Αφηρημένο

Ιστορικό

Η αναγνώριση των πρόσθετων προγνωστικοί δείκτες για τη βελτίωση διαστρωμάτωση κινδύνου και να αποφευχθεί η υπερβολική θεραπεία είναι μια από τις πιο επείγουσες κλινικές ανάγκες στον καρκίνο του προστάτη (PCA). Τα microRNAs, είναι σημαντικοί ρυθμιστές της γονιδιακής έκφρασης, υπόσχονται βιοδείκτες σε διάφορες οντότητες του καρκίνου, αν και ο αντίκτυπος ως προγνωστικοί παράγοντες πρόβλεψης στο PCA είναι ελάχιστα κατανοητή. Ο σκοπός αυτής της μελέτης ήταν να προσδιοριστούν συγκεκριμένες miRNAs ως πιθανοί προγνωστικοί δείκτες σε προστάτη υψηλού κινδύνου και να επικυρώσει τις κλινικές επιπτώσεις τους.

Μεθοδολογία και ΚΥΡΙΟΤΕΡΑ ΑΠΟΤΕΛΕΣΜΑΤΑ

Πραγματοποιήσαμε ανάλυση miRNA-μικροσυστοιχιών σε ένα ομάδα μελέτης του προστάτη υψηλού κινδύνου που επιλέγεται από την κλινική έκβαση τους (κλινική επιβίωση χωρίς εξέλιξη (CPFS) έναντι κλινική αποτυχία (CF)). Εμείς εντοπίστηκαν επτά υποψήφιες miRNAs (

ας-7a /b /c, miR-515-3p /5P, -181b, -146b

, και

-361

) που έδειξαν διαφορική έκφραση μεταξύ των δύο ομάδες. Περαιτέρω ανάλυση qRT-PCR αποκάλυψε κάτω ρύθμιση των μελών του

ας-7

οικογένεια στην πλειοψηφία μιας μεγάλης, καλά χαρακτηρίζεται προστάτη ομάδα υψηλού κινδύνου (n = 98). Έκφραση του

ας-7α

/

β

/και

-c

συσχετίστηκε με κλινικές παραμέτρους έκβασης αυτής της ομάδας. Ενώ

ας-7α

δεν έδειξαν συσχέτιση ή συσχέτιση με κλινικά σχετικά στοιχεία,

ας-7b

και

ας-7c

συνδέθηκαν με κυστική ίνωση σε ασθενείς προστάτη και λειτούργησε εν μέρει ως ανεξάρτητος προγνωστικός δείκτης. Επικύρωση των δεδομένων χρησιμοποιώντας μια ανεξάρτητη ομάδα μελέτης υψηλού κινδύνου αποκάλυψε ότι

ας-7b,

αλλά όχι

ας-7c,

έχει επιπτώσεις ως ανεξάρτητος προγνωστικός δείκτης για BCR και CF. Επιπλέον, εντοπίσαμε

HMGA1

, μια μη-ιστόνης πρωτεΐνη, όπως ένα νέο στόχο του

ας-7b

και βρέθηκε συσχέτιση του

ας-7b

κάτω ρύθμιση με HMGA1 υπερέκφραση στην πρωτοβάθμια δείγματα προστάτη.

Συμπέρασμα

Τα ευρήματά μας ορίσετε ένα ξεχωριστό προφίλ έκφρασης των miRNAs σε περιπτώσεις προστάτη με πρώιμη CF και προσδιορίζονται

ας-7b

ως προγνωστικό βιοδείκτη σε προστάτη υψηλού κινδύνου. Η μελέτη αυτή υπογραμμίζει τη σημασία της

ας-7b

ως ογκοκατασταλτικό miRNA στον προστάτη υψηλού κινδύνου και παρουσιάζει μια βάση για τη βελτίωση της ατομικής θεραπείας για τους ασθενείς του προστάτη υψηλού κινδύνου

Παράθεση:. Schubert Μ, Spahn M, Kneitz S, Scholz CJ, Joniau S, Stroebel P, et al. (2013) Ξεχωριστά microRNA Έκφραση Προφίλ στον καρκίνο του προστάτη ασθενείς με πρώιμη κλινική αποτυχία και τον αντίκτυπο της

ας-7

ως προγνωστικός δείκτης σε υψηλού κινδύνου του καρκίνου του προστάτη. PLoS ONE 8 (6): e65064. doi: 10.1371 /journal.pone.0065064

Επιμέλεια: Zoran Culig, Innsbruck Medical University, Αυστρία

Ελήφθη: 17 Δεκεμβρίου, 2012? Αποδεκτές: 20 Απρίλη 2013? Δημοσιεύθηκε: 14, Ιουνίου, 2013

Copyright: © 2013 Schubert et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Η παρούσα δημοσίευση χρηματοδοτήθηκε από το γερμανικό Ίδρυμα Ερευνών (DFG) και το Πανεπιστήμιο του Wuerzburg στο πρόγραμμα χρηματοδότησης Open Access Publishing, μια επιχορήγηση Ferdinand Eisenberger της Deutsche Gesellschaft für Urologie (γερμανική Εταιρεία Ουρολογίας), να χορηγούν ID ScM1 /FE-11? και IZKF (Διεπιστημονικό Κέντρο Κλινικής Έρευνας), το Πανεπιστήμιο του Würzburg, να χορηγούν ID Z-03.14. Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

ο καρκίνος του προστάτη (PCA) είναι η πιο κοινή κακοήθεια μεταξύ των ανδρών στην Ευρώπη, με εκτιμώμενη επίπτωση των 345.900 το 2006 [1]. Η φυσική πορεία της νόσου είναι ετερογενής, που κυμαίνονται από νωχελικός σε άκρως επιθετικό καρκίνο που μεθίσταται σε πρώιμο στάδιο προκαλώντας πόνο και τον πρόωρο θάνατο. Τρέχουσα διαστρωματώσεις κινδύνου όπως χαμηλής /ενδιάμεσης /και προστάτη υψηλού κινδύνου δεν επαρκούν για να προβλέψει την κλινική έκβαση. Ακόμη και άνδρες με υψηλού κινδύνου προστάτη (PSA & gt? 20 ng /ml και /ή βιοψία Gleason σκορ ≥8 και /ή κλινικό στάδιο ≥ Τ3) αντιπροσωπεύουν μια ετερογενή ομάδα ασθενών. Παρόλο που χαρακτηρίζεται ως μια ομάδα που έχει φτωχότερα κλινικό αποτέλεσμα μεταξύ όλων των ομάδων υψηλού κινδύνου, μόνο μέχρι το 30% αναπτύσσουν μεταστάσεις και πεθαίνουν λόγω της νόσου τους [2] – [4]. Ως εκ τούτου, νέα προγνωστικούς βιοδείκτες απαιτούνται επειγόντως για την καλύτερη ομάδες υψηλού κινδύνου υπο-διαστρωμάτωση, να προσδιορίσει το θανατηφόρο ασθένεια, τελικά αποφυγή υπερθεραπεία, και να βελτιώσει την ατομική θεραπεία. Ο προσδιορισμός των δεικτών πρόγνωσης, ειδικά για το θανατηφόρο ασθένεια, είναι σχεδόν αδύνατο σε ένα μη επιλεγμένο συλλογική PCa. Αν και υψηλού κινδύνου προστάτη ομάδες δείχνουν τώρα πολύ καλύτερα από τα αναμενόμενα αποτελέσματα, εξακολουθούν να αντιπροσωπεύουν μια ιδανική ομάδα για να εντοπίσει τους παράγοντες που συσχετίζονται με τη θανατηφόρο ασθένεια.

Υπάρχουν αυξανόμενες ενδείξεις ότι η microRNAs (miRNA) είναι κατάλληλοι υποψήφιοι για το ανάπτυξη αυτών των βιοδεικτών. MiRNAs είναι μικρά μη-κωδικοποίησης κλώνων RNA που ρυθμίζουν την έκφραση των γονιδίων στο μετα-μεταγραφικό και μεταφραστικό επίπεδο. Οι ατομικές Mirs χαρακτηριστεί είτε ως καταστολείς όγκων ή ογκογονίδια (oncomiRs) [5].

Αρκετές αναφορές περιγράφουν PCA-συγκεκριμένες υπογραφές έκφραση των miRNAs, όμως το είδος των ρυθμιζόμενων miRNAs είναι διαφορετικές. Συμφωνία υπάρχει μεταξύ των μελετών από το ότι η πλειονότητα των miRNAs είναι ρυθμισμένα προς τα κάτω στα δείγματα προστάτη [6] – [10]. Παρά το γεγονός ότι ένας συσχετισμός με το στάδιο του όγκου και της ποιότητας περιγράφηκε για αρκετές Mirs ενδιαφέρον τους ως προγνωστικοί δείκτες για την πρόβλεψη σκληρό κλινικές παραμέτρους, όπως η κλινική αποτυχία ή θάνατο σχετίζονται με τον καρκίνο, παραμένει περιορισμένη [8], [11] – [14]. Ωστόσο, υπάρχουν πολλά υποσχόμενες προσεγγίσεις για την ανίχνευση της συνοχής μεταξύ αλλαγμένη έκφραση συγκεκριμένων miRNAs και εξέλιξη της νόσου. Larne και συνεργάτες εντοπίστηκαν πρόσφατα ένα miRNA με βάση το μοντέλο multimarker ως προγνωστικό εργαλείο για την πρόοδο σε προστάτη [15]. Ομάδα εργασίας μας περιγράφεται προηγουμένως

miR-221

να είναι ένας προγνωστικός δείκτης για την επανεμφάνιση της νόσου σε υψηλού κινδύνου προστάτη [16].

Μερικά από τα πιο συχνά αναφέρονται Mirs που δείχνουν προς τα κάτω ρύθμιση σε προστάτη είναι μέλη του

ας-7

οικογένειας [6], [9], [17], [18]. Αυτή η οικογένεια αποτελείται από πολλά μέλη, των οποίων η ποικιλομορφία είναι διακριτή από τις ισομορφές (

γράμ-

7

a-g, -i, miR-98

). Η έκφραση κάποιων

ας-7

μέλη δείχθηκε να είναι ρυθμίζεται προς τα κάτω σε διάφορες άλλες καρκίνο φορείς, καθώς, όπως του μαστού, των ωοθηκών, και καρκίνο του πνεύμονα [19] – [21]. Γνωστή σχετικούς στόχους του

ας-7

είναι ογκογονίδια όπως

Ras

,

cmyc

,

ΕΖΗ2

και

HMGA2

[17] [22] – [24], που δείχνει μια συνάρτηση του όγκου-κατασταλτικό του

ας-7

ρυθμίζοντας ογκογονίδια που εμπλέκονται ειδικά στην ανάπτυξη και την αυτο-ανανέωση ικανότητα των κυττάρων του προστάτη. Πιο πρόσφατα δείχθηκε ότι τα βλαστικά κύτταρα του προστάτη χαρακτηρίζεται από την προς τα κάτω ρύθμιση του

ας-7

μέλη της οικογένειας και ότι

ας-7

είναι κρίσιμο ρόλο στην ογκογενετικότητας με τον έλεγχο της σηματοδότησης των υποδοχέων των ανδρογόνων, πολλαπλασιασμό και διαφοροποίηση [25] – [27]. Ωστόσο, ο ρόλος του

ας-7

μέλη της οικογένειας ως προγνωστικοί δείκτες σε προστάτη δεν έχει περιγραφεί μέχρι τώρα.

Ο στόχος αυτής της μελέτης ήταν να προσδιορίσει miRNAs που εκφράζονται διαφορικά σε υψηλού κινδύνου PCA με διαφορετικές κλινική έκβαση. Έχουμε εντοπίσει ένα μοτίβο που αποτελείται από 7 miRNAs που σχετίζονται με την πρώιμη κλινική υποτροπή και προσδιόρισε

ας-7

τα μέλη της οικογένειας να είναι σταδιακά κάτω-ρυθμίζονται σε επιθετικούς όγκους. Σε μια μεγάλη υψηλού κινδύνου προστάτη ομάδα μας επιβεβαίωσε αυτά τα αποτελέσματα και έδειξαν ότι κάτω ρύθμιση του

γράμ-

7

β

συσχετίζεται με βιοχημική υποτροπή και κλινική αποτυχία. Επιπλέον, επιβεβαιώσαμε

ας-7b

ως ανεξάρτητος προγνωστικός δείκτης στον καρκίνο υψηλού κινδύνου σε μια ανεξάρτητη ομάδα επικύρωσης. Επιπλέον δείξαμε ότι η έκφραση του

HMGA1

, ένα μη-ιστόνης πρωτεΐνης, ρυθμίζεται από το

ας-7b

μέσω σύνδεσης με το 5’UTR του

HMGA1

. Τα αποτελέσματά μας δείχνουν ότι υψηλού κινδύνου προστάτη χαρακτηρίζεται από ένα συγκεκριμένο προφίλ miRNA και ότι η ατομική

ας-7

μέλη της οικογένειας που υπόσχεται προγνωστικοί δείκτες σε αυτή την ομάδα ασθενών.

Υλικά και Μέθοδοι

ομάδων ασθενών

Έχουμε συνεργαστεί με τρεις διαφορετικές συλλογικότητες προστάτη για τις αναλύσεις μας:

Cohort A αποτελείται από 98 φορμόλη σταθερών και ενσωματωμένα σε παραφίνη (FFPE) δείγμα ιστού από ένα καλά χαρακτηρισμένο ομάδα υψηλού κινδύνου ασθενείς προστάτη [16]. Δείτε τον πίνακα 1 για δεδομένα κλινική-παθολογική. δείγματα ιστού και κλινικά δεδομένα χρησιμοποιήθηκαν για μικροσυστοιχιών και αναλύει qRT-PCR σε microRNAs καθώς και μεταγενέστερες μελέτες συσχέτισης και σύνδεσης.

Η

Cohort Β αποτελείται από 92 δείγματα FFPE από RP. δείγμα ιστού και των δεδομένων κλινικής-παθολογική ελήφθησαν από το Τμήμα Ουρολογίας του Πανεπιστημιακού Νοσοκομείου του Leuven, στο Βέλγιο (Πίνακας 1). Η ομάδα αυτή χρησίμευσε ως συλλογική επικύρωση για να επιβεβαιώσει το ρόλο του

ας-7b

ως προγνωστικός δείκτης.

Η προεγχειρητική σταδιοποίηση στην ομάδα Α και Β που περιλαμβάνονται DRE, ένα abdominopelvic-αξονική τομογραφία (CT) και το σπινθηρογράφημα των οστών. Εισαγωγική ορμονική θεραπεία, ακτινοβολία ή χημειοθεραπεία ήταν κριτήριο αποκλεισμού. Λεμφαδένα μετάσταση και δείγματα προστάτη (ολόκληρα τμήματα mount, διαστήματα 4 mm) οργανώθηκαν και κλιμακώνονται ανάλογα με τη ΤΝΜ ταξινόμηση 2002 και το σύστημα βαθμολόγησης Gleason όπως περιγράφηκε προηγουμένως [16]. Παρακολούθηση πραγματοποιήθηκε κάθε 3 μήνες για τα πρώτα 2 χρόνια μετά την επέμβαση, κάθε 6 μήνες στα επόμενα 3 χρόνια, και στη συνέχεια ετησίως. Βιοχημική υποτροπή (BCR) ορίστηκε ως PSA ≥0.2 ng /ml σε 2 διαδοχικές επισκέψεις παρακολούθησης. Κλινική αποτυχία δηλώθηκε όταν είτε τοπικές ή απομακρυσμένες μεταστάσεις είχαν ιστολογικά αποδεδειγμένη ή να επιβεβαιώνεται από CT ή των οστών σάρωσης. Η συνολική επιβίωση (OS) ορίστηκε ως χρόνος από την RP σε θάνατο αποδίδεται σε προστάτη ή των επιπλοκών της νόσου.

Η καλοήθης υπερπλασία του προστάτη (ΚΥΠ) δείγματα που προέρχονται από δείγματα adenomectomy προστάτη. Τα δείγματα εμπεδωθεί με παραφίνη, καθώς και? περιοχές με & gt? χρησιμοποιήθηκαν 80% αδενοειδείς ιστού. Όλοι οι ασθενείς είχαν φυσιολογικά επίπεδα PSA πριν την επέμβαση και το καρκίνωμα αποκλείστηκε από ιστοπαθολογική εξέταση.

Cohort C αποτελείται από 21 δείγματα καρκίνου που λαμβάνονται από το Τμήμα Ουρολογίας του Πανεπιστημιακού Νοσοκομείου Wuerzburg, στη Γερμανία. Ζεύγη φρέσκου κατεψυγμένου ιστού προστάτη και παρακείμενο καλοήθη ιστό, χρησιμοποιήθηκαν για mRNA και miRNA απομόνωση. Αυτή η ομάδα περιλαμβάνει τους ασθενείς με μη επιλεγμένων ιστο-παθολογική δείγμα προστάτη (υψηλής, ενδιάμεσης και χαμηλής καρκίνο κινδύνου). Από την απομόνωση του mRNA του φρέσκου κατεψυγμένου δείγματος ιστού είναι πιο αποτελεσματική σε σύγκριση με την απομόνωση σε δείγματα FFPE δουλέψαμε με αυτήν την ομάδα για μελέτες συσχέτισης για έκφραση

HMGA1

και

ας-7b

. Για την ανάλυση των δεδομένων κλινικής-παθολογικές ήταν άνευ σημασίας και ως εκ τούτου δεν εμφανίζεται. Η ιστολογική αξιολόγηση πραγματοποιήθηκε από ανώτερο παθολόγο (P.S.). Νεοπλασματικές δείγματα που περιέχουν τουλάχιστον 80% κακοήθων κυττάρων χρησιμοποιήθηκαν για περαιτέρω αναλύσεις. επιλέχθηκαν περιοχές με τουλάχιστον 80% αγωγούς και χωρίς καρκινικά κύτταρα για παρακείμενο καλοήθη ιστό.

Οι μελέτες εγκρίθηκαν από την τοπική επιτροπή δεοντολογίας της ιατρικής σχολής του Πανεπιστημίου του Βίρτσμπουργκ, Γερμανία (αρ. 59/04 ) και το Καθολικό Πανεπιστήμιο Leuven, στο Βέλγιο (UZ Leuven αριθμό Μελέτη S54424? αριθμός βελγική μελέτη B322201214832)? Όλοι οι ασθενείς με την προϋπόθεση γραπτή συγκατάθεση.

μικροσυστοιχιών Ανάλυση

Για να γίνει διαλογή για τις υποψήφιες Mirs, που συσχετίζεται με κακή έκβαση 6 ιστούς ΚΥΠ και 13 δείγματα προστάτη υψηλού κινδύνου υβριδοποιήθηκαν σε microarrays (ομάδα Α) . δείγματα προστάτη υψηλού κινδύνου υποδιαιρούνται σε δύο ομάδες (ομάδα 1: CPFS (n = 7)? ομάδας. 2: CF (n = 6) (βλέπε Πίνακα 2 για λεπτομέρειες) Ένα σύνολο 668 Mirs (Ανιχνευτών 1564V2 miRVana Εφαρμοσμένων Biosysems ) εθεάθη σε διαφάνειες μικροσυστοιχιών Nexterion ™ Hisense Ε εις τετραπλούν. Χρησιμοποιήσαμε το καθαρό-Link FFPE ολικό RNA Kit Απομόνωση και η συγκέντρωση Ενότητα RiboMinus (Invitrogen) για τον καθαρισμό του RNA. Σύρετε επεξεργασία πραγματοποιήθηκε σύμφωνα με το Applied Biosystems

miR

Βάνα ™ εγχειρίδια. Τα δεδομένα μικροσυστοιχιών είναι διαθέσιμα υπό GEO αριθμό ένταξης GSE18671.

Η

εξαγωγή RNA και αντίστροφη μεταγραφή

Σύνολο εκχύλιση RNA από τα δείγματα παραφίνη-ενσωματωμένες ή κατεψυγμένο ιστό και προστάτη κυτταρικές γραμμές διεξήχθησαν χρησιμοποιώντας το ανακτήσει όλες Σύνολο Nucleic Acid Kit Απομόνωση και το ολικό RNA Extraction Kit αντίστοιχα (Ambion και miRNeasy Mini Kit, Qiagen). Ειδικές cDNA συνετέθη από το συνολικό RNA με πριμοδότες μεταγραφή αντίστροφης βρόχου στελέχους σύμφωνα με την TaqMan® miR πρωτόκολλο προσδιορισμού (ΡΕ Applied Biosystems). Μη ειδική σύνθεση του cDNA διεξήχθη με ™ Αντίστροφη Σύστημα Μεταγραφή IMPROM-II (Promega) σύμφωνα με την απόλυτη QPCR SYBR Green πρωτόκολλο (Thermo Scientific).

qRT-PCR

Η επιβεβαίωση των αποτελεσμάτων μικροσυστοιχιών για ανεξάρτητα δείγματα και σε αυξημένο μέγεθος του δείγματος έγινε χρησιμοποιώντας qRT-PCR. M (i) έκφραση RNA σε δείγματα ιστών και κυτταρικών σειρών ποσοτικοποιήθηκε είτε με TaqMan® (MIR) ή SYBR Green (mRNA) κιτ δοκιμασίας και το OPTICON BioRad 2, ακολουθώντας τις οδηγίες του κατασκευαστή (BioRad). Αστάρια για το

ας-7a-d, miR-16, -29a, -221, -146b,

και

-181b

ελήφθησαν από την Applied Biosystems? μικρά πυρηνικά RNA

RNU6B

εφαρμόστηκε για την εξομάλυνση.

β-ακτίνης

υπηρέτησε ως οικονόμος για

HMGA1

έκφρασης (Applied Biosystems). Σχετική m (i) RNA-έκφραση υπολογίστηκε με τη συγκριτική ΔΟ

t-μέθοδο (ΔΟ

t δείγματος = C

t δείγματος – C

t

RNU6B

). Το

-ΔΔCt μέθοδος 2 χρησιμοποιήθηκε για την αξιολόγηση φορές αλλαγές σε m (i) R-έκφραση μεταξύ των δειγμάτων και των ελέγχων. Η μέση C

t προσδιορίστηκε από τριπλούν πειράματα PCR. Τυπική απόκλιση ήταν ≤0.4, τιμές ρ & lt? 0,05 θεωρήθηκαν σημαντικές

Κυτταροκαλλιέργεια και παροδική επιμόλυνση

LNCaP και PC-3 κύτταρα ελήφθησαν από την ATCC, Γερμανία χρησιμοποιώντας διόδους 5 έως 35.. τα κύτταρα αναπτύχθηκαν στους 37 ° C σε υγροποιημένο επωαστή σε 5% CO

2. Τα κύτταρα σπάρθηκαν και συγχρόνως επιμολυσμένα σε πλάκες 6 φρεατίων σε πυκνότητα 3,5 × 10

5 ανά φρεάτιο χρησιμοποιώντας μέσο RPMI 1640 Gibco χωρίς Phenolred, που περιέχει 10% ορό εμβρύου μόσχου (Invitrogen), Glutamax (Invitrogen), ΝΕΑΑ (Gibco ), διάλυμα HEPES ρυθμιστικό (ΡΑΑ), και διάλυμα πυροσταφυλικού νατρίου (ΡΑΑ). Παροδική διαμόλυνση διεξήχθη χρησιμοποιώντας αντιδραστήριο Lipofectamine ™ (Invitrogen) και Opti-MEM® (Invitrogen-Gibco) ακολουθώντας τις οδηγίες του προμηθευτή. Πρόδρομο αντίστοιχα Antigo

ας-7b

εφαρμόστηκε για την επαγωγή ή την καταστολή

ας-7b

έκφρασης, προ- και αντι-αρνητικών

ας-7b

(Applied Biosystems) ήταν χρησιμοποιήθηκαν για επιμόλυνση έλεγχο. Τα κύτταρα συλλέχθηκαν 48 ώρες μετά την επιμόλυνση.

Western Blot

Τα κύτταρα λύθηκαν σε Cytobuster ή Phosphosafe (Novagene) μετά την παρασκευή και τον προσδιορισμό της ίσες ποσότητες πρωτεΐνες διαχωρίστηκαν σε SDS-PAGE και αργότερα μεταφέρθηκαν σε μεμβράνη νιτροκυτταρίνης (Bio-Rad). Για πρωτεΐνης έκφραση

HMGA1

χρησιμοποιήσαμε ml κατσίκα πολύκλωνα αντισώματα /1 mg (

HMGA1a /1β

, Abcam)?

β-ακτίνη

(Abcam) υπηρέτησε ως οικονόμος. Για την οπτικοποίηση χρησιμοποιήσαμε υπεροξειδάσης-συζευγμένο δευτερεύον αντισώματα χρένο (Abcam και Dako) και το κιτ ECL Plus (GE Healthcare). Για την ποσοτικοποίηση της έντασης ζώνης που χρησιμοποιείται Image J (https://imagej.nih.gov/ij/).

λουσιφεράσης Δοκιμασία

Το 3’UTR του ανθρώπινου

HMGA1

γονίδιο ενισχύθηκε με PCR χρησιμοποιώντας τους ακόλουθους εναρκτήρες που περιείχαν επιπλέον Hind III ή Spe Ι θέσεις: HMGA1Hindfor: 5′-GATC AAGCTTCATATTGTGGTGATGGAG-3 ‘? HMGA1SpeIrev: 5’-CAAT ACTAGT GAACATTTGGCGCTGGTAG-3 ‘. Το προκύπτον

HMGA1

θραύσμα PCR που περιέχει τα δύο πιο κατάντη βρίσκεται

ας-7b

συμπληρωματικές θέσεις στο

HMGA1

κλωνοποιήθηκε καθοδικά του κωδικονίου στοπ λουσιφεράσης Renilla μέσα σε ένα πλασμίδιο ανταποκριτή λουσιφεράσης (pMIR- ΕΚΘΕΣΗ-λουσιφεράσης, APLLIED Biosystems) χρησιμοποιώντας τις θέσεις Hind III και Spe Ι. Για την εκτέλεση της λουσιφεράσης δοκιμασίες LNCaP κύτταρα σπάρθηκαν σε πλάκες 6 φρεατίων σε πυκνότητα 3,5 × 10

5 ανά φρεάτιο και επωάστηκαν για 24 ώρες. Ο φορέας αναφοράς συν-επιμολύνθηκε σε κύτταρα LNCaP με έναν έλεγχο μη στόχευση RNA ολιγονουκλεοτίδιο ή

ας-7

πρόδρομος miRNA. Παροδική διαμόλυνση διεξήχθη χρησιμοποιώντας αντιδραστήριο Lipofectamine ™ (Invitrogen). 48 ώρες μετά την επιμόλυνση η δράση της λουσιφεράσης αναλύθηκε με σύστημα προσδιορισμού Dual-Luciferase® Reporter (Promega). δραστηριότητα renilla χρησιμοποιήθηκε για την κανονικοποίηση και ως έλεγχος για την απόδοση επιμόλυνσης

Στατιστική και Ανάλυση Βιοπληροφορική

ΜΙΚΡΟΔΙΑΤΑΞΗΣ Ανάλυση:. Spot εντάσεις από σαρωμένα πλάκες ποσοτικά με τη χρήση ScanAlyze Λογισμικού (http: //Rana .lbl.gov /EisenSoftware.htm). Τα δεδομένα αναλύθηκαν με διαφορετικά πακέτα R από το έργο Bioconductor (www.bioconductor.org). Προκύπτουν εντάσεις σήματος ομαλοποιήθηκαν με τη σταθεροποίηση της διακύμανσης [28]. Διαφορικά επιλέχθηκαν εκφρασμένων γονιδίων από τα δεδομένα μικροσυστοιχιών με limma (μοντέλα Linear για την Ανάλυση μικροσυστοιχιών) πακέτο [29]

qRT-PCR-ανάλυση:. Δείγματα σε σύγκριση με Welch δύο υποδείγματα t-test. Πριν από την περαιτέρω ανάλυση των συλλογικών Α, δημιουργήθηκαν z-score των σχετικών αξιών της έκφρασης. Στη συνέχεια, το βέλτιστο σημείο αποκοπής για

ας-7

έκφραση προσδιορίστηκε από λειτουργικού χαρακτηριστικού δέκτη (ROC) ανάλυση καμπύλης (R-πακέτο »Proc»). Με βάση την προκύπτουσα κατώφλι οι τιμές έκφρασης διαχωρίστηκαν μεταξύ τους. Οι συσχετίσεις μεταξύ της έκφρασης και της κλινικής υποτροπής προσδιορίστηκαν από Cox παλινδρόμησης με ομοιόμορφη και πολυπαραγοντικά μοντέλα. Η μέθοδος Kaplan-Meier χρησιμοποιήθηκε για να εκτιμηθεί η λειτουργία επιζώντων σε διάφορα χρονικά σημεία. αναλογίες μονοπαραγοντική και πολυπαραγοντική κινδύνου και τα διαστήματα εμπιστοσύνης 95% τους (CI) υπολογίστηκαν χρησιμοποιώντας το μοντέλο αναλογικού κινδύνου του Cox ( «επιβίωσης» πακέτο Bioconductor). Ρ τιμές & lt? 0,05 θεωρήθηκαν σημαντικές. Για να ελεγχθεί, αν η προσέγγιση αυτή είναι εφαρμόσιμη σε ένα ανεξάρτητο σύνολο δεδομένων δοκιμής, z-scores δημιουργήθηκαν συλλογικών B. Ωστόσο, για διχοτόμηση χρησιμοποιήθηκε το όριο που προέρχεται από τη συλλογική Α. Όλες οι επόμενες βαθμίδες διεξήχθησαν όπως περιγράφεται για τις συλλογικές A. Για συσχέτιση μεταξύ

HMGA1

και

ας-7b

Pearson συσχέτιση υπολογίζεται.

Αποτελέσματα

Καρκίνος Ειδικά Κατάσταση Έκφραση miRNA σε υψηλού κινδύνου προστάτη

Πραγματοποιήσαμε ανάλυση μικροσυστοιχιών των miRNA απομονωμένο από έξι παραφίνη-ενσωματωμένες καλοήθους υπερπλασίας του προστάτη και 13 δείγματα προστάτη για τη διαλογή υποψήφιων miRNAs που σχετίζονται με την ανάπτυξη ή την εξέλιξη της νόσου υψηλού κινδύνου. Οι ανέλυσε περιπτώσεις προστάτη ήταν μέρος ενός καλά χαρακτηρίζεται συλλογική υψηλού κινδύνου (ομάδα Α) (Πίνακας 1) και επιλέχθηκαν με βάση την κλινική έκβαση τους. Οι προ-επιλεγμένες περιπτώσεις προστάτη χωρίστηκαν σε δύο ομάδες από την κλινική αποτυχία και την παρακολούθηση χωρίς υποτροπή της νόσου (ομάδα 1: CPFS εναντίον της ομάδας 2: CF). Ο πίνακας 2 δείχνει τα χαρακτηριστικά του καρκίνου και των δύο ομάδων.

Ο στόχος αυτής της ανάλυσης ήταν για διαλογή για ένα συγκεκριμένο miRNA υπογραφή των ασθενών με καρκίνο υψηλού κινδύνου με υποτροπή της νόσου. Αρχικά συγκρίναμε την έκφραση miRNA σε όλες τις 13 υψηλού κινδύνου περιπτώσεις προστάτη μαζί με εκείνη της καλοήθους νόσου. Όλων των διαφορικά εκφρασμένων miRNAs (έκφραση αλλαγή φορές & gt? 1.5 και τιμή p & lt? 0,05) η πλειοψηφία των 61 Mirs ήταν κάτω-ρυθμίζονται και 21 Mirs ήταν πάνω ρυθμισμένα στην ασθένεια υψηλού κινδύνου. Βλέπε Πίνακα S1 για την εισαγωγή όλων των πάνω και κάτω-ρυθμίζονται miRNAs. Ιεραρχική συσταδοποίηση, βάσει των επιλεγμένων 82 διαφορικά εκφρασμένων miRNAs, δημιουργείται ένα δέντρο με σαφή διάκριση μεταξύ του κακοήθους νόσου και της καλοήθους υπερπλασίας (Σχ. 1Α). Ακόμα κι αν η σύγκριση έγινε μόνο μεταξύ της καλοήθους και κακοήθους νόσου, μια υπο-ομάδα των όγκων με βάση την κλινική έκβαση τους ήταν εμφανής.

Α. Μικροσυστοιχιών προφίλ των 6 ΚΥΠ και 13 δείγματα προστάτη ιστών υψηλού κινδύνου (ομάδα Α). Τα τελευταία χωρίζονται από την κλινική έκβαση: Ομάδα 1: προστάτη υψηλού κινδύνου + CPFS (n = 7)? Ομάδα 2: προστάτη υψηλού κινδύνου + CF (n = 6). Σειρά-σοφός κλίμακα heatplot των γονιδίων που δείχνει μια πτυχή της αλλαγής & gt? 1.5 και μια προσαρμοσμένη τιμή p & lt? 0,05. Κόκκινο υποδεικνύοντας υψηλή έκφραση, πράσινο χαμηλή έκφραση. Καρκινικών και μη καρκινικών ιστών του προστάτη είναι σαφώς διαχωρισμένα. Ομαδοποίηση δείχνει μια διάκριση μεταξύ της ομάδας 1 και 2. Β Τεχνική επικύρωση των δεδομένων μικροσυστοιχιών από qRT-PCR. Σχετική έκφραση

miR-16

,

-29a

, και

-221

αναλύθηκε σε 6 BPH (λευκό) και 13 δείγματα υψηλού κινδύνου προστάτη (γκρι). έκφραση miRNA εμφανίζεται ως μέσο για την καλοήθη υπερπλασία του προστάτη και του προστάτη έκφραση υψηλού κινδύνου με μπάρες σφάλματος για την τυπική απόκλιση. * Υποδηλώνει p & lt?. 0.01, σελ τιμές υπολογίστηκαν με τη χρήση του 2 δείγμα t-test Welch

Η

Για να εκτελέσετε μια τεχνική επικύρωση των αποτελεσμάτων σειρά αναλύσαμε την έκφραση των τριών από τα πιο διαφορικά εκφρασμένων miRNAs, μεταξύ άλλων. Όπως φαίνεται στο Σχήμα 1Β και 2Β θα μπορούσε να επιβεβαιώσει τη σημαντική προς τα κάτω ρύθμιση του

ας-7a /b /c, miR-16

,

-29a

,

-146, – 181

και

-221

πριν δει στα δεδομένα συστοιχία από qRT-PCR.

Α. διάγραμμα Venn δείχνει τις σχέσεις μεταξύ των ανθρώπινων Mirs που εκφράστηκαν σημαντικά διαφορετική (± 1,5 φορές) σε ομάδα PCa 1 έναντι ομάδας PCa 2 έναντι ΒΡΗ (ADJ ρ & lt? 0,05). Κύκλοι περιλαμβάνουν αριθμούς πάνω ή προς τα κάτω-ρυθμίζονται ανθρώπινη Mirs κάθε ζεύγη σύγκριση. Τα κοινά Mirs μεταξύ διαφορετικών συγκρίσεις φαίνεται στο διασταυρώσεις. Γκρι κουτιά υποδεικνύουν την κατάσταση έκφραση των

7 ας-

μέλη της οικογένειας. Ο παρακάτω πίνακας περιλαμβάνει όλα τα ανθρώπινα Mirs στα οποία η έκφραση ήταν σημαντικά διαφορετική είτε: μεταξύ (gr.1 εναντίον gr.2), (gr.2 εναντίον ΚΥΠ) και (gr.1 εναντίον ΚΥΠ) (κόκκινη στήλη)? μεταξύ (. gr 1 εναντίον γρ. 2) και (gr 2 έναντι BPH.) (πράσινη στήλη)? ή μεταξύ (γρ. 1 εναντίον γρ. 2) και (γρ. 1 έναντι ΚΥΠ) (μπλε στήλη). Όλα τα miRNAs κατατάσσονται με βάση τη μέγιστη μεταβολή φορές έκφρασης. Οι δύο στήλες στην άκρη η λίστα των miRNAs δείχνουν μια απότομη ανωφέρεια ή προς τα κάτω ρύθμιση της έκφρασης (βλέπε βέλη) και την διάσταση της αλλαγής φορές έκφρασης. Β Επικύρωση των δεδομένων μικροσυστοιχιών από qRT-PCR. Σχετική έκφραση

miR-146b

,

-181b

, και

ας-7α

/

β

/και

-c

αναλύθηκε σε 6 BPH (λευκό), 7 υψηλού κινδύνου δείγματα προστάτη με CPFS (ομάδα 1) (ανοιχτό γκρι), και 6 υψηλού κινδύνου δείγματα προστάτη με κυστική ίνωση (ομάδα 2) (σκούρο γκρι). έκφραση miRNA εμφανίζεται ως μέσο έκφρασης στην ΚΥΠ και ιστών υψηλού κινδύνου, αντίστοιχα με μπάρες σφάλματος για την τυπική απόκλιση. * Υποδηλώνει p & lt?. 0.01, σελ τιμές υπολογίστηκαν με τη χρήση του 2 δείγμα t-test Welch

Η

MiR Έκφραση Προφίλ του προστάτη υψηλού κινδύνου με ποικίλα Κλινική επιβίωση χωρίς εξέλιξη

Με βάση σχετικά με τον διαχωρισμό των δύο ομάδων υψηλού κινδύνου με ανάλυση διασποράς υποθέσαμε να βρούμε ένα προφίλ miRNA σε περιπτώσεις προστάτη με προοδευτική νόσο. Ως εκ τούτου, αναλύσαμε τα δεδομένα μικροσυστοιχιών σε σχέση με Mirs που εκφράζονται διαφορικά σε δύο ομάδες υψηλού κινδύνου (fold αλλαγή & gt? 1.5 και Ρ αξίας & lt? 0,05). Το διάγραμμα Venn στο Σχήμα 2Α και Σχήμα S1 απεικονίσει την αποτύπωση όλων των ανθρώπινων Mirs που εκφράζονται διαφορικά σε ΒΡΗ ιστό, σε υψηλού κινδύνου PCa ιστού με CPFS, και στον ιστό του υψηλού κινδύνου με CF. Συνολικά, 148 Mirs ήταν ποικιλοτρόπως εκφράζονται σε όλους τους τρεις τύπους ιστών. Η έκφραση των επτά miRNAs (δηλαδή

ας-7α /c, miR-515-3p /5P, -181b, -146b

, και

-361

) βρέθηκαν να είναι σημαντικά διαφορετική μεταξύ και οι τρεις ομάδες που αναλύθηκαν (ΒΡΗ, η ομάδα 1 και 2) που δείχνει ένα συγκεκριμένο προφίλ miRNA για την PCA υψηλού κινδύνου με προοδευτική νόσο. 47 miRNAs έδειξε διαφορετική έκφραση στην ομάδα 1 έναντι ομάδας 2? μεταξύ των κορυφαίων δέκα πιο διαφορικά εκφρασμένων miRNAs βρήκαμε αρκετά μέλη του

ας-7

οικογένειας (Εικ. S1).

Χρησιμοποιώντας τις διαφορές έκφρασης RT-PCR ανάλυση μεταξύ καλοήθους υπερπλασίας του προστάτη, η ομάδα 1 και 2 για

ας-7α, αφήστε-7c

,

miR-146b

, και

-181b

μπορούσε να επιβεβαιωθεί (Εικ. 2Β). Από την έκφραση του

ας-7b

και

-d

φάνηκε να διακρίνει τουλάχιστον δύο από τους τρεις τύπους ιστών που περιλαμβάνονται τόσο

ας-7

μέλη της οικογένειας σε περαιτέρω αναλύσεις . Όπως είχε προβλεφθεί από τα δεδομένα πίνακα, το

ας-7

μέλη της οικογένειας έδειξε μια προοδευτική ρύθμιση προς τα κάτω από καλοήθεις έως κακοήθεις (ομάδα 1) και κατόπιν της επιθετικής νόσου (ομάδα 2), ενώ η έκφραση του

miR-146b

και

-181b

ήταν χαμηλότερη στην ομάδα 1 (Εικ. 2Β).

Ας-7η

έκφραση ήταν δύσκολα ανιχνεύσιμη με RT-PCR και, ως εκ τούτου, εξαιρούνται περαιτέρω έρευνες.

Η έκφραση του

/b /c

ας-7α είναι σημαντικά Down-ρυθμίζονται σε υψηλού κινδύνου προστάτη

με μικροσυστοιχιών και αναλύσεις RT-PCR εντοπίσαμε κάποιες

ας-7

μέλη της οικογένειας (

ας-7α-γ

) ως εν δυνάμει υποψήφιο Mirs για διαγνωστικούς και προγνωστικούς δείκτες σε υψηλού κινδύνου του προστάτη.

τώρα ήθελε να επιβεβαιώσει αυτά τα αποτελέσματα από τα πειράματα qRT-PCR σε ολόκληρο μας υψηλού κινδύνου ομάδα Α (n = 98). Η στατιστική ανάλυση των δεδομένων qRT-PCR επιβεβαίωσε μια σημαντική ρύθμιση προς τα κάτω του

ας-7a-c

στις περιπτώσεις PCa υψηλού κινδύνου σε σύγκριση με καλοήθη υπερπλασία (p≤0.001) (Σχ. 3Α). Σε περίπου 81/84 /και 96% των δειγμάτων ιστού που αναλύθηκαν, η έκφραση του

ας-7a /b

και

-c,

αντίστοιχα, ήταν κάτω από το μέσο έκφρασης των δειγμάτων καλοήθους υπερπλασίας του προστάτη (Εικ. 3Β), δείχνοντας τον όγκο-ειδική αξία του

ας-7

μέλη της οικογένειας σε ασθενείς με καρκίνο του προστάτη υψηλού κινδύνου.

Α. ΠΛΑΙΣΙΟ- και ινίδια οικόπεδο σχετική έκφραση του

ας-7a /b /c

σε 6 καλοήθη υπερπλασία του προστάτη (λευκή γραμμή) και 98 του προστάτη (γκρι μπάρα) δείγματα ιστών υψηλού κινδύνου. Η έκφραση αξιολογήθηκε με qRT-PCR. Β Σχήμα 3Β συνοψίζει τη διάμεση έκφραση

ας-7α

/

β

/

γ

σε 6 ΚΥΠ και 98 δείγματα προστάτη και δείχνει αντίστοιχη τυπική απόκλιση και την τιμή ρ . Η διάμεση έκφραση των δειγμάτων ΒΡΗ χρησιμοποιήθηκε ως όριο. Το ποσοστό των δειγμάτων προστάτη με κάτω-ρυθμίζονται

ας-7

έκφρασης φαίνονται στην 6η στήλη του πίνακα. Γ Box- και ινίδια οικόπεδο δείχνουν έκφραση

ας-7b

και

-7c

σε 98 υψηλού κινδύνου προστάτη ιστών και 6 δείγματα ΚΥΠ? αξιολογούνται με qRT-PCR. Οι υποομάδες με βάση: • τα χαρακτηριστικά παθολογικές όγκου όπως Gleason σκοράρετε και παθολογικές το στάδιο του όγκου (GS ≤7, PT ≤3a – ανοιχτό γκρι), (GS ≥8, PT ≥3b – σκούρο γκρι) και • κλινική-παθολογική χαρακτηριστικά όπως BCR, CF, ΟΚΑ (δεν BCR /δεν CF /όχι CRD – ανοιχτό γκρι), (BCR /CF /CRD – σκούρο γκρι). Α + Γ

Ας-7α

/

β

/και

-c

έκφραση εμφανίζεται ως μέσο με μπάρες σφάλματος για την τυπική απόκλιση. * Υποδηλώνει ρ & lt? 0.01 (Α) ή ρ & lt? 0.05 (C). σ τιμές υπολογίστηκαν με τη χρήση του 2 δείγμα t-test Welch.

Η

κάτω ρύθμιση του

ας-7b

συνδέεται με επιθετικό καρκίνο Χαρακτηριστικά

Με βάση τα παραδοχή ότι ορισμένοι

ας-7

μέλη της οικογένειας είναι σταδιακά προς τα κάτω-ρυθμίζονται με τις πιο επιθετικές περιπτώσεις προστάτη (ομάδα 2), θα υποτεθεί ότι κάτω ρύθμιση του

ας-7

θα μπορούσε επίσης να συνδέεται με κλινική-παθολογικά χαρακτηριστικά ή την πρόγνωση των ασθενών με προστάτη. Ως εκ τούτου, ψάξαμε για συσχέτιση μεταξύ

ας-7a /b /c

έκφρασης και του όγκου χαρακτηριστικά του προστάτη συλλογικής ένα Like Gleason Score (7≤ GS ≥8), παθολογική στάδιο του όγκου (3α ≤pT ≥3b) και κλινικές παραμέτρους όπως η BCR, CF, και ΟΚΑ (βλέπε πίνακα 2). Βρήκαμε προοδευτική ρύθμιση προς τα κάτω των

ας-7b

σε ασθενείς με κακή χαρακτηριστικά του καρκίνου, όπως υψηλή βαθμολογία Gleason (≥8), βιοχημική υποτροπή και κλινική αποτυχία (p & lt? 0,05) (Σχήμα 3C.). Ωστόσο, η έκφραση του

ας-7c

συσχετίστηκε μόνο με ΚΙ. Δεν παρατηρήθηκε συσχέτιση μεταξύ της

ας-7b

ή

-7c

έκφρασης και παθολογικές όγκου στάδιο (3α ≤pT ≥3b) ή CRD (Σχ. 3C). Δεδομένου ότι

ας-7α

έλειπε κάποια σημαντικά αποτελέσματα όσον αφορά τα χαρακτηριστικά του καρκίνου και κλινικές παραμέτρους που παραμεληθεί αυτό το miR σε περαιτέρω αναλύσεις μας (Εικ. S2).

Ας-7b

και

ας-7c

ως προγνωστικός δείκτης για την εξέλιξη της σε μια υψηλού κινδύνου προστάτη Συλλογική (ομάδα Α)

για να διαπιστώσετε εάν

ας-7b

ή

– 7c

θα μπορούσε να χρησιμεύσει ως προγνωστικός δείκτης για την βιοχημική υποτροπή ή κλινική αποτυχία μας διχοτομήθηκε μια ομάδα μελέτης υψηλού κινδύνου (ομάδα α) σε χαμηλές και υψηλές

ας-7b /c

έκφρασης με βάση z-score. Οι εκτιμήσεις των Kaplan-Meier έδειξε σημαντική διαφορά μεταξύ των ομάδων ας-7b

έκφραση υψηλών και χαμηλών

στο BCR (log rank p = 0,01), ενώ η

ας-7c

έδειξε οριακής σημασίας (log rank ρ = 0,08) (Σχ. 4Α). Η βιοχημική ποσοστό επιβίωσης χωρίς εξέλιξη 10 yr ήταν 65% και 37% για την υψηλή και χαμηλή

ας-7b

έκφραση, αντίστοιχα. Για

ας-7b

και

ας-7c

Kaplan-Meier εκτιμήσεις προβλέπεται επίσης μια σημαντική διαφορά μεταξύ των ομάδων υψηλής και χαμηλής έκφρασης σε CF (log rank p & lt? 0.001) (Εικ. 4Α) . 14 από 38 ασθενείς (37%) με χαμηλή ας-7b

έκφραση

, αλλά μόνο 5 από τους 60 ασθενείς (8,3%) στο υψηλό

ομάδα έκφρασης ας-7b

βρέθηκαν να έχουν βιώσει ΚΙ

Η ανάλυση Kaplan-Meier για βιοχημικές και κλινικές υποτροπής των 98 και 92 ασθενείς με νόσο υψηλού κινδύνου (ομάδα Α και Β). Ομάδες διαχωρίστηκαν μεταξύ τους σε χαμηλές και υψηλές

ας-7b

και –

7c

έκφρασης. Οι καμπύλες επιβίωσης παρήχθησαν χρησιμοποιώντας το πακέτο Bioconductor «επιβίωσης». A. Kaplan Meier ανάλυση της κοόρτης Α, που τα δεδομένα μάθησης (n = 98). Β Kaplan Meier ανάλυση της κοόρτης Β, το σύνολο δεδομένων δοκιμών (n = 92). Χαμηλή

ας-7b

έκφραση συνδέεται με BCR και ΚΙ

Η

ανάλυση Cox παλινδρόμησης έδειξε ότι

ας-7b

αλλά όχι

ας-7c

έκφραση ήταν univariately σημαντική για την πρόβλεψη της BCR (HR 0,36 (0,16 – 0,82)). Όταν

ας-7b

έκφρασης και Gleason Score θεωρήθηκαν μαζί σε ένα πολυπαραγοντικό μοντέλο και οι δύο μεταβλητές προέβλεψε ανεξάρτητα BCR. Τελικά, αξιολογήσαμε εάν

ας-7b

ή

ας-7c

είναι ανεξάρτητοι δείκτες για την κλινική αποτυχία στην ομάδα Α Η έκφραση των δύο Mirs είναι univariately σημαντική για την πρόβλεψη της κλινικής ανεπάρκειας (Πίνακας 3). Ωστόσο, σε ένα πολυπαραγοντικό μοντέλο παλινδρόμησης Cox μόνο υψηλής Gleason σκορ αλλά όχι

ας-7b

ή –

γ

συσχετίζονταν σημαντικά με κακή πρόγνωση

Η

Εν ολίγοις. οι εκτιμήσεις Kaplan Meier και ανάλυση Cox παλινδρόμησης δείχνουν ότι τα χαμηλά

ας-7b

και

ας-7c

έκφραση θα μπορούσε να συσχετιστεί με BCR και CF στο κλάσης Α

Επικύρωση

ας-7b

και

ας-7c

ως προγνωστικοί δείκτες σε μια ανεξάρτητη εξωτερική δοκιμές Συλλογική (ομάδα Β)

Για να επικυρώσετε το ρόλο του

ας-7b

και –

γ

ως προγνωστικοί δείκτες δουλέψαμε με ένα ανεξάρτητο συλλογικό πρωτογενών κρουσμάτων προστάτη υψηλού κινδύνου (ομάδα Β). Όπως έχει ήδη παρατηρηθεί για την ομάδα Α διαπιστώσαμε μια σημαντική ρύθμιση προς τα κάτω των

ας-7b

και

ας-7c

σε δείγματα προστάτη σε σύγκριση με BPHs (Πίνακας S2). Δημιουργήσαμε επίπεδα z-score βασίζεται στην αναλύονται ΔΟ

δεδομένων t έκφραση και των δύο

ας-7

s στην ομάδα δοκιμών. Στη συνέχεια έχουμε διχοτομήθηκε την ομάδα δοκιμών με τη χρήση των cut-off επίπεδα που προσδιορίζονται για τις συλλογικές A. Κάθε δείγμα είχε προβλεφθεί να είναι είτε σε υψηλό ή χαμηλό κίνδυνο για BCR ή CF με βάση αυτά τα όρια.