Αφηρημένο

Helicobacter pylori

(HP) είναι ένα βακτήριο που αποικίζει το ανθρώπινο στομάχι και μπορεί να δημιουργήσει μια μακροχρόνια λοίμωξη του γαστρικού βλεννογόνου. Επίμονη μόλυνση Hp επάγει συχνά γαστρίτιδα και σχετίζεται με την ανάπτυξη της νόσου του πεπτικού έλκους, ατροφική γαστρίτιδα, και γαστρικού αδενοκαρκινώματος. Λοιμογόνο HP απομονώνει φιλοξενούν το CAG (γονίδια κυτοτοξίνης που σχετίζεται) παθογένεια νησιού (cagPAI), ένα 40 kb τμήμα του DNA που κωδικοποιεί τα συστατικά του συστήματος έκκρισης τύπου IV (T4SS). Αυτό T4SS σχηματίζει ένα τρίχα για την έγχυση λοιμογόνων παραγόντων σε κύτταρα στόχους ξενιστή, όπως είναι η CagA ογκοπρωτεΐνη. Αναλύσαμε τη γενετική ποικιλομορφία στο

CagA

και άλλα επιλεγμένα γονίδια της HP cagPAI (

cagC

,

Cage

,

CAGL

,

cagT

,

cagV

και

CAG Gamma

) χρησιμοποιώντας DNA από κατεψυγμένα γαστρικές βιοψίες ή από κλινικές απομονώσεις. Τα άτομα της μελέτης ήταν 95 ασθενείς CagA + που είχαν ιστολογικά διαγνωσθεί με χρόνια γαστρίτιδα ή καρκίνου του στομάχου στη Βενεζουέλα και το Μεξικό, περιοχές με υψηλό επιπολασμό της μόλυνσης Ηρ. Οι αντιδράσεις προσδιορισμού αλληλουχίας πραγματοποιήθηκαν τόσο από Sanger και Pyrosequencing επόμενης γενιάς (454 Roche) μεθόδους. Βρήκαμε ένα σύνολο 381 παραλλαγών με σαφή κλήσεις που παρατηρήθηκαν σε τουλάχιστον 10% των αρχικά δειγμάτων που ελέγχθηκαν και τα στελέχη αναφοράς. Συγκρίναμε τις συχνότητες αυτών των γενετικών παραλλαγών μεταξύ γαστρικό καρκίνο και χρόνιες περιπτώσεις γαστρίτιδας. Είκοσι-έξι SNPs (11 μη συνώνυμες και 14 συνώνυμες) έδειξε στατιστικά σημαντικές διαφορές (P & lt? 0.05), και δύο SNPs, στη θέση 1039 και 1041 του

Cage

, έδειξε μια πολύ σημαντική συσχέτιση με τον καρκίνο (p -τιμή = 2,07 × 10

-6), και το κωδικόνιο παραλλαγή βρισκόταν στην περιοχή ομολογίας VirB3 του

Agrobacterium

. Τα αποτελέσματα αυτής της μελέτης μπορεί να παρέχει τις πρώτες πληροφορίες να στοχεύσετε αντιβιοτική θεραπεία σε άτομα υψηλού κινδύνου, εάν τα αποτελέσματα αυτών των παραλλαγών επιβεβαιώθηκε σε περαιτέρω έρευνες

Παράθεση:. RIZZATO C, Τόρες J, Plummer Μ, Muñoz Ν, Franceschi S, Camorlinga-Ponce M, et al. (2012) Παραλλαγές στο ελικοβακτηρίδιο του πυλωρού κυτταροτοξίνης-Associated γονίδια και την επιρροή τους στην εξέλιξη σε καρκίνο του γαστρικού: Συνέπειες για την Πρόληψη. PLoS ONE 7 (1): e29605. doi: 10.1371 /journal.pone.0029605

Επιμέλεια: Masaru Katoh, Εθνικό Κέντρο Καρκίνου, Ιαπωνία

Ελήφθη: 6η Οκτωβρίου του 2011? Δεκτές: 1 του Δεκεμβρίου 2011? Δημοσιεύθηκε: 3 Γενάρη 2012

Copyright: © 2012 RIZZATO et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. JT είναι ο αποδέκτης μιας υποτροφίας Αποκλειστικότητα από Fundacion IMSS, Μεξικό. Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

Helicobacter pylori

(HP) είναι ένα από τα πιο κοινή χρόνια βακτηριακή λοίμωξη σε ανθρώπους. Έχει υπολογιστεί ότι πάνω από το ήμισυ του ενήλικου πληθυσμού στον κόσμο έχει μολυνθεί με τον οργανισμό αυτό [1]. Μεταξύ αυτών, περίπου το 10-15% των μολυσμένων ατόμων εκτιμάται να βιώσουν κλινικά ανεπιθύμητα επακόλουθα, συμπεριλαμβανομένων πεπτικών ελκών, γαστρικά αδενοκαρκίνωμα και γαστρικό βλεννογόνο που σχετίζεται με λέμφωμα λεμφοειδούς ιστού (βύνη) [2]. Μέχρι σήμερα, παρά τις εκτεταμένες προσπάθειες σε όλο τον κόσμο, αυτό που καθορίζει αυτά τα μεταβλητά κλινικά αποτελέσματα δεν έχει πλήρως διευκρινιστεί, αλλά πιστεύεται ότι είναι συνδυασμοί του περιβάλλοντος (π.χ., το κάπνισμα και η διατροφή) [3], η γενετική υποδοχής και HP λοιμογόνου δύναμης παράγοντες [3], [4 ], [5]. Εργασία από εμάς [6] και άλλοι υποστηρίζουν ότι η βακτηριακή παράγοντες είναι πιθανό να παίξει τον πιο καθοριστικό ρόλο [7], [8].

Ο καλύτερος δείκτης μολυσματικότητα χαρακτηρίζεται HP είναι η κυτταροτοξίνη που σχετίζεται με το γονίδιο παθογένειας νησιού (cagPAI ), μία περιοχή 40 kb του χρωμοσωμικού DNA που κωδικοποιεί περίπου 31 γονίδια που σχηματίζει ένα σύστημα έκκρισης τύπου IV (T4SS) για να μετατοπίζουν βακτηριακά προϊόντα εντός του κυττάρου-ξενιστή.

CAGA

κατοικεί μέσα cagPAI και είναι υπεύθυνη για τις περισσότερες από τις HP που σχετίζονται με κακοήθεις φαινότυποι: ενεργοποιεί την IL-8 έκκριση αστάρωμα μια φλεγμονώδη αντίδραση, προάγει τον πολλαπλασιασμό των κυττάρων, σκέδαση και τη μετανάστευση, είτε μέσω φωσφορυλίωσης-εξαρτώμενη και ανεξάρτητους μηχανισμούς [ ,,,0],9], [10]. Η cagPAI είναι παρούσα σε περίπου 95% της Ανατολικής Ασίας απομονώνει και είναι λιγότερο συχνή σε στελέχη από δυτικές χώρες χαμηλού κινδύνου [11], [12], [13].

Πολλές από τις λειτουργίες CagA κατοικούν μέσα σε ένα C-τερματικό διαδοχικά διατεταγμένων επαναλαμβανόμενες μοτίβο που περιέχει τα αμινοξέα Glu-Pro-Ile-Tyr-Ala (EPIYA μοτίβα Α, Β, Γ και Δ). Τα στελέχη που φέρουν πολλαπλά αντίγραφα του δυτικού τύπου EPIYA-C ή ανατολικού τύπου EPIYA-D προτείνεται να συνδέεται περισσότερο με καρκίνο του στομάχου και με αυξημένο CagA

in vitro

δραστηριότητα [14], αν και αυτό είναι αμφιλεγόμενη [15] . Μέχρι σήμερα, παρά τη γνωστή μεταβλητότητα στο Ν-τερματικό

CagA

γονίδιο και άλλα γονίδια νησί cagPAI, υπήρξε πολύ περιορισμένες πληροφορίες σχετικά με την κλινική σημασία των γενετικών παραλλαγών έξω από το EPIYAs. Έτσι, στο παρόν έγγραφο θα επιδιώξει να εντοπίσει τις παραλλαγές στα γονίδια cagPAI

cagC

(

HP0546

),

Cage

(

HP0544

),

CAGL

(

HP0539

),

cagV

(

HP0530

),

cagT

(

HP0533

), και

CAG Gamma

(

HP0523

) γονίδια, τα οποία έχουν χαρακτηριστεί ως σημαντικές λειτουργικές συνιστώσες του μοντέλου βακτηριακή T4SS, και είναι γνωστό ότι είναι ζωτικής σημασίας για τη λειτουργία cagPAI μετάθεση ή παρουσιάζουν εξωκυττάρια, προτείνοντας πιθανές αλληλεπιδράσεις με κύτταρα ξενιστές? και

CagA,

του οποίου η περιοχή EPIYA έχει αποδειχθεί με συνέπεια να συσχετίζονται με την κλινική έκβαση (γαστρικό καρκίνο) [16].

και μόνο CAGA

κατάσταση δεν είναι αρκετή για να προβλέψει κλινικά αποτελέσματα. Επιπλέον, υπάρχουν ενδείξεις ότι η εξάλειψη της HP μειώνει το γαστρικό συχνότητα εμφάνισης καρκίνου μόνο σε άτομα χωρίς προκαρκινικές αλλοιώσεις. Τα αποτελέσματα αυτής της μελέτης μπορεί να παράσχει πολύτιμες πληροφορίες για τη στόχευση αντιβιοτική αγωγή σε άτομα υψηλού κινδύνου, εάν τα αποτελέσματα αυτών των παραλλαγών επιβεβαιωθεί σε περαιτέρω έρευνες.

Υλικά και Μέθοδοι

Δήλωση Ηθικής

Όλοι οι συμμετέχοντες υπέγραψαν ενημέρωσε γραπτή συγκατάθεση. Η μελέτη εγκρίθηκε από τις ηθικές συμβούλια αναθεώρηση των οργάνων που είναι αρμόδια για το θέμα πρόσληψης σε κάθε ένα από τα κέντρα στρατολόγησης.

Για Μεξικού δείγματα, η μελέτη εγκρίθηκε από επιτροπές δεοντολογίας της Instituto Mexicano del Σεγκούρο Κοινωνική (IMSS) και το Γενικό Νοσοκομείο της Secretaria de Salud (SS), Πόλη του Μεξικού, Μεξικό.

για Βενεζουέλας δείγματα, ηθική κάθαρση για τη μελέτη λήφθηκε από τον Διεθνή Οργανισμό Ερευνών για τον Καρκίνο (IARC) επιτροπή δεοντολογίας στη Λυών, η Γαλλία, και ο καρκίνος Control Center στο San Cristobal, Βενεζουέλα.

πληθυσμός Μελέτη

Βενεζουέλα.

Χρησιμοποιήσαμε 11 δείγματα DNA από γαστρικές βιοψίες από άτομα που πάσχουν από χρόνια γαστρίτιδα, χωρίς ατροφία προσληφθεί σε μια δίκη χημειοπροφύλαξη στη Βενεζουέλα [17], [18]. Τα άτομα της μελέτης (ηλικίας 35-69) σε αυτή τη μελέτη είχαν προσληφθεί από τους συμμετέχοντες στην γαστρικός καρκίνος Πρόγραμμα Ελέγχου του Tachira μέλους, η οποία βασίστηκε σε ένα γαστρικό ακτίνων Χ διπλής αντίθεσης που ακολουθείται από μια γαστροσκοπική εξέταση. Άτομα με οποιαδήποτε καρκίνου, συμπεριλαμβανομένου του καρκίνου του στομάχου ή με οποιεσδήποτε άλλες σοβαρές ασθένειες, όπως η καρδιά, τους πνεύμονες, τα νεφρά ή ηπατική ανεπάρκεια και οι έγκυες γυναίκες δεν ήταν επιλέξιμες. Επτά γαστρικές βιοψίες ελήφθησαν από προκαθορισμένες τοποθεσίες, πέντε για ιστολογική αξιολόγηση και δύο πάγωσαν για

H pylori

απομόνωση ή τον πολιτισμό του DNA. παθολόγους Εμπειρογνώμονας σε νεοπλασματικές αλλοιώσεις του στομάχου διαβάσετε ιστολογική διαφάνειες.

Μεξικό.

84 δείγματα ήταν από ασθενείς που παρακολουθεί την Γαστρεντερολογική Μονάδα του Γενικού Νοσοκομείου México (Secretaría de Salud) και το Ογκολογικό Νοσοκομείο ( Instituto Mexicano del Seguro κοινωνική), και τα δύο νοσοκομεία στην Πόλη του Μεξικού. Τριάντα πέντε ασθενείς είχαν επηρεαστεί με χρόνια γαστρίτιδα και 49 με καρκίνο του στομάχου. Οι ασθενείς ήταν ηλικίας άνω των 30 χρόνων, η γνώμη λόγω των γαστροδωδεκαδακτυλικών συμπτώματα (Γενικό Νοσοκομείο) ή λόγω της πιθανής γαστρικού καρκίνου (Ογκολογικό Νοσοκομείο), και προγραμματίστηκαν για ενδοσκόπηση και βιοψία για διαγνωστικούς σκοπούς. Υποκείμενα που είχαν προηγουμένως λάβει θεραπεία του καρκίνου, ήταν σε αντιβιοτικά, θεραπεία αντι-HP ή μη στεροειδή αντιφλεγμονώδη φάρμακα δύο εβδομάδες πριν από τη μελέτη, ή είχαν άλλες σοβαρές χρόνιες ασθένειες αποκλείστηκαν. Γαστρική δείγματα βιοψίας τοποθετήθηκαν σε αποστειρωμένο 0.9% αλατούχο διάλυμα, ομογενοποιείται, και εμβολιάστηκαν πάνω σε βάση άγαρ αίματος (BBL, MD) πλάκες συμπληρωμένο με 5% αίμα προβάτου για καλλιέργεια HP. Οι πλάκες επωάστηκαν στους 37 ° C σε 9% CO

2 ατμόσφαιρα για μέχρι 5 ημέρες. HP ταυτοποιήθηκε με αποικίας και μικροσκοπικής μορφολογίας και από θετικά οξειδάση, καταλάση, και δοκιμές ουρεάσης. Από κάθε πρωτογενή ανάπτυξη, 7 έως 10 απλές αποικίες η κάθε απομονώθηκαν από το άντρο και σώμα και πολλαπλασιάζονται επί μέσου άγαρ αίματος. Για τη μελέτη αυτή, αναλύσαμε 43 δείγματα από καλλιεργημένα στελέχη και 41 απευθείας από κατεψυγμένα βιοψίες.

Τα κύρια χαρακτηριστικά του πληθυσμού που περιγράφονται στον πίνακα 1.

Η

εξαγωγή DNA

για Βενεζουέλας και του Μεξικού δείγματα βιοψίας το DNA εκχυλίζεται από κατεψυγμένα ιστούς χρησιμοποιώντας QIAamp DNA Micro Kit (Qiagen, Hilden, Germany) σύμφωνα με τις οδηγίες του κατασκευαστή. Για καλλιεργημένα στελέχη DNA καθαρίστηκε χρησιμοποιώντας το-EDTA-Sarkosyl θειοκυανικού μέθοδο γουανιδίνης (GES) [19].

Primer σχεδιασμό

Χρησιμοποιήσαμε ευθυγραμμίσεις των αλληλουχιών της HP από δημόσιες βάσεις δεδομένων για την αναγνώριση αλληλουχιών κατάλληλο για σχεδιασμός των εκκινητών PCR. Έχουμε περιορισμένες αναζητήσεις βάση δεδομένων μας προς τη Δυτική στελέχη της HP, που είναι πιο πιθανό να είναι παρόμοια με τα στελέχη που βρέθηκαν στα δείγματα της μελέτης μας. Σχεδιάσαμε πλακάκια αμπλικόνια που κυμαίνονται στο μέγεθος 312 έως 876 bp. Το μέσο μέγεθος της ακολουθίας διαβάζει με 454 τεχνολογία αλληλουχίας είναι 450 bp, ως εκ τούτου, προς τα εμπρός διαβάζει και αντίστροφη διαβάζει επικαλύπτονται εν μέρει τουλάχιστον, βελτιώνοντας έτσι την αξιοπιστία του αποτελέσματος. Πέντε από το

CAGA

προϊόντα επιμηκύνσεως που χρησιμοποιούνται έχουν προηγουμένως δημοσιευθεί [20], [21]. Όλες οι εκκινητές που χρησιμοποιήθηκαν για

CagA

,

cagC, κλουβί, CAGL, cagV, cagT

και

CAG γάμμα

για πρώτη φορά δοκιμάστηκαν σε αντιδράσεις PCR σε ένα μικρό αριθμό δειγμάτων της μελέτης ( n = 16) και οι ενισχυμένες περιοχές υποβλήθηκαν σε προσδιορισμό αλληλουχίας με την τεχνολογία Sanger στα ίδια δείγματα για να επιβεβαιωθεί η ειδικότητα της ενίσχυσης (βλέπε συμπληρωματικό πίνακα S1 για αλληλουχίες εκκινητών και συνθηκών ενίσχυσης PCR).

Επιπλέον, χρησιμοποιήσαμε ως αναφοράς, τρία στελέχη 26695 (NC_000195), J99 (NC_000921) και G27 (NC_0011333) των οποίων τα γονιδιώματα έχουν πλήρως η αλληλουχία [22], [23], [24].

454 αλληλουχίας

Μόλις οι βελτιστοποιημένες συνθήκες PCR, εμείς ανασυντεθεί τους ίδιους εκκινητές που χρησιμοποιήθηκαν για PCR με ετικέτες multiplex (χρησιμοποιείται για την αναγνώριση αλληλουχιών από κάθε συγκεκριμένο δείγμα) και προσαρμογείς, και ενισχύθηκε τις περιοχές στόχου χρησιμοποιώντας DNA από δείγματα. Μία δεύτερη PCR εκτελέστηκε χρησιμοποιώντας τα tagged εναύσματα, προκειμένου να αυξηθεί η ποσότητα του υλικού. Όλα τα PCR προϊόντα επιμηκύνσεως στη συνέχεια να καθαριστεί, ποσοτικοποιείται φασματοφωτομετρικά, και συνενώθηκαν σε ισομοριακές ποσότητες.

Βιβλιοθήκη γενιά για 454 αλληλούχιση FLX διεξήχθη με τη χρήση τυποποιημένων πρωτοκόλλων του κατασκευαστή (454 Life Sciences Corporation, Branford, CT, USA). Εν ολίγοις, προσαρμογείς του κατασκευαστή που απαιτούνται για την επεξεργασία και ανάλυση αλληλουχίας προστέθηκαν στα άκρα της κάθε δεξαμενής με ετικέτα προϊόντων PCR με πρόσδεση. Ενιαία μόρια των προϊόντων PCR που φέρουν τα σωστά προσαρμογείς υβριδοποιήθηκαν σε μεμονωμένες χάντρες, κλωνικά ενισχυμένο σε μεταγενέστερη γαλάκτωμα PCR και κάθε πισίνα φορτώθηκε σε 1/16 του picotiterplate για αλληλούχιση χρησιμοποιώντας την τεχνολογία 454 GS FLX Titanium. Μετά την επεξεργασία και τη βάση κλήση χρησιμοποιώντας ιδιόκτητο λογισμικό του κατασκευαστή (454 Life Sciences Corporation, Branford, CT, USA, έκδοση λογισμικού 2.0.00 Οκτωβρίου 2008) η προκύπτουσα διαβάζει ταξινομήθηκαν σύμφωνα με τις προ-ενσωματωθεί έξι ετικέτες βάσης. Γενωμική ανάλυση ακολουθίας από 454 τεχνολογία έγινε για αυτούς HP στελέχη με & gt? 200 φορές μέση κάλυψη (ελάχιστη 59x, 580x μέγιστο). Τα προκύπτοντα contigs συναρμολογήθηκαν με τη χρήση της γονιδιακής αλληλουχίας του στελέχους HP 26695 [23] ως ένα ικρίωμα. Δεν έχουν παρατηρηθεί σημαντικές διαφορές στην ποιότητα της εξόδου μεταξύ DNA από καλλιεργημένα στέλεχος και το DNA από βιοψίες. Προκειμένου να αξιολογήσει τον έλεγχο της ποιότητας των δεδομένων που σε σύγκριση με 454 δεδομένα αλληλουχίας του στελέχους αναφοράς 26695 και την δημοσιευθείσα σειρά στη βάση δεδομένων NCBI (NC_000915)? αντιστοιχία ήταν πάνω & gt? 99%. Εμείς αλληλουχία και 9 της Βενεζουέλας δείγματα με την παραδοσιακή μέθοδο αλληλούχισης Sanger, παρατηρώντας μια συμφωνία & gt?. 99% μεταξύ των μεθόδων

Sanger αλληλούχισης

Το

CAGA

Ν-τερματικό (630 bp ), C-τερματικού (θέση 2670 – 3.100) και EPIYA μοτίβα περιοχής καθώς και

CAGL

γονίδιο αλληλουχήθηκαν με την μέθοδο Sanger. Οι αντιδράσεις αλληλούχισης διεξήχθησαν χρησιμοποιώντας BigDyeR Terminator Cycle Κιτ (Applied Biosystems, Foster City, CA, USA) κάτω από θερμικές συνθήκες, ως εξής: 96 ° C για 2 λεπτά, και στη συνέχεια 27 κύκλους στους 96 ° C για 30 s, 54 ° C για 10 s και 60 ° C για 4 λεπτά. Τα προϊόντα της αντίδρασης καταβυθίστηκαν με 2-προπανόλη, πλύθηκε με 75% αιθανόλη, αραιωμένο σε 25 μΐ νερό και φορτώθηκε σε ένα ΑΒΙ PRISM 3100 Genetic analyzer (Applied Biosystems). δεδομένα πρωτογενούς αλληλουχίας αναλύθηκαν χρησιμοποιώντας ένα πρόγραμμα ανάλυσης αλληλουχίας (Applied Biosystems).

Bioinformatic και στατιστικών μεθόδων

Οι πρώτες σειρές αυτόματα αναλύθηκαν με το λογισμικό 454 και βαθμολογίες ποιότητας έχουν ανατεθεί. Η προκύπτουσα έξοδος αλληλουχίας, τόσο από 454 σε μορφή SFF και Sanger στο ΑΒΙ μορφή, αναλύθηκε με το λογισμικό ευθυγράμμισης πολλαπλών αλληλουχιών (π.χ. την πλατφόρμα Geneious λογισμικού: https://www.geneious.com/), τα οποία συναρμολογούνται όλα διαβάζει ανήκουν στην ίδιο δείγμα, τότε οι αλληλουχίες όλων των δειγμάτων ήταν ευθυγραμμισμένες με μία αλληλουχία αναφοράς και πολυμορφισμούς μονών νουκλεοτιδίων όπως επίσης και οι μικρές εισαγωγές και διαγραφές ταυτοποιήθηκαν. Για την αποφυγή πιθανών αντικειμένων από αλληλούχιση και για τον περιορισμό παραλλαγές με κλινικά και στατιστικά σημαντική συχνότητες, επιλέξαμε παραλλαγές με σαφή κλήσεις που παρατηρήθηκαν σε τουλάχιστον 10% για συνώνυμος (Ν = 175) και 20% για nonsynonymous (Ν = 206) παραλλαγές του αρχικά των δειγμάτων που ελέγχθηκαν και τα στελέχη αναφοράς (Σύνολο 381).

SAS έκδοση 9.2 χρησιμοποιήθηκε για την εκτίμηση λόγων πιθανοτήτων logit (OR) και 95% διάστημα εμπιστοσύνης (CI) για γαστρικό καρκίνο που σχετίζεται με κάθε παραλλαγή, καθώς και για τον υπολογισμό p -τιμές για τις διαφορές στις συχνότητες παραλλαγή μεταξύ γαστρικού καρκίνου και γαστρίτιδα με την ακριβή δοκιμή του Fisher του (2 όψεων). Bonferroni διόρθωση εφαρμόστηκε για τον υπολογισμό p-τιμές προσαρμόζονται για πολλαπλές συγκρίσεις με τη διαίρεση των πρώτων p-τιμές με 381.

Γενετική ποικιλότητα σε επτά γονίδια HP cagPAI

Μια περίληψη της γενετικής ποικιλότητας που εντοπίστηκαν στο επτά γονίδια αναφέρονται στον πίνακα 2. όπως αναμενόταν, παρατηρήσαμε ένα υψηλό βαθμό μεταβλητότητας (υπολογίζεται ως ο αριθμός των θέσεων που δείχνει μια παραλλαγή από το σύνολο των τόπων σε ένα γονίδιο), τόσο στο επίπεδο του DNA και αμινοξέων. Το νουκλεοτίδιο μεταβλητότητα κυμάνθηκε από 8,03% το

cagV

σε 23,92% το

cagC

, ενώ η μεταβλητότητα αμινοξέος ενδιαφέροντα κυμάνθηκε από 5,69% το

cagT

, που δείχνουν το μικρότερο βαθμό της διακύμανσης, σε 31,01% το

CagA

.

Η

σύγκριση των συχνοτήτων των 381 επιλεγμένων γενετικές παραλλαγές μεταξύ γαστρικό καρκίνο και χρόνιες περιπτώσεις γαστρίτιδας. Στη συνέχεια προσδιορίζεται μη συνώνυμες (πίνακας 3) και συνώνυμα (πίνακας 4) παραλλαγές που έδειξε σημαντικές διαφορές μεταξύ της γαστρίτιδας και του καρκίνου περιπτώσεις, που συνήλθαν ένα από τα ακόλουθα κριτήρια, (1) απόλυτη συχνότητα παραλλαγή διαφέρει τουλάχιστον κατά 25% μεταξύ της γαστρίτιδας και του καρκίνου ομάδες ? (2) συχνότητα παραλλαγή σε γαστρικό καρκίνο τουλάχιστον διπλάσια σε γαστρίτιδα και (3), η συχνότητα παραλλαγή στην γαστρίτιδα τουλάχιστον διπλάσια σε γαστρικό καρκίνο. Είκοσι πέντε SNPs (11 μη συνώνυμες και 14 συνώνυμες) ανήλθαν σε στατιστικά σημαντικές διαφορές (p & lt? 0,05, σχήμα 1), που βρίσκεται στο

CagA

,

Cage

,

caggamma

και

CAGL

, ενώ καμία δεν βρίσκεται στο

cagC

,

cagT

ή

cagV

. Στη συνέχεια εφαρμόζεται μια μελέτη-σοφός κατώφλι p = 1,31 × 10

-4 (0.05 /381) προσαρμόζεται για πολλαπλές συγκρίσεις, και μόνο δύο SNPs, στη θέση 1039 και 1041 στο

Cage

, έδειξε μια p-τιμή χαμηλότερη από το όριο αυτό. Ένας SNP στο

Cage

γονιδίου (θέση 1905) δείχνει την αξία ap των 2,55 × 10

-4 πολύ κοντά στην μελέτη-σοφός στατιστική σημαντικότητα.

Η χρωματική κωδικοποίηση έχει ως εξής : SNPs στο πράσινο είναι συνώνυμες παραλλαγές, SNPs σε μπλε δεν είναι συνώνυμη παραλλαγές και SNPs με κόκκινο χρώμα είναι εκείνες με ισχυρή στατιστική σημαντικότητα (μελέτη-σοφός όριο της P = 1,31 × 10

-4)

Η

πολυμορφισμούς CagA

και είδη EPIYA

Η C-τερματική περιοχή (θέσεις 2.670 έως 3100) ήταν εξαιρετικά μεταβλητή στις κλινικές απομονώσεις σύμφωνα με το πρότυπο του EPIYA μοτίβα (Σχήμα 2). Παρατηρήσαμε 524 πολυμορφικές θέσεις από τις οποίες αναλύσαμε 148 επιλέγονται με τα κριτήρια που περιγράφονται προηγουμένως (από τον πλήρη κατάλογο των

CAGA

SNPs παρουσιάζεται στο συμπληρωματικό S1 αρχείο). Είναι ενδιαφέρον ότι, δύο SNPs δείχνουν μια διαφορετική επανάληψη μεταξύ γαστρίτιδα και καρκίνος περιπτώσεις με ρ & lt? 0,05, ακόμη και αν δεν θεωρήθηκαν στατιστικά σημαντική λόγω του μεγάλου αριθμού των δοκιμών? Το ένα είναι ένα μη-συνώνυμη SNPs (A2033G καθορίσει μια αλλαγή αμινοξέος Τ /Α, βλέπε πίνακα 3) και ένα συνώνυμο SNPs (A2547G, βλέπε πίνακα 4).

Η

Η ανάλυση της περιοχής EPIYA επιβεβαίωσε ότι όλες οι αλληλουχίες ήταν του CagA τύπου Western, δηλαδή, ABC (82%), ABCC (13%), ABABC (3%), AABCC (1%) και ABCCC (1%). Δεν παρατηρήσαμε μια διαφορετική κατανομή αυτών των τύπων CagA μεταξύ των καρκινικών και γαστρίτιδα περιπτώσεις (p = 0,2342), τα λεπτομερή αποτελέσματα παρουσιάζονται στον πίνακα 5 και το σχήμα 2. Παρατηρήσαμε 3 παραλλαγές του μοτίβου EPIYA: ένα δείγμα γαστρίτιδα είχε EPIYV σε ένα ένα μοτίβο, το 50% των μοτίβων Β έδειξε την παραλλαγή EPIYT (καμία στατιστική διαφορετική κατανομή στον καρκίνο και την περίπτωση γαστρίτιδα) και ένα μοτίβο C μιας υπόθεσης καρκίνο έδειξε μια παραλλαγή EPLYA.

η

Αποτελέσματα στο άλλο

CAG

γονίδια ΡΑΙ

η γενετική ποικιλότητα του

cagC κλουβί

,

cagT, cagV

και

CAG Gamma

αξιολογήθηκε από 454 αλληλουχίας και του c

AGL από

αλληλουχίας Sanger. Η πλήρης κατάλογος των πολυμορφισμών παρατηρείται σε αυτά τα επτά γονίδια φαίνεται στο συμπληρωματικό S1 αρχείο.

Στο

cagC

γονίδιο που εντοπίσαμε 83 SNPs, 25 από τις οποίες επελέγησαν, όπως περιγράφεται παραπάνω. Κανένα από αυτά τα SNPs έδειξε μια διαφορική κατανομή μεταξύ της γαστρίτιδας και του καρκίνου περιπτώσεις.

Στο

Cage

γονίδιο έχουμε καταλογογραφηθεί 308 πολυμορφικές θέσεις, 97 από αυτούς τους πολυμορφισμούς αναλύθηκαν. C1039T και T1041G έδειξε στατιστικά σημαντική διαφορετική υποτροπής μεταξύ γαστρίτιδα και ο καρκίνος περιπτώσεις με p = 9,97 × 10

-6. Επιπλέον, ένα άλλο T1905C SNP έδειξαν ένα διαφορετικό υποτροπή με τιμή ρ 2,55 × 10

-4, η οποία είναι πολύ κοντά στο όριο της μελέτης-σοφός. Εννέα άλλες SNPs δείχνουν μια διαφορετική υποτροπής μεταξύ γαστρίτιδα και ο καρκίνος περιπτώσεις με p & lt? 0,05, έξι συνώνυμο πολυμορφισμοί (T1032C, C1038T, T2092C, A2097G, G2121A και A2286G) και 3 μη-συνώνυμα παραλλαγές: A76C (αμινοοξική αλλαγή από λυσίνη σε γλουταμίνη), T1853C (αμινοξικό αλλαγή από βαλίνη σε αλανίνη) και A2032G (αμινοξικού αλλαγή από ασπαραγίνη σε ασπαρτικό οξύ).

Η παραλλαγή C1039T, όταν αναλύονται ως ενιαία μεταβολή, προβλέπει μια αλλαγή αμινοξέος λυσίνης προς φαινυλαλανίνη (αλλαγή κωδικονίου CTT σε ΤΤΤ), ενώ το SNP T1041G βρίσκεται στην τρίτη θέση από το ίδιο κωδικόνιο και αν αναλύονται ως ενιαία αλλαγή προέβλεψε μια συνώνυμη παραλλαγή (κωδικώνιο αλλάξει CTT σε CTG). Ωστόσο, σε όλα τα δείγματα που έχουμε αναλύσει τα δύο αλληλόμορφα παραλλαγή παρατηρήθηκαν μαζί, ως εκ τούτου παρατηρήθηκε μόνο δύο κωδικόνια παραλλαγή (CTT και TTG) τα οποία κωδικοποιούν για το ίδιο αμινοξύ, λυσίνη. Ο πολυμορφισμός T1905C είναι συνώνυμη παραλλαγή στην τρίτη θέση του κωδικονίου Γ.Ο.Σ. (παραλλαγή κωδικόνιο GTC), το οποίο κωδικοποιεί την βαλίνη.

Στο

CAGL

γονίδιο παρατηρήσαμε 74 πολυμορφισμών και 24 εκ των οποίων αναλύθηκαν, 4 έδειξαν μία διαφορική κατανομή μεταξύ των περιπτώσεων καρκίνου και γαστρίτιδα (Ρ & lt? 0,05). Δύο από αυτούς ήταν μη-συνώνυμη: G166A (αμινοοξική αλλαγή της αλανίνης με θρεονίνη) και A172G (αμινοοξική αλλαγή ασπαραγίνη σε ασπαρτικό οξύ) και δύο συνώνυμα:. (A228G και C516T)

Στο

cagT

γονίδιο αναλύσαμε 23 από τα 81 πολυμορφισμών που παρατηρήθηκαν, ενώ στην

cagV

γονίδιο αναλύσαμε 11 από τα 61 πολυμορφισμούς, και στις δύο γονίδια κανένα από πολυμορφισμού έδειξαν διαφορική κατανομή μεταξύ γαστρίτιδα και του καρκίνου περιπτώσεις.

στο

CAG Gamma

γονίδιο που παρατηρήσαμε 111 πολυμορφισμούς, 53 εκ των οποίων αναλύθηκαν περαιτέρω και 4 συνώνυμες (A195TorC, T207A, C264T και A468G) και πέντε μη συνώνυμες (A38G, C47G, A200 /201T, A367C και G457A) παρουσίασε p & lt?. 0.05 για τη διαφορική κατανομή μεταξύ της γαστρίτιδας και του καρκίνου περιπτώσεις (σχήμα 1)

Συζήτηση

Από την ανακάλυψή του το 1996 [25], η cagPAI, που φιλοξενεί τα μολυσματικά γονίδια της HP, έχει ίσως το πιο εντατικά μελετηθεί μέρος του γονιδιώματος της HP. Το σύστημα έκκρισης τύπου IV κωδικοποιεί πρωτεΐνες, οι οποίες σχηματίζουν ένα βελονοειδές δομή που συνδέει HP στο κυτταρόπλασμα του επιθηλιακού κυττάρου γαστρικού να εισφέρει το ογκογόνο πρωτεΐνη CagA και πεπτιδογλυκάνες. Συστατικά αυτής της δομής περιλαμβάνουν α) τα δομικά στοιχεία τρίχα, CagC (ομόλογο του

Agrobacterium tumefaciens

VirB2) που σχηματίζουν το κύριο εξωκυτταρικό δομή, στην οποία επισυνάπτεται να αλληλεπιδρά με β-1 ιντεγκρίνη ο CAGL άκρη? β) βασικές σύνθετες πρωτεΐνες, CagW (VirB6), CagT (VirB7), CagV (VirB8), CagX (VirB9) και έξυπνος (VirB10) που αποτελούν τον εσωτερικό πυρήνα του τρίχα? γ) ενεργητική παράγοντες Cagβ (VirD4), Cagα (VirB11) και κλωβού (VirB3 /VirB4), ΑΤΡαδεδ παροχή ενέργειας για το σύστημα να λειτουργήσει [26]. Σε αυτή τη μελέτη έχουμε αλληλουχία

cagC

(

HP0546

),

CAGL

(

HP0539

) από την τρίχα,

cagV

(

HP0530

),

cagT

(

HP0533

), και

CAG Gamma

(

HP0523

) από τον πυρήνα συγκρότημα, και

Cage

(

HP0544

) από τα ένζυμα του ενεργειακού εφοδιασμού από στελέχη της HP που απομονώθηκαν από γαστρίτιδα και ασθενείς με γαστρικό καρκίνο. Αυτά τα γονίδια επελέγησαν επειδή τα προϊόντα τους που είναι γνωστό ότι είναι απαραίτητη για τη λειτουργία T4SS και μερικά παρουσιάζονται εξωκυτταρικώς από

H. pylori

(CagA, CAGL, CagC), γεγονός που υποδηλώνει πιθανές αλληλεπιδράσεις με το κύτταρο ξενιστή [27].

Βρήκαμε το μικρότερο διακύμανση, τόσο σε επίπεδο νουκλεοτιδίων και αμινοξέων επίπεδο, στα εσωτερικά εξαρτήματα πυρήνα T4SS (CagT , CagV, και κλουβί? 5,7%, 5,9% και 5,9% παραλλαγή αμινοξέων, αντίστοιχα), και η μεγαλύτερη διακύμανση των εκτεθειμένων στοιχείων: ιντεγκρίνης πρωτεΐνη δέσμευσης CAGL, εξωκυτταρικό τρίχα κύριο συστατικό CagC και εκκρινόμενης πρωτεΐνης CagA (12,2%, 23,5% και 31%, παραλλαγή αμινοξέων, αντίστοιχα). Αυτά τα αποτελέσματα υποστηρίζουν ότι γενετική παραλλαγή σε συστατικά cagPAI επηρεάζεται κυρίως από εντοπισμό τους στην T4SS, με μεγαλύτερη διακύμανση σε πρωτεΐνες που εκτίθενται στην επιφάνεια του βακτηρίου, ίσως ως απάντηση στην ανοσολογική πίεση. Είναι ενδιαφέρον, Cag Gamma ήταν μια εξαίρεση (19.5% αμινοξική παραλλαγή), αυτή η πρωτεΐνη έχει προταθεί να κατοικούν εντός του περιπλάσματος HP όπου δρα ως ένα πεπτιδογλυκάνη υδρολάση, διάτρηση της εξωτερικής μεμβράνης HP και βοηθώντας έτσι να εκθέσει την τρίχα T4SS στο εξωτερικό μέσο [28]. Είναι πιθανό ότι Cag Gamma εκπληρώνει τη λειτουργία αυτή επίσης ως δομικό συστατικό της εκτεθειμένης τρίχα, όπου θα μπορούσε επίσης να δράσει πάνω στο κύτταρο ξενιστή μεμβράνη.

Μελέτες από την Αφρική [21], την Ιταλία [14], USA [ ,,,0],8] και τη Βραζιλία [29] έχουν προτείνει τη σύνδεση μεταξύ αύξησης του αριθμού των EPIYA C μοτίβα και HP συναφείς ασθένειες. Επιπλέον, Sicinschi et al. [30] παρατήρησαν μια συσχέτιση μεταξύ της αυξημένης τμημάτων EPIYA C και την παρουσία γαστρικού προκαρκινικές αλλοιώσεις. Αντίθετα, μελέτες στην Κολομβία [8], [31], το Μεξικό (J. Torres, προσωπική επικοινωνία), και την Κορέα [32] δεν έχουν βρει μια τέτοια ένωση. Στη μελέτη μας, πάνω από το 80% όλων των δειγμάτων από το Μεξικό και τη Βενεζουέλα ήταν του τύπου ABC, και καμία συσχέτιση ήταν εμφανής μεταξύ γαστρικό εξέλιξης του καρκίνου και αύξηση του αριθμού των EPIYA C μοτίβα. Επιπλέον, πρόσφατες μελέτες [15] έχουν δείξει την σημασία των μεταβολών σημείο EPIYA Β μοτίβο για τη δραστηριότητα του επιθηλιακά κύτταρα, παρατηρήσαμε τέσσερις μη συνώνυμες παραλλαγές σε αυτό το μοτίβο, αλλά αυτές οι πολυμορφισμοί δεν έδειξαν μια συσχέτιση με τον καρκίνο του στομάχου.

Πρόσφατες μελέτες έχουν αναφέρει σημαντική προ-φλεγμονώδεις και προ-ογκογόνο δραστηριότητες του CagA που είναι ανεξάρτητες από τα μοτίβα EPIYA και που μπορεί να είναι εξίσου σημαντική για τη νόσο [30]? τα ευρήματα αυτά θα μπορούσαν να εξηγήσουν την έλλειψη σύνδεσης των C μοτίβα με καρκίνο αναφερθεί εδώ και σε προηγούμενες μελέτες. Το τερματικό C του CagA πρωτεΐνη περιέχει επίσης το μοτίβο C-ΜΕΤ η οποία έχει προταθεί για να έχουν αρκετές λειτουργίες: μεσολαβούν CagA πολυμερισμό και στόχευσης μεμβράνης [33], [34], αλληλεπιδρούν με το κινάσης Par1b /MARK2 [35], και όλα αυτά δραστηριότητες είναι CagA-φωσφορυλίωση ανεξάρτητη [36]. Ωστόσο, στη μελέτη μας δεν βρήκαμε σημαντικές διαφορές μεταξύ γαστρίτιδα και γαστρικό καρκίνο, είτε σε ακολουθία ή στον αριθμό των πολυμερισμού μοτίβων.

Τα Ο-τερματικά και Ν-τερματικά πεδία του CagA και οι δύο απαιτούνται για την εκμετάλλευση η πλήρης δράση της πρωτεΐνης, αν και έχουν διαφορετικές λειτουργίες. Πρόσφατα έχει δειχθεί ότι το Ν άκρο της CagA αλληλεπιδρά με το ογκοκατασταλτικό απόπτωση διέγερσης πρωτεΐνης ρ53 (ASPP2) [37].

Η παρουσία όλων αυτών των αλληλεπιδράσεων μεταξύ CagA και βακτηριακές και ανθρώπινων πρωτεϊνών υποδεικνύουν ότι θα μπορούσε να είναι πολύ δύσκολο για το βακτήριο για να διατηρηθεί το πλήρες φάσμα της βιολογικής δραστικότητας με την παρουσία υψηλού επιπέδου μεταλλάξεων, οι περισσότερες από τις οποίες πιθανώς να οδηγήσει σε απώλεια ή εξασθένηση της λειτουργίας.

Αν και

CagA

είναι ο καλύτερος τρόπος να καθοριστεί δείκτης μολυσματικότητα cagPAI,

CAGA

κατάσταση από μόνη της δεν είναι αρκετή για να προβλέψει κλινικές εκβάσεις σε πληθυσμούς υψηλού κινδύνου, όπου η πλειοψηφία των HP είναι

CAGA

-θετικό στελέχη. Στο πλαίσιο αυτό, ο προσδιορισμός νέων δεικτών μοριακού μολυσματικότητα της HP για να προβλέψει γαστρικό κίνδυνο εμφάνισης καρκίνου θα είναι πολύ σημαντική. Η πρόσφατη πρόοδος στη μεθοδολογία προσδιορισμού του γονότυπου μας δίνει τη δυνατότητα να χρησιμοποιούν το DNA από γαστρικές βιοψίες να μελετήσει microvariabilities σειρά της HP, οι οποίες έχουν σχεδόν αποκλειστικά μελετηθεί σε καλλιεργημένα στελέχη. Γονότυπων του μεγαλύτερου αριθμού των γαστρικών δειγμάτων μας επιτρέπει να επεκτείνει cagPAI ανίχνευσης γενετική παραλλαγή σε άλλους δυνητικά σημαντικό γονίδια T4SS. Αυτό είναι σχετικό αφού παλαιότερες μελέτες έχουν επικεντρωθεί κυρίως στο

CagA

και η χρησιμότητα των άλλων γονιδίων cagPAI ως δείκτες για τον κίνδυνο της νόσου είναι ελάχιστα μελετηθεί. Λίγες μελέτες έχουν εξετάσει για τη σύνδεση της παρουσίας των γονιδίων και ασθενειών cagPAI, και κανένα δεν έχει μελετηθεί πολυμορφισμών στα γονίδια cagPAI, εκτός από

CagA.

Η

Cage

είναι ένα μοναδικό γονίδιο που κωδικοποιεί δύο T4SS συστατικά, VirB3 (Ν-τερματικό) και Β4 (C-τερματικό) ως πρωτεΐνη σύντηξης [38], και Β4 είναι το μεγαλύτερο ΑΤΡάση μεταξύ διαφόρων συνιστωσών T4SS. Παράγει ενέργεια για τη διαδικασία εκκρίσεως, έτσι απαιτείται για τη μετατόπιση του υποστρώματος [39] και αλληλεπιδρά με πολλές άλλες πρωτεΐνες T4SS συμπεριλαμβανομένων VirB2 [40]. Παρά τη σχετικά εσωτερική εντοπισμός του, έχει κεντρικό ρόλο στην IL-8 επαγωγή έχει τεκμηριωθεί καλά [41], [42], [43]. Είναι ενδιαφέρον, παρατηρήσαμε μια ισχυρή συσχέτιση μεταξύ των δύο SNPs (C1039T και T1041G) του

Cage

και γαστρικό καρκίνο, ένα εύρημα που δεν έχουν αναφερθεί στο παρελθόν. Αυτές οι SNPs βρίσκονται στη θέση ένα και τρία του ίδιου κωδικονίου και παρατηρήσαμε πάντα αυτά τα δύο κωδικόνια παραλλαγή (CTT και TTG) που κωδικοποιούν για το ίδιο αμινοξύ, λυσίνη. Αυτό το κωδικόνιο παραλλαγή βρίσκεται στην περιοχή ομολογίας με VirB3 του

Agrobacterium

. Η δεύτερη ισχυρότερη συσχέτιση ανιχνεύθηκε σε άλλο συνώνυμο SNP στη θέση 1905 και σε αυτή την περίπτωση, τα δύο πιθανά κωδικόνια ήταν GTT και GTC, τα οποία κωδικοποιούν για βαλίνη. Είναι γνωστό εδώ και πολύ καιρό ότι οι εναλλακτικές συνώνυμα κωδικόνια δεν χρησιμοποιούνται με την ίδια συχνότητα και τα πρότυπα χρήσης κωδικονίου ποικίλουν μεταξύ των ειδών [44]. Η χρήση κωδικονίου είναι πιο προκατειλημμένη σε γονίδια που εκφράζονται σε υψηλότερα επίπεδα [45], [46]. Η χρήση των βέλτιστων κωδικονίων επιτρέπει την πιο αποτελεσματική χρήση των ριβοσωμάτων και οδηγεί σε ταχύτερο ρυθμό ανάπτυξης [47]. Παρά το γεγονός ότι το γονιδίωμα του HP έχει αναφερθεί ότι δεν περιέχουν καμία προκατάληψη κωδικονίου για εντόνως εκφρασμένα γονίδια [48], Kloster και Tang [49] εντόπισε προκατάληψη στο επίπεδο έκφρασης των γονιδίων όπου κωδικονίου TTG προτιμάται έναντι της CTT κωδικονίου, καθώς και του το κωδικόνιο GTC πάνω από το Γ.Ο.Σ.. Ως εκ τούτου, με βάση αυτά τα δεδομένα θα μπορούσαμε να υποθέσουμε ότι η διαφορά στη χρήση κωδικονίου μπορεί να έχει επιπτώσεις στο επίπεδο της έκφρασης ενός γονιδίου με μια ισχυρή λειτουργική σημασία για το σύστημα έκκρισης T4SS όπως

Cage

.

CAGL είναι μια εξειδικευμένη πρωτεΐνη τρίχα η οποία δεσμεύει και ενεργοποιεί ιντεγκρίνης α5β1 υποδοχέα στην γαστρική επιθηλιακών κυττάρων κυρίως μέσω αργινίνη-γλυκίνη-ασπαρτικό (RGD) μοτίβο της, καθοδηγώντας κατάλληλη τοποθέτηση του T4SS και διευκολύνοντας τη μετατόπιση του CagA [9], [50 ]. CAGL ενεργοποιεί επίσης το κύτταρο-ξενιστή κινάσες κινάσης εστιακής προσκόλλησης (ΡΑΚ) και Src να εξασφαλιστεί φωσφορυλίωση CagA στο σημείο της ένεσης, ενώ β1 ιντεγκρίνης είναι απαραίτητη για CagA επαγόμενη κύτταρο ξενιστή κινητικότητα και επιμήκυνση [51]. CAGL μπορεί επίσης να είναι υπεύθυνος για το HP-επαγόμενη υποχλωρυδρία μέσω της ενεργοποίησης ενός αποσυνθετίνη και μεταλλοπρωτεάση 17 και NFκB [52]. Από τα δύο

CAGL

SNPs βρήκαμε συνδέονται με καρκίνο του στομάχου, το A172G SNP (N58D) είναι στην ίδια θέση στην οποία Yeh et al [53] έδειξαν ότι η ταυτόχρονη παρουσία τυροσίνης σε θέση αμινοξέος 58 και γλουταμινικό οξύ στη θέση 59 (Y58E59) σε σύγκριση με το συνδυασμό ασπαρτικό οξύ (D58) και λυσίνη (Κ59), προκαλεί πιο αποτελεσματικά τη μετατόπιση του σώματος του γαστρικού ιντεγρίνης α5β1 που έχει συσχετιστεί με γαστρική καρκινογένεση. Δεν παρατηρήσαμε την τυροσίνη (Υ) αμινοξέος στη θέση 58 σε οποιοδήποτε δείγμα, αν και βρήκαμε ότι οι μεταφορείς του ασπαρτικού οξέος (D) στη θέση αυτή είναι σε χαμηλότερο κίνδυνο γαστρικού καρκίνου σε σύγκριση με την ασπαραγίνη (Ν) φορείς. Επιπλέον, παρατηρήσαμε τον πολυμορφισμό στο αμινοξύ 59 με χαμηλότερη συχνότητα και χωρίς καμία διαφορά μεταξύ του καρκίνου και γαστρίτιδα δείγματα.

Σε προηγούμενες μελέτες [54] Η ανάλυση της αλληλουχίας του

cagGamma

γονιδίου έδειξε ότι φιλοξενεί ένα τυπικό καταλυτικό τομέα SLT μεταξύ των υπολειμμάτων 33 και 165, του οποίου η «ES» και «AVGAY» μοτίβα εξαιρετικά διατηρημένες μεταξύ των ορθόλογο ένζυμα. Παρατηρήσαμε πέντε nonsynonymous παραλλαγές με διαφορετική κατανομή σε καρκίνο και γαστρίτιδα περιπτώσεις. Τρία από αυτά χάρτη στην καταλυτική περιοχή, ωστόσο, κανένας από αυτούς δεν βρίσκεται στις πιο συντηρημένα τμήματα του τομέα.

Αν και αυτή η μελέτη έχει περιορισμούς ως προς το μέγεθος του δείγματος, είναι η μεγαλύτερη μέχρι τώρα από την άποψη της η