Οι

Αφηρημένο

Long μη-κωδικοποίησης RNAs (lncRNAs) αναδύεται ως ισχυροί ρυθμιστές της κυτταρικής φυσιολογίας, και πρόσφατες μελέτες αναδεικνύουν το ρόλο τους στην ανάπτυξη των όγκων. Ωστόσο, ενώ καθιερωμένα που κωδικοποιεί την πρωτεΐνη ογκογονίδια και όγκου καταστολείς συχνά εμφανίζουν εντυπωσιακά μοτίβα της εστίασης DNA αριθμό αντιγράφων μεταβολή σε όγκους, παρόμοιες ενδείξεις είναι σχεδόν ανύπαρκτη για lncRNAs. Εδώ, θα υποβάλει έκθεση σχετικά με την γονιδιωματική ανάλυση των GENCODE lncRNAs στο ορώδες αδενοκαρκίνωμα ωοθηκών υψηλής ποιότητας, με βάση την Καρκίνου Γονιδιώματος Atlas (TCGA) μοριακό προφίλ. Χρησιμοποιώντας γονιδιωματικής αριθμό αντιγράφων δεδομένων και βαθιά αλληλουχίας μεταγραφικό κάλυψη, είμαστε προέρχονται διπλή δεδομένων αριθμό αντιγράφων και της έκφρασης για 10.419 lncRNAs σε όλη 407 πρωτοπαθείς όγκους. Περιγράφουμε παγκόσμια συσχετίσεις μεταξύ lncRNA αριθμό αντιγράφων και της έκφρασης, καθώς και συνεργάτης ιδρύθηκε υποτύπων έκφρασης με ξεχωριστές υπογραφές lncRNA. Με την εξέταση περιοχές της εστιακής αλλαγή αριθμού αντιγράφων που στερούνται στόχων που κωδικοποιεί την πρωτεΐνη, εντοπίσαμε μία διαγονιδιακή lncRNA στο χρωμόσωμα 1,

OVAL

, που δείχνει στενό εστιακό γονιδιωματική ενίσχυση σε ένα υποσύνολο των όγκων. Ενώ ασθενώς εκφράζεται στους περισσότερους όγκους, εστιακή ενίσχυση συνέπεσε με την ισχυρή

ΟΒΑΛ

μεταγραφική ενεργοποίηση. Διαλογή των 16 άλλων τύπων καρκίνου αποκάλυψε παρόμοια μοτίβα σε ορώδες ενδομητρίου καρκινώματα. Αυτό δείχνει ότι διαγονιδιακή lncRNAs μπορεί να στοχευθεί ειδικά με σωματική ενίσχυση αριθμού αντιγράφων, που υποδηλώνουν λειτουργικές συμμετοχή σε έναρξη ή την εξέλιξη του όγκου. Η ανάλυσή μας παρέχει ελέγξιμες υποθέσεις και ανοίγει το δρόμο για περαιτέρω μελέτη των lncRNAs με βάση TCGA και άλλες μεγάλης κλίμακας του καρκίνου γονιδιωματική σύνολα δεδομένων

Παράθεση:. Akrami R, Jacobsen Α, Hoell J, Schultz Ν, Sander C, Larsson Ε (2013) Πλήρης ανάλυση του Long μη-κωδικοποίησης RNAs στον καρκίνο των ωοθηκών αποκαλύπτει τα παγκόσμια πρότυπα και Στοχευμένες DNA Amplification. PLoS ONE 8 (11): e80306. doi: 10.1371 /journal.pone.0080306

Επιμέλεια: Aedín Γ Culhane, Harvard School of Public Health, Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής

Ελήφθη: 13, Ιούνη 2013? Δεκτές: 1 του Οκτώβρη του 2013? Δημοσιεύθηκε: 12 του Νοεμβρίου του 2013

Copyright: © 2013 Akrami et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Αυτό το έργο υποστηρίχθηκε από επιχορηγήσεις από το Ιατρικό Συμβούλιο Έρευνας της Σουηδίας? η Σουηδική Εταιρεία Καρκίνου? Το Ίδρυμα σουηδική Στρατηγικών Ερευνών? το Ίδρυμα Assar Γκάμπριελσον? το Ίδρυμα Magnus Bergvall? Το Ίδρυμα Åke Wiberg? και το Ίδρυμα Lars Hierta Memorial. Η χρηματοδότηση για AJ, NS, και CS δόθηκε από το Εθνικό Ινστιτούτο Καρκίνου των ΗΠΑ, ως μέρος της επιχορήγησης TCGA Γονιδιώματος Κέντρο Ανάλυσης Δεδομένων (NCI-U24CA143840 και NCI-R21CA135870) και από ένα Stand Up με τον καρκίνο Dream Team Translational Research Grant, ένα πρόγραμμα του Ιδρύματος βιομηχανίας της ψυχαγωγίας (SU2C-AACR-DT0209). Οι υπολογισμοί έγιναν εν μέρει πραγματοποιήθηκαν σε υψηλής απόδοσης υπολογιστικών πόρων που παρέχονται από Σουηδική Εθνική Υποδομή Computing (SNIC) μέσω της Ουψάλα διεπιστημονικό κέντρο για προχωρημένους Υπολογιστικής Επιστήμης (UPPMAX) υπό b2012108 έργου. Τα αποτελέσματα δημοσιεύονται εδώ είναι εν όλω ή εν μέρει με βάση τα δεδομένα που παράγονται από το πιλοτικό πρόγραμμα του καρκίνου Γονιδιώματος Atlas συστάθηκε με το Εθνικό Ινστιτούτο Καρκίνου και το Εθνικό Genome Research Institute του Ανθρώπου (NHGRI). Πληροφορίες σχετικά με TCGA και τους ερευνητές και τα ιδρύματα που αποτελούν το ερευνητικό δίκτυο TCGA μπορεί να βρεθεί στο «https://cancergenome.nih.gov». Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

Πρόσφατες transcriptomic μελέτες στα θηλαστικά έχουν αποκαλύψει μια αφθονία των μεγάλων μη-κωδικοποίησης RNAs (lncRNAs) που βρίσκονται διάσπαρτες με κωδικοποίηση γονιδίων σε πολύπλοκους τρόπους [1-3]. LncRNA μεταγραφές mRNA τυπικά έχουν ιδιότητες που μοιάζουν, όπως multiexonic δομές γονίδιο και το πολυ (Α) ουρές, αλλά δεν έχουν εμφανή ικανότητα που κωδικοποιεί την πρωτεΐνη. Αν και νωρίς λειτουργικά παραδείγματα (π.χ.

H19

[4] και

XIST

[5]) περιγράφηκαν για πρώτη φορά πάνω από 20 χρόνια πριν, lncRNAs τώρα αναδύεται ως διαδεδομένη ρυθμιστές της κυτταρικής φυσιολογίας με διαφορετικούς ρόλους τόσο στον πυρήνα και το κυτταρόπλασμα, συμπεριλαμβανομένης της πρόσληψης της ιστόνης τροποποίησης σύμπλοκα να χρωματίνη, ρύθμιση της μεταγραφής και μάτισμα, και τον έλεγχο της μετάφρασης του mRNA.

Αρκετές πρόσφατες μελέτες δείχνουν ότι lncRNAs μπορεί να έχει σημαντικό ρόλο στην ογκογένεση [6 , 7]. Για παράδειγμα,

Hotair

έκφραση είναι υψηλή σε μεταστατικούς όγκους του καρκίνου του μαστού, και εμποδίζει την αναστολή μετάστασης του σε μοντέλα τρωκτικών [8],

MALAT1

έκφραση συσχετίζεται με μεταστάσεις και την επιβίωση στον καρκίνο του πνεύμονα [9] , και πολυΑ + αλληλούχιση μεταγραφικό (RNA-seq) εντοπίστηκαν πρόσφατα

pCAT-1

ως αυξητικών lncRNA στον καρκίνο του προστάτη [10]. Ωστόσο, είναι αξιοσημείωτο ότι τα γενετικά δεδομένα που παρέχονται έτσι αφορά τώρα κυρίως σε μεταβολές στην έκφραση γονιδίου. Κακοήθη μετασχηματισμό απαιτεί γενετική ενεργοποίηση των ογκογονιδίων που προάγουν την ανάπτυξη και την αδρανοποίηση των καταστολείς όγκων, και αυτό διευκολύνεται σε όγκους με γενωμική αστάθεια, απέκτησε γενετική μεταβλητότητα, και κλωνική επέκταση [11]. Σε μεγάλες καρκίνο γονιδιωματική σύνολα δεδομένων, όπως αυτά που παράγονται από τα καρκινικά Genome Atlas (TCGA) κοινοπραξία, σημαντικά γονίδια του καρκίνου, συνεπώς, να αποκαλύψει τον εαυτό τους μέσα από εντυπωσιακά μοτίβα των επαναλαμβανόμενων DNA-επίπεδο μεταβολή, συμπεριλαμβανομένης της εστίασης ενίσχυση αριθμού αντιγράφων και τη διαγραφή [12,13]. Ωστόσο, ενώ lncRNAs και κωδικοποίησης γονιδίων θα πρέπει κατ ‘αρχήν να είναι ευαίσθητα σε ενεργοποίηση ή απενεργοποίηση μέσω παρόμοιων μηχανισμών, δεν υπάρχει μέχρι στιγμής ελάχιστες ενδείξεις ότι οι lncRNAs απευθύνονται ειδικά με αριθμό αντιγράφων μεταβολές στον καρκίνο ανεξάρτητα από την εγγύς κωδικοποίηση γονιδίων (αναθεωρήθηκε πρόσφατα σε 6,14 ).

Εμείς εδώ πραγματοποιείται μια γονιδιωματική ανάλυση μεγάλης κλίμακας lncRNAs σε υψηλής ποιότητας ορώδες καρκίνωμα των ωοθηκών (HGS-OVCA), μία από τις κύριες αιτίες θανάτου από καρκίνο μεταξύ των γυναικών στις Ηνωμένες Πολιτείες [15], με βάση το μοριακό προφίλ υψηλής απόδοσης που δημιουργείται εντός TCGA [12]. Εμείς με βάση τις αναλύσεις μας για την ολοκληρωμένη Κατάλογος GENCODE lncRNA, η οποία έχει υποβληθεί σε εκτεταμένο χαρακτηρισμό και χειροκίνητη επιμέλεια [16,17], ενώ χρησιμοποιώντας ένα σχολιασμό-αμερόληπτη προσέγγιση κατά περίπτωση. Έχουμε, συνεπώς, επικεντρωθεί στην lncRNAs με αναπαραγώγιμη έκφραση στην ανεξάρτητη σύνολα δεδομένων, με βάση την παραδοχή ότι ο καρκίνος-σχετικές lncRNAs πρέπει, παρόμοια με κωδικοποίησης γονιδίων, έχουν σημαντικές λειτουργίες και σε φυσιολογικά κύτταρα. Χρησιμοποιώντας βαθιά δεδομένων RNA-επόμενα κάλυψη και συστοιχίες αριθμό αντιγράφων υψηλής ανάλυσης DNA, που προέρχεται ταυτόχρονη αριθμό αντιγράφων προφίλ και τα δεδομένα έκφρασης για & gt? 10.000 γονίδια GENCODE lncRNA σε όλη 407 πρωτοπαθών όγκων (στοιχεία διαθέσιμα σε www.larssonlab.org/tcga- lncrnas). Ερευνούμε τη συνολική σχέση μεταξύ DNA αριθμό αντιγράφων και την έκφραση lncRNA, και να αξιολογεί lncRNAs σε σχέση με τις καθιερωμένες υποτύπους έκφραση σε HGS-OVCA. Επιπλέον, έχουμε αντιμετωπίσει κατά πόσον lncRNAs μπορούν να απευθύνονται ειδικά με εστιακό αριθμό αντιγράφων μεταβολή στον καρκίνο.

Αποτελέσματα και Συζήτηση

Μοριακή προφίλ των lncRNAs σε 407 όγκους

χρησιμοποιείται η GENCODE [17] σχολιασμού ως βασικό πλαίσιο μας για τη διερεύνηση πρότυπα lncRNA αριθμό αντιγράφων αλλοίωση και την έκφραση σε όλη 407 όγκους σταδίου ΙΙ-IV HGS-OVCA [12]. Βρήκαμε ότι το υποσύνολο GENCODE lncRNA [16], η οποία περιλαμβάνει 10.419 χειροκίνητα σχολιασμένα γονίδια lncRNA (έκδοση 11, Σχήμα 1Α), έδειξε ένα υψηλό βαθμό πολυαδενυλίωσης όπως προσδιορίζεται με φυσιολογικό αλληλούχιση RNA ιστού (RNA-seq) δεδομένα (Εικόνα 1Β). δεδομένων αριθμό αντιγράφων από συγκριτική γονιδιωματική υβριδισμός (CGH) συστοιχίες ήταν διαθέσιμες για 486 πρωτοπαθείς όγκους, και η συντριπτική πλειοψηφία των GENCODE lncRNAs (97%) expectedly κατοικούσαν στα καλυμμένα περιοχές. Είμαστε δίπλα σε επεξεργασία συνολικά 25,7 δισεκατομμύρια ζεύγη ανάγνωσης GENCODE-χαρτογραφηθεί από polyA + RNA-seq (κατά μέσο όρο 63,1 εκατομμύρια ανά δείγμα) για τον υπολογισμό της έκφρασης για όλους GENCODE lncRNAs σε 407 από αυτούς τους όγκους (Σχήμα 1C). Μόνο 225 εκατομμύρια ζεύγη ανάγνωσης αντιστοιχίζεται με lncRNA τόπους (κατά μέσο όρο 553 000 ανά δείγμα), υπογραμμίζοντας την ανάγκη για κάλυψη υψηλών ακολουθία να ποσοτικοποιηθούν με ακρίβεια lncRNAs.

Α, Σχετική αφθονία των κατηγοριών γονιδίων στο σχολιασμό GENCODE 11 (μοναδική τόποι ). Β, κατάσταση πολυαδενυλίωση lncRNAs, καθορίζεται από polyA + έναντι ολικού RNA-seq από ένα μίγμα 16 ιστών. C, η έκφραση LncRNA προφίλ χρησιμοποιώντας πολυΑ + ΚΝΑ-seq απέναντι 407 όγκους. Συνολικά 25,7 δισεκατομμύρια μοναδικά χαρτογραφηθεί ζεύγη ανάγνωσης, καλύπτοντας & gt? 3 terabases, μετρήθηκαν στα γονίδια GENCODE. Ο πίνακας δείχνει το βάθος αλληλουχίας ανά όγκο, με βάση όλα τα GENCODE-χαρτογραφηθεί διαβάζει ή υποσύνολα lncRNA. D, Διανομές lncRNA και τα επίπεδα έκφρασης του γονιδίου κωδικοποίησης (μέγιστη RPKM σε όλους τους όγκους). RPKM, διαβάζει ανά kilobase ανά εκατομμύριο διαβάζει. Ε, Ιστογράμματα των συσχετίσεων μεταξύ DNA αριθμού αντιγράφων και του επιπέδου του RNA (με βάση 407 όγκων με διπλή δεδομένα). Αριστερό πλαίσιο: lncRNAs συνολικά (αριστερό πάνελ,

n

= 10.066), δείχνουν χαμηλότερα συσχετίσεις σε σχέση με την κωδικοποίηση των γονιδίων. Δεξιά πίνακα: βελτιώθηκε συσχετίσεις κατά την εξέταση των γονιδίων που εκφράζονται σε RPKM & gt? 3 (άνω 19% lncRNAs,

n

= 1920) που επίσης ενισχύεται ή να διαγραφεί & gt? 15 δείγματα (δεξιά πάνελ,

n

= 125)

Η

σύγκριση μήκους-ομαλοποιηθεί (RPKM τύπου [18]) τιμές έκφρασης μεταξύ κωδικοποίησης και γονιδίων lncRNAs επιβεβαίωσε ότι lncRNAs εκφράστηκαν σε σημαντικά χαμηλότερα επίπεδα (Σχήμα 1 D), σε συμφωνία με προηγούμενες αναφορές από μια μεγάλη ποικιλία από κυτταρικές πηγές [1 , 16,19]. Ενώ το 87% των γονιδίων που κωδικοποιούν έδειξε επίπεδο RPKM & gt? 1 σε τουλάχιστον μία όγκου, μόνο το 36% των lncRNAs φτάσει αυτό το επίπεδο έκφρασης. Γονιδίωμα-ευρεία συσχέτιση μεταξύ του πλάτους του DNA αριθμό αντιγράφων και τα επίπεδα RNA ήταν χαμηλότερα για lncRNAs σε σχέση με την κωδικοποίηση των γονιδίων, αλλά αυτή η διαφορά μειώθηκε, όταν μόνο εξέταση άφθονα και συχνά αντιγράψετε αριθμός μεταβάλλεται γονίδια (Σχήμα 1Ε). Μια συμπληρωματική ανάλυση που βασίζεται σε συστοιχίες Affymetrix εξόνιο 1.0ST, η οποία μπορεί να ανακρίνει ένα υποσύνολο των lncRNAs, έδωσε παρόμοια αποτελέσματα (481 δείγματα, το σχήμα S1 στο S1 αρχείου).

LncRNAs συνεργάτης τους υποτύπους έκφραση

προηγούμενη ανάλυση της κωδικοποίησης γονιδιακής έκφρασης σε HGS-OVCA προσδιόρισε τέσσερις ισχυρή υποτύπους, που ονομάζεται «ανοσοαντιδραστική», «διαφοροποιημένο», «πολλαπλασιαστική» και «μεσεγχυματικά» με βάση το περιεχόμενο του γονιδίου τους [12,20]. Οι υπότυποι περαιτέρω αποδειχθεί ότι σχετίζονται με συγκεκριμένες γονιδιωματικές αλλαγές, όπου η πολλαπλασιαστική ομάδα έχει χαμηλότερη συχνότητα

MYC

ενίσχυση και

RB1 ​​

διαγραφή, ενώ η ανοσοαντιδραστική ομάδα έχει μια υψηλότερη συχνότητα

MECOM

ενίσχυσης. Εμείς εδώ ελεγχθεί εάν είναι εγκατεστημένος υποτύπους σε HGS-OVCA έχουν επίσης διαφορετικά πρότυπα έκφρασης lncRNA.

Οι όγκοι με τα διαθέσιμα υπότυπο, την κλινική και την έκφραση δεδομένα τυχαία διαχωρίζονται σε δύο ομάδες (

n

= 200 το καθένα ), παρακράτηση κατά το ήμισυ για αργότερα επικύρωση. Ταυτοποιήσαμε 455 lncRNAs που επάγονται ή καταστέλλονται ειδικά σε έναν από τους τέσσερις υπότυπους σε σχέση με τα υπόλοιπα δείγματα (Σχήμα 2Α, όπως περιγράφεται λεπτομερώς στο Methods). Αυτά τα πρότυπα έκφρασης ήταν σαφώς διατηρήθηκαν στο σετ επικύρωσης, επιβεβαιώνοντας ότι οι ενώσεις υπότυπος ήταν μη τυχαία (Σχήμα 2Β). Επιπλέον, υπότυπος έκφραση ενός όγκου θα μπορούσε να προβλεφθεί με βάση τον υπότυπο που σχετίζεται lncRNAs χρησιμοποιώντας ένα απλό ταξινομητή (Μέθοδοι) στην πλειοψηφία (77%) των όγκων (Σχήμα 2Β).

Α, 455 lncRNAs έδειξαν αυξημένη ή μειωμένη έκφραση σε ένα από τα τέσσερα ορίστηκε προηγουμένως υποτύπων έκφραση (200 τυχαία όγκοι, αριστερά). Αυτά lncRNAs διατηρείται πρότυπα έκφρασης υποτύπου-εκλεκτικοί τους σε 200 ανεξάρτητους όγκους, και υποτύπου μπορούσαν εκεί να προβλεφθεί με βάση την έκφρασή τους κατά 77% ακρίβεια (δεξιά). Β, Η ίδια ανάλυση βασίζεται σε διαγονιδιακές lncRNA υποσύνολο (

n

= 152, 73% ακρίβεια, αριστερά). Πλησιέστερο ανάντη και κατάντη γείτονές κωδικοποίησης πρωτεΐνης αυτών lncRNAs (278 μοναδικά γονίδια) δεν είχαν ισχυρά πρότυπα έκφρασης υποτύπου-ειδικά και σε συνδυασμό υπογραφή τους ήταν λιγότερο κατατοπιστική του υποτύπου (51% ακρίβεια, δεξιά).

Η

ανάλυση αντίθετης φοράς επικάλυψη lncRNA μπορεί να παρουσιάζουν ισχυρή θετική συσχέτιση με την κωδικοποίηση οικοδεσπότες τους [16], η παροχή κινήτρων με βάση και μόνο διαγονιδιακές lncRNAs. Ως εκ τούτου, ερευνήθηκε ένα υποσύνολο των 152 lncRNAs με διαγονιδιακή εντόπιση, και βρήκε πρότυπα έκφρασης τους να είναι παρόμοιο με το πλήρες σετ των δεδομένων επικύρωσης (Σχήμα 2Β, πίνακας S1 σε File S1, 73% ακρίβεια). Παρόλο που κωδικοποιούν γονίδια γείτονας των 152 lncRNAs ήταν ακόμη μέτρια προβλεπτική υποτύπου (51%), έδειξαν σημαντικά ασθενέστερες μοτίβα του υποτύπου-ειδική έκφραση (Σχήμα 2Β). Αξίζει να σημειωθεί ότι, μεταξύ διαγονιδιακές lncRNAs επάγεται στο μεσεγχυματικά υπότυπο ήταν

ΜΙΑΤ

/Gomafu, ένα γνωστό στόχο και συν-ενεργοποιητή του Oct4 με ένα ρόλο σε βλαστικό κύτταρο πλειοδυναμία [21].

NEAT1

και

UCA1

είχαν κατασταλεί στην πολλαπλασιαστική υπότυπο:

NEAT1

είναι απαραίτητη για την κατασκευή των πυρηνικών paraspeckles [22] και έχει αποδειχθεί ότι υπερεκφράζεται στον καρκίνο των ωοθηκών [23], ενώ

UCA1

είναι ένας γνωστός ρυθμιστής της κυτταρικής ανάπτυξης σε καρκίνωμα ουροδόχου κύστης [24]. Εμείς επιπλέον αξιολογούνται τα επίπεδα lncRNA σε σχέση με την επιβίωση των ασθενών, αλλά δεν βρήκε να αναπαραχθούν ενώσεις. Τα αποτελέσματά μας δείχνουν ότι οι υπότυποι έκφραση σε HGS-OVCA, αρχικά ορίζεται με βάση την κωδικοποίηση της γονιδιακής έκφρασης, το καθένα συνδέεται με διακριτές υπογραφές έκφραση lncRNA, και εμείς εικάζουν ότι αυτές οι lncRNAs θα μπορούσαν να συμβάλουν στην μεταγραφική επαναπρογραμματισμό ή άλλως δρουν στα κυτταρικά κυκλώματα που έχουν αλλοιωθεί σε αυτοί οι τύποι των όγκων.

LncRNAs σε περιοχές εστιακών αριθμό αντιγράφων αλλοίωση

γονιδιώματα των όγκων είναι μωσαϊκά των χρωμοσωμικών ανωμαλιών, από τα οποία μερικά είναι κάτω από την επιλογή για να ενεργοποιήσετε ή να απενεργοποιούν ειδικά ογκογονίδια ή καταστολείς των όγκων. Σε μεγάλες ομάδες ασθενών, ατομικά στοχευμένες γονίδια μπορεί συνεπώς να συναχθεί με μοτίβα επανάληψης, ιδίως όταν μεταβάλλονται οι περιοχές είναι στενά (εστιακή) [25]. Ο αλγόριθμος GISTIC, όταν εφαρμόζεται για να αντιγράψετε αριθμού δεδομένων από καρκίνο των ωοθηκών TCGA, εντοπίστηκαν αρκετές περιοχές της εστίασης επαναλαμβανόμενες αριθμό αντιγράφων αλλαγή [12]. Πολλές από αυτές περιλαμβάνουν γνωστά γονίδια του καρκίνου, αλλά σε ορισμένες περιπτώσεις οι στόχοι παραμένουν ακαθόριστα. Υποθέσαμε ότι lncRNAs θα μπορούσαν να είναι οι οδηγοί σε μερικά από αυτά τα γεγονότα, και ως εκ τούτου, προβλήθηκε στενό εστιακό περιοχές για επικαλύψεις με lncRNAs.

Υπήρχαν 35 στενό (επικάλυψη με το πολύ 5 γονίδια που κωδικοποιούν) ενισχύσεις ή διαγραφές που ήταν σημαντικές σε ένα ποσοστό εσφαλμένης ανακάλυψη (υπολειμματική

q

) 0,05 (Σχήμα 3Α, Πίνακας S2 σε S1 αρχείου). Πολλοί επικαλύπτονται με τις καθιερωμένες πρωτο-ογκογονίδια όπως

CCNE1

και

MYC

, και το

RB1 ​​

,

NF1

και

PTEN

καταστολείς όγκων, αλλά lncRNAs ήταν επίσης παρόντες μαζί με κωδικοποίησης γονιδίων σε αρκετές περιπτώσεις (Σχήμα 3Α). Παρά το γεγονός ότι η επιλογή για αριθμό αντιγράφων μεταβολή σε αυτά τα loci μπορούσε κατ ‘αρχήν να εξηγηθεί από lncRNAs, είτε μόνη της είτε σε συνδυασμό με κωδικοποίησης γείτονές τους [26], εστιάσαμε αντί σε δύο εστιακά κορυφές που στερούνταν γονιδίων που κωδικοποιούν πρωτεΐνες: μία ενίσχυση επί 1q25 και μια διαγραφή στο χρωμόσωμα 4q34 (υποδεικνύεται με * στην Εικόνα 3Α). Η διαγραμμένη περιοχή ήταν σε ένα μεγάλο διαγονιδιακές χώρο ~ 1 Mb από

ODZ3

? ένα γονίδιο που βρέθηκαν πρόσφατα να απευθύνονται από L1 ρετρομετάθεση σε καρκίνο του παχέος εντέρου [27] και να διαγραφεί το νευροβλάστωμα [28]. Ενώ διαγράφονται τμήματα στην HGS-OVCA ήταν σαφώς διαχωρισμένο από το

ODZ3

και περιλάμβανε δύο σχολιασμένα γονίδια lncRNA (Σχήμα S2A στο αρχείο S1), αυτά δεν διέθεταν σχετική έκφραση (& lt? 5 χαρτογραφηθεί διαβάζει & gt? 99% των όγκων) , και απέτυχε να αποκαλύψει άλλους υποψήφιους ερευνώντας RNA-seq κάλυψη ανάγνωσης στην περιοχή (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται). Περαιτέρω ανάλυση έδειξε ότι οι διαγραφές μπορούν να απευθύνονται έμμεσα σε

ODZ3

μέσω διατάραξη των σχετικών κανονιστικών DNA (Σχήμα S2B στο αρχείο S1), και η περιοχή δεν χαρακτηρίστηκε περαιτέρω.

Α, LncRNAs και κωδικοποίησης γονιδίων σε στενό περιοχές της περιοδικής ενίσχυσης ή διαγραφή προσδιορίζονται από GISTIC (

q

& lt? 0,05) σε 486 HGS-OVCA όγκους. Οι μετρήσεις γονίδιο για 35 σφιχτό εστιακό κορυφές με ένα μέγιστο 5 επικαλυπτόμενων κωδικοποίησης γονιδίων φαίνονται. Τα γνωστά γονίδια του καρκίνου και σαφή κωδικοποίηση των στόχων που αναφέρονται. *, Οι περιφέρειες διερευνήθηκε με περισσότερες λεπτομέρειες. Β, Λεπτομερής προβολή της

ACBD6

–

XPR1

διαγονιδιακή περιοχή (περιοχή AXI, διακεκομμένη γραμμή) σε ~ 1 Mb γονιδιωματική πλαίσιο. Το εστιακό κορυφή AXI επικεντρώνεται στο

RP11-522D2.1 /ΟΒΑΛ

, ένα μη χαρακτηρισμένο lncRNA για chr1q25. Red σκίαση δείχνει αριθμού αντιγράφων προφίλ για μεμονωμένους όγκους. C, όγκοι με εντολή

ΟΒΑΛ

έκφρασης.

OVAL

RNA (άξονας γ) ήταν ως επί το πλείστον χαμηλά ή μη ανιχνεύσιμα, αλλά προκλήθηκε σε εστιακά ενισχυμένο περιπτώσεις (όπως ορίζεται στο Μέθοδοι). Α, ούτε

ACBD6

ούτε

XPR1

ήταν κυρίως που προκαλούνται από την περιοχή AXI εστιακό ενίσχυσης.

ΟΒΑΛ

RNA ήταν χαμηλή και σε γενικές γραμμές ενισχύεται περιπτώσεις. ΝΔ, δεν ανιχνεύεται. Ε, Μέση RNA-επόμενα πυκνότητα ανάγνωσης στην περιοχή AXI (διακεκομμένη γραμμή) για όγκους με έντονη AXI εστιακό ενίσχυσης (

n

= 10) σε σύγκριση με το υπόλοιπο όγκοι (μετρήσεις κανονικοποιημένη ανάγνωσης ανά 1000 τμήμα nt). F, η ανάλυση έδειξε GSEA από προσδιοριστεί πειραματικά είναι P53 ρυθμίζονται τα γονίδια που προκαλείται στο

ΟΒΑΛ

εστιακά ενισχύεται όγκους.

Η

Focal σωματικά ενίσχυση της ΟΒΑΛ lncRNA

επόμενο διερευνηθεί η 1q25 ενίσχυση, η οποία εστιακά αποκτήθηκε σε 16/407 ασθενείς (3,9%), και επικεντρώνεται σε μια 128 kb διαγονιδιακή περιοχή μεταξύ του

ACBD6

και

XPR1

γονίδια (εφεξής η περιοχή AXI). Η περιοχή AXI στερείται γονιδίων που κωδικοποιεί την πρωτεΐνη, αλλά περιέχει ένα μοναδικό γονίδιο σχολιασμένα lncRNA,

RP11-522D2.1

, κοντά στο κέντρο του (Σχήμα 3Β). Αυτό lncRNA, το οποίο εμείς εδώ όρου

OVAL

(αδενοκαρκίνωμα των ωοθηκών ενισχύεται lncRNA), συμπίπτει στενά με την εστιακή κορυφή προσδιορίζονται από GISTIC, και είναι τοποθετημένη 55 kb και 65 kb από το πλησιέστερο κωδικοποίησης γείτονες που κωδικοποιεί την πρωτεΐνη. Αξίζει να σημειωθεί ότι, τα ενισχυμένα τμήματα χρωμοσωμικών ήταν συχνά μικρές (50-100 kb) και συμπεριλαμβάνονται το πλήρες

OVAL

γονίδιο, ενώ περιορίζεται στην περιοχή AXI ή εκτείνεται μόνο εν μέρει εντός των γειτονικών γονιδίων (Σχήμα 3Β).

από το πρότυπο εστιακό ενίσχυση του DNA επεσήμανε

ΟΒΑΛ

το γονίδιο αλλοίωση οδήγησης σε αυτή την περιοχή, είμαστε δίπλα διερευνηθεί εάν αυτό υποστηρίζεται από το πρότυπο έκφρασης του

ΟΒΑΛ

στο όγκων.

OVAL

έκφραση ήταν χαμηλή ή απούσα τόσο φυσιολογικό σάλπιγγα (Εικόνα S3 σε S1 File) και στην πλειονότητα των όγκων, συμπεριλαμβανομένων περισσότερες περιπτώσεις με μεγάλη ενίσχυση 1q. Ωστόσο, εστιακή ενίσχυση του

ΟΒΑΛ

τόπου συνέπεσε εντυπωσιακά με το

ΟΒΑΛ

μεταγραφική ενεργοποίηση (Σχήμα 3C).

ΟΒΑΛ

RNA ήταν κατά μέσο όρο 46 φορές υψηλότερη σε εστιακό περιπτώσεις σε σύγκριση με τα υπόλοιπα δείγματα (

P

= 3.5e-8, Wilcoxon τεστ rank sum), και

ΟΒΑΛ

κατετάγη 74η όλων των lncRNAs GENCODE με βάση τη μέγιστη έκφραση σε όλους τους όγκους (Πίνακας S3 στο S1 αρχείου). Παρόμοια αποτελέσματα ελήφθησαν με τη χρήση υβριδισμού με βάση τα δεδομένα εξόνιο 1.0ST (Σχήμα S4 στο αρχείο S1).

Αν περιοχής AXI εστιακό ενίσχυσης δεν φαίνεται να στοχεύουν άμεσα τα συνοδευτικά κωδικοποίησης γονιδίων, αυτά θα μπορούσε να επηρεάζεται έμμεσα η επίπεδο της γονιδιακής έκφρασης. Αυτό θα ήταν συμβατή με τις ρυθμιστικές ακολουθίες τους να μεταβληθεί, ή

ΟΒΑΛ

έχει ένα

cis-ρυθμιστικών

ρόλο στον έλεγχο της μεταγραφής τους. Ωστόσο, ούτε

ACBD6

ούτε

XPR1

ήταν κυρίως που προκαλούνται σε εστιακά ενισχυμένο περιπτώσεις (Σχήμα 3D). Επιπλέον, αυτά τα γονίδια δεν περιγράφονται προηγουμένως ως αλλοιώνονται με καρκίνο, υποστηρίζοντας περαιτέρω ότι

OVAL

ανεξάρτητα στοχευμένη στην διαγονιδιακή περιοχή AXI.

Διερεύνηση της κάλυψης ανάγνωσης RNA-seq στην περιοχή AXI αποκάλυψε ότι

OVAL

ήταν η κύρια εκφράζεται τόπο σε εστιακά ενισχυμένο όγκους, ενώ τα υπόλοιπα δείγματα έδειξαν χαμηλά μεταγραφική δραστηριότητα στην περιοχή αυτή (Εικόνα 3Ε). Παρά το γεγονός ότι παρατηρήθηκε επιπλέον μεταγραφή έξω από το

OVAL

τόπου, κυρίως στην ανοδική περιοχή (Σχήμα 3Ε), τα σήματα αυτά δεν ήταν συνεπής μεταξύ των επιμέρους όγκων (Σχήμα S5 στο S1 αρχείου). Εξέταση των διαθέσιμων δεδομένων Genbank αποκάλυψε λίγες μόνο ενικό ESTs αλληλουχίες στην περιοχή AXI μακριά από το εστιακό κέντρο, ενώ

RP11-522D2

.

1

/

ΟΒΑΛ

ήταν υποστηρίζεται από 12 συγκολλημένα ESTs και 6 cDNA αλληλουχίες. Μια υποθετική Y-RNA (προβλεπόμενο από τις οικογένειες RFAM), κοντά στην άκρη περιοχή AXI 50 kb από το εστιακό κορυφή, δεν υποστηρίχθηκε από cDNA /EST αποδείξεις ή RNA-seq σε όγκους ή φυσιολογικούς ιστούς (δεδομένα δεν παρουσιάζονται). Καταλήγουμε στο συμπέρασμα ότι και οι δύο προφίλ έκφρασης όγκου HGS-OVCA και είναι διαθέσιμο Σημείο αποδείξεις cDNA /EST να

ΟΒΑΛ

ως κύρια σταθερά μεταγραφεί μονάδα στην ενισχυμένη περιοχή AXI.

ανάλυση Gene σύνολο εμπλουτισμού (GSEA) αποκάλυψε ότι στο παρελθόν καθορισμένους στόχους της Ρ53 (TANG_SENESCENCE_TP53_TARGETS_DN) ήταν σημαντικά αυξημένα σε

ΟΒΑΛ

ενισχύεται όγκους (Σχήμα 3F). Ενώ αυτό δείχνει ότι

OVAL

ενεργοποίηση μπορεί να συμπίπτει με αλλαγμένη δραστικότητα Ρ53,

ΤΡ53

κατάσταση μετάλλαξης και τα επίπεδα mRNA ήταν παρόμοια και στις δύο ομάδες. Τα γονίδια που κωδικοποιούν μυών που σχετίζονται με συσταλτικές πρωτεΐνες (STRUCTURAL_CONSTITUENT_OF_MUSCLE) εμπλουτίστηκαν μεταξύ εκείνων που καταπιέζονται στο

ΟΒΑΛ

ενισχύεται όγκους.

Μοριακός χαρακτηρισμός των ΟΒΑΛ

Αφού διαπιστώθηκε

ΟΒΑΛ

ως πιθανός στόχος στην περιοχή AXI, χαρακτηρίσαμε περαιτέρω αυτό το γονίδιο από την άποψη της δομής γονιδίου και φυσιολογική έκφραση ιστού. Η

OVAL

γονίδιο περιέχει τρία εξώνια σχολιασμένα που δημιουργούν μία προβλεπόμενη 1489 nt μη-κωδικοποίησης ΚΝΑ, όπου η μεγάλη τρίτο εξώνιο συμβάλλει το μεγαλύτερο μέρος της αλληλουχίας. Αυτή η δομή υποστηρίχθηκε από πολλαπλές αλληλουχίες GenBank mRNA (Σχήμα 4Α) και συγκολλημένα ESTs, καθώς και RNA-seq από κυτταρικές σειρές όπως Gm12878 (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται). Πολλές από τις

ΟΒΑΛ

ESTs και mRNAs που προέρχονται από ανθρώπινα κύτταρα μελανώματος, και, κατά συνέπεια, η μεταγραφή είχε επισημάνει σε πρόσφατη οθόνη βιοπληροφορικής για τη δημόσια ESTs μελάνωμα ειδικά [29].

ΟΒΑΛ

επίσης χαρτογραφηθεί σε μια πρόσφατη έρευνα του ανθρώπινου διαγονιδιακές lncRNAs [19], και παρόμοια με τη δική μας ανάλυση των δεδομένων RNA-επόμενα φυσιολογικό ιστό, αυτή η μελέτη εντόπισε μια εναλλακτική πρώτη ισομορφή εξόνιο (Εικόνα 4Α) δεν υποστηρίζονται από τα στοιχεία της έκφρασης του όγκου. Αν και παρατηρήθηκαν επιπλέον πιθανά πρότυπα ματίσματος στους όγκους, αυτά έδειξαν ασθενή και ασυνεπής έκφραση απέναντι δείγματα (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται).

Α,

OVAL

τόπο επί χρωμοσώματος 1. GenBank mRNAs, συντηρημένη μεταγραφή θέσεις πρόσδεσης παράγοντα (TFBS) που προβλέπεται από την Brower UCSC, και άλλα χαρακτηριστικά υποδεικνύονται. Β, Κανονικό προφίλ έκφρασης των ιστών του

OVAL

(RNA-επόμενα). έκφραση καρδιά επιβεβαιώθηκε με αντίστροφη μεταγραφή PCR. PC3, ανθρώπινου προστάτη καρκινική κυτταρική γραμμή? Καρδιά, καρδιά κόλπου? Α7, ανθρώπινη κυτταρική σειρά μελανώματος C,

ΟΒΑΛ

και κωδικοποίησης των γειτόνων της έχουν διαφορετικά χαρακτηριστικά έκφρασης. D, υποκυτταρικά RNA-seq από 7 συγκεντρώνονται κυτταρικές σειρές (Gm12878, HelaS3, HepG2, HUVEC, H1hesc, ΝΗΕΚ και Κ562) δείχνει κυρίαρχη κυτταροπλασματική εντόπιση.

Η

Εξελικτική διατήρησης, με βάση ένα θηλαστικό γονιδιωματικής πολλαπλή ευθυγράμμιση , ήταν χαμηλή συνολικά, αλλά συγκεκριμένες περιοχές στο τελευταίο εξόνιο καταδειχθεί αυξημένη διατήρηση (Σχήμα 4Α). Η βάση δεδομένων miRcode υποθετικών θέσεων στόχων microRNA σε lncRNAs [30] αποκάλυψε ένα συντηρημένο miR-30 θέση, που υπάρχουν στα περισσότερα πρωτεύοντα και τα θηλαστικά, σε ένα από αυτά τα μπαλώματα. Αν και η ώριμη αλληλουχία είναι κυρίως μη επαναλαμβανόμενα, RepeatMasker [31] προσδιορίζονται THE1A-int LTR και L2b προέρχονται LINE στοιχεία, καθώς επίσης και μια πιθανή U2 snRNA αλληλουχία στο τελευταίο εξόνιο (Σχήμα 4Α). Ωστόσο, εμείς δεν βρήκε αγώνες για να snRNAs ή άλλες γνωστές δομές στο RFAM [32], και

ΟΒΑΛ

εκ τούτου, είναι απίθανο να λειτουργήσει ως προπομπός για μια κλασική διαρθρωτικές RNA.

LncRNAs έχουν προηγουμένως καθορίζεται βάσει των βαθμολογιών συχνότητα υποκατάστασης κωδικονίου και την έλλειψη ενός ανοικτού πλαισίου ανάγνωσης (ORF) μεγαλύτερο από 100 αμινοξέα [1]. Εκτός του ότι είναι ταξινομημένα ως μη-κωδικοποίησης από τον αγωγό GENCODE, η ώριμη

OVAL

αλληλουχία ήταν μη-κωδικοποίησης σύμφωνα με τον αλγόριθμο CPC [33] και χρησιμοποιώντας PhyloCSF [34] με βάση μια ευθυγράμμιση των θηλαστικών. ORF σε

ΟΒΑΛ

όλα δεν έχουν την συναίνεση Kozak και όχι περισσότερο από 98 αμινοξέα είναι. Μια πρόσφατη κοινή ανάλυση των διαδοχικό μάζας δεδομένων φασματομετρίας και ακολουθίες GENCODE lncRNA, συμπεριλαμβανομένων των

RP11522-D2

.

1

/

OVAL

, τα οποία προσδιορίζονται από ένα μόνο αγώνα lncRNA όταν εξαίρεση misannotated περιπτώσεις, υποστηρίζοντας μια συνολική έλλειψη κωδικοποίησης ικανότητα για αυτά τα μετάγραφα [35]. Σημαντικά, καμία ομολογία προς οποιαδήποτε γνωστή αλληλουχία πρωτεΐνης αποκαλύφθηκε με ανάλυση BLASTx. Μια συνάρτηση κωδικοποίησης έτσι φαίνεται απίθανο, και καταλήγουμε στο συμπέρασμα ότι

ΟΒΑΛ

πιθανόν αντιπροσωπεύει ένα

καλόπιστους

lncRNA.

RNA-seq από φυσιολογικούς ανθρώπινους ιστούς έδειξε ότι

ΟΒΑΛ

εκφράζεται επιλεκτικά σε καρδιακό μυ, και αυτό επιβεβαιώθηκε με αντίστροφη μεταγραφή PCR (Σχήμα 4Β). Δύο υποθετικές παράγοντα-2 διατηρημένη ενισχυτή μυοκυττάρων (MEF2) θέσεις δέσμευσης, τοποθετημένο κοντά στην εναλλακτική πρώτο εξόνιο (Σχήμα 4Α), μπορεί να οδηγήσει την έκφραση στο μυϊκό ιστό, καθώς και οι δύο του καρδιακού μυός και κύτταρα ανθρώπινου σκελετικού μυός μυοβλάστη (HSMM) εκφράζουν αποκλειστικά αυτή την εναλλακτική λύση ισομορφή (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται). Η

ΟΒΑΛ

πρότυπο έκφρασης είναι σημαντικά διαφορετική από την κωδικοποίηση των γειτόνων της (Σχήμα 4C), και υποκυτταρικός εντοπισμός της ήταν κυρίως κυτταροπλασματική (Σχήμα 4D). Αυτό μιλάει περαιτέρω ενάντια σε έναν

cis-ρυθμιστικών

ρόλο στην κοντινή γονίδια, και είναι συνεπής με τα ευρήματα μας ότι

ΟΒΑΛ

ενίσχυση δεν επηρεάζει κυρίως την έκφρασή τους (Σχήμα 4D). Συνοπτικά,

OVAL

φαίνεται να έχει ένα κυτταροπλασματικό μη-κωδικοποίησης λειτουργία που είναι ανεξάρτητος από τους γείτονές της που κωδικοποιεί την πρωτεΐνη.

OVAL ενίσχυση σε ορώδες ενδομητρίου καρκινώματα

Στη συνέχεια ερευνήσαμε αν

OVAL

ενίσχυση είναι μοναδική για τον καρκίνο των ωοθηκών, και θεωρούνται αριθμού αντιγράφων προφίλ από 16 επιπλέον καρκίνους TCGA, που κυμαίνονται σε μέγεθος από 57 έως 825 όγκους. Είναι ενδιαφέρον, παρατηρήσαμε χαμηλής συχνότητας εστιακή ενίσχυση του

OVAL

locus επίσης σε καρκίνωμα endometroid μήτρας corpus, ενώ καμία προφανής εστιακό σήμα παρατηρήθηκε στα υπόλοιπα καρκίνους (Σχήμα S6 σε S1 File). Μια πιο προσεκτική εξέταση αποκάλυψε ότι το εστιακό κορυφή συνέπεσε και πάλι στενά με το

OVAL

γονιδίου (Σχήμα 5Α).

Α, χαμηλής συχνότητας εστιακή ενίσχυση του

ΟΒΑΛ

θέση στον καρκίνο του ενδομητρίου , αλλά όχι 16 άλλους καρκίνους TCGA (βλέπε Εικόνα S6 στο S1 αρχείου). B, το 56% των εστιακά ενισχύεται περιπτώσεις ήταν το ορώδες υπότυπο, σε σύγκριση με το 21% συνολικά (

P

= 0,025, ακριβής δοκιμασία του Fisher). C,

OVAL

RNA έντονα επάγεται σε ένα υποσύνολο των όγκων, και αυτό συνέπεσε με εστιακή ενίσχυση της περιοχής AXI. ΝΔ, δεν ανιχνεύεται. D, Μέσος όρος RNA-επόμενα πυκνότητα ανάγνωσης στην περιοχή AXI για όγκους με την ένδειξη εστιακού ενίσχυσης (

n

= 4) σε σύγκριση με το υπόλοιπο όγκοι (μετρήσεις κανονικοποιημένη ανάγνωσης ανά 1000 τμήμα nt). Ε, Παρόμοια με τον καρκίνο των ωοθηκών, η ανάλυση GSEA αποκάλυψε επαγωγή των στόχων Ρ53 στο

ΟΒΑΛ

ενισχύεται όγκους.

Η

Ένα κλάσμα του ενδομητρίου όγκων ταξινομούνται ως ορώδες ή ορώδες-όπως. Αυτοί έχουν μια στενή μορφολογική ομοιότητα με ωοθηκών ομόλογό τους [36], και είναι επίσης γενετικά παρόμοια με τον καρκίνο των ωοθηκών [37]. Κατά συνέπεια, παρατηρήσαμε ότι οι όγκοι του ορώδες υποτύπου ήταν & gt? 4 φορές περισσότερες πιθανότητες να φέρουν

ΟΒΑΛ

εστιακό ενίσχυσης σε σύγκριση με μη-ορώδες όγκοι (5/91 έναντι 4/331,

P

= 0,025, Σχήμα 5Β). Παρόμοια με τον καρκίνο των ωοθηκών, εστιακή ενίσχυση της περιοχής AXI συνδέθηκε με έντονα αυξημένη έκφραση του

OVAL

(Σχήμα 5C), και RNA-seq κάλυψη ανάγνωσης έδειξε ότι

OVAL

ήταν η κύρια μονάδα μεταγράφηκε στην περιοχή (Σχήμα 5D). ανάλυση GSEA αποκάλυψε ότι προσδιοριστεί πειραματικά Ρ53 ρυθμίζεται γονίδια υπερεκφράζεται σε

ΟΒΑΛ

ενισχυμένα δείγματα, αναπαράγει τα προηγούμενα αποτελέσματα μας από τον καρκίνο των ωοθηκών (Σχήμα 5Ε). Στο σύνολό τους, τα αποτελέσματα από τον καρκίνο των ωοθηκών και του ενδομητρίου δείχνουν ότι

ΟΒΑΛ

ενίσχυση έχει επιλεγεί ειδικά για το ορώδες όγκους ανεξάρτητα από την θέση του όγκου.

Συμπεράσματα

LncRNAs έχουν προηγουμένως προσδιορίστηκαν σε κλινικά υλικά χρησιμοποιώντας αλληλούχιση επόμενης γενιάς, συμπεριλαμβανομένης μιας πρόσφατης μελέτης 64 καρκινώματα και σαρκώματα χρησιμοποιώντας 3 ‘άκρο αλληλούχιση [38], και αλληλούχιση μεταγραφικό 102 ιστούς του προστάτη και κυτταρικές γραμμές [10]. Επιπλέον, lncRNAs είχαν προφίλ σε φυσιολογικούς ιστούς και ο καρκίνος βασίζονται σε 272 δημόσιες βιβλιοθήκες SAGE [39]. Η παρούσα ανάλυση είναι η πρώτη που κάνει χρήση της TCGA RNA-seq στο προφίλ lncRNAs στον καρκίνο, και να διευκολύνει τη μελλοντική έρευνα που κάνουμε lncRNA μοριακό προφίλ για όγκους TCGA διαθέσιμα σε www.larssonlab.org/tcga-lncrnas.

υπάρχει μόνο περιορισμένες ενδείξεις για σωματικές εστιακό αριθμό αντιγράφων αλλοίωση lncRNAs στον καρκίνο, και περιγράφονται υποθέσεις αφορούν lncRNAs που συν-μεταβάλλονται με εγγύς κωδικοποίηση γονίδια του καρκίνου. Δύο lncRNAs στο

LSAMP

ογκοκατασταλτικό θέση στο χρωμόσωμα 3q13,

OC285194

και

BC040587

, ήταν συχνά εστιακά διαγράφονται στο οστεοσάρκωμα, συχνά μαζί με το

LSAMP

[26]. Αυτά τα lncRNAs συνεκφράζονται με

LSAMP

, και τα τρία γονίδια είναι πιθανό λειτουργικά διασυνδεδεμένα. Η

PVT1

τόπο επί 8q24, η οποία οδηγεί σε μια ποικιλία από συγκολλημένα μη-κωδικοποίησης RNAs, συχνά συν-ενισχύεται με το κοντινό

MYC

ογκογονιδίου [40,41]. Ωστόσο, με τον καιρό έχει καταστεί σαφές ότι

PVT1

κωδικοποιεί αρκετές microRNAs, και ο πρωταρχικός ρόλος του θα μπορούσε να είναι ότι ένα πρόδρομο microRNA [42,43].

Στην περίπτωση του

RP11 /522D2.1 /ΟΒΑΛ

, διάφορες ανεξάρτητες παρατηρήσεις διορίσει ως ανεξάρτητο στόχο των σωματικών γονιδιακής ενίσχυσης. Βρίσκεται στο κέντρο μιας στενά ενισχύεται διαγονιδιακές τμήμα που δεν έχει άλλα σχολιασμένη γονίδια, και το εστιακό κορυφή συμπίπτει στενά με το

ΟΒΑΛ

γονίδιο. RNA-επόμενα κάλυψη ανάγνωσης, καθώς και τις διαθέσιμες cDNA και EST αποδείξεις, απέτυχε να αποκαλύψει άλλες αξιόπιστες υποψηφίους στην περιοχή. Εστιακή, αλλά όχι ευρεία, ενίσχυση συνέπεσε με την ισχυρή επαγωγή

ΟΒΑΛ

RNA.

ΟΒΑΛ

δεν ήταν συν-εκφράζεται με την κωδικοποίηση τους γείτονές της, κανένα από τα οποία έχουν προηγουμένως συνδέονται με τον καρκίνο και το πιο κοντινό είναι πάνω από 50 kb μακριά, και

ΟΒΑΛ

ενίσχυσης δεν μεταβάλλουν σημαντικά την έκφρασή τους . Αυτό, σε συνδυασμό με ένα κυρίως κυτταροπλασματική εντόπιση, μιλάει εναντίον

ΟΒΑΛ

έχει ένα

cis-ρυθμιστικών

ρόλο για τα γονίδια γείτονα. Η αναπαραγωγή αυτών των προτύπων στο ορώδες καρκίνο του ενδομητρίου ενισχύει την υπόθεση.

Focal ενίσχυση της περιοχής AXI είναι σχετικά σπάνια (3,9%), και το πλάτος τα κέρδη συνήθως χαμηλά. Ωστόσο, HGS-OVCA χαρακτηρίζεται από μεγάλη μεταλλακτική ποικιλομορφία, με μια σχετική έλλειψη ενιαίας συχνών αλλαγών οδήγησης, και η συχνότητα μπορεί να συγκριθεί με γνωστές λειτουργικές μεταβολές όπως BRCA1 και BRCA2 σωματική μετάλλαξη (3,5% και 3,2%, αντίστοιχα [44]) .