Οι

Αφηρημένο

Ιστορικό

Οι μεταλλάξεις και η μεθυλίωση υποστηρικτές »ενός συνόλου γονιδίων υποψήφιος καρκίνου (CAN γονίδια) που σχετίζονται με την εξέλιξη του καρκίνου του παχέος εντέρου (CRC). Υποθέσαμε ότι οι προαγωγοί αυτών των γονιδίων ‘αδρανοποιούνται μέσω επιγενετικών σίγηση και μπορεί να επιδείξει ένα διαφορετικό προφίλ σε πληθυσμούς υψηλού κινδύνου. Ερευνήσαμε την κατάσταση του γονιδίου μπορεί μεθυλίωσης και την έκφραση της πρωτεΐνης CHD5 σε μικροσυστοιχίες ιστό αφροαμερικάνων CRC (TMA) χρησιμοποιώντας ανοσοϊστοχημική χρώση.

Μεθοδολογία /Κύρια Ευρήματα

Η κατάσταση μεθυλίωσης του υποκινητή των γονιδίων μπορεί ο μελετηθεί από μεθυλίωσης-ειδική PCR (MSP) σε 51 Ιρανοί (ένα λευκό πληθυσμού) και 51 Αφροαμερικανοί (ΑΑ). Μικροδορυφορικού αστάθεια (MSI) αναλύθηκε επίσης. Η διαφορική συχνότητα της μεθυλίωσης για κάθε γονίδιο ελέγχθηκε με ανάλυση Chi-square ανάμεσα στις δύο ομάδες με βάση την συμφωνημένα ηλικία και το φύλο. έκφραση της πρωτεΐνης CHD5 αξιολογήθηκε σε μέτρια έως καλά διαφοροποιημένο και κακώς διαφοροποιημένο καρκίνωμα σε σύγκριση με συμφωνημένα φυσιολογικό ιστό χρησιμοποιώντας TMA. Επιπλέον, η συσχέτιση μεταξύ αυτών των επιγενετικών βιοδείκτες και διάφορα κλινικοπαθολογοανατομικές παράγοντες, μεταξύ των οποίων, την ηλικία, την τοποθεσία και το στάδιο της νόσου αναλύθηκαν.

Εβδομήντα επτά και 34% των όγκων ήταν άπω στην αμερικανική ασθενείς του Ιράν και της Αφρικής , αντίστοιχα. Σε δύο πληθυσμούς, το ποσοστό της μεθυλίωσης ήταν & gt? 65% για SYNE1, ΜΜΡ2, APC2, GPNMB, EVL, PTPRD και STARD8, ενώ η μεθυλίωση ήταν & lt? 50% για LGR6, RET, CD109, και RNF. Η διαφορά στην μεθυλίωση μεταξύ των δύο πληθυσμών ήταν στατιστικά σημαντική για CHD5, ICAM5 και GPNMB. Τριάντα μία όγκους τοις εκατό ΑΑ έδειξε MSI-H, σε σύγκριση με 28% σε Ιρανούς.

Συμπεράσματα /Σημασία

Ένα σημαντικά υψηλότερο ποσοστό μεθυλίωσης βρέθηκε για GPNMB, γονίδια ICAM5, και CHD5 σε ΑΑ ασθενείς σε σύγκριση με τους Ιρανούς. Αυτά τα γονίδια θα μπορούσαν να παίξουν ένα ρόλο στην υψηλή συχνότητα εμφάνισης και την επιθετικότητα του CRC στον πληθυσμό ΑΑ. Η υπερμεθυλίωση των γονιδίων μπορεί να θεωρηθεί ως δείκτης της καρκινογένεσης του παχέος εντέρου

Παράθεση:. Mokarram P, Kumar Κ, Brim Η Naghibalhossaini F, Saberi-firoozi Μ, Nouraie M, et al. (2009) Ξεχωριστά υψηλού προφίλ Methylated γονίδια για τον καρκίνο του παχέος εντέρου. PLoS ONE 4 (9): e7012. doi: 10.1371 /journal.pone.0007012

Επιμέλεια: Ulrich Zanger, Δρ Margarete Fischer-Bosch Ινστιτούτου Κλινικής Φαρμακολογίας, Γερμανία

Ελήφθη: 15 Γενάρη του 2009? Αποδεκτές: 17 του Ιούνη 2009? Δημοσιεύθηκε: 11 του Σεπ 2009

Copyright: © 2009 Mokarram et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Αυτό το έργο υποστηρίχθηκε από Grant # CA102681, που χρηματοδοτείται από το Εθνικό Ινστιτούτο Καρκίνου, ΝΙΗ. Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα: Οι συγγραφείς δηλώνουν ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

καρκίνο του παχέος εντέρου (CRC) παραμένει η πλέον διαδεδομένη γαστρεντερικό καρκίνο στις Ηνωμένες Πολιτείες [1]. Το ποσοστό επίπτωσης και θνησιμότητας των CRC είναι υψηλότερες σε ΑΑ [2], [3]. Μια σημαντική αύξηση CRC συχνότητα με κυρίαρχο περιφερική εντόπιση έχει επίσης αναφερθεί στο Ιράν κατά την τελευταία δεκαετία [4], [5].

Ένα από τα μονοπάτια CRC περιλαμβάνει μεταγραφική αποσιώπηση με υπερμεθυλίωση των CpG νησίδων, η οποία αναφέρεται ως το φαινότυπο methylator (CIMP

+) [6], ότι ως επί το πλείστον οι περιοχές στόχοι υποκινητή των ογκοκατασταλτικών γονιδίων (π.χ., ρ16 και γονίδια hMLH1) [7], [8], [9]. Εχει πρόσφατα αποδειχθεί ότι οι γενετικές και επιγενετικές μεταβολές ορισμένων γονιδίων υποψήφιος καρκίνου (CAN γονίδια), συμπεριλαμβανομένων? SYNE1, ΜΜΡ2, GPNMB, APC2, EVL, PTPRD, CDH5, LGR6, STARD8, CD109, ICAM5, CHD5, RNF και RET, είναι σημαντικά για την εξέλιξη της CRC [10], [11].

Η λειτουργικός χαρακτηρισμός αυτών των γονιδίων σε σχέση με την εξέλιξη του όγκου δεν έχει αποσαφηνιστεί πλήρως. Αυτά τα γονίδια θα μπορούσαν να διαιρεθούν σε 5 κατηγορίες: (1) καταστολείς όγκων, συμπεριλαμβανομένων αδενωματώδη πολυποδίαση coli ογκοκατασταλτικό ομόλογο 2 (APC2) και πρωτεΐνη-υποδοχέα της τυροσίνης φωσφατάσης τύπου δέλτα (PTPRD)? (2) γονίδια που κωδικοποιούν τους υποδοχείς, συμπεριλαμβανομένων μετατεθεί χρονικά κατά τη διάρκεια της επιμόλυνσης πρωτο-ογκογονίδιο (RET), που περιέχει επανάληψη συζευγμένου με πρωτεΐνη υποδοχέα πλούσιες σε λευκίνη 6 (LGR6) και ΕΝΑ /VASP όπως πρωτεΐνη (EVL)? (3) γονίδια που είναι γνωστό ότι εμπλέκονται σε πρωτεΐνης-πρωτεΐνης και της πρωτεΐνης-ΟΝΑ αλληλεπιδράσεις, συμπεριλαμβανομένης της μεταφοράς λιπιδίων STAR σχετίζονται (START) που περιέχει την περιοχή 8 (STARD8), πρωτεΐνη δαχτυλίδι δάχτυλο (RNF182), το αντιγόνο CD109 (CD109), γλυκοπρωτεΐνη ΝΜΒ (GPNMB)? (4) γονίδια που εμπλέκονται στη μετάσταση και την ανάπτυξη του όγκου, συμπεριλαμβανομένων μόριο ενδοκυτταρικής προσκόλλησης 5 (ICAM5), μεταλλοπρωτεϊνάσης μήτρας 2 (ΜΜΡ2), και τη συναπτική πρωτεΐνη πυρηνικού φακέλου 1 (SYNE1)? και (5) τα γονίδια των οποίων η έκφραση σχετίζεται με αλλαγές στη δομή της χρωματίνης, όπως δέσμευσης DNA πρωτεΐνης chromodomain ελικάσης 5 (CHD5).

Αυτά τα γονίδια επιλέχθηκαν από πολλούς καταλόγους πιθανών γονιδίων του καρκίνου [11], [ ,,,0],12], επειδή πρόσφατες μελέτες έδειξαν ότι σε μη-AA CRC, προαγωγούς τους είναι μεθυλιωμένα και /ή μεταλλαγμένο [10]. Αυτό είναι, στην πραγματικότητα, με βάση την σφαιρική ανάλυση Sjoblom κ.ά., όπου η συστηματική ανάλυση αλληλουχίας των όγκων CRC αποκάλυψε την σημασία αυτών των δεικτών σε CRC εξέλιξη [11].

Ενώ τα περισσότερα από αυτά τα γονίδια είναι νέα, υπάρχουν είναι ορισμένες λειτουργικές διαθέσιμες στη βιβλιογραφία δεδομένων. Οι υποδοχείς για γλυκοπρωτεϊνικές ορμόνες όπως LGR6 είναι συζευγμένο με πρωτεΐνη 7-διαμεμβρανικών υποδοχέων [13]. SYNE1 περιέχει πολλαπλές επαναλήψεις σπεκτρίνης και 60-αμινοξέων Ο-τελική περιοχή ομόλογη προς την

Drosophila

πρωτεΐνη Klarsicht. Υπάρχουν δύο ισομορφές mRNA, SYNE1A και SYNE1B, στους σκελετικούς και καρδιακούς μυς [14], [15].

Το μεταστατικό δυναμικό των καρκινικών κυττάρων έχει βρεθεί ότι συσχετίζεται με την δραστικότητα του ενζύμου που ΜΜΡ2 [16], ότι είναι λειτουργικώς ενεργά στην επιφάνεια των αγγειογόνων αιμοφόρων αγγείων [16]. CD109 είναι μια GPI-συνδεδεμένη αντιγόνο κυτταρικής επιφάνειας που εκφράζεται από οξεία μυελογενή λευχαιμία κυτταρικές σειρές CD34 +, Τ-κυτταρικές γραμμές, ενεργοποιημένα Τ λεμφοβλάστες, ενδοθηλιακά κύτταρα, και ενεργοποιημένα αιμοπετάλια [17]. Το μοτίβο RING δάχτυλο είναι ένα εξειδικευμένο πεδίο δακτύλου ψευδαργύρου συμπεριλαμβανομένων RNF182 και βρίσκεται σε πολλές μεταγραφικές ρυθμιστικές πρωτεΐνες [18]. Οι μεταλλάξεις στο γονίδιο RET που σχετίζονται με πολλαπλές ενδοκρινική νεοπλασία, τύπου ΙΙΑ και ΙΙΒ [19].

Η αλλοίωση της έκφρασης CHD5 σχετίζεται με αλλαγές στη δομή της χρωματίνης, μέσω της τροποποίησης των ιστονών με ακετυλίωση και μεθυλίωση [20]. Σημειώθηκε ότι διαλυτές επίπεδο ICAM5 αυξήθηκε στον παράγοντα διέγερσης αποικιών των ασθενών με οξεία εγκεφαλίτιδα [21]. GPNMB εκφράζεται κατά προτίμηση σε συνθήκες χαμηλού μεταστατικού κυτταρικές σειρές μελανώματος όπως γλυκοπρωτεΐνη [22]. Σε μετάσταση μελανώματος, υπάρχει μια αντίστροφη σχέση μεταξύ της έκφρασης GPNMB και calcyclin ή θυμοσίνη-βήτα-10, δύο άλλες πιθανές δείκτες για την πρόοδο της δερματικού μελανώματος. Τα δύο τρίτα των άκρως μεταστατικά μελανώματα εκφράζουν ανασυνδυασμένο GPNMB έδειξαν επιβράδυνση της ανάπτυξης υποδόριου όγκου, ενώ το ένα τρίτο έδειξε μειωμένη πιθανότητα για αυθόρμητη μετάσταση σε γυμνούς ποντικούς [22] ή διασπορά χρωστικής της ίριδας σε DBA /2J ποντικούς [23]. APC2 εμπλέκεται σε μια σειρά μοριακών σημάτων εκκινείται με την δέσμευση του Wnt πρωτεΐνης σε μία frizzled οικογένεια υποδοχέα στην επιφάνεια του κυττάρου στόχου και τελειώνει με μια αλλαγή στην κατάσταση των κυττάρων [24], [25]. APC2 πρωτεΐνη αλληλεπιδρά με μικροσωληνίσκους πρωτεΐνη που συνδέεται, η οποία πραγματοποιεί βήτα-κατενίνης μεσολαβεί ανάπτυξη σηματοδότηση [24], [25]. Η συν-έκφραση της πρωτεΐνης EVL μαζί με σπεκτρίνη άλφα-II ενισχύει την αλληλεπίδραση κυττάρου-προς-κύτταρο. Η μεθυλίωση του γονιδίου EVL σε όλες πτωχά διαφοροποιημένα καρκινώματα υποδεικνύει ότι είναι ένας παράγοντας στην κυτταρική διεισδυτικότητα [26]. STARD8 ταυτοποιήθηκε ως ογκοκατασταλτικό γονίδιο που αναστέλλει την ανάπτυξη του καρκίνου [27]. Βρίσκεται στο χρωμόσωμα Xq13 και κωδικοποιεί DLC-3 (που σχετίζονται με Rho ΟΤΡάσης). Η επιμόλυνση του ανθρώπινου μαστού και καρκίνου του προστάτη κύτταρα με ένα φορέα έκφρασης DLC-3ΑΛΦΑ ανέστειλαν τον πολλαπλασιασμό των κυττάρων, σχηματισμό αποικιών, και αύξηση σε μαλακό άγαρ [27].

Στην παρούσα μελέτη, αναλύσαμε δείγματα από ΑΑ και Ιρανικό ασθενείς για μεθυλίωση των υποκινητών γονιδίων μπορεί ». Υποθέσαμε ότι ΜΠΟΡΕΙ γονίδια απενεργοποιούνται μέσω επιγενετικών αποσιώπηση και μπορεί να δείχνουν διακριτά προφίλ μεθυλίωσης σε διαφορετικούς πληθυσμούς.

Υλικά και Μέθοδοι

Ηθική Δήλωση

Αυτή η μελέτη εγκρίθηκε από το Πανεπιστήμιο Χάουαρντ Institutional Review Board, και γραπτή συγκατάθεση λήφθηκε.

χρησιμοποιήθηκαν πληθυσμό της μελέτης, και τα δείγματα όγκων

Ένα σύνολο 102 δειγμάτων CRC. Πενήντα ένα σποραδικά δείγματα CRC από την ιρανική ασθενείς, προσλαμβάνονται στα νοσοκομεία της Σιράζ Πανεπιστήμιο Ιατρικών Επιστημών 2003-2005 και 51 δείγματα CRC από ασθενείς ΑΑ, προσλαμβάνονται στο Πανεπιστημιακό Νοσοκομείο Χάουαρντ, σε συνδυασμό με το φύλο, την ηλικία (με ± 5 έτη) και στάδιο, συμπεριλήφθηκαν στην παρούσα μελέτη. Όλα τα δείγματα αξιολογήθηκαν και υποβλήθηκαν σε ιστολογική διάγνωση από παθολόγους εμπειρογνώμονα. Οι ιστοί συλλέχθηκαν (με την έγκριση από το Institutional Review Boards όλα τα παραπάνω sites και κλινικά δεδομένα που ελήφθησαν (συμπεριλαμβανομένων φυλή, την ηλικία, το site του πρωτοπαθούς όγκου, το στάδιο, και η διαφοροποίηση του όγκου). Οικογενειακό ιστορικό καρκίνου αναλύθηκε για να αποκλείσει αυτές τις καταγωγές που συναντήθηκαν είτε τα κριτήρια Amsterdam Ι ή Amsterdam II.

μεθυλίωσης-ειδική PCR

Η κατάσταση μεθυλίωσης του υποκινητή των γονιδίων μπορεί προσδιορίστηκε όπως περιγράφηκε προηγουμένως [28], [29], [30]. Η Οι αλληλουχίες των εκκινητών που χρησιμοποιούνται για την ενίσχυση των περιοχών προαγωγού του καθενός από τα γονίδια μπορεί παρατίθενται στον πίνακα 1. τα MS-PCRs εκτελέστηκαν όπως περιγράφηκε προηγουμένως (Πίνακας 1) [10]. Οι εκκινητές σχεδιάστηκαν MSP χρησιμοποιώντας ένα λογισμικό που αναπτύχθηκε στο Πανεπιστήμιο Johns Hopkins (www.mspprimers.org) [10] με βάση τις αλληλουχίες των οποίων οι αριθμοί προσχώρησης και αντίστοιχη λειτουργία δίνονται στον πίνακα 2. οι συνθήκες PCR ήταν ως εξής: HotStart Taq πολυμεράση (Qiagen) χρησιμοποιήθηκαν με την αρχική ενεργοποίηση και μετουσίωση 95 ° C × 15 λεπτά? 35 κύκλοι [95 ° Cx45 sec? 60 ° C × 45 δευτερόλεπτα? 72 ° C × 1 λεπτό] που ακολουθείται από τελική προέκταση 72 ° C × 10 λεπτά. In vitro μεθυλιωμένου DNA και μη μεθυλιωμένου DNA λεμφοκύτταρα χρησιμοποιήθηκαν ως θετικοί και αρνητικοί έλεγχοι, αντίστοιχα. Η θερμοκρασία ανόπτησης ήταν 56 ° C για APC2 και CD109 [10], αντίστοιχα, ενώ ήταν 60 ° C για όλα τα άλλα γονίδια (Πίνακας 1).

Η

απομόνωση DNA και ανάλυση MSI

Αρχείο και φρέσκο ​​μπλοκ όγκου κόπηκαν σε 5-μm τμήματα για Superfrost διαφάνειες (Fisher Scientific, Pittsburgh, PA). Οι περιοχές των όγκων και φυσιολογικό διαγνώστηκαν από έναν παθολόγο χρησιμοποιώντας την H & amp? Ε συμφωνημένα διαφάνεια και μικροτομή να εντοπίσει τον όγκο και φυσιολογικό περιοχές από τουλάχιστον δύο διαφάνειες. εξαγωγή DNA και MSI (πέντε μικροδορυφορικών δεικτών [31] (BAT25, BAT26, D17S250, D5S346 και D2S123) έγιναν σύμφωνα με προηγούμενες μελέτες μας [28], [29], [30]. Οι όγκοι με αστάθεια σε μόνο μία από τις δείκτες σημάνθηκαν MSI-L, αυτά με αστάθεια σε δύο ή περισσότερους δείκτες σημάνθηκαν MSI-H, και εκείνους που δεν αστάθεια σημάνθηκαν MSS. Λόγω ασαφή χαρακτηριστικά του MSI-L, συνδυάσαμε MSS και MSI-L σε μία ομάδα ( μη-MSI-H).

ιστικές μικροσυστοιχίες και Ανάλυση Immunohiostochemical

ιστός μικροσυστοιχίες (TMAs) κατασκευάστηκαν χρησιμοποιώντας ένα Beecher Instruments ΜΤΑ-1 arrayer ιστού. Κάθε TMA περιείχε ιστό από την κανονική και όγκου περιοχές ., με βάση ένα δημοσιευμένο πρωτόκολλο [32] Διπλότυπα δείγματα όγκου λήφθηκαν από κάθε μπλοκ ιστού Συνολικά, 116 περιπτώσεις αναλύθηκαν για έκφραση CHD5?. μέτρια έως καλά διαφοροποιημένα (55 περιπτώσεις), και κακώς διαφοροποιημένα (4 περιπτώσεις) καρκινώματα με συμφωνημένα γειτονικών φυσιολογικών ιστών (57 περιπτώσεις) ήταν διαθέσιμα για συγκρίσεις ελέγχου. Μια αναδρομική ανάλυση για την αξιολόγηση των αποτελεσμάτων βασίστηκε σε λεπτομερή κλινικοπαθολογοανατομικές πληροφορίες που συνδέονται με τα δείγματα TMA. TMA λαμβάνονται από μπλοκ εγκλεισμένο σε παραφίνη χρησιμοποιήθηκε για τα πειράματα ανοσοϊστοχημεία. Τμήματα (5 μm) τοποθετήθηκαν σε φορτισμένη γυάλινες διαφάνειες, αποπαραφινώθηκαν με ξυλόλιο για 2 χ 10 λεπτά και επανυδατώθηκαν χρησιμοποιώντας μία διαβαθμισμένη σειρά αιθανόλης. Το αντιγόνο ανάκτηση διεξήχθη με τοποθέτηση των δειγμάτων σε ένα φούρνο μικροκυμάτων για 12 λεπτά, με περιστασιακή διακοπή να αποφευχθεί η υποβάθμιση των ιστών από την υπερβολική θερμότητα. Οι πλάκες στη συνέχεια κατεργάζεται με υπεροξείδιο του υδρογόνου, που ακολουθείται από επώαση με πρωτογενή και δευτερογενή αντισώματα, ένα στρεπταβιδίνης-βιοτίνης, ένα αντιδραστήριο ενίσχυσης, στρεπταβιδίνης-υπεροξειδάσης και διάλυμα υποστρώματος-χρωμογόνου χρησιμοποιώντας το σύστημα Envision σύμφωνα με το πρωτόκολλο του κατασκευαστή (ϋΑΚΟ) . Τα δείγματα στη συνέχεια με αιματοξυλίνη, ξεπλένεται με αιθανόλη, ξηραίνεται και οπτικοποιείται με μικροσκοπία φωτός. Δείγματα ιστών στα οποία δεν είχε προστεθεί πρωτογενές αντίσωμα χρησιμοποιήθηκαν ως αρνητικοί έλεγχοι. Όλα τα αντιδραστήρια ανοσοϊστοχημείας αγοράστηκαν από την ϋΑΚΟ (Carpinteria, CA). Το αντίσωμα CHD5 (CHD5 κλώνος H-185, 1/10 αραίωση) αγοράστηκε από την Σάντα Cruze (San Diego, CA). Οι πλάκες διαβάζονται από δύο παθολόγους (Ε.Ι? Κ.Ο.) και το ποσοστό της κυτταροπλασματικής χρώσης καταγράφηκε

Η ιστοπαθολογική ανάλυση

Ανεξάρτητα παθολόγους αξιολογούνται συγκεκριμένες ιστοπαθολογικών χαρακτηριστικών.. Η ταξινόμηση των όγκων επιτεύχθηκε με χρώση με αιματοξυλίνη-ηωσίνη (Η &? Ε). Οι όγκοι που ταξινομούνται ως εγγύς ή άπω (στην σπληνική καμπή). Το σύστημα TNM της Διεθνούς Ένωσης κατά του καρκίνου χρησιμοποιήθηκε για την σταδιοποίηση του όγκου.

Η στατιστική ανάλυση

ηλικία των ασθενών ήταν μια συνεχής μεταβλητή, ενώ η φυλή, το φύλο, την τοποθεσία, τη διαφοροποίηση, το στάδιο, MSI, και γονίδια μπορούν μεθυλίωση ήταν κατηγορικές μεταβλητές. Η κατανομή των κατηγορηματική μεταβλητές φαίνεται από τον πίνακα συχνοτήτων, και για την ηλικία υπολογίζοντας μέσος όρος (SD). Συσχετίσεις μεταξύ μεθυλίωση των τόπων με την ηλικία, τη φυλή, το φύλο, τη διαφοροποίηση, MSI, το στάδιο και τη θέση του όγκου αξιολογήθηκαν χρησιμοποιώντας ένα τεστ πλατεία chi. Η διαφορά ηλικίας μεταξύ των δύο ομάδων δοκιμάστηκε από

t

test του Student. Όλες οι αναλύσεις πραγματοποιήθηκαν με τη χρήση

SPSS 15.0

λογισμικού (Chicago, IL).

Αποτελέσματα

κλινικοπαθολογοανατομικών χαρακτηριστικά των ασθενών

Εμείς ανέλυσε 102 δείγματα (38 θηλυκά και 64 άνδρες) από τους ασθενείς του Ιράν και της ΑΑ (Πίνακας 3). Η μέση ηλικία (SD) για καρκίνωμα στο ΑΑ ήταν 61,5 (12) έτη και 60 (13) ετών σε Ιρανούς. Δεν υπήρχε σημαντική διαφορά στο φύλο ή την ηλικία μεταξύ των δύο αναλύθηκαν πληθυσμούς. Συνολικά, 57% και 24% των όγκων ήταν εγγύς των ΑΑ και ιρανικών ασθενείς, αντίστοιχα. Μια υψηλότερη συχνότητα εμφάνισης όγκων άπω ήταν παρούσα σε Ιρανούς σε σύγκριση με την ΑΑ (Πίνακας 3). Οι περισσότεροι όγκοι ήταν στα προχωρημένα στάδια με 57% στο στάδιο II σε Ιρανούς, και 52% στο στάδιο III + IV στην ΑΑ (Πίνακας 3). Η πλειονότητα των όγκων (85%) βρέθηκαν να διαφοροποιούνται ελαφρώς σε ΑΑ, ενώ ιρανική όγκοι ως επί το πλείστον καλά διαφοροποιημένα (53%).

Η

SYNE1 και RNF182 προφίλ γονίδιο μεθυλίωσης

Η SYNE1 προαγωγός βρέθηκε να μεθυλιωθεί σε όλα τα 102 δειγμάτων που αναλύθηκαν (Πίνακας 4). Επιπλέον, η μεθυλίωση του δεν φαίνεται να σχετίζεται ειδικά με οποιοδήποτε από τα κλινικοπαθολογοανατομικών παραμέτρους που θεωρούνται σε αυτή τη μελέτη και το σημείο να σημασία της στην ογκογένεση του παχέος εντέρου ως ένα ογκοκατασταλτικό γονίδιο. Σε αντίθεση, ο υποκινητής του γονιδίου RNF182 ήταν μη μεθυλιωμένη σε όλα τα δείγματα που αναλύθηκαν (Πίνακας 4). Το εύρημα αυτό θα θέσει υπό αμφισβήτηση το καθεστώς του ως υποψήφιος για μεθυλίωση στην καρκινογένεση του παχέος εντέρου.

Η

Φύλο και γονίδιο μπορεί μεθυλίωση

Εννέα από τα 13 γονίδια έδειξε επίπεδα μεθυλίωσης του φύλου-ανεξάρτητο (Πίνακας 5). Το γονίδιο RET εμφανίζεται ένα υψηλότερο επίπεδο μεθυλίωσης στους άνδρες (45%) από ό, τι στις γυναίκες (29%). Αυτή η διαφορά, ωστόσο, δεν βρέθηκε να είναι στατιστικά σημαντική. Το APC2, PTPRD και STRAD8 γονίδια βρέθηκαν να έχουν σημαντικά διαφορετικά προφίλ μεθυλίωση στα δύο φύλα, με APC2 που υπερμεθυλιωμένο στους άνδρες (98% έναντι 90%)? PTPRD και STARD8 ήταν υπερμεθυλίωση στις γυναίκες (90% έναντι 67%) και (84% έναντι 61%), αντίστοιχα.

Η

Η ηλικία και το γονίδιο μπορεί μεθυλίωση

Κανένα από τα 13 γονίδια που αναλύθηκαν έδειξαν οποιαδήποτε εξαρτώμενη από την ηλικία προφίλ μεθυλίωση, αν και ICAM5 και CD109 έδειξε μη στατιστικά σημαντικές διαφορές (πίνακας 5). Το εύρημα αυτό συμφωνεί με τον τρόπο που επιλέχθηκαν τα γονίδια και υποστηρίζει την ιδέα ότι οι περισσότεροι από αυτούς είναι στοχευμένες με μεθυλίωση σε μια καρκινογόνο διαδικασία.

θέση του όγκου και γονίδιο μπορεί μεθυλίωση

Δέκα της αναλυθεί γονίδια έχουν παρόμοια επίπεδα μεθυλίωσης, ανεξάρτητα από την τοποθεσία του όγκου (Πίνακας 5). Ωστόσο, CD109, LGR6 και ICAM5 εμφανίζονται υψηλότερα επίπεδα μεθυλίωσης στο εγγύς όγκους σε σχέση με το άπω αυτά. συχνότητα μεθυλίωσης του CD109 ήταν 43% στο εγγύς όγκους έναντι 21% στην άπω όγκους. Αυτοί οι αριθμοί για ICAM5 ήταν 34% στην εγγύς και 16% στην άπω όγκους, αντιστοίχως (ρ & lt? 0,05). Για το γονίδιο LGR6, η διαφορά (51% έναντι 33%) δεν ήταν στατιστικά σημαντική.

διαφοροποίηση των όγκων και μπορεί γονίδιο μεθυλίωσης

Ενώ 8 γονίδια εμφανίζονται διαφορετικά προφίλ μεθυλίωσης σε διαφορετικά επίπεδα της διαφοροποίησης , μόνο δύο παρουσίασαν στατιστικά σημαντικές διαφορές (ICAM5 και ΜΜΡ2). Ωστόσο, δεν υπήρξε καμία αντιστοιχία με την εξέλιξη του όγκου προς κακή διαφοροποίηση (Πίνακας 5). Μόνο τα γονίδια APC2 και EVL εμφανίζονται υψηλότερα μεθυλίωση στην κανονική εξέλιξη ενός όγκου από καλά για μέτρια έως κακή διαφοροποίηση, με το γονίδιο APC2 δείχνει 91%, 97% και 100% και το γονίδιο EVL δείχνει 75%, 77%, και 100%, αντίστοιχα. Τα ευρήματα αυτά θα μπορούσαν να υπογραμμίζουν το ρόλο αυτών των γονιδίων στη διαδικασία διαφοροποίησης των όγκων.

το στάδιο του όγκου και γονίδιο μπορεί προφίλ μεθυλίωσης

Οκτώ γονίδια που έδειξαν διαφορετικά προφίλ μεθυλίωσης σε διαφορετικά στάδια του όγκου, με την LGR6 και APC2 γονίδια που εμφανίζουν στατιστικά σημαντικές διαφορές με υψηλότερες μεθυλίωση στο στάδιο 1 και κάτω μεθυλίωσης σε προχωρημένα στάδια στην περίπτωση των LGR6 και κάτω μεθυλίωσης στο στάδιο 1 και υψηλότερες μεθυλίωσης σε προχωρημένα στάδια στην περίπτωση του APC2 (Πίνακας 5). Το μόνο γονίδιο που έδειξε μια υψηλότερη μεθυλίωσης σε πιο προχωρημένα στάδια του όγκου ήταν CD109, η οποία μεθυλιώθηκε με ρυθμό 56%, 76%, και 86% στα στάδια I, II και (III + IV), αντίστοιχα.

MSI και γονίδιο μπορεί μεθυλίωση

Ο ρυθμός MSI ήταν 28% για τους Ιρανούς και 31% για την ΑΑ (Πίνακας 3), αντίστοιχα. Δώδεκα από τα 13 ελέγχθηκαν γονίδια δεν έδειξαν διαφορές στα επίπεδα μεθυλίωσης μεταξύ MSI-H και μη όγκων MSI-H και στους δύο πληθυσμούς. Μια εξαίρεση θα μπορούσε να γίνει για το γονίδιο PTPRD με στατιστικά σημαντική συσχέτιση με το MSI-H (Ρ & lt? 0,05) και στους δύο πληθυσμούς (Πίνακας 5). Ως εκ τούτου, υπάρχει μια πιθανότητα ότι η μεθυλίωση του PTPRD συνδέεται με το φαινότυπο MSI-H.

Πληθυσμός να σύγκριση Πληθυσμός

Τα προφίλ μεθυλίωσης τουλάχιστον 9 γονίδια σε δύο πληθυσμούς αναλύθηκαν ήταν παρόμοια χωρίς σημαντικές διαφορές (πίνακας 4 και σχήμα 1): APC2, SYNE1, EVL, ΜΜΡ2, CD109, RNF182, PTPRD, stard, και RET. Για το γονίδιο LGR6, υπήρχε μια σημαντική διαφορά, αν και στατιστικά ασήμαντη, σε επίπεδα μεθυλίωσης με 31% έναντι 49% στην Ιρανοί και ΑΑ, αντίστοιχα. Για τρία γονίδια, δηλαδή GPNMB, CHD5 και ICAM5, υπήρχαν στατιστικά σημαντικές διαφορές στο επίπεδο μεθυλίωσης, με ΑΑ εμφανίζουν υψηλότερα επίπεδα μεθυλίωσης από Ιρανούς, 100%, 78%, και 40% έναντι 89%, 47%, και 7,5 % για τα τρία γονίδια, αντίστοιχα (Πίνακας 4)

η

έκφραση CHD5 με IHC, της διαφοροποίησης και του όγκου Στάδιο

Επειδή ένα από τα κύρια σημεία εστίασης εργαστήριο μας είναι να αντιμετωπίσουμε το θέμα της υψηλής συχνότητα εμφάνισης CRC σε ΑΑ και, με βάση το γεγονός ότι CHD5 υποκινητής είναι ιδιαίτερα μεθυλιώνεται σε αυτόν τον πληθυσμό και φαίνεται να εμπλέκονται σε πρώιμα στάδια της καρκινογένεσης ως τροποποιητής της χρωματίνης, αναλύσαμε την έκφραση της από IHC για την επικύρωση των αποτελεσμάτων μεθυλίωσης. Μεταξύ 59 CRC περιπτώσεις διαθέσιμες για την ανάλυση, ο αριθμός των ατόμων με σταδίου Ι, II, III, και IV ήταν 14 (24,5%), 20 (35,1%), 21 (36.8), 2 (3,5%), και 2 (που λείπουν ) αντιστοίχως. Σε γενικές γραμμές, δεν υπήρχαν στατιστικώς σημαντικές διαφορές ως προς την ηλικία, το φύλο, ανατομική θέση, η έκφραση CHD5 με το στάδιο του όγκου (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται). Έκφραση των CHD5 (Σχ. 2C) χάθηκε στο 80% των ασθενών ΑΑ και 52% στην ιρανική ασθενείς με σταδίου ΙΙ και ΙΙΙ της νόσου, αντίστοιχα. Ωστόσο, η διαφορά δεν ήταν στατιστικά σημαντική. Η απώλεια της έκφρασης CHD5 ήταν σύμφωνη με CHD5 μεθυλίωση σε CRC. Η κυτταροπλασματική έκφραση των CHD5 ήταν παρούσα σε φυσιολογικά επιθηλιακά κύτταρα κόλου (Εικ. 2Α) σε σύγκριση με τον αρνητικό έλεγχο χωρίς το πρωτογενές αντίσωμα (Σχ. 2Β), υποδεικνύοντας την ειδικότητα του αντισώματος.

(Α) Θετική CHD5 χρώση εμφανής σε όλες τις κανονικές αδένων σε δείγματα βιοψίας από φυσιολογικό βιοψίες κόλον (Β) σε φυσιολογικούς ασθενείς έλλειψη καφέ χρώμα υποδεικνύει απουσία cytoplamic χρώση για CHD5 απουσία πρωτογενούς αντισώματος, (Γ) σε ασθενείς CRC (& gt? 52%) των περιπτώσεων έδειξε απουσία κυτταροπλασματική χρώση για CHD5 στα κακοήθη επιθηλιακά κύτταρα.

η

Συζήτηση

Επιγενετική ανάλυση των κυττάρων του όγκου παίζει σημαντικό ρόλο στην κατανόηση των καρκινογόνων διαδικασιών και στοχευμένες θεραπείες [7]. Sjoblom et al. έχουν αλληλουχία χιλιάδες γονίδια σε 11 πρωτογενείς όγκους του μαστού και του παχέως εντέρου και κατέληξε στο συμπέρασμα ότι κάθε όγκος έχει ένα μέσο όρο 14 γενετικές αλλαγές [11]. Μια επακόλουθη επιγενετικές και μετάλλαξης μελέτη [10] οδήγησε στην ταυτοποίηση του σιγήσει υποκινητών, 13 από τις οποίες αντιστοιχούν στα γονίδια μπορούν αναλύθηκαν σε αυτή τη μελέτη [11]. Αποφασίσαμε να ερευνήσει την επίδραση αυτών των 13 γονιδίων στο CRC χρησιμοποιώντας δύο διαφορετικούς πληθυσμούς του δείγματος. Η επιλογή μας από τα 13 γονίδια βασίστηκε στο γεγονός ότι δημιουργήθηκαν από την υψηλή τεχνολογία απόδοση και μια ολοκληρωμένη μελέτη που περιλαμβάνει και τις δύο κυτταρικές γραμμές και κλινικά λευκό δείγματα κόλου που επικυρώθηκαν με τη χρήση DNA από την κανονική και καρκινικού ιστού [10], [11] , [33]. Εδώ, αναλύσαμε το προφίλ μεθυλίωση αυτών των 13 γονιδίων σε ΑΑ και ιρανική CRC, την κατάσταση MSI και την έκφραση από την IHC της CHD5, ένα γονίδιο που υπάρχουν υποψίες ότι εμπλέκεται σε πρώιμο καρκινογόνες διαδικασίες.

Τα περισσότερα από τα γονίδια που αναλύθηκαν ήταν ιδιαίτερα μεθυλιώθηκε με διαφορετικά επίπεδα μεθυλίωσης από το ένα γονίδιο στο άλλο και το ένα πληθυσμό με το άλλο. SYNE1, η συναπτική πρωτεΐνη πυρηνικού φακέλου κωδικοποίηση, μεθυλιώθηκε σε όλα τα δείγματα που αναλύθηκαν, ενώ ο υποκινητής RNF182, το οποίο κωδικοποιεί μια πρωτεΐνη δαχτυλίδι δάχτυλο, μεθυλιώθηκε σε κανένα. Δεν υπάρχουν γνωστές λειτουργίας για το γονίδιο RNF182 είναι διαθέσιμες μέχρι σήμερα. SYNE1 πρωτεΐνη αποδειχθεί ότι εμπλέκονται στη διαδικασία της κυτοκίνησης [34], όπου αυτή η πρωτεΐνη και πρωτεΐνη KIF3B διευκολύνει τη συσσώρευση των κυστιδίων μεμβράνης σε μέσου σώματος ατράκτου.

Το προφίλ μεθυλίωση των γονιδίων που αναλύθηκαν έδειξαν να είναι ανεξάρτητες ηλικίας (πίνακας 5). Αν και υπάρχει μια γενική διαδικασία μεθυλίωσης που εξαρτάται ηλικία και δεν είναι γονίδιο /συγκεκριμένη ασθένεια, τα αποτελέσματα που λαμβάνονται με τις ανέλυσε γονίδια αντανακλούν τη συνάφεια αυτών των γονιδίων στη διαδικασία της καρκινογένεσης εξαρτώμενη μεθυλίωση. Τα ευρήματα αυτά ενισχύονται από το γεγονός ότι πολλοί από τους ασθενείς που συμμετέχουν σε αυτή τη μελέτη, ιδιαίτερα Ιρανούς, είναι σχετικά νέος (40 ετών).

Τουλάχιστον τέσσερα γονίδια έδειξαν ένα επίπεδο μεθυλίωσης που εξαρτάται από το φύλο του ασθενούς. Ένα υψηλότερο επίπεδο μεθυλίωσης σε άρρενες ασθενείς βρέθηκε για APC2 και RET, ενώ ένα υψηλότερο επίπεδο μεθυλίωσης σε γυναίκες ασθενείς επιδείχθηκε για PTPRD και STARD8 γονίδια (Πίνακας 5). Τουλάχιστον τέσσερα γονίδια (CD109, CHD5, LGR6, και ICAM5) εμφανίζεται ένα διαφορετικό επίπεδο μεθυλίωσης, ανάλογα με την τοποθεσία του όγκου. Αυτά τα γονίδια έδειξαν ένα χαμηλότερο επίπεδο μεθυλίωσης στο άπω κόλον. Αυτό το εύρημα είναι σε συμφωνία με την παρουσία μιας βαθμίδας φθίνουσα μεθυλίωσης από το εγγύς προς το άπω κόλον. Ένα υψηλότερο επίπεδο μεθυλίωσης από καλά έως χαμηλής διαφοροποίησης όγκους παρατηρήθηκε μόνο για το γονίδιο υποκινητή EVL. Bournier et al. έχουν δείξει ότι η συν-έκφραση της πρωτεΐνης EVL μαζί με σπεκτρίνη άλφα-II ενισχύει την αλληλεπίδραση κυττάρου-προς-κύτταρο [26]. Η μεθυλίωση του γονιδίου EVL σε όλες πτωχά διαφοροποιημένα όγκων και περισσότερο από το 75% των καλά και μετρίως διαφοροποιημένα αυτά αυξάνει διεισδυτικότητα τους. Η διαπίστωση αυτή ενισχύεται από το γεγονός ότι αυτό το γονίδιο μεθυλίωση αυξήσεις επίσης σε προχωρημένο στάδιο όγκους όπου μεθυλιωμένο μόνο το 65% των όγκων σταδίου-I σε σύγκριση με το 75% στο στάδιο IV. Μια φαινομενικά στάδιο εξαρτώμενη μεθυλίωση παρατηρήθηκε για LGR6, το οποίο κωδικοποιεί ένα πλούσιες σε λευκίνη επανάληψης που περιέχουν G-πρωτεΐνης-συζευγμένο υποδοχέα και συνεπώς εμπλέκεται στον πολλαπλασιασμό των κυττάρων [13]. Ωστόσο, αυτή η μείωση στην κατάσταση μεθυλίωσης από το στάδιο Ι έως το στάδιο IV (71% έως 43%) δεν μπορεί να εξηγηθεί υπό το φως αυτής της λειτουργίας του γονιδίου ως υποκινητή πολλαπλασιασμό. APC2 στάδιο εξαρτώμενη μεθυλίωση από το στάδιο Ι έως το στάδιο IV (82% έως 97%) παρατηρήθηκε επίσης και αυτό μπορεί να είναι συνεπής με τη δραστηριότητα ογκοκατασταλτικό γονίδιο APC2 στο CRC και η σύνδεσή της με την οδό Wnt.

Η πολυπαραγοντική ανάλυση για την επίδραση της συγχυτικούς παράγοντες (τοποθεσία, τη διαφοροποίηση και στάδιο) είναι διαφορετική μεταξύ των δύο πληθυσμών (Πίνακας 3). Για να είναι η σύγχυση αυτές οι μεταβλητές πρέπει να συσχετίζεται με τη μεθυλίωση, πάρα πολύ. Όπως φαίνεται στον πίνακα 5, ICAM5 συσχετίζεται με τη διαφοροποίηση και την περιοχή, ενώ GPNMB και CHD5 δεν συνδέονται με οποιαδήποτε από αυτές τις μεταβλητές. Με βάση αυτά τα ευρήματα, η περιοχή και η διαφοροποίηση μπορεί να έχει ένα ρόλο παράγοντας σύγχυσης για ICAM5. Για να είναι συνεπής και χωρίς αποκλεισμούς στη στατιστική ανάλυση, έχουμε αναπτύξει τρία μοντέλα λογιστικής παλινδρόμησης χρησιμοποιώντας τα εμπρός επιλογή με κάθε γονιδίου ως εξαρτώμενη από παράγοντα και τον τόπο, τον πληθυσμό (ιρανική έναντι ΑΑ), το στάδιο, και η διαφοροποίηση ως ανεξάρτητοι παράγοντες. Για τα τρία μοντέλα ΑΑ παραμένει ο σημαντικότερος παράγοντας για την μεθυλίωση.

Το προφίλ μεθυλίωσης για όλα, αλλά ένα γονίδιο PTPRD ήταν παρόμοια και στις δύο MSI-H και μη-MSI-H όγκους, επιβεβαιώνει μια ήδη εδραιωμένη διαχωρισμό μεταξύ της CpG φαινότυπο νησί methylator (CIMP) και η μικροδορυφορικού φαινότυπο αστάθειας σε όγκους του καρκίνου του παχέος εντέρου. Το γονίδιο PTPRD κωδικοποιεί μια πρωτεΐνη που είναι μέλος της οικογένειας πρωτεϊνών τυροσίνης φωσφατάσης, μόρια που ρυθμίζουν μια ποικιλία κυτταρικών διεργασιών συμπεριλαμβανομένης της κυτταρικής ανάπτυξης, διαφοροποίησης, κύκλος μιτωτική και ογκογόνο μετασχηματισμό σηματοδότησης. Mori et al. (2004) έχουν ήδη δείξει ότι PTPR O τύπος είναι ιδιαίτερα μεθυλιωμένο σε MSI-H όγκους, ενισχύοντας το εύρημα μας [35]

Μια σύγκριση του πληθυσμού προς τον πληθυσμό αποκαλύπτει ένα διαφορετικό προφίλ μεθυλίωσης μεταξύ Ιρανών και ΑΑ για.: GPNMB (89 έναντι 100%), CHD5 (47 έναντι 78%), LGR6 (31 έναντι 49%), και ICAM5 (7.5 vs. 40%) με τουλάχιστον 3 στατιστικώς σημαντικές διαφορές (GPNMB, CHD5 και ICAM5) . GPNMB, ένας τύπου-Ι διαμεμβρανική γλυκοπρωτεΐνη, δείχνει έκφραση στα ταπεινούς μεταστατικές κυτταρικές γραμμές ανθρώπινου μελανώματος αλλά δεν δείχνει έκφραση στα ιδιαίτερα μεταστατικές κυτταρικές γραμμές [36]. Αυτό το γονιδιακό προϊόν »μπορεί να εμπλέκεται σε καθυστέρηση της ανάπτυξης και τη μείωση του μεταστατικού δυναμικού. Ως εκ τούτου, το υψηλότερο επίπεδο μεθυλίωσης του GPNMB σε ΑΑ θα μπορούσε εν μέρει ευθύνονται για την υψηλή επιθετικότητα και γρήγορη εξέλιξη των όγκων του παχέος εντέρου σε ΑΑ. Η διαπίστωση αυτή ενισχύεται επίσης από το γεγονός ότι ένα άλλο γονίδιο που εμπλέκεται στη μετάσταση, ICAM5, είναι ιδιαίτερα μεθυλιωμένο σε ΑΑ σε σύγκριση με τους Ιρανούς. ICAM5 κωδικοποιεί μία τύπου Ι διαμεμβρανική γλυκοπρωτεΐνη που είναι μέλος της οικογένειας ενδοκυτταρικού μορίου προσκόλλησης (ICAM). Υψηλό επίπεδο μεθυλίωσης ICAM5 μειώνει την προσκόλληση κυττάρου-προς-κύτταρο στα αντίστοιχα κύτταρα του όγκου, αυξάνοντας το διηθητικό τους δυναμικό. Το εύρημα αυτό συμφωνεί με τα αποτελέσματα GPNMB οδηγούν σε αθροιστικές επιδράσεις που αυξάνουν την ικανότητα διήθησης και μετάστασης. Σε αντίθεση με GPNMB και ICAM5, CHD-5 (πρωτεΐνη σύνδεσης chromodomain ελικάση DNA 5) φαίνεται να εμπλέκεται στις αρχές ογκογόνο διεργασίες σε επίπεδο χρωματίνης αναδιαμόρφωσης και ελέγχει τα γεγονότα, όπως πολλαπλασιασμό, απόπτωση, και γήρανση, μέσω του ρ19 (ARF) /p53 μονοπάτι [37]. Το επίπεδο μεθυλίωσης του γονιδίου αυτού σε ΑΑ (78% έναντι 47% το Ιρανοί) μπορεί να αντανακλά το υψηλό επίπεδο της επίπτωσης του καρκίνου του παχέος εντέρου σε ΑΑ. Πράγματι, χρωματίνη τροποποίηση αυτή επηρεάζει τα προφίλ έκφραση πολλών γονιδίων ταυτόχρονα και τις επιπτώσεις η γρήγορη εξέλιξη του όγκου. πρόσφατες δημοσιεύσεις μας έχουν δείξει ότι οι όγκοι ΑΑ παχέος εντέρου εμφανίζει μια παρεκκλίνουσα παγκόσμια ιστόνης (Η3 και Η4) ακετυλίωση και HDAC2 έκφρασης [38]. Η υπερμεθυλίωση αυτών των γονιδίων που έδειξε ομοιότητες μεταξύ των δύο πληθυσμών μπορεί να είναι ένας πρώιμος δείκτης για την έναρξη σίγηση CRC.

Με βάση τα λαμβανόμενα αποτελέσματα και τα γνωστά χαρακτηριστικά του ΑΑ CRC, τα αποτελέσματα γονίδια μπορούν μεθυλίωση υποστηρίξει την άκρως μεθυλιωμένο CHD5 και ICAM5 στους όγκους AA, δείχνοντας ένα εξέχοντα ρόλο της CHD5 και ICAM5. Υπήρξε μια συνεπής αποτέλεσμα μεταξύ CHD5 μεθυλίωση και η έλλειψη έκφρασης πρωτεΐνης CHD5 χρησιμοποιώντας IHC (Σχ. 2). Επιπλέον, η έκφραση και λειτουργική ανάλυση των γονιδίων αυτών θα είναι μια σημαντική άποψη αυτής της εργασίας που σχεδιάζουμε να αντιμετωπίσει στο μέλλον. Πρόσφατα CHD5 έχει αναφέρεται ως ογκοκατασταλτικό γονίδιο, το οποίο υποστηρίζει τον ισχυρισμό μας για επιγενετικές σίγηση [39] και ανάλυση έκφρασης IHC της. Η μεθυλίωση του CHD5 είναι συμμετέχουσα παράγοντας στην υψηλότερη συχνότητα εμφάνισης CRC σε ΑΑ, μαζί με άλλους δείκτες (γενετικών και επιγενετικών). Οι διαφορές στις διατροφικές, περιβαλλοντικές, και μοριακής γενετικής παράγοντες μπορούν επίσης να παίζουν ρόλο [2], [40], [41], [42]. Οι φυλετικές ανισότητες έχουν παρατηρηθεί σε πολυμορφισμούς λιποξυγενάσης [43], αστάθεια μικροδορυφόρου [44], το φυλλικό οξύ πολυμορφισμοί μεταβολικών γονιδίων [45], και η βιταμίνη D απλοτύπων υποδοχέα [39], [46].

Τα γονίδια CAN θα μπορούσε να είναι αναφέρονται ως δείκτες CIMP δεδομένου ότι δεν υπάρχει συμφωνηθεί λίστα και διαφορετικό πρότυπο CIMP εργαστήρια έχουν διαφορετική λίστα CIMP γονίδια [12], [47], [48], [49], [50].

Εν κατακλείδι , η μελέτη μας επιβεβαιώνει την υπερμεθυλίωση των υποψηφίων καρκίνο γονίδια ως βιοδείκτες και ένα υψηλότερο προφίλ μεθυλίωσης του GPNMB, παρατηρήθηκε ICAM5, και CHD5 γονίδια σε ΑΑ. Ως εκ τούτου, αυτό μπορεί να εξηγήσει σε κάποιο βαθμό την υψηλή συχνότητα και την επιθετικότητα του CRC στην ΑΑ. Για μια σφαιρική άποψη των επιγενετικών διεργασιών στην ογκογένεση του παχέος εντέρου σε αυτές τις ομάδες ασθενών, μια διεξοδική ανάλυση των όγκων των δύο πληθυσμών μπορεί να χρειαστεί να γίνει σε καθιερωμένες κυτταρικές σειρές χρησιμοποιώντας παράγοντες που στοχεύουν τόσο αναστολείς μεθυλίωσης ή /και τροποποίησης της χρωματίνης ολόκληρου του γονιδιώματος που ακολουθείται από διαφορική μελέτες έκφρασης μικροσυστοιχιών.

Ευχαριστίες

θα θέλαμε να ευχαριστήσουμε Mohammad Daremipouran για τη λειτουργία μερικές από τις δοκιμασία μεθυλίωσης.