Αφηρημένο

Μεσολαβητής της πρωτεΐνης σημείου ελέγχου βλάβης του DNA 1 (MDC1) παίζει ένα πρώιμο και κεντρικό ρόλο στην επιδιόρθωση διπλό σκέλος Break (DDR) και αταξία τηλαγγειεκτασία-μεταλλαγμένο (ΑΤΜ) με τη μεσολάβηση απάντηση στο DNA διπλό σκέλος διαλείμματα (DSBs), και έτσι περιλαμβάνει την παθογένεση αρκετών ασθενειών που σχετίζονται με βλάβη του DNA, όπως ο καρκίνος. Υποθέσαμε ότι οι πολυμορφισμοί ενός νουκλεοτιδίου (SNPs) του

MDC1

που έχουν ικανότητες για επηρεάζουν την έκφραση MDC1 ή λειτουργία συσχετίστηκαν με τον κίνδυνο καρκίνου του πνεύμονα. Σε μια μελέτη ασθενών-μαρτύρων σε δύο στάδια, εξετάσαμε τη συσχέτιση μεταξύ 5 πιθανώς λειτουργική SNPs του

MDC1

και τον κίνδυνο καρκίνου του πνεύμονα σε μια νότια κινεζικού πληθυσμού, και επικύρωσε την πολλά υποσχόμενη ένωση σε μια ανατολική κινεζικού πληθυσμού. Βρήκαμε το SNP rs4713354A & gt? C που βρίσκεται στο 5′-αμετάφραστη περιοχή του

MDC1

συσχετίστηκε σημαντικά με τον κίνδυνο καρκίνου του πνεύμονα σε δύο πληθυσμούς (

P

= 0,024), με αποδόσεις αναλογία ως 1,23 (95% διάστημα εμπιστοσύνης = 1,35 έως 1,26) για την rs4713354C (CA + CC) γονότυπους σε σύγκριση με το γονότυπο rs4713354AA. Ωστόσο, δεν παρατηρήθηκε σημαντική συσχέτιση μεταξύ άλλων SNPs και του κινδύνου καρκίνου του πνεύμονα. Η ανάλυση του γονιδίου που βασίζεται αναπαύονται με αυτά τα SNPs πρότεινε το

MDC1

ως ευπαθή γονίδιο για τον καρκίνο του πνεύμονα (

P

= 0,009). Επιπλέον, με την υποβολή ερωτήματος στην βάση δεδομένων γονιδιακής έκφρασης, βρήκαμε ακόμη ότι οι γονότυποι rs4713354C παρέχουν σημαντικά χαμηλότερη έκφραση του mRNA του MDC1 από το γονότυπο rs4713354AA σε 260 περιπτώσεις λεμφοβλαστοειδών κυττάρων (

P

= 0,002). Τα στοιχεία μας πρότεινε ότι το SNP rs4713354A & gt? Γ

MDC1

μπορεί να είναι ένα λειτουργικό γενετικό βιοδείκτη για την ευαισθησία σε καρκίνο του πνεύμονα στην κινεζική

Παράθεση:. Wang Β, Zhang L, Qiu F, Fang W , Ντενγκ J, Zhou Y, et al. (2014) μια πρωτόγνωρη Σύνδεσης μεταξύ

MDC1

Λειτουργική Πολυμορφισμός και τον Καρκίνο του Πνεύμονα κινδύνου στα κινέζικα. PLoS ONE 9 (9): e106794. doi: 10.1371 /journal.pone.0106794

Επιμέλεια: Rui Medeiros, IPO, Inst Λιμάνι Ογκολογίας, Πορτογαλία

Ελήφθη: 8 Απρίλη 2014? Αποδεκτές: 2 Αυγ 2014? Δημοσιεύθηκε: 8 του Σεπτέμβρη του 2014

Copyright: © 2014 Wang et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Δεδομένα Διαθεσιμότητα:. Η συγγραφείς επιβεβαιώνουν ότι όλα τα δεδομένα που διέπουν τα ευρήματα είναι πλήρως διαθέσιμα χωρίς περιορισμούς. Όλα τα σχετικά δεδομένα είναι εντός του Υποστηρίζοντας αρχεία πληροφοριών του χαρτιού και

Χρηματοδότηση:. Η μελέτη αυτή χρηματοδοτήθηκε από το Εθνικό Φυσικό Επιστημονικό Ίδρυμα της Κίνας παρέχει 30671813, 30872178, 81072366, 81273149 (JCL), και εν μέρει από 81.001.278 και 81171895 (YFZ), 81271350 (WJ)? οι Guangdong Provincial Επιστημονική Κονδυλίων Έρευνας 8251018201000005 (JCL), Guangdong Provincial εμπειρογνωμόνων υψηλού επιπέδου επιχορηγήσεις 2010-79, Changjiang μελετητές και τα καινοτόμα ερευνητική ομάδα του Πανεπιστημίου IRT0961 επιχορήγησης και Guangdong φυσικές επιστήμες θεμέλιο επιχορήγησης ομάδα 10351012003000000 (JCL). Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

ανταπόκριση βλάβες στο DNA (DDR) είναι ένα εξελιγμένο κυτταρική διαδικασία που περιλαμβάνει πολλαπλά μόρια για την επιδιόρθωση της βλάβης του DNA και τη διατήρηση της ακεραιότητας του γονιδιώματος και την πίστη. Συνήθως, βλάβες στο DNA μπορεί να προκληθεί από καρκινογόνους καπνού ή ιοντίζουσας ακτινοβολίας, ή άλλες πηγές, πυροδοτεί DDR συμπεριλαμβανομένης της ενεργοποίησης του σημείου ελέγχου του κυτταρικού κύκλου, την έναρξη της μεταγραφικής προγραμμάτων, και την εκτέλεση της επιδιόρθωσης του DNA, ή την έναρξη της απόπτωσης, όταν η βλάβη είναι σοβαρή [1 ] – [3]. Η αποτυχία για την επισκευή του DNA βλάβες θα είχε ως αποτέλεσμα τη γενετική αστάθεια και μια ποικιλία από γενετικά κληρονομικές διαταραχές, όπως ο καρκίνος. DDR μπορεί να προστατεύσει το κυτταρικό DNA από βλάβες με την πρόσληψη μιας σειράς DDR πρωτεΐνες που δρουν ως αισθητήρες, μετατροπείς, μεσολαβητές και τελεστές στην DDR. Ο καταρράκτης DDR ξεκινά με τους αισθητήρες που ανιχνεύουν τη ζημιά και να μεταφέρει το αρχικό μήνυμα προς τους μετατροπείς. Οι μετατροπείς, βοηθούμενος από τους μεσολαβητές, ενισχύουν το σήμα και το διαβιβάζει στους τελεστές, τα οποία εκτελούν διαφορετικούς ρόλους, όπως η επισκευή, σημείο ελέγχου ενεργοποίησης και εάν είναι απαραίτητο, απόπτωση [4].

Μεσολαβητής του DNA της πρωτεΐνης σημείου ελέγχου βλάβης 1 (MDC1), επίσης γνωστή ως Πυρηνικού Παράγοντα με ΒΑΟΤ τομείς 1 (NFBD1), είναι ένας σημαντικός παίκτης στην DDR που ρυθμίζει την ενεργοποίηση της φάσης ενδο-S και G2 /M σημεία ελέγχου του κυτταρικού φάση κύκλου σε απόκριση σε βλάβη του DNA [5 ], [6]. MDC1 majorly λειτουργεί ως μεσολαβητής στην ΑΑΕ, το οποίο διαμεσολαβεί την πρόσληψη άλλων πρωτεϊνών ΑΑΕ, όπως αταξία τηλαγγειεκτασία-μεταλλαγμένο (ΑΤΜ), τον Καρκίνο του Μαστού 1, πρώιμη έναρξη (BRCA 1), MRE11 /Rad50 /NBS1 (MRN) συγκρότημα, για να η θέση της βλάβης [7] – [10]. Πρόσφατες αποδείξεις έδειξαν επίσης ότι MDC1 έχει άμεσο ρόλο στην επιδιόρθωση του DNA διπλό σκέλος διαλείμματα (DSBs) συμμετέχοντας στα δύο μεγάλα μονοπάτια επιδιόρθωσης του DNA, το ομόλογο ανασυνδυασμό και μη-ομόλογο τέλος-που ενώνει απάντηση [11] – [13], και στην ενεργοποίηση του checkpoint21 decatenation και μίτωσης [14], [15]. Δυσλειτουργία του MDC1 έχει αναφερθεί ότι προκαλεί πολλαπλές διαταραχές [16], [17], όπως ελαττωματική σπερματογένεση [18]. Σήμερα, όλο και περισσότερες αποδείξεις υποστηρίζεται MDC1 να είναι ένας πιθανός καταστολέας όγκων με ρόλους στην επιδιόρθωση της βλάβης του DNA και την αναστολή της ανάπτυξης του όγκου [19] – [24]. MDC1 βρέθηκε να εκφράζεται ταπεινός σε διάφορους καρκίνους συμπεριλαμβανομένου του καρκίνου του πνεύμονα, καρκινώματα του μαστού [25] και γαστρικού καρκινώματος [26].

Ανθρώπινο

MDC

γονίδιο βρίσκεται στο χρωμόσωμα 6p21.3, μια περιοχή που έχει αναφερθεί ότι είναι ένας ευαίσθητος περιοχή του καρκίνου του πνεύμονα σε Ασιάτες με μια μελέτη γονιδιώματος σε επίπεδο σύνδεσης (GWAS) [27]. Προηγούμενες μελέτες έχουν δείξει ότι γενετικές παραλλαγές του

MDC1

συνδέθηκαν με τον ιό Epstein-Barr (EBV) τίτλοι αντισωμάτων στα κινέζικα και ακτινοευαισθησία στην αμερικανική [28], [29]. EBV και ραδιοευαισθησία είναι δύο παράγοντες υψηλού κινδύνου για καρκίνο του ανθρώπου, ως εκ τούτου, αυτές οι γενετικές παραλλαγές

MDC1

μπορεί επίσης να επηρεάσει την ευαισθησία του καρκίνου. Ωστόσο, η μελέτη για το θέμα αυτό εξακολουθεί να λείπει. πολυμορφισμών Single νουκλεοτιδίου (SNPs) που βρίσκονται στον υποκινητή ή εξόνια των γονιδίων έχουν δυναμικότητες επί επηρεάζουν γονιδιακή έκφραση ή λειτουργία, και έτσι να επηρεάσουν την ευαισθησία ανθρώπινων ασθενειών [30] – [32]. Στην παρούσα μελέτη, ελέγξαμε την υπόθεση ότι αυτές πιθανώς λειτουργική SNPs του

MDC1

συσχετίστηκαν με τον κίνδυνο καρκίνου του πνεύμονα βασίζεται σε μια μελέτη ασθενών-μαρτύρων σε δύο στάδια, και αξιολόγησε τη λειτουργία των πολλά υποσχόμενων SNPs με ανάλυση βιοπληροφορικής .

Υλικά και Μέθοδοι

Ηθική Δήλωση

Αυτή η μελέτη εγκρίθηκε από τα θεσμικά διοικητικά συμβούλια αναθεώρηση του Guangzhou Ιατρικού Πανεπιστημίου (Επιτροπή Δεοντολογίας της Guangzhou Ιατρικό Πανεπιστήμιο: GZMC2007-07-0676 ) και το Πανεπιστήμιο Soochow (Επιτροπή Δεοντολογίας του Πανεπιστημίου Soochow: SZUM2008031233). Όλοι οι συμμετέχοντες είχαν προγραμματιστεί για μια πρόσωπο με πρόσωπο συνέντευξη μετά ελήφθησαν γραπτή πληροφορημένες συγκαταθέσεις.

Μελέτη αντικείμενο

Αφού πήρε την επιδοκιμασία των θεσμικών συμβούλια αναθεώρηση του Guangzhou Ιατρικό Πανεπιστήμιο και το Πανεπιστήμιο Soochow, πραγματοποιήσαμε δύο ανεξάρτητες μελέτες ασθενών-μαρτύρων στη νότια κινεζική και την ανατολική κινεζική, αντίστοιχα. Όπως περιγράφεται στο προηγουμένως δημοσιευμένες μελέτες [33] – [35], 1056 ιστοπαθολογικά επιβεβαιωμένα κρούσματα καρκίνου του πνεύμονα και 1056 υγιείς μάρτυρες που ήταν η συχνότητα ταιριαστό με υποθέσεις σχετικά με την ηλικία (± 5) και το φύλο, συλλέχθηκαν στην πόλη Guangzhou και τη γύρω περιοχή? και 503 περιπτώσεις καρκίνου του πνεύμονα και 623 έλεγχοι συχνότητα ταιριαστό προσλήφθηκαν στην πόλη Suzhou. Η νότια κινεζική πληθυσμός χρησιμοποιήθηκε ως ένα σύνολο ανακάλυψη, ενώ οι ανατολικές κινεζική χρησιμοποιήθηκε ως ένα σύνολο επικύρωσης. Όλοι οι συμμετέχοντες είχαν προγραμματιστεί για μια πρόσωπο με πρόσωπο συνέντευξη μετά ελήφθησαν έγγραφη ενημερωμένη συγκατάθεση. Τους ζητήθηκε να παράσχουν στοιχεία σχετικά με την ηλικία, το φύλο, το κάπνισμα, το πακέτο-χρόνια καπνιστά, πίνοντας κατάσταση και το οικογενειακό ιστορικό καρκίνου με χρήση δομημένου ερωτηματολογίου, καθώς και ένα 5-ml δείγματος περιφερικού αίματος. Οι ορισμοί της ιδιότητας του καπνίσματος, πακέτα-έτη καπνιστά, την κατάσταση και το οικογενειακό ιστορικό καρκίνου του πόσιμου έχουν περιγραφεί στο παρελθόν δημοσιευμένες μελέτες [33] – [35].

επιλογή SNP και του γονότυπου

χρησιμοποίησε το FuncPred μπλοκ του Web Server SNPinfo (https://snpinfo.niehs.nih.gov/) για να επιλέξετε πιθανώς λειτουργική SNPs του

MDC1

με μια κοινή συχνότητα (δηλαδή, τα ανήλικα συχνότητα αλληλόμορφο, MAF & gt? 5%) στα κινέζικα. Βρήκαμε και επέλεξε πέντε SNPs που πληρούν το προαναφερθέν κριτήριο. Ήταν rs4713354A & gt? C (+ 39Α & gt? C: εντοπισμό στη θέση των αλληλουχιών cDNA 39), rs9262152G & gt? Α (Arg268Lys: προκαλώντας μια αλλαγή αμινοξέος από αργινίνη σε λυσίνη στη κωδικόνιο 268), rs2075015G & gt? Α (Glu371Lys: προκαλώντας μια αλλαγή αμινοξέος από Γλουταμινικό οξύ σε λυσίνη στη κωδικόνιο 371), rs28986465C & gt? T (Pro386Leu: προκαλώντας μια αλλαγή αμινοξέος από προλίνη λευκίνη στο κωδικόνιο 386), rs9461623T & gt? C (Ser1180Pro: προκαλώντας μια αλλαγή αμινοξέος από Σερίνη σε προλίνη στο κωδικόνιο 1180). Εμείς γονότυπος παραπάνω πέντε SNPs χρησιμοποιώντας τη δοκιμασία Taqman διάκριση αλληλόμορφων για το σύστημα ABI7900HT (Applied Biosystems από Life Technologies, Foster City, CA) με εκκινητές και ανιχνευτές σχεδιάζονται από το λογισμικό Primer Express 3.0 (Applied Biosystems από την Life Technologies). Οι εκκινητές και ανιχνευτές για κάθε SNP παρουσιάστηκαν στον Πίνακα S1 στο S1 αρχείου.

Η στατιστική ανάλυση

Η κατανομή συχνότητας του κάθε SNP γονοτύπων και Hardy-Weinberg ισορροπία (HWE) των SNPs σε ελέγχους, ελέγχθηκαν με τη δοκιμασία chi-square. Η αναλογία πιθανοτήτων (OR) και το διάστημα εμπιστοσύνης 95% (95% CI) εμπλέκουν συσχέτιση μεταξύ κάθε SNP του

MDC1

και τον κίνδυνο καρκίνου του πνεύμονα υπολογίστηκαν χρησιμοποιώντας την ανεπιφύλακτη μοντέλο λογιστικής παλινδρόμησης με ή χωρίς προσαρμογή για την ηλικία, το φύλο , το κάπνισμα κατάσταση, πίνοντας κατάσταση και το οικογενειακό ιστορικό καρκίνου. Η ένωση γονίδιο που βασίζεται ελέγχθηκε χρησιμοποιώντας το λογισμικό VEGAS [36]. Αλληλεπίδραση μεταξύ ελπιδοφόρα SNPs και επιλεγμένων παραγόντων που εκτιμήθηκε από την ανάλυση πολλαπλασιαστική αλληλεπίδραση [37]. Η ομοιογένεια των αποτελεσμάτων σε δύο σύνολα και σε υποομάδες ελέγχθηκε με τη δοκιμή Breslow-Day. Επιπλέον, η στατιστική ισχύς υπολογίστηκε με τη χρήση του PS Λογισμικού [38]. Όλες οι δοκιμασίες ήταν δύο όψεων με τη χρήση του λογισμικού SAS (έκδοση 9.2? SAS Institute, Cary, NC).

P

& lt?. 0.05 θεωρήθηκε στατιστικά σημαντική

Αποτελέσματα

Σύνδεσης μεταξύ

MDC1

SNPs και τον καρκίνο του πνεύμονα

κινδύνου

ο Πίνακας 1 δείχνει την κατανομή συχνότητας των πέντε SNPs σε περιπτώσεις και τους ελέγχους. Οι κατανομές γονότυπου όλων των SNPs στους ελέγχους της νότιας κινεζικής ήταν όλα σε συμφωνία με την ισορροπία Hardy-Weinberg (

P

& gt? 0,05 για όλους). Από τις πέντε SNPs, μόνο τους γονότυπους των rs4713354A & gt? C άσκησαν σημαντική διαφορά στην κατανομή συχνοτήτων μεταξύ των περιπτώσεων και των ελέγχων στο σύνολο ανακάλυψη (

P

= 0,006). Όπως φαίνεται, σε σύγκριση με τα άτομα που μεταφέρουν το κοινό γονότυπο rs4713354AA, εκείνοι που φέρουν το γονότυπο rs4713354CA και rs4713354CC γονότυπο υπήρχαν 1,32-πτυχώσεις (λόγος πιθανοτήτων [OR] = 1,32, 95% διάστημα εμπιστοσύνης [95% CI] = 1,08 έως 1,61) και 1.96- πτυχώσεις (OR = 1.96, 95% CI = 1,03 – 3,61) σε κίνδυνο καρκίνου του πνεύμονα, αντίστοιχα. Μετά από συνδυασμό των δύο γονότυπους του κινδύνου, η παραλλαγή rs4713354C γονότυπους (δηλαδή, CA + CC) παρέχει μια σημαντική αύξηση του κινδύνου καρκίνου του πνεύμονα (OR = 1,36, 95% CI = 1,12-1,65). Οι παραπάνω ενώσεις περαιτέρω επαλήθευση στην ανατολική κινεζική και τα αποτελέσματα ήταν συνεπή (δοκιμή Berslow-Day:

P

= 0,768), όπως φαίνεται στον πίνακα 1. Η κατανομή συχνοτήτων των γονότυπων rs4713354C ήταν υψηλότερη στις περιπτώσεις από ελέγχους το σύνολο επικύρωσης (33,2% έναντι 27,3%). Η διαφορά της συχνότητας του γονότυπου πλησίαζε σημαντική (

P

= 0,098). Εν τω μεταξύ, η παραλλαγή γονότυποι rs4713354C συνέβαλαν σε σημαντική αύξηση του κινδύνου για καρκίνο του πνεύμονα (OR = 1.32, 95% CI = 1,02 – 1,71) σε σύγκριση με το γονότυπο rs4713354AA. Στη συνέχεια συγχώνευσε τις δύο πληθυσμούς για να αυξήσει τη δύναμη της μελέτης. Βρήκαμε ότι τα άτομα που μεταφέρουν τα παραλλαγή γονότυπων rs4713354C είχε 1,33-πτυχώσεις αυξημένο κίνδυνο καρκίνου του πνεύμονα σε σύγκριση με εκείνους που φέρει τον γονότυπο rs4713354AA (OR = 1.33, 95% CI = 1,14 – 1,55). Η ανάλυση σύνδεσης βασίζεται σε γονίδιο προέκυψε επίσης ότι ο

MDC1

γονίδιο να συνδέεται με τον κίνδυνο καρκίνου του πνεύμονα με μια πλησιάζει στατιστική σημασία (

P

= 0,057) με βάση τα αποτελέσματα από παραπάνω πέντε SNPs, και το πιο σημαντικό συνδεδεμένων-SNP ήταν rs4713354A & gt? C (

P

= 0,003). Επιπλέον, οι κατανομές συχνότητας των δημογραφικών χαρακτηριστικών του συνόλου ανακάλυψη και σύνολο επικύρωσης παρουσιάζονται στον Πίνακα S2 σε S1 αρχείου

Η

ανάλυση Διαστρωμάτωση της σχέσης μεταξύ rs4713354A & gt?. C και του κινδύνου καρκίνου του πνεύμονα

Ο Πίνακας 2 δείχνει τις κατανομές των συχνοτήτων της rs4713354A & gt? C γονότυπους στις περιπτώσεις και τους ελέγχους και τις ενώσεις μεταξύ του SNP και του κινδύνου καρκίνου του πνεύμονα σε κάθε υπο-ομάδα στρωματοποιημένη από τους συγχυτικούς παράγοντες. Δεν παρατηρήθηκε σημαντική συσχέτιση μεταξύ του SNP rs4713354A & gt? C και του κινδύνου καρκίνου του πνεύμονα παρατηρήθηκε σε άτομα με πακέτα-έτη καπνιστό & lt? 20 ή ≥20 και σε άτομα με ιστορικό καρκίνου. Ωστόσο, αυτό μπορεί να οφείλεται στο περιορισμένου μεγέθους του δείγματος, διότι η δοκιμή ομοιογένεια έδειξε ότι δεν υπήρχε σημαντική διαφορά μεταξύ αυτών των κεράτινης-ΙΑΠ σε κάθε υπο-ομάδα (

P

& gt? 0,05 για όλους). Επιπλέον, δεν υπάρχει σημαντική αλληλεπίδραση παρατηρήθηκε για τις επιλεγμένες παραγόντων και την SNP στην αύξηση του κινδύνου καρκίνου του πνεύμονα (

P

& gt? 0,05 για όλους), η οποία μπορεί να οφείλεται σε έλλειψη ισχύος μελέτης για ανάλυση αλληλεπίδρασης. Επιπλέον, τα αποτελέσματα από την πολυμεταβλητή ανάλυση λογιστικής παλινδρόμησης έδειξε ότι το κάπνισμα και το γονότυπο κίνδυνο SNP rs4713354A & gt? C ήταν εξακολουθεί να συνδέεται με αυξημένο κίνδυνο καρκίνου του πνεύμονα, όπως φαίνεται στον Πίνακα 3 (

P

& lt? 0,001 για τα δύο) .

Η

γονοτύπου-φαινοτύπου συσχέτιση με βιοπληροφορική ανάλυση

το SNP rs4713354A & gt? C βρίσκεται στο 5′-αμετάφραστη περιοχή (5′-UTR) του

MDC1

γονίδιο, μπορεί να επηρεάσει τη δραστηριότητα μεταγραφή του

MDC1

υποκινητή. Ως εκ τούτου, πραγματοποιήθηκε η βιοπληροφορική ανάλυση για να διερευνηθεί η πιθανή λειτουργία αυτού του SNP στην έκφραση MDC1. Με την υποβολή ερωτήματος στην βάση δεδομένων Snpexp (https://app3.titan.uio.no/biotools/tool.php?app=snpexp), βρήκαμε μια σημαντική συσχέτιση μεταξύ της rs4713354A & gt? C γονότυπους και τα επίπεδα έκφρασης του mRNA της MDC1 σε 260 περιπτώσεις λεμφοβλαστοειδή κύτταρα σε κάθε πληθυσμό κάτω από το κυρίαρχο γενετικό μοντέλο (

P

= 0,002). Κύτταρα που φέρουν τους γονότυπους παραλλαγή rs4713354C εκφράζεται σημαντικά χαμηλότερα επίπεδα mRNA του MDC1 (CA: 9,066 ± 0,184? CC: 9.030 ± 0.185) από τα κύτταρα που φέρουν το γονότυπο rs4713354AA (9.138 ± 0.237). Χρησιμοποιήσαμε περαιτέρω το διακομιστή Web SNPinfo (https://snpinfo.niehs.nih.gov/) για να προβλεφθεί η πιθανή μοριακός μηχανισμός αυτής της SNP επί επηρεάζουν γονιδιακή έκφραση και διαπίστωσε ότι η Α έως Γ transvertion του rs4713354A & gt? C θα έχει ως αποτέλεσμα μια απώλεια των θέσεων δέσμευσης των τριών μεταγραφικών παραγόντων (ΤΡ) που είναι CEBPA, CEBP και NR2F2.

Συζήτηση

Πολλαπλές αποδείξεις υποστήριξε ότι το

MDC1

γονίδιο να είναι ένας πιθανός όγκος καταστολέα ανάπαυσης με ουσιαστικό ρόλο της στην επιδιόρθωση της βλάβης του DNA και τις αλληλεπιδράσεις του με πολλά σημαντικά γονίδια των όγκων που σχετίζονται, όπως Ρ53, NBS1 και 53BP1 [19] – [24], [39], [40]. Εδώ, βρήκαμε ότι το SNP rs4713354A & gt? Γ

MDC1

σχετίστηκε με τον κίνδυνο καρκίνου του πνεύμονα στην κινεζική. Οι γενότυποι παραλλαγή rs4713354C θα μπορούσε να προκαλέσει μια χαμηλή έκφραση του MDC1

in vivo

και έτσι συνέβαλαν σε αυξημένο κίνδυνο καρκίνου του πνεύμονα. Ωστόσο, εμείς δεν βρούμε σημαντικές συσχετίσεις μεταξύ άλλων τέσσερις πιθανώς λειτουργική SNPs του

MDC1

και πνεύμονα τον κίνδυνο εμφάνισης καρκίνου. Περαιτέρω ανάλυση υποστήριξε την

MDC1

γονίδιο να είναι ένα γονίδιο ευπαθή και rs4713354A & gt? C να είναι μια επιδεκτική loci του καρκίνου του πνεύμονα. Για το καλύτερο της γνώσης μας, αυτή είναι η πρώτη έκθεση σχετικά με γενετικές παραλλαγές του

MDC1

και την ευαισθησία του καρκίνου.

Η ανώμαλη μείωση ή έλλειψη MDC1 παρατηρήθηκε σε ιστούς του καρκίνου του πνεύμονα [25], και προς τα κάτω ρύθμιση της έκφρασης MDC1 σε καρκινικά κύτταρα του πνεύμονα θα μπορούσε να οδηγήσει σε ελαττωματικές προκαλούμενη από ακτινοβολία απόπτωση [41]. Επιπλέον, το cantharidin τοξίνη μπορεί να προκαλέσει βλάβες στο DNA μέσω αναστολής της έκφρασης MDC1 στον καρκίνο του πνεύμονα κύτταρα [42]. Έτσι, η έκφραση απώλεια MDC1 αποτελεί σημαντική προϋπόθεση κατά τη διάρκεια των πνευμόνων καρκινογένεση. Το SNP rs4713354A & gt? C βρίσκεται στο 5′-UTR του

MDC1

, μια περιοχή γενικά αναγνωρίζεται ως προαγωγός ή εξονικές στοιχείο ματίσματος των γονιδίων. αναλύσεις βιοπληροφορικής έδειξε ότι το Α έως Γ transvertion της rs4713354A & gt? C προκαλεί απώλεια των θέσεων των τριών ΤΡ που είναι CEBPA, CEBP και NR2F2 δεσμευτική, και οι γονότυποι παραλλαγή rs4713354C ασκούν μια μειωμένη έκφραση MDC1

in vivo

. Αυτό είναι συνεπής στην βιολογική αληθοφάνεια με την παρατήρηση μας γονότυπων παραλλαγή rs4713354C παρέχει αυξημένο κίνδυνο καρκίνου του πνεύμονα. Είναι ενδιαφέρον, όχι μόνο οι τρεις ΤΡ περιλαμβάνει την ανάπτυξη του καρκίνου του πνεύμονα [43] – [45], αλλά επίσης CEBPA διαδραματίζει σημαντικό ρόλο στον κυτταρικό κύκλο [46]. Είναι πιθανό ότι τα δύο μόρια, CEBPA και MDC1 θα μπορούσε να έχει ένα cross-talk για τη ρύθμιση του κυτταρικού κύκλου, η οποία χρειάζεται περαιτέρω μελέτη.

Λίγες μελέτες έχουν διερευνήσει τη σχέση μεταξύ

MDC1

SNPs και του κινδύνου των ανθρωπίνων ασθενειών. Ωστόσο, τα αποτελέσματα ήταν αμφιλεγόμενα. Ένα συνώνυμο παραλλαγή του

MDC1

αναφέρθηκε ότι σχετίζεται με αυξημένη ραδιοευαισθησία αλλά όχι κίνδυνο καρκίνου του προστάτη [29]. Μια κινεζική μελέτη ανέφεραν μια παραλλαγή αλληλόμορφου του

MDC1

παρουσίασαν σημαντική συσχέτιση με EBV οροθετικότητας [28]. Ένας Καυκάσιος μελέτη ανέφερε καμία παραλλαγή του

MDC1

σχετίστηκε με τον κίνδυνο καρκίνου του μαστού, καθώς και επιπτώσεις που βλάπτουν το DNA της ακτινοθεραπείας [47]. Ωστόσο, οι παραπάνω μελέτες ήταν όλοι έλλειψη δύναμης μελέτη λόγω του περιορισμένου μεγέθους του δείγματος τους. Στην παρούσα μελέτη, η οποία βασίζεται σε μια μελέτη ασθενών-μαρτύρων σε δύο στάδια με σχετικά μεγάλο μέγεθος του δείγματος, δείξαμε ότι ένα SNP υποκινητή του

MDC1

συνέβαλαν σε σημαντική αύξηση του κινδύνου καρκίνου του πνεύμονα στην κινεζική. Η ισχύς της μελέτης ήταν ισχυρή στην παρούσα μελέτη, καθώς πετύχαμε μια δύναμη 94,47% μελέτης (δοκιμή διπλής όψης, α = 0,05) για την ανίχνευση ενός ή του 1,33 για τους γονότυπους παραλλαγή rs4713354C, η οποία επήλθε σε συχνότητα 24,7% στην ελέγχους. Περαιτέρω ανάλυση με βάση τα αποτελέσματα από τις πέντε πιθανώς λειτουργική SNPs του

MDC1

πρότεινε

MDC1

να είναι ένα ευαίσθητο γονίδιο για τον καρκίνο του πνεύμονα.

Από τη μελέτη μας ήταν μια νοσοκομειακές με βάση μελέτη ασθενών-μαρτύρων, είχε κάποιους περιορισμούς, όπως η προκατάληψη, συμπεριλαμβανομένων μεροληψία επιλογής και προκατάληψη πληροφορίες. Αυτά μπορεί να προκαλέσουν ψευδείς συσχετίσεις μεταξύ των μελετηθεί SNPs και τον κίνδυνο εμφάνισης καρκίνου. Ωστόσο, τέσσερα σημεία που υποστηρίζονται τα αποτελέσματά μας δεν επιτεύχθηκαν κατά τύχη και η σημαντική συσχέτιση ήταν αξιόπιστη. Το πρώτο ήταν ότι πετύχαμε δύο σταθερά αποτελέσματα σε δύο ανεξάρτητους πληθυσμούς. Το δεύτερο ήταν ότι έχουμε επιτύχει μια ισχυρή δύναμη μελέτη. Η τρίτη ήταν ότι οι βιοπληροφορική αναλύσεις έδειξαν μια συνέπεια στη βιολογική αληθοφάνεια με την παρατήρηση μας. Επιπλέον, τα αποτελέσματα από την κινεζική GWAS έδειξε επίσης ότι η συχνότητα των rs4713354A & gt? C γονότυπων ήταν διαφορετική μεταξύ των περιπτώσεων και των ελέγχων με πλησιάζει στατιστική σημασία (

P

= 0,078) [48]

. Συμπερασματικά, τα δεδομένα μας έδειξαν ότι το SNP υποκινητή rs4713354A & gt? Γ

MDC1

και το

MDC1

γονίδιο που σχετίζεται με τον κίνδυνο καρκίνου του πνεύμονα στην κινεζική επηρεάζοντας την έκφραση MDC1. Τόσο το SNP rs4713354A & gt? C και

MDC1

θα μπορούσε να είναι μια γενετική βιοδείκτη για την ευαισθησία του καρκίνου του πνεύμονα στην κινεζική. Οι επικυρώσεις με μεγαλύτερες μελέτες με βάση τον πληθυσμό σε διαφορετικές εθνοτικές ομάδες δικαιολογημένη.

Υποστήριξη Πληροφορίες

αρχείου S1.

doi: 10.1371 /journal.pone.0106794.s001

(DOC)

Πίνακα S1.

Οι εκκινητές και ανιχνευτές για τις πέντε υποθετικά λειτουργικές SNPs της MDC1

doi:. 10.1371 /journal.pone.0106794.s002

(DOC)

Πίνακας S2.

κατανομές συχνότητας των επιλεγμένων μεταβλητών στις περιπτώσεις και τους ελέγχους

doi:. 10.1371 /journal.pone.0106794.s003

(DOC)

Ευχαριστίες

Σας ευχαριστούμε Dr. Zhanhong Xie, κα Wanmin Zeng και Ling Liu για τη χορήγηση ενισχύσεων τους σε θέματα προσλήψεων.