Αφηρημένο

Το

έχουν TP53

μεταλλάξεις έχουν αποδειχθεί να κυριάρχησαν στον καρκίνο των ωοθηκών σε μια μελέτη από ο καρκίνος Γονιδιώματος Atlas (TCGA). Ωστόσο, τα μοριακά χαρακτηριστικά των επαναλαμβανόμενων καρκίνων των ωοθηκών μετά την αρχική θεραπεία έχουν ελάχιστα εκτιμηθεί. Αυτή η μελέτη ήταν να διερευνηθεί το μοτίβο των μεταλλάξεων σωματικών σημείο συμφωνημένα ζεύγη δειγμάτων των πρωτογενών και επανεμφανιζόμενων επιθηλιακών καρκίνων των ωοθηκών, χρησιμοποιώντας το πρωτόκολλο ανίχνευσης μετάλλαξης OncoMap. Έχουμε προσαρμοστεί μια πλατφόρμα προσδιορισμού του γονότυπου υψηλής απόδοσης για τον προσδιορισμό της κατάστασης μετάλλαξης ενός μεγάλου πάνελ γνωστών καρκινικών γονιδίων. OncoMap V.4.4 χρησιμοποιήθηκε για να αξιολογήσει γονιδιωματικού DNA που απομονώθηκε από ένα σύνολο 92 μονιμοποιηθεί με φορμαλίνη, εγκλεισμένα σε παραφίνη (FFPE) όγκους, που αποτελείται από συμφωνημένα ζεύγη δειγμάτων αρχικά διαγνωστεί και επαναλαμβανόμενες όγκους από 46 επιθηλιακού καρκίνου των ωοθηκών (EOC) ασθενείς. Μεταλλάξεις παρατηρήθηκαν σε 33.7% των δειγμάτων, με το 29,3% των δειγμάτων αυτών που είχαν μοναδική μετάλλαξη και το υπόλοιπο 4,3% που έχει δύο ή περισσότερες μεταλλάξεις. Μεταξύ των 41 γονίδια που αναλύθηκαν, 35 βρέθηκαν μεταλλάξεις σε τέσσερα γονίδια, δηλαδή,

CDKN2A

(2,2%),

KRAS

(6,5%),

MLH1

(8,2% ) και

TP53

(20,7%).

ΤΡ53

ήταν η πιο συχνά μεταλλαγμένο γονίδιο, αλλά δεν υπήρχε συσχέτιση μεταξύ της παρουσίας μετάλλαξης σε οποιοδήποτε γονίδιο και κλινική πρόγνωση. Επιπλέον, σωματικές μεταλλάξεις δεν διέφερε μεταξύ πρωτοβάθμιας και υποτροπιάζουσες καρκινώματα των ωοθηκών. Κάθε μετάλλαξη που υπάρχει στο επαναλαμβανόμενο δείγματα ανιχνεύθηκε στο αντίστοιχο πρώτο δείγμα. Συμπερασματικά, αυτά τα OncoMap δεδομένων των δειγμάτων Κορέας ΕΓΚ προβλέπουν ότι σωματικές μεταλλάξεις βρέθηκαν σε

CDKN2A

,

KRAS

,

MLH1

, και

TP53

. Δεν ανιχνεύθηκαν διαφορές στα κατάστασης μεταλλάξεων μεταξύ της πρωτοβάθμιας και υποτροπιάζουσες δείγματα. Για να κατανοήσουμε τη βιολογία της υποτροπής του όγκου στο επιθηλιακό καρκίνο των ωοθηκών, περισσότερες μελέτες είναι απαραίτητες, συμπεριλαμβανομένων επιγενετικές τροποποιήσεις ή πρόσθετες μεταλλάξεις σε άλλα γονίδια

Παράθεση:. Kim ΥΜ, Lee ΝΔ, Chun SM, Κιμ DY, Κιμ JH, Kim KR, et al. (2014) Ανάλυση και Σύγκριση των σωματικών μεταλλάξεων σε ζεύγη των πρωτογενών και υποτροπιαζόντων επιθηλιακού καρκίνου των ωοθηκών δείγματα. PLoS ONE 9 (6): e99451. doi: 10.1371 /journal.pone.0099451

Επιμέλεια: Αντώνης W. Ι Lo, το Κινεζικό Πανεπιστήμιο του Χονγκ Κονγκ, Χονγκ Κονγκ

Ελήφθη: 8, Φεβρουαρίου 2014? Αποδεκτές: 14 Μαΐου, 2014? Δημοσιεύθηκε: 17 του Ιουνίου 2014

Copyright: © 2014 Kim et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Αυτή η μελέτη υποστηρίχθηκε από μια επιχορήγηση του Leading Εξωτερικών Ινστιτούτο Ερευνών πρόγραμμα προσλήψεων μέσω του Εθνικού Ιδρύματος Ερευνών της Κορέας (NRF), που χρηματοδοτείται από το Υπουργείο Παιδείας, Επιστημών και Τεχνολογίας (MEST) (2011 – 0.030.105). Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

ο καρκίνος των ωοθηκών είναι η πιο κοινή αιτία θανάτου μεταξύ των γυναικολογικών κακοηθειών [1]. Η τυπική θεραπεία είναι η χειρουργική cytoreduction ακολουθεί με βάση την πλατίνα χημειοθεραπεία. Ωστόσο, οι περισσότεροι ασθενείς τελικά υποτροπιάζουν και πεθαίνουν από χημειο-ανθεκτική νόσο. Δυστυχώς, τα διαθέσιμα σχήματα διάσωσης για τον καρκίνο των ωοθηκών πλατίνα πυρίμαχα έχουν αποφέρει απογοητευτικά αποτελέσματα, επειδή τα ποσοστά απόκρισης είναι χαμηλή (20-50%) και οι απαντήσεις είναι σύντομες σε διάρκεια. Είναι επομένως αναγκαίο να εξεταστούν νέες στρατηγικές θεραπείας και για τις δύο νεοδιαγνωσθέντες ασθενείς καθώς και σε ασθενείς με υποτροπιάζοντα καρκίνο [2]. Ειδικότερα, τα νέα μέσα μοριακά και γενετικά χαρακτηρίζουν τον καρκίνο των ωοθηκών είναι απαραίτητες προκειμένου να προσωποποιήσει και να βελτιώσει τη θεραπεία [3].

Οι Σωματικές μεταλλάξεις σε ογκογονίδια έχουν παρατηρηθεί σε πολλούς ανθρώπινους καρκίνους και είναι γνωστό ότι είναι προγνωστικά του φαρμάκου ευαισθησία ή αντίσταση φαρμάκου [4]. Σωματικές μεταλλάξεις περισσότερα από 30 ογκογονίδια και ογκοκατασταλτικά γονίδια που έχουν ενοχοποιηθεί στην ογκογένεση ωοθηκών ανιχνεύτηκαν σε επιθηλιακό καρκίνο των ωοθηκών (EOC) δείγματα. Γενετικές αλλαγές οδηγούν αλλαγμένη σηματοδότησης που επάγει τον πολλαπλασιασμό? αναστέλλει την απόπτωση? μπλοκ anoikis? αυξάνει την κινητικότητα, η προσκόλληση, και εισβολή? και προσελκύει συστατικά στρωματικά, συμπεριλαμβανομένων μεσεγχυματικά βλαστικά κύτταρα και ενδοθηλιακά κύτταρα των αιμοφόρων αγγείων [5]. Αυτή η εξάρτηση ογκογονιδίου παρέχει τη βάση για θεραπείες που στοχεύουν ογκογονίδια, όπως η επιτυχημένη χρήση του imatinib και erlotinib σε καρκίνους που φιλοξενούν

BCL-ABL

και

EGFR

αλλαγές, αντίστοιχα. Ωστόσο, ο μεταλλακτικός φάσμα στον καρκίνο των ωοθηκών είναι εκπληκτικά απλή, όπως φαίνεται σε μία μελέτη από το Cancer Genome Atlas (TCGA). Μεταλλάξεις στο

TP53

κυριαρχούσε, που συμβαίνουν σε τουλάχιστον 96% των υψηλής ποιότητας ορώδες δείγματα καρκίνου των ωοθηκών? Επιπλέον,

BRCA1

και

BRCA2

μεταλλάχθηκαν σε 22% των όγκων, λόγω του συνδυασμού των βλαστικής σειράς και σωματικών μεταλλάξεων. Επτά άλλα σημαντικά μεταλλαγμένα γονίδια εντοπίστηκαν, αλλά μόνο στο 2-6% των υψηλής ποιότητας ορώδες δείγματα καρκίνου των ωοθηκών [6].

Έχουμε προσαρμοστεί μια πλατφόρμα του γονότυπου υψηλής απόδοσης για τον προσδιορισμό της κατάστασης μετάλλαξης ενός μεγάλου πάνελ των γνωστών ογκογόνων καρκίνο προκειμένου να εντοπιστούν υποσύνολα των ασθενών με καρκίνο των ωοθηκών που θα μπορούσαν να ωφεληθούν από στοχευμένη θεραπεία που σχετίζονται με την κατάσταση της ασθένειας τους [7] – [10]. Αυτή η πλατφόρμα του γονότυπου, που ονομάζεται OncoMap, απασχολεί φασματομετρία-based τεχνολογία μάζας του γονότυπου (Sequenom) για τον εντοπισμό 471 ογκογόνων μεταλλάξεων σε 41 κοινά μεταλλαγμένα γονίδια (Πίνακας S1). Αυτή η μελέτη αναφέρει το είδος και τη συχνότητα των σωματικών μεταλλάξεων σημείου σε ζεύγη πρωτοβάθμιας και υποτροπιάζουσες δείγματα EOC χρησιμοποιώντας OncoMap.

Μέθοδοι

Ασθενείς

Ο Ασάν Κέντρο για τον Καρκίνο Γονιδιώματος Discovery (CCGD ), σε συνεργασία με το Ινστιτούτο Dana-Farber Cancer (DFCI), έχει αναπτύξει το OncoMap πλατφόρμα του γονότυπου [8]. OncoMap V.4.4 χρησιμοποιήθηκε για να αναλύσει ένα σύνολο 92 φορμόλη-σταθερό, έχει εμπεδωθεί με παραφίνη δείγματα (FFPE) ΕΓΚ που αποτελείται από ταιριάζουν ζεύγη δείγματα αρχικά διαγνωστεί και επαναλαμβανόμενων όγκων από 46 ασθενείς που έλαβαν θεραπεία στο Ιατρικό Κέντρο Ασάν, Κορέα, τον Ιανουάριο του 2002 έως το Δεκέμβριο του 2011. Όλοι οι ασθενείς είχαν υποβληθεί σε θεραπεία με αρχική κυτταρομειωτική χειρουργική επέμβαση που ακολουθείται από βάση την πλατίνα χημειοθεραπεία και έλαβαν μια δεύτερη κυτταρομειωτική χειρουργική επέμβαση, λόγω των επαναλαμβανόμενων ή μεταστατική νόσο. Όλα τα δείγματα όγκου λήφθηκαν από δείγματα όγκων FFPE βασίζονται σε αποκοπής 80% ως προς την καθαρότητα του δείγματος όγκου. Η μελέτη αυτή εγκρίθηκε από το Ιατρικό Κέντρο του Διοικητικού κριτική Θεσμικών Ασάν (AMC IRB), και επιλεγμένους ασθενείς οι οποίοι είχαν γράψει την ενημερωμένη συγκατάθεση για τη χρήση αρχειακών ιστούς τους για γενετικό έλεγχο. Όλα τα δεδομένα de-εντοπίστηκαν

DNA Extraction

Επανεξέταση όλων των H & amp?. Slides Ε εκτελέστηκε από έναν παθολόγο για να επιβεβαιώσετε τον τύπο του όγκου, και για να εξασφαλιστεί ότι το δείγμα ήταν αντιπροσωπευτικό του όγκου και ότι η κανονική περιβάλλοντες ιστούς δεν συμπεριλήφθηκαν. Γενωμικό DNA εκχυλίστηκε 10-20 6-μm πάχους διαφάνειες ανά μπλοκ FFPE, ανάλογα με το μέγεθος του όγκου. Ο καθαρισμός του γενωμικού DNA πραγματοποιήθηκε χρησιμοποιώντας το κιτ ιστού QIAamp DNA FFPE (# 56404? Qiagen, Hilden, Germany) σύμφωνα με τις οδηγίες του κατασκευαστή. De-παραφινοποίησης με ξυλόλιο και αιθανόλη διεξήχθη ως ακολούθως. Μετά από επώαση επί 5 λεπτά με 1 ml ξυλόλιο, τα δείγματα φυγοκεντρήθηκαν επί 1 λεπτό στις 12.000 rpm, και το υπερκείμενο απομακρύνθηκε χωρίς να διαταραχθεί το ίζημα. Τα δείγματα στη συνέχεια πλύθηκαν με 1 ml απόλυτης αιθανόλης για να απομακρυνθεί το υπόλοιπο ξυλόλιο, και το δισκίο ξηραίνεται στον αέρα για 10 λεπτά για να επιτραπεί η υπολειμματική αιθανόλη να εξατμιστεί. Το σφαιρίδιο λύονται με επώαση με 0,2 mg πρωτεϊνάσης Κ όλη τη νύκτα στους 60 ° C και στη συνέχεια υποβλήθηκε σε καθαρισμό στήλης. Κάθε δείγμα γενωμικού DNA εκλούστηκε σε 50 μΐ DNase- και RNase-free νερό, ποσοτικά χρησιμοποιώντας το κιτ Quant-iTTM PicoGreen dsDNA Δοκιμασία (Invitrogen /Life Technologies, Grand Island, ΝΥ), και κανονικοποιημένο με 5 ng /μl συγκέντρωση.

Γονοτυπικές χρησιμοποιώντας OncoMap_V4.4-Core Panel

ο χαρακτηρισμός των σωματικών μεταλλάξεων για 41 κρίσιμα γονίδια που σχετίζονται με την ανάπτυξη του όγκου διεξήχθη χρησιμοποιώντας OncoMap έκδοση 4.4-Core (OncoMap_v4.4C) υπό την τεχνολογία Sequenom MassARRAY πλατφόρμα (Sequenom, San Diego, CA). OncoMap_v4.4C είναι ένα πολλαπλό φύλλο από 32 δεξαμενές των γονιδίων που εκτείνονται εντελώς 471 μοναδικές θέσεις μετάλλαξης σε 41 ογκογονίδια και ογκοκατασταλτικά γονίδια (Πίνακας S1) που είναι γνωστό ότι είναι druggable στόχους. Αυτό OncoMap πάνελ είναι μια αναβαθμισμένη έκδοση του OncoMap_v1, η οποία περιγράφεται στην δημοσιευμένη βιβλιογραφία [7], [8]. Ένα σύνολο 320 ng καθαρισμένου γονιδιωματικού DNA χρησιμοποιήθηκε ως μήτρα για 32 διαφορετικές δεξαμενές του πολλαπλασιασμού πολυπλεξίας χρησιμοποιώντας χημεία iPlex (# 10134-2? Sequenom, San Diego, CA), με 10 ng ανά αντίδραση. Ένα επιπλέον 50-80 ng του DNA χρησιμοποιήθηκε στη συνέχεια για την ομοιογενή Παράταση μάζας (HME) επικύρωση των υποψηφίων μετάλλαξη που εντοπίστηκαν από την αντίδραση Iplex. ενίσχυση Multiplex PCR πραγματοποιήθηκε σε 10 ng γενωμικού DNA σε ένα τελικό όγκο 5 μΐ σε 384 φρεατίων με 0.5 υ HotStarTaq DNA πολυμεράση (Qiagen), 0.12 μΜ από κάθε εκκινητή PCR, 500 μΜ μίγματος dNTP, και 3.5 mM MgCl

2, χρησιμοποιώντας μία DNA Engine Dyad Cycler (Bio-Rad, USA). Multiplex PCR εκτελέστηκε με το ακόλουθο πρόγραμμα: 95 ° C για 15 λεπτά? 45 κύκλοι των 95 ° C για 20 δευτερόλεπτα, 56 ° C για 30 δευτερόλεπτα, και 72 ° C για 60 δευτερόλεπτα? τότε 72 ° C για 3 λεπτά. Υπολειμματική δεοξυνουκλεοτίδια στα προϊόντα PCR αδρανοποιήθηκε με επώαση για 40 λεπτά στους 37 ° C με 2 μΐ αλκαλική φωσφατάση γαρίδας (SAP) από το iPlex-Pro kit (# 10142-2? Sequenom, San Diego, CA), που ακολουθείται από ένα επιπλέον επώαση για 10 λεπτά στους 85 ° C για την απενεργοποίηση της SAP. Στη συνέχεια, η επέκταση μονής βάσης (SBE) διεξήχθη με επιπλέον 2 ul μίγματος Iplex Gold Χημείας (0,1 μΙ Iplex μείγματος τερματισμού, 1.2 μΐ μείγματος ανιχνευτή επέκτασης, και 0.0205 μΐ ενζύμου Iplex) ως εξής: 94 ° C για 30 sec? 40 κύκλοι των 94 ° C για 5 sec και πέντε εσωτερικά κύκλους (52 ° C για 5 sec και 80 ° C για 5 sec)? και 72 ° C για 3 λεπτά. Μετά SBE, 16 μΙ άνευ ϋΝάσης προστέθηκε απεσταγμένο νερό και αφαλάτωση εκτελέστηκε με επώαση για 25 λεπτά με 6 mg ρητίνης ανταλλαγής κατιόντων (Sequenom). Τέλος, το 10 NL του αφαλατωμένου προϊόντος εντοπίστηκε πάνω σε ένα 384-format SpectroCHIP II με την MassARRAY Nanodispenser (Sequenom). Μάζα προσδιορισμός έγινε με φασματόμετρο μάζας MassARRAY Analyzer Compact MALDI-TOF. Γονότυπους κλήθηκαν χρησιμοποιώντας έναν αλγόριθμο ανάλυσης cluster που αναπτύχθηκε από την CCGD της DFCI, στη συνέχεια, εξετάζονται με το χέρι από δύο ανεξάρτητους ερευνητές για την εξάλειψη τυχόν αβέβαιο κλήσεις λόγω ομαδοποίηση αντικειμένων. ποιότητα του δείγματος θεωρήθηκε επαρκής για ανάλυση αν περισσότερο από το 80% των απόπειρα γονοτύπων οδήγησε σε αναγνωρίσιμα προϊόντα. Για την επικύρωση των υποψήφιων μεταλλάξεων, ειδικά γονοτυπική HME διεξήχθη για ολόκληρη δείγματα. πισίνες επικύρωσης για HME σχεδιάστηκαν χρησιμοποιώντας λογισμικό AssayDesigner στο πακέτο MassARRAY Typer (v4.0). Το εγγύς SNPs διηθήθηκαν, και η εξειδίκευση της PCR ενίσχυσης και η μετέπειτα αντίδραση επέκτασης εκκινητή επιβεβαιώθηκαν με ένα μέγιστο έξι δοκιμασίες ανά πισίνα. θεραπεία ενίσχυση και SAP Multiplex PCR διεξήχθηκαν με τον ίδιο τρόπο όπως για την αντίδραση Iplex, εκτός από το ότι το DNA 5 ng χρησιμοποιήθηκε για την πολλαπλή PCR εκμαγείο. Η αντίδραση ΗΜΕ διεξήχθη με επιπλέον 2 υΐ ΗΜΕ κύριο μίγμα (0,2 μΙ κατάλληλων ΗΜΕ ΠΑΡΑΤΑΣΗ μίγματος, 1 μΙ MassEXTEND μίγματος εκκινητή, και 0.025 μΐ ενζύμου ThermoSequenase) ως εξής: 94 ° C για 2 λεπτά? 75 κύκλοι των 94 ° C για 5 δευτερόλεπτα, 52 ° C για 5 δευτερόλεπτα, και 72 ° C για 5 sec? και 72 ° C για 5 λεπτά. Τα υπόλοιπα στάδια, συμπεριλαμβανομένης της προσθήκης νερού, η αφαλάτωση, κηλίδες αίματος, και την ανάλυση, πραγματοποιήθηκαν όπως για την αντίδραση IPLEX. Μόνο θεωρήθηκαν σύμφωνη κλήσεις τόσο από το Iplex και την ανάλυση HME να επικυρωθεί μεταλλάξεις. Όλες οι μεταλλάξεις που ανιχνεύθηκαν επιβεβαιώθηκαν από το πρότυπο, αμφίδρομη αλληλουχίας Sanger

Στατιστική Ανάλυση

Η ανάλυση επιβίωσης πραγματοποιήθηκε χρησιμοποιώντας τη μέθοδο Kaplan-Meier και συνδεθείτε τεστ κατάταξης, και η στατιστική σημαντικότητα ορίστηκε ως p & lt.? 0.05. SPSS v21.0 χρησιμοποιήθηκε για όλες τις στατιστικές αναλύσεις.

Αποτελέσματα

Σε αυτή τη μελέτη, 46 ζεύγη δειγμάτων πρωτογενούς επαναλαμβανόμενες EOC (δηλαδή, 92 δείγματα ΕΓΚ εκ των οποίων 46 ήταν από την πρωτοβάθμια τόπων καρκίνο και 46 ήταν από την αντιστοίχιση ζεύγη sites επαναλαμβανόμενες) αναλύθηκαν. Όλοι οι ασθενείς είχαν ιστολογικά επιβεβαιωμένο EOC, εκ των οποίων θηλώδους ορώδες αδενοκαρκίνωμα ήταν πιο συχνή (67,4%). Όλοι οι ασθενείς εκτός από έναν έλαβαν χημειοθεραπεία επικουρική βάση την πλατίνα μεταξύ Ιανουαρίου 2002 και Δεκεμβρίου 2011. Τα αρχικά χαρακτηριστικά του πληθυσμού των ασθενών συνοψίζονται στον Πίνακα 1.

Η

Από τα δείγματα 92 FFPE δοκιμαστεί, εντοπίστηκαν 35 μεταλλάξεις και επικυρώνονται σε 31 δείγματα (33,7%). Μία μόνο μετάλλαξη ανιχνεύθηκε στο 29.3% των δειγμάτων, και το υπόλοιπο 4,3% είχαν δύο ή περισσότερες μεταλλάξεις. Τα 35 μεταλλάξεις που επικυρώθηκαν εμφανίστηκαν σε τέσσερα γονίδια, και 19 από αυτές τις μεταλλάξεις εντοπίζονταν σε

ΤΡ53

(Πίνακας 2). Μεταλλάξεις επικυρώθηκαν στα γονίδια

TP53

(20,7%),

MLH1

(8,7%),

KRAS

(6,5%), και

CDKN2A

( 2,2%), με ογκοκατασταλτικό γονίδιο

ΤΡ53

το συνηθέστερα μεταλλαγμένο γονίδιο σε EOC (20.7% των δειγμάτων). Το εύρημα αυτό είναι σε συμφωνία με δύο πρόσφατες εκθέσεις που έδειξαν ότι το

TP53

μεταλλάξεις είναι οι πιο κοινές σωματικές μεταλλάξεις γονιδίων σε υψηλής ποιότητας ορώδες καρκίνο των ωοθηκών [6], [10]. Ωστόσο, δεν υπήρχε συσχέτιση μεταξύ της παρουσίας μιας μετάλλαξης στο

ΤΡ53

γονίδιο και κλινική πρόγνωση συνολικά 46 ασθενείς. Η μέση ελεύθερη νόσου επιβίωση (DFS) ήταν 20,1 (εύρος 4,7 έως 55,4) μήνες στο

TP53

μετάλλαξη-αρνητική ομάδα και 27,9 (εύρος, 5,1 έως 40,6) μήνες το

TP53

μετάλλαξη-θετική ομάδα (P = 0,958). Η διάμεση συνολική επιβίωση (OS) ήταν 47,9 (15,8 έως 177,4) μηνών στην πρώην και 55,0 (37,7 – 97,1) μηνών στην τελευταία ομάδα (P = 0,433) (Εικ. 1). Η ανάλυση επιβίωσης μεταξύ

TP53

άγριου τύπου και

TP53

μεταλλαγμένο τύπο επιτύχει το ίδιο αποτέλεσμα, όταν περιλαμβάνονται μόνο 31 ορώδες δείγματα (Εικ. 1).

TP53

μεταλλάξεις και

MLH1

μεταλλάξεις εμφανίστηκε στο θηλώδες ορώδες αδενοκαρκίνωμα, και αλλιώς

KRAS

μεταλλάξεις και

CDKN2A

μεταλλάξεις εμφανίστηκε κυρίως σε βλεννώδες αδενοκαρκίνωμα (Πίνακας 3).

ελεύθερη νόσου επιβίωση και η συνολική επιβίωση δεν είναι διαφορετικά μεταξύ

TP53

μετάλλαξη-αρνητική ομάδα και

TP53

μετάλλαξη-θετική ομάδα. Α και Β, ελεύθερη νόσου επιβίωση και τη συνολική επιβίωση σε σύνολο EOC ασθενείς (n = 46, 36

ΤΡ53

μετάλλαξη (-) έναντι 10

ΤΡ53

μετάλλαξη (+)). Γ και Δ, ελεύθερη νόσου επιβίωση και τη συνολική επιβίωση σε ορώδες αδενοκαρκίνωμα (n = 35, 27

TP53

μετάλλαξη (-) ορώδες έναντι 8

TP53

μετάλλαξη (+) ορώδες).

Απλή αναζήτηση

στη συνέχεια, τα 46 ζεύγη δειγμάτων πρωτοβάθμιας και υποτροπιάζοντα όγκο συγκρίθηκαν προκειμένου να αξιολογηθεί το ποσοστό αντιστοιχίας των σωματικών μεταλλάξεων. Οι περισσότεροι ασθενείς έδειξαν τις πολλαπλές μεταστάσεις και τα δοκιμασμένα δείγματα υποτροπιάζοντα όγκου ελήφθησαν από την τοπική υποτροπή και απομακρυσμένη μετάσταση (Πίνακας 3). Είναι ενδιαφέρον ότι, οποιεσδήποτε σωματικές μεταλλάξεις συνέβησαν στο μόνο υποτροπιάζοντα όγκου δεν είχε εντοπιστεί σε αυτό το OncoMap ανάλυση της EOC (Πίνακας 4). Ένα ποσοστό αντιστοιχίας σχεδόν το 100% παρατηρήθηκε κατά τη σύγκριση των μεταλλάξεων μεταξύ της πρωτοβάθμιας και υποτροπιάζουσες ζεύγη όγκου. Το μόνο έναν ασθενή (περίπτωση 12) έδειξε

ΤΡ53

μετάλλαξη στο πρωταρχικό δείγμα, ωστόσο, ότι δεν ανιχνεύθηκε στο επαναλαμβανόμενο δείγμα. Επιπλέον, η συχνότητα ανίχνευσης μετάλλαξης ήταν παρόμοια μεταξύ των πρωτογενών και υποτροπιαζόντων όγκων. Με άλλα λόγια, σωματικές μεταλλάξεις δεν επηρεάστηκαν από την τοπική υποτροπή ή μετάσταση στο ΕΓΚ.

Η

Συζήτηση

OncoMap είναι ένα βελτιστοποιημένο μετάλλαξη προφίλ πλατφόρμα που αναπτύχθηκε για να αναλύσει αποτελεσματικά μεταλλάξεις σε γνωστά ογκογονίδια και όγκου γονίδια καταστολής, πολλά από τα οποία είναι γνωστά για να προβλέψει απόκριση ή αντίσταση σε στοχευμένες θεραπείες [8]. τρέχουσα έκδοση του OncoMap (V.4.4) μας ανακρίνει 471 μεταλλάξεις σε 41 γονίδια που έχουν σημασία για τον καρκίνο. Το OncoMap πλατφόρμα μπορεί να χρησιμοποιηθεί για την ανάλυση DNA που προέρχεται τόσο από φρέσκο ​​κατεψυγμένο ιστό και δείγματα FFPE. Η ευαισθησία και η ειδικότητα της OncoMap ήταν 93,8% και 100%, αντίστοιχα, σε DNA που προέρχεται από φρέσκο ​​κατεψυγμένο ιστό, και 89,3% και 99,4%, αντίστοιχα, σε FFPE DNA προερχόμενο [8]. Όταν χρησιμοποιείται FFPE ιστούς, η ευαισθησία και η ειδικότητα της OncoMap είναι συγκρίσιμα με τα αποτελέσματα χρησιμοποιώντας φρέσκα-κατεψυγμένο ιστό. OncoMap δεν έχει αναπτυχθεί για ένα συγκεκριμένο τύπο καρκίνου, έτσι ώστε να έχει τον περιορισμό που περιέχει πολλά γονίδια να μην είναι σχετική με ένα συγκεκριμένο βιολογία του κάθε καρκίνου. Παρ ‘όλα αυτά, το πιο αξιοσημείωτο πλεονέκτημα OncoMap είναι ότι επιτρέπει την προβολή των εκατοντάδων hotspot μεταλλάξεων από FFPE ιστό σε λογικό κόστος [8]? Ως εκ τούτου, η τεχνολογία αυτή θα μπορούσε να διευκολύνει για τους κλινικούς ιατρούς για τη διαλογή druggable μεταλλάξεις σε διάφορες μορφές καρκίνου. OncoMap έχει ήδη αναφερθεί ως μια αξιόπιστη μέθοδος για τη διαλογή για σωματικές μεταλλάξεις σε πολλαπλούς τύπους συμπαγούς όγκου [7], [9] – [12].

Μια OncoMap μελέτη διεξήχθη σε EOC για τον εντοπισμό μεταλλάξεων οι οποίες είναι druggable με νέες βιολογικούς παράγοντες. Αν και EOC δεν χαρακτηρίζεται από συγκεκριμένες μεταλλάξεις των γονιδίων (εκτός από

ΤΡ53

, σύμφωνα με τα δεδομένα TCGA) [6], είναι απαραίτητο να διερευνηθούν οι σωματικές μεταλλάξεις που σχετίζονται με τις διαφορές σε καταστάσεις ασθένειας. Συνολικά, 31 (33,7%) του 92 FFPE ιστούς διαλογή χρησιμοποιώντας OncoMap είχαν σωματικές μεταλλάξεις. Των δειγμάτων ΕΓΚ, το 20,7% είχε

TP53

μεταλλάξεις, και λιγότερα δείγματα έτρεφε

MLH1

(8,7%),

KRAS

(6,5%), ή

CDKN2A

(2,2%) μεταλλάξεις.

TP53

είναι ένα ογκοκατασταλτικό γονίδιο που κωδικοποιεί μια πρωτεΐνη που μεσολαβούν κυτταρική απόπτωση, και μετάλλαξη απώλειας λειτουργίας του

TP53

είναι ένα από τα πιο κοινά χαρακτηριστικά των ανθρώπινων καρκίνων [13]. Από την πρώτη ολοκληρωμένη χαρτογράφηση του TP53

ρυθμό μετάλλαξης σε μια ομοιογενή ομάδα υψηλής ποιότητας ασθενείς με ορώδες ωοθηκικό καρκίνο, το συνολικό

TP53

ποσοστό δυσλειτουργίας πλησίασε το 100% των 123 ασθενών. Παθογόνοι

ΤΡ53

μεταλλάξεις ταυτοποιήθηκαν σε 96,7% των δειγμάτων αυτών με αλληλούχιση εξώνια 2-11 και τα όρια ιντρονίου-εξονίου στο DNA του όγκου [14]. Συνεπής με αυτά τα δημοσιευμένα αποτελέσματα,

TP53

μεταλλάχθηκε σε 303 από 316 δείγματα (95,9%) στη μελέτη TCGA [6]. Η συχνότητα των

TP53

μετάλλαξη ήταν χαμηλότερη στη μελέτη μας (20,7%) σε σύγκριση με εκείνο που αναφέρθηκε σε προηγούμενες μελέτες. Από OncoMap ερευνά μόνο

TP53

μεταλλάξεις σε επτά τόπους και δεν ανιχνεύει γεγονότα διαγραφή, το χαμηλότερο ποσοστό

TP53

μεταλλάξεις που παρατηρήθηκαν σε αυτή τη μελέτη είναι σε συμφωνία με την πρόσφατη εργασία από TCGA, όπως αναφέρεται στην μια άλλη μελέτη πραγματοποιήθηκε με τη χρήση OncoMap (Σχ. 2) [10]. Αυτή η προηγούμενη OncoMap μελέτη διεξήχθη σε ένα σύνολο 203 FFPE προχωρήσει οργάνωσαν υψηλού βαθμού ορώδες καρκίνο των δειγμάτων ωοθήκης στο Dana-Farber Cancer Institute, χρησιμοποιώντας OncoMap v.3.0. Χρησιμοποιήσαμε μια αναβαθμισμένη πλατφόρμα OncoMap (V.4.4) συμπεριλαμβανομένων περισσότερων γονιδίων και δοκιμασίες και να διερευνηθεί το προφίλ μετάλλαξη από μόνο Κορέας γυναίκες? Ωστόσο, η συχνή σωματική μετάλλαξη του ΕΓΚ δεν ήταν διακριτικό συγκρίνοντας προηγούμενη μελέτη OncoMap (Σχ. 2). Πολυάριθμες μελέτες έχουν εκτιμήσει τη σχέση μεταξύ

TP53

μεταλλάξεις στον καρκίνο των ωοθηκών και την πρόγνωση. Τα δεδομένα μας δεν έδειξαν διαφορές στην DFS ή OS σε σχέση με το

TP53

κατάσταση μετάλλαξης. Αν και έχουν υπάρξει πολλές αναφορές ότι η παρουσία του

TP53

μεταλλάξεις που σχετίζονται με την πρόγνωση στον καρκίνο των ωοθηκών, δεν υπάρχει συσχέτιση μεταξύ της

TP53

μετάλλαξη και εξέλιξη δωρεάν ή OS βρέθηκε στην ολοκληρωμένη χαρτογράφηση των

TP53

μετάλλαξη στην παρούσα μελέτη [14]. Είναι πιθανό ότι ο μικρός αριθμός των ασθενών με

TP53

μεταλλάξεις μπορεί να είναι ανεπαρκής για να ανιχνεύσει διαφορές στην πρόγνωση.

Αυτή η OncoMap μελέτη V.4.4 από τις γυναίκες της Κορέας αποκάλυψε την παρόμοια συχνότητα

TP53

σωματική μετάλλαξη (20,7% έναντι 22,7%) και το διακριτικό αποτέλεσμα της

MLH1

μετάλλαξη (8,7% έναντι 0%) συγκρίνοντας προηγούμενη μελέτη OncoMap v.3.0 πραγματοποιήθηκε στο Dana-Farber Cancer Institute.

η

σε αυτή τη μελέτη, η δεύτερη πιο συχνά μεταλλαγμένο γονίδιο στο ΕΓΚ ήταν

MLH1

(8,7%), το οποίο δεν βρέθηκε να μεταλλαχθεί σε δημοσιευμένες OncoMap δεδομένων σε υψηλής ποιότητας ορώδης καρκίνος των ωοθηκών. μεταλλάξεις βλαστικής σειράς σε αναντιστοιχία γονίδια επιδιόρθωσης, συμπεριλαμβανομένων των

MLH1

,

MSH2

, και

MSH6

, έχουν εντοπιστεί σε ασθενείς με καρκίνο των ωοθηκών με κληρονομικά μη πολυποδίαση ορθοκολικό καρκίνο (HNPCC) [15]. Μια μελέτη που περιλάμβανε 1.893 γυναίκες με EOC πρότεινε ότι λιγότερο από το 1% των γυναικών με καρκίνο των ωοθηκών λιμάνι ένα βλαστικής γραμμής μετάλλαξη στα γονίδια HNPCC, και παθογόνους φορείς μετάλλαξης είχε νωρίτερα μέση ηλικία κατά τη διάγνωση του καρκίνου των ωοθηκών, με μεγαλύτερη πιθανότητα ενός μη -serous ιστολογία, και ένας μεγαλύτερος αριθμός συγγενών με καρκίνους HNPCC σχετίζονται [15]. Σε μια μετα-ανάλυση, σωματικές μεταλλάξεις στο

MLH1

και

MSH2

γονίδια βρέθηκαν να είναι διαδεδομένη σε καρκίνο του παχέος εντέρου, επιπλέον, ένα υψηλότερο επιπολασμό των σωματικών μεταλλάξεων στο

MLH1

γονίδιο σε σχέση με το

MSH2

γονίδιο παρατηρήθηκε στην ευρωπαϊκή ομάδα [16]. Ωστόσο, δεν υπάρχουν αναφορές για

MLH1

σωματικές μεταλλάξεις στο ΕΓΚ. Αυτή είναι η πρώτη έκθεση ανίχνευση σωματικών μεταλλάξεων στο

MLH1

σε σποραδικές EOC? Ως εκ τούτου, δεν υπάρχουν διαθέσιμα ανεξάρτητη επικύρωση των δεδομένων. Θα είναι απαραίτητο να ανακρίνουν αν

Οι MLH1

σωματικές μεταλλάξεις που σχετίζονται με συγκεκριμένους τύπους καρκίνου των ωοθηκών.

KRAS

μεταλλάξεις (6,5%) και

CDKN2A

μεταλλάξεις (2,2%) ανιχνεύθηκαν επίσης σε αυτή τη μελέτη. Μεταλλάξεις στο

KRAS

γονιδίων είναι μία από τις πιο συχνές γενετικές ανωμαλίες στον καρκίνο των ωοθηκών, και είναι πιο συχνά σε καρκίνωμα της χαμηλότερης ποιότητας και της Διεθνούς Ομοσπονδίας Γυναικολογίας και Μαιευτικής (FIGO) στάδιο, και σε βλάβες του ένα βλεννώδες histotype [17].

KRAS

μετάλλαξη σχετίζεται με βλεννώδες διαφοροποίηση, επειδή αυτές οι μεταλλάξεις συσσωρεύονται επίσης σε βλεννώδες καρκινώματα άλλων οργάνων [18], [19]. Τρεις ασθενείς είχαν

KRAS

μεταλλάξεις, και ότι δύο από αυτούς είχαν βλεννώδες κακοήθειες. Επιπλέον, έχει πρόσφατα αποδειχθεί ότι τα προ-επεμβατική βλεννώδεις όγκοι των ωοθηκών χαρακτηρίζεται από εξαρτώμενη από κυκλίνη αναστολέα κινάσης 2Α (CDKN2A) και Ras εκτροπές μονοπάτι [20]. Αξίζει να σημειωθεί ότι, ο ένας ασθενής με ένα

CDKN2A

μετάλλαξη στη μελέτη μας είχε επίσης ένα

KRAS

μετάλλαξη. Η μελέτη αυτή είναι η μεγαλύτερη και υψηλότερη ανάλυση ανάλυση των βλεννωδών καλοήθεις και οριακά όγκους έχουν διεξαχθεί μέχρι σήμερα και παρέχει ισχυρή υποστήριξη για την υπόθεση ότι οι βλάβες αυτές είναι πρόδρομοι των πρωτογενών βλεννώδες αδενοκαρκίνωμα των ωοθηκών.

Ερευνήσαμε μεταλλάξεις του γονιδίου σε ζεύγη δείγματα αρχικά διαγνωστεί και επαναλαμβανόμενες όγκους από 46 ασθενείς με καρκίνο των ωοθηκών. Πολλοί ογκολόγοι έχουν ενδιαφέρονται εντός του όγκου ετερογένεια, καθώς και την intertumoral ετερογένεια μεταξύ των δειγμάτων πρωτοβάθμιας και υποτροπιάζουσες όγκου από τον ίδιο ασθενή. Μια μεγάλη προοπτική μελέτη για τον καρκίνο του μαστού εντόπισε διακόπτη στην κατάσταση υποδοχέα ER στο 10,2% των ασθενών, για PR στο 24,8%, και για το HER2 σε 2,9%? ο διακόπτης στην κατάσταση των υποδοχέων οδήγησε σε μια αλλαγή στο επόμενο σχέδιο θεραπείας για το 17,5% των ασθενών [21]. Οι συγγραφείς, ως εκ τούτου, πρότεινε ότι η διαχείριση των υποτροπή του καρκίνου του μαστού θα πρέπει να περιλαμβάνουν τη δειγματοληψία ιστού για τον εντοπισμό τους διακόπτες στην κατάσταση ER, PR, ή HER2 σε τοπικά υποτροπιάζοντα ή μεταστατικό καρκίνο του μαστού, η οποία μπορεί να επηρεάσει την προγραμματισμένη θεραπεία. Πράγματι, ορισμένες αναφορές στον καρκίνο του πνεύμονα έχουν δείξει ασύμφωνα μοτίβα μετάλλαξης μεταξύ πρωτογενών και μεταστατικών όγκων και μια ανομοιογενής κατανομή της υποδοχέα του επιδερμικού αυξητικού παράγοντα (

EGFR

) μεταλλάξεις σε μεμονωμένους όγκους [22] – [25]. Ωστόσο, ετερογενή μεταλλάξεις στο

KRAS

και

TP53

είναι λιγοστές, επειδή αυτές οι μεταλλάξεις που σχετίζονται με την πρώιμη παθογένεση του καρκίνου [26]. Σε μια έκθεση που εξετάζει δείγματα όγκων από τον Κατάλογο Σωματικών Μεταλλάξεων Καρκίνου (COSMIC) της βάσης δεδομένων και του Καρκίνου Aichi Κέντρο κοόρτης, υπάρχουν αντικρουόμενα πρότυπα μετάλλαξη ανιχνεύθηκαν μεταξύ 77 ζεύγη πρωτογενή και μεταστατικό δείγματα ιστοσελίδα, ή μεταξύ 54 πρωτοβάθμιας και υποτροπιάζουσες ζεύγη όγκου [27 ]. Οι συγγραφείς κατέληξαν στο συμπέρασμα ότι η ανομοιογενής κατανομή της

EGFR

μεταλλάξεις είναι σπάνια, αλλά επειδή μεταλλαγμένο

EGFR

αλληλόμορφα επιλεκτικά ενισχύονται μέσα στους όγκους, τα δείγματα αναλύονται με λιγότερο ευαίσθητες μέθοδοι ανίχνευσης μπορεί λανθασμένα φαίνεται να είναι ετερογενής για

EGFR

μεταλλάξεις

στον καρκίνο των ωοθηκών, μερικές μελέτες έχουν δείξει ασύμφωνα έκφραση των γονιδίων ή πρωτεϊνικών βιοδεικτών σε ζεύγη δειγμάτων πρωτογενούς και υποτροπιάζοντα καρκίνο των ωοθηκών ιστού, όπως μετράται με ανοσοϊστοχημικές αναλύσεις [28] -. [30 ]. Πρόσφατα, ωστόσο, το αντίθετο δεδομένα έχει αναφερθεί ότι δεν υπάρχουν νέες μεταλλάξεις προέκυψε από τη διάγνωση μέχρι υποτροπή μετά τη χημειοθεραπεία με αλληλούχιση exome του αντίστοιχα δείγματα από έναν ασθενή, γεγονός που υποδηλώνει ότι οι μεταλλάξεις που υπάρχουν ήδη στον πρωτογενή όγκο συνέβαλαν στην μετάσταση και την αντίσταση χημειοθεραπεία [31]. Στη μελέτη μας, ένα ποσοστό αντιστοιχίας σχεδόν το 100% παρατηρήθηκε σε ζεύγη πρωτοβάθμιας και υποτροπιάζουσες δείγματα. Παρά το γεγονός ότι ένας ασθενής εμφάνισε ασυμφωνία, η

TP53

μετάλλαξη ανιχνεύτηκε στον πρωτογενή δείγμα, αλλά όχι στο επαναλαμβανόμενο δείγμα. Τα ευρήματά μας δείχνουν ότι αυτά τα γονίδια (

TP53

,

MLH1

,

KRAS,

και

CDKN2A

) εμπλέκονται στην ανάπτυξη όγκων σε πρώιμο στάδιο, όπως προαναφέρθηκε .

Αυτή η OncoMap ανάλυση αποκάλυψε ότι σωματικές μεταλλάξεις ήταν σπάνια στην EOC.

TP53

μεταλλάξεις ήταν πιο συχνές, σύμφωνα με δημοσιευμένες OncoMap και TCGA δεδομένων, καθώς και σωματικές μεταλλάξεις στο

CDKN2A

,

KRAS

, και

MLH1

ήταν επίσης εντοπιστεί, αν και σε πολύ χαμηλότερες τιμές. Δεδομένου ότι δεν υπήρχε ασυμφωνία μεταξύ της πρωτοβάθμιας και υποτροπιάζουσες δείγματα, δεν μπορέσαμε να βρούμε την συγκεκριμένη σωματική μετάλλαξη που σχετίζεται με την επανεμφάνιση του όγκου και μακρινή μετάσταση σε EOC, μεταξύ των γνωστών ογκογονίδια και ογκοκατασταλτικά γονίδια. Για να κατανοήσουμε τη βιολογία της υποτροπής του όγκου στο EOC, περισσότερες μελέτες συμπεριλαμβανομένων επιγενετικές τροποποιήσεις ή πρόσθετες μεταλλάξεις σε άλλα γονίδια είναι απαραίτητα. Επιπλέον, μελλοντικές μελέτες θα είναι αναγκαίο να συσχετίσει την παρουσία

ΤΡ53

μεταλλάξεις με τη βιολογική δραστικότητα και κλινική πρόγνωση του καρκίνου. Επιπλέον, μη-ορώδες τύπους ΕΓΚ θα πρέπει να αναλυθούν, επειδή μοριακά γεγονότα σε αυτές τις καρκίνους μπορεί να παρέχει μια ευκαιρία για τις θεραπείες που στοχεύουν συγκεκριμένες μεταλλάξεις και μονοπάτια. Καλύτερη λειτουργική γενετική και τη διαστρωμάτωση της νόσου στον καρκίνο των ωοθηκών θα κάνει νέες, στοχευμένες θεραπευτικούς στόχους και εξατομικευμένες θεραπείες είναι δυνατόν.

Υποστήριξη Πληροφορίες

Πίνακα S1.

OncoMap_4.4C αποτελείται από 439 δοκιμασίες σε 32 ξεχωριστές αντιδράσεις σχεδιασμένο για να ελέγξει 471 μεταλλάξεις σε γονίδια 41critical

doi:. 10.1371 /journal.pone.0099451.s001

(DOC)