Αφηρημένο

Για να εξερευνήσετε τα πρότυπα της γονιδιακής έκφρασης σε καρκίνο του στομάχου, συνολικά 26 ζεύγη γαστρικού καρκίνου και μη καρκινικούς ιστούς από ασθενείς τυχαιοποιήθηκαν για αναλύσεις μικροσυστοιχιών γονιδιακής έκφρασης. μεθόδους Limma εφαρμόστηκαν για την ανάλυση των δεδομένων, καθώς και γονίδια που θεωρήθηκαν σημαντικά διαφορικά εκφρασμένων αν η False Discovery Rate (FDR) αξία ήταν & lt? 0.01,

P

-τιμή WAS & lt? 0.01 και η πολλαπλή μεταβολή (FC) ήταν & gt? 2. Στη συνέχεια, Gene Οντολογία (GO) κατηγορίες χρησιμοποιήθηκαν για να αναλύσει τις κύριες λειτουργίες των διαφορικά εκφρασμένων γονιδίων. Σύμφωνα με την Εγκυκλοπαίδεια του Κιότο γονιδίων και γονιδιωμάτων (KEGG) βάση δεδομένων, βρήκαμε μονοπάτια σημαντική συσχέτιση με τα διαφορικά γονίδια. δίκτυο δίκτυο και συν-γονιδιακή έκφραση-Act κτίστηκαν αντίστοιχα με βάση τις σχέσεις μεταξύ των γονιδίων, πρωτεϊνών και ενώσεων στη βάση δεδομένων. 2371 mRNAs και 350 lncRNAs θεωρούνται σημαντικά διαφορικά εκφραζόμενα γονίδια επιλέχθηκαν για την περαιτέρω ανάλυση. Ο Συνήγορος του Πολίτη κατηγορίες, οδός αναλύει και το δίκτυο Gene-Act έδειξε ένα συνεπές αποτέλεσμα να ρυθμίζεται προς τα πάνω γονίδια ήταν υπεύθυνοι για την καρκινογένεση, τη μετανάστευση, την αγγειογένεση και το σχηματισμό μικροπεριβάλλον, ενώ κάτω-ρυθμίζονται γονίδια που εμπλέκονται στο μεταβολισμό. Τα αποτελέσματα αυτής της μελέτης παρέχουν κάποια νέα ευρήματα σχετικά με την κωδικοποίηση RNAs, lncRNAs, μονοπάτια και το δίκτυο συν-έκφραση σε καρκίνο του στομάχου το οποίο θα είναι χρήσιμο να καθοδηγήσει την περαιτέρω έρευνα και τη θεραπεία στοχεύουν για την ασθένεια αυτή

Παράθεση:. Li H , Yu B, Li J, Su L, Γιαν Μ, Zhang J, et al. (2015) Χαρακτηρισμός των διαφορικά εκφρασμένων γονιδίων που εμπλέκονται σε οδών που συνδέονται με γαστρικού καρκίνου. PLoS ONE 10 (4): e0125013. doi: 10.1371 /journal.pone.0125013

Ακαδημαϊκό Επιμέλεια: Francisco J. Esteban, Πανεπιστήμιο της Χαέν, Ισπανία

Ελήφθη: 9 Νοέμ 2014? Αποδεκτές: 6 Μαρτίου 2015? Δημοσιεύθηκε: 30 Απριλίου 2015

Copyright: © 2015 Li et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Δεδομένα Διαθεσιμότητα: Όλα τα σχετικά δεδομένα είναι εντός του Υποστηρίζοντας αρχεία πληροφοριών του χαρτιού και. Όλα τα αρχεία μικροσυστοιχιών είναι διαθέσιμα από την έκφραση NCBI Gene Omnibus (GEO) βάση δεδομένων (αριθμός ένταξης «GSE65801»? https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE65801).

Χρηματοδότηση: το έργο υποστηρίχθηκε από επιχορηγήσεις για ανάλυση από το Εθνικό Ίδρυμα Φυσικών Επιστημών της Κίνας [No. 81172324, 91229106 Νο, Νο 81272749, 81372231 και Νο], Επιστήμης και Τεχνολογίας της Επιτροπής του Δήμου Σαγκάης [No. 13ZR1425600], και τα βασικά σχέδια στο Εθνικό Επιστημονικό & amp? Πρόγραμμα τεχνολογίας πυλώνα της Κίνας (Αρ 2014BAI09B03). Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

Γαστρικό καρκίνο (GC) είναι ένας από τους πιο κοινούς καρκίνους παγκοσμίως, και η επίδρασή του είναι ιδιαίτερα υψηλή στην Ανατολική Ασία, ιδίως στην Κίνα. Περίπου 952.000 νέες περιπτώσεις καρκίνου του στομάχου διαγνώστηκαν σε όλο τον κόσμο το 2012, και τα μισά από αυτά συνέβησαν στην Ανατολική Ασία (κυρίως στην Κίνα) [1]. Στην Κίνα, η πλειοψηφία των ασθενών με GC διαγιγνώσκονται σε προχωρημένο στάδιο με κακή πρόγνωση. Ως εκ τούτου, αποσαφήνιση των μοριακών μηχανισμών που διέπουν την εξέλιξη της GC είναι απαραίτητη για τον εντοπισμό των βασικών βιοδείκτες και την ανάπτυξη αποτελεσματικών στοχευμένων θεραπειών.

Κατά την τελευταία δεκαετία, μικροσυστοιχίες γονιδιακή έκφραση έχουν γίνει ένα κοινό εργαλείο για την εξέταση των επιπέδων μεταγραφής γονιδίων στην έρευνα για τον καρκίνο. δεδομένα μικροσυστοιχιών χρησιμοποιείται για ένα ευρύ φάσμα των αναλύσεων, όπως χωρίς επίβλεψη ομαδοποίηση, ταξινόμηση, ανάλυση διαφορικής έκφρασης, και χαρτογράφηση της έκφρασης των γονιδίων ποσοτικών χαρακτήρων [2]. Το μόνο που δεν βοηθά στον εντοπισμό των βασικών δυσλειτουργική γονιδίων στον καρκίνο, αλλά παρέχει πληροφορίες γονιδίωμα-ευρεία στη γονιδιακή έκφραση σε ένα χρόνο, καθώς και [3,4]. Σε αυτή τη μελέτη, πραγματοποιήσαμε ένα γονιδίωμα-ευρεία έρευνα της έκφρασης του lncRNAs και mRNA από ζευγαρωμένα δείγματα πρωτογενούς γαστρικού καρκινικούς ιστούς και noncancerous ιστούς, στο προφίλ των διαφορικά εκφρασμένων lncRNAs και κωδικοποίησης RNAs. Μελέτη αυτών των δεδομένων θα παρέχει πολύτιμες πληροφορίες σχετικά με το μηχανισμό της καρκινογένεσης και θα επιτρέψει την ανακάλυψη των βασικών γονιδίων που μπορούν να ενεργούν ως μελλοντικοί στόχοι της θεραπείας κατά του καρκίνου.

Μέθοδοι και Υλικά