Αφηρημένο

Το οικογενειακό ιστορικό είναι ένας σημαντικός παράγοντας κινδύνου για καρκίνο του παχέος εντέρου και πολλές οικογένειες διαχωρίζουν την ασθένεια ως ένα φαινομενικά μονογονιδιακές γνώρισμα. Μια μειονότητα οικογενή καρκίνο του παχέος εντέρου θα μπορούσε να εξηγηθεί με γνωστές μονογονιδιακές γονιδίων και γενετικών τόπων. Η οικογενής πολυποδίαση και το σύνδρομο Lynch είναι δύο σύνδρομα όπου τα γονίδια προδιάθεσης γνωστή, αλλά έχουν πολλές οικογένειες έχουν δοκιμαστεί χωρίς την εύρεση του γονιδίου που προδιαθέτει. Πραγματοποιήσαμε μια μεγάλη ανάλυση σύνδεσης γονιδιώματος σε 121 παχέος οικογενειών με αυξημένο κίνδυνο καρκίνου του παχέος εντέρου. Οι οικογένειες διαπιστώθηκαν από το Τμήμα Κλινικής Γενετικής στο Πανεπιστημιακό Νοσοκομείο Καρολίνσκα στη Στοκχόλμη, Σουηδία και θεωρήθηκαν αρνητικά για οικογενή πολυποδίαση και το σύνδρομο Lynch. Συνολικά 600 άτομα ήταν ο γονότυπος χρησιμοποιώντας μόνο νουκλεοτιδίου τσιπ σειρά πολυμορφισμού. Parametric- και αναλύσεις μη-παραμετρικής διασύνδεσης υπολογίστηκαν χρησιμοποιώντας MERLIN σε όλους και υποσύνολα των οικογενειών. Δεν στατιστικά σημαντικό αποτέλεσμα παρατηρήθηκε, ωστόσο, υπήρχαν υποδηλώνουν θετική HLODs δύο παραπάνω σε παραμετρική ανάλυση σύνδεσης. Αυτό παρατηρήθηκε σε ένα υπολειπόμενο μοντέλο για οικογένειες υψηλού κινδύνου, σε θέση 9q31.1 (HLOD = 2,2, rs1338121) και για οικογένειες μέτριο κίνδυνο, σε τόπο Xp22.33 (LOD = 2.2 και HLOD = 2,5, rs2306737). Χρησιμοποιώντας οικογένειες με πρώιμη έναρξη, υπολειπόμενο ανάλυση έδειξε μία θέση στην 4p16.3 (LOD = 2.2, rs920683) και μία για 17p13.2 (LOD /HLOD = 2,0, rs884250). Δεν NPL σκορ δύο παραπάνω παρατηρήθηκε για οποιαδήποτε από τις οικογένειες. μελέτη σύνδεσης μας παρέχεται πρόσθετη υποστήριξη για την προηγουμένως προτεινόμενη περιοχή στο χρωμόσωμα 9 και πρότεινε επιπλέον τόπους να συμμετέχουν σε ορθοκολικό κίνδυνο εμφάνισης καρκίνου. Αλληλουχίας των γονιδίων στις περιοχές θα γίνει σε μελλοντικές μελέτες

Παράθεση:. Kontham V, von Holst S, Lindblom Α (2013) Η ανάλυση σύνδεσης στο οικογενής μη-Lynch σύνδρομο καρκίνου του παχέος εντέρου οικογένειες από τη Σουηδία. PLoS ONE 8 (12): e83936. doi: 10.1371 /journal.pone.0083936

Επιμέλεια: Nathan A. Ellis, του Πανεπιστημίου του Ιλινόις στο Σικάγο, Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής

Ελήφθη: 8η Οκτωβρίου, 2013? Αποδεκτές: 18 Νοέμβρη 2013? Δημοσιεύθηκε: 11η Δεκεμβρίου 2013

Copyright: © 2013 Kontham et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Οικονομική ενίσχυση παρασχέθηκε μέσω της περιφερειακής συμφωνίας για την ιατρική εκπαίδευση και κλινική έρευνα (ALF) μεταξύ Νομαρχιακού Συμβουλίου της Στοκχόλμης και του Ινστιτούτου Καρολίνσκα (20.110.483), τη σουηδική Εταιρεία Καρκίνου (110.439), το σουηδικό Συμβούλιο έρευνας (20.103.543), το Ίδρυμα Καρκίνου της Στοκχόλμης (111232) και Ίδρυμα Nilsson-Ehle. Η πλατφόρμα τεχνολογίας SNP στην Ουψάλα υποστηρίζεται από Knut & amp? Alice Ίδρυμα Wallenberg μέσω του Wallenberg Κοινοπραξία και το Πανεπιστήμιο της Ουψάλα. Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

Καρκίνος του παχέος εντέρου (CRC) αυξάνεται σε συχνότητα και κατατάσσεται ως το δεύτερο και το τρίτο πιο κοινό είδος καρκίνου στο δυτικό κόσμο και τη Σουηδία αντίστοιχα. CRC έχει ένα κίνδυνο της ζωής του 5% και επηρεάζει άνδρες και γυναίκες εξίσου. Ένας σημαντικός παράγοντας κινδύνου είναι το οικογενειακό ιστορικό της νόσου και 20-25% του συνόλου των CRC περιπτώσεων έχουν μια στενή σχέση με την ίδια ασθένεια [1]. Γνωστή σύνδρομα όπως οικογενή αδενωματώδη πολυποδίαση (FAP) και το σύνδρομο Lynch είναι υπεύθυνες για λιγότερο από το 5% των περιπτώσεων καρκίνου του παχέος εντέρου [2], η οποία αφήνει την πλειοψηφία των οικογενειακών περιπτώσεων καρκίνου του παχέος ανεξήγητη. Η κληρονομικότητα προτείνει συχνά δεσπόζουσα μετάδοση της νόσου, αλλά υπολειπόμενη κληρονομικότητα και ακόμη και ένα συγκρότημα κληρονομικότητας έχουν προταθεί [3]. Ένα σύνδρομο, οικογενή CRC τύπου Χ, έχει προταθεί για τις οικογένειες που πληρούν τα κριτήρια για το σύνδρομο Lynch, αλλά χωρίς βλαστική μεταλλάξεις [4]. Ωστόσο, οι οικογένειες αρνητικά μετά τη διάγνωση του συνδρόμου Lynch μόνο σπάνια πληρούν αυτά τα αυστηρά κριτήρια, κυρίως επειδή μεταγενέστερη εμφάνιση ή μειωμένη διεισδυτικότητα. Πρόσφατα Γονιδιώματος Wide Σπουδών Association (GWAS) έχουν χρησιμοποιηθεί για να βρουν γενετικές θέσεις που σχετίζονται με ένα συγκεκριμένο κίνδυνο για την ανάπτυξη CRC. Αυτοί οι τόποι? 6p21, 8q23.3, 8q24.21, 9p24, 10p14, 11q13.4, 11q23.1, 14q22.2, 15q13.3, 16q22.1, 18q21.1, 19q13.1 και 20p12.3, 1q41, 3q26. 2, 12q13.13, 20q13.33, Xp22.2 [5-14] θα μπορούσε σε κάποιο βαθμό υποστήριξης η εξήγηση της CRC ως πολύπλοκη ασθένεια. Ιστορικά, η ανάλυση σύνδεσης έχει ένα επιτυχημένο εργαλείο εύρεσης μονογονιδιακές ασθένεια που προκαλεί παχέος γονίδια του καρκίνου, όπως APC [15], MSH2 [16] και MLH1 [17]. Επίσης, οι νέες υποψήφιες περιοχές για πρόσθετη ύπαρξη μέτριας έως υψηλής διεισδυτικά τόπους CRC έχουν αναφερθεί από μελέτες σύνδεσης, αλλά όχι περιστασιακή μετάλλαξη έχει βρεθεί ακόμα. Το τόποι στο χρωμόσωμα 9Q [18-20], 3q [21,22] και 14ιζ [23,24] έχουν αναφερθεί περισσότερες από μια φορά. Μια προηγούμενη μελέτη σύνδεσης στην οικογενή οδοντωτή νεοπλασία πρότεινε μια θέση στο χρωμόσωμα 2q [25]. Πρόσφατα, 4 διαφορετικές θέσεις με σημαντική HLOD πάνω από το 3? στα χρωμοσώματα 12q24 σε όλες τις οικογένειες CRC, 4q21 στις αρχές onset-, 15q22.31 σε υψηλής κινδύνου και 8q13.2 σε οικογένειες μέτριο κίνδυνο προτάθηκε [26]. Η παρούσα μελέτη πραγματοποιήθηκε μια ευρεία σάρωση γονιδιώματος σύνδεση (ΣΥΥ) χρησιμοποιώντας 600 άτομα από 121 σουηδικές οικογένειες CRC και ανέλυσε όλες τις οικογένειες, στις αρχές onset-, υψηλού κινδύνου και μέτριο οικογένειες κινδύνου χωριστά.

Υλικά και Μέθοδοι

Ηθική δήλωση

Η μελέτη πραγματοποιήθηκε σε συμφωνία με τη σουηδική νομοθεσία της ηθικής άδεια και σύμφωνα με την απόφαση της περιφερειακής επιτροπής δεοντολογίας της Στοκχόλμης (2008 /125 – 31,2). Όλοι οι συμμετέχοντες έδωσαν γραπτή συγκατάθεση για να συμμετάσχουν στη μελέτη.

Ασθενείς

Οι οικογένειες διαπιστώθηκαν μέσω του τμήματος Κλινικής Γενετικής στο Πανεπιστημιακό Νοσοκομείο Καρολίνσκα στη Στοκχόλμη, Σουηδία μεταξύ 1990 και 2005. FAP ήταν αποκλείονται χρησιμοποιώντας ιατρικά αρχεία από τα προσβεβλημένα άτομα και το σύνδρομο Lynch αποκλείστηκε χρησιμοποιώντας την τρέχουσα κλινική πρωτόκολλο μας [27]. Οικογένειες συμπεριελήφθησαν στη μελέτη εάν υπήρχε τουλάχιστον δύο επηρεαζόμενες συγγενείς κατατοπιστική για ανάλυση σύνδεσης, έτσι τουλάχιστον ένα ζευγών αδελφών. Λεπτομέρειες σχετικά με τις οικογένειες φαίνονται στον πίνακα 1. Η έγκαιρη έναρξη οικογένειες ορίστηκαν ως οικογένειες με μέση ηλικία διάγνωσης μικρότερη από 50, οικογένειες υψηλού κινδύνου ορίστηκαν ως οικογένειες με τρία ή περισσότερα προσβεβλημένα άτομα σε στενούς συγγενείς. οικογένειες μετρίου κινδύνου ορίστηκαν οι οικογένειες με δύο ή περισσότερα sibs επηρεάζονται. Οκτώ οικογένειες πληρούνται τα κριτήρια για τον τύπο CRC X [4] (δύο επικαλύπτονται με πρώιμη έναρξη οικογένειες), αλλά δεν αναλύθηκαν ξεχωριστά

Η Συνολική

& gt?. 3 CRC

μέση & lt? 50

Sibs μόνο

No. families12127849Mean age64624866No. οικογένειες με οποιοδήποτε & lt? 5027886No. οικογένειες με οποιοδήποτε & lt?. 607221822Table 1. Περιγραφή των οικογενειών στην ανάλυση σύνδεσης

CSV Λήψη CSV

Γονοτυπικές

Το γονιδιακό DNA εξήχθη από περιφερικό αίμα χρησιμοποιώντας τυποποιημένες διαδικασίες. Γονοτυπική έγινε ξεχωριστά σε δύο διαφορετικά σύνολα της οικογένειας υλικού. Γονοτυπικός από 548 ασθενείς με 6.090 δείκτες πραγματοποιήθηκε με τη δοκιμασία Illumina Infinium [28,29] χρησιμοποιώντας την ανάλυση του DNA τσιπ χάντρα Illumina HumanLinkage-12. Η συνολική επαναληψιμότητα στα δεδομένα γονότυπο ήταν 99,996% με βάση 6,25% του διπλές γονοτύπων. Ο μέσος ρυθμός κλήσεων ανά SNP ήταν 99,57%. Επιπλέον, 52 άτομα ήταν ο γονότυπος χρησιμοποιώντας τη δοκιμασία Illumina Golden Gate [30] και η Illumina Σύνδεση Panel IVb (6008 δείκτες). Η συνολική επαναληψιμότητα στα δεδομένα γονότυπο ήταν 100% με βάση το 2,2% του διπλές γονοτύπων. Ο μέσος ρυθμός κλήσεων ανά SNP ήταν 97,27%. Συστοιχίες υποβλήθηκαν σε επεξεργασία σύμφωνα με το πρωτόκολλο του κατασκευαστή στο SNP τεχνολογική πλατφόρμα στην Ουψάλα και κατόπιν αιτήματος.

Η ανάλυση σύνδεσης

Pedcheck [31] χρησιμοποιήθηκε για να ελέγξει για την αρχική Μέντελ ανάλυση κληρονομικότητας μεταξύ των οικογενειών. Η οικογένεια με βάση γενετικό μοντέλο χρησιμοποιήθηκε για την παραμετρική ανάλυση σύνδεσης για όλα τα χρωμοσώματα, συμπεριλαμβανομένων χρωμόσωμα Χ Ως συμπλήρωμα μη παραμετρική ανάλυση χρησιμοποιώντας Whittemore και Halpern NPL στατιστικές έγινε [32]. LOD βαθμολογίες καθώς και ετερογένεια LOD βαθμολογίες υπολογίστηκαν χρησιμοποιώντας MERLIN (έκδοση 1.1.2) [33] και δόθηκε για όλες γονότυπου θέσεις. Οι αναλύσεις έγιναν θεωρώντας τόσο κυρίαρχη και υπολειπόμενο χαρακτήρα. Για αυτοσωματικό κυρίαρχο και υπολειπόμενο τρόπο κληρονομικότητας η συχνότητα αλληλόμορφο νόσος ορίστηκε στο 0,0001. Τα ποσοστά διεισδυτικότητα για την κυρίαρχη και υπολειπόμενο τρόπο κληρονομικότητας για ομόζυγο κανονικό, ετερόζυγο και τα ομόζυγα που επηρεάζονται έχουν οριστεί σε 0,05, 0,80, 0,80 και 0,001, 0,001, 1,0 αντίστοιχα.

Τα άτομα με καρκίνο του παχέος εντέρου ή πολυπόδων με υψηλή δυσπλασία βαθμό κωδικοποιήθηκαν ως επηρεάζονται. Τα μέλη της οικογένειας με ασαφές καθεστώς κωδικοποιήθηκαν ως άγνωστη. Οικογένειες διαπιστώθηκαν υποθέτοντας ένα κυρίαρχο γνώρισμα και ως εκ τούτου οι σύζυγοι είχαν κωδικοποιηθεί ως ανεπηρέαστες. Τέσσερις διαφορετικές αναλύσεις πραγματοποιήθηκαν με τη χρήση διαφορετικών συνόλων των οικογενειών και των ασθενών? όλες οι οικογένειες, όλες οι οικογένειες με τουλάχιστον τρεις περιπτώσεις (υψηλού κινδύνου), όλες οι οικογένειες με CRC μεταξύ sibs (μέτρια κινδύνου) και τις οικογένειες με μέσο όρο ηλικίας κάτω των 50 (πρώιμη έναρξη) για να είναι συγκρίσιμα με τα αποτελέσματα από την πρόσφατη σύνδεση μελέτη από Cicek et al.

Όλα τα 121 οικογένειες, συμπεριλαμβανομένων όλων των θεμάτων και από τις δύο συνεδριάσεις του γονότυπου, χρησιμοποιήθηκαν για την ανάλυση σύνδεσης. Έτσι, δύο αρχεία δείκτη συγχωνεύθηκαν και 7256 δείκτες χρησιμοποιήθηκαν στην ανάλυση. Merlin από προεπιλογή επιτρέπει ένα μέγιστο των 24 bits για κάθε οικογένεια, γιατί έπρεπε να χωριστεί τέσσερις μεγάλες οικογένειες. Οι οικογένειες χωρίστηκαν έτσι ώστε κάθε υπο-οικογένεια που χρησιμοποιείται ένα κοινό πρόγονο και τοποθετείται μέσα στο όριο, όπως ορίζεται κατά την εκτέλεση του προγράμματος. Οι αρχικές 121 οικογένειες αναλύθηκαν ως 126 (μια οικογένεια έπρεπε να χωριστεί σε τρεις).

Από την παρουσία της ανισορροπίας σύνδεσης (LD) μπορεί να διογκώσει τις στατιστικές σύνδεσης πολλαπλών σημείων, ένα κατώφλι r

2 = 0.1 έχει χρησιμοποιηθεί για να αποφευχθεί ότι τα ψευδώς θετικά αποτελέσματα διογκώσει τα στατιστικά στοιχεία [34]. LD μεταξύ των SNPs με r

2 & gt? 0,1 οφειλόταν, από MERLIN οργάνωση των δεικτών σε ομάδες. MERLIN κάνει χρήση των συχνοτήτων του πληθυσμού απλότυπος να αναλάβει LD μέσα σε κάθε συστάδα. Για να διατηρηθεί η ομοιομορφία σε υποομάδες της μελέτης μας, τα ίδια συμπλέγματα χρησιμοποιήθηκαν συνεχώς σε όλη την ανάλυση.

Αποτελέσματα

Ένα σύνολο από 600 άτομα από 121 οικογένειες με επιτυχία γονότυπου. Οι αναλύσεις πραγματοποιήθηκαν για όλες και κάθε ένα από τρία διαφορετικά υποομάδες? υψηλού κινδύνου, μέτριας επικινδυνότητας και οικογένειες πρώιμη έναρξη (πίνακας 1). Δεν υπήρχε άτομο στατιστικά σημαντική (τρεις παραπάνω) βαθμολογίας LOD ή HLOD σε οποιαδήποτε από την ανάλυση (Σχήμα 1). Ωστόσο, υπήρξαν θετικές HLODs δύο παραπάνω (πίνακας 2).

α) Οικόπεδο HLODs για όλες τις οικογένειες στη μελέτη, κυρίαρχη (σε κόκκινο) και υποτελούς (σε μπλε) μοντέλα (n = 121).

β) LOD /HLOD οικόπεδο μελέτης ομάδα με περισσότερα από 3 προσβεβλημένων ατόμων (n = 27)

γ) LOD /οικόπεδο HLOD της ομάδας μελέτης με μέση ηλικία διάγνωσης & lt.? 50 (n = 8).

δ) LOD /οικόπεδο HLOD της ομάδας μελέτης με τις επηρεαζόμενες sibs (n = 49).

* -αρνητικοί τιμές των βαθμολογιών δεν απεικονίζονται εμφανίζονται.

Για β, γ, δ – οι ΟΠ τα οποία εκπροσωπούνται στο κόκκινο, οι HLODs εκπροσωπούνται στο Κυανό

Η Ομάδα μελέτης

αρ. Των οικογενειών

Συνδέεται Περιφέρεια

cm, SNP

Μοντέλο

HLOD (α)

Όλα families121 —- Περισσότερα από 3 affected279q31.1102.68, RS1338121Recessive2.212 (0,66) Μέση ηλικία κατά τη διάγνωση & lt? 5084p16.37.17, RS920683Recessive2.184 (1.00) 17p13.211.51, RS884250Recessive2.086 (1,00) Οικογένειες με τις επηρεαζόμενες Sibs49Xp22.337.42, RS2306737Recessive2.486 (0.79) Πίνακας 2. Σύνοψη των αποτελεσμάτων του παχέος σύνδεση του καρκίνου με μέγιστη παρατηρούμενη HLODs μεγαλύτερο από 2.

CSV Λήψη CSV

για οικογένειες υψηλού κινδύνου (συνολικά 27 οικογένειες) μία θέση στο χρωμόσωμα 9q31.1, έδειξε μια HLOD δύο παραπάνω υποθέτοντας υπολειπόμενη κληρονομικότητα και εκτιμάται ότι το 66% των οικογενειών που συνδέονται (πίνακας 2). Μέγιστη ήταν για τους rs1338121 δείκτη με HLOD 2,2. LOD στον ίδιο τόπο σε υπολειπόμενο μοντέλο ήταν 0,7. Για κυρίαρχη ασθένεια αυτή θέση έδειξε μια βαθμολογία LOD του 1.4 και ένα HLOD 1,6.

Για οικογένειες μέτριο κίνδυνο (συνολικά 49 οικογένειες, αναλύονται ως 50) μία θέση στην άκρη του χρωμοσώματος Xp είχε LOD και HLOD πάνω από δύο με μέγιστο 2.2 και 2.5, αντίστοιχα, για τους rs2306737 δείκτη στο υπολειπόμενο ανάλυση ( πίνακας 2). βαθμολογία LOD και HLOD για κυρίαρχη ανάλυση ήταν και οι δύο 1.8.

Τέλος, για την ομάδα των οικογενειών με πρώιμη έναρξη (μόνο 8 οικογένειες) δύο θέσεις έδειξαν θετικά αποτελέσματα LOD και HLODs δύο παραπάνω στο υπολειπόμενο ανάλυση (πίνακας 2). Το ένα ήταν άπω στο χρωμόσωμα 4ρ με μέγιστο LOD και HLOD του 2.2 για rs920683 και η άλλη ήταν στο χρωμόσωμα 17p13.2 με μέγιστο LOD και HLOD 2,0 για rs884250. Το LOD και HLOD για κυρίαρχη ανάλυσης ήταν 0,976 στο χρωμόσωμα 4P και 1,25 στο χρωμόσωμα 17p13.2. Οι ΟΠ τα οποία ήταν παρόμοια σε παραμετρική και μη παραμετρική ανάλυση και 100% που συνδέονται οικογένειες ανέλαβε και για τις δύο θέσεις.

Όχι NPL σκορ δύο παραπάνω παρατηρήθηκε για οποιαδήποτε από τις οικογένειες. Οι HLODs πάνω από 2 παρουσιάζονται στον πίνακα 2. Όλοι οι τόποι με HLOD & gt? 1,0 σε παραμετρική ανάλυση παρουσιάζονται στον πίνακα 3.

Ομάδα Μελέτης

No. Των οικογενειών

Συνδέεται Περιφέρεια

cm, SNP

Μοντέλο

HLOD (α)

Όλα Families1211q32.1204.36, RS2032018Dominant1.191 (0,46) 5p15.233.99, RS879253Dominant1.258 (0,48) 9q22. 3197,96, RS4534181Dominant1.602 (0.59) 94.37, RS7037744Recessive1.632 (0.32) Xp11.2179.25, RS2015312Dominant1.414 (0,72) 4p16.32.97, RS736455Recessive1.653 (0,38) 6p21.164.36, RS722269Recessive1.892 (0,28) 8p2233.01, RS334206Recessive1.479 (0,26) 18p11.2140.13, RS1043925Recessive1.351 (0.27) Περισσότερες από 3 affected271q32.2211.46, RS1507765Dominant1.414 (0,61) 2p16.277.83, RS1483869Dominant1.438 (0.60) 4q28.3134.94, RS426029Dominant1.045 (0.54) 5p15 .134.80, RS1505034Dominant1.678 (0,71) 9q31.1102.68, RS1338121Dominant1.672 (0,79) 12q13.1263.98, RS7532Dominant1.086 (0,51) 16q12.265.68, RS1990637Dominant1.556 (0,77) Xp11.2179.24, RS1560514Dominant1.788 (1.00) 1q25 .2178.47, RS227530Recessive1.554 (0,55) 4p16.32.97, RS736455Recessive1.903 (0,68) 18p11.2140.13, RS1043925Recessive1.605 (0,48) Xp11.367.42, RS1137070Recessive1.267 (0,56) Μέση ηλικία κατά τη διάγνωση & lt? 5082p16.374.90, RS1394207Dominant1.145 (1.00) 9p21.345.61, RS10757309Dominant1.614 (1.00) 10q22.186.06, RS1227938Dominant1.200 (1.00) 16q2180.78, RS17822576Dominant1.181 (1.00) 17p13.124.87, RS1391766Dominant1.258 (1,00) 1p3372.10, RS1934405Recessive1.244 (1.00) 6p21.167.58, RS4714772Recessive1.335 (1.00) 9p21.345.61, RS10757309Recessive1.501 (1.00) 10q26.3166.39, RS7072831Recessive1.239 (0.90) 18q11.242.92, RS12959039Recessive1.279 (1,00) οικογένειες με τις επηρεαζόμενες Sibs494p15.238.72, RS216113Dominant1.112 (0,96) 6q23.3136.59, RS975676Dominant1.848 (1.00) Xp22.3311.69, RS749706Dominant1.860 (1.00) 6q14.191.67, RS885582Recessive1.241 (0,33) 12q23.1107.90, RS17290272Recessive1.034 (0.26) 14q24.378.12, RS888412Recessive1.032 (0,29) 20q13.3193.25, RS186659Recessive1.410 (0.37) Πίνακας 3. Περίληψη των αποτελεσμάτων του παχέος σύνδεση του καρκίνου με μέγιστη παρατηρούμενη HLODs μεταξύ 1 και 2.

CSV Λήψη CSV

συζήτηση

Συνηθίζαμε SNP γονοτυπική να εκτελέσει μια ανάλυση σύνδεσης σε 121 οικογένειες CRC και δεν βρήκε καμία συνολική στατιστικά σημαντικά αποτελέσματα με μια ΟΠ ή HLOD πάνω 3. χωρίστηκαν από λίγες μεγάλες οικογένειες να είναι σε θέση να χρησιμοποιήσει MERLIN, και έχασε ένα κομμάτι της δύναμής της στην ανάλυση. Το αποτέλεσμα αυτού ήταν μικρή σημασία.

Ωστόσο, δεν είχαμε βρει ΟΠ και HLODs πάνω από 2, υποδηλώνουν σύνδεσης. Μια προηγούμενη μελέτη σύνδεσης χρησιμοποιήθηκαν 356 οικογένειες και έδειξε ένα τόπο με HLOD & gt? 3 (12q) και 4 με HLOD & gt? 2 (στα χρωμοσώματα 4ιζ, 15q, 17q και 12q), όλα σε κυρίαρχη ανάλυση [26]. Βρήκαμε καμία υποστήριξη για οποιαδήποτε από αυτές τις περιοχές στην ανάλυσή μας.

Σε υπομελέτη μας οικογένειες μεγάλα, υψηλού κινδύνου (πάνω από τρεις affecteds), μια θέση στο χρωμόσωμα 9q31 βρέθηκε. Η ίδια περιοχή έχει προταθεί στο παρελθόν, αν και σε κυρίαρχη μοντέλα, και εδώ πάλι προσδιορίζονται από εμάς χρησιμοποιώντας ανάλυση σύνδεσης σε ένα υπολειπόμενο μοντέλο. Αυτή η θέση είχε προταθεί προηγουμένως από μια μελέτη ζευγών αδελφών και μία μελέτη με τη χρήση σύνδεσης σε πολλές συγγενικό κύκλο, αλλά και στο παρελθόν από εμάς σε μια μεγάλη οικογένεια με καρκίνο του ορθού και αδενώματα [18-20]. Οι τρεις αυτές μελέτες χρησιμοποίησαν μικροδορυφόρων για προσδιορισμό του γονότυπου, ενώ προηγούμενες μελέτες σύνδεσης χρησιμοποιώντας SNPs δεν ήταν σε θέση να αναπαράγουν τον τόπο [18,26,35]. Μία μελέτη έδειξε επίσης υποστήριξη για την περιοχή χρησιμοποιώντας ένα απλότυπος πέντε SNP στην περιοχή [36]. Δύο γονίδια έχουν μέχρι στιγμής προταθεί ως τα γονίδια προδιάθεσης σε αυτή την περιοχή. Πρώτον, προτάθηκε ότι βλαστικής σειράς αλληλόμορφο-ειδική έκφραση οδήγησε σε μειωμένη έκφραση του γονιδίου τροποποιήσεως SMAD μεσολάβηση σηματοδότησης ΤΟΡ-β [37]. Δεύτερον, μια μελέτη του γονιδίου GALNT12 αποδειχθεί περικοπή σωματικές και βλαστικές μεταλλάξεις σε ασθενείς CRC, αλλά κανένας σε ελέγχους και γενετικές ανωμαλίες στην οδό O-γλυκοζυλίωσης εν μέρει τη βάση παρεκκλίνουσα γλυκοζυλίωση, και με τον τρόπο αυτό να συμβάλει στην ανάπτυξη σε ένα υποσύνολο CRC [38] . Η περιοχή προτείνεται από παρούσα μελέτη μας συμπίπτει επίσης με την περιοχή που προτείνεται από μία οικογένεια πριν [19]. Η περιοχή εκτείνεται σε πάνω από σχεδόν 9 Mb και περιλαμβάνει τα προαναφερθέντα γονίδια και πολλές άλλες. Τέσσερις οικογένειες συμβάλλουν κυρίως στη θετική, κυρίαρχα και υπολειπόμενο βαθμολογίας HLOD. Μόνο μία οικογένεια είχε πρώιμη έναρξη της νόσου. Η μελέτη Τσιτσέκ ορίζεται για μια παρόμοια ομάδα 67 οικογένειες ένα τόπο με HLOD & gt? 3 (15q) και 4 με HLOD & gt? 2 (χρωμοσώματα 12q, 14q, 17q και XP) κάποια χρήση κυρίαρχο ή υπολειπόμενη (χρωμόσωμα 14) μοντέλο. Βρήκαμε καμία υποστήριξη για οποιαδήποτε από αυτές τις περιοχές στη μελέτη μας. Ωστόσο, είχαμε μια HLOD & gt? 1 κοντά στην περιοχή του χρωμοσώματος Χ.

Για οικογένειες μέτριο κίνδυνο, με τις επηρεαζόμενες sibs μόνο, μια περιοχή στην άκρη του χρωμοσώματος Χ προτάθηκε στο υπολειπόμενο μοντέλο (max HLOD = 2.2) και παρόμοια στον τόπο χρωμόσωμα 9 υπήρξε επίσης μια θετική αλλά μικρότερη LOD χρησιμοποιώντας ένα κυρίαρχο μοντέλο (0.7). Αυτή η περιοχή είναι σχεδόν 6 Mb, δεν έχει προταθεί πριν και περιέχει πολλές υποψήφια γονίδια. Η μελέτη Τσιτσέκ περιλαμβάνονται 200 ​​οικογένειες μέτριο κίνδυνο και, επίσης, χρησιμοποιώντας υπολειπόμενο πρότυπο εντόπισαν ένα τόπο με HLOD & gt? 3 (8q) και 4 θέσεις με HLOD & gt? 2 (χρωμοσώματα 1 q, 6ρ, 8q και 22q). Εμείς δεν θα μπορούσε να βρει υποστήριξη για οποιαδήποτε από αυτές τις θέσεις.

Τέλος, παρατηρείται χρησιμοποιώντας ένα υπολειπόμενο μοντέλο δύο τόπους με υψηλή HLODs (4ρ και 17p) για τις πρώιμης έναρξης οικογένειες. Ωστόσο, αυτή η ομάδα αποτελούνταν από μόνο 8 οικογένειες. Οικογενειακό 8 ήταν επίσης μεταξύ των οικογενειών υψηλού κινδύνου που συνδέεται με το χρωμόσωμα 9 τόπο και για αυτό το μέγεθος της οικογένειας αναμένεται ότι μια ολόκληρη μελέτη του γονιδιώματος θα πρέπει να δημιουργήσει σύνδεση με πολλές περιοχές και έτσι οι περισσότεροι θα είναι ψευδώς θετικά. Εμείς δεν θα μπορούσε να αναπαράγουν οποιαδήποτε από τις θέσεις από Τσιτσέκ et al. χρήση κυρίαρχο ή υπολειπόμενη μοντέλο (χρωμοσώματα 4ιζ, 14q, 15q και 22q).

Μια προηγούμενη μελέτη με επίκεντρο αδενώματος και ορθοκολικού αδενώματος και καρκινώματος βρέθηκε σύνδεση με χρωμοσωμικές περιοχές στα χρωμοσώματα 18q21 και 2p22 σε 69 οικογένειες, ενώ μια υπο ανάλυση των 55 οικογενειών με καρκίνο έδειξε μόνο σύνδεση στο χρωμόσωμα 3q21-24 [21]. Καμία από αυτές τις περιοχές επιβεβαιώθηκαν από τη μελέτη Τσιτσέκ ή από αυτή τη μελέτη. Είναι έκπληξη το γεγονός ότι 4 μελέτες σύνδεσης, συμπεριλαμβανομένων αυτό, όλοι χρησιμοποιούν SNP-δείκτες δεν δημιουργούν επικαλύψεις τόπους [21,26,35]. Υπάρχουν αρκετές διαφορές μεταξύ των μελετών όμως, οι οποίες είναι πιθανές εξηγήσεις για αυτή την διαφορά. Η εθνικότητα των ατόμων στις μελέτες είναι διαφορετική, μια μελέτη είναι από τις ΗΠΑ, το ένα είναι από την Ολλανδία, το ένα από το Ηνωμένο Βασίλειο και η μελέτη μας βασίζεται στο σουηδικό πληθυσμό. Τα μεγέθη των δειγμάτων είναι επίσης διαφορετικές, η μελέτη ΗΠΑ έχουν συνολικά 356 οικογένειες, οι Ολλανδοί μόνο επτά μεγάλες οικογένειες, η μελέτη στο Ηνωμένο Βασίλειο 69 και τις οικογένειές μας μελέτη 121. Η διαδικασία πρόσληψης διέφερε επίσης μεταξύ των τεσσάρων μελετών, αλλά σε γενικές γραμμές τα περισσότερα από τα διαφορετικά αποτελέσματα θα μπορούσε να εξηγηθεί και από τη βιολογία και διαφορετικά στοιχεία προδιάθεσης σε κάθε δείγμα σύνολα. Μελλοντικά πειράματα θα πρέπει να εξετάσει αυτό το ετερογένεια στο σχεδιασμό τους.

Ελαφρώς προς έκπληξή μας, θα μπορούσαμε να δούμε, επίσης, θετικό παραμετρική LOD-score σε αυτή τη μελέτη σε σχέση με τις προηγούμενες μας [22,23], όπου ελήφθησαν μόνο HLODs. Αυτό μπορεί να σχετίζεται με το γεγονός ότι χρησιμοποιήσαμε SNPs αντί μικροδορυφόρων σε αυτή τη μελέτη. Μικροδορυφόρων είναι πολύ πιο κατατοπιστική και έτσι συχνά είναι πολύ χαμηλή αρνητική ΟΠ τα οποία φαίνεται όταν μια οικογένεια δεν είναι συνδεδεμένο. Σε αυτό το SNP προσανατολισμένη πείραμα λίγες οικογένειες είχαν ΟΠ κάτω του -2 και έτσι τη δύναμη να αποκλείσει σύνδεση στο πείραμά μας ήταν χαμηλή. Ωστόσο, η δύναμη για να ανιχνεύσει σύνδεση διατηρήθηκε (η οποία θα δοκιμαστεί χρησιμοποιώντας την οικογένειά μας 24 με ένα LOD των 3 για τον τόπο χρωμόσωμα 9) [19]. Το αποτέλεσμα θα μπορούσε επίσης να σχετίζεται με το γεγονός ότι οι οικογένειες σε αυτή τη μελέτη ήταν μικρότερη σε σύγκριση με προηγούμενες μελέτες μας, χρησιμοποιώντας 20 και 30 μεγάλα γενεαλογία [22,23]. Εδώ έχουμε χρησιμοποιήσει μια διαφορετική στρατηγική με 121 μικρότερες οικογένειες και σε αντίθεση με προηγούμενες μελέτες σύνδεσης μας θα μπορούσαμε να βρούμε τη στήριξη των υποψηφίων περιοχή στο χρωμόσωμα 9. προηγουμένως χρησιμοποιηθεί SimWalk2 για ανάλυση σύνδεσης με δείκτες μικροδορυφόρων, αλλά δεν ήταν ευνοϊκό για την ανάλυση των δεδομένων SNP . Για να δικαιολογήσει τη χρήση MERLIN, αναλύσαμε την οικογένεια 24 και χρωμόσωμα 9 χρησιμοποιώντας SimWalk2 (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται), τα οποία χρειάστηκαν τρεις εβδομάδες για να ολοκληρωθεί, αλλά λαμβάνονται τα ίδια αποτελέσματα.

Εν κατακλείδι, η μελέτη σύνδεσης μας παράσχει πρόσθετη στήριξη για την περιοχή στο χρωμόσωμα 9, κάποια στοιχεία για τις νέες θέσεις που θα συμμετέχουν σε κίνδυνο ορθοκολικού καρκίνου και δεν υπάρχει υποστήριξη για άλλα αναφέρθηκε προηγουμένως τόπους. Αυτό πρότεινε η ετερογένεια αν οικογενής CRC θα πρέπει να επηρεάσει το σχεδιασμό των μελλοντικών μελετών σύνδεσης και σύνδεσης.

Ευχαριστίες

Η γονοτύπηση εκτελέστηκε από το SNP τεχνολογικής πλατφόρμας στην Ουψάλα, (www.genotyping.se). Υποστήριξη από Βιοπληροφορική Υποδομή Επιστημών Ζωής (BILS) αναγνωρίζεται με ευγνωμοσύνη.