Αφηρημένο

Ιστορικό και Στόχοι

προστάτη καρκίνου (PCA) είναι ένας από τους συχνότερους καρκίνους και κύρια αιτία του καρκίνου που σχετίζονται με θανάτους στους άνδρες. μαζικής διαλογής έχει διεξαχθεί από το 1990 με τη χρήση του ειδικού προστατικού αντιγόνου (PSA) επίπεδα στον ορό ως βιοδείκτη PCa. Ωστόσο, αν και το PSA είναι ένα εξαιρετικό δείκτη οργάνου-ειδική, δεν είναι ένας καρκίνος-ειδικό δείκτη. Ως εκ τούτου, ο σκοπός αυτής της μελέτης ήταν να ανακαλύψουν νέους βιοδείκτες για τη διάγνωση του προστάτη.

Υλικά και Μέθοδοι

Εστιάσαμε σε δείγματα ούρων ακυρώνεται μετά από μασάζ του προστάτη (δακτυλική εξέταση [DRE]) και διεξήγαγε peptidomic ανάλυση αυτών των δειγμάτων χρησιμοποιώντας υποβοηθούμενης από μήτρα λέιζερ εκρόφησης /ιοντισμού χρόνου πτήσης φασματομετρίας μάζας (MALDI-TOF /MS

n). Ακράτεια βιοϋλικών συμπυκνώθηκαν και αφαλατώθηκαν χρησιμοποιώντας CM-Sepharose πριν από την ακόλουθη αναλύσεις που εκτελούνται από MALDI-TOF /MS

n: 1) διαφορική αναλύσεις των φασμάτων μάζας? 2) προσδιορισμός των αλληλουχιών αμινοξέων? και 3) ποσοτικές αναλύσεις χρησιμοποιώντας σταθερές ραδιοεπισημασμένες εσωτερικό πρότυπο.

Αποτελέσματα

Η πολυπαραγοντική ανάλυση των φασμάτων μάζας MALDI-TOF /MS του ουροποιητικού εκχυλισμάτων αποκάλυψαν ένα 2331 Da πεπτίδιο σε δείγματα ούρων εξής DRE. Αυτό το πεπτίδιο ταυτοποιήθηκε ως ένα Ο-τερματικό θραύσμα PSA αποτελείται από 19 υπολείμματα αμινοξέων. Επιπλέον, η ποσοτική ανάλυση της σχέσης μεταξύ ισότοπο-σημασμένο συνθετικό και ακέραια πεπτίδια χρησιμοποιώντας MALDI-TOF /MS αποκάλυψε ότι αυτό το πεπτίδιο μπορεί να είναι ένα νέο παθογνωμονικές υποψήφιος βιοδεικτών που μπορεί να διαφοροποιήσει τους ασθενείς PCa από υποκείμενα μη καρκινικά.

Συμπέρασμα

Τα αποτελέσματα της παρούσας μελέτης δείχνουν ότι το 2331 Da πεπτίδιο θραύσμα του PSA μπορεί να γίνει μια νέα παθογνωμονικό βιοδεικτών για τη διάγνωση του προστάτη. Μια περαιτέρω έρευνα μεγάλης κλίμακας είναι σε εξέλιξη για να εκτιμηθεί η δυνατότητα χρησιμοποίησης αυτού του πεπτιδίου στην έγκαιρη ανίχνευση του προστάτη

Παράθεση:. Nakayama K, Inoue Τ, Sekiya S, Terada Ν, Μιγιαζάκι Υ, Goto Τ, et al. (2014) Το C-τελικό τμήμα του ειδικού προστατικού αντιγόνου, ένα 2331 Da Peptide, ως υποψήφιος της Νέας ουροποιητικού παθογνωμονικό βιοδεικτών για τη διάγνωση του καρκίνου του προστάτη. PLoS ONE 9 (9): e107234. doi: 10.1371 /journal.pone.0107234

Επιμέλεια: Zoran Culig, Innsbruck Medical University, Αυστρία

Ελήφθη: 12 του Ιούνη 2014? Αποδεκτές: 8 Αύγ, 2014? Δημοσιεύθηκε: 18η Σεπτεμβρίου του 2014

Copyright: © 2014 Nakayama et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Δεδομένα Διαθεσιμότητα:. Η συγγραφείς επιβεβαιώνουν ότι όλα τα δεδομένα που διέπουν τα ευρήματα είναι πλήρως διαθέσιμα χωρίς περιορισμούς. Όλα τα σχετικά δεδομένα είναι εντός του χαρτιού

Χρηματοδότηση:. Η έρευνα αυτή έγινε δεκτή από την Ιαπωνία Εταιρείας για την Προώθηση της Επιστήμης, μέσω του «Προγράμματος Χρηματοδότησης για το World-Leading καινοτόμο Ε & amp? D για την Επιστήμη και την Τεχνολογία (πρώτο πρόγραμμα) «, που ξεκίνησε από το Συμβούλιο Επιστημονικής και Τεχνολογικής Πολιτικής. Ο χρηματοδότης δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, η συλλογή και ανάλυση δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου. Shimadzu Corporation παρέχεται στήριξη με τη μορφή των μισθών για τους συγγραφείς, Sadanori Sekiya, Shigeki Kajihara, Shin-Ichiro Kawabata, Shinichi Iwamoto και Koichi Tanaka, αλλά δεν είχε καμία πρόσθετη ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, η συλλογή και ανάλυση δεδομένων, την απόφαση να δημοσιεύσει, ή την προετοιμασία του χειρογράφου. Οι συγκεκριμένοι ρόλοι αυτών των συγγραφέων αρθρωτά στο τμήμα του συγγραφέα εισφορών »

Αντικρουόμενα συμφέροντα:. Οι Sadanori Sekiya, Shigeki Kajihara, Shin-Ichiro Kawabata, Shinichi Iwamoto και Koichi Tanaka που απασχολούνται από την Shimadzu Corporation. Δεν υπάρχουν διπλώματα ευρεσιτεχνίας, τα προϊόντα για την ανάπτυξη ή την εμπορία προϊόντων που να δηλώνουν. Αυτό δεν αλλάζει την τήρηση των συγγραφέων σε όλες τις PLoS ONE πολιτικές για την ανταλλαγή δεδομένων και υλικών, όπως περιγράφεται λεπτομερώς σε απευθείας σύνδεση στον οδηγό για τους συγγραφείς.

Εισαγωγή

Ο καρκίνος του προστάτη (PCA) είναι ένα από τα οι πιο κοινούς καρκίνους και η κύρια αιτία των θανάτων από καρκίνο που σχετίζονται με τους άνδρες [1]. Οι μηχανισμοί που διέπουν την ανάπτυξη του προστάτη δεν έχουν ακόμη καθοριστεί, λόγω των κλινικών και ιστολογικών ετερογένεια της. Η συχνότητα για προστάτη έχει αυξηθεί αισθητά στην Ιαπωνία πρόσφατα [2], [3]. Η κλινική ανίχνευση μεγάλης κλίμακας των επιπέδων του ειδικού προστατικού αντιγόνου (PSA) στον ορό ως βιοδείκτη PCa έχει πραγματοποιηθεί από το 1990 [3] – [7]. Παρά το γεγονός ότι τα συνολικά οφέλη και τους κινδύνους του προσυμπτωματικού ελέγχου του πληθυσμού PSA για τον καρκίνο του προστάτη συνεχίσει να αξιολογείται [8], η PSA είναι γνωστό ότι είναι ένα εξαιρετικό όργανο ειδικά, αλλά όχι μια ειδική για τον καρκίνο δείκτης [9], η οποία εξακολουθεί να είναι ένα κλινικό πρόβλημα . Αυτό επιτείνεται περαιτέρω από το πιο ζωντανό, η γήρανση του πληθυσμού και αυξημένα επίπεδα PSA που σχετίζεται με την αύξηση της ηλικίας [3], [10].

Αν και η ευαισθησία του PSA στην ανίχνευση του καρκίνου είναι υψηλή, η ειδικότητα του είναι περιορισμένη, και διαλογή υγιείς άνδρες συχνά προκαλεί ψευδείς συναγερμούς καρκίνο (π.χ. λόγω φλεγμονής ή καλοήθους υπερπλασίας) και περιττές βιοψίες προστάτη [3], [11]. Αρκετά θέματα που έχουν εντοπιστεί σχετικά με την υπο-βέλτιστη ευαισθησία των δοκιμών PSA για τον προστάτη διαλογής, τα οποία οδηγούν σε περιττές βιοψίες, overdiagnoses και overtreatments [12] – [17]. Ένα σημαντικό ποσό της προσπάθειας στην έρευνα αυτή τη στιγμή κατευθύνεται προς τη βελτίωση της ακρίβειας του προστάτη ελέγχου [12]. Επιπλέον, μια ισχυρή έμφαση έχει δοθεί στην ανάγκη για την ταυτοποίηση νέων βιοδεικτών για τη διάγνωση του προστάτη.

πρωτεομικής τεχνικές που εφαρμόζονται σε ορό, πλάσμα και τα ούρα μπορεί να παρέχει πολύτιμες πληροφορίες σχετικά με βιοδείκτες και μοτίβα δείκτη, η οποία μπορεί να είναι χρησιμοποιείται για να βελτιωθεί η ανίχνευση του καρκίνου [18]. Στην παρούσα μελέτη, επικεντρωθήκαμε σε δείγματα ούρων με κενό μετά από μασάζ του προστάτη (δακτυλική εξέταση [DRE]), οι οποίες αναμένεται να περιέχει πολλά πεπτίδια και θραύσματα πρωτεΐνης που εκκρίνεται από προστάτη μικροπεριβάλλοντα που θα μπορούσε να επιτρέψει την ανίχνευση εκκρίνεται προϊόντων του προστάτη ως πιθανές πηγές PCA-ειδικών βιοδεικτών [18], [19]. Ως εκ τούτου, πραγματοποιήσαμε peptidomic και πρωτεομική ανάλυση των δειγμάτων ούρων με τη χρήση μήτρας με τη βοήθεια λέιζερ εκρόφησης /ιοντισμού χρόνου πτήσης φασματομετρίας μάζας (MALDI-TOF /MS

n), προκειμένου να ανακαλύψουν νέες δυνατότητες παθογνωμονικό υποψηφίων βιοδεικτών για τη διάγνωση της του προστάτη.

Υλικά και Μέθοδοι

Ηθική Δήλωση

Αυτή η μελέτη διεξήχθη με την έγκριση της Επιτροπής Δεοντολογίας του Πανεπιστημίου του Κιότο Graduate School of Medicine. Ενημερωμένη συγκατάθεση λήφθηκε από όλες τις περιπτώσεις για τις εξετάσεις και τα πειράματα που διεξάγονται. Κλινική υλικά χρησιμοποιήθηκαν μετά λήφθηκε γραπτή συγκατάθεση, σύμφωνα με τα πρωτόκολλα έχουν εγκριθεί από το Διοικητικό Συμβούλιο Institutional Review από το Πανεπιστημιακό Νοσοκομείο του Κιότο.

Ασθενείς

Τα άτομα από τα οποία τα δείγματα ούρων συλλέχθηκαν μετά από μασάζ του προστάτη ( δακτυλική εξέταση [DRE]) ταξινομήθηκαν σε 2 ομάδες? δηλαδή, οι ασθενείς του προστάτη και θέματα μη-καρκίνου. Η επιβεβαίωση της διάγνωσης του προστάτη έγινε από μια ιστολογική διάγνωση από δείγματα βιοψίας προστάτη ή αδένων του προστάτη αφαιρεθεί μετά από χειρουργική επέμβαση, όταν πραγματοποιείται. Πενήντα δείγματα συλλέχθηκαν από ασθενείς PCa, και τα κλινικά χαρακτηριστικά τους φαίνονται στον Πίνακα 1. Τα κλινικά χαρακτηριστικά των ασθενών μη καρκινικών φαίνονται στον Πίνακα 2. Όλα τα δείγματα ούρων από την ομάδα μη καρκινικά συλλέχθηκαν πριν από την εκπυρήνιση όλμιο λέιζερ της προστάτη (HoLEP), διουρηθρική εκτομή του προστάτη (TURP) και βιοψία βελόνα του προστάτη αδένα, όταν εκτελείται. Οι διαγνώσεις των ασθενών μη-καρκίνου ορίστηκαν ως μη κακοήθεις με ιστολογική διάγνωση των αδένων του προστάτη αφαιρούνται από HoLEP και διουρηθρική προστατεκτομή και δείγματα προστάτη λαμβάνονται με βιοψία βελόνας, εκτός από δύο περιπτώσεις (Νο 14 και 15), οι οποίοι δεν έλαβαν βελόνα βιοψία λόγω της πολύ χαμηλό PSA ορού και φυσιολογική DRE. Δεκαεννέα δείγματα μη-καρκίνου συλλέχθηκαν. Όλες οι ιστολογικές διαγνώσεις επιβεβαιώθηκαν από ουροποιητικό παθολόγους στο νοσοκομείο μας.

Η

Χημικά και Αντιδραστήρια

τρις ​​[υδροξυμεθυλ] αμινομεθάνιο (τρις), Triton Χ-100, και ουρία ήταν αγοράστηκαν από την Sigma-Aldrich (St. Louis, ΜΟ, USA). Μοριακή βιολογία βαθμού 3 – [(χολαμιδοπροπυλο) διμεθυλαμμωνιο] -1-προπανοσουλφονικό (CHAPS) αγοράστηκε από την Calbiochem (San Diego, CA, USA). Το νερό που χρησιμοποιείται σε αυτό το πείραμα, εκτός από το σύστημα HPLC, παρασκευάστηκε χρησιμοποιώντας ένα σύστημα Milli-Q (Millipore, Bedford, ΜΑ, USA). Ακετονιτρίλιο (ΑΟΝ) με και χωρίς 0,1% μυρμηκικό οξύ (FA), και νερό με και χωρίς 0,1% FA για LC-MS Chromasolv αγοράστηκαν από την Sigma-Aldrich (St. Louis, ΜΟ, USA). Όλα τα άλλα αντιδραστήρια ήταν της υψηλότερης ποιότητας διαθέσιμα στο εμπόριο

συλλογή δειγμάτων ούρων

Τα δείγματα ούρων συλλέχθηκαν ως εξής: α. Ουρολόγος πραγματοποιείται DRE απαλά μασάζ κάθε πλευρά του προστάτη αδένα τρεις φορές, το οποίο τόνωσε την κίνηση και την απελευθέρωση των υγρών του προστάτη στην ουρήθρα. Αυτά τα υγρά του προστάτη συλλέχθηκαν όταν τα θέματα ακυρώνεται ούρα μετά από το μασάζ. Τα δείγματα ούρων συλλέχθηκαν διηθούνται με τα πλέγματα νάιλον κυττάρων 100-μm (BD Falcon, San Jose, CA, USA) και φυγοκεντρήθηκε στα 2000 χ g για 10 λεπτά στους 20 ° C για τον αποκλεισμό του ουροποιητικού συντρίμμια. Μετά τη φυγοκέντρηση, τα υπερκείμενα διηθούνται και πάλι με τις κυτταρικές σουρωτήρια. Το διηθημένο υπερκείμενο των δειγμάτων ούρων φυλάχθηκε στους -80 ° C μέχρι αργότερα αναλύσεις.

δείγμα ούρων παρασκευή

Στην παρούσα μελέτη, την ουροδόχο πεπτίδια και πρωτεϊνικά θραύσματα συλλαμβάνονται από ρητίνη ανταλλαγής ιόντων Sepharose αναλύθηκαν χρησιμοποιώντας MALDI-TOF /MS

n. CM-Sepharose Fast Flow (GE Healthcare, Buckinghamshire, UK) χρησιμοποιήθηκε ως ρητίνη ανταλλαγής ιόντων για να συλλάβει και να συγκεντρώσει τα πεπτίδια και θραύσματα πρωτεΐνης στο δείγμα ούρων, καθώς και για την αφαλάτωση συμπυκνωμένα δείγματα. Μια σε σπίτι χτισμένο MALDI ψηφιακή παγίδα ιόντων (DIT) TOF /MS

n κατασκευάζεται από την Shimadzu Corporation (Kyoto, Japan) χρησιμοποιήθηκε για την ανάλυση φάσματος μάζας. Διαφορική αναλύσεις ούρων δεδομένα φάσματος μάζας μεταξύ 2 υπόκεινται ομάδων (μη καρκίνος και PCA) διεξήχθησαν χρησιμοποιώντας την κατάσταση ανακλαστήρα ιόντων παγίδα του MALDI-DIT-TOF /MS. Peak ταυτοποιήσεις πραγματοποιήθηκαν επίσης σε λειτουργία ανακλαστήρα ιόντων παγίδα. Peak λίστες που λαμβάνονται από τα κράτη μέλη

2 φάσματα που χρησιμοποιούνται για τον προσδιορισμό της αλληλουχίας αμινοξέων με την μασκότ MS

2 μηχανών αναζήτησης (επιστήμη Matrix, Λονδίνο, Ηνωμένο Βασίλειο).

Τα κατεψυγμένα δείγματα ούρων (1,0 mL) αποψύχθηκαν με φυγοκέντρηση στα 1000 χ g για 15 λεπτά στους 20 ° C. Τετρακόσια μικρολίτρα ρυθμιστικού λύσης (9 Μ ουρία, 2% CHAPS, 50 mM Tris, ρΗ 9) προστέθηκε σε κάθε δείγμα ούρων και τα μίγματα επωάστηκαν για 30 λεπτά στους 4 ° C με περιστροφή. Τα μετουσιωμένα δείγματα ούρων προστέθηκαν σε 3,6 ρυθμιστικά δεσμευτικός mL (100 mM οξικό αμμώνιο, ρΗ 4, 0,05% Triton-X). Ενενήντα μΐ 30% ενεργοποιημένου CM-Sepharose προστέθηκε σε καθένα από τα παραπάνω μίγματα δέσμευσης ρυθμιστικό διάλυμα και ανακινήθηκε καλά. Οι σωλήνες επωάστηκαν για 30 λεπτά στους 4 ° C με περιστροφή. Αφού επωάστηκαν, οι σωλήνες φυγοκεντρήθηκαν στα 1000 χ g για 10 λεπτά στους 20 ° C. Τα υπερκείμενα απορρίπτονται χρησιμοποιώντας ένα 5-mL Finnpipette F1 (Thermo Fisher Scientific, Vantaa, Φινλανδία). Τα ιζήματα, CM-Sepharose-παγιδευμένα πεπτίδια και θραύσματα πρωτεΐνης, μεταφέρθηκαν σε μικροσωλήνες 1.5 mL.

Οι ρητίνες πλύθηκαν τρεις φορές με ρυθμιστικό διάλυμα και απεσταγμένο νερό δεσμευτική για LC-MS. Πλύσιμο εμπλέκονται φυγοκέντρηση (3000 χ g για 3 λεπτά στους 20 ° C με ρυθμιστικό διάλυμα και 5000 Χ g δέσμευσης για 3 λεπτά στους 20 ° C με απεσταγμένο νερό), απορρίπτοντας τα υπερκείμενα, και προσθέτοντας διαλύματα πλύσης. Στο τελικό στάδιο έκπλυσης, οι σωλήνες φυγοκεντρήθηκαν στα 10,000 χ g για 5 λεπτά στους 20 ° C και όσο το πλύσιμο απεσταγμένο νερό όσο το δυνατόν αποσύρθηκε. Είκοσι πέντε μι διαλύματος 1% τριφθοροοξικό οξύ (TFA) προστέθηκε στη ρητίνη CM-Sepharose για την έκλουση των πεπτιδίων συλλαμβάνονται και θραύσματα πρωτεΐνης, και με πιπέτα καλά για 2 λεπτά. Οι σωλήνες υποβλήθηκαν σε φυγοκέντρηση σε 12,000 χ g για 5 λεπτά στους 20 ° C. Μόνο αποσύρθηκαν και μεταφέρθηκαν σε άλλα μικροσωλήνες τα υπερκείμενα. Οι σωλήνες υποβλήθηκαν σε φυγοκέντρηση σε 14,000 χ g για 5 λεπτά στους 20 ° C και τα υπερκείμενα μεταφέρθηκαν σε άλλα μικροσωλήνες. Αυτά τα υπερκείμενα υπηρέτησε ως τα εκχυλίσματα του δείγματος ούρων.

στοχευμένες άθικτα πεπτίδια και θραύσματα πρωτεϊνών μεταξύ 1000 και 5000 Da στα δείγματα ούρων, διότι οι αλληλουχίες τους αμινοξέων μπορεί να επιβεβαιωθεί άμεσα από MALDI-DIT-TOF /MS

2 σε αυτό το εύρος μοριακού βάρους.

μήτρα DHB και διάλυμα μήτρα MALDI πλάκα

DHB (2,5-διυδροξυβενζοϊκό οξύ) παρασκευάστηκε με διάλυση 5 mg DHB (LaserBio Labs, Sophia- Antipolis Cedex, France) σε 500 μΐ 50% ακετονιτριλίου /0.1% TFA. Στην ανάλυση μήτρα DHB, ένα κλάσμα 0,5 μι του έκλουσμα αναμίχθηκε με ίσο όγκο διαλύματος μήτρας DHB. Τα προαναμεμειγμένα δείγματα κηλιδώθηκαν επί των ακόλουθων πλακών και ξηραίνεται στον αέρα σε θερμοκρασία δωματίου? μFocus MALDI πλάκα 900 μm (384 κύκλους, HST, Inc., Newark, NJ, USA) για τη διαφορική ανάλυση των φασμάτων μάζας ή από ανοξείδωτο χάλυβα πλάκα στόχο των 384 θέσεων (Shimadzu Biotech, Κιότο, Ιαπωνία) για ποσοτικές αναλύσεις των α πιθανών βιοδεικτών για τη διάγνωση του προστάτη της.

φασματομετρίας μάζας Μετρήσεις

Σε MALDI-DIT-TOF /MS

n, αέριο αργό χρησιμοποιήθηκε για την σύγκρουση που προκαλείται διάσπαση κατακερματισμό, και το φυσικό αέριο ηλίου χρησιμοποιήθηκε για την ψύξη ιόντων. MS και MS

n αναλύσεις πραγματοποιήθηκαν στον τρόπο θετικού εξαγωγή ιόντων. Όλες οι αναλύσεις πραγματοποιήθηκαν υπό συνθήκες υψηλού κενού (5 × 10

-5 Pa ή λιγότερο).

Μέσα Μαζικής φάσματα βαθμολογήθηκαν εξωτερικά με το χέρι που παρασκευάζεται 7-πεπτίδιο πρότυπο που αποτελείται από αγγειοτασίνης ΙΙ ([Μ + H]

1.046,54), της αγγειοτενσίνης Ι ([Μ + Η]

1.296,69), Glu-ινινοπεπτίδιο B ([Μ + Η]

1570,68), το υπόστρωμα Ν-ακετυλο ρενίνης ([Μ + H]

1.800,94), ACTH (1-17) ([Μ + Η]

2.093,09), ACTH (18-39) ([Μ + Η]

2.465,20), και ACTH ( 7-38) ([Μ + η]

3657.93)

συνθήκες μετρήσεων στη διαφορική αναλύσεις των φασμάτων μάζας καθορίστηκαν ως εξής:. 1) μια πλάκα μFocus χρησιμοποιήθηκε ως πλάκα στόχο, 2 ) τα λέιζερ ακτινοβολία-θέσεις χειροκίνητα επικεντρώθηκαν στο δείγμα-μήτρα-μίγμα του κάθε φρεάτιο, 3) ο αριθμός των σημείων ακτινοβολίας ήταν 100, 4) ο αριθμός των πυροβολισμών ακτινοβολίας ήταν 64, και 5) η ισχύς του λέιζερ ορίστηκε σε 85 αυθαίρετες μονάδες. Ένα σύνολο 6.400 φάσματα μετρήθηκαν ανά φρεάτιο. Οι αναλύσεις πραγματοποιήθηκαν εις διπλούν και ένας εκχυλίζεται κλάσμα τοποθετήθηκε σε 2 φρεάτια. Ως εκ τούτου, τα δεδομένα ενός δείγματος ούρων αποτελείται από 4 πρώτων σημείων δεδομένων με 6400 φάσματα. Ο συντελεστής διακύμανσης όσον αφορά εντάσεων σε αρκετές κύριες κορυφές, ειδικά σε έναν υποψήφιο βιοδείκτη αιχμής, έγινε λιγότερο από το 10% κάτω από αυτές τις αναλυτικές συνθήκες (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται).

επεξεργασίες δεδομένων φάσματος MS και πολυπαραγοντική ανάλυση

ανεπεξέργαστα δεδομένα φάσμα μάζας εξήχθησαν μέσω DIT-FP Console λογισμικού (Shimadzu Corporation, Kyoto, Japan) για MALDI-DIT-TOF /MS ως αρχεία mzXML και εισάγονται στην MATLAB έκδοση λογισμικού 7.11 (The Mathworks Inc., Natick, ΜΑ, USA). MATLAB υποστηρίχθηκε από Βιοπληροφορική Εργαλεία και Στατιστικής Toolbox. Η ακόλουθη επεξεργασία των δεδομένων έγινε χρησιμοποιώντας τις λειτουργίες εργαλειοθήκη για τον εντοπισμό και την ευθυγράμμιση κορυφές από πολλαπλές φάσματα. 1) Μια ομαλή φάσμα λήφθηκε με χρήση τοπικά σταθμισμένη διάγραμμα διασποράς εξομάλυνσης (λειτουργία mslowess [20]). 2) Η αρχική τιμή αφαιρέθηκε από το φάσμα χρησιμοποιώντας μια προσέγγιση πολύσφηνου (λειτουργία msbackadj [21]). 3) Το φάσμα κανονικοποιήθηκε διαιρώντας με το συνολικό ρεύμα ιόντων. 4) Οι κορυφές ανιχνεύθηκαν από το φιλτράρισμα του θορύβου με την undecimated διακριτό μετασχηματισμό κυματιδίων (mspeaks λειτουργία [22]). 5) κατάλογοι κορυφής παρήχθησαν από πολλαπλά φάσματα επαναλαμβάνοντας την επεξεργασία από 1) έως 4). 6) καταλόγους Peak ευθυγραμμίστηκαν για να ταιριάζει με αιχμές κατά μήκος φάσματα (mspalign λειτουργία [23]). CSV-διαμορφωθεί λίστες αιχμής στη συνέχεια εξάγονται από την MATLAB και εισάγονται σε πολυπαραγοντική ανάλυση λογισμικού, δηλαδή, SIMCA 13.0.3 (Umetrics ΑΒ, Umeå, Σουηδία? [24], [25]). Όλα τα εισαγόμενα δεδομένα ήταν Pareto κλιμακωθεί πριν από την πολυπαραγοντική ανάλυση. Ανάλυση κύριων συνιστωσών (PCA) χρησιμοποιήθηκε για ανεξέλεγκτους πολυμεταβλητή ανάλυση, και ορθογώνια μερική ελαχίστων τετραγώνων διακριτική ανάλυση (OPLS-DA) χρησιμοποιήθηκε για τις αναλύσεις εποπτευόμενων πολυπαραγοντική. PCA και OPLS-DA μοντέλα απεικονίζονται ως οικόπεδα βαθμολογίας (κύριο συστατικό [PC1, PC2]), το οποίο εμφανίζεται κάθε εγγενή ομαδοποίηση των δειγμάτων με βάση την φασματική παραλλαγές. Στην ανάλυση OPLS-DA, επιλεγμένα πιθανούς βιοδείκτες βασίστηκαν στο S-οικόπεδο. Η γραφική παράσταση της συνδιακύμανσης έναντι της συσχέτισης σε συνδυασμό με τα μεταβλητά οικόπεδα τάση ως αποτέλεσμα την ευκολότερη απεικόνιση των δεδομένων. Οι μεταβλητές που άλλαξε πιο χαράχθηκαν στο πάνω ή το κάτω μέρος του «S» σχήμα οικοπέδου, καθώς και εκείνα που δεν διαφέρουν σημαντικά χαράχθηκαν στη μέση.

καθαρισμού πεπτιδίων και Edman αποδόμηση

στην ανάλυση αποικοδόμησης Edman της αλληλουχίας Ν-τερματικού αμινοξέος του

m /z

2332 πεπτιδίου, ο καθαρισμός του πεπτιδίου με HPLC ανάστροφης φάσης πραγματοποιήθηκε χρησιμοποιώντας ένα σύστημα HPLC Shimadzu σειρά LC-20AD εξοπλισμένη με SPD-M20A ανιχνευτή συστοιχίας διόδων (Shimadzu Corporation, Kyoto, Japan). Ένα C-18 στήλη Luna (μέγεθος σωματιδίων 5 μm? 4,6 χλστ ΕΔ χ 250 χλστ? Phenomenex, Torrance, CA, USA) χρησιμοποιήθηκε για τη διαδικασία καθαρισμού. Οι συνθήκες HPLC που χρησιμοποιήθηκαν ήταν ως ακολούθως: η θερμοκρασία του κλιβάνου της στήλης ήταν 40 ° C, ο ρυθμός ροής ήταν 1.0 mL /min, νερό με 0.1% FA και ACN με 0.1% FA χρησιμοποιήθηκαν ως διαλύτες Α και Β, αντίστοιχα, υπό την προϋπόθεση κλίση διατηρήθηκε στο 10%, ως διαλύτη Β, για 2 λεπτά μετά την ένεση με δείγμα 20 μι και ήταν γραμμική από 10% έως 80% για 15 λεπτά. Εκλούεται πεπτίδια παρακολουθήθηκαν στα 276 nm. Το πεπτίδιο εκλούεται μεταξύ 6,6 και 6,9 λεπτά min συγκεντρώθηκε σε ένα μικροσωληνάριο.

Η αυτοματοποιημένη αποικοδόμηση Edman της αλληλουχίας Ν-τερματικού αμινοξέος διεξήχθη επί RP-HPLC καθαρισμένα πεπτίδια χρησιμοποιώντας Procise Model 491 sequencer (Applied Biosystems , Inc., Foster City, CA, USA).

AQUA πεπτίδια και ποσοτικές αναλύσεις

Λάβαμε μη σημασμένα συνθετικά πεπτίδια και σταθερές ραδιοεπισημασμένες συνθετικά πεπτίδια από την Sigma-Aldrich Japan (Ishikari , Ιαπωνία). Μια προσαρμοσμένη AQUA πεπτίδιο οριστεί για φασματομετρία μάζας συντέθηκε από την Sigma-Aldrich Ιαπωνία για καθαρότητα μεγαλύτερη από 95%, κατανεμήθηκε σε 1,0 nmol, και φυλάχθηκε ως λυοφιλοποιημένη σκόνη στους -30 ° C μέχρι τη χρήση. Η αλληλουχία αμινοξέων της AQUA ισότοπο-επισημασμένου πεπτιδίου ήταν YTKVVHY [R-

13C

6, –

15Ν

4] KWIKDT [I-

13C

6, –

15N] VANP. Στη συνέχεια, η αύξηση του μοριακού βάρους με το ισότοπο-επισημασμένου πεπτιδίου (σε σχέση με το μη-επισημασμένο πεπτίδιο) ήταν 17 Da. Αυτό το πεπτίδιο χρησιμοποιήθηκε ως εσωτερικό πρότυπο (ISTD) για τις ποσοτικές αναλύσεις των δυνητικά υποψήφιας βιοδείκτη για τη διάγνωση της ΣΕΣΣ. Τα πεπτίδια AQUA διαλύθηκαν σε 1,0 pmol /μΐ χρησιμοποιώντας 1000 μL 10% (ν /ν) οξικό οξύ του LC-MS Βαθμός (Sigma-Aldrich, Saint Louis, ΜΟ, USA). Το στοκ διάλυμα (100 μL) τοποθετήθηκε σε 500 μL και μικροσωλήνες αποθηκεύτηκε σε -30 ° C μέχρι τη χρήση.

Είκοσι pmoles (20 pmol) του πεπτιδίου ISTD (20 μL διαλύματος) εμβολιάστηκε Εντός του μίγμα διάλυμα του ρυθμιστικού δείγματος ούρων και λύση, και στη συνέχεια επωάστηκαν για 30 λεπτά στους 4 ° C με περιστροφή. Οι ακόλουθες διαδικασίες πραγματοποιήθηκαν σύμφωνα με τη μέθοδο παρασκευής του δείγματος ούρων. Ποσοτικές αναλύσεις πραγματοποιήθηκαν με τη χρήση MALDI-TOF DIT-/MS. Σε ποσοτικές αναλύσεις χρησιμοποιώντας MALDI-DIT-TOF /MS, οι συνθήκες μέτρησης στερεώθηκαν ως εξής: 1) ένα ανοξείδωτο έλασμα στόχος χάλυβα χρησιμοποιήθηκε, 2) οι θέσεις ακτινοβολία λέιζερ με το χέρι επικεντρώθηκαν στο δείγμα-μήτρα-μίγμα του κάθε φρεάτιο, 3) ο αριθμός των σημείων ακτινοβολίας ήταν 200, 4) ο αριθμός των πυροβολισμών ακτινοβολίας ήταν 16, και 5) ισχύς λέιζερ ορίστηκε σε 85 αυθαίρετες μονάδες. Ένα σύνολο 3.200 φάσματα μετρήθηκαν ανά φρεάτιο. Οι αναλύσεις πραγματοποιήθηκαν εις διπλούν και ένας εκχυλίζεται κλάσμα τοποθετήθηκε σε 2 φρεάτια. Ως εκ τούτου, τα δεδομένα ενός δείγματος ούρων που αποτελείται από 12800 φάσματα. Αυτή η μέθοδος αναφέρεται και τροποποιήθηκε από τις μεθόδους που αναφέρονται από Sogawa K., et al. [26] και Tyan YC., Et al. [27]. Οι συγκεντρώσεις του υποψηφίου βιοδείκτη υπολογίστηκαν με βάση την αναλογία της κορυφής της ζώνης σε

m /z

2332 έναντι ότι σε

m /z

2349.

Στατιστικά

Όλες οι στατιστικές αναλύσεις στην παρούσα μελέτη πραγματοποιήθηκαν με τη χρήση JMP 10.0.2 στατιστικού λογισμικού (SAS Institute της Ιαπωνίας Inc., Tokyo, Japan). Το Mann-Whitney-Wilcoxon, ονομάζεται επίσης το Mann-Whitney U, δοκιμή χρησιμοποιήθηκε για να προσδιορίσει μία μη-παραμετρική σημαντική διαφορά μεταξύ των δύο ομάδων. Οι διαφορές με το

θεωρήθηκαν σ

τιμές μικρότερες από 0,05 να είναι σημαντική. Λειτουργικού χαρακτηριστικού δέκτη (ROC) καμπύλη υπολογίζεται από το στατιστικό λογισμικό χρησιμοποιήθηκαν για την αξιολόγηση της ακρίβειας των διαγνωστικών εξετάσεων που απέδωσε αποτελέσματα συνεχή δοκιμασία. Επιπλέον, οι καμπύλες ROC χρησιμοποιήθηκαν για να εκτιμηθεί η προβλεπτική ικανότητα του παθογνωμονικών βιοδείκτη που προσδιορίζονται στην παρούσα μελέτη [28].

Αποτελέσματα

επίπεδα

Η ηλικία και το PSA ορού δεν είναι σημαντικά διαφορετική μεταξύ των μη-καρκίνου ατόμων και ασθενών PCa χρησιμοποιηθεί ως μια ανακάλυψη που

για να εκτιμηθούν οι διαφορές φάσμα μάζας μεταξύ των δειγμάτων ούρων 12 υποκείμενα μη-καρκίνου και 15 ασθενείς PCa, οι ακόλουθες αναλύσεις διεξήχθησαν ως ένα σύνολο ανακάλυψη. Όπως φαίνεται στο σχήμα 1α και β, δεν παρατηρήθηκαν σημαντικές διαφορές στις κατανομές ηλικία ή PSA ορού μεταξύ της μη-καρκίνου και ομάδες PCa. Αυτά τα αποτελέσματα έδειξαν ότι ίδιας ηλικίας δείγματα ούρων θα μπορούσε να χρησιμοποιηθεί σε μεταγενέστερες αναλύσεις.

Ηλικία (α) και PSA ορού (β) διανομές μεταξύ υποκειμένων μη καρκίνου και του καρκίνου του προστάτη (PCA) ασθενείς που φαίνεται. Δεν παρατηρήθηκαν σημαντικές διαφορές σε ηλικία ή PSA ορού μεταξύ υποκειμένων μη-καρκίνου (n = 12) και οι ασθενείς PCa (n = 15).

σ

τιμές τους ήταν 0.255 και 0.464, αντίστοιχα.

Η

Τα φάσματα μάζας χρησιμοποιώντας ΜΑίϋΙ-DIT-TOF /MS αναλύσεις

υψηλής ανάλυσης και υψηλής ευαισθησίας MALDI -DIT-TOF /MS

n χρησιμοποιήθηκε για την ανάλυση του ουροποιητικού πεπτίδια και πρωτεϊνικά θραύσματα στην παρούσα μελέτη. Το τυπικό φάσματα μάζας των ουροφόρων πεπτίδια και θραύσματα πρωτεΐνης αναλύθηκαν χρησιμοποιώντας τη λειτουργία ανακλαστήρα ιόντων παγίδα του MALDI-DIT-TOF /MS δείχνονται στο Σχήμα 2. Μετά την συμπύκνωση και αφαλάτωση των δειγμάτων ούρων με CM-Sepharose, το μέσον έκλουσης εκχυλίστηκε με 1,0% διάλυμα TFA. DHB χρησιμοποιήθηκε ως μήτρα MALDI. Τα φάσματα μάζας των εκχυλίζεται από δείγματα α) υποκείμενα μη-καρκίνου και β) ασθενείς PCa συγκρίθηκαν. Αρκετές διαφορές ανιχνεύτηκαν σε αυτά τα φάσματα μάζας μεταξύ των δύο ομάδων. Η πιο έντονη αιχμή ανιχνεύθηκε σε

m /z

2332.3.

Μετά τη συγκέντρωση και δείγματα ούρων αφαλάτωση με CM-Sepharose, ο διαλύτης έκλουσης εκχυλίζεται με 1,0% διάλυμα TFA. DHB χρησιμοποιήθηκε ως μήτρα MALDI. Σχήμα 2α και 2β δείχνουν τα αναλυτικά αποτελέσματα των εκχυλισμάτων ούρων από άτομα μη-καρκίνου και ασθενείς ΣΕΣ, αντίστοιχα.

Η

πολυπαραγοντικές αναλύσεις της φάσματα μάζας του ουροποιητικού εκχυλίσματα χρησιμοποιώντας το λογισμικό SIMCA

Η εξαγόμενα αρχεία κορυφή της μήτρας με MATLAB εισήχθησαν σε ένα λογισμικό ανάλυσης πολλών μεταβλητών, δηλαδή, SIMCA 13.0.3. Όλα τα εισαγόμενα δεδομένα Pareto κλίμακα για την πολυπαραγοντική ανάλυση. Μια κύρια συστατικά ανάλυση (PCA) αρχικά πραγματοποιούνται σε φάσματα των δειγμάτων ούρων για να προσδιοριστεί εάν οι διαφορές φάσμα μάζας υπήρχαν μεταξύ της μη-καρκίνου και ομάδες PCa. Μια ορθογωνική μερική ελάχιστων τετραγώνων διακριτική ανάλυση (OPLS-DA) στη συνέχεια χρησιμοποιείται για να μεγιστοποιήσει συνδιακύμανση μεταξύ των μετρούμενων δεδομένων (θέσεις κορυφής και οι εντάσεις κορυφής) και την ταξινόμηση της νόσου. Ένα S-οικόπεδο χρησιμοποιήθηκε για να επιλέξετε και να υποδείξει τους πιθανούς υποψηφίους βιοδείκτη σημαντικών βιοϋλικών που σχετίζονται με τον διαχωρισμό της ομάδας.

Η PCA σκοράρει οικόπεδα στο PC1 (R

2 = 0,217) και PC2 (R

2 = 0.148) έδειξε ασαφείς συστάδες μεταξύ του μη-καρκίνου και ομάδες προστάτη (R

2X [cum]: 0.556 και Q

2 [cum]: 0,271? Σχήμα 3α). Σε αντίθεση, τα οικόπεδα βαθμολογία OPLS-DA διακρίνεται η ομάδα του προστάτη από την ομάδα μη-καρκίνου (R

2X [cum]: 0,309, Ρ

2Y [cum]: 0.722 και Q

2 [cum] : 0.058? Σχήμα 3β). Η OPLS-DA ήταν επαρκές μοντέλο για τη διάκριση της ομάδας προστάτη από την ομάδα μη-καρκίνου. Μία ανάλυση του S-πλοκή βασίζεται στο μοντέλο OPLS-DA σε σχέση με την αναλογία των εντάσεων κορυφής φάσματα μάζας σχετικά με ΠΑΠ και μη καρκινικές φαίνεται στο Σχήμα 3γ. Οι μέγιστες εντάσεις γύρω από

m /z

2.332,3 απομονώθηκαν από την S-πλοκή ως νέες δυνατότητες παθογνωμονικό βιοδεικτών για τη διάκριση μεταξύ του μη-καρκίνου και των ομάδων του προστάτη.

(α) οικόπεδο βαθμολογία PCA αναφέροντας η διάκριση μεταξύ μη-καρκίνου και προστάτη στο σύνολο ανακάλυψη. (Β) OPLS-DA βαθμολογίας γραφική παράσταση που δείχνει μια σαφή διάκριση μεταξύ μη-καρκίνου και του προστάτη. (Γ) S-πλοκή που αντιστοιχεί στο οικόπεδο σκορ OPLS-DA φαίνεται στο Σχήμα 3β. Μια πιθανή ουροποιητικού υποψήφιο βιοδείκτη εξήχθη σε μια κορύφωση περίπου

m /z

2332.3 για τη διάγνωση των ασθενών προστάτη.

Η

Αναγνώριση των θραυσμάτων πεπτιδίου στα m /z 2332,3

Το φάσμα μάζας ενός δείγματος ούρων από ένα ασθενή PCa με MALDI-TOF DIT-/MS

2 ανάλυσης φαίνεται στο Σχήμα 4α. Η μασκότ MS

2 μηχανή αναζήτησης του MS

2 φάσμα μάζας έδειξε ότι το

m /z

2332 πεπτίδιο ήταν ένα C-τελικό θραύσμα του PSA. Αυτό το αποτέλεσμα υποδήλωσε ότι το θραύσμα PSA αποτελείτο από τα ακόλουθα κατάλοιπα αμινοξέων 19: YTKVVHYRKWIKDTIVANP. Η MALDI-TOF DIT-/MS

2 φάσμα μάζας του πεπτιδίου που συντίθεται (Medical & amp? Biological Laboratories Co, Ltd, Nagoya, Ιαπωνία) συνέπεσε με εκείνη του ουροποιητικού

m /z

2332 πεπτίδιο (Σχήμα 4β), η οποία επιβεβαίωσε ότι και τα δύο πεπτίδια αποτελούνταν από την ίδια αλληλουχία αμινοξέων: YTKVVHYRKWIKDTIVANP. Επιπλέον, αλληλουχία αμινοξέων, η οποία προσδιορίστηκε με αποικοδόμηση Edman, επιβεβαίωσε ότι ήταν ένα Ο-τερματικό θραύσμα του PSA που αποτελούνταν από 19 υπολείμματα αμινοξέων (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται). Στην παρούσα μελέτη, επικεντρωθήκαμε σε δείγματα ούρων με κενό μετά από μασάζ του προστάτη, δηλαδή, δακτυλική εξέταση (DRE). Η προέλευση του πεπτιδίου σε

m /z

2332 ερευνήθηκε, και φάσματα μάζας σε σύγκριση με τα κλάσματα από εκχυλίζεται ουροποιητικού δείγματα πριν και μετά DRE (Σχήμα 5). Η κορυφή σε

m /z

2332 ανιχνεύθηκε αποκλειστικά μετά από DRE. Αυτά τα αποτελέσματα υποστηρίζουν 2331 Da θραύσματα πεπτίδιο που εκκρίνεται από τους αδένες του προστάτη με δακτυλική εξέταση.

(α) Η αλληλουχία αμινοξέων του

m /z

2332 εντοπίστηκε στα δείγματα ούρων των ασθενών προστάτη και την αναμενόμενη χρησιμοποιώντας MS

2 αναλύσεις και η μασκότ MS

2 μηχανών αναζήτησης. Οι αλληλουχίες Ν-τερματικό αμινοξύ του πεπτιδίου επιβεβαιώθηκαν πλήρως με βάση τα δεδομένα που λαμβάνονται από την αποικοδόμηση Edman του καθαρισμένου πεπτιδίου. Η αλληλουχία επιβεβαιώθηκε ως εξής: YTKVVHYRKWIKDTIVANP. (Β) MS

2 συγκρίσεις φάσμα της

m /z

2332 πεπτιδίου μεταξύ ενός συντίθεται υλικού (1) και εκχυλίζεται βιοϋλικών από τα δείγματα ούρων των ασθενών προστάτη (2). Η προκύπτουσα 2 MS

2 φάσματα του

m /z

2332 πεπτίδια ταιριάζουν απόλυτα.

Η

Ποσοτική ανάλυση ενός νέου δυναμικό παθογνωμονικές βιοδεικτών χρήση MALDI-DIT- TOF /MS

όπως ήδη φαίνεται, η ένταση κορυφής στο

m /z

2.332,3 απομονώθηκε από την S-πλοκή ως πιθανό υποψήφιο βιοδείκτη για τη διάκριση μεταξύ του μη-καρκίνου και ομάδες προστάτη . Έτσι, η ουρική 2331 Da πεπτίδιο αξιολογήθηκε ποσοτικά χρησιμοποιώντας 50 δείγματα ούρων από ασθενείς ακυρώνονται PCa (Πίνακας 1) και 19 από άτομα μη-καρκίνου (Πίνακας 2) μετά μασάζ του προστάτη. Ένα μέρος του κάθε σετ δεδομένων είχε επίσης χρησιμοποιηθεί στο στάδιο της ανακάλυψης.

Οι κατανομές ηλικία και PSA από όλα τα υποκείμενα που φαίνεται στο Σχήμα 6a και b. Δεν παρατηρήθηκαν σημαντικές διαφορές σε ηλικία ή τη διανομή PSA μεταξύ του μη-καρκίνου (n = 19) και του προστάτη (n = 50) ομάδες.

Ηλικία (α) και PSA ορού (β) διανομές μεταξύ μη καρκινικό άτομα και ασθενείς προστάτη στα σύνολα επικύρωσης. Δεν παρατηρήθηκαν σημαντικές διαφορές σε ηλικία ή PSA ορού μεταξύ υποκειμένων μη-καρκίνου (n = 19) και οι ασθενείς PCa (n = 50).

σ

τιμές τους ήταν 0.364 και 0.076, αντίστοιχα.

Η

Ένα αντιπροσωπευτικό δείγμα ούρων που αναλύθηκαν με την προσθήκη του εσωτερικού προτύπου (ISTD) χρησιμοποιήθηκε για να εκτιμηθεί η αναλογία μεταξύ των περιοχών κορυφής σε

m /z

2332 για ένα μη σημασμένο συνθετικό πεπτίδιο και σε

m /z

2348 για ένα σταθερό ισότοπο επισημασμένο συνθετικό πεπτίδιο (YTKVVHY [R-

13C

6, –

15N

4] KWIKDT [Ι

13C

6, –

15Ν] VANP), αντίστοιχα. Τα περιεχόμενα προσθήκη του ISTD (σταθερές ραδιοεπισημασμένες 2348 Da ποσό πεπτίδιο) σταθεροποιήθηκαν σε 20 pmol /1,0 ml ούρων. Μία πρότυπη καμπύλη για πρόσθετα ποσά του Da πεπτίδιο 2331 φαίνεται στο Σχήμα 7α. Μια ισχυρή συσχέτιση παρατηρήθηκε μεταξύ του λόγου των εμβαδών μεταξύ

m /z

2332 και 2349 και τα πρόσθετα 2331 Da πεπτίδιο ποσά, με μια εξίσωση παλινδρόμησης y = 0.0243x + 0,0722 (άξονας x: πρόσθετα ποσά το 2331 Da πεπτίδιο? λόγου των εμβαδών των

m /z

2332 /

m /z

2349 [ISTD]?? y-άξονα R

2 = 0,996). Επετεύχθη γραμμική πρότυπη καμπύλη

(α) Σχέση μεταξύ του λόγου των εμβαδών μεταξύ

m /z

2332 και 2349 (σταθερές ραδιοεπισημασμένες συνθετικό πεπτίδιο? εσωτερικό πρότυπο [ISTD])., και επιπλέον 2.331 Da (μη-σημασμένο συνθετικό) πεπτίδιο ποσότητες. Τα πρόσθετα περιεχόμενα του ISTD μονιμοποιήθηκαν σε 20 pmol /1,0 ml ούρων. Μια πρότυπη καμπύλη σχετικά με τα πρόσθετα ποσά του Da πεπτίδιο 2331 παρουσιάζεται. Επαρκής συσχετίσεις παρατηρήθηκαν σε ποσοτικές αναλύσεις του Da πεπτίδιο 2331 με τη χρήση MALDI-DIT-TOF /MS. (Β) Η σύγκριση μεταξύ της παθολογικής κατηγοριών και των ουροφόρων 2331 συγκεντρώσεις Da πεπτιδίου. Μια σημαντική διαφορά (

p = 0,0016

) παρατηρήθηκε μεταξύ των μη-καρκίνου (n = 19) και του προστάτη (n = 50) ομάδες. (Γ) Οι καμπύλες ROC υπολογίστηκαν από τα ποσοτικά αποτελέσματα των δύο (δηλαδή, μη-καρκίνου και PCA) ομάδες. Οι τιμές AUC του επιπέδου του PSA ορού και των ούρων 2331 συγκέντρωση Da πεπτίδιο ήταν 0,639 και 0,747, αντίστοιχα. Όσον αφορά PSA ορού, το επίπεδο αποκοπής των 3.82 ng /mL είχε ευαισθησία 100% και εξειδίκευση 36.9%. Όσον αφορά ουροποιητικού 2331 Da πεπτίδιο, το επίπεδο αποκοπής των 40,6 ng /mL είχε ευαισθησία 86,0% και ειδικότητα 57,9%.

Η

Μια σημαντική διαφορά παρατηρήθηκε στα ούρα 2331 συγκεντρώσεις Da πεπτίδιο μεταξύ των μη-καρκίνου και ομάδες προστάτη (Εικόνα 7b). Οι διάμεσοι της συγκέντρωσης πεπτιδίου 2331 Da στο μη καρκίνου και ομάδες PCa ήταν 36,8 και 117 ng /mL, αντίστοιχα. Αυτό το αποτέλεσμα έδειξε ότι μπορεί να είναι δυνατή η διάκριση των ασθενών PCa από υποκείμενα μη καρκινικά.

Οι καμπύλες ROC που υπολογίζονται από αυτά τα αποτελέσματα από τις δύο ομάδες που φαίνεται στο Σχήμα 7c. Όσον αφορά PSA ορού, μια περιοχή κάτω από την καμπύλη (AUC) ήταν 0,639. Το επίπεδο αποκοπής του 3,82 ng /mL είχε ευαισθησία 100% και εξειδίκευση 36.9%. Από την άλλη πλευρά, ένας AUC ήταν 0,747 για ουρική 2331 Da πεπτιδίου. Το επίπεδο αποκοπής των 40,6 ng /mL είχε ευαισθησία 86,0% και ειδικότητα 57,9%.

Δεν υπάρχουν συσχετίσεις παρατηρήθηκαν μεταξύ των επιπέδων του PSA 2331 Da συγκέντρωση πεπτιδίου και στον ορό ή τα στάδια του προστάτη ή των Gleason βαθμολογίες ασθενείς (δεδομένα δεν παρουσιάζονται)

Συζήτηση

Η διάγνωση του καρκίνου αποτελεί μείζονα πρόκληση για την έρευνα και την κλινική διαχείριση.? εκτεταμένη γονιδιωματική, transcriptomic και πρωτεομική μελέτες διεξάγονται προκειμένου να ανακαλύψει και τον προσδιορισμό των υποψηφίων βιοδεικτών για χρήση σε συστήματα υψηλής απόδοσης ικανή μεγάλων ελέγχου του πληθυσμού [29].