Αφηρημένο

Συσσωρευμένα στοιχεία δείχνουν ότι οι μεταβολές στη λειτουργία του ανοσοποιητικού συστήματος μπορεί να είναι σημαντικές στην αιτιολογία του θηλώδους καρκίνου του θυρεοειδούς (PTC). Για τον εντοπισμό γενετικών δεικτών σε συνδέονται με το ανοσοποιητικό μονοπάτια, αξιολογήσαμε 3.985 ετικέτα πολυμορφισμούς μονών νουκλεοτιδίων (SNPs) σε 230 υποψήφιων γονιδίων περιοχές (πρόσφυση-εξαγγείωση-μετανάστευση, τον μεταβολισμό του αραχιδονικού οξέος /εικοσανοειδών σηματοδότησης, συμπληρώνουν και καταρράκτη της πήξης, σηματοδότησης κυτοκινών, έμφυτη την ανίχνευση του παθογόνου και αντιμικροβιακά, λευκοκυττάρων σηματοδότησης, TNF /NF-kB οδού ή άλλα) σε μια μελέτη ασθενών-μαρτύρων των 344 περιπτώσεων PTC και 452 μάρτυρες. Χρησιμοποιήσαμε μοντέλα λογιστικής παλινδρόμησης για την εκτίμηση αναλογίες πιθανοτήτων (OR) και υπολογίζει ένα βαθμό ελευθερίας

P

τιμές της γραμμικής τάσης (

P

SNP-τάση

) για τη συσχέτιση μεταξύ του γονότυπου ( κοινή ομόζυγο, ετερόζυγη, παραλλαγή ομόζυγη) και τον κίνδυνο της PTC. Για να διορθωθεί για πολλαπλές συγκρίσεις, εφαρμόσαμε τη μέθοδο ποσοστό εσφαλμένης ανακάλυψη (FDR). Γονίδιο περιοχή- και πορεία σε επίπεδο συλλόγων (

P

Περιφέρεια

και

P

Διαδρομή

) εκτιμήθηκαν συνδυάζοντας μεμονωμένες

P

SNP-τάση

αξίες με τη χρήση της μεθόδου προϊόν κομμένης προσαρμοστική κατάταξη. Δύο SNPs (rs6115, rs6112) στο

SERPINA5

γονίδιο συσχετίστηκε σημαντικά με τον κίνδυνο της PTC (

P

SNP-FDR /P

SNP-τάση =

0,02 /6 × 10

-6 και

P

SNP-FDR /P

SNP-τάση =

0.04 /2 × 10

-5, αντίστοιχα). Οι ενώσεις αυτές ήταν ανεξάρτητες της ιστορίας της αυτοάνοσης θυρεοειδίτιδας (OR = 6.4? 95% διάστημα εμπιστοσύνης: 3,0 έως 13,4). Σε επίπεδο περιοχής του γονιδίου,

SERPINA5

ήταν ενδεικτικά σχετίζεται με τον κίνδυνο της PTC (

P

Region-FDR /P

Περιοχή =

0.07 /0.0003). Συνολικά, το συμπλήρωμα και πήξης οδού ήταν η πιο σημαντική οδός (

P

Διαδρομή

= 0.02) που συνδέονται με PTC κίνδυνο σε μεγάλο βαθμό οφείλεται στην ισχυρή επίδραση του

SERPINA5

. Τα αποτελέσματά μας απαιτούν αναπαραγωγή, αλλά δείχνουν ότι το

SERPINA5

γονίδιο, το οποίο κωδικοποιεί για τον αναστολέα της πρωτεΐνης C συμμετέχει σε πολλές βιολογικές διεργασίες, συμπεριλαμβανομένης της φλεγμονής, μπορεί να είναι μια νέα θέση ευαισθησίας για PTC

Παράθεση:. Brenner AV, Νέτα G, Sturgis EM, Pfeiffer RM, Hutchinson Α, Yeager M, et al. (2013) Κοινή ενός νουκλεοτιδίου πολυμορφισμών στα γονίδια που σχετίζονται με λειτουργία του ανοσοποιητικού και του κινδύνου του θηλώδους καρκίνου του θυρεοειδούς. PLoS ONE 8 (3): e57243. doi: 10.1371 /journal.pone.0057243

Επιμέλεια: Xiao-Ping Miao, Huazhong Πανεπιστήμιο Επιστήμης και Τεχνολογίας, η Κίνα

Ελήφθη: έβδομης Αυγούστου του 2012? Αποδεκτές: 18 του Ιανουαρίου του 2013? Δημοσιεύθηκε: 8 Μάρ, 2013

Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης, χωρίς όλα τα πνευματικά δικαιώματα, και δεν μπορεί να αναπαραχθεί ελεύθερα, διανεμηθεί, να μεταδοθεί, τροποποιηθεί, χτισμένο πάνω, ή ειδάλλως να χρησιμοποιηθεί από οποιονδήποτε για οποιονδήποτε νόμιμο λόγο. Το έργο γίνεται διαθέσιμα υπό την Creative Commons CC0 αφοσίωση δημόσιο τομέα

Χρηματοδότηση:. Το έργο αυτό χρηματοδοτήθηκε εν μέρει από το εσωτερικό ερευνητικό πρόγραμμα του Τμήματος Επιδημιολογίας Καρκίνου και Γενετικής, το Εθνικό Ινστιτούτο Καρκίνου, Εθνικό Ινστιτούτο Υγείας , με ομοσπονδιακά κονδύλια από το Εθνικό Ινστιτούτο Καρκίνου, Εθνικό Ινστιτούτο Υγείας, στο πλαίσιο της συμβάσεως αριθ HHSN261200800001E, και με επιχορήγηση από την American Thyroid Association (PI: EM Sturgis). Το περιεχόμενο αυτής της δημοσίευσης δεν αντανακλά απαραίτητα τις απόψεις ή τις πολιτικές του Τμήματος Υγείας και Ανθρωπίνων Υπηρεσιών, ούτε αναφέρει εμπορικών ονομάτων, εμπορικών προϊόντων ή οργανισμών υποδηλώνει την έγκριση από την κυβέρνηση των ΗΠΑ. Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:. Οι συγγραφείς έχουν τα εξής ενδιαφέροντα: συν-συγγραφείς AH και MY απασχολούνται από Πυρήνας γονοτυπική διευκόλυνσης, SAIC-Frederick Inc. Συν-συγγραφέας WW απασχολείται από Πληροφοριακών Συστημάτων διαχείρισης (ΣΟΔ), Silver Spring. Δεν υπάρχουν διπλώματα ευρεσιτεχνίας, τα προϊόντα για την ανάπτυξη ή την εμπορία προϊόντων που να δηλώνουν. Αυτό δεν αλλάζει την τήρηση των συγγραφέων σε όλες τις PLoS ONE πολιτικές για την ανταλλαγή δεδομένων και υλικών.

Εισαγωγή

καρκίνωμα του θυρεοειδούς είναι η πιο συχνή ενδοκρινική κακοήθεια και η συχνότητα της έχει αυξηθεί σε όλο τον κόσμο κατά τη διάρκεια του τελευταίου 40 έτη [1] – [3]. Αν και βελτιωμένη διάγνωση και την υποβολή εκθέσεων έχουν πιθανόν συνέβαλαν στην τάση αυτή, επιπλέον λόγοι παραμένουν ασαφείς [3]. ο καρκίνος του θυρεοειδούς είναι σταθερά πιο συχνή στις γυναίκες, με αναλογία θηλυκών προς αρσενικά σε ποσοστά εμφάνισης περίπου 3-1 [4]. Ένα από τα καλύτερα καθορίζονται αιτιολογικούς παράγοντες για καρκίνωμα του θυρεοειδούς και πιο κοινός τύπος του ιστολογικού, θηλώδους καρκίνου του θυρεοειδούς (PTC), είναι η έκθεση σε ιοντίζουσα ακτινοβολία κατά τη διάρκεια της παιδικής ηλικίας [5], [6]. μελέτες οικογενειακό ιστορικό δείχνουν ότι ο καρκίνος του θυρεοειδούς μπορεί να έχει μεγαλύτερη οικογενειακό στοιχείο από ό, τι άλλες μορφές καρκίνου με σχετικό κίνδυνο (RR) εκτιμήσεις των 3-4 ή υψηλότερη για ένα οικογενειακό ιστορικό σε συγγενείς πρώτου βαθμού [7], [8]. Πρόσφατες μελέτες συσχέτισης γονιδιώματος-ευρεία (GWAS) [9], [10] και μια μελέτη υποψήφιο γονίδιο [11] έχουν εμπλακεί με σαφήνεια το γονίδιο

FOXE1

, παλαιότερα γνωστή ως

TTF2

(μεταγραφή του θυρεοειδούς παράγοντας 2), ως ένα τόπο ευαισθησίας για PTC τόσο σε άτομα που εκτίθενται [11] και δεν έχουν εκτεθεί σε ιονίζουσα ακτινοβολία [9], [11]? Ωστόσο, οι περισσότεροι γενετικοί προσδιοριστές του κινδύνου παραμένουν να ανακαλυφθούν.

Εκτός από την έκθεση σε ακτινοβολία παιδική ηλικία και γενετική προδιάθεση, συσσωρεύοντας επιδημιολογικές, ιστολογικές και μοριακές στοιχεία δείχνουν ότι οι μεταβολές στη λειτουργία του ανοσοποιητικού μπορεί να σχετίζεται με τον κίνδυνο της PTC [ ,,,0],12], [13]. Η χρόνια φλεγμονή ολοένα έχει συσχετιστεί με πολλούς τύπους καρκίνου, συμπεριλαμβανομένου PTC [12] – [14]. Ενώ ο ακριβής μηχανισμός για αυτές τις ενώσεις είναι ασαφής, έχει υποτεθεί ότι επίμονη φλεγμονή οδηγεί σε αυξημένη κυτταρική κύκλου εργασιών και παρέχει πίεση επιλογής με αποτέλεσμα την εμφάνιση των κυττάρων που είναι σε υψηλό κίνδυνο για κακοήθη εξαλλαγή [14]. Ένα ιστορικό αυτοάνοσης νόσου, στην οποία το ανοσοποιητικό ακατάλληλη αποτελέσματα ενεργοποίησης σε καταστροφή των ιστών και φλεγμονή, έχει επίσης συσχετιστεί με αυξημένο κίνδυνο PTC [15]. Οι πιο συνεπείς ενώσεις για PTC που αναφέρθηκαν με ιστορικό χρόνιας αυτοάνοσης θυρεοειδίτιδας ή θυρεοειδίτιδα Hashimoto (HT) [16], [17], τόσο πιο συχνή στις γυναίκες [4], [18]. Σε ιστολογικό επίπεδο, ΗΤ και PTC μοιράζονται λεμφοειδή διείσδυση, η έκφραση της γαλεκτίνη 3, CITED1, κυτοκερατίνη 19, και φιμπρονεκτίνη 1 μέσω του οποίου η ένωση θα μπορούσε να διαμεσολαβείται [12], [16]. Στο μοριακό επίπεδο, η ενεργοποίηση των προφλεγμονωδών ΜΑΡΚ σηματοδότησης μέσω της οδού

RET /PTC

αναδιάταξης θα μπορούσε να συμβάλει στην ανάπτυξη των ΗΤ-σχετίζεται PTC [12], [17]. Πρόσφατα κοινή βλαστικής σειράς πολυμορφισμών στο συνδέονται με το ανοσοποιητικό γονίδια έχουν συσχετιστεί με κίνδυνο πολλών αυτοάνοσων ασθενειών, συμπεριλαμβανομένων HT [19], [20], αλλά αυτά τα δεδομένα σε σχέση με PTC είναι αραιά.

Δεδομένου αναδυόμενες σχέσεις μεταξύ του ανοσοποιητικού δυσλειτουργία και PTC, επιδιώξαμε να εντοπίσει δείκτες γενετική προδιάθεση για PTC σε μια μελέτη ασθενών-μαρτύρων των 344 περιπτώσεων PTC και 452 ελέγχων από την αξιολόγηση των πολυμορφισμών 3.985 ετικέτα μοναδικού νουκλεοτιδίου (SNPs) σε 230 υποψήφιων γονιδίων περιοχών που ασχολούνται με διάφορα ανοσοποιητικό μονοπάτια (πρόσφυση-εξαγγείωση -migration, το μεταβολισμό του αραχιδονικού οξέος /εικοσανοειδών σηματοδότησης, συμπληρώνουν και καταρράκτη της πήξης, σηματοδότησης κυτοκινών, έμφυτη ανίχνευση και αντιμικροβιακά παθογόνο, σηματοδότησης λευκοκυττάρων, TNF /σηματοδότησης και άλλων NF-kB). Η προσπάθεια αυτή εκτείνεται προηγούμενες μελέτες που βασίζονται υποψήφιο γονίδιο του PTC αυξάνοντας τον αριθμό και την κάλυψη των πολλά υποσχόμενων γονιδίων που εμπλέκονται στην ανάπτυξη της φλεγμονής, της αυτοανοσίας, και καρκινογένεση.

Υλικά και Μέθοδοι

Πληθυσμός μελέτης

Θήκες περιλαμβάνονται καρκίνων του θυρεοειδούς (n = 202) διαγνωσθεί εντός των ΗΠΑ, τεχνολόγους-ακτινολόγους (USRT) ομάδα όπως περιγράφηκε προηγουμένως [21] και καρκίνους (n = 142), διάγνωση και θεραπεία στο Πανεπιστήμιο του Τέξας MD Anderson Κέντρο Καρκίνου (UTMDACC ) [22]. Όλες οι περιπτώσεις ήταν ιστολογικά επιβεβαιωμένη. Έλεγχοι (n = 452) επιλέχθηκαν από τη μελέτη USRT [23] και της συχνότητας ταιριάζουν με τις περιπτώσεις που USRT κατά φύλο και έτος γέννησης (+/- 2 έτη). Οι έλεγχοι αυτοί χρησιμοποιήθηκαν επίσης για τη συνδυασμένη σειρά περιστατικών (USRT και UTMDACC). Και οι δύο μελέτες εξετάστηκαν και εγκρίθηκαν από την Ειδική Σπουδών επιτροπή δεοντολογίας του Εθνικού Συμβουλίου του Πανεπιστημίου του Τέξας Μ D. Anderson Κέντρο Καρκίνου Cancer Institute και τη θεσμική αναθεώρηση, αντίστοιχα. Όλα τα θέματα που προβλέπονται γραπτή συγκατάθεση.

Για να ελαχιστοποιηθεί η πιθανότητα για τη διαστρωμάτωση του πληθυσμού και φαινοτυπική ετερογένεια των περιπτώσεων καρκίνου του θυρεοειδούς, αποκλείσαμε τα άτομα με μη-ευρωπαϊκή καταγωγή (n = 97) και των περιπτώσεων με καρκίνο του θυρεοειδούς ωοθυλακίων (n = 17) αφήνοντας 344 θηλώδους περιπτώσεις καρκίνου του θυρεοειδούς (n = 202 USRT και n = 142 UTMDACC) και 452 ελέγχων της Ευρωπαϊκής καταγωγή με επικυρωμένα αποτελέσματα του γονότυπου. Αλληλόμορφο συχνότητες για θηλώδες περιπτώσεις καρκίνου του θυρεοειδούς της Ευρωπαϊκής καταγωγή ήταν σε μεγάλο βαθμό παρόμοια μεταξύ της USRT και τις περιοχές μελέτης UTMDACC και μεταξύ ανδρών και γυναικών, έτσι ώστε οι ομάδες αυτές ενώθηκαν για γενετικές αναλύσεις.

Μεταβλητό Συλλογή και δεδομένων Εναρμόνιση

τα στοιχεία που αφορούν τα δημογραφικά στοιχεία, το ιστορικό της υγείας, το οικογενειακό ιστορικό καρκίνου, και άλλων παραγόντων κινδύνου συλλέχθηκαν από αυτοδιοικούμενο ταχυδρομηθεί ερωτηματολόγια ή τηλεφωνική συνέντευξη στη μελέτη USRT ή ένα αυτοδιοικούμενο ερωτηματολόγιο κατά τη στιγμή της συλλογής αίματος στη μελέτη UTMDACC . Φυλή, ιστολογικός τύπος του καρκίνου του θυρεοειδούς, και την ιστορία της αυτοάνοσης θυρεοειδίτιδας ορίστηκαν παρόμοια και στις δύο μελέτες. Άλλες μεταβλητές εναρμονίστηκαν μεταξύ των δύο μελετών (κάπνισμα, κατανάλωση αλκοόλ, πριν από την έκθεση σε θεραπευτική ακτινοβολία, και το οικογενειακό ιστορικό του κάθε καρκίνου ή ειδικά του καρκίνου του θυρεοειδούς). Επειδή έλεγχοι ταιριάζουν σε περιπτώσεις σχετικά με το έτος γέννησης (+/- 2 έτη), και να επιτρέψει χρονικά κατάλληλη στεγανοποίηση των ανοιγμάτων (όπως το κάπνισμα του τσιγάρου), που αποδίδεται ηλικία αναφερόμενο σε ελέγχους ώστε να αντιστοιχεί στο χρόνο της διάγνωσης μιας υπόθεσης . Συγκεκριμένα, ένας έλεγχος για μια συγκεκριμένη περίπτωση επιλέχθηκε τυχαία από τη νομολογία ορίζεται στρώματα του φύλου και το έτος γέννησης. Αν θα μπορούσε να βρεθεί κανένας έλεγχος στη συνέχεια ταιριάζουν στο φύλο και έτος γέννησης ήταν χαλαρή (με αυτή τη σειρά). Ο αλγόριθμος επαναλαμβάνεται μέχρι την ηλικία αναφερόμενο ανατέθηκε σε κάθε έλεγχο. εξαρτώνται από το χρόνο ανοίγματα στο έλεγχοι αντιπροσώπευαν μέχρι την ηλικία αναφοράς και αγνοούνται μετά.

Εργαστηριακές Μέθοδοι

εκχύλιση του DNA.

Στη μελέτη USRT, δείγματα φλεβοκέντηση ολικού αίματος ήταν αποστέλλονται με θερμοκρασία σταθεροποιητικό πακέτο διάρκεια της νύχτας στο εργαστήριο επεξεργασίας στο Frederick, MD. Στο UTMDACC, φλεβοκέντησης δείγματα ολικού αίματος συλλέχθηκαν και μεταποιούνται στην κλινική. Και οι δύο μελέτες εξάγεται DNA από λευκοκύτταρα περιφερικού αίματος χρησιμοποιώντας Qiagen Mini Kits (Qiagen Inc., Valencia, CA) σύμφωνα με τις οδηγίες του κατασκευαστή.

γονότυπου.

γονοτυπικός των 27.904 SNPs, συμπεριλαμβανομένων SNPs ετικέτα σε 1316 υποψήφιων γονιδίων και των γύρω περιοχών τους (εντός 20 kb 5 ‘της έναρξης της μεταγραφής στο πρώτο εξόνιο και 10 kb 3’ του τελευταίου εξονίου) και διαγονιδιακές SNPs περιλαμβάνεται στην πλατφόρμα λόγω των ενώσεων με διάφορους καρκίνους, διεξήχθη κατά τη NCI Πυρήνας Γονοτυπικές διευκόλυνσης (Advanced Technology Center, Gaithersburg, MD? https://cgf.nci.nih.gov/) χρησιμοποιώντας το ειδικά σχεδιασμένο δοκιμασία iselect Infinium (Illumina, www.illumna.com). επιλέχθηκαν SNPs tag για το γονίδιο-στόχο τις περιοχές από τις κοινές SNPs (ελάσσονα συχνότητα αλληλόμορφο, MAF & gt? 5%) γονότυπου από το Πρόγραμμα HapMap (Data Release 20 /Φάση ΙΙ, NCBI Build 36,1, συναρμολόγηση dbSNPb126) στον Καυκάσιο πληθυσμό (CEU) χρησιμοποιώντας λογισμικό TagZilla (https://tagzilla.nci.nih.gov/) με βάση την κατά ζεύγη μέθοδο ενδοχείαση του Carlson et al. [24], με όριο ενδοχείαση της r

2 & gt?.. 0.8

Ποιοτικός έλεγχος

Από 27904 SNPs που περιλαμβάνονται στην πλατφόρμα του γονότυπου, 722 παρέλειψε του γονότυπου (καμία ενίσχυση ή clustering) και 208 είχαν μο- νοαλληλική κλήσεις και εξαιρέθηκαν από την ανάλυση. SNPs με & lt? 95% αντιστοιχία (n = 656) ή & lt?% Συμπλήρωση 90 (n = 740) μεταξύ τυχαία εισαχθεί επαναλήψεων έλεγχο της ποιότητας, και 740 SNPs που απέτυχε στη δοκιμή Hardy-Weinberg ισορροπία στους ελέγχους (

P

τιμή & lt? 0,00001) έχουν επίσης αποκλειστεί. Από τους συμμετέχοντες 947 μελέτη με δείγματα DNA (n = 232 USRT περιπτώσεις, n = 223 περιπτώσεις UTMDACC, n = 492 USRT έλεγχοι), αποκλείσαμε υποκείμενα εάν τα δείγματα τους απέτυχαν γονοτυπική (n = 18), δεν προσδιορίστηκαν (n = 4) , ή είχαν ποσοστό ολοκλήρωσης λιγότερο από το 90% (n = 15).

τελικό σύνολο των SNPs Tag, Sub-μονοπάτια, και Αναλυτικής Πληθυσμός

Μετά τους αποκλεισμούς ποιότητας που σχετίζονται με τον έλεγχο, θα αποκλείονται επίσης η ανάλυση 1.607 διαγονιδιακές SNPs που είχαν προηγουμένως εμπλακεί στην αιτιολογία των καρκίνων μη θυρεοειδούς, και 5706 SNPs ετικέτα με το MAF & lt? 10% ή το χαμηλότερο εφικτό επίπεδο σημαντικότητας υπολογίζονται από τα οριακά σύνολα & gt? 1

-30 [25 ]. Μετά από όλες τις εξαιρέσεις, υπήρχαν 17.525 SNPs ετικέτα σε 1.129 γονίδιο περιοχές διαθέσιμες για ανάλυση. Από αυτούς, 3.985 SNPs ήταν σε 230 γονίδιο περιοχές που εμπλέκονται σε ανοσο-σχετιζόμενες οδούς που αποτελούν το αντικείμενο της παρούσας ανάλυσης. Οι περιοχές υποψήφιο γονίδιο περαιτέρω υποδιαιρείται σε οκτώ

a priori

ορίζεται οδούς (πρόσφυση-εξαγγείωση-μετανάστευση, τον μεταβολισμό του αραχιδονικού οξέος /εικοσανοειδών σηματοδότησης, συμπληρώνουν και καταρράκτη της πήξης, σηματοδότησης κυτοκινών, έμφυτη την ανίχνευση του παθογόνου και αντιμικροβιακά, σηματοδότησης λευκοκυττάρων, TNF /NF-kB σηματοδότησης, και άλλα), βασίζεται σε μεγάλο βαθμό στις ταξινομήσεις από Λόζα et. [26]. Κατά την ανάθεση περιοχές του γονιδίου με ένα ευρύ φάσμα των γνωστών λειτουργιών, έχουμε τη δυνατότητα για κατανομή σε πολλαπλές οδούς. Ένας πλήρης κατάλογος των 230 γονιδίων περιοχών και την κατανομή τους στις αντίστοιχες πορείες είναι διαθέσιμη στον πίνακα S1.

Στατιστική Ανάλυση

Εμείς οργάνωσε την αναλυτική προσέγγιση με την πρώτη εξέταση της σχέσης των επιμέρους SNPs με PTC κινδύνου, που ακολουθείται από την εξέταση των σχέσεων σε επίπεδο περιοχής του γονιδίου, το επίπεδο της οδού, και συνολικά να επίσης να ανιχνεύσει μικρές SNP συνέπειες που θα μπορούσαν να ανιχνευθούν μόνο στο σύνολό τους.

ενώσεις SNP-based.

Logistic μοντέλα παλινδρόμησης χρησιμοποιήθηκαν για την εκτίμηση πιθανοτήτων αναλογίες (ΕΑΠ) και για τον υπολογισμό διαστημάτων εμπιστοσύνης 95% (ΠΙ) της ένωσης της PTC κινδύνου με κάθε γονότυπο SNP, κωδικοποιούνται ως 0, 1, 2, με 0 έως 2 δηλώνει τον αριθμό των ανήλικων αλληλόμορφα . Υπολογίσαμε το γραμμικό

P

SNP-τάση

για SNP γονότυπο του αργού μοντέλα και μοντέλα προσαρμοσμένο για το φύλο, την ηλικία φθάσει σε τέσσερις κατηγορίες (& lt? 35, 35-44, 45-54, 55+ ετών ), και το έτος γέννησης (& lt? 1940, 1940-1949, 1950+) ως τακτικό μεταβλητή. Οι ΕΑΠ από τα μοντέλα με και χωρίς προσαρμογές ήταν πολύ παρόμοια, έτσι ώστε να παρουσιαστούν τα αποτελέσματα από τα προσαρμοσμένα μοντέλα. Για την κορυφή SNPs (

P

SNP-τάση

& lt? 0.001), επαναλάβαμε τις αναλύσεις των κύριων επιδράσεων, ενώ επίσης (1) ρύθμισης για την ιστορία της αυτοάνοσης θυρεοειδίτιδας, (2) περιορίζει σε άτομα χωρίς αυτοάνοση θυρεοειδίτιδα , και (3) τον περιορισμό στα θηλυκά. Για την κορυφή SNPs που διεξήγαγε επίσης την αλληλεπίδραση αναλύει με συμπληρώσει την ηλικία και την ιστορία της αυτοάνοσης θυρεοειδίτιδας. Οι αναλύσεις αυτές βασίζονται σε ένα βαθμό τεστ λόγου ελευθερία πιθανότητα συγκρίνοντας την τακτοποίηση των δύο μοντέλων: (1) συμπεριλαμβανομένων των κύριων επίδραση του γονότυπου (0, 1, 2) και συνεχούς ηλικία ή ιστορικό αυτοάνοσης θυρεοειδίτιδας (0, 1), και ( 2) συμπεριλαμβανομένων επίσης ο όρος πολλαπλασιαστική αλληλεπίδραση μεταξύ του γονότυπου και της ηλικίας ή αυτοάνοση θυρεοειδίτιδα. Για να διορθωθεί για πολλαπλές συγκρίσεις, χρησιμοποιήσαμε τη μέθοδο ποσοστό εσφαλμένης ανακάλυψη (FDR) ελέγχου [27].

Gene περιοχή- και αναλύσεις βάσει διαδρομής.

Είμαστε σε συνδυασμό SNP ειδικές

P

τιμές γραμμική τάση εντός της ίδιας περιοχής γονιδίου (

P

περιφέρεια

) χρησιμοποιώντας μια προσαρμοστική βαθμό περικοπεί προϊόν (ARTP) μέθοδος [28]. Η μέθοδος αυτή αντιπροσωπεύει για τη δομή ανισορροπία σύνδεσης (LD) εντός της περιοχής του γονιδίου και αντιπροσωπεύει ο αριθμός των SNPs που περιλαμβάνονται στο

υπολογισμού P

αξίας. Για το υποσύνολο των γονιδίων με

P

Περιφέρεια

& lt? 0,01, αξιολογήσαμε κατά ζεύγη δεικτών του LD (Δ ‘και r

2) σε ελέγχους χρησιμοποιώντας το πακέτο Haploview [29]. Gene περιοχή-επίπεδο

P

αξίες περαιτέρω συνδυάζονται σε το

αξίες P

για οδών (

P

Pathway

) και μια συνολική τιμή του P για ολόκληρη την ομάδα των ανοσοποιητικό γονίδια (

P

Συνολικά

) χρησιμοποιώντας τη μέθοδο ARTP. αναλύσεις βάσει διαδρομής επαναλήφθηκαν περιλαμβανομένων και εξαιρουμένων των γονιδιακών περιοχών με πολλαπλές χορηγήσεις.

Οι στατιστικές αναλύσεις έγιναν σε SAS έκδοση 9.1 (SAS Institute, Cary, NC) και

R

, εκτός αν αναφέρεται διαφορετικά .

Αποτελέσματα

Τα χαρακτηριστικά των 344 περιπτώσεων PTC και 452 ελέγχων συνοψίζονται στον πίνακα 1. υπήρχε ένα χαμηλότερο ποσοστό των γυναικών μεταξύ των περιπτώσεων, σε σύγκριση με τους μάρτυρες (79,7% έναντι 93,6%), λόγω στο γεγονός ότι οι έλεγχοι της μελέτης είχαν αρχικά επιλεγεί από την ομάδα USRT να ταιριάζει με τις περιπτώσεις USRT (90,6% γυναίκες), αλλά στη συνέχεια χρησιμοποιήθηκαν για τις περιπτώσεις UTMDACC περιέχουν χαμηλότερο ποσοστό των γυναικών (64,1%). Η κατανομή της ηλικίας αναφερόμενο στις περιπτώσεις και οι έλεγχοι ήταν συγκρίσιμη. Μετά τον έλεγχο για το φύλο και την ηλικία, τις περιπτώσεις ήταν λιγότερο πιθανό να καπνίζουν (

P

& lt? 0.001) ή να έχει πολλά μέλη της οικογένειας με ιστορικό καρκίνου (

P =

0,009). Περιπτώσεις ήταν επίσης λιγότερο πιθανό από ό, τι οι έλεγχοι να πίνουν αλκοόλ, αν και η διαφορά αυτή δεν ήταν στατιστικά σημαντική (

P

= 0,073), αλλά πιο πιθανό να έχουν τουλάχιστον ένα μέλος της οικογένειας με ιστορικό καρκίνου του θυρεοειδούς (

P =

0.006), ένας υψηλότερος δείκτης μάζας σώματος (

P

& lt? 0.001), και μια προσωπική ιστορία της αυτοάνοσης θυρεοειδίτιδας (

P

& lt? 0.001). Σύλλογοι

Η

SNP με βάση

Ενώ η παρατηρούμενη κατανομή των

P: Η προσαρμοσμένη OR συνδέεται με ιστορικό αυτοάνοσης θυρεοειδίτιδας ήταν 6,4 (3,0 – 13,4 95% CI).

τιμές γραμμική τάση για όλες τις 3.985 SNPs δεν ήταν στατιστικά διαφορετική από την αναμενόμενη ομοιόμορφη (null) διανομή, υπήρξε κάποια πρόταση από την αναχώρηση από τη μηδενική στην περιοχή της χαμηλότερης

P

τιμές (Σχήμα 1) . Επτά SNPs σε τέσσερις γονίδιο περιοχές συνδέθηκαν με τον κίνδυνο της PTC σε

P

SNP-τάση

& lt? 0.001 (Πίνακας 2? Μια πλήρης λίστα όλων των

P

SNP-

αξίες τάση είναι διαθέσιμη στον πίνακα S2). Από αυτά, τα τέσσερα SNPs (rs6115, rs6112, rs6108, rs10139508) ήταν στο

SERPINA5

γονίδιο και τα υπόλοιπα SNPs ήταν στο

MASP1

(rs850316),

HEMGN

(rs10984462), και

TICAM1

(rs2292151) γονίδια, αντίστοιχα. Δύο SNPs (rs6115, rs6112) παρέμεινε σημαντική μετά από διόρθωση FDR (

P

SNP-FDR =

0,02 και

P

SNP-FDR =

0,04, αντίστοιχα)? και οι δύο ήταν στο

SERPINA5

. Η δομή LD για το

SERPINA5

γονίδιο παρουσιάζεται στο Σχήμα 2. Υπάρχουν ενδείξεις ότι οι δύο πιο σημαντικές SNPs (rs6115 και rs6112) είναι LD με το ένα το άλλο (D ‘= 0,95 και r

2 = 0,47). Οι ενώσεις με τους κορυφαίους SNPs δεν είχαν ουσιαστικά αλλάζει όταν αναλύσεις προσαρμόστηκαν για ιστορικό αυτοάνοσης θυρεοειδίτιδας ή περιορίζεται σε άτομα χωρίς ιστορικό αυτοάνοσης θυρεοειδίτιδας ή διεξάγονται μόνο μεταξύ των γυναικών (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται). Επίσης, δεν υπήρχε καμία απόδειξη ότι αυτές οι ενώσεις διέφεραν σημαντικά από συμπληρώσει την ηλικία ή ιστορικό αυτοάνοσης θυρεοειδίτιδας (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται).

Η

Ο αριθμός αντιπροσωπεύει ΝΔ με βάση τα δεδομένα του γονότυπου από τη μελέτη ελέγχει με την ευρωπαϊκή καταγωγή . LD μετριέται με παραμέτρους Δ ‘(επάνω πάνελ) και του r

2 συντελεστής συσχέτισης (κάτω πίνακας). Δ ‘και Ε

2 Οι αξίες ενός ερμηνεύεται ως πλήρη LD.

Η

Gene Περιφέρεια με βάση Σύλλογοι

Σε μεγάλο βαθμό συνεπής με την ατομική SNP αναλύσεις, τέσσερις γονίδιο περιοχές (

SERPINA5

,

HEMGN, TICAM1,

και

FCGR2A

) συνδέθηκαν με PTC κίνδυνο σε

P

Περιφέρεια

& lt? 0,01 (Πίνακας 3). Μετά την προσαρμογή πολλαπλές συγκρίσεις, μόνο

SERPINA5

παρέμεινε ενδεικτικά συνδέονται με PTC κίνδυνο σε

P

Region-FDR =

0.069. Όλα τα αποτελέσματα του γονιδίου περιοχής που βασίζονται είναι διαθέσιμα στον Πίνακα S3.

Η

Pathway-based Σύλλογοι

Δύο πορείες ασυλία, να συμπληρώσει και να πήξης συμπεριλαμβανομένου του

SERPINA5

γονιδίων και TNF /NF-kB μονοπατιού σηματοδότησης, συμπεριλαμβανομένου του

HEMGN

γονίδιο, συσχετίστηκε σημαντικά με τον κίνδυνο της PTC (

P

διαδρομή =

0,02 περιλαμβανομένων και

P

διαδρομή =

0,02 με εξαίρεση επικάλυψη? και

P

Διαδρομή =

0,05 περιλαμβανομένων και

P

Διαδρομή =

0,04 με εξαίρεση επικάλυψη, αντίστοιχα) (Πίνακας 4). Το μονοπάτι ασυλία ως σύνολο δεν ήταν στατιστικά σημαντική συσχέτιση με PTC κίνδυνο.

Η

Συζήτηση

Αξιολογήσαμε τις ενώσεις των 3.985 SNPs ετικέτας σε 230 υποψήφια γονίδια από διάφορες ανοσοποιητικό μονοπάτια σε σχέση με κίνδυνο PTC. Η συνολική συλλογή γονίδιο δεν συσχετίστηκε σημαντικά με τον κίνδυνο της PTC. Στις αναλύσεις βάσει διαδρομής, το συμπλήρωμα και καταρράκτη της πήξης και της οδού σηματοδότησης TNF /NF-kB συσχετίστηκε σημαντικά με τον κίνδυνο της PTC. Αυτά τα ευρήματα ήταν σε μεγάλο βαθμό οφείλεται στις επιπτώσεις της

SERPINA5

και

HEMGN

γονίδια, αντίστοιχα. Σε επίπεδο SNP, οι ισχυρότερες συσχετίσεις βρέθηκαν για δύο SNPs στο

SERPINA5

γονίδιο (rs6115 και rs6112), δύο από τα οποία συνεχίστηκε και μετά τη διόρθωση του FDR και ήταν ανεξάρτητο της ιστορίας της αυτοάνοσης θυρεοειδίτιδας. Ενώ τα ευρήματά μας απαιτούν αναπαραγωγή, προτείνουν έντονα ότι η

SERPINA5

περιοχή του γονιδίου μπορεί να είναι ένα μυθιστόρημα θέση ευαισθησίας για PTC.

Τα κύρια ευρήματα της μελέτης μας είναι εσωτερικά συνεπής σε ότι στο SNP, περιοχή του γονιδίου, και το επίπεδο της οδού που δόθηκε στη

SERPINA5

γονίδιο. Αυτό το γονίδιο βρίσκεται στο ανθρώπινο χρωμόσωμα 14 στο 14q32.1 θέση και τους κωδικούς ο αναστολέας πρωτεΐνης C (PCI), ένα μέλος της σερίνης του πλάσματος οικογένεια αναστολέα πρωτεάσης [30]. Ενώ αρχικά ανακαλύφθηκε ως αναστολέας της ενεργοποιημένης πρωτεΐνης C, σήμερα PCI είναι γνωστό ότι παίζει ένα ρόλο σε πολλές βιολογικές διαδικασίες πέραν αιμόσταση και θρόμβωση συμπεριλαμβανομένης της φλεγμονής, έμφυτη ανοσία, καρκινογένεση, και γονιμοποίηση [30] – [33]. Πρόσφατες πρωτεομική ανάλυση των ανθρώπινων πολλαπλές βλάβες κατά πλάκας από ευαίσθητες φασματομετρία μάζας εμπλέκονται PCI στην ανάπτυξη της χρόνιας ενεργού πλακών και πρότεινε μια απροσδόκητη τομής μεταξύ πήξης και φλεγμονής [34]. Η έκφραση του

SERPINA5

βρέθηκε να είναι σημαντικά μειωμένη σε προχωρημένο στάδιο ορώδες οριακά όγκους των ωοθηκών και ορώδες καρκίνωμα σε σύγκριση με τους ομολόγους πρώιμου σταδίου, και η μείωση αυτή συνδεόταν με την πιο επιθετική χαρακτηριστικά μεταίχμιο των ωοθηκών όγκους [35]. Ήμασταν σε θέση να βρούμε αναφορές για αλλαγές

SERPINA5

έκφραση στον καρκίνο του θυρεοειδούς, αν και αρκετές μελέτες ανέφεραν υπερ-έκφραση στο

SERPINA1

(που ανήκουν στην ίδια ομάδα γονιδίων στο ανθρώπινο χρωμόσωμα 14q32.1 ) σε σποραδικές και ακτινοβολία που σχετίζονται με καρκίνους του θυρεοειδούς [36], [37]. Η σχέση του υπερ-έκφραση στο

SERPINA1

να

SERPINA5

SNPs είναι ασαφής και πρέπει να ερμηνεύονται με προσοχή. Για τις γνώσεις μας, δεν υπήρξαν αναφορές πολυμορφισμών βλαστικής σειράς στο

SERPINA5

σε σχέση με τον κίνδυνο του καρκίνου του θυρεοειδούς ή οποιοδήποτε άλλο καρκίνο, αλλά έχουν υπάρξει αρκετές αναφορές από τις ενώσεις με το ποσοστό της αποτυχίας γονιμοποίησης [38] ή κίνδυνος της κοκκιωμάτωσης Wegener [39], ένα σύνδρομο αυτοάνοσης αγγειίτιδας. Είναι ενδιαφέρον ότι ένα από τα δύο συνδεδεμένα SNPs στο

SERPINA5

γονίδιο (rs6115), η οποία άντεξε διόρθωση για πολλαπλές συγκρίσεις, οδηγεί σε μια σερίνη στην αλλαγή του αμινοξέος ασπαραγίνη στη θέση 64. Ωστόσο, εάν η παρατηρούμενη θετική συσχέτιση μεταξύ rs6115 πολυμορφισμού και τον κίνδυνο της PTC οφείλεται σε μεταβολές στις ιδιότητες PCI που σχετίζονται με τα αμινοξέα υποκατάστασης οξύ ή σε δυνητικούς LD με άλλο αγνώστων παραλλαγή παραμένει άγνωστη και απαιτεί περαιτέρω αξιολόγηση.

Η δεύτερη ισχυρότερη συσχέτιση βρέθηκε στη μελέτη ανησυχεί SNPs μας στο

HEMGN

γονίδιο, αν και αυτά δεν αντέχουν τη διόρθωση για πολλαπλές συγκρίσεις σε ατομικό SNP και γονιδιακό επίπεδο. Είναι ενδιαφέρον, το

HEMGN

γονίδιο βρίσκεται στο χρωμόσωμα 9q22.33 μέσα σε μια περιοχή LD συμπεριλαμβανομένου του

FOXE1

γονίδιο απαραίτητο για τη διατήρηση της διαφοροποιημένης κατάσταση του θυρεοειδούς [40]. Αρκετές πρόσφατες GWAS και μια παράλληλη μελέτη υποψήφιο γονίδιο αναφερθεί συνεπείς συσχετίσεις μεταξύ παραλλαγές στο

FOXE1

περιοχή (rs965513, rs1867277, rs7850258) και τον κίνδυνο της θηλώδους καρκίνου του θυρεοειδούς ή /και πρωτοπαθή υποθυρεοειδισμό [9] – [11], [41], [42]. Δυστυχώς, η

FOXE1

γονίδιο που δεν περιλαμβάνονται στην πλατφόρμα του γονότυπου μας, αλλά και λόγω της εκτεταμένης σύνδεσης στην περιοχή, το σήμα που συνδέεται με το

HEMGN

είναι απίθανο να είναι ανεξάρτητη και να είναι σε συμφωνία με έχουν αναφερθεί στο παρελθόν ενώσεις για παραλλαγές στο

FOXE1

.

κατά την ερμηνεία των αποτελεσμάτων της μελέτης μας, πρέπει να ληφθούν υπόψη αρκετές δυνάμεις και τους περιορισμούς. Επειδή τα ποσοστά επιβίωσης για PTC είναι εξαιρετικά υψηλά, μία ή περισσότερες ενώσεις που μπορεί να οφείλεται σε μεροληψία επιβίωση είναι απίθανο. Η μελέτη μας είχε υψηλά ποσοστά συμμετοχής, ελαχιστοποιώντας το δυναμικό για μεροληψία της επιλογής. Για να ελαχιστοποιηθούν οι ανησυχίες για τη διαστρωμάτωση του πληθυσμού, όλες οι αναλύσεις περιορίστηκαν σε άτομα ευρωπαϊκής καταγωγής. Επιπλέον, οι περιπτώσεις από τις δύο μελέτες ήταν παρόμοια σε σχέση με την ηλικία κατά τη διάγνωση, το κάπνισμα, το μέγεθος του όγκου, και η συχνότητα των πολλών αλληλόμορφα. Άλλα πλεονεκτήματα της μελέτης μας περιλαμβάνει μια προσεκτική επιλογή των γονιδίων που σχετίζονται με μια ποικιλία των οδών ασυλίας. Το ποσοστό των γυναικών στις περιπτώσεις UTMDACC ήταν χαμηλότερη από ό, τι στις περιπτώσεις USRT και των αντίστοιχων ελέγχων? για να εξασφαλίσει ότι οι παρατηρούμενες συσχετίσεις δεν συγχέονται, αναλύσεις προσαρμόστηκαν ως προς το φύλο. Τα αποτελέσματα βασίζονται σε προσαρμοσμένη ανάλυση καθώς και την ανάλυση περιορίζεται σε θηλυκά δεν ήταν ουσιαστικά διαφορετικό. Ομοίως, οι παρατηρούμενες ενώσεις φαίνεται να είναι ανεξάρτητη από το ιστορικό αυτοάνοσης θυρεοειδίτιδας. Σε σχέση με GWAS, η κάλυψη των επιλεγμένων περιοχών του γονιδίου ήταν μεγαλύτερη, αν και θα μπορούσαμε να έχουμε χάσει σημαντικές συσχετίσεις με SNPs στο γονίδιο περιοχές που δεν περιλαμβάνονται στην πλατφόρμα του γονότυπου, όπως στο

FOXE1

. Ενώ μεταξύ των μεγαλύτερων μελετών στον τομέα σε σχέση με τον αριθμό των περιπτώσεων καρκίνου του θυρεοειδούς και των ελέγχων, η μελέτη μας είχε περιορισμένη ισχύ (& lt? 80%) για την ανίχνευση μέτρια-προς-αδύναμος ενώσεις (OR & lt? 1,7) ειδικά για τις λιγότερο κοινές γενετικές παραλλαγές (MAF ≤10%). Ένας άλλος περιορισμός είναι η χρήση των SNPs ετικέτας που είναι οι ίδιοι απίθανο να είναι οι SNPs σχετίζονται με την ασθένεια, αλλά υποτίθεται ότι είναι σε LD με την παραλλαγή συνάφειας. Για την αντιμετώπιση αυτών των περιορισμών, θα αποκλείονται SNPs με MAF & lt? 10% και στηρίχθηκε στην ισχυρή γονίδιο /μεθόδους ARTP μονοπάτι που συνδυάζει SNP ειδικές

P

τιμές γραμμική τάση να επιβεβαιώσει τις ενώσεις με τον κίνδυνο της PTC. Παρόλο που απευθύνονται γονίδια με ισχυρούς πριν από αποδεικτικά στοιχεία και προσαρμόζεται για πολλαπλές συγκρίσεις χρησιμοποιώντας τη μέθοδο του FDR, δεν μπορούμε να αποκλείσουμε την πιθανότητα ψευδών θετικών.

Εν ολίγοις, έχουμε εντοπίσει μια πολλά υποσχόμενη θέση ευαισθησίας για PTC στο

SERPINA5

γονίδιο που ανήκουν στην συμπληρώματος και πήξης οδού και επιβεβαιώθηκε ήδη αναφερθεί ενώσεις με πολυμορφισμούς στο

FOXE1 – HEMGN

περιοχή. μελέτες μετέπειτα αντιγραφή και πρόστιμο χαρτογράφηση με επαρκή δύναμη είναι απαραίτητο να καθοριστεί αιτιώδης παραλλαγές στο

SERPINA5

περιοχή.

Υποστήριξη Πληροφορίες

Πίνακα S1.

Gene περιοχές και την κατανομή τους στις αντίστοιχες οδούς: U. S. τεχνολόγους-ακτινολόγους Μελέτη και το Πανεπιστήμιο του Τέξας Μ D. Anderson Cancer Κέντρο Μελέτης του θηλώδους καρκίνου του θυρεοειδούς.

doi: 10.1371 /journal.pone.0057243.s001

(XLS)

Πίνακας S2.

P

τιμές γραμμική τάση για το 3985 SNPs σε γονίδια που σχετίζονται με το ανοσοποιητικό: U. S. τεχνολόγους-ακτινολόγους Μελέτη και το Πανεπιστήμιο του Τέξας Μ D. Anderson Cancer Κέντρο Μελέτης του θηλώδους καρκίνου του θυρεοειδούς.

doi: 10.1371 /journal.pone.0057243.s002

(XLS)

Πίνακα S3.

Gene περιοχή με βάση το

P

τιμές για μια συσχέτιση με τον καρκίνο του θυρεοειδούς: U. S. τεχνολόγους-ακτινολόγους Μελέτη και το Πανεπιστήμιο του Τέξας Μ D. Anderson Cancer Κέντρο Μελέτης του θηλώδους καρκίνου του θυρεοειδούς.

doi: 10.1371 /journal.pone.0057243.s003

(XLS)

Ευχαριστίες

Είμαστε ευγνώμονες στους τεχνολόγους-ακτινολόγους που συμμετείχαν στην U. S. τεχνολόγους-ακτινολόγους μελέτης? Jerry Reid της αμερικανικής Μητρώο τεχνολόγους-ακτινολόγους για τη συνέχιση της υποστήριξης αυτής της μελέτης? Diane Καμπά και Allison Iwan του Πανεπιστημίου της Μινεσότα για τη συλλογή δεδομένων και τη μελέτη του συντονισμού? Liliana Mugartegui για την πρόσληψη του ασθενούς, τη συλλογή δεδομένων, καθώς και ο συντονισμός της μελέτης στο Πανεπιστήμιο του Τέξας Μ D. Anderson Κέντρο Καρκίνου? Laura Bowen Συστημάτων Διαχείρισης Πληροφοριών για τη βιοϊατρική υπολογιστική στατιστική υποστήριξη. Είναι με μεγάλη θλίψη που αναφέρουν τον θάνατο του συναδέλφου μας Δρ Elaine Ron κατά τη διάρκεια του έργου. Οι έξυπνες ιδέες της και συλλογική υποστήριξη ευγνώμονες.