Αφηρημένο

Τα τελομερή είναι κρίσιμη για τη διατήρηση της γονιδιωματικής σταθερότητας. Γενετικές παραλλαγές σε γονίδια μονοπάτι των τελομερών μπορεί να επηρεάσει τελομερών και τη λειτουργία της τελομεράσης, και στη συνέχεια τον κίνδυνο εμφάνισης καρκίνου. Αξιολογήσαμε 126 SNPs από 10 γονίδια που σχετίζονται με τη ρύθμιση των τελομερών σε σχέση με τον κίνδυνο καρκίνου της ουροδόχου κύστης. Πέντε SNPs, 4 από το γονίδιο TEP1 και 1 από το γονίδιο PINX1, βρέθηκαν να είναι πολύ σημαντική (Ρ & lt? 0,01). Από αυτές, η πιο σημαντική συσχέτιση βρέθηκε στο rs2228041 του TEP1 (OR 1,66, 95% CI 1.19 – 2.31), ενώ rs1469557 του PINX1 είχε μια προστατευτική δράση (OR 0.75, 95% CI 0,61 – 0,93). Ανάλυση απλότυπου έδειξε ότι ένας απλότυπος TEP1 αποτελείται από τις παραλλαγή αλληλίων του 7 SNPs παρουσίασαν 2,28 φορές αύξηση του κινδύνου (95% CI 1,13 – 4,60). Στη συνέχεια, πραγματοποιήθηκε σωρευτική ανάλυση των πολλαπλών παραλλαγών κινδύνου, καθώς και Κατηγοριοποίηση και Παλινδρόμηση Δέντρο (CART) για να εξετάσει για τις αλληλεπιδράσεις γονιδίων-γονιδίου. Στην ανάλυση σωρευτικό αποτέλεσμα, η ομάδα με 4-5 παραλλαγές κινδύνου είχε OR 2,57 (95% CI = 1,62 – 4,09) σε σχέση με την ομάδα αναφοράς με 0 παραλλαγές κινδύνου. Η ανάλυση ΚΑΛΑΘΙ κατηγοριοποιούνται τα άτομα σε πέντε υποομάδες με διαφορετικά προφίλ κινδύνου καρκίνου της ουροδόχου κύστης βασίζεται σε διακριτές φόντο γονότυπο τους. Για τις γνώσεις μας, αυτό είναι ένα από τα μεγαλύτερα, πιο ολοκληρωμένες μελέτες σχετικά με τον κίνδυνο καρκίνου της ουροδόχου κύστης, σχετικά με SNPs γονίδιο μονοπατιού τελομερών-ρύθμισης και τα αποτελέσματά μας υποστηρίζουν ότι οι γενετικές παραλλαγές της συντήρησης των τελομερών διαμορφώνουν τον κίνδυνο καρκίνου της ουροδόχου κύστης μεμονωμένα και από κοινού.

Παράθεση : Chang J, Dinney CP, Huang Μ, Γου Χ, Gu J (2012) γενετικές παραλλαγές σε γονίδια τελομερή Συντήρηση και καρκίνο της ουροδόχου κύστης κινδύνου. PLoS ONE 7 (2): e30665. doi: 10.1371 /journal.pone.0030665

Επιμέλεια: Arthur J. Lustig, Tulane University Κέντρο Επιστημών Υγείας, Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής

Ελήφθη: 19 του Σεπτέμβρη 2011? Αποδεκτές: 27, Δεκεμβρίου 2011? Δημοσιεύθηκε: 17, Φεβρουαρίου, 2012

Copyright: © 2012 Chang et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Αυτό το έργο υποστηρίχθηκε από τα Εθνικά Ινστιτούτα Υγείας χορηγεί CA131335, CA74880, CA91846, και CA127615. Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

τα τελομερή αποτελούν τα άκρα των χρωμοσωμάτων και αποτελούνται από επαναλήψεις αλληλουχίας νουκλεοτιδίου TTAGGG και η πρωτεΐνη που συνδέεται με συγκρότημα shelterin σε κύτταρα θηλαστικών [1], [2]. Τα τελομερή αποτρέψει τα άκρα των χρωμοσωμάτων από την αναγνώρισή τους ως διπλό σκέλος διαλείμματα και είναι ζωτικής σημασίας για την γονιδιωματική ακεραιότητα, την πρόληψη end-to-end σύντηξη, νουκλεολυτικήν υποβάθμιση και άτυπα ανασυνδυασμό [3]. Το συγκρότημα shelterin, που αποτελείται από έξι βασικές πρωτεΐνες, βοηθά στην πρόληψη της αναγνώρισης των τελομερών από μονοπάτια επιδιόρθωσης βλαβών του DNA [2], και επίσης ρυθμίζει τη δράση της τελομεράσης [2], [4]. Η τελομεράση, μια εξειδικευμένη ανάστροφης μεταγραφάσης, προσθέτει TTAGGG επαναλαμβάνει την επιμήκυνση τελομερή χρησιμοποιώντας ένα εσωτερικό πρότυπο RNA [5].

σωματικά κύτταρα, τα τελομερή προοδευτικά συντομεύσει κατά 30 έως 200 bp μετά από κάθε μιτωτική διαίρεση λόγω της ατελούς αντιγραφής του τελομερούς DNA από DNA πολυμεράσες, που είναι γνωστή ως το πρόβλημα τελικού αντιγραφής [6]. Όταν το μήκος των τελομερών γίνεται οριακά μικρή, η απώλεια των αποτελεσμάτων προστασία των τελομερών σε έναρξη της κυτταρικής γήρανσης και τελικά οδηγεί σε απόπτωση, προκαλώντας απόκριση βλάβης DNA στα άκρα των χρωμοσωμάτων τελομερή που αναγνωρίζονται ως δίκλωνα σπασίματα [7]. Ωστόσο, μια τέτοια διαδικασία οδηγεί σε ισχυρή επιλογή για κύτταρα με ελαττωματικό αποκρίσεις βλάβη στο DNA που μπορεί να παρακάμψει αυτό το σημείο ελέγχου των τελομερών [8]. Απεριόριστη πολλαπλασιασμός έχει αποκτηθεί μέσω της προς τα πάνω ρύθμιση της τελομεράσης που αντισταθμίζει τη διάβρωση των τελομερών στα καρκινικά κύτταρα [9]. Η δραστικότητα τελομεράσης έχει ανιχνευθεί σε -85% των καρκίνων, και είναι ένα χαρακτηριστικό των περισσότερων καρκίνων [10], [11]? σε αρκετές TERT-διαγονιδιακά μοντέλα ποντικών, η συστατική έκφραση της τελομεράσης αυξημένη συχνότητα εμφάνισης του καρκίνου [12]. Η απώλεια της λειτουργίας του τελομερούς και συνεχής πολλαπλασιασμός οδηγεί σε τερματισμό σε άκρο συντήξεις, σπασμένα χρωμοσώματα, κύκλοι γέφυρα θραύση-σύντηξη, και γενική γενετική αστάθεια? το αποτέλεσμα επιταχύνεται γενετικές αλλαγές υπεύθυνοι για περαιτέρω πλεονεκτήματα ανάπτυξης και της ανάπτυξης των καρκινικών κυττάρων [13].

Η αντίστροφη σχέση μεταξύ του μήκους των τελομερών και της ηλικίας έχει επίσης τεκμηριωθεί καλά [9]. Το ποσοστό των τελομερών φθοράς εξαρτάται από πολλούς παράγοντες: το κάπνισμα, η παχυσαρκία, ανθυγιεινό τρόπο ζωής, και το οξειδωτικό στρες είναι όλα συνδέονται με μικρότερη τελομερή [14]. Γενετική επηρεάζουν σημαντικά το μήκος των τελομερών και γενετική κληρονομικότητα του μήκους των τελομερών των λευκοκυττάρων έχει υπολογιστεί σε περίπου 80% [15]. Η περικοπή τελομερούς έχει συσχετιστεί με αυξημένους κινδύνους ορισμένων καρκίνων, με καρκίνο της ουροδόχου κύστης είναι ο πιο συνεπής [16]. Προηγούμενες μελέτες έχουν δείξει ότι πολυμορφισμοί μονού νουκλεοτιδίου (SNPs) σε γονίδια των τελομερών μονοπάτι συνδέεται με αλλοιωμένη κίνδυνο καρκίνου? Για παράδειγμα, μια πρόσφατη μελέτη διαπίστωσε παραλλαγές της τελομεράσης σχετιζόμενη πρωτεΐνη (

TEP1

) που σχετίζεται με αυξημένο κίνδυνο για καρκίνο της ουροδόχου κύστης [17]. Σε αυτήν την τρέχουσα μελέτη, πήραμε μια προσέγγιση βάσει διαδρομής για να αξιολογήσει τη σύνδεση των απλότυπος tagging και λειτουργική SNPs σε κρίσιμα γονίδια συντήρηση των τελομερών, συμπεριλαμβανομένων των συστατικών shelterin, τελομεράση και των τελομερών /γονιδίων που σχετίζονται τελομεράσης, με τον κίνδυνο καρκίνου της ουροδόχου κύστης σε ένα μεγάλο περίπτωση- μελέτη ελέγχου.

Αποτελέσματα

τα χαρακτηριστικά των ασθενών

Ένα σύνολο 803 Καυκάσιοι ασθενείς που διαγνώστηκαν με καρκίνο της ουροδόχου κύστης και 803 Καυκάσιους έλεγχο συμπεριλήφθηκαν σε αυτή τη μελέτη (Πίνακας 1). Περιπτώσεις και έλεγχοι ταιριάζουν στο φύλο (p = 0,95) και την ηλικία (p = 0.10). Περιπτώσεις είχαν υψηλότερο ποσοστό νυν καπνιστές (47.45%) σε σχέση με τους ελέγχους (23.29%, p = 5.15E-21), και μεταξύ ποτέ καπνιστές, περιπτώσεις είχε υψηλότερη μέση έτους πακέτο (43.02 ± 30,73 χρόνια) έναντι των μαρτύρων (29,92 ± 27,87 έτη, p = 2.78E-12).

Η

κίνδυνος που σχετίζεται με την ατομική SNPs

Μεταξύ των 126 προσδιορίστηκαν SNPs, 24 SNPs (19%) ήταν σημαντικά σχετίζεται με τον κίνδυνο καρκίνου της ουροδόχου κύστης σε το επίπεδο του 5%. Μετά την απομάκρυνση SNPs με υψηλή σύνδεσης (r

2 & gt? 0,8 μεταξύ λίγων SNPs tagging και κωδικεύοντες SNP), 18 SNPs παρέμεινε για την μετέπειτα ανάλυση (Πίνακας 2). Αξίζει να σημειωθεί ότι 7 SNPs τόσο στο

TEP1

και

PINX1

γονιδίου ήταν σημαντικό σε p & lt? 0,05. Όλα τα SNPs στο

TEP1

συσχετίστηκαν με αυξημένο κίνδυνο, και όλα τα SNPs, εκτός από ένα στο

PINX1

συσχετίστηκαν με μειωμένο κίνδυνο καρκίνου της ουροδόχου κύστης. Ένας SNP σε ΡΟΤ1, ένα στην trf2, και δύο στην TNKS ήταν επίσης σημαντικές. Από διεξήχθη πολλαπλές δοκιμές, υπολογίσαμε την τιμή Q (α ποσοστό εσφαλμένης ανακάλυψη προσαρμοσμένη αξία Ρ) για να ρυθμίσετε το επίπεδο σημαντικότητας για μεμονωμένα SNPs και τις τιμές Q για αυτά τα 18 SNPs ήταν μεταξύ 0,08 και 0,12 (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται).

Ιδιαίτερο ενδιαφέρον, 5 SNPs βρέθηκαν να είναι ιδιαίτερα σημαντική (p & lt? 0.01), 4 από το

TEP1

και 1 από το

PINX1

. Η κατανομή αυτών των SNPs βρίσκεται στον Πίνακα 3. Από αυτές, η πιο σημαντική συσχέτιση βρέθηκε στο rs2228026 του

TEP1

(OR 1,72, 95% CI 1,20 – 2,44), ενώ ο rs1469557 του

PINX1

είχε μια προστατευτική δράση (OR 0.75, 95% CI 0,61 – 0,93). Για να διερευνήσουν τις αλληλεπιδράσεις των γενετικών παραλλαγών με το κάπνισμα, η ηλικία και το στάδιο του όγκου, πραγματοποιήσαμε στρωματοποιημένη ανάλυση σχετικά με αυτές τις 5 πολύ σημαντική SNPs, αλλά εμείς δεν το είχα προσέξει κάποια σημαντική διαφορά της ΕΑΠ στο ποτέ και ποτέ καπνιστές, σε παλιά ηλικίας και νέους ηλικίας άτομα, και σε μη-επεμβατική και μυς διηθητικό όγκων (δεν παρουσιάζονται τα δεδομένα).

η

Επειδή πολλά SNP της

TEP1

γονιδίου σχετίζεται με αυξημένο κίνδυνο, και 4 από 5 πολύ σημαντικές SNPs ήταν από

TEP1

, πραγματοποιήσαμε ανάλυση χρωμοσωμάτων στις 7 σημαντικές

TEP1

SNPs (Πίνακας 4). Σε σύγκριση με το halpotype με τα αλληλόμορφα άγριου τύπου σε όλα τα 7 SNPs, ο απλότυπος που περιέχει τα αλληλόμορφα παραλλαγή σε όλα τα 7 SNPs παρουσίασαν σημαντικά αυξημένο κίνδυνο (OR 2.28, 95% CI 1,13 έως 4,60, ρ = 0,022). Κανένα από τα άλλα απλοτύπων έδειξε σημασία που επηρεάζουν τον κίνδυνο καρκίνου της ουροδόχου κύστης

Η

συνδυασμένη επίδραση των πολλαπλών SNPs

Οι 5 πολύ σημαντική SNPs (p & lt? 0,01). Θεωρήθηκαν των σωρευτικών επιπτώσεων των SNPs σχετικά με τον κίνδυνο καρκίνου της ουροδόχου κύστης. Βρήκαμε μια σημαντική επίδραση του γονιδίου-δοσολογίας για την αύξηση του κινδύνου καρκίνου της ουροδόχου κύστης με την αύξηση του αριθμού των δυσμενών γονότυπους (p για τάση = 3.31E-06), και οι ασθενείς κατηγοριοποιήθηκαν σε 3 ομάδες κινδύνου ανάλογα με τον αριθμό των δυσμενών γονότυπους. Σε σύγκριση με τα άτομα χωρίς δυσμενείς γονότυπους, ο κίνδυνος καρκίνου της ουροδόχου κύστης αυξάνονται σταδιακά με την προσθήκη των δυσμενών γονότυπων, με ΕΑΠ 1,2 (95% CI 0,92 – 1,62) για την ομάδα χαμηλού κινδύνου με 1 δυσμενείς γονότυπο, 1,64 (95% CI 1.22- 2.21) για την ομάδα μέσου κινδύνου με 2-3 δυσμενείς γονότυπους, και 2,57 (95% CI 1,62 – 4,09) για την ομάδα υψηλού κινδύνου με 4-5 δυσμενείς γονότυπους (Πίνακας 5).

Η

ΚΑΛΑΘΙ ανάλυση

Όλα τα σημαντικά συνδεδεμένων SNPs (Πίνακας 2) αναλύθηκαν για πιθανές αλληλεπιδράσεις γονίδιο-γονιδίου μέσω της ανάλυσης CART. Η αρχική διάσπαση ήταν σε rs2228041 του

TEP1

, η πιο σημαντική SNP από εκείνους που αξιολογούνται για τον κίνδυνο καρκίνου της ουροδόχου κύστης. Το τελικό δένδρο είχε 5 τερματικών κόμβων (Σχήμα 1). Ο Πίνακας 6 συνοψίζει τις εκτιμήσεις του κινδύνου για τα άτομα σε κάθε τερματικό κόμβο. Κόμβος 1 (Ν = 101), που χρησιμοποιείται για την αναφορά, είχαν τον χαμηλότερο κίνδυνο και αποτελείται από ασθενείς που ήταν GG για rs11250080 στο

PINX1

, TC /CC για rs1469557 στο

PINX1

, και AA για rs2228041 στο

TEP1

. Σε σύγκριση με τα άτομα στον κόμβο 1, οι άλλοι κόμβοι συνδέονται με αυξημένο κίνδυνο καρκίνου της ουροδόχου κύστης με ΕΑΠ που κυμαίνονται από 1,74 έως 3,28 με βάση διακριτά συνδυασμούς γονότυπο. Τα άτομα στον κόμβο 5 (Ν = 177) με AG /GG για rs2228041 στο

TEP1

είχαν τον υψηλότερο κίνδυνο (OR 3,28, 95% CI 1,94 – 5,57).

Η

Συζήτηση

Αυτή η μελέτη αξιολόγησε τη σχέση μεταξύ ενός συνόλου SNPs σε γονίδια συντήρηση των τελομερών και τον κίνδυνο καρκίνου της ουροδόχου κύστης. Δεκαοκτώ σημαντικές SNPs βρέθηκαν: μεταξύ των SNPs με πολύ σημαντική συσχέτιση (p & lt? 0.01), 4 ήταν από συστατικό της πρωτεΐνης τελομεράσης 1 (

TEP1

) και 1 ήταν από PIN2 πρωτεΐνης /TRF1-αλληλεπιδρώντας 1 (

PINX1

). Βρήκαμε επίσης μια σημαντική σωρευτική επίδραση των πολλαπλών SNPs, και το δυναμικό γονίδιο γονίδιο αλληλεπιδράσεις σχετικά με τον κίνδυνο.

Ενεργοποίηση βράχυνση και τελομεράση

τελομερούς συνδέεται με γενωμική αστάθεια και ογκογένεση. Πολλές μελέτες έδειξαν ότι βραχύτερο μήκος των τελομερών σχετίζεται με υψηλότερο κίνδυνο πολλών μορφών καρκίνου [18], [19], [20], [21], [22], [23], [24], με την ισχυρότερη απόδειξη στον καρκίνο της ουροδόχου κύστης [25]. Η τελομεράση είναι ενεργός σε περισσότερες μορφές καρκίνου και είναι κρίσιμης σημασίας για την ογκογένεση. Είναι πιθανό ότι οι μελέτησε γενετικές παραλλαγές επηρεάζουν τον κίνδυνο εμφάνισης καρκίνου μέσω αλλαγών στους μηχανισμούς που αφορούν ρύθμιση των τελομερών, το μήκος των τελομερών, ή τη λειτουργία της τελομεράσης.

Προηγούμενες μελέτες έχουν δείξει επιλεγεί γενετικές παραλλαγές σε γονίδια των τελομερών οδού και του κινδύνου καρκίνου της ουροδόχου κύστης [26 ], [27].

TEP1

είναι ένα συστατικό του συμπλέγματος ριβονουκλεοπρωτεϊνικού και συνδέεται με την τελομεράση. Ένας SNP (rs1760897) σε

TEP1

έχει πρόσφατα συσχετιστεί με αυξημένο κίνδυνο καρκίνου της ουροδόχου κύστης [17]. Είμαστε ο γονότυπος, επίσης, αυτό το SNP σε αυτήν την τρέχουσα μελέτη και βρήκε αυτό το SNP σχετίζεται με μια οριακή σημαντικά αυξημένο κίνδυνο καρκίνου της ουροδόχου κύστης (OR 1,17, 95% CI 0,94 – 1,45 και OR 1,27, 95% CI 0,91 – 1,79 για τα ομόζυγα και ετερόζυγα γονότυπους παραλλαγή , αντίστοιχα? p για τάση = 0,08). Επιπλέον, στη μελέτη μας βρήκαμε 7

TEP1

SNPs που σχετίζονται με αυξημένο κίνδυνο καρκίνου της ουροδόχου κύστης. Η πιο σημαντική SNP ήταν rs2228041. Αυτό SNP είναι ένα μη-συνώνυμη SNP, Arg1155Gln. Αλλάζοντας ένα ισχυρό βασικό αμινοξύ (αργινίνη) σε ένα ουδέτερο αμινοξύ (γλουταμίνη) είναι πιθανό να επηρεάσει τη δομή των πρωτεϊνών και τη λειτουργία. Οι μελλοντικές μελέτες για να διαπιστωθεί πώς αυτή η

TEP1

SNP επηρεάζει TEP1 λειτουργία, τη δραστηριότητα της τελομεράσης, και τον κίνδυνο καρκίνου της ουροδόχου κύστης. ανάλυση χρωμοσωμάτων μας υποστηρίζει επίσης το ρόλο της TEP1 στην αιτιολογία του καρκίνου της ουροδόχου κύστης.

Εκτός από

TEP1

, βρήκαμε μεγάλη σημασία σε ένα SNP στο

PINX1

γονιδίου και κάτω τον κίνδυνο καρκίνου της ουροδόχου κύστης.

PINX1

ρυθμίζει τη λειτουργία της τελομεράσης και μπορεί να συνδεθεί άμεσα με TERT και αναστέλλουν τη δράση της τελομεράσης? αναστολή της

PINX1

αυξάνει τη δράση της τελομεράσης, ενώ η υπερέκφραση κάνει το αντίθετο [28]. Μια προηγούμενη μελέτη έδειξε ότι

PINX1

αναστολή οδηγεί σε ανώμαλη ενεργοποίηση της τελομεράσης και την επιμήκυνση των τελομερών, θέτει σε κίνδυνο τη λειτουργία των τελομερών και προκαλώντας χρωμοσωμική αστάθεια, και υπάρχουν αποδείξεις που υποστηρίζουν το ρόλο του

PINX1

ως καταστολέας όγκου, ενεργώντας μέσω της τελομεράσης-εξαρτώμενο μηχανισμό [29]. Τα ευρήματά μας παρέχουν περαιτέρω υποστήριξης που

PINX1

είναι ένας πιθανός καταστολέας των όγκων. Δυνητικά, η γενετική παραλλαγή του

PINX1

γονίδιο θα μπορούσε να μεταβάλει τον κίνδυνο καρκίνου μέσω μηχανισμών ρύθμισης των τελομερών, και περισσότερες μελέτες έχουν εγγύηση για την αξιολόγηση γενετικές παραλλαγές μέσα στο

PINX1

γονιδίων και συσχέτιση με τον κίνδυνο καρκίνου της ουροδόχου κύστης, καθώς και να καθορίσει τον τρόπο

PINX1

ρυθμίζει τελομερών μέσω της τελομεράσης που εξαρτώνται ή ανεξάρτητους μηχανισμούς.

Πραγματοποιήσαμε αθροιστική ανάλυση των πολλαπλών SNPs. Παρά το γεγονός ότι ανέλυσε SNPs είχαν μεμονωμένα μέτρια επίδραση στον κίνδυνο καρκίνου της ουροδόχου κύστης, βρήκαμε μια ισχυρότερη σωρευτικό αποτέλεσμα. Αυτά τα αποτελέσματα επιβεβαιώνουν την multigenicity του καρκίνου της ουροδόχου κύστης, όπως σημειώνεται σε προηγούμενες μελέτες [30], [31], [32], και τον εντοπισμό των πολλαπλών παραλλαγών κινδύνου θα μπορούσε να βελτιωθεί περαιτέρω η πρόβλεψη κινδύνου. Επίσης, πραγματοποιήσαμε ανάλυση ΚΑΛΑΘΙ να διερευνήσουν τις αλληλεπιδράσεις γονιδίων-γονίδιο υψηλής τάξης μεταξύ των SNPs. Δεδομένου ότι ο καρκίνος της ουροδόχου κύστης είναι μια ασθένεια πολλές παράμετροι, οι αλληλεπιδράσεις μεταξύ των γενετικών παραλλαγών, καθώς και οι περιβαλλοντικοί παράγοντες, όπως το κάπνισμα και η επαγγελματική έκθεση, είναι πιθανό να συμβάλει με μια σωρευτική επίδραση στον κίνδυνο.

Υπάρχουν πολλά δυνατά σημεία αυτής της μελέτης . Το μέγεθος του δείγματος είναι σχετικά μεγάλος για μια μελέτη υποψήφιο γονίδιο. Ο πληθυσμός της μελέτης είναι ομοιογενής με την ελάχιστη σύγχυση της δομής του πληθυσμού. Οι ασθενείς ήταν όλοι ιστολογικά επιβεβαιωμένη. Ο πίνακας SNP είναι ολοκληρωμένη. Υπάρχουν επίσης μερικοί περιορισμοί της παρούσας μελέτης. Χρησιμοποιήσαμε μια ψευδή ρυθμό ανακάλυψης (FDR) με βάση προσέγγιση για την προσαρμογή για πολλαπλές δοκιμές και οι FDR-ρυθμισμένες τιμές P ήταν μεταξύ 0,08 και 0,12 για τις σημαντικές SNPs. Ένα όριο FDR 0,2 προτάθηκε από προηγούμενες μελέτες για τις μελέτες υποψήφιο γονίδιο [33]. Μερικές από τις ενώσεις που είναι πιθανό ευρήματα ευκαιρία. Τα μελλοντικά εξωτερικά επικυρώσεις σε ανεξάρτητες μελέτες δικαιολογείται να επιβεβαιωθούν τα αποτελέσματα των μελετών μας. Επιπλέον, η ανάλυση ΚΑΛΑΘΙ ήταν διερευνητική και τα αποτελέσματα πρέπει να ερμηνεύονται με προσοχή. Παρ ‘όλα αυτά, η μελέτη μας υποδηλώνει σαφώς ότι οι γενετικές παραλλαγές στα γονίδια διατήρηση των τελομερών διαμορφώνουν τον κίνδυνο καρκίνου της ουροδόχου κύστης μεμονωμένα και από κοινού.

Υλικά και Μέθοδοι

Ηθική Δήλωση

Όλοι οι ασθενείς που υπέγραψε γραπτή ενημέρωσε συγκατάθεση και η μελέτη αυτή έχει ελεγχθεί και εγκριθεί από τις Institutional Review Boards (IRB) του MD Anderson Cancer Center, Baylor College of Medicine, και Kelsey-Seybold Clinic.

πληθυσμός μελέτης και της συλλογής δεδομένων

Η μελέτη περιελάμβανε ασθενείς με καρκίνο της ουροδόχου κύστης οι οποίοι είχαν προσληφθεί από το Πανεπιστήμιο του Τέξας MD Anderson Κέντρο καρκίνου και Baylor College of Medicine, πρόσληψης αρχής γενομένης από το 1999. οι περιπτώσεις ήταν όλοι ιστοπαθολογικά επιβεβαιωθεί και είχαν λάβει προηγουμένως θεραπεία για Χημειοθεραπείας ή ακτινοθεραπεία πριν από την πρόσληψη. Δεν υπήρχαν περιορισμοί των προσλήψεων με την ηλικία, το φύλο, ή το στάδιο. άτομα ελέγχου είχαν προσληφθεί από Kelsey Seybold, το μεγαλύτερο ιδιωτικό multispecialty ομάδα ιατρού στο Χιούστον. Ήταν υγιή άτομα χωρίς προηγούμενο ιστορικό καρκίνου, εκτός από τον καρκίνο του δέρματος πλην του μελανώματος, και αντιστοιχήθηκαν σε περιπτώσεις ασθενών ανά ηλικία (± 5 έτη), το φύλο, και την εθνικότητα. Λεπτομερή στοιχεία ερωτηματολόγιο συμπεριλαμβανομένων δημογραφικά στοιχεία, το οικογενειακό ιστορικό, το κάπνισμα, η κατανάλωση αλκοόλ, το επαγγελματικό ιστορικό, και το ιατρικό ιστορικό συλλέχθηκαν από όλα τα άτομα μέσα από την προσωπική συνέντευξη. Τα άτομα που κάπνιζαν λιγότερο από 100 τσιγάρα στη διάρκεια της ζωής τους, ορίστηκαν ως μη καπνιστές, άτομα που είχαν καπνίσει τουλάχιστον 100 τσιγάρα στη διάρκεια της ζωής τους, αλλά είχαν κόψει πάνω από 12 μήνες πριν από τη διάγνωση (περιπτώσεις) ή συνέντευξη (έλεγχοι) ορίστηκαν ως πρώην καπνιστές και τα άτομα που είχαν σήμερα το κάπνισμα ή που είχαν σταματήσει & lt? 1 χρόνια πριν ορίστηκαν ως νυν καπνιστές. Πρώην και νυν καπνιστές ορίστηκαν ποτέ καπνιστές. Τα ποσοστά ανταπόκρισης για τις περιπτώσεις και τους ελέγχους ήταν 92% και 76,7%, αντίστοιχα. Λόγω 90,6% του πληθυσμού των ασθενών ήταν Καυκάσιοι, συμπεριλάβαμε μόνο Καυκάσιους σε αυτή τη μελέτη.

επιλογή SNP γονοτυποποίηση και

Έχουμε επιλέξει 10 από τα πιο σημαντικά γονίδια που κωδικοποιούν πρωτεΐνες που εμπλέκονται στη συντήρηση των τελομερών, συμπεριλαμβανομένης της τελομεράσης, shelterin πρωτεΐνες, και πολλά που σχετίζονται πρωτεΐνες των τελομερών, με βάση την εξόρυξη λογοτεχνία. Tagging SNPs επιλέχθηκαν από τον αλγόριθμο του λογισμικού ενδοχείαση LDSelect (https://droog.gs.washington.edu/ldSelect.pl) (r

2 & lt? 0,8, MAF & gt? 0,05) εντός 10 kb ανοδικά της 5 ‘μη μεταφραζόμενη περιοχή (UTR) και 10 kb προς τα κάτω του 3 ‘UTR του κάθε γονιδίου. Έχουμε περιλαμβάνονται επίσης όλα τα επιβεβαιωμένα κωδικοποίησης SNPs στη βάση δεδομένων dbSNP (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/). Ο τελικός αριθμός των SNPs για κάθε περιοχή του γονιδίου είχε ως εξής:

PINX1

, 27? POT1, 8? PIP1, 1?

TEP1

, 42? Trf2, 2? TRF2IP, 2? TERT, 12? TNKS, 21? TNKS1BP1, 5? και TNKS2, 6. Γονιδιωματικό DNA απομονώθηκε από περιφερικού αίματος χρησιμοποιώντας το QIAamp DNA Blood Maxi Kit (Qiagen) σύμφωνα με το πρωτόκολλο του κατασκευαστή. Γονοτυπική έγινε χρησιμοποιώντας iselect έθιμο SNP πλατφόρμα σειρά Illumina του σύμφωνα με το πρωτόκολλο δοκιμασίας Infinium ΙΙ του κατασκευαστή (Illumina). δεδομένα προσδιορισμό του γονότυπου στη συνέχεια αναλύονται και εξάγονται χρησιμοποιώντας λογισμικό BeadStudio (Illumina). Το μέσο ποσοστό πρόσκληση για τη συστοιχία SNP ήταν & gt? 99%. Τυχαία επιλεγμένο 2% των δειγμάτων έτρεξαν εις διπλούν και η αντιστοιχία των κλήσεων γονότυπο ήταν & gt? 99,9% για διπλές δείγματα

Η στατιστική ανάλυση

Η στατιστική ανάλυση πραγματοποιήθηκε με τη χρήση STATA 10,0 λογισμικό (Stata Corp. ). χ

2 δοκιμών και ακριβής δοκιμασία του Fisher χρησιμοποιήθηκαν για να συγκρίνουν κατηγορικές μεταβλητές, και

t

δοκιμή Student χρησιμοποιήθηκε για τις συνεχείς μεταβλητές. Καλοσύνη-of-fit χ

2 ανάλυσης χρησιμοποιήθηκε για τη δοκιμή Hardy-Weinberg ισορροπία. Επιδράσεις των SNP στον κίνδυνο καρκίνου της ουροδόχου κύστης υπολογίζεται ως αναλογία πιθανοτήτων (OR) και το 95% διάστημα εμπιστοσύνης (CI). Άνευ όρων πολυπαραγοντική λογιστική παλινδρόμηση διεξήχθη κάτω κυρίαρχη, υπολειπόμενο, και πρόσθετο μοντέλα της κληρονομίας προσαρμογή για την ηλικία, το φύλο και την κατάσταση καπνίσματος, ανάλογα με την περίπτωση. Ποσοστό εσφαλμένης ανακάλυψη (FDR) με βάση τιμή Q υπολογίστηκε για ατομική SNP για την προσαρμογή για πολλαπλές δοκιμές. Χρησιμοποιήσαμε ένα κατώφλι του 0,20 για την τιμή Q, στο παρελθόν προταθεί ως πιο κατάλληλο για τη μέτρια μεγέθους μελέτες με υποψήφιο γονίδιο προσεγγίσεις [33]. Ανάλυση απλότυπου διεξήχθη σε SNPs του

TEP1

γονίδιο

Για το σωρευτικό αποτέλεσμα των πολλαπλών SNPs στον κίνδυνο καρκίνου, SNPs με σημαντική συσχέτιση (τιμή του P για καλύτερη τοποθέτηση μοντέλο & lt? 0,01). ήταν αξιολογούνται. Χρησιμοποιώντας το θέμα ομάδα χωρίς δυσμενείς γονότυπους ως αναφορά, ΕΑΠ και εμπιστοσύνης επιπέδου 95% υπολογίστηκαν για τις άλλες ομάδες που χρησιμοποιούν την άνευ όρων πολυπαραγοντική λογιστική παλινδρόμηση προσαρμογή για την ηλικία, το φύλο, το κάπνισμα και το πακέτο χρόνια. Δυσμενής γονότυπων ήταν υπο-κατηγοριοποιούνται σε 3 ομάδες (χαμηλής, μέσης και υψηλής επικινδυνότητας) ανάλογα με τον αριθμό των δυσμενών γονότυπους. Η ομάδα αναφοράς ήταν μία χωρίς δυσμενείς γονότυπους. Υψηλής τάξης των αλληλεπιδράσεων γονιδίων-γονιδίου είχαν διερευνηθεί μέσω Κατηγοριοποίηση και Παλινδρόμηση Δέντρο (CART) ανάλυση, πραγματοποιείται με τη χρήση HelixTree Γενετική Λογισμικό Ανάλυσης (v. 4.1.0, το Golden Helix). Εν συντομία, CART χρησιμοποιεί αναδρομικές διαμέρισης για να δημιουργήσετε ένα δέντρο απόφασης που επιτρέπει την αναγνώριση των διαφορετικών συνδυασμών των μεταβλητών σε διάφορα επίπεδα κινδύνου. Ανάλυση ξεκινά με τον κόμβο ρίζας με όλες τις περιπτώσεις και τους ελέγχους, καθορίζει τη βέλτιστη διάσπαση, δηλαδή μικρότερη τιμή P, για καθένα από τα επόμενα κόμβο, με πληθώρα προσαρμοσμένων τιμών P για τον έλεγχο της ανάπτυξης των δένδρων (p & lt? 0,05). Η διαδικασία συνεχίζεται μέχρι τερματικοί κόμβοι δεν έχουν καμία στατιστικά σημαντική διάσπαση ή φτάνουν ένα προκαθορισμένο ελάχιστο μέγεθος. ΕΑΠ και το 95% ΚΠ για κάθε τερματικό κόμβο υπολογίστηκαν με τη χρήση της λογιστικής παλινδρόμησης. Ρ value≤0.05 θεωρήθηκε το όριο για την σημασία σε αυτή τη μελέτη? Όλες οι στατιστικές αναλύσεις δύο όψεων.