You must be logged into post a comment.
Αφηρημένο
Η απορρύθμιση της έκφρασης των miRNAs μπορεί να συμβάλει στην ογκογένεση και άλλες παθο-φυσιολογία που σχετίζονται με τον καρκίνο. Χρησιμοποιώντας TLDA, η έκφραση της 762 miRNAs ελέγχθηκε σε 18 ζεύγη gingivo στοματικής ιστών ελέγχου του καρκίνου-δίπλα. Έκφραση σημαντικά απελευθερωμένης miRNAs περαιτέρω επικυρωθεί σε καρκίνο και εξετάστηκαν σε δύο τύπους ιστών προκαρκίνου (λευκοπλακία και ομαλός λειχήνας) με δοκιμασίες TaqMan εκκινητή ειδικό. Βιολογικές επιπτώσεις αυτών των miRNAs αξιολογήθηκαν bioinformatically. Έκφραση του
HSA-miR-1293, HSA-miR-31, HSA-miR-31 *
και
HSA-miR-7
ήταν σημαντικά up-ρυθμίζονται και των
HSA -miR-206, HSA-miR-204
και
HSA-miR-133a
ήταν σημαντικά κάτω-ρυθμίζονται σε όλα τα δείγματα καρκίνου. Έκφραση μόνο
HSA-miR
-31 ήταν σημαντικά πάνω ρυθμισμένα σε λευκοπλακία αλλά καμία σε δείγματα ομαλός λειχήνας. Ανάλυση της ετερογένειας έκφρασης διαιρούμενο 18 δείγματα καρκίνου του σε συστάδες των 13 και 5 δείγματα και αποκάλυψε ότι η έκφραση του 30 miRNAs (συμπεριλαμβανομένων των προαναφερόμενων 7 miRNAs), ήταν σημαντικά απελευθερωμένη στο σύμπλεγμα των 13 δειγμάτων. Από την εξόρυξη δεδομένων και η ανάλυση μονοπατιού παρατηρήθηκε ότι αυτά τα miRNAs μπορούν να στοχεύσουν σημαντικά πολλά από τα γονίδια που υπάρχουν σε διάφορα σχετικά με τον καρκίνο οδούς όπως «πρωτεογλυκάνες στον καρκίνο»,
ΡΙ3Κ-ΑΚΤ
κ.λπ., τα οποία παίζουν σημαντικό ρόλο στην έκφραση διαφορετικών μοριακών χαρακτηριστικών του καρκίνου. Η έκφραση του
HSA-miR-31
ήταν σημαντικά πάνω ρυθμισμένα σε αμφότερες καρκίνο και λευκοπλακία ιστούς και, ως εκ τούτου, μπορεί να είναι ένας από τους μοριακούς δείκτες του λευκοπλακία η οποία μπορεί να εξελιχθεί σε gingivo-παρειάς του καρκίνου.
Παράθεση: De Sarkar Ν, Roy R, Mitra JK, Ghose S, Chakraborty Α, Paul RR, et al. (2014) Μια αναζήτηση για miRNA Bio-Marker: Μια Track Επιστροφή Προσέγγιση από Gingivo Καρκίνο στοματικά σε δύο διαφορετικούς τύπους της προ-καρκινικό στάδιο. PLoS ONE 9 (8): e104839. doi: 10.1371 /journal.pone.0104839
Επιμέλεια: Ratna B. Ray, πανεπιστήμιο του Saint Louis, Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής
Ελήφθη: 5 Απριλίου του 2014? Αποδεκτές: 15 του Ιούλη 2014? Δημοσιεύθηκε: 15 του Αυγούστου, 2014
Copyright: © 2014 De Sarkar et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται
Δεδομένα Διαθεσιμότητα:. Η συγγραφείς επιβεβαιώνουν ότι όλα τα δεδομένα που διέπουν τα ευρήματα είναι πλήρως διαθέσιμα χωρίς περιορισμούς. Όλα τα σχετικά δεδομένα είναι εντός του Υποστηρίζοντας αρχεία πληροφοριών του χαρτιού και
Χρηματοδότηση:. Όλα χρηματοδότηση προήλθε από το Τμήμα Biotechnolgy, η κυβέρνηση της Ινδίας, και της Ινδίας Στατιστικό Ινστιτούτο για την Καθ Bidyut Roy. Ο χρηματοδότης δεν έχει κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή δεδομένων, την ανάλυση, η απόφαση για τη δημοσίευση και χειρόγραφο προετοιμασία
Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα
Εισαγωγή
Gingivo παρειάς καρκίνωμα πλακωδών κυττάρων (GBSCC) είναι μία από τις πιο διαδεδομένες (-60%) των καρκίνων σε στοματική κοιλότητα, ειδικά μεταξύ των χρηστών του καπνού στην Ινδία. Ολόκληρο το σύνολο του κεφαλιού και του λαιμού ακανθοκυτταρικό καρκίνωμα στέκεται ως η πέμπτη πιο συχνή κακοήθεια σε όλο τον κόσμο [1]. Αλλά καρκίνου κεφαλής και τραχήλου περιλαμβάνει -24% του συνόλου των καρκίνων στην Ινδία, όπως καταγράφεται σε ένα τριτοβάθμιο νοσοκομείο, Μνημείο Κέντρο Tata, Βομβάη και περίπου ~ 13,5% από αυτούς είναι από την στοματική κοιλότητα [2]. Πέντε έτη ποσοστό επιβίωσης (-50%) των ασθενών που πάσχουν από το κεφάλι και το λαιμό ακανθοκυτταρικό καρκίνωμα δεν έχει βελτιωθεί πολύ, ακόμη και μετά από εντατική έρευνα κατά τη διάρκεια των τελευταίων 15 ετών, έτσι, η έγκαιρη διάγνωση είναι ακόμα ένα βασικό ζήτημα για την καλύτερη επιβίωση [3].
από το 1993, miRNA έχει αναδειχθεί ως ένα από τα πιο εξέχοντα βιολογικές ρυθμιστικές αρχές, οι οποίες διαδραματίζουν σημαντικό ρόλο στον έλεγχο και fine tuning (mRNA) έκφραση στόχο της [4] – [9]. Κατά τα τελευταία έτη, έχει αποδειχθεί ότι microRNAs (miRNAs) συμμετέχουν επίσης στην ανθρώπινη ογκογένεση και θα μπορούσαν να λειτουργήσουν είτε ως ογκογόνων /ογκογόνο ή αντι-ογκογόνο μόρια. Έτσι, κάνει ένα νέο στρώμα στα μοριακά γεγονότα στον ανθρώπινο καρκίνο. μελέτες έκφρασης γονιδίων αποκάλυψε ότι πολλά miRNAs απορυθμισμένη σε διάφορους τύπους καρκίνου και λειτουργικές μελέτες διευκρινιστεί ότι οι miRNAs εμπλέκεται σε διάφορες μοριακές και βιολογικές διεργασίες που οδηγούν την ογκογένεση [10] – [12]. Έτσι, εκτός από την διαφορετικές κλίμακες της μεταβλητότητας όσον αφορά τις νέες μεταλλάξεις στο γονιδίωμα ή γενετικό υπόβαθρο των ασθενών (δηλ φύτρο μετάλλαξη γραμμή), η μεταβλητότητα σε έκφραση διαφορετικών miRNAs είναι επίσης μια σημαντική πτυχή για την έρευνα. Με αυτή την πεποίθηση, μελετήσαμε την απορρύθμιση της έκφρασης των 762 miRNAs στην GBSCC και επίσης ελέγχεται κατά πόσον παρόμοιο είδος της απορρύθμισης έκφρασης θα μπορούσε να παρατηρηθεί σε προκαρκινικές λευκοπλακία και ομαλός λειχήνας ιστούς από τη στοματική κοιλότητα. Έχουν γίνει προσπάθειες για να κατανοήσουν πώς αυτά τα miRNAs μπορεί να εμπλέκονται στον καρκίνο χρησιμοποιώντας την ανάλυση της οδού και πληροφορίες από αναμμένο
e
ratures και βάσεις δεδομένων.
Υλικά και Μέθοδοι
Δείγματα
η μελέτη εγκρίθηκε από την «επιτροπή αναθεώρησης για την προστασία του κινδύνου της έρευνας για τον άνθρωπο, Ινδικό στατιστικό Ινστιτούτο». Όλα τα άτομα σε αυτή τη μελέτη έχουν παράσχει γραπτή ενημέρωση συναινεί να δημοσιεύσει λεπτομέρειες υπόθεση. Όλοι οι συμμετέχοντες υπέγραψαν ένα ερωτηματολόγιο που περιέχει η δημογραφία, η συνήθεια του καπνού και μια δήλωση που περιγράφει ότι αυτός /αυτή δεν έχει καμία αντίρρηση για τη χρήση των δειγμάτων αίματος και ιστών σε αυτή τη μελέτη και συμμετέχει σε αυτή τη μελέτη εθελοντικά. Άσχετα ασθενείς που πάσχουν από καρκίνο (n = 18), ομαλός λειχήνας (n = 12) και λευκοπλακία (n = 18) θεωρήθηκαν για τη μελέτη αυτή από Guru Nanak Ινστιτούτο Οδοντιατρικής Επιστήμης και Έρευνας, Panihati, Καλκούτα, (Πίνακας 1, Πίνακας 2 , Πίνακας 3). Μια γροθιά ιστού από καρκίνο ιστοσελίδα /και τα προκαρκινικά στάδια άλλο γροθιά από γειτονικά «κλινικά» κανονική θέση (τουλάχιστον 1,5 ίντσες μακριά από τα σύνορα της βλάβης) υποβλήθηκαν σε βιοψία από το στόμα παθολόγο. Ένα τμήμα της βιοψίας ιστών χρησιμοποιήθηκε για ιστοπαθολογική επιβεβαίωση και το υπόλοιπο μέρος των ιστών κρατήθηκαν χωριστά σε «RNA Αργότερα» στους -80 ° C και να χρησιμοποιείται μέσα σε 2 μήνες.
Η
Η
RNA απομόνωση και TLDA δοκιμασία
απομόνωση του RNA έγινε με τη χρήση του κιτ mirVana (Life Technologies, USA). απόδοση RNA ποσοτικοποίηση έγινε από Νάνο Drop και την ακεραιότητα ελέγχθηκε με Bioanalyzer (Agilent RNA6000 Nano Kit) Agilient του, αντίστοιχα. αριθμό RIN αποκοπής επιλέχθηκε ως ≥6.9. Παράλληλη ανάλυση της έκφρασης των miRNAs 762 πραγματοποιήθηκε με τη χρήση TLDA-Α (V2) και TLDA-Β (V3) κάρτα στο 7900HT γρήγορο σύστημα Real Time PCR (Applied Biosystems, USA) χρησιμοποιώντας TLDA επίπεδη μπλοκ [13]. Πρωτογενή ανάλυση έγινε με τη χρήση SDS και Assist Δεδομένων (Life Technologies, USA) πακέτα λογισμικού για να πάρει την έκφραση από την άποψη της Ct, ΔΟΙ και ΔΔCt αξιών όπου Ct = Κύκλοι κατά την οποία η ποσότητα του προϊόντος της PCR φτάσει σε ένα καθορισμένο όριο, ΔCt = Ct
ενός miRNA σε καρκινικό ιστό – Ct
του γεωμετρικού μέσου έκφρασης των 3 πιο σταθερή ενδογενή miRNAs έλεγχο σε αυτόν τον ιστό και ΔΔCt = ΔCt
ενός miRNA σε καρκινικό ιστό – ΔΟΙ
αυτού του miRNA στον ιστό ελέγχου . Από τις αναλύθηκαν 762 miRNAs, πέντε ήταν υποψήφιοι για ενδογενή ελέγχους. Ωστόσο, βάσει της σταθερότητας της έκφρασης τους σε όλη όλα τα δείγματα, RNU-48, RNU-44 και επιλεγμένες U6 /mmu-6 ως ενδογενή έλεγχο. Για να πάρετε ΔCt ως κανονικοποιημένη μέτρο της έκφρασης ενός miRNA και στις δύο του καρκίνου /και τα προκαρκινικά στάδια ελέγχου ιστούς, η έκφραση όλων των miRNAs σε ιστούς ομαλοποιήθηκε ανεξάρτητα χρησιμοποιώντας γεωμετρικός μέσος της έκφρασης επιλεγμένων 3 ενδογενούς miRNAs ελέγχου στον ίδιο ιστό. Ct τιμή μικρότερη από 40 θεωρήθηκαν μόνο για περαιτέρω ανάλυση.
Ανάλυση
Κλάδεμα δεδομένων.
Αν δεν παρατηρήθηκε έκφραση οποιασδήποτε συγκεκριμένης miRNA να είναι παρόντες σε-τουλάχιστον 9 από τα 18 καρκίνο κανονική ζεύγη ιστούς, τότε μόνο, έχει θεωρηθεί για περαιτέρω κατάντη ανάλυση. Σχολιασμός των V2 TLDA δοκιμασίας (Α-κάρτα) και V3 (Β-κάρτα) ακολουθεί απελευθέρωση-14 miRBase [13] – [14]. Τώρα, τα δεδομένα έκφραση αυτών των miRNAs θεωρήθηκαν για περαιτέρω ανάλυση των οποίων σχολιασμού εξακολουθεί να ισχύει σε miRBase απελευθερώσει-19 [15] – [16]. Με αυτόν τον τρόπο την έκφραση του 531 miRNAs θεωρήθηκε για επακόλουθη ανάλυση κάτω-ροή.
Στατιστική Ανάλυση.
Αρχικά, ένα δείγμα Kolmogorov-Smirnov (KS) δοκιμή για δεδομένα έκφραση όλων των γονιδίων 531 εκτελούνται ανεξάρτητα, ώστε να ελέγχεται για ομαλότητα των τιμών διαφορικής έκφρασης σε όλα τα δείγματα [(Zi = {(Ci-Ni) – (μέση C- μέση Ν)}, έτσι Zp = ΣZi /SD Ζ, δοκιμή KS έγινε σε Zp? Ci: i
ου τιμή ΔCt δείγματος Καρκίνου, Ni: i
ου τιμή ΔCt Κανονική δείγματος] και τελικά η έκφραση βρέθηκε να διανέμονται κανονικά πρέπει να σημειωθεί ότι οι τιμές ΔCt ήδη log μετατραπεί, έτσι. ., καμία περαιτέρω ημερολόγιο μετασχηματισμός έγινε με αυτό το σύνολο δεδομένων εκφράσεως Ακολουθούμενη από τη δοκιμή κανονικότητα, μία ουρά paired t-test διεξήχθη [(Ci-Ni) & gt? 1 /& lt? 1]. μηδενική υπόθεση της ένα ίαίΐεά ζεύγη t -test ήταν «έκφραση μιας συγκεκριμένης miRNA δεν είναι μεγαλύτερη από 2 φορές πάνω /κάτω ρυθμίζονται» Έτσι, φυσικά, εναλλακτική υπόθεση ήταν «έκφραση μιας συγκεκριμένης miRNA είναι & gt?. 2 φορές πάνω /κάτω ρύθμιση. Δοκιμή για ρύθμιση προς τα πάνω (κάτω δοκιμή ουρά) πραγματοποιήθηκε, εφόσον η διάμεση τιμή των ΔΔCt ενός συγκεκριμένου miRNA είναι μικρότερη από το μηδέν. Ομοίως, δοκιμή για την ρύθμιση προς τα κάτω διεξήχθη αν η διάμεση τιμή των ΔΔCt ενός συγκεκριμένου miRNA είναι πάνω από το μηδέν. Πολλαπλές διορθώσεις δοκιμές χρησιμοποιώντας τη μέθοδο Benjamini-Hochberg πραγματοποιήθηκε σε επίπεδο σημαντικότητας 5% [17] και να διορθωθεί κόψει το p-value ήταν 0,00065.
Ανάλυση Cluster των miRNAs που εκφράζονται σε καρκινικούς ιστούς.
K-διάμεση μέθοδο ομαδοποίησης χρησιμοποιήθηκε για το σύνολο κλαδεύονται σύνολο δεδομένων για να δούμε αν παραλλαγές έκφραση του γονιδιώματος μεγάλη miRNA μεταξύ των ατόμων ήταν αρκετά μεγάλη για να διαιρέσει με αξιοπιστία τα δείγματα σε μια σειρά από επιμέρους ομάδες. Γι ‘αυτό το clustering, επιλεγμένη απόσταση μετρική ήταν Ευκλείδεια. Δεδομένου ότι, έκφραση πολλών miRNAs ήταν απούσα σε σύνολο δεδομένων μας, ήταν η δημιουργία κατάσταση «Απουσία δεδομένων». Αυτή η κατάσταση είναι γνωστή για μεροληψία την ομαδοποίηση και αν εκδόθηκε από τα πιο δημοφιλή clustering Μεθοδολογι- K-means. Έτσι, η επιλογή της ομαδοποίησης ήταν K-διάμεσο. Ο αριθμός των αξιόπιστων clusters, τα δεδομένα θα αποτελέσουν, προσδιορίστηκε χρησιμοποιώντας τη μέθοδο «ο αγκώνας».
Δοκιμασία TaqMan.
Η έκφραση σημαντικά απο-ρυθμίζονται miRNAs, ανιχνεύονται σε ιστούς του καρκίνου με τη μέθοδο TLDA , επίσης επικυρωθεί ίδιο καρκινικούς ιστούς και εξετάστηκαν σε λευκοπλακία και ομαλός λειχήνας ιστούς με δοκιμασία TaqMan (7900HT Fast σύστημα πραγματικού χρόνου PCR, Applied Biosystems, USA). Ανιχνευτές και εκκινητές που παρέχονται από την Invitrogen India Ltd και δεδομένα ανακτήθηκαν ως «φορές αλλαγή» σε σύγκριση με γειτονικά ελέγχους. Κανονικοποίηση της έκφρασης του κάθε γονιδίου σε κάθε δείγμα έγινε χρησιμοποιώντας γεωμετρικού μέσου των ίδιων 3 ενδογενή ελέγχους, δηλ.
RNU-44, RNU-48
και
MMU-6
, για να πάρει ΔΔCt αξία αυτού του miRNA.
Αποτελέσματα
προφίλ έκφρασης σε ιστούς του καρκίνου με TLDA
δεδομένα έκφραση 762 miRNAs δοκιμάστηκαν με αυτή τη μέθοδο, αλλά μετά το κλάδεμα των δεδομένων, τα δεδομένα έκφρασης του 531 miRNAs (συμπεριλαμβανομένων των 5 ενδογενών ελέγχων) χρησιμοποιήθηκε για άλλες αναλύσεις κατάντη (S1 File). Κατά τη διάρκεια της στατιστικής δοκιμής, αλλαγή τουλάχιστον 2 φορές την έκφραση σε καρκινικό ιστό σε σύγκριση με ιστό αντιστοιχισμένο-ελέγχου θεωρήθηκε ότι είναι ο πάγκος-σήμα της απορρύθμισης έκφρασης. Έτσι, η έκφραση της 7ης miRNAs βρέθηκε να απελευθερωθεί σημαντικά μετά από πολλαπλές διόρθωση τεστ και όλα αυτά τα επτά miRNAs είχε & gt? 4 φορές κατά μέσο όρο απορρύθμισης έκφρασης (δηλαδή είτε πάνω ή προς τα κάτω ρύθμιση). Επικύρωση της έκφρασης με δοκιμασία ειδικών TaqMan miRNA επαναβεβαιώθηκε επίσης απορρύθμιση έκφρασης σε καρκινικούς ιστούς, αν και πολλαπλών μεταβολών μειώθηκαν σε σύγκριση με TLDA αποτέλεσμα (Πίνακας 4). Η διαφορά στην ευαισθησία αυτών βασίζεται δυο RT-PCR (TLDA και miR-ειδική δοκιμασία TaqMan) πειραματικές μεθόδους, σε συνδυασμό με το γεγονός ότι αυτές οι δύο ομάδες πειραμάτων διεξήχθησαν σε δύο διαφορετικά χρονικά σημεία, μπορεί να είναι οι παράγοντες που επηρεάζουν για τη διαφορά σε μοίρες της απορρύθμισης έκφρασης των miRNAs. Σχετικές θέσεις αυτών των 7 miRNAs μαζί με άλλα γονίδια miRNA σε διαφορετικά χρωμοσώματα αποκάλυψε ότι
HSA-miR-133a
και
HSA
–
mir-7
βρίσκονται σε δύο ( Chr 18 και Chr 20) και τρία χρωμοσώματα (Chr 9, 15 και Chr Chr 19), αντίστοιχα (Σχήμα 1α). Εδώ, αναλύσεις πραγματοποιήθηκαν μόνο για ώριμα miRNAs, ως εκ τούτου, η έκφραση του
HSA-miR-133a
και
HSA
–
mir-7
μπορεί να είναι άθροισμα όλων των ώριμων μορφές των αντίστοιχων miRNAs. Μεταξύ αυτών 7 miRNAs, έκφραση 4 miRNAs δηλαδή.
HSA-miR-1293, HSA-miR-31, HSA-miR-31 *
και
HSA-miR-7
ήταν σημαντικά up-ρύθμιση και εκείνων των 3 miRNAs δηλαδή.
HSA-miR-206, HSA-miR-204
και
HSA-miR-133a
ήταν σημαντικά κάτω ρυθμίζονται σε δείγματα καρκίνου (Πίνακας 4). χάρτης θερμότητας κατασκευάστηκε σύμφωνα με δύο τρόπους χωρίς επίβλεψη ιεραρχική ομαδοποίηση. Έτσι, όλα κάτω-ρυθμίζονται miRNAs συγκεντρωμένοι στο άνω τμήμα του οικοπέδου, ενώ όλα τα up-ρυθμίζονται miRNAs συγκεντρωμένα στο κάτω μέρος (Σχήμα 1β). Έδειξε τιμές έκφρασης (δηλ ΔΔCt) σε σύγκριση με παρακείμενες ελέγχου καθώς και τον αριθμό των δειγμάτων που παρέχουν δεδομένα έκφρασης. Έκφραση του
HSA-mir-1293
λήφθηκε από 9 ελέγχου του καρκίνου ζεύγη δειγμάτων, αλλά 6 από αυτούς είχαν τιμές ΔΔCt ≤-2 και τα υπόλοιπα 3 δείγματα είχαν τιμές ΔΔCt μεταξύ 0 και -2. Έτσι, για
HSA-mir-1293
, όλα αυτά τα 9 δείγματα είχαν τιμές ΔΔCt με κη σημάδι, που σημαίνει? όποτε λήφθηκε η έκφραση, είναι πάντα up-ρυθμίζονται, αλλά 6 από αυτούς παρουσίασαν αλλαγή περισσότερο από 4-φορές έκφρασης. Ομοίως, τα δεδομένα έκφρασης για
HSA-mir-31 *
ελήφθησαν από 16 ελέγχου του καρκίνου ζεύγη δειγμάτων. Από αυτά τα 16 δείγματα, ένα δείγμα είχε ΔΔCt μεταξύ 0 & amp? 2, δύο δείγματα είχαν τιμές ΔΔCt μεταξύ 0 & amp? -2 Και τα υπόλοιπα 13 δείγματα είχαν τιμές ΔΔCt ≤-2
Α:. Manhattan οικόπεδο p-τιμές για όλα τα 528 miRNAs 18 δείγματα. Το ΑΒ-line (δηλαδή οριζόντια γραμμή στη μέση του σχήματος) αντιπροσωπεύει τιμή Ρ διακόπτει, ρ = 0,00065. Σχετική θέση των 528 miRNAs (κατά μήκος του οριζόντιου άξονα) κατά μήκος του ανθρώπινου γονιδιώματος και τους αντιστοιχούν -log
10 μετασχηματισμένα ρ-τιμή (κατά μήκος του κάθετου άξονα) παραστάθηκε γραφικά. Β: Η θερμότητα διάγραμμα χάρτη των αξιών ΔΔCt. Αμφίδρομη χωρίς επίβλεψη ιεραρχική ομαδοποίηση των 7 miRNAs των οποίων η έκφραση ήταν σημαντικά απορυθμισμένη δείγματα. Κάθε σειρά αντιπροσωπεύει την έκφραση ενός miRNA και κάθε στήλη αντιπροσωπεύει ένα δείγμα. χρωματισμένα κύτταρα του ουρανού-μπλε ξεχωρίζουν για τις αποτυχημένες δοκιμασία δηλαδή δεν υπάρχουν στοιχεία σε αυτά τα κύτταρα. Κόκκινο και πράσινο χρώμα σημαίνει πάνω και προς τα κάτω ρύθμιση, αντίστοιχα. Δενδρόγραμμα μήκος του κάθετου άξονα αντιπροσωπεύει ιεραρχική ταξινόμηση των miRNAs βάσει των εκφράσεων ομοιότητα. Απόσταση μετρήσεις της ιεραρχικής ομαδοποίησης ήταν Ευκλείδεια απόσταση. χάρτης θερμότητας κατασκευάστηκε χρησιμοποιώντας Heatmap 2 του πακέτου «gplot» R του. C:. Υψηλή συσχέτιση της έκφρασης του
miR-206
και
miR-1
Η
Η
Κανονικοποιημένη έκφρασης (ΔΟΙ) από αυτά τα 7 miRNAs στον καρκίνο και ιστούς ελέγχου ήταν ως επί το πλείστον μη επικαλυπτόμενες και οι τιμές ΔCt από διαφορετικές miRNAs σε όλη τους ιστούς του ελέγχου έδειξαν επίσης ένα αρκετά ευρύ φάσμα διακύμανσης (Σχήμα 2). Έτσι για να πάρετε τη σωστή σχετική έκφραση, είναι σημαντικό να συγκρίνει την έκφραση του miRNAs σε καρκινικό ιστό με εκείνες του ιστού ελέγχου από το ίδιο άτομο. Σε αυτό το σχήμα, miRNAs τοποθετήθηκαν σύμφωνα με την αύξηση της ρ-τιμές (από πάνω προς τα κάτω) κάθετα. Οι τιμές ΔCt 8 miRNAs σε διαφορετικά δείγματα όγκων και του ελέγχου είχε αποτυπώνεται στον οριζόντιο άξονα για να δείξει κατανομή των τιμών ΔCt σε όλα τα δείγματα. Είναι προφανές ότι περισσότερο η επικάλυψη μεταξύ σειρών της έκφρασης των miRNAs στον καρκίνο και τον έλεγχο των ιστών, το λιγότερο είναι το επίπεδο σημαντικότητας. Εδώ,
HSA-mir1293
με χαμηλότερη τιμή ρ 0,000028 είχε τοποθετηθεί στην κορυφή και
HSA-Mir-1
με τιμή ρ 0,00094 (ακριβώς κάτω από το διορθωμένο επίπεδο σημαντικότητας) τοποθετήθηκε στο κάτω μέρος στον κάθετο άξονα (Εικόνα 2).
οριζόντια Θηκόγραμμα δείχνεται για διανομή της έκφρασης (ΔCt) του miRNAs κατά μήκος του οριζόντιου άξονα. Οι Ρ-τιμές των miRNAs απεικονίζονται σε αύξουσα σειρά (από πάνω προς τα κάτω). Έκφραση του
έχει-miR-1
δεν είναι σημαντικά από ρυθμίσεις και φαίνεται να συγκρίνουν με εκείνες άλλων 7 miRNAs. Κάθε Box και ζεύγος μουστακιού (Gray για τον Καρκίνο και λευκό για Κανονικό) αντιπροσωπεύει εύρος διακύμανσης των τιμών ΔCt για miRNA από τα δεδομένα TLDA. Αυτή η περιοχή αντιπροσωπεύει την έκφραση όλων των προσδιορίστηκαν με επιτυχία τα δεδομένα δείγματα για το συγκεκριμένο miRNA.
Η
Η έκφραση των miRNAs σε προκαρκινικές δείγματα λευκοπλακία και ομαλός λειχήνας
Μεταξύ 7 miRNAs που παρατηρήθηκε να απελευθερωθεί σημαντικά δείγματα καρκίνου (Πίνακας 4), η έκφραση του μόνο
miR-31
ήταν σημαντικά πάνω ρυθμισμένα σε ιστούς λευκοπλακία όπου ως έκφραση κανένας από αυτούς τους 7 miRNAs ήταν απορυθμισμένη σημαντικά σε ιστούς ομαλός λειχήνας. Η έκφραση του
miR-31 *
και
miR-204
ήταν επίσης ανάντη (4,75 πτυχώσεις) και ρυθμισμένα προς τα κάτω (1,99 πτυχώσεις), αντιστοίχως, σε ιστούς λευκοπλακία αλλά όχι σημαντικά διαφορετική.
εξόρυξης βάσης δεδομένων και της βιοπληροφορικής αναλύει
Δημοσιεύθηκε εκθέσεις σχετικά με αυτές τις 7 miRNAs είχαν επίσης δείξει παρόμοια κατεύθυνση της απορρύθμισης έκφρασης σε ορισμένες μορφές καρκίνου, συμπεριλαμβανομένων κεφαλής και του τραχήλου [10], [18] – [20]. Ένα σύνολο από 561 μοναδικά στόχους εντοπίστηκαν όταν αυτά τα 7 miRNAs χρησιμοποιήθηκαν για την αναζήτηση στόχων χρησιμοποιώντας miRWalk [21] και την περαιτέρω cross-επικυρωμένη από Pubmed (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed). Η
HSA-miR-31 *
έχει επικυρωθεί στόχο,
RhoA
, ο οποίος φέρεται να εμπλέκεται στο στόμα νεόπλασμα [18]. Η
HSA-miR-1293
μέχρι τώρα είναι γνωστό ότι στοχεύουν
GCN1L1
(Πίνακας 5) και
HSA-miR-1293
μεσολάβηση κάτω ρύθμιση αυτού του γονιδίου αντιγόνου όγκου ( δηλαδή
GCN1L1
) θα μπορούσαν να συμβάλλουν στην κακή πρόγνωση του όγκου [22]. εργαλείο ΙΡΑ χρησιμοποιήθηκε για «όρος ασθένεια αναζήτηση» (Ingenuity® Systems, www.ingenuity.com) και το πιο σημαντικό «όρος ασθένεια» στην κατηγορία του καρκίνου του ΙΡΑ ήταν «το κεφάλι και το λαιμό» του καρκίνου. IPA δεν μπορούσε να παράσχει οποιαδήποτε πληγεί από
HSA-miR-1293
και θεωρείται
HSA-miR-31
και
HSA-miR-31 *
ως συνώνυμο έτσι η έξοδος ήταν από 5 miRNAs. Παρατηρήθηκε επίσης ότι ΜΠΒ θεωρείται
HSA-miR-206
συνώνυμη με
HSA-miR-1
, δεδομένου ότι έχουν τα ίδια ακολουθία σπόρων [23]. Παρατηρήθηκε επίσης ότι η κατάσταση απορρύθμιση της έκφρασης του
HSA-miR-1
και
HSA-miR-206
σε όλα τα δείγματα ήταν πολύ παρόμοια με κάθε άλλη (r = 0,94) (Σχήμα 1γ) . Ένταξη του
HSA-miR-1
στη λίστα αναζήτησης στόχος αυξήθηκε ο αριθμός των στόχων για 702. Σε KEGG πύλη χαρτογράφησης της οδού [24] – [25] επικυρωθεί στόχοι αυτών των 8 miRNAs έχουν χρησιμοποιηθεί. Top πιο πορείες στην αντιστοιχισμένη λίστα ήταν «microRNAs στον καρκίνο», ακολουθούμενο από το «πρωτεογλυκανών στον καρκίνο» και «μονοπάτι παγκόσμιο καρκίνο» (Πίνακας S1 στο αρχείο S2). Άλλες σχετικές κορυφή μονοπάτι ήταν
ΡΙ3Κ-ΑΚΤ
η οποία είναι μία από τις πιο κοινές οδούς που εμπλέκονται στον καρκίνο. Άλλες πιο σημαντικές αλλαγές που θα μπορούσαν να έχουν συμβεί εξαιτίας αυτών των miRNAs είναι διαταραχή της ακτίνης συντήρησης κυτταροσκελετού και εστιακή πρόσφυση. Άλλα πιθανά εμπλέκονται σηματοδότηση μονοπατιών ήταν
RAS
,
RAP1, ΜΑΡΚ, HIF-1
,
FOXO, TNF, ErbB
, απόπτωση κλπ (Πίνακας S1 στο S2 αρχείου). «GO» αναζήτηση όρος εμπλουτισμός διεξήχθη με τη χρήση των εισροών των 702 επικυρωμένων στόχων αυτών των οκτώ miRNAs (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται) και παρατηρήθηκε ότι οι περισσότεροι επιφανείς διαταραχθεί βιολογικές διαδικασίες είναι κατά κύριο λόγο σχετίζονται με τη μετανάστευση των κυττάρων, η απώλεια της απόπτωσης, πολλαπλασιασμού των κυττάρων κ.λπ. Αλλά DAVID με βάση το «GO» όρος εμπλουτισμού για βιολογική διεργασία έδειξε πιο σημαντικό βιολογικής διαδικασίας είναι «απόπτωση» (Πίνακας S2 σε S2 αρχείου) [26] – [28]. Όλες αυτές οι παρατηρήσεις υποστηρίζουν ότι αυτές οι 8 miRNAs μπορούν να παίξουν σημαντικό λειτουργικό ρόλο στην gingivo στοματικό καρκίνο. RNA-Seq δεδομένων μας δείχνει ότι η έκφραση του
FN1, MSN
και
ΜΜΡ9
, το οποίο ανήκει στην «Πρωτεογλυκάνες στον καρκίνο» λίστα γονιδίων και είναι στόχοι της κάτω-ρυθμίζονται miRNAs, ρυθμίστηκε up- σε 10 από 13 δείγματα ιστού (κατά μέσο όρο, 6,83, 2,43 και 21,89 πτυχώσεις, αντίστοιχα, σε σύγκριση με παρακείμενο φυσιολογικό). Ομοίως προβλέπεται up-ρύθμιση του
LAMC
και προς τα κάτω ρύθμιση των
PAI
, τα οποία ανήκουν σε
PI3K-AKT
μονοπάτι, επίσης επικυρωθεί στα δεδομένα RNA-Seq σε μια υπο οριστεί από αυτά τα δείγματα ιστού (μη δημοσιευμένα δεδομένα). Αυτές οι παρατηρήσεις υποστηρίζουν επίσης προγνωστική ανάλυση μονοπάτι μας όσον αφορά εμπλέκονται βιολογική διεργασία /μονοπάτια που θα μπορούσε να στοχεύει αυτό το σύνολο των 8 miRNAs.
Η
Επιλεγμένα δείγματα είχαν μικρή διακύμανση όσον αφορά το καθεστώς της διαφοροποίησης ή κλινική σταδιοποίηση. Cluster ανάλυση έγινε για να ελέγξετε αν το γονιδίωμα ευρύ προφίλ miRNA θα μπορούσαν να εξηγήσουν το εν λόγω χαρακτηριστικό παραλλαγή. Αυτό έγινε με τη χρήση δεδομένων απορρύθμισης έκφρασης (ΔΔCt) των 531 miRNAs από 18 δείγματα καρκίνου με τη βοήθεια K-διάμεσο μέθοδο. Ιδανικά, ελήφθησαν μόνο δύο διακριτές συστάδες? μία αποτελείτο από 13 ζεύγη δείγματα όγκων-φυσιολογική και άλλα αποτελούνταν από 5 ζεύγη δείγματα όγκων-φυσιολογική. Ήταν προφανές ότι αυτές οι δύο συστάδες των δειγμάτων δεν σχηματίστηκαν με βάση την κατάσταση διαφοροποίησης τους ή κλινικά στάδια. Έκφραση των 30 miRNAs ήταν σημαντικά απελευθερωθεί στο σύμπλεγμα των 13 δειγμάτων (p-value κόψει 0,00298 μετά Benjamini-Hochberg Διόρθωση, Σχήμα 3α, το σχήμα 3β), αλλά κανένα από τα miRNAs ήταν σημαντικά απελευθερωμένη στο σύμπλεγμα των 5 δείγματα (τα δεδομένα δεν εμφανίζονται ). Fold έκφρασης (ανάντη ή κάτω ρυθμισμένα) ενός miRNA σε έναν ιστό όγκου σε σύγκριση με παρακείμενες έλεγχο και τον αριθμό των δειγμάτων που παρέχουν στοιχεία έκφρασης ενός miRNA μπορούσε να παρατηρηθεί σε χάρτη θερμότητας διαγράμματα του συμπλέγματος των 13 δειγμάτων του (σχήμα 3β). Έδειξε ότι η έκφραση όλων των miRNAs δεν ήταν διαθέσιμη από όλα τα δείγματα. Έκφραση κάποιων miRNAs ήταν ρυθμισμένη στα περισσότερα από τα δείγματα (π.χ. έκφραση του
miR-31 *, miR-7, miR-21
εμφανίζονται στο κάτω μέρος του σχήματος) και την έκφραση κάποιων miRNAs ήταν κάτω -regulated στα περισσότερα από τα δείγματα (π.χ.
miR-206, miR-1, miR-133a
φαίνεται στη μέση του σχήματος) (Σχήμα 3β)
Α:. Manhattan οικόπεδο p-τιμές για 520 miRNAs από το σύμπλεγμα των 13 δειγμάτων. Το οικόπεδο σχετική θέση των 520 miRNAs (κατά μήκος του οριζόντιου άξονα) κατά μήκος του ανθρώπινου χρωμοσώματος και αντίστοιχη -log
10 μετασχηματισμένα ρ-αξία τους (κατά μήκος του κάθετου άξονα). Benjamini-Hochberg διορθωμένη τιμή Ρ αποκοπεί ήταν 0,00298 (οριζόντια γραμμή στη μέση του σχήματος). Β: Η θερμότητα διάγραμμα χάρτη των αξιών ΔΔCt 30 miRNAs. Έκφραση αυτών των miRNAs ήταν σημαντικά απελευθερωθεί στο σύμπλεγμα των 13 δειγμάτων. Κάθε σειρά αντιπροσωπεύει μια miRNA και κάθε στήλη αντιπροσωπεύει ένα δείγμα. χρωματισμένα κύτταρα του ουρανού-μπλε σταθεί για απέτυχε δοκιμασία (i.e.no δεδομένα σε αυτά τα κύτταρα). Κόκκινο και πράσινο χρώμα σημαίνει πάνω και προς τα κάτω ρύθμιση της έκφρασης, αντίστοιχα. χάρτης θερμότητας κατασκευάστηκε χρησιμοποιώντας Heatmap 2 του πακέτου «gplot» R του. C:. Υψηλή συσχέτιση της έκφρασης του miR-411 * και miR-411
Η
Από αυτά τα 30 miRNAs (Πίνακας 6), η έκφραση της 28ης miRNAs έδειξε παρόμοιο πρότυπο απορρύθμισης έκφρασης όπως είχε ήδη αναφερθεί σε προηγούμενες μελέτες σχετικά με τον καρκίνο [10], [29] – [30]. Από τις υπόλοιπες δύο miRNAs, ένα miRNA
(HSA-miR-770-5p
) δεν έχει συνδεθεί ακόμη με οποιοδήποτε καρκίνο. Έκφραση των υπόλοιπων ενός miRNA (
HSA-miR-211
) έχει απελευθερωθεί στην αντίθετη κατεύθυνση σε αυτή τη μελέτη σε σύγκριση με προηγούμενες εκθέσεις για καρκίνο του παχέος εντέρου [29] – [30]. Στην πραγματικότητα, 7 miRNAs, του οποίου η έκφραση ήταν σημαντικά απελευθερωμένη στην ανάλυση των 18 δειγμάτων, είναι ένα υποσύνολο αυτών των 30 miRNAs. Ωστόσο, η έκφραση του
HSA-miR-411 *
παρατηρήθηκε να απελευθερωθεί σημαντικά σε αυτή τη μελέτη, αλλά καμία προηγούμενη έκθεση είχε δείξει την εμπλοκή της με τον καρκίνο. Και πάλι, είναι γνωστό ότι
HSA-miR-411
και
miR-411 *
οποίες πηγάζουν από την ίδια πρόδρομη miRNA και
HSA-miR-411
έχει μια ισχυρή συσχέτιση με τον καρκίνο [31]. Όταν ελέγξαμε την έκφραση του ώριμου
HSA-miR-411
και
HSA-miR-411 *
, παρατηρήθηκε μια ισχυρή θετική συσχέτιση (r = 0,95) (Σχήμα 3γ) αν και η έκφραση του
HSA-miR-411
δεν βρέθηκε να είναι στατιστικά σημαντική. Ομοίως, έχουμε παρατηρήσει απορρύθμιση σημαντική έκφραση του
HSA-miR-135b *
και
HSA
-miR-99α * και οι εκθέσεις των συσχέτιση του καρκίνου με
HSA-miR-135b
και
HSA
–
miR-99a
[32]. Ψάχνοντας σε παρόμοιο τρόπο, 1.207 μοναδικά γονίδια στόχους ελήφθησαν για αυτά τα 30 miRNAs. IPA και KEGG χαρτογράφησης εκτελέστηκαν χρησιμοποιώντας αυτά τα 30 miRNAs και γνωστά 1207 γονίδια στόχους τους. Στην ανάλυσή του ΜΠΒ, τρεις καρκίνους, τα οποία βρέθηκαν να σχετίζονται με την απορρύθμιση της έκφρασης ενός μεγάλου υποσύνολο αυτών των miRNAs, ήταν υπο του φάρυγγα, του οισοφάγου και του καρκίνου κεφαλής και τραχήλου (p-τιμές 1,71 × 10
-07, 2.20 × 10
-07 και 1.02 × 10
-07 αντίστοιχα). Είναι ενδιαφέρον, ίδια μονοπάτια βιολογικών σημάτων (που σχετίζονται με τον καρκίνο) έχουν αναφερθεί να συμμετέχουν με αυτά τα σετ των 30 miRNAs όπως παρατηρήθηκε με 8 miRNAs νωρίτερα. Αλλά η διαφορά έγκειται στο ρεπερτόριο και τον αριθμό των στοχευμένων κόμβων για όλα αυτά τα μονοπάτια (Πίνακας S1 στο αρχείο S2, Πίνακας S2 στο αρχείο S2, S3 πίνακα στο αρχείο S2 και Πίνακας S4 στο S2 αρχείου).
Η
Συζήτηση και Συμπεράσματα
Εκφράσεις της 7ης miRNAs ήταν σημαντικά απελευθερωθεί σε 18 δείγματα καρκίνου και σημαντική προς τα πάνω ρύθμιση του
HSA-miR-1293
γίνεται η αναφορά, για πρώτη φορά στην gingivo στοματικό καρκίνο ( Πίνακας 4). Όσο για σήμερα, λειτουργικό ρόλο του
HSA-miR-1293
στον καρκίνο είναι πολύ περιορισμένη. Σύμφωνα με miRWalk [21] και starbase [33], μια από τις προβλεπόμενες στόχων του
HSA-miR-1293
είναι
MAPK14
(ρ38) το οποίο έχει αποδειχθεί ότι συνδέεται με την ευαισθησία του όγκου του να
cis
λευκόχρυσος θεραπεία [34]. Αν ήταν δυνατή η επικύρωση αυτής της προβλεπόμενης σχέση, τότε η έκφραση αυτού του miRNA μπορεί να είναι χρήσιμη στην πρόβλεψη της ευαισθησίας του ασθενούς στο
cis
-λευκόχρυσος θεραπεία. Δύο miRNAs,
HSA-miR-206
και
HSA-miR-1
, είναι γνωστό ότι παίζουν αντι-ογκογόνο ρόλο [35] – [37] και
HSA-ΜΙΚ
206 μπορεί έμμεσα να ενεργοποιήσετε την απόπτωση, η αναστολή της κυτταρικής μετανάστευσης και να εστιάσει το σχηματισμό [38]. Κάτω ρύθμιση της έκφρασης του
HSA-miR-1
και
HSA-miR-133a
, η οποία έχει παρατηρηθεί σε αυτή τη μελέτη (Πίνακας 5), έχει ήδη αναφερθεί σε προηγούμενη μελέτη με στοματικό καρκίνωμα πλακωδών κυττάρων [39]. Στην πραγματικότητα,
HSA-miR-133α
στόχους αρκετά ογκογονίδια και φέρεται να είναι συνήθως κάτω ρυθμίζεται σε έναν αριθμό άλλων από του στόματος μελέτες του καρκίνου [35] – [40]. Έκφραση και των δύο
HSA-miR-31
και
HSA-miR-31 *
αναφέρθηκε σε κάποια παλαιότερη μελέτη για τον καρκίνο [41] – [42]. Μελέτη για την κυτταρική σειρά OSCC έδειξε ότι εξωγενή παράδοση του
προ-mir-31
, η οποία ενισχύει τη ποσότητα του ώριμου
HSA-miR-31
και
HSA-miR-31 *
, ενισχυμένη ογκογονικότητα OSCC [41] – [42]. Ως εκ τούτου, η παρατήρηση μας up-ρύθμιση του
HSA-miR-31
και
HSA-miR-31 *
, επιβεβαιώνει με τις υπάρχουσες εκθέσεις σχετικά με προφορικές και άλλους καρκίνους. Παρόμοια με την προηγούμενη έκθεση για καρκίνο κεφαλής και λαιμού, και εδώ, η έκφραση του
HSA-miR-204
βρέθηκε επίσης να είναι σημαντικά κάτω ρύθμιση [43]. Έκφραση του
HSA-miR-7
, ένα γνωστό OncomiR, φέρεται να είναι up-ρυθμίζονται σε OSCC [44]. Απευθύνεται κυρίως ογκοκατασταλτικό μεταγραφές από το
RECK
[16]. Σε αυτή τη μελέτη, η έκφραση του
HSA-miR-7
ήταν επίσης σημαντικά τα επάνω ρυθμισμένη και έτσι επιβεβαιώνει με προηγούμενα ευρήματα που σχετίζονται με τον καρκίνο του στόματος. Έχουν γίνει προσπάθειες να κατανοήσουν τις πιθανές βιολογικές επιπτώσεις από την εξόρυξη διαφορετικές βάσεις δεδομένων. ανάλυση Pathway αποκάλυψε ότι οι περισσότεροι διαταράσσεται βιολογικών διεργασιών θα είναι κυτταρική μετανάστευση, την απόπτωση και τον πολλαπλασιασμό (Πίνακας S2 σε S2 File). Οι περισσότεροι διαταραχθεί οδοί αναμένεται να είναι «πρωτεογλυκάνες στον καρκίνο» και
ΡΙ3Κ-ΑΚΤ
(Πίνακας S1 σε S2 File), που υποστηρίζονται επίσης από την RNA-Seq δεδομένα μας την απορρύθμιση έκφρασης ορισμένων γονιδίων πρωτεογλυκάνης και
LAMC
και
ΡΑΙ
που ανήκουν στο
PI3K-AKT
οδού (αδημοσίευτα δεδομένα). Αυτές οι παρατηρήσεις υποστηρίζουν επίσης προγνωστική ανάλυση μονοπάτι μας όσον αφορά εμπλέκονται βιολογική διεργασία /μονοπάτια που θα μπορούσε να στοχεύει αυτό το σύνολο των 8 miRNAs.
ανάλυση Σύμπλεγμα 18 δείγματα είχαν δείξει ότι η έκφραση των miRNAs 30 βρέθηκε να απελευθερωθεί σημαντικά το σύμπλεγμα των 13 δειγμάτων (σχήμα 3β). βιβλιογραφική έρευνα και την εξόρυξη δεδομένων με αυτές τις 30 miRNAs έδειξαν ενδιαφέρον αυτών των γονιδίων με από του στόματος και άλλων καρκίνων (Πίνακας 6). Παρά το γεγονός ότι, η ανάλυση της οδού χρησιμοποιώντας 8 miRNAs (από δεδομένα έκφραση 18 δείγματα) και 30 miRNAs (από δεδομένα της έκφρασης του συμπλέγματος των 13 δειγμάτων) περιόρισε σε παρόμοια μονοπάτια σηματοδότησης αλλά ο αριθμός και το ρεπερτόριο των κόμβων στόχο αυτών σύνολο των miRNAs είναι αρκετά διαφορετική (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται). Αυτή η ανάλυση συστάδων είναι στην πραγματικότητα αποκαλύπτει την ύπαρξη της μοριακής ετερογένειας που μπορεί να μασήσει ανάλυση της εξεύρεσης λεπτότερα μοριακών δεικτών. Είναι ενδιαφέρον, παρατηρήθηκε πρότυπο μοριακό ετερογένεια σε καμία περίπτωση δεν σχετίζονται με τη διαφοροποίηση υπότυπο που υπάρχει μέσα στους ιστούς ή κλινικά στάδια των δειγμάτων.
Μεταξύ δύο προ-καρκίνου, λευκοπλακία είναι γνωστό ότι σχετίζονται με τη συνήθεια του καπνού, ενώ ομαλός λειχήνας είναι μια αυτόματη ανοσολογική ασθένεια. Έχει αναφερθεί ότι όλες οι μορφές καρκίνου του στόματος προηγείται προκαρκινικές βλάβες. Έτσι, ελέγξαμε κατά πόσο, παρόμοια με τα δείγματα καρκίνου, απορύθμιση της έκφρασης των miRNAs μπορούσε να παρατηρηθεί σε αυτά τα δύο προκαρκινικές αλλοιώσεις. Εδώ, τα δεδομένα έδειξαν ότι TaqMan έκφραση μόνο
HSA-mir-31
ήταν σημαντικά πάνω ρυθμισμένα (4,55 φορές περισσότερο από γειτονικό ιστό ελέγχου) σε δείγματα λευκοπλακία (Πίνακας 4), αλλά όχι σε ομαλός λειχήνας ιστό. Αν και, η έκφραση του άλλου miRNA,
HSA-mir-31 *
, ήταν επίσης ρυθμίζεται προς τα πάνω από 4,75 πτυχώσεις αλλά σημαντικά όχι διαφορετικά λόγω της μεγαλύτερης τυπική απόκλιση μεταξύ των δειγμάτων. Έτσι, η έκφραση αυτών των δύο miRNAs πρέπει να ελεγχθεί σε περισσότερα δείγματα λευκοπλακία. Αυτό επαναλαμβάνει για άλλη μια φορά για τη μοριακή εγγύτητα λευκοπλακία με GBSCC από ό, τι άλλα προ-καρκίνου, ομαλός λειχήνας. Έτσι, η έκφραση του
HSA-mir-31 και HSA-mir-31 *
στην λευκοπλακία ιστών θα μπορούσε να είναι εν δυνάμει κίνδυνο-δείκτες για την εξέλιξη των προκαρκινικών να GBSCC.
Μικρός αριθμός και μικτά στάδιο δείγματα όγκων και δοκιμασία έκφρασης μόνο 762 miRNAs από TLDA (διαθέσιμα κατά το χρόνο του πειράματος μας) περιορίζεται αυτή τη μελέτη για να συναχθεί ότι η έκφραση των μόλις 7 miRNAs ήταν σημαντικά απορυθμισμένη στους ιστούς GBSCC σε σύγκριση με παρακείμενους ιστούς ελέγχου. Υπάρχει μεγάλη πιθανότητα ότι ο αριθμός των απορρυθμισμένη miRNAs θα αυξηθεί εάν μπορούσαμε δοκιμασία έκφραση ~2578 miRNAs σήμερα γνωστά στον ανθρώπινο ιστό, όπως αναφέρεται στην miRBase-20 [45]. Ως αποτέλεσμα, η έκφραση του πιο miRNAs θα μπορούσαν να έχουν ελεγχθεί σε καρκίνο και λευκοπλακία ιστούς να συμπεράνουμε περισσότερα για μοριακούς δείκτες. Το πιο σημαντικό, ο ρόλος αυτών των miRNAs στην καρκινογένεση πρέπει να επικυρωθεί από λειτουργική μελέτη.
Υποστήριξη Πληροφορίες
αρχείου S1. προφίλ ευρεία έκφραση των miRNAs
Γονιδιώματος για 528 miRNAs (εξαιρουμένων των 3 ενδογενή ελέγχους) σε GBSCC. Κάθε στήλη από το S1 στο S24 αντιπροσωπεύει τα δεδομένα για 18 δείγματα, κάθε σειρά αντιπροσωπεύει τα δεδομένα για ΔΔCt ενός συγκεκριμένου miRNA. Ν /Α αντιπροσωπεύει κανένα στοιχείο
doi:. 10.1371 /journal.pone.0104839.s001
(XLSX)
αρχείου S2.
Περιέχει συμπληρωματικοί πίνακες
doi:. 10.1371 /journal.pone.0104839.s002
(DOCX)
Ευχαριστίες
Σας ευχαριστούμε θερμά τον Δρ Analabha Basu και ο Δρ
You must be logged into post a comment.