοσωμάτων πιθανό αποτέλεσμα σε μία αυξημένη έκφραση του θεωρούμενου ογκογονιδίων που θα ήταν συμπληρωματική προς την απώλεια της λειτουργίας του πλαισίου συμβάντα μεταλλάξεως που επηρεάζει ογκοκατασταλτικά γονίδια που περιέχουν ακολουθίες κωδικοποίησης επανάληψης (Σχήμα 4).

όγκους MSS, συνδυασμός της οδού των κερδών χρωμοσώματος με εκείνη της χρωμοσωμικής απώλειες είναι απαραίτητο να στοχεύουν τόσο ογκογονίδια (ONC) και ογκοκατασταλτικά γονίδια (TSG), αντίστοιχα. Σε όγκους MSI, η οδός των κερδών χρωμοσώματος συχνά παρατηρείται ότι η εν λόγω χρωμοσωμικών απώλειες είναι σπάνια. Σε αυτούς τους όγκους, ωστόσο, η απώλεια των γεγονότων λειτουργίας παρατηρούνται συχνά ως συνέπεια της μετατόπισης πλαισίου μεταλλάξεις σε αλληλουχίες κωδικοποίησης μικροδορυφορικών. MSG, ανώμαλο διαχωρισμό? SR, διαρθρωτικές ανακατατάξεις.

Η

Είναι γνωστό ότι η MSI CRCs μείνετε κοντά-διπλοειδή ενώ ένα υποσύνολο των MSS CRCs γίνει πολυπλοειδών, ενδεχομένως μέσω μιας διαδικασίας ενδοαναδιπλασιασμό [24]. Όπως έχει ήδη αναφερθεί, πολυπλοειδών CRCs δεν θα μπορούσαν να συμπεριληφθούν στην ανάλυση μας, λόγω της ασάφειας να διακρίνει χρωμοσωμικές κέρδη από τις απώλειες σε τέτοιες CRCs. Παρ ‘όλα αυτά, αξίζει να σημειωθεί ότι κυτταρογενετική δεδομένων μας σχετικά με το υποσύνολο των σχεδόν διπλοειδή CRCs είναι σε συμφωνία με το προφίλ CGH από μια μετα-ανάλυση που περιλαμβάνει συνολικά 859 CRCs όλων πλοειδίας επίπεδα [11]. Έχει, επίσης, να σημειωθεί ότι η μελέτη κοόρτης των ασθενών μας είναι προκατειλημμένη όσον αφορά την ένταξη των οικογενειακών υποθέσεων. Όπως αναφέρεται στον συμπληρωματικό πίνακα S1, 3 από 96 ασθενείς με CRCs αναγνωρίστηκαν ως ασθενείς με οικογενή αδενωματώδη πολυποδίαση, έτσι ώστε να είναι απίθανο ότι η συμπερίληψη αυτών των ασθενών θα μπορούσε να ωθείται τα συνολικά αποτελέσματα. Δεδομένου ότι δεν υπήρχε ούτε δεδομένων οικογενειακό ιστορικό των ασθενών, ούτε μετάλλαξη βλαστικής σειράς προσυμπτωματικού ελέγχου για MLH1 ή MSH2, είναι πιθανό ότι ορισμένα άτομα με πρώιμη έναρξη MSI CRC που συμμετείχαν σε αυτή τη μελέτη έτρεφε κληρονομικά μη πολυποδίαση όγκων. Ακόμη και αν η κυτταρογενετική δεδομένα που σχετίζονται με το MSI CRCs είτε νωρίς (ηλικία ≤50 ετών κατά το χρόνο της χειρουργικής επέμβασης) ή όψιμη έναρξη (ηλικίας & gt? 50 χρόνια) ήταν εδώ βρέθηκε να είναι αρκετά παρόμοιο με το κυρίως χωρίς σημαντική διαφορά όσον αφορά τον αριθμό των όγκων που δείχνουν ένα φυσιολογικό καρυότυπο (βλέπε συμπληρωματική πίνακες S1, S2 και S3), θα ήταν ενδιαφέρον να ερευνήσει περαιτέρω τους ασθενείς με οικογενή CRCs προσδιορίζονται με βάση αυστηρά κριτήρια.

Η μορφολογική προσέγγιση που χρησιμοποιείται για να αναλύσει την χρωμοσωμική αστάθεια στο εγγύς διπλοειδή ορθοκολικό καρκίνωμα αναδεικνύει τη συμμετοχή της missegregative γεγονότα που επηρεάζουν φυσιολογικά χρωμοσώματα, ιδιαίτερα κέρδη χρωμόσωμα, σε παχέος καρκινογένεση. Η δουλειά μας είναι ιδιαίτερα ενδεικτικά της συμμετοχής της ανευπλοειδίας σε CRCs μέσω της επιλογής ανώμαλο διαχωρισμό γεγονότα που συνεργάζονται με άλλα γεγονότα που δημιουργούνται σε αυτούς τους όγκους μέσω χρωμοσωματικών αναδιατάξεων ή αστάθεια μικροδορυφορικού. Περαιτέρω μελέτες που βασίζονται σε transcriptomic και πρωτεομική προσέγγιση είναι πλέον αναγκαίο να διευκρινιστούν τα λειτουργικά συνέπειες των γονιδιωματικής μονοπάτια που έχουμε χαρακτηρίζεται εδώ, λαμβάνοντας υπόψη τα άλλα μοριακά χαρακτηριστικά του ΚΕΣ.

Υλικά και Μέθοδοι

δείγματα όγκων

τα στοιχεία συλλέχθηκαν κατά τη διάρκεια μιας συστηματικής κυτταρογενετική ανάλυση του παχέος εντέρου που λειτουργούν στο Ινστιτούτο Curie, στο Παρίσι. Για την παρούσα μελέτη, επιλέξαμε σχεδόν διπλοειδή όγκων, δηλαδή με μέση αριθμό χρωμοσωμάτων μεταξύ 35 και 57 σύμφωνα με τα διεθνή κριτήρια [9]. Χρησιμοποιήσαμε 96 όγκοι που προκύπτουν από 94 ασθενείς, με δύο ασθενείς που έχουν metachronous όγκους. Τρεις ασθενείς παρουσιάζονται με τυπικό σύνδρομο με οικογενή αδενωματώδη πολυποδίαση. Επειδή δεν υπήρχε ούτε δεδομένα ιστορικού οικογένεια των ασθενών ούτε βλαστικής σειράς διαλογής μετάλλαξη για MLH1 ή MSH2, δεν μπορούμε να αποκλείσουμε την παρουσία των κληρονομικών μη πολυποδίαση ορθοκολικό καρκίνο στη σειρά των όγκων. Οι κλινικοπαθολογοανατομικών χαρακτηριστικά της ηλικίας του ασθενούς και το φύλο, τη θέση του όγκου και Astler Coller στάσης που προβλέπονται στο συμπληρωματικό πίνακα S1.

κυτταρογενετική ανάλυση

κυτταρογενετική ανάλυση διεξήχθη σε φρέσκο ​​όγκων μετά από χειρουργική επέμβαση για τις περισσότερες περιπτώσεις ή σε ενδοσκοπική βιοψίες σε ορισμένες περιπτώσεις, σύμφωνα με τη συνήθη πρωτόκολλο μας [12]. Μηχανική κατάτμηση των ιστών και να βραχυπρόθεσμη καλλιέργεια για 24-48 ώρες επιτεύχθηκε το TC 199 συμπληρωμένο με 20% ανθρώπινου ορού και αντιβιοτικών. Οι καλλιέργειες συλλέχθηκαν με μία μέθοδο συγχρονισμού θυμιδίνης στις περισσότερες περιπτώσεις. Θυμιδίνης προστέθηκε στο μέσο καλλιέργειας σε τελική συγκέντρωση 0,3 mg /ml. Μετά από 17 ώρες, το μέσο καλλιέργειας απομακρύνθηκε, τα κύτταρα πλύθηκαν δύο φορές και επωάστηκαν σε φρέσκο ​​μέσο για 8 ώρες συμπεριλαμβανομένης μιας θεραπείας 3-ώρες με κολσεμίδη. Τα κύτταρα σταθεροποιήθηκαν και απλώθηκαν σε γυάλινες πλάκες και ανάλυση διεξήχθη επί καρυοτυπήθηκαν κύτταρα μετά από R-banding. Στις περισσότερες όγκους, παρατηρήθηκαν τα κύτταρα με ανώμαλη σχετίζεται στενά με συμπληρώματα χρωμόσωμα. Τα κύτταρα θεωρούνται ως κλώνος όταν τουλάχιστον δύο είχαν την ίδια δομική ανωμαλία ή τρισωμία, ή τουλάχιστον τρία είχαν την ίδια μονοσωμία [9]. Σύγκριση των κλώνων οδήγησε στην ανασυγκρότηση της χρωμοσωμικής εξέλιξη του όγκου [25]. θεωρήθηκαν μόνο χρωμοσωμικές ανωμαλίες που παρατηρήθηκαν σε κλώνους και υποκλώνους. Συμμετοχή των μεμονωμένων χρωμοσωμάτων σε ανώμαλο διαχωρισμό και ανακατατάξεις βαθμολογήθηκαν ξεχωριστά, μαζί με την προκύπτουσα χρωμοσωμικές ανισορροπίες τους (συμπληρωματικοί πίνακες S2 και S3). Λεπτομερείς πληροφορίες σχετικά με δομικές ανωμαλίες που ορίζεται από τη ζώνη ή υπο-band είναι επίσης εφοδιασμένο (Συμπληρωματική Εικόνα S1).