Αφηρημένο

Ιστορικό

Προβλέποντας την πρόγνωση της νόσου του καρκίνου του προστάτη μέσω της ανάλυσης της γονιδιακής έκφρασης λαμβάνει αυξανόμενο ενδιαφέρον. Σε πολλές περιπτώσεις, οι εν λόγω αναλύσεις βασίζονται σε φορμόλη σταθερό, παραφίνη ενσωματωμένο υλικό βιοψίας (FFPE) πυρήνα βελόνα στο οποίο έχει πραγματοποιηθεί ταξινόμησης Gleason για τη διάγνωση. Δεδομένου ότι κάθε ασθενής έχει συνήθως πολλαπλά δείγματα βιοψίας, και δεδομένου ότι Gleason ταξινόμησης είναι μια διαδικασία που εξαρτάται χειριστής είναι γνωστό ότι είναι δύσκολο, ο αντίκτυπος της επιλογής του φορέα εκμετάλλευσης της βιοψίας αξιολογήθηκε.

Μέθοδοι

Πολλαπλά δείγματα βιοψίας από 43 ασθενείς αξιολογήθηκαν χρησιμοποιώντας μια προηγουμένως αναφερθεί γονίδιο υπογραφή του IGFBP3, F3 και VGLL3 με δυνητική προγνωστική αξία στην εκτίμηση συνολική επιβίωση κατά τη διάγνωση του καρκίνου του προστάτη. Μια τέσσερις multiplex ένα βήμα qRT-PCR κιτ δοκιμών, έχουν σχεδιαστεί και βελτιστοποιηθεί για τη μέτρηση της υπογραφής σε FFPE δείγματα βιοψίας πυρήνα βελόνα που χρησιμοποιείται. Συμφωνία των επιπέδων έκφρασης των γονιδίων μεταξύ πρωτοβάθμιας και δευτεροβάθμιας μοτίβα όγκου Gleason, καθώς και δείγματα καλοήθη ιστό, αναλύθηκε.

Αποτελέσματα

Τα επίπεδα έκφρασης του γονιδίου της IGFBP3 και F3 σε καρκίνο του προστάτη επιθηλιακά σε κύτταρα που περιέχουν ιστό που αντιπροσωπεύουν τα πρωτογενή και δευτερογενή πρότυπα Gleason ήταν υψηλή και σταθερή, ενώ η χαμηλή εξέφρασε VGLL3 έδειξαν μεγαλύτερη διακύμανση στα επίπεδα έκφρασης του.

Συμπέρασμα

η αξιολόγηση των επιπέδων έκφρασης IGFBP3 και γονιδιακή F3 στην καρκίνο του προστάτη ιστός είναι ανεξάρτητη από τα πρότυπα Gleason, πράγμα που σημαίνει ότι ο αντίκτυπος της επιλογής χειριστή της βιοψίας είναι χαμηλή

Παράθεση:. Peng Ζ, Andersson Κ, Lindholm J, Bodin Ι, Pramana S, Pawitan Y, et al. (2014) Χειριστής Ανάλογα Επιλογή του καρκίνου του προστάτη βιοψία έχει περιορισμένο αντίκτυπο σε μια γονιδιακή ανάλυση Υπογραφή για τα γονίδια υψηλής έκφρασης IGFBP3 και F3 στον καρκίνο του προστάτη επιθηλιακά κύτταρα. PLoS ONE 9 (10): e109610. doi: 10.1371 /journal.pone.0109610

Επιμέλεια: Νατάσα Κυπριανού, Πανεπιστήμιο του Κεντάκι College of Medicine, Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής

Ελήφθη: 4 Ιουν, 2014? Δεκτές: 1 του Σεπτεμβρίου 2014? Δημοσιεύθηκε: 8 Οκτ 2014

Copyright: © 2014 Peng et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Δεδομένα Διαθεσιμότητα:. Η συγγραφείς επιβεβαιώνουν ότι όλα τα δεδομένα που διέπουν τα ευρήματα είναι πλήρως διαθέσιμα χωρίς περιορισμούς. Όλα τα σχετικά δεδομένα είναι μέσα στο χαρτί και Υποστήριξη αρχείο πληροφοριών της

Χρηματοδότηση:. Το έργο αυτό χρηματοδοτήθηκε από Ουψάλα Bio (https://www.uppsalabio.com/), η Σουηδική Εταιρεία Καρκίνου (http: //www.cancerfonden.se/sv/Information-in-English/), το Ίδρυμα βασιλιά Gustaf V Ιωβηλαίο (https://www.rahfo.se/Metamenyn/In-English/), και το Συμβούλιο της κομητείας της Στοκχόλμης (http: //www.sll.se/om-landstinget/Information-in-English1/). Οι χρηματοδότες παρέχεται στήριξη με τη μορφή των μισθών για Zhuochun Peng, του Ινστιτούτου Καρολίνσκα, αλλά δεν είχε καμία πρόσθετη ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου.

Οι ανταγωνιστικές ενδιαφέροντα: Δρ Chunde Λι είναι ένας από τους συνιδρυτές, μέτοχος και αντιπρόεδρος του διοικητικού συμβουλίου της Chundsell Ιατρικής AB, μια νεοσύστατη εταιρεία με στόχο την ανάπτυξη ενός κιτ Prostatype ® qRT-PCR με βάση την έχουν αναφερθεί στο παρελθόν μελέτη υπογραφή που αναφέρονται στην Βιβλιογραφία. Είναι επίσης ένας από τους εφευρέτες της σουηδικής ευρεσιτεχνίας (SE 536 352), που ανήκει Chundsell ιατρικές εξετάσεις AB. Zhuochun Peng εργάζεται ως επιστημονικός σύμβουλος και διευθυντής προϊόντων για Chundsell Ιατρικής AB, πέραν του ότι είναι μέτοχος. Είναι επίσης ένας από τους εφευρέτες της σουηδικής ευρεσιτεχνίας (SE 536 352), που ανήκει Chundsell ιατρικές εξετάσεις AB. Karl Andersson εργάζεται ως σύμβουλος στατιστικές για Chundsell ιατρικές εξετάσεις AB. Είναι συνδεδεμένες με την Ridgeview Όργανα AB, η οποία είναι μια συμβατική προγραμματιστής για Chundsell ιατρικές εξετάσεις AB. Η παραπάνω αποκαλύπτονται ανταγωνιστικές ενδιαφέρον δεν αλλάζει την τήρηση των συγγραφέων να PLoS ONE πολιτικές για την ανταλλαγή δεδομένων και υλικών.

Εισαγωγή

Προβλέποντας την πρόγνωση της ασθένειας του καρκίνου με τη χρήση ανάλυσης γονιδιακής έκφρασης είναι μια προσέγγιση που αναφέρθηκαν σε έναν αυξανόμενο αριθμό μελετών [1]. Για πολλές διαγνώσεις καρκίνου, ένα βολικό και προσιτό είδος δείγματος είναι φορμόλη σταθερά ενσωματωμένα σε παραφίνη υλικό (FFPE) είτε από βιοψία υλικό ή αφαιρεθεί χειρουργικά ιστό του όγκου. Για τον καρκίνο του προστάτη (PCA), FFPE βιοψίες είναι άμεσα διαθέσιμα στις κλινικές εργαστήρια ρουτίνας παθολογίας και είναι κατάλληλο για τέτοιες αναλύσεις. Ωστόσο, σε πολλές περιπτώσεις, πολλαπλά βιοψίες είναι διαθέσιμα για κάθε ασθενή, και την ανάλυση γονιδιακής έκφρασης κανονικά διεξάγεται σε ένα μόνο δείγμα ανά ασθενή. Αυτό σημαίνει ότι ο παθολόγος έχει να επιλέξει ποιο βιοψία για να αναλύσει.

Η Βαθμολογία Gleason (GS) του συστήματος ταξινόμησης είναι η κυρίαρχη μέθοδος ιστοπαθολογική ταξινόμησης για καρκίνο του προστάτη σε όλο τον κόσμο, τόσο στην έρευνα όσο και στην κλινική ρουτίνα. σκορ Gleason είναι το άθροισμα των βαθμών Gleason από τα πιο κοινά και η δεύτερη πιο κοινή μοτίβα όγκου. GS είναι μία από τις πιο σημαντικές κλινικές παραμέτρους για την ένδειξη πρόγνωση επιβίωσης για ασθενείς με καρκίνο του προστάτη. Υπάρχει ωστόσο ένα μεγάλο γκρίζα ζώνη στην GS 7 όσον αφορά τις διαφορές επιβίωσης: για παράδειγμα ασθενείς με GS 3 + 4 έχουν μια πολύ καλύτερη πρόγνωση από τους ασθενείς με GS 4 + 3 [2]. Είναι ένα ευρέως παρατηρήσει ότι η κατάταξη Gleason, ακόμα και όταν αξιολογούνται από ειδικευμένους παθολόγους, είναι μια μέθοδος εξαρτάται από το δίκτυο. Αυτό οδηγεί σε κινδύνους για την αναφορά μη-σύμφωνα αποτελέσματα για το ίδιο υλικό όγκου, ιδιαίτερα όταν κάνει διακρίσεις 3 + 4 από 4 + 3 [3]. Αυτό το είδος της εξάρτησης χειριστής μπορεί να έχει αντίκτυπο στην ανάλυση της γονιδιακής έκφρασης.

Μια πρόσφατη έκθεση από το εργαστήριο μας έδειξαν ότι η υπογραφή της γονιδιακής έκφρασης του IGFBP3, F3 και VGLL3 μπορούσε να υπολογίσει τη συνολική επιβίωση των ασθενών με καρκίνο του προστάτη κατά τη στιγμή της διάγνωση [4]. Τα τρία γονίδια επιλέχθηκαν με σταδιακό τρόπο από ένα αρχικό σύνολο προγνωστικών κυτταρικής γονιδιακής 641 στέλεχος. Ως εκ τούτου, αυτή η υπογραφή δυνητικά συλλαμβάνει βλαστικών κυττάρων ροπή ή «βλαστική ικανότητα» των καρκινικών κυττάρων ανεξάρτητη από ιστοπαθολογικών υποτύπου [4]. Αξιολογήθηκε σε μια σουηδική ομάδα των 189 ασθενών προστάτη διαγνώστηκε μεταξύ 1986 και 2001, με σχεδόν ολοκληρωθεί δεδομένων συνολικής επιβίωσης παρακολούθησης. Σε αυτή την ομάδα, το 78% των ασθενών που αρχικά υποβλήθηκαν σε αγωγή μόνο με ορμονοθεραπεία. Η υπογραφή της γονιδιακής έκφρασης αποδείχθηκε επαρκής για να κατηγοριοποιήσουν τους ασθενείς σε υποτύπους υψηλού κινδύνου, ενδιάμεσου κινδύνου και χαμηλού κινδύνου.

Η IGFBP3, F3 και το γονίδιο VGLL3 υπογραφή αναγνωρίστηκε χρησιμοποιώντας λεπτή βελόνη (FNA) κυτταρολογικά δείγματα . Η τρέχουσα κλινική πρακτική για τη διάγνωση του καρκίνου του προστάτη είναι να χρησιμοποιήσετε FFPE δείγματα πυρήνα βιοψία με βελόνα. Ένα πλεονέκτημα των δειγμάτων FFPE είναι ότι μπορούν να αρχειοθετηθούν εύκολα και ότι πολλές ομάδες έχουν πολύ καιρό διαθέσιμα κλινικά δεδομένα παρακολούθησης, η οποία διευκολύνει σε μεγάλο βαθμό τις κλινικές μελέτες. Ακόμη και αν η εκχυλίζεται RNA από δείγματα FFPE μπορεί να είναι σχετικά χαμηλής ποιότητας, πολλαπλών πρόσφατες μελέτες έχουν δείξει ελπιδοφόρα αποτελέσματα όταν χρησιμοποιείται αποικοδομημένο RNA που εξάγεται από αρχειακά δείγματα FFPE για την ποσοτικοποίηση των επιπέδων έκφρασης του γονιδίου με βελτιστοποιημένες μεθόδους qRT-PCR [5] – [7]. Ένα παράδειγμα είναι η Prostatype qRT-PCR κιτ, το οποίο αναπτύσσεται και βελτιστοποιηθεί για τη μέτρηση των επιπέδων γονιδιακής έκφρασης ενός γονιδίου υπογραφή του IGFBP3, F3 και VGLL3 ιδιαίτερα σε δείγματα FFPE.

Κατά την ανάλυση των επιπέδων έκφρασης του RNA σε δείγματα βιοψίας FFPE, υπάρχει ένα πλήθος παραγόντων που έχουν αντίκτυπο στα αποτελέσματα. Κάθε βιοψία έχει διαφορετικό κλάσμα υλικό όγκου και οι συνθήκες αποθήκευσης μπορεί να επηρέασε την ποιότητα του RNA με διαφορετικούς τρόπους. Για αυτό, υπάρχει ένας αριθμός παραγόντων στην αναλυτική διαδικασία που θα προκαλέσει μεταβολή, όπως ότι η απόδοση εκχύλισης RNA, τα σφάλματα σιφωνισμού, σταθερότητα του αντιδραστηρίου πάροδο του χρόνου, προσμείξεις, μόλυνση και ούτω καθεξής.

Υπό το φως των μεταβλητότητα και εξάρτηση χειριστής του Gleason στείλει κατάταξης, ερευνήσαμε το επίπεδο έκφρασης του IGFBP3, F3 και VGLL3 σε πολλαπλές βιοψίες από τον ίδιο ασθενή, και επικεντρώθηκε στην παραλλαγή που σχετίζονται με την ίδια την επιλογή των οποίων βιοψίας που πρόκειται να αναλυθεί. Αυτό κατέστησε δυνατό να εκτιμηθεί ο αντίκτυπος της επιλογής του φορέα εκμετάλλευσης του δείγματος σχετικά με το μετρούμενο επίπεδο γονιδιακής έκφρασης.

Υλικά και Μέθοδοι

Δήλωση Ηθικής

Το πρωτόκολλο της μελέτης εγκρίθηκε από η Επιτροπή Ερευνητικής Δεοντολογίας του Πανεπιστημιακού Νοσοκομείου Καρολίνσκα (αριθμός έγκρισης: 00-164) και έγινε σύμφωνα με τις ηθικές αρχές που περιγράφονται στο 1964 Διακήρυξη του Ελσίνκι

ενημέρωση γραπτή συγκατάθεση για τη γενική βιο-τράπεζα συλλογής υλικού. ελήφθη από όλους τους συμμετέχοντες, σύμφωνα με τη σουηδική βιο-τράπεζα του νόμου, πριν από την ένταξή τους στη μελέτη.

FFPE πυρήνα του προστάτη βιοψίες βελόνα

Τα δείγματα βιοψίας πυρήνα βελόνα FFPE προστάτη συλλέχθηκαν κατά τη χρόνο της διάγνωσης προστάτη, σύμφωνα με τη διαδικασία ρουτίνας που χρησιμοποιείται σε Aleris Diagnostik AB (Aleris Medilab) στη Στοκχόλμη, Σουηδία. Για κάθε ασθενή, 6-10 πυρήνας βιοψίες βελόνα ελήφθησαν για την ταξινόμηση των Gleason [2]. Βιοψίες από 43 ασθενείς με διάγνωση προστάτη μεταξύ 2004-2007, όπου χρησιμοποιούνται για τη μελέτη αυτή. Μέχρι το τέλος του 2013, 22 από αυτούς τους ασθενείς είχαν πεθάνει από προστάτη, 10 πέθαναν από άλλες ασθένειες και 11 ήταν ακόμα ζωντανός. Όλες οι βιοψίες είχαν αποθηκευθεί στην εγκατάσταση βιοτράπεζα Aleris Medilab σε συνθήκες κατάλληλες για δείγματα FFPE για τουλάχιστον 6 χρόνια πριν από τη χρήση σε αυτή την ανάλυση.

Η προετοιμασία των δειγμάτων και RNA εξόρυξη

Η διαδικασία προετοιμασίας του δείγματος πριν με εκχύλιση RNA περιγράφεται βήμα-βήμα ως εξής

βήμα ένα:.. Τμηματισμός των δειγμάτων FFPE

πυρήνα FFPE βιοψίες βελόνα κόπηκαν σε ξεχωριστά τμήματα και συνδέθηκαν πάνω παγωμένος γυάλινα πλακίδια ουσιαστικά σύμφωνα με ρουτίνα ιστοπαθολογικές πρωτόκολλα [8], εκτός από το ότι DNase /RNase ελεύθερο ύδωρ χρησιμοποιήθηκε και το στάδιο της τήξης παραφίνης μετά τομές ξήρανση παραλείφθηκε. Το πρώτο εξειδικευμένο τμήμα του πάχους 5 μm ήταν H & amp? Ε βάφονται [9], και χρησιμοποιούνται για τη σήμανση της περιοχής του καρκίνου από παθολόγους. Διαδοχική τμήματα πάχους 10 μm μετά την πρώτη H & amp? Ε χρώση τμήμα, συλλέχθηκαν σε γυάλινες πλάκες χωρίς μόλυνση DNase /RNase και χρησιμοποιούνται για την εκχύλιση RNA

Στάδιο b: Σήμανση και ποσοτικοποίηση περιοχή καρκίνος

Ένα ψηφιακό σαρωτή παθολογία διαφανειών (iScan Coreo, Ventana Medical Systems, Inc.) χρησιμοποιήθηκε για την τεκμηρίωση της εικόνας με βάση της περιοχής του καρκίνου σημαντική για να ξύνεται και να αναλυθούν. Πρώτον, η αρχική Η &? Ε βάφονται slide που παράγεται στο στάδιο (α) ήταν ψηφιακά σαρωθεί. Η σαρωμένη εικόνα σε μεγέθυνση έως και 20 φορές, η περιοχή του καρκίνου σημαδεύτηκε, και υπολογίζεται χρησιμοποιώντας την προβολή εικόνων λογισμικού (Image Viewer, Ventana Medical Systems, Inc.). Επιπλέον, σημειώθηκαν το πρώτο και το δεύτερο πρότυπα Gleason. Στη συνέχεια, τα σήματα περιοχή καρκίνο είχαν αντιγραφεί από την εικόνα και σημειώνονται πίσω στο αρχικό H & amp? Ε βιτρό διαφανειών με τη χρήση μικροσκοπίου, που χρησιμεύει ως ένα «χάρτη» που καθοδηγείται τα καρκινικά κύτταρα διαδικασία απόξεση

Στάδιο γ: Το ξύσιμο. περιοχή καρκίνο

Χρησιμοποιώντας την σήμανση H & amp?. Ε βιτρό διαφάνεια ως ένα χάρτη, εντοπίστηκαν οι αντίστοιχες περιοχές των μη χρωματισμένων 10 μm πάχους τομές FFPE. Για κάθε πρότυπο Gleason, μια περιοχή τουλάχιστον 10 mm

2 καρκινικών κυττάρων που περιέχουν ιστό ξύστηκε σε DNase /ελεύθερο σωλήνες Μικροφυγόκεντρος RNase χρησιμοποιώντας μια νέα αναλώσιμη νυστέρι για κάθε δείγμα που πρόκειται να εξαχθεί. Η πλειονότητα των ξύνεται δείγματα περιείχαν περισσότερο από το 70% του καρκίνου των επιθηλιακών κυττάρων.

μετρήσεις δειγμάτων

Για κάθε μέτρηση του δείγματος, το υλικό του όγκου από έναν τύπο παθολογικών σχέδιο (μοτίβο Gleason όγκου ή καλοήθη πρότυπο) ήταν συλλέγονται, μερικές φορές από διαφορετικές βιοψίες από τον ίδιο ασθενή, σε ένα φιαλίδιο για περαιτέρω ανάλυση. Αυτό σημαίνει ότι οι παθολόγοι συλλέγονται περιοχές καρκίνου με τον ίδιο ιστοπαθολογική τύπο κυττάρων από μία ή περισσότερες βιοψίες για τη συγκομιδή επαρκής ιστός για την αναλυτική διαδικασία. Το ποσοστό του υλικού όγκου σε κάθε δείγμα περιείχε καρκινικών κυττάρων αξιολογήθηκε και επιβεβαιώθηκε από παθολόγους χρησιμοποιώντας ψηφιακά σαρωμένες εικόνες του Η &? Ε χρώση διαφάνειες. Ορίζουμε ένα δείγμα καρκίνου ως μέτρηση σε ένα δείγμα όγκου με ένα μεγάλο κλάσμα των καρκινικών κυττάρων, καθώς και μια καλοήθους δείγματος (από τον ίδιο ασθενή με καρκίνο του προστάτη που περιλαμβάνονται στη μελέτη) ως μέτρηση σε ένα δείγμα ιστού του προστάτη που περιέχει μόνο καλοήθη κύτταρα.

Συνολικά, παρήχθησαν 127 έγκυρες μετρήσεις δειγμάτων που προέρχονται από 43 ασθενείς. Για αυτούς τους 43 ασθενείς, μετρήσαμε 97 δείγματα καρκίνου. Για 30 από τους 43 ασθενείς, ένας καλοήθης δείγμα ανά ασθενή συλλέχθηκε και μετρήθηκε, εκτός από τα δείγματα του καρκίνου τους (Πίνακας 1).

Η

Μεταξύ των μετρήσεων δειγμάτων καρκίνου, 33 από τους 43 ασθενείς είχαν δύο δείγματα καρκίνος αξιολογήθηκαν, οι υπόλοιποι ασθενείς είχαν τρία ή τέσσερα δείγματα του καρκίνου αξιολογείται. Από 41 ασθενείς υπήρχε ένα πρωταρχικό δείγμα καρκίνου και τουλάχιστον ένα δεύτερο δείγμα καρκίνου διαθέσιμα. Οι υπόλοιποι 2 ασθενείς είχαν δύο πολύ παρόμοια δείγματα πρωτοπαθή καρκίνο σε σχέση με το πρότυπο Gleason (Πίνακας 1).

Ολικό RNA εκχύλιση

Ολικό RNA εξήχθη από δείγματα αποξέστηκαν ιστού με τη χρήση της υψηλής καθαρότητας FFPE RNA Micro Kit (Roche Applied Science /Roche Diagnostics GmbH, αριθμός καταλόγου: 4823125001) σύμφωνα με τις οδηγίες του προμηθευτή. Εκχυλισμένο RNA αμέσως υποβλήθηκε σε ανάλυση qRT-PCR.

One-Step qRT-PCR αντίδραση

Τα επίπεδα έκφρασης του IGFBP3, F3, VGLL3 και GAPDH μετρήθηκαν χρησιμοποιώντας μια έκδοση προ-παραγωγής του το εμπορικό κιτ Prostatype qRT-PCR, (Chundsell Medicals AB, Σουηδία). Αυτό είναι ένα τεσσάρων-πολυπλεξίας ενός σταδίου qRT-PCR κιτ, το οποίο είναι ειδικά σχεδιασμένα για τη μέτρηση των επιπέδων γονιδιακής έκφρασης των τριών γονιδίων βιοδείκτη IGFBP3, F3, και VGLL3, κανονικοποιημένο με το επίπεδο έκφρασης του γονιδίου GAPDH (γλυκεραλδεΰδης αφυδρογονάση 3-φωσφορικής ) σε RNA που εκχυλίζεται από δείγματα καρκινικού ιστού ανθρώπινου προστάτη FFPE. Οι πληροφορίες αλληλουχίας των ανιχνευτών και εκκινητών έχει αναφερθεί προηγουμένως [4]. Εκχυλίστηκε το ολικό RNA μπορεί να χρησιμοποιηθεί για την αντίδραση αυτή qRT-PCR αμέσως, ακόμη και χωρίς την ποσοτικοποίηση της εισόδου του RNA σύμφωνα με τις οδηγίες χρήσης. Το κιτ περιέχει περαιτέρω θετικών και αρνητικών μαρτύρων, τα οποία αναλύθηκαν μαζί με κάθε παρτίδα δειγμάτων καρκίνου του ιστού του προστάτη. Οι μετρήσεις πραγματοποιήθηκαν με τη χρήση Roche LightCycler 480 μέσο ΙΙ, μια πλατφόρμα qPCR κατά την οποία μια μέθοδος χρώμα αποζημίωση τρέχει πριν από την εκτέλεση της ανάλυσης qPCR.

Η ανάλυση των δεδομένων

Ct τιμές όλων των παρτίδων των δειγμάτων ήταν εξάγεται σύμφωνα με τις οδηγίες των κατασκευαστών (Roche και Chundsell Medicals). Μια παρτίδα των πειραμάτων qRT-PCR θεωρείται έγκυρη μόνο αν θετικούς και αρνητικούς μάρτυρες ήταν έγκυρη. Δείγματα με GAPDH Ct τιμή του ≥29.0 αποκλείστηκαν λόγω του χαμηλού ύψους της εξάγεται RNA. Τα επίπεδα έκφρασης των γονιδίων IGFBP3, F3, και VGLL3 ομαλοποιήθηκαν με εκείνη της GAPDH και παρουσιάστηκαν ως δέλτα Ct τιμή, η οποία συσχετίζεται αντίστροφα με το επίπεδο έκφρασης γονιδίου. Αυτές οι τιμές δέλτα Ct χρησιμοποιήθηκαν για τη στατιστική ανάλυση των θετικών επιδόσεων δείγμα ελέγχου. τιμές δέλτα Ct χρησιμοποιήθηκαν περαιτέρω για να σχηματίσουν Diff (δέλτα Ct) = max (δέλτα τιμή Ct) -min (δέλτα τιμή Ct) για δύο διαφορετικά δείγματα όγκων που λαμβάνονται από τον ίδιο ασθενή. Ιστογράμματα και scatterplots χρησιμοποιήθηκαν στην ανάλυση των Diff (δέλτα Ct).

, Δύο διαφορετικά δείγματα καρκίνου αξιολογήθηκαν

Αποτελέσματα

Για την πλειοψηφία των ασθενών (76,7%). Οι υπόλοιποι ασθενείς είχαν τρία ή τέσσερα δείγματα διαφορετικών καρκίνο αξιολογήθηκαν (Πίνακας 1). Οι περισσότεροι από τους ασθενείς ελέγχθηκαν σε 2 μετρήσεις δειγμάτων, που το καθένα περιέχει δύο μοτίβα Gleason. Η κατανομή των ασθενών σύμφωνα με το σκορ Gleason δείχνει ότι πάνω από το 80% των ασθενών είχαν περίεργη Gleason σκορ όπως 3 + 4/4 + 3 (7) ή 4 + 5/5 + 4 (9). Στην πλειονότητα (79,4%) των μετρήσεων δείγματος καρκίνος του πρωτογενούς και δευτερογενούς μοτίβα όγκου, το υλικό χαρτομάντηλων που περιέχονται περισσότερο από 90% του καρκίνου των επιθηλιακών κυττάρων. Οι υπόλοιπες μετρήσεις του πρωτογενούς και δευτερογενούς μοτίβα όγκου είχαν μεγαλύτερες αναλογίες στρωματικά κύτταρα, σε μερικές περιπτώσεις ακόμη και περισσότερο από το 40% των κυττάρων του στρώματος.

Οι αποκλίσεις στα επίπεδα έκφρασης των τριών γονιδίων υπογραφή (IGFBP3, F3, και VGLL3 ) σε πολλαπλά δείγματα καρκίνου από τον ίδιο τον ασθενή, ιδιαίτερα σε αυτές τις μετρήσεις δειγμάτων καρκίνου που αντιπροσώπευε το πρώτο και το δεύτερο πρότυπα Gleason, χρησιμοποιήθηκαν για την εκτίμηση των επιπτώσεων του χειριστή για το αναφερόμενο αποτέλεσμα. Οι διαφορές στις δέλτα Ct τιμές των γονιδίων υπογραφή από μετρήσεις δείγμα που λαμβάνεται από τον ίδιο ασθενή χρησιμοποιήθηκαν για να χαρακτηρίσουν γονίδιο μεταβλητότητα επίπεδο έκφρασης. Για παράδειγμα, για ένα συγκεκριμένο ασθενή, η διαφορά του δέλτα Ct τιμή του F3 ισούται δέλτα Ct F3 από το δείγμα ένα μείον δέλτα Ct F3 από το δείγμα δύο. Οι τιμές δέλτα Ct για πρωτογενή δείγματα καρκίνου φαίνεται στον Πίνακα S1.

Για να απεικονίζουν την κατανομή του δέλτα διαφορές τιμής Ct (Diff (δέλτα Ct)), που δημιουργούνται ιστογράμματα συχνότητας των διαφορών για κάθε ένα από τα τρία τα επίπεδα έκφρασης γονιδίων »που ελήφθη στο μετρήσεις δείγματος για ένα ορισμένο ασθενή (Σχήμα 1). Ένα ιστόγραμμα αντιπροσωπεύει πινακοποιημένες συχνότητες, εμφανίζεται ως ορθογώνια, στήθηκε πάνω διακριτά διαστήματα (δηλ Diff (δέλτα Ct)), το καθένα με μια περιοχή ανάλογη με τη συχνότητα των παρατηρήσεων σε αυτό το διάστημα. Στο πλαίσιο αυτό, με μια αύξηση 1,0 σε Diff (δέλτα Ct) για κάθε διάστημα, η συχνότητα των παρατηρήσεων μετρήθηκε σε κάθε διάστημα, ίσο με το εμβαδόν ενός ορθογωνίου.

Ο ίδιος ορισμός των μετρήσεων του δείγματος, όπως περιγράφεται στο Υλικά και Μέθοδοι τμήμα χρησιμοποιείται εδώ. Τα επίπεδα έκφρασης των τριών γονιδίων μετρήθηκαν ως τιμές δέλτα Ct (Ct δηλ αξία του γονιδίου-Ct τιμή του GAPDH). Οι διαφορές στα επίπεδα έκφρασης γονιδίων μεταξύ διαφορετικών δειγμάτων που προέρχονται από τον ίδιο ασθενή που παρουσιάζεται ως Diff (δέλτα Ct), = max (δέλτα τιμή Ct) -min (δέλτα Ct τιμή). Εκτιμήσαμε την ομοιότητα των επιπέδων γονιδιακής έκφρασης σε βιοψίες όγκων με τη σύγκριση τιμών των τριών γονιδίων »Diff (δέλτα Ct) σε πρωτογενή και δευτερογενή δείγματα καρκίνου από 43 ασθενείς (Πλαίσια Α, Β και C) και την παρουσίαση αποτελέσματα με τη μορφή ιστογραμμάτων συχνότητας. Μεταξύ αυτών των ασθενών, 30 ασθενείς μετρήθηκαν επίσης για έκφραση γονιδίου σε τους συνοδεύουν δείγματα καλοήθη προστάτη ιστών, και τα αποτελέσματα παρουσιάζονται στα δεξιά πάνελ (Πάνελ D, Ε και F), όπως ιστογράμματα συχνότητας Diff (δέλτα Ct) τιμές μεταξύ του πρωτεύοντος δείγματα καρκίνου και καλοήθεις δείγματα. Οι μετρήσεις συχνότητας για διαφορές αξία δέλτα Ct εντός 0-1,0 ή 1,0-2,0 διάστημα ήταν δραματικά υψηλότερα από εκείνα με διαφορές μεγαλύτερες από 2,0 για IGFBP3 και F3, όπως φαίνεται στα αριστερά πάνελ σύγκρισης. Σε σύγκριση με το αριστερό πάνελ, οι τιμές Diff (δέλτα Ct) στα δεξιά πάνελ έδειξαν μεγαλύτερη συχνότητα στις μεγαλύτερες Diff διαστήματα αξία (Ct δέλτα) και για τα τρία γονίδια, αλλά ιδιαίτερα για VGLL3.

Η

Εικόνα 1Α, Β, Γ δείχνει ιστογράμματα των Diff (δέλτα Ct) για τα τρία διαφορετικά γονίδια κατά τη σύγκριση της πρωτοβάθμιας και δευτεροβάθμιας μοτίβα όγκου Gleason. Για IGFBP3, 34 από 43 ασθενείς (79%), το Diff (δέλτα Ct) εντός μετρήσεις ήταν μικρότερη από 2,0. Για F3, 32 από 43 (74%) ασθενείς είχαν Diff (δέλτα Ct) μικρότερη από 2,0. Για VGLL3, μόνο 20 (46,5%) ασθενείς είχαν Diff (δέλτα Ct) ≤2.0, 14 (32,5%) ασθενείς είχαν Diff (δέλτα Ct) τιμές στην περιοχή 2,0-4,0 και οι υπόλοιποι 9 ασθενείς είχαν διαφορές στο δέλτα Ct τιμή που υπερβαίνει 4. παρατηρήθηκε επίσης ότι οι μέσες τιμές Ct του IGFBP3, F3 και VGLL3 όλων των μετρήσεων δείγματος 97 του καρκίνου ήταν 28,7, 28,3 και 33,2 αντίστοιχα, γεγονός που σημαίνει ότι VGLL3 γενικά είχαν χαμηλότερα επίπεδα έκφρασης σε σύγκριση με IGFBP3 και F3 σε δείγματα καρκίνου του προστάτη.

παράλληλα με τις μετρήσεις του δείγματος, το δείγμα θετικού ελέγχου μετρήθηκε 40 φορές. Για μετρήσεις θετικό έλεγχο IGFBP3, η αναφερόμενη δέλτα Ct τιμή ήταν κατά μέσο όρο 3,68, η τυπική απόκλιση ήταν 0.42, και οι τιμές max /min ήταν 4,37 /2,62. Για F3, οι αντίστοιχες τιμές ήταν 1,87? 0,37? 2.61 /0.71, και για VGLL3, ήταν 5,12? 0,36? 5.91 /3.76. Με βάση αυτό, η τυπική απόκλιση του δέλτα τιμές Ct από πείραμα σε πείραμα, λόγω της δοκιμασίας όπως αυτό εκτιμάται ότι είναι δύο τυπικών αποκλίσεων, δηλαδή 0,84 για IGFBP3, 0,74 για το F3 και 0,72 για VGLL3.

Εικόνα 1D , E, F δείχνει ιστογράμματα του Diff (δέλτα Ct) για τα τρία γονίδια υπογραφή κατά τη σύγκριση των πρωτογενών πρότυπο όγκου με καλοήθη ιστό. Σε αυτή τη σύγκριση, IGFBP3 παρέχονται συστηματικά τιμές παρόμοιο με το Diff (δέλτα Ct) μέσα στα πρωτογενή και δευτερογενή δείγματα καρκίνου από κάθε ασθενή (Εικόνα 1D). Στην πραγματικότητα, το κύριο μοτίβο ήταν σχεδόν εξίσου παρόμοια με την καλοήθη πρότυπο ως προς το δευτερεύον πρότυπο. Για F3, ο πρωταρχικός-καλοήθης ομοιότητα ήταν μικρότερη από την πρωτοβάθμια στη δευτεροβάθμια ομοιότητα (Σχήμα 1Ε). VGLL3 έδειξε μεγάλο Diff (δέλτα Ct) ασυμφωνίες μεταξύ του πρωτεύοντος προτύπου όγκου Gleason και η καλοήθης δείγματος (Σχήμα 1 F).

Ένας εναλλακτικός τρόπος για να απεικονίζουν τις διαφορές στην έκφραση των γονιδίων μεταξύ πρωτοβάθμιας και δευτεροβάθμιας μοτίβα όγκου είναι να scatterplots του δέλτα Ct τιμές από μετρήσεις αυτών των δειγμάτων καρκίνου (Σχήμα 2). Σε αυτή την άποψη, είναι σαφές ότι η συγκρισιμότητα είναι καλή, ιδιαίτερα για τα χαμηλά δέλτα Ct τιμές, με εξαίρεση λίγων ακραίων τιμών (κόκκινοι κύκλοι). Το χαμηλότερο βαθμό συγκρισιμότητας για VGLL3 οφείλεται κυρίως σε διαφορές σε υψηλές δέλτα τιμές Ct που σημαίνει σχετικά χαμηλά επίπεδα έκφρασης (διακεκομμένη πλατεία γραμμή).

Για να μετρήσει πόσο παρόμοια τα πρωτογενή και δευτερογενή δείγματα καρκίνου ήταν από την άποψη της τα επίπεδα γονιδιακής έκφρασης, και περαιτέρω για την ανάλυση ακραίων τιμών, δημιουργήσαμε scatterplots των επιπέδων γονιδιακής έκφρασης από τις δύο μετρήσεις. Τα επίπεδα έκφρασης των τριών γονιδίων υπογραφή εμφανίζονται ως τιμές δέλτα Ct χρησιμοποιώντας την ίδια εξίσωση όπως περιγράφεται στη λεζάντα του σχήματος 1. Το πρωτεύον και δευτερεύον μετρήσεις δειγμάτων καρκίνο αναφέρονται στις δύο μετρήσεις που περιέχει το πρώτο και το δεύτερο πιο κοινά πρότυπα Gleason. Οι δύο τύποι δειγμάτων καρκίνου από 43 ασθενείς σε σύγκριση με τη χρήση scatterplots. Κόκκινοι κύκλοι δείχνουν τις ακραίες τιμές, οι οποίες ερευνήθηκαν περαιτέρω σχετικά με την ποσότητα των εισροών ιστό και τα ποσοστά των κυττάρων του καρκίνου του επιθηλίου. Διακεκομμένη γραμμή δείχνει πλατεία μετρήσεις VGLL3 που είχαν υψηλά δέλτα Ct τιμές και η κακή επαναληψιμότητα.

Η

Οι ακραίες τιμές στα scatterplots των τριών γονιδίων στο Σχήμα 2 (κόκκινοι κύκλοι) ερευνήθηκαν περαιτέρω από τον έλεγχο της εισόδου του ιστού, τα ποσοστά των καρκινικών κυττάρων του σημειώνονται περιοχές ή τις ειδικές ιστοπαθολογική μοτίβα των επιλεγμένων περιοχών του καρκίνου. Η πλειονότητα των ακραίων τιμών ελήφθησαν από τα δείγματα που είχαν ένα από τις ακόλουθες ιδιότητες: & lt? 0,1 mm

3 εισόδου ιστού, που περιέχουν & gt? 30% στρωματικά κύτταρα ή εκπροσωπούν διηθητική /επεμβατική τύπου καρκίνου, μέσα στο οποίο τα καρκινικά κύτταρα συνήθως εγκλείονται από στρωματικά κύτταρα. Αυτό το είδος του ιστού βρέθηκε σε 4 από τα 5 ακραίων τιμών για IGFBP3, για F3 3 5 και για VGLL3 4 της 6. Ένας ασθενής που παράγονται ακραίες τιμές σε όλες τις τρεις συγκρίσεις, και ένας άλλος ασθενής που παράγονται ακραίες τιμές τόσο για F3 και VGLL3. Remaining ακραίες τιμές δεν θα μπορούσε να εξηγηθεί.

Συζήτηση

Αυτό το έργο αξιολογεί τον αντίκτυπο του χειριστή για την επιλογή των οποίων η βιοψία πρέπει να χρησιμοποιούνται για την ανάλυση της γονιδιακής έκφρασης. Προκειμένου να ελαχιστοποιηθεί η συνολική διακύμανση των αποτελεσμάτων των δοκιμών σε προσδιορισμούς γονιδιακής έκφρασης, είναι σημαντικό να εκτιμηθεί η μεταβλητότητα που προκαλείται από υποκειμενικές αποφάσεις και με τον τρόπο αυτό τη δυνατότητα να μειωθεί η διακύμανση μέσω της βελτίωσης πρακτικές διαδικασίες. Στην πραγματικότητα, αυτή η μελέτη ενός τριών γονιδίων υπογραφή έκφρασης σε καρκίνο του προστάτη περιλαμβάνεται ένα μεγάλο ποσοστό (80%) των ασθενών με περίεργο Gleason στείλει όπως 3 + 4/4 + 3 (δηλαδή 7) ή 4 + 5/5 + 4 ( δηλαδή 9), όπου θεωρούμε τον κίνδυνο για τα λάθη χειριστή να είναι μεγαλύτερη.

Τα γονίδια IGFBP3 και F3 εμφάνισαν περιορισμένη διαφορές στα επίπεδα έκφρασης μέσα σε δείγματα καρκίνου των επιθηλιακών κυττάρων, κατά τη σύγκριση των δέλτα τιμές Ct από διάφορες βιοψίες που προέρχονται από το ίδιο ασθενή. Μέσα μετρήσεις του καρκίνου του ιστού που αντιπροσωπεύουν διαφορετικά ιστοπαθολογικά καθορίζεται Gleason σχέδια, η τυπική απόκλιση ήταν 1-2 δέλτα μονάδες τιμή Ct. Κατά τη σύγκριση μια βιοψία με καλοήθη κύτταρα με εκείνη της πρωτογενούς πρότυπο Gleason, μια παρόμοια παραλλαγή παρατηρήθηκε για IGFBP3 και ελαφρώς μεγαλύτερη παραλλαγή για F3. Δεδομένου ότι η θετική μεταβολή έλεγχος ήταν 0,7-0,8 μονάδες δέλτα Ct τιμή, η επιλογή της βιοψίας είναι μία πηγή σφάλματος και την παραλλαγή του παρόμοιου μεγέθους, όπως η ίδια δοκιμασία.

Η σύγκριση των δέλτα Ct τιμές από δείγματα ιστού που προέρχονται από ο ίδιος ασθενής μπορεί να πραγματοποιηθεί με πολλούς τρόπους. Με την πρόσβαση σε πολλαπλές βιοψίες από μόνο 43 ασθενείς, ο αριθμός των κατάλληλων μεθόδων για τη σύγκριση εξόδου δυστυχώς περιορισμένη. Έχουμε επιλέξει να χρησιμοποιούν ιστογράμματα για να παρουσιάσει τις διαφορές, διότι αυτό παρέχει μια σαφή εικόνα της κατανομής των διαφορών. Για παράδειγμα, στο Σχήμα 1Α είναι προφανές ότι η πλειοψηφία των δέλτα Ct διαφορές κατά τη σύγκριση των πρωτογενών και δευτερογενών δείγμα καρκίνου είναι μεταξύ 0 και 2 μονάδες Ct δέλτα, που συνοδεύεται από μερικές ακραίες τιμές. Οποιαδήποτε προσπάθεια να εκτιμηθεί αντιστοιχία με τη χρήση στατιστικών μεθόδων θα πρέπει να μεροληπτεί σε μεγάλο βαθμό από τις ακραίες τιμές, ως εκ τούτου, η επιλογή του ιστογράμματος αναπαράσταση των αποτελεσμάτων, η οποία συνοδεύεται από scatterplots.

Οι μετρήσεις των επιπέδων έκφρασης VGLL3 έδειξαν μεγαλύτερη διακύμανση μεταξύ των βιοψιών, οι οποίες κατά κύριο λόγο προκλήθηκε από ένα χαμηλό επίπεδο έκφρασης σε κύτταρα καρκίνου του προστάτη σε σύγκριση με τα άλλα δύο γονίδια υπογραφής. Η μέση δέλτα Ct του VGLL3 σε προσδιορισμούς θετικού ελέγχου έδειξε τον ανιχνευτή και εκκινητές για VGLL3 είναι επαρκώς λειτουργική, πράγμα που σημαίνει ότι το επίπεδο έκφρασης της VGLL3 είναι πραγματικά χαμηλές σε ιστό προστάτη. Ακριβή ποσοτικοποίηση των επιπέδων αυτών χαμηλή έκφραση μπορεί πιθανώς να βελτιωθεί με την αύξηση της εισόδου του υλικού καρκινικού ιστού, έτσι ώστε να ενισχυθεί το σήμα. Άλλοι παράγοντες που μπορούν να επηρεάσουν μεταβλητότητα των μετρήσεων VGLL3 είναι παραλλαγές στην περιεκτικότητα στρωματικό κύτταρο στα διάφορα δείγματα βιοψίας ή μη ομοιόμορφο αποικοδόμηση του mRNA, πράγμα που σημαίνει ότι VGLL3 μπορεί να υποφέρουν από πιο εκτεταμένη αποικοδόμηση από τα άλλα δοκιμάστηκαν γονίδια ή μπορεί να διανέμεται διαφορετικά μεταξύ επιθηλιακών και διάφορες στρωματικά κύτταρα.

Οι μετρήσεις του γονιδίου υπογραφής σε καλοήθη ιστό αποκάλυψε ότι IGFBP3 παρέχονται συστηματικά παρόμοιες τιμές με εκείνες στον ιστό του όγκου από τον ίδιο ασθενή, F3 παρέμεινε παρόμοια, αλλά με μεγαλύτερη μεταβολή, και VGLL3 ήταν εξαιρετικά μεταβλητή. Δεδομένου ότι οι ιστοί που χρησιμοποιούνται για τον καρκίνο μέτρησης που περιλαμβάνονται ποικίλα επίπεδα στρωματικά κύτταρα, αυτό το είδος ανάλυσης, είναι σημαντικό να μάθουν πώς να καθοδηγήσει τον χειριστή στην επιλογή βιοψία. Σε μετρήσεις γονιδιακής έκφρασης των δύο IGFBP3 και F3, πρωτογενή και δευτερογενή πρότυπα όγκου παρέχονται τα αποτελέσματα που βρίσκονται σε συμφωνία, και γι ‘αυτές τις περιπτώσεις ήταν γνωστό ότι μόνο ένα μικρό κλάσμα των δειγμάτων όγκου στην πραγματικότητα περιείχε στρωματικά κύτταρα. Από F3 χάσει μέρη του συγκρισιμότητας επιπέδου έκφρασης προς μόνο καλοήθη ιστό, είναι σημαντικό να έχουμε ένα μεγάλο κλάσμα των κυττάρων όγκου στο δείγμα βιοψίας που χρησιμοποιούνται για την ανάλυση γονιδιακής έκφρασης. τρέχουσα καλύτερη εκτίμηση μας είναι ότι περίπου τα 2/3 του υλικού του ιστού θα πρέπει να περιέχει καρκίνου επιθηλιακών κυττάρων για την F3 για να παράγουν συγκρίσιμα αποτελέσματα. Για VGLL3, η συγκρισιμότητα είναι κακή, αλλά είναι άγνωστο εάν αυτό σχετίζεται με αυτό το γονίδιο που διαφορετικά εκφράζεται σε όγκο contra καλοήθη ιστό, σε επιθηλιακά καρκινικά κύτταρα έναντι στρωματικά κύτταρα ή αν αυτό είναι απλώς ένα αποτέλεσμα των τεχνικών δυσκολιών στη μέτρηση χαμηλή έκφραση επίπεδα.

μια σημαντική παρατήρηση είναι ότι ο αντίκτυπος της επιλογής του φορέα του οποίου η βιοψία είναι η κύρια άποψη του προτύπου του όγκου (Gleason μοτίβο) δεν είναι μια κυρίαρχη πηγή σφάλματος για τα δύο γονίδια που εκφράζεται έντονα, δηλαδή IGFBP3 και F3. Αυτό σημαίνει ότι μια ανάλυση γονιδιακής έκφρασης χρησιμοποιώντας IGFBP3 και F3 θα είναι ευαίσθητη σε μέτρια διαφορές της ταξινόμησης Gleason. Επιπλέον, για IGFBP3 και F3 η διαδικασία δεν είναι ευαίσθητη στο κλάσμα των στρωματικών κυττάρων, όσο περίπου 2/3 του υλικού ιστού είναι καρκινικά κύτταρα. Αυτές οι δύο πτυχές είναι σημαντικοί παράγοντες που συμβάλλουν σε μια πραγματικά αντικειμενική αξιολόγηση της γονιδιακής έκφρασης του ασθενούς, ο οποίος όταν συνδυάζεται με τις παραδοσιακές κλινικές παραμέτρους όπως το σκορ Gleason μπορεί να συμβάλει στην πιο ακριβή προγνωστικά καταστάσεων. Μια άλλη σημαντική παρατήρηση είναι ότι, εφόσον η ανάλυση της έκφρασης των δειγμάτων που αντιπροσωπεύουν τα πρωτογενή και δευτερογενή μοτίβα είναι παρόμοια για IGFBP3 και F3, δεν υπάρχει καμία ανάγκη για να κρατήσει τους χώρισε, αλλά όλο το υλικό όγκου από ένα και μόνο βιοψία μπορεί πιθανότατα να συλλέγεται σε ένα φιαλίδιο για ανάλυση γονιδιακής έκφρασης. Για VGLL3, οι πιο παρατηρούμενες μεγάλες διαφορές συνέβησαν σε χαμηλά επίπεδα έκφρασης. Μόνο μετά την αναλυτική διαδικασία έχει τροποποιηθεί για να χειριστεί τέτοιες μικρές ποσότητες, το προφίλ απόδοσης για VGLL3 σε μια ποικιλία σχεδίων όγκου μπορεί να διερευνηθεί.

Συχνά, όταν ένα προγνωστικό ή διαγνωστικό πίνακα γονιδιακής έκφρασης έχει αναπτυχθεί στις μεγάλες και φρέσκα (ή κατεψυγμένα) υλικό ιστού από χειρουργική δείγματα η πρόκληση θα θέσει στη μεταφορά της ανάλυσης για να χειριστεί τα δείγματα, τα οποία είναι διαθέσιμα στην καθημερινή κλινική πρακτική, ιδίως με τη χρήση βιοψίας δείγματα που περιέχουν μικρές περιοχές καρκίνου. τομές ιστού FFPE είναι κοινά σε ρουτίνα διάγνωσης του καρκίνου, αλλά περιέχουν κατώτερης ποιότητας DNA /RNA, λόγω των σκληρών βήματα προετοιμασίας ιστού και μακροχρόνια αποθήκευση. Η έκθεση αυτή δείχνει ότι για τα δύο γονίδια υψηλής έκφρασης, η επιλογή του δείγματος οι οποίες ιστού για να αναλύσει έχει μικρό (εάν υπάρχουν) επίδραση στο αποτέλεσμα της ανάλυσης, το οποίο είναι ενθαρρυντικό για τη γενική περίπτωση μεταφοράς προσδιορισμών γονιδιακής έκφρασης από φρέσκο ​​υλικό ιστού σε υλικό FFPE .

για τους σκοπούς της χρήσης του IGFBP3, προφίλ έκφρασης γονιδίου F3, VGLL3 για την παροχή συμπληρωματικών πληροφοριών σχετικά με την πρόγνωση της νόσου του καρκίνου του προστάτη κάθε ασθενούς, απαιτείται έγκυρα δεδομένα δοκιμασίας. Η εν λόγω έκθεση καταλήγει στο συμπέρασμα ότι η εξάρτηση φορέας εκμετάλλευσης δεν θα είναι μια κυρίαρχη πηγή σφάλματος για IGFBP3 και F3 σε αυτό το προφίλ γονιδιακής έκφρασης, η οποία είναι κρίσιμης σημασίας για την πρακτική εφαρμογή της ανάλυσης γονιδιακής έκφρασης σε χρήση ρουτίνας. Το προφίλ της γονιδιακής έκφρασης αυτή τη στιγμή αξιολογείται σε υλικό ασθενών με καρκίνο του προστάτη για την ικανότητά του να βοηθήσει στη λήψη προγνωστική αποφάσεις, και τα αποτελέσματα αυτής της μελέτης θα πρέπει να αναφέρονται σε μεταγενέστερο χρόνο.

Σε περίπτωση που η διαπίστωση που αναφέρονται στην παρούσα έκθεση αποδεικνύει γενικά, τα δικαιολογητικά που αποδεικνύουν την υποκείμενη «βλαστική ικανότητα» υπόθεση στην έναρξη και την εξέλιξη της (προστάτη) καρκίνου θα ενισχυθεί. Καθώς τα επίπεδα γονιδιακής έκφρασης του IGFBP3 και F3 ήταν ανεξάρτητες από ιστοπαθολογικών ταξινόμησης στην περιοχή του καρκίνου του προστάτη, το ίδιο όπως σε καλοήθεις περιοχή, το γονίδιο υπογραφή μπορεί να αντανακλά υποκείμενη παθογενετικών μηχανισμών του καρκίνου του προστάτη. Με βάση αυτή την παρατήρηση, οι μεταφορές δοκιμασία θα έχουν ένα υψηλό ποσοστού επιτυχίας στην κλινική πρακτική.

Συνοπτικά, αναφέρουμε ότι η επιλογή του φορέα εκμετάλλευσης του οποίου η βιοψία να διεξάγει ανάλυση της γονιδιακής έκφρασης σε δεν έχει κυρίαρχη επίδραση στις τα αποτελέσματα των μετρήσεων έκφρασης γονιδίου IGFBP3 και F3 στα κύτταρα του καρκίνου των επιθηλιακών. Η ανάλυση των επιπέδων έκφρασης των γονιδίων VGLL3 θα επωφεληθούν από τη βελτιστοποίηση λόγω γενικά χαμηλά επίπεδα έκφρασης.

Υποστήριξη Πληροφορίες

Πίνακα S1.