Αφηρημένο

Ιστορικό

Έχουμε ξεκινήσει μια προοπτική μελέτη για τον προσδιορισμό της μεταγραφής αλλοιώσεις που συνδέονται με επίκτητη χημειοθεραπεία αντίσταση από πριν και μετά από δείγματα βιοψίας από τον ίδιο τον ασθενή και να αποκαλύψει το δυναμικό μοριακών οδών που εμπλέκονται στην αποτυχία της θεραπείας για να βοηθήσουν στην καθοδήγηση εναλλακτικές θεραπευτικές επιλογές.

Μεθοδολογία /Κύρια Ευρήματα

Μια προοπτική, υψηλής απόδοσης μεταγραφική μελέτη των χαρακτηριστικών πραγματοποιήθηκε με τη χρήση ενδοσκοπικής βιοψίας δείγματα από 123 ασθενείς με μεταστατικό καρκίνο του στομάχου πριν από τη σισπλατίνη και φθοριοουρακίλη (CF) συνδυασμένη χημειοθεραπεία. 22 ασθενείς που αρχικά ανταποκρίθηκαν στην CF εκ νέου σε βιοψία μετά αναπτύξει αντίσταση σε CF. Μια επίκτητη αντοχή υπογραφή χημειοθεραπεία που προσδιορίζονται από την ανάλυση των προφίλ γονιδιακής έκφρασης από το συμφωνημένα πριν και μετά CF επεξεργασμένα δείγματα.

Η επίκτητη αντοχή υπογραφή ήταν σε θέση να διαχωρίσουν μια ξεχωριστή ομάδα των 101 νεοδιαγνωσμένο ασθενείς με γαστρικό καρκίνο ανάλογα με το χρόνο έως την εξέλιξη μετά την CF. Ιεραρχική ομαδοποίηση χρησιμοποιώντας μια υπογραφή επίκτητης αντοχής 633-γονίδιο (επιλογή χαρακτηριστικών στο

P

ACC = GSE14210]. δεδομένων των μικροσυστοιχιών γονιδιακής έκφρασης κανονικοποιήθηκαν από Στιβαρή πολλαπλών μικροπλακετών Μέση (RMA) χρησιμοποιώντας R2.6. δεδομένα έκφρασης προ και μετά-ΚΙ από 22 rebiopsied ανταποκρίθηκαν ομαλοποιήθηκαν ανεξάρτητα από τα δεδομένα έκφρασης από μια ξεχωριστή ομάδα των 101 μη-rebiopsied ασθενείς. δεδομένων των μικροσυστοιχιών αναλύθηκαν χρησιμοποιώντας BRB ArrayTools (έκδοση 3.6, το Εθνικό Ινστιτούτο Καρκίνου, https://linus.nci.nih.gov/BRB-ArrayTools.html) [8].

αλλαγών της γονιδιακής έκφρασης που διακρίνεται η αρχική μεταγραφική κατάσταση των όγκων από τα πρότυπα γονιδιακής έκφρασης όταν οι όγκοι έγιναν στη χημειοθεραπεία προσδιορίστηκαν για τους 22 ασθενείς με τεκμηριωμένο αρχική ανταπόκριση (PR) στη θεραπεία CF. Συμφωνήθηκε δεδομένων μικροσυστοιχιών έγινε σύγκριση μεταξύ των δειγμάτων που λαμβάνονται πριν από τη θεραπεία CF και δείγματα που συλλέχθηκαν μετά από την αντίσταση στη θεραπεία που αναπτύχθηκε. Αυτά τα δεδομένα αναλύθηκαν χρησιμοποιώντας τον αλγόριθμο τάξη σύγκριση του BRB-ArrayTools (τυχαία μοντέλο διακύμανσης), το οποίο υπολογίζει μια αντιστοιχισμένη

t-test

για κάθε γονίδιο με τη χρήση των RMA-συνοψίζονται log-εντάσεις για συστοιχίες U133A Affymetrix. Γονίδια που εκφράζονται διαφορικά μεταξύ αυτών των 22 ζεύγη δειγμάτων καθορίζεται το απέκτησε υπογραφή αντίσταση. Στην επιλογή χαρακτηριστικών

P

-τιμή αποκοπές των 0.05 και 0.01, υπολογίστηκε μια τιμή μετάθεση Ρ, το οποίο είναι το ποσοστό των τυχαίων μεταθέσεων που προσδιορίζουν έναν παρόμοιο αριθμό σημαντικών γονιδίων που βρίσκονται κατά τη σύγκριση των αληθινή ετικέτες κατηγορίας.

ο χρόνος έως την εξέλιξη ήταν απεικονίζονται με τη χρήση της μεθόδου Kaplan-Meier. Μια δοκιμασία log-rank χρησιμοποιήθηκε για τον προσδιορισμό των διαφορών μεταξύ των καμπυλών επιβίωσης. δοκιμή Wald χρησιμοποιήθηκε για να εκτιμηθεί η στατιστική σημασία της αναλογίας κινδύνου Cox. Πολυπαραγοντική ανάλυση παλινδρόμησης πραγματοποιήθηκαν με τη χρήση ενός μοντέλου αναλογικών κινδύνων Cox. Όλες αυτές οι αναλύσεις πραγματοποιήθηκαν με τη χρήση SPSS (έκδοση 15.0? SPSS, Inc., Chicago, IL). Πολυπαραγοντική ανάλυση τακτικής λογιστικής παλινδρόμησης πραγματοποιήθηκε με τη χρήση για την SAS (έκδοση 9.1.3, SAS, Cary, NC), για να αξιολογηθεί η σχέση μεταξύ της πρόβλεψης του δείκτη 72-γονιδίου και ακτινολογική ανταπόκριση.

παράγοντα Μεταγραφή ανάλυση

αναλύσεις παράγοντα μεταγραφής έγιναν για να δούμε για τον εμπλουτισμό των στόχων του μεταγραφικού παράγοντα στα γονίδια που περιλαμβάνουν το αποκτώμενο υπογραφή αντίστασης (BRB-ArrayTools). Όλα τα γονίδια ερωτηματικά σε αυτόν τον αλγόριθμο ανάλυσης έχουν καταλογογραφηθεί με τον παράγοντα μεταγραφής ανταποκρίνεται κατηγορίες βασίζονται σε πειραματικά επαληθεύεται μεταγραφικού παράγοντα ανταπόκρισης. Μεταγραφή παράγοντας-δεσμευτικές πληροφορίες σχετικά με την επιμέλεια στη βάση δεδομένων μεταγραφικό ρυθμιστικό στοιχείο (TRED) [9] χρησιμοποιήθηκε για την εξάλειψη των στόχων χωρίς πειραματική επαλήθευση.

Η ανάλυση των δεδομένων των μικροσυστοιχιών δημόσια DNA από χειρουργικά αντιμετωπίζονται ασθενείς με γαστρικό καρκίνο

Δημοσίως προσβάσιμα δεδομένα μικροσυστοιχιών για χειρουργική θεραπεία με γαστρικό ασθενείς που παράγονται από το Stanford Λειτουργική Γονιδιωματική διευκόλυνσης ελήφθησαν επίσης από τη βάση δεδομένων NCBI GEO (GSE4007) και περιλαμβάνονται περίπου 30.300 γονίδια κοινά σε αυτά τα σύνολα δεδομένων. Τα δεδομένα μικροσυστοιχιών παρήχθησαν και κανονικοποιήθηκαν όπως περιγράφεται στο Leung

κ.ά.

[10]. επιδράσεις παρτίδα στην έκφραση γονιδίων αφαιρέθηκαν με καθετήρα-σοφός σημαίνει κεντράρισμα και τα ελλείποντα στοιχεία του καταλογιστεί με τη μέθοδο του μέσου όρου πλησιέστερου γείτονα [11]. Η σειρά cDNA κλώνοι σχολιασμένη χρησιμοποιώντας ΠΗΓΗ (Stanford μικροσυστοιχιών Database) και το Εηίτεζ GeneID χρησιμοποιήθηκε ως αναγνωριστικό χαρτογράφηση για τη συστοιχία Affymetrix HG-U133A.

σετ Gene σύγκριση αναλύει

Το σύνολο του γονιδίου εργαλείο σύγκρισης αναλύσεις ορίζονται από το χρήστη σύνολα γονίδιο για διαφορική έκφραση μεταξύ των προκαθορισμένων κατηγοριών ενός συνόλου δεδομένων πηγής. Για κάθε σύνολο δεδομένων πηγή, ένα

P

-τιμή υπολογίζεται για κάθε γονίδιο να συσχετίσει το επίπεδο έκφρασης

vs.

Χρόνο επιβίωσης χρησιμοποιώντας ένα μοντέλο αναλογικών κινδύνων του (ή για τη διαφορική έκφραση μεταξύ των προκαθορισμένων τάξεις, ανάλογα με τη φύση του φαινοτύπου), δημιουργώντας μια λίστα ταξινόμησης γονίδιο ενός συγκεκριμένου σχεδίου BRB-ArrayTools. Για ένα σύνολο

Ν

γονιδίων, η στατιστική LS ορίζεται ως η μέση αρνητική φυσικό λογάριθμο του

P

τιμαί των κατάλληλων μονομεταβλητών δοκιμές μόνο γονίδιο [12]. Μια συνοπτική στατιστική υπολογίζεται ότι συνοψίζει αυτά

P

τιμές πάνω από το σύνολο του γονιδίου καθορίζονται από το χρήστη? η περίληψη στατιστικό στοιχείο είναι κατά μέσο όρο log (

P

) για τη συνοπτική LS για το πώς οι

P

τιμές διαφέρουν από μια ομοιόμορφη κατανομή για το LS [12]. Η περίληψη στατιστική σχετίζεται με την κατανομή των συνοπτικών στατιστικών για τυχαία δείγματα

Ν

γονίδια, δείγμα από αυτά που αντιπροσωπεύονται στη συστοιχία. Εδώ

N

είναι ο αριθμός των γονιδίων στο σύνολο γονίδιο ορίζεται από το χρήστη. 100.000 τυχαία σύνολα γονιδίων στο δείγμα για τον υπολογισμό αυτής της διανομής. Το LS

P

αξία είναι το ποσοστό των τυχαία σύνολα

Ν

γονίδια με μικρότερο μέσο συνοπτικά στατιστικά στοιχεία από τα LS περιλήψεις υπολογίζεται για τα πραγματικά δεδομένα. Αυτή η προσέγγιση χρησιμοποιείται για μια ποικιλία τύπων των συσχετίσεων μεταξύ των επιπέδων γονιδιακής έκφρασης και φαινότυπο. Η φύση του φαινοτύπου (για παράδειγμα, ο χρόνος επιβίωσης ή δυαδικά δείκτες) που καθορίζει τον τρόπο με τον οποίο υπολογίζονται οι γονίδιο ειδικές

P

αξίες. Μια LS

P

τιμή μικρότερη από 0,005 θεωρείται σημαντική.

Αναγνώριση ενός γαστρικού καρκίνου, ειδικά υπογραφή και γαστρικό καρκίνο διαφοροποίηση υπογραφή

Το συνολικό RNA απομονώθηκε από κατεψυγμένα ενδοσκοπική δείγματα βιοψίας του άντρου βλεννογόνου που συλλέχθηκαν από 21 υγιείς εθελοντές και αναλύθηκε με μικροσυστοιχιών όπως περιγράφηκε προηγουμένως. Προκειμένου να προσδιοριστεί η γαστρική ειδική για τον καρκίνο υπογραφή, συγκρίναμε τα δεδομένα έκφρασης από τα 21 κανονικά δείγματα με 101 δείγματα από ασθενείς πριν από τα δείγματα χημειοθεραπεία (εξαιρουμένων των 22 rebiopsied ασθενείς χρησιμοποιήθηκαν για την ανάπτυξη της αποκτηθείσας υπογραφή αντίσταση) με τη χρήση αλγορίθμων κατηγορία σύγκριση BRB- ArrayTools.

από τους 101 ασθενείς, οι 41 ασθενείς είχαν εντερική ιστολογικού τύπου Lauren των πρωτοπαθών όγκων και 60 είχαν το διάχυτο τύπο. όγκοι μικτού τύπου είχαν χαρακτηριστεί μαζί με το διάχυτο τύπο. Μια υπογραφή διαφοροποίηση ταυτίστηκε με τη σύγκριση των δεδομένων γονιδιακής έκφρασης από τα 41 δείγματα εντερικού τύπου με δείγματα τύπου 60 διάχυτη χρήση αλγορίθμων κατηγορία σύγκριση BRB-ArrayTools.

Δημιουργία υπογραφών κυττάρων ES από δημοσιευμένα στοιχεία

για να δημιουργήσετε ένα χρήστη-καθορισμένο σύνολο γονίδιο για αναλύσεις σύγκρισης γονιδίων μας, υιοθετήσαμε πολλές λίστες γονιδίων από το δημοσιευμένο έργο του Ben-Porath

et al

[13], στην οποία διάφορα σύνολα γονιδίων που σχετίζονται με την ταυτότητα των κυττάρων ES συντάχθηκαν για αναλύσεις σύνολο γονιδίων σύγκριση. Ένα «

ES έκφραση που

» είχε προηγουμένως οριστεί από τον Ben-Porath

et al

[13], όπως τα γονίδια υπερ-εκφράζεται σε ανθρώπινα κύτταρα ES σε τουλάχιστον 5 από 20 profiling μελέτες [14 ]. Αυτό ES σετ έκφρασης στη συνέχεια τροποποιήθηκε [13], έτσι ώστε τα γονίδια στον «πολλαπλασιασμό» Γονιδιακή Οντολογία και το σύμπλεγμα της διάδοσης του καρκίνου του μαστού [13], [15], αποκλείστηκαν και αναφέρεται ως η

ES που χωρίς γονίδια πολλαπλασιασμό

. Καταλόγους των γονιδίων στόχων για MYC [16], SOX2 [17], Oct4 [17], Nanog [17], SUZ12 [18], ΕΤΔ [18], και H3K27 [18], οι οποίες αποτελούν βασικούς παράγοντες μεταγραφής σε βλαστικά κύτταρα, επίσης, εγκρίθηκαν από Ben-Porath [13]. Αυτά τα γονίδια ταυτοποιήθηκαν αρχικά από μελέτες συστοιχία χρωματίνη ανοσοκαταβύθισης [16] – [18]. Για τις αναλύσεις σύνολο γονιδίων σύγκρισης μας, Εηίτεζ αναγνωριστικά [13] των γονιδίων-στόχων χαρτογραφήθηκαν για να εξετάσουν σύνολο αναγνωριστικά στη συστοιχία HG-U133A (www.NetAffx.com).

Αναγνώριση μιας πρόβλεψης δείκτη 72-γονίδιο

Μεταξύ των 468 γονιδίων απορυθμίζεται κατά τη χημειοθεραπεία κατάσταση (

P

& lt? 0,01), 72 μοναδικά γονίδια ήταν μέλη της τουλάχιστον ένα από τα 4 που δημοσιεύθηκε

ES κυττάρων που σχετίζονται με σειρές γονιδίων

( «

ES που χωρίς γονίδια πολλαπλασιασμό

» [13], [15], η πειραματικά επικυρωμένων γονίδιο στόχο μεταγραφικού παράγοντα MYC (TRED MYC_T00140) [9], και τα γονίδια-στόχους του MYC και SOX2 προσδιορίζονται από μια μελέτη συστοιχία χρωματίνης ανοσοκατακρήμνιση [16], [17]). Μία γενωμική προγνωστικός (αναφέρεται ως «προγνωστική δείκτη 72-γονιδίου») κατασκευάστηκε με τον υπολογισμό της σταθμισμένης γραμμικός συνδυασμός των τιμών σημάτων καταγραφής αυτών των 72 μοναδικά γονίδια επικάλυψη μεταξύ της αποκτηθείσας υπογραφή αντίσταση και «

ES κυττάρων που σχετίζονται με σειρές γονιδίων

«. Η μονοπαραγοντική

t

-statistics για τη σύγκριση των τάξεων (που αποκτήθηκαν στη χημειοθεραπεία

vs.

Προεπεξεργασίας κράτη) χρησιμοποιήθηκαν ως τα βάρη. BRB-ArrayTools (η πρόβλεψη τάξη) χρησιμοποιήθηκε για τον υπολογισμό του

t

-τιμή του κάθε γονιδίου. Η προβλεπτική ικανότητα της πρόβλεψης δείκτη 72-γονίδιο δοκιμάστηκε για χρονικό διάστημα έως την πρόοδο και την επιβίωση με χρήση του μοντέλου Cox proportional κινδύνους.

Αποτελέσματα

Αναγνώριση της επίκτητης αντοχής υπογραφή σε CF

Είκοσι δύο ασθενείς που είχαν κλινική ανταπόκριση (PR) προς CF θεραπεία υποβλήθηκαν σε βιοψία πριν από την έναρξη της θεραπείας και στη συνέχεια παρακάτω εξέλιξη της νόσου μετά από χημειοθεραπεία. Πριν και δείγματα μετα-CF δεν ήταν σημαντικά διαφορετική σε ποσοστό και τα μέτρα της ποιότητας των δεδομένων των μικροσυστοιχιών ελέγχου (Πίνακας 1 και Πίνακας S2) των καρκινικών κυττάρων. Διάμεσο διάστημα μεταξύ των 2 βιοψίες ήταν 8,7 μήνες (εύρος διατεταρτημοριακό, 06/04 – 12/06). Από την μετάθεση

P

τιμές ήταν σταθερά μικρότερη από 0,05 σε

P

αποκοπές για την επιλογή χαρακτηριστικό των 0,01 και 0,05 (μετάθεση

P

αξίες, 0.012 και 0.006, αντίστοιχα), αυτό αποδεικνύει ότι η έκφραση του γονιδίου είναι σημαντικά διαφορετική μεταξύ του χημειοθεραπεία και προεπεξεργασίας των κρατών. Γονίδια που εκφράζονται διαφορικά μεταξύ του κράτους προεπεξεργασία των 22 όγκους που αποδείχθηκε αρχικά να ανταποκρίνεται στις CF χημειοθεραπεία και οι όγκοι από τους ίδιους τους ασθενείς, αφού εξελίχθηκε σε ένα αποκτήθηκε στη χημειοθεραπεία κατάσταση ταυτοποιήθηκαν ως τα «κεκτημένα υπογραφές αντίσταση». 2.446 γονίδια που εντοπίστηκαν στο απέκτησε υπογραφή αντίσταση με μια επιλογή χαρακτηριστικό του

P

& lt? 0,05, ενώ 633 γονίδια ταυτοποιήθηκαν χρησιμοποιώντας μια επιλογή χαρακτηριστικό του

P

& lt? 0,01. Η πιο μεγάλη εκπροσωπείται λειτουργική κατηγορία στην αποκτώμενη υπογραφή αντίσταση ήταν

Protein Synthesis

(Πίνακας S3? Ingenuity Διαδρομή Ανάλυση [www.ingenuity.com]), το οποίο περιλαμβάνει

ΑΚΤ1

, mRNAs υπομονάδας του ριβοσώματος (

rpS6, RPL13, RPL14, RPL15, RPL18, RPL29, RPL3, RPL30, RPL4, RPS11, RPS19, RPS9

), και ευκαρυωτικών παραγόντων έναρξης της μετάφρασης (

EIF4B EIF3D, EIF3E, EIF3F, EIF3H

). Akt /mTOR και Ras-ΜΑΡΚ ενότητες σηματοδότησης είναι δύο πιο μελετηθεί οδούς που παρουσιάζουν ένα υψίστης σημασίας επίδραση στη μεταγραφική ρύθμιση [19]. Με δεδομένη την ταυτόχρονη ρύθμιση προς τα πάνω από αυτά τα βασικά συστατικά αυτής της πορείας (

ΑΚΤ1

(

P

= 0,0012),

EIF4B

(

P

= 0.0089), και

rpS6

(

P

= 0,0009)), η PI3K /Akt /mTOR μονοπάτι μεταγωγής σήματος θεωρείται ότι πρέπει να ενεργοποιηθεί στο απέκτησε κατάσταση αντίστασης (Σχήμα S1). ΑΚΤ1 έχει συνδεθεί με

in vitro

αντίσταση σισπλατίνη [20] – [22]. αναστολή mTOR έχει επίσης γνωστό για την αναστροφή

in vitro

επίκτητη ανθεκτικότητα σε ενδοκρινική θεραπεία και αναστολείς EGFR των καρκίνων του μαστού και του πνεύμονα, αντίστοιχα [23], [24]. Δεδομένου ότι

ΕΚΒΒ2

επίσης ρυθμίζεται αυξητικά στο απέκτησε υπογραφή αντίσταση (

P

= 0,0065),

ΕΚΒΒ2

μπορεί να παίζει ρόλο στην ρύθμιση προς τα άνω του

Protein Synthesis

-σχετικές γονίδια, μέσω της ενεργοποίησης του μονοπατιού mTOR [25].

η

γονίδιο του παράγοντα μεταγραφής που ανάλυση σύγκριση έδειξε ότι η αποκτηθείσα υπογραφή αντίσταση είναι εμπλουτισμένη με στόχους πολλαπλών παραγόντων μεταγραφής, συμπεριλαμβανομένου ενός γονιδίου στόχου MYC σετ (TRED MYC_T00140) [9] (Πίνακας S4). Αυτό είναι σύμφωνο με ένα δεδομένα μικροσυστοιχιών στην βιβλιογραφία ότι η πλειονότητα των γονιδίων αποκρίνεται σε Myc υπερέκφραση εμπλέκονται στην μακρομοριακή σύνθεση, ο κύκλος εργασιών πρωτεΐνη, και το μεταβολισμό, συμπεριλαμβανομένων των 30 ριβοσωμική γονίδια πρωτεϊνών [26].

Η επίκτητη αντοχή υπογραφή απομονώνει τους ασθενείς ανάλογα με το χρόνο έως την εξέλιξη της νόσου μετά από θεραπεία CF, αλλά δεν είναι προγνωστική σε ασθενείς με καρκίνο του στομάχου αντιμετωπίζονται μόνο με χειρουργική επέμβαση

Θα ήθελε να καθοριστεί αν η έκφραση της εξαγορασθείσας υπογραφή αντίσταση στο γαστρικό καρκινικούς όγκους κατά την αρχική διάγνωση ήταν πρόβλεψης της ανταπόκρισης στη θεραπεία με ΚΙ. Η έκφραση της αποκτηθείσας υπογραφή αντίσταση σε μια ξεχωριστή ομάδα από 101 μη rebiopsied ασθενείς με γαστρικό καρκίνο προσδιορίστηκε και σχετίζονται με την κλινική έκβαση των ασθενών σύμφωνα με τις οποίες σημαντικές ιεραρχική σύμπλεγμα ομαδοποιήθηκαν οι ασθενείς. Σε ασθενείς χωρίς αλλοιώσεις αρχικά μετρήσιμο από διαγνωστικής απεικόνισης, ο χρόνος έως την εξέλιξη της νόσου (TTP) μετρήθηκε από την έναρξη της θεραπείας CF στο χρόνο, όταν μια αλλαγή στη θεραπεία ήταν απαραίτητη λόγω κατηγορηματική εξέλιξη της νόσου. Ιεραρχική συσταδοποίηση των δειγμάτων 101 προκατεργασία πραγματοποιήθηκε χρησιμοποιώντας την υπογραφή επίκτητη αντίσταση 2446-γονιδίου. Αποτέλεσμα όπως μετράται με ΤΤΡ ήταν σημαντικά διαφορετική μεταξύ των ασθενών σε κάθε μία από τις δύο κύριες ομάδες. Οι ασθενείς στην συστάδα με αυξημένη έκφραση των γονιδίων ρυθμίζεται αυξητικά στην χημειοθεραπεία κατάσταση είχαν σημαντικά μικρότερη TTP από τους ασθενείς με χαμηλότερη έκφραση αυτών των γονιδίων (Log-rank

P

value = 0,033) (Σχήμα 1Α). Προκειμένου να αξιολογηθεί περαιτέρω η σύνδεση αυτών των 2.446 γονιδίων με TTP των 101 ασθενών, πραγματοποιήσαμε επίσης μια ανάλυση πρόβλεψης κινδύνου επιβίωσης των BRB-ArrayTools, στην οποία το σύνολο της 10-φορές διαδικασία διασταυρωμένης επικύρωσης επαναλήφθηκε χρησιμοποιώντας 2.446 γονίδια και ένα ημερολόγιο rank στατιστική για TTP μεταξύ 2 προβλέψει ομάδες κινδύνου ελήφθη για κάθε τυχαίο σύνολο δεδομένων με τα στοιχεία TTP ανακατεύονται μεταξύ 101 ασθενών [8], [27]. Η μετάθεση

P

αξία για τον έλεγχο της μηδενικής υπόθεσης ότι δεν υπάρχει σχέση μεταξύ 2.446 γονίδια και ΤΤΡ, η οποία είναι η περιοχή της ουράς αυτής της μηδενικής κατανομής πέρα ​​από την τιμή log-rank που λαμβάνονται για τα πραγματικά δεδομένα, εκτιμήθηκε 0,06 , γεγονός που υποδηλώνει μια οριακή σημασία του σωματείου. Οι ασθενείς στο ταμπλό με αυξημένη έκφραση των 468 γονιδίων απορυθμίζεται σε χημειοθεραπεία κατάσταση σε

P

& lt? 0.01 είχαν επίσης σημαντικά μικρότερη TTP από τους ασθενείς με χαμηλότερη έκφραση αυτών των γονιδίων (Log-rank

P

value = 0,012) (Σχήμα 1Β). Αυτά τα αποτελέσματα δείχνουν ότι η επίκτητη αντοχή υπογραφή αντικατοπτρίζει την πραγματική μοριακό προφίλ των χημειοθεραπεία κλώνων, όχι μη ειδικές επιδράσεις του φαρμάκου.

Ιεραρχική δενδρογράμματα ομαδοποίηση των δειγμάτων προεπεξεργασίας από ένα ξεχωριστό σύνολο 101 ασθενείς με γαστρικό καρκίνο, χρησιμοποιώντας γονίδια που εκφράζονται διαφορικά μεταξύ της προεπεξεργασίας – και στη χημειοθεραπεία-κράτη της 22 rebiopsied ανταποκρίθηκαν σε διάφορες

P

αποκοπές για την επιλογή χαρακτηριστικό. Οι Kaplan-Meier για το χρονικό διάστημα έως την πρόοδο της νόσου (TTP) υπολογίζεται για κάθε μία από τις δύο μεγάλες συστάδες που δημιουργούνται από κάθε δενδρόγραμμα φαίνεται παρακάτω. (Α) Ιεραρχική ομαδοποίηση των 101 δειγμάτων προεπεξεργασίας με τη χρήση του 2446-γονίδιο που αποκτήθηκαν υπογραφή αντίστασης (

P

για επιλογή χαρακτηριστικών & lt? 0,05). Heatmap παράγονται χρησιμοποιώντας ένα αρχείο καταγραφής

2-ψευδόχρωμα εικόνα με γονίδιο κεντράρισμα. Οι Kaplan-Meier οικοπέδων για TTP υπολογίζεται για κάθε μία από τις δύο μεγάλες συστάδες δημιουργούνται φαίνεται παρακάτω. Οι ασθενείς σε σύμπλεγμα υψηλού κινδύνου (n = 60, υψηλή έκφραση των γονιδίων ρυθμίζεται προς τα πάνω κατά χημειοθεραπεία κατάσταση (

άνω

) είχαν σημαντικά μικρότερη TTP από τους ασθενείς σε σύμπλεγμα χαμηλού κινδύνου (n = 41, χαμηλή έκφραση) (3,0

vs

5,0 μήνα?.

P

= 0,033) (Β) Ιεραρχική ομαδοποίηση των ίδιων 101 γαστρικό δείγματα καρκίνου χρησιμοποιώντας την υπογραφή επίκτητης αντοχής 633-γονίδιο (

P

για. επιλογή χαρακτηριστικών & lt?. 0.01) ασθενείς σε σύμπλεγμα υψηλού κινδύνου (n = 38, υψηλή έκφραση των γονιδίων απορυθμίζεται σε χημειοθεραπεία κατάσταση (

πάνω

) είχαν σημαντικά μικρότερη TTP από τους ασθενείς στο σύμπλεγμα χαμηλού κινδύνου (n = 63, χαμηλή έκφρασης) (2,5

vs

4,7 μήνα?.

P

= 0,012)

Η

Θα ήθελε, επίσης, να αντιμετωπίσει περαιτέρω κατά πόσον αυτές αποκτήθηκαν υπογραφές αντίσταση ήταν προγνωστική της ΚΙ. ανταπόκριση ή αντιπροσώπευε μια γενική προγνωστικό υπογραφή που θα μπορούσε να προβλέψει την επιβίωση των 88 ασθενών καρκίνο του στομάχου που έλαβαν θεραπεία με χειρουργική επέμβαση και μόνο και όχι από τη χημειοθεραπεία

10. Κανένα από τα δύο που αποκτήθηκαν υπογραφές αντίσταση (2446 ή 633 γονίδια) ήταν προγνωστική της επιβίωση στο χειρουργικά αντιμετωπίζονται ασθενείς με γαστρικό καρκίνο χρησιμοποιώντας την ίδια μέθοδο ιεραρχικής ομαδοποίησης όπως παραπάνω (Log-rank

P

αξίες, 0,84 και 0,41, αντίστοιχα). Έτσι, η επίκτητη αντίσταση υπογραφή είναι προβλεπτική απόκριση ασθενούς σε CF και όχι μόνο προγνωστική για ασθενείς με γαστρικό καρκίνο γενικά.

Τα μερίδια υπογραφή επίκτητη αντοχή πολλά χαρακτηριστικά με την ενδογενή αντίσταση υπογραφή, αλλά όχι με μια γαστρική καρκινογόνες συγκεκριμένη υπογραφή ή ένα γαστρικό καρκίνο διαφοροποίηση υπογραφή

Αυτά τα αποκτήσει υπογραφές αντίστασης στη συνέχεια σε σχέση με την εγγενή αντοχή στα φάρμακα υπογραφή μιας ξεχωριστής ομάδας 101 μη rebiopsied ασθενείς, χρησιμοποιώντας την ανάλυση σετ γονιδίων σύγκριση BRB-ArrayTools [12] . Εν συντομία, ο αλγόριθμος αυτός υπολογίζεται ένα

P

-τιμή για καθένα από τα 2446 γονίδια να συσχετίσουν το επίπεδο έκφρασης

vs.

TTP από αυτούς τους 101 ασθενείς, χρησιμοποιώντας ένα μοντέλο αναλογικών κινδύνων του. Στη συνέχεια, υπολογίζεται σημαίνει αρνητική φυσικός λογάριθμος των

P

-τιμές των μεμονωμένων γονιδίων μονομεταβλητών δοκιμές (LS στατιστική αυτού του συνόλου των 2446 γονιδίων) και το ποσοστό των τυχαία σύνολα των 2446 γονιδίων με μικρότερο μέσο συνοπτικά στατιστικά στοιχεία από το LS περιλήψεις υπολογίζεται για τα πραγματικά δεδομένα (LS

P

αξία). Η ίδια ανάλυση επαναλήφθηκε για 633 γονίδια που επιλέγονται σε

P

& lt? 0,01. Συνεπής με τα αποτελέσματα της ιεραρχικής συσταδοποίησης αναλύσεις, οι αποκτήθηκαν υπογραφές αντίσταση βρέθηκαν να είναι άκρως εμπλουτισμένο στο «ενδογενή αντίσταση υπογραφή» μιας ξεχωριστής ομάδας 101 ασθενών με ΚΙ έλαβαν. LS εκ νέου δειγματοληψία

P

τιμές ήταν & lt? 10

-5 και για τις δύο ομάδες γονιδίων ορίζονται από το χρήστη επιλέγονται με διαφορετικές τιμές αποκοπής για να ορίσετε το απέκτησε υπογραφή αντίσταση (

δηλαδή

, για 2446 και 633 γονίδια). Τα γονίδια επικάλυψη μεταξύ αποκτήσει και εγγενή υπογραφές αντοχής που παρατίθενται στον Πίνακα 2. Εικόνα 2C

β

γραφικά εμφανίζει ότι 468 γονίδια ρυθμίζεται προς τα πάνω κατά τη χημειοθεραπεία κατάσταση των 22 rebiopsied ασθενείς (

P

& lt? 0.01) δείχνουν η σύμφωνη υπερέκφραση σε μη rebiopsied ασθενείς με μικρότερη ΤΤΡ, ενώ 165 γονίδια ρυθμίζεται προς τα κάτω κατά τη χημειοθεραπεία κατάσταση δείχνουν την σύμφωνη υπερέκφραση σε ασθενείς με μεγαλύτερο TTP.

(Α) Ιεραρχική ομαδοποίηση των δειγμάτων των ασθενών 101 προεπεξεργασία με τη χρήση του «ES που χωρίς γονίδια πολλαπλασιασμό υπογραφή «. Οι Kaplan-Meier οικόπεδα για το χρόνο έως την εξέλιξη (TTP) των ασθενών σε κάθε σύμπλεγμα που δημιουργείται εμφανίζεται στη δεξιά πλευρά. Οι ασθενείς σε σύμπλεγμα υψηλού κινδύνου (Ι) (n = 44, υψηλή έκφραση «ES σετ χωρίς γονίδια πολλαπλασιασμός») είχαν σημαντικά μικρότερη TTP από τους ασθενείς στο σύμπλεγμα χαμηλού κινδύνου (II) (n = 57, χαμηλή έκφραση) (2,7

vs

4,7 μήνα? Log-rank

P

value = 0,014).