Αφηρημένο

Η έλλειψη συγκεκριμένων συμπτωμάτων στα πρώιμα στάδια του όγκου, σε συνδυασμό με την υψηλή βιολογική επιθετικότητα του όγκου συμβάλλουν στην υψηλό ποσοστό θνησιμότητας για τον καρκίνο του παγκρέατος (PC), η οποία έχει ποσοστό πενταετούς επιβίωσης λιγότερο από 5%. Βελτιωμένη προσυμπτωματικού ελέγχου για έγκαιρη διάγνωση, μέσω της ανίχνευσης των διαγνωστικών και προγνωστικών βιοδεικτών παρέχει την καλύτερη ελπίδα για την αύξηση του ποσοστού των θεραπευτικά χειρουργήσιμη καρκινωμάτων. Αν και πολλοί δείκτες στον ορό έχουν αναφερθεί ότι είναι αυξημένα σε ασθενείς με PC, μέχρι στιγμής, οι περισσότερες από αυτές τις ενδείξεις, δεν έχουν εφαρμοστεί σε κλινικές ρουτίνα λόγω της χαμηλής ευαισθησίας ή ειδικότητας. Σε αυτή τη μελέτη, έχουμε εντοπίσει γονίδια που υπερεκφράζονται σημαντικά σε PC, μέσω μιας μετα-ανάλυση μεγάλου αριθμού συνόλων δεδομένων μικροσυστοιχίας. Έχουμε αποδείξει ότι οι βιολογικές λειτουργίες αποδίδονται σε αυτά τα γονίδια είναι σαφώς συνδέονται με υπολογιστή και μετάσταση, και ότι ότι αυτά τα γονίδια εμφανίζουν μια ισχυρή σύνδεση με οδών που εμπλέκονται με φλεγμονή και την ανοσολογική απόκριση. Αυτή η έρευνα απέδωσε νέους στόχους για τα γονίδια του καρκίνου, και το δυναμικό βιοδείκτες για τον καρκίνο του παγκρέατος. Η λίστα υποψηφίων των γονιδίων του καρκίνου περιλαμβάνει γονίδια πρωτεϊνικής κινάσης, τα νέα μέλη των οικογενειών γονιδίων που συνδέονται σήμερα με τον υπολογιστή, καθώς και γονίδια που δεν έχουν προηγουμένως συνδεθεί με τον υπολογιστή. Σε αυτή τη μελέτη, είμαστε επίσης σε θέση να προχωρήσουμε προς την ανάπτυξη μιας υπογραφής για μεθυλιωμένος γονίδια, η οποία θα μπορούσε να είναι χρήσιμη για την έγκαιρη ανίχνευση του υπολογιστή. Δείχνουμε επίσης ότι τα σημαντικά ρυθμισμένη προς τα πάνω από 800 γονίδια στην ανάλυσή μας μπορεί να χρησιμεύσει ως ένα εμπλουτισμένο πισίνα για βιοδείκτες ιστού και πρωτεΐνης ορού σε καρκίνο του παγκρέατος

Παράθεση:. Goonesekere NCW, Wang Χ, Ludwig L, Γκούντα C (2014 ) Ένα Meta Ανάλυση του παγκρέατος μικροσυστοιχιών Σύνολα Αποδόσεις Νέα Στόχοι ως γονίδια του καρκίνου και Biomarkers. PLoS ONE 9 (4): e93046. doi: 10.1371 /journal.pone.0093046

Επιμέλεια: Jörg Δ Hoheisel, Deutsches Krebsforschungszentrum, Γερμανία

Ελήφθη: 6, Ιούν, 2013? Αποδεκτές: 28 Φεβ 2014? Δημοσιεύθηκε: 16, Απριλίου, 2014

Copyright: © 2014 Goonesekere et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Οι συγγραφείς δεν έχουν καμία υποστήριξη ή χρηματοδότηση για να αναφέρετε

Αντικρουόμενα συμφέροντα:. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

Ο καρκίνος του παγκρέατος (PC) είναι μια ιδιαίτερα θανατηφόρα κακοήθεια. , και οι ασθενείς με PC έχουν ποσοστό επιβίωσης 5 ετών μικρότερη από 5% [1]. Έτσι, ακόμη και αν η συχνότητα εμφάνισης του καρκίνου του μαστού εκτιμάται ότι είναι 5 φορές μεγαλύτερο από το PC, τα ετήσια ποσοστά θανάτου είναι συγκρίσιμα [2]. Σε σχεδόν 95% των ασθενών PC δεν υπάρχουν ούτε συνδέονται οικογενειακό ιστορικό PC ούτε από ασθένειες που είναι γνωστό ότι σχετίζονται με αυξημένο κίνδυνο PC [3]. Η έλλειψη συγκεκριμένων συμπτωμάτων στα πρώιμα στάδια του όγκου, σε συνδυασμό με την υψηλή βιολογική επιθετικότητα του όγκου και την αντίσταση σε κυτταροτοξικά φάρμακα συμβάλλουν όλοι στο υψηλό ποσοστό θνησιμότητας των PC.

Αυτή η μελέτη έχει κίνητρο από δύο λόγους. Η πρώτη είναι να συμβάλλει στην κατανόηση της θεμελιώδους αιτιολογίας ασθένεια του PC με τον εντοπισμό νέων γονιδίων υποψήφιος καρκίνου σε καρκίνο του παγκρέατος. Οι μεταλλάξεις που βρέθηκαν σε ένα γονιδίωμα καρκινικών κυττάρων έχουν γενικά συσσωρευτεί κατά τη διάρκεια ζωής του ασθενούς με καρκίνο και συνήθως αριθμός μεταξύ 1.000-10.000 [4]. Για PC, αλληλουχίας exome αποκάλυψε ότι ο μέσος αριθμός των μεταλλάξεων στα εξόνια είναι περίπου 60 [5]. μεταλλάξεις οδηγού [6] προσδίδουν πλεονέκτημα ανάπτυξης για τα κύτταρα που φέρουν τους και επιλέγονται θετικά για κατά τη διάρκεια της εξέλιξης του καρκίνου. Έχει προταθεί ότι η κοινή ενήλικος επιθηλιακών καρκίνων απαιτείται η ενεργοποίηση του μεταξύ 5-20 τέτοιων γονιδίων οδηγός [7], [8]. Η ταυτοποίηση των μεταλλάξεων του οδηγού και τα γονίδια του καρκίνου που μεταβάλλουν υπήρξε κεντρικός στόχος της έρευνας για τον καρκίνο? Μέχρι στιγμής, περίπου 500 (2%) των 22.000 γονιδίων που κωδικοποιούν πρωτεΐνες στο ανθρώπινο γονιδίωμα έχει αναφερθεί ότι εμφανίζουν επαναλαμβανόμενες μεταλλάξεις σε καρκίνο με ισχυρές ενδείξεις ότι αυτά συμβάλλουν στην ανάπτυξη του καρκίνου [9] (https://www.sanger.ac .uk /γενετική /ΑΕΔ /Απογραφή /). Ωστόσο, μελέτες σε ποντίκια έχουν δείξει ότι πάνω από 2.000 γονίδια, όταν κατάλληλα μεταβληθεί, μπορεί να έχουν τη δυνατότητα να συμβάλλουν στην ανάπτυξη του καρκίνου [10] δείχνει ότι η έρευνα για τα γονίδια του καρκίνου δεν έχει τελειώσει. Μια ολοκληρωμένη πρωτόκολλο θεραπείας για τον καρκίνο του παγκρέατος θα απαιτούσε πρώτα, την αναγνώριση όλων των γονιδίων του καρκίνου, και το επόμενο, την ικανότητα να ρυθμίζουν την λειτουργία αυτών των γονιδίων μέσω θεραπευτική παρέμβαση. Τα τελευταία χρόνια, οι πρωτεΐνες μεταβάλλονται από μεταλλάξεις οδηγού έχουν γίνει στόχοι για την επιτυχή ανάπτυξη αντικαρκινικών φαρμάκων [11] – [13].

Η δεύτερη ώθηση για τη μελέτη αυτή προέρχεται από την σπανιότητα των βιοδεικτών σε PC [14], [15]. Βελτιωμένη προσυμπτωματικού ελέγχου για έγκαιρη διάγνωση, μέσω της ανίχνευσης των διαγνωστικών και προγνωστικών βιοδεικτών, παρέχει την καλύτερη ελπίδα για την αύξηση του ποσοστού των θεραπευτικά χειρουργήσιμη καρκινωμάτων. Για παράδειγμα, η ανάλυση των δεδομένων αλληλουχίας πρότεινε ότι το χρονικό πλαίσιο από την έναρξη της παγκρεατικού όγκου στην ανάπτυξη των μεταστατικών υποκλώνων θα μπορούσε να είναι περισσότερο από δέκα χρόνια [16]. Αν και πολλοί δείκτες ορού έχει αναφερθεί να είναι αυξημένα σε ασθενείς με καρκίνο του παγκρέατος, μέχρι σήμερα, οι περισσότερες από αυτές τις ενδείξεις, δεν έχουν εφαρμοστεί σε κλινικές ρουτίνα λόγω της χαμηλής ευαισθησίας ή ειδικότητας [14] με την εξαίρεση του CA 19-9 [17] .

Η μετα-ανάλυση των συνόλων δεδομένων μικροσυστοιχιών αποτελείται από τη χρήση στατιστικών τεχνικών για να συνδυάσει τα αποτελέσματα από διάφορες μελέτες, προκειμένου να αυξηθεί η στατιστική ισχύς και γενίκευσης σε σύγκριση με οποιαδήποτε μεμονωμένη μελέτη [18]. Αυτό διευθύνσεις, σε κάποιο βαθμό, τα θέματα των βιολογικών και τεχνικών παραλλαγές, οι οποίες μπορούν να έχουν σημαντική επίδραση στις μετρήσεις των μικροσυστοιχιών [19]. Η προηγούμενη μετα-ανάλυση των συνόλων δεδομένων μικροσυστοιχιών στο PC διεξήχθη σχεδόν μια δεκαετία πριν από Grutzman και οι συνεργάτες του [20], και η ανάλυση περιορίστηκε σε μερικές χιλιάδες γονίδια.

Στην παρούσα μελέτη, εξετάσαμε τη διαφορική γονιδιακή πρότυπα έκφρασης που αναπαράγονται σε όλη σύνολα δεδομένων, για να δημιουργήσετε ένα ιεραρχημένο κατάλογο των γονιδίων υπερεκφράζεται σε PC. Έχουμε εστιάσει την προσοχή μας μόνο σε γονίδια που υπερεκφράζονται, δεδομένου ότι περίπου το 80% των γονιδίων καρκίνου είναι κυρίαρχη ενεργούν [4] είτε μέσω υπερέκφρασης ή συστατική ενεργοποίηση του γονιδιακού προϊόντος. Σε αυτή τη μελέτη, έχουμε ανιχνεύεται εκατοντάδες γονίδια που ήταν σημαντικά ρυθμισμένη προς τα πάνω σε καρκίνο του παγκρέατος. Ο κατάλογος των υπερεκφράζεται γονιδίων περιλαμβάνουν γονίδια που δεν έχουν προηγουμένως συνδέεται με υπολογιστή, καθώς και νέα μέλη των οικογενειών γονιδίων που έχουν συσχετιστεί με τον υπολογιστή. Έχουμε επίσης προσδιορίσει δεκάδες γονίδια κινάσης που κωδικοποιούν υπερεκφράζεται στον καρκίνο του παγκρέατος, τα οποία είναι εν δυνάμει θεραπευτικοί στόχοι για PC. Σε αυτή τη μελέτη, είμαστε επίσης σε θέση να προχωρήσουμε προς την ανάπτυξη μιας υπογραφής για μεθυλιωμένος γονίδια, η οποία θα μπορούσε να είναι χρήσιμη για την έγκαιρη ανίχνευση του υπολογιστή. Μπορούμε επίσης να βρείτε ότι περίπου το ένα τρίτο των θεωρούμενων βιοδεικτών του ορού πρωτεΐνης μέχρι στιγμής εντοπιστεί για PC είναι, στην πραγματικότητα, σημαντικά υπερεκφράζεται στην ανάλυσή μας, υποδεικνύοντας ότι τα αποτελέσματά μας θα μπορούσε να χρησιμεύσει ως πηγή για περαιτέρω πειραματικές μελέτες, στην προσπάθεια για την αποτελεσματική βιοδείκτες για PC.

Υλικά και Μέθοδοι

Ο καρκίνος του παγκρέατος σύνολα δεδομένων μικροσυστοιχιών

Εννέα παγκρέατος σύνολα δεδομένων καρκίνου στην Oncomine βάση δεδομένων [21], η οποία περιείχε μια διαφορική ανάλυση του καρκίνου του παγκρέατος έναντι κανονικών δειγμάτων , συμπεριλήφθηκαν αυτή τη μελέτη (Πίνακας 1). Oncomine [21] είναι η πιο ολοκληρωμένη καρκίνο ειδική βάση δεδομένων, τη στιγμή που περιέχει 628 σύνολα δεδομένων ερευνά 35 τύπους όγκων (Oncomine 4.4 Research Edition). Το πλεονέκτημα της χρήσης σύνολα δεδομένων από Oncomine είναι ότι πριν από την ένταξη στην Oncomine, τα σύνολα δεδομένων μικροσυστοιχιών (που λαμβάνονται από δημόσιους πόρους, όπως το Στάνφορντ Microarray βάσης δεδομένων και την NCBI Gene Expression Omnibus ή βιβλιογραφικές πηγές) εξετάζονται από μια ομάδα εμπειρογνωμόνων για να εξασφαλιστεί ότι πληρούν ορισμένα πρότυπα ποιότητας [22].

η

η αρχική διαλογή των συνόλων δεδομένων μικροσυστοιχιών

Πριν από την συνδυασμού των συνόλων δεδομένων μικροσυστοιχιών από διαφορετικές πηγές, ένας περαιτέρω έλεγχος ποιότητας διεξήχθη στα σύνολα δεδομένων με τη χρήση του προγράμματος Βεν Mapper [23]. Βεν mapper μπορεί να εντοπίσει σημαντικές ομοιότητες μεταξύ ετερόλογη συνόλων δεδομένων μικροσυστοιχιών, συγκρίνοντας την επικάλυψη των διαφορικά εκφρασμένων γονιδίων και υπολογισμό στατιστική σημαντικότητα χρησιμοποιώντας z-τιμές. Εν συντομία, ένα αποκοπής 2 φορές χρησιμοποιείται για τον προσδιορισμό των προς τα πάνω ρυθμισμένη γονιδίων σε ένα σύνολο δεδομένων μικροσυστοιχίας. Μια λίστα ρυθμίζεται αυξητικά γονίδια καθορίζεται για κάθε μικροσυστοιχία, και όλα τα ζεύγη (εκτός από τον εαυτό συγκρίσεις) συνδυασμούς των καταλόγων συγκρίθηκαν για ταιριάζουν γονίδιο-ταυτότητα (δηλ HUGO ονόματα γονιδίων). Ο αριθμός των γονιδίων συνήθως ρυθμίζεται προς τα πάνω,

R

παρατηρήθηκε

, σε οποιεσδήποτε δύο πειράματα προσδιορίζεται, και μια ζ-τιμή υπολογίζεται για να προσδιοριστεί εάν αυτός ο αριθμός είναι στατιστικά σημαντική. Για δύο microarrays Α και Β, το z-τιμή υπολογίζεται ως εξής:

R = ο αριθμός των γονιδίων απορυθμίζεται τόσο Α και Β

Η

n

B = Συνολικός αριθμός των γονιδίων ρυθμίζεται αυξητικά σε Β

Η

P

Α = Πιθανότητα ενός γονιδίου που υπερεκφράζεται σε Α

Η

μικροσυστοιχίες συνενώθηκαν με βάση τα προφίλ z-αξίας, και όλες οι ακραίες τιμές εντοπίστηκαν και παραλείπονται από την περαιτέρω ανάλυση. Μια απόλυτη z-τιμή & gt? 1.96 είναι ισοδύναμο με ένα p-value των & lt?. 0.05

Απόκτηση κατατάσσεται καταλόγους ρυθμίζεται προς τα πάνω γονίδια

Για την ταυτοποίηση διαφορικά εκφραζόμενων γονιδίων σε πολλαπλά σύνολα δεδομένων, χρησιμοποιήσαμε μια μη-παραμετρική μέθοδος «προϊόν πιάτσα» υλοποιείται στο πακέτο RankProd [24], [25]. RankProd είναι μια στατιστικώς αυστηρή αλλά βιολογικά διαισθητική αλγόριθμος, η οποία έχει αποδειχθεί ότι είναι ισχυρή κατά του θορύβου στα δεδομένα μικροσυστοιχιών [26], [27]. RankProd έχει αποδειχθεί ότι έχουν μεγαλύτερη ευαισθησία και ειδικότητα σε σύγκριση με άλλους τύπους εργαλείων μετα-αναλυτική για μικροσυστοιχίες [28]. Μια λίστα ρυθμίζεται αυξητικά γονίδια επιλέγονται με βάση μια συντηρητική εκτίμηση του ποσοστού των ψευδών θετικών προβλέψεων (PfP), η οποία είναι επίσης γνωστή ως το ποσοστό εσφαλμένης ανακάλυψη. Όπως συνιστάται, η PfP αξία των & lt? 0,15 [25] χρησιμοποιήθηκε για να καθοριστεί το όριο για τα γονίδια που απορυθμίζεται σημαντικά

Αποτελέσματα και Συζήτηση

συνάφεια μεταξύ συνόλων δεδομένων μικροσυστοιχιών

Το πρόγραμμα Βεν Mapper [23] χρησιμοποιήθηκε για να εκτελέσει μια αρχική διαλογή, για να καθορίσουν τις γενικές αντιφάσεις που υπάρχουν μεταξύ των συνόλων δεδομένων μικροσυστοιχιών. Ανάλυση διεξήχθη επί εννέα διαφορετικά σύνολα δεδομένων, και όλα-σε-όλα κατά ζεύγη z-τιμές δίνονται στον Πίνακα 2. Δύο ακραίες τιμές προσδιορίστηκαν με τη μέθοδο αυτή, δηλαδή, Buchholz Πάγκρεας (παγκρεατική πόρου αδενοκαρκίνωμα) και Buchholz παγκρέατος (παγκρέατος ενδοεπιθηλιακή νεοπλασία) . Τα χαμηλά z-τιμές που σχετίζονται με αυτά τα σύνολα δεδομένων δείχνουν έλλειψη σημαντική συσχέτιση μεταξύ απορυθμίζεται γονιδίων σε αυτά τα σύνολα δεδομένων, σε σύγκριση με άλλα σύνολα δεδομένων. Ως εκ τούτου, αυτά τα δύο σύνολα δεδομένων έχουν παραλειφθεί από περαιτέρω αναλύσεις. Ενώ είμαστε σίγουροι για την πηγή αυτής της πηχεοκαρπικής, σημειώνουμε ότι τα σύνολα δεδομένων Buchholz ήταν τα μόνα σύνολα δεδομένων που λαμβάνονται χωρίς τη χρήση του προτύπου (διατίθεται στο εμπόριο) πλατφόρμες. Ένα άλλο σύνολο δεδομένων, Logsdon Πάγκρεας, επίσης παραλείπεται, λόγω του μικρού αριθμού των γονιδίων στο σύνολο δεδομένων (5338, σε σύγκριση με το μέσο όρο των 16.652 γονιδίων για το υπόλοιπο των δεδομένων (Πίνακας 1)).

Η

παρακάτω, έχουμε οργανώσει τα αποτελέσματα και τη συζήτησή μας σε τέσσερα διακριτά τμήματα που περιλαμβάνουν την αναγνώριση της ρυθμίζεται προς τα πάνω γονίδια, λειτουργική ανάλυση ρυθμίζεται προς τα πάνω γονιδίων, ταυτοποίηση ενός γενετικού υπογραφής για υπομεθυλίωση στο PC, και τον προσδιορισμό των πιθανών βιοδεικτών ιστού, ορού και μεταλλοπρωτεϊνασών μήτρας σε PC.

Αναγνώριση ρυθμίζεται προς τα πάνω γονίδια

RankProd [24] δίνει μια λίστα των γονιδίων ανάλογα με το ποσοστό της αξίας ψευδώς θετικά πρόβλεψη (PfP) (βλέπε μεθόδους). Από τα 5590 γονίδια που ρυθμίζεται προς τα πάνω κατά τουλάχιστον δύο φορές, τα 827 γονίδια βρέθηκαν να απορυθμίζεται σημαντικά όταν χρησιμοποιείτε ένα PfP όριο των & lt?. 0.15 [25] (Πίνακας S1)

Ο Πίνακας 3 παρέχει μια λίστα οι κορυφαίες είκοσι πέντε κατετάγη γονιδίων χρησιμοποιώντας το πρόγραμμα RankProd. Όπως ήταν αναμενόμενο, τα περισσότερα γονίδια έχουν καθιερωμένη ενώσεων με παγκρεατική και άλλων καρκίνων. Μερικά γνωστά παραδείγματα περιλαμβάνουν MUC4 [29], CEACAM5 /6 [30], S100P [31], CLDN18 [32], KRT19 (CK19) [33] και COLA1 /2 [34]. Υπάρχουν, ωστόσο, ορισμένες αξιοσημείωτες εξαιρέσεις, όπως AHNAK2, CTHRC1, IGHG3 και EPPK1, τα οποία δεν έχουν γνωστή ρόλο στον καρκίνο. Ως εκ τούτου, αυτά τα γονίδια μπορεί να είναι πιθανές νέες οδηγεί για τα γονίδια του καρκίνου, και συζητούνται στη συνέχεια.

Η

AHNAK2 είναι σημαντικά ρυθμισμένη προς τα πάνω γονιδίου σε PC (175 φορές), αλλά δεν έχει συσχετιστεί άμεσα με οποιοδήποτε καρκίνο , με τις γνώσεις μας. Το mRNA αναφερθεί [35], για να να ματιστεί εναλλακτικά να παραχθούν τρεις ισομορφές, και η κανονική αλληλουχία συνάγεται να απευθύνονται προς τον πυρήνα. Η οικογένεια των πρωτεϊνών AHNAK ΡΟΖ ικρίωμα αποτελείται από δύο μεγάλων πρωτεϊνών (600-700 kD), AHNAK (desmoyokin) και AHNAK2 [36]. AHNAK έχει συσχετιστεί με διάφορες μυϊκές ασθένειες, συμπεριλαμβανομένων καρδιομυοπάθεια και άκρων-ζωνάρι μυϊκή δυστροφία, και αυτό το αποτέλεσμα πιστεύεται ότι προκαλείται μέσω της σύνδεσης της με την β-υπομονάδα της καρδιακής Ca (v) διαύλων ασβεστίου [37]. AHNAK & amp? AHNAK2 έχουν επίσης αποδειχθεί ότι είναι συστατικά του costameric δικτύου, που συνδέεται με τη σύνδεση της εξωκυττάριας μήτρας με την κυτταροπλασματική σύστημα μικρονηματίου [38]. Πειράματα σε μεταστατικές καρκινικές κυτταρικές σειρές ανθρώπινης [39] έδειξαν ότι knockdown του AHNAK οδήγησε σε ψευδοποδίου συστολής, η αναστολή της κυτταρικής μετανάστευσης και αναστροφή των μεσεγχυματικών-επιθηλιακών μετάβαση (ΚΟΑ). Είναι πιθανό ότι AHNAK και AHNAK2 οι δύο επηρεάζονται από αυτές τις knockdown πειράματα. Τα αποτελέσματά μας δείχνουν ότι η οικογένεια του AHNAK πρωτεϊνών, ιδιαίτερα AHNAK2, αξίας πειραματικό έλεγχο όσον αφορά τον πιθανό ρόλο τους στην καρκινογένεση, ειδικά στο PC.

CTHRC1 (κολλαγόνου τριπλής έλικας που περιέχει 1) είναι ένα 30 kD που εκκρίνεται πρωτεΐνη που έχει η ικανότητα να αναστέλλουν τη σύνθεση μήτρα κολλαγόνου, και εκφράζεται έντονα κατά τη διάρκεια του δέρματος επούλωση του τραύματος. επισκευή ιστών και καρκινογένεση συνδέονται [40] και CTHRC1 έχει συσχετισθεί με μία ποικιλία όγκων συμπεριλαμβανομένου του μελανώματος [41], του καρκίνου του μαστού [42], ορθοκολικό καρκίνο [43] και πιο πρόσφατα, γαστρικού καρκίνου [44]. Ωστόσο, υπάρχει μόνο μία έκθεση που συνδέει CTHRC1 με PC, όπου παρατηρήθηκε υψηλότερη έκφραση του CTHRC1 σε μια οθόνη του στερεού κυτταρικών γραμμών όγκου συμπεριλαμβανομένου του PC [41]. Υπάρχουν ενδείξεις ότι η έκφραση CTHRC1 συσχετίζεται με την εισβολή καρκινικού ιστού και μετάσταση στον καρκίνο του μαστού [42] και γαστρικού καρκίνου [44]. Δεδομένου του υψηλού επιπέδου προς τα πάνω ρύθμιση CTHRC1 (& gt? 1.000 φορές) που παρατηρήθηκε στην παρούσα μελέτη, υποθέτουμε CTHRC1 να είναι ένας εξαιρετικός υποψήφιος για την πειραματική αξιολόγηση ως πιθανό βιοδείκτη για PC

IGHG3 (ανοσοσφαιρίνη βαρύ. σταθερά γ-3) είναι μία εκκρινόμενη πρωτεΐνη σύνδεσης αντιγόνου που δεν έχουν προηγουμένως εμπλακεί σε καρκίνο του παγκρέατος. Η ανάλυσή μας (βλέπε επόμενο τμήμα) υποδεικνύει ότι το PC συνδέεται με δυσλειτουργία του ανοσοποιητικού συστήματος. IGHG3 είναι επίσης ένα συστατικό του άνω δικτύου που σχετίζονται με την ομάδα των 827 υπερεκφράζεται γονιδίων, η οποία απεικονίζεται στο Σχήμα 1.

TGFB1 σχηματίζει ένα κεντρικό κόμβο στο δίκτυο. IGHG3 (επισημαίνεται με μπλε χρώμα) είναι ένα από τα κορυφαία είκοσι πέντε γονίδια που είναι δυνητικά σημαντική για τον καρκίνο του παγκρέατος.

Η

Epiplakin ανήκει στην οικογένεια plakin πρωτεϊνών cytolinker που σχετίζονται με τις κομβική συγκροτήματα και η κυτταροσκελετού. Epiplakin είναι μάλλον μια ασυνήθιστη plakin από το ότι αποτελείται αποκλειστικά από επαναλήψεις plakin οργανώνονται σε επαναλαμβανόμενες επικράτειες 13 plakin (PRD) και δεν περιέχει ένα χαρακτηριστικό τομέα plakin άλλων plakins. Υπάρχουν στοιχεία που δείχνουν ότι Epiplakin συνεργάτες με κερατίνη δίκτυα κατά τη διάρκεια της επούλωσης των τραυμάτων [45].

Λειτουργική ανάλυση του ρυθμίζεται αυξητικά γονίδια

Εμείς εντοπίστηκαν σημαντικές λειτουργίες, τα δίκτυα, και τα μονοπάτια που σχετίζονται με την 827 σημαντικά ρυθμίζεται προς τα πάνω γονίδια χρησιμοποιώντας ΙΡΑ (www.ingenuity.com). Μια ολοκληρωμένη ανάλυση των 827 ρυθμίζεται προς τα πάνω γονίδια που φαίνεται στον Πίνακα S1.

Οι πιο σημαντικές βιολογικές λειτουργίες που σχετίζονται με τις 827 ρυθμίζεται προς τα πάνω γονίδια είναι κυτταρική κίνηση, κυτταρική ανάπτυξη και τον πολλαπλασιασμό, κυτταρικό θάνατο και την επιβίωση, την κυτταρική ανάπτυξη και σε κύτταρα με-κύτταρο σηματοδότηση και την αλληλεπίδραση (Σχήμα 2, Πίνακας S2). Απορύθμιση από αυτές τις λειτουργίες που σχετίζονται με τον καρκίνο και μετάσταση, επαναλαμβάνοντας τη σημασία αυτής της geneset στο PC. Μια ανάλυση μονοπάτι παρέχονται γνώσεις σχετικά με ορισμένες από τις σημαντικές μοριακών μηχανισμών σε PC. Οι πέντε πιο σημαντικές οδούς που συνδέονται με τις 827 ρυθμίζεται αυξητικά γονίδια περιλαμβάνονται σηματοδότηση ιντεγκρίνης (p-value = 1.72 × 10

-13), παρατηρήθηκε επίσης από Grutzmann et al. [20], πρόσφυση κοκκιοκυττάρων και διαπίδυση (p-value = 4,08 × 10

-11), πρόσφυση agranulocyte και διαπίδυση (p-value = 9,43 × 10

-10), λευκοκυττάρων σηματοδότησης εξαγγείωση (p-value = 1,62 × 10

-9), και την είσοδο του ιού μέσω ενδοκύττωσης οδών (p-value = 1,71 × 10

-8) (Σχήμα 3, Πίνακας S3). Αυτά τα αποτελέσματα έδειξαν ότι το PC συνδέεται σημαντικά με την φλεγμονή και ανοσολογικούς μηχανισμούς. Στην πραγματικότητα, έχει δειχθεί ότι η ανοσοκαταστολή καρκίνος ευνοεί συχνά την εξέλιξη του όγκου και τη μετάσταση, αποτελώντας δίκτυο ανοσοκατασταλτική στην οποία διάφορα προέρχονται από όγκους διαλυτών παραγόντων όπως η ιντερλευκίνη-10, αυξητικός παράγοντας μετασχηματισμού βήτα (ΤΟΡβ) και αγγειακού ενδοθηλιακού αυξητικού παράγοντα παίξει κεντρικούς ρόλους [46]. Στην επάνω δίκτυο εντοπιστεί, TGFB1 είναι το γονίδιο πλήμνη (Σχήμα 1). TGFB1 κωδικοποιεί ένα μέλος της οικογένειας ΤΟΡβ των κυτοκινών, οι οποίες είναι πολυλειτουργικό πεπτίδια τα οποία ρυθμίζουν τον πολλαπλασιασμό, διαφοροποίηση, προσκόλληση, μετανάστευση, και άλλες λειτουργίες σε πολλούς τύπους κυττάρων. Αυτό το γονίδιο έχει δειχθεί ότι ρυθμίζεται προς τα πάνω συχνά σε καρκινικά κύτταρα, και είναι ένας σημαντικός στόχος για τη θεραπεία του καρκίνου [47] – [51]

Η

Το δεύτερο πιο σημαντικό δίκτυο που συνδέεται με την ρυθμισμένη προς τα πάνω. γονίδια εμπλέκεται σε κυτταρικό κύκλο, κυτταρική κίνηση, και ο καρκίνος (Σχήμα 4). Σε αυτό το δίκτυο, NF-κΒ συμπλόκου δρα ως σημαντικό κόμβο, το οποίο λειτουργεί ως ρυθμιστής των γονιδίων που ελέγχουν τον κυτταρικό πολλαπλασιασμό και την κυτταρική επιβίωση. Εσφαλμένη ρύθμιση του NF-κΒ έχει συνδεθεί με τον καρκίνο, φλεγμονωδών και αυτοάνοσων ασθενειών [52], [53]. Το δίκτυο αυτό και πάλι υποδηλώνει ότι ο υπολογιστής θα μπορούσε να συσχετιστεί στενά με ανοσολογική διαταραχή [54], [55]. Ρυθμίζεται αυξητικά ΝΡ-κΒ εξαρτάται από την έκφραση των γονιδίων που κρατούν το κύτταρο πολλαπλασιαζόμενα, και προστατεύουν το κύτταρο από συνθήκες που διαφορετικά θα προκαλούσε το να πεθάνει μέσω απόπτωσης. Στην πραγματικότητα, έχει δειχθεί ότι ΝΡ-κΒ είναι ουσιαστικά δραστική σε διάφορους τύπους ανθρώπινων όγκων [56] – [60]. Επιπλέον, υπάρχουν δύο ενδιαφέροντα ρυθμιστικές υπομονάδες προσδιορίζονται στο δίκτυο αυτό. Η πρώτη ενότητα αποτελείται από δύο E2F οικογένειας γονιδίων (E2F7, E2F8), ECT2 και RACGAP1. Αυτά τα γονίδια σχηματίζουν αυτορύθμισης βρόχων, και να ρυθμίζουν η μία την άλλη. Αξίζει να σημειωθεί ότι, τα τρία γονίδια E2F7, E2F8 και ECT2 ρυθμίζουν ιδιοσυστατικά RACGAP1, η οποία συνδέεται με Rho ΟΤΡάσες (Σχήμα 4), υποδεικνύοντας ότι αυτή η μονάδα λειτουργεί στην ρύθμιση κυτοκίνηση σε ένα κυτταρικό κύκλο-εξαρτώμενο τρόπο. Ένα άλλο μονάδας περιλαμβάνει τις οικογένεια γονιδίων γλουταθειόνης υπεροξειδάσης (GPX) που κωδικοποιούν την οικογένεια ένζυμο με δράση υπεροξειδάσης, των οποίων η κύρια βιολογικός ρόλος είναι να προστατεύουν τον οργανισμό από την οξειδωτική βλάβη. Προς τα πάνω ρύθμιση της οικογένειας γονιδίων GPX μπορεί να σχετίζεται PC και άλλων καρκίνων [61] – [64]., Υποδηλώνοντας μια σημαντική σχέση μεταξύ οξειδωτικά επαγόμενης βλάβης του DNA και την ανάπτυξη του καρκίνου

Ένα μεγάλο κεντρικό κόμβο σύμπλεγμα ΝΡ-κΒ, και τα δύο νέα κανονιστική ενότητες επισημαίνονται με μπλε χρώμα. Μια μονάδα αποτελείται από δύο E2F οικογένειας γονιδίων (E2F7, E2F8), ECT2 και RACGAP1? και μια άλλη μονάδα αποτελείται από πολλά οικογενειακά γονίδια GPX.

Η

Αναγνώριση των ρυθμίζεται προς τα πάνω γονίδια κινάσης-κωδικοποιούν

Επιπλέον, εξάγαμε τα γονίδια που κωδικοποιούν πρωτεΐνες κινάσες από τα 827 ρυθμίζεται προς τα πάνω γονίδια. Ο Πίνακας 4 παρουσιάζει τα 26 γονίδια που κωδικοποιούν κινάση. Είναι γνωστό ότι πολλά γονίδια κινάσης που κωδικοποιούν απορυθμίζεται στον καρκίνο, και την ανάπτυξη αντικαρκινικών φαρμάκων που αναστέλλουν την υπερέκφραση των πρωτεϊνικών κινασών έχει μια ενεργή περιοχή έρευνας. Στην πραγματικότητα, αποτελεσματικά φάρμακα έχουν ήδη αναπτυχθεί για στόχευση ορισμένων από τις πρωτεϊνικές κινάσες. Για παράδειγμα, CDK1 κωδικοποιεί ένα μέλος της οικογένειας της πρωτεϊνικής κινάσης Ser /Thr, το οποίο είναι μία καταλυτική υπομονάδα του εξαιρετικά διατηρημένη συγκρότημα κινάση πρωτεΐνη γνωστή ως Μ-φάση προώθηση παράγοντας. Η πρωτεΐνη διαδραματίζει βασικό ρόλο στην G1 /S και G2 /M μεταπτώσεων φάσης των ευκαρυωτικών κυτταρικού κύκλου, και το φωσφορυλίωση και αποφωσφορυλίωση της πρωτεΐνης αυτής παίζουν σημαντικό ρυθμιστικούς ρόλους στον έλεγχο του κυτταρικού κύκλου [65]. Ορισμένες αναστολείς κινάσης CDK1 έχουν αναπτυχθεί για κλινική ή πειραματικούς σκοπούς – AZD 5438, (R) -CR8, (R) -DRF053 διυδροχλωρίδιο, Kenpaullone, NU 2058, και Ro 3306 (Tocris Bioscience, www.tocris.com) και ΖΚ 304709 και Terameprocol [66].

η

LCK είναι τυροσίνης-πρωτεϊνική κινάση που βρίσκεται στο εσωτερικό τα λεμφοκύτταρα του ανοσοποιητικού συστήματος, και να συμμετέχουν σε πορείες ανοσοποιητικό σηματοδότησης. Dasatinib, μια πρωτεΐνη τυροσίνης κινάσης μικρού μορίου και αντικαρκινικό φάρμακο, μπορεί να αναστέλλει δραστικότητα LCK στην ενεργοποίηση των Τ-κυττάρων και τον πολλαπλασιασμό [67], [68]. ΜΕΤ είναι ένα πρωτο-ογκογονίδιο που κωδικοποιεί την πρωτεΐνη ανάπτυξης ηπατοκυττάρου υποδοχέα παράγοντα [69], η οποία διαθέτει δραστικότητα κινάσης τυροσίνης-πρωτεΐνης. Ανώμαλη αυξητική ρύθμιση του ΚΟΑ στον καρκίνο συχνά συσχετίζεται με κακή πρόγνωση πυροδοτώντας την ανάπτυξη του όγκου, η αγγειογένεση που τροφοδοτούν τον όγκο με θρεπτικά συστατικά, και μετάσταση. Έχει αποκαλυφθεί ότι η οδός ΜΕΤ είναι ένα από τα πιο συχνά δυσρυθμισμένη οδών σε ανθρώπινο καρκίνο [70]. Ένας σημαντικός αριθμός των αναστολέων ΚΟΑ έχει μελετηθεί σε κλινικές δοκιμές, όπως AMG-458 (Amgen), PF-04217903 (Pfizer), MK-2461 (Merck), ARQ197 (ArQule) κ.λπ. [71].

TTK κωδικοποιεί μια διπλή κινάση πρωτεΐνης ειδικότητας με την ικανότητα να φωσφορυλιώνουν τυροσίνη, σερίνη και θρεονίνη. TTK κινάση συσχετίζεται με τον πολλαπλασιασμό των κυττάρων και είναι απαραίτητη για τη σωστή σύνδεση του χρωμοσωμάτων στη μιτωτική άτρακτο. Η αναστολή της κινάσης TTK έχει δειχθεί ότι συσχετίζεται με θάνατο κυττάρων που προκαλείται από χρωμοσωμικό missegregations [72]. Διάφοροι αναστολείς κινάσης TTK έχουν αναφερθεί στην βιβλιογραφία -. Reversine [73], NMS-P715 [74], και MPS1-IN-1 [75]

Για ορισμένες άλλες τυροσίνης πρωτεϊνικών κινασών όπως LYN, Το dasatinib είναι ένας αποτελεσματικός αναστολέας [76]. Από τα 26 γονίδια που κωδικοποιούν κινάση εντοπίσαμε, ορισμένα γονίδια έχουν ταυτοποιηθεί ως πολύ ελπιδοφόρα αντικαρκινική στόχους. Για παράδειγμα, BUB1 που κωδικοποιεί την μιτωτική οδοφράγματος σερίνη /θρεονίνη-πρωτεϊνική κινάση είναι κρίσιμη για τη δημιουργία της μιτωτικής ατράκτου σημείο ελέγχου και το χρωμόσωμα congression. Έχει δειχθεί ότι διαταράσσεται μιτωτικής σημεία ελέγχου είναι ένα κοινό χαρακτηριστικό πολλών ανθρώπινων καρκίνων [77]. Ωστόσο, τα επίπεδα έκφρασης BUB1 εξαρτώνται από την εντόπιση των όγκων και η σοβαρότητά τους [78]. Προς τα κάτω ρύθμιση της BUB1 οδήγησε σε περισσότερες σαρκώματα, λεμφώματα και οι όγκοι του πνεύμονα, ενώ προς τα πάνω ρύθμιση του BUB1 προκαλούνται σαρκώματα και όγκους στο ήπαρ [78]. Το αποτέλεσμά μας δείχνει ότι το PC έχει σχέση με την προς τα πάνω ρύθμιση BUB1 και εμείς εικάζουν ότι η ανάπτυξη των αναστολέων BUB1 θα μπορούσε να προσφέρει μια νέα προσέγγιση για την αντιμετώπιση PC.

Για να συνοψίσω, μερικά από τα 26 σημαντικά ρυθμισμένη προς τα πάνω γονίδια πρωτεϊνικής κινάσης στο PC θα μπορούσε να είναι βιώσιμο νέων θεραπευτικών στόχων για PC. Στην πραγματικότητα, για τα γονίδια κινάσης τυροσίνης-πρωτεΐνης όπως LCK, ΜΕΤ και LYN, οι οποίες έχουν βρεθεί να υπερεκφράζεται συχνά στον ανθρώπινο καρκίνο συμπεριλαμβανομένου του PC [79], αποτελεσματικοί αναστολείς κινάσης τυροσίνης πρωτεΐνης όπως Dasatinib, Imatinib, Gefitinib, Η erlotinib και το sunitinib έχουν αναπτυχθεί για την αντικαρκινική χημειοθεραπεία [80].

προς μια γενετική υπογραφή για υπομεθυλίωση στον καρκίνο του παγκρέατος

η ανώμαλη υπερμεθυλίωση του προαγωγού CpG νησίδων είναι στενά συνδέονται με την αδρανοποίηση των γονιδίων, ενώ υπομεθυλίωση μπορεί να οδηγήσει στην προς τα πάνω ρύθμιση των γονιδίων. Μια πρόσφατη ανασκόπηση [81], συζητά τα γονίδια που έχουν βρεθεί να μεθυλιωμένος εις PC. Με αναφορά σε αυτό το σύνολο γονίδιο, μπορούμε να βρούμε μια ισχυρή συσχέτιση μεταξύ υπομεθυλίωσης και ρύθμιση προς τα πάνω? Ειδικότερα, επτά από τα εννέα γονίδια που αναφέρονται στην παρούσα επανεξέταση (SERPINB5, CLDN4, SFN, S100P, S100A4, MSLN, και PSCA) αυξορυθμίζονται σημαντικά, με SERPINB5, SFN, S100P, και PSCA είναι μεταξύ των 100 πιο απορυθμίζεται γονίδια στην ανάλυσή μας ( Πίνακας S1).

Μια ολοκληρωμένη μελέτη σχετικά με παρεκκλίνουσα μεθυλίωση στο PC έχει γίνει από τον Tan et al. [82], ο οποίος προφίλ 1505 CpG θέσεις σε όλη την 807 γονίδια. Οι αρχικές έρευνες απέδωσαν μια λίστα 63 γονιδίων με θέση CpG υπομεθυλίωση και αυξημένη έκφραση mRNA. Κάπως απροσδόκητα, οι συγγραφείς διαπίστωσαν επίσης ένα παρόμοιο αριθμό γονιδίων με το site CpG υπομεθυλίωσης και μειωμένη έκφραση του mRNA. Μετά από περαιτέρω πειραματισμό, 35 από τα 63 γονίδια που ταυτοποιήθηκαν από τους συγγραφείς ως υποψήφια γονίδια που ρυθμίζονται από υπομεθυλίωση σε PC. Θεωρούμε ότι οκτώ από τα 35 υποψήφια γονίδια (ID 1, ΜΜΡ7, MST1R, NBL1, PHLDA2, PLAT, PLAUR και SFN), και ένα επιπλέον 8 (IL-8, SPP1, CLDN4, ΜΜΡ1, ARHGDIB, NQO1, ITGB4, SERPINB5 και TFF1 ) από την αρχική λίστα των 63 γονιδίων επίσης ρυθμίζεται αυξητικά σημαντικά στη μελέτη μας.

Για να συνοψίσουμε, είκοσι δύο γονίδια (MUC4, SERPINB5, CLDN4, SFN, TFF1, S100P, S100A4, ΜΜΡ1, ΜΜΡ7, MSLN, PSCA, ID1, MST1R, NBL1, PHLDA2, PLAT, PLAUR, IL8, SPP1, ARHGDIB, NQO1 και ITGB4) είναι ρυθμισμένη προς τα πάνω σημαντικά στην ανάλυσή μας, και υπάρχουν πειραματικές αποδείξεις [81], [82] που να υποδηλώνουν ότι αυτή η προς τα άνω ρύθμιση είναι οφείλεται σε υπομεθυλίωση. Έτσι, αυτά τα γονίδια θα συμβάλει στην αυξανόμενη λίστα των υποψηφίων συμπεριλαμβανομένων MUC4 [83] που περιγράφουν ένα υποθετικό γενετική υπογραφή για υπομεθυλίωση σε καρκίνο του παγκρέατος (Πίνακας 5). Μία τέτοια γενετική υπογραφή θα μπορούσε να αποδειχθεί χρήσιμη στην έγκαιρη ανίχνευση των PC, με τρόπο ανάλογο με την κλινική χρήση του παρεκκλίνουσα μεθυλίωση CCND2 [84] σε PC. Δεδομένου ότι υπάρχει μια αναδυόμενη συναίνεση για το ότι «επιγενετικές χάος» προωθούνται αλλαγές στη γονιδιακή έκφραση και, τελικά, οδηγεί σε καρκίνο [85], είναι πολύ πιθανό ότι πολλά από τα γονίδια βρέθηκαν να ρυθμίζεται προς τα πάνω σημαντικά (Πίνακας S1) είναι μεθυλιωμένος εις PC. Από τα 22 γονίδια, η ανάλυση του ΜΠΒ αποκαλύπτει ότι 11 γονίδια που έχουν μια γνωστή σύνδεση με PC (Πίνακας 5).

Η

Οι πιθανοί βιοδείκτες μεταξύ ρυθμίζεται προς τα πάνω γονίδια

Ιστός όγκου πρωτεΐνη βιοδείκτες.

μια παρατήρηση συχνά αναφέρονται στη βιβλιογραφία είναι η διαφορά μεταξύ του επιπέδου της έκφρασης μιας πρωτεΐνης και της μεταγραφής του για ένα δεδομένο τύπο κυττάρου [86]. Παρ ‘όλα αυτά, θα βρείτε περίπου 70% τριάντα δύο όγκων πρωτεϊνικών βιοδεικτών ιστού προσδιορίζονται σε δύο πρόσφατες αξιολογήσεις [87], [88] βρέθηκε να ρυθμίζεται προς τα πάνω & gt? 2-φορές στην ανάλυσή μας. Μεταξύ αυτών σημαντικά ρυθμισμένη προς τα πάνω (PfP & lt? 0,15) ήταν μια συστάδα γονιδίων που σχετίζονται με την μικρονημάτια ακτίνης, lGAlS1 (γαλεκτίνη-1), ACTN4 (ακτινίνη-4), PLS1 (plastin-1), TPM2 (tropomyosin β), CFL1 (κοφιλίνη -1), ΕΝΟ1 (α-ενολάση), και MSN (μοεσίνη). Οι περισσότερες από αυτές τις πρωτεΐνες είναι γνωστές πρωτεΐνες πρόσδεσης ακτίνης οι οποίες μπορούν να διαμορφώσουν την μικρονηματίων ακτίνης, ή ρυθμίζουν το περιβάλλον της με την μεμβράνη του πλάσματος.

Άλλες προτεινόμενες βιοδείκτες πρωτεΐνη καρκινικού ιστού [87], [88] ρυθμίζεται αυξητικά σημαντικά στην ανάλυσή μας περιλαμβάνουν SFN, AGR2, LGALS1, LGALS3, THBS2, & amp? TGFB1, και τέσσερα μέλη της οικογένειας S100, S100A6, S100A10, S100A11 και S100A2 [89]. Βρίσκουμε τρία επιπλέον μέλη της οικογένειας S100, S100A4, S100A16 και S100P ήταν επίσης σημαντικά ρυθμισμένη προς τα πάνω (Πίνακας S1). Η οικογένεια S100 πρωτεϊνών που δεσμεύουν χαμηλά επίπεδα ασβεστίου μοριακού βάρους έχουν ισχυρές ενώσεις με καρκίνο [90], και αρκετά από αυτά έχουν χρησιμοποιηθεί σαν δείκτες σε μελάνωμα και άλλους καρκίνους. Θα πρέπει να σημειωθεί ότι S100P είναι ένα από τα πιο ρυθμίζεται αυξητικά γονίδια στην ανάλυσή μας (& gt? × 10

6). Έχει πρόσφατα προταθεί ότι S100P να χρησιμοποιηθεί ως πρωτεΐνη βιοδείκτη για ενδοπορικού θηλώδη βλεννώδες νεοπλάσματα (IPMN) του παγκρέατος [91], και για παγκρεατικό αδενοκαρκίνωμα [92].

πρωτεΐνη ορού βιοδείκτες.

η έγκαιρη διάγνωση του καρκίνου του παγκρέατος είναι απαραίτητη προκειμένου να βελτιωθεί η κακή πρόγνωση που συνδέεται με τον υπολογιστή. Ορός βιοδείκτες προσφέρουν ένα πολύ ελκυστικό και μη επεμβατική λύση, και έτσι περιζήτητα [14]. Ωστόσο, υπάρχει μια σπανιότητα των βιοδεικτών του ορού για το PC [15], με την βιοδεικτών υδατάνθρακα CA 19-9 που το πιο ευρέως χρησιμοποιούμενο.

Δεδομένου ότι η πρωτεΐνη ορού βιοδείκτες όπως CA-125 μπορεί να διασπαστεί και να κυκλοφορήσει το PC [93] ένας συσχετισμός μεταξύ βιοδεικτών του ορού και η έκφραση mRNA δεν είναι κατ ‘ανάγκη αναμένεται (αν και στην περίπτωση του CA-125, υπάρχουν ενδείξεις ότι υπερεκφράζεται επίσης [93]). Παρ ‘όλα αυτά, επιδιώξαμε να ερευνήσει εάν κάποιο από τα προτεινόμενα πρωτεΐνης ορού βιοδείκτες στην πρόσφατη βιβλιογραφία [3] ρυθμίζεται αυξητικά σε καρκίνο του παγκρέατος στο επίπεδο του mRNA. Κάπως προς έκπληξή μας, διαπιστώσαμε ότι περίπου το ένα τρίτο των αντίστοιχων γονιδίων, C3, Β2Μ, C1QB, CD9, TIMP1, PGK1, SERPINA1, APOE, AGR2, APOC1 & amp? SPP1, ήταν σημαντικά ρυθμισμένη προς τα πάνω στην ανάλυσή μας. Τα αποτελέσματα αυτά δείχνουν corhort μας 827 σημαντικά ρυθμισμένη προς τα πάνω γονίδια αποτελούν επίσης μια εμπλουτισμένη ομάδα των πρωτεϊνικών βιοδεικτών υποψηφίου ορού. Η εμπορική διαθεσιμότητα πολλών ανθρώπινων αντισωμάτων αυξάνει την ενδιαφέρουσα δυνατότητα της εκτέλεσης μιας συστηματικής οθόνη του ορού, για την ανίχνευση των προϊόντων πρωτεΐνης σημαντικά ρυθμισμένη προς τα πάνω γονίδια στην ανάλυσή μας. Ενώ η ατομική βιοδείκτες μπορεί να υποφέρουν από προβλήματα ευαισθησίας και εξειδίκευσης [14], η υπόσχεση είναι ότι με ένα μεγάλο αριθμό των βιοδεικτών, διακριτικό υπογραφές είναι πιθανό να προκύψουν, οι οποίες σχετίζονται με τη διάγνωση και την πρόγνωση.

βιοδείκτες Matrix μεταλλοπρωτεϊνασών.

μεταλλοπρωτεάσες μήτρας αποτελούν την πιο εξέχουσα οικογένεια πρωτεϊνασών που σχετίζονται με ογκογένεση [94]. Στην ανάλυσή μας, βρήκαμε ότι επτά μεταλλοπρωτεασών μήτρας (MMPs) και έξι πρωτεάσες από συνδεδεμένη οικογένεια «a ντισιντεγκρίνης και μεταλλοπρωτεάση» (Adams) που θα ρυθμίζεται αυξητικά σημαντικά (Πίνακας 6). Τρία από αυτά (ΜΜΡ9, ADAM9 και ADAM10) βρέθηκαν επίσης να ρυθμίζεται προς τα πάνω από Grutzman

et al.

[20].

Η

μεταλλοπρωτεάσες Matrix είναι μια οικογένεια ψευδαργύρου-εξαρτώμενων πρωτεασών ότι έχουν την ικανότητα να αποδομούν σχεδόν κάθε συστατικό της εξωκυττάριας ουσίας (ECM). Τα καρκινικά κύτταρα υπερεκφράζουν αυτές τις πρωτεάσες προκειμένου να υποβαθμίσει την βασική μεμβράνη και εισβάλλουν στον περιβάλλοντα ιστό. Αυτή η δραστηριότητα είναι επίσης αναγκαία για την ενδαγγείωση και εξαγγείωση γεγονότα στη μετάσταση. ΜΜΡ υποστρώματα περιλαμβάνουν επίσης μόρια μη-ECM, που κυμαίνονται από προδρόμους αυξητικού παράγοντα και των μορίων προσκόλλησης κυτταρικής επιφάνειας προς αναστολέας αγγειογένεσης πρόδρομοι [95]. MMPs έχουν επίσης εμπλακεί στην επιθηλιακή προς μεσεγχυματικά μετάβαση (ΕΜΤ) [96]. Ενώ MMPs έχουν καλά αναγνωρισμένες ρόλους στο όψιμο στάδιο της εξέλιξης του όγκου, εισβολή, και μετάσταση, αναδυόμενες στοιχεία δείχνουν ότι ο ρόλος των MMPs στην ογκογένεση είναι πιο περίπλοκη [97].

Ένα από τα πιο ελπιδοφόρα και συναρπαστικό