Αφηρημένο

Αν και επαναλαμβανόμενες σωματικές μεταλλάξεις στον παράγοντα ματίσματος

U2AF1

(επίσης γνωστή ως

U2AF35

) έχουν εντοπιστεί σε πολλούς τύπους καρκίνου, τα αποτελέσματα αυτών των μεταλλάξεων σχετικά με το μεταγραφικό καρκίνο δεν έχουν ακόμη διευκρινιστεί πλήρως. Εδώ, εντοπίσαμε μεταβολές μάτισμα σχετίζονται με

U2AF1

μεταλλάξεις σε όλη την ξεχωριστή καρκίνων χρησιμοποιώντας το DNA και τα δεδομένα αλληλουχίας RNA από τον καρκίνο Genome Atlas (TCGA). Χρησιμοποιώντας στοιχεία RNA-Seq από 182 αδενοκαρκινώματα του πνεύμονα και 167 οξεία μυελοειδή λευχαιμία (AML), στο οποίο

U2AF1

είναι σωματικώς μεταλλαγμένα σε 3-4% των περιπτώσεων, εντοπίσαμε 131 και 369 μάτισμα μετατροπές, αντίστοιχα, που ήταν σχετίζεται σημαντικά με το

U2AF1

μετάλλαξη. Από αυτούς, 30 splicing μεταβολές ήταν στατιστικά σημαντική τόσο στο αδενοκαρκίνωμα πνεύμονα και AML, συμπεριλαμβανομένων τριών γονιδίων στο Cancer Gene Απογραφή,

CTNNB1

,

CHCHD7

, και

PICALM

. πειράματα γραμμή κυττάρων που εκφράζουν

U2AF1

S34F σε κύτταρα HeLa και 293Τ κύτταρα παράσχει περαιτέρω υποστήριξη ότι αυτές οι μεταβληθεί γεγονότα ματίσματος που προκαλείται από

U2AF1

μετάλλαξη. Συνεπής με τη λειτουργία του U2AF1 σε 3 ‘θέση ματίσματος αναγνώριση, βρήκαμε ότι S34F /Υ μεταλλάξεις προκαλούν προτιμήσεων για CAG πάνω UAG 3’ αλληλουχίες θέση ματίσματος. Η παρούσα έκθεση καταδεικνύει συνεπή δράση του

U2AF1

μετάλλαξη στο μάτισμα σε διαφορετικούς τύπους καρκινικών κυττάρων

Παράθεση:. Brooks AN, Choi PS, de Waal L, Sharifnia T, Imielinski Μ, Saksena G, et al. (2014) Ένα Pan-Cancer Ανάλυση μεταγραφικό αλλαγές που συνδέονται με σωματικά Μεταλλάξεις στο

U2AF1

Αποκαλύπτει Κοινώς Altered Συγκόλληση Εκδηλώσεις. PLoS ONE 9 (1): e87361. doi: 10.1371 /journal.pone.0087361

Συντάκτης: Gil Ast, Πανεπιστήμιο του Τελ Αβίβ, Ισραήλ

Ελήφθη: 28, Ιουνίου 2013? Αποδεκτές: 20, Δεκεμβρίου 2013? Δημοσιεύθηκε: 31 Ιαν, 2014

Copyright: © 2014 Brooks et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Αυτό το έργο υποστηρίχθηκε από τα Εθνικά Ινστιτούτα Υγείας επιχορήγησης 5U24CA143867-03. ANB είναι μια Merck συνεργάτης του Ιδρύματος Damon Runyon Cancer Research (DRG-2138-12). JC υποστηρίζεται από μια Αμερικανική Αντικαρκινική Εταιρεία AstraZeneca μεταδιδακτορικής έρευνας. Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

Πρόσφατες μελέτες προσδιορισμού αλληλουχίας ολόκληρου exome έχουν εντοπίσει επαναλαμβανόμενες σωματικές μεταλλάξεις σε παράγοντες ματίσματος σε μυελοδυσπλαστικά σύνδρομα [1], χρόνια λεμφοκυτταρική λευχαιμία [2], οξεία μυελοειδή λευχαιμία [3], ο καρκίνος του μαστού [4], αδενοκαρκίνωμα πνεύμονα [ ,,,0],5], και uveal μελάνωμα [6]. Πολλές από αυτές τις μεταλλαγμένες παράγοντες ματίσματος είναι σημείο διακλάδωσης ή 3 ‘θέση ματίσματος παράγοντες αναγνώριση τοποθεσία (π.χ.,

SF3B1

και

U2AF1

) και εμπλέκονται στη ρύθμιση απομάκρυνση ιντρόνιο από την προ-mRNA. Το 3 ‘συγκρότημα αναγνώριση θέσης ματίσματος αποτελείται από U2AF1 και U2AF2 (επίσης γνωστή ως U2AF65), όπου U2AF1 είναι σημαντική για την αναγνώριση της AG στο 3’ θέσεις ματίσματος [7] και U2AF2 αναγνωρίζει την οδό πολυπυριμιδίνης ανοδικά του AG [8 ].

U2AF1

έχει αναφερθεί να έχουν σημαντικές μεταλλάξεις hotspot στη θέση αμινοξέος 34 σε μυελοδυσπλαστικά σύνδρομα [1], αδενοκαρκινώματα πνεύμονα [5], και AML [3].

U2AF1

μεταλλάξεις συν-συμβαίνουν με μεταλλάξεις σε γνωστά ογκογονίδια οδηγού σε αδενοκαρκίνωμα του πνεύμονα [5] και είναι ακόμα ασαφές αν αυτές οι μεταλλάξεις έχουν ογκογονικώς μετασχηματισμό. Για την περαιτέρω διαλεύκανση πυρήνα δράση του

U2AF1

μεταλλάξεις στη βιολογία του καρκίνου, έχουμε ως στόχο να προσδιορίσει κοινή αλλοιώσεις μεταγραφικό σχετίζονται με

U2AF1

μεταλλάξεις σε διαφορετικούς τύπους καρκίνου.

Αποτελέσματα

Σωματικές μεταλλάξεις στο

U2AF1

σε 12 τύπους καρκίνου

Για να δείτε τις αλλαγές μεταγραφικό συνδέονται με

U2AF1

μεταλλάξεις σε διάφορους τύπους καρκίνου, χρησιμοποιήσαμε ο καρκίνος Genome Atlas ( TCGA) δεδομένα που παρέχουν τα δύο σωματικές μεταλλάξεις στο επίπεδο του DNA και υψηλής απόδοσης αλληλούχηση του mRNA (RNA-Seq) στο ίδιο άτομο δείγματα σε πολλούς τύπους καρκίνου. Χρησιμοποιώντας τα διαθέσιμα δεδομένα από 12 τύπους καρκίνου TCGA [9], εντοπίσαμε τον καρκίνο φέρουν σωματικές μεταλλάξεις στο

U2AF1

. Απέναντι από 2.979 δείγματα καρκίνου με δύο ολόκληρους exome αλληλουχίας και RNA-Seq, 26 είχαν νοηματικές μεταλλάξεις στο

U2AF1

-17 στη θέση του αμινοξέος 34 (Πίνακας S1 στο έγγραφο S1, Εικόνα 1).

U2AF1

μεταλλάξεις S34F βρέθηκαν σε οκτώ αδενοκαρκινώματα πνεύμονα (4%), τέσσερα δείγματα AML (2%), δύο ενδομητρίου καρκινώματα (1%), και ένα δείγμα του καρκίνου της ουροδόχου κύστης (1%). Υπήρχαν επίσης δύο

U2AF1

δείγματα S34Y AML (1%).

U2AF1

αναφέρθηκε πρόκειται να μεταλλαχθεί σημαντικά και στις δύο αδενοκαρκινώματα πνεύμονα [5] και AML [3]? Ωστόσο, δεν μεταλλαγμένη σημαντικά ενδομητρίου καρκινώματα [10], πιθανότατα λόγω της χαμηλής συχνότητας εντός αυτού του τύπου καρκίνου. Εκτός από τις μεταλλάξεις S34F /Υ, οκτώ άλλες σωματικές μεταλλάξεις παρατηρήθηκαν σε

U2AF1

. Για τον εντοπισμό αλλοιώσεων μεταγραφικό σχετίζονται με

U2AF1

μετάλλαξη, επικεντρωθήκαμε σε αδενοκαρκίνωμα του πνεύμονα και AML, όπως αυτοί οι τύποι καρκίνου έχουν υψηλότερη συχνότητα των μεταλλάξεων και έτσι θα έχουν περισσότερη δύναμη για την ανίχνευση στατιστικά σημαντικές αλλαγές που σχετίζονται με τη μετάλλαξη και ελέγχου για διαφορές μεταξύ ιστό προέλευσης. Οι μεταλλάξεις S34F και S34Y οδηγήσει σε αρωματικά αμινοξέα? Ως εκ τούτου, θεωρούμε S34F και S34Y μεταλλάξεις για να είναι λειτουργικά παρόμοιο.

(Α) Εκπροσώπηση των σωματικών μεταλλάξεων στο

U2AF1

παρατηρήθηκε σε 12 τύπους καρκίνου TCGA [9]. Πέντε τύποι καρκίνου δεν είχαν σωματικές μεταλλάξεις στο

U2AF1

. Οι θέσεις αμινοξέων έδειξε. Ζη, το δάχτυλο του ψευδαργύρου? UHM, U2AF ομολογία μοτίβο. (Β) ανάλυση των δεδομένων JuncBASE RNA-Seq εντοπίστηκαν 131 και 369 συμβάντα ματίσματος σημαντικά διαφορικά ματισμένο σε αδενοκαρκίνωμα του πνεύμονα και AML δείγματα φέρουν

U2AF1

S34F /Υ μεταλλάξεις, αντιστοίχως.

Η

μεταγραφικό αλλοιώσεις που σχετίζονται με

U2AF1

S34F /Υ μεταλλάξεις στο αδενοκαρκίνωμα του πνεύμονα και οξεία μυελογενή λευχαιμία

Χρησιμοποιήσαμε JuncBASE [11] για τον εντοπισμό εναλλακτικών γεγονότων ματίσματος που ήταν σημαντικά διαφορικά συγκολλημένα μεταξύ

U2AF1

δείγματα καρκίνου του άγριου τύπου και

U2AF1

δείγματα S34F /Υ. JuncBASE προσδιορίζει και ταξινομεί τις μορφές εναλλακτικού ματίσματος (π.χ., εξόνιο κασέτα, εναλλακτική λύση »θέσεις ματίσματος, εναλλακτικές 3 ‘5 θέσεις ματίσματος), ποσοτικοποιεί η αφθονία της ένταξης ή αποκλεισμού κάθε εναλλακτικής εξόνιο, στη συνέχεια, υπολογίζει ένα» τοις εκατό συγκολλημένα σε «(PSI ) τιμή για κάθε συμβάν ματίσματος σε κάθε δείγμα καρκίνου. Ένα τεστ rank-sum Wilcoxon διεξήχθη σε τιμές PSI μεταξύ καρκίνων με ή χωρίς

U2AF1

μεταλλάξεις S34F /Υ για τον εντοπισμό γεγονότων ματίσματος που ήταν σημαντικά διαφορετική μεταξύ των δύο ομάδων. Για τον έλεγχο για ιστό προέλευσης, συγκρίναμε

U2AF1

άγριου τύπου και δείγματα S34F /Υ εντός του ίδιου τύπου καρκίνου. Η

U2AF1

S34F αδενοκαρκινώματα πνεύμονα βρέθηκαν στις τρεις υποτύπους έκφρασης (TCGA,

υποβληθεί

) και το

U2AF1

δείγματα S34F /Υ AML συνέβη σε πέντε γαλλικά-Αμερική- Βρετανοί (FAB) AML υποτύπους [3]? Ως εκ τούτου, εμείς δεν τον περαιτέρω έλεγχο για τον υπότυπο. Σωματικές μεταλλάξεις σε

U2AF1

έχουν βρεθεί να είναι αμοιβαία αποκλειόμενα με άλλους παράγοντες ματίσματος [1], [3], [5], υποδηλώνοντας ότι οι μεταλλάξεις σωμάτια συναρμογής μονοπάτι μπορεί να έχει το ίδιο λειτουργικό αποτέλεσμα σε ογκογένεση. Για να αφαιρέσετε πιθανούς συγχυτικούς παράγοντες από μεταλλάξεις σε άλλους παράγοντες ματίσματος, ψάξαμε για διαφορικά συγκολλημένα εκδηλώσεις μεταξύ των δειγμάτων με το

U2AF1

S34F /Υ μετάλλαξη και τα δείγματα φέρουν καμία μετάλλαξη σε οποιοδήποτε γονίδιο του παράγοντα ματίσματος που έχει αναφερθεί προηγουμένως να τροποποιηθεί σημαντικά στον καρκίνο (πίνακες S1-S2 στο έγγραφο S1).

Χρησιμοποιώντας JuncBASE, εντοπίσαμε 131 και 369 εναλλακτικών γεγονότων ματίσματος που ήταν σημαντικά διαφορικά ματισμένο σε παρουσία ενός

U2AF1

S34F /Y μετάλλαξη στο αδενοκαρκίνωμα του πνεύμονα και AML (False Discovery Rate (FDR) & lt? 5%), αντίστοιχα. Επιπλέον, αυτά τα γεγονότα ματίσματος έχουν & gt? Διαφορά 10% στο μέσο PSI των καρκίνων χωρίς μάτισμα μετάλλαξη του γονιδίου του παράγοντα και του καρκίνου με

U2AF1

S34F /Υ μεταλλάξεις (File S1-S3). Συγκρίνοντας

U2AF1

S34F /Υ μετάλλαξη με

U2AF1

δείγματα άγριου τύπου (μερικά με μεταλλάξεις σε άλλους παράγοντες ματίσματος) έδωσε παρόμοια αποτελέσματα σε αδενοκαρκίνωμα του πνεύμονα (TCGA,

υποβληθεί

) και AML (S4 αρχείου). JuncBASE ποσοτικοποίηση των

U2AF1

S34F /Υ που σχετίζονται με τα γεγονότα ματίσματος σε AML ήταν συνεπής με την ανάλυση των

U2AF1

μεταλλάξεις σε 20 δείγματα AML [12] (r

2 = 0.84, Σχήμα S1 στο έγγραφο S1).

Καθώς τόσο θετικές όσο και αρνητικές ελέγχου για την ανάλυση αυτή, συγκρίναμε 10 δείγματα αδενοκαρκίνωμα του πνεύμονα με

ΚΟΑ

εξόνιο 14 θέση ματίσματος μετάλλαξη ή διαγραφή με όλα τα άλλα αδενοκαρκίνωμα πνεύμονα δείγματα για να ψάξουν για σημαντική διαφορά μάτισμα μεταξύ των δύο ομάδων. Οι

ΚΟΑ

εξόνιο 14 αλλαγές συμβαίνουν σε παρόμοια συχνότητα όπως

U2AF1

μεταλλάξεις σε αδενοκαρκίνωμα του πνεύμονα (TCGA,

υποβληθεί

). Αυτή η ανάλυση χρησιμεύει ως θετικός έλεγχος, επειδή το πιο έντονα σχετίζεται συμβάν διαφορικό μάτισμα πρέπει να είναι

MET

εξόνιο 14. Η ανάλυση αυτή χρησιμεύει επίσης ως αρνητικός έλεγχος καθώς οι τροποποιήσεις δεν θα αναμενόταν να προκαλέσει παγκόσμιες αλλαγές σε μάτισμα αφού οι μεταλλάξεις συμβαίνουν σε

cis-δράσης

αλλοιώσεις θέση ματίσματος. Πράγματι, η ανάλυση JuncBASE εντοπίστηκαν μόνο το μάτισμα του

ΚΟΑ

εξόνιο 14 ως σημαντικά διαφορικά συγκολλημένα με μια διαφορά στο PSI & gt?. 10%

Ως πρόσθετο έλεγχο, εντοπίσαμε εναλλακτικό μάτισμα γεγονότα που σχετίζονται σημαντικά με

STAG2

μεταλλάξεις στο αδενοκαρκίνωμα του πνεύμονα και AML, όπως

STAG2

δεν αναμένεται να είναι ένας ρυθμιστής ματίσματος και μεταλλάσσεται σε μία παρόμοια συχνότητα σε δύο τύπους καρκίνου. Μόνο ένα συμβάν ματίσματος συνδέθηκε σημαντικά με το

STAG2

μετάλλαξη στο αδενοκαρκίνωμα του πνεύμονα και καμία δεν βρίσκεται στην AML.

Παρόμοια με αυτό που παρατηρήθηκε σε ένα ολοκληρωμένο χαρακτηρισμό του αδενοκαρκινώματος του πνεύμονα (TCGA,

υποβληθεί

), τα γεγονότα ματίσματος που συνδέονται με

U2AF1

S34F μεταλλάξεις σε AML δείχνουν επίσης εμπλουτισμό εξώνια κασέτα και εναλλακτικές θέσεις 3 ‘ματίσματος (Σχήμα 1Β). Δεν παρατηρούμε ευρεία επιπτώσεις στην κατακράτηση ιντρόνιο, το οποίο πιστεύεται ότι συμβαίνει με την παρουσία μιας μετάλλαξης σωμάτια συναρμογής. Εάν

U2AF1

μεταλλάξεις προκαλούν πολλές εσώνια να μη συναρμολογημένο, ίσως δεν είναι κατά τρόπο συνεπή και αυτές οι περιπτώσεις εκκαθαρίζονται μακριά από ανοησίες μεσολάβηση αποσύνθεσης (NMD). Για να δείτε αν το εξόνιο κασέτα και 3 ‘μεροληψία θέση ματίσματος είναι ένα γενικό χαρακτηριστικό του εναλλακτικού ματίσματος σε αυτούς τους τύπους καρκίνου ή ειδικά μάτισμα μεταβάλλεται από

U2AF1

μετάλλαξη, εντοπίσαμε τις αναλογίες κάθε τύπο εναλλακτικής εκδήλωση μάτισμα σε το top 10% πιο υψηλά μεταβλητή γεγονότα ματίσματος σε αδενοκαρκινώματα πνεύμονα χωρίς συντελεστή μάτισμα μεταλλάξεις (Εικόνα S2 στο έγγραφο S1).

U2AF1

καρκίνους S34F /Υ επιδεικνύουν προτίμηση αλλαγές στο εξόνιο κασέτα και 3 θέσεις ματίσματος »σε σχέση με το σύνολο των εξαιρετικά μεταβλητή γεγονότα ματίσματος (τεστ chi-τετράγωνο, P = 6.6e-26).

αν και υπάρχουν μεταβολές ματίσματος που συνδέονται με

U2AF1

S34F /Υ μετάλλαξη σε αυτά τα δείγματα καρκίνου, δεν είναι σαφές εάν οι αλλαγές ματίσματος που προκαλείται από τη μετάλλαξη ή εάν υπάρχουν άγνωστες γονιδιωματικές μεταβολές που επίσης συσχετίζεται με οι αλλαγές μάτισμα. Για να αξιολογηθεί περαιτέρω η σχέση μεταξύ των αλλαγών μάτισμα και

U2AF1

S34F μεταλλάξεις, αναλύσαμε προηγουμένως δημοσιευμένα δεδομένα RNA-Seq σύγκριση έκτοπη έκφραση του

U2AF1

S34F ή

U2AF1

άγριας Τύπος έκφραση σε κύτταρα HeLa [1]. JuncBASE ανάλυση συγκρίνοντας τους ελέγχους χωρίς επαγωγή με

U2AF1

άγριου τύπου ή

U2AF1

επαγωγή S34F εντοπίζονται 1221 και 5399 σημαντικές αλλαγές μάτισμα, αντίστοιχα (File S5 και S6). Βρίσκουμε μια σημαντική επικάλυψη των 165 αλλαγών μάτισμα κατά τη διέγερση του

U2AF1

S34F σε HeLa κύτταρα και αλλαγές ματίσματος σε καρκίνους του ανθρώπου με το

U2AF1

S34F /Υ μεταλλάξεις (Σχήμα 2, το ακριβές τεστ του Fisher, η P & lt ? 2.2e-16). Αντίθετα, θα βρείτε ένα μικρότερο ποσοστό των αλλαγών μάτισμα κατά

U2AF1

επαγωγή άγριου τύπου να είναι παρόμοια με αλλαγές σε ανθρώπινους καρκίνους (15/1221, το ακριβές τεστ του Fisher, P = 0,72). Συνολικά, το 35% των

U2AF1

οι S34F /Υ που σχετίζονται με αλλαγές μάτισμα δει σε αδενοκαρκίνωμα του πνεύμονα ή AML υποστηρίζεται από τις αλλαγές ματίσματος που προκαλείται από

U2AF1

S34F έκφρασης σε κύτταρα HeLa. Εμείς δεν θα περιμένουμε όλες οι αλλαγές μάτισμα που πρέπει να τηρούνται στα πειράματα των κυττάρων HeLa, όπως οι αλλαγές μάτισμα είναι γνωστό ότι εξαρτάται από το πλαίσιο (αναθεωρούνται στο [13]) και

U2AF1

επαγωγή προκαλεί υπερέκφραση του γονιδίου [1], η οποία μπορεί να επηρεάσει το σχηματισμό σωμάτια συναρμογής πολύπλοκη.

Μια σύγκριση των μεταβολών των μάτισμα σχετίζονται με

U2AF1

σωματική μετάλλαξη σε καρκίνους του ανθρώπου και

U2AF1

επαγωγή S34F σε κύτταρα HeLa.

U2AF1

S34F /Y ματίζει προνομιακά σε CAG αντί UAG ‘αλληλουχίες θέσης ματίσματος

U2AF1 είναι η μικρή υπομονάδα του ετεροδιμερούς U2AF που αναγνωρίζει τη συναίνεση AG 3′ 3 θέσεις ματίσματος. Μια προηγούμενη μελέτη που εντοπίστηκαν διαφορικό μάτισμα του 35 εξώνια που σχετίζονται με

U2AF1

μετάλλαξη εντόπισε μια υπογραφή αλληλουχία στο 3 ‘θέσεις ματίσματος των εναλλακτικών εξώνια [12]. Λαμβάνοντας υπόψη τις σημαντικές αλλαγές στα εξόνια κασέτας και εναλλακτικές 3 ‘γεγονότα θέση ματίσματος που σχετίζονται με

U2AF1

μετάλλαξη S34F /Υ, εξετάσαμε τις αλληλουχίες των 3′ θέσεων ματίσματος που κατά προτίμηση χρησιμοποιούνται σε

U2AF1

S34F /Y μεταλλαγμένων μορφών καρκίνου. Για απλότητα, εξέτασε μόνο τις αλλαγές μάτισμα μεταξύ δύο εναλλασσόμενες θέσεις 3 ‘συναρμογής.

Όπως παράγοντα ματίσματος δέσμευσης μπορεί να διαφέρουν ανάλογα με την ενεργοποίηση μάτισμα ή καταστολής (αναθεωρούνται στο [14]), κοιτάξαμε ακολουθίες θέση ματίσματος του εξονίου ένταξης και αποκλεισμού εκδηλώσεις, ξεχωριστά. Από το σύνολο των

U2AF1

S34F /Υ που σχετίζονται με εξώνια κασέτα και εναλλακτικό 3 ‘θέση ματίσματος αλλαγές στην AML, βρήκαμε μια σημαντική προκατάληψη προς παρακάμπτοντας ενός εξόνιο (69% των εξώνια κασέτα) ή τη χρήση μιας πιο άπω ‘θέση ματίσματος (75% των εναλλακτικών 3’ 3 θέσεις ματίσματος) (διωνυμική δοκιμή, Ρ & lt? 1ε-4, Σχήμα 3Α). Βρήκαμε μια παρόμοια προκατάληψη προς το εξόνιο παρακάμπτοντας και άπω χρήση θέση ματίσματος του

U2AF1

S34F που σχετίζονται με τα γεγονότα ματίσματος σε αδενοκαρκίνωμα του πνεύμονα (Σχήμα S3 στο έγγραφο S1). Ως σύγκριση, εντοπίσαμε εναλλακτικών γεγονότων ματίσματος σημαντική συσχέτιση με

RBM10

μετάλλαξη στο αδενοκαρκίνωμα του πνεύμονα (S7 File). Η πρωτεΐνη που δεσμεύεται με RNA

RBM10

βρέθηκε να μεταλλαχθεί σημαντικά σε αδενοκαρκινώματα πνεύμονα με επαναλαμβανόμενες μεταλλάξεις πλαισίου, ανοησία, ή θέση ματίσματος [5]. Η παρατηρούμενη παράλειψη εξόνιο είναι ειδικά για

U2AF1

S34F που σχετίζονται με τα γεγονότα ματίσματος όπως το αντίθετο προκατάληψη παρατηρείται στο

RBM10

απώλεια-του-λειτουργία (LOF) -associated γεγονότα ματίσματος (Σχήμα S4A-Β στο έγγραφο S1).

(Α) Ποσοστό μεταβολής της εξόνιο κασέτα και εναλλακτικές εκδηλώσεις 3 ‘θέση ματίσματος που δείχνουν εξόνιο παρακάμπτοντας έναντι εξόνιο ένταξη. μοτίβα (Β) ακολουθία Συναίνεση προσδιορίζονται στο εγγύς (περ 3 ‘SS) και άπω περιοχές 3’ θέση ματίσματος (dist 3 ‘SS) του εξονίου παρακάμπτοντας τα γεγονότα. (Γ) αλληλουχία συναινετικά μοτίβα στο εγγύς και περιφερικά θέσεις 3 ‘θέση ματίσματος του εξωνίου γεγονότων ενσωμάτωσης. αλλαγές μάτισμα του εξέφρασε και σχολιασμένη 3 ‘επιλογές θέση ματίσματος, όπου η επιλογή θέσης συρραφής είναι TAG εναντίον CAG ή TAG εναντίον AAG στο (D) κύτταρα HeLa + που προκαλείται

U2AF1

S34F ή κύτταρα (Ε) HeLa + που προκαλείται

U2AF1

άγριου τύπου.

Η

Σύμφωνα με τα προηγούμενα ευρήματα [12], βρήκαμε μια ακολουθία TAG τρινουκλεοτιδίου συναίνεση στο εγγύς περιοχές 3 ‘συναρμογής των παραλειφθεί εξόνια κασέτας. Επιπλέον, μπορούμε επίσης να βρείτε αυτό το μοτίβο στο εγγύς θέσεις ματίσματος των εναλλακτικών εκδηλώσεων «θέση ματίσματος 3

U2AF1

δείγματα S34F /Υ AML (Εικόνα 3Β). Επιπλέον, μια θέση ματίσματος συναινετική CAG στο πιο απομακρυσμένο 3 ‘θέση ματίσματος παρατηρείται, η οποία δεν έχει αναφερθεί προηγουμένως (Σχήμα 3Β). Μια παρόμοια προτίμηση των θέσεων ματίσματος CAG (με μια μικρή ακολουθία ΑΑΟ) πάνω θέσεις ματίσματος TAG παρατηρείται στα εξώνια κατά προτίμηση περιλαμβάνονται στο

U2AF1

δείγματα S34F /Υ AML (Σχήμα 3C). Αυτές οι προτιμησιακές μοτίβα ακολουθίας θέση ματίσματος διαφέρουν από τα μοτίβα θέση ματίσματος που παρατηρήθηκαν κοντά στο εγγύς και άπω 3 ‘θέσεις ματίσματος των γεγονότων ελέγχου εναλλακτικό μάτισμα (Σχήμα S4C στο έγγραφο S1, Wilcoxon τεστ rank-sum, FDR & gt? 95%).

Εντυπωσιακά, βλέπουμε τις ίδιες προτιμήσεις ακολουθία στο εξώνιο κασέτα και εναλλακτικές »αλλαγές το site 3 ματίσματος στο

U2AF1

S34F αδενοκαρκινώματα πνεύμονα (Σχήμα S3 στο έγγραφο S1) και σε κύτταρα HeLa μεταγωγή με

U2AF1

S34F μεταλλαγμένο κατασκευάσματα (Σχήμα S5A-Β στο έγγραφο S1). Επιπλέον, δεν βλέπουμε αυτή τη συναίνεση ακολουθία 3 ‘θέση ματίσματος στο

RBM10

LOF που σχετίζονται με μάτισμα στο αδενοκαρκίνωμα του πνεύμονα (Σχήμα S4A-Β στο έγγραφο S1), ούτε σε αλλαγές μάτισμα σε κύτταρα HeLa μεταχθέντα με άγριου τύπου

U2AF1

(Σχήμα S5c-D στο έγγραφο S1), υποστηρίζοντας ότι η προτίμηση ακολουθία είναι ειδικά για

U2AF1

S34F /Υ μεταλλάξεις.

Αυτά τα μοτίβα συναινετική αλληλουχία δημιουργήθηκαν από μάτισμα γεγονότα που συνδέονται στενά με το

U2AF1

μετάλλαξη και δεν επιλύσουν τις προτιμήσεις αλληλουχίας μεταξύ δύο επιλογών θέση ματίσματος από ένα μεμονωμένο γεγονός μάτισμα. Για να διερευνήσουν περαιτέρω τις προτιμήσεις ιστοσελίδα CAG συναρμογής πάνω θέσεις ματίσματος UAG, εξετάσαμε ακολουθία θέση ματίσματος εναλλαγή μεταξύ όλων των ζευγών που εκφράζονται και σχολιασμένη CAG έναντι περιοχές 3 ‘συναρμογής TAG. Χρησιμοποιώντας μια χαμηλωμένη όριο για τον εντοπισμό διακόπτες μάτισμα, διαπιστώσαμε ότι το 57% των CAG έναντι θέσεων ματίσματος TAG 3 ‘μεταβλήθηκαν σε κύτταρα HeLa που εκφράζουν το

U2AF1

S34F μετάλλαξη, ενώ το 36% μεταβλήθηκε όταν εκφράζουν ένα

U2AF1

κατασκεύασμα άγριου τύπου (Σχήμα 3D). Του

U2AF1

S34F που σχετίζονται με διακόπτες θέση ματίσματος, 83% (884 /1.065) ήταν μια ετικέτα σε μια τοποθεσία CAG ματίσματος, ενώ μόνο το 53% (347/660) ενεργοποιείται από μια ετικέτα σε ένα CAG όταν εκφράζει U2AF1 άγριου τύπου (ακριβής δοκιμασία του Fisher, η P & lt? 2.2e-16). Παρατηρήθηκε μία παρόμοια προκατάληψη των διακοπτών από TAG σε θέσεις ματίσματος AAG 3 ‘(το ακριβές τεστ του Fisher, P = 2.518e-5, Σχήμα 3D).

Η ανάλυσή μας δείχνει ότι το

U2AF1

S34F /Y μετάλλαξη προκαλεί μεταβολές στο 3 ‘θέση ματίσματος χρήση όπου ένα [C /A] AG 3’ θέση ματίσματος είναι προτιμότερη από μια τοποθεσία UAG ματίσματος. Εμείς δεν τήρησε αλλαγμένο μάτισμα των θέσεων ματίσματος όλα τα UAG 3 ‘? Ωστόσο, είναι δύσκολο να γίνει διάκριση μεταξύ αναλλοίωτη μάτισμα ή αποικοδόμηση του έκτροπου μεταγραφής με νόημα μεσολάβηση αποσύνθεση, που εμφανίζεται έτσι να είναι αμετάβλητη.

Οι μεταβολές μεταγραφικό στα γονίδια του κυτταρικού κύκλου και άλλα γονίδια που σχετίζονται με τον καρκίνο του

U2AF1

μετάλλαξη

σωματικών μετάλλαξη στο

U2AF1

μπορεί να προκαλέσει αλλαγές μάτισμα των βασικών γονιδίων του καρκίνου, με αποτέλεσμα την διαταραχή της λειτουργίας του γονιδίου ή να τροποποιηθούν μονοπάτια. Για τον εντοπισμό δυνητικών κατάντη βιολογικές συνέπειες της

U2AF1

μετάλλαξη, πραγματοποιήσαμε ένα γονίδιο Σετ Ανάλυση εμπλουτισμού (GSEA) [15], [16] για τον εντοπισμό σύνολα γονίδιο συσχετίζεται θετικά με το

U2AF1

S34F /Υ μετάλλαξη στο αδενοκαρκίνωμα του πνεύμονα και σε AML. Δεν γονίδιο σύνολα πέτυχε στατιστική σημαντικότητα δοθεί FDR αποκοπής του 25%. Έχει αναφερθεί στο παρελθόν ότι μεταγωγή του

U2AF1

S34F μεταλλάξεις σε κύτταρα HeLa που προκαλείται ανοδική ρύθμιση των συστατικών της οδού ανοησίες μεσολάβηση αποσύνθεση (NMD) [1]. Δεν παρατηρήσαμε μια σημαντική αυξητική ρύθμιση στην έκφραση της NMD παράγοντες που σχετίζονται με το

U2AF1

μετάλλαξη στο αδενοκαρκίνωμα του πνεύμονα ή AML.

Αν και δεν υπάρχουν σύνολα γονιδίου πέρασε FDR σημασία, το top-δύο γονιδίων οντολογίας εμπλουτισμένο GO θέτει σε AML με τις υψηλότερες βαθμολογίες κανονικοποιημένη εμπλουτισμό ήταν «mitotitc κυτταρικού κύκλου» και «Μ φάση της μιτωτικής κυτταρικού κύκλου» (Σχήμα S6 στο έγγραφο S1, ονομαστικής P & lt? 0,05). Ένα υποσύνολο αυτών των γονιδίων του κυτταρικού κύκλου ήταν ρυθμισμένη προς τα πάνω σε δείγματα AML με

U2AF1

μετάλλαξη S34F /Υ. Συνεπής με την επίδραση του

U2AF1

μετάλλαξη επί του κυτταρικού κύκλου, την εξάντληση RNAi του

U2AF1

[17] και

U2AF1

S34F έκφρασης σε κύτταρα HeLa [1] έχει ως αποτέλεσμα μια αυξημένη κλάσμα των κυττάρων σε G2 /M φάση. Δεν βλέπω καμία σύνδεση με σύνολα γονιδίων του κυτταρικού κύκλου σε

αδενοκαρκινώματα U2AF1

S34F πνεύμονα. Αυτό μπορεί να εξηγηθεί από την υψηλή κανονική μόλυνσης των ιστών σε αυτόν τον τύπο καρκίνου [18], η οποία μπορεί να επηρεάσει τις υπογραφές της γονιδιακής έκφρασης.

Σύμφωνα με αυτές τις παρατηρήσεις, υπάρχουν 31 γονίδια με

U2AF1

S34F /Y που σχετίζονται με τα γεγονότα ματίσματος εκπροσωπούνται στην «μιτωτική κυτταρικού κύκλου» και «Μ φάση του κυτταρικού κύκλου μιτωτικής« γονίδιο σύνολα, συμπεριλαμβανομένων των

CHEK2

,

Cdc27

, και πολλαπλές υπομονάδες του anaphase- προωθώντας συγκρότημα (Πίνακας S3 στο έγγραφο S1).

αλλοιώσεις Συγκόλληση που σχετίζονται με

U2AF1

S34F /Υ μετάλλαξη και στα δύο αδενοκαρκίνωμα πνεύμονα και AML έχουν ιδιαίτερο ενδιαφέρον καθώς αυτές συνήθως μεταβάλλονται τα γονίδια μπορεί να κάνει πυρήνα εισφορές με επιλεκτικό πλεονέκτημα σε αυτούς τους καρκίνους. Βρήκαμε μια σημαντική επικάλυψη των 30 αλλαγμένη γεγονότα ματίσματος που σχετίζονται με το

U2AF1

S34F /Υ μεταλλάξεις και στα δύο του πνεύμονα αδενοκαρκίνωμα και AML (Σχήμα 2 και τον Πίνακα 1, του Fisher exact test p & lt? 2.2e-16). Για όλες τις 30 εκδηλώσεις ματίσματος, η κατεύθυνση της συνένωσης ήταν η ίδια και στα δύο είδη καρκίνου, όπου

U2AF1

μετάλλαξη προκάλεσε μια μετατόπιση στο εξώνιο παρακάμπτοντας ή εξόνιο ένταξης για το ίδιο γεγονός μάτισμα. Η πλειοψηφία (63%) από τα συνήθως μεταβάλλεται γεγονότα έδειξαν πιο ακραίο 3 ‘συναρμογής χρήση του site στο

U2AF1

μεταλλαγμένα δείγματα. Επιπλέον, 17/30 συμβάντα ματίσματος επηρεάστηκαν σημαντικά κατά την επαγωγή των

U2AF1

S34F σε κύτταρα HeLa αλλά δεν είχε καμία αλλαγή μετά από επαγωγή

U2AF1

άγριου τύπου (Πίνακας 1). 60% από αυτά που συνήθως μεταβάλλεται γεγονότα ματίσματος δείχνουν «θέση ματίσματος 3 προτίμησης ακολουθίας ενός CAG, ή AAG, θέση ματίσματος σε μια ιστοσελίδα TAG ματίσματος (Πίνακας 1, α ή β), σύμφωνα με τη συνολική παρατηρούμενη προτίμηση ακολουθία θέση ματίσματος του

U2AF1

S34F /Υ που σχετίζονται με τα γεγονότα. Επιπλέον, εξετάσαμε για τα γονίδια με αλλοιωμένη γεγονότα ματίσματος που ήταν επίσης στο Cancer Gene Απογραφή [19] (Πίνακας S4 στο έγγραφο S1). Τρεις Cancer Gene Απογραφή γονίδια ήταν μεταξύ των 30 συνήθως μεταβάλλεται γεγονότα ματίσματος και παρουσιάζουν ιδιαίτερο ενδιαφέρον:

CTNNB1

(TCGA,

υποβληθεί

),

CHCHD7

, και

PICALM

(Πίνακας 1 και Πίνακας S4 στο έγγραφο S1).

Η

Η αλλαγμένη εκδήλωση μάτισμα στο

CTNNB1

στο

U2AF1

μεταλλαγμένων μορφών καρκίνου οδηγεί σε μια μετατόπιση προς μάτισμα ενός περισσότερο εγγύς θέση ματίσματος στην 3 ‘UTR του

CTNNB1

(Σχήμα 4Α-Β). Σημαντική προς τα πάνω ρύθμιση του εγγύς χρήσης θέσης ματίσματος παρατηρήθηκε επίσης σε κύτταρα HeLa που εκφράζουν

U2AF1

S34F (Σχήμα 4C). Η ρυθμισμένη προς τα πάνω ισομορφή έχει αποδειχθεί ότι είναι μια λιγότερο σταθερή mRNA σε κύτταρα HeLa [20]? Ως εκ τούτου, το τροποποιημένο συμβάν ματίσματος μπορεί να οδηγήσει σε μείωση των επιπέδων της πρωτεΐνης CTNNB1. Παρά το γεγονός ότι,

CTNNB1

ενεργοποίησης είναι ένας κανονικός οδηγός μετάλλαξη, μία μείωση στην κανονικά επίπεδα CTNNB1 μπορεί επίσης να είναι πλεονεκτικό να καρκινικά κύτταρα ως εξάντληση RNAi του

CTNNB1

έχει αποδειχθεί ότι αυξάνουν την κυτταρική μετανάστευση [21 ].

«Ποσοστό συγκολλημένα σε» (PSI), οι τιμές του εγγύς ‘θέση ματίσματος του

CTNNB1

3′ 3 εκδήλωση UTR ματίσματος στο (Α) αδενοκαρκίνωμα πνεύμονα και (Β) AML. (C) RNA-Seq διαβάσει κάλυψη της εκδήλωσης 3 ‘UTR σε κύτταρα HeLa με δύο

U2AF1

μη επαγόμενη ελέγχους, επαγωγή

U2AF1

άγριου τύπου, και επαγωγή

U2AF1

S34F.

η

Για την περαιτέρω δοκιμή πειραματικά αν τα γεγονότα ματίσματος που παρατηρήθηκαν σε

U2AF1

τα μεταλλαγμένα καρκίνοι προκαλούνται άμεσα από

U2AF1

μετάλλαξη, εμείς 293Τ κυττάρων είτε με

U2AF1

άγριου τύπου ή

U2AF1

S34F κατασκευάσματα και προσδιορίστηκαν οι αλλαγές σε πέντε συμβάντα ματίσματος χρησιμοποιώντας ποσοτική RT-PCR (Σχήμα 5, Σχήμα S7 στο έγγραφο S1). Ήμασταν σε θέση να επικυρώσετε τις αλλαγές στο μάτισμα σε

CTNNB1

,

CHCHD7

, και

PTBP1

σε κύτταρα επιμολυσμένα με

U2AF1

S34F κατασκευάσματα και όχι στα κύτταρα επιμολυσμένα με

U2AF1

άγριου τύπου (Σχήμα 5, unpaired t-test, Ρ & lt? 0,1). Μάτισμα γεγονότα στο

KARS

και

CHEK2

δεν επικύρωσε και μπορεί να είναι το πλαίσιο εξαρτάται, ψευδώς θετικά στην ανάλυση μεταγραφικό, ψευδώς αρνητικά στο πείραμα επιμόλυνσης, ή έμμεση καθυστερήσει στόχους του

U2AF1

δραστηριότητα.

μια πλάσια διαφορά μεταξύ της ολικής γονιδιακής έκφρασης και την ισομορφή συμπερίληψη του κάθε συμβάν ματίσματος ομαλοποιήθηκε η πλάσια διαφορά ενός δείγματος μάρτυρα χωρίς την επιμόλυνση για να αποδώσει ένα σχετικό επίπεδο ένταξης για κάθε δείγμα. Οι γονιδιωματικής συντεταγμένες δοκιμαστεί γεγονότα ματίσματος σε (Α)

CTNNB1

, (Β)

CHCHD7

, και (Γ)

PTBP1

δίνονται στον Πίνακα 1.

Συζήτηση

η ανάλυσή μας των αλλαγών μάτισμα και την έκφραση του γονιδίου που σχετίζεται με το

U2AF1

μετάλλαξη σε πολλούς τύπους καρκίνου αποκάλυψε μεταβολές στην αναγνώριση ακολουθία ‘θέση ματίσματος 3 και υπογραμμίζει πιθανές βιολογικές συνέπειες μέσω αλλάξει τα γονίδια του καρκίνου, όπως

CTNNB1

,

PICALM

, και

CHCHD7

. Επιπλέον, έχουμε επικυρωθεί ότι τουλάχιστον κάποιες από αυτές τις αλλαγές μάτισμα είναι άμεσες συνέπειες των

U2AF1

μετάλλαξη σε πειράματα επιμόλυνσης.

Πολλοί παράγοντες που εμπλέκονται στην σωστή αναγνώριση θέση ματίσματος σε συγκρότημα με U2AF1, συμπεριλαμβανομένων U2AF2. Έχει επίσης γνωρίζουν ότι η 3 ‘θέση ματίσματος συναίνεση μοτίβο περιλαμβάνει ένα C ή U νουκλεοτιδίου πριν από την AG στο τέλος του εσώνια και μεταλλάξεις στο

U2AF1

δώσει την πρώτη ένδειξη ότι ένας παράγοντας έχει μια συγκεκριμένη προτίμηση για αυτό -3 θέση [12]. U2AF1 έχει αποδειχθεί ότι συνδέονται ασθενώς με το RNA μέσω είναι UHM τομέα [22]. Ίσως η μετάλλαξη S34F στον τομέα ανάντι δακτύλου ψευδαργύρου επηρεάζει 3 ‘θέση ματίσματος αναγνώριση αλληλουχία μέσω άμεσης αλληλεπίδρασης με το pre-mRNA ή μέσω πρωτεΐνης-πρωτεΐνης αλληλεπιδράσεις με U2AF2, hnRNP Α1 [23], ή DEK [24]. Περαιτέρω βιοχημικός χαρακτηρισμός της πρωτεΐνης U2AF1 S34F σε σύμπλοκο με άλλες πρωτεΐνες μπορεί να οδηγήσει σε μια πιο γενική κατανόηση της 3 ‘αναγνώριση αλληλουχία θέσης ματίσματος.

Περιληπτικά, βρήκαμε πολλαπλά γονίδια συμπεριλαμβανομένων αρκετών γνωστών γονιδίων του καρκίνου με αλλοιωμένη μάτισμα σε η παρουσία του

U2AF1

μετάλλαξη τόσο στον ανθρώπινο καρκίνο και σε

U2AF1

μεταλλαγμένο επιμολυσμένων κυττάρων. Ο αντίκτυπος αυτών των αλλαγών συρραφή στη λειτουργία του γονιδίου είναι ένα σημαντικό θέμα για τη μελλοντική έρευνα. ταυτοποίηση μας αλλαγές μάτισμα σημαντικά και σταθερά που σχετίζεται με σωματικές μεταλλάξεις στο

U2AF1

παράγοντα ματίσματος τονίζει την ανάγκη για μελλοντική μελέτη στη λειτουργία των εναλλακτικών μορφών ματίσματος των γονιδίων προκειμένου να κατανοήσουν πλήρως τις γονιδιωματικές μεταβολές που σχετίζονται με τον καρκίνο.

Μέθοδοι

Σωματικές μεταλλάξεις

σωματικά κλήσεις μετάλλαξη από τις 12 TCGA Pan-Cancer τύπους καρκίνου χρησιμοποιήθηκαν (doi: 10.7303 /syn1710680.4), με την εξαίρεση του πνεύμονα αδενοκαρκίνωμα. αδενοκαρκίνωμα του πνεύμονα σωματικά κλήσεις μετάλλαξη ελήφθησαν από την ομάδα TCGA ανάλυση αδενοκαρκίνωμα του πνεύμονα εργασίας (TCGA,

υποβληθεί

).

RNA-Seq επεξεργασίας

Τα αρχεία ευθυγράμμιση RNA-Seq για 230 αδενοκαρκινώματα πνεύμονα και 173 οξεία μυελογενή λευχαιμία (AML) ήταν διαθέσιμα μέσω CGHub (https://cghub.ucsc.edu). AML ευθυγραμμίσεις κατεβάσει από CGHub χρησιμοποιείται μια παλαιότερη έκδοση της αναφοράς ανθρώπινου γονιδιώματος (hg18)? Ως εκ τούτου, τα αρχεία AML BAM μετατράπηκαν σε FASTQ χρησιμοποιώντας SamToFastq [25] και, στη συνέχεια, ευθυγραμμισμένο κατά hg19 χρησιμοποιώντας ΤΟΡΗΑΤ C [26] με τις ακόλουθες παραμέτρους: «-G [Gencode V7 μεταγραφές [27]] -mate-inner-dist 300 -mate -std-dev 500 «. Ένα AML δείγμα απέτυχε RNA-Seq εκ νέου ευθυγράμμιση και την επεξεργασία και αποκλείστηκε: TCGA-AB-2977. RNA-Seq ευθυγραμμίσεις των δειγμάτων αδενοκαρκινώματος του πνεύμονα χρησιμοποιείται MapSplice [28].

είχαν κατεβάσει RNA-Seq FASTQ αρχεία από πειράματα κυττάρων HeLa από το αποθετήριο ϋϋΒΙ με τους αριθμούς προσχώρησης DRR001796-DRR001799. Διαβάζει ευθυγραμμίστηκαν χρησιμοποιώντας ΤΟΡΗΑΤ C [26] χρησιμοποιώντας Gencode V7 [27] ως οδηγός μεταγραφή.

Συγκόλληση ανάλυση

δείγματα αδενοκαρκινώματος του πνεύμονα, δείγματα AML, και δείγματα από τα πειράματα κυτταρική σειρά HeLa (HeLa +

U2AF1

άγριου τύπου μη επαγόμενη, HeLa +

U2AF1

S34F μη επαγόμενη, HeLa +

U2AF1

άγριου τύπου που προκαλείται, HeLa +

U2AF1

S34F Induced ) έτρεξαν μέσω JuncBASE v0.6 [11] ως τρία ξεχωριστά σύνολα ανάλυση. Για αδενοκαρκίνωμα του πνεύμονα και δείγματα AML, τις παραμέτρους JuncBASE χρησιμοποιηθεί για τον εντοπισμό εναλλακτικών γεγονότων ματίσματος και να υπολογίσει «τοις εκατό συγκολλημένα σε» (PSI), οι τιμές ήταν οι εξής:

-c 2 -j [εσώνια από Gencode V7

[27]

] -jcn_seq_len 88

. Για τα πειράματα των κυττάρων HeLa, οι παράμετροι JuncBASE που χρησιμοποιήθηκαν ήταν οι εξής:

-c 2,5 -j [εσώνια από Gencode V7

[27]

] -jcn_seq_len 202

. Για αδενοκαρκίνωμα του πνεύμονα, μανικετόκουμπα [29]

de novo

σχολιασμούς μεταγραφή ήταν διαθέσιμα για να ενσωματώσει ενδεχομένως μυθιστόρημα εξώνια στην ανάλυση μάτισμα (TCGA,

υποβληθεί

). UCSC knownGenes hg19 μεταγραφή σχολιασμό χρησιμοποιήθηκε για τον καθορισμό σχολιασμένο εξώνια [30].

Για την αναγνώριση

U2AF1

S34F /Υ που σχετίζονται με διαφορικό μάτισμα γεγονότα στο αδενοκαρκίνωμα του πνεύμονα και AML,

compareSampleSets.py

του πακέτου JuncBASE v0.6 χρησιμοποιήθηκε με τις ακόλουθες παραμέτρους:

-thresh 10 -mt_correction BH -which_test Wilcoxon -delta_thresh 5.0

. Μάτισμα γεγονότα με μια σημαντική διαφορά (FDR & lt? 5%) σε τιμές PSI μεταξύ των δειγμάτων χωρίς παράγοντα μετάλλαξη καρύκευση και τα δείγματα με

U2AF1

S34F /Υ μετάλλαξη περαιτέρω φιλτράρεται για τα γεγονότα με μια διαφορά στη μέση PSI μεγαλύτερη από 10%. Για τον προσδιορισμό των γεγονότων ματίσματος που επηρεάζονται από την έκφραση του

U2AF1

S34F σε κύτταρα HeLa,

pairwise_fishers_test_getASEvents_w_reference.py

χρησιμοποιήθηκε για να συγκρίνετε ένταξης και αποκλεισμού ισομορφή διαβάσετε μετρήσεις μεταξύ των HeLa +

U2AF1

άγρια -τύπος μη επαγόμενη αλληλουχία βιβλιοθήκη και HeLa +

U2AF1

S34F επαγόμενη αλληλουχία βιβλιοθήκη με τις ακόλουθες παραμέτρους:

-thresh 25 -min_dpsi_threshold 5,0 -Μέθοδος BH -sign_cutoff 0,05

. Για τον εντοπισμό μάτισμα εκδηλώσεις ειδικά για

U2AF1

επαγωγή S34F, η εκδήλωση δεν θα μπορούσε επίσης να είναι σημαντικά διαφορετική μεταξύ των δύο ελέγχων ή κατά τη σύγκριση της

U2AF1

άγριου τύπου μη διεγείρονται για να

U2AF1

άγριου τύπου που προκαλείται. Αυτή η τελευταία περιορισμός επιβλήθηκε να διακρίνει τις αλλαγές μάτισμα λόγω της μετάλλαξης S34F αντί υπερέκφραση του

U2AF1

. Σε ορισμένες περιπτώσεις, όπως είναι η 3 ‘UTR συμβάν ματίσματος του

CTNNB1

,

U2AF1

επαγωγή άγριου τύπου προκάλεσε μια αλλαγή στο μάτισμα αλλά προς την αντίθετη κατεύθυνση ως

U2AF1

επαγωγή S34F. Να είναι συντηρητική, θεωρούμε ένα

U2AF1

S34F-επηρεάζεται περίπτωση μάτισμα που έχει οποιαδήποτε μεταβολή κατά την

U2AF1

επαγωγή άγριου τύπου να είναι μη-ειδικά για το

U2AF1

μετάλλαξη ? Ωστόσο, κάνουμε σημείωση στον πίνακα 1 του

CTNNB1

γεγονός που έδειξε επίσης μια αλλαγή μάτισμα στο

U2AF1

επαγωγή άγριου τύπου, αλλά προς την αντίθετη κατεύθυνση.

Σε περιπτώσεις