Abstract

Αν και πυελική ακτινοβολία είναι αποτελεσματική για τη θεραπεία διαφόρων τύπων καρκίνου, πολλοί ασθενείς οι οποίοι λαμβάνουν ακτινοθεραπεία εμπειρία σοβαρές επιπλοκές. Gut μικροβιακή dysbiosis υποτέθηκε ότι σχετίζεται με την εμφάνιση που προκαλείται από ακτινοβολία επιπλοκών σε ασθενείς με καρκίνο. Δεδομένης της έλλειψης κλινικών ή πειραματικά δεδομένα σχετικά με τις επιπτώσεις της ακτινοβολίας στο έντερο microbiota, μια προοπτική μελέτη παρατήρησης του εντέρου μικροχλωρίδας διεξήχθη σε ασθενείς με γυναικολογικό καρκίνο που λαμβάνουν πυελική ακτινοθεραπεία. Στην παρούσα μελέτη, η συνολική σύνθεση και τις μεταβολές του εντέρου μικροχλωρίδας σε ασθενείς με καρκίνο που λαμβάνουν ακτινοβολία διερευνήθηκαν με 454 Pyrosequencing. Gut μικροβιακή σύνθεση έδειξαν σημαντικές διαφορές (

P

& lt? 0.001) μεταξύ των ασθενών με καρκίνο και των υγιών ατόμων. Οι αριθμοί των ειδών επιπέδου taxa έχουν μειωθεί σημαντικά μετά την ακτινοθεραπεία (

P

& lt? 0.045), και η αφθονία της κάθε κοινότητας αλλάξει σε μεγάλο βαθμό. Ειδικότερα, η φύλα Firmicutes και Fusobacterium ήταν σημαντικά μειώθηκε κατά 10% και αυξήθηκε κατά 3% μετά την ακτινοθεραπεία, αντίστοιχα. Επιπλέον, η συνολική έντερο μικροβιακή σύνθεση σταδιακά remolded μετά την πλήρη διάρκεια της θεραπείας της πυελικής ακτινοθεραπείας. Σε αυτό το σύνολο των ασθενών με καρκίνο, dysbiosis της μικροχλωρίδας του εντέρου συνδέεται με την κατάσταση της υγείας, και η μικροχλωρίδα του εντέρου επηρεάστηκε από πυελική ακτινοθεραπεία. Αν και χρειάζονται περαιτέρω μελέτες για να αποσαφηνιστεί η σχέση μεταξύ dysbiosis και των επιπλοκών που προκαλούνται από πυελική ραδιοθεραπεία, η τρέχουσα μελέτη μπορεί να προσφέρει πληροφορίες για την θεραπεία των ασθενών με καρκίνο που πάσχουν από επιπλοκές μετά την ακτινοθεραπεία.

Παράθεση: Nam Υ-Δ, Kim HJ, Seo J-G, Kang ΝΔ, Bae J-W (2013) Επίδραση της πυέλου ακτινοθεραπεία για Gut μικροχλωρίδας του Γυναικολογικού Καρκίνου ασθενείς έδειξε από Massive Pyrosequencing. PLoS ONE 8 (12): e82659. doi: 10.1371 /journal.pone.0082659

Επιμέλεια: Markus Μ Heimesaat, Charité, Πανεπιστημιούπολη Benjamin Franklin, Γερμανία

Ελήφθη: May 29, 2013? Αποδεκτές: 25η Οκτωβρίου, 2013? Δημοσιεύθηκε: 18 Δεκεμβρίου 2013

Copyright: © 2013 Nam et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Αυτό το έργο υποστηρίχθηκε από μια επιχορήγηση από το Πρόγραμμα Ερευνητής Mid-Career (2011-0028854 να J.-WB) μέσω του Εθνικού Ιδρύματος Ερευνών της Κορέας (NRF), που χρηματοδοτείται από το Υπουργείο Παιδείας, Επιστημών και Τεχνολογίας (MEST)? SNUH επιχορήγηση CRI (0620122120), και όχι για κέρδος της έρευνας δωρεά για ολιστική ιατρική από SK Holdings και τα τέλη Πρόεδρος Γιονγκ-Hyun Choi. Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:. Οι συγγραφείς έχουν τα εξής ενδιαφέροντα: SK Holdings χρηματοδοτείται εν μέρει αυτή τη μελέτη. J-GS απασχολείται από κινητό Biotech Co., Ltd. Δεν υπάρχουν διπλώματα ευρεσιτεχνίας, τα προϊόντα για την ανάπτυξη ή την εμπορία προϊόντων που να δηλώνουν. Αυτό δεν αλλάζει την τήρηση των συγγραφέων σε όλες τις PLoS ONE πολιτικές για την ανταλλαγή δεδομένων και υλικών.

Εισαγωγή

Περισσότερο από το 50% των ασθενών με καρκίνο να λαμβάνουν ακτινοβολία για τη θεραπεία του καρκίνου [1]. Πυελική ακτινοβολία έχει χρησιμοποιηθεί από καιρό ως θεραπευτική ή παρηγορητική θεραπεία και έχει αποδειχθεί ότι είναι επιτυχής για τη θεραπεία διαφόρων τύπων καρκίνου, συμπεριλαμβανομένου του κοιλιακού και του τραχήλου της μήτρας [2,3]. Ωστόσο, οι παρενέργειες είναι κοινές για τα ακτινοβολημένα ασθενείς επειδή η ακτινοβολία μπορεί να τραυματίσει τους φυσιολογικούς ιστούς του πυελικού δέρματος, άπω παχύ έντερο, βρόχους του λεπτού εντέρου, και η ουρογεννητική περιοχή μαζί με τα στοχευόμενα κύτταρα όγκου [4]. Κατά τη διάρκεια και μετά την περίοδο ακτινοθεραπεία, πολλοί ασθενείς (δηλαδή, το 75% των ασθενών σπλαχνικού πυέλου καρκίνο) υποφέρουν από συμπτώματα, συμπεριλαμβανομένης της διάρροιας, απαλλαγή βλέννα, πρωκτική αιμορραγία, τεινεσμός, και ακράτεια κοπράνων. Οι επιπλοκές αυτές μπορεί να αυξήσει τις δαπάνες της υγειονομικής περίθαλψης και της θνησιμότητας των ασθενών με καρκίνο, με πλέον νοσηλείες και πιο αργή θεραπείες για τον καρκίνο [2].

Ενώ η εντεροπάθεια ακτινοβολίας είναι μια σοβαρή επιπλοκή, οι θεραπευτικές στρατηγικές περιορίζονται επειδή οι μηχανισμοί της εντεροπάθεια ακτινοβολίας δεν είναι καλά κατανοητοί. Πρόσφατες μελέτες με στόχο τη διευκρίνιση των αλληλεπιδράσεων ανθρώπου-microbiome παρέχονται εικόνα των πιθανών θεραπευτικών. Crawford και Γκόρντον αποκάλυψε τη σημασία του εντέρου μικροχλωρίδας στην επέλευση της ζημίας ακτινοβολίας [5]. Έδειξαν ότι χωρίς μικρόβια ποντικοί ήταν ανθεκτικοί σε θανατηφόρες τραυματισμό ακτινοβολία και είχαν λιγότερο προκαλούμενη από ακτινοβολία βλάβης επιθηλιακών κυττάρων σε σύγκριση με τα συμβατικά ποντίκια με συμβιωτικό εντέρου μικροβιακή χλωρίδα. Η υπερανάπτυξη του gram-αρνητικών βακίλλων δείχθηκε να είναι ουσιώδης στην παθογένεια της εντεροπάθειας ακτινοβολία [6]. Johnson et al. ανέφεραν ότι η ακτινοβολία του εντέρου μπορεί να οδηγήσει σε μια γενική μείωση του εντέρου μικροχλωρίδας, η ανισορροπία του εντέρου δομή της κοινότητας βακτηριακή, και την επακόλουθη παθογόνες επιδράσεις επί της επιθηλιακής βλεννογόνου [7]. Ωστόσο, παρά τις αυξανόμενες αποδείξεις της σχέσης μεταξύ έντερο μικροχλωρίδα και εντεροπάθεια ακτινοβολίας, υπάρχουν ολοκληρωμένες μοριακές αναλύσεις έχουν διεξαχθεί για να διερευνηθεί η επίδραση της ακτινοβολίας στο έντερο μικροχλωρίδας σε ασθενείς με καρκίνο του ανθρώπου.

Οι πρόσφατες εξελίξεις στην τεχνολογία αλληλουχίας, όπως η προσέγγιση 454 Pyrosequencing, παρέχει ένα πιο γρήγορο και απλό τρόπο για την ανάλυση των μικροβιακών κοινοτήτων σε σύγκριση με οποιαδήποτε άλλη κουλτούρα-εξαρτώμενα ή ανεξάρτητη από τις μεθόδους [8-11]. Έχουν εφαρμοστεί επιτυχώς για τον χαρακτηρισμό της μικροβιακής ποικιλότητας σε διάφορες περιοχές του ανθρώπινου σώματος, συμπεριλαμβανομένου του δέρματος [12], τη στοματική κοιλότητα [13], του κόλπου [14], και την εντερική οδό [15,16]. Μέχρι τώρα, όμως, δεν έχει υπάρξει καμία ολοκληρωμένη μελέτη της επίδρασης της ακτινοθεραπείας στο έντερο μικροχλωρίδας σε ασθενείς με καρκίνο, χρησιμοποιώντας αυτή την τεχνολογία υψηλής απόδοσης. Ως εκ τούτου, στην παρούσα μελέτη, διεξήχθη μια λεπτομερή και συγκριτική ανάλυση των εντέρων μικροβιακών κοινοτήτων των ασθενών με καρκίνο ακτινοβολία-θεραπεία. Κοπράνων δείγματα περιοδικώς συλλέχθηκαν από εννέα ασθενείς γυναικολογικού καρκίνου πριν, κατά και μετά την πυελική ακτινοθεραπεία. Αυτά τα δείγματα αναλύθηκαν με 454 Pyrosequencing με δείγμα-ειδικό γραμμωτό κωδικό εκκινητές που στοχεύουν τις υπερ-μεταβλητές περιοχές V1 /V2 των βακτηριακών 16S rRNA γονιδίων. Επιπλέον, το συνολικό σχήμα του προφίλ έντερο μικροχλωρίδας των ασθενών με καρκίνο συγκρίθηκε με εκείνη των υγιών ατόμων. Απ ‘όσο γνωρίζουμε, αυτή είναι η πρώτη μοριακή οικολογική έρευνα διευκρίνιση της επίδραση της ακτινοβολίας στο έντερο των ασθενών με μικροβιοτικούς γυναικολογικό καρκίνο χρησιμοποιώντας μια προσέγγιση βαθιά αλληλούχισης. Τα αποτελέσματα αυτής της μελέτης θα διευρύνουν τις γνώσεις μας σχετικά με τις λειτουργίες της αλληλεπίδρασης ξενιστή-μικρόβιο σε τραυματισμό ακτινοβολίας και θα παρέχει τη διορατικότητα σε δύο παθοφυσιολογία της νόσου και των πιθανών θεραπευτικών για τους ασθενείς με καρκίνο.

Υλικά και Μέθοδοι

Δειγματοληψία και DNA εξόρυξη

κοπράνων δείγματα που παρέχονται από εννέα ασθενείς γυναικολογικό καρκίνο (ηλικία: 35-63 ετών), οι οποίοι υποβάλλονταν σε ακτινοθεραπεία της πυέλου (Πίνακας S1). Μόνο οι ασθενείς που δεν λαμβάνουν αντιβιοτικά, στεροειδή, και ανοσο-κατασταλτικά συμπεριελήφθησαν σε αυτή τη μελέτη. Ακτινοθεραπεία παραδόθηκε σε δόσεις των 50.4 Gy την ημέρα, πέντε φορές την εβδομάδα κατά τη διάρκεια μιας περιόδου πέντε εβδομάδες. Γραπτή συγκατάθεση λήφθηκε από όλους τους συμμετέχοντες. Το πρωτόκολλο της μελέτης εγκρίθηκε από το Διοικητικό Συμβούλιο αναθεώρηση Θεσμικό του Εθνικού Πανεπιστημίου της Σεούλ (IRB αριθμός: H-1002-059-310). Τέσσερα διαδοχικά δείγματα κοπράνων συλλέχθηκαν από κάθε ασθενή: πριν την έναρξη της θεραπείας (γραμμή αναφοράς δείγμα, Τ0), μετά την πρώτη ακτινοθεραπεία (πρώτο δείγμα ακτινοθεραπεία, Τ1), κατά το τέλος του πέμπτου ακτινοθεραπείας (τελευταίο δείγμα ακτινοθεραπεία, Τ2), και μετά από ακτινοθεραπεία (παρακολούθηση του δείγματος, Τ3). Όλα τα δείγματα Τ0 συλλέχθηκαν σε μία εβδομάδα πριν συλλέχθηκαν δείγματα ακτινοθεραπεία και Τ3 μεταξύ ενός και τριών μηνών μετά την τελική ακτινοθεραπεία. δείγμα Τ3 του ασθενούς «H» δεν έχουν εισπραχθεί λόγω της λήψης προβιοτικών μετά την πλήρη σειρά ακτινοθεραπείας. Κάθε συμμετέχων που συλλέγονται περίπου 5 g κοπράνων σε ένα αποστειρωμένο πλαστικό δοχείο και αμέσως αποθηκεύεται το δοχείο σε ένα καταψύκτη μέχρις ότου έφερε στο πειραματικό εργαστήριο. Τα δείγματα αποθηκεύτηκαν στο εργαστήριο στους -80 ° C μέχρι την περαιτέρω επεξεργασία. Οι κοπράνων DNAs εκχυλίστηκαν χρησιμοποιώντας το κιτ QIAamp Sool Mini (Qiagen, Valencia, CA, USA) και χρησιμοποιήθηκε ως μήτρα για την ενίσχυση PCR.

Pyrosequencing του 16S rRNA βακτηριακών θραύσματα

Για να ενισχυθεί η V1 γονίδιο περιοχές /V2 16S rRNA [17], ένα 30ng καθαρισμένου DNA ενισχύθηκε με ένα TOPsimple

TM DryMIX διάλυμα (Enzynomics, Daejeon, Κορέα) ενισχύθηκαν με το ζεύγος εκκινητών 8F (5′-AGAGTTTGAT CCTGGCTCAG-3 ‘ ) και 338R (5’-TGCTGCCTCC CGTAGGAGT-3 ‘) που περιέχουν αλληλουχίες οκτώ βάσεων δείγμα-ειδικό barcode (Πίνακας S2) και την κοινή συνδέτη (TC για προς τα εμπρός και CA για αντίστροφο εκκινητή) αλληλουχίες στο 5’ άκρο [18]. Αυτή η προσέγγιση επέτρεψε την ανάλυση των προϊόντων PCR από πολλαπλά δείγματα παράλληλα σε ένα και μόνο 454 πλάκα picotiter, και η ικανότητα για την εκ νέου διαλογή των αλληλουχιών σε τάξη [19]. Θερμοκυκλοποίηση διεξήχθη σε ένα C 1000 Thermal Cycler (Bio-Rad, Hercules, CA, USA) υπό τις ακόλουθες συνθήκες: αρχική μετουσίωση στους 94 ° C για 2 λεπτά? 18 κύκλους μετουσίωσης στους 94 ° C για 30 δευτερόλεπτα, ανόπτηση στους 55 ° C για 30 δευτερόλεπτα, επέκταση στους 72 ° C για 1 λεπτό, και μια τελική επέκταση στους 72 ° C για 10 λεπτά.

Μετά την αντίδραση PCR, η ποιότητα των ενισχυμένων προϊόντων επιβεβαιώθηκε με ηλεκτροφόρηση και αμπλικόνια PCR καθαρίστηκαν με το κιτ καθαρισμού QIAquick PCR (Qiagen, Valencia, CA, USA). Ίση ποσότητα (100 ng) του κάθε PCR αμπλικόνιο ετικέτα με τις αλληλουχίες barcode δείγμα ειδικές συγκεντρώθηκε και στη συνέχεια ενισχύθηκε με PCR γαλάκτωμα πριν αλληλούχιση με σύνθεση με το μαζικά παράλληλη πρωτόκολλο Pyrosequencing [20]. Αλληλουχίας διεξήχθη μέσω 454 Pyrosequencing Γονιδιώματος Sequencer FLX τιτανίου (Life Sciences, Branford, CT, USA) σύμφωνα με τις οδηγίες του κατασκευαστή από έναν πάροχο αλληλουχίας (Macrogen, Σεούλ, Κορέα).

επεξεργασία Ακολουθία

Οι ακολουθίες που δημιουργούνται από Pyrosequencing ήταν κυρίως αναλύθηκαν με το λογισμικό MOTHUR [21]. Ακολουθίες διηθούνται με απομάκρυνση των αλληλουχιών με περισσότερες από μία διφορούμενη κλήση βάσης και διατηρώντας μόνο ακολουθίες που ήταν 300 nt ή και περισσότερο για να ελαχιστοποιηθούν οι επιπτώσεις της κακής ποιότητας αλληλουχίας και ανάλυση αλληλουχίας σφάλματα. Δείγμα-ειδικές αλληλουχίες συλλέχθηκαν σύμφωνα με τις αλληλουχίες barcode ετικέτα σε κάθε δείγμα. Οι αλληλουχίες που λαμβάνονται σε αυτή τη μελέτη είχαν ανεβάσει και διατίθενται μέσω της τράπεζας δεδομένων DNA της Ιαπωνίας (DDJB) στο πλαίσιο του έργου ID 72883 (αριθμοί πρόσβασης για τα δείγματα: DRS001948-DRS001983)

αποφασιστικότητα OTU και ταξινομική κατάταξη

Trimmed αλληλουχίες από κάθε κάδο barcode ευθυγραμμίστηκαν χρησιμοποιώντας Infernal και συνδέονται μοντέλα συνδιακύμανσης που λαμβάνεται από το Ριβοσωματιακής Database Ομάδα Έργου [22]. Οι ευθυγραμμισμένες σειρές που βασίζονται σε δευτερογενείς δομικές πληροφορίες περαιτέρω στολισμένα να συμπεριλάβει τις ίδιες V1 /V2 περιοχές. Αυτή η διαδικασία επέτρεψε την ακριβή ανάλυση χρησιμοποιώντας τις ίδιες περιοχές, και ταυτόχρονα αύξησε την ταχύτητα της ευθυγράμμισης. Επιπλέον, το δυναμικό χιμαιρικές αλληλουχίες ανιχνεύθηκαν και να αφαιρεθεί με το

chimera.slayer

εντολή της MOTHUR. Ακολουθίες ήταν ευθυγραμμισμένο με τη βάση δεδομένων ευθυγράμμιση SILVA-συμβατό (https://www.mothur.org/w/images/9/98/Silva.bacteria.zip). Για την κανονικοποίηση των δεδομένων, εξάγαμε τυχαία 1.000 αλληλουχίες από κάθε δείγμα και αυτοί οι κανονικοποιημένες αλληλουχίες χρησιμοποιήθηκαν για την κατάντη ανάλυση. Η Otus (90% ομοιότητα ακολουθίας 100%) έχουν εκχωρηθεί χρησιμοποιώντας το

σύμπλεγμα

εντολή με το απώτατο αλγόριθμο γείτονα ομαδοποίησης. Η Otus ορίζεται από ένα επίπεδο απόσταση 3% ήταν φυλογενετικά ταξινομηθεί με μια τροποποιημένη βάση δεδομένων αναφοράς βακτηριακή ΠΑΑ II περιέχει 164517 16S rRNA ακολουθίες που παρασκευάζονται με TaxCollector (https://www.microgator.org).

Κοινότητα σύγκριση ανάλυση

Για να εξεταστεί η μεταβολή του εντέρου μικροχλωρίδας κατά τη διάρκεια της ακτινοθεραπείας και να συγκρίνουν τη συνολική έντερο μικροβιακή κοινότητα των υγιών ατόμων με εκείνη των ασθενών με καρκίνο, οι πληροφορίες OTU από κάθε δείγμα μεταφέρθηκε σε δενδρογράμματα με το

tree.shared

εντολή της MOTHUR. Αποστάσεις μεταξύ των μικροβιακών κοινοτήτων από κάθε δείγμα υπολογίστηκαν με την Jaccard και Yue & amp? Clayton θ συντελεστές. Είχαν εκπροσωπείται από αστάθμιστος Ζεύγος όμιλο τη μέθοδο με την αριθμητική μέση τιμή (UPGMA) δέντρα ομαδοποίησης που περιγράφει την ανομοιότητα (1-ομοιότητα) μεταξύ πολλαπλών δειγμάτων. Οι προκύπτουσες μήτρες επίσης ορατά με κύριο συντονίζει την ανάλυση (PCoA) οικοπέδων, η οποία αναφέρεται τι κλάσμα της συνολικής διακύμανσης στα δεδομένα εκπροσωπήθηκε από κάθε άξονα. Παραλλαγές στο γενετικό δομές των μικροβιακών κοινοτήτων μεταξύ των ομάδων (υγιών ατόμων

vs.

Ασθενείς με καρκίνο) και μεταξύ των ομάδων σύμφωνα με το στάδιο ακτινοθεραπεία αναλύθηκαν με ανάλυση της μοριακής διασποράς (AMOVA) για να αξιολογήσει σημαντικές διαφορές μεταξύ των ομάδων.

Υπολογισμός της πλούτο ειδών και την ποικιλομορφία των δεικτών

ποικιλομορφία του Shannon (H ‘= -Σ

σ

iln (

σ

i ), όπου

σ

i είναι η αναλογία της ταξινομικής ομάδας i) [23], ACE, και Chao εγώ τον πλούτο των δεικτών [24], και καμπύλες αραίωσης [25] δημιουργήθηκαν με το πρόγραμμα MOTHUR. Η τιμή αποκοπής 3% ανομοιότητας χρησιμοποιήθηκε για την εκχώρηση ενός OTU. κάλυψη του Good υπολογίστηκε ως G = 1-n /n, όπου n είναι ο αριθμός των Singleton phylotypes και Ν είναι ο συνολικός αριθμός των ακολουθιών στο δείγμα.

Τα δεδομένα αναφοράς

Τα στοιχεία της αλληλουχίας του γονιδίου 16S rRNA του εντέρου μικροβιακών κοινοτήτων από έξι υγιείς ενήλικες γυναίκες Κορέας είχαν κατεβάσει από ϋϋΒΙ (ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database /DRA /fastq /DRA000 /DRA000316) και χρησιμοποιήθηκαν σε αυτή τη μελέτη ως στοιχεία αναφοράς των υγιών ατόμων [15].

Στατιστική ανάλυση

Η σημασία των παρατηρούμενων διαφορών στο έντερο μικροβιακή taxa μεταξύ κάθε ομάδα αξιολογήθηκε κυρίως από μια μονόδρομη ανάλυση διακύμανσης (ANOVA), ακολουθούμενη από Student-Newman-Keuls σύγκριση posthoc με GraphPad INSTAT έκδοση 3.05 για Windows (GraphPad Software, San Diego, CA, USA). Τα αποτελέσματα παρουσιάστηκαν ως μέσες τιμές ± τυπικά σφάλματα του μέσου (SEM). Οι διαφορές θεωρήθηκαν σημαντικές σε

P

& lt? 0.05.

Αποτελέσματα

εκτίμησης πολυμορφίας των εντέρων μικροχλωρίδας σε ασθενείς με γυναικολογικό καρκίνο

Μετά από τις διαδικασίες ελέγχου της ποιότητας και την άρση των χιμαιρικών αλληλουχιών, τελικά λαμβάνεται 78.650 αλληλουχίες από αυτό το πείραμα. Ωστόσο, χρησιμοποιείται μόνο τυχαία επιλεγμένες 1000 ακολουθίες για κάθε δείγμα στην κατάντη ανάλυση για την κανονικοποίηση των δεδομένων. «Πίνακας S2 συνοψίζει τον αριθμό των μοναδικών αλληλουχιών, Otus, και τον πλούτο, την ποικιλία, και τις αξίες κάλυψη κάθε κανονικοποιημένη δείγματος. Κάθε μεμονωμένο δείγμα περιείχε κατά μέσο όρο 554.3 (τυπική απόκλιση (SD) = 91,0) μοναδικές αλληλουχίες και 111,7 Otus (SD = 18.0) σε ένα επίπεδο αποκοπής 97% για την ομοιότητα του γονιδίου 16S rRNA (γενικά είδη οριοθέτησης βακτηριακή). Ο αριθμός των αναμενόμενων Otus εκτιμάται από Chao 1 πλούτο εκτιμητή σε κάθε δείγμα ήταν σημαντικά υψηλότερος από τον αριθμό των παρατηρούμενων Otus (μέσος όρος = 182,0, SD = 34.8), η οποία πρότεινε ότι επιπλέον phylotypes θα εντοπίζονται, όταν το σύνολο των υφιστάμενων σειρών σε κάθε δείγμα πλήρως ελεγχθεί. Ωστόσο, όταν μια ανάλυση αραίωσης διεξήχθη για να διαπιστωθεί αν όλες του παρόντος Otus στα κανονικοποιημένα σύνολα δεδομένων είχε επαρκώς ανακτηθεί στη μελέτη Pyrosequencing, ατομικές καμπύλες αραίωσης έδειξε ένα παρόμοιο μοτίβο για την επίτευξη του σταδίου οροπέδιο (Σχήμα S1). Επιπλέον, η κάλυψη Good της κάθε επιμέρους δείγμα, το οποίο χρησιμοποιήθηκε για την εκτίμηση της πληρότητας της δειγματοληψίας με υπολογισμό πιθανοτήτων βασίζεται σε τυχαία επιλεγμένες αλληλουχίες amplicon, έδειξαν επίσης υψηλές τιμές (μέσος όρος = 95.7%, SD = 0,8%) με 97% κατώφλι είδη-επίπεδο-phylotype

Οι διαφορές των εντέρων μικροχλωρίδας μεταξύ των ασθενών γυναικολογικό καρκίνο και υγιή άτομα

Για να συγκρίνετε εντέρου βακτηριακές κοινότητες μεταξύ υγιών ατόμων και ασθενών με καρκίνο γυναικολογικές, η σχετική αφθονία του κάθε φύλο σε επίπεδο βακτηριακή ταξινομικής ομάδας σε δείγματα κοπράνων που συλλέγονται από εννέα ασθενείς γυναικολογικό καρκίνο (Τ0) και τα δεδομένα από έξι υγιείς γυναίκες που ανακτώνται από προηγούμενη μελέτη μας [15] ερευνήθηκαν (Σχήμα S2A). Οι ασθενείς με καρκίνο και υγιή άτομα συνδέθηκαν με εννέα βακτηριακή φύλα, Ακτινοβακτηρίων, Bacteroidetes, Firmicutes, Fusobacteria, Lentisphaerae, Πρωτεοβακτηρίων, Synergistetes, Tenericutes και Verrucomicrobia, και αταξινόμητη βακτήρια, τα οποία είναι τα πιο συχνά συναντώνται βακτηριακή φύλα στον ανθρώπινο εντερικό σωλήνα [12, 26]. Ωστόσο, οι σχετικές αφθονίες της κυρίαρχης συνομοταξία διέφερε μεταξύ των δύο ομάδων. Ακτινοβακτηρίων σε ασθενείς με καρκίνο ήταν τριάντα φορές υψηλότερες από ότι στα υγιή άτομα, ενώ Bacteroidetes, Fusobacteria, και Πρωτεοβακτηρίων σε ασθενείς με καρκίνο ήταν 2,1, 7,4, και 1,4 φορές χαμηλότερα από αυτά στα υγιή άτομα, αντίστοιχα. Όταν συγκρίθηκαν οι σχετικές ποσότητες κάθε φύλο μεταξύ των ασθενών με καρκίνο και των υγιών ατόμων, Ακτινοβακτηρίων (

P

= 0.001) και Fusobacteria (

P

= 0,001) έδειξαν σημαντικές διαφορές μεταξύ των δύο ομάδων (Σχήμα 1Α). Οι

Σχετική αφθονία των έξι συνομοταξία επιπέδου taxa σύγκριση (Α). Κάθε ράβδος αντιπροσωπεύει τη μέση τιμή της αφθονίας (± SEM).

P

-τιμές που δείχνει τη σημασία των διαφορών μεταξύ ασθενούς με καρκίνο και υγιές άτομο ομάδες παρουσιάζονται στο άνω μέρος κάθε γραφήματος. Συνολικά είδη επιπέδου βακτηριακές κοινότητες συγκρίθηκαν και συγκεντρωμένα από τον αλγόριθμο UPGMA (Β) και οπτικοποιήθηκε με οικόπεδα PCoA (C) με το συντελεστή Jaccard? RI, RK, RL, RM, RN, και RO αντιπροσωπεύουν υγιή άτομα, και AT0 να IT0 αντιπροσωπεύει ασθενείς γυναικολογικού καρκίνου πριν από την ακτινοθεραπεία.

Η

Οι εντέρου βακτηριακές κοινότητες σε μεγάλο βαθμό κατοικείται από 15 βακτηριακή φυλογενετική οικογένειες με μέση αφθονία 74,4% (μέγιστο = 84,1%, min = 66,2%) σε ασθενείς με καρκίνο και 83,2% (μέγιστο = 89,1% , min = 75,8%) σε υγιή άτομα (Σχήμα S2B). Ανάλυση με ANOVA αποκάλυψε σημαντικά διαφορετικά αποτελέσματα για τον πλούτο των βακτηριακών ομάδων οικογένεια μεταξύ ασθενών με καρκίνο και υγιή άτομα (Πίνακας 1). Μεταξύ των 15 δοκιμαστεί πολλές οικογένειες, Prevotellaceae, Clostridiaceae, Eubacteriaceae, Oscillospiraceae, Fusobacteriaceae, Enterococcaceae, Streptococcaceae ήταν σημαντικά διαφορετική μεταξύ των ασθενών με καρκίνο και των υγιών μαρτύρων (

P

& lt? 0,05). Οι σχετικές αφθονίες των οικογενειών Clostridiaceae (2,5 φορές) και Eubacteriaceae (4,8 φορές) ήταν σημαντικά υψηλότερα, ενώ Prevotellaceae (2,9 φορές) και τις οικογένειες Oscillospiraceae (3,0 φορές) και Fusobacteriaceae (6,3 φορές) ήταν σημαντικά χαμηλότερη σε ασθενείς με καρκίνο σε σύγκριση με υγιή άτομα . taxon

Οικογένεια επίπεδο

Αφθονία σε Ασθενείς (%)

Αφθονία σε υγιείς (%)

P-value

Ruminococcaceae42.5 ± 4.036.4 ± 7.40.136Prevotellaceae4.1 ± 3.711.7 ± 4.60.026Lachnospiraceae4.4 ± 0.87.7 ± 2.40.076Veillonellaceae2.3 ± 0.79.3 ± 5.90.085Clostridiaceae6.0 ± 1.72.4 ± 0.50.018Bacteroidaceae2.7 ± 0.43,1Η ± 1.60.144Eubacteriaceae3.9 ± 1.40.8 ± 0.30.025Lactobacillales bacterium0.1 ± 0.03.4 ± 1.60.001Oscillospiraceae0.8 ± 0.52.4 ± 0.80.033Erysipelotrichaceae2.3 ± 1.80.5 ± 0.20.164Fusobacteriaceae0.3 ± 0.11.9 ± 0.40.007Porphyromonadaceae0.6 ± 0.21. 1 ± 0.40.107Butyrate παράγουν bacterium2.1 ± 0.62.6 ± 1.30.327Enterococcaceae1.1 ± 0.40.0 ± 0.00.028Streptococcaceae1.0 ± 0.50.1 ± 0.00.007Table 1. διαφορές Οικογένεια επιπέδου μεταξύ των ασθενών γυναικολογικό καρκίνο και υγιείς ελέγχους.

CSV Λήψη CSV

Είμαστε δίπλα σε σύγκριση με τη συνολική σύνθεση του εντέρου μικροβιακή κοινότητα των ασθενών με καρκίνο με εκείνη των υγιών ατόμων. UPGMA δενδρογράμματα και οικόπεδα συντονισμού (PCoA) περιγράφει την ομοιότητα των δειγμάτων σε κάθε άλλη δημιουργήθηκαν με τις αντιπροσωπευτικές αλληλουχίες γονιδίων 16S rRNA που αντιστοιχούν στο είδος επίπεδο Otus των δειγμάτων Τ0 σε αυτή τη μελέτη και εκείνων των έξι προηγουμένως ανέλυσε τα υγιή άτομα. Το σχήμα 1Β δείχνει το δέντρο UPGMA που αντιπροσωπεύει την ομοιότητα των βακτηριακών μελών των καρκινοπαθών και υγιή άτομα. Αξίζει να σημειωθεί ότι, ασθενείς με καρκίνο και υγιή άτομα συγκεντρωμένα χωριστά ο ένας από τον άλλο. Το οικόπεδο PCoA έδειξε επίσης ότι υπάρχει σαφής διαχωρισμός μεταξύ των ασθενών με καρκίνο και των υγιών ατόμων (Σχήμα 1C). Μια δοκιμή AMOVA διεξήχθη για να προσδιοριστεί αν τα κέντρα των επιφανειών που αντιπροσωπεύουν μία ομάδα ήταν περισσότερο διαχωρισμένα από παραλλαγή μεταξύ δειγμάτων της ίδιας ομάδας [27]. Τα αποτελέσματα έδειξαν ότι οι μικροβιακές κοινότητες των ασθενών με καρκίνο και των υγιών ατόμων έδειξαν σημαντικές διαφορές (

P

& lt? 0.001).

Επιπτώσεις της θεραπείας με ακτινοβολία για το έντερο μικροχλωρίδας του γυναικολογικό καρκίνο ασθενείς

Εξετάσαμε την επίδραση της θεραπείας με ακτινοβολία στο έντερο μικροβιακή κοινότητα των ασθενών με γυναικολογικό καρκίνο. Ερευνήσαμε πρώτα την επίδραση της θεραπείας με ακτινοβολία για τον πλούτο και την ποικιλία των εντέρων μικροχλωρίδας σε ασθενείς με καρκίνο. Η Εικόνα 2Α δείχνει τις χρονικές μεταβολές στις μοναδικές αλληλουχίες, παρατηρούνται Otus, κατ ‘εκτίμηση Otus, και δεικτών ποικιλότητας (H) κατά τη διάρκεια της θεραπείας με ακτινοβολία σε ασθενείς με καρκίνο. Σε σύγκριση με την αρχική δείγματα (Τ0), ο αριθμός των μοναδικών αλληλουχιών ήταν ελαφρώς μειωμένη μετά την πρώτη θεραπεία με ακτινοβολία (Τ1), μειώθηκε δραστικά κατά τη διάρκεια της ακτινοβολίας (Τ2), και είχε ως αποτέλεσμα μείωση κατά 10,4% σε δείγματα παρακολούθησης (Τ3). Παρά το γεγονός ότι ο αριθμός των παρατηρούμενων Otus σημαντικά διέφερε μεταξύ των δειγμάτων, έδειξε πτωτική τάση από τα period.This ακτινοθεραπεία πτωτική τάση αναγνωρίστηκε επίσης στον αριθμό των εκτιμώμενων δείκτη Otus και Shannon ποικιλομορφία (H). Στατιστικές αναλύσεις για την επαλήθευση η σημασία αυτών των διαφορών αποκάλυψε ότι ο αριθμός των μοναδικών αλληλουχιών μειώθηκαν μεταξύ Τ0 και Τ3 (P = 0,06) και εκτιμάται Otus μειώθηκαν σημαντικά μέσω της ακτινοθεραπείας (

P

= 0.04). Ως εκ τούτου, ο πλούτος του εντέρου μικροβιακή κοινότητα σε ασθενείς με καρκίνο μπορεί να επηρεαστεί από ακτινοθεραπεία. Στην παρούσα μελέτη, δύο άτομα δεν ελήφθησαν θεραπεία χημειο κατά τη διάρκεια της ακτινοθεραπείας. Ως εκ τούτου, συγκρίνουμε μικροβιακή πλούτος μεταξύ χημειο κατεργασμένα και μη κατεργασμένα ασθενείς με καρκίνο, σύμφωνα με το στάδιο ακτινοθεραπεία. Ο αριθμός των Otus των ασθενών που έλαβαν θεραπεία χημειο αλλάξει από 116,4 (SD = 18.0) σε 112,1 (SD = 15.2) και ότι η μη ασθενών που έλαβαν αλλάξει από 122,0 (SD = 12.7) σε 112,5 (SD = 14.8) μέσα από το 1

st ακτινοθεραπεία. Επιπλέον, εκτιμάται πλούτο με Chao1 εκτιμητής θεραπεία ασθενούς χημειο αλλάξει από 192 (SD = 33.2) έως 185 (SD = 37.5) και εκείνη των ασθενών μη κατεργασμένα αλλάξει από 189 (SD = 23.3) σε 176 (SD = 49.5). Ενώ τα δεδομένα δεν αναλύθηκαν στατιστικά λόγω του ανεπαρκούς αριθμού των δειγμάτων, τον πλούτο του εντέρου μικροχλωρίδας σε ασθενείς που έλαβαν μη-χημειο ήταν μάλλον μειώνεται κατά τη διάρκεια της ακτινοθεραπείας. Ως εκ τούτου, οι μεταβολές των εντέρων μικροχλωρίδας σε ασθενείς με καρκίνο γυναικολογικές μπορεί να φαίνεται ότι προκαλείται από την ακτινοθεραπεία.

Μοναδικές αλληλουχίες, παρατηρούνται Otus, εκτιμάται Otus, και δεικτών ποικιλότητας (Η) σύμφωνα με ακτινοθεραπεία αναλύθηκαν (Α). Ο μέσος αριθμός (± SEM) της κάθε παραμέτρου εμφανίζεται.

P

-τιμές μεταξύ Τ0 και Τ3 σημειώνονται. Οι αλλαγές των έξι μεγάλων taxa συνομοταξία επίπεδο κατά τη διάρκεια της θεραπείας με ακτινοβολία που αντιπροσωπεύεται (Β). Η μέση αφθονία (± SEM) εμφανίζεται.

Τα P

-τιμές που αντιπροσωπεύουν σημαντικές διαφορές εμφανίζονται μόνο για κάθε ταξινομική ομάδα. Τ0 = πριν από την ακτινοθεραπεία, Τ1 = μετά την πρώτη ακτινοθεραπεία, Τ2 = μετά την πέμπτη ακτινοθεραπεία, και Τ3 = δείγματα παρακολούθησης.

Η

Στη συνέχεια εξετάσαμε την επίδραση της θεραπείας με ακτινοβολία για το έντερο μικροβιακή κοινότητα σύνθεση σε ασθενείς με καρκίνο. Εικόνα S3 δείχνει τη χρονική μεταβολή του συνόλου των taxa συνομοταξία-επίπεδο, και το Σχήμα 2Β δείχνει την αλλαγή στις σχετικές αφθονίες των μεγάλων taxa συνομοταξία επίπεδο κατά τη διάρκεια της θεραπείας με ακτινοβολία. Λαμβάνοντας υπόψη ότι η Ακτινοβακτηρίων και Πρωτεοβακτηρίων έδειξε μια παρόμοια κυμαινόμενη μοτίβο, Firmicutes μειώθηκε σταθερά και Fusobacteria και αταξινόμητη βακτήρια αυξάνεται σταδιακά κατά τη διάρκεια της θεραπείας με ακτινοβολία, αντίστοιχα. Η σχετική αφθονία των συνομοταξία Bacteroidetes μειώθηκε σταδιακά κατά τη διάρκεια της θεραπείας με ακτινοβολία, αλλά ήταν σε μεγάλο βαθμό αυξήθηκε σε Τ3. Όταν στατιστική ανάλυση έγινε για να επιβεβαιωθεί αν οι διαφορές μεταξύ των σταδίων ήταν σημαντικές, Firmicutes, Fusobacteria και αταξινόμητη βακτήρια έδειξαν σημαντικές διαφορές. Η σχετική αφθονία των Fusobacteria στο Τ2 ήταν 6,0 φορές υψηλότερη από ότι κατά Τ0 (

P

= 0.05) .Unclassified βακτήρια αυξήθηκε σταδιακά και τελικά έδειξε 9,9% αύξηση σε σύγκριση με τα δείγματα Τ0 (

P

= 0.04). Αντίθετα, Firmicutes μειώθηκε κατά 10,1% μέσω της θεραπείας ακτινοβολίας (

P

= 0,09).

Το Σχήμα 3 δείχνει τις χρονικές μεταβολές των μεγάλων taxa οικογενειακή επίπεδο κατά τη διάρκεια της θεραπείας με ακτινοβολία. Παρά το γεγονός ότι η οικογενειακή επίπεδο κοινότητες μικροβίων του εντέρου ορισμένων ασθενών παρουσίασαν μεγάλες διακυμάνσεις, η συνολική σύνθεση της οικογένειας σε επίπεδο έντερο μικροχλωρίδα μετά την πρώτη θεραπεία με ακτινοβολία αλλάξει ελάχιστα σε σχέση με το αρχικό στάδιο. Ωστόσο, το σχήμα της οικογένειας σε επίπεδο κοινοτήτων μικροβίων του εντέρου αλλάξει σταδιακά μέσα από την ακτινοθεραπεία. Πίνακας S3 δείχνει τις σχετικές αφθονίες των 15 μεγάλων taxa οικογενειακή επίπεδο σε κάθε χρονικό σημείο και

P

-τιμές που αντιπροσωπεύει το βαθμό των διαφορών. Σε σύγκριση με T0, οικογένεια Eubacteriaceae σε κάθε δείγμα σε Τ2, Τ3 και ήταν σημαντικά μειωμένη (

P

& lt? 0.032). Fusobacteriaceae αυξήθηκε σημαντικά σε Τ2 και Streptococcaceae αυξήθηκε σημαντικά σε σχέση με Τ1 Τ0. Οικογενειακό επίπεδο ταξινομικής ομάδας Veillonellaceae, Enterococcaceae, Lactobacillales βακτήριο και βουτυρικό που παράγουν βακτήριο σε Τ0, Τ1, Τ2 και δεν ήταν διαφορετικό από κάθε άλλο, αλλά το Τ0 και τα δείγματα T3 έδειξαν σημαντικές διαφορές (

P

= 0.050). Εκτός από τον έλεγχο phylum- και την οικογένειά επιπέδου αλλαγές που αντιστοιχεί σε ακτινοθεραπεία, χρησιμοποιήσαμε «metastats» για να διαπιστωθεί αν υπήρχαν phylotypes είδη επίπεδο που διαφορικά εκπροσωπείται μεταξύ των δειγμάτων από κάθε στάδιο [28]. Ο Πίνακας 2 δείχνει τη σχετική αφθονία του κάθε taxon είδη επιπέδου και

P

-τιμές μεταξύ των δύο ομάδων (με κάθε στάδιο σε σχέση με την αρχική τιμή). Αν και υπήρχαν πολλά σημαντικά διαφορετικές ταξινομικές είδη-επίπεδο, έχουμε αντιπροσώπευαν μόνο μεγάλα taxa με σχετική αφθονία μεγαλύτερη από 0,1% και

P

-τιμές & lt? 0.05. Στο Τ1, μόνο οκτώ είδη επιπέδου taxa επλήγησαν, και η διαφορά της αφθονίας ήταν λιγότερο από 0,4%. Ωστόσο, σε Τ2, εννέα είδη επιπέδου taxa επλήγησαν, και η μέγιστη διακύμανση μεταξύ Τ0 και Τ2 ήταν 3,5%. Επιπλέον, δεκαεννέα είδη επιπέδου taxa έχουν αλλάξει σημαντικά μετά την πλήρη σειρά ακτινοθεραπείας. Μέσα από την ακτινοθεραπεία, οι μέσες μεταβολές της σχετικής αφθονίας στην taxa είδη επιπέδου σε σύγκριση με Τ0 ήταν 0,21% (Τ1), 1,06% (Τ2) και 0,18% (Τ3). Τέσσερα είδη επιπέδου taxa μειώθηκαν σε Τ1, και 5 και 2 είδη επιπέδου taxa μειώθηκαν σε Τ2 και Τ3, αντίστοιχα. Επιπλέον, το 4, 4, και 17 είδη επιπέδου taxa αυξήθηκαν σε Τ1, Τ2, και Τ3, αντίστοιχα.

Κάθε στήλη στον heatmap αντιπροσωπεύει ένα δείγμα από εννέα ασθενείς με καρκίνο. Τρία ή τέσσερα δείγματα από τα ίδια άτομα συγκεντρώθηκαν παράλληλα. Κάθε σειρά αντιπροσωπεύει ένα taxon επίπεδο της οικογένειας. Η ένταση του χρώματος του πάνελ είναι ανάλογη με την αφθονία ορισμένων ταξινομικής κατηγορίας (μέγιστο 5%). Το όνομα της οικογένειας επίπεδο ταξινομικής ομάδας εκπροσωπείται στη δεξιά πλευρά της heatmap.

Η Δείγμα

όνομα ταξινομική

Αφθονία σε Τ0 (%)

Δοκιμασμένο στάδιο (%)

Διαφορά (%) p-value

Η Τ0 εναντίον T1

Ruminococcus

sp. CO280 ± 00,4 ± 0.40.40.001

Roseburia

sp. DJF VR770 ± 00,3 ± 0.30.30.001

Ruminococcus

sp. CO410 ± 00,2 ± 0.20.20.001

Lachnospira pectinoschiza

0 ± 00,1 ± 0.10.10.001

Weissella συγχέουν

0,3 ± 0,20 ± 00.30.001

Enterobacter

sp. mcp11b0.2 ± 0,20 ± 00.20.001

Klebsiella πνευμονία

0,1 ± 0,10 ± 00.10.001

Adlercreutzia equolifaciens

0,1 ± 0,10 ± 00.10.001T0 εναντίον T2Butyrate που παράγουν βακτήριο SS2 /11.2 ± 0.44 0,1 ± 1.32.90.009

Ruminococcus callidus

1,0 ± 0,50 ± 01.00.03

Dialister

sp. Ε2 201,0 ± 0,40 ± 01.00.013Human εντερική firmicute CB470.9 ± 0.34.4 ± 1.83.50.025

Eubacterium eligens

0,8 ± 0.40.1 ± 0.10.70.032

Eubacterium hallii

0,1 ± 0,10 ± 00.10.041

Actinomyces odontolyticus

0,1 ± 0,10 ± 00.10.046

murinus Lactobacillus

0,1 ± 0,10 ± 00.10.039Clostridiales βακτήριο DJF CP670 ± 00,2 ± 0.10.20.009T0 εναντίον Τ3

Prevotella stercorea

0,3 ± 0,30 ± 00.30.001

Clostridium

sp. BG-C360.1 ± 0.10 ± 00.10.001

Ruminococcus

sp. DJF VR520 ± 00,6 ± 0.30.60.001

Prevotella copri

0 ± 00,3 ± 0.30.30.001

Ruminococcus

sp. CO280 ± 00,3 ± 0.20.30.001Butyrate που παράγουν βακτήριο T1-8150 ± 00,2 ± 0.10.20.001

Roseburia inulinivorans

0 ± 00,2 ± 0.10.20.001

Bacteroides

sp. CCUG 399.130 ± 00,2 ± 0.20.20.001Swine κοπράνων βακτήριο FPC1100 ± 00,2 ± 0.20.20.001

Faecalibacterium

sp. DJF VR200 ± 00,2 ± 0.20.20.001

Clostridium methylpentosum

0 ± 00,1 ± 0.10.10.001

Oscillospira

sp. BA040134930 ± 00,1 ± 0.10.10.001

Candidatus Bacilloplasma

0 ± 00,1 ± 0.10.10.001Clostridiales βακτήριο A2-1620 ± 00,1 ± 0.10.10.001

Coriobacterium

sp. CCUG 339.180 ± 00,1 ± 0.10.10.001

Amphibacillus

sp. YIM-kkny60 ± 00,1 ± 0.10.10.001Lachnospiraceae βακτήριο DJF RP140 ± 00,1 ± 0.10.10.001

Clostridium leptum

0 ± 00,1 ± 0.10.10.001

Ruminococcus

sp. CS10 ± 00,1 ± 0.10.10.001Table 2. Σημαντικά διαφορετική Otus μεταξύ Τ0 (πριν από τη θεραπεία) και Τ1 (πρώτη θεραπεία με ακτινοβολία), μεταξύ T0 και Τ2 (πέμπτο ακτινοθεραπεία), καθώς και μεταξύ Τ0 και Τ3 (follow-up) δείγματα (δεδομένα μόνο αντιπροσωπεύουν Otus με & gt? 0,1% αφθονία).

CSV Λήψη CSV

Αν και η θεραπεία ακτινοβολίας προφανώς επηρεάζει το έντερο μικροβιακή κοινότητα των ασθενών με καρκίνο, που συγκεκριμένων taxa έχουν αλλοιωθεί κατά τη διάρκεια της θεραπείας με ακτινοβολία παραμένει ασαφής. Για παράδειγμα, μικροοργανισμοί του γένους Ruminococcus αυξήθηκαν ελαφρά κατά Τ1 και εξαλείφονται στην Τ2 αλλά τρία Ruminoccocal μικροοργανισμοί ταυτοποιήθηκαν και πάλι στο Τ3 Επιπλέον, ορισμένες taxa είδη επιπέδου περιλαμβάνονται στα ίδια γένους έδειξε απέναντι μοτίβα διακύμανσης (αύξησης /μείωσης). Για παράδειγμα,

Clostridium

sp. BG-C36 είχε εξαλειφθεί, αλλά

C. methylpentosum και Γ leptom

αυξηθεί μέσω της ακτινοβολίας. Ως εκ τούτου, η ακτινοβολία δεν μπορεί να επηρεάσει συγκεκριμένες ομάδες του εντέρου μικροχλωρίδας, αλλά μπορεί να επηρεάσει σε μεγάλο βαθμό τους μικροοργανισμούς, οι οποίες αποκλίνουν από την κανονική υγιή κατάσταση ανάλογα με τη σύνθεση μικροβίων του εντέρου του ατόμου.

Τέλος, μελετήσαμε τα πρότυπα της συνολικής μικροβιακή κοινότητα σε ασθενείς με καρκίνο, σύμφωνα με ακτινοθεραπεία.