Αφηρημένο

Η ανάπτυξη των αντιστάσεων με τα συμβατικά αντικαρκινικά φάρμακα θέτει σε κίνδυνο την αποτελεσματικότητα του καρκίνου θεραπείες. Στην περίπτωση του DNA στόχευσης χημειοθεραπευτικών παραγόντων, τα καρκινικά κύτταρα μπορεί να εμφανίσει ανοχή στις βλάβες του DNA που προκαλείται από φάρμακα και /ή ενισχυμένη επιδιόρθωση του DNA. Ωστόσο, ο ρόλος της απόκρισης DNA βλάβη (DDR) και την επιδιόρθωση του DNA σε αυτό το χημειοαντίσταση έχει ακόμη οριστεί. Να παρέχει γνώσεις σε αυτό το απαιτητικό τομέα, αναλύσαμε την υπογραφή επιδιόρθωσης του DNA των κυτταρικών σειρών 7 καρκίνου αντιμετωπίζονται από 5 κυτταροτοξικά φάρμακα χρησιμοποιώντας ένα πρόσφατα αναπτύχθηκε πολυπλεξίας λειτουργική δοκιμασία επιδιόρθωσης του DNA. Αυτή η ολοκληρωμένη προσέγγιση θεωρείται η πολυπλοκότητα και η απόλυση των διαφόρων μονοπατιών επιδιόρθωσης του DNA. Τα δεδομένα αναλύθηκαν με τη χρήση μεθόδων ομαδοποίησης και στατιστικών ελέγχων. Αυτή η μέθοδος επισκευής προφίλ DNA που ορίζεται σχετικές ομάδες με βάση τις ομοιότητες μεταξύ των διαφόρων φαρμάκων, παρέχοντας έτσι πληροφορίες σχετικά με κυρίαρχη τους μηχανισμό δράσης σε επίπεδο DNA. Ομοίως, ομοιότητες μεταξύ διαφορετικών κυτταρικών γραμμών πιθανώς προσδιορίζονται ταυτόσημες λειτουργικές DDR παρά το υψηλό επίπεδο γενετικής ετερογένειας μεταξύ των κυτταρικών σειρών. Η στρατηγική μας έχει ρίξει νέο φως σχετικά με τη συμβολή των ειδικών επισκευής υπο-μονοπάτια για τα ναρκωτικά που προκαλείται κυτταροτοξικότητα. Αν και οι περισσότερες μοριακές χαρακτηρισμούς που απαιτούνται για να διαλευκάνουν πλήρως τους μηχανισμούς που διέπουν τα ευρήματά μας, η προσέγγισή μας αποδείχθηκε ότι είναι πολύ ελπιδοφόρα για να ανακρίνουν την πολυπλοκότητα της απάντησης επιδιόρθωσης του DNA. Πράγματι, θα μπορούσε να χρησιμοποιηθεί για την πρόβλεψη της αποτελεσματικότητας ενός δεδομένου φαρμάκου και την χημειοευαισθησία των μεμονωμένων ασθενών, και έτσι να επιλέξει την κατάλληλη θεραπεία για την εξατομικευμένη φροντίδα του καρκίνου

Παράθεση:. Forestier Α, Sarrazy F, Caillat S, Vandenbrouck Υ, Sauvaigo S (2012) Επισκευή Λειτουργική DNA Υπογραφή του Καρκίνου Γραμμές κυττάρων που εκτίθενται σε μια σειρά από κυτταροτοξικά αντικαρκινικά τα ναρκωτικά Χρησιμοποιώντας ένα Πολυπλεκτικά ενζυματική Επισκευή Δοκιμασία για Biochip. PLoS ONE 7 (12): e51754. doi: 10.1371 /journal.pone.0051754

Επιμέλεια: Αμπντελιλάχ Aboussekhra, βασιλιά Faisal Specialist Νοσοκομείο & amp? Κέντρο Ερευνών, η Σαουδική Αραβία

Ελήφθη: 24 του Ιούλη του 2012? Αποδεκτές: 5, Νοέμβρη του 2012? Δημοσιεύθηκε: 31 Δεκεμβρίου 2012 |

Copyright: © 2012 Forestier et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Οι συγγραφείς ευχαριστήσω τους Τεχνολογίες εγκάρσιου προγράμματος CEA για την Υγεία για την υποστήριξη, καθώς και Gravit για την οικονομική συνοδεία του. Η εργασία αυτή υποστηρίζεται επίσης εν μέρει από την Ευρωπαϊκή Επιτροπή (Συμβόλαιο LSHB-CT-2006-037575) – έργο «Comet προσδιορισμό και την κυτταρική σειρά για γρήγορη και αποτελεσματική δοκιμών γονοτοξικότητας» (κόμικς). Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

Παρά ενεργά την έρευνα και την ανάπτυξη του στόχου-ειδικών θεραπειών, η ανθεκτικότητα στους συνήθεις κυτταροτοξικά φάρμακα εξακολουθεί να αποτελεί πρόκληση στη θεραπεία του καρκίνου. Πολλά συμβατικά αντικαρκινικά φάρμακα, όπως παράγοντες αλκυλίωσης, αντιμεταβολίτες και αναστολείς τοποϊσομεράσης επάγουν βλάβες του DNA, ως μέρος της κυτταροτοξικής τους αποτέλεσμα. Ένας σημαντικός παράγοντας που επηρεάζει την κυτταροτοξική δράση αυτών των φαρμάκων είναι η ικανότητα των καρκινικών κυττάρων να αισθάνονται μια ποικιλία από βλάβες του DNA και προκαλεί μία συντονισμένη αντίδραση συμπεριλαμβανομένης της ενεργοποίησης της μεταγραφής, διακοπή του κυτταρικού κύκλου, απόπτωση και των διεργασιών επιδιόρθωσης του DNA [1], [2] . Αυτή η παγκόσμια απόκριση βλάβη του DNA (DDR) μπορεί να οδηγήσει σε ανοχή στις βλάβες του DNA που προκαλείται από φάρμακα ή σε αυξημένη επισκευή [3], [4], αποτρέποντας μια ιδανική έκβαση για ασθενείς μετά από χημειοθεραπεία. Η κρίσιμη σημασία του ΑΑΕ αποδεικνύεται από την ύπαρξη μεταλλάξεων στο ρ53, K-RAS, μονοπάτια PIK3CA σχετίζονται με την αντίσταση στη θεραπεία [5], [6]. μηχανισμοί επιδιόρθωσης του DNA είναι ένα βασικό συστατικό της DDR, που αντιπροσωπεύει μια σειρά από εξαιρετικά οργανωμένες πορείες που έχουν αναπτυχθεί για την αντιμετώπιση διαφόρων τύπων των βλαβών του DNA [7] – [9]. Επισκευή βάσης /τροποποιήσεις ζάχαρη – εκτός από τα διαλείμματα σκέλος – βασίζεται σε μηχανισμούς εκτομής /σύνθεσης. Βάση επιδιόρθωσης εκτομής (BER) μπορεί να ασχοληθεί με τις μικρές κατεστραμμένα βάσεις και αβασικές θέσεις [10], ενώ νουκλεοτίδιο επιδιόρθωση εκτομής (NER) χειρίζεται βλάβες έλικα που στρεβλώνουν [11]. Πρόσφατα, επισκευή νουκλεοτιδίων τομή (NIR) έχει περιγραφεί ως εναλλακτική λύση τόσο ΚΑΚ και NER [12]. Μερικές πρωτεΐνες έχουν επικαλυπτόμενες λειτουργίες εντός και μεταξύ των οδών ΚΑΚ και NER [13] και οι πρωτεΐνες που αποδίδονται σε ένα μονοπάτι μπορεί να αλληλεπιδρά με τις πρωτεΐνες από τις άλλες οδούς [14] – [16]. Τέλος, διασταυρώσεις μεταξύ των κλάδων (ICLs) επισκευάζονται μέσω πολλαπλών μηχανισμών, είτε ανασυνδυασμό-εξαρτώμενα ή ανασυνδυασμό-ανεξάρτητο, με πιθανή συνεργασία των πρωτεϊνών από NER και αναντιστοιχία επισκευή (MMR) οδών [17], [18].

πρωτεϊνών που ανήκουν σε αυτές τις οδούς επιδιόρθωσης του DNA και στη σηματοδότηση βλάβης του DNA /έχουν τάξεις μορφοτροπείς έχουν ταυτοποιηθεί ως πιθανοί θεραπευτικοί στόχοι [19], [20]. Όγκου-ειδικά ελαττώματα παράγοντες DDR, όπως BRCA1 /BRCA2, p53, ATM, τώρα αξιοποιηθεί για την ανάπτυξη νέων θεραπειών ειδικά [19]. Λαμβάνοντας υπόψη το ρόλο της DDR και τις διάφορες οδούς επιδιόρθωσης του DNA στην αντίσταση, μια καλύτερη κατανόηση των μηχανισμών που προκαλούνται από την άμεση ή έμμεση DNA στόχευσης χημειοθεραπευτικών φαρμάκων είναι σημαντική καθώς θα βοηθήσει να προβλέψουμε την αποτελεσματικότητα των φαρμάκων, καθώς και τηςχημειοευαισθησίας των μεμονωμένων ασθενείς.

Οι κυτταρικές σειρές που προέρχονται από ανθρώπινους όγκους αντιπροσωπεύουν πειραματικά μοντέλα καρκίνου που επιτρέπουν καθοριστές χημειοευαισθησία να διερευνηθεί [21], [22]. Πρόσφατα, η γονιδιακή έκφραση προφίλ και άλλες προσεγγίσεις που βασίζονται σε συστοιχία προσδιορίζονται συγκεκριμένα μοτίβα που σχετίζονται με χημειοθεραπευτικούς ευαισθησία [23], [24]. Αυτές οι παγκόσμιες στρατηγικές αποκάλυψε επίσης ορισμένες πτυχές των μηχανισμών της δράσης του φαρμάκου [25]. Υπο-ταξινόμηση των καρκίνων, σύμφωνα με αυτά τα νέα δεδομένα μεγάλης κλίμακας είναι τώρα μια έντονα αναδυόμενη έννοια που δημιουργεί την ελπίδα να βρουν πιο κατάλληλη φάρμακα για προσαρμοσμένες θεραπείες [26].

Ένας σημαντικός περιορισμός που έχει εμποδίσει την κατανόηση του ρόλου των μηχανισμών επιδιόρθωσης του DNA είναι η πολυπλοκότητα των μονοπατιών επιδιόρθωσης του DNA. Μέχρι τώρα, επιχειρεί να προσδιορίσει το ρόλο της επιδιόρθωσης του DNA διερευνηθεί μία πρωτεΐνη επισκευής σε έναν χρόνο [27], [28], η οποία παραμένει περιορισμένης ισχύος. Είναι πλέον προφανές, όπως δήλωσε ο Sander και Van Houten [29], ότι η επιδιόρθωση του DNA πρέπει να εισέλθουν στην βιολογία του δικτύου και της πρωτεΐνης interactome ηλικία. Πράγματι, η απάντηση επισκευής ρυθμίζεται μέσω της προσαρμοστικής και συντονισμένων μηχανισμών συμπεριλαμβανομένων των πρωτεϊνών μετα-μεταφραστικές τροποποιήσεις και οι μετατοπίσεις [30], [31]. Κατά συνέπεια, μια ολοκληρωμένη λειτουργική προσέγγιση φαίνεται να είναι πιο κατάλληλη από transcriptomic ή γονιδιωματικής προσεγγίσεις για την ανάλυση της αποτελεσματικής απόδοσης επιδιόρθωσης του DNA σε απάντηση σε χημειοθεραπευτικά φάρμακα.

Στην παρούσα μελέτη, χρησιμοποιήσαμε ένα ειδικό πολυπλεξίας ενζυματική δοκιμασία επιδιόρθωσης του DNA για βιοτσίπ να διερευνήσει ταυτόχρονα πολλά μονοπάτια επιδιόρθωσης. Η σημασία και τα πλεονεκτήματα αυτής της ιδέας έχουν καταδειχθεί σε γήρανση μελέτες και σε μια έρευνα για τις συνέπειες του ήλιου ΦΩΤΟΕΚΘΕΣΗ χρησιμοποιώντας δείγματα ανθρώπινων κυττάρων του δέρματος [32] – [34]. Εκτιμήσαμε τις υπογραφές επιδιόρθωσης του DNA ενός πάνελ της 7 καρκινικές κυτταρικές σειρές που προέρχονται από 4 τύπους όγκων, αντιμετωπίζονται από 5 κυτταροτοξικά αντικαρκινικά φάρμακα. Ειδικότερα, οι δραστηριότητες εκτομή /επισκευής σύνθεση που ανήκουν στην ΚΑΚ, NER, NIR, και εν μέρει ICLs επισκευή ήταν ποσοτικά. Μια αυστηρή στρατηγική μας επέτρεψε να παρουσιάσουμε ένα νέο αποτελεσματικό τρόπο ταξινόμησης των καρκινικών κυττάρων μοντέλο απαντήσεις στα χημειοθεραπευτικά φάρμακα. Έδωσε νέες ενδείξεις σχετικά με το μηχανισμό δράσης των κυτταροτοξικών φαρμάκων, από την ικανότητα των κυτταρικών γραμμών να ανταποκριθεί και σχετικά με την πιθανή εμπλοκή των ειδικών δραστηριοτήτων επισκευής χημειοαντίσταση. αρχική προσέγγιση μας είναι μια ενδιαφέρουσα λειτουργικό συμπλήρωμα στρατηγικές μοριακής φαρμακολογίας για να κατανοήσουν την DDR και θα μπορούσε να αποδειχθεί ιδιαίτερα αποτελεσματική ως μέρος της επιλογής του σωστού θεραπεία για βελτιστοποιημένη φροντίδα των ασθενών με καρκίνο.

Υλικά και Μέθοδοι

κυτταρική καλλιέργεια

Επτά καρκινικές κυτταρικές γραμμές αντιπροσωπευτικές των διαφορετικών τόπων καρκίνο επιλέχθηκαν και παρέχονται από Oncodesign (Γαλλία). HCC-1937 και MCF-7 (κυτταρική σειρά καρκίνου του μαστού), OVCAR-8 /ADR (καρκινικών κυττάρων των ωοθηκών γραμμή, αρχικά αναγνωριστούν λανθασμένα ως MCF-7 /ADR [35] (Oncodesign)), HCT-15 και HCT-116 (κόλον καρκινικές κυτταρικές σειρές), RPMI 8226 (μυέλωμα), Τ24 (κύστη καρκινική κυτταρική γραμμή). Όλες οι κυτταρικές σειρές καλλιεργήθηκαν σε RPMI-1640 που περιέχει 2 mM L-γλουταμίνη και συμπληρωμένο με 10% ορό εμβρύου μόσχου (Lonza) στους 37 ° C σε CO

2 επωαστή (5%). κυτταρικής καλλιέργειας, κύτταρα θεραπείες και μελέτες τοξικότητας εκτελέστηκαν από Oncodesign.

δοκιμασία χημειοευαισθησία

ευαισθησία των κυτταρικών σειρών σε 5 αντικαρκινικά φάρμακα (σισπλατίνη (CDDP (Sigma), οξαλιπλατίνη (OHP (Eloxatine®, DebioPharm)), αδριαμυκίνη (ADR (δοξορουβικίνη, Sanofi Aventis)), 5-φθορο-ουρακίλη (5-FU (Sigma)), και την καρμουστίνη (BCNU (Sigma)) εκτιμήθηκε με MTS (3- (4,5-διμεθυλθειαζολ -2-υλ) -5- (3-καρβοξυμεθοξυ φαινυλ) -2- (4-σουλφοφαινυλ) -2Η-τετραζόλιο), Promega δοκιμασία). Η απορρόφηση μετρήθηκε στα 490 nm χρησιμοποιώντας Victor 3 ™ 1420 multi-επισημασμένου μετρητή ( Wallac, PerkinElmer) (βλέπε μεθόδους S1).

Οι μηχανισμοί δράσης των φαρμάκων που αναφέρονται ως Συμπληρωματικές πληροφορίες, Πίνακας S1. Η συγκέντρωση του φαρμάκου οδηγεί σε θνησιμότητα 20% υπολογίστηκε (IC20) και παρέχεται σε.

Θεραπείες και παρασκευή πυρηνικών εκχυλισμάτων κυττάρων

κάθε κυτταρική γραμμή, απλώνονται σε 75 cm

2 φιάλη (Nunc), υποβλήθηκε σε επεξεργασία κατά την IC20 με κάθε μία από τις 5 δοκιμαστικών ουσιών. Μία φιάλη ελέγχου για κάθε κυτταρική γραμμή παρασκευάστηκε επίσης παράλληλα. Μετά από 48 ώρες από θεραπείες, τα κύτταρα τρυψινοποιήθηκαν, απαριθμήθηκαν και σφαιροποιήθηκαν με φυγοκέντρηση στα 550 g για 10 λεπτά. Τα ιζήματα εναιωρήθηκαν σε μέσο RPMI-1640 συμπληρωμένο με 10% FCS και 10% DMSO και καταψύχθηκαν στους -80 ° C μέχρι την παρασκευή των κυτταρικών εκχυλισμάτων. Περίπου 3 10

6 κύτταρα ήταν διαθέσιμα ανά σφαιρίδιο.

κυττάρων πυρηνικά εκχυλίσματα παρασκευάσθηκαν όπως έχει ήδη περιγραφεί [32], [36]. Τυπική περιεκτικότητα σε πρωτεΐνη ήταν 1 mg /mL.

Τροποποιημένο πλασμίδιο μικροσυστοιχιών

Το τροποποιημένο πλασμίδιο μικροσυστοιχιών έχει περιγραφεί αλλού [33], [36] και παρουσιάζεται ως Υποστήριξη Πληροφοριών (Μέθοδοι S1). αντίδραση /σύνθεση

DNA εκτομή /σύνθεση αντίδραση

εκτομή διεξήχθη επί των τροποποιημένων συστοιχίες πλασμίδιο όπως περιγράφεται στο [33] σε μία τελική συγκέντρωση πρωτεΐνης 0,2 mg /ml για όλα τα δείγματα (βλέπε μεθόδους S1 για πειραματικές συνθήκες). Κάθε διαφάνεια περιελάμβανε 12 πανομοιότυπα συστοιχίες τροποποιημένο πλασμίδιο: 9 συστοιχίες χρησιμοποιήθηκαν για τις αντιδράσεις επισκευή πραγματοποιήθηκε με τα εκχυλίσματα γραμμή καρκινικών κυττάρων και 3 για αντιδράσεις ελέγχου διεξήχθησαν με συνήθη εμπορική HeLa εκχυλίσματα (HeLa_Com? CilBiotech). Κάθε απόσπασμα γραμμή καρκινικών κυττάρων ελέγχθηκε εις διπλούν (τεχνική επαναλήψεις).

Δύο ανεξάρτητες ομάδες αντιδράσεων επισκευής (που ονομάζεται Set_1 και Set_2) πραγματοποιήθηκαν σε δισκία των κυττάρων που λαμβάνονται ανεξάρτητα και παρασκευάζεται από αρκετούς μήνες χώρια. Έτσι, η ανάλυση πραγματοποιήθηκε σε δεδομένα που προέρχονται από δύο ανεξάρτητες μελέτες (δύο πειραματικών αντιγράφων).

σάρωσης μικροσυστοιχιών, ποσοτικοποίηση φθορισμού, επεξεργασία δεδομένων και την ομαλοποίηση

Εικόνες αποκτήθηκαν σε μήκος κύματος 635 nm σε 10 μm ανάλυση χρησιμοποιώντας ένα σαρωτή GenePix 4200A (Axon Instrument). Συνολική ένταση τόπου φθορισμού (FI) προσδιορίστηκε με τη χρήση του Pro 5.1 λογισμικό GenePix (Axon Instrument). Μέσα σε κάθε σύνολο αντιδράσεων, εις διπλούν τα δεδομένα που συλλέγονται από τα πειράματα γραμμή καρκινικών κυττάρων ομαλοποιήθηκαν χρησιμοποιώντας το λογισμικό NormalizeIt [36]. Στη συνέχεια, για κάθε δείγμα δοκιμής, προσδιορίσαμε μία τιμή εντάσεως για τα 6 τροποποιημένα πλασμίδια που αντιστοιχεί στο άθροισμα των εντάσεων των αραιώσεων Α, Β και C από την οποία αφαιρέθηκε η τιμή για το CTRL. Αυτή η τιμή αντιστοιχεί στην ένταση του μη τροποποιημένου πλασμιδίου ελέγχου πολλαπλασιασμένο επί 3, για λόγους συνέπειας σε σχέση με το άθροισμα των εντάσεων αραίωσης 3 πλασμίδιο. Ως εκ τούτου, κάθε δείγμα χαρακτηρίζεται από 6 αξίες, που αντιστοιχεί στην επιδιόρθωση των βλαβών του DNA 6 αντιπροσωπεύονται στο βιοτσίπ.

Δεδομένου ότι τα δύο ξεχωριστά πειράματα (Set_1 και Set_2) διεξήχθησαν σε διαφορετικές παρτίδες πλασμίδιο μικροσυστοιχιών σε διαφορετικές ημέρες , έπρεπε να διορθωθεί μεταξύ σετ και μεταξύ των παραλλαγών ημέρα φθορισμού οφείλεται εν μέρει σε αλλαγές στο επίπεδο του όζοντος [37]. Η στρατηγική που χρησιμοποιείται για την επεξεργασία δεδομένων και την ομαλοποίηση παρέχεται ως Υποστήριξη Πληροφοριών (πειραματική εργασία ροής Εικ. S1).

έκφραση Δεδομένων

Η επίδραση της θεραπείας για τις διάφορες δραστηριότητες επισκευής ενζυματική DNA εξετάστηκε μέσω της υπολογισμός του λόγου της FI που ελήφθησαν για κάθε βλάβη και κάθε συνθήκη θεραπείας, μεταξύ αγωγή (Τ) και μη επεξεργασμένων (ΝΤ) δείγματα. Αναλογίες μετατράπηκαν σε log2, έτσι ώστε να τονωθεί και ανέστειλε την επισκευή σε σχέση με μη επεξεργασμένα κύτταρα ήταν επικεντρωμένη στο μηδέν και εμφάνισαν τιμές των αντίθετο πρόσημο. Οι τιμές αυτές αναφέρονται ως log2 (Τ /ΝΤ). Σημειώστε ότι σε Set_2, 4 αντιμετωπίζονται κυτταρικές σειρές (RPMI8226_5-FU, ΗΟΤ-116_ADR, HCT-116_BCNU και MCF7_OHP) παρουσίασε εντάσεις επισκευής όχι σημαντικά πάνω από το υπόβαθρο. Οι αντίστοιχες αναλογίες log2 τέθηκαν στο ελάχιστο από το πλήρες σύνολο δεδομένων (μείον 1)

Δεδομένα ανάλυσης -. Μέθοδοι ομαδοποίησης – Αποτελέσματα οθόνη

Ανεξέλεγκτη ιεραρχική ομαδοποίηση χρησιμοποιήθηκε για να εξερευνήσετε τη δομή του σύνολο δεδομένων, να περιγράψει και να απεικονίσει τη σχέση μεταξύ των διαφόρων θεραπειών και τις διαφορετικές κυτταρικές σειρές. Η ανάλυση πραγματοποιήθηκε χρησιμοποιώντας το περιβάλλον ελεύθερο λογισμικό για στατιστικούς υπολογισμούς και γραφικά, R (https://r-project.org/). Η ιεραρχική μέση αλγόριθμο σύνδεσης ομαδοποίησης είχε τρέξει με δύο διαφορετικά μέτρα ανομοιότητας (1) η Ευκλείδεια απόσταση, η οποία αθροίζει τα προφίλ τόσο με παρόμοια επίπεδα έντασης και συμμεταβολή, (2) η ανομοιότητα συσχέτιση μέτρο (1 – r), όπου r δείχνει τη συσχέτιση Pearson συντελεστή, ο οποίος αθροίζει τα προφίλ με παρόμοια συμμεταβολή ανεξάρτητα από τα επίπεδα έντασή τους. Έτσι, δύο συμπληρωματικές ταξινομήσεις λήφθηκαν ώστε να εξερευνήσουν τα δεδομένα με διαφορετικό τρόπο, μια εξέταση τόσο από κοινού ρύθμιση των οδών επισκευής και το επίπεδο της έντασης και το άλλο θεωρώντας μόνο από κοινού ρύθμιση των οδών επισκευής ανεξάρτητα από το επίπεδο έντασης (βλέπε μεθόδους S1).

Διερεύνηση της σχέσης μεταξύ της απόκρισης επισκευής του DNA (DNA-Rep-Res) και χημειοευαισθησία

για να διερευνήσει τη σχέση μεταξύ της IC20 που λαμβάνονται για κάθε φάρμακο και το DNA-Rep-Res, πραγματοποιήσαμε χωρίς επίβλεψη ιεραρχική ομαδοποίηση χρησιμοποιώντας η Ευκλείδεια μέτρο ανομοιότητας και μέθοδο του μέσου σύνδεσης οικισμού. IC20 επιλέχθηκε ως, σε αυτό το ήπιο επίπεδο τοξικότητας, τα κύτταρα αναμένεται να είναι σε θέση να προκαλέσει μια συγκεκριμένη DDR, παρέχοντας υπογραφές έκθεση στο φάρμακο-ειδική. Η μέση log2 (T /ΝΤ) FI των 2 σετ πειραμάτων για κάθε ένωση αλλοίωση-αγωγή σχεδιάστηκε έναντι του log10 (IC20) της αντίστοιχης θεραπείας. Οι τιμές κατά μήκος κάθε άξονα τυποποιήθηκαν σε κάθε σειρά κυτταρική γραμμή (μέσος όρος = 0 και τυπική απόκλιση = 1). Ο βέλτιστος αριθμός των clusters προσδιορίστηκε με την κοπή των δενδρογράμματα ταμπλό στο σημείο κριτήρια οικισμό καμπής (Εικ. S2). Τα χωρίσματα της θεραπείας-αλλοιώσεις που λαμβάνονται για κάθε κυτταρική σειρά ως συνάρτηση του IC20 θα μπορούσε εύκολα να οπτικοποιούνται σε δισδιάστατη χρωματιστά διαγράμματα.

Στατιστική δοκιμές για την αξιολόγηση του βαθμού της ομοιότητας

Εμείς χρησιμοποιείται η » pvclust «πακέτο R, για να αξιολογήσει την αβεβαιότητα στην ιεραρχική ανάλυση συστάδων (https://www.is.titech.ac.jp/~shimo/prog/pvclust/). Συστάδες με ΑΕ

P

τιμή & gt? 95% θεωρήθηκαν σημαντικές (βλέπε μεθόδους S1 για λεπτομέρειες)

Αποτελέσματα

ευαισθησία των κυτταρικών σειρών σε αντικαρκινικά φάρμακα: ταξινόμηση σύμφωνα με IC20. (Εικ. 1)

Θα ήθελε να προκαλέσει βλάβη στο DNA χωρίς να προκαλεί υπερβολική απόπτωση ή νέκρωση στις κυτταρικές σειρές 7 δοκιμάζεται, όπως αποπτωτικών και νεκρωτικών κυττάρων περιέχουν υψηλά επίπεδα νουκλεασών. Αυτές οι νουκλεάσες θα επηρεάσει προς τα κάτω την ανάλυσή μας. IC50 χρησιμοποιείται συνήθως σε φαρμακευτικές μελέτες για τη δοκιμή ενώσεις και η τοξικότητά τους προς κύτταρα, αλλά προτιμήσαμε να χρησιμοποιήσει μια ηπιότερη επίπεδο τοξικότητας, IC20, έτσι ώστε να προκαλέσει μια απόκριση από τα κύτταρα χωρίς να προκαλεί υπερβολικό κυτταρικό θάνατο. Τα 7 κυτταρικές σειρές και οι 5 θεραπείες ομαδοποιήθηκαν σύμφωνα με log10 (IC20) χρησιμοποιώντας το Ευκλείδειο μέτρο ανομοιότητας. Στην πρώτη διάσταση, οι κυτταρικές σειρές ήταν συγκεντρωμένα με ομοιότητα του log10 (IC20) το προφίλ τους σε όλη την 5 θεραπείες. Στη δεύτερη διάσταση, οι θεραπείες συνενώθηκαν με ομοιότητα του log10 (IC20) το προφίλ τους σε όλη την κυτταρικές γραμμές 7. Στη χρωματική κωδικοποίηση δικτύου, έχουν κυτταρικές σειρές και θεραπείες εισηγμένη στις δύο διαστάσεις, και κάθε μπλοκ πλέγματος δείχνει την αξία log10 (IC20) για κάθε κυτταρική σειρά και θεραπεία. Φωτεινότητα του χρώματος συσχετίζεται με log10 (IC20), με κόκκινο για υψηλότερα IC20 και πράσινο για χαμηλότερο IC20 (Εικ. 1Α). Οι κυτταρικές σειρές χωρίστηκαν σε δύο συστάδες που αντιπροσωπεύεται από τους δύο κύριους κλάδους δενδρόγραμμα: MCF7 και OVCAR-8 /ADR στη μια πλευρά με μια πολύ χαμηλή IC20 για 5-FU και πολύ υψηλό για τις άλλες θεραπείες (εκτός BCNU για OVCAR-8 /ADR και ADR για MCF7). Από την άλλη πλευρά, οι άλλες κυτταρικές σειρές ομαδοποιούνται, με μια υψηλότερη IC20 για BCNU ό, τι για τις άλλες θεραπείες, όλα από τα οποία είχαν ένα ενδιάμεσο IC20. Μέσα σε αυτό το σύμπλεγμα, ΗΟΤ-116 ήταν σημαντικά πιο κοντά στο HCT-15, που δείχνει μια παρόμοια ευαισθησία των δύο καρκίνου του παχέος εντέρου κυτταρικές σειρές για τις διάφορες θεραπείες (Εικ. 1Β). Οι θεραπείες θα μπορούσαν να διαιρεθούν σε 3 διαφορετικές ομάδες: από τη μία πλευρά, CDDP, ADR και ΟΗΡ ομαδοποιήθηκαν μαζί, με IC20 για MCF7 και OVCAR-8 /ADR υψηλότερη από τις άλλες κυτταρικές σειρές. 5-FU ήταν σε αντίθεση με αυτή την ομάδα, με IC20 για MCF7 και OVCAR-8 /ADR πολύ χαμηλότερη από ό, τι για τις άλλες κυτταρικές σειρές. Τέλος, BCNU είχε χαρακτηριστεί χωριστά, με μια πολύ υψηλότερη IC20 για κάθε κυτταρική γραμμή εκτός OVCAR-8 /ADR (Εικ. 1 C).

Με βάση την log10 (IC20), την ομαδοποίηση χρησιμοποίησε την Ευκλείδεια μέτρο ανομοιότητας. Α Θερμότητας χάρτη εκπροσώπηση των clusters. Φωτεινότητα του χρώματος συσχετίζεται με log10 (IC20), με κόκκινο χρώμα για υψηλότερα IC20 και πράσινο για χαμηλότερο IC20. B. Οι κυτταρικές σειρές δενδρόγραμμα με τιμές συστάδες σημασία. Γ Θεραπείες δενδρόγραμμα με τιμές συστάδες σημασία.

P

-τιμές (AU (περίπου αμερόληπτη) σε κόκκινο και ΒΡ

Οι τιμές P

(Bootstrap πιθανότητα) σε πράσινο αναφερθεί στις δενδρογράμματα.

Η

Επισκευή DNA προφίλ απάντηση: (Εικ. 2) ταξινόμηση των κυτταρικών σειρών σύμφωνα με την επίδραση της θεραπείας για τις δραστηριότητες επιδιόρθωσης του DNA

Χρησιμοποιήσαμε το πλήρες σύνολο δεδομένων (log2 (Τ /ΝΤ) τιμές από Set_1 και Set_2) για να συμπλέγματος το DNA-Rep-Res (εκπροσωπείται από την επισκευή των 6 βλαβών) και να πάρετε μια γενική εικόνα των ομοιοτήτων μεταξύ των κυτταρικών σειρών και θεραπείες. Είναι σημαντικό, αυτό μας επέτρεψε επίσης να αξιολογηθεί η συνοχή μεταξύ των δύο ανεξάρτητα σύνολα πειραμάτων.

Ομαδοποίηση με μέτρο ανομοιότητας συσχέτιση χρησιμοποιήθηκε για την ομάδα των κυτταρικών γραμμών 7 από τα δύο πειράματα και τα 5 θεραπείες με βάση το είδος βλάβης (που αντιστοιχούν σε επισκευή οδού), στις δύο διαστάσεις. στην πρώτη διάσταση, κυτταρικές σειρές σε σύμπλεγμα με ομοιότητα του DNA-Rep-Res τους συμμεταβολή κατά μήκος των 5 θεραπείες που χρησιμοποιούν τους τύπους 6 βλάβης. Στη δεύτερη διάσταση, οι θεραπείες που σχετίζονται με τους 6 τύπους αλλοιώσεων συνενώθηκαν με ομοιότητα του προτύπου συμμεταβολή τους κατά μήκος των κυτταρικών γραμμών 7 από τα δύο πειράματα (Σχ . 2Α). Ο θερμικός χάρτης προσφέρει μια περιεκτική επισκόπηση της ταξινόμησης όπου οι διαφορές μεταξύ των φαινοτύπων θεραπεία που προκαλείται σε σχέση με την ταυτότητα των κυτταρικών σειρών θα μπορούσε να απεικονιστεί εύκολα.

Α. Η θερμικός χάρτης κατασκευάστηκε χρησιμοποιώντας τις log2 μετασχηματίζεται αναλογίες της έντασης φθορισμού που λαμβάνονται για την επισκευή κάθε βλάβης μεταξύ κατεργασμένα και μη κατεργασμένα κυτταρικές γραμμές (log2 (T /NT)). Ιεραρχική αλγόριθμος ομαδοποίησης με μέτρο ανομοιότητας συσχέτιση χρησιμοποιήθηκε για την ομάδα σε μια χρωματική κωδικοποίηση δίκτυο, οι επτά κυτταρικές σειρές από τα δύο πειράματα και οι πέντε θεραπείες με επισκευή τύπο βλάβης, στις δύο διαστάσεις. Στην πρώτη διάσταση, κυτταρικές σειρές ήταν συγκεντρωμένα από την ομοιότητα της επιδιόρθωσης του DNA προφίλ απόκρισης συμμεταβολή τους σε όλη την επίπτωση των πέντε θεραπείες με επιδιόρθωση τύπο βλάβης. Στη δεύτερη διάσταση, οι θεραπείες με επισκευή τύπο βλάβη συνενώθηκαν με ομοιότητα του προτύπου συμμεταβολή τους στις επτά κυτταρικές σειρές από τα δύο πειράματα. Για την αξιολόγηση της συνέπειας μεταξύ των δύο ανεξάρτητων πειραμάτων, Set_1 και Set_2 δεδομένα διαχωρισμένα και αναλύονται ταυτόχρονα (με την ένδειξη _1 και _2 αντίστοιχα). Στη χρωματική κωδικοποίηση δικτύου, τιμές μεγαλύτερες από 0 σκιάζονται με κόκκινο χρώμα υποδεικνύει διέγερση των δραστηριοτήτων επισκευής, ενώ οι τιμές κάτω από το 0 χρωματισμένο με πράσινο χρώμα υποδεικνύει μια αναστολή των δραστηριοτήτων επισκευής, σε σύγκριση με τα κύτταρα NT. Τιμές μεγαλύτερες από 0 ήταν σκιασμένες με κόκκινο χρώμα υποδεικνύει διέγερση της δραστηριότητας επισκευής, ενώ τιμές κάτω από το 0 ήταν σκιασμένο με πράσινο χρώμα δείχνει αναστολή της δραστηριότητας επισκευής. Τιμές γύρω από 0 ήταν χρωματισμένο με μαύρο δείχνει καμία ανιχνευθεί επίδραση. Φωτεινότητα του χρώματος συσχετίστηκε με το μέγεθος της επίδρασης των θεραπειών για τις δραστηριότητες επιδιόρθωσης του DNA. Β δενδρόγραμμα των πέντε θεραπειών με βλάβη επισκευή τύπου με τιμές συστάδες σημασία. C. δενδρόγραμμα από τις επτά κυτταρικές σειρές από τα δύο πειράματα με τιμές συστάδες σημασία. P-τιμές (AU (περίπου αμερόληπτη)

P

αξία σε κόκκινο και BP (Bootstrap Πιθανότητα)

P

αξία σε πράσινο) αναφέρονται στις δενδρογράμματα.

Η

Το δενδρόγραμμα από τις επεξεργασίες με τους τύπους αλλοιώσεων (Εικ. 2Β) έδειξε ότι οι αλλοιώσεις παρέμειναν σε σύμπλεγμα με τον τύπο της θεραπείας, υποδεικνύοντας ότι κάθε φάρμακο είχε μια ξεχωριστή επίδραση σε όλες τις οδούς επιδιόρθωσης ταυτόχρονα. Αυτή η ανάλυση αποκάλυψε περαιτέρω τρεις κατηγορίες φαρμάκων: το ένα περιλαμβάνει BCNU και θεραπεία ADR (AU τιμή p & gt? 95%) και άλλη μία που περιλαμβάνει OHP και θεραπεία CDDP (τιμή p & gt ΑΕ? 93%). 5-FU ήταν χώρια, αν και είχαν την τάση να συγκεντρώνονται με τη δεύτερη ομάδα. Επιπλέον, ως γενικό χαρακτηριστικό, όταν οι 6 τύπους αλλοιώσεων ήταν συγκεντρωμένα στο σύνολο των κυτταρικών γραμμών με αγωγή, μεταξύ των δύο σειρών πειραμάτων με συνέπεια φάνηκε ότι 8oxoG (8oxoG), αλκυλιωμένα βάσεις (AlkB) και θέσεις ΑΡ (Abas), όλα επισκευαστεί από ΚΑΚ, έχουν την τάση να συγκεντρώνονται μαζί? λαμβάνοντας υπόψη ότι η γλυκόλη και φωτοπροϊόντα (CPD-64) ομαδοποιούνται ξεχωριστά. Cisplatin (CISP) σχημάτισε μια ομάδα μόνο (Σχ. S3). Όταν κάθε αγωγή θεωρήθηκε χωριστά, αυτή η τάση διατηρήθηκε για BCNU και θεραπεία ADR, έστω και με ορισμένες διαφορές (Εικ. 2Β). Αντιθέτως, σημαντικές διαφορές εμφανίστηκε μετά από θεραπεία με 5-FU. Είναι ενδιαφέρον ότι, στην περίπτωση της CDDP και ΟΗΡ θεραπεία, η οδός επιδιόρθωσης CISP ήταν σημαντικά διαφορετικοί.

στις κυτταρικές γραμμές δενδρόγραμμα, οι κυτταρικές σειρές οργανώθηκαν σε 3 σημαντικές βασικές ομάδες (Σχ. 2C). Ένα ξεχωριστό υποκατάστημα περιείχε RPMI8226, αιμοποιητικών κυτταρική γραμμή μυελώματος προερχόμενα που, σε αντίθεση με όλες τις άλλες κυτταρικές σειρές, δεν προέρχεται από ένα καρκίνωμα. Οι δύο μαστικών κυτταρικές σειρές καρκινώματος, MCF7 και HCC1937, ανήκε στην ίδια ομάδα, σε συνδυασμό με HCT-15. Σε αυτή την υποομάδα, οι επαναλήψεις για κάθε κυτταρική σειρά αναμίχθηκαν-up. Οι επαναλήψεις του άλλου καρκίνου του παχέος εντέρου κυτταρική γραμμή HCT-116 αποτελούσε μια υποομάδα από ένα σύμπλεγμα που περιέχει OVCAR-8 /ADR και η κυτταρική σειρά καρκινώματος της ουροδόχου κύστης Τ24.

Είναι σημαντικό ότι, παρατηρήσαμε ότι οι δύο ανεξάρτητες επαναλήψεις για κάθε κύτταρο γραμμή ως επί το πλείστον συνδέονται στενά, αντανακλώντας την επαναληψιμότητα του πειράματος και, κατά συνέπεια, την αξιοπιστία της προσέγγισης. Το μέτρο ανομοιότητας συσχέτισης βασίζεται μόνο στην από κοινού ρύθμιση και είναι ανεξάρτητη από κάθε επίδραση παρτίδα μεταξύ των πειραμάτων. Το μέτρο αυτό ήταν πιο ισχυρή από την Ευκλείδεια απόσταση όταν καταδεικνύουν τη στενή ομοιότητα μεταξύ των επαναλήψεων

Επιπτώσεις των φαρμακευτικές θεραπείες σε μονοπάτια επιδιόρθωσης του DNA:. Διέγερση ή αναστολή

Για να διακρίνουν τις κατηγορίες των απαντήσεων σε θεραπείες σε σχέση με τις διάφορες επιδιόρθωσης του DNA υπο-μονοπάτια, τα μέσα και τυπικά σφάλματα των δεδομένων (log2 (Τ /ΝΤ) για κάθε οδό επισκευή) εντός των 3 κύριες ομάδες κυτταρική γραμμή προσδιορίζονται εκπροσωπήθηκαν στο ίδιο διάγραμμα. Αυτό επέτρεψε την εύκολη απεικόνιση των 3 προφίλ (Εικ. 3). Για να χαρακτηρίσουμε κάθε συστάδα, σημαντική διέγερση ή αναστολή των διαφόρων υπο-επισκευή οδών στη συνέχεια διερευνήθηκε. Για το σκοπό αυτό, εφαρμόσαμε δοκιμές στατιστικών υποθέσεων σε κάθε μία από τις 2 συστάδων που περιέχει 3 κυτταρικές σειρές. Δεδομένου ότι η κατανομή των δεδομένων θα μπορούσε να είναι μη-Gaussian, χρησιμοποιήθηκε η μη παραμετρική δοκιμή Wilcoxon. Για κάθε συστάδα και θεραπεία από τον τύπο της βλάβης, η δοκιμή Wilcoxon καθορίζεται εάν η διάμεσος της κατανομής αναλογίας log2 ήταν σημαντικά διαφορετικό από το 0, τονίζοντας διέγερσης (εάν διάμεσος & gt? 0) ή αναστολή (αν διάμεσος & lt? 0) επιδράσεις. Για το σύμπλεγμα που περιέχει μόνο μία κυτταρική σειρά (RPMI8226), διέγερση ή αναστολή θεωρήθηκε σημαντική όταν | σημαίνει | & gt? 3 × τυπικό σφάλμα. Τα αποτελέσματα εμφανίζονται στον Πίνακα 1.

Μέσα και τυπικά σφάλματα των τριών εντοπίστηκαν τάξεις των απαντήσεων κυτταρική σειρά στις πέντε θεραπείες και τους έξι τύπους βλάβης υπολογίστηκαν χρησιμοποιώντας το log2 (Τ /ΝΤ) δεδομένων (μαύρη γραμμή: HCC1937, ΗΟΤ-15, MCF7? κόκκινη γραμμή: HCT-116, OVCAR-8 /ADR, Τ24? πράσινη γραμμή:. RPMI8226)

η

Ανάλογα με τη φύση του φαρμάκου, η αριθμός των μονοπατιών επιδιόρθωσης επηρεάζονται ποικίλλει. Μεταξύ των χαρακτηριστικών που προέκυψαν, παρατηρήσαμε ότι το 5-FU δραστικά ανέστειλε σημαντικά CPD-64, AlkB και Abas επισκευή σε RPMI8226 κυτταρική σειρά. CDDP, OHP και ADR όλα φάνηκε να αναστέλλει την επισκευή μονοπάτι CISP της κυτταρικής σειράς RPMI8226 σύγκριση με τους άλλους επισκευή οδών διερευνηθεί. Με αντιπολίτευση, με τη θεραπεία OHP, άλλα μονοπάτια επιδιόρθωσης του RPMI8226 (γλυκόλη, 8oxoG και AlkB) ήταν σημαντικά πάνω ρυθμισμένα. BCNU ασκείται ανασταλτική επίδραση σε όλες τις δραστηριότητες επισκευής στο [HCT-116, OVCAR-8 /ADR, Τ24] σύμπλεγμα με το

P

αξία & lt? 0.1. Είναι ενδιαφέρον, ADR ανέστειλε την επισκευή των 8oxoG μόνο μέσα σε αυτό το σύμπλεγμα (

P

αξία & lt? 0,1). Οι δύο με βάση την πλατίνα αντικαρκινικά φάρμακα, CDDP και OHP, δεν επηρεάζουν τις δραστηριότητες επισκευής στο [HCT-116, OVCAR-8 /ADR, Τ24] σύμπλεγμα πέρα ​​από την τόνωση της επισκευής των AlkB και Αμπάς για CDDP (

P

τιμή & lt? 0,1). Ορισμένες δραστηριότητες επισκευής στο [HCC1937, ΗΟΤ-15, MCF7] σύμπλεγμα ήταν ελαφρώς πάνω ρυθμισμένα με 5-FU θεραπείας (σημαντική για 8oxoG, Abas, CISP με

P

αξία & lt? 0,1) και σαφώς κάτω-ρυθμίζονται από τα φάρμακα με βάση την πλατίνα (βλέπε πίνακα 1 για σημαντικότητα). Αντίθετα, ADR και BCNU θεραπείες δεν είχαν καμία επίδραση στα μονοπάτια επιδιόρθωσης του DNA αυτού του συμπλέγματος

Επιπτώσεις της θεραπείας από τα ναρκωτικά:. Ανάλυση των απαντήσεων σε θεραπείες κυτταρικής σειράς με επεξεργασία

Όταν επικεντρωθήκαμε ανεξάρτητα σε κάθε θεραπεία, τονίστηκαν πρόσθετες ιδιαιτερότητες. Αυτό αφορά, ειδικότερα, τις κυτταρικές σειρές καρκίνου κόλου HCT δύο-15 και HCT-116 αγωγή με 5-FU. Και οι δύο κυτταρικές σειρές που αναγράφεται τόνωσε τις δραστηριότητες επιδιόρθωσης του DNA, ανεξάρτητα από το μονοπάτι θεωρείται (Μονόπλευρη τεστ Wilcoxon?

P

value = 0,065) (Εικ S4A.). Ένα νέο σύμπλεγμα γραμμή κυττάρων μοιράζονται ομοιότητες όταν έλαβαν θεραπεία με BCNU: HCC1937, RPMI8226, και HCT-15, για τα οποία την επισκευή των 8oxoG και CPD-64 διεγέρθηκαν (Μονόπλευρη τεστ Wilcoxon?

P

value = 0,05) ( Εικ. S4B).

Διερεύνηση της σχέσης μεταξύ Response επιδιόρθωση του DNA και χημειοευαισθησία

Οι γραφικές αναπαραστάσεις του log2 (Τ /ΝΤ) δεδομένων ως συνάρτηση του log10 (IC20) επέτρεψε ουσιαστική απεικόνιση των συστάδων που αντιπροσωπεύεται συν-ρυθμίζονται υπο-μονοπάτια για κάθε φάρμακο που προκαλείται DNA-Rep-Res (Εικ. 4 Α-G). Για εύκολη απεικόνιση των δεδομένων μέσα σε κάθε γράφημα, την επιδιόρθωση του DNA υπο-οδών που ανήκουν στον ίδιο σύμπλεγμα πλαισιώνονταν μαζί. Ανάλογα με την κυτταρική γραμμή θεωρείται, ο αριθμός των συστάδων κυμαινόταν από 6 έως 13 κατηγορίες. Μέσα σε κάθε γράφημα, επισκευή υπο-μονοπάτια που σχετίζονται με μια θεραπεία θα μπορούσε να είναι είτε ομαδοποιηθούν (π.χ. HCT-116, Σχ. 4C και MCF7, Σχ. 4Ε) ή διάσπαρτα (π.χ. HCC1937, Σχ. 4Β, ΗΟΤ-15, Εικ. 4D) . Μπορούμε να υποθέσουμε ότι αυτό το τελευταίο χαρακτηριστικό αποκάλυψε διακριτό κανονισμοί των διαφόρων υπο-επισκευή οδών, με τη σειρά της υπεύθυνη για την αύξηση του αριθμού συμπλέγματος.

αναφέρονται, για κάθε κυτταρική σειρά, τα μέσα log2 (T /NT ) δεδομένων (Υ-άξονας) συγκεντρώθηκαν για κάθε επεξεργασία των 2 σετ πειραμάτων ως συνάρτηση της αντίστοιχης log10 (IC20) (Χ-άξονας). Τα δεδομένα τυποποιήθηκαν σε κάθε σειρά κυτταρική σειρά (μέσος όρος = 0 και τυπική απόκλιση = 1). Μέσα σε κάθε γράφημα, οι ενώσεις βλάβη επεξεργασίας που ανήκουν στην ίδια συστάδα πλαισιώνονταν από κοινού. Οι αντίστοιχες δενδρογράμματα cluster εμφανίζεται στο συμπληρωματικό σχήμα. S2 (οι μπροστά από τις βλάβες επιστολές αναφέρεται στη θεραπεία: Α = αδριαμυκίνη? Β = BCNU? C = σισπλατίνη? F = 5-FU? O = οξαλιπλατίνη).

Η

Λαμβάνοντας υπόψη τη διάσταση του δεδομένα, σε αυτό το έγγραφο θα μπορούσε να επικεντρωθεί μόνο σε προφανείς ενώσεις, όπως η χαμηλή επισκευής /χαμηλή IC20 και υψηλή επισκευής /υψηλή IC20, ευαίσθητα στην αντανακλούν μια σχέση αιτίου-αιτιατού ανάμεσα στην αποτελεσματικότητα επισκευής και τηςχημειοευαισθησίας. Αυτό δεν αποκλείει ότι και άλλες ενώσεις μπορεί να είναι βιολογικά σχετικές.

Για παράδειγμα, το διάγραμμα HCC1937 εμφανίζεται μικρότερη επισκευή αβασικές θέσεις στην ανταπόκριση στη θεραπεία ADR (ADR-Αμπάς) που συνδέεται με χαμηλότερη IC20 σε σύγκριση με άλλες θεραπείες (Εικ. 4Β). Αντιστρόφως, ένα BCNU γνώμονα υψηλότερο επίπεδο επισκευή όλων των βλαβών που σχετίζονται με αυξημένα IC20 (Εικ. 4Β). HCT-116 παρουσίασαν συσχέτιση μεταξύ ολόκληρης της ADR με γνώμονα την ανταπόκριση επισκευής και IC20, τόσο είναι χαμηλή (Εικ. 4C). Ένα άλλο χαρακτηριστικό που αξίζει να αναφερθεί ενδιαφερόμενο ΗΟΤ-15, όπου η χαμηλή επισκευή CISP παρακάτω OHP θεραπεία σχετίστηκε με χαμηλή IC20 (Εικ. 4D). Στην περίπτωση της RPMI8226, η υψηλή BCNU με γνώμονα την ανταπόκριση συσχετίστηκε με υψηλό IC20 (Σχ. 4G).

Με την αντιπολίτευση, ανεστραμμένη σύλλογοι Σημειώνεται επίσης, όπως για Τ24 όπου η θεραπεία ανεπιθύμητη ενέργεια ήταν η πιο κυτταροτοξική ( χαμηλή IC20) και παρ ‘όλα αυτά συνδέεται με την υψηλότερη DNA-Rep-Res (Σχ. 4Α). Είναι σημαντικό, το γεγονός ότι η ΕΕΔ DNA-Rep-Res και χαμηλής ADR-IC20 ήταν αντίστροφα, δεν σημαίνει ότι δεν ήταν επίσημα αντι-συσχετίζονται και όχι η υπόθεση θα μπορούσε να διατυπωθεί προς το παρόν σχετικά με τη βιολογική έννοια αυτών των πιθανών αντι-συσχέτιση. Η ίδια παρατήρηση βρέθηκε στην περίπτωση MCF7 θεραπεία με 5-FU (Σχ. 4Ε). Τέλος, οι κυτταρικές σειρές καρκίνου δύο κόλον HCT-116 και HCT-15 εμφάνισαν μια παρόμοια απόκριση σε 5-FU, με μάλλον ασθενή τοξικότητα, αλλά θα μπορούσαν να διακριθούν από τουλάχιστον ADR και θεραπείες ΟΗΡ (Εικ. 4C και 4D αντίστοιχα).

Συζήτηση

Στη μελέτη αυτή εκμεταλλεύτηκε μια πολυπλεξίας λειτουργική προσέγγιση που ποσοτικοποιεί τις δραστηριότητες επιδιόρθωσης του DNA για να εξερευνήσετε την DDR και τη σχέση μεταξύ των ναρκωτικών που προκαλείται κυτταροτοξικότητα και επιδιόρθωση του DNA υπο-μονοπάτια. Χρησιμοποιήσαμε στατιστικές προσεγγίσεις και προνομιακή οπτικές αναπαραστάσεις που εμφανίζονται με σαφήνεια τα ευρήματά μας.