Αφηρημένο

Ιστορικό

καρκίνος του παχέος εντέρου (CRC) ανάπτυξη περιλαμβάνει συχνά χρωμοσωμική αστάθεια (CIN) που οδηγεί σε ενισχύσεις και τις διαγραφές των μεγάλων τμημάτων DNA. Επιδημιολογικές, κλινικές και κυτταρογενετικές μελέτες έδειξαν ότι υπάρχουν σημαντικές διαφορές μεταξύ των CRC όγκων από Αφροαμερικανοί (AAS) και Καυκάσιων ασθενών. Σε αυτή τη μελέτη, προσδιορίσαμε τον αριθμό γονιδιωματικής αντίγραφο εκτροπές σε σποραδικές όγκους CRC από ΕΑ, προκειμένου να διερευνηθούν πιθανές εξηγήσεις για τις παρατηρούμενες διαφορές.

Μεθοδολογία /Κύρια Ευρήματα

Εμείς εφαρμοστεί γονιδίωμα-ευρεία γκάμα συγκριτική υβριδοποίηση γονιδιώματος (aCGH) χρησιμοποιώντας μια 105K τσιπ για τον προσδιορισμό του αριθμού αντιγράφων εκτροπές σε δείγματα από 15 ΣΣ. Επιπλέον, κάναμε έναν πληθυσμό συγκριτική ανάλυση με δεδομένα aCGH σε Καυκάσιους, καθώς και με μια ευρεία δημοσιότητα κατάλογος των γονιδίων καρκίνου του παχέος εντέρου (γονίδια μπορούν). Υπήρχε ένα μέσο όρο 20 εκτροπών ανά ασθενή με περισσότερες ενισχύσεις από διαγραφές. Ανάλυση του αριθμού αντιγράφων του DNA των μεταβάλλονται συχνά χρωμοσωμάτων αποκάλυψαν ότι οι διαγραφές σημειώθηκαν κυρίως στα χρωμοσώματα 4, 8 και 18 επαναλήψεις Χρωμοσωμικές εμφανίστηκαν σε περισσότερο από το 50% των περιπτώσεων στα χρωμοσώματα 7, 8, 13, 20 και το προφίλ X. Η CIN έδειξε κάποιες διαφορές σε σύγκριση με τους Καυκάσιους αλλαγές.

Συμπεράσματα /Σημασία

ενίσχυση χρωμόσωμα Χ σε άνδρες ασθενείς και τα χρωμοσώματα 4, 8 και 18 διαγραφές ήταν εξέχουσα εκτροπές σε συμφωνίες σύνδεσης. Μερικά γονίδια μπορούν είχαν μεταβληθεί σε υψηλές συχνότητες σε συμφωνίες σύνδεσης με το

EXOC4, EPHB6, Gnas, MLL3

και

TBX22

ως τα πιο συχνά διαγράφονται τα γονίδια και

HAPLN1, ADAM29, SMAD2

και

Smad4

ως τα πιο συχνά ενισχυμένα γονίδια. Η παρατηρούμενη CIN μπορεί να διαδραματίσει έναν ξεχωριστό ρόλο στην CRC σε συμφωνίες σύνδεσης

Παράθεση:. Ashktorab Η Schäffer ΑΑ, Daremipouran Μ, Smoot DT, Lee Ε, Brim Η (2010) Ξεχωριστά γενετικές αλλοιώσεις στον καρκίνο του παχέος εντέρου. PLoS ONE 5 (1): e8879. doi: 10.1371 /journal.pone.0008879

Επιμέλεια: Ulrich Zanger, Δρ Margarete Fischer-Bosch Ινστιτούτου Κλινικής Φαρμακολογίας, Γερμανία

Ελήφθη: 30, Σεπτεμβρίου, 2009? Αποδεκτές: 2η Ιανουαρίου, 2010? Δημοσιεύθηκε: 26 Ιανουαρίου 2010

Copyright: © 2010 Ashktorab et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Αυτό το έργο υποστηρίχθηκε από επιχορήγηση PHS από τα Εθνικά Ινστιτούτα Υγείας CA102681, το εσωτερικό ερευνητικό πρόγραμμα του ΝΙΗ, NLM και το βραβείο GCRC από το Πανεπιστήμιο Χάουαρντ. Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

καρκίνος του παχέος εντέρου είναι ο τρίτος πιο συνηθισμένος τύπος καρκίνου στις Ηνωμένες Πολιτείες [1]. Έχει μια υψηλότερη συχνότητα και προκαλεί περισσότερους θανάτους στις χώρες της Αφρικής Αμερικανούς από ό, τι σε άλλες φυλετικές ομάδες. Οι περισσότεροι καρκίνοι του παχέος προκύπτουν από αδενώματα, σε μια διαδικασία που περιγράφεται ως η αλληλουχία αδένωμα-καρκίνωμα [2]. Όπως και άλλες μορφές καρκίνου, έναρξη και την πρόοδο του CRC σχετίζονται με τη συσσώρευση των αλλοιώσεις στη λειτουργία των βασικών ρυθμιστικών γονιδίων και γενετική αστάθεια.

Τρεις σημαντικές μορφές της γενετικής αστάθειας στην CRC έχουν περιγραφεί [2], [3 ], [4]. Σε περίπου 13% των περιπτώσεων CRC, ανεπάρκεια επισκευής αναντιστοιχία οδηγεί σε μικροδορυφορική αστάθεια (ΜΙΝ) [5]. Περίπου το 40% των όγκων CRC χαρακτηρίζονται από επιγενετικές μεταβολές ειδικά μεθυλίωσης του DNA, ένα φαινόμενο που ονομάζεται CpG νησίδες Methylator φαινότυπο (CIMP) [6], [7]. Στο υπόλοιπο 47% των ΚΕΣ χρωμοσωμική αστάθεια οδηγεί σε κέρδη και οι ζημίες των μεγάλων τμημάτων των χρωμοσωμάτων [8].

Η κατηγορία CIN περιλαμβάνει καρκίνους με ανευπλοειδικών ή πολυποδοειδών καρυότυποι, και καρκίνους που έχουν πολλαπλά κέρδη ή διαγραφές χρωμοσωμικές όπλα, ή πολλαπλές μετατοπίσεις. CIN αποτελέσματα από συγκεκριμένες μεταλλάξεις ή /και γονίδια που φιμώνονται και θα μπορούσαν να προκύψουν από τις διαρθρωτικές ελλείψεις που αφορούν κεντρομεριδίων ή κεντροσωμάτων, δυσλειτουργία μικροσωληνίσκων, διάβρωση τελομερή, θραύση των χρωμοσωμάτων και την αποτυχία των σημείων ελέγχου του κυτταρικού κύκλου [9]. Η απόκτηση των επαναλαμβανόμενων χρωμοσωμικών κερδών και ζημιών κατά τη διάρκεια της εξέλιξης από υψηλής ποιότητας αδενωμάτων σε διηθητικά καρκινώματα βρίσκεται σε όγκους CRC [10]. Ένα από τα πρώτα Επίκτητης γενετικές ανωμαλίες κατά τη διάρκεια της εξέλιξης CRC περιλαμβάνει χρωμόσωμα 7 ενίσχυση, η οποία παρατηρείται επίσης σε κάποιες αδενώματα του παχέος εντέρου [11]. Σε μεταγενέστερα στάδια, άλλες συγκεκριμένες χρωμοσωμικές ανωμαλίες γίνει κοινή, όπως κέρδη από 8q, 20q [12], 7, 13 [13], [14] και διαγραφές σε 8p, 17ρ, 18q [13], [15] 15q και 20q [16].

CIN και MIN φαινότυποι θεωρήθηκαν αρχικά αλληλοαποκλείονται από το MIN όγκοι έχουν γενικά σταθερή και διπλοειδή καρυότυποι [17], [18]. Ωστόσο, πρόσφατες μελέτες έχουν δείξει ότι MIN και CIN μπορεί να συμβεί με τον ίδιο όγκο [19], [20]. Trautmann et al. Βρέθηκε ότι τουλάχιστον το 50% του MSI-H όγκοι έχουν κάποιο βαθμό χρωμοσωμικών ανωμαλιών [21]. Αν και τα στοιχεία για κάποιο βαθμό CIN θα μπορούσε να βρεθεί στην πλειονότητα των MSI-H όγκους, τα ειδικά μετατροπές προσδιορίζονται διέφερε μεταξύ MSI-H και όγκων MSS. MSI-H όγκοι φιλοξενούν τα κέρδη των χρωμοσωμάτων 8, 12, 13 και απώλειες 15q και 18q, ενώ MSS όγκοι έχουν υψηλό βαθμό και μεταβλητή χρωμοσωμική εύρος της απόκλισης [16], [21].

Lassmann et al. μελέτησαν 287 αλληλουχίες στόχους σε 22 Καυκάσου παχέος όγκους και βρήκε συχνές ανωμαλίες σε συγκεκριμένες περιοχές των χρωμοσωμάτων 7, 8, 13, 17, 20 και πρότεινε κάποια υποψήφια γονίδια με συχνές διαγραφή ή την ενίσχυση των περιοχών αυτών [22]. Μελέτες που ταυτοποιούν γονίδια με αλλοιωμένη αριθμό αντιγράφων που σχετίζονται με ογκογένεση μπορεί να οδηγήσει στην ανίχνευση ειδικών στόχων για τη θεραπεία του καρκίνου και να αυξήσει την κατανόησή μας της ογκογένεσης. Υποθέτουμε ότι η ταυτοποίηση των χρωμοσωμικών ανωμαλιών σε CRCs από ασθενείς ΑΑ μπορεί να βοηθήσει να εξηγήσει τις πτυχές της παθογένειας του καρκίνου του παχέος εντέρου ειδικά για αυτόν τον πληθυσμό. Ως εκ τούτου, ερευνήσαμε την CIN σε ασθενείς ΑΑ CRC εφαρμόζοντας aCGH σε δείγματα όγκων. Συγκρίναμε τα αποτελέσματά μας με τα πρόσφατα δημοσιευμένα ευρήματα σε Καυκάσιους [22], καθώς και με μια λίστα των γονιδίων καρκίνου του παχέος εντέρου που προτείνει Sjöblom et al [23] μετά από ενδελεχή γενετική τους ανάλυση 11 όγκων του παχέος εντέρου.

Υλικά και Μέθοδοι

Ηθική Δήλωση

Αυτή η μελέτη εγκρίθηκε από το Πανεπιστήμιο Χάουαρντ Διοικητικό Institutional Review, και λήφθηκε γραπτή συγκατάθεση.

ασθενείς

Φρέσκο ​​κατεψυγμένο παχέος βιοψίες (n = 15) ελήφθησαν από την αφρικανική-αμερικανική ασθενείς που υποβάλλονται σε κολονοσκόπηση στο Πανεπιστημιακό Νοσοκομείο Χάουαρντ. Η μελέτη αυτή εγκρίθηκε από το Διοικητικό Συμβούλιο Institutional Review Πανεπιστήμιο Χάουαρντ. Ο σκοπός αυτής της μελέτης εξηγήθηκε στους ασθενείς πριν από την κολονοσκόπηση και οι συμμετέχουσες ασθενείς έδωσαν πληροφορημένη συναίνεση. Κλινικά δεδομένα που συλλέγονται για κάθε ασθενή που περιλαμβάνονται φυλή, το φύλο, σχετίζονται παρελθόν ιατρικό ιστορικό, τη χρήση φαρμάκων και το οικογενειακό ιστορικό καρκίνου του παχέος εντέρου. Οι ασθενείς κρίθηκαν επιλέξιμες εάν κολονοσκόπηση οδήγησε σε μια διάγνωση του αδενοκαρκινώματος, η οποία επιβεβαιώθηκε με ιστοπαθολογική. Από την ανασκόπηση των ιατρικών αρχείων, κλινικές πληροφορίες συλλέγονται και καταγράφονται με βάση την μεικτή επιτροπή Αμερικής στο σύστημα του καρκίνου στάσης. Οι ασθενείς σε αυτή τη μελέτη αυτο-προσδιορίζονται ως ΣΣ.

Δείγματα Επιλογή και DNA εκχύλισης για aCGH Ανάλυση

Φρέσκα τμήματα του όγκου κόπηκαν σε τομές 5 μm για Superfrost διαφάνειες (Fisher Scientific, Pittsburgh, PA) . Οι περιοχές όγκου και φυσιολογικών διακρίνονταν από έναν παθολόγο (Ε.Ι) χρησιμοποιώντας το Η &? Ε συμφωνημένα slide και μικροδιατομή να εντοπίσει τον όγκο καθώς και φυσιολογική περιοχές. Όγκου και φυσιολογικών αντίστοιχων περιοχών από φρέσκο ​​κατεψυγμένο δείγματα χρησιμοποιήθηκαν για την εκχύλιση του DNA με χρήση κιτ Puregene (San Francisco, CA) σύμφωνα με τις οδηγίες του κατασκευαστή. Ο στόχος της μικροδιατομής ήταν να αποφευχθεί η διασταυρούμενη μόλυνση των φυσιολογικών και καρκινικών ιστών που θα επηρεάσουν το αποτέλεσμα του πειράματος aCGH.

aCGH Πειράματα και Στατιστική Ανάλυση Δεδομένων

Σε αυτό το πείραμα, μελετήσαμε το προφίλ των χρωμοσωμικές εκτροπές σε 15 αδενοκαρκινώματα του παχέος εντέρου. έλεγχοι αναφορά μας είτε συμφωνημένα κανονικό ή το φύλο-συμφωνημένα κανονικό DNA χωρίς ιστορικό οποιασδήποτε ασθένειας να διαπιστωθεί η επίδραση των χρωμοσωμικών ανωμαλιών από aCGH σε αδενοκαρκινώματα παχέος εντέρου ΑΑ. Οι ιστοί κόλου αξιολογήθηκαν από έναν παθολόγο GI για τη σωστή ιστολογικά χαρακτηριστικά που χρησιμοποιήθηκαν για αυτή τη μελέτη, συμπεριλαμβανομένου του μέγεθος, το είδος, την τοποθεσία και παθολογικά κριτήρια των καρκινωμάτων. Χρησιμοποιήθηκε ένα ολιγο βάσει μικροδιάταξης CGH χρησιμοποιώντας ένα τσιπ που περιέχει 105.000 ανθρώπινα ανιχνευτές (Agilent, Santa Clara, CA). Τα καρκινώματα ορίστηκαν ιστολογικά και στη συνέχεια, μετά την επιβεβαίωση από τον παθολογοανατόμο, χρησιμοποιήσαμε το αντίστοιχο φρέσκο ​​κατεψυγμένο ιστό.

Για κάθε πείραμα aCGH, 1,5 μg του DNA αναφοράς και 1.5 μg ενός όγκου DNA χρησιμοποιήθηκαν. Εν συντομία, τα δοκιμής και αναφοράς DNAs υπέστησαν πέψη με

Alu

Ι και

Rsa

Ι (Promega, Madison, WI), και καθαρίστηκε με τη QIAprep Spin Miniprep κιτ (Qiagen, Germantown, MD) . Τεστ DNA (1.5 μg) και το DNA αναφοράς (1,5 μg? Promega) επισημάνθηκαν με τυχαία έναρξη με Cy5-dUTP και Cy3-dUTP, αντιστοίχως, με τη χρήση της Agilent Genomic DNA Labeling Kit Plus. Μετά την αντίδραση σήμανσης, τα ατομικά σημασμένο δείγματα δοκιμής και αναφοράς συμπυκνώθηκαν χρησιμοποιώντας Microcon ΥΜ-30 φίλτρα (Millipore, Billerica, ΜΑ) και, στη συνέχεια, συνδυάζονται. Μετά από μετουσίωση καθετήρα και προ-ανόπτησης με Cot-1 DNA, η υβριδοποίηση πραγματοποιήθηκε στους 65 ° C με περιστροφή για 40 ώρες στους 20 rpm. Τέσσερα στάδια έγιναν με διαλύματα πλύσης Agilent Ολίγο CGH: ρυθμιστικό διάλυμα πλύσης 1 σε θερμοκρασία δωματίου για 5 λεπτά, ρυθμιστικό διάλυμα πλύσης 2 στους 37 ° C για 1 λεπτό, ένα ξέβγαλμα ακετονιτρίλιο σε θερμοκρασία δωματίου για 1 λεπτό και ένα πλύσιμο 30 sec σε θερμοκρασία δωματίου σε Σταθεροποίηση της Agilent και στεγνώματος λύση. παραλλαγές αριθμού αντιγράφων (CNVs) εντοπίστηκαν από Agilent λογισμικού Χαρακτηριστικό Εξόρυξη 9 και αναλύονται με Agilent CGH analytics 3.4 λογισμικό, κάνοντας χρήση των στατιστικών αλγορίθμων z σκορ και ADM-2 χρησιμοποιώντας όρια ευαισθησίας των 2,5 και 9, αντίστοιχα, και ένα κινούμενο μέσο όρο παράθυρο των 0,2 Mb . Τοποθεσίες του CNVs αναφέρθηκαν σε σχέση με την ανθρώπινη αλληλουχία του γονιδιώματος συναρμολόγηση Build 35, hG17 (www.ncbi.nlm.nih.gov).

Ανάλυση του Gene Περιεχόμενο CNVs

Τα ονόματα των γονιδίων προτείνεται στο [22], [23] τυποποιήθηκαν χρησιμοποιώντας την ιστοσελίδα HUGO Gene επιτροπή ονοματολογίας (www.genename.org). Θέσεις αυτών των γονιδίων προσδιορίστηκαν με τη χρήση των αρχείων δεδομένων που διέπουν το πρόγραμμα περιήγησης MapViewer NCBI του (www.ncbi.nlm.nih.gov/mapview). Χρησιμοποιώντας το λογισμικό που αναπτύχθηκαν πρόσφατα για τη μελέτη αυτή, εντοπίσαμε κάθε επικαλύπτονται μεταξύ των υποψήφιων γονιδίων και CNVs έτσι ώστε η αναλογία κέρδους ή της ζημίας ήταν πιο ακραία από ένα όριο καθορισμένο από το χρήστη για την αναλογία. Για τα αποτελέσματα παρουσιάζονται παρακάτω, θα χρησιμοποιούνται τα όρια της ≥1.2 και ≤0.8 για κέρδη και ζημιές, αντίστοιχα. Το λογισμικό παίρνει ως εισόδους:

Ένα αρχείο των γονιδίων με το χρωμόσωμα, ξεκινήστε θέση, και τέλος η θέση του κάθε γονιδίου?

Ο κατάλογος των CNVs προσδιορίζοντας την αρχή, τέλος, και η αναλογία του καθενός γονίδιο?.

Κατώτατα όρια για κέρδη και ζημιές

η

Οι αναφορές του λογισμικού κάθε γονίδιο έτσι ώστε να υπάρχει μια τέμνονται κέρδος /ζημία του οποίου ο λόγος είναι πάνω /κάτω από τα ποσοστά που ορίζει ο χρήστης. Για παράδειγμα, το γονίδιο

APC

βρίσκεται στο ανθρώπινο χρωμόσωμα 5 στο διάστημα [112101484, 112209836]. Δύο ασθενείς έχουν απώλειες με αναλογίες & lt? 0.8 τέμνει το διάστημα [112101484, 112209836] και επτά ασθενείς έχουν κέρδη με αναλογίες & gt? 1.2 τέμνει το ίδιο χρονικό διάστημα. Τα ίδια όρια χρησιμοποιήθηκαν στη μελέτη [22], με την οποία σε σύγκριση αποτελέσματά μας. Συνοπτικά στατιστικά στοιχεία σχετικά με τις ενισχύσεις και τις διαγραφές συνοψίζονται στο πλαίσιο του νέου λογισμικού και χρησιμοποιώντας το Excel.

Αποτελέσματα

Χαρακτηριστικά των δειγμάτων που αναλύθηκαν

Μελετήσαμε 15 αδενοκαρκινώματα του παχέος εντέρου από ασθενείς ΑΑ. Η μέση ηλικία της ομάδας αυτής των ασθενών ήταν 63,5 έτη, με οκτώ θηλυκά και επτά αρσενικά. Οι όγκοι κυρίως μετρίως διαφοροποιημένα (93%), και το στάδιο II ή III (87%). Τα δύο τρίτα των δειγμάτων ήταν δεξιάς (67%? Πίνακας 1). Μια σύγκριση της ομάδας μας των ασθενών με εκείνα Lassmann et al [22], δεν έδειξε στατιστικά σημαντικές διαφορές μεταξύ των δύο ομάδων (Πίνακας 1).

Η

Σύνοψη της Γονιδιωματική Αλλαγές

Όλα τα 15 περιπτώσεις εμφανίζεται κάποια χρωμοσωμική αστάθεια. Αυτές οι χρωμοσωμικές ανωμαλίες δεν κατανέμεται εξίσου σε όλες τις χρωμοσώματα. Μόνο χρωμόσωμα 21 δεν έδειξαν ενισχύσεις και μόνο χρωμοσώματος 8 δεν έδειξαν διαγραφές. Ένα σύνολο 182 συμβάντων ενίσχυσης και 101 συμβάντα διαγραφή βρέθηκαν στα 15 δείγματα όλα μαζί, με μέσες μετρήσεις 12,1 ενισχύσεις και 6,7 διαγραφές ανά ασθενή. μέσο όρο 20 εκτροπές βρέθηκαν σε κάθε ασθενή σε αυτή τη μελέτη. Ενισχύσεων ήταν εμφανής σε χρωμοσώματα 2 (40%), 6 (47%), 7 (80%), 8 (60%), 12 (40%), 13 (60%), 16 (47%), 20 (67 %) και Χ (60%). Χρωμοσωμικό διαγραφές ήταν πιο συχνές στα χρωμοσώματα 2 (47%), 4 (53%), 5 (60%), 7 (40%), 8 (67%), 17 (40%), 18 (60%), 19 (40%), και 22 (40%? Πίνακας 2).

Η

Οι εκτροπές αυτές κατανέμονται άνισα μεταξύ των 15 ασθενών με τέσσερις ασθενείς που έχουν λιγότερο από 10 εκτροπές (ασθενείς 3, 11, 12 και 13 ). Ο αριθμός των εκτροπών δεν φαίνεται να είναι το στάδιο-ειδικό δεδομένου ότι αυτοί οι τέσσερις ασθενείς είναι στα στάδια 1, 3c, 3c, και 3α αντίστοιχα. Άλλοι ασθενείς σε αυτά τα στάδια εμφανίζονται πολλές περισσότερες εκτροπές (ασθενείς 2, 4, 5, 8, 9, 10, 11 και 13). Ο αριθμός των CNVs δεν φαίνεται να εξαρτάται από την ηλικία των ασθενών δεδομένου ότι οι ασθενείς 1 και 2, ο νεότερος στην ομάδα μας (51 και 53 ετών), έχουν 55 και 42 εκτροπές αντίστοιχα, ενώ οι ασθενείς 3, 11, 12 και 13 με το μικρότερο αριθμό των ανωμαλιών είναι 65, 83, 73 και 61 ετών, αντίστοιχα. Επίσης, δεν υπήρχε συσχέτιση μεταξύ του φύλου και της συχνότητας των CNVs.

σύγκριση των στοιχείων aCGH με το CRC ΜΠΟΡΕΙ Γονίδια

Μια ανάλυση από Sjöblom et al. [23] 11 του μαστού και 11 όγκους του παχέος εντέρου οδήγησε στη δημιουργία ενός καταλόγου των δυνητικά μεταβληθεί γονιδίων σε αυτά τα είδη των όγκων. Περισσότερο από το 90% των όγκων ήταν σταδίου IV σε Sjöblom κ.ά. σύγκριση με 6,6% σε αυτή τη μελέτη. Ελέγξαμε τα δεδομένα μας aCGH για κέρδη /ζημίες από τα 68 γονίδια που βρέθηκαν να αλλάξει γενικά σε όγκους του καρκίνου του παχέος εντέρου. Τα περισσότερα από αυτά τα γονίδια δείχνουν μια μη μηδενική συχνότητα μεταβολής σε δείγματα μας. Μεταξύ των γονιδίων CRC ιδρύθηκε από Sjöbolm et al [23], η πιο διαγραφεί συνήθως σε δείγματα μας ήταν

EPHB6, EXOC4 (SEC8L1), Gnas, MLL3,

και

TBX22

. Οι πιο συχνά ενισχυμένα γονίδια ήταν

HAPLN1 (CRTL1), ADAM29, SMAD2,

και

Smad4

(Πίνακας 3).

Η

Συγκριτική Ανάλυση των aCGH δεδομένων μεταξύ ΕΑ και Καυκάσιους

σύγκριση των δεδομένων μας aCGH των ασθενών ΑΑ με τον κατάλογο των πλέον διαγραφεί ή ενισχυμένα γονίδια που λαμβάνονται με Καυκάσου ιστούς όγκων από Lassmann et al. [22]. Οι καρκίνοι του παχέος στη μελέτη μας ήταν περισσότερο από 90% μέτρια διαφοροποιημένο οποία είναι παρόμοια με τη μελέτη Lassmann et al. Ωστόσο, οι αναλογίες του σταδίου II και III οι όγκοι ήταν 68% και 32% σε Lassmann κ.ά. και 33%, 53% σε αυτή τη μελέτη. σύγκρισης μας αποκάλυψε ότι 29 γονίδια που έχουν ένα παρόμοιο μοτίβο των αλλαγών και στους δύο πληθυσμούς, ενώ 13 γονίδια εμφανίζονται διαφορετικά προφίλ (Πίνακας 4). Από αυτά τα 13 γονίδια, η

ATM

γονίδιο ενισχύθηκε κυρίως σε Καυκάσιους. Η

DCC

γονίδιο ενισχύθηκε κυρίως σε Καυκάσιους, αλλά διαγράφεται το ΣΣ (p & lt? 0,05).

EGR2, FLII, LLGL1, MAP2K5, PCNT, RAF1, SP6, thrB

, και

TOP3A

γονίδια έχουν διαγραφεί σε Καυκάσιους, αλλά αμετάβλητη σε ασθενείς με ΑΑ. Έξι γονίδια έχουν διαγραφεί στα ΕΑ αλλά όχι σε Καυκάσιους με στατιστικά σημαντικές διαφορές δηλαδή?

ATM, INS, KAL1, LRRC32, TOP3A

και

XIST

(Πίνακας 4). Η

STS

γονίδιο είχε απαλειφθεί στην Καυκάσιους (p & lt? 0,05) και ενισχύθηκαν σε συμφωνίες σύνδεσης, ενώ η

PRPF6

ενισχύθηκε σε συμφωνίες σύνδεσης και αναλλοίωτη στους Καυκάσιους (Πίνακας 4). Η μέθοδος της σύγκρισης αποκλείεται εντοπισμό γονιδίων που μεταβάλλονται συχνά σε συμφωνίες σύνδεσης, αλλά δεν περιλαμβάνονται στη μελέτη Lassmann et al.

Η

Συζήτηση

Για να αποκρυπτογραφήσει τις πιθανές γενετικές λόγους που υπαγορεύουν την υψηλή συχνότητα του καρκίνου του παχέος εντέρου σε ΕΑ, εμείς νωρίτερα διεξαχθεί μελέτες σχετικά με την MSI, μεθυλίωση των γονιδίων μπορεί και μεταλλάξεις γνωστών γονιδίων όπως

BRAF

και

KRAS

[24], [25], [26 ]. Αν και αυτές οι μελέτες αποκάλυψαν μερικά από τα γενετικών και επιγενετικών ιδιαιτερότητες σε αυτόν τον πληθυσμό, κανένας δεν έχει δείξει κανένα εντυπωσιακές διαφορές μεταξύ ΕΑ και του γενικού πληθυσμού. Εμείς εδώ πραγματοποίησε την πρώτη ανάλυση του συνόλου του γονιδιώματος των όγκων του παχέος εντέρου από ασθενείς ΑΑ με στόχο να έχουν μια πιο ολοκληρωμένη άποψη των γονιδιακών περιοχών που εμπλέκονται στην καρκινογένεση του παχέος εντέρου. Συγκρίναμε τα ευρήματά μας με εκείνα που δημοσιεύθηκε στις Καυκάσου δειγμάτων [22], καθώς και με μια ευρέως δημοσιότητα κατάλογος των γονιδίων καρκίνου του παχέος εντέρου [23].

Ένας μέσος όρος 20 εκτροπές βρέθηκαν στα ανέλυσε όγκους ενίσχυση του ρόλου των χρωμοσωμικών αστάθεια στην καρκινογένεση του παχέος εντέρου σε αυτό τον πληθυσμό με περισσότερα ενίσχυση (υπόθεση 12,13 ανά) από διαγραφές (6.73 ανά περίπτωση) που δείχνουν προς μια υψηλότερη ρόλος για την ενεργοποίηση ογκογονιδίων από ογκοκατασταλτικών γονιδίων απενεργοποίηση σε αυτή τη διαδικασία. Οι αλλοιώσεις CRC στοχευμένη ορισμένα χρωμοσώματα περισσότερο από άλλους. Χρωμοσώματα 7, 8, 13, 20 και Χ ενισχύθηκαν σε περισσότερο από το 50% των περιπτώσεων σε αυτή τη μελέτη. Έχει διαπιστωθεί ότι τα χρωμοσώματα 7, 8, 13 και 20 εμπλέκονται στην CRC μέσω ενίσχυσης [22]. Τα ευρήματά μας υποδεικνύουν την πρόσθετη σημασία του χρωμοσώματος Χ, το οποίο ενισχύθηκε σε 60% των περιπτώσεων. Πολλές δημοσιεύσεις αναφέρονται σε χρωμόσωμα Χ που περιέχουν γονίδια καταστολείς όγκων ανιχνεύονται μετά διαγραφές σε όγκους [27]. Ενίσχυση του χρωμοσώματος Χ ρ και q όπλα εμφανίστηκαν πιο συχνά στους άνδρες ασθενείς (5 από 7 (71,4%)) από τα θηλυκά (2 από 8 (25%)). Μια μελέτη του CRC ασθενείς Ιάπωνες βρεθεί ομοίως ότι τα κέρδη στο χρωμόσωμα Χ είναι πιο εμφανή σε άνδρες από γυναίκες ασθενείς [28].

Στην υποομάδα μας 7 άνδρες ασθενείς, 3 (42,8%) εμφανίζεται μια διαγραφή μιας κοινής περιοχή που εκτείνεται από Yq11.223 μέσα από το κεντρομερίδιο στην μπάντα Yp11.31. υπάρχει συζήτηση πέρα ​​από τον πιθανό ρόλο των χρωμοσωμικών απώλειες Υ σε ασθένειες όπως οξεία μυελογενή λευχαιμία ή αν η εν λόγω διαδικασία είναι ακριβώς σχετίζεται με την ηλικία [29]. Οι ασθενείς 4, 7 και 10 με Υ χρωμοσωμικές διαγραφές είναι 71, 57 και 64 ετών αντίστοιχα. Ένα μεγαλύτερο ανδρικό πληθυσμό CRC είναι απαραίτητη για να λύσουμε το ρόλο θα μπορούσε να διαδραματίσει αυτό το χρωμόσωμα στον καρκίνο του παχέος εντέρου.

Τα χρωμοσώματα κατά την οποία οι διαγραφές είναι γνωστό ότι είναι συχνές στην CRC είναι 8, 15, 17 και 18 [22]. Στην ομάδα μας, τα χρωμοσώματα 4, 8 και 18 εμφανίζονται διαγραφές σε περισσότερο από το 50% των περιπτώσεων, ενώ τα χρωμοσώματα 15 και 17 διεγράφησαν σε συχνότητες 33,3% και 40% αντίστοιχα. Έτσι, το μέτρο των χρωμοσωμάτων με συχνές διαγραφές, CRC σε συμφωνίες σύνδεσης φαίνεται να είναι παρόμοια με CRC σε Καυκάσιους.

Ελέγξαμε τον κατάλογο των 68 γονιδίων από Sjöblom et al [23] που είναι δυνητικά εμπλέκονται στον καρκίνο του παχέος εντέρου για να δείτε την κατάσταση αυτών των γονιδίων στην ομάδα μας των ασθενών. Όλα αυτά τα γονίδια εμφανίζουν κάποιο επίπεδο αλλοίωσης (ενίσχυση ή διαγραφή) σε ασθενείς μας. Αυτά τα αποτελέσματα ενισχύσει κατάστασης του γονιδίου CAN τους (Πίνακας 3). Ένα από τα πιο διαγράφεται γονίδια ήταν

EPHB6

που είναι γνωστό ότι επιβραδύνει κυτταρικές σειρές καρκίνου του μαστού διεισδυτικότητα [30]. Ένα άλλο γονίδιο

EXOC4 (SEC8L1),

το οποίο περιέχει έναν πολυμορφισμό που σχετίζεται με διαβήτη τύπου 2 [31] έχει επίσης διαγραφεί συχνά στα δείγματα μας, και είναι γνωστό ότι παίζει ένα ρόλο στην συναπτογένεση και την ανάπτυξη του εγκεφάλου [32]. Το EXOC4 πρωτεΐνη αποτελεί μέρος του συγκροτήματος exocyst που έχει εμπλακεί στην διεισδυτικότητα του καρκίνου του μαστού [33]. Η

MLL3

γονίδιο δεν μεταβάλλεται σε ασθενείς με CRC Κορέας [34] και σπανίως μεταβληθεί σε μια άλλη μελέτη [35], αλλά είναι ένα από τα πιο συχνοί στόχοι της διαγραφής στην ομάδα μας των ασθενών. Η

Gnas

γονίδιο οποίων οι έκφραση αυξάνει την έκφραση Galphas είναι προαποπτωτικά γονίδιο εμπλέκεται σε πολλούς καρκίνους συμπαγών οργάνων [36]. Η λειτουργία του είναι σύμφωνη με την εύρεση μας ότι είναι επίσης εξαιρετικά διαγράφεται σε ασθενείς ΑΑ CRC. Οι μεταλλάξεις στο γονίδιο συχνά διαγράφεται

TBX22

συνδέονται με μη συνδρομικού λυκόστομα [37], αλλά

ΤΒΧ2

δεν έχει καμία γνωστή ρόλο στην ογκογένεση.

Μεταξύ των γονιδίων μπορεί από Sjöblom et al. κατάλογος [23], τα ακόλουθα είναι από τα πιο συχνά ενισχύεται σε ασθενείς ΑΑ:

SMAD2, Smad4, ADAM29

, και

HAPLN1

. Οι πρωτεΐνες της οικογένειας ADAM είναι μια ομάδα της οποίας μεταλλοπρωτεϊνάσης ADAM17 είναι η πιο μελετημένη. ADAM17 απαιτείται για την παραγωγή των δραστικών μορφών υποδοχέα επιδερμικού αυξητικού παράγοντα (EGFR) συνδέτες, και η λειτουργία του είναι απαραίτητη για την ανάπτυξη των επιθηλιακών ιστών [38]. Πρέπει ADAM29 λειτουργούν επίσης να ενεργοποιήσει τους υποδοχείς της ανάπτυξης, στη συνέχεια, την ενίσχυση της σε όγκους θα είχε νόημα. Η

HAPLN1

(

CRTL1

) γονίδιο κωδικοποιεί μια εξωκυτταρική πρωτεΐνη μήτρας, που παίζει σημαντικό ρόλο στην ανάπτυξη της καρδιάς [39]. Η έκφραση του

HAPLN1

μπορούν να τροποποιηθούν κατά τη διάρκεια του παχέος καρκινογένεση [40]. Τόσο

SMAD2

και

Smad4

είναι γνωστό ότι εμπλέκονται στον πολλαπλασιασμό των κυττάρων, την απόπτωση και διαφοροποίηση μέσω της οδού TGF [41]. Ως εκ τούτου, η ενίσχυση τους θα μπορούσε να συμβάλει στην προώθηση της ανάπτυξης και της καρκινογένεσης, μαζί με άλλα γονίδια.

Ελέγξαμε 42 CRC γονίδια που προτείνεται από Lassmann et al. να είναι συχνά στόχοι της CNVs [22]. Εμείς σχολιάσω μερικά από τα γονίδια για τα οποία τα δείγματα του Καυκάσου και της ΑΑ παρουσίασαν διαφορετικά πρότυπα των εκτροπών. Η

ATM

γονίδιο, του οποίου η κωδικοποιημένη πρωτεΐνη είναι απαραίτητη για την αντιμετώπιση βλάβης του DNA και συμβάλλει στην κυτταρικής ομοιόστασης [42], ήταν συχνά ενισχύθηκαν σε Καυκάσιους ασθενείς, αλλά όχι στην ομάδα ΑΑ. Από την άλλη πλευρά,

PRPF6

ενισχύεται μόνο σε αο (Πίνακας 4). Μεταλλάξεις στα γονίδια από την ίδια οικογένεια (

PRPF3

,

8

, και

31

) έχουν εμπλακεί στην μελαγχρωστική αμφιβληστροειδοπάθεια [43]. Ωστόσο, δεν υπάρχει ρόλο στον καρκίνο του

PRPF6

ή άλλων σχετικών γονιδίων είναι γνωστή. Δύο γονίδια έδειξαν απέναντι μεταβολές στις δύο ομάδες ασθενών?

DCC

ήταν κυρίως ενισχύθηκε σε Καυκάσιους, αλλά διαγράφηκε στο ΣΣ, ενώ η

STS

γονίδιο διεγράφη σε Καυκάσιους και ενισχύθηκαν σε συμφωνίες σύνδεσης. Πράγματι,

DCC

γενικά κάτω-ρυθμίζονται ή να διαγραφούν σε ασθενείς με καρκίνο του παχέος εντέρου λόγω των ιδιοτήτων ΕΠΠΕ της, η οποία είναι πιο συνεπής με την ιδιότητα διαγραφή του χρησιμοποιώντας aCGH στους ασθενείς μας [44]. Η συστατική έκφραση του

STS

γονίδιο (στεροειδές γονίδιο σουλφατάσης) προάγει την ανάπτυξη των ανθρώπινων κυττάρων καρκίνου του μαστού [45]. Ενώ οι διαφορές μεταξύ των Lassmann et al, Sjöblom et al [22], [23] και μελέτη μας μπορεί να είναι εν μέρει λόγω του επιπέδου της χρωμοσωμική ανωμαλία, τα δεδομένα εντός μελέτη μας έδειξε ότι ούτε το στάδιο του όγκου, ούτε η κατάσταση διαφοροποίησης είχε μια επηρεάσει σε χρωμοσωμική αστάθεια. Οι μελλοντικές μελέτες που απαιτούνται, όπου το στάδιο και τη διαφοροποίηση συμφωνημένα όγκους από διαφορετικούς πληθυσμούς αξιολογούνται.

Εν κατακλείδι, aCGH ανάλυσή μας των καρκινωμάτων του παχέος 15 ΑΑ δείχνει ότι όλοι οι όγκοι περιέχουν κάποιο επίπεδο της χρωμοσωμικής αστάθειας. Γεωργιάδης et al. έχουν εντοπίσει μια ομάδα καρκινώματα χωρίς CIN [4]. Τέτοια δεν είναι η περίπτωση για τους ασθενείς ΑΑ μας. Ένας μεγαλύτερος αριθμός ασθενών που χρειάζεται να διερευνηθεί αν υπάρχουν τέτοιες όγκους CRC μέσα ΕΑ ή όλα CRCs AA έχουν κάποια επίπεδα CIN. Μια πιο ολοκληρωμένη ανάλυση περιλαμβάνει MSI και προφίλ μεθυλίωσης των αναλύονται όγκων, εκτός από την ανάλυση CIN μπορεί επίσης να ρίξει περισσότερο φως στις περιπλοκές και τις ιδιαιτερότητες αυτών των διαφορετικών διαδικασιών στην ογκογένεση. Ο ρόλος της ενίσχυσης χρωμόσωμα Χ στην καρκινογένεση του παχέος εντέρου σε ασθενείς με ΑΑ, ιδιαίτερα τα αρσενικά, χρήζει περαιτέρω διερεύνησης.

Ευχαριστίες

Οι συγγραφείς ευχαριστήσω Μ Nouraie για τις παρατηρήσεις του σχετικά με το στατιστικό μέρος αυτού του χειρογράφου.