Αφηρημένο

Μια καθολική υποψήφιος καρκίνο βιοδεικτών για τη διάγνωση είναι υποτιθέμενο για να διακρίνει, μέσα σε ένα ευρύ φάσμα των όγκων, μεταξύ υγιών και ασθενών ασθενείς. Πρόσφατα δημοσιευμένες μελέτες έχουν διερευνήσει την καθολική χρησιμότητα κάποιων βιοδεικτών σε ανθρώπινους όγκους. Σε αυτή τη μελέτη, παρουσιάζουμε μια ολοκληρωμένη προσέγγιση για να αναζητήσουν πιθανούς βιοδείκτες κοινή μορφή καρκίνου. Χρησιμοποιώντας το TFactS web-εργαλείο με έναν κατάλογο των πειραματικά θεσπίσει κανονισμούς γονίδιο, θα μπορούσαμε να προβλέψουμε μεταγραφικών παραγόντων (ΤΡ) ρυθμίζεται σε 305 διαφορετικές ανθρώπινες καρκινικές κυτταρικές σειρές που καλύπτουν ένα μεγάλο πίνακα των τύπων όγκων. Εντοπίσαμε επίσης χρωμοσωμικές περιοχές που έχουν διακύμανση σημαντικό αριθμό αντιγράφων (CNV) σε αυτές τις κυτταρικές σειρές. Εντός του πεδίου εφαρμογής του καταλόγου TFactS, 88 TFs των οποίων η δραστηριότητα κατάστασης εξηγούνται από το γονίδιο εκφράσεις τους και CNVs εντοπίστηκαν. ελάχιστη συνδεδεμένου δικτύου τους (MCN) των αλληλεπιδράσεων πρωτεΐνης-πρωτεΐνης σχηματίζει μία σημαντική μονάδα μέσα στο ανθρώπινο επιμέλεια TF πρωτεώματος. Λειτουργική ανάλυση των πρωτεϊνών που περιλαμβάνονται στην παρούσα MCN αποκάλυψε εμπλουτισμό σε μονοπάτια του καρκίνου καθώς και φλεγμονή. Οι δέκα πιο κεντρικές πρωτεΐνες στο MCN είναι TFs που trans-ρυθμίζουν 157 γνωστά γονίδια που κωδικοποιούν εκκρίνονται και διαμεμβρανικές πρωτεΐνες. Σε δημόσια διαθέσιμες συλλογές δεδομένων γονιδιακής έκφρασης από 8.525 ιστούς ασθενών, 86 γονίδια διαφορικά ρυθμίζονται σε καρκίνο σε σύγκριση με φλεγμονώδεις νόσους και τους ελέγχους. Από TCGA σύνολα δεδομένων γονιδιακής έκφρασης του καρκίνου, 50 γονίδια συσχετίστηκε σημαντικά για την επιβίωση του ασθενούς σε τουλάχιστον έναν τύπο όγκου. Εμπλουτισμός ανάλυση δείχνει ότι αυτά τα γονίδια αλληλεπιδρούν μηχανιστικά κοινά μονοπάτια του καρκίνου. Μεταξύ αυτών των υποψηφίων καρκίνος βιοδεικτών, TFRC, ΜΕΤ και VEGFA συνήθως ενισχυμένα γονίδια σε όγκους και κωδικοποιημένες πρωτεΐνες τους χρωματίστηκαν θετικά σε περισσότερες από 80% των κακοηθειών από δημόσιες βάσεις δεδομένων. Συνδέονται με την αγγειογένεση και υποξία, οι οποίες είναι κοινές σε καρκίνο. Θα μπορούσε να είναι ενδιαφέρουσα για περαιτέρω έρευνες στον καρκίνο διαγνωστικές στρατηγικές

Παράθεση:. Essaghir Α, Demoulin J-Β (2012) Μια ελάχιστη Συνδεδεμένο Δίκτυο των μεταγραφικών παραγόντων Ρυθμιζόμενες σε ανθρώπινους όγκους και η εφαρμογή της στην Quest για την Universal Καρκίνου Biomarkers. PLoS ONE 7 (6): e39666. doi: 10.1371 /journal.pone.0039666

Επιμέλεια: Paolo Provero, Πανεπιστήμιο του Τορίνο, Ιταλία

Ελήφθη: 6, Φεβρουαρίου, 2012? Αποδεκτές: 25 Μαΐου του 2012? Δημοσιεύθηκε: 25 Ιουνίου, 2012