Αφηρημένο

Οι στοχευμένες θεραπείες έχουν χρησιμοποιηθεί για την καταπολέμηση πολλών τύπων όγκου? Ωστόσο, λίγοι έχουν βελτιώσει αποτελεσματικά την συνολική επιβίωση σε γυναίκες με επιθηλιακό καρκίνο των ωοθηκών, επαιτεία για την καλύτερη κατανόηση αυτής της θανάσιμης ασθένειας και τον προσδιορισμό των βασικών οδηγών της ογκογένεσης που μπορούν να στοχεύονται αποτελεσματικά. Ως εκ τούτου, χρησιμοποιείται μια προσέγγιση ελέγχου απώλειας λειτουργία για να βοηθήσει στον εντοπισμό των μοριακών τρωτά σημεία που μπορούν να αντιπροσωπεύουν τα βασικά σημεία της θεραπευτικής παρέμβασης. Χρησιμοποιήσαμε μια αμερόληπτη οθόνη θνησιμότητα υψηλής απόδοσης χρησιμοποιώντας μια βιβλιοθήκη 24.088 siRNA που στοχεύει πάνω από 6.000 druggable γονίδια και μελέτησε τις επιπτώσεις τους στην ανάπτυξη ή /και την επιβίωση των επιθηλιακών κυτταρικών σειρών καρκίνου των ωοθηκών (EOC). Τα κορυφαία 300 «χτυπήματα» που επηρεάζουν τη βιωσιμότητα των κυττάρων A1847 υποβλήθηκαν σε νέα διαλογή σε όλη επιπλέον κυτταρικές γραμμές EOC και μη ογκογόνων, ανθρώπινα αθανατοποιημένα ωοθηκών επιθηλιακών κυτταρικών σειρών. Πενήντα τρεις υποψηφίους γονίδιο βρέθηκε ότι εμφανίζουν αποτελέσματα σε όλες τις ογκογόνες κυτταρικές σειρές που δοκιμάστηκαν. Εκτεταμένες επικύρωση αυτών των επιτυχιών εξευγενισμένα τη λίστα με τέσσερις υποψηφίους υψηλής ποιότητας (

HSPA5

,

NDC80

,

NUF2

, και

ΡΤΝ

). Μηχανιστικές μελέτες δείχνουν ότι η αποσιώπηση των τριών γονιδίων οδηγεί σε αυξημένη απόπτωση, ενώ η

HSPA5

αποσιώπηση φαίνεται να μεταβάλει την κυτταρική ανάπτυξη μέσω σύλληψη G1 του κυτταρικού κύκλου. Επιπλέον, δύο ανεξάρτητες μελέτες γονιδιακής έκφρασης δείχνουν ότι

NDC80

,

NUF2

και

ΡΤΝ

ήταν σημαντικά έκτροπα υπερεκφράζεται σε ορώδες αδενοκαρκινώματα. Συνολικά, μας τα αποτελέσματα της λειτουργικής γονιδιωματικής ενσωματωθεί με τις γονιδιωματικής δεδομένα παρέχουν μια σημαντική αμερόληπτη λεωφόρο προς την κατεύθυνση της αναγνώρισης των πιθανών θεραπευτικών στόχων για την ανακάλυψη φαρμάκων, η οποία είναι μια επείγουσα και ανικανοποίητη κλινική ανάγκη για τον καρκίνο των ωοθηκών

Παράθεση:. Sethi G, Πάθακ HB, Zhang Η, Zhou Υ, Einarson MB, Vathipadiekal V, et al. (2012) Η παρεμβολή RNA θνησιμότητα οθόνη του Ανθρώπινου Γονιδιώματος Druggable να προσδιορίσει Μοριακής ευπάθειας στο επιθηλιακό καρκίνο των ωοθηκών. PLoS ONE 7 (10): e47086. doi: 10.1371 /journal.pone.0047086

Επιμέλεια: Αλέξανδρος James Roy Επίσκοπος, το Πανεπιστήμιο του Τέξας Επιστήμη Κέντρο Υγείας στο San Antonio, Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής

Ελήφθη: 13 του Ιουνίου, 2012? Δεκτές: 7 Σεπτεμβρίου 2012? Δημοσιεύθηκε: 9 Οκτωβρίου, 2012

Copyright: © Sethi et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Η μελέτη υποστηρίχθηκε εν μέρει από μια επιχορήγηση του σχεδίου προγράμματος από καρκίνο των ωοθηκών Ταμείου Έρευνας (https://www.ocrf.org) και επιχορήγηση από το NCI (CA140323) για να AKG. Οι συγγραφείς αναγνωρίζουν την υποστήριξη από το Πανεπιστήμιο του Κάνσας Κέντρο Καρκίνου και το Κάνσας Bioscience Αρχή Επιφανών Πρόγραμμα Μελετητή. Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

επιθηλιακού καρκίνου των ωοθηκών είναι η δεύτερη πιο κοινή γυναικολογικό καρκίνο, και μία από τις πλέον θανατηφόρες, μεταξύ των γυναικών, με κατ ‘εκτίμηση 22.280 νέες περιπτώσεις και 15.500 θάνατοι για το 2012. [1] μεταξύ των διαφόρων τύπων του επιθηλιακού καρκίνου των ωοθηκών, η οποία περιλαμβάνει ορώδης, βλεννώδες, σαφείς κυττάρων και του ενδομητρίου [2], [3], η πλειονότητα των θανάτων από καρκίνο των ωοθηκών να εμφανιστεί σε ασθενείς με προχωρημένο στάδιο, υψηλής ποιότητας ορώδης καρκίνο των ωοθηκών. [4] Ως εκ τούτου, υπάρχει επείγουσα ανάγκη για νέες θεραπευτικές προσεγγίσεις για την καταπολέμηση αυτής της θανάσιμης ασθένειας.

Η ανάπτυξη νέων θεραπειών, ειδικά στην εποχή των στοχευμένων θεραπειών και εξατομικευμένη ιατρική, συνήθως καθοδηγείται από την κατανόηση της υποκείμενης βιολογία, η μοριακή βιολογία και βιοχημεία των κυττάρων του όγκου και των γύρω μικροπεριβάλλοντα τους στόχευσης γενετικές αλλοιώσεις. [5] Αυτό είναι ένα κοινό θέμα στην ανακάλυψη φαρμάκων και μπορεί να παρέχει ειδικότητα, αλλά δεν μπορεί γενικά να παρέχουν πληρότητα σε στόχευση. Τα καρκινικά κύτταρα μπορούν να εξελιχθούν που στερούνται τις στοχευμένες γενετικές αλλοιώσεις ή που είναι ανθεκτικά και θα μπορούσε να προκαλέσει προοδευτική ασθένεια. [5] Ως εκ τούτου, είναι απαραίτητο να επεκταθεί οπλισμός μας από θεραπείες, αλλά το πιο σημαντικό αντίληψή μας για σημαντικούς στόχους φαρμάκων. Η εξελικτική φύση του καρκίνου συνεπάγεται, σε αντίθεση με τη συμβατική σοφία, ότι τα βασικά χαρακτηριστικά της κάθε θεραπείας για τη συνεπή θεραπεία ή έλεγχο του καρκίνου θα πρέπει να είναι ανεξάρτητη από τις συγκεκριμένες οδούς της εξέλιξης των καρκινικών κυττάρων, και ανεξάρτητα από τις ιδιαίτερες γενετικές ή επιγενετικές αλλοιώσεις. Αν και η γενετική και επιγενετική πολυπλοκότητα του καρκίνου είναι σχεδόν απεριόριστος, εξέλιξη των καρκινικών κυττάρων περιορίζεται. [6], [7] Ένα κακόηθες κύτταρο θα έχει ως αποτέλεσμα, αν και μόνο αν, οι μεταβολές προκαλούν φυσιολογική κυτταρική μηχανήματα για την εκτέλεση των διαδικασιών του πολλαπλασιασμού και της εισβολής.

Οι τρέχουσες προσπάθειες ανακάλυψης φαρμάκων έχουν την τάση να επικεντρώνονται σε κοινά μεταλλαγμένα μονοπάτια μεταγωγής σήματος, π.χ., μια σειρά από υποδοχείς αυξητικού παράγοντα και κατάντη διαμορφωτές (φωσφατάσες και κινάσες) που εργάζονται συντονισμένα για την προώθηση της ανάπτυξης, αλλά δεν είναι το κεντρικό μηχανημάτων. Ως εκ τούτου, εκτελέσαμε μη πολωμένα υψηλής απόδοσης θνησιμότητα οθόνες (HTS) μικρών παρεμβαλλόμενα RNA (siRNAs) για τον εντοπισμό γονιδίων τα οποία είναι απαραίτητα για την ανάπτυξη των καρκινικών κυττάρων των ωοθηκών και την επιβίωση. Οι κορυφαίες επιτυχίες εκτενώς επικυρωθεί και αξιολόγησε την κλινική αξία τους. Συνολικά, βρήκαμε

NDC80

,

NUF2

και

ΡΤΝ

ως σημαντικό μοριακό τρωτά σημεία, τα οποία αντιπροσωπεύουν δυνητικά σημαντικό θεραπευτικών στόχων στον καρκίνο των ωοθηκών.

Αποτελέσματα

HTS του γονιδιώματος Druggable

η κύρια οθόνη υψηλής απόδοσης RNAi έγινε (όπως απεικονίζεται στην Εικόνα S1A) χρησιμοποιώντας το Druggable Γονιδιώματος Βιβλιοθήκη Ανθρώπου (Dharmacon) (Πίνακας S1) που αποτελείται από 24.088 siRNAs που στοχεύουν 6022 γονιδίων χρησιμοποιώντας κύτταρα A1847, ένα επιθηλιακό καρκίνωμα των ωοθηκών (EOC) κυτταρική γραμμή, η οποία απέδωσε σταθερά αναπαραγώγιμα δεδομένα διαμόλυνση υπό συνθήκες HTS. Θετικών και αρνητικών ελέγχων στα εσωτερικά φρεάτια αναφοράς που περιλήφθηκαν σε κάθε πλάκα για να επιτρέπουν τον υπολογισμό της απόδοσης επιμόλυνσης (βλ Συμπληρωματικές πληροφορίες S1 για περισσότερες λεπτομέρειες). A1847 κύτταρα μορφομετατράπηκαν χρησιμοποιώντας συνθήκες HTS όπως περιγράφεται στο Υλικά και Μέθοδοι τμήμα. Οι κανονικοποιημένες βαθμολογίες βιωσιμότητα (που ορίζεται ως η (ένταση φθορισμού

δείγματος) /(μέση ένταση φθορισμού

αναφοράς)) που λαμβάνεται μέσω των HTS εμφανίζεται μια κατανομή Gauss (Σχήμα S1B). Μετά την ανάλυση των στατιστικών στοιχείων (βλ Συμπληρωματικές πληροφορίες S1), επιλέχθηκαν συνολικά 300 γονιδίων που αντιπροσωπεύουν περίπου 5% των γονιδίων στόχαστρο αυτής της βιβλιοθήκης για να συμπεριληφθούν στον επόμενο γύρο της διαλογής.

HTS ενός πίνακα του ΕΓΚ γραμμές κυττάρων χρησιμοποιώντας ένα υποσύνολο των Druggable Γονιδιώματος

Στη συνέχεια, θα καθοριστεί ποια από τα 300 γονίδια αναγνωρίζονται ως επιτυχίες από την πρωτογενή οθόνη επηρεάζονται αμοιβαία την κυτταρική ανάπτυξη και επιβίωση σε πολλαπλές κυτταρικές σειρές ΕΓΚ χρησιμοποιώντας μια ανεξάρτητη βιβλιοθήκη siRNA (Πίνακας S2). Αυτή η νέα βιβλιοθήκη εστιασμένη σχεδιάστηκε χρησιμοποιώντας μια εντελώς νέα ομάδα των τεσσάρων ακολουθιών siRNA που στοχεύει κάθε γονίδιο, προκειμένου να ελαχιστοποιηθεί η πιθανή ψευδώς θετικά από την πρωτεύουσα διαλογή λόγω εκτός στόχου επιδράσεις. Αυτή η στρατηγική του χρησιμοποιώντας ένα διαφορετικό σύνολο πισίνες siRNA για τις δευτερεύουσες οθόνες έχει υιοθετηθεί ως ένα βήμα επανεπικύρωση από μόνη της. [8] συνθήκες επιμόλυνσης για επτά επιπλέον ογκογόνο κυτταρικές γραμμές ωοθηκών (Α2780, CP70, C30, OVCAR5, OVCAR8, SKOV3 και UPN275) στη συνέχεια βελτιστοποιείται για HTS (Πίνακας S3). Αυτά τα επτά νέα EOC κυτταρικές γραμμές και ο A1847 κυτταρική γραμμή στη συνέχεια υποβλήθηκαν σε HTS με τη χρήση της βιβλιοθήκης υποσύνολο στοχεύουν τα 300 γονίδια. Μια βαθμολογία βιωσιμότητα προήλθε για όλες τις 300 πισίνες siRNA σε κάθε κυτταρική σειρά (φαίνονται γραφικά στο Σχήμα 1Α) το οποίο κυμαινόταν από 0.09-1.20 σε όλη την κυτταρικές γραμμές. «Επισκέψεις» για καθεμία από τις οκτώ κυτταρικές σειρές επιλέχθηκαν με βάση τόσο τη στατιστική σημαντικότητα (ποσοστό εσφαλμένης ανακάλυψη (FDR) & lt? 0,05) και βιολογική σημασία (βιωσιμότητα βαθμολογίας & lt? 0,85) (βλ Συμπληρωματικές πληροφορίες S1 για περισσότερες λεπτομέρειες). Μια χάρτη θερμότητας των επισκέψεων σε όλη κάθε κυτταρική γραμμή EOC δημιουργούνται χρησιμοποιώντας MultiExperiment Viewer [9], [10] και το σημείο τομής των συμπτώσεων μεταξύ των κυτταρικών σειρών φαίνονται σχηματικά στο Σχήμα 2Α. Συνολικά 53 χτυπήματα θεωρήθηκαν σημαντικές σε όλες τις οκτώ γραμμές κυττάρων EOC (Εικόνα 2Α και Πίνακας S4). Ο μέσος συντελεστής συσχέτισης (r) για τους τεχνικούς επαναλήψεις σε όλες τις κυτταρικές σειρές ήταν 0,91 ± 0,03 (Εικόνα S2A).

οθόνες σε ένα πάνελ των κυτταρικών σειρών του ΕΓΚ και ΟΑΥ. κυτταρικές σειρές Α Οκτώ EOC ανάστροφα επιμολύνθηκαν με siRNAs που στοχεύουν 300 γονίδια που ταυτοποιούνται από την πρωτογενή διαλογή του A1847 κυτταρική σειρά χρησιμοποιώντας παραμέτρους διαμόλυνση βελτιστοποιείται για κάθε κυτταρική γραμμή (βλέπε Πίνακα S3). Κάθε κύκλος αντιπροσωπεύει ένα μέσο όρο βαθμολογίας βιωσιμότητας από τεχνική επαναλήψεις μετά από αποσιώπηση ενός συγκεκριμένου γονιδίου. Το γκρι διακεκομμένη γραμμή αντιπροσωπεύει την τιμή αποκοπής για το σκορ βιωσιμότητας (0.85) για να επιλέξετε επιτυχίες. κυτταρικές σειρές Β Τρεις ΟΑΥ επιμολύνονται χρησιμοποιώντας παραμέτρους βελτιστοποιηθεί για κάθε (βλέπε πίνακα S3).

Η

Α. Μια αναπαράσταση χάρτη θερμότητας των βαθμολογιών βιωσιμότητας για οκτώ ΕΓΚ και τρεις ΟΑΥ κυτταρικών σειρών επιτυγχάνεται από τη δευτεροβάθμια οθόνες της βιβλιοθήκης siRNA που στοχεύει 300 γονίδια. Όλες οι τιμές βαθμολογία βιωσιμότητα κυμαίνονται μεταξύ 0,12 και 1,53. Αποχρώσεις του πράσινου αντιπροσωπεύουν μειωμένη βιωσιμότητα (& lt? 0.80), αποχρώσεις του κόκκινου αντιπροσωπεύει αύξηση της βιωσιμότητας (& gt? 0.80), και το μαύρο αντιπροσωπεύει ένα σκορ βιωσιμότητας των 0,80. Ο χάρτης θερμότητας που παράγεται με τη χρήση MultiExperiment Viewer. Floral διαγράμματα σε κίτρινο και μπλε δείχνουν ο αριθμός των επισκέψεων σε ολόκληρη είτε οκτώ ΕΓΚ ή τρεις κυτταρικές σειρές ΟΑΥ, αντίστοιχα, και η διασταύρωση των επισκέψεων σε κάθε ομάδα. διάγραμμα Β Ένα Venn δείχνει τον αριθμό των επισκέψεων στα κοινά μεταξύ Χίου και EOCs και τον αριθμό χτυπά μοναδικό για κάθε ομάδα.

Η

Το PANTHER βιολογικό σύστημα ταξινόμησης [11] έδειξε ότι «μεταβολικές διαδικασίες» ήταν η μεγαλύτερη κατηγορία (~43%) στην οποία ανήκαν αυτά τα 53 γονίδια (Σχήμα S3A). Συγκεκριμένα, όταν λειτουργικός χαρακτηρισμός αυτών των γονιδίων διεξήχθη χρησιμοποιώντας Ingenuity Pathway Analysis (ΙΡΑ), το λογισμικό, δείχθηκε ότι οι 53 χτυπήματα εμπλουτίστηκαν για γονίδια που σχετίζονται με τη σύνθεση πρωτεϊνών που περιλαμβάνουν ριβοσωμικές πρωτεΐνες και παράγοντες επιμήκυνσης (Σχήμα S3b). Πρόσφατες αναφορές έχουν παράσχει αποδείξεις ότι εκτός από την συμμετοχή σε πρωτεϊνική σύνθεση, ριβοσωμικές πρωτεΐνες και παράγοντες επιμήκυνσης έχει ένα ρόλο στην ρύθμιση του κυτταρικού κύκλου και την επιβίωση. [12], [13], [14], [15] Φάρμακα που στοχεύουν διαφορετικά μοριακά συστατικά που εμπλέκονται σε μηχανήματα σύνθεσης πρωτεΐνης είναι ήδη σε κλινικές δοκιμές για διάφορους τύπους όγκων, συμπεριλαμβανομένων του μαστού, του παχέος εντέρου, και του παχέος εντέρου [16], [17], [18], την υποστήριξη της μεταφραστικής δυναμικό των επιτυχιών μας. χαρακτηρισμός δικτύου χρησιμοποιώντας το λογισμικό ΙΡΑ έδειξε ότι τα γονίδια στο δίκτυο με την υψηλότερη βαθμολογία παρουσίασαν κατάντη επιδράσεις τους μέσω, ERK1 /2 και ΑΚΤ, βασικά γονίδια επιβίωση που έχουν ενοχοποιηθεί ως μεσολαβητές των μεγάλων ογκογόνο οδών σε καρκίνο των ωοθηκών (Εικόνα S3C) [19 ], [20], [21], [22].

HTS των μη ογκογόνων ΟΑΥ Lines

στη συνέχεια, θα καθοριστεί ποια από τα χτυπήματα είχε τη μεγαλύτερη επίδραση στις κυτταρικές σειρές ΕΓΚ και μικρή ή καθόλου επίδραση επί της μη ογκογόνων ανθρώπινο αθανατοποιημένες κυτταρικές σειρές ωοθηκών επιθηλιακής επιφάνειας (ΟΑΥ). Εμείς, ως εκ τούτου, προβλήθηκε τα 53 χτυπήματα για τις επιπτώσεις στη βιωσιμότητα των τριών κυτταρικών σειρών ΟΑΥ (HIO80, HIO120 και HIO117). Παρά το γεγονός ότι ήμασταν ενδιαφέρονται για την εξέταση μόνο τα 53 χτυπήματα, προκειμένου να διατηρηθεί το ίδιο σχήμα ελέγχου και να ελαχιστοποιηθούν οι τυχόν τεχνικές διαφορές στον τρόπο με τον οποίο οι οθόνες siRNA πραγματοποιήθηκαν για τις κυτταρικές σειρές ΟΑΥ, χρησιμοποιήσαμε και πάλι το έθιμο siRNA βιβλιοθήκη απευθύνεται σε όλους τους 300 γονίδια. Μια βαθμολογία βιωσιμότητα προήλθε ακόλουθη σίγηση του κάθε γονιδίου (Σχήμα 1Β). Ο μέσος συντελεστής συσχέτισης μεταξύ των τεχνικών επαναλήψεων για τις τρεις κυτταρικές γραμμές ΟΑΥ (Σχήμα S2B, μέσος r = 0,90 ± 0,03) ήταν παρόμοια με εκείνη των κυτταρικών γραμμών ΕΓΚ.

Προβολές για τις κυτταρικές γραμμές ΟΑΥ επιλέχθηκαν ως που περιγράφεται παραπάνω (βαθμολογία κανονικοποιημένη βιωσιμότητας & lt? 0.85 και FDR & lt? 5%). Ένα σύνολο 74 χτυπήματα εντοπίστηκαν κοινή σε όλες τις τρεις κυτταρικές γραμμές ΟΑΥ (Σχήμα 2Α). Ένα διάγραμμα Venn δείχνει το σημείο τομής των συμπτώσεων μεταξύ των κυτταρικών γραμμών ΟΑΥ στο Σχήμα 2Β EOC και. Σαράντα επτά επιτυχίες ήταν σε κοινή μεταξύ των δύο ομάδων. Ωστόσο, υπήρχαν έξι χτυπήματα μοναδική για τις κυτταρικές γραμμές EOC (γονίδια που επηρέασαν την βιωσιμότητα όλων των οκτώ από τις κυτταρικές σειρές ΕΓΚ αλλά όχι και οι τρεις από τις κυτταρικές σειρές ΟΑΥ), που έχουμε επιλέξει για περαιτέρω επικύρωση. Έχουμε επιλέξει επίσης ένα επιπλέον γονίδιο,

NUF2

, για περαιτέρω μελέτες επικύρωσης.

NUF2

, αν και δεν είναι ένα μοναδικό χτύπημα στις κυτταρικές σειρές ΕΓΚ, εμφανίζεται το χαμηλότερο σκορ Βιωσιμότητα Index, ορίζεται ως ο λόγος της μέσης κανονικοποιημένης βιωσιμότητα των κυτταρικών γραμμών ΕΓΚ με τη μέση κανονικοποιημένη βιωσιμότητα των κυτταρικών γραμμών ΟΑΥ (Πίνακας S4). Αυτά τα επτά γονίδια (

BCAR3

,

HSPA5

,

NAMPT

,

NDC80

,

NUF2

,

ΡΤΝ

, και

RPS19

) αναλύθηκαν περαιτέρω για το δυναμικό off-στόχο επιπτώσεις.

αποσυνέλιξη του siRNA Πισίνες

για να αποκλειστεί εκτός στόχου επιπτώσεις, εμείς αξιολογούνται μεμονωμένα η τέσσερις siRNAs από τις πισίνες siRNA που χρησιμοποιούνται στις δευτερεύουσες οθόνες που στοχεύουν τα επτά γονίδια. Τα 28 επιμέρους siRNAs στην οθόνη αποσυνέλιξη (Πίνακας S5) εκτιμήθηκαν στον πίνακα των κυτταρικών γραμμών EOC. Προκειμένου να δεχτεί οποιαδήποτε από τις επτά γονιδίων, όπως έχουν, έγκυρα on-στόχο επιπτώσεις στη βιωσιμότητα των κυτταρικών σειρών του ΕΓΚ, θα απαιτούσε τουλάχιστον δύο από τα τέσσερα επιμέρους siRNAs που στοχεύουν κάθε γονιδίου οδήγησε σε ένα αποτέλεσμα βιωσιμότητα του 0,85 ή λιγότερο με ένα FDR μικρότερη από 5% σε όλα τα οκτώ από τις κυτταρικές σειρές ΕΓΚ. [23], [24] Με βάση αυτά τα αυστηρά κριτήρια, τέσσερα γονίδια,

HSPA5

,

NDC80

,

NUF2

, και

ΡΤΝ

, ήταν θεωρείται ότι είναι on-στόχο, επικυρωμένη χτυπήματα (Σχήμα 3Α και Πίνακας 1). Στη συνέχεια, συνενώθηκαν τα δύο πιο αποτελεσματικά είδη siRNA (με πράσινο χρώμα, ο Πίνακας S5) που στοχεύουν καθένα από τα τέσσερα γονίδια και να ποσοτικοποιηθεί το επίπεδο της μείωσης της βιωσιμότητας των κυττάρων για κάθε κυτταρική σειρά. Αυτές οι βέλτιστες πισίνες siRNA οδήγησε σε μείωση μεγαλύτερη από 30% της βιωσιμότητας των κυττάρων σε όλη την πλειοψηφία των κυτταρικών σειρών EOC (Σχήμα 3Β).

Η

A. Οι επτά χτυπήματα που επιλέγονται για περαιτέρω μελέτες επικυρώθηκαν από την εκτέλεση οθόνες αποσυνέλιξη όπου μεμονωμένες siRNAs που ήταν αρχικά ένα μέρος μιας ομάδας τεσσάρων siRNAs στις δευτερεύουσες οθόνες αξιολογήθηκαν για τις επιδράσεις τους στη βιωσιμότητα των κυττάρων. Για κάθε χτύπημα να επικυρωθεί, οι μέσες βαθμολογίες κανονικοποιημένη βιωσιμότητας (± SD) μετά από γονιδιακή σίγηση χρησιμοποιώντας κάθε ένα από τα τέσσερα είδη siRNAs αξιολογήθηκε σε οκτώ ΕΓΚ κυτταρικές σειρές που φαίνεται. Επισκέψεις θεωρήθηκαν on-στόχο εάν παρατηρήθηκαν βαθμολογίες βιωσιμότητα μικρότερη από 0,85 για όλες τις οκτώ EOC κυτταρικές σειρές για τουλάχιστον δύο ανεξάρτητα είδη siRNA που στοχεύει ένα γονίδιο. Τα ιστογράμματα αντιπροσωπεύουν τις οκτώ ΕΓΚ κυτταρικές σειρές με την ακόλουθη σειρά: A1847, A2780, C30, CP70, OVCAR5, OVCAR8, SKOV3 και UPN275. B. Οι δύο πιο αποτελεσματική στόχευση siRNAs κάθε γονίδιο ενώθηκαν (12,5 ηΜ κάθε είδος siRNA) και την επίδραση στη βιωσιμότητα των κυττάρων ποσοτικοποιήθηκε. Οι ράβδοι αντιπροσωπεύουν τα οκτώ EOC κυτταρικών σειρών, όπως περιγράφεται στον Πίνακα AC qRT-PCR πραγματοποιήθηκε σε όλες τις οκτώ κυτταρικές σειρές EOC εξής γονιδιακής σίγησης για 72 ώρες χρησιμοποιώντας μια πισίνα από τα δύο πιο αποτελεσματικές siRNAs που ταυτοποιήθηκαν από τις μελέτες αποσυνέλιξη από τον πίνακα Α για οι τέσσερις επιτυχίες που προσδιορίστηκαν για να είναι στο στόχο. Ο αστερίσκος αντιπροσωπεύει

ΡΤΝ

επίπεδα mRNA που είναι κάτω από το επίπεδο ανίχνευσης μετά από θεραπεία siRNA (δηλαδή την πλήρη εξουδετέρωση του mRNA). ανάλυση κηλίδος Δ Western εκτελέστηκε μετά από γονιδιακή αποσιώπηση είτε για 72 ώρες (

HSPA5

,

NDC80

, και

ΡΤΝ

) ή 120 ώρες (

NUF2

) για να προσδιοριστεί το επίπεδο των νοκ ντάουν στο επίπεδο της πρωτεΐνης στο A1847 κύτταρα. κηλίδες ανοσο ήταν ποσοτικά με τη χρήση AlphaView λογισμικό, έκδοση 3.3 (Biosciences κυττάρων).

Η

Ως πρόσθετος έλεγχος για την ικανότητα των siRNAs να στοχεύσουν σωστά mRNAs τους, χρησιμοποιήσαμε τη βέλτιστη πισίνα των δύο πιο αποτελεσματικές siRNAs (Σχήμα 3Β) και εκτελείται ποσοτική RT-PCR για τον προσδιορισμό του επιπέδου του mRNA knockdown μετά την επιμόλυνση των συνενωμένων siRNAs για κάθε κυτταρική σειρά (Εικόνα 3C). επίπεδα αγγελιοφόρου RNA

HSPA5

,

NDC80

,

NUF2

, και

ΡΤΝ

σε όλες τις οκτώ γραμμές κυττάρων ΕΓΚ έδειξαν να μειωθεί κατά ένα μέσο όρο του 67%, 87%, 77%, και 96%, αντίστοιχα. ανάλυση Western blot μετά την επιμόλυνση ενός κυττάρου γραμμή EOC, A1847, ολοκληρώθηκε ως πρόσθετο μέσο για να αποδείξει την ειδικότητα από τις πισίνες siRNA με την αξιολόγηση των κυτταρικών επιπέδων των αντίστοιχων πρωτεϊνών για τα mRNAs στο στόχαστρο. Όλες οι τέσσερις πισίνες siRNA κάτω-ρυθμίζονται τα επίπεδα της πρωτεΐνης των αντίστοιχων στόχων mRNA τους με περίπου 50% ή περισσότερο σε αυτή την κυτταρική σειρά (Εικόνα 3D).

Επιδράσεις επί της απόπτωσης και κυτταρικού κύκλου Εξέλιξη

μας τελικό σημείο παράμετρος της βιωσιμότητας των κυττάρων που θα χρησιμοποιηθούν για να προσδιορίσουν τα χτυπήματα στις μελέτες HTS παρέχει περιορισμένες πληροφορίες σχετικά με το μηχανισμό μειωμένη βιωσιμότητα των κυττάρων /ανάπτυξης που προκαλείται από γονιδιακή σίγηση. Εμείς, ως εκ τούτου, διερευνήθηκαν οι λειτουργικές επιδράσεις της στόχευσης καθένα από τα τέσσερα επικυρωμένων επισκέψεων στο απόπτωση και κυτταρικό κύκλο εξέλιξης χρησιμοποιώντας δύο κυτταρικές σειρές EOC, A1847 και Α2780. Εμείς επιμολυσμένα αυτές οι κυτταρικές σειρές με πισίνα από τα δύο πιο αποτελεσματικές αλληλουχίες siRNA (12,5 ηΜ κάθε siRNA, η ίδια πισίνα siRNA χρησιμοποιήθηκε για την ποσοτική RT-PCR (qRT-PCR) και στυπώματα Western ανάλυση) για καθένα από τα τέσσερα επικυρωμένων χτυπήματα (

HSPA5, NDC80, NUF2

και

ΡΤΝ

) και εκτιμήθηκαν οι επιδράσεις στην απόπτωση και κυτταρικό κύκλο εξέλιξης 72 ώρες μετά την επιμόλυνση σε πλάκες 96 φρεατίων. Στο Α2780 κύτταρα, knockdown και των τεσσάρων γονιδίων οδήγησε σε αύξηση των αποπτωτικών κυττάρων όπως μετρήθηκε με χρώση αννεξίνης V θετική χρησιμοποιώντας ένα ροής γκουάβα κυτταρόμετρο σε σχέση με κύτταρα επιμολυσμένα με το

GL2

-targeting ελέγχου siRNA (Σχήμα 4Α). Κατά μέσο όρο, υπήρξε μια αύξηση 2,5 φορές σε αποπτωτικά κύτταρα. Ωστόσο, σε αυτά τα κύτταρα, δεν υπήρξε καμία σημαντική επίδραση επί του κυτταρικού κύκλου μετά από νοκ ντάουν από αυτά τα τέσσερα χτυπήματα (Εικόνα 4Β).

A1847 και Α2780 κύτταρα επιμολυσμένα με

HSPA5

,

NDC80

,

NUF2

,

ΡΤΝ

ή

ΚΓ2

siRNAs. Εβδομήντα δύο ώρες μετά την επιμόλυνση, τα κύτταρα συλλέχθηκαν και υπέστησαν επεξεργασία για ανάλυση απόπτωσης ή κυτταρικού κύκλου εξέλιξης. Α & amp? C. Το κλάσμα των αποπτωτικών κυττάρων μετρήθηκε με χρώση αννεξίνης V ακολουθούμενη από απαρίθμηση με τη χρησιμοποίηση ενός ροής γκουάβα κυτταρόμετρο (Millipore). Η πολλαπλή μεταβολή σε αποπτωτικά κύτταρα δείχνεται (μέσος όρος ± SD, η = 3). B & amp? D. Το κλάσμα των κυττάρων σε κάθε φάση του κυτταρικού κύκλου μετρήθηκε με χρώση με ιωδιούχο προπίδιο που ακολουθείται από απαρίθμηση τη χρήση του μέσου γκουάβα. Η πολλαπλή μεταβολή για κάθε φάση του κυτταρικού κύκλου φαίνεται (μέσος όρος ± SD, η = 3).

Η

Σε A1847 κύτταρα, νοκ ντάουν των τριών γονιδίων (

NDC80

,

NUF2

και

ΡΤΝ

) είχε ως αποτέλεσμα μια κατά 1,7 φορές αύξηση σε αποπτωτικά κύτταρα σε σχέση με κύτταρα επιμολυσμένα με το

GL2

-targeting ελέγχου siRNA (Εικόνα 4C). Knockdown του

HSPA5

δεν οδήγησε σε καμία σημαντική αύξηση στην απόπτωση (Σχήμα 4C). Ωστόσο, κάναμε παρατηρούμε ότι knockdown του οδήγησε σε 2πλάσια αύξηση στον πληθυσμό των κυττάρων στην G1 φάση του κυτταρικού κύκλου και μία αντίστοιχη 2-πλάσια μείωση στην G2 /M φάση (Σχήμα 4D). Knockdown του

NDC80

,

NUF2

, και

ΡΤΝ

σε A1847 κύτταρα οδήγησε σε ελαφρά αύξηση του αριθμού των κυττάρων στη φάση S (Σχήμα 4D). Ωστόσο, αυτή η αύξηση ήταν, κατά μέσο όρο, λιγότερο από 1,5 φορές και δεν φαίνεται να είναι ιδιαίτερα στατιστικά σημαντική. Νοκ ντάουν αυτών των τεσσάρων γονιδίων δεν είχε μετρήσιμη επίδραση στην επιβίωση των μη ογκογόνων κυττάρων HIO80 (Σχήμα S4).

Αξιολόγηση της Επικυρώθηκε Εμφανίσεις σε κλινικά δείγματα

υδαρής αδενοκαρκίνωμα είναι ο κύριος υπότυπος του επιθηλιακού καρκίνου των ωοθηκών. Για να εκτιμηθεί η πιθανή κλινική σημασία των τεσσάρων επικυρωμένων χτυπήματα, εμείς που ρωτήθηκαν ο καρκίνος Γονιδιώματος Atlas (TCGA) ωοθηκών ορώδες βάση δεδομένων αδενοκαρκίνωμα. [25] των δεδομένων γονιδιακής έκφρασης στα τέσσερα επικυρωμένα επιτυχίες από 494 ορώδες αδενοκαρκινώματα ελήφθησαν από την πύλη TCGA (https://tcga-data.nci.nih.gov/tcga/tcgaHome2.jsp). Έκφραση του

NDC80

,

NUF2

, και

ΡΤΝ

είναι up-ρυθμίζεται από ≥1.5 φορές σε 98%, 99% και 37% των δειγμάτων όγκου, αντίστοιχα (Σχήμα 5)? Ωστόσο, μόνο το 1% των δειγμάτων έδειξε ≥1.5 φορές υπερέκφρασης για

HSPA5

με περίπου 87% των δειγμάτων που δείχνουν μειωμένη έκφραση σε σχέση με το φυσιολογικό (Σχήμα 5). Κανένα από αυτά τα γονίδια είναι μεταλλαγμένα σε περισσότερο από 1% των δειγμάτων (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται). Είμαστε δίπλα αναλύονται μεταβολής αριθμού αντιγράφων (CNV) και μεθυλίωσης του DNA για

NDC80

,

NUF2

και

ΡΤΝ

χρησιμοποιώντας τη βάση δεδομένων TCGA. ανάλυση CNV κατέδειξε αριθμού αντιγράφων χαμηλό επίπεδο κέρδη (& gt? 1,2 φορές) σε 12%, 39% και 36% των δειγμάτων για

NDC80, NUF2 και ΡΤΝ,

αντίστοιχα, και μια απώλεια αριθμού αντιγράφων σε 41% των δειγμάτων για το

HSPA5

γονίδιο. Υπήρχε ένας ασθενής αλλά στατιστικώς σημαντική συσχέτιση μεταξύ της έκφρασης γονιδίου και αριθμό αντιγράφων για τα τρία γονίδια απέναντι 494 δείγματα (Σχήμα S5A). Επιπλέον, για αυτά τα τρία γονίδια βρήκαμε ότι, κατά μέσο όρο, τα δείγματα με κέρδος αριθμού αντιγράφων εμφάνισαν 1,6 φορές αύξηση στην έκφραση γονιδίου, σε σύγκριση με τα δείγματα χωρίς κέρδος αριθμού αντιγράφων (τιμή ρ & lt? 0,0001, & lt? 0,0001, και & lt ? 0,05 για

NDC80

,

NUF2

και

ΡΤΝ,

αντίστοιχα (Σχήμα S5B) Αναλύσαμε το εάν οι αλλαγές στο DNA μεθυλίωση επίσης σχετίζεται με παρεκκλίνουσα έκφραση οι περιοχές υποκινητή.. του

HSPA5

,

NDC80

,

NUF2

και

ΡΤΝ

είναι μεθυλιωμένος (β & lt? 0,25). σε ≥94% των δειγμάτων όγκου Ωστόσο, δεν βρήκαμε καμία στατιστικά σημαντική συσχέτιση μεταξύ της έκφρασης και μεθυλίωση προαγωγού για οποιοδήποτε από αυτά τα γονίδια στο σύνολο δεδομένων TCGA (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται).

δεδομένα TCGA που σε 494 ωοθηκών ορώδες αδενοκαρκινώματα είχε ερωτηθεί για τον προσδιορισμό των επιπέδων έκφρασης του mRNA (log

2 (όγκου /φυσιολογική αναλογία)) του

NDC80

,

NUF2

,

ΡΤΝ,

και

HSPA5

. Αυτά τα δεδομένα είναι παρουσιάζονται ως ιστογράμματα με το γκρι διακεκομμένες γραμμές δείχνουν το ποσοστό των δειγμάτων με 1,5-φορές, 3 φορές, 5 φορές και 10 φορές υπερέκφραση σε σύγκριση με απαράμιλλη κανονικά δείγματα σε σύνολο δεδομένων TCGA.

η

Επικύρωση της κλινικής σημασίας σε μια ανεξάρτητη Cohort

Για την περαιτέρω αποδείξει την πιθανή συσχέτιση με την παθογένεση της νόσου αυτής, εξετάσαμε την έκφραση των κορυφαίων τεσσάρων επικυρωθεί χτυπήματα σε μια ανεξάρτητη γονίδιο προφίλ σύνολο δεδομένων των πρωτογενών δειγμάτων όγκου των ωοθηκών . [26] προφίλ γονιδιακής έκφρασης του μικροτομή, το προχωρημένο στάδιο, υψηλής ποιότητας ωοθηκών ορώδες καρκίνωμα (n = 53) και σε μικροδιατομή ανθρωπίνων επιφανειακών επιθηλιακών ωοθηκών (ΣΩΛΗΝΑ) δείγματα (η = 10) αξιολογήθηκαν. Οι Κανονικοποιημένη επίπεδα έκφρασης για όλα τα δείγματα όγκων παρουσιάζεται στο Σχήμα 6Α. Βρήκαμε ότι 48/53 (90%) των δειγμάτων του όγκου που υπερεκφράζουν

NDC80

κατά 1,5 φορές ή μεγαλύτερη. Ομοίως, 53/53 δείγματα (100%) για

NUF2

και 24/53 δείγματα (42%) για

ΡΤΝ

βρέθηκαν να υπερεκφράζεται από ≥1.5 φορές. Αυτά τα δεδομένα συσχετίζονται καλά με δεδομένα επί TCGA έκφραση σε δείγματα όγκων των ωοθηκών.

HSPA5

ήταν υπερεκφράζεται σε 8/53 (15%) των δειγμάτων. Η αύξηση του μέσου όρου των επιπέδων του mRNA μεταξύ των δειγμάτων του όγκου σε σχέση με τα φυσιολογικά δείγματα ΣΩΛΗΝΑ ήταν στατιστικά σημαντική για όλες τις τεσσάρων γονιδίων (ρ & lt? 0.005) (Σχήμα 6Β). Εκτιμήσαμε επίσης την προγνωστική αξία αυτών των γονιδίων εκτελώντας ανάλυση επιβίωσης Kaplan-Meier των μετρήσεων έντασης από τα δεδομένα μικροσυστοιχιών των τεσσάρων γονιδίων με τα αντίστοιχα κλινικά δεδομένα από κάθε ασθενή. ανάλυση επιβίωσης Kaplan-Meier για

NUF2

πρότεινε ότι ένα υψηλό επίπεδο έκφρασης του mRNA που σχετίζονται με κακή πρόγνωση σε αυτούς τους ασθενείς (Σχήμα S6a). Ανάλυση για τις άλλες τρεις γονίδια δεν ήταν στατιστικά σημαντική. (Τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται). Μια παρόμοια προγνωστική αξία του

NUF2

επίπεδα mRNA βρέθηκε από την ανάλυση επιβίωσης των δεδομένων TCGA (Σχήμα S6B).

Α. Ορατή είναι τα επίπεδα γονιδιακής έκφρασης για 53 ορώδες αδενοκαρκινώματα ομαλοποιηθούν τα επίπεδα γονιδιακής έκφρασης μέση μετρούμενη σε κανονικό ιστό ωοθήκης (η = 10). Β Ορατή είναι τα επίπεδα έκφρασης του γονιδίου μέση κατά μήκος των ορώδες αδενοκαρκινώματα για

NDC80

,

NUF2, PTN

και

HSPA5.

Μια two-tailed t-test δείχνει ότι η αύξηση στην έκφραση γονιδίων στα δείγματα όγκου είναι στατιστικά σημαντική σε σχέση με το φυσιολογικό ιστό. *** = Ρ & lt? 0,0005? ** = Ρ & lt? 0.005? * = P & lt?. 0.05

Η

Συζήτηση

Τα υψηλά ποσοστά τριβή της ανάπτυξης φαρμάκων έργων για στοχευμένες θεραπείες [27], απαιτεί την αναγνώριση και την επικύρωση των νέων druggable μοριακών στόχων, με το ρόλο τους στον καρκίνο των ωοθηκών σαφώς καθορισμένες για την ελαχιστοποίηση αποτυχία του φαρμάκου κατά την διάρκεια του αγωγού ανάπτυξης. Χρησιμοποιώντας μια ολοκληρωμένη προσέγγιση διαλογής RNAi να στοχεύσετε πάνω από 6.000 druggable γονίδια που εντοπίστηκαν 53 που απαιτούνται για την ανάπτυξη και την επιβίωση σε ένα πάνελ των κυτταρικών σειρών ΕΓΚ? επτά από αυτά ήταν κατά κύριο λόγο δραστηριοποιούνται σε ογκογόνα κύτταρα και θεωρήθηκαν για πρόσθετες μελέτες αποσυνέλιξης και επικύρωσης. Τέσσερις υποψήφιοι από τα επτά (

HSPA5

,

NDC80

,

NUF2

, και

ΡΤΝ

) τελικά αποδείχθηκε να είναι έγκυρες οι επιτυχίες για τα κύτταρα του ΕΓΚ με ελάχιστες επιπτώσεις στις μη ογκογόνα κύτταρα ΟΑΥ.

Οι μελέτες διαλογής απώλεια-του-λειτουργία αναφέρονται στο παρόν έγγραφο μας έχουν εφοδιάσει με μια λειτουργική γονιδιωματική στιγμιότυπο των νέων μοριακών τρωτά σημεία στο επιθηλιακό καρκίνο των ωοθηκών έξω από τη σφαίρα της συνήθως απευθύνονται μονοπάτια μοριακής σηματοδότησης. Έχουμε μελετήσει τα τέσσερα επικυρωμένα στόχους (

HSPA5

,

NDC80

,

NUF2

και

ΡΤΝ

), όλα με ένα ρόλο στην ανάπτυξη ή την επιβίωση των κύτταρα EOC, χρησιμοποιώντας το

in vitro

δοκιμασίες με βάση κύτταρα. Τα αποτελέσματα δείχνουν ότι ωοθηκών ογκογόνων κυττάρων, κατά μέσο όρο, είναι συγκριτικά πιο ευάλωτα στις υποψήφιων στόχων σε σύγκριση με μη ογκογόνα κύτταρα που υποδηλώνει μια πιθανή θεραπευτική παράθυρο ευαισθητοποίησης. Όλα τα τέσσερα γονίδια έχουν προηγουμένως αναφερθεί ως χτυπά σε οθόνες παρεμβολή RNA. [28], [29], [30] Και οι τέσσερις στόχους κωδικοποιούν πρωτεΐνες επιδέχονται θεραπευτική παρέμβαση και έχουν προηγουμένως αναφερθεί ότι συμμετέχουν σε οδούς κυτταρικού κύκλου ή επιβίωσης σε άλλους τύπους όγκων. [31], [32], [33] Γονιδιωματική δεδομένα από το TCGA και εργαστήριο Birrer περαιτέρω υποστηρίζουν την ιδέα ότι τουλάχιστον τρεις από τους στόχους (

NDC80

,

NUF2

,

ΡΤΝ

) θα πρέπει να υπάρχει επιλεκτική ευπάθεια σε θεραπευτικά σε καρκινικά κύτταρα σε σχέση με τα φυσιολογικά κύτταρα, δεδομένης της σημαντικής προς τα πάνω ρύθμιση στο ορώδες αδενοκαρκινώματα. [34] Επί του παρόντος, τα πιο ελπιδοφόρα αναστολείς στόχευση αυτών των υποψηφίων περιλαμβάνουν INH11 [35], η οποία στοχεύει στην οδό NDC80 /NUF2, τα εξουδετερωτικών αντι-ΡΤΝ αντισωμάτων [36], η οποία αναστέλλει λειτουργικά την ανάπτυξη του όγκου προώθηση δραστηριοτήτων της PTN και επιγαλλοκατεχίνη η οποία αναστέλλει HSPA5. [37] Επιπλέον, τα ναρκωτικά siRNA που βασίζεται έχουν επίσης αποδειχθεί ότι είναι εφικτές λύσεις για

in vivo

θεραπεία [38], [39], [40] μας παρέχει κατευθύνσεις για να προχωρήσει με προκλινικές μελέτες για τη μέτρηση της αποτελεσματικότητας στόχευσης τέσσερα χτυπήματα μας χρησιμοποιώντας ορθοτοπική, μοντέλα ξενομοσχεύματος ποντικού καρκίνου των ωοθηκών.

HSPA5

(Πίνακας 1) είναι ένα γονίδιο του οποίου το προϊόν είναι ένα κεντρικό ρυθμιστή για ενδοπλασματικό δίκτυο ομοιόσταση η οποία είναι κρίσιμη για την επιβίωση των ευκαρυωτικών κυττάρων. [41] HSPA5 είναι ένα στρες-επαγώγιμους ER συνοδός που είναι ιδιαίτερα επάγεται σε ένα ευρύ φάσμα όγκων μέσω παραγόντων όπως υποξία και οξέωση στο μικροπεριβάλλον του κακή αιμάτωση όγκων. [41] Σε μια προηγούμενη μελέτη, τα αντισώματα που στοχεύουν κυτταρική επιφάνεια HSPA5 επαγόμενη απόπτωση σε κύτταρα SKOV3. [42] Στην παρούσα μελέτη, αποσιώπηση του HSPA5 επάγεται σημαντική απόπτωση σε Α2780 κύτταρα και έδειξε σημαντική διακοπή του κυτταρικού κύκλου των κυττάρων A1847 στη φάση G1. δεδομένα γονιδιακής έκφρασης από TCGA δείχνουν ότι η μειωμένη έκφραση είναι πιο κοινό για αυτό το γονίδιο, το οποίο έρχεται σε αντίθεση με τα αποτελέσματα ελέγχου μας. ανάλυση δείχνει CNV που

HSPA5

χάνεται στο 41% ​​των δειγμάτων και ανάλυση μεταλλάξεων του δείχνει δεδομένων TCGA που

HSPA5

μεταλλάσσεται σε λιγότερο από 1% των δειγμάτων. Λόγω της μειωμένης έκφρασης, τη διαγραφή του γονιδίου, και η έλλειψη μεταλλάξεων στα δείγματα όγκων από ασθενείς με καρκίνο των ωοθηκών, οι πρόσθετες μελέτες απαιτούνται προκειμένου να αποκτήσουν μια καλύτερη κατανόηση του μηχανισμού δράσης και την κλινική σημασία αυτού του χτύπημα για τον καρκίνο των ωοθηκών.

Σύμφωνα με τα δεδομένα ελέγχου μας,

NDC80

και

NUF2

υπερεκφράζονται σε σχεδόν 100% των δειγμάτων και

ΡΤΝ

υπερεκφράζεται σε ~ 40% των δειγμάτων για δύο ανεξάρτητες ομάδες των δειγμάτων των ασθενών. Τα προϊόντα πρωτεΐνης του

NDC80

(

HEC1

,

KNTC2

) και

NUF2

(

CDCA1

) αποτελούν μέρος ενός μιτωτικής συγκρότημα που εμπλέκονται στις αλληλεπιδράσεις κινητοχώρου και την άτρακτο οδοφράγματος συναρμολόγησης στην μίτωση. [43] Μίτωση απορρύθμισης είναι μια κοινή αιτία στην καρκινογένεση. [44] Σε μια προηγούμενη μελέτη, siRNA μεσολαβεί knockdown έναντι

NDC80

και

NUF2

έχει αποδειχθεί ότι προκαλεί ανώμαλη έξοδο μιτωτική και επάγουν απόπτωση σε καρκίνο του παχέος εντέρου και του γαστρικού καρκινικές κυτταρικές σειρές. [32] Σε μια άλλη μελέτη σίγηση του

NDC80

σε μια κυτταρική γραμμή EOC, SKOV3.ip1, πρότεινε ότι μια αύξηση στην απόπτωση που σχετίζονται με τον κυτταρικό θάνατο. [45] Τόσο

NDC80

και

NUF2

έχουν δείξει να είναι μέχρι ρυθμίζεται στον εγκέφαλο, το ήπαρ και ο καρκίνος του μαστού. [46] Η υπερέκφραση του

NDC80

και

NUF2

έχει συσχετισθεί με φτωχή κλινική πρόγνωση σε ασθενείς με καρκίνους του μαστού και μη μικροκυτταρικό καρκίνο του πνεύμονα [43], [47]. Η διακοπή του σχηματισμού συμπλόκου NDC80 και NUF2 χρησιμοποιώντας ένα μικρό μόριο αναστολέα, INH1, έχει αποδειχθεί ότι μειώνει τον πολλαπλασιασμό των καρκινικών κυττάρων του μαστού και να μειώσει την ανάπτυξη του όγκου σε ένα μοντέλο ξενομοσχεύματος ποντικού. [35] κινητοχώρου συστατικά, ιδιαίτερα NDC80 και NUF2, έχουν προταθεί ως πιθανοί στόχοι για θεραπευτικά του καρκίνου. [48] ​​Η μελέτη μας αποτελεί την πρώτη έκθεση σχετικά με NDC80 και NUF2 ως πιθανοί στόχοι φαρμάκων για τη θεραπεία του καρκίνου των ωοθηκών.

ΡΤΝ

(πλειοτροπίνης,

HARP

) είναι ένα άλλο ενδιαφέρον γονίδιο που ταυτοποιείται του οποίου το προϊόν είναι ένας αυξητικός παράγοντας που είναι γνωστό ότι προκαλούν κατάντη επιβίωση οδών μέσω πολλαπλών υποδοχέων ήτοι ALK, SDC3, sdc1 και PTPRb /z σηματοδότησης. [49] Έχει δειχθεί ότι παίζει έναν κεντρικό ρόλο στην ογκογένεση σε μοντέλα του παγκρέατος, του εγκεφάλου και του όγκου του μαστού. [50] Είναι εμπλέκεται στο μετασχηματισμό των κυττάρων, την ανάπτυξη, την επιβίωση, τη μετανάστευση και την αγγειογένεση. Η

ΡΤΝ

γονίδιο εκφράζεται εντόνως κατά την εμβρυογένεση, αλλά δείχνει πολύ περιορισμένη έκφραση σε ιστούς ενηλίκων, όπου περιορίζεται στον εγκέφαλο. [51], [52], [53], [54] Έχουμε δείξει χρησιμοποιώντας δοκιμασίες ELISA που είναι επίπεδα ΡΤΝ σημαντικά αυξημένα σε ρυθμισμένα μέσα από τις κυτταρικές σειρές καρκίνου ωοθήκης εξετάστηκαν (G. Sethi και Α.Κ. Godwin, αδημοσίευτα δεδομένα).