Αφηρημένο

Οι γενετικές τεχνολογίες, συμπεριλαμβανομένων microarrays και αλληλουχίας επόμενης γενιάς επέτρεψαν τη δημιουργία της μοριακής υπογραφής του καρκίνου του προστάτη. Κατάλογοι των διαφορικά εκφραζόμενων γονιδίων μεταξύ κακοήθεις και μη κακοήθεις καταστάσεις πιστεύεται ότι είναι γόνιμο πηγές υποτιθέμενων βιοδεικτών του καρκίνου του προστάτη. Ωστόσο τέτοιοι κατάλογοι των διαφορικά εκφρασμένων γονιδίων μπορεί να είναι εξαιρετικά μεταβλητή για πολλούς λόγους. Ως εκ τούτου, κοιτάζοντας διαφορική έκφραση στο πλαίσιο των συνόλων γονιδίων και μονοπατιών έχει πιο ισχυρή. Χρησιμοποιώντας τα δεδομένα αλληλουχίας του γονιδιώματος επόμενης γενιάς από τον καρκίνο Genome Atlas, διαφορική γονιδιακή έκφραση μεταξύ ηλικία και stage- συμφωνημένα ανθρώπινους όγκους του προστάτη και μη κακοήθεις δειγμάτων αξιολογήθηκε και χρησιμοποιείται για να δημιουργήσει ένα μονοπάτι υπογραφή του καρκίνου του προστάτη. Πάνω και κάτω-ρυθμιζόμενα γονίδια είχαν ανατεθεί σε μονοπάτια που αποτελείται από επιμελημένες ομάδες σχετικών γονιδίων από πολλαπλές βάσεις δεδομένων. Η σημασία αυτών των οδών στη συνέχεια αξιολογήθηκε σύμφωνα με τον αριθμό των διαφορικά εκφραζόμενων γονιδίων που βρίσκονται στο μονοπάτι και τη θέση τους εντός της οδού χρησιμοποιώντας Gene Set Εμπλουτισμός Ανάλυση και ανάλυση επιπτώσεων μονοπάτι σηματοδότησης. Το «αυξητικός παράγοντας μεταμόρφωσης-β σηματοδότηση» και «Ran ρύθμιση της μιτωτικής ατράκτου σχηματισμού» οδοί έντονα σχετίζεται με τον καρκίνο του προστάτη. Αρκετές άλλες σημαντικές οδούς επιβεβαιώνουν αναφερθεί ευρήματα από δεδομένα μικροσυστοιχιών που δείχνουν ακτίνης ρύθμιση κυτταροσκελετού, του κυτταρικού κύκλου, ενεργοποιείται από μιτογόνο σηματοδότηση πρωτεϊνικής κινάσης, και σηματοδότηση ασβέστιο είναι επίσης μεταβάλλονται σε καρκίνο του προστάτη. Έτσι έχουμε αποδείξει σκοπιμότητα της ανάλυσης μονοπατιού και προσδιόρισε μια underexplored περιοχή (Ran) για την έρευνα στην παθογένεση του καρκίνου του προστάτη

Παράθεση:. Myers JS, von Lersner AK, Robbins CJ, Sang Q-XA (2015) διαφορικά εκφρασμένων γονίδια και Διαδρομές Υπογραφή του ανθρώπινου καρκίνου του προστάτη. PLoS ONE 10 (12): e0145322. doi: 10.1371 /journal.pone.0145322

Επιμέλεια: Jian Cao, Stony Brook University, Ηνωμένες Πολιτείες